help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
  61           <em>24/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64         </ul>
  65       </td>
  66       <td align="left" valign="top">
  67         <ul>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
  70             "Encountered problems opening
  71             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
  72           </li>
  73         </ul>
  74       </td>
  75     </tr>
  76     <tr>
  77       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  78           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  79           <em>17/09/2020</em></strong></td>
  80       <td align="left" valign="top">
  81         <ul>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  84             residue in cursor mode
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  88             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  92             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  93             improved compatibility with JalviewJS
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  97             alignments from Pfam and Rfam
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 101             import (no longer based on .gz extension)
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 108             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 109             EMBL flat file
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 113             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 114             saving or making backup files.
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 118             <ul>
 119               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 120               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 121             </ul>
 122           </li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 125             when running on Linux (Requires Java 11+)
 126           </li>
 127         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 128         <ul>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 131             through a system property
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 135             line help for configuring Jalview's memory
 136           </li>
 137         </ul>
 138       </td>
 139       <td align="left" valign="top">
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 143             but not calculated and no protein or DNA score models are
 144             available for tree/PCA calculation when launched with
 145             Turkish language locale
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 149             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 153             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 157             sequence under the cursor
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 161             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 165             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 166             '%s'" on the console
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 170             when there are both local and complementary features mapped
 171             to the position under the cursor
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 175             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 179             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 183             internationalised text for some messages and log output
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 187             hidden gapped columns
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 191             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 195             specifying output format when exporting an alignment via the
 196             command line
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 200             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 201             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 202             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 203             file again, and if that fails, delete the original file and
 204             save in place.)
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 208             via command line
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 212             program and documentation
 213           </li>
 214         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 215         <ul>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 218             first time for a version that has different jars to the
 219             previous launched version.
 220           </li>
 221         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 222         <ul>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 225             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 226             OutOfMemory error.
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 230             monitor the release channel
 231           </li>
 232         </ul> <em>New Known defects</em>
 233         <ul>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 236             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 237             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 238             genome of RNA viruses)
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 242             are ordered differently when shown on alignment and in
 243             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 247             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 248             works for the top left quadrant of the alignment window
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 252             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 256             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 257           </li>
 258         </ul>
 259       </td>
 260     </tr>
 261     <tr>
 262       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 263           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 264           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 265       <td align="left" valign="top">
 266         <ul>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 269             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 270             for display in alignments, on structure views (including
 271             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 272             export.
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 276             exported and re-imported as GFF3 files
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 280             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 284             validation while parsing
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 288             position if reopened
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 292             of associated view
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 296             enabled by default
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 300             tooltips and menus
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 304             with no feature types visible
 305           </li>
 306           <li>
 307           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 308           </li>
 309         </ul><em>Jalview Installer</em>
 310             <ul>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 313             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 320           </li>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 323               <li>
 324                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 325         </ul> <em>Release processes</em>
 326         <ul>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 329           </li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 332           </li>
 333         </ul> <em>Build System</em>
 334         <ul>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 340             report
 341           </li>
 342         </ul>
 343         <em>Groovy Scripts</em>
 344             <ul>
 345           <li>
 346             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 347             to stdout containing the consensus sequence for each
 348             alignment in a Jalview session
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 352             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 353             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 354           </li>
 355         </ul>
 356       </td>
 357       <td align="left" valign="top">
 358         <ul>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 361             'Show hidden markers' option is not ticked
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 365             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 366             jalview preferences or properties file
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 370             'Show Sequence Features' option is not ticked
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 374             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 375             features are visible
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 379             equal when split frame is first opened
 380           </li>
 381           <li>
 382             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 383             correct after editing a sequence's start position
 384           </li>
 385           <li>
 386             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 387             with annotation and exceptions thrown when only a few
 388             columns shown in wrapped mode
 389           </li>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 392             wrapped alignment figure with annotations
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 396             ID fails with ClassCastException
 397           </li>
 398           <li>
 399             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 400             Project
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 404             feature settings dialog also selects columns
 405           </li>
 406           <li>
 407             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 408             IllegalArgumentException in some circumstances
 409           </li>
 410           <li>
 411             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 412             opened for a view
 413           </li>
 414           <li>
 415             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 416             alignment window is closed
 417           </li>
 418           <li>
 419             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 420             help documentation for 2.11.0 release
 421           </li>
 422           <li>
 423             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 424             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 425             Uniprot Accession
 426           </li>
 427         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 428         <ul>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 431             PDB/Uniprot search panel
 432           </li>
 433         </ul> <em>Installer</em>
 434         <ul>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 437             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 438           </li>
 439         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 440         <ul>
 441           <li>
 442             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 443             repository
 444           </li>
 445           <li>
 446             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 447             memory
 448           </li>
 449         </ul> <em>New Known Issues</em>
 450         <ul>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 453             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 454             command line
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 458             clipped in headless figure export when Right Align option
 459             enabled
 460           </li>
 461           <li>
 462             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 463             'Source' in console output
 464           </li>
 465           <li>
 466             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 467             bamboo server but run fine locally.
 468           </li>
 469         </ul>
 470       </td>
 471     </tr>
 472     <tr>
 473       <td width="60" align="center" nowrap>
 474           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 475             <em>04/07/2019</em></strong>
 476       </td>
 477       <td align="left" valign="top">
 478         <ul>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 481             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 482             source project) rather than InstallAnywhere
 483           </li>
 484           <li>
 485             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 486             settings, receive over the air updates and launch specific
 487             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 488               Rings' GetDown</a>)
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 492             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 496             arguments and switch between different getdown channels
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 500             or alignment files
 501           </li>
 502
 503           <li>
 504             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 505             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 508             'Translate as cDNA'</li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 511           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 512             <ul>
 513                       <li>
 514             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 515             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 516           <li>
 517                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 518                 features can be filtered and shaded according to any
 519                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 520                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 521                 file)
 522               </li>
 523               <li>
 524                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 525                 stored and restored from Jalview Projects
 526               </li>
 527               <li>
 528                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 529                 recognise variant features
 530               </li>
 531               <li>
 532                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 533                 sequences (also coloured red by default)
 534               </li>
 535               <li>
 536                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 537                 details
 538               </li>
 539               <li>
 540                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 541                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 542               </li>
 543               <li>
 544                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 545                 dialog
 546               </li>
 547             </ul>
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 551             tree and PCA calculations
 552           </li>
 553           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 554             <ul>
 555               <li>
 556                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 557                 and Viewer state saved in Jalview Project
 558               </li>
 559               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 560                 drop-down menus</li>
 561               <li>
 562                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 563                 incrementally
 564               </li>
 565               <li>
 566                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 567               </li>
 568             </ul>
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 572           </li>
 573           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 574           <ul>
 575               <li>
 576                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 577                 multiple groups when working with large alignments
 578               </li>
 579               <li>
 580                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 581                 Stockholm files
 582               </li>
 583             </ul>
 584           <li><strong>User Interface</strong>
 585           <ul>
 586               <li>
 587                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 588                 view
 589               </li>
 590               <li>
 591                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 592                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 593                 default (can be changed in user preferences)
 594               </li>
 595               <li>
 596                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 597                 to the Overwrite Dialog
 598               </li>
 599               <li>
 600                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 601                 sequences are hidden
 602               </li>
 603               <li>
 604                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 605                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 606               </li>
 607               <li>
 608                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 609                 labels
 610               </li>
 611               <li>
 612                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 613                 when in wrapped mode
 614               </li>
 615               <li>
 616                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 617                 annotation
 618               </li>
 619               <li>
 620                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 621               </li>
 622               <li>
 623                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 624                 panel
 625               </li>
 626               <li>
 627                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 628                 popup menu
 629               </li>
 630               <li>
 631               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 632               <li>
 633               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 634
 635
 636             </ul></li>
 637             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 638           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 639             <ul>
 640               <li>
 641                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 642                 trapping CMD-Q
 643               </li>
 644             </ul></li>
 645         </ul>
 646         <em>Deprecations</em>
 647         <ul>
 648           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 649             capabilities removed from the Jalview Desktop
 650           </li>
 651           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 652             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 653             and XML based data retrieval clients</li>
 654           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 655           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 656         </ul> <em>Documentation</em>
 657         <ul>
 658           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 659             not supported in EPS figure export
 660           </li>
 661           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 662         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 663         <ul>
 664           <li>
 665           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 666           </li>
 667       <li>
 668       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 669           <li>
 670           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 671             gradle-eclipse
 672           </li>
 673           <li>
 674           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 675             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 676             execution
 677           </li>
 678           <li>
 679           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 680             operations
 681           </li>
 682           <li>
 683           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 684             issues resolved
 685           </li>
 686           <li>
 687           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 688             markdown (with HTML rendering)
 689           </li>
 690           <li>
 691           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 692           </li>
 693           <li>
 694           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 695             versions of Jalview
 696           </li>
 697         </ul>
 698       </td>
 699       <td align="left" valign="top">
 700         <ul>
 701           <li>
 702             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 706             superposition in Jmol fail on Windows
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 710             structures for sequences with lots of PDB structures
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 714             monospaced font
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 718             project involving multiple views
 719           </li>
 720           <li>
 721             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 722             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 723             Annotation dialog hides columns
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 727             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 728             one view, then making another selection in the other view
 729           </li>
 730           <li>
 731             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 732             columns
 733           </li>
 734           <li>
 735             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 736             Settings and Jalview Preferences panels
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 740             overview with large alignments
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 744             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 745             mouse moved to the left of the first column
 746           </li>
 747           <li>
 748             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 749             hidden column marker via scale popup menu
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 753             doesn't tell users the invalid URL
 754           </li>
 755           <li>
 756             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 757             score from view
 758           </li>
 759           <li>
 760             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 761             show cross references or Fetch Database References are shown in
 762             red in original view
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 766             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 770             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 771           </li>
 772           <li>
 773             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 774             when columns are hidden
 775           </li>
 776           <li>
 777             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 778             Columns by Annotation description
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 782             out of Scale or Annotation Panel
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 786             scale panel
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 790             alignment down
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 794             scale panel
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 798             Page Up in wrapped mode
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 805           </li>
 806           <li>
 807             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 808             on opening an alignment
 809           </li>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 812             Colour menu
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 816             different groups in the alignment are selected
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 820             correctly in menu
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 824             threshold limit
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 828             threshold gets 'unrounded'
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 832             colour
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 836           </li>
 837           <li>
 838             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 842             Tree font
 843           </li>
 844           <li>
 845             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 846             project file
 847           </li>
 848           <li>
 849             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 850             shown in complementary view
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 854             without normalisation
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 858             of report
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 862           </li>
 863           <li>
 864           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 865           </li>
 866         </ul> <em>Editing</em>
 867         <ul>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 870             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 871             sequence
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 875             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 876             removed (Known defect since 2.10)
 877           </li>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 880             dialog corrupts dataset sequence
 881           </li>
 882           <li>
 883             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 884             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 885           </li>
 886         </ul> <em>Datamodel</em>
 887         <ul>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 890             sequence's End is greater than its length
 891           </li>
 892         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 893           general release)</em>
 894         <ul>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 897           </li>
 898         </ul> <em>New Known Defects</em>
 899         <ul>
 900         <li>
 901         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 902         </li>
 903         <li>
 904           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 905           regions of protein alignment.
 906         </li>
 907         <li>
 908           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 909           is restored from a Jalview 2.11 project
 910         </li>
 911         <li>
 912           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 913           'New View'
 914         </li>
 915         <li>
 916           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 917           columns within hidden columns
 918         </li>
 919         <li>
 920           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 921           window after dragging left to select columns to left of visible
 922           region
 923         </li>
 924         <li>
 925           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 926           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 927           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 928           create a Score filter instead.
 929         </li>
 930         <li>
 931         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 932         <li>
 933         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 934         </li>
 935         <li>
 936           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 937           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 938         </li>
 939         </ul>
 940         <em>Java 11 Specific defects</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 944               alphabetically when saved
 945             </li>
 946         </ul>
 947       </td>
 948     </tr>
 949     <tr>
 950     <td width="60" nowrap>
 951       <div align="center">
 952         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 953       </div>
 954     </td>
 955     <td><div align="left">
 956         <em></em>
 957         <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 960               InstallAnywhere increased to 1G.
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 964               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 965               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 966                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 967                 properties file.</em>
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 971               API and sequence data now imported as JSON.
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 975               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 976               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 977               property.
 978             </li>
 979           </ul>
 980           <em>Development</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 984               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 985                 Clover</a>
 986             </li>
 987           </ul>
 988         </div></td>
 989     <td><div align="left">
 990         <em></em>
 991         <ul>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 994               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 995               alignment.
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 999               annotation displayed.
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1003               for newly created group when 'Apply to all groups'
1004               selected
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1008               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1009               visible.
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1013               when sequences are selected in exported view.</em>
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1017               aren't rendered with correct colour.
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1021               types of knotted RNA secondary structure.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1025               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1026               do not start at 1.
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1030               annotation when columns are inserted into an alignment,
1031               and when exporting as Stockholm flatfile.
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1035               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1036               treated as RNA secondary structure.
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1040               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1044               transfers focus to previous window on OSX
1045             </li>
1046           </ul>
1047           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1051               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1052               box.
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1056               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1057               'look and feel' which has improved compatibility with the
1058               latest version of OSX.
1059             </li>
1060           </ul>
1061         </div>
1062     </td>
1063     </tr>
1064     <tr>
1065       <td width="60" nowrap>
1066         <div align="center">
1067           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1068             <em>7/06/2018</em></strong>
1069         </div>
1070       </td>
1071       <td><div align="left">
1072           <em></em>
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1076               annotation retrieved from Uniprot
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1080               onto the Jalview Desktop
1081             </li>
1082           </ul>
1083         </div></td>
1084       <td><div align="left">
1085           <em></em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1089               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1093               right-hand column parsed correctly
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1097               not alignment area in exported graphic
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1101               window has input focus
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1105               annotation added to view (Windows)
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1109               network connectivity is poor
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1113               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1114                 the currently open URL and links from a page viewed in
1115                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1116                 you are using Edge, only links in the page can be
1117                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1118                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1119             </li>
1120           </ul>
1121           <em>New Known Defects</em>
1122           <ul>
1123             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1124           </ul>
1125         </div></td>
1126     </tr>
1127     <tr>
1128       <td width="60" nowrap>
1129         <div align="center">
1130           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1131         </div>
1132       </td>
1133       <td><div align="left">
1134           <em></em>
1135           <ul>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1138               for disabling automatic superposition of multiple
1139               structures and open structures in existing views
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1143               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1144               adjust them.
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1148               Ensembl services
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1152               and lots of hidden columns
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1156               of features (particularly when transparency is disabled)
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1160               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1161               generally available
1162             </li>
1163           </ul>
1164           </div>
1165       </td>
1166       <td><div align="left">
1167           <ul>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1170               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1174               overlapping alignment panel
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1178               sequence as gaps
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1182               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1183               UTR
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1187               factor annotation not added to sequence when local PDB
1188               file associated with it by drag'n'drop or structure
1189               chooser
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1193               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1197               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1201               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1205               columns in annotation row
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1209               honored in batch mode
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1213               for structures added to existing Jmol view
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1217               entries after importing project with multiple views
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1221               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1222               with negative residue numbers or missing residues fails
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1226               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1227               as generated by CONSURF)
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1231               tooltip doesn't include a text description of mutation
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1235               structure and/or overview windows are also shown
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1239               very slow for alignments with large numbers of sequences
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1243               with 'StringIndexOutOfBounds'
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1247               platforms running Java 10
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1251               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1252             </li>
1253           </ul>
1254           <em>Applet</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1258               should copy the group consensus when popup is opened on it
1259             </li>
1260           </ul>
1261           <em>Batch Mode</em>
1262           <ul>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1265           </li>
1266           </ul>
1267           <em>New Known Defects</em>
1268           <ul>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1271               editing a large alignment and overview is displayed
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1275               repeatedly after a series of edits even when the overview
1276               is no longer reflecting updates
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1280               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1281               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1282               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1286               option gives blank output
1287             </li>
1288           </ul>
1289         </div>
1290           </td>
1291     </tr>
1292     <tr>
1293       <td width="60" nowrap>
1294         <div align="center">
1295           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1296         </div>
1297       </td>
1298       <td><div align="left">
1299           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1300               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1301       <td><div align="left">
1302           <em>Desktop</em><ul>
1303           <ul>
1304             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1305             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1306             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1307             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1308             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1309             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1310             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1311           </ul>
1312           </div>
1313       </td>
1314     </tr>
1315     <tr>
1316       <td width="60" nowrap>
1317         <div align="center">
1318           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1319         </div>
1320       </td>
1321       <td><div align="left">
1322           <em></em>
1323           <ul>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1326               rendering of sequence features
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1330               429 rate limit request hander
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1334               their colours have changed
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1338               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1342               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1346               view from Ensembl locus cross-references
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1350               Alignment report
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1354               feature can be disabled
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1358               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1362               Uniprot
1363             </li>
1364           </ul>
1365           <em>Scripting</em>
1366           <ul>
1367             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1368             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1369               percent identity scores for current alignment.</li>
1370           </ul>
1371           <em>Testing and Deployment</em>
1372           <ul>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1375             </li>
1376           </ul>
1377         </div></td>
1378       <td><div align="left">
1379           <em>General</em>
1380           <ul>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1383               threshold text field doesn't trigger an update to the
1384               alignment view
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1388               strings in parallel
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1392               alignment window is closed
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1396               group visibility
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1400               takes a long time in Cursor mode
1401             </li>
1402           </ul>
1403           <em>Desktop</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1407               cannot be viewed in Chimera
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1411               CDS/Protein view
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1415               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1416               Search Dialogs
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1426               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1430               scrolling right in unwapped alignment view
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1434               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1435               database
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1439               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1443               features of same type and group to be selected for
1444               amending
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1448               alignments when hidden columns are present
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1452               displaying several structures
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1456               moving a window
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1460               within the Jalview desktop on OSX
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1464               when in wrapped alignment mode
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1468               hand end of alignment
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1472               each selected sequence do not have correct start/end
1473               positions
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1477               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1481               restoring project until a new view is created
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1485               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1486               configured (since 2.10.2b2)
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1490               position is adjusted
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1494               in a multi-chain structure when viewing alignment
1495               involving more than one chain (since 2.10)
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1499               if new selection moves alignment window
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1503               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1507               that produces correctly annotated transcripts and products
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1511               doesn't update associated structure view
1512             </li>
1513           </ul>
1514           <em>Applet</em><br />
1515           <ul>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1518               closing alignment panel
1519             </li>
1520           </ul>
1521           <em>BioJSON</em><br />
1522           <ul>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1525               non-positional features
1526             </li>
1527           </ul>
1528           <em>New Known Issues</em>
1529           <ul>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1532               sequence features correctly (for many previous versions of
1533               Jalview)
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1537               using cursor in wrapped panel other than top
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1541               graduated colour threshold
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1545               always preserve numbering and sequence features
1546             </li>
1547           </ul>
1548           <em>Known Java 9 Issues</em>
1549           <ul>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1552               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1553               9.01, OSX 10.10)
1554             </li>
1555           </ul>
1556         </div></td>
1557     </tr>
1558     <tr>
1559       <td width="60" nowrap>
1560         <div align="center">
1561           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1562             <em>2/10/2017</em></strong>
1563         </div>
1564       </td>
1565       <td><div align="left">
1566           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1567           <ul>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1570             </li>
1571             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1572             </li>
1573           </ul>
1574         </div></td>
1575       <td><div align="left">
1576         </div></td>
1577     </tr>
1578     <tr>
1579       <td width="60" nowrap>
1580         <div align="center">
1581           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1582             <em>7/9/2017</em></strong>
1583         </div>
1584       </td>
1585       <td><div align="left">
1586           <em></em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1590               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1591               white)
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1595               Preferences
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1599               in size and progress bar shown as higher resolution
1600               overview is recalculated
1601             </li>
1602
1603           </ul>
1604         </div></td>
1605       <td><div align="left">
1606           <em></em>
1607           <ul>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1610               column region row by row
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1614               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1618               format setting is unticked
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1622               if group has show boxes format setting unticked
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1626               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1627               include sequences and columns not currently displayed
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1631               assemblies are imported via CIF file
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1635               displayed when threshold or conservation colouring is also
1636               enabled.
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1640               server version
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1644               dragging a selected region off the visible region of the
1645               alignment
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1649               colourscheme to all groups in a view
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1653               initially after font size change using the Font chooser or
1654               middle-mouse zoom
1655             </li>
1656           </ul>
1657         </div></td>
1658     </tr>
1659     <tr>
1660       <td width="60" nowrap>
1661         <div align="center">
1662           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1663         </div>
1664       </td>
1665       <td><div align="left">
1666           <em>Calculations</em>
1667           <ul>
1668
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1671               ungapped positions in each column of the alignment.
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1675               a calculation dialog box
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1679               and memory efficiency (~30x faster)
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1683               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1684               and other calculations
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1688               files within the Jalview codebase
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1692               Similarity may have different topology due to increased
1693               precision
1694             </li>
1695           </ul>
1696           <em>Rendering</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1700               model for alignments and groups
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1704               scripts
1705             </li>
1706           </ul>
1707           <em>Overview</em>
1708           <ul>
1709             <li>
1710               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1711               with alignment and overview windows
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1715               overview
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1719               omitted in Overview
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1723               adjustment of visible position
1724             </li>
1725           </ul>
1726
1727           <em>Data import/export</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1731               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1735               annotation input/output via stockholm flatfile
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1739               extension when importing structure files without embedded
1740               names or PDB accessions
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1744               format sequence substitution matrices
1745             </li>
1746           </ul>
1747           <em>User Interface</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1751               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1752               the application.
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1756               via Overview or sequence motif search operations
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1760               opened by double clicking gaps within sequence feature
1761               extent
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1765               aligned positions were available to create a 3D structure
1766               superposition.
1767             </li>
1768           </ul>
1769           <em>3D Structure</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1773               coloured in linked structure views
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1777               file-based command exchange
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1781               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1782               structures are already available for sequences
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1786               the Jalview project rather than downloaded again when the
1787               project is reopened.
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1791               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1792               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1793                 Feature</strong>)
1794             </li>
1795           </ul>
1796           <em>Web Services</em>
1797           <ul>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1803               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1804               Analysis services
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1808               cross-references provided by identifiers.org and the
1809               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1810             </li>
1811           </ul>
1812
1813           <em>Scripting</em>
1814           <ul>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1817               identifying file formats (instead of String constants)
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1821               efficiency when counting all displayed features (not
1822               backwards compatible with 2.10.1)
1823             </li>
1824           </ul>
1825           <em>Example files</em>
1826           <ul>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1829               included in the example feature file
1830             </li>
1831           </ul>
1832           <em>Documentation</em>
1833           <ul>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1836               with the built-in Java help viewer
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1840               sequence description' option
1841             </li>
1842           </ul>
1843           <em>Test Suite</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1847               Uniprot REST Free Text Search Client
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1854               during tests
1855             </li>
1856           </ul>
1857         </div></td>
1858       <td><div align="left">
1859           <em>Calculations</em>
1860           <ul>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1863               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1864               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1865             </li>
1866             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1867               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1868               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1869               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1870               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1871               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1872               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1873               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1874               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1875               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1876               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1877               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1878               // for 2.10.1 mode <br />
1879               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1880               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1881                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1882                 calculations (not recommended)</em></li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1885               scaling of branch lengths for trees computed using
1886               Sequence Feature Similarity.
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1890               generating output report when working with highly
1891               redundant alignments
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1895               right of selected region when gaps present on right-hand
1896               boundary
1897             </li>
1898           </ul>
1899           <em>User Interface</em>
1900           <ul>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1903               doesn't reselect a specific sequence's associated
1904               annotation after it was used for colouring a view
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1908               opened on a region of alignment without groups
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1912               of an alignment with overlapping groups
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1916               name and description match
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1920               hidden regions results in incorrect hidden regions
1921             </li>
1922             <li>
1923               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1924               changing colour does not apply Conservation slider value
1925               to all groups
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1929               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1933               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1937               gaps before start of features
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1941               restored to UI when feature colour is edited
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1945               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1949               as graduate feature colour settings are modified via the
1950               dialog box
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1954               when a group defined on the alignment is resized
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1958               wrapped view result in positional status updates
1959             </li>
1960
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1963               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1967               alignment included gapped columns
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1971               widgets don't permanently disappear
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1975               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1976               T-Coffee column reliability scores)
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1980               sequence feature on gaps only
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1984               button from a Find inherit previously defined feature type
1985               rather than the Find query string
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1989               exporting tree calculated in Jalview
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1993               and then revealing them reorders sequences on the
1994               alignment
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1998               doesn't update to reflect available set of groups after
1999               interactively adding or modifying features
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2003               Linux
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2007               only excluded gaps in current sequence and ignored
2008               selection.
2009             </li>
2010           </ul>
2011           <em>Rendering</em>
2012           <ul>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2015               erratically when hidden rows or columns are present
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2019               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2020               sequence colouring
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2024               colour and group colour menu for protein alignments
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2028               reflect currently selected view or group's shading
2029               thresholds
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2033               when rendered on overview and structures when opacity at
2034               100%
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2038               overview when features overlaid on alignment
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2042               recovered correctly from Jalview project file
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2046               (automatically via preferences) are different to the main
2047               alignment panel
2048             </li>
2049           </ul>
2050           <em>Data import/export</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2054               load
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2058               added after a sequence was imported are not written to
2059               Stockholm File
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2063               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2067               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2071               with lightGray or darkGray via features file (but can
2072               specify lightgray)
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2076               when alignment view imported from project
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2080               structure and sequences extracted from structure files
2081               imported via URL and viewed in Jmol
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2085               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2086               the project is loaded and the structure viewed
2087             </li>
2088           </ul>
2089           <em>Web Services</em>
2090           <ul>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2093               release of Ensembl v.88
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2097               appear enabled in Preferences->Connections
2098             </li>
2099             <li>
2100               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2101               removed from console output
2102             </li>
2103             <li>
2104               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2105               Ensembl by Peptide ID
2106             </li>
2107             <li>
2108               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2109               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2110               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2111               due to 'null' string rather than empty string used for
2112               residues with no corresponding PDB mapping).
2113             </li>
2114           </ul>
2115           <em>Application UI</em>
2116           <ul>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2119               menu
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2123               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2124               new documentation and tooltips added)
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2128               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2132               new features are added to alignment
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2136               changes to feature colours via the Amend features dialog
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2140               edit graduated feature colour via amend features dialog
2141               box
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2145               selection menu changes colours of alignment views
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2149               from alignment calculation workers after alignment has
2150               been closed
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2154               groups now 'Create Group'
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2158               Create/Undefine group doesn't always work
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2162               shown again after pressing 'Cancel'
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2166               adjusts start position in wrap mode
2167             </li>
2168             <li>
2169               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2170               ambiguous amino acids
2171             </li>
2172             <li>
2173               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2174               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2175               proteins
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2179               Defined' don't appear in Colours menu
2180             </li>
2181           </ul>
2182           <em>Applet</em>
2183           <ul>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2186               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2190               overview or linked structure view
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2194               work (since 2.8)
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2198               user-defined colourscheme doesn't restore original
2199               colourscheme
2200             </li>
2201           </ul>
2202           <em>Test Suite</em>
2203           <ul>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2206               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2210               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2211               problems with deep array comparison equality asserts in
2212               successive versions of TestNG
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2216               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2217             </li>
2218           </ul>
2219           <em>New Known Issues</em>
2220           <ul>
2221             <li>
2222               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2223               phase after a sequence motif find operation
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2227               containing just upper and lower case letters are
2228               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2232               reliably from eggnog Ortholog database
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2236               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2237               to mark columns containing highlighted regions.
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2241               doesn't always add secondary structure annotation.
2242             </li>
2243           </ul>
2244         </div>
2245     <tr>
2246       <td width="60" nowrap>
2247         <div align="center">
2248           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2249         </div>
2250       </td>
2251       <td><div align="left">
2252           <em>General</em>
2253           <ul>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2256               for all consensus calculations
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2260               3rd Oct 2016)
2261             </li>
2262             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2263               for 2016-2017</li>
2264           </ul>
2265           <em>Application</em>
2266           <ul>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2269               set of database cross-references, sorted alphabetically
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2273               from database cross references. Users with custom links
2274               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2275                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2279               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2280               Chimera session
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2284               the Chimera it is connected to is shut down
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2288               columns menu item to mark columns containing highlighted
2289               regions (e.g. from structure selections or results of a
2290               Find operation)
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2294               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2295               MSAviewer
2296             </li>
2297           </ul>
2298         </div></td>
2299       <td>
2300         <div align="left">
2301           <em>General</em>
2302           <ul>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2305               are not coloured or thresholded according to percent
2306               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2310               hydrophobic
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2314               threshold, amino acid properties)
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2318               reported as mapped to residues in a structure file in the
2319               View Mapping report
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2323               could be added multiple times to a sequence
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2327               bond features shown as two highlighted residues rather
2328               than a range in linked structure views, and treated
2329               correctly when selecting and computing trees from features
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2333               cross-references are matched to database name regardless
2334               of case
2335             </li>
2336
2337           </ul>
2338           <em>Application</em>
2339           <ul>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2342               names without regular expressions also offer links from
2343               Sequence ID
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2347               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2348               update Jalview configuration
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2352               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2356               files with similarly named sequences if dropped onto the
2357               alignment
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2361               entries where more chains exist in the PDB accession than
2362               are reported in the SIFTS file
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2366               the structure view when displayed with Chimera
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2370               panel's View->Show Chains submenu
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2374               work for wrapped alignment views
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2378               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2382               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2383               first annotation row
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2387               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2391               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2392             </li>
2393             <!-- JAL-2319 -->
2394             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2395             coordindate data
2396             </li>
2397           </ul>
2398           <!--           <em>New Known Issues</em>
2399           <ul>
2400             <li></li>
2401           </ul> -->
2402         </div>
2403       </td>
2404     </tr>
2405     <td width="60" nowrap>
2406       <div align="center">
2407         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2408           <em>25/10/2016</em></strong>
2409       </div>
2410     </td>
2411     <td><em>Application</em>
2412       <ul>
2413         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2414           view if structures already loaded</li>
2415         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2416           structure views</li>
2417       </ul></td>
2418     <td>
2419       <div align="left">
2420         <em>General</em>
2421         <ul>
2422           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2423             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2424           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2425             example sequences/projects/trees</li>
2426         </ul>
2427         <em>Application</em>
2428         <ul>
2429           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2430             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2431           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2432             without timeout for structures with multiple models or
2433             multiple sequences in alignment</li>
2434           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2435             PDB ID HEADER line</li>
2436           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2437             is performed</li>
2438           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2439             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2440           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2441           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2442             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2443             option</li>
2444           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2445             is created on the alignment</li>
2446           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2447             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2448             pop-up menu</li>
2449         </ul>
2450         <em>Build and deployment</em>
2451         <ul>
2452           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2453             tags</li>
2454         </ul>
2455         <em>New Known Issues</em>
2456         <ul>
2457           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2458             on Windows</li>
2459         </ul>
2460       </div>
2461     </td>
2462     </tr>
2463     <tr>
2464       <td width="60" nowrap>
2465         <div align="center">
2466           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2467         </div>
2468       </td>
2469       <td><em>General</em>
2470         <ul>
2471           <li>
2472             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2476             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2477             better PDB parsing.
2478           </li>
2479           <li>
2480             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2481             reference sequence
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2485             mousing over sequence associated annotation
2486           </li>
2487           <li>
2488             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2489             for manual entry
2490           </li>
2491           <li>
2492             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2493             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2494             for each column
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2498             showing or hiding columns containing a feature
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2502             group and sequence associated annotation labels
2503           </li>
2504           <li>
2505             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2506             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2507             dialogs
2508           </li>
2509
2510         </ul> <em>Application</em>
2511         <ul>
2512           <li>
2513             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2514             gene/transcript view
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2518             dialog
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2522             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2523           </li>
2524           <li>
2525             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2526             Pfam sources to xfam.org
2527           </li>
2528           <li>
2529             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2533             over sequences in Jalview
2534           </li>
2535           <li>
2536             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2537             regions in ENA and EMBL
2538           </li>
2539           <li>
2540             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2541             for record retrieval via ENA rest API
2542           </li>
2543           <li>
2544             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2545             complement operator
2546           </li>
2547           <li>
2548             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2549             groovy script execution
2550           </li>
2551           <li>
2552             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2553             alignment window's Calculate menu
2554           </li>
2555           <li>
2556             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2557             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2561             calculation workers from groovy scripts
2562           </li>
2563           <li>
2564             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2565             Jalview projects
2566           </li>
2567           <li>
2568             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2569             associations are now saved/restored from project
2570           </li>
2571           <li>
2572             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2573             before sequence fetcher is opened
2574           </li>
2575           <li>
2576             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2577             database chooser opens a sequence fetcher
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2581             the UniProt REST API
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2585             the news reader opening
2586           </li>
2587           <li>
2588             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2589             querying stored in preferences
2590           </li>
2591           <li>
2592             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2593             search results
2594           </li>
2595           <li>
2596             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2597           </li>
2598           <li>
2599             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2600             menu for nucleotide sequences
2601           </li>
2602           <li>
2603             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2604             and feature counts preserves alignment ordering (and
2605             debugged for complex feature sets).
2606           </li>
2607           <li>
2608             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2609             viewing structures with Jalview 2.10
2610           </li>
2611           <li>
2612             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2613             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2614             Ensembl Genomes REST API
2615           </li>
2616           <li>
2617             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2618             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2619             (Ensembl)
2620           </li>
2621           <li>
2622             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2623             sequences
2624           </li>
2625           <li>
2626             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2627             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2628             data from external database records.
2629           </li>
2630           <li>
2631             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2632             efficient recovery of sequence coding and alignment
2633             annotation relationships.
2634           </li>
2635         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2636         <ul>
2637           <li>
2638             -- JAL---
2639           </li>
2640         </ul> --></td>
2641       <td>
2642         <div align="left">
2643           <em>General</em>
2644           <ul>
2645             <li>
2646               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2647               menu on OSX
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2651               includes graduated colourschemes
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2655               working with big alignments and lots of hidden columns
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2659               at right of alignment window
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2663               contents
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2667               for DNA alignments
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2671               based tree calculation
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2675               unconserved enabled for group on alignment
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2679               set as reference
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2683               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2684               annotation
2685             </li>
2686             <li>
2687               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2688               hidden columns present
2689             </li>
2690             <li>
2691               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2692               user created annotation added to alignment
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2696               '()' base pair annotation
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2700               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2701               Consensus
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2705               feature not working
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2709               beginning of sequence
2710             </li>
2711             <li>
2712               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2713               entry 3a6s
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2717               from a tree when t-coffee scores are shown
2718             </li>
2719             <li>
2720               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2721               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2725               some structures
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2729               to Clustal, PIR and PileUp output
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2733               not visible causes alignment window to repaint
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2737               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2738               scores associated with features and annotation rows
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2742               calculation should be case independent
2743             </li>
2744             <li>
2745               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2746               columns
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2750               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2751               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2752             </li>
2753             <li>
2754               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2755               problems when reference sequence defined and 'show
2756               non-conserved' enabled
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2760               load even when Consensus calculation is disabled
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2764               alignment does nothing
2765             </li>
2766           </ul>
2767           <em>Application</em>
2768           <ul>
2769             <li>
2770               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2771               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2772               yet fixed for El Capitan)
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2776               output when running on non-gb/us i18n platforms
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2780               hidden sequences as flat-file alignment
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2784               launching Chimera
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2788               (also hotfix for 2.9.0b2)
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2792               reference sequence defined
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2796               alignments and views when revealing hidden columns
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2800               view in a cDNA/Protein splitframe
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2804               sequence from project when only one sequence is
2805               represented
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2809               in Structure Chooser
2810             </li>
2811             <li>
2812               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2813               structure consensus didn't refresh annotation panel
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2817               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2818             </li>
2819             <li>
2820               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2821               dialogs format columns correctly, don't display array
2822               data, sort columns according to type
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2826               file chooser is cancelled during an image export
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2830               sequence name containing special characters
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2834               case insensitive
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2838               formatting don't wrap
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2842               truncated so L looks like I in consensus annotation
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2846               currently displayed features for the current selection or
2847               view
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2851               after fetching cross-references, and restoring from
2852               project
2853             </li>
2854             <li>
2855               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2856               followed in the structure viewer
2857             </li>
2858             <li>
2859               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2860               splitframe not restored from project
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2864               trailing end of protein alignment in transcript/product
2865               splitview when pad-gaps not enabled by default
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2869               is case dependent
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2873               article has been read (reopened issue due to
2874               internationalisation problems)
2875             </li>
2876             <li>
2877               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2878               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2879               cross-references
2880             </li>
2881
2882             <li>
2883               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2884               alignment as HTML
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2888               multiple structures are shown for one or more sequences.
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2892               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2893               is enabled.
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2897               specific PDB id for sequence
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2901               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2902               columns' is disabled.
2903             </li>
2904             <li>
2905               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2906               selects lowest rather than highest resolution structures
2907               for each sequence
2908             </li>
2909             <li>
2910               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2911               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2915               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2919               after clicking on it to create new annotation for a
2920               column.
2921             </li>
2922             <li>
2923               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2924               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2925             </li>
2926             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2927             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2928           </ul>
2929           <em>Applet</em>
2930           <ul>
2931             <li>
2932               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2933               hidden columns present before start of sequence
2934             </li>
2935             <li>
2936               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2937               (JSON jars)
2938             </li>
2939             <li>
2940               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2941               sequences are hidden in applet
2942             </li>
2943             <li>
2944               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2945               deployment on examples pages.
2946             </li>
2947           </ul>
2948         </div>
2949       </td>
2950     </tr>
2951     <tr>
2952       <td width="60" nowrap>
2953         <div align="center">
2954           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2955             <em>16/10/2015</em></strong>
2956         </div>
2957       </td>
2958       <td><em>General</em>
2959         <ul>
2960           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2961             jars</li>
2962         </ul></td>
2963       <td>
2964         <div align="left">
2965           <em>Application</em>
2966           <ul>
2967             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2968               shown when tree is partitioned</li>
2969             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2970               multiple cDNA/Protein split views</li>
2971           </ul>
2972         </div>
2973       </td>
2974     </tr>
2975     <tr>
2976       <td width="60" nowrap>
2977         <div align="center">
2978           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2979             <em>8/10/2015</em></strong>
2980         </div>
2981       </td>
2982       <td><em>General</em>
2983         <ul>
2984           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2985             2.9</li>
2986         </ul> <em>Application</em>
2987         <ul>
2988           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2989           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2990           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2991         </ul> <em>Applet</em>
2992         <ul>
2993           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2994         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2995         <ul>
2996           <li>
2997             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2998             suite
2999           </li>
3000         </ul></td>
3001       <td>
3002         <div align="left">
3003           <em>General</em>
3004           <ul>
3005             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3006               incorrect when sequence start > 1</li>
3007             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3008               documentation</li>
3009             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3010             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3011               loading a features file containing HTML tags in feature
3012               description</li>
3013
3014           </ul>
3015           <em>Application</em>
3016           <ul>
3017             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3018               reimport</li>
3019             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3020               with 'trim retrieved sequences'</li>
3021             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3022               deleting selected columns</li>
3023             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3024               JNLP templates for webstart launch</li>
3025             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3026               unreleased structures for download or viewing</li>
3027             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3028               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3029             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3030               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3031             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3032               recovered from jalview project</li>
3033             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3034               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3035               alignment view</li>
3036             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3037               color schemes from BioJSON</li>
3038           </ul>
3039           <em>Applet</em>
3040           <ul>
3041             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3042               frame</li>
3043             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3044           </ul>
3045         </div>
3046       </td>
3047     </tr>
3048     <tr>
3049       <td><div align="center">
3050           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3051         </div></td>
3052       <td><em>General</em>
3053         <ul>
3054           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3055             alignments:
3056             <ul>
3057               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3058                 and DNA alignment views</li>
3059               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3060                 cDNA alignment views</li>
3061               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3062                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3063               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3064                 protein sequences</li>
3065             </ul>
3066           </li>
3067           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3068           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3069             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3070           <li>New alignment annotation file statements for
3071             reference sequences and marking hidden columns</li>
3072           <li>Reference sequence based alignment shading to
3073             highlight variation</li>
3074           <li>Select or hide columns according to alignment
3075             annotation</li>
3076           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3077           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3078             acid conservation row</li>
3079           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3080         </ul> <em>Application</em>
3081         <ul>
3082           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3083             <ul>
3084               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3085                 view with cDNA/Protein</li>
3086               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3087                 sequences are placed in the same alignment</li>
3088               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3089                 projects</li>
3090             </ul>
3091           </li>
3092
3093           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3094           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3095             Jalview windows</li>
3096
3097           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3098           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3099           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3100             be shown in VARNA</li>
3101
3102           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3103             as the active selected region</li>
3104
3105           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3106             similarity</li>
3107           <li>New Export options
3108             <ul>
3109               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3110                 region export in flat file generation</li>
3111
3112               <li>Export alignment views for display with the <a
3113                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3114
3115               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3116               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3117                 alignment figures to HTML</li>
3118           </li>
3119           <li>3D structure retrieval and display
3120             <ul>
3121               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3122                 Search API</li>
3123               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3124                 PDB structures for a sequence set</li>
3125             </ul>
3126           </li>
3127
3128           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3129             predictions</li>
3130           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3131             for one or a group of sequences</li>
3132           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3133             from the JPred4 web server</li>
3134           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3135             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3136             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3137           </li>
3138           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3139             VARNA 2D Structure'</li>
3140           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3141             Structure ..."</li>
3142
3143         </ul> <em>Applet</em>
3144         <ul>
3145           <li>New layout for applet example pages</li>
3146           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3147             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3148           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3149             Protein alignments</li>
3150         </ul> <em>Development and deployment</em>
3151         <ul>
3152           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3153           <li>Include installation type and git revision in build
3154             properties and console log output</li>
3155           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3156             storing BioJsMSA Templates</li>
3157           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3158         </ul></td>
3159       <td>
3160         <!-- <em>General</em>
3161         <ul>
3162         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3163         <ul>
3164           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3165           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3166           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3167             predictions are not highlighted in amber</li>
3168           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3169             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3170           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3171             associated structure views</li>
3172           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3173             width checkbox not enabled</li>
3174           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3175             creating user defined colours</li>
3176           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3177             mappings for just that viewer's sequences</li>
3178           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3179             multiple models in Chimera</li>
3180           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3181             over Jmol structure</li>
3182           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3183             output to text box</li>
3184           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3185             have incorrect sequence start/end</li>
3186           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3187             Jalview fails</li>
3188           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3189             work for nucleotide</li>
3190           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3191             to a grey/invisible alignment window</li>
3192           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3193             imports to different position</li>
3194           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3195             on some platforms</li>
3196           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3197             populated</li>
3198           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3199             console if Chimera has been opened</li>
3200           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3201           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3202             retrieved</li>
3203           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3204           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3205             either sequence shows on first structure</li>
3206           <li>'Show annotations' options should not make
3207             non-positional annotations visible</li>
3208           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3209             in right place after 'view flanking regions'</li>
3210           <li>File Save As type unset when current file format is
3211             unknown</li>
3212           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3213             projects</li>
3214           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3215             responsive</li>
3216           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3217             several views on same alignment</li>
3218           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3219           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3220             spaces</li>
3221         </ul> <em>Applet</em>
3222         <ul>
3223           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3224           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3225             descriptions containing angle brackets</li>
3226         </ul> <em>General</em>
3227         <ul>
3228           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3229             via jalview annotation file</li>
3230           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3231             with RNA secondary structure</li>
3232           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3233             translation doesn't work.</li>
3234           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3235           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3236             positions</li>
3237           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3238             choosing 1pt font</li>
3239           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3240             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3241             'h'</li>
3242           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3243             new feature</li>
3244           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3245             order dependent</li>
3246           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3247             sequences</li>
3248           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3249         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3250         <ul>
3251           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3252             www.jalview.org</li>
3253         </ul> <em>Application Known issues</em>
3254         <ul>
3255           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3256           <li>Misleading message appears after trying to delete
3257             solid column.</li>
3258           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3259             version launches</li>
3260           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3261             fails with a sequence mismatch</li>
3262           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3263             scrolling alignment to right</li>
3264           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3265             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3266           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3267             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3268           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3269             ultra-high resolution</li>
3270           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3271             quality and conservation</li>
3272           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3273             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3274         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3275         <ul>
3276           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3277           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3278             window is being resized</li>
3279
3280         </ul>
3281       </td>
3282     </tr>
3283     <tr>
3284       <td><div align="center">
3285           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3286         </div></td>
3287       <td><em>General</em>
3288         <ul>
3289           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3290             Certum.PL.</li>
3291           <li>Features and annotation preserved when performing
3292             pairwise alignment</li>
3293           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3294             imported/exported/displayed</li>
3295           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3296             protein secondary structure</li>
3297           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3298               post-hoc with 2.9 release</em>)
3299           </li>
3300
3301         </ul> <em>Application</em>
3302         <ul>
3303           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3304             with 3D structures</li>
3305           <li>Support for parsing RNAML</li>
3306           <li>Annotations menu for layout
3307             <ul>
3308               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3309               <li>place sequence annotation above/below alignment
3310                 annotation</li>
3311             </ul>
3312           <li>Output in Stockholm format</li>
3313           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3314             translation</li>
3315           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3316           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3317             shared between alignments</li>
3318           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3319             Jalview</li>
3320           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3321             all or current selection</li>
3322           <li>disorder and secondary structure predictions
3323             available as dataset annotation</li>
3324           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3325
3326
3327           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3328             alignments from Rfam</li>
3329           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3330
3331           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3332             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3333           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3334           <li>include installation type in build properties and
3335             console log output</li>
3336           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3337             annotation</li>
3338         </ul></td>
3339       <td>
3340         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3341         <ul>
3342           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3343             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3344           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3345             alignment</li>
3346           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3347           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3348           <li>Double click on sequence associated annotation
3349             selects only first column</li>
3350           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3351             leaves shown in tree</li>
3352           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3353             properly</li>
3354           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3355           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3356             screen and buttons not visible</li>
3357           <li>author list isn't updated if already written to
3358             Jalview properties</li>
3359           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3360             from database</li>
3361           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3362           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3363             browser search window</li>
3364           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3365             in feature settings dialog</li>
3366           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3367             desktop</li>
3368           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3369             pass validation</li>
3370           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3371             fit on screen</li>
3372           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3373             tooltip</li>
3374           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3375             defined user preset</li>
3376           <li>MSA web services warns user if they were launched
3377             with invalid input</li>
3378           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3379             Java 8</li>
3380           <li>
3381             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3382             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3383             created
3384           </li>
3385
3386         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3387         <ul>
3388         </ul> <em>General</em>
3389         <ul>
3390         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3391         <ul>
3392           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3393             memory allocation</li>
3394           <li>launchApp service doesn't automatically open
3395             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3396           <li>
3397             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3398             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3399             1.7_055 is available
3400           </li>
3401         </ul> <em>Application Known issues</em>
3402         <ul>
3403           <li>
3404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3405             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3406             alignment to right
3407           </li>
3408           <li>
3409             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3410             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3411             with large number of ID
3412           </li>
3413           <li>
3414             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3415             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3416             start/end
3417           </li>
3418           <li>
3419             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3420             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3421             structure tracks are rearranged
3422           </li>
3423           <li>
3424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3425             invalid rna structure positional highlighting does not
3426             highlight position of invalid base pairs
3427           </li>
3428           <li>
3429             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3430             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3431             project from alignment window file menu
3432           </li>
3433           <li>
3434             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3435             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3436             structures
3437           </li>
3438           <li>
3439             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3440             colour by RNA Helices not enabled when user created
3441             annotation added to alignment
3442           </li>
3443           <li>
3444             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3445             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3446           </li>
3447         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3448         <ul>
3449           <li>
3450             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3451             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3452           </li>
3453           <li>
3454             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3455             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3456           </li>
3457
3458           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3459             when selected</li>
3460         </ul>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td><div align="center">
3465           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3466         </div></td>
3467       <td>
3468         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3469         <em>General</em>
3470         <ul>
3471           <li>Internationalisation of user interface (usually
3472             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3473           <li>Define/Undefine group on current selection with
3474             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3475           <li>Improved group creation/removal options in
3476             alignment/sequence Popup menu</li>
3477           <li>Sensible precision for symbol distribution
3478             percentages shown in logo tooltip.</li>
3479           <li>Annotation panel height set according to amount of
3480             annotation when alignment first opened</li>
3481         </ul> <em>Application</em>
3482         <ul>
3483           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3484             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3485           <li>Select columns containing particular features from
3486             Feature Settings dialog</li>
3487           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3488             sequences</li>
3489           <li>Update Jalview project format:
3490             <ul>
3491               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3492               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3493                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3494               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3495                 colouring</li>
3496             </ul>
3497           </li>
3498           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3499             (PAM250)</li>
3500           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3501             flanking regions for an alignment</li>
3502         </ul>
3503       </td>
3504       <td>
3505         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3506         <ul>
3507           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3508             running after job is cancelled</li>
3509           <li>cannot export features from alignments imported from
3510             Jalview/VAMSAS projects</li>
3511           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3512             float values</li>
3513           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3514             have 'display all symbols' flag set</li>
3515           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3516             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3517           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3518             Jalview</li>
3519           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3520             Lion/Webstart</li>
3521           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3522           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3523           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3524             alignment onto desktop</li>
3525           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3526             'extract scores' function</li>
3527           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3528             alignment window</li>
3529           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3530             performing IUPred disorder prediction</li>
3531           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3532             changing 'normalise logo' display setting</li>
3533           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3534             nothing matches query</li>
3535           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3536             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3537           </li>
3538           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3539             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3540           </li>
3541           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3542             Jalview's menu</li>
3543           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3544             'invalid literal/length code'</li>
3545           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3546             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3547           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3548             colourscheme</li>
3549
3550         </ul> <em>Applet</em>
3551         <ul>
3552           <li>Remove group option is shown even when selection is
3553             not a group</li>
3554           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3555             don't affect groups</li>
3556           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3557             colourscheme name</li>
3558           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3559             Annotation panel is not displayed</li>
3560           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3561             embedded windows</li>
3562         </ul> <em>Other</em>
3563         <ul>
3564           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3565             single sequence were not calculated</li>
3566           <li>annotation files that contain only groups imported as
3567             annotation and junk sequences</li>
3568           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3569             recognised as PFAM or BLC</li>
3570           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3571             doesn't affect background (2.8.0b1)
3572           <li></li>
3573           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3574           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3575             trailing gaps</li>
3576           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3577             registered correctly on import</li>
3578           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3579             certain alignments</li>
3580           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3581             existing annotation based 'use original colours'
3582             colourscheme loses original colours setting</li>
3583         </ul>
3584       </td>
3585     </tr>
3586     <tr>
3587       <td><div align="center">
3588           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3589             <em>30/1/2014</em></strong>
3590         </div></td>
3591       <td>
3592         <ul>
3593           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3594             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3595             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3596             open source project).
3597           </li>
3598           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3599           <li>Output in Stockholm format</li>
3600           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3601           <li>Export/import group and sequence associated line
3602             graph thresholds</li>
3603           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3604             ambiguity codes</li>
3605           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3606             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3607             works</li>
3608           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3609         </ul> <em>Other improvements</em>
3610         <ul>
3611           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3612           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3613             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3614           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3615             files</li>
3616           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3617           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3618             link but no description</li>
3619           <li>Select primary source when selecting authority in
3620             database fetcher GUI</li>
3621           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3622             Jalview</li>
3623           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3624         </ul>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3629             displayed</li>
3630           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3631             secondary structure annotation line</li>
3632           <li>Sequence database accessions not imported when
3633             fetching alignments from Rfam</li>
3634           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3635             identical IDs</li>
3636           <li>View all structures does not always superpose
3637             structures</li>
3638           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3639             reflect user or preset settings</li>
3640           <li>Null pointer exceptions for some services without
3641             presets or adjustable parameters</li>
3642           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3643             discover PDB xRefs</li>
3644           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3645             features with DAS</li>
3646           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3647             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3648           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3649             residue follows a gap</li>
3650           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3651             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3652           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3653             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3654           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3655             annotation already exists on alignment</li>
3656           <li>oninit javascript function should be called after
3657             initialisation completes</li>
3658           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3659             alignment window display</li>
3660           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3661           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3662             to annotation file</li>
3663           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3664             groups created</li>
3665           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3666             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3667           <li>Pressing return several times causes Number Format
3668             exceptions in keyboard mode</li>
3669           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3670             correct partitions for input data</li>
3671           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3672           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3673           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3674           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3675             mode</li>
3676           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3677             changes one row&#39;s threshold</li>
3678           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3679             doesn&#39;t open</li>
3680           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3681             quality histograms</li>
3682         </ul>
3683       </td>
3684     </tr>
3685     <tr>
3686       <td><div align="center">
3687           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3688         </div></td>
3689       <td><em>Application</em>
3690         <ul>
3691           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3692             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3693           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3694             preferences</li>
3695           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3696             in Jalview alignment window</li>
3697           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3698             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3699           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3700             RNA and ambiguity codes</li>
3701
3702           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3703           <li>Support fetching and database reference look up
3704             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3705             refs')</li>
3706           <li>Jalview project improvements
3707             <ul>
3708               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3709                 flag for annotation</li>
3710               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3711                 alignment</li>
3712               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3713                 Jalview project</li>
3714
3715             </ul>
3716           </li>
3717           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3718           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3719             running</li>
3720           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3721           <li>visual indication that web service results are still
3722             being retrieved from server</li>
3723           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3724             starts up for first time</li>
3725           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3726             services</li>
3727           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3728             client library</li>
3729           <li>Examples directory and Groovy library included in
3730             InstallAnywhere distribution</li>
3731         </ul> <em>Applet</em>
3732         <ul>
3733           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3734             visualization applet example</li>
3735         </ul> <em>General</em>
3736         <ul>
3737           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3738           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3739             defaults</li>
3740           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3741             calculation</li>
3742           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3743             matrices
3744           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3745             in HTML</li>
3746           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3747             structure contacts</li>
3748           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3749           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3750           <li>Parse sequence associated secondary structure
3751             information in Stockholm files</li>
3752           <li>HTML Export database accessions and annotation
3753             information presented in tooltip for sequences</li>
3754           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3755             style RNA alignment files</li>
3756           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3757             alignment</li>
3758           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3759             shade each sequence according to its associated alignment
3760             annotation</li>
3761           <li>New Jalview Logo</li>
3762         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3763         <ul>
3764           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3765           <li>New Website!</li>
3766         </ul></td>
3767       <td><em>Application</em>
3768         <ul>
3769           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3770             wsdbfetch REST service</li>
3771           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3772           <li>Filetype associations not installed for webstart
3773             launch</li>
3774           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3775             job execution in full once it is complete</li>
3776           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3777             uploaded via ali_file parameter</li>
3778           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3779           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3780           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3781             submitted for prediction</li>
3782           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3783             desktop window</li>
3784           <li>Putting fractional value into integer text box in
3785             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3786           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3787             windows 7</li>
3788           <li>View all structures fails with exception shown in
3789             structure view</li>
3790           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3791             escaped in a platform independent way</li>
3792           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3793             using proxy</li>
3794           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3795             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3796           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3797             failure when java web start temporary file caching is
3798             disabled</li>
3799           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3800             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3801           <li>Errors during processing of command line arguments
3802             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3803           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3804             DAS sources in sequence fetcher</li>
3805           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3806             dialog is shown</li>
3807           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3808           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3809           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3810           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3811             on OSX Mountain Lion</li>
3812           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3813             sequences with alignment annotation are pasted into the
3814             alignment</li>
3815           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3816             when loaded from Jalview project</li>
3817           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3818           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3819             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3820           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3821             associated with all views</li>
3822           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3823             annotation rows to new window</li>
3824         </ul> <em>Applet</em>
3825         <ul>
3826           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3827             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3828           <li>loading features via javascript API automatically
3829             enables feature display</li>
3830           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3831             work</li>
3832         </ul> <em>General</em>
3833         <ul>
3834           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3835           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3836             and then deselected</li>
3837           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3838           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3839             coloured with clustalx</li>
3840           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3841             exceptions and redraw errors</li>
3842           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3843             reconfigured view</li>
3844           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3845             colour</li>
3846           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3847             for lots of labels</li>
3848         </ul>
3849     </tr>
3850     <tr>
3851       <td>
3852         <div align="center">
3853           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3854         </div>
3855       </td>
3856       <td><em>Application</em>
3857         <ul>
3858           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3859           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3860           <li>View/alignment association menu to enable user to
3861             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3862             its colours/correspondences from</li>
3863           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3864           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3865             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3866           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3867           <li>Annotation row column label formatting attributes
3868             stored in project file</li>
3869           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3870             rows preserved in Jalview project file</li>
3871           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3872             saved using Desktop window menu</li>
3873           <li>Visual indication that command line arguments are
3874             still being processed</li>
3875           <li>Groovy script execution from URL</li>
3876           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3877             preferences</li>
3878           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3879             alignment with sequences that have high similarity and
3880             matching IDs</li>
3881           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3882           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3883             structures in same window</li>
3884           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3885           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3886             analysis function in its own submenu</li>
3887         </ul> <em>Applet</em>
3888         <ul>
3889           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3890             groups</li>
3891           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3892           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3893           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3894           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3895           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3896             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3897           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3898           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3899             parameters are treated as such</li>
3900           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3901             <ul>
3902               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3903               <li>Javascript callbacks for
3904                 <ul>
3905                   <li>Applet initialisation</li>
3906                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3907                 </ul>
3908               </li>
3909               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3910                 functions</li>
3911               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3912               <li>javascript structure viewer harness to pass
3913                 messages between Jmol and Jalview when running as
3914                 distinct applets</li>
3915               <li>sortBy method</li>
3916               <li>Set of applet and application examples shipped
3917                 with documentation</li>
3918               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3919                 javascript message exchange</li>
3920             </ul>
3921         </ul> <em>General</em>
3922         <ul>
3923           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3924             multiple alignments</li>
3925           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3926           <li>User configurable link to enable redirects to a
3927             www.Jalview.org mirror</li>
3928           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3929           <li>Configurable newline string when writing alignment
3930             and other flat files</li>
3931           <li>Allow alignment annotation description lines to
3932             contain html tags</li>
3933         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3934         <ul>
3935           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3936             examples</li>
3937           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3938             using a web service before displaying the result in the
3939             Jalview desktop</li>
3940           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3941           <li>Ant target to publish example html files with applet
3942             archive</li>
3943           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3944           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3945         </ul></td>
3946       <td><em>Application</em>
3947         <ul>
3948           <li>User defined colourscheme throws exception when
3949             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3950           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3951             dialog for valid filename/format</li>
3952           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3953           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3954             P37173</li>
3955           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3956             which sequence is to be associated with the file</li>
3957           <li>Find All raises null pointer exception when query
3958             only matches sequence IDs</li>
3959           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3960           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3961             2.4 cannot be loaded</li>
3962           <li>Filetype associations not installed for webstart
3963             launch</li>
3964           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3965             with sequences in different alignments do not get coloured
3966             by their associated sequence</li>
3967           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3968             not preserved when project is loaded</li>
3969           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3970             stored in Jalview project</li>
3971           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3972             Jalview project</li>
3973           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3974           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3975             by conservation</li>
3976           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3977             created on new view</li>
3978           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3979             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3980           <li>Alignment quality not updated after alignment
3981             annotation row is hidden then shown</li>
3982           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3983             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3984           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3985             properly</li>
3986           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3987             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3988           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3989           <li>Structures imported from file and saved in project
3990             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3991           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3992             job execution in full once it is complete</li>
3993         </ul> <em>Applet</em>
3994         <ul>
3995           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3996             annotation rows are displayed</li>
3997           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3998             codebase</li>
3999           <li>View follows highlighting does not work for positions
4000             in sequences</li>
4001           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4002           <li>Export features raises exception when no features
4003             exist</li>
4004           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4005             for javascript api is modified when separator string
4006             provided as parameter</li>
4007           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4008             alignment with no existing selection</li>
4009           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4010             to applet&#39;s codebase</li>
4011           <li>Status bar not updated after finished searching and
4012             search wraps around to first result</li>
4013           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4014             several Jalview applets causes race conditions and memory
4015             leaks</li>
4016           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4017             not sent from Jmol in applet</li>
4018           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4019             applet API fatally hang browser</li>
4020         </ul> <em>General</em>
4021         <ul>
4022           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4023             position with wrapped view and hidden regions</li>
4024           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4025             with/without hidden columns</li>
4026           <li>Sequence length given in alignment properties window
4027             is off by 1</li>
4028           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4029             import PDB like structure files</li>
4030           <li>Positional search results are only highlighted
4031             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4032           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4033           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4034             given sequence position</li>
4035           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4036             output</li>
4037           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4038             from nucleotide chains correctly</li>
4039           <li>Structure colours not updated when tree partition
4040             changed in alignment</li>
4041           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4042             parsed in interleaved stockholm</li>
4043           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4044             state</li>
4045           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4046             properly</li>
4047           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4048             properly associated with their pdb files</li>
4049         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4050         <ul>
4051           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4052             ApplyCopyright tool</li>
4053         </ul></td>
4054     </tr>
4055     <tr>
4056       <td>
4057         <div align="center">
4058           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4059         </div>
4060       </td>
4061       <td><em>Application</em>
4062         <ul>
4063           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4064             contact web services</li>
4065           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4066             service job window</li>
4067           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4068         </ul></td>
4069       <td>
4070         <ul>
4071           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4072             pir file emitted by Jalview</li>
4073           <li>Existing feature settings transferred to new
4074             alignment view created from cut'n'paste</li>
4075           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4076             parsing PDB files</li>
4077           <li>Consensus and conservation annotation rows
4078             occasionally become blank for all new windows</li>
4079           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4080             in wrapped view mode</li>
4081         </ul> <em>Application</em>
4082         <ul>
4083           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4084             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4085           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4086             parameter names</li>
4087           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4088             is down</li>
4089         </ul>
4090       </td>
4091     </tr>
4092     <tr>
4093       <td>
4094         <div align="center">
4095           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4096         </div>
4097       </td>
4098       <td><em>Application</em>
4099         <ul>
4100           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4101             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4102             (JABAWS)
4103           </li>
4104           <li>Web Services preference tab</li>
4105           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4106             preferences</li>
4107           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4108           <li>Superpose structures using associated sequence
4109             alignment</li>
4110           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4111             viewer</li>
4112         </ul> <em>Applet</em>
4113         <ul>
4114           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4115             link out mechanism</li>
4116         </ul> <em>Other</em>
4117         <ul>
4118           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4119             series 12</li>
4120           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4121             require Java 1.5</li>
4122           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4123             sequence annotation files</li>
4124           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4125             type colour specification</li>
4126           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4127             script to check if it being run in an interactive session or
4128             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4129         </ul></td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4133             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4134         </ul> <em>Application</em>
4135         <ul>
4136           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4137             selected Regions menu item</li>
4138           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4139             part of a valid accession ID</li>
4140           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4141             runs out of memory</li>
4142           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4143             analysis results</li>
4144           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4145             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4146           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4147         </ul> <em>Applet</em>
4148         <ul>
4149           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4150             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4151             defined.</li>
4152         </ul>
4153       </td>
4154     </tr>
4155     <tr>
4156       <td>
4157         <div align="center">
4158           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4159         </div>
4160       </td>
4161       <td></td>
4162       <td>
4163         <ul>
4164           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4165             sequence IDs</li>
4166           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4167             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4168           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4169             import correctly</li>
4170           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4171             number of columns are hidden</li>
4172           <li>annotation label popup menu not providing correct
4173             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4174             present</li>
4175           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4176             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4177           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4178             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4179
4180         </ul> <em>Applet</em>
4181         <ul>
4182           <li>annotation panel disappears when annotation is
4183             hidden/removed</li>
4184         </ul> <em>Application</em>
4185         <ul>
4186           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4187             alignment opened where annotation panel is visible but no
4188             annotations are present on alignment</li>
4189           <li>pasted region containing hidden columns is
4190             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4191           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4192             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4193           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4194             selected Rregions menu item.</li>
4195           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4196             'Un' or 'Non'conserved</li>
4197           <li>Sequence feature settings are being shared by
4198             multiple distinct alignments</li>
4199           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4200             changed</li>
4201           <li>double click on group annotation to select sequences
4202             does not propagate to associated trees</li>
4203           <li>Mac OSX specific issues:
4204             <ul>
4205               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4206                 window background</li>
4207               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4208                 name set correctly</li>
4209               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4210                 save feature colourscheme button</li>
4211             </ul>
4212           </li>
4213         </ul>
4214       </td>
4215     </tr>
4216     <tr>
4217
4218       <td>
4219         <div align="center">
4220           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4221         </div>
4222       </td>
4223       <td><em>New Capabilities</em>
4224         <ul>
4225           <li>URL links generated from description line for
4226             regular-expression based URL links (applet and application)
4227
4228           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4229             menu</li>
4230           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4231             structures</li>
4232           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4233             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4234           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4235             average score or total feature count for each sequence.</li>
4236           <li>Shading features by score or associated description</li>
4237           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4238             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4239           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4240             hide everything but the currently selected region.</li>
4241           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4242         </ul> <em>Application</em>
4243         <ul>
4244           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4245             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4246           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4247             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4248           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4249             database references and protein_name is parsed as
4250             description line (BioSapiens terms).</li>
4251           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4252             references in sequence ID tooltip from View menu in
4253             application.</li>
4254           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4255       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4256           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4257             conservation plots</li>
4258           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4259             and visualized as sequence logos</li>
4260           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4261             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4262           </li>
4263           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4264             when a new tree is opened.</li>
4265           <li>Jalview Java Console</li>
4266           <li>Better placement of desktop window when moving
4267             between different screens.</li>
4268           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4269             consensus annotation</li>
4270           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4271             Workflows</li>
4272           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4273             <ul>
4274               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4275                 used to preserve views, structures, and tree display
4276                 settings)</li>
4277               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4278                 command line</li>
4279               <li>Sharing of selected regions between views and
4280                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4281               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4282             </ul></li>
4283         </ul> <em>Applet</em>
4284         <ul>
4285           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4286           <li>New Parameters
4287             <ul>
4288               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4289                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4290                 opened.</li>
4291               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4292                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4293               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4294                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4295               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4296                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4297                 view</li>
4298               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4299                 increase the height or width of a cell in the alignment
4300                 grid relative to the current font size.</li>
4301             </ul>
4302           </li>
4303           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4304             tooltip</li>
4305         </ul> <em>Other</em>
4306         <ul>
4307           <li>Features format: graduated colour definitions and
4308             specification of feature scores</li>
4309           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4310             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4311             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4312           <li>XML formats extended to support graduated feature
4313             colourschemes, group associated annotation, and profile
4314             visualization settings.</li></td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4318             rather than description</li>
4319           <li>Non-positional features are now included in sequence
4320             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4321             visibility in tooltip).</li>
4322           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4323           <li>Added URL embedding instructions to features file
4324             documentation.</li>
4325           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4326             'X' in peptide product</li>
4327           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4328             sequence ID and sequence string and query strings do not
4329             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4330           <li>AMSA files only contain first column of
4331             multi-character column annotation labels</li>
4332           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4333             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4334             exported and re-imported)</li>
4335           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4336             name</li>
4337           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4338             as subsequence matches, and correctly reports total number
4339             of both.</li>
4340           <li>Application:
4341             <ul>
4342               <li>Better handling of exceptions during sequence
4343                 retrieval</li>
4344               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4345                 link text excludes the start_end suffix</li>
4346               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4347                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4348               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4349               <li>Sequence description lines properly shared via
4350                 VAMSAS</li>
4351               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4352                 data sources</li>
4353               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4354                 completes before alignment figures are generated.</li>
4355               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4356                 first time.</li>
4357               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4358                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4359               <li>User defined group colours properly recovered
4360                 from Jalview projects.</li>
4361             </ul>
4362           </li>
4363         </ul>
4364       </td>
4365
4366     </tr>
4367     <tr>
4368       <td>
4369         <div align="center">
4370           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4371         </div>
4372       </td>
4373       <td>
4374         <ul>
4375           <li>Experimental support for google analytics usage
4376             tracking.</li>
4377           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4378         </ul>
4379       </td>
4380       <td>
4381         <ul>
4382           <li>Race condition in applet preventing startup in
4383             jre1.6.0u12+.</li>
4384           <li>Exception when feature created from selection beyond
4385             length of sequence.</li>
4386           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4387           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4388             all sequences with a given id</li>
4389           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4390             ID string searches</li>
4391           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4392             alignment to fail with exception</li>
4393         </ul> <em>Application Issues</em>
4394         <ul>
4395           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4396           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4397             data sources</li>
4398         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4399         <ul>
4400           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4401             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4402           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4403             version (java class versioning error fixed)</li>
4404         </ul>
4405       </td>
4406     </tr>
4407     <tr>
4408       <td>
4409
4410         <div align="center">
4411           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4412         </div>
4413       </td>
4414       <td><em>User Interface</em>
4415         <ul>
4416           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4417             translation and protein products</li>
4418           <li>Linked highlighting of structure associated with
4419             residue mapping to codon position</li>
4420           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4421             and 'clear' button</li>
4422           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4423             Tools menu</li>
4424           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4425             numeric data in description line</li>
4426           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4427           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4428             of sequence</li>
4429         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4430         <ul>
4431           <li>JPred3 web service</li>
4432           <li>Prototype sequence search client (no public services
4433             available yet)</li>
4434           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4435             PFAM</li>
4436           <li>URL Links created for matching database cross
4437             references as well as sequence ID</li>
4438           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4439         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4440         <ul>
4441           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4442             databases</li>
4443           <li>Generalised database reference retrieval and
4444             validation to all fetchable databases</li>
4445           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4446             sequence command</li>
4447         </ul> <em>Import and Export</em>
4448         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4449         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4450           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4451         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4452           File</li>
4453         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4454           triplet as name of colourscheme</li>
4455         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4456         <ul>
4457           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4458           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4459             alignments (experimental)</li>
4460           <li>Create new or select existing session to join</li>
4461           <li>load and save of vamsas documents</li>
4462         </ul> <em>Application command line</em>
4463         <ul>
4464           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4465             from applet)</li>
4466           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4467             of DAS servers to query for alignment features</li>
4468           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4469             that are also automatically queried for features</li>
4470           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4471             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4472         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4473         <ul>
4474           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4475             application (when using &quot;View in full
4476             application&quot;)</li>
4477         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4478         <ul>
4479           <li>feature group display control parameter</li>
4480           <li>debug parameter</li>
4481           <li>showbutton parameter</li>
4482         </ul> <em>Applet API methods</em>
4483         <ul>
4484           <li>newView public method</li>
4485           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4486           <li>Feature display control methods</li>
4487           <li>get list of currently selected sequences</li>
4488         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4489         <ul>
4490           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4491           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4492             Jalview release.</li>
4493           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4494             property controls execution of obfuscator</li>
4495           <li>Build target for generating source distribution</li>
4496           <li>Debug flag for javacc</li>
4497           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4498             jalview.bin.Cache</li>
4499           <li>Continuous Build Integration for stable and
4500             development version of Application, Applet and source
4501             distribution</li>
4502         </ul></td>
4503       <td>
4504         <ul>
4505           <li>selected region output includes visible annotations
4506             (for certain formats)</li>
4507           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4508             for editing</li>
4509           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4510           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4511           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4512           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4513             comments</li>
4514           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4515             filenames containing a ':'</li>
4516           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4517             global sequence features</li>
4518           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4519             references from alignment sequences goes to zero</li>
4520           <li>Close of tree branch colour box without colour
4521             selection causes cascading exceptions</li>
4522           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4523           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4524             file parsing fails.</li>
4525           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4526           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4527             not a valid output format</li>
4528           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4529             vamsas</li>
4530           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4531           <li>error messages passed up and output when data read
4532             fails</li>
4533           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4534             sequence is edited</li>
4535           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4536             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4537           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4538             filetype</li>
4539           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4540             import fixed for PFAM records</li>
4541           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4542             window list</li>
4543           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4544             can be read and written correctly to annotation file</li>
4545           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4546             correctly</li>
4547           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4548             non-italic font for representatives in Applet</li>
4549           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4550             Macs.</li>
4551           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4552             Applet)</li>
4553           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4554             due to null pointer exceptions</li>
4555           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4556             first column of alignment</li>
4557           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4558             July 2008</li>
4559           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4560             file is case-insensitive</li>
4561           <li>Sequence features read from Features file appended to
4562             all sequences with matching IDs</li>
4563           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4564             containing a sub-sequence</li>
4565           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4566           <li>feature and annotation file applet parameters
4567             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4568           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4569           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4570             splash-screen version check to complete</li>
4571           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4572             when passing them to the launchApp service</li>
4573           <li>display name and local features preserved in results
4574             retrieved from web service</li>
4575           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4576             sequence fetcher initialisation</li>
4577           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4578             dasobert DAS client</li>
4579           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4580             association</li>
4581           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4582             sequences
4583           </li>
4584         </ul>
4585       </td>
4586     </tr>
4587     <tr>
4588       <td>
4589         <div align="center">
4590           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4591         </div>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4596           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4597           <li>Slide sequences</li>
4598           <li>Edit sequence in place</li>
4599           <li>EMBL CDS features</li>
4600           <li>DAS Feature mapping</li>
4601           <li>Feature ordering</li>
4602           <li>Alignment Properties</li>
4603           <li>Annotation Scores</li>
4604           <li>Sort by scores</li>
4605           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4606         </ul>
4607       </td>
4608       <td>
4609         <ul>
4610           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4611           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4612           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4613           <li>Feature group display state in XML</li>
4614           <li>Feature ordering in XML</li>
4615           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4616           <li>Stockholm alignment properties</li>
4617           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4618           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4619           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4620           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4621         </ul>
4622       </td>
4623
4624     </tr>
4625     <tr>
4626       <td>
4627         <div align="center">
4628           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4629         </div>
4630       </td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>Non standard characters can be read and displayed
4634           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4635             applet via textbox
4636           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4637             name &amp; description
4638           <li>Preference setting to display sequence name in
4639             italics
4640           <li>Annotation file format extended to allow
4641             Sequence_groups to be defined
4642           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4643             specified in preferences
4644           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4645             sequences
4646         </ul>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4651             installed
4652           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4653           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4654         </ul>
4655       </td>
4656     </tr>
4657     <tr>
4658       <td>
4659         <div align="center">
4660           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4661         </div>
4662       </td>
4663       <td>
4664         <ul>
4665           <li>Multiple views on alignment
4666           <li>Sequence feature editing
4667           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4668           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4669           <li>Background dependent text colour
4670           <li>Right align sequence ids
4671           <li>User-defined lower case residue colours
4672           <li>Format Menu
4673           <li>Select Menu
4674           <li>Menu item accelerator keys
4675           <li>Control-V pastes to current alignment
4676           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4677           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4678           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4679
4680           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4681         </ul>
4682       </td>
4683       <td>
4684         <ul>
4685           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4686           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4687             calculations
4688           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4689             edits
4690           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4691             of alignment)
4692           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4693
4694           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4695             display correctly
4696           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4697           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4698             analysis results
4699           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4700             &#8739;
4701           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4702           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4703           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4704
4705         </ul>
4706       </td>
4707     </tr>
4708     <tr>
4709       <td>
4710         <div align="center">
4711           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4712         </div>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4722             sequence id panel has been resized</li>
4723           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4724             rendered</li>
4725           <li>Annotation files with sequence references - all
4726             elements in file are relative to sequence position</li>
4727           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4728         </ul>
4729       </td>
4730     </tr>
4731     <tr>
4732       <td>
4733         <div align="center">
4734           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4735         </div>
4736       </td>
4737       <td>
4738         <ul>
4739           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4740           <li>DAS Feature fetching</li>
4741           <li>Hide sequences and columns</li>
4742           <li>Export Annotations and Features</li>
4743           <li>GFF file reading / writing</li>
4744           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4745             files</li>
4746           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4747           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4748           <li>Applet can launch the full application</li>
4749           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4750             required)</li>
4751           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4752           <li>Applet can load sequences from parameter
4753             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4754           </li>
4755         </ul>
4756       </td>
4757       <td>
4758         <ul>
4759           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4760           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4761           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4762         </ul>
4763       </td>
4764     </tr>
4765     <tr>
4766       <td>
4767         <div align="center">
4768           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4769         </div>
4770       </td>
4771       <td>
4772         <ul>
4773           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4774           <li>Choose to match case when searching</li>
4775           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4776             expand the visible width and height of the alignment</li>
4777         </ul>
4778       </td>
4779       <td>
4780         <ul>
4781           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4782         </ul>
4783       </td>
4784     </tr>
4785     <tr>
4786       <td>
4787         <div align="center">
4788           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4789         </div>
4790       </td>
4791       <td>&nbsp;</td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4795           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4796             value</li>
4797         </ul>
4798       </td>
4799     </tr>
4800     <tr>
4801       <td>
4802         <div align="center">
4803           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4804         </div>
4805       </td>
4806       <td>
4807         <ul>
4808           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4809           <li>Keyboard editing</li>
4810           <li>Create sequence features from searches</li>
4811           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4812             alignments</li>
4813           <li>Features file allows grouping of features</li>
4814           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4815           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4816           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4817         </ul>
4818       </td>
4819       <td>
4820         <ul>
4821           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4822           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4823             descriptions saved.</li>
4824         </ul>
4825       </td>
4826     </tr>
4827     <tr>
4828       <td>
4829         <div align="center">
4830           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4831         </div>
4832       </td>
4833       <td>
4834         <ul>
4835           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4836           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4837           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4838             name for file output</li>
4839           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4840           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4841             used for HTML form input</li>
4842         </ul>
4843       </td>
4844       <td>
4845         <ul>
4846           <li>HTML output writes groups and features</li>
4847           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4848           <li>File IO bugs</li>
4849         </ul>
4850       </td>
4851     </tr>
4852     <tr>
4853       <td>
4854         <div align="center">
4855           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4856         </div>
4857       </td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4861           <li>More options for PCA viewer</li>
4862         </ul>
4863       </td>
4864       <td>
4865         <ul>
4866           <li>GUI bugs resolved</li>
4867           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4868         </ul>
4869       </td>
4870     </tr>
4871     <tr>
4872       <td height="63">
4873         <div align="center">
4874           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4875         </div>
4876       </td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4880           <li>Jar files are executable</li>
4881           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4882         </ul>
4883       </td>
4884       <td>
4885         <ul>
4886           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4887           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4888           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4889         </ul>
4890       </td>
4891     </tr>
4892     <tr>
4893       <td>
4894         <div align="center">
4895           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4896         </div>
4897       </td>
4898       <td>
4899         <ul>
4900           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4901         </ul>
4902       </td>
4903       <td>
4904         <ul>
4905           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911         <div align="center">
4912           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4913         </div>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4918             size</li>
4919         </ul>
4920       </td>
4921       <td>
4922         <ul>
4923           <li>Improved JPred client reliability</li>
4924           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4925         </ul>
4926       </td>
4927     </tr>
4928     <tr>
4929       <td>
4930         <div align="center">
4931           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4932         </div>
4933       </td>
4934       <td>
4935         <ul>
4936           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4937           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4938           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4939             to Colour Menu</li>
4940           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4941           <li>Unix users can set default web browser</li>
4942           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4943           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4944         </ul>
4945       </td>
4946       <td>
4947         <ul>
4948           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4949         </ul>
4950       </td>
4951     </tr>
4952     <tr>
4953       <td>
4954         <div align="center">
4955           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4956         </div>
4957       </td>
4958       <td>&nbsp;</td>
4959       <td>
4960         <ul>
4961           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4962             alignment order.</li>
4963         </ul>
4964       </td>
4965     </tr>
4966     <tr>
4967       <td>
4968         <div align="center">
4969           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4970         </div>
4971       </td>
4972       <td>
4973         <ul>
4974           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4975           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4976           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4977             annotations.</li>
4978           <li>Version and build date written to build properties
4979             file.</li>
4980           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4981             at launch of Jalview.</li>
4982         </ul>
4983       </td>
4984       <td>
4985         <ul>
4986           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4987           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4988           <li>Can remove groups one by one.</li>
4989           <li>Filechooser icons installed.</li>
4990           <li>Finder ignores return character when searching.
4991             Return key will initiate a search.<br>
4992           </li>
4993         </ul>
4994       </td>
4995     </tr>
4996     <tr>
4997       <td>
4998         <div align="center">
4999           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5000         </div>
5001       </td>
5002       <td>
5003         <ul>
5004           <li>New codebase</li>
5005         </ul>
5006       </td>
5007       <td>&nbsp;</td>
5008     </tr>
5009   </table>
5010   <p>&nbsp;</p>
5011 </body>
5012 </html>