help/help/html/features/xsspannotation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation from 3D structure data</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Working with annotation from 3D structure data</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview can process PDB data associated with sequences to display
  31     values extracted from the <em>Temperature Factor</em> column for
  32     corresponding sites, and secondary structure from DSSP. For computationally determined structures, jalview will show
  33     model quality data encoded in the temperature factor column as <em>AlphaFold Reliability</em> (PLDDT) or <em>Model
  34       Quality</em> as appropriate.
  35   </p>
  36   <p>
  37     <strong>Extracting data from PDB files<br /></strong>Annotation is
  38     created for structure files retrieved directly from the PDB loaded
  39     from the file system (via the <strong>Structure&rarr;Associate
  40       Structure...&rarr;From file</strong> option, or when displayed via the View
  41     Structures Menu.<br /> Structure annotation is not automatically
  42     added to an alignment, but any available structure annotation rows
  43     for the current selection or a particular sequence can be added via
  44     the <strong>Add Reference Annotation</strong> in the <strong>Selection</strong>
  45     and <strong>Sequence ID</strong> sub-menus of the Sequence ID
  46     Panel's popup menu.<br /> <em>Please note:</em>Protein structures
  47     are analysed <em>in situ</em>.
  48   </p>
  49   <p>
  50     The <a href="../menus/alwannotation.html"><em>Annotations</em>
  51       alignment menu</a> provides settings useful for controlling the
  52     display of sequence-associated annotation. To compare several tracks from different structures for one or more
  53     sequences, use 'sort by label' - which will also display PDB and Chain IDs for secondary structure and temperature
  54     factor/quality annotation tracks for easier identification.
  55     </p>
  56   <p>
  57     <strong>Shading sequences by associated structure
  58       annotation<br />
  59     </strong>The annotation colouring dialog (opened by the <strong>Colour&rarr;By
  60       Annotation</strong> option) or by right-clicking a particular annotation tracks's label allows sequences with
  61     associated secondary
  62     structure data to be shaded according to secondary structure type.
  63     Once the dialog is opened, select the <em>Per Sequence</em> option
  64     and then choose <em>Secondary structure</em> from the dropdown menu.<br />When
  65     colouring alignments by secondary structure, two modes can be
  66     employed. The default is to shade sequences with the same colour as
  67     the secondary structure glyph. If, however, <em>original
  68       colours</em> is selected and another colourscheme has already been
  69     applied, then only portions of the sequence with defined secondary
  70     structure will be shaded with the previously applied scheme.<br />
  71   </p>
  72   <p>
  73     <strong>Configuration options for processing PDB files<br /></strong>
  74     Occasionally, you may wish to disable secondary structure
  75     processing. Configuration options in the <strong>Structure</strong>
  76     tab in the <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog allow the
  77     processing of structure data to be disabled, or selectively enabled.
  78     For more information, take a look at the <a
  79       href="preferences.html#structure">documentation for the
  80       structure panel</a>.
  81   </p>
  82   <p>
  83     <em>The display of secondary structure data was introduced in
  84       Jalview 2.8.2, and is made possible by Jalview's use of <a
  85       href="jmol.html">Jmol's DSSP implementation</a>, based on the
  86       original <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6667333">Kabsch
  87         and Sander algorithm</a> ported by <a
  88       href="http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/">Robbie P. Joosten
  89         and colleagues</a>, and a client for <a
  90       href="https://github.com/fjossinet/PyRNA">Fabrice
  91         Jossinet's pyRNA services</a> that was developed by Anne Menard, Jim
  92       Procter and Yann Ponty as part of the Jalview Summer of Code 2012.
  93     </em>
  94   </p>
  95 </body>
  96 </html>