help/help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Popup Menu</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Popup Menu</strong><br> <em>This menu is visible
  29       when right clicking either within a selected region on the
  30       alignment, on a sequence name, and also when right-clicking a sequence feature. It may not be accessible
  31       when in 'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em><br /> <em><strong>Mac
  32         Users:</strong> pressing CTRL whilst clicking the mouse/track pad is the
  33       same as a right-click. See your system's settings to configure
  34       your track-pad's corners to generate right-clicks.</em>
  35   </p>
  36   <ul>
  37     <li><strong>Selection<br/></strong>
  38     <em>This menu is only visible when right-clicking a selected sequence or region of the alignment. </em>
  39       <ul>
  40         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
  41               Details...<br>
  42           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
  43             href="../io/exportseqreport.html">HTML report
  44               containing the annotation and database cross references</a>&nbsp;normally
  45             shown in the sequence's tooltip.
  46         </em></li>
  47         <li><strong>Show Annotations...<br>
  48         </strong><em>Choose to show (unhide) either All or a selected type
  49             of annotation for the selected sequences. (Since Jalview
  50             2.8.2)</em></li>
  51         <li><strong>Hide Annotations...<br>
  52         </strong><em>Choose to hide either All or a selected type of
  53             annotation for the selected sequences. (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  54         <li><a name="addrefannot"><strong>Add
  55               Reference Annotations<br>
  56           </strong><em>Add to the alignment window any annotations on the
  57               selected sequences which have been read from reference
  58               sources or calculated (for example, secondary structure
  59               derived from 3D structure). (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  60         <li><strong>Edit </strong>
  61           <ul>
  62             <li><strong>Copy</strong><br> <em>Copies the
  63                 selected region. In the applet version, the copied
  64                 sequences are not available to the system clipboard.</em></li>
  65             <li><strong>Cut<br>
  66             </strong><em>Cuts the selected region from the alignment. In the
  67                 applet version, the copied sequences are not available
  68                 to the system clipboard.</em></li>
  69             <li><strong>Edit Sequence</strong><br> <em>Edit
  70                 the selected sequence(s) directly. Spaces will be
  71                 converted to the current gap character.</em></li>
  72             <li><strong>To Upper Case</strong><em><strong><br>
  73               </strong><em>Changes the case of selected region to lower
  74                   case.</em> </em></li>
  75             <li><strong>To Lower Case<br>
  76             </strong><em>Changes the case of selected region to upper case.</em><strong>
  77             </strong></li>
  78             <li><strong>Toggle Case</strong><br> <em>Switches
  79                 the case of all residues within the selected region.</em></li>
  80           </ul></li>
  81         <li><strong>Output to Textbox<br>
  82         </strong><em>The selection area will be output to a a text window in
  83             the selected alignment format. </em></li>
  84         <li><strong><a
  85             href="../features/creatinFeatures.html">Create
  86               Sequence Feature...</a></strong><br> <em>Opens the dialog box
  87             for creating sequence features over the currently selected
  88             region on each selected sequence.</em></li>
  89         <li><strong>Create Group<br>
  90         </strong><em>This will define a new group from the current
  91             selection.</em><strong> </strong></li>
  92         <li><strong>Remove Group<br>
  93         </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong>
  94         </strong></li>
  95         <li><strong>Edit (New) Group</strong><br> <em>Group
  96             Editing Menu</em> <br />Options in this menu modify the name and
  97           display properties of the currently selected group, or a new
  98           group defined using the current selection.
  99           <ul>
 100             <li><strong>Name: &lt;Group&gt;</strong> or <strong>Edit
 101                 name and description</strong><br> <em>The first entry
 102                 in the menu displays the name for the currently selected
 103                 group, if it has one. Selecting this option opens a
 104                 window allowing the name and description for this group
 105                 to be edited. Click OK to set the new name and
 106                 decription, and cancel to leave the existing name and
 107                 description unchanged.</em></li>
 108             <li><strong>Group Colour<br>
 109             </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a>
 110                 of the group.
 111             </em><strong> </strong></li>
 112             <li><strong>Boxes<br>
 113             </strong><em>If selected the background of a residue within the
 114                 selected group will be coloured according to the
 115                 assigned colour scheme.</em><strong> </strong></li>
 116             <li><strong>Text<br>
 117             </strong><em>If selected the selected group will display text. </em></li>
 118             <li><strong>Colour Text<br>
 119             </strong><em>If selected the selected group will display text in
 120                 a colour slightly darker than the background colour of
 121                 that residue.</em></li>
 122             <li><strong>Border Colour <br>
 123             </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour
 124                 Chooser&quot; window. Select a colour than press OK to
 125                 set the border colour of a group.</em></li>
 126             <li><strong>Show Unconserved<br>
 127             </strong><em>When this is selected, all symbols in the group
 128                 matching the consensus sequence at that column will be
 129                 rendered as a '.', highlighting mutations in the group
 130                 area. </em></li>
 131           </ul></li>
 132
 133       </ul></li>
 134     <li><strong>Sequence Id<br>
 135     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence
 136         name. </em>
 137       <ul>
 138         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
 139               Details ...<br>
 140           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
 141             href="../io/exportseqreport.html">HTML report
 142               containing the annotation and database cross references</a>
 143             normally shown in the sequence's tooltip.
 144         </em></li>
 145         <li><strong>Edit Name/Description<br>
 146         </strong><em>You may edit the name and description of each sequence.
 147             A window will be displayed asking for a new sequence name
 148             and sequence description to be entered. Press OK to accept
 149             your edit. To save sequence descriptions, you must save in
 150             Fasta, PIR or Jalview File format.</em></li>
 151         <li><strong>Add <a
 152             href="../features/annotation.html#seqannots">Reference
 153               Annotations</a></strong><br> <em>When enabled, copies any
 154             available alignment annotation for this sequence to the
 155             current view.</em></li>
 156         <li><strong>Set as Reference</strong> or <strong>Unmark
 157             as Reference</strong><br /> Sets or unsets the reference sequence
 158           for the the alignment.</li>
 159
 160         <li><strong>Represent Group With (Sequence Id)</strong><br>
 161           <em>All sequences in the current selection group will be
 162             hidden, apart from (Sequence Id). Any edits performed on the
 163             visible representative sequence will be propagated to the
 164             hidden sequences. </em></li>
 165         <li><a name="sqid.popup"><strong>Link</strong><br>
 166             <em>This menu item lists all links which have been set
 167               up in the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
 168               Connections tab.<br> Since Jalview 2.4, links will
 169               also be made for database cross references (where the
 170               database name exactly matches the link name set up in <a
 171               href="../features/preferences.html">Preferences</a>).
 172               <br>Since Jalview 2.5, links are also shown for
 173               non-positional sequence features attached to the sequence,
 174               and any regular-expression based URL links that matched
 175               the description line.
 176           </em><strong><br> </strong></li>
 177       </ul></li>
 178     <li><strong>3D Structure Data...</strong> </strong><em>This menu is
 179         visible when you right-click on a sequence name. When this
 180         option is clicked, Jalview will open the <a
 181         href="../features/structurechooser.html">'Structure Chooser'
 182       </a>, which allows you to discover and view 3D structures for the
 183         current selection. For more info, see <a
 184         href="../features/viewingpdbs.html">viewing PDB structures</a>.
 185     </em></li>
 186     <li><strong>VARNA 2D Structure</strong><br /> <em> If the
 187         sequence or alignment has RNA structure, then <strong>VARNA
 188           2D Structure</strong> entries will also be present enabling you to open
 189         a linked view of the RNA structure in <a
 190         href="../features/varna.html">VARNA</a>.
 191     </em></li>
 192     <li><a name="hideinserts"><strong>Hide Insertions</strong></a><br />
 193       <em>Hides columns containing gaps in both the current
 194         sequence and selected region, and reveals columns not including
 195         gaps. (before 2.10.2, this option hid or revealed columns
 196         according to gaps in just the current sequence)</em></li>
 197     <li><strong>Hide Sequences</strong><br> <em>Hides the
 198         currently selected sequences in this alignment view.</em><strong><br>
 199     </strong><br/>&nbsp;<br/></li>
 200
 201     <li><strong><a name="featuredetails"> Feature Details</a><br /></strong>
 202     <em>Each entry opens a <a
 203       href="../features/seqfeaturereport.html">Sequence Feature
 204         Report</a> for visible features under the mouse.<br />Only visible
 205       when right-clicking a region where <a
 206       href="../features/seqfeatures.html">Sequence Features</a> are
 207       shown.
 208     </em>
 209   </li>
 210   </ul>
 211
 212 </body>
 213 </html>