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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 105                 features can be filtered and shaded according to any
 106                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 107                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 108                 file)
 109               </li>
 110               <li>
 111                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 112                 stored and restored from Jalview Projects
 113               </li>
 114               <li>
 115                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 116                                                                 recognise variant features
 117                                                         </li>
 118                                                         <li>
 119                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 120                                                                 sequences (also coloured red by default)
 121                                                         </li>
 122                                                         <li>
 123                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 124                                                                 details
 125                                                         </li>
 126                                                         <li>
 127                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 128                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 129                                                         </li>
 130                                                         <li>
 131                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 132                                                                 dialog
 133                                                         </li>
 134                                                 </ul>
 135                                         </li>
 136                                         <li>
 137                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 138                                                 tree and PCA calculations
 139                                         </li>
 140                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 141             <ul>
 142                                                         <li>
 143                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 144                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 145                                                         </li>
 146                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 147                                                                 drop-down menus</li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 150                                                                 incrementally
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 154                                                         </li>
 155                                                 </ul>
 156                                         </li>
 157                                         <li>
 158                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 159                                         </li>
 160                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 161                                         <ul>
 162                                                         <li>
 163                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 164                                                                 multiple groups when working with large alignments
 165                                                         </li>
 166                                                         <li>
 167                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 168                                                                 Stockholm files
 169                                                         </li>
 170                                                 </ul>
 171                                         <li><strong>User Interface</strong>
 172                                         <ul>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 175                                                                 view
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 179                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 180                                                                 default (can be changed in user preferences)
 181                                                         </li>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 184                                                                 to the Overwrite Dialog
 185                                                         </li>
 186                                                         <li>
 187                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 188                                                                 sequences are hidden
 189                                                         </li>
 190                                                         <li>
 191                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 192                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 193                                                         </li>
 194                                                         <li>
 195                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 196                                                                 labels
 197                                                         </li>
 198                                                         <li>
 199                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 200                                                                 when in wrapped mode
 201                                                         </li>
 202                                                         <li>
 203                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 204                                                                 annotation
 205                                                         </li>
 206                                                         <li>
 207                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 208                                                         </li>
 209                                                         <li>
 210                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 211                                                                 panel
 212                                                         </li>
 213                                                         <li>
 214                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 215                                                                 popup menu
 216                                                         </li>
 217                                                         <li>
 218                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 219                                                         <li>
 220                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 221
 222
 223                                                 </ul></li>
 224                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 225                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 226                                                 <ul>
 227                                                         <li>
 228                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 229                                                                 trapping CMD-Q
 230                                                         </li>
 231                                                 </ul></li>
 232                                 </ul>
 233         <em>Deprecations</em>
 234         <ul>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 237             capabilities removed from the Jalview Desktop
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 241             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 242             and XML based data retrieval clients</li>
 243           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 244           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 245         </ul> <em>Documentation</em>
 246                                 <ul>
 247                                         <li>
 248                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 249                                                 not supported in EPS figure export
 250                                         </li>
 251                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 252                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 253         <ul>
 254                 <li>
 255                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 256                                         </li>
 257                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 260             gradle-eclipse
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 --> Atlassian
 264             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 265             execution
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 269             operations
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 273             issues resolved.
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 277             markdown (with HTML rendering)
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 284             versions of Jalview
 285           </li>
 286           <li>
 287           <li>
 288         </ul>
 289       </td>
 290                         <td align="left" valign="top">
 291                                 <ul>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 294                                         </li>
 295                                         <li>
 296                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 297                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 298                                         </li>
 299                                         <li>
 300                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 301                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 302                                         </li>
 303                                         <li>
 304                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 305                                                 monospaced font
 306                                         </li>
 307                                         <li>
 308                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 309                                                 project involving multiple views
 310                                         </li>
 311                                         <li>
 312                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 313                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 314                                                 Annotation dialog hides columns
 315                                         </li>
 316                                         <li>
 317                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 318                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 319                                                 one view, then making another selection in the other view
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 323                                                 columns
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 327                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 331                                                 overview updates with large alignments
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 335                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 336                                                 mouse moved to the left of the first column
 337                                         </li>
 338                                         <li>
 339                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 340                                                 hidden column marker via scale popup menu
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 344                                                 doesn't tell users the invalid URL
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 348                                                 score from view
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 352                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 353                                                 red in original view
 354                                         </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 357             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 358           </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 361                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 362                                         </li>
 363                                         <li>
 364                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 365                                                 when columns are hidden
 366                                         </li>
 367                                         <li>
 368                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 369                                                 Columns by Annotation description
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 373                                                 out of Scale or Annotation Panel
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 377                                                 scale panel
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 381                                                 alignment down
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 385                                                 scale panel
 386                                         </li>
 387                                         <li>
 388                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 389                                                 Page Up in wrapped mode
 390                                         </li>
 391                                         <li>
 392                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 399                                                 on opening an alignment
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 403                                                 Colour menu
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 407                                                 different groups in the alignment are selected
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 411                                                 correctly in menu
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 415                                                 threshold limit
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 419                                                 threshold gets 'unrounded'
 420                                         </li>
 421                                         <li>
 422                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 423                                                 colour
 424                                         </li>
 425                                         <li>
 426                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 430                                         </li>
 431                                         <li>
 432                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 433                                                 Tree font
 434                                         </li>
 435                                         <li>
 436                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 437                                                 project file
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 441                                                 shown in complementary view
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 445                                                 without normalisation
 446                                         </li>
 447                                         <li>
 448                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 449                                                 of report
 450                                         </li>
 451                                         <li>
 452                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 453                                         </li>
 454                                   <li>
 455                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 456                                   </li>
 457                                 </ul> <em>Editing</em>
 458                                 <ul>
 459                                         <li>
 460                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 461                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 462                                                 sequence
 463                                         </li>
 464                                         <li>
 465                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 466                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 467                                                 removed (Known defect since 2.10)
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 471                                                 dialog corrupts dataset sequence
 472                                         </li>
 473                                         <li>
 474                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 475                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 476                                         </li>
 477                                 </ul>
 478                                 <em>Datamodel</em>
 479                                 <ul>
 480                                         <li>
 481                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 482                                                 sequence's End is greater than its length
 483                                         </li>
 484           <li><strong>Bugs fixed for Java 11 Support (not
 485               yet on general release)</strong>
 486             <ul>
 487               <li>
 488                 <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 489               </li>
 490             </ul></li>
 491         </ul> <em>New Known Defects</em>
 492                                 <ul>
 493                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 494                                 </li>
 495                                         <li>
 496                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 497                                                 regions of protein alignment.
 498                                         </li>
 499                                         <li>
 500                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 501                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 502                                         </li>
 503                                         <li>
 504                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 505                                                 'New View'
 506                                         </li>
 507                                         <li>
 508                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 509                                                 columns within hidden columns
 510                                         </li>
 511                                         <li>
 512                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 513                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 514                                                 region
 515                                         </li>
 516                                         <li>
 517                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 518                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 519                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 520                                                 create a Score filter instead.
 521                                         </li>
 522                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 523                                         <li>
 524                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 525                                         </li>
 526                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 527             <ul>
 528               <li>
 529               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 530
 531             </ul></li>
 532
 533                                 </ul>
 534                         </td>
 535                 </tr>
 536     <tr>
 537     <td width="60" nowrap>
 538       <div align="center">
 539         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 540       </div>
 541     </td>
 542     <td><div align="left">
 543         <em></em>
 544         <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 547               InstallAnywhere increased to 1G.
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 551               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 552               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 553                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 554                 properties file.</em>
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 558               API and sequence data now imported as JSON.
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 562               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 563               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 564               property.
 565             </li>
 566           </ul>
 567           <em>Development</em>
 568           <ul>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 571               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 572                 Clover</a>
 573             </li>
 574           </ul>
 575         </div></td>
 576     <td><div align="left">
 577         <em></em>
 578         <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 581               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 582               alignment.
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 586               annotation displayed.
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 590               for newly created group when 'Apply to all groups'
 591               selected
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 595               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 596               visible.
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 600               when sequences are selected in exported view.</em>
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 604               aren't rendered with correct colour.
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 608               types of knotted RNA secondary structure.
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 612               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 613               do not start at 1.
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 617               annotation when columns are inserted into an alignment,
 618               and when exporting as Stockholm flatfile.
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 622               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 623               treated as RNA secondary structure.
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 627               (not .jar) when saving a jalview project file.
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 631               transfers focus to previous window on OSX
 632             </li>
 633           </ul>
 634           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 638               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 639               box.
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 643               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 644               'look and feel' which has improved compatibility with the
 645               latest version of OSX.
 646             </li>
 647           </ul>
 648         </div>
 649     </td>
 650     </tr>
 651     <tr>
 652       <td width="60" nowrap>
 653         <div align="center">
 654           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 655             <em>7/06/2018</em></strong>
 656         </div>
 657       </td>
 658       <td><div align="left">
 659           <em></em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 663               annotation retrieved from Uniprot
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 667               onto the Jalview Desktop
 668             </li>
 669           </ul>
 670         </div></td>
 671       <td><div align="left">
 672           <em></em>
 673           <ul>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 676               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 680               right-hand column parsed correctly
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 684               not alignment area in exported graphic
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 688               window has input focus
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 692               annotation added to view (Windows)
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 696               network connectivity is poor
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 700               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 701                 the currently open URL and links from a page viewed in
 702                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 703                 you are using Edge, only links in the page can be
 704                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 705                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 706             </li>
 707           </ul>
 708           <em>New Known Defects</em>
 709           <ul>
 710             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 711           </ul>
 712         </div></td>
 713     </tr>
 714     <tr>
 715       <td width="60" nowrap>
 716         <div align="center">
 717           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 718         </div>
 719       </td>
 720       <td><div align="left">
 721           <em></em>
 722           <ul>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 725               for disabling automatic superposition of multiple
 726               structures and open structures in existing views
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 730               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 731               adjust them.
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 735               Ensembl services
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 739               and lots of hidden columns
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 743               of features (particularly when transparency is disabled)
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 747               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 748               generally available
 749             </li>
 750           </ul>
 751           </div>
 752       </td>
 753       <td><div align="left">
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 757               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 761               overlapping alignment panel
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 765               sequence as gaps
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 769               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 770               UTR
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 774               factor annotation not added to sequence when local PDB
 775               file associated with it by drag'n'drop or structure
 776               chooser
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 780               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 784               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 788               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 792               columns in annotation row
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 796               honored in batch mode
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 800               for structures added to existing Jmol view
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 804               entries after importing project with multiple views
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 808               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 809               with negative residue numbers or missing residues fails
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 813               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 814               as generated by CONSURF)
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 818               tooltip doesn't include a text description of mutation
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 822               structure and/or overview windows are also shown
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 826               very slow for alignments with large numbers of sequences
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 830               with 'StringIndexOutOfBounds'
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 834               platforms running Java 10
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 838               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 839             </li>
 840           </ul>
 841           <em>Applet</em>
 842           <ul>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 845               should copy the group consensus when popup is opened on it
 846             </li>
 847           </ul>
 848           <em>Batch Mode</em>
 849           <ul>
 850           <li>
 851             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 852           </li>
 853           </ul>
 854           <em>New Known Defects</em>
 855           <ul>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 858               editing a large alignment and overview is displayed
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 862               repeatedly after a series of edits even when the overview
 863               is no longer reflecting updates
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 867               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 868               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 869               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 870             </li>
 871                                                 <li>
 872                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 873                                                         option gives blank output
 874                                                 </li>
 875                                         </ul>
 876         </div>
 877           </td>
 878     </tr>
 879     <tr>
 880       <td width="60" nowrap>
 881         <div align="center">
 882           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 883         </div>
 884       </td>
 885       <td><div align="left">
 886           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 887               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 888       <td><div align="left">
 889           <em>Desktop</em><ul>
 890           <ul>
 891             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 892             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 893             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 894             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 895             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 896             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 897             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 898           </ul>
 899           </div>
 900       </td>
 901     </tr>
 902     <tr>
 903       <td width="60" nowrap>
 904         <div align="center">
 905           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 906         </div>
 907       </td>
 908       <td><div align="left">
 909           <em></em>
 910           <ul>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 913               rendering of sequence features
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 917               429 rate limit request hander
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 921               their colours have changed
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 925               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 929               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 933               view from Ensembl locus cross-references
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 937               Alignment report
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 941               feature can be disabled
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 945               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 949               Uniprot
 950             </li>
 951           </ul>
 952           <em>Scripting</em>
 953           <ul>
 954             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 955             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 956               percent identity scores for current alignment.</li>
 957           </ul>
 958           <em>Testing and Deployment</em>
 959           <ul>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 962             </li>
 963           </ul>
 964         </div></td>
 965       <td><div align="left">
 966           <em>General</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 970               threshold text field doesn't trigger an update to the
 971               alignment view
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 975               strings in parallel
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 979               alignment window is closed
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 983               group visibility
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 987               takes a long time in Cursor mode
 988             </li>
 989           </ul>
 990           <em>Desktop</em>
 991           <ul>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 994               cannot be viewed in Chimera
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 998               CDS/Protein view
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1002               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1003               Search Dialogs
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1013               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1017               scrolling right in unwapped alignment view
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1021               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1022               database
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1026               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1030               features of same type and group to be selected for
1031               amending
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1035               alignments when hidden columns are present
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1039               displaying several structures
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1043               moving a window
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1047               within the Jalview desktop on OSX
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1051               when in wrapped alignment mode
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1055               hand end of alignment
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1059               each selected sequence do not have correct start/end
1060               positions
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1064               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1068               restoring project until a new view is created
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1072               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1073               configured (since 2.10.2b2)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1077               position is adjusted
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1081               in a multi-chain structure when viewing alignment
1082               involving more than one chain (since 2.10)
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1086               if new selection moves alignment window
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1090               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1094               that produces correctly annotated transcripts and products
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1098               doesn't update associated structure view
1099             </li>
1100           </ul>
1101           <em>Applet</em><br />
1102           <ul>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1105               closing alignment panel
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>BioJSON</em><br />
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1112               non-positional features
1113             </li>
1114           </ul>
1115           <em>New Known Issues</em>
1116           <ul>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1119               sequence features correctly (for many previous versions of
1120               Jalview)
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1124               using cursor in wrapped panel other than top
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1128               graduated colour threshold
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1132               always preserve numbering and sequence features
1133             </li>
1134           </ul>
1135           <em>Known Java 9 Issues</em>
1136           <ul>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1139               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1140               9.01, OSX 10.10)
1141             </li>
1142           </ul>
1143         </div></td>
1144     </tr>
1145     <tr>
1146       <td width="60" nowrap>
1147         <div align="center">
1148           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1149             <em>2/10/2017</em></strong>
1150         </div>
1151       </td>
1152       <td><div align="left">
1153           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1154           <ul>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1157             </li>
1158             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1159             </li>
1160           </ul>
1161         </div></td>
1162       <td><div align="left">
1163         </div></td>
1164     </tr>
1165     <tr>
1166       <td width="60" nowrap>
1167         <div align="center">
1168           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1169             <em>7/9/2017</em></strong>
1170         </div>
1171       </td>
1172       <td><div align="left">
1173           <em></em>
1174           <ul>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1177               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1178               white)
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1182               Preferences
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1186               in size and progress bar shown as higher resolution
1187               overview is recalculated
1188             </li>
1189
1190           </ul>
1191         </div></td>
1192       <td><div align="left">
1193           <em></em>
1194           <ul>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1197               column region row by row
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1201               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1205               format setting is unticked
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1209               if group has show boxes format setting unticked
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1213               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1214               include sequences and columns not currently displayed
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1218               assemblies are imported via CIF file
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1222               displayed when threshold or conservation colouring is also
1223               enabled.
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1227               server version
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1231               dragging a selected region off the visible region of the
1232               alignment
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1236               colourscheme to all groups in a view
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1240               initially after font size change using the Font chooser or
1241               middle-mouse zoom
1242             </li>
1243           </ul>
1244         </div></td>
1245     </tr>
1246     <tr>
1247       <td width="60" nowrap>
1248         <div align="center">
1249           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1250         </div>
1251       </td>
1252       <td><div align="left">
1253           <em>Calculations</em>
1254           <ul>
1255
1256             <li>
1257               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1258               ungapped positions in each column of the alignment.
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1262               a calculation dialog box
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1266               and memory efficiency (~30x faster)
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1270               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1271               and other calculations
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1275               files within the Jalview codebase
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1279               Similarity may have different topology due to increased
1280               precision
1281             </li>
1282           </ul>
1283           <em>Rendering</em>
1284           <ul>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1287               model for alignments and groups
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1291               scripts
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>Overview</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1298               with alignment and overview windows
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1302               overview
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1306               omitted in Overview
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1310               adjustment of visible position
1311             </li>
1312           </ul>
1313
1314           <em>Data import/export</em>
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1318               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1322               annotation input/output via stockholm flatfile
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1326               extension when importing structure files without embedded
1327               names or PDB accessions
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1331               format sequence substitution matrices
1332             </li>
1333           </ul>
1334           <em>User Interface</em>
1335           <ul>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1338               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1339               the application.
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1343               via Overview or sequence motif search operations
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1347               opened by double clicking gaps within sequence feature
1348               extent
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1352               aligned positions were available to create a 3D structure
1353               superposition.
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>3D Structure</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1360               coloured in linked structure views
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1364               file-based command exchange
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1368               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1369               structures are already available for sequences
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1373               the Jalview project rather than downloaded again when the
1374               project is reopened.
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1378               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1379               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1380                 Feature</strong>)
1381             </li>
1382           </ul>
1383           <em>Web Services</em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1390               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1391               Analysis services
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1395               cross-references provided by identifiers.org and the
1396               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1397             </li>
1398           </ul>
1399
1400           <em>Scripting</em>
1401           <ul>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1404               identifying file formats (instead of String constants)
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1408               efficiency when counting all displayed features (not
1409               backwards compatible with 2.10.1)
1410             </li>
1411           </ul>
1412           <em>Example files</em>
1413           <ul>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1416               included in the example feature file
1417             </li>
1418           </ul>
1419           <em>Documentation</em>
1420           <ul>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1423               with the built-in Java help viewer
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1427               sequence description' option
1428             </li>
1429           </ul>
1430           <em>Test Suite</em>
1431           <ul>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1434               Uniprot REST Free Text Search Client
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1441               during tests
1442             </li>
1443           </ul>
1444         </div></td>
1445       <td><div align="left">
1446           <em>Calculations</em>
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1450               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1451               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1452             </li>
1453             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1454               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1455               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1456               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1457               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1458               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1459               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1460               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1461               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1462               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1463               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1464               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1465               // for 2.10.1 mode <br />
1466               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1467               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1468                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1469                 calculations (not recommended)</em></li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1472               scaling of branch lengths for trees computed using
1473               Sequence Feature Similarity.
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1477               generating output report when working with highly
1478               redundant alignments
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1482               right of selected region when gaps present on right-hand
1483               boundary
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <em>User Interface</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1490               doesn't reselect a specific sequence's associated
1491               annotation after it was used for colouring a view
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1495               opened on a region of alignment without groups
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1499               of an alignment with overlapping groups
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1503               name and description match
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1507               hidden regions results in incorrect hidden regions
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1511               changing colour does not apply Conservation slider value
1512               to all groups
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1516               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1520               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1524               gaps before start of features
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1528               restored to UI when feature colour is edited
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1532               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1536               as graduate feature colour settings are modified via the
1537               dialog box
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1541               when a group defined on the alignment is resized
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1545               wrapped view result in positional status updates
1546             </li>
1547
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1550               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1554               alignment included gapped columns
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1558               widgets don't permanently disappear
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1562               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1563               T-Coffee column reliability scores)
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1567               sequence feature on gaps only
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1571               button from a Find inherit previously defined feature type
1572               rather than the Find query string
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1576               exporting tree calculated in Jalview
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1580               and then revealing them reorders sequences on the
1581               alignment
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1585               doesn't update to reflect available set of groups after
1586               interactively adding or modifying features
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1590               Linux
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1594               only excluded gaps in current sequence and ignored
1595               selection.
1596             </li>
1597           </ul>
1598           <em>Rendering</em>
1599           <ul>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1602               erratically when hidden rows or columns are present
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1606               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1607               sequence colouring
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1611               colour and group colour menu for protein alignments
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1615               reflect currently selected view or group's shading
1616               thresholds
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1620               when rendered on overview and structures when opacity at
1621               100%
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1625               overview when features overlaid on alignment
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1629               recovered correctly from Jalview project file
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1633               (automatically via preferences) are different to the main
1634               alignment panel
1635             </li>
1636           </ul>
1637           <em>Data import/export</em>
1638           <ul>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1641               load
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1645               added after a sequence was imported are not written to
1646               Stockholm File
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1650               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1654               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1658               with lightGray or darkGray via features file (but can
1659               specify lightgray)
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1663               when alignment view imported from project
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1667               structure and sequences extracted from structure files
1668               imported via URL and viewed in Jmol
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1672               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1673               the project is loaded and the structure viewed
1674             </li>
1675           </ul>
1676           <em>Web Services</em>
1677           <ul>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1680               release of Ensembl v.88
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1684               appear enabled in Preferences->Connections
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1688               removed from console output
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1692               Ensembl by Peptide ID
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1696               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1697               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1698               due to 'null' string rather than empty string used for
1699               residues with no corresponding PDB mapping).
1700             </li>
1701           </ul>
1702           <em>Application UI</em>
1703           <ul>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1706               menu
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1710               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1711               new documentation and tooltips added)
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1715               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1719               new features are added to alignment
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1723               changes to feature colours via the Amend features dialog
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1727               edit graduated feature colour via amend features dialog
1728               box
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1732               selection menu changes colours of alignment views
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1736               from alignment calculation workers after alignment has
1737               been closed
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1741               groups now 'Create Group'
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1745               Create/Undefine group doesn't always work
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1749               shown again after pressing 'Cancel'
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1753               adjusts start position in wrap mode
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1757               ambiguous amino acids
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1761               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1762               proteins
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1766               Defined' don't appear in Colours menu
1767             </li>
1768           </ul>
1769           <em>Applet</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1773               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1777               overview or linked structure view
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1781               work (since 2.8)
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1785               user-defined colourscheme doesn't restore original
1786               colourscheme
1787             </li>
1788           </ul>
1789           <em>Test Suite</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1793               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1797               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1798               problems with deep array comparison equality asserts in
1799               successive versions of TestNG
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1803               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1804             </li>
1805           </ul>
1806           <em>New Known Issues</em>
1807           <ul>
1808             <li>
1809               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1810               phase after a sequence motif find operation
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1814               containing just upper and lower case letters are
1815               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1819               reliably from eggnog Ortholog database
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1823               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1824               to mark columns containing highlighted regions.
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1828               doesn't always add secondary structure annotation.
1829             </li>
1830           </ul>
1831         </div>
1832     <tr>
1833       <td width="60" nowrap>
1834         <div align="center">
1835           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1836         </div>
1837       </td>
1838       <td><div align="left">
1839           <em>General</em>
1840           <ul>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1843               for all consensus calculations
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1847               3rd Oct 2016)
1848             </li>
1849             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1850               for 2016-2017</li>
1851           </ul>
1852           <em>Application</em>
1853           <ul>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1856               set of database cross-references, sorted alphabetically
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1860               from database cross references. Users with custom links
1861               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1862                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1866               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1867               Chimera session
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1871               the Chimera it is connected to is shut down
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1875               columns menu item to mark columns containing highlighted
1876               regions (e.g. from structure selections or results of a
1877               Find operation)
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1881               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1882               MSAviewer
1883             </li>
1884           </ul>
1885         </div></td>
1886       <td>
1887         <div align="left">
1888           <em>General</em>
1889           <ul>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1892               are not coloured or thresholded according to percent
1893               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1897               hydrophobic
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1901               threshold, amino acid properties)
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1905               reported as mapped to residues in a structure file in the
1906               View Mapping report
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1910               could be added multiple times to a sequence
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1914               bond features shown as two highlighted residues rather
1915               than a range in linked structure views, and treated
1916               correctly when selecting and computing trees from features
1917             </li>
1918             <li>
1919               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1920               cross-references are matched to database name regardless
1921               of case
1922             </li>
1923
1924           </ul>
1925           <em>Application</em>
1926           <ul>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1929               names without regular expressions also offer links from
1930               Sequence ID
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1934               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1935               update Jalview configuration
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1939               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1943               files with similarly named sequences if dropped onto the
1944               alignment
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1948               entries where more chains exist in the PDB accession than
1949               are reported in the SIFTS file
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1953               the structure view when displayed with Chimera
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1957               panel's View->Show Chains submenu
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1961               work for wrapped alignment views
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1965               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1969               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1970               first annotation row
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1974               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1978               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1979             </li>
1980             <!-- JAL-2319 -->
1981             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1982             coordindate data
1983             </li>
1984           </ul>
1985           <!--           <em>New Known Issues</em>
1986           <ul>
1987             <li></li>
1988           </ul> -->
1989         </div>
1990       </td>
1991     </tr>
1992     <td width="60" nowrap>
1993       <div align="center">
1994         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1995           <em>25/10/2016</em></strong>
1996       </div>
1997     </td>
1998     <td><em>Application</em>
1999       <ul>
2000         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2001           view if structures already loaded</li>
2002         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2003           structure views</li>
2004       </ul></td>
2005     <td>
2006       <div align="left">
2007         <em>General</em>
2008         <ul>
2009           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2010             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2011           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2012             example sequences/projects/trees</li>
2013         </ul>
2014         <em>Application</em>
2015         <ul>
2016           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2017             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2018           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2019             without timeout for structures with multiple models or
2020             multiple sequences in alignment</li>
2021           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2022             PDB ID HEADER line</li>
2023           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2024             is performed</li>
2025           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2026             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2027           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2028           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2029             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2030             option</li>
2031           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2032             is created on the alignment</li>
2033           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2034             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2035             pop-up menu</li>
2036         </ul>
2037         <em>Build and deployment</em>
2038         <ul>
2039           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2040             tags</li>
2041         </ul>
2042         <em>New Known Issues</em>
2043         <ul>
2044           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2045             on Windows</li>
2046         </ul>
2047       </div>
2048     </td>
2049     </tr>
2050     <tr>
2051       <td width="60" nowrap>
2052         <div align="center">
2053           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2054         </div>
2055       </td>
2056       <td><em>General</em>
2057         <ul>
2058           <li>
2059             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2063             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2064             better PDB parsing.
2065           </li>
2066           <li>
2067             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2068             reference sequence
2069           </li>
2070           <li>
2071             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2072             mousing over sequence associated annotation
2073           </li>
2074           <li>
2075             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2076             for manual entry
2077           </li>
2078           <li>
2079             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2080             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2081             for each column
2082           </li>
2083           <li>
2084             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2085             showing or hiding columns containing a feature
2086           </li>
2087           <li>
2088             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2089             group and sequence associated annotation labels
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2093             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2094             dialogs
2095           </li>
2096
2097         </ul> <em>Application</em>
2098         <ul>
2099           <li>
2100             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2101             gene/transcript view
2102           </li>
2103           <li>
2104             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2105             dialog
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2109             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2113             Pfam sources to xfam.org
2114           </li>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2117           </li>
2118           <li>
2119             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2120             over sequences in Jalview
2121           </li>
2122           <li>
2123             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2124             regions in ENA and EMBL
2125           </li>
2126           <li>
2127             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2128             for record retrieval via ENA rest API
2129           </li>
2130           <li>
2131             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2132             complement operator
2133           </li>
2134           <li>
2135             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2136             groovy script execution
2137           </li>
2138           <li>
2139             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2140             alignment window's Calculate menu
2141           </li>
2142           <li>
2143             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2144             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2145           </li>
2146           <li>
2147             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2148             calculation workers from groovy scripts
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2152             Jalview projects
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2156             associations are now saved/restored from project
2157           </li>
2158           <li>
2159             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2160             before sequence fetcher is opened
2161           </li>
2162           <li>
2163             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2164             database chooser opens a sequence fetcher
2165           </li>
2166           <li>
2167             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2168             the UniProt REST API
2169           </li>
2170           <li>
2171             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2172             the news reader opening
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2176             querying stored in preferences
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2180             search results
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2184           </li>
2185           <li>
2186             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2187             menu for nucleotide sequences
2188           </li>
2189           <li>
2190             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2191             and feature counts preserves alignment ordering (and
2192             debugged for complex feature sets).
2193           </li>
2194           <li>
2195             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2196             viewing structures with Jalview 2.10
2197           </li>
2198           <li>
2199             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2200             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2201             Ensembl Genomes REST API
2202           </li>
2203           <li>
2204             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2205             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2206             (Ensembl)
2207           </li>
2208           <li>
2209             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2210             sequences
2211           </li>
2212           <li>
2213             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2214             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2215             data from external database records.
2216           </li>
2217           <li>
2218             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2219             efficient recovery of sequence coding and alignment
2220             annotation relationships.
2221           </li>
2222         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2223         <ul>
2224           <li>
2225             -- JAL---
2226           </li>
2227         </ul> --></td>
2228       <td>
2229         <div align="left">
2230           <em>General</em>
2231           <ul>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2234               menu on OSX
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2238               includes graduated colourschemes
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2242               working with big alignments and lots of hidden columns
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2246               at right of alignment window
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2250               contents
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2254               for DNA alignments
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2258               based tree calculation
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2262               unconserved enabled for group on alignment
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2266               set as reference
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2270               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2271               annotation
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2275               hidden columns present
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2279               user created annotation added to alignment
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2283               '()' base pair annotation
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2287               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2288               Consensus
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2292               feature not working
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2296               beginning of sequence
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2300               entry 3a6s
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2304               from a tree when t-coffee scores are shown
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2308               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2312               some structures
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2316               to Clustal, PIR and PileUp output
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2320               not visible causes alignment window to repaint
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2324               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2325               scores associated with features and annotation rows
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2329               calculation should be case independent
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2333               columns
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2337               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2338               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2342               problems when reference sequence defined and 'show
2343               non-conserved' enabled
2344             </li>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2347               load even when Consensus calculation is disabled
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2351               alignment does nothing
2352             </li>
2353           </ul>
2354           <em>Application</em>
2355           <ul>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2358               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2359               yet fixed for El Capitan)
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2363               output when running on non-gb/us i18n platforms
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2367               hidden sequences as flat-file alignment
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2371               launching Chimera
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2375               (also hotfix for 2.9.0b2)
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2379               reference sequence defined
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2383               alignments and views when revealing hidden columns
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2387               view in a cDNA/Protein splitframe
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2391               sequence from project when only one sequence is
2392               represented
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2396               in Structure Chooser
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2400               structure consensus didn't refresh annotation panel
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2404               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2408               dialogs format columns correctly, don't display array
2409               data, sort columns according to type
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2413               file chooser is cancelled during an image export
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2417               sequence name containing special characters
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2421               case insensitive
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2425               formatting don't wrap
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2429               truncated so L looks like I in consensus annotation
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2433               currently displayed features for the current selection or
2434               view
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2438               after fetching cross-references, and restoring from
2439               project
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2443               followed in the structure viewer
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2447               splitframe not restored from project
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2451               trailing end of protein alignment in transcript/product
2452               splitview when pad-gaps not enabled by default
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2456               is case dependent
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2460               article has been read (reopened issue due to
2461               internationalisation problems)
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2465               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2466               cross-references
2467             </li>
2468
2469             <li>
2470               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2471               alignment as HTML
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2475               multiple structures are shown for one or more sequences.
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2479               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2480               is enabled.
2481             </li>
2482             <li>
2483               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2484               specific PDB id for sequence
2485             </li>
2486             <li>
2487               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2488               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2489               columns' is disabled.
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2493               selects lowest rather than highest resolution structures
2494               for each sequence
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2498               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2502               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2506               after clicking on it to create new annotation for a
2507               column.
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2511               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2512             </li>
2513             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2514             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2515           </ul>
2516           <em>Applet</em>
2517           <ul>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2520               hidden columns present before start of sequence
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2524               (JSON jars)
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2528               sequences are hidden in applet
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2532               deployment on examples pages.
2533             </li>
2534           </ul>
2535         </div>
2536       </td>
2537     </tr>
2538     <tr>
2539       <td width="60" nowrap>
2540         <div align="center">
2541           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2542             <em>16/10/2015</em></strong>
2543         </div>
2544       </td>
2545       <td><em>General</em>
2546         <ul>
2547           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2548             jars</li>
2549         </ul></td>
2550       <td>
2551         <div align="left">
2552           <em>Application</em>
2553           <ul>
2554             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2555               shown when tree is partitioned</li>
2556             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2557               multiple cDNA/Protein split views</li>
2558           </ul>
2559         </div>
2560       </td>
2561     </tr>
2562     <tr>
2563       <td width="60" nowrap>
2564         <div align="center">
2565           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2566             <em>8/10/2015</em></strong>
2567         </div>
2568       </td>
2569       <td><em>General</em>
2570         <ul>
2571           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2572             2.9</li>
2573         </ul> <em>Application</em>
2574         <ul>
2575           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2576           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2577           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2578         </ul> <em>Applet</em>
2579         <ul>
2580           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2581         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2582         <ul>
2583           <li>
2584             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2585             suite
2586           </li>
2587         </ul></td>
2588       <td>
2589         <div align="left">
2590           <em>General</em>
2591           <ul>
2592             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2593               incorrect when sequence start > 1</li>
2594             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2595               documentation</li>
2596             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2597             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2598               loading a features file containing HTML tags in feature
2599               description</li>
2600
2601           </ul>
2602           <em>Application</em>
2603           <ul>
2604             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2605               reimport</li>
2606             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2607               with 'trim retrieved sequences'</li>
2608             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2609               deleting selected columns</li>
2610             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2611               JNLP templates for webstart launch</li>
2612             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2613               unreleased structures for download or viewing</li>
2614             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2615               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2616             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2617               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2618             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2619               recovered from jalview project</li>
2620             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2621               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2622               alignment view</li>
2623             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2624               color schemes from BioJSON</li>
2625           </ul>
2626           <em>Applet</em>
2627           <ul>
2628             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2629               frame</li>
2630             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2631           </ul>
2632         </div>
2633       </td>
2634     </tr>
2635     <tr>
2636       <td><div align="center">
2637           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2638         </div></td>
2639       <td><em>General</em>
2640         <ul>
2641           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2642             alignments:
2643             <ul>
2644               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2645                 and DNA alignment views</li>
2646               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2647                 cDNA alignment views</li>
2648               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2649                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2650               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2651                 protein sequences</li>
2652             </ul>
2653           </li>
2654           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2655           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2656             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2657           <li>New alignment annotation file statements for
2658             reference sequences and marking hidden columns</li>
2659           <li>Reference sequence based alignment shading to
2660             highlight variation</li>
2661           <li>Select or hide columns according to alignment
2662             annotation</li>
2663           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2664           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2665             acid conservation row</li>
2666           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2667         </ul> <em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2670             <ul>
2671               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2672                 view with cDNA/Protein</li>
2673               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2674                 sequences are placed in the same alignment</li>
2675               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2676                 projects</li>
2677             </ul>
2678           </li>
2679
2680           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2681           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2682             Jalview windows</li>
2683
2684           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2685           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2686           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2687             be shown in VARNA</li>
2688
2689           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2690             as the active selected region</li>
2691
2692           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2693             similarity</li>
2694           <li>New Export options
2695             <ul>
2696               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2697                 region export in flat file generation</li>
2698
2699               <li>Export alignment views for display with the <a
2700                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2701
2702               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2703               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2704                 alignment figures to HTML</li>
2705           </li>
2706           <li>3D structure retrieval and display
2707             <ul>
2708               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2709                 Search API</li>
2710               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2711                 PDB structures for a sequence set</li>
2712             </ul>
2713           </li>
2714
2715           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2716             predictions</li>
2717           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2718             for one or a group of sequences</li>
2719           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2720             from the JPred4 web server</li>
2721           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2722             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2723             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2724           </li>
2725           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2726             VARNA 2D Structure'</li>
2727           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2728             Structure ..."</li>
2729
2730         </ul> <em>Applet</em>
2731         <ul>
2732           <li>New layout for applet example pages</li>
2733           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2734             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2735           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2736             Protein alignments</li>
2737         </ul> <em>Development and deployment</em>
2738         <ul>
2739           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2740           <li>Include installation type and git revision in build
2741             properties and console log output</li>
2742           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2743             storing BioJsMSA Templates</li>
2744           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2745         </ul></td>
2746       <td>
2747         <!-- <em>General</em>
2748         <ul>
2749         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2750         <ul>
2751           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2752           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2753           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2754             predictions are not highlighted in amber</li>
2755           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2756             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2757           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2758             associated structure views</li>
2759           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2760             width checkbox not enabled</li>
2761           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2762             creating user defined colours</li>
2763           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2764             mappings for just that viewer's sequences</li>
2765           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2766             multiple models in Chimera</li>
2767           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2768             over Jmol structure</li>
2769           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2770             output to text box</li>
2771           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2772             have incorrect sequence start/end</li>
2773           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2774             Jalview fails</li>
2775           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2776             work for nucleotide</li>
2777           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2778             to a grey/invisible alignment window</li>
2779           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2780             imports to different position</li>
2781           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2782             on some platforms</li>
2783           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2784             populated</li>
2785           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2786             console if Chimera has been opened</li>
2787           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2788           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2789             retrieved</li>
2790           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2791           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2792             either sequence shows on first structure</li>
2793           <li>'Show annotations' options should not make
2794             non-positional annotations visible</li>
2795           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2796             in right place after 'view flanking regions'</li>
2797           <li>File Save As type unset when current file format is
2798             unknown</li>
2799           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2800             projects</li>
2801           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2802             responsive</li>
2803           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2804             several views on same alignment</li>
2805           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2806           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2807             spaces</li>
2808         </ul> <em>Applet</em>
2809         <ul>
2810           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2811           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2812             descriptions containing angle brackets</li>
2813         </ul> <em>General</em>
2814         <ul>
2815           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2816             via jalview annotation file</li>
2817           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2818             with RNA secondary structure</li>
2819           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2820             translation doesn't work.</li>
2821           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2822           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2823             positions</li>
2824           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2825             choosing 1pt font</li>
2826           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2827             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2828             'h'</li>
2829           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2830             new feature</li>
2831           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2832             order dependent</li>
2833           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2834             sequences</li>
2835           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2836         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2837         <ul>
2838           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2839             www.jalview.org</li>
2840         </ul> <em>Application Known issues</em>
2841         <ul>
2842           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2843           <li>Misleading message appears after trying to delete
2844             solid column.</li>
2845           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2846             version launches</li>
2847           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2848             fails with a sequence mismatch</li>
2849           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2850             scrolling alignment to right</li>
2851           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2852             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2853           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2854             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2855           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2856             ultra-high resolution</li>
2857           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2858             quality and conservation</li>
2859           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2860             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2861         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2862         <ul>
2863           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2864           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2865             window is being resized</li>
2866
2867         </ul>
2868       </td>
2869     </tr>
2870     <tr>
2871       <td><div align="center">
2872           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2873         </div></td>
2874       <td><em>General</em>
2875         <ul>
2876           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2877             Certum.PL.</li>
2878           <li>Features and annotation preserved when performing
2879             pairwise alignment</li>
2880           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2881             imported/exported/displayed</li>
2882           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2883             protein secondary structure</li>
2884           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2885               post-hoc with 2.9 release</em>)
2886           </li>
2887
2888         </ul> <em>Application</em>
2889         <ul>
2890           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2891             with 3D structures</li>
2892           <li>Support for parsing RNAML</li>
2893           <li>Annotations menu for layout
2894             <ul>
2895               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2896               <li>place sequence annotation above/below alignment
2897                 annotation</li>
2898             </ul>
2899           <li>Output in Stockholm format</li>
2900           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2901             translation</li>
2902           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2903           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2904             shared between alignments</li>
2905           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2906             Jalview</li>
2907           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2908             all or current selection</li>
2909           <li>disorder and secondary structure predictions
2910             available as dataset annotation</li>
2911           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2912
2913
2914           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2915             alignments from Rfam</li>
2916           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2917
2918           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2919             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2920           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2921           <li>include installation type in build properties and
2922             console log output</li>
2923           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2924             annotation</li>
2925         </ul></td>
2926       <td>
2927         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2928         <ul>
2929           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2930             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2931           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2932             alignment</li>
2933           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2934           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2935           <li>Double click on sequence associated annotation
2936             selects only first column</li>
2937           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2938             leaves shown in tree</li>
2939           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2940             properly</li>
2941           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2942           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2943             screen and buttons not visible</li>
2944           <li>author list isn't updated if already written to
2945             Jalview properties</li>
2946           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2947             from database</li>
2948           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2949           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2950             browser search window</li>
2951           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2952             in feature settings dialog</li>
2953           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2954             desktop</li>
2955           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2956             pass validation</li>
2957           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2958             fit on screen</li>
2959           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2960             tooltip</li>
2961           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2962             defined user preset</li>
2963           <li>MSA web services warns user if they were launched
2964             with invalid input</li>
2965           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2966             Java 8</li>
2967           <li>
2968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2969             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2970             created
2971           </li>
2972
2973         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2974         <ul>
2975         </ul> <em>General</em>
2976         <ul>
2977         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2978         <ul>
2979           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2980             memory allocation</li>
2981           <li>launchApp service doesn't automatically open
2982             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2983           <li>
2984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2985             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2986             1.7_055 is available
2987           </li>
2988         </ul> <em>Application Known issues</em>
2989         <ul>
2990           <li>
2991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2992             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2993             alignment to right
2994           </li>
2995           <li>
2996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2997             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2998             with large number of ID
2999           </li>
3000           <li>
3001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3002             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3003             start/end
3004           </li>
3005           <li>
3006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3007             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3008             structure tracks are rearranged
3009           </li>
3010           <li>
3011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3012             invalid rna structure positional highlighting does not
3013             highlight position of invalid base pairs
3014           </li>
3015           <li>
3016             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3017             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3018             project from alignment window file menu
3019           </li>
3020           <li>
3021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3022             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3023             structures
3024           </li>
3025           <li>
3026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3027             colour by RNA Helices not enabled when user created
3028             annotation added to alignment
3029           </li>
3030           <li>
3031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3032             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3033           </li>
3034         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3035         <ul>
3036           <li>
3037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3038             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3039           </li>
3040           <li>
3041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3042             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3043           </li>
3044
3045           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3046             when selected</li>
3047         </ul>
3048       </td>
3049     </tr>
3050     <tr>
3051       <td><div align="center">
3052           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3053         </div></td>
3054       <td>
3055         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3056         <em>General</em>
3057         <ul>
3058           <li>Internationalisation of user interface (usually
3059             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3060           <li>Define/Undefine group on current selection with
3061             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3062           <li>Improved group creation/removal options in
3063             alignment/sequence Popup menu</li>
3064           <li>Sensible precision for symbol distribution
3065             percentages shown in logo tooltip.</li>
3066           <li>Annotation panel height set according to amount of
3067             annotation when alignment first opened</li>
3068         </ul> <em>Application</em>
3069         <ul>
3070           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3071             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3072           <li>Select columns containing particular features from
3073             Feature Settings dialog</li>
3074           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3075             sequences</li>
3076           <li>Update Jalview project format:
3077             <ul>
3078               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3079               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3080                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3081               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3082                 colouring</li>
3083             </ul>
3084           </li>
3085           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3086             (PAM250)</li>
3087           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3088             flanking regions for an alignment</li>
3089         </ul>
3090       </td>
3091       <td>
3092         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3093         <ul>
3094           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3095             running after job is cancelled</li>
3096           <li>cannot export features from alignments imported from
3097             Jalview/VAMSAS projects</li>
3098           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3099             float values</li>
3100           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3101             have 'display all symbols' flag set</li>
3102           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3103             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3104           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3105             Jalview</li>
3106           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3107             Lion/Webstart</li>
3108           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3109           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3110           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3111             alignment onto desktop</li>
3112           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3113             'extract scores' function</li>
3114           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3115             alignment window</li>
3116           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3117             performing IUPred disorder prediction</li>
3118           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3119             changing 'normalise logo' display setting</li>
3120           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3121             nothing matches query</li>
3122           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3123             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3124           </li>
3125           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3126             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3127           </li>
3128           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3129             Jalview's menu</li>
3130           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3131             'invalid literal/length code'</li>
3132           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3133             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3134           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3135             colourscheme</li>
3136
3137         </ul> <em>Applet</em>
3138         <ul>
3139           <li>Remove group option is shown even when selection is
3140             not a group</li>
3141           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3142             don't affect groups</li>
3143           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3144             colourscheme name</li>
3145           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3146             Annotation panel is not displayed</li>
3147           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3148             embedded windows</li>
3149         </ul> <em>Other</em>
3150         <ul>
3151           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3152             single sequence were not calculated</li>
3153           <li>annotation files that contain only groups imported as
3154             annotation and junk sequences</li>
3155           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3156             recognised as PFAM or BLC</li>
3157           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3158             doesn't affect background (2.8.0b1)
3159           <li></li>
3160           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3161           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3162             trailing gaps</li>
3163           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3164             registered correctly on import</li>
3165           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3166             certain alignments</li>
3167           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3168             existing annotation based 'use original colours'
3169             colourscheme loses original colours setting</li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172     </tr>
3173     <tr>
3174       <td><div align="center">
3175           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3176             <em>30/1/2014</em></strong>
3177         </div></td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3181             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3182             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3183             open source project).
3184           </li>
3185           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3186           <li>Output in Stockholm format</li>
3187           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3188           <li>Export/import group and sequence associated line
3189             graph thresholds</li>
3190           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3191             ambiguity codes</li>
3192           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3193             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3194             works</li>
3195           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3196         </ul> <em>Other improvements</em>
3197         <ul>
3198           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3199           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3200             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3201           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3202             files</li>
3203           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3204           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3205             link but no description</li>
3206           <li>Select primary source when selecting authority in
3207             database fetcher GUI</li>
3208           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3209             Jalview</li>
3210           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213       <td>
3214         <ul>
3215           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3216             displayed</li>
3217           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3218             secondary structure annotation line</li>
3219           <li>Sequence database accessions not imported when
3220             fetching alignments from Rfam</li>
3221           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3222             identical IDs</li>
3223           <li>View all structures does not always superpose
3224             structures</li>
3225           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3226             reflect user or preset settings</li>
3227           <li>Null pointer exceptions for some services without
3228             presets or adjustable parameters</li>
3229           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3230             discover PDB xRefs</li>
3231           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3232             features with DAS</li>
3233           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3234             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3235           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3236             residue follows a gap</li>
3237           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3238             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3239           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3240             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3241           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3242             annotation already exists on alignment</li>
3243           <li>oninit javascript function should be called after
3244             initialisation completes</li>
3245           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3246             alignment window display</li>
3247           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3248           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3249             to annotation file</li>
3250           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3251             groups created</li>
3252           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3253             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3254           <li>Pressing return several times causes Number Format
3255             exceptions in keyboard mode</li>
3256           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3257             correct partitions for input data</li>
3258           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3259           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3260           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3261           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3262             mode</li>
3263           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3264             changes one row&#39;s threshold</li>
3265           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3266             doesn&#39;t open</li>
3267           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3268             quality histograms</li>
3269         </ul>
3270       </td>
3271     </tr>
3272     <tr>
3273       <td><div align="center">
3274           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3275         </div></td>
3276       <td><em>Application</em>
3277         <ul>
3278           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3279             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3280           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3281             preferences</li>
3282           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3283             in Jalview alignment window</li>
3284           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3285             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3286           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3287             RNA and ambiguity codes</li>
3288
3289           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3290           <li>Support fetching and database reference look up
3291             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3292             refs')</li>
3293           <li>Jalview project improvements
3294             <ul>
3295               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3296                 flag for annotation</li>
3297               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3298                 alignment</li>
3299               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3300                 Jalview project</li>
3301
3302             </ul>
3303           </li>
3304           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3305           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3306             running</li>
3307           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3308           <li>visual indication that web service results are still
3309             being retrieved from server</li>
3310           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3311             starts up for first time</li>
3312           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3313             services</li>
3314           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3315             client library</li>
3316           <li>Examples directory and Groovy library included in
3317             InstallAnywhere distribution</li>
3318         </ul> <em>Applet</em>
3319         <ul>
3320           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3321             visualization applet example</li>
3322         </ul> <em>General</em>
3323         <ul>
3324           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3325           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3326             defaults</li>
3327           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3328             calculation</li>
3329           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3330             matrices
3331           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3332             in HTML</li>
3333           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3334             structure contacts</li>
3335           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3336           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3337           <li>Parse sequence associated secondary structure
3338             information in Stockholm files</li>
3339           <li>HTML Export database accessions and annotation
3340             information presented in tooltip for sequences</li>
3341           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3342             style RNA alignment files</li>
3343           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3344             alignment</li>
3345           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3346             shade each sequence according to its associated alignment
3347             annotation</li>
3348           <li>New Jalview Logo</li>
3349         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3350         <ul>
3351           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3352           <li>New Website!</li>
3353         </ul></td>
3354       <td><em>Application</em>
3355         <ul>
3356           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3357             wsdbfetch REST service</li>
3358           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3359           <li>Filetype associations not installed for webstart
3360             launch</li>
3361           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3362             job execution in full once it is complete</li>
3363           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3364             uploaded via ali_file parameter</li>
3365           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3366           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3367           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3368             submitted for prediction</li>
3369           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3370             desktop window</li>
3371           <li>Putting fractional value into integer text box in
3372             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3373           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3374             windows 7</li>
3375           <li>View all structures fails with exception shown in
3376             structure view</li>
3377           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3378             escaped in a platform independent way</li>
3379           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3380             using proxy</li>
3381           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3382             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3383           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3384             failure when java web start temporary file caching is
3385             disabled</li>
3386           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3387             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3388           <li>Errors during processing of command line arguments
3389             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3390           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3391             DAS sources in sequence fetcher</li>
3392           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3393             dialog is shown</li>
3394           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3395           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3396           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3397           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3398             on OSX Mountain Lion</li>
3399           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3400             sequences with alignment annotation are pasted into the
3401             alignment</li>
3402           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3403             when loaded from Jalview project</li>
3404           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3405           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3406             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3407           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3408             associated with all views</li>
3409           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3410             annotation rows to new window</li>
3411         </ul> <em>Applet</em>
3412         <ul>
3413           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3414             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3415           <li>loading features via javascript API automatically
3416             enables feature display</li>
3417           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3418             work</li>
3419         </ul> <em>General</em>
3420         <ul>
3421           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3422           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3423             and then deselected</li>
3424           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3425           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3426             coloured with clustalx</li>
3427           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3428             exceptions and redraw errors</li>
3429           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3430             reconfigured view</li>
3431           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3432             colour</li>
3433           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3434             for lots of labels</li>
3435         </ul>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td>
3439         <div align="center">
3440           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3441         </div>
3442       </td>
3443       <td><em>Application</em>
3444         <ul>
3445           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3446           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3447           <li>View/alignment association menu to enable user to
3448             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3449             its colours/correspondences from</li>
3450           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3451           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3452             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3453           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3454           <li>Annotation row column label formatting attributes
3455             stored in project file</li>
3456           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3457             rows preserved in Jalview project file</li>
3458           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3459             saved using Desktop window menu</li>
3460           <li>Visual indication that command line arguments are
3461             still being processed</li>
3462           <li>Groovy script execution from URL</li>
3463           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3464             preferences</li>
3465           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3466             alignment with sequences that have high similarity and
3467             matching IDs</li>
3468           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3469           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3470             structures in same window</li>
3471           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3472           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3473             analysis function in its own submenu</li>
3474         </ul> <em>Applet</em>
3475         <ul>
3476           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3477             groups</li>
3478           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3479           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3480           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3481           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3482           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3483             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3484           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3485           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3486             parameters are treated as such</li>
3487           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3488             <ul>
3489               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3490               <li>Javascript callbacks for
3491                 <ul>
3492                   <li>Applet initialisation</li>
3493                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3494                 </ul>
3495               </li>
3496               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3497                 functions</li>
3498               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3499               <li>javascript structure viewer harness to pass
3500                 messages between Jmol and Jalview when running as
3501                 distinct applets</li>
3502               <li>sortBy method</li>
3503               <li>Set of applet and application examples shipped
3504                 with documentation</li>
3505               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3506                 javascript message exchange</li>
3507             </ul>
3508         </ul> <em>General</em>
3509         <ul>
3510           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3511             multiple alignments</li>
3512           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3513           <li>User configurable link to enable redirects to a
3514             www.Jalview.org mirror</li>
3515           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3516           <li>Configurable newline string when writing alignment
3517             and other flat files</li>
3518           <li>Allow alignment annotation description lines to
3519             contain html tags</li>
3520         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3521         <ul>
3522           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3523             examples</li>
3524           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3525             using a web service before displaying the result in the
3526             Jalview desktop</li>
3527           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3528           <li>Ant target to publish example html files with applet
3529             archive</li>
3530           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3531           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3532         </ul></td>
3533       <td><em>Application</em>
3534         <ul>
3535           <li>User defined colourscheme throws exception when
3536             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3537           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3538             dialog for valid filename/format</li>
3539           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3540           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3541             P37173</li>
3542           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3543             which sequence is to be associated with the file</li>
3544           <li>Find All raises null pointer exception when query
3545             only matches sequence IDs</li>
3546           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3547           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3548             2.4 cannot be loaded</li>
3549           <li>Filetype associations not installed for webstart
3550             launch</li>
3551           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3552             with sequences in different alignments do not get coloured
3553             by their associated sequence</li>
3554           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3555             not preserved when project is loaded</li>
3556           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3557             stored in Jalview project</li>
3558           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3559             Jalview project</li>
3560           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3561           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3562             by conservation</li>
3563           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3564             created on new view</li>
3565           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3566             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3567           <li>Alignment quality not updated after alignment
3568             annotation row is hidden then shown</li>
3569           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3570             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3571           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3572             properly</li>
3573           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3574             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3575           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3576           <li>Structures imported from file and saved in project
3577             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3578           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3579             job execution in full once it is complete</li>
3580         </ul> <em>Applet</em>
3581         <ul>
3582           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3583             annotation rows are displayed</li>
3584           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3585             codebase</li>
3586           <li>View follows highlighting does not work for positions
3587             in sequences</li>
3588           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3589           <li>Export features raises exception when no features
3590             exist</li>
3591           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3592             for javascript api is modified when separator string
3593             provided as parameter</li>
3594           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3595             alignment with no existing selection</li>
3596           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3597             to applet&#39;s codebase</li>
3598           <li>Status bar not updated after finished searching and
3599             search wraps around to first result</li>
3600           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3601             several Jalview applets causes race conditions and memory
3602             leaks</li>
3603           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3604             not sent from Jmol in applet</li>
3605           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3606             applet API fatally hang browser</li>
3607         </ul> <em>General</em>
3608         <ul>
3609           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3610             position with wrapped view and hidden regions</li>
3611           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3612             with/without hidden columns</li>
3613           <li>Sequence length given in alignment properties window
3614             is off by 1</li>
3615           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3616             import PDB like structure files</li>
3617           <li>Positional search results are only highlighted
3618             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3619           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3620           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3621             given sequence position</li>
3622           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3623             output</li>
3624           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3625             from nucleotide chains correctly</li>
3626           <li>Structure colours not updated when tree partition
3627             changed in alignment</li>
3628           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3629             parsed in interleaved stockholm</li>
3630           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3631             state</li>
3632           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3633             properly</li>
3634           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3635             properly associated with their pdb files</li>
3636         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3637         <ul>
3638           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3639             ApplyCopyright tool</li>
3640         </ul></td>
3641     </tr>
3642     <tr>
3643       <td>
3644         <div align="center">
3645           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3646         </div>
3647       </td>
3648       <td><em>Application</em>
3649         <ul>
3650           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3651             contact web services</li>
3652           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3653             service job window</li>
3654           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3655         </ul></td>
3656       <td>
3657         <ul>
3658           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3659             pir file emitted by Jalview</li>
3660           <li>Existing feature settings transferred to new
3661             alignment view created from cut'n'paste</li>
3662           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3663             parsing PDB files</li>
3664           <li>Consensus and conservation annotation rows
3665             occasionally become blank for all new windows</li>
3666           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3667             in wrapped view mode</li>
3668         </ul> <em>Application</em>
3669         <ul>
3670           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3671             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3672           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3673             parameter names</li>
3674           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3675             is down</li>
3676         </ul>
3677       </td>
3678     </tr>
3679     <tr>
3680       <td>
3681         <div align="center">
3682           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3683         </div>
3684       </td>
3685       <td><em>Application</em>
3686         <ul>
3687           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3688             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3689             (JABAWS)
3690           </li>
3691           <li>Web Services preference tab</li>
3692           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3693             preferences</li>
3694           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3695           <li>Superpose structures using associated sequence
3696             alignment</li>
3697           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3698             viewer</li>
3699         </ul> <em>Applet</em>
3700         <ul>
3701           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3702             link out mechanism</li>
3703         </ul> <em>Other</em>
3704         <ul>
3705           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3706             series 12</li>
3707           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3708             require Java 1.5</li>
3709           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3710             sequence annotation files</li>
3711           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3712             type colour specification</li>
3713           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3714             script to check if it being run in an interactive session or
3715             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3716         </ul></td>
3717       <td>
3718         <ul>
3719           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3720             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3721         </ul> <em>Application</em>
3722         <ul>
3723           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3724             selected Regions menu item</li>
3725           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3726             part of a valid accession ID</li>
3727           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3728             runs out of memory</li>
3729           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3730             analysis results</li>
3731           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3732             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3733           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3734         </ul> <em>Applet</em>
3735         <ul>
3736           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3737             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3738             defined.</li>
3739         </ul>
3740       </td>
3741     </tr>
3742     <tr>
3743       <td>
3744         <div align="center">
3745           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3746         </div>
3747       </td>
3748       <td></td>
3749       <td>
3750         <ul>
3751           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3752             sequence IDs</li>
3753           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3754             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3755           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3756             import correctly</li>
3757           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3758             number of columns are hidden</li>
3759           <li>annotation label popup menu not providing correct
3760             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3761             present</li>
3762           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3763             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3764           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3765             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3766
3767         </ul> <em>Applet</em>
3768         <ul>
3769           <li>annotation panel disappears when annotation is
3770             hidden/removed</li>
3771         </ul> <em>Application</em>
3772         <ul>
3773           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3774             alignment opened where annotation panel is visible but no
3775             annotations are present on alignment</li>
3776           <li>pasted region containing hidden columns is
3777             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3778           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3779             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3780           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3781             selected Rregions menu item.</li>
3782           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3783             'Un' or 'Non'conserved</li>
3784           <li>Sequence feature settings are being shared by
3785             multiple distinct alignments</li>
3786           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3787             changed</li>
3788           <li>double click on group annotation to select sequences
3789             does not propagate to associated trees</li>
3790           <li>Mac OSX specific issues:
3791             <ul>
3792               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3793                 window background</li>
3794               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3795                 name set correctly</li>
3796               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3797                 save feature colourscheme button</li>
3798             </ul>
3799           </li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td><em>New Capabilities</em>
3811         <ul>
3812           <li>URL links generated from description line for
3813             regular-expression based URL links (applet and application)
3814
3815           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3816             menu</li>
3817           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3818             structures</li>
3819           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3820             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3821           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3822             average score or total feature count for each sequence.</li>
3823           <li>Shading features by score or associated description</li>
3824           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3825             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3826           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3827             hide everything but the currently selected region.</li>
3828           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3829         </ul> <em>Application</em>
3830         <ul>
3831           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3832             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3833           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3834             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3835           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3836             database references and protein_name is parsed as
3837             description line (BioSapiens terms).</li>
3838           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3839             references in sequence ID tooltip from View menu in
3840             application.</li>
3841           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3842       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3843           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3844             conservation plots</li>
3845           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3846             and visualized as sequence logos</li>
3847           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3848             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3849           </li>
3850           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3851             when a new tree is opened.</li>
3852           <li>Jalview Java Console</li>
3853           <li>Better placement of desktop window when moving
3854             between different screens.</li>
3855           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3856             consensus annotation</li>
3857           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3858             Workflows</li>
3859           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3860             <ul>
3861               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3862                 used to preserve views, structures, and tree display
3863                 settings)</li>
3864               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3865                 command line</li>
3866               <li>Sharing of selected regions between views and
3867                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3868               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3869             </ul></li>
3870         </ul> <em>Applet</em>
3871         <ul>
3872           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3873           <li>New Parameters
3874             <ul>
3875               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3876                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3877                 opened.</li>
3878               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3879                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3880               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3881                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3882               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3883                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3884                 view</li>
3885               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3886                 increase the height or width of a cell in the alignment
3887                 grid relative to the current font size.</li>
3888             </ul>
3889           </li>
3890           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3891             tooltip</li>
3892         </ul> <em>Other</em>
3893         <ul>
3894           <li>Features format: graduated colour definitions and
3895             specification of feature scores</li>
3896           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3897             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3898             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3899           <li>XML formats extended to support graduated feature
3900             colourschemes, group associated annotation, and profile
3901             visualization settings.</li></td>
3902       <td>
3903         <ul>
3904           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3905             rather than description</li>
3906           <li>Non-positional features are now included in sequence
3907             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3908             visibility in tooltip).</li>
3909           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3910           <li>Added URL embedding instructions to features file
3911             documentation.</li>
3912           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3913             'X' in peptide product</li>
3914           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3915             sequence ID and sequence string and query strings do not
3916             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3917           <li>AMSA files only contain first column of
3918             multi-character column annotation labels</li>
3919           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3920             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3921             exported and re-imported)</li>
3922           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3923             name</li>
3924           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3925             as subsequence matches, and correctly reports total number
3926             of both.</li>
3927           <li>Application:
3928             <ul>
3929               <li>Better handling of exceptions during sequence
3930                 retrieval</li>
3931               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3932                 link text excludes the start_end suffix</li>
3933               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3934                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3935               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3936               <li>Sequence description lines properly shared via
3937                 VAMSAS</li>
3938               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3939                 data sources</li>
3940               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3941                 completes before alignment figures are generated.</li>
3942               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3943                 first time.</li>
3944               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3945                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3946               <li>User defined group colours properly recovered
3947                 from Jalview projects.</li>
3948             </ul>
3949           </li>
3950         </ul>
3951       </td>
3952
3953     </tr>
3954     <tr>
3955       <td>
3956         <div align="center">
3957           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3958         </div>
3959       </td>
3960       <td>
3961         <ul>
3962           <li>Experimental support for google analytics usage
3963             tracking.</li>
3964           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967       <td>
3968         <ul>
3969           <li>Race condition in applet preventing startup in
3970             jre1.6.0u12+.</li>
3971           <li>Exception when feature created from selection beyond
3972             length of sequence.</li>
3973           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3974           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3975             all sequences with a given id</li>
3976           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3977             ID string searches</li>
3978           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3979             alignment to fail with exception</li>
3980         </ul> <em>Application Issues</em>
3981         <ul>
3982           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3983           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3984             data sources</li>
3985         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3986         <ul>
3987           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3988             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3989           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3990             version (java class versioning error fixed)</li>
3991         </ul>
3992       </td>
3993     </tr>
3994     <tr>
3995       <td>
3996
3997         <div align="center">
3998           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3999         </div>
4000       </td>
4001       <td><em>User Interface</em>
4002         <ul>
4003           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4004             translation and protein products</li>
4005           <li>Linked highlighting of structure associated with
4006             residue mapping to codon position</li>
4007           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4008             and 'clear' button</li>
4009           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4010             Tools menu</li>
4011           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4012             numeric data in description line</li>
4013           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4014           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4015             of sequence</li>
4016         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4017         <ul>
4018           <li>JPred3 web service</li>
4019           <li>Prototype sequence search client (no public services
4020             available yet)</li>
4021           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4022             PFAM</li>
4023           <li>URL Links created for matching database cross
4024             references as well as sequence ID</li>
4025           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4026         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4027         <ul>
4028           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4029             databases</li>
4030           <li>Generalised database reference retrieval and
4031             validation to all fetchable databases</li>
4032           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4033             sequence command</li>
4034         </ul> <em>Import and Export</em>
4035         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4036         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4037           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4038         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4039           File</li>
4040         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4041           triplet as name of colourscheme</li>
4042         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4043         <ul>
4044           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4045           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4046             alignments (experimental)</li>
4047           <li>Create new or select existing session to join</li>
4048           <li>load and save of vamsas documents</li>
4049         </ul> <em>Application command line</em>
4050         <ul>
4051           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4052             from applet)</li>
4053           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4054             of DAS servers to query for alignment features</li>
4055           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4056             that are also automatically queried for features</li>
4057           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4058             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4059         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4060         <ul>
4061           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4062             application (when using &quot;View in full
4063             application&quot;)</li>
4064         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4065         <ul>
4066           <li>feature group display control parameter</li>
4067           <li>debug parameter</li>
4068           <li>showbutton parameter</li>
4069         </ul> <em>Applet API methods</em>
4070         <ul>
4071           <li>newView public method</li>
4072           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4073           <li>Feature display control methods</li>
4074           <li>get list of currently selected sequences</li>
4075         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4076         <ul>
4077           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4078           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4079             Jalview release.</li>
4080           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4081             property controls execution of obfuscator</li>
4082           <li>Build target for generating source distribution</li>
4083           <li>Debug flag for javacc</li>
4084           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4085             jalview.bin.Cache</li>
4086           <li>Continuous Build Integration for stable and
4087             development version of Application, Applet and source
4088             distribution</li>
4089         </ul></td>
4090       <td>
4091         <ul>
4092           <li>selected region output includes visible annotations
4093             (for certain formats)</li>
4094           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4095             for editing</li>
4096           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4097           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4098           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4099           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4100             comments</li>
4101           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4102             filenames containing a ':'</li>
4103           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4104             global sequence features</li>
4105           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4106             references from alignment sequences goes to zero</li>
4107           <li>Close of tree branch colour box without colour
4108             selection causes cascading exceptions</li>
4109           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4110           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4111             file parsing fails.</li>
4112           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4113           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4114             not a valid output format</li>
4115           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4116             vamsas</li>
4117           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4118           <li>error messages passed up and output when data read
4119             fails</li>
4120           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4121             sequence is edited</li>
4122           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4123             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4124           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4125             filetype</li>
4126           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4127             import fixed for PFAM records</li>
4128           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4129             window list</li>
4130           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4131             can be read and written correctly to annotation file</li>
4132           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4133             correctly</li>
4134           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4135             non-italic font for representatives in Applet</li>
4136           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4137             Macs.</li>
4138           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4139             Applet)</li>
4140           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4141             due to null pointer exceptions</li>
4142           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4143             first column of alignment</li>
4144           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4145             July 2008</li>
4146           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4147             file is case-insensitive</li>
4148           <li>Sequence features read from Features file appended to
4149             all sequences with matching IDs</li>
4150           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4151             containing a sub-sequence</li>
4152           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4153           <li>feature and annotation file applet parameters
4154             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4155           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4156           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4157             splash-screen version check to complete</li>
4158           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4159             when passing them to the launchApp service</li>
4160           <li>display name and local features preserved in results
4161             retrieved from web service</li>
4162           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4163             sequence fetcher initialisation</li>
4164           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4165             dasobert DAS client</li>
4166           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4167             association</li>
4168           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4169             sequences
4170           </li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173     </tr>
4174     <tr>
4175       <td>
4176         <div align="center">
4177           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4178         </div>
4179       </td>
4180       <td>
4181         <ul>
4182           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4183           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4184           <li>Slide sequences</li>
4185           <li>Edit sequence in place</li>
4186           <li>EMBL CDS features</li>
4187           <li>DAS Feature mapping</li>
4188           <li>Feature ordering</li>
4189           <li>Alignment Properties</li>
4190           <li>Annotation Scores</li>
4191           <li>Sort by scores</li>
4192           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4193         </ul>
4194       </td>
4195       <td>
4196         <ul>
4197           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4198           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4199           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4200           <li>Feature group display state in XML</li>
4201           <li>Feature ordering in XML</li>
4202           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4203           <li>Stockholm alignment properties</li>
4204           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4205           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4206           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4207           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4208         </ul>
4209       </td>
4210
4211     </tr>
4212     <tr>
4213       <td>
4214         <div align="center">
4215           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4216         </div>
4217       </td>
4218       <td>
4219         <ul>
4220           <li>Non standard characters can be read and displayed
4221           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4222             applet via textbox
4223           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4224             name &amp; description
4225           <li>Preference setting to display sequence name in
4226             italics
4227           <li>Annotation file format extended to allow
4228             Sequence_groups to be defined
4229           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4230             specified in preferences
4231           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4232             sequences
4233         </ul>
4234       </td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4238             installed
4239           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4240           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4241         </ul>
4242       </td>
4243     </tr>
4244     <tr>
4245       <td>
4246         <div align="center">
4247           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4248         </div>
4249       </td>
4250       <td>
4251         <ul>
4252           <li>Multiple views on alignment
4253           <li>Sequence feature editing
4254           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4255           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4256           <li>Background dependent text colour
4257           <li>Right align sequence ids
4258           <li>User-defined lower case residue colours
4259           <li>Format Menu
4260           <li>Select Menu
4261           <li>Menu item accelerator keys
4262           <li>Control-V pastes to current alignment
4263           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4264           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4265           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4266
4267           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4268         </ul>
4269       </td>
4270       <td>
4271         <ul>
4272           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4273           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4274             calculations
4275           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4276             edits
4277           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4278             of alignment)
4279           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4280
4281           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4282             display correctly
4283           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4284           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4285             analysis results
4286           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4287             &#8739;
4288           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4289           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4290           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4291
4292         </ul>
4293       </td>
4294     </tr>
4295     <tr>
4296       <td>
4297         <div align="center">
4298           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4299         </div>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4304         </ul>
4305       </td>
4306       <td>
4307         <ul>
4308           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4309             sequence id panel has been resized</li>
4310           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4311             rendered</li>
4312           <li>Annotation files with sequence references - all
4313             elements in file are relative to sequence position</li>
4314           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4315         </ul>
4316       </td>
4317     </tr>
4318     <tr>
4319       <td>
4320         <div align="center">
4321           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4322         </div>
4323       </td>
4324       <td>
4325         <ul>
4326           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4327           <li>DAS Feature fetching</li>
4328           <li>Hide sequences and columns</li>
4329           <li>Export Annotations and Features</li>
4330           <li>GFF file reading / writing</li>
4331           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4332             files</li>
4333           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4334           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4335           <li>Applet can launch the full application</li>
4336           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4337             required)</li>
4338           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4339           <li>Applet can load sequences from parameter
4340             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4341           </li>
4342         </ul>
4343       </td>
4344       <td>
4345         <ul>
4346           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4347           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4348           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4349         </ul>
4350       </td>
4351     </tr>
4352     <tr>
4353       <td>
4354         <div align="center">
4355           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4356         </div>
4357       </td>
4358       <td>
4359         <ul>
4360           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4361           <li>Choose to match case when searching</li>
4362           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4363             expand the visible width and height of the alignment</li>
4364         </ul>
4365       </td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4369         </ul>
4370       </td>
4371     </tr>
4372     <tr>
4373       <td>
4374         <div align="center">
4375           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4376         </div>
4377       </td>
4378       <td>&nbsp;</td>
4379       <td>
4380         <ul>
4381           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4382           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4383             value</li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386     </tr>
4387     <tr>
4388       <td>
4389         <div align="center">
4390           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4391         </div>
4392       </td>
4393       <td>
4394         <ul>
4395           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4396           <li>Keyboard editing</li>
4397           <li>Create sequence features from searches</li>
4398           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4399             alignments</li>
4400           <li>Features file allows grouping of features</li>
4401           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4402           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4403           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4404         </ul>
4405       </td>
4406       <td>
4407         <ul>
4408           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4409           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4410             descriptions saved.</li>
4411         </ul>
4412       </td>
4413     </tr>
4414     <tr>
4415       <td>
4416         <div align="center">
4417           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4418         </div>
4419       </td>
4420       <td>
4421         <ul>
4422           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4423           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4424           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4425             name for file output</li>
4426           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4427           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4428             used for HTML form input</li>
4429         </ul>
4430       </td>
4431       <td>
4432         <ul>
4433           <li>HTML output writes groups and features</li>
4434           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4435           <li>File IO bugs</li>
4436         </ul>
4437       </td>
4438     </tr>
4439     <tr>
4440       <td>
4441         <div align="center">
4442           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4443         </div>
4444       </td>
4445       <td>
4446         <ul>
4447           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4448           <li>More options for PCA viewer</li>
4449         </ul>
4450       </td>
4451       <td>
4452         <ul>
4453           <li>GUI bugs resolved</li>
4454           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4455         </ul>
4456       </td>
4457     </tr>
4458     <tr>
4459       <td height="63">
4460         <div align="center">
4461           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4462         </div>
4463       </td>
4464       <td>
4465         <ul>
4466           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4467           <li>Jar files are executable</li>
4468           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4469         </ul>
4470       </td>
4471       <td>
4472         <ul>
4473           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4474           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4475           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4476         </ul>
4477       </td>
4478     </tr>
4479     <tr>
4480       <td>
4481         <div align="center">
4482           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4483         </div>
4484       </td>
4485       <td>
4486         <ul>
4487           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490       <td>
4491         <ul>
4492           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4493         </ul>
4494       </td>
4495     </tr>
4496     <tr>
4497       <td>
4498         <div align="center">
4499           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4500         </div>
4501       </td>
4502       <td>
4503         <ul>
4504           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4505             size</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508       <td>
4509         <ul>
4510           <li>Improved JPred client reliability</li>
4511           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4512         </ul>
4513       </td>
4514     </tr>
4515     <tr>
4516       <td>
4517         <div align="center">
4518           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4519         </div>
4520       </td>
4521       <td>
4522         <ul>
4523           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4524           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4525           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4526             to Colour Menu</li>
4527           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4528           <li>Unix users can set default web browser</li>
4529           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4530           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4531         </ul>
4532       </td>
4533       <td>
4534         <ul>
4535           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4536         </ul>
4537       </td>
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td>&nbsp;</td>
4546       <td>
4547         <ul>
4548           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4549             alignment order.</li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552     </tr>
4553     <tr>
4554       <td>
4555         <div align="center">
4556           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4557         </div>
4558       </td>
4559       <td>
4560         <ul>
4561           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4562           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4563           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4564             annotations.</li>
4565           <li>Version and build date written to build properties
4566             file.</li>
4567           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4568             at launch of Jalview.</li>
4569         </ul>
4570       </td>
4571       <td>
4572         <ul>
4573           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4574           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4575           <li>Can remove groups one by one.</li>
4576           <li>Filechooser icons installed.</li>
4577           <li>Finder ignores return character when searching.
4578             Return key will initiate a search.<br>
4579           </li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582     </tr>
4583     <tr>
4584       <td>
4585         <div align="center">
4586           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4587         </div>
4588       </td>
4589       <td>
4590         <ul>
4591           <li>New codebase</li>
4592         </ul>
4593       </td>
4594       <td>&nbsp;</td>
4595     </tr>
4596   </table>
4597   <p>&nbsp;</p>
4598 </body>
4599 </html>