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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>04/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by Jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 104                 features can be filtered and shaded according to any
 105                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 106                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 107                 file)
 108               </li>
 109               <li>
 110                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 111                 stored and restored from Jalview Projects
 112               </li>
 113               <li>
 114                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 115                                                                 recognise variant features
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 119                                                                 sequences (also coloured red by default)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 123                                                                 details
 124                                                         </li>
 125                                                         <li>
 126                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 127                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 128                                                         </li>
 129                                                         <li>
 130                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 131                                                                 dialog
 132                                                         </li>
 133                                                 </ul>
 134                                         </li>
 135                                         <li>
 136                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 137                                                 tree and PCA calculations
 138                                         </li>
 139                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 140             <ul>
 141                                                         <li>
 142                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 143                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 144                                                         </li>
 145                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 146                                                                 drop-down menus</li>
 147                                                         <li>
 148                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 149                                                                 incrementally
 150                                                         </li>
 151                                                         <li>
 152                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 153                                                         </li>
 154                                                 </ul>
 155                                         </li>
 156                                         <li>
 157                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 158                                         </li>
 159                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 160                                         <ul>
 161                                                         <li>
 162                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 163                                                                 multiple groups when working with large alignments
 164                                                         </li>
 165                                                         <li>
 166                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 167                                                                 Stockholm files
 168                                                         </li>
 169                                                 </ul>
 170                                         <li><strong>User Interface</strong>
 171                                         <ul>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 174                                                                 view
 175                                                         </li>
 176                                                         <li>
 177                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 178                                                                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 179                                                                 default (can be changed in user preferences)
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 183                                                                 to the Overwrite Dialog
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 187                                                                 sequences are hidden
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 191                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 195                                                                 labels
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 199                                                                 when in wrapped mode
 200                                                         </li>
 201                                                         <li>
 202                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 203                                                                 annotation
 204                                                         </li>
 205                                                         <li>
 206                                                                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 210                                                                 panel
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 214                                                                 popup menu
 215                                                         </li>
 216                                                         <li>
 217                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 218                                                         <li>
 219                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 220
 221
 222                                                 </ul></li>
 223                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 224                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 225                                                 <ul>
 226                                                         <li>
 227                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 228                                                                 trapping CMD-Q
 229                                                         </li>
 230                                                 </ul></li>
 231                                 </ul>
 232         <em>Deprecations</em>
 233         <ul>
 234           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 235             capabilities removed from the Jalview Desktop
 236           </li>
 237           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 238             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 239             and XML based data retrieval clients</li>
 240           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 241           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 242         </ul> <em>Documentation</em>
 243                                 <ul>
 244                                         <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 245                                                 not supported in EPS figure export
 246                                         </li>
 247                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 248                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 249         <ul>
 250                 <li>
 251                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 252                                         </li>
 253                         <li>
 254                         <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 255           <li>
 256           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 257             gradle-eclipse
 258           </li>
 259           <li>
 260           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 261             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 262             execution
 263           </li>
 264           <li>
 265           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 266             operations
 267           </li>
 268           <li>
 269           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 270             issues resolved
 271           </li>
 272           <li>
 273           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 274             markdown (with HTML rendering)
 275           </li>
 276           <li>
 277           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 278           </li>
 279           <li>
 280           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 281             versions of Jalview
 282           </li>
 283         </ul>
 284       </td>
 285                         <td align="left" valign="top">
 286                                 <ul>
 287                                         <li>
 288                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 289                                         </li>
 290                                         <li>
 291                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 292                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 293                                         </li>
 294                                         <li>
 295                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 296                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 300                                                 monospaced font
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 304                                                 project involving multiple views
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 308                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 309                                                 Annotation dialog hides columns
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 313                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 314                                                 one view, then making another selection in the other view
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 318                                                 columns
 319                                         </li>
 320                                         <li>
 321                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 322                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 323                                         </li>
 324                                         <li>
 325                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 326                                                 overview with large alignments
 327                                         </li>
 328                                         <li>
 329                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 330                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 331                                                 mouse moved to the left of the first column
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 335                                                 hidden column marker via scale popup menu
 336                                         </li>
 337                                         <li>
 338                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 339                                                 doesn't tell users the invalid URL
 340                                         </li>
 341                                         <li>
 342                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 343                                                 score from view
 344                                         </li>
 345                                         <li>
 346                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 347                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 348                                                 red in original view
 349                                         </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 352             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 353           </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 356                                                 manually created features (where feature score is Float.NaN)
 357                                         </li>
 358                                         <li>
 359                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 360                                                 when columns are hidden
 361                                         </li>
 362                                         <li>
 363                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 364                                                 Columns by Annotation description
 365                                         </li>
 366                                         <li>
 367                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 368                                                 out of Scale or Annotation Panel
 369                                         </li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 372                                                 scale panel
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 376                                                 alignment down
 377                                         </li>
 378                                         <li>
 379                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 380                                                 scale panel
 381                                         </li>
 382                                         <li>
 383                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 384                                                 Page Up in wrapped mode
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 388                                         </li>
 389                                         <li>
 390                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 391                                         </li>
 392                                         <li>
 393                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 394                                                 on opening an alignment
 395                                         </li>
 396                                         <li>
 397                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 398                                                 Colour menu
 399                                         </li>
 400                                         <li>
 401                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 402                                                 different groups in the alignment are selected
 403                                         </li>
 404                                         <li>
 405                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 406                                                 correctly in menu
 407                                         </li>
 408                                         <li>
 409                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 410                                                 threshold limit
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 414                                                 threshold gets 'unrounded'
 415                                         </li>
 416                                         <li>
 417                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 418                                                 colour
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 422                                         </li>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 425                                         </li>
 426                                         <li>
 427                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 428                                                 Tree font
 429                                         </li>
 430                                         <li>
 431                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 432                                                 project file
 433                                         </li>
 434                                         <li>
 435                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 436                                                 shown in complementary view
 437                                         </li>
 438                                         <li>
 439                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 440                                                 without normalisation
 441                                         </li>
 442                                         <li>
 443                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 444                                                 of report
 445                                         </li>
 446                                         <li>
 447                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 448                                         </li>
 449                                   <li>
 450                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 451                                   </li>
 452                                 </ul> <em>Editing</em>
 453                                 <ul>
 454                                         <li>
 455                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 456                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 457                                                 sequence
 458                                         </li>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 461                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 462                                                 removed (Known defect since 2.10)
 463                                         </li>
 464                                         <li>
 465                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 466                                                 dialog corrupts dataset sequence
 467                                         </li>
 468                                         <li>
 469                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 470                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 471                                         </li>
 472                                 </ul> <em>Datamodel</em>
 473         <ul>
 474           <li>
 475             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 476             sequence's End is greater than its length
 477           </li>
 478         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 479           general release)</em>
 480         <ul>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 483           </li>
 484         </ul> <em>New Known Defects</em>
 485         <ul>
 486                                 <li>
 487                                 <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 488                                 </li>
 489                                         <li>
 490                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 491                                                 regions of protein alignment.
 492                                         </li>
 493                                         <li>
 494                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 495                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 496                                         </li>
 497                                         <li>
 498                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 499                                                 'New View'
 500                                         </li>
 501                                         <li>
 502                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 503                                                 columns within hidden columns
 504                                         </li>
 505                                         <li>
 506                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 507                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 508                                                 region
 509                                         </li>
 510                                         <li>
 511                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 512                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 513                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 514                                                 create a Score filter instead.
 515                                         </li>
 516                                         <li>
 517                                         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 518                                         <li>
 519                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 520                                         </li>
 521           <li>
 522             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 523             alignments with multiple views can close views unexpectedly
 524           </li>
 525           </ul>
 526           <em>Java 11 Specific defects</em>
 527             <ul>
 528               <li>
 529                 <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 530                 alphabetically when saved
 531               </li>
 532           </ul>
 533                         </td>
 534                 </tr>
 535     <tr>
 536     <td width="60" nowrap>
 537       <div align="center">
 538         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 539       </div>
 540     </td>
 541     <td><div align="left">
 542         <em></em>
 543         <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 546               InstallAnywhere increased to 1G.
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 550               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 551               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 552                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 553                 properties file.</em>
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 557               API and sequence data now imported as JSON.
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 561               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 562               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 563               property.
 564             </li>
 565           </ul>
 566           <em>Development</em>
 567           <ul>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 570               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 571                 Clover</a>
 572             </li>
 573           </ul>
 574         </div></td>
 575     <td><div align="left">
 576         <em></em>
 577         <ul>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 580               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 581               alignment.
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 585               annotation displayed.
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 589               for newly created group when 'Apply to all groups'
 590               selected
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 594               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 595               visible.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 599               when sequences are selected in exported view.</em>
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 603               aren't rendered with correct colour.
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 607               types of knotted RNA secondary structure.
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 611               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 612               do not start at 1.
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 616               annotation when columns are inserted into an alignment,
 617               and when exporting as Stockholm flatfile.
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 621               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 622               treated as RNA secondary structure.
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 626               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 630               transfers focus to previous window on OSX
 631             </li>
 632           </ul>
 633           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 634           <ul>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 637               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 638               box.
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 642               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 643               'look and feel' which has improved compatibility with the
 644               latest version of OSX.
 645             </li>
 646           </ul>
 647         </div>
 648     </td>
 649     </tr>
 650     <tr>
 651       <td width="60" nowrap>
 652         <div align="center">
 653           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 654             <em>7/06/2018</em></strong>
 655         </div>
 656       </td>
 657       <td><div align="left">
 658           <em></em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 662               annotation retrieved from Uniprot
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 666               onto the Jalview Desktop
 667             </li>
 668           </ul>
 669         </div></td>
 670       <td><div align="left">
 671           <em></em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 675               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 679               right-hand column parsed correctly
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 683               not alignment area in exported graphic
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 687               window has input focus
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 691               annotation added to view (Windows)
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 695               network connectivity is poor
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 699               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 700                 the currently open URL and links from a page viewed in
 701                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 702                 you are using Edge, only links in the page can be
 703                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 704                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 705             </li>
 706           </ul>
 707           <em>New Known Defects</em>
 708           <ul>
 709             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 710           </ul>
 711         </div></td>
 712     </tr>
 713     <tr>
 714       <td width="60" nowrap>
 715         <div align="center">
 716           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 717         </div>
 718       </td>
 719       <td><div align="left">
 720           <em></em>
 721           <ul>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 724               for disabling automatic superposition of multiple
 725               structures and open structures in existing views
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 729               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 730               adjust them.
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 734               Ensembl services
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 738               and lots of hidden columns
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 742               of features (particularly when transparency is disabled)
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 746               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 747               generally available
 748             </li>
 749           </ul>
 750           </div>
 751       </td>
 752       <td><div align="left">
 753           <ul>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 756               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 760               overlapping alignment panel
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 764               sequence as gaps
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 768               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 769               UTR
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 773               factor annotation not added to sequence when local PDB
 774               file associated with it by drag'n'drop or structure
 775               chooser
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 779               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 783               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 787               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 791               columns in annotation row
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 795               honored in batch mode
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 799               for structures added to existing Jmol view
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 803               entries after importing project with multiple views
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 807               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 808               with negative residue numbers or missing residues fails
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 812               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 813               as generated by CONSURF)
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 817               tooltip doesn't include a text description of mutation
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 821               structure and/or overview windows are also shown
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 825               very slow for alignments with large numbers of sequences
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 829               with 'StringIndexOutOfBounds'
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 833               platforms running Java 10
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 837               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 838             </li>
 839           </ul>
 840           <em>Applet</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 844               should copy the group consensus when popup is opened on it
 845             </li>
 846           </ul>
 847           <em>Batch Mode</em>
 848           <ul>
 849           <li>
 850             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 851           </li>
 852           </ul>
 853           <em>New Known Defects</em>
 854           <ul>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 857               editing a large alignment and overview is displayed
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 861               repeatedly after a series of edits even when the overview
 862               is no longer reflecting updates
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 866               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 867               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 868               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 869             </li>
 870                                                 <li>
 871                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 872                                                         option gives blank output
 873                                                 </li>
 874                                         </ul>
 875         </div>
 876           </td>
 877     </tr>
 878     <tr>
 879       <td width="60" nowrap>
 880         <div align="center">
 881           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 882         </div>
 883       </td>
 884       <td><div align="left">
 885           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 886               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 887       <td><div align="left">
 888           <em>Desktop</em><ul>
 889           <ul>
 890             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 891             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 892             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 893             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 894             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 895             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 896             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 897           </ul>
 898           </div>
 899       </td>
 900     </tr>
 901     <tr>
 902       <td width="60" nowrap>
 903         <div align="center">
 904           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 905         </div>
 906       </td>
 907       <td><div align="left">
 908           <em></em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 912               rendering of sequence features
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 916               429 rate limit request hander
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 920               their colours have changed
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 924               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 928               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 932               view from Ensembl locus cross-references
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 936               Alignment report
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 940               feature can be disabled
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 944               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 948               Uniprot
 949             </li>
 950           </ul>
 951           <em>Scripting</em>
 952           <ul>
 953             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 954             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 955               percent identity scores for current alignment.</li>
 956           </ul>
 957           <em>Testing and Deployment</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 961             </li>
 962           </ul>
 963         </div></td>
 964       <td><div align="left">
 965           <em>General</em>
 966           <ul>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 969               threshold text field doesn't trigger an update to the
 970               alignment view
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 974               strings in parallel
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 978               alignment window is closed
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 982               group visibility
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 986               takes a long time in Cursor mode
 987             </li>
 988           </ul>
 989           <em>Desktop</em>
 990           <ul>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 993               cannot be viewed in Chimera
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 997               CDS/Protein view
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1001               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1002               Search Dialogs
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1012               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1016               scrolling right in unwapped alignment view
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1020               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1021               database
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1025               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1029               features of same type and group to be selected for
1030               amending
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1034               alignments when hidden columns are present
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1038               displaying several structures
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1042               moving a window
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1046               within the Jalview desktop on OSX
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1050               when in wrapped alignment mode
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1054               hand end of alignment
1055             </li>
1056             <li>
1057               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1058               each selected sequence do not have correct start/end
1059               positions
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1063               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1067               restoring project until a new view is created
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1071               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1072               configured (since 2.10.2b2)
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1076               position is adjusted
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1080               in a multi-chain structure when viewing alignment
1081               involving more than one chain (since 2.10)
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1085               if new selection moves alignment window
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1089               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1093               that produces correctly annotated transcripts and products
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1097               doesn't update associated structure view
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>Applet</em><br />
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1104               closing alignment panel
1105             </li>
1106           </ul>
1107           <em>BioJSON</em><br />
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1111               non-positional features
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>New Known Issues</em>
1115           <ul>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1118               sequence features correctly (for many previous versions of
1119               Jalview)
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1123               using cursor in wrapped panel other than top
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1127               graduated colour threshold
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1131               always preserve numbering and sequence features
1132             </li>
1133           </ul>
1134           <em>Known Java 9 Issues</em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1138               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1139               9.01, OSX 10.10)
1140             </li>
1141           </ul>
1142         </div></td>
1143     </tr>
1144     <tr>
1145       <td width="60" nowrap>
1146         <div align="center">
1147           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1148             <em>2/10/2017</em></strong>
1149         </div>
1150       </td>
1151       <td><div align="left">
1152           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1153           <ul>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1156             </li>
1157             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1158             </li>
1159           </ul>
1160         </div></td>
1161       <td><div align="left">
1162         </div></td>
1163     </tr>
1164     <tr>
1165       <td width="60" nowrap>
1166         <div align="center">
1167           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1168             <em>7/9/2017</em></strong>
1169         </div>
1170       </td>
1171       <td><div align="left">
1172           <em></em>
1173           <ul>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1176               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1177               white)
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1181               Preferences
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1185               in size and progress bar shown as higher resolution
1186               overview is recalculated
1187             </li>
1188
1189           </ul>
1190         </div></td>
1191       <td><div align="left">
1192           <em></em>
1193           <ul>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1196               column region row by row
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1200               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1204               format setting is unticked
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1208               if group has show boxes format setting unticked
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1212               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1213               include sequences and columns not currently displayed
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1217               assemblies are imported via CIF file
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1221               displayed when threshold or conservation colouring is also
1222               enabled.
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1226               server version
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1230               dragging a selected region off the visible region of the
1231               alignment
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1235               colourscheme to all groups in a view
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1239               initially after font size change using the Font chooser or
1240               middle-mouse zoom
1241             </li>
1242           </ul>
1243         </div></td>
1244     </tr>
1245     <tr>
1246       <td width="60" nowrap>
1247         <div align="center">
1248           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1249         </div>
1250       </td>
1251       <td><div align="left">
1252           <em>Calculations</em>
1253           <ul>
1254
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1257               ungapped positions in each column of the alignment.
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1261               a calculation dialog box
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1265               and memory efficiency (~30x faster)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1269               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1270               and other calculations
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1274               files within the Jalview codebase
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1278               Similarity may have different topology due to increased
1279               precision
1280             </li>
1281           </ul>
1282           <em>Rendering</em>
1283           <ul>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1286               model for alignments and groups
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1290               scripts
1291             </li>
1292           </ul>
1293           <em>Overview</em>
1294           <ul>
1295             <li>
1296               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1297               with alignment and overview windows
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1301               overview
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1305               omitted in Overview
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1309               adjustment of visible position
1310             </li>
1311           </ul>
1312
1313           <em>Data import/export</em>
1314           <ul>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1317               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1321               annotation input/output via stockholm flatfile
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1325               extension when importing structure files without embedded
1326               names or PDB accessions
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1330               format sequence substitution matrices
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>User Interface</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1337               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1338               the application.
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1342               via Overview or sequence motif search operations
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1346               opened by double clicking gaps within sequence feature
1347               extent
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1351               aligned positions were available to create a 3D structure
1352               superposition.
1353             </li>
1354           </ul>
1355           <em>3D Structure</em>
1356           <ul>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1359               coloured in linked structure views
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1363               file-based command exchange
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1367               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1368               structures are already available for sequences
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1372               the Jalview project rather than downloaded again when the
1373               project is reopened.
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1377               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1378               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1379                 Feature</strong>)
1380             </li>
1381           </ul>
1382           <em>Web Services</em>
1383           <ul>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1389               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1390               Analysis services
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1394               cross-references provided by identifiers.org and the
1395               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1396             </li>
1397           </ul>
1398
1399           <em>Scripting</em>
1400           <ul>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1403               identifying file formats (instead of String constants)
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1407               efficiency when counting all displayed features (not
1408               backwards compatible with 2.10.1)
1409             </li>
1410           </ul>
1411           <em>Example files</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1415               included in the example feature file
1416             </li>
1417           </ul>
1418           <em>Documentation</em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1422               with the built-in Java help viewer
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1426               sequence description' option
1427             </li>
1428           </ul>
1429           <em>Test Suite</em>
1430           <ul>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1433               Uniprot REST Free Text Search Client
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1440               during tests
1441             </li>
1442           </ul>
1443         </div></td>
1444       <td><div align="left">
1445           <em>Calculations</em>
1446           <ul>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1449               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1450               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1451             </li>
1452             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1453               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1454               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1455               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1456               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1457               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1458               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1459               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1460               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1461               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1462               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1463               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1464               // for 2.10.1 mode <br />
1465               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1466               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1467                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1468                 calculations (not recommended)</em></li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1471               scaling of branch lengths for trees computed using
1472               Sequence Feature Similarity.
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1476               generating output report when working with highly
1477               redundant alignments
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1481               right of selected region when gaps present on right-hand
1482               boundary
1483             </li>
1484           </ul>
1485           <em>User Interface</em>
1486           <ul>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1489               doesn't reselect a specific sequence's associated
1490               annotation after it was used for colouring a view
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1494               opened on a region of alignment without groups
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1498               of an alignment with overlapping groups
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1502               name and description match
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1506               hidden regions results in incorrect hidden regions
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1510               changing colour does not apply Conservation slider value
1511               to all groups
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1515               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1519               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1523               gaps before start of features
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1527               restored to UI when feature colour is edited
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1531               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1535               as graduate feature colour settings are modified via the
1536               dialog box
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1540               when a group defined on the alignment is resized
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1544               wrapped view result in positional status updates
1545             </li>
1546
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1549               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1553               alignment included gapped columns
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1557               widgets don't permanently disappear
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1561               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1562               T-Coffee column reliability scores)
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1566               sequence feature on gaps only
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1570               button from a Find inherit previously defined feature type
1571               rather than the Find query string
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1575               exporting tree calculated in Jalview
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1579               and then revealing them reorders sequences on the
1580               alignment
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1584               doesn't update to reflect available set of groups after
1585               interactively adding or modifying features
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1589               Linux
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1593               only excluded gaps in current sequence and ignored
1594               selection.
1595             </li>
1596           </ul>
1597           <em>Rendering</em>
1598           <ul>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1601               erratically when hidden rows or columns are present
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1605               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1606               sequence colouring
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1610               colour and group colour menu for protein alignments
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1614               reflect currently selected view or group's shading
1615               thresholds
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1619               when rendered on overview and structures when opacity at
1620               100%
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1624               overview when features overlaid on alignment
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1628               recovered correctly from Jalview project file
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1632               (automatically via preferences) are different to the main
1633               alignment panel
1634             </li>
1635           </ul>
1636           <em>Data import/export</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1640               load
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1644               added after a sequence was imported are not written to
1645               Stockholm File
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1649               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1653               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1657               with lightGray or darkGray via features file (but can
1658               specify lightgray)
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1662               when alignment view imported from project
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1666               structure and sequences extracted from structure files
1667               imported via URL and viewed in Jmol
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1671               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1672               the project is loaded and the structure viewed
1673             </li>
1674           </ul>
1675           <em>Web Services</em>
1676           <ul>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1679               release of Ensembl v.88
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1683               appear enabled in Preferences->Connections
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1687               removed from console output
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1691               Ensembl by Peptide ID
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1695               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1696               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1697               due to 'null' string rather than empty string used for
1698               residues with no corresponding PDB mapping).
1699             </li>
1700           </ul>
1701           <em>Application UI</em>
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1705               menu
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1709               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1710               new documentation and tooltips added)
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1714               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1718               new features are added to alignment
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1722               changes to feature colours via the Amend features dialog
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1726               edit graduated feature colour via amend features dialog
1727               box
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1731               selection menu changes colours of alignment views
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1735               from alignment calculation workers after alignment has
1736               been closed
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1740               groups now 'Create Group'
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1744               Create/Undefine group doesn't always work
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1748               shown again after pressing 'Cancel'
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1752               adjusts start position in wrap mode
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1756               ambiguous amino acids
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1760               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1761               proteins
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1765               Defined' don't appear in Colours menu
1766             </li>
1767           </ul>
1768           <em>Applet</em>
1769           <ul>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1772               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1776               overview or linked structure view
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1780               work (since 2.8)
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1784               user-defined colourscheme doesn't restore original
1785               colourscheme
1786             </li>
1787           </ul>
1788           <em>Test Suite</em>
1789           <ul>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1792               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1796               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1797               problems with deep array comparison equality asserts in
1798               successive versions of TestNG
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1802               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1803             </li>
1804           </ul>
1805           <em>New Known Issues</em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1809               phase after a sequence motif find operation
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1813               containing just upper and lower case letters are
1814               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1818               reliably from eggnog Ortholog database
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1822               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1823               to mark columns containing highlighted regions.
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1827               doesn't always add secondary structure annotation.
1828             </li>
1829           </ul>
1830         </div>
1831     <tr>
1832       <td width="60" nowrap>
1833         <div align="center">
1834           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1835         </div>
1836       </td>
1837       <td><div align="left">
1838           <em>General</em>
1839           <ul>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1842               for all consensus calculations
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1846               3rd Oct 2016)
1847             </li>
1848             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1849               for 2016-2017</li>
1850           </ul>
1851           <em>Application</em>
1852           <ul>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1855               set of database cross-references, sorted alphabetically
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1859               from database cross references. Users with custom links
1860               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1861                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1865               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1866               Chimera session
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1870               the Chimera it is connected to is shut down
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1874               columns menu item to mark columns containing highlighted
1875               regions (e.g. from structure selections or results of a
1876               Find operation)
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1880               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1881               MSAviewer
1882             </li>
1883           </ul>
1884         </div></td>
1885       <td>
1886         <div align="left">
1887           <em>General</em>
1888           <ul>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1891               are not coloured or thresholded according to percent
1892               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1896               hydrophobic
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1900               threshold, amino acid properties)
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1904               reported as mapped to residues in a structure file in the
1905               View Mapping report
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1909               could be added multiple times to a sequence
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1913               bond features shown as two highlighted residues rather
1914               than a range in linked structure views, and treated
1915               correctly when selecting and computing trees from features
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1919               cross-references are matched to database name regardless
1920               of case
1921             </li>
1922
1923           </ul>
1924           <em>Application</em>
1925           <ul>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1928               names without regular expressions also offer links from
1929               Sequence ID
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1933               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1934               update Jalview configuration
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1938               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1942               files with similarly named sequences if dropped onto the
1943               alignment
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1947               entries where more chains exist in the PDB accession than
1948               are reported in the SIFTS file
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1952               the structure view when displayed with Chimera
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1956               panel's View->Show Chains submenu
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1960               work for wrapped alignment views
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1964               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1968               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1969               first annotation row
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1973               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1977               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1978             </li>
1979             <!-- JAL-2319 -->
1980             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1981             coordindate data
1982             </li>
1983           </ul>
1984           <!--           <em>New Known Issues</em>
1985           <ul>
1986             <li></li>
1987           </ul> -->
1988         </div>
1989       </td>
1990     </tr>
1991     <td width="60" nowrap>
1992       <div align="center">
1993         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1994           <em>25/10/2016</em></strong>
1995       </div>
1996     </td>
1997     <td><em>Application</em>
1998       <ul>
1999         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2000           view if structures already loaded</li>
2001         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2002           structure views</li>
2003       </ul></td>
2004     <td>
2005       <div align="left">
2006         <em>General</em>
2007         <ul>
2008           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2009             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2010           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2011             example sequences/projects/trees</li>
2012         </ul>
2013         <em>Application</em>
2014         <ul>
2015           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2016             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2017           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2018             without timeout for structures with multiple models or
2019             multiple sequences in alignment</li>
2020           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2021             PDB ID HEADER line</li>
2022           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2023             is performed</li>
2024           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2025             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2026           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2027           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2028             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2029             option</li>
2030           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2031             is created on the alignment</li>
2032           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2033             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2034             pop-up menu</li>
2035         </ul>
2036         <em>Build and deployment</em>
2037         <ul>
2038           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2039             tags</li>
2040         </ul>
2041         <em>New Known Issues</em>
2042         <ul>
2043           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2044             on Windows</li>
2045         </ul>
2046       </div>
2047     </td>
2048     </tr>
2049     <tr>
2050       <td width="60" nowrap>
2051         <div align="center">
2052           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2053         </div>
2054       </td>
2055       <td><em>General</em>
2056         <ul>
2057           <li>
2058             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2059           </li>
2060           <li>
2061             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2062             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2063             better PDB parsing.
2064           </li>
2065           <li>
2066             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2067             reference sequence
2068           </li>
2069           <li>
2070             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2071             mousing over sequence associated annotation
2072           </li>
2073           <li>
2074             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2075             for manual entry
2076           </li>
2077           <li>
2078             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2079             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2080             for each column
2081           </li>
2082           <li>
2083             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2084             showing or hiding columns containing a feature
2085           </li>
2086           <li>
2087             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2088             group and sequence associated annotation labels
2089           </li>
2090           <li>
2091             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2092             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2093             dialogs
2094           </li>
2095
2096         </ul> <em>Application</em>
2097         <ul>
2098           <li>
2099             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2100             gene/transcript view
2101           </li>
2102           <li>
2103             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2104             dialog
2105           </li>
2106           <li>
2107             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2108             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2109           </li>
2110           <li>
2111             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2112             Pfam sources to xfam.org
2113           </li>
2114           <li>
2115             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2116           </li>
2117           <li>
2118             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2119             over sequences in Jalview
2120           </li>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2123             regions in ENA and EMBL
2124           </li>
2125           <li>
2126             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2127             for record retrieval via ENA rest API
2128           </li>
2129           <li>
2130             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2131             complement operator
2132           </li>
2133           <li>
2134             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2135             groovy script execution
2136           </li>
2137           <li>
2138             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2139             alignment window's Calculate menu
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2143             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2147             calculation workers from groovy scripts
2148           </li>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2151             Jalview projects
2152           </li>
2153           <li>
2154             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2155             associations are now saved/restored from project
2156           </li>
2157           <li>
2158             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2159             before sequence fetcher is opened
2160           </li>
2161           <li>
2162             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2163             database chooser opens a sequence fetcher
2164           </li>
2165           <li>
2166             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2167             the UniProt REST API
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2171             the news reader opening
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2175             querying stored in preferences
2176           </li>
2177           <li>
2178             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2179             search results
2180           </li>
2181           <li>
2182             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2186             menu for nucleotide sequences
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2190             and feature counts preserves alignment ordering (and
2191             debugged for complex feature sets).
2192           </li>
2193           <li>
2194             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2195             viewing structures with Jalview 2.10
2196           </li>
2197           <li>
2198             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2199             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2200             Ensembl Genomes REST API
2201           </li>
2202           <li>
2203             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2204             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2205             (Ensembl)
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2209             sequences
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2213             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2214             data from external database records.
2215           </li>
2216           <li>
2217             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2218             efficient recovery of sequence coding and alignment
2219             annotation relationships.
2220           </li>
2221         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2222         <ul>
2223           <li>
2224             -- JAL---
2225           </li>
2226         </ul> --></td>
2227       <td>
2228         <div align="left">
2229           <em>General</em>
2230           <ul>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2233               menu on OSX
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2237               includes graduated colourschemes
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2241               working with big alignments and lots of hidden columns
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2245               at right of alignment window
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2249               contents
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2253               for DNA alignments
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2257               based tree calculation
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2261               unconserved enabled for group on alignment
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2265               set as reference
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2269               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2270               annotation
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2274               hidden columns present
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2278               user created annotation added to alignment
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2282               '()' base pair annotation
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2286               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2287               Consensus
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2291               feature not working
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2295               beginning of sequence
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2299               entry 3a6s
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2303               from a tree when t-coffee scores are shown
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2307               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2311               some structures
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2315               to Clustal, PIR and PileUp output
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2319               not visible causes alignment window to repaint
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2323               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2324               scores associated with features and annotation rows
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2328               calculation should be case independent
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2332               columns
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2336               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2337               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2341               problems when reference sequence defined and 'show
2342               non-conserved' enabled
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2346               load even when Consensus calculation is disabled
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2350               alignment does nothing
2351             </li>
2352           </ul>
2353           <em>Application</em>
2354           <ul>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2357               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2358               yet fixed for El Capitan)
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2362               output when running on non-gb/us i18n platforms
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2366               hidden sequences as flat-file alignment
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2370               launching Chimera
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2374               (also hotfix for 2.9.0b2)
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2378               reference sequence defined
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2382               alignments and views when revealing hidden columns
2383             </li>
2384             <li>
2385               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2386               view in a cDNA/Protein splitframe
2387             </li>
2388             <li>
2389               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2390               sequence from project when only one sequence is
2391               represented
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2395               in Structure Chooser
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2399               structure consensus didn't refresh annotation panel
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2403               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2404             </li>
2405             <li>
2406               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2407               dialogs format columns correctly, don't display array
2408               data, sort columns according to type
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2412               file chooser is cancelled during an image export
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2416               sequence name containing special characters
2417             </li>
2418             <li>
2419               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2420               case insensitive
2421             </li>
2422             <li>
2423               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2424               formatting don't wrap
2425             </li>
2426             <li>
2427               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2428               truncated so L looks like I in consensus annotation
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2432               currently displayed features for the current selection or
2433               view
2434             </li>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2437               after fetching cross-references, and restoring from
2438               project
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2442               followed in the structure viewer
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2446               splitframe not restored from project
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2450               trailing end of protein alignment in transcript/product
2451               splitview when pad-gaps not enabled by default
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2455               is case dependent
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2459               article has been read (reopened issue due to
2460               internationalisation problems)
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2464               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2465               cross-references
2466             </li>
2467
2468             <li>
2469               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2470               alignment as HTML
2471             </li>
2472             <li>
2473               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2474               multiple structures are shown for one or more sequences.
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2478               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2479               is enabled.
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2483               specific PDB id for sequence
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2487               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2488               columns' is disabled.
2489             </li>
2490             <li>
2491               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2492               selects lowest rather than highest resolution structures
2493               for each sequence
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2497               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2501               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2502             </li>
2503             <li>
2504               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2505               after clicking on it to create new annotation for a
2506               column.
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2510               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2511             </li>
2512             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2513             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2514           </ul>
2515           <em>Applet</em>
2516           <ul>
2517             <li>
2518               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2519               hidden columns present before start of sequence
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2523               (JSON jars)
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2527               sequences are hidden in applet
2528             </li>
2529             <li>
2530               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2531               deployment on examples pages.
2532             </li>
2533           </ul>
2534         </div>
2535       </td>
2536     </tr>
2537     <tr>
2538       <td width="60" nowrap>
2539         <div align="center">
2540           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2541             <em>16/10/2015</em></strong>
2542         </div>
2543       </td>
2544       <td><em>General</em>
2545         <ul>
2546           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2547             jars</li>
2548         </ul></td>
2549       <td>
2550         <div align="left">
2551           <em>Application</em>
2552           <ul>
2553             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2554               shown when tree is partitioned</li>
2555             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2556               multiple cDNA/Protein split views</li>
2557           </ul>
2558         </div>
2559       </td>
2560     </tr>
2561     <tr>
2562       <td width="60" nowrap>
2563         <div align="center">
2564           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2565             <em>8/10/2015</em></strong>
2566         </div>
2567       </td>
2568       <td><em>General</em>
2569         <ul>
2570           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2571             2.9</li>
2572         </ul> <em>Application</em>
2573         <ul>
2574           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2575           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2576           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2577         </ul> <em>Applet</em>
2578         <ul>
2579           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2580         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2581         <ul>
2582           <li>
2583             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2584             suite
2585           </li>
2586         </ul></td>
2587       <td>
2588         <div align="left">
2589           <em>General</em>
2590           <ul>
2591             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2592               incorrect when sequence start > 1</li>
2593             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2594               documentation</li>
2595             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2596             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2597               loading a features file containing HTML tags in feature
2598               description</li>
2599
2600           </ul>
2601           <em>Application</em>
2602           <ul>
2603             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2604               reimport</li>
2605             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2606               with 'trim retrieved sequences'</li>
2607             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2608               deleting selected columns</li>
2609             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2610               JNLP templates for webstart launch</li>
2611             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2612               unreleased structures for download or viewing</li>
2613             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2614               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2615             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2616               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2617             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2618               recovered from jalview project</li>
2619             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2620               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2621               alignment view</li>
2622             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2623               color schemes from BioJSON</li>
2624           </ul>
2625           <em>Applet</em>
2626           <ul>
2627             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2628               frame</li>
2629             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2630           </ul>
2631         </div>
2632       </td>
2633     </tr>
2634     <tr>
2635       <td><div align="center">
2636           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2637         </div></td>
2638       <td><em>General</em>
2639         <ul>
2640           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2641             alignments:
2642             <ul>
2643               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2644                 and DNA alignment views</li>
2645               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2646                 cDNA alignment views</li>
2647               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2648                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2649               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2650                 protein sequences</li>
2651             </ul>
2652           </li>
2653           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2654           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2655             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2656           <li>New alignment annotation file statements for
2657             reference sequences and marking hidden columns</li>
2658           <li>Reference sequence based alignment shading to
2659             highlight variation</li>
2660           <li>Select or hide columns according to alignment
2661             annotation</li>
2662           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2663           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2664             acid conservation row</li>
2665           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2666         </ul> <em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2669             <ul>
2670               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2671                 view with cDNA/Protein</li>
2672               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2673                 sequences are placed in the same alignment</li>
2674               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2675                 projects</li>
2676             </ul>
2677           </li>
2678
2679           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2680           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2681             Jalview windows</li>
2682
2683           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2684           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2685           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2686             be shown in VARNA</li>
2687
2688           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2689             as the active selected region</li>
2690
2691           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2692             similarity</li>
2693           <li>New Export options
2694             <ul>
2695               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2696                 region export in flat file generation</li>
2697
2698               <li>Export alignment views for display with the <a
2699                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2700
2701               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2702               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2703                 alignment figures to HTML</li>
2704           </li>
2705           <li>3D structure retrieval and display
2706             <ul>
2707               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2708                 Search API</li>
2709               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2710                 PDB structures for a sequence set</li>
2711             </ul>
2712           </li>
2713
2714           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2715             predictions</li>
2716           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2717             for one or a group of sequences</li>
2718           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2719             from the JPred4 web server</li>
2720           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2721             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2722             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2723           </li>
2724           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2725             VARNA 2D Structure'</li>
2726           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2727             Structure ..."</li>
2728
2729         </ul> <em>Applet</em>
2730         <ul>
2731           <li>New layout for applet example pages</li>
2732           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2733             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2734           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2735             Protein alignments</li>
2736         </ul> <em>Development and deployment</em>
2737         <ul>
2738           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2739           <li>Include installation type and git revision in build
2740             properties and console log output</li>
2741           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2742             storing BioJsMSA Templates</li>
2743           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2744         </ul></td>
2745       <td>
2746         <!-- <em>General</em>
2747         <ul>
2748         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2749         <ul>
2750           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2751           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2752           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2753             predictions are not highlighted in amber</li>
2754           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2755             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2756           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2757             associated structure views</li>
2758           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2759             width checkbox not enabled</li>
2760           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2761             creating user defined colours</li>
2762           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2763             mappings for just that viewer's sequences</li>
2764           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2765             multiple models in Chimera</li>
2766           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2767             over Jmol structure</li>
2768           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2769             output to text box</li>
2770           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2771             have incorrect sequence start/end</li>
2772           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2773             Jalview fails</li>
2774           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2775             work for nucleotide</li>
2776           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2777             to a grey/invisible alignment window</li>
2778           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2779             imports to different position</li>
2780           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2781             on some platforms</li>
2782           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2783             populated</li>
2784           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2785             console if Chimera has been opened</li>
2786           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2787           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2788             retrieved</li>
2789           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2790           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2791             either sequence shows on first structure</li>
2792           <li>'Show annotations' options should not make
2793             non-positional annotations visible</li>
2794           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2795             in right place after 'view flanking regions'</li>
2796           <li>File Save As type unset when current file format is
2797             unknown</li>
2798           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2799             projects</li>
2800           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2801             responsive</li>
2802           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2803             several views on same alignment</li>
2804           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2805           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2806             spaces</li>
2807         </ul> <em>Applet</em>
2808         <ul>
2809           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2810           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2811             descriptions containing angle brackets</li>
2812         </ul> <em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2815             via jalview annotation file</li>
2816           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2817             with RNA secondary structure</li>
2818           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2819             translation doesn't work.</li>
2820           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2821           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2822             positions</li>
2823           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2824             choosing 1pt font</li>
2825           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2826             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2827             'h'</li>
2828           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2829             new feature</li>
2830           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2831             order dependent</li>
2832           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2833             sequences</li>
2834           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2835         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2836         <ul>
2837           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2838             www.jalview.org</li>
2839         </ul> <em>Application Known issues</em>
2840         <ul>
2841           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2842           <li>Misleading message appears after trying to delete
2843             solid column.</li>
2844           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2845             version launches</li>
2846           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2847             fails with a sequence mismatch</li>
2848           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2849             scrolling alignment to right</li>
2850           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2851             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2852           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2853             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2854           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2855             ultra-high resolution</li>
2856           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2857             quality and conservation</li>
2858           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2859             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2860         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2861         <ul>
2862           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2863           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2864             window is being resized</li>
2865
2866         </ul>
2867       </td>
2868     </tr>
2869     <tr>
2870       <td><div align="center">
2871           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2872         </div></td>
2873       <td><em>General</em>
2874         <ul>
2875           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2876             Certum.PL.</li>
2877           <li>Features and annotation preserved when performing
2878             pairwise alignment</li>
2879           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2880             imported/exported/displayed</li>
2881           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2882             protein secondary structure</li>
2883           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2884               post-hoc with 2.9 release</em>)
2885           </li>
2886
2887         </ul> <em>Application</em>
2888         <ul>
2889           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2890             with 3D structures</li>
2891           <li>Support for parsing RNAML</li>
2892           <li>Annotations menu for layout
2893             <ul>
2894               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2895               <li>place sequence annotation above/below alignment
2896                 annotation</li>
2897             </ul>
2898           <li>Output in Stockholm format</li>
2899           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2900             translation</li>
2901           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2902           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2903             shared between alignments</li>
2904           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2905             Jalview</li>
2906           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2907             all or current selection</li>
2908           <li>disorder and secondary structure predictions
2909             available as dataset annotation</li>
2910           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2911
2912
2913           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2914             alignments from Rfam</li>
2915           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2916
2917           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2918             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2919           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2920           <li>include installation type in build properties and
2921             console log output</li>
2922           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2923             annotation</li>
2924         </ul></td>
2925       <td>
2926         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2927         <ul>
2928           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2929             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2930           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2931             alignment</li>
2932           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2933           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2934           <li>Double click on sequence associated annotation
2935             selects only first column</li>
2936           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2937             leaves shown in tree</li>
2938           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2939             properly</li>
2940           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2941           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2942             screen and buttons not visible</li>
2943           <li>author list isn't updated if already written to
2944             Jalview properties</li>
2945           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2946             from database</li>
2947           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2948           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2949             browser search window</li>
2950           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2951             in feature settings dialog</li>
2952           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2953             desktop</li>
2954           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2955             pass validation</li>
2956           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2957             fit on screen</li>
2958           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2959             tooltip</li>
2960           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2961             defined user preset</li>
2962           <li>MSA web services warns user if they were launched
2963             with invalid input</li>
2964           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2965             Java 8</li>
2966           <li>
2967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2968             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2969             created
2970           </li>
2971
2972         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2973         <ul>
2974         </ul> <em>General</em>
2975         <ul>
2976         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2977         <ul>
2978           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2979             memory allocation</li>
2980           <li>launchApp service doesn't automatically open
2981             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2982           <li>
2983             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2984             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2985             1.7_055 is available
2986           </li>
2987         </ul> <em>Application Known issues</em>
2988         <ul>
2989           <li>
2990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2991             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2992             alignment to right
2993           </li>
2994           <li>
2995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2996             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2997             with large number of ID
2998           </li>
2999           <li>
3000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3001             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3002             start/end
3003           </li>
3004           <li>
3005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3006             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3007             structure tracks are rearranged
3008           </li>
3009           <li>
3010             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3011             invalid rna structure positional highlighting does not
3012             highlight position of invalid base pairs
3013           </li>
3014           <li>
3015             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3016             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3017             project from alignment window file menu
3018           </li>
3019           <li>
3020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3021             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3022             structures
3023           </li>
3024           <li>
3025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3026             colour by RNA Helices not enabled when user created
3027             annotation added to alignment
3028           </li>
3029           <li>
3030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3031             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3032           </li>
3033         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3034         <ul>
3035           <li>
3036             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3037             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3038           </li>
3039           <li>
3040             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3041             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3042           </li>
3043
3044           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3045             when selected</li>
3046         </ul>
3047       </td>
3048     </tr>
3049     <tr>
3050       <td><div align="center">
3051           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3052         </div></td>
3053       <td>
3054         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3055         <em>General</em>
3056         <ul>
3057           <li>Internationalisation of user interface (usually
3058             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3059           <li>Define/Undefine group on current selection with
3060             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3061           <li>Improved group creation/removal options in
3062             alignment/sequence Popup menu</li>
3063           <li>Sensible precision for symbol distribution
3064             percentages shown in logo tooltip.</li>
3065           <li>Annotation panel height set according to amount of
3066             annotation when alignment first opened</li>
3067         </ul> <em>Application</em>
3068         <ul>
3069           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3070             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3071           <li>Select columns containing particular features from
3072             Feature Settings dialog</li>
3073           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3074             sequences</li>
3075           <li>Update Jalview project format:
3076             <ul>
3077               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3078               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3079                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3080               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3081                 colouring</li>
3082             </ul>
3083           </li>
3084           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3085             (PAM250)</li>
3086           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3087             flanking regions for an alignment</li>
3088         </ul>
3089       </td>
3090       <td>
3091         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3092         <ul>
3093           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3094             running after job is cancelled</li>
3095           <li>cannot export features from alignments imported from
3096             Jalview/VAMSAS projects</li>
3097           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3098             float values</li>
3099           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3100             have 'display all symbols' flag set</li>
3101           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3102             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3103           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3104             Jalview</li>
3105           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3106             Lion/Webstart</li>
3107           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3108           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3109           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3110             alignment onto desktop</li>
3111           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3112             'extract scores' function</li>
3113           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3114             alignment window</li>
3115           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3116             performing IUPred disorder prediction</li>
3117           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3118             changing 'normalise logo' display setting</li>
3119           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3120             nothing matches query</li>
3121           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3122             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3123           </li>
3124           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3125             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3126           </li>
3127           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3128             Jalview's menu</li>
3129           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3130             'invalid literal/length code'</li>
3131           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3132             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3133           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3134             colourscheme</li>
3135
3136         </ul> <em>Applet</em>
3137         <ul>
3138           <li>Remove group option is shown even when selection is
3139             not a group</li>
3140           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3141             don't affect groups</li>
3142           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3143             colourscheme name</li>
3144           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3145             Annotation panel is not displayed</li>
3146           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3147             embedded windows</li>
3148         </ul> <em>Other</em>
3149         <ul>
3150           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3151             single sequence were not calculated</li>
3152           <li>annotation files that contain only groups imported as
3153             annotation and junk sequences</li>
3154           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3155             recognised as PFAM or BLC</li>
3156           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3157             doesn't affect background (2.8.0b1)
3158           <li></li>
3159           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3160           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3161             trailing gaps</li>
3162           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3163             registered correctly on import</li>
3164           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3165             certain alignments</li>
3166           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3167             existing annotation based 'use original colours'
3168             colourscheme loses original colours setting</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td><div align="center">
3174           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3175             <em>30/1/2014</em></strong>
3176         </div></td>
3177       <td>
3178         <ul>
3179           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3180             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3181             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3182             open source project).
3183           </li>
3184           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3185           <li>Output in Stockholm format</li>
3186           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3187           <li>Export/import group and sequence associated line
3188             graph thresholds</li>
3189           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3190             ambiguity codes</li>
3191           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3192             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3193             works</li>
3194           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3195         </ul> <em>Other improvements</em>
3196         <ul>
3197           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3198           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3199             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3200           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3201             files</li>
3202           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3203           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3204             link but no description</li>
3205           <li>Select primary source when selecting authority in
3206             database fetcher GUI</li>
3207           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3208             Jalview</li>
3209           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3210         </ul>
3211       </td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3215             displayed</li>
3216           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3217             secondary structure annotation line</li>
3218           <li>Sequence database accessions not imported when
3219             fetching alignments from Rfam</li>
3220           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3221             identical IDs</li>
3222           <li>View all structures does not always superpose
3223             structures</li>
3224           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3225             reflect user or preset settings</li>
3226           <li>Null pointer exceptions for some services without
3227             presets or adjustable parameters</li>
3228           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3229             discover PDB xRefs</li>
3230           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3231             features with DAS</li>
3232           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3233             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3234           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3235             residue follows a gap</li>
3236           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3237             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3238           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3239             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3240           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3241             annotation already exists on alignment</li>
3242           <li>oninit javascript function should be called after
3243             initialisation completes</li>
3244           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3245             alignment window display</li>
3246           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3247           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3248             to annotation file</li>
3249           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3250             groups created</li>
3251           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3252             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3253           <li>Pressing return several times causes Number Format
3254             exceptions in keyboard mode</li>
3255           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3256             correct partitions for input data</li>
3257           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3258           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3259           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3260           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3261             mode</li>
3262           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3263             changes one row&#39;s threshold</li>
3264           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3265             doesn&#39;t open</li>
3266           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3267             quality histograms</li>
3268         </ul>
3269       </td>
3270     </tr>
3271     <tr>
3272       <td><div align="center">
3273           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3274         </div></td>
3275       <td><em>Application</em>
3276         <ul>
3277           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3278             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3279           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3280             preferences</li>
3281           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3282             in Jalview alignment window</li>
3283           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3284             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3285           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3286             RNA and ambiguity codes</li>
3287
3288           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3289           <li>Support fetching and database reference look up
3290             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3291             refs')</li>
3292           <li>Jalview project improvements
3293             <ul>
3294               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3295                 flag for annotation</li>
3296               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3297                 alignment</li>
3298               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3299                 Jalview project</li>
3300
3301             </ul>
3302           </li>
3303           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3304           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3305             running</li>
3306           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3307           <li>visual indication that web service results are still
3308             being retrieved from server</li>
3309           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3310             starts up for first time</li>
3311           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3312             services</li>
3313           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3314             client library</li>
3315           <li>Examples directory and Groovy library included in
3316             InstallAnywhere distribution</li>
3317         </ul> <em>Applet</em>
3318         <ul>
3319           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3320             visualization applet example</li>
3321         </ul> <em>General</em>
3322         <ul>
3323           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3324           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3325             defaults</li>
3326           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3327             calculation</li>
3328           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3329             matrices
3330           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3331             in HTML</li>
3332           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3333             structure contacts</li>
3334           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3335           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3336           <li>Parse sequence associated secondary structure
3337             information in Stockholm files</li>
3338           <li>HTML Export database accessions and annotation
3339             information presented in tooltip for sequences</li>
3340           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3341             style RNA alignment files</li>
3342           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3343             alignment</li>
3344           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3345             shade each sequence according to its associated alignment
3346             annotation</li>
3347           <li>New Jalview Logo</li>
3348         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3349         <ul>
3350           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3351           <li>New Website!</li>
3352         </ul></td>
3353       <td><em>Application</em>
3354         <ul>
3355           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3356             wsdbfetch REST service</li>
3357           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3358           <li>Filetype associations not installed for webstart
3359             launch</li>
3360           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3361             job execution in full once it is complete</li>
3362           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3363             uploaded via ali_file parameter</li>
3364           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3365           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3366           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3367             submitted for prediction</li>
3368           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3369             desktop window</li>
3370           <li>Putting fractional value into integer text box in
3371             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3372           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3373             windows 7</li>
3374           <li>View all structures fails with exception shown in
3375             structure view</li>
3376           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3377             escaped in a platform independent way</li>
3378           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3379             using proxy</li>
3380           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3381             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3382           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3383             failure when java web start temporary file caching is
3384             disabled</li>
3385           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3386             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3387           <li>Errors during processing of command line arguments
3388             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3389           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3390             DAS sources in sequence fetcher</li>
3391           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3392             dialog is shown</li>
3393           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3394           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3395           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3396           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3397             on OSX Mountain Lion</li>
3398           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3399             sequences with alignment annotation are pasted into the
3400             alignment</li>
3401           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3402             when loaded from Jalview project</li>
3403           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3404           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3405             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3406           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3407             associated with all views</li>
3408           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3409             annotation rows to new window</li>
3410         </ul> <em>Applet</em>
3411         <ul>
3412           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3413             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3414           <li>loading features via javascript API automatically
3415             enables feature display</li>
3416           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3417             work</li>
3418         </ul> <em>General</em>
3419         <ul>
3420           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3421           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3422             and then deselected</li>
3423           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3424           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3425             coloured with clustalx</li>
3426           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3427             exceptions and redraw errors</li>
3428           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3429             reconfigured view</li>
3430           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3431             colour</li>
3432           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3433             for lots of labels</li>
3434         </ul>
3435     </tr>
3436     <tr>
3437       <td>
3438         <div align="center">
3439           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3440         </div>
3441       </td>
3442       <td><em>Application</em>
3443         <ul>
3444           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3445           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3446           <li>View/alignment association menu to enable user to
3447             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3448             its colours/correspondences from</li>
3449           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3450           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3451             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3452           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3453           <li>Annotation row column label formatting attributes
3454             stored in project file</li>
3455           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3456             rows preserved in Jalview project file</li>
3457           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3458             saved using Desktop window menu</li>
3459           <li>Visual indication that command line arguments are
3460             still being processed</li>
3461           <li>Groovy script execution from URL</li>
3462           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3463             preferences</li>
3464           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3465             alignment with sequences that have high similarity and
3466             matching IDs</li>
3467           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3468           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3469             structures in same window</li>
3470           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3471           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3472             analysis function in its own submenu</li>
3473         </ul> <em>Applet</em>
3474         <ul>
3475           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3476             groups</li>
3477           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3478           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3479           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3480           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3481           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3482             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3483           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3484           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3485             parameters are treated as such</li>
3486           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3487             <ul>
3488               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3489               <li>Javascript callbacks for
3490                 <ul>
3491                   <li>Applet initialisation</li>
3492                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3493                 </ul>
3494               </li>
3495               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3496                 functions</li>
3497               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3498               <li>javascript structure viewer harness to pass
3499                 messages between Jmol and Jalview when running as
3500                 distinct applets</li>
3501               <li>sortBy method</li>
3502               <li>Set of applet and application examples shipped
3503                 with documentation</li>
3504               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3505                 javascript message exchange</li>
3506             </ul>
3507         </ul> <em>General</em>
3508         <ul>
3509           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3510             multiple alignments</li>
3511           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3512           <li>User configurable link to enable redirects to a
3513             www.Jalview.org mirror</li>
3514           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3515           <li>Configurable newline string when writing alignment
3516             and other flat files</li>
3517           <li>Allow alignment annotation description lines to
3518             contain html tags</li>
3519         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3520         <ul>
3521           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3522             examples</li>
3523           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3524             using a web service before displaying the result in the
3525             Jalview desktop</li>
3526           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3527           <li>Ant target to publish example html files with applet
3528             archive</li>
3529           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3530           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3531         </ul></td>
3532       <td><em>Application</em>
3533         <ul>
3534           <li>User defined colourscheme throws exception when
3535             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3536           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3537             dialog for valid filename/format</li>
3538           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3539           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3540             P37173</li>
3541           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3542             which sequence is to be associated with the file</li>
3543           <li>Find All raises null pointer exception when query
3544             only matches sequence IDs</li>
3545           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3546           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3547             2.4 cannot be loaded</li>
3548           <li>Filetype associations not installed for webstart
3549             launch</li>
3550           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3551             with sequences in different alignments do not get coloured
3552             by their associated sequence</li>
3553           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3554             not preserved when project is loaded</li>
3555           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3556             stored in Jalview project</li>
3557           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3558             Jalview project</li>
3559           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3560           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3561             by conservation</li>
3562           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3563             created on new view</li>
3564           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3565             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3566           <li>Alignment quality not updated after alignment
3567             annotation row is hidden then shown</li>
3568           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3569             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3570           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3571             properly</li>
3572           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3573             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3574           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3575           <li>Structures imported from file and saved in project
3576             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3577           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3578             job execution in full once it is complete</li>
3579         </ul> <em>Applet</em>
3580         <ul>
3581           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3582             annotation rows are displayed</li>
3583           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3584             codebase</li>
3585           <li>View follows highlighting does not work for positions
3586             in sequences</li>
3587           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3588           <li>Export features raises exception when no features
3589             exist</li>
3590           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3591             for javascript api is modified when separator string
3592             provided as parameter</li>
3593           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3594             alignment with no existing selection</li>
3595           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3596             to applet&#39;s codebase</li>
3597           <li>Status bar not updated after finished searching and
3598             search wraps around to first result</li>
3599           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3600             several Jalview applets causes race conditions and memory
3601             leaks</li>
3602           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3603             not sent from Jmol in applet</li>
3604           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3605             applet API fatally hang browser</li>
3606         </ul> <em>General</em>
3607         <ul>
3608           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3609             position with wrapped view and hidden regions</li>
3610           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3611             with/without hidden columns</li>
3612           <li>Sequence length given in alignment properties window
3613             is off by 1</li>
3614           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3615             import PDB like structure files</li>
3616           <li>Positional search results are only highlighted
3617             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3618           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3619           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3620             given sequence position</li>
3621           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3622             output</li>
3623           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3624             from nucleotide chains correctly</li>
3625           <li>Structure colours not updated when tree partition
3626             changed in alignment</li>
3627           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3628             parsed in interleaved stockholm</li>
3629           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3630             state</li>
3631           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3632             properly</li>
3633           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3634             properly associated with their pdb files</li>
3635         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3636         <ul>
3637           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3638             ApplyCopyright tool</li>
3639         </ul></td>
3640     </tr>
3641     <tr>
3642       <td>
3643         <div align="center">
3644           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3645         </div>
3646       </td>
3647       <td><em>Application</em>
3648         <ul>
3649           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3650             contact web services</li>
3651           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3652             service job window</li>
3653           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3654         </ul></td>
3655       <td>
3656         <ul>
3657           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3658             pir file emitted by Jalview</li>
3659           <li>Existing feature settings transferred to new
3660             alignment view created from cut'n'paste</li>
3661           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3662             parsing PDB files</li>
3663           <li>Consensus and conservation annotation rows
3664             occasionally become blank for all new windows</li>
3665           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3666             in wrapped view mode</li>
3667         </ul> <em>Application</em>
3668         <ul>
3669           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3670             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3671           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3672             parameter names</li>
3673           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3674             is down</li>
3675         </ul>
3676       </td>
3677     </tr>
3678     <tr>
3679       <td>
3680         <div align="center">
3681           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3682         </div>
3683       </td>
3684       <td><em>Application</em>
3685         <ul>
3686           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3687             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3688             (JABAWS)
3689           </li>
3690           <li>Web Services preference tab</li>
3691           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3692             preferences</li>
3693           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3694           <li>Superpose structures using associated sequence
3695             alignment</li>
3696           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3697             viewer</li>
3698         </ul> <em>Applet</em>
3699         <ul>
3700           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3701             link out mechanism</li>
3702         </ul> <em>Other</em>
3703         <ul>
3704           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3705             series 12</li>
3706           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3707             require Java 1.5</li>
3708           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3709             sequence annotation files</li>
3710           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3711             type colour specification</li>
3712           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3713             script to check if it being run in an interactive session or
3714             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3715         </ul></td>
3716       <td>
3717         <ul>
3718           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3719             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3720         </ul> <em>Application</em>
3721         <ul>
3722           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3723             selected Regions menu item</li>
3724           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3725             part of a valid accession ID</li>
3726           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3727             runs out of memory</li>
3728           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3729             analysis results</li>
3730           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3731             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3732           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3733         </ul> <em>Applet</em>
3734         <ul>
3735           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3736             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3737             defined.</li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td></td>
3748       <td>
3749         <ul>
3750           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3751             sequence IDs</li>
3752           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3753             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3754           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3755             import correctly</li>
3756           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3757             number of columns are hidden</li>
3758           <li>annotation label popup menu not providing correct
3759             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3760             present</li>
3761           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3762             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3763           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3764             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3765
3766         </ul> <em>Applet</em>
3767         <ul>
3768           <li>annotation panel disappears when annotation is
3769             hidden/removed</li>
3770         </ul> <em>Application</em>
3771         <ul>
3772           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3773             alignment opened where annotation panel is visible but no
3774             annotations are present on alignment</li>
3775           <li>pasted region containing hidden columns is
3776             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3777           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3778             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3779           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3780             selected Rregions menu item.</li>
3781           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3782             'Un' or 'Non'conserved</li>
3783           <li>Sequence feature settings are being shared by
3784             multiple distinct alignments</li>
3785           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3786             changed</li>
3787           <li>double click on group annotation to select sequences
3788             does not propagate to associated trees</li>
3789           <li>Mac OSX specific issues:
3790             <ul>
3791               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3792                 window background</li>
3793               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3794                 name set correctly</li>
3795               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3796                 save feature colourscheme button</li>
3797             </ul>
3798           </li>
3799         </ul>
3800       </td>
3801     </tr>
3802     <tr>
3803
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td><em>New Capabilities</em>
3810         <ul>
3811           <li>URL links generated from description line for
3812             regular-expression based URL links (applet and application)
3813
3814           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3815             menu</li>
3816           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3817             structures</li>
3818           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3819             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3820           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3821             average score or total feature count for each sequence.</li>
3822           <li>Shading features by score or associated description</li>
3823           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3824             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3825           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3826             hide everything but the currently selected region.</li>
3827           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3828         </ul> <em>Application</em>
3829         <ul>
3830           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3831             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3832           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3833             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3834           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3835             database references and protein_name is parsed as
3836             description line (BioSapiens terms).</li>
3837           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3838             references in sequence ID tooltip from View menu in
3839             application.</li>
3840           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3841       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3842           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3843             conservation plots</li>
3844           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3845             and visualized as sequence logos</li>
3846           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3847             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3848           </li>
3849           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3850             when a new tree is opened.</li>
3851           <li>Jalview Java Console</li>
3852           <li>Better placement of desktop window when moving
3853             between different screens.</li>
3854           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3855             consensus annotation</li>
3856           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3857             Workflows</li>
3858           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3859             <ul>
3860               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3861                 used to preserve views, structures, and tree display
3862                 settings)</li>
3863               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3864                 command line</li>
3865               <li>Sharing of selected regions between views and
3866                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3867               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3868             </ul></li>
3869         </ul> <em>Applet</em>
3870         <ul>
3871           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3872           <li>New Parameters
3873             <ul>
3874               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3875                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3876                 opened.</li>
3877               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3878                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3879               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3880                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3881               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3882                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3883                 view</li>
3884               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3885                 increase the height or width of a cell in the alignment
3886                 grid relative to the current font size.</li>
3887             </ul>
3888           </li>
3889           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3890             tooltip</li>
3891         </ul> <em>Other</em>
3892         <ul>
3893           <li>Features format: graduated colour definitions and
3894             specification of feature scores</li>
3895           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3896             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3897             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3898           <li>XML formats extended to support graduated feature
3899             colourschemes, group associated annotation, and profile
3900             visualization settings.</li></td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3904             rather than description</li>
3905           <li>Non-positional features are now included in sequence
3906             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3907             visibility in tooltip).</li>
3908           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3909           <li>Added URL embedding instructions to features file
3910             documentation.</li>
3911           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3912             'X' in peptide product</li>
3913           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3914             sequence ID and sequence string and query strings do not
3915             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3916           <li>AMSA files only contain first column of
3917             multi-character column annotation labels</li>
3918           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3919             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3920             exported and re-imported)</li>
3921           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3922             name</li>
3923           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3924             as subsequence matches, and correctly reports total number
3925             of both.</li>
3926           <li>Application:
3927             <ul>
3928               <li>Better handling of exceptions during sequence
3929                 retrieval</li>
3930               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3931                 link text excludes the start_end suffix</li>
3932               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3933                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3934               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3935               <li>Sequence description lines properly shared via
3936                 VAMSAS</li>
3937               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3938                 data sources</li>
3939               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3940                 completes before alignment figures are generated.</li>
3941               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3942                 first time.</li>
3943               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3944                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3945               <li>User defined group colours properly recovered
3946                 from Jalview projects.</li>
3947             </ul>
3948           </li>
3949         </ul>
3950       </td>
3951
3952     </tr>
3953     <tr>
3954       <td>
3955         <div align="center">
3956           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3957         </div>
3958       </td>
3959       <td>
3960         <ul>
3961           <li>Experimental support for google analytics usage
3962             tracking.</li>
3963           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3964         </ul>
3965       </td>
3966       <td>
3967         <ul>
3968           <li>Race condition in applet preventing startup in
3969             jre1.6.0u12+.</li>
3970           <li>Exception when feature created from selection beyond
3971             length of sequence.</li>
3972           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3973           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3974             all sequences with a given id</li>
3975           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3976             ID string searches</li>
3977           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3978             alignment to fail with exception</li>
3979         </ul> <em>Application Issues</em>
3980         <ul>
3981           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3982           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3983             data sources</li>
3984         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3985         <ul>
3986           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3987             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3988           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3989             version (java class versioning error fixed)</li>
3990         </ul>
3991       </td>
3992     </tr>
3993     <tr>
3994       <td>
3995
3996         <div align="center">
3997           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3998         </div>
3999       </td>
4000       <td><em>User Interface</em>
4001         <ul>
4002           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4003             translation and protein products</li>
4004           <li>Linked highlighting of structure associated with
4005             residue mapping to codon position</li>
4006           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4007             and 'clear' button</li>
4008           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4009             Tools menu</li>
4010           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4011             numeric data in description line</li>
4012           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4013           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4014             of sequence</li>
4015         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4016         <ul>
4017           <li>JPred3 web service</li>
4018           <li>Prototype sequence search client (no public services
4019             available yet)</li>
4020           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4021             PFAM</li>
4022           <li>URL Links created for matching database cross
4023             references as well as sequence ID</li>
4024           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4025         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4026         <ul>
4027           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4028             databases</li>
4029           <li>Generalised database reference retrieval and
4030             validation to all fetchable databases</li>
4031           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4032             sequence command</li>
4033         </ul> <em>Import and Export</em>
4034         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4035         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4036           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4037         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4038           File</li>
4039         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4040           triplet as name of colourscheme</li>
4041         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4042         <ul>
4043           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4044           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4045             alignments (experimental)</li>
4046           <li>Create new or select existing session to join</li>
4047           <li>load and save of vamsas documents</li>
4048         </ul> <em>Application command line</em>
4049         <ul>
4050           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4051             from applet)</li>
4052           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4053             of DAS servers to query for alignment features</li>
4054           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4055             that are also automatically queried for features</li>
4056           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4057             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4058         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4059         <ul>
4060           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4061             application (when using &quot;View in full
4062             application&quot;)</li>
4063         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4064         <ul>
4065           <li>feature group display control parameter</li>
4066           <li>debug parameter</li>
4067           <li>showbutton parameter</li>
4068         </ul> <em>Applet API methods</em>
4069         <ul>
4070           <li>newView public method</li>
4071           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4072           <li>Feature display control methods</li>
4073           <li>get list of currently selected sequences</li>
4074         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4075         <ul>
4076           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4077           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4078             Jalview release.</li>
4079           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4080             property controls execution of obfuscator</li>
4081           <li>Build target for generating source distribution</li>
4082           <li>Debug flag for javacc</li>
4083           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4084             jalview.bin.Cache</li>
4085           <li>Continuous Build Integration for stable and
4086             development version of Application, Applet and source
4087             distribution</li>
4088         </ul></td>
4089       <td>
4090         <ul>
4091           <li>selected region output includes visible annotations
4092             (for certain formats)</li>
4093           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4094             for editing</li>
4095           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4096           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4097           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4098           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4099             comments</li>
4100           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4101             filenames containing a ':'</li>
4102           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4103             global sequence features</li>
4104           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4105             references from alignment sequences goes to zero</li>
4106           <li>Close of tree branch colour box without colour
4107             selection causes cascading exceptions</li>
4108           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4109           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4110             file parsing fails.</li>
4111           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4112           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4113             not a valid output format</li>
4114           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4115             vamsas</li>
4116           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4117           <li>error messages passed up and output when data read
4118             fails</li>
4119           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4120             sequence is edited</li>
4121           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4122             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4123           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4124             filetype</li>
4125           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4126             import fixed for PFAM records</li>
4127           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4128             window list</li>
4129           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4130             can be read and written correctly to annotation file</li>
4131           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4132             correctly</li>
4133           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4134             non-italic font for representatives in Applet</li>
4135           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4136             Macs.</li>
4137           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4138             Applet)</li>
4139           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4140             due to null pointer exceptions</li>
4141           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4142             first column of alignment</li>
4143           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4144             July 2008</li>
4145           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4146             file is case-insensitive</li>
4147           <li>Sequence features read from Features file appended to
4148             all sequences with matching IDs</li>
4149           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4150             containing a sub-sequence</li>
4151           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4152           <li>feature and annotation file applet parameters
4153             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4154           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4155           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4156             splash-screen version check to complete</li>
4157           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4158             when passing them to the launchApp service</li>
4159           <li>display name and local features preserved in results
4160             retrieved from web service</li>
4161           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4162             sequence fetcher initialisation</li>
4163           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4164             dasobert DAS client</li>
4165           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4166             association</li>
4167           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4168             sequences
4169           </li>
4170         </ul>
4171       </td>
4172     </tr>
4173     <tr>
4174       <td>
4175         <div align="center">
4176           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4177         </div>
4178       </td>
4179       <td>
4180         <ul>
4181           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4182           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4183           <li>Slide sequences</li>
4184           <li>Edit sequence in place</li>
4185           <li>EMBL CDS features</li>
4186           <li>DAS Feature mapping</li>
4187           <li>Feature ordering</li>
4188           <li>Alignment Properties</li>
4189           <li>Annotation Scores</li>
4190           <li>Sort by scores</li>
4191           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4192         </ul>
4193       </td>
4194       <td>
4195         <ul>
4196           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4197           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4198           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4199           <li>Feature group display state in XML</li>
4200           <li>Feature ordering in XML</li>
4201           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4202           <li>Stockholm alignment properties</li>
4203           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4204           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4205           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4206           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4207         </ul>
4208       </td>
4209
4210     </tr>
4211     <tr>
4212       <td>
4213         <div align="center">
4214           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4215         </div>
4216       </td>
4217       <td>
4218         <ul>
4219           <li>Non standard characters can be read and displayed
4220           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4221             applet via textbox
4222           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4223             name &amp; description
4224           <li>Preference setting to display sequence name in
4225             italics
4226           <li>Annotation file format extended to allow
4227             Sequence_groups to be defined
4228           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4229             specified in preferences
4230           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4231             sequences
4232         </ul>
4233       </td>
4234       <td>
4235         <ul>
4236           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4237             installed
4238           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4239           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4240         </ul>
4241       </td>
4242     </tr>
4243     <tr>
4244       <td>
4245         <div align="center">
4246           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4247         </div>
4248       </td>
4249       <td>
4250         <ul>
4251           <li>Multiple views on alignment
4252           <li>Sequence feature editing
4253           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4254           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4255           <li>Background dependent text colour
4256           <li>Right align sequence ids
4257           <li>User-defined lower case residue colours
4258           <li>Format Menu
4259           <li>Select Menu
4260           <li>Menu item accelerator keys
4261           <li>Control-V pastes to current alignment
4262           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4263           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4264           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4265
4266           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4267         </ul>
4268       </td>
4269       <td>
4270         <ul>
4271           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4272           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4273             calculations
4274           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4275             edits
4276           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4277             of alignment)
4278           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4279
4280           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4281             display correctly
4282           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4283           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4284             analysis results
4285           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4286             &#8739;
4287           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4288           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4289           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4290
4291         </ul>
4292       </td>
4293     </tr>
4294     <tr>
4295       <td>
4296         <div align="center">
4297           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4298         </div>
4299       </td>
4300       <td>
4301         <ul>
4302           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4303         </ul>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4308             sequence id panel has been resized</li>
4309           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4310             rendered</li>
4311           <li>Annotation files with sequence references - all
4312             elements in file are relative to sequence position</li>
4313           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4314         </ul>
4315       </td>
4316     </tr>
4317     <tr>
4318       <td>
4319         <div align="center">
4320           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4321         </div>
4322       </td>
4323       <td>
4324         <ul>
4325           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4326           <li>DAS Feature fetching</li>
4327           <li>Hide sequences and columns</li>
4328           <li>Export Annotations and Features</li>
4329           <li>GFF file reading / writing</li>
4330           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4331             files</li>
4332           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4333           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4334           <li>Applet can launch the full application</li>
4335           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4336             required)</li>
4337           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4338           <li>Applet can load sequences from parameter
4339             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4340           </li>
4341         </ul>
4342       </td>
4343       <td>
4344         <ul>
4345           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4346           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4347           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4348         </ul>
4349       </td>
4350     </tr>
4351     <tr>
4352       <td>
4353         <div align="center">
4354           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4355         </div>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4360           <li>Choose to match case when searching</li>
4361           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4362             expand the visible width and height of the alignment</li>
4363         </ul>
4364       </td>
4365       <td>
4366         <ul>
4367           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4368         </ul>
4369       </td>
4370     </tr>
4371     <tr>
4372       <td>
4373         <div align="center">
4374           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4375         </div>
4376       </td>
4377       <td>&nbsp;</td>
4378       <td>
4379         <ul>
4380           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4381           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4382             value</li>
4383         </ul>
4384       </td>
4385     </tr>
4386     <tr>
4387       <td>
4388         <div align="center">
4389           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4390         </div>
4391       </td>
4392       <td>
4393         <ul>
4394           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4395           <li>Keyboard editing</li>
4396           <li>Create sequence features from searches</li>
4397           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4398             alignments</li>
4399           <li>Features file allows grouping of features</li>
4400           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4401           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4402           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4403         </ul>
4404       </td>
4405       <td>
4406         <ul>
4407           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4408           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4409             descriptions saved.</li>
4410         </ul>
4411       </td>
4412     </tr>
4413     <tr>
4414       <td>
4415         <div align="center">
4416           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4417         </div>
4418       </td>
4419       <td>
4420         <ul>
4421           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4422           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4423           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4424             name for file output</li>
4425           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4426           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4427             used for HTML form input</li>
4428         </ul>
4429       </td>
4430       <td>
4431         <ul>
4432           <li>HTML output writes groups and features</li>
4433           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4434           <li>File IO bugs</li>
4435         </ul>
4436       </td>
4437     </tr>
4438     <tr>
4439       <td>
4440         <div align="center">
4441           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4442         </div>
4443       </td>
4444       <td>
4445         <ul>
4446           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4447           <li>More options for PCA viewer</li>
4448         </ul>
4449       </td>
4450       <td>
4451         <ul>
4452           <li>GUI bugs resolved</li>
4453           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4454         </ul>
4455       </td>
4456     </tr>
4457     <tr>
4458       <td height="63">
4459         <div align="center">
4460           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4461         </div>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4466           <li>Jar files are executable</li>
4467           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470       <td>
4471         <ul>
4472           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4473           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4474           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4475         </ul>
4476       </td>
4477     </tr>
4478     <tr>
4479       <td>
4480         <div align="center">
4481           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4482         </div>
4483       </td>
4484       <td>
4485         <ul>
4486           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4487         </ul>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4492         </ul>
4493       </td>
4494     </tr>
4495     <tr>
4496       <td>
4497         <div align="center">
4498           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4499         </div>
4500       </td>
4501       <td>
4502         <ul>
4503           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4504             size</li>
4505         </ul>
4506       </td>
4507       <td>
4508         <ul>
4509           <li>Improved JPred client reliability</li>
4510           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4511         </ul>
4512       </td>
4513     </tr>
4514     <tr>
4515       <td>
4516         <div align="center">
4517           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4518         </div>
4519       </td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4523           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4524           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4525             to Colour Menu</li>
4526           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4527           <li>Unix users can set default web browser</li>
4528           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4529           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4530         </ul>
4531       </td>
4532       <td>
4533         <ul>
4534           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4535         </ul>
4536       </td>
4537     </tr>
4538     <tr>
4539       <td>
4540         <div align="center">
4541           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4542         </div>
4543       </td>
4544       <td>&nbsp;</td>
4545       <td>
4546         <ul>
4547           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4548             alignment order.</li>
4549         </ul>
4550       </td>
4551     </tr>
4552     <tr>
4553       <td>
4554         <div align="center">
4555           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4556         </div>
4557       </td>
4558       <td>
4559         <ul>
4560           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4561           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4562           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4563             annotations.</li>
4564           <li>Version and build date written to build properties
4565             file.</li>
4566           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4567             at launch of Jalview.</li>
4568         </ul>
4569       </td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4573           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4574           <li>Can remove groups one by one.</li>
4575           <li>Filechooser icons installed.</li>
4576           <li>Finder ignores return character when searching.
4577             Return key will initiate a search.<br>
4578           </li>
4579         </ul>
4580       </td>
4581     </tr>
4582     <tr>
4583       <td>
4584         <div align="center">
4585           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4586         </div>
4587       </td>
4588       <td>
4589         <ul>
4590           <li>New codebase</li>
4591         </ul>
4592       </td>
4593       <td>&nbsp;</td>
4594     </tr>
4595   </table>
4596   <p>&nbsp;</p>
4597 </body>
4598 </html>