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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
  61           <em>27/10/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64         </ul>
  65       </td>
  66       <td align="left" valign="top">
  67         <ul>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
  70             positions in a sequence
  71           </li>
  72         </ul>
  73       </td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  77           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
  78           <em>25/09/2020</em></strong></td>
  79       <td align="left" valign="top">
  80         <ul>
  81         </ul>
  82       </td>
  83       <td align="left" valign="top">
  84         <ul>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
  87             "Encountered problems opening
  88             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
  89           </li>
  90         </ul>
  91       </td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  95           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  96           <em>17/09/2020</em></strong></td>
  97       <td align="left" valign="top">
  98         <ul>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 101             residue in cursor mode
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 105             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 109             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 110             improved compatibility with JalviewJS
 111           </li>
 112           <li>
 113             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 114             alignments from Pfam and Rfam
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 118             import (no longer based on .gz extension)
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 125             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 126             EMBL flat file
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 130             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 131             saving or making backup files.
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 135             <ul>
 136               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 137               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 138             </ul>
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 142             when running on Linux (Requires Java 11+)
 143           </li>
 144         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 145         <ul>
 146           <li>
 147             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 148             through a system property
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 152             line help for configuring Jalview's memory
 153           </li>
 154         </ul>
 155       </td>
 156       <td align="left" valign="top">
 157         <ul>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 160             but not calculated and no protein or DNA score models are
 161             available for tree/PCA calculation when launched with
 162             Turkish language locale
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 166             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 170             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 174             sequence under the cursor
 175           </li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 178             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 182             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 183             '%s'" on the console
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 187             when there are both local and complementary features mapped
 188             to the position under the cursor
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 192             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 196             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 200             internationalised text for some messages and log output
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 204             hidden gapped columns
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 208             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 212             specifying output format when exporting an alignment via the
 213             command line
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 217             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 218             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 219             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 220             file again, and if that fails, delete the original file and
 221             save in place.)
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 225             via command line
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 229             program and documentation
 230           </li>
 231         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 232         <ul>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 235             first time for a version that has different jars to the
 236             previous launched version.
 237           </li>
 238         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 239         <ul>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 242             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 243             OutOfMemory error.
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 247             monitor the release channel
 248           </li>
 249         </ul> <em>New Known defects</em>
 250         <ul>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 253             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 254             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 255             genome of RNA viruses)
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 259             are ordered differently when shown on alignment and in
 260             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 264             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 265             works for the top left quadrant of the alignment window
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 269             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 273             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 274           </li>
 275         </ul>
 276       </td>
 277     </tr>
 278     <tr>
 279       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 280           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 281           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 282       <td align="left" valign="top">
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 286             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 287             for display in alignments, on structure views (including
 288             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 289             export.
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 293             exported and re-imported as GFF3 files
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 297             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 301             validation while parsing
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 305             position if reopened
 306           </li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 309             of associated view
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 313             enabled by default
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 317             tooltips and menus
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 321             with no feature types visible
 322           </li>
 323           <li>
 324           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 325           </li>
 326         </ul><em>Jalview Installer</em>
 327             <ul>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 330             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 334           </li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 337           </li>
 338               <li>
 339                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 340               <li>
 341                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 342         </ul> <em>Release processes</em>
 343         <ul>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 346           </li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 349           </li>
 350         </ul> <em>Build System</em>
 351         <ul>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 357             report
 358           </li>
 359         </ul>
 360         <em>Groovy Scripts</em>
 361             <ul>
 362           <li>
 363             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 364             to stdout containing the consensus sequence for each
 365             alignment in a Jalview session
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 369             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 370             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 371           </li>
 372         </ul>
 373       </td>
 374       <td align="left" valign="top">
 375         <ul>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 378             'Show hidden markers' option is not ticked
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 382             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 383             jalview preferences or properties file
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 387             'Show Sequence Features' option is not ticked
 388           </li>
 389           <li>
 390             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 391             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 392             features are visible
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 396             equal when split frame is first opened
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 400             correct after editing a sequence's start position
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 404             with annotation and exceptions thrown when only a few
 405             columns shown in wrapped mode
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 409             wrapped alignment figure with annotations
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 413             ID fails with ClassCastException
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 417             Project
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 421             feature settings dialog also selects columns
 422           </li>
 423           <li>
 424             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 425             IllegalArgumentException in some circumstances
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 429             opened for a view
 430           </li>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 433             alignment window is closed
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 437             help documentation for 2.11.0 release
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 441             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 442             Uniprot Accession
 443           </li>
 444         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 445         <ul>
 446           <li>
 447             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 448             PDB/Uniprot search panel
 449           </li>
 450         </ul> <em>Installer</em>
 451         <ul>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 454             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 455           </li>
 456         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 457         <ul>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 460             repository
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 464             memory
 465           </li>
 466         </ul> <em>New Known Issues</em>
 467         <ul>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 470             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 471             command line
 472           </li>
 473           <li>
 474             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 475             clipped in headless figure export when Right Align option
 476             enabled
 477           </li>
 478           <li>
 479             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 480             'Source' in console output
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 484             bamboo server but run fine locally.
 485           </li>
 486         </ul>
 487       </td>
 488     </tr>
 489     <tr>
 490       <td width="60" align="center" nowrap>
 491           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 492             <em>04/07/2019</em></strong>
 493       </td>
 494       <td align="left" valign="top">
 495         <ul>
 496           <li>
 497             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 498             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 499             source project) rather than InstallAnywhere
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 503             settings, receive over the air updates and launch specific
 504             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 505               Rings' GetDown</a>)
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 509             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 513             arguments and switch between different getdown channels
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 517             or alignment files
 518           </li>
 519
 520           <li>
 521             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 522             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 525             'Translate as cDNA'</li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 528           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 529             <ul>
 530                       <li>
 531             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 532             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 533           <li>
 534                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 535                 features can be filtered and shaded according to any
 536                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 537                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 538                 file)
 539               </li>
 540               <li>
 541                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 542                 stored and restored from Jalview Projects
 543               </li>
 544               <li>
 545                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 546                 recognise variant features
 547               </li>
 548               <li>
 549                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 550                 sequences (also coloured red by default)
 551               </li>
 552               <li>
 553                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 554                 details
 555               </li>
 556               <li>
 557                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 558                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 559               </li>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 562                 dialog
 563               </li>
 564             </ul>
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 568             tree and PCA calculations
 569           </li>
 570           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 571             <ul>
 572               <li>
 573                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 574                 and Viewer state saved in Jalview Project
 575               </li>
 576               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 577                 drop-down menus</li>
 578               <li>
 579                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 580                 incrementally
 581               </li>
 582               <li>
 583                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 584               </li>
 585             </ul>
 586           </li>
 587           <li>
 588             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 589           </li>
 590           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 591           <ul>
 592               <li>
 593                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 594                 multiple groups when working with large alignments
 595               </li>
 596               <li>
 597                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 598                 Stockholm files
 599               </li>
 600             </ul>
 601           <li><strong>User Interface</strong>
 602           <ul>
 603               <li>
 604                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 605                 view
 606               </li>
 607               <li>
 608                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 609                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 610                 default (can be changed in user preferences)
 611               </li>
 612               <li>
 613                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 614                 to the Overwrite Dialog
 615               </li>
 616               <li>
 617                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 618                 sequences are hidden
 619               </li>
 620               <li>
 621                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 622                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 623               </li>
 624               <li>
 625                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 626                 labels
 627               </li>
 628               <li>
 629                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 630                 when in wrapped mode
 631               </li>
 632               <li>
 633                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 634                 annotation
 635               </li>
 636               <li>
 637                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 638               </li>
 639               <li>
 640                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 641                 panel
 642               </li>
 643               <li>
 644                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 645                 popup menu
 646               </li>
 647               <li>
 648               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 649               <li>
 650               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 651
 652
 653             </ul></li>
 654             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 655           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 656             <ul>
 657               <li>
 658                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 659                 trapping CMD-Q
 660               </li>
 661             </ul></li>
 662         </ul>
 663         <em>Deprecations</em>
 664         <ul>
 665           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 666             capabilities removed from the Jalview Desktop
 667           </li>
 668           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 669             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 670             and XML based data retrieval clients</li>
 671           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 672           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 673         </ul> <em>Documentation</em>
 674         <ul>
 675           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 676             not supported in EPS figure export
 677           </li>
 678           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 679         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 680         <ul>
 681           <li>
 682           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 683           </li>
 684       <li>
 685       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 686           <li>
 687           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 688             gradle-eclipse
 689           </li>
 690           <li>
 691           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 692             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 693             execution
 694           </li>
 695           <li>
 696           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 697             operations
 698           </li>
 699           <li>
 700           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 701             issues resolved
 702           </li>
 703           <li>
 704           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 705             markdown (with HTML rendering)
 706           </li>
 707           <li>
 708           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 709           </li>
 710           <li>
 711           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 712             versions of Jalview
 713           </li>
 714         </ul>
 715       </td>
 716       <td align="left" valign="top">
 717         <ul>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 723             superposition in Jmol fail on Windows
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 727             structures for sequences with lots of PDB structures
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 731             monospaced font
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 735             project involving multiple views
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 739             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 740             Annotation dialog hides columns
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 744             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 745             one view, then making another selection in the other view
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 749             columns
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 753             Settings and Jalview Preferences panels
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 757             overview with large alignments
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 761             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 762             mouse moved to the left of the first column
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 766             hidden column marker via scale popup menu
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 770             doesn't tell users the invalid URL
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 774             score from view
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 778             show cross references or Fetch Database References are shown in
 779             red in original view
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 783             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 784           </li>
 785           <li>
 786             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 787             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 788           </li>
 789           <li>
 790             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 791             when columns are hidden
 792           </li>
 793           <li>
 794             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 795             Columns by Annotation description
 796           </li>
 797           <li>
 798             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 799             out of Scale or Annotation Panel
 800           </li>
 801           <li>
 802             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 803             scale panel
 804           </li>
 805           <li>
 806             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 807             alignment down
 808           </li>
 809           <li>
 810             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 811             scale panel
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 815             Page Up in wrapped mode
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 825             on opening an alignment
 826           </li>
 827           <li>
 828             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 829             Colour menu
 830           </li>
 831           <li>
 832             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 833             different groups in the alignment are selected
 834           </li>
 835           <li>
 836             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 837             correctly in menu
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 841             threshold limit
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 845             threshold gets 'unrounded'
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 849             colour
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 853           </li>
 854           <li>
 855             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 859             Tree font
 860           </li>
 861           <li>
 862             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 863             project file
 864           </li>
 865           <li>
 866             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 867             shown in complementary view
 868           </li>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 871             without normalisation
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 875             of report
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 879           </li>
 880           <li>
 881           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 882           </li>
 883         </ul> <em>Editing</em>
 884         <ul>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 887             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 888             sequence
 889           </li>
 890           <li>
 891             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 892             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 893             removed (Known defect since 2.10)
 894           </li>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 897             dialog corrupts dataset sequence
 898           </li>
 899           <li>
 900             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 901             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 902           </li>
 903         </ul> <em>Datamodel</em>
 904         <ul>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 907             sequence's End is greater than its length
 908           </li>
 909         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 910           general release)</em>
 911         <ul>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 914           </li>
 915         </ul> <em>New Known Defects</em>
 916         <ul>
 917         <li>
 918         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 919         </li>
 920         <li>
 921           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 922           regions of protein alignment.
 923         </li>
 924         <li>
 925           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 926           is restored from a Jalview 2.11 project
 927         </li>
 928         <li>
 929           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 930           'New View'
 931         </li>
 932         <li>
 933           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 934           columns within hidden columns
 935         </li>
 936         <li>
 937           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 938           window after dragging left to select columns to left of visible
 939           region
 940         </li>
 941         <li>
 942           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 943           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 944           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 945           create a Score filter instead.
 946         </li>
 947         <li>
 948         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 949         <li>
 950         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 951         </li>
 952         <li>
 953           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 954           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 955         </li>
 956         </ul>
 957         <em>Java 11 Specific defects</em>
 958           <ul>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 961               alphabetically when saved
 962             </li>
 963         </ul>
 964       </td>
 965     </tr>
 966     <tr>
 967     <td width="60" nowrap>
 968       <div align="center">
 969         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 970       </div>
 971     </td>
 972     <td><div align="left">
 973         <em></em>
 974         <ul>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 977               InstallAnywhere increased to 1G.
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 981               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 982               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 983                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 984                 properties file.</em>
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 988               API and sequence data now imported as JSON.
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 992               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 993               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 994               property.
 995             </li>
 996           </ul>
 997           <em>Development</em>
 998           <ul>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1001               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1002                 Clover</a>
1003             </li>
1004           </ul>
1005         </div></td>
1006     <td><div align="left">
1007         <em></em>
1008         <ul>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1011               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1012               alignment.
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1016               annotation displayed.
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1020               for newly created group when 'Apply to all groups'
1021               selected
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1025               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1026               visible.
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1030               when sequences are selected in exported view.</em>
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1034               aren't rendered with correct colour.
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1038               types of knotted RNA secondary structure.
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1042               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1043               do not start at 1.
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1047               annotation when columns are inserted into an alignment,
1048               and when exporting as Stockholm flatfile.
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1052               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1053               treated as RNA secondary structure.
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1057               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1061               transfers focus to previous window on OSX
1062             </li>
1063           </ul>
1064           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1065           <ul>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1068               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1069               box.
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1073               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1074               'look and feel' which has improved compatibility with the
1075               latest version of OSX.
1076             </li>
1077           </ul>
1078         </div>
1079     </td>
1080     </tr>
1081     <tr>
1082       <td width="60" nowrap>
1083         <div align="center">
1084           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1085             <em>7/06/2018</em></strong>
1086         </div>
1087       </td>
1088       <td><div align="left">
1089           <em></em>
1090           <ul>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1093               annotation retrieved from Uniprot
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1097               onto the Jalview Desktop
1098             </li>
1099           </ul>
1100         </div></td>
1101       <td><div align="left">
1102           <em></em>
1103           <ul>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1106               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1110               right-hand column parsed correctly
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1114               not alignment area in exported graphic
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1118               window has input focus
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1122               annotation added to view (Windows)
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1126               network connectivity is poor
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1130               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1131                 the currently open URL and links from a page viewed in
1132                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1133                 you are using Edge, only links in the page can be
1134                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1135                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>New Known Defects</em>
1139           <ul>
1140             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1141           </ul>
1142         </div></td>
1143     </tr>
1144     <tr>
1145       <td width="60" nowrap>
1146         <div align="center">
1147           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1148         </div>
1149       </td>
1150       <td><div align="left">
1151           <em></em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1155               for disabling automatic superposition of multiple
1156               structures and open structures in existing views
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1160               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1161               adjust them.
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1165               Ensembl services
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1169               and lots of hidden columns
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1173               of features (particularly when transparency is disabled)
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1177               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1178               generally available
1179             </li>
1180           </ul>
1181           </div>
1182       </td>
1183       <td><div align="left">
1184           <ul>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1187               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1191               overlapping alignment panel
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1195               sequence as gaps
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1199               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1200               UTR
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1204               factor annotation not added to sequence when local PDB
1205               file associated with it by drag'n'drop or structure
1206               chooser
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1210               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1214               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1218               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1222               columns in annotation row
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1226               honored in batch mode
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1230               for structures added to existing Jmol view
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1234               entries after importing project with multiple views
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1238               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1239               with negative residue numbers or missing residues fails
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1243               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1244               as generated by CONSURF)
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1248               tooltip doesn't include a text description of mutation
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1252               structure and/or overview windows are also shown
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1256               very slow for alignments with large numbers of sequences
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1260               with 'StringIndexOutOfBounds'
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1264               platforms running Java 10
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1268               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1269             </li>
1270           </ul>
1271           <em>Applet</em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1275               should copy the group consensus when popup is opened on it
1276             </li>
1277           </ul>
1278           <em>Batch Mode</em>
1279           <ul>
1280           <li>
1281             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1282           </li>
1283           </ul>
1284           <em>New Known Defects</em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1288               editing a large alignment and overview is displayed
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1292               repeatedly after a series of edits even when the overview
1293               is no longer reflecting updates
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1297               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1298               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1299               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1303               option gives blank output
1304             </li>
1305           </ul>
1306         </div>
1307           </td>
1308     </tr>
1309     <tr>
1310       <td width="60" nowrap>
1311         <div align="center">
1312           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1313         </div>
1314       </td>
1315       <td><div align="left">
1316           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1317               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1318       <td><div align="left">
1319           <em>Desktop</em><ul>
1320           <ul>
1321             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1322             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1323             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1324             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1325             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1326             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1327             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1328           </ul>
1329           </div>
1330       </td>
1331     </tr>
1332     <tr>
1333       <td width="60" nowrap>
1334         <div align="center">
1335           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1336         </div>
1337       </td>
1338       <td><div align="left">
1339           <em></em>
1340           <ul>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1343               rendering of sequence features
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1347               429 rate limit request hander
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1351               their colours have changed
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1355               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1359               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1363               view from Ensembl locus cross-references
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1367               Alignment report
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1371               feature can be disabled
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1375               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1379               Uniprot
1380             </li>
1381           </ul>
1382           <em>Scripting</em>
1383           <ul>
1384             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1385             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1386               percent identity scores for current alignment.</li>
1387           </ul>
1388           <em>Testing and Deployment</em>
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1392             </li>
1393           </ul>
1394         </div></td>
1395       <td><div align="left">
1396           <em>General</em>
1397           <ul>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1400               threshold text field doesn't trigger an update to the
1401               alignment view
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1405               strings in parallel
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1409               alignment window is closed
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1413               group visibility
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1417               takes a long time in Cursor mode
1418             </li>
1419           </ul>
1420           <em>Desktop</em>
1421           <ul>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1424               cannot be viewed in Chimera
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1428               CDS/Protein view
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1432               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1433               Search Dialogs
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1443               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1447               scrolling right in unwapped alignment view
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1451               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1452               database
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1456               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1460               features of same type and group to be selected for
1461               amending
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1465               alignments when hidden columns are present
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1469               displaying several structures
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1473               moving a window
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1477               within the Jalview desktop on OSX
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1481               when in wrapped alignment mode
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1485               hand end of alignment
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1489               each selected sequence do not have correct start/end
1490               positions
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1494               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1498               restoring project until a new view is created
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1502               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1503               configured (since 2.10.2b2)
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1507               position is adjusted
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1511               in a multi-chain structure when viewing alignment
1512               involving more than one chain (since 2.10)
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1516               if new selection moves alignment window
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1520               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1524               that produces correctly annotated transcripts and products
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1528               doesn't update associated structure view
1529             </li>
1530           </ul>
1531           <em>Applet</em><br />
1532           <ul>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1535               closing alignment panel
1536             </li>
1537           </ul>
1538           <em>BioJSON</em><br />
1539           <ul>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1542               non-positional features
1543             </li>
1544           </ul>
1545           <em>New Known Issues</em>
1546           <ul>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1549               sequence features correctly (for many previous versions of
1550               Jalview)
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1554               using cursor in wrapped panel other than top
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1558               graduated colour threshold
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1562               always preserve numbering and sequence features
1563             </li>
1564           </ul>
1565           <em>Known Java 9 Issues</em>
1566           <ul>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1569               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1570               9.01, OSX 10.10)
1571             </li>
1572           </ul>
1573         </div></td>
1574     </tr>
1575     <tr>
1576       <td width="60" nowrap>
1577         <div align="center">
1578           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1579             <em>2/10/2017</em></strong>
1580         </div>
1581       </td>
1582       <td><div align="left">
1583           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1584           <ul>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1587             </li>
1588             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1589             </li>
1590           </ul>
1591         </div></td>
1592       <td><div align="left">
1593         </div></td>
1594     </tr>
1595     <tr>
1596       <td width="60" nowrap>
1597         <div align="center">
1598           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1599             <em>7/9/2017</em></strong>
1600         </div>
1601       </td>
1602       <td><div align="left">
1603           <em></em>
1604           <ul>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1607               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1608               white)
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1612               Preferences
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1616               in size and progress bar shown as higher resolution
1617               overview is recalculated
1618             </li>
1619
1620           </ul>
1621         </div></td>
1622       <td><div align="left">
1623           <em></em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1627               column region row by row
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1631               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1635               format setting is unticked
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1639               if group has show boxes format setting unticked
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1643               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1644               include sequences and columns not currently displayed
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1648               assemblies are imported via CIF file
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1652               displayed when threshold or conservation colouring is also
1653               enabled.
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1657               server version
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1661               dragging a selected region off the visible region of the
1662               alignment
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1666               colourscheme to all groups in a view
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1670               initially after font size change using the Font chooser or
1671               middle-mouse zoom
1672             </li>
1673           </ul>
1674         </div></td>
1675     </tr>
1676     <tr>
1677       <td width="60" nowrap>
1678         <div align="center">
1679           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1680         </div>
1681       </td>
1682       <td><div align="left">
1683           <em>Calculations</em>
1684           <ul>
1685
1686             <li>
1687               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1688               ungapped positions in each column of the alignment.
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1692               a calculation dialog box
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1696               and memory efficiency (~30x faster)
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1700               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1701               and other calculations
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1705               files within the Jalview codebase
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1709               Similarity may have different topology due to increased
1710               precision
1711             </li>
1712           </ul>
1713           <em>Rendering</em>
1714           <ul>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1717               model for alignments and groups
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1721               scripts
1722             </li>
1723           </ul>
1724           <em>Overview</em>
1725           <ul>
1726             <li>
1727               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1728               with alignment and overview windows
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1732               overview
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1736               omitted in Overview
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1740               adjustment of visible position
1741             </li>
1742           </ul>
1743
1744           <em>Data import/export</em>
1745           <ul>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1748               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1752               annotation input/output via stockholm flatfile
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1756               extension when importing structure files without embedded
1757               names or PDB accessions
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1761               format sequence substitution matrices
1762             </li>
1763           </ul>
1764           <em>User Interface</em>
1765           <ul>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1768               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1769               the application.
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1773               via Overview or sequence motif search operations
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1777               opened by double clicking gaps within sequence feature
1778               extent
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1782               aligned positions were available to create a 3D structure
1783               superposition.
1784             </li>
1785           </ul>
1786           <em>3D Structure</em>
1787           <ul>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1790               coloured in linked structure views
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1794               file-based command exchange
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1798               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1799               structures are already available for sequences
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1803               the Jalview project rather than downloaded again when the
1804               project is reopened.
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1808               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1809               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1810                 Feature</strong>)
1811             </li>
1812           </ul>
1813           <em>Web Services</em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1820               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1821               Analysis services
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1825               cross-references provided by identifiers.org and the
1826               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1827             </li>
1828           </ul>
1829
1830           <em>Scripting</em>
1831           <ul>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1834               identifying file formats (instead of String constants)
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1838               efficiency when counting all displayed features (not
1839               backwards compatible with 2.10.1)
1840             </li>
1841           </ul>
1842           <em>Example files</em>
1843           <ul>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1846               included in the example feature file
1847             </li>
1848           </ul>
1849           <em>Documentation</em>
1850           <ul>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1853               with the built-in Java help viewer
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1857               sequence description' option
1858             </li>
1859           </ul>
1860           <em>Test Suite</em>
1861           <ul>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1864               Uniprot REST Free Text Search Client
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1871               during tests
1872             </li>
1873           </ul>
1874         </div></td>
1875       <td><div align="left">
1876           <em>Calculations</em>
1877           <ul>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1880               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1881               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1882             </li>
1883             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1884               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1885               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1886               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1887               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1888               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1889               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1890               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1891               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1892               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1893               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1894               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1895               // for 2.10.1 mode <br />
1896               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1897               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1898                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1899                 calculations (not recommended)</em></li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1902               scaling of branch lengths for trees computed using
1903               Sequence Feature Similarity.
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1907               generating output report when working with highly
1908               redundant alignments
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1912               right of selected region when gaps present on right-hand
1913               boundary
1914             </li>
1915           </ul>
1916           <em>User Interface</em>
1917           <ul>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1920               doesn't reselect a specific sequence's associated
1921               annotation after it was used for colouring a view
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1925               opened on a region of alignment without groups
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1929               of an alignment with overlapping groups
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1933               name and description match
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1937               hidden regions results in incorrect hidden regions
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1941               changing colour does not apply Conservation slider value
1942               to all groups
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1946               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1950               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1954               gaps before start of features
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1958               restored to UI when feature colour is edited
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1962               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1966               as graduate feature colour settings are modified via the
1967               dialog box
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1971               when a group defined on the alignment is resized
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1975               wrapped view result in positional status updates
1976             </li>
1977
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1980               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1984               alignment included gapped columns
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1988               widgets don't permanently disappear
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1992               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1993               T-Coffee column reliability scores)
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1997               sequence feature on gaps only
1998             </li>
1999             <li>
2000               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2001               button from a Find inherit previously defined feature type
2002               rather than the Find query string
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2006               exporting tree calculated in Jalview
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2010               and then revealing them reorders sequences on the
2011               alignment
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2015               doesn't update to reflect available set of groups after
2016               interactively adding or modifying features
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2020               Linux
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2024               only excluded gaps in current sequence and ignored
2025               selection.
2026             </li>
2027           </ul>
2028           <em>Rendering</em>
2029           <ul>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2032               erratically when hidden rows or columns are present
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2036               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2037               sequence colouring
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2041               colour and group colour menu for protein alignments
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2045               reflect currently selected view or group's shading
2046               thresholds
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2050               when rendered on overview and structures when opacity at
2051               100%
2052             </li>
2053             <li>
2054               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2055               overview when features overlaid on alignment
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2059               recovered correctly from Jalview project file
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2063               (automatically via preferences) are different to the main
2064               alignment panel
2065             </li>
2066           </ul>
2067           <em>Data import/export</em>
2068           <ul>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2071               load
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2075               added after a sequence was imported are not written to
2076               Stockholm File
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2080               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2084               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2088               with lightGray or darkGray via features file (but can
2089               specify lightgray)
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2093               when alignment view imported from project
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2097               structure and sequences extracted from structure files
2098               imported via URL and viewed in Jmol
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2102               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2103               the project is loaded and the structure viewed
2104             </li>
2105           </ul>
2106           <em>Web Services</em>
2107           <ul>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2110               release of Ensembl v.88
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2114               appear enabled in Preferences->Connections
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2118               removed from console output
2119             </li>
2120             <li>
2121               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2122               Ensembl by Peptide ID
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2126               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2127               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2128               due to 'null' string rather than empty string used for
2129               residues with no corresponding PDB mapping).
2130             </li>
2131           </ul>
2132           <em>Application UI</em>
2133           <ul>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2136               menu
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2140               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2141               new documentation and tooltips added)
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2145               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2149               new features are added to alignment
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2153               changes to feature colours via the Amend features dialog
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2157               edit graduated feature colour via amend features dialog
2158               box
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2162               selection menu changes colours of alignment views
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2166               from alignment calculation workers after alignment has
2167               been closed
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2171               groups now 'Create Group'
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2175               Create/Undefine group doesn't always work
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2179               shown again after pressing 'Cancel'
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2183               adjusts start position in wrap mode
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2187               ambiguous amino acids
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2191               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2192               proteins
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2196               Defined' don't appear in Colours menu
2197             </li>
2198           </ul>
2199           <em>Applet</em>
2200           <ul>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2203               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2207               overview or linked structure view
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2211               work (since 2.8)
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2215               user-defined colourscheme doesn't restore original
2216               colourscheme
2217             </li>
2218           </ul>
2219           <em>Test Suite</em>
2220           <ul>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2223               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2227               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2228               problems with deep array comparison equality asserts in
2229               successive versions of TestNG
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2233               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2234             </li>
2235           </ul>
2236           <em>New Known Issues</em>
2237           <ul>
2238             <li>
2239               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2240               phase after a sequence motif find operation
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2244               containing just upper and lower case letters are
2245               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2249               reliably from eggnog Ortholog database
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2253               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2254               to mark columns containing highlighted regions.
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2258               doesn't always add secondary structure annotation.
2259             </li>
2260           </ul>
2261         </div>
2262     <tr>
2263       <td width="60" nowrap>
2264         <div align="center">
2265           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2266         </div>
2267       </td>
2268       <td><div align="left">
2269           <em>General</em>
2270           <ul>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2273               for all consensus calculations
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2277               3rd Oct 2016)
2278             </li>
2279             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2280               for 2016-2017</li>
2281           </ul>
2282           <em>Application</em>
2283           <ul>
2284             <li>
2285               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2286               set of database cross-references, sorted alphabetically
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2290               from database cross references. Users with custom links
2291               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2292                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2296               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2297               Chimera session
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2301               the Chimera it is connected to is shut down
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2305               columns menu item to mark columns containing highlighted
2306               regions (e.g. from structure selections or results of a
2307               Find operation)
2308             </li>
2309             <li>
2310               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2311               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2312               MSAviewer
2313             </li>
2314           </ul>
2315         </div></td>
2316       <td>
2317         <div align="left">
2318           <em>General</em>
2319           <ul>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2322               are not coloured or thresholded according to percent
2323               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2327               hydrophobic
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2331               threshold, amino acid properties)
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2335               reported as mapped to residues in a structure file in the
2336               View Mapping report
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2340               could be added multiple times to a sequence
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2344               bond features shown as two highlighted residues rather
2345               than a range in linked structure views, and treated
2346               correctly when selecting and computing trees from features
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2350               cross-references are matched to database name regardless
2351               of case
2352             </li>
2353
2354           </ul>
2355           <em>Application</em>
2356           <ul>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2359               names without regular expressions also offer links from
2360               Sequence ID
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2364               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2365               update Jalview configuration
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2369               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2373               files with similarly named sequences if dropped onto the
2374               alignment
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2378               entries where more chains exist in the PDB accession than
2379               are reported in the SIFTS file
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2383               the structure view when displayed with Chimera
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2387               panel's View->Show Chains submenu
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2391               work for wrapped alignment views
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2395               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2399               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2400               first annotation row
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2404               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2408               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2409             </li>
2410             <!-- JAL-2319 -->
2411             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2412             coordindate data
2413             </li>
2414           </ul>
2415           <!--           <em>New Known Issues</em>
2416           <ul>
2417             <li></li>
2418           </ul> -->
2419         </div>
2420       </td>
2421     </tr>
2422     <td width="60" nowrap>
2423       <div align="center">
2424         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2425           <em>25/10/2016</em></strong>
2426       </div>
2427     </td>
2428     <td><em>Application</em>
2429       <ul>
2430         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2431           view if structures already loaded</li>
2432         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2433           structure views</li>
2434       </ul></td>
2435     <td>
2436       <div align="left">
2437         <em>General</em>
2438         <ul>
2439           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2440             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2441           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2442             example sequences/projects/trees</li>
2443         </ul>
2444         <em>Application</em>
2445         <ul>
2446           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2447             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2448           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2449             without timeout for structures with multiple models or
2450             multiple sequences in alignment</li>
2451           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2452             PDB ID HEADER line</li>
2453           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2454             is performed</li>
2455           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2456             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2457           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2458           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2459             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2460             option</li>
2461           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2462             is created on the alignment</li>
2463           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2464             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2465             pop-up menu</li>
2466         </ul>
2467         <em>Build and deployment</em>
2468         <ul>
2469           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2470             tags</li>
2471         </ul>
2472         <em>New Known Issues</em>
2473         <ul>
2474           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2475             on Windows</li>
2476         </ul>
2477       </div>
2478     </td>
2479     </tr>
2480     <tr>
2481       <td width="60" nowrap>
2482         <div align="center">
2483           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2484         </div>
2485       </td>
2486       <td><em>General</em>
2487         <ul>
2488           <li>
2489             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2490           </li>
2491           <li>
2492             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2493             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2494             better PDB parsing.
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2498             reference sequence
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2502             mousing over sequence associated annotation
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2506             for manual entry
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2510             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2511             for each column
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2515             showing or hiding columns containing a feature
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2519             group and sequence associated annotation labels
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2523             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2524             dialogs
2525           </li>
2526
2527         </ul> <em>Application</em>
2528         <ul>
2529           <li>
2530             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2531             gene/transcript view
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2535             dialog
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2539             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2543             Pfam sources to xfam.org
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2547           </li>
2548           <li>
2549             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2550             over sequences in Jalview
2551           </li>
2552           <li>
2553             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2554             regions in ENA and EMBL
2555           </li>
2556           <li>
2557             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2558             for record retrieval via ENA rest API
2559           </li>
2560           <li>
2561             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2562             complement operator
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2566             groovy script execution
2567           </li>
2568           <li>
2569             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2570             alignment window's Calculate menu
2571           </li>
2572           <li>
2573             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2574             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2575           </li>
2576           <li>
2577             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2578             calculation workers from groovy scripts
2579           </li>
2580           <li>
2581             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2582             Jalview projects
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2586             associations are now saved/restored from project
2587           </li>
2588           <li>
2589             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2590             before sequence fetcher is opened
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2594             database chooser opens a sequence fetcher
2595           </li>
2596           <li>
2597             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2598             the UniProt REST API
2599           </li>
2600           <li>
2601             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2602             the news reader opening
2603           </li>
2604           <li>
2605             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2606             querying stored in preferences
2607           </li>
2608           <li>
2609             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2610             search results
2611           </li>
2612           <li>
2613             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2614           </li>
2615           <li>
2616             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2617             menu for nucleotide sequences
2618           </li>
2619           <li>
2620             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2621             and feature counts preserves alignment ordering (and
2622             debugged for complex feature sets).
2623           </li>
2624           <li>
2625             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2626             viewing structures with Jalview 2.10
2627           </li>
2628           <li>
2629             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2630             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2631             Ensembl Genomes REST API
2632           </li>
2633           <li>
2634             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2635             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2636             (Ensembl)
2637           </li>
2638           <li>
2639             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2640             sequences
2641           </li>
2642           <li>
2643             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2644             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2645             data from external database records.
2646           </li>
2647           <li>
2648             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2649             efficient recovery of sequence coding and alignment
2650             annotation relationships.
2651           </li>
2652         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>
2655             -- JAL---
2656           </li>
2657         </ul> --></td>
2658       <td>
2659         <div align="left">
2660           <em>General</em>
2661           <ul>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2664               menu on OSX
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2668               includes graduated colourschemes
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2672               working with big alignments and lots of hidden columns
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2676               at right of alignment window
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2680               contents
2681             </li>
2682             <li>
2683               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2684               for DNA alignments
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2688               based tree calculation
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2692               unconserved enabled for group on alignment
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2696               set as reference
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2700               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2701               annotation
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2705               hidden columns present
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2709               user created annotation added to alignment
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2713               '()' base pair annotation
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2717               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2718               Consensus
2719             </li>
2720             <li>
2721               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2722               feature not working
2723             </li>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2726               beginning of sequence
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2730               entry 3a6s
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2734               from a tree when t-coffee scores are shown
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2738               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2742               some structures
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2746               to Clustal, PIR and PileUp output
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2750               not visible causes alignment window to repaint
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2754               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2755               scores associated with features and annotation rows
2756             </li>
2757             <li>
2758               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2759               calculation should be case independent
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2763               columns
2764             </li>
2765             <li>
2766               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2767               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2768               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2772               problems when reference sequence defined and 'show
2773               non-conserved' enabled
2774             </li>
2775             <li>
2776               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2777               load even when Consensus calculation is disabled
2778             </li>
2779             <li>
2780               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2781               alignment does nothing
2782             </li>
2783           </ul>
2784           <em>Application</em>
2785           <ul>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2788               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2789               yet fixed for El Capitan)
2790             </li>
2791             <li>
2792               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2793               output when running on non-gb/us i18n platforms
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2797               hidden sequences as flat-file alignment
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2801               launching Chimera
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2805               (also hotfix for 2.9.0b2)
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2809               reference sequence defined
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2813               alignments and views when revealing hidden columns
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2817               view in a cDNA/Protein splitframe
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2821               sequence from project when only one sequence is
2822               represented
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2826               in Structure Chooser
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2830               structure consensus didn't refresh annotation panel
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2834               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2838               dialogs format columns correctly, don't display array
2839               data, sort columns according to type
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2843               file chooser is cancelled during an image export
2844             </li>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2847               sequence name containing special characters
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2851               case insensitive
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2855               formatting don't wrap
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2859               truncated so L looks like I in consensus annotation
2860             </li>
2861             <li>
2862               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2863               currently displayed features for the current selection or
2864               view
2865             </li>
2866             <li>
2867               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2868               after fetching cross-references, and restoring from
2869               project
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2873               followed in the structure viewer
2874             </li>
2875             <li>
2876               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2877               splitframe not restored from project
2878             </li>
2879             <li>
2880               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2881               trailing end of protein alignment in transcript/product
2882               splitview when pad-gaps not enabled by default
2883             </li>
2884             <li>
2885               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2886               is case dependent
2887             </li>
2888             <li>
2889               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2890               article has been read (reopened issue due to
2891               internationalisation problems)
2892             </li>
2893             <li>
2894               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2895               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2896               cross-references
2897             </li>
2898
2899             <li>
2900               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2901               alignment as HTML
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2905               multiple structures are shown for one or more sequences.
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2909               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2910               is enabled.
2911             </li>
2912             <li>
2913               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2914               specific PDB id for sequence
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2918               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2919               columns' is disabled.
2920             </li>
2921             <li>
2922               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2923               selects lowest rather than highest resolution structures
2924               for each sequence
2925             </li>
2926             <li>
2927               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2928               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2929             </li>
2930             <li>
2931               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2932               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2933             </li>
2934             <li>
2935               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2936               after clicking on it to create new annotation for a
2937               column.
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2941               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2942             </li>
2943             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2944             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2945           </ul>
2946           <em>Applet</em>
2947           <ul>
2948             <li>
2949               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2950               hidden columns present before start of sequence
2951             </li>
2952             <li>
2953               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2954               (JSON jars)
2955             </li>
2956             <li>
2957               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2958               sequences are hidden in applet
2959             </li>
2960             <li>
2961               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2962               deployment on examples pages.
2963             </li>
2964           </ul>
2965         </div>
2966       </td>
2967     </tr>
2968     <tr>
2969       <td width="60" nowrap>
2970         <div align="center">
2971           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2972             <em>16/10/2015</em></strong>
2973         </div>
2974       </td>
2975       <td><em>General</em>
2976         <ul>
2977           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2978             jars</li>
2979         </ul></td>
2980       <td>
2981         <div align="left">
2982           <em>Application</em>
2983           <ul>
2984             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2985               shown when tree is partitioned</li>
2986             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2987               multiple cDNA/Protein split views</li>
2988           </ul>
2989         </div>
2990       </td>
2991     </tr>
2992     <tr>
2993       <td width="60" nowrap>
2994         <div align="center">
2995           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2996             <em>8/10/2015</em></strong>
2997         </div>
2998       </td>
2999       <td><em>General</em>
3000         <ul>
3001           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3002             2.9</li>
3003         </ul> <em>Application</em>
3004         <ul>
3005           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3006           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3007           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3008         </ul> <em>Applet</em>
3009         <ul>
3010           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3011         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3012         <ul>
3013           <li>
3014             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3015             suite
3016           </li>
3017         </ul></td>
3018       <td>
3019         <div align="left">
3020           <em>General</em>
3021           <ul>
3022             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3023               incorrect when sequence start > 1</li>
3024             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3025               documentation</li>
3026             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3027             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3028               loading a features file containing HTML tags in feature
3029               description</li>
3030
3031           </ul>
3032           <em>Application</em>
3033           <ul>
3034             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3035               reimport</li>
3036             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3037               with 'trim retrieved sequences'</li>
3038             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3039               deleting selected columns</li>
3040             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3041               JNLP templates for webstart launch</li>
3042             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3043               unreleased structures for download or viewing</li>
3044             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3045               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3046             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3047               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3048             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3049               recovered from jalview project</li>
3050             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3051               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3052               alignment view</li>
3053             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3054               color schemes from BioJSON</li>
3055           </ul>
3056           <em>Applet</em>
3057           <ul>
3058             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3059               frame</li>
3060             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3061           </ul>
3062         </div>
3063       </td>
3064     </tr>
3065     <tr>
3066       <td><div align="center">
3067           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3068         </div></td>
3069       <td><em>General</em>
3070         <ul>
3071           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3072             alignments:
3073             <ul>
3074               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3075                 and DNA alignment views</li>
3076               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3077                 cDNA alignment views</li>
3078               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3079                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3080               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3081                 protein sequences</li>
3082             </ul>
3083           </li>
3084           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3085           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3086             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3087           <li>New alignment annotation file statements for
3088             reference sequences and marking hidden columns</li>
3089           <li>Reference sequence based alignment shading to
3090             highlight variation</li>
3091           <li>Select or hide columns according to alignment
3092             annotation</li>
3093           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3094           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3095             acid conservation row</li>
3096           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3097         </ul> <em>Application</em>
3098         <ul>
3099           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3100             <ul>
3101               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3102                 view with cDNA/Protein</li>
3103               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3104                 sequences are placed in the same alignment</li>
3105               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3106                 projects</li>
3107             </ul>
3108           </li>
3109
3110           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3111           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3112             Jalview windows</li>
3113
3114           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3115           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3116           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3117             be shown in VARNA</li>
3118
3119           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3120             as the active selected region</li>
3121
3122           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3123             similarity</li>
3124           <li>New Export options
3125             <ul>
3126               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3127                 region export in flat file generation</li>
3128
3129               <li>Export alignment views for display with the <a
3130                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3131
3132               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3133               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3134                 alignment figures to HTML</li>
3135           </li>
3136           <li>3D structure retrieval and display
3137             <ul>
3138               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3139                 Search API</li>
3140               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3141                 PDB structures for a sequence set</li>
3142             </ul>
3143           </li>
3144
3145           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3146             predictions</li>
3147           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3148             for one or a group of sequences</li>
3149           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3150             from the JPred4 web server</li>
3151           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3152             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3153             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3154           </li>
3155           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3156             VARNA 2D Structure'</li>
3157           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3158             Structure ..."</li>
3159
3160         </ul> <em>Applet</em>
3161         <ul>
3162           <li>New layout for applet example pages</li>
3163           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3164             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3165           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3166             Protein alignments</li>
3167         </ul> <em>Development and deployment</em>
3168         <ul>
3169           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3170           <li>Include installation type and git revision in build
3171             properties and console log output</li>
3172           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3173             storing BioJsMSA Templates</li>
3174           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3175         </ul></td>
3176       <td>
3177         <!-- <em>General</em>
3178         <ul>
3179         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3180         <ul>
3181           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3182           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3183           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3184             predictions are not highlighted in amber</li>
3185           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3186             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3187           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3188             associated structure views</li>
3189           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3190             width checkbox not enabled</li>
3191           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3192             creating user defined colours</li>
3193           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3194             mappings for just that viewer's sequences</li>
3195           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3196             multiple models in Chimera</li>
3197           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3198             over Jmol structure</li>
3199           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3200             output to text box</li>
3201           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3202             have incorrect sequence start/end</li>
3203           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3204             Jalview fails</li>
3205           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3206             work for nucleotide</li>
3207           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3208             to a grey/invisible alignment window</li>
3209           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3210             imports to different position</li>
3211           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3212             on some platforms</li>
3213           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3214             populated</li>
3215           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3216             console if Chimera has been opened</li>
3217           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3218           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3219             retrieved</li>
3220           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3221           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3222             either sequence shows on first structure</li>
3223           <li>'Show annotations' options should not make
3224             non-positional annotations visible</li>
3225           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3226             in right place after 'view flanking regions'</li>
3227           <li>File Save As type unset when current file format is
3228             unknown</li>
3229           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3230             projects</li>
3231           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3232             responsive</li>
3233           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3234             several views on same alignment</li>
3235           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3236           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3237             spaces</li>
3238         </ul> <em>Applet</em>
3239         <ul>
3240           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3241           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3242             descriptions containing angle brackets</li>
3243         </ul> <em>General</em>
3244         <ul>
3245           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3246             via jalview annotation file</li>
3247           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3248             with RNA secondary structure</li>
3249           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3250             translation doesn't work.</li>
3251           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3252           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3253             positions</li>
3254           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3255             choosing 1pt font</li>
3256           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3257             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3258             'h'</li>
3259           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3260             new feature</li>
3261           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3262             order dependent</li>
3263           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3264             sequences</li>
3265           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3266         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3267         <ul>
3268           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3269             www.jalview.org</li>
3270         </ul> <em>Application Known issues</em>
3271         <ul>
3272           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3273           <li>Misleading message appears after trying to delete
3274             solid column.</li>
3275           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3276             version launches</li>
3277           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3278             fails with a sequence mismatch</li>
3279           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3280             scrolling alignment to right</li>
3281           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3282             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3283           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3284             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3285           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3286             ultra-high resolution</li>
3287           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3288             quality and conservation</li>
3289           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3290             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3291         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3292         <ul>
3293           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3294           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3295             window is being resized</li>
3296
3297         </ul>
3298       </td>
3299     </tr>
3300     <tr>
3301       <td><div align="center">
3302           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3303         </div></td>
3304       <td><em>General</em>
3305         <ul>
3306           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3307             Certum.PL.</li>
3308           <li>Features and annotation preserved when performing
3309             pairwise alignment</li>
3310           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3311             imported/exported/displayed</li>
3312           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3313             protein secondary structure</li>
3314           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3315               post-hoc with 2.9 release</em>)
3316           </li>
3317
3318         </ul> <em>Application</em>
3319         <ul>
3320           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3321             with 3D structures</li>
3322           <li>Support for parsing RNAML</li>
3323           <li>Annotations menu for layout
3324             <ul>
3325               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3326               <li>place sequence annotation above/below alignment
3327                 annotation</li>
3328             </ul>
3329           <li>Output in Stockholm format</li>
3330           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3331             translation</li>
3332           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3333           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3334             shared between alignments</li>
3335           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3336             Jalview</li>
3337           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3338             all or current selection</li>
3339           <li>disorder and secondary structure predictions
3340             available as dataset annotation</li>
3341           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3342
3343
3344           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3345             alignments from Rfam</li>
3346           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3347
3348           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3349             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3350           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3351           <li>include installation type in build properties and
3352             console log output</li>
3353           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3354             annotation</li>
3355         </ul></td>
3356       <td>
3357         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3358         <ul>
3359           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3360             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3361           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3362             alignment</li>
3363           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3364           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3365           <li>Double click on sequence associated annotation
3366             selects only first column</li>
3367           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3368             leaves shown in tree</li>
3369           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3370             properly</li>
3371           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3372           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3373             screen and buttons not visible</li>
3374           <li>author list isn't updated if already written to
3375             Jalview properties</li>
3376           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3377             from database</li>
3378           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3379           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3380             browser search window</li>
3381           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3382             in feature settings dialog</li>
3383           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3384             desktop</li>
3385           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3386             pass validation</li>
3387           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3388             fit on screen</li>
3389           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3390             tooltip</li>
3391           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3392             defined user preset</li>
3393           <li>MSA web services warns user if they were launched
3394             with invalid input</li>
3395           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3396             Java 8</li>
3397           <li>
3398             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3399             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3400             created
3401           </li>
3402
3403         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3404         <ul>
3405         </ul> <em>General</em>
3406         <ul>
3407         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3408         <ul>
3409           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3410             memory allocation</li>
3411           <li>launchApp service doesn't automatically open
3412             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3413           <li>
3414             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3415             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3416             1.7_055 is available
3417           </li>
3418         </ul> <em>Application Known issues</em>
3419         <ul>
3420           <li>
3421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3422             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3423             alignment to right
3424           </li>
3425           <li>
3426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3427             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3428             with large number of ID
3429           </li>
3430           <li>
3431             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3432             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3433             start/end
3434           </li>
3435           <li>
3436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3437             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3438             structure tracks are rearranged
3439           </li>
3440           <li>
3441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3442             invalid rna structure positional highlighting does not
3443             highlight position of invalid base pairs
3444           </li>
3445           <li>
3446             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3447             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3448             project from alignment window file menu
3449           </li>
3450           <li>
3451             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3452             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3453             structures
3454           </li>
3455           <li>
3456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3457             colour by RNA Helices not enabled when user created
3458             annotation added to alignment
3459           </li>
3460           <li>
3461             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3462             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3463           </li>
3464         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3465         <ul>
3466           <li>
3467             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3468             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3469           </li>
3470           <li>
3471             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3472             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3473           </li>
3474
3475           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3476             when selected</li>
3477         </ul>
3478       </td>
3479     </tr>
3480     <tr>
3481       <td><div align="center">
3482           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3483         </div></td>
3484       <td>
3485         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3486         <em>General</em>
3487         <ul>
3488           <li>Internationalisation of user interface (usually
3489             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3490           <li>Define/Undefine group on current selection with
3491             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3492           <li>Improved group creation/removal options in
3493             alignment/sequence Popup menu</li>
3494           <li>Sensible precision for symbol distribution
3495             percentages shown in logo tooltip.</li>
3496           <li>Annotation panel height set according to amount of
3497             annotation when alignment first opened</li>
3498         </ul> <em>Application</em>
3499         <ul>
3500           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3501             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3502           <li>Select columns containing particular features from
3503             Feature Settings dialog</li>
3504           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3505             sequences</li>
3506           <li>Update Jalview project format:
3507             <ul>
3508               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3509               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3510                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3511               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3512                 colouring</li>
3513             </ul>
3514           </li>
3515           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3516             (PAM250)</li>
3517           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3518             flanking regions for an alignment</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3523         <ul>
3524           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3525             running after job is cancelled</li>
3526           <li>cannot export features from alignments imported from
3527             Jalview/VAMSAS projects</li>
3528           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3529             float values</li>
3530           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3531             have 'display all symbols' flag set</li>
3532           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3533             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3534           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3535             Jalview</li>
3536           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3537             Lion/Webstart</li>
3538           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3539           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3540           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3541             alignment onto desktop</li>
3542           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3543             'extract scores' function</li>
3544           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3545             alignment window</li>
3546           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3547             performing IUPred disorder prediction</li>
3548           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3549             changing 'normalise logo' display setting</li>
3550           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3551             nothing matches query</li>
3552           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3553             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3554           </li>
3555           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3556             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3557           </li>
3558           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3559             Jalview's menu</li>
3560           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3561             'invalid literal/length code'</li>
3562           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3563             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3564           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3565             colourscheme</li>
3566
3567         </ul> <em>Applet</em>
3568         <ul>
3569           <li>Remove group option is shown even when selection is
3570             not a group</li>
3571           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3572             don't affect groups</li>
3573           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3574             colourscheme name</li>
3575           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3576             Annotation panel is not displayed</li>
3577           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3578             embedded windows</li>
3579         </ul> <em>Other</em>
3580         <ul>
3581           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3582             single sequence were not calculated</li>
3583           <li>annotation files that contain only groups imported as
3584             annotation and junk sequences</li>
3585           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3586             recognised as PFAM or BLC</li>
3587           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3588             doesn't affect background (2.8.0b1)
3589           <li></li>
3590           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3591           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3592             trailing gaps</li>
3593           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3594             registered correctly on import</li>
3595           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3596             certain alignments</li>
3597           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3598             existing annotation based 'use original colours'
3599             colourscheme loses original colours setting</li>
3600         </ul>
3601       </td>
3602     </tr>
3603     <tr>
3604       <td><div align="center">
3605           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3606             <em>30/1/2014</em></strong>
3607         </div></td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3611             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3612             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3613             open source project).
3614           </li>
3615           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3616           <li>Output in Stockholm format</li>
3617           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3618           <li>Export/import group and sequence associated line
3619             graph thresholds</li>
3620           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3621             ambiguity codes</li>
3622           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3623             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3624             works</li>
3625           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3626         </ul> <em>Other improvements</em>
3627         <ul>
3628           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3629           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3630             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3631           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3632             files</li>
3633           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3634           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3635             link but no description</li>
3636           <li>Select primary source when selecting authority in
3637             database fetcher GUI</li>
3638           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3639             Jalview</li>
3640           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3641         </ul>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3646             displayed</li>
3647           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3648             secondary structure annotation line</li>
3649           <li>Sequence database accessions not imported when
3650             fetching alignments from Rfam</li>
3651           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3652             identical IDs</li>
3653           <li>View all structures does not always superpose
3654             structures</li>
3655           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3656             reflect user or preset settings</li>
3657           <li>Null pointer exceptions for some services without
3658             presets or adjustable parameters</li>
3659           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3660             discover PDB xRefs</li>
3661           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3662             features with DAS</li>
3663           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3664             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3665           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3666             residue follows a gap</li>
3667           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3668             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3669           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3670             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3671           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3672             annotation already exists on alignment</li>
3673           <li>oninit javascript function should be called after
3674             initialisation completes</li>
3675           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3676             alignment window display</li>
3677           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3678           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3679             to annotation file</li>
3680           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3681             groups created</li>
3682           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3683             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3684           <li>Pressing return several times causes Number Format
3685             exceptions in keyboard mode</li>
3686           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3687             correct partitions for input data</li>
3688           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3689           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3690           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3691           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3692             mode</li>
3693           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3694             changes one row&#39;s threshold</li>
3695           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3696             doesn&#39;t open</li>
3697           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3698             quality histograms</li>
3699         </ul>
3700       </td>
3701     </tr>
3702     <tr>
3703       <td><div align="center">
3704           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3705         </div></td>
3706       <td><em>Application</em>
3707         <ul>
3708           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3709             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3710           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3711             preferences</li>
3712           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3713             in Jalview alignment window</li>
3714           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3715             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3716           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3717             RNA and ambiguity codes</li>
3718
3719           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3720           <li>Support fetching and database reference look up
3721             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3722             refs')</li>
3723           <li>Jalview project improvements
3724             <ul>
3725               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3726                 flag for annotation</li>
3727               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3728                 alignment</li>
3729               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3730                 Jalview project</li>
3731
3732             </ul>
3733           </li>
3734           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3735           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3736             running</li>
3737           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3738           <li>visual indication that web service results are still
3739             being retrieved from server</li>
3740           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3741             starts up for first time</li>
3742           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3743             services</li>
3744           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3745             client library</li>
3746           <li>Examples directory and Groovy library included in
3747             InstallAnywhere distribution</li>
3748         </ul> <em>Applet</em>
3749         <ul>
3750           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3751             visualization applet example</li>
3752         </ul> <em>General</em>
3753         <ul>
3754           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3755           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3756             defaults</li>
3757           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3758             calculation</li>
3759           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3760             matrices
3761           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3762             in HTML</li>
3763           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3764             structure contacts</li>
3765           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3766           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3767           <li>Parse sequence associated secondary structure
3768             information in Stockholm files</li>
3769           <li>HTML Export database accessions and annotation
3770             information presented in tooltip for sequences</li>
3771           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3772             style RNA alignment files</li>
3773           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3774             alignment</li>
3775           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3776             shade each sequence according to its associated alignment
3777             annotation</li>
3778           <li>New Jalview Logo</li>
3779         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3780         <ul>
3781           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3782           <li>New Website!</li>
3783         </ul></td>
3784       <td><em>Application</em>
3785         <ul>
3786           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3787             wsdbfetch REST service</li>
3788           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3789           <li>Filetype associations not installed for webstart
3790             launch</li>
3791           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3792             job execution in full once it is complete</li>
3793           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3794             uploaded via ali_file parameter</li>
3795           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3796           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3797           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3798             submitted for prediction</li>
3799           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3800             desktop window</li>
3801           <li>Putting fractional value into integer text box in
3802             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3803           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3804             windows 7</li>
3805           <li>View all structures fails with exception shown in
3806             structure view</li>
3807           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3808             escaped in a platform independent way</li>
3809           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3810             using proxy</li>
3811           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3812             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3813           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3814             failure when java web start temporary file caching is
3815             disabled</li>
3816           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3817             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3818           <li>Errors during processing of command line arguments
3819             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3820           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3821             DAS sources in sequence fetcher</li>
3822           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3823             dialog is shown</li>
3824           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3825           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3826           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3827           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3828             on OSX Mountain Lion</li>
3829           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3830             sequences with alignment annotation are pasted into the
3831             alignment</li>
3832           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3833             when loaded from Jalview project</li>
3834           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3835           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3836             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3837           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3838             associated with all views</li>
3839           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3840             annotation rows to new window</li>
3841         </ul> <em>Applet</em>
3842         <ul>
3843           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3844             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3845           <li>loading features via javascript API automatically
3846             enables feature display</li>
3847           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3848             work</li>
3849         </ul> <em>General</em>
3850         <ul>
3851           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3852           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3853             and then deselected</li>
3854           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3855           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3856             coloured with clustalx</li>
3857           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3858             exceptions and redraw errors</li>
3859           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3860             reconfigured view</li>
3861           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3862             colour</li>
3863           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3864             for lots of labels</li>
3865         </ul>
3866     </tr>
3867     <tr>
3868       <td>
3869         <div align="center">
3870           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3871         </div>
3872       </td>
3873       <td><em>Application</em>
3874         <ul>
3875           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3876           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3877           <li>View/alignment association menu to enable user to
3878             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3879             its colours/correspondences from</li>
3880           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3881           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3882             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3883           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3884           <li>Annotation row column label formatting attributes
3885             stored in project file</li>
3886           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3887             rows preserved in Jalview project file</li>
3888           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3889             saved using Desktop window menu</li>
3890           <li>Visual indication that command line arguments are
3891             still being processed</li>
3892           <li>Groovy script execution from URL</li>
3893           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3894             preferences</li>
3895           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3896             alignment with sequences that have high similarity and
3897             matching IDs</li>
3898           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3899           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3900             structures in same window</li>
3901           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3902           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3903             analysis function in its own submenu</li>
3904         </ul> <em>Applet</em>
3905         <ul>
3906           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3907             groups</li>
3908           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3909           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3910           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3911           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3912           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3913             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3914           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3915           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3916             parameters are treated as such</li>
3917           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3918             <ul>
3919               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3920               <li>Javascript callbacks for
3921                 <ul>
3922                   <li>Applet initialisation</li>
3923                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3924                 </ul>
3925               </li>
3926               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3927                 functions</li>
3928               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3929               <li>javascript structure viewer harness to pass
3930                 messages between Jmol and Jalview when running as
3931                 distinct applets</li>
3932               <li>sortBy method</li>
3933               <li>Set of applet and application examples shipped
3934                 with documentation</li>
3935               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3936                 javascript message exchange</li>
3937             </ul>
3938         </ul> <em>General</em>
3939         <ul>
3940           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3941             multiple alignments</li>
3942           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3943           <li>User configurable link to enable redirects to a
3944             www.Jalview.org mirror</li>
3945           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3946           <li>Configurable newline string when writing alignment
3947             and other flat files</li>
3948           <li>Allow alignment annotation description lines to
3949             contain html tags</li>
3950         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3951         <ul>
3952           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3953             examples</li>
3954           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3955             using a web service before displaying the result in the
3956             Jalview desktop</li>
3957           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3958           <li>Ant target to publish example html files with applet
3959             archive</li>
3960           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3961           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3962         </ul></td>
3963       <td><em>Application</em>
3964         <ul>
3965           <li>User defined colourscheme throws exception when
3966             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3967           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3968             dialog for valid filename/format</li>
3969           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3970           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3971             P37173</li>
3972           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3973             which sequence is to be associated with the file</li>
3974           <li>Find All raises null pointer exception when query
3975             only matches sequence IDs</li>
3976           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3977           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3978             2.4 cannot be loaded</li>
3979           <li>Filetype associations not installed for webstart
3980             launch</li>
3981           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3982             with sequences in different alignments do not get coloured
3983             by their associated sequence</li>
3984           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3985             not preserved when project is loaded</li>
3986           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3987             stored in Jalview project</li>
3988           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3989             Jalview project</li>
3990           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3991           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3992             by conservation</li>
3993           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3994             created on new view</li>
3995           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3996             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3997           <li>Alignment quality not updated after alignment
3998             annotation row is hidden then shown</li>
3999           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4000             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4001           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4002             properly</li>
4003           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4004             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4005           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4006           <li>Structures imported from file and saved in project
4007             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4008           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4009             job execution in full once it is complete</li>
4010         </ul> <em>Applet</em>
4011         <ul>
4012           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4013             annotation rows are displayed</li>
4014           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4015             codebase</li>
4016           <li>View follows highlighting does not work for positions
4017             in sequences</li>
4018           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4019           <li>Export features raises exception when no features
4020             exist</li>
4021           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4022             for javascript api is modified when separator string
4023             provided as parameter</li>
4024           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4025             alignment with no existing selection</li>
4026           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4027             to applet&#39;s codebase</li>
4028           <li>Status bar not updated after finished searching and
4029             search wraps around to first result</li>
4030           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4031             several Jalview applets causes race conditions and memory
4032             leaks</li>
4033           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4034             not sent from Jmol in applet</li>
4035           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4036             applet API fatally hang browser</li>
4037         </ul> <em>General</em>
4038         <ul>
4039           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4040             position with wrapped view and hidden regions</li>
4041           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4042             with/without hidden columns</li>
4043           <li>Sequence length given in alignment properties window
4044             is off by 1</li>
4045           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4046             import PDB like structure files</li>
4047           <li>Positional search results are only highlighted
4048             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4049           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4050           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4051             given sequence position</li>
4052           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4053             output</li>
4054           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4055             from nucleotide chains correctly</li>
4056           <li>Structure colours not updated when tree partition
4057             changed in alignment</li>
4058           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4059             parsed in interleaved stockholm</li>
4060           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4061             state</li>
4062           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4063             properly</li>
4064           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4065             properly associated with their pdb files</li>
4066         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4067         <ul>
4068           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4069             ApplyCopyright tool</li>
4070         </ul></td>
4071     </tr>
4072     <tr>
4073       <td>
4074         <div align="center">
4075           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4076         </div>
4077       </td>
4078       <td><em>Application</em>
4079         <ul>
4080           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4081             contact web services</li>
4082           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4083             service job window</li>
4084           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4085         </ul></td>
4086       <td>
4087         <ul>
4088           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4089             pir file emitted by Jalview</li>
4090           <li>Existing feature settings transferred to new
4091             alignment view created from cut'n'paste</li>
4092           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4093             parsing PDB files</li>
4094           <li>Consensus and conservation annotation rows
4095             occasionally become blank for all new windows</li>
4096           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4097             in wrapped view mode</li>
4098         </ul> <em>Application</em>
4099         <ul>
4100           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4101             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4102           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4103             parameter names</li>
4104           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4105             is down</li>
4106         </ul>
4107       </td>
4108     </tr>
4109     <tr>
4110       <td>
4111         <div align="center">
4112           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4113         </div>
4114       </td>
4115       <td><em>Application</em>
4116         <ul>
4117           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4118             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4119             (JABAWS)
4120           </li>
4121           <li>Web Services preference tab</li>
4122           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4123             preferences</li>
4124           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4125           <li>Superpose structures using associated sequence
4126             alignment</li>
4127           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4128             viewer</li>
4129         </ul> <em>Applet</em>
4130         <ul>
4131           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4132             link out mechanism</li>
4133         </ul> <em>Other</em>
4134         <ul>
4135           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4136             series 12</li>
4137           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4138             require Java 1.5</li>
4139           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4140             sequence annotation files</li>
4141           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4142             type colour specification</li>
4143           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4144             script to check if it being run in an interactive session or
4145             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4146         </ul></td>
4147       <td>
4148         <ul>
4149           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4150             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4151         </ul> <em>Application</em>
4152         <ul>
4153           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4154             selected Regions menu item</li>
4155           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4156             part of a valid accession ID</li>
4157           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4158             runs out of memory</li>
4159           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4160             analysis results</li>
4161           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4162             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4163           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4164         </ul> <em>Applet</em>
4165         <ul>
4166           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4167             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4168             defined.</li>
4169         </ul>
4170       </td>
4171     </tr>
4172     <tr>
4173       <td>
4174         <div align="center">
4175           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4176         </div>
4177       </td>
4178       <td></td>
4179       <td>
4180         <ul>
4181           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4182             sequence IDs</li>
4183           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4184             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4185           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4186             import correctly</li>
4187           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4188             number of columns are hidden</li>
4189           <li>annotation label popup menu not providing correct
4190             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4191             present</li>
4192           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4193             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4194           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4195             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4196
4197         </ul> <em>Applet</em>
4198         <ul>
4199           <li>annotation panel disappears when annotation is
4200             hidden/removed</li>
4201         </ul> <em>Application</em>
4202         <ul>
4203           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4204             alignment opened where annotation panel is visible but no
4205             annotations are present on alignment</li>
4206           <li>pasted region containing hidden columns is
4207             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4208           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4209             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4210           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4211             selected Rregions menu item.</li>
4212           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4213             'Un' or 'Non'conserved</li>
4214           <li>Sequence feature settings are being shared by
4215             multiple distinct alignments</li>
4216           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4217             changed</li>
4218           <li>double click on group annotation to select sequences
4219             does not propagate to associated trees</li>
4220           <li>Mac OSX specific issues:
4221             <ul>
4222               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4223                 window background</li>
4224               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4225                 name set correctly</li>
4226               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4227                 save feature colourscheme button</li>
4228             </ul>
4229           </li>
4230         </ul>
4231       </td>
4232     </tr>
4233     <tr>
4234
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td><em>New Capabilities</em>
4241         <ul>
4242           <li>URL links generated from description line for
4243             regular-expression based URL links (applet and application)
4244
4245           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4246             menu</li>
4247           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4248             structures</li>
4249           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4250             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4251           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4252             average score or total feature count for each sequence.</li>
4253           <li>Shading features by score or associated description</li>
4254           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4255             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4256           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4257             hide everything but the currently selected region.</li>
4258           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4259         </ul> <em>Application</em>
4260         <ul>
4261           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4262             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4263           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4264             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4265           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4266             database references and protein_name is parsed as
4267             description line (BioSapiens terms).</li>
4268           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4269             references in sequence ID tooltip from View menu in
4270             application.</li>
4271           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4272       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4273           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4274             conservation plots</li>
4275           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4276             and visualized as sequence logos</li>
4277           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4278             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4279           </li>
4280           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4281             when a new tree is opened.</li>
4282           <li>Jalview Java Console</li>
4283           <li>Better placement of desktop window when moving
4284             between different screens.</li>
4285           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4286             consensus annotation</li>
4287           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4288             Workflows</li>
4289           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4290             <ul>
4291               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4292                 used to preserve views, structures, and tree display
4293                 settings)</li>
4294               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4295                 command line</li>
4296               <li>Sharing of selected regions between views and
4297                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4298               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4299             </ul></li>
4300         </ul> <em>Applet</em>
4301         <ul>
4302           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4303           <li>New Parameters
4304             <ul>
4305               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4306                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4307                 opened.</li>
4308               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4309                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4310               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4311                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4312               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4313                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4314                 view</li>
4315               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4316                 increase the height or width of a cell in the alignment
4317                 grid relative to the current font size.</li>
4318             </ul>
4319           </li>
4320           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4321             tooltip</li>
4322         </ul> <em>Other</em>
4323         <ul>
4324           <li>Features format: graduated colour definitions and
4325             specification of feature scores</li>
4326           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4327             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4328             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4329           <li>XML formats extended to support graduated feature
4330             colourschemes, group associated annotation, and profile
4331             visualization settings.</li></td>
4332       <td>
4333         <ul>
4334           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4335             rather than description</li>
4336           <li>Non-positional features are now included in sequence
4337             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4338             visibility in tooltip).</li>
4339           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4340           <li>Added URL embedding instructions to features file
4341             documentation.</li>
4342           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4343             'X' in peptide product</li>
4344           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4345             sequence ID and sequence string and query strings do not
4346             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4347           <li>AMSA files only contain first column of
4348             multi-character column annotation labels</li>
4349           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4350             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4351             exported and re-imported)</li>
4352           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4353             name</li>
4354           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4355             as subsequence matches, and correctly reports total number
4356             of both.</li>
4357           <li>Application:
4358             <ul>
4359               <li>Better handling of exceptions during sequence
4360                 retrieval</li>
4361               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4362                 link text excludes the start_end suffix</li>
4363               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4364                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4365               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4366               <li>Sequence description lines properly shared via
4367                 VAMSAS</li>
4368               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4369                 data sources</li>
4370               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4371                 completes before alignment figures are generated.</li>
4372               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4373                 first time.</li>
4374               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4375                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4376               <li>User defined group colours properly recovered
4377                 from Jalview projects.</li>
4378             </ul>
4379           </li>
4380         </ul>
4381       </td>
4382
4383     </tr>
4384     <tr>
4385       <td>
4386         <div align="center">
4387           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4388         </div>
4389       </td>
4390       <td>
4391         <ul>
4392           <li>Experimental support for google analytics usage
4393             tracking.</li>
4394           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4395         </ul>
4396       </td>
4397       <td>
4398         <ul>
4399           <li>Race condition in applet preventing startup in
4400             jre1.6.0u12+.</li>
4401           <li>Exception when feature created from selection beyond
4402             length of sequence.</li>
4403           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4404           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4405             all sequences with a given id</li>
4406           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4407             ID string searches</li>
4408           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4409             alignment to fail with exception</li>
4410         </ul> <em>Application Issues</em>
4411         <ul>
4412           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4413           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4414             data sources</li>
4415         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4416         <ul>
4417           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4418             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4419           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4420             version (java class versioning error fixed)</li>
4421         </ul>
4422       </td>
4423     </tr>
4424     <tr>
4425       <td>
4426
4427         <div align="center">
4428           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4429         </div>
4430       </td>
4431       <td><em>User Interface</em>
4432         <ul>
4433           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4434             translation and protein products</li>
4435           <li>Linked highlighting of structure associated with
4436             residue mapping to codon position</li>
4437           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4438             and 'clear' button</li>
4439           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4440             Tools menu</li>
4441           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4442             numeric data in description line</li>
4443           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4444           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4445             of sequence</li>
4446         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4447         <ul>
4448           <li>JPred3 web service</li>
4449           <li>Prototype sequence search client (no public services
4450             available yet)</li>
4451           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4452             PFAM</li>
4453           <li>URL Links created for matching database cross
4454             references as well as sequence ID</li>
4455           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4456         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4457         <ul>
4458           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4459             databases</li>
4460           <li>Generalised database reference retrieval and
4461             validation to all fetchable databases</li>
4462           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4463             sequence command</li>
4464         </ul> <em>Import and Export</em>
4465         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4466         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4467           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4468         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4469           File</li>
4470         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4471           triplet as name of colourscheme</li>
4472         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4473         <ul>
4474           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4475           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4476             alignments (experimental)</li>
4477           <li>Create new or select existing session to join</li>
4478           <li>load and save of vamsas documents</li>
4479         </ul> <em>Application command line</em>
4480         <ul>
4481           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4482             from applet)</li>
4483           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4484             of DAS servers to query for alignment features</li>
4485           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4486             that are also automatically queried for features</li>
4487           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4488             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4489         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4490         <ul>
4491           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4492             application (when using &quot;View in full
4493             application&quot;)</li>
4494         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4495         <ul>
4496           <li>feature group display control parameter</li>
4497           <li>debug parameter</li>
4498           <li>showbutton parameter</li>
4499         </ul> <em>Applet API methods</em>
4500         <ul>
4501           <li>newView public method</li>
4502           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4503           <li>Feature display control methods</li>
4504           <li>get list of currently selected sequences</li>
4505         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4506         <ul>
4507           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4508           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4509             Jalview release.</li>
4510           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4511             property controls execution of obfuscator</li>
4512           <li>Build target for generating source distribution</li>
4513           <li>Debug flag for javacc</li>
4514           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4515             jalview.bin.Cache</li>
4516           <li>Continuous Build Integration for stable and
4517             development version of Application, Applet and source
4518             distribution</li>
4519         </ul></td>
4520       <td>
4521         <ul>
4522           <li>selected region output includes visible annotations
4523             (for certain formats)</li>
4524           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4525             for editing</li>
4526           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4527           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4528           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4529           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4530             comments</li>
4531           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4532             filenames containing a ':'</li>
4533           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4534             global sequence features</li>
4535           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4536             references from alignment sequences goes to zero</li>
4537           <li>Close of tree branch colour box without colour
4538             selection causes cascading exceptions</li>
4539           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4540           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4541             file parsing fails.</li>
4542           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4543           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4544             not a valid output format</li>
4545           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4546             vamsas</li>
4547           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4548           <li>error messages passed up and output when data read
4549             fails</li>
4550           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4551             sequence is edited</li>
4552           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4553             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4554           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4555             filetype</li>
4556           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4557             import fixed for PFAM records</li>
4558           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4559             window list</li>
4560           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4561             can be read and written correctly to annotation file</li>
4562           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4563             correctly</li>
4564           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4565             non-italic font for representatives in Applet</li>
4566           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4567             Macs.</li>
4568           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4569             Applet)</li>
4570           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4571             due to null pointer exceptions</li>
4572           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4573             first column of alignment</li>
4574           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4575             July 2008</li>
4576           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4577             file is case-insensitive</li>
4578           <li>Sequence features read from Features file appended to
4579             all sequences with matching IDs</li>
4580           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4581             containing a sub-sequence</li>
4582           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4583           <li>feature and annotation file applet parameters
4584             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4585           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4586           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4587             splash-screen version check to complete</li>
4588           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4589             when passing them to the launchApp service</li>
4590           <li>display name and local features preserved in results
4591             retrieved from web service</li>
4592           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4593             sequence fetcher initialisation</li>
4594           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4595             dasobert DAS client</li>
4596           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4597             association</li>
4598           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4599             sequences
4600           </li>
4601         </ul>
4602       </td>
4603     </tr>
4604     <tr>
4605       <td>
4606         <div align="center">
4607           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4608         </div>
4609       </td>
4610       <td>
4611         <ul>
4612           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4613           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4614           <li>Slide sequences</li>
4615           <li>Edit sequence in place</li>
4616           <li>EMBL CDS features</li>
4617           <li>DAS Feature mapping</li>
4618           <li>Feature ordering</li>
4619           <li>Alignment Properties</li>
4620           <li>Annotation Scores</li>
4621           <li>Sort by scores</li>
4622           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4623         </ul>
4624       </td>
4625       <td>
4626         <ul>
4627           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4628           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4629           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4630           <li>Feature group display state in XML</li>
4631           <li>Feature ordering in XML</li>
4632           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4633           <li>Stockholm alignment properties</li>
4634           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4635           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4636           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4637           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4638         </ul>
4639       </td>
4640
4641     </tr>
4642     <tr>
4643       <td>
4644         <div align="center">
4645           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4646         </div>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Non standard characters can be read and displayed
4651           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4652             applet via textbox
4653           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4654             name &amp; description
4655           <li>Preference setting to display sequence name in
4656             italics
4657           <li>Annotation file format extended to allow
4658             Sequence_groups to be defined
4659           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4660             specified in preferences
4661           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4662             sequences
4663         </ul>
4664       </td>
4665       <td>
4666         <ul>
4667           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4668             installed
4669           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4670           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4671         </ul>
4672       </td>
4673     </tr>
4674     <tr>
4675       <td>
4676         <div align="center">
4677           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4678         </div>
4679       </td>
4680       <td>
4681         <ul>
4682           <li>Multiple views on alignment
4683           <li>Sequence feature editing
4684           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4685           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4686           <li>Background dependent text colour
4687           <li>Right align sequence ids
4688           <li>User-defined lower case residue colours
4689           <li>Format Menu
4690           <li>Select Menu
4691           <li>Menu item accelerator keys
4692           <li>Control-V pastes to current alignment
4693           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4694           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4695           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4696
4697           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4698         </ul>
4699       </td>
4700       <td>
4701         <ul>
4702           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4703           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4704             calculations
4705           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4706             edits
4707           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4708             of alignment)
4709           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4710
4711           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4712             display correctly
4713           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4714           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4715             analysis results
4716           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4717             &#8739;
4718           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4719           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4720           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4721
4722         </ul>
4723       </td>
4724     </tr>
4725     <tr>
4726       <td>
4727         <div align="center">
4728           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4729         </div>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4734         </ul>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4739             sequence id panel has been resized</li>
4740           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4741             rendered</li>
4742           <li>Annotation files with sequence references - all
4743             elements in file are relative to sequence position</li>
4744           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4745         </ul>
4746       </td>
4747     </tr>
4748     <tr>
4749       <td>
4750         <div align="center">
4751           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4752         </div>
4753       </td>
4754       <td>
4755         <ul>
4756           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4757           <li>DAS Feature fetching</li>
4758           <li>Hide sequences and columns</li>
4759           <li>Export Annotations and Features</li>
4760           <li>GFF file reading / writing</li>
4761           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4762             files</li>
4763           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4764           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4765           <li>Applet can launch the full application</li>
4766           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4767             required)</li>
4768           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4769           <li>Applet can load sequences from parameter
4770             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4771           </li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4777           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4778           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4779         </ul>
4780       </td>
4781     </tr>
4782     <tr>
4783       <td>
4784         <div align="center">
4785           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4786         </div>
4787       </td>
4788       <td>
4789         <ul>
4790           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4791           <li>Choose to match case when searching</li>
4792           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4793             expand the visible width and height of the alignment</li>
4794         </ul>
4795       </td>
4796       <td>
4797         <ul>
4798           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4799         </ul>
4800       </td>
4801     </tr>
4802     <tr>
4803       <td>
4804         <div align="center">
4805           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4806         </div>
4807       </td>
4808       <td>&nbsp;</td>
4809       <td>
4810         <ul>
4811           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4812           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4813             value</li>
4814         </ul>
4815       </td>
4816     </tr>
4817     <tr>
4818       <td>
4819         <div align="center">
4820           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4821         </div>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4826           <li>Keyboard editing</li>
4827           <li>Create sequence features from searches</li>
4828           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4829             alignments</li>
4830           <li>Features file allows grouping of features</li>
4831           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4832           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4833           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4834         </ul>
4835       </td>
4836       <td>
4837         <ul>
4838           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4839           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4840             descriptions saved.</li>
4841         </ul>
4842       </td>
4843     </tr>
4844     <tr>
4845       <td>
4846         <div align="center">
4847           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4848         </div>
4849       </td>
4850       <td>
4851         <ul>
4852           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4853           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4854           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4855             name for file output</li>
4856           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4857           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4858             used for HTML form input</li>
4859         </ul>
4860       </td>
4861       <td>
4862         <ul>
4863           <li>HTML output writes groups and features</li>
4864           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4865           <li>File IO bugs</li>
4866         </ul>
4867       </td>
4868     </tr>
4869     <tr>
4870       <td>
4871         <div align="center">
4872           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4873         </div>
4874       </td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4878           <li>More options for PCA viewer</li>
4879         </ul>
4880       </td>
4881       <td>
4882         <ul>
4883           <li>GUI bugs resolved</li>
4884           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4885         </ul>
4886       </td>
4887     </tr>
4888     <tr>
4889       <td height="63">
4890         <div align="center">
4891           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4892         </div>
4893       </td>
4894       <td>
4895         <ul>
4896           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4897           <li>Jar files are executable</li>
4898           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4899         </ul>
4900       </td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4904           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4905           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911         <div align="center">
4912           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4913         </div>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4918         </ul>
4919       </td>
4920       <td>
4921         <ul>
4922           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4923         </ul>
4924       </td>
4925     </tr>
4926     <tr>
4927       <td>
4928         <div align="center">
4929           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4930         </div>
4931       </td>
4932       <td>
4933         <ul>
4934           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4935             size</li>
4936         </ul>
4937       </td>
4938       <td>
4939         <ul>
4940           <li>Improved JPred client reliability</li>
4941           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4942         </ul>
4943       </td>
4944     </tr>
4945     <tr>
4946       <td>
4947         <div align="center">
4948           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4949         </div>
4950       </td>
4951       <td>
4952         <ul>
4953           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4954           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4955           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4956             to Colour Menu</li>
4957           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4958           <li>Unix users can set default web browser</li>
4959           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4960           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4961         </ul>
4962       </td>
4963       <td>
4964         <ul>
4965           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4966         </ul>
4967       </td>
4968     </tr>
4969     <tr>
4970       <td>
4971         <div align="center">
4972           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4973         </div>
4974       </td>
4975       <td>&nbsp;</td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4979             alignment order.</li>
4980         </ul>
4981       </td>
4982     </tr>
4983     <tr>
4984       <td>
4985         <div align="center">
4986           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4987         </div>
4988       </td>
4989       <td>
4990         <ul>
4991           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4992           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4993           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4994             annotations.</li>
4995           <li>Version and build date written to build properties
4996             file.</li>
4997           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4998             at launch of Jalview.</li>
4999         </ul>
5000       </td>
5001       <td>
5002         <ul>
5003           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5004           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5005           <li>Can remove groups one by one.</li>
5006           <li>Filechooser icons installed.</li>
5007           <li>Finder ignores return character when searching.
5008             Return key will initiate a search.<br>
5009           </li>
5010         </ul>
5011       </td>
5012     </tr>
5013     <tr>
5014       <td>
5015         <div align="center">
5016           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5017         </div>
5018       </td>
5019       <td>
5020         <ul>
5021           <li>New codebase</li>
5022         </ul>
5023       </td>
5024       <td>&nbsp;</td>
5025     </tr>
5026   </table>
5027   <p>&nbsp;</p>
5028 </body>
5029 </html>