help/help/html/memory.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Memory Settings</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <h2>
  27     <center>
  28       <strong>Memory Usage Settings for Jalview</strong>
  29     </center>
  30   </h2>
  31   <p>
  32     When launched as an Application, Jalview automatically tries to
  33     maximise the amount of memory allocated to it, but sometimes it may
  34     run out of memory. This is because of the way that Java runs on a
  35     computer - what is actually run is a program called a virtual
  36     machine (the JVM) which executes the java instructions. The JVM has
  37     limits on the memory that can be allocated to the java program - and
  38     you might need to increase them if you are working with particularly
  39     large datasets.<br> If Jalview has not explicitly told you that
  40     it has run out of memory, then a common sign is that a function that
  41     normally works seems to have no effect when working with a larger
  42     set of sequences (this might include open dialog boxes for saving
  43     PNG files, or when interpreting the result of a web service
  44     calculation).
  45   </p>
  46   <p>
  47     <em>Jalview Memory Usage Monitor</em>: If you are concerned about
  48     memory, or think that things might be behaving strangely because of
  49     a shortage of memory, then you can check this by enabling the memory
  50     usage monitor. This is done by selecting the <strong>Tools&#8594;Show
  51       Memory Usage</strong> option. Once enabled, the memory usage monitor
  52     displays the currently available memory, the total memory, and the
  53     percentage free at the bottom left hand side of the Jalview Desktop
  54     window's background.
  55   </p>
  56   <p>
  57     <em>Increasing the memory available to Jalview</em><br>
  58     Since Jalview 2.11, the program automatically configures the JVM memory settings to set the maximum memory available to Jalview to be 90% of physical memory.
  59       <p>&nbsp;</p>
  60 </body>
  61 </html>