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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 111                                                                 sequences
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 115                                                                 details
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 119                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 123                                                                 dialog
 124                                                         </li>
 125                                                 </ul>
 126                                         </li>
 127           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 128             <ul>
 129                                                         <li>
 130                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 131                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 132                                                         </li>
 133                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 134                                                                 drop-down menus</li>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 137                                                                 incrementally
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 141                                                         </li>
 142                                                 </ul>
 143                                         </li>
 144                                         <li>
 145                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 146                                         </li>
 147                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 148                                         <ul>
 149                                                         <li>
 150                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 151                                                                 multiple groups when working with large alignments
 152                                                         </li>
 153                                                         <li>
 154                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 155                                                                 Stockholm files
 156                                                         </li>
 157                                                 </ul>
 158                                         <li><strong>User Interface</strong>
 159                                         <ul>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 162                                                                 view
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 166                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 167                                                                 default (can be changed in user preferences)
 168                                                         </li>
 169                                                         <li>
 170                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 171                                                                 to the Overwrite Dialog
 172                                                         </li>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 175                                                                 sequences are hidden
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 179                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 183                                                                 labels
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 187                                                                 when in wrapped mode
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 191                                                                 annotation
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 195                                                         </li>
 196                                                         <li>
 197                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 198                                                                 panel
 199                                                         </li>
 200                                                         <li>
 201                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 202                                                                 popup menu
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 206                                                         <li>
 207                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 208
 209
 210                                                 </ul></li>
 211                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 212                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 213                                                 <ul>
 214                                                         <li>
 215                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 216                                                                 trapping CMD-Q
 217                                                         </li>
 218                                                 </ul></li>
 219                                 </ul>
 220         <em>Deprecations</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 224             capabilities removed from the Jalview Desktop
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 228             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 229             and XML based data retrieval clients</li>
 230           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 231           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 232         </ul> <em>Documentation</em>
 233                                 <ul>
 234                                         <li>
 235                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 236                                                 not supported in EPS figure export
 237                                         </li>
 238                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 239         <ul>
 240                 <li>
 241                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 242                                         </li>
 243                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 244                                         <li>
 245                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 246                                                 gradle-eclipse
 247                                         </li>
 248           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 249           Atlassian Bamboo continuous integration for
 250             unattended Test Suite execution</li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 253             operations</li>
 254           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 255           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 256         </ul>
 257       </td>
 258                         <td align="left" valign="top">
 259                                 <ul>
 260                                         <li>
 261                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 262                                         </li>
 263                                         <li>
 264                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 265                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 266                                         </li>
 267                                         <li>
 268                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 269                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 270                                         </li>
 271                                         <li>
 272                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 273                                                 monospaced font
 274                                         </li>
 275                                         <li>
 276                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 277                                                 project involving multiple views
 278                                         </li>
 279                                         <li>
 280                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 281                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 282                                                 Annotation dialog hides columns
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 286                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 287                                                 one view, then making another selection in the other view
 288                                         </li>
 289                                         <li>
 290                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 291                                                 columns
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 295                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 296                                         </li>
 297                                         <li>
 298                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 299                                                 overview updates with large alignments
 300                                         </li>
 301                                         <li>
 302                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 303                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 304                                                 mouse moved to the left of the first column
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 308                                                 hidden column marker via scale popup menu
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 312                                                 doesn't tell users the invalid URL
 313                                         </li>
 314                                         <li>
 315                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 316                                                 export as Jalview features file
 317                                         </li>
 318                                         <li>
 319                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 320                                                 score from view
 321                                         </li>
 322                                         <li>
 323                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 324                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 325                                         </li>
 326                                         <li>
 327                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 328                                                 when columns are hidden
 329                                         </li>
 330                                         <li>
 331                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 332                                                 Columns by Annotation description
 333                                         </li>
 334                                         <li>
 335                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 336                                                 out of Scale or Annotation Panel
 337                                         </li>
 338                                         <li>
 339                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 340                                                 scale panel
 341                                         </li>
 342                                         <li>
 343                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 344                                                 alignment down
 345                                         </li>
 346                                         <li>
 347                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 348                                                 scale panel
 349                                         </li>
 350                                         <li>
 351                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 352                                                 Page Up in wrapped mode
 353                                         </li>
 354                                         <li>
 355                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 356                                         </li>
 357                                         <li>
 358                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 362                                                 on opening an alignment
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 366                                                 Colour menu
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 370                                                 different groups in the alignment are selected
 371                                         </li>
 372                                         <li>
 373                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 374                                                 correctly in menu
 375                                         </li>
 376                                         <li>
 377                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 378                                                 threshold limit
 379                                         </li>
 380                                         <li>
 381                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 382                                                 threshold gets 'unrounded'
 383                                         </li>
 384                                         <li>
 385                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 386                                                 colour
 387                                         </li>
 388                                         <li>
 389                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 390                                         </li>
 391                                         <li>
 392                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 396                                                 Tree font
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 400                                                 project file
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 404                                                 shown in complementary view
 405                                         </li>
 406                                         <li>
 407                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 408                                                 peptide sequence
 409                                         </li>
 410                                         <li>
 411                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 412                                                 without normalisation
 413                                         </li>
 414                                         <li>
 415                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 416                                                 of report
 417                                         </li>
 418                                         <li>
 419                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 420                                         </li>
 421                                 </ul> <em>Editing</em>
 422                                 <ul>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 425                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 426                                                 sequence
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 430                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 431                                                 removed (Known defect since 2.10)
 432                                         </li>
 433                                         <li>
 434                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 435                                                 dialog corrupts dataset sequence
 436                                         </li>
 437                                         <li>
 438                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 439                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 440                                         </li>
 441
 442                                 </ul>
 443                                 <em>New Known Defects</em>
 444                                 <ul>
 445                                         <li>
 446                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 447                                                 regions of protein alignment.
 448                                         </li>
 449                                         <li>
 450                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 451                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 452                                         </li>
 453                                         <li>
 454                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 455                                                 'New View'
 456                                         </li>
 457                                         <li>
 458                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 459                                                 columns within hidden columns
 460                                         </li>
 461                                         <li>
 462                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 463                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 464                                                 region
 465                                         </li>
 466                                         <li>
 467                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 468                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 469                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 470                                                 create a Score filter instead.
 471                                         </li>
 472                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 473             <ul>
 474               <li>
 475               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 476
 477             </ul></li>
 478
 479                                 </ul>
 480                         </td>
 481                 </tr>
 482     <tr>
 483     <td width="60" nowrap>
 484       <div align="center">
 485         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 486       </div>
 487     </td>
 488     <td><div align="left">
 489         <em></em>
 490         <ul>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 493               InstallAnywhere increased to 1G.
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 497               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 498               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 499                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 500                 properties file.</em>
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 504               API and sequence data now imported as JSON.
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 508               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 509               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 510               property.
 511             </li>
 512           </ul>
 513           <em>Development</em>
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 517               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 518                 Clover</a>
 519             </li>
 520           </ul>
 521         </div></td>
 522     <td><div align="left">
 523         <em></em>
 524         <ul>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 527               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 528               alignment.
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 532               annotation displayed.
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 536               for newly created group when 'Apply to all groups'
 537               selected
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 541               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 542               visible.
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 546               when sequences are selected in exported view.</em>
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 550               aren't rendered with correct colour.
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 554               types of knotted RNA secondary structure.
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 558               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 559               do not start at 1.
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 563               annotation when columns are inserted into an alignment,
 564               and when exporting as Stockholm flatfile.
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 568               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 569               treated as RNA secondary structure.
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 573               (not .jar) when saving a jalview project file.
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 577               transfers focus to previous window on OSX
 578             </li>
 579           </ul>
 580           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 584               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 585               box.
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 589               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 590               'look and feel' which has improved compatibility with the
 591               latest version of OSX.
 592             </li>
 593           </ul>
 594         </div>
 595     </td>
 596     </tr>
 597     <tr>
 598       <td width="60" nowrap>
 599         <div align="center">
 600           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 601             <em>7/06/2018</em></strong>
 602         </div>
 603       </td>
 604       <td><div align="left">
 605           <em></em>
 606           <ul>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 609               annotation retrieved from Uniprot
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 613               onto the Jalview Desktop
 614             </li>
 615           </ul>
 616         </div></td>
 617       <td><div align="left">
 618           <em></em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 622               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 626               right-hand column parsed correctly
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 630               not alignment area in exported graphic
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 634               window has input focus
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 638               annotation added to view (Windows)
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 642               network connectivity is poor
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 646               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 647                 the currently open URL and links from a page viewed in
 648                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 649                 you are using Edge, only links in the page can be
 650                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 651                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 652             </li>
 653           </ul>
 654         </div></td>
 655     </tr>
 656     <tr>
 657       <td width="60" nowrap>
 658         <div align="center">
 659           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 660         </div>
 661       </td>
 662       <td><div align="left">
 663           <em></em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 667               for disabling automatic superposition of multiple
 668               structures and open structures in existing views
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 672               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 673               adjust them.
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 677               Ensembl services
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 681               and lots of hidden columns
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 685               of features (particularly when transparency is disabled)
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 689               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 690               generally available
 691             </li>
 692           </ul>
 693           </div>
 694       </td>
 695       <td><div align="left">
 696           <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 699               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 703               overlapping alignment panel
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 707               sequence as gaps
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 711               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 712               UTR
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 716               factor annotation not added to sequence when local PDB
 717               file associated with it by drag'n'drop or structure
 718               chooser
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 722               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 726               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 730               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 734               columns in annotation row
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 738               honored in batch mode
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 742               for structures added to existing Jmol view
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 746               entries after importing project with multiple views
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 750               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 751               with negative residue numbers or missing residues fails
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 755               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 756               as generated by CONSURF)
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 760               tooltip doesn't include a text description of mutation
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 764               structure and/or overview windows are also shown
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 768               very slow for alignments with large numbers of sequences
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 772               with 'StringIndexOutOfBounds'
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 776               platforms running Java 10
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 780               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 781             </li>
 782           </ul>
 783           <em>Applet</em>
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 787               should copy the group consensus when popup is opened on it
 788             </li>
 789           </ul>
 790           <em>Batch Mode</em>
 791           <ul>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 794           </li>
 795           </ul>
 796           <em>New Known Defects</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 800               editing a large alignment and overview is displayed
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 804               repeatedly after a series of edits even when the overview
 805               is no longer reflecting updates
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 809               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 810               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 811               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 812             </li>
 813           </ul>
 814         </div>
 815           </td>
 816     </tr>
 817     <tr>
 818       <td width="60" nowrap>
 819         <div align="center">
 820           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 821         </div>
 822       </td>
 823       <td><div align="left">
 824           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 825               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 826       <td><div align="left">
 827           <em>Desktop</em><ul>
 828           <ul>
 829             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 830             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 831             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 832             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 833             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 834             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 835             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 836           </ul>
 837           </div>
 838       </td>
 839     </tr>
 840     <tr>
 841       <td width="60" nowrap>
 842         <div align="center">
 843           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 844         </div>
 845       </td>
 846       <td><div align="left">
 847           <em></em>
 848           <ul>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 851               rendering of sequence features
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 855               429 rate limit request hander
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 859               their colours have changed
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 863               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 867               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 871               view from Ensembl locus cross-references
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 875               Alignment report
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 879               feature can be disabled
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 883               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 887               Uniprot
 888             </li>
 889           </ul>
 890           <em>Scripting</em>
 891           <ul>
 892             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 893             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 894               percent identity scores for current alignment.</li>
 895           </ul>
 896           <em>Testing and Deployment</em>
 897           <ul>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 900             </li>
 901           </ul>
 902         </div></td>
 903       <td><div align="left">
 904           <em>General</em>
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 908               threshold text field doesn't trigger an update to the
 909               alignment view
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 913               strings in parallel
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 917               alignment window is closed
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 921               group visibility
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 925               takes a long time in Cursor mode
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>Desktop</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 932               cannot be viewed in Chimera
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 936               CDS/Protein view
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 940               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 941               Search Dialogs
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 951               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 955               scrolling right in unwapped alignment view
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 959               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 960               database
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 964               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 968               features of same type and group to be selected for
 969               amending
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 973               alignments when hidden columns are present
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 977               displaying several structures
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 981               moving a window
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 985               within the Jalview desktop on OSX
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 989               when in wrapped alignment mode
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 993               hand end of alignment
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 997               each selected sequence do not have correct start/end
 998               positions
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1002               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1006               restoring project until a new view is created
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1010               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1011               configured (since 2.10.2b2)
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1015               position is adjusted
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1019               in a multi-chain structure when viewing alignment
1020               involving more than one chain (since 2.10)
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1024               if new selection moves alignment window
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1028               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1032               that produces correctly annotated transcripts and products
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1036               doesn't update associated structure view
1037             </li>
1038           </ul>
1039           <em>Applet</em><br />
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1043               closing alignment panel
1044             </li>
1045           </ul>
1046           <em>BioJSON</em><br />
1047           <ul>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1050               non-positional features
1051             </li>
1052           </ul>
1053           <em>New Known Issues</em>
1054           <ul>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1057               sequence features correctly (for many previous versions of
1058               Jalview)
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1062               using cursor in wrapped panel other than top
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1066               graduated colour threshold
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1070               always preserve numbering and sequence features
1071             </li>
1072           </ul>
1073           <em>Known Java 9 Issues</em>
1074           <ul>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1077               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1078               9.01, OSX 10.10)
1079             </li>
1080           </ul>
1081         </div></td>
1082     </tr>
1083     <tr>
1084       <td width="60" nowrap>
1085         <div align="center">
1086           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1087             <em>2/10/2017</em></strong>
1088         </div>
1089       </td>
1090       <td><div align="left">
1091           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1092           <ul>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1095             </li>
1096             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1097             </li>
1098           </ul>
1099         </div></td>
1100       <td><div align="left">
1101         </div></td>
1102     </tr>
1103     <tr>
1104       <td width="60" nowrap>
1105         <div align="center">
1106           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1107             <em>7/9/2017</em></strong>
1108         </div>
1109       </td>
1110       <td><div align="left">
1111           <em></em>
1112           <ul>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1115               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1116               white)
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1120               Preferences
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1124               in size and progress bar shown as higher resolution
1125               overview is recalculated
1126             </li>
1127
1128           </ul>
1129         </div></td>
1130       <td><div align="left">
1131           <em></em>
1132           <ul>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1135               column region row by row
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1139               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1143               format setting is unticked
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1147               if group has show boxes format setting unticked
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1151               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1152               include sequences and columns not currently displayed
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1156               assemblies are imported via CIF file
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1160               displayed when threshold or conservation colouring is also
1161               enabled.
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1165               server version
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1169               dragging a selected region off the visible region of the
1170               alignment
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1174               colourscheme to all groups in a view
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1178               initially after font size change using the Font chooser or
1179               middle-mouse zoom
1180             </li>
1181           </ul>
1182         </div></td>
1183     </tr>
1184     <tr>
1185       <td width="60" nowrap>
1186         <div align="center">
1187           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1188         </div>
1189       </td>
1190       <td><div align="left">
1191           <em>Calculations</em>
1192           <ul>
1193
1194             <li>
1195               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1196               ungapped positions in each column of the alignment.
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1200               a calculation dialog box
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1204               and memory efficiency (~30x faster)
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1208               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1209               and other calculations
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1213               files within the Jalview codebase
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1217               Similarity may have different topology due to increased
1218               precision
1219             </li>
1220           </ul>
1221           <em>Rendering</em>
1222           <ul>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1225               model for alignments and groups
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1229               scripts
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Overview</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1236               with alignment and overview windows
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1240               overview
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1244               omitted in Overview
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1248               adjustment of visible position
1249             </li>
1250           </ul>
1251
1252           <em>Data import/export</em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1256               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1260               annotation input/output via stockholm flatfile
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1264               extension when importing structure files without embedded
1265               names or PDB accessions
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1269               format sequence substitution matrices
1270             </li>
1271           </ul>
1272           <em>User Interface</em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1276               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1277               the application.
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1281               via Overview or sequence motif search operations
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1285               opened by double clicking gaps within sequence feature
1286               extent
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1290               aligned positions were available to create a 3D structure
1291               superposition.
1292             </li>
1293           </ul>
1294           <em>3D Structure</em>
1295           <ul>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1298               coloured in linked structure views
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1302               file-based command exchange
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1306               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1307               structures are already available for sequences
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1311               the Jalview project rather than downloaded again when the
1312               project is reopened.
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1316               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1317               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1318                 Feature</strong>)
1319             </li>
1320           </ul>
1321           <em>Web Services</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1328               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1329               Analysis services
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1333               cross-references provided by identifiers.org and the
1334               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1335             </li>
1336           </ul>
1337
1338           <em>Scripting</em>
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1342               identifying file formats (instead of String constants)
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1346               efficiency when counting all displayed features (not
1347               backwards compatible with 2.10.1)
1348             </li>
1349           </ul>
1350           <em>Example files</em>
1351           <ul>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1354               included in the example feature file
1355             </li>
1356           </ul>
1357           <em>Documentation</em>
1358           <ul>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1361               with the built-in Java help viewer
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1365               sequence description' option
1366             </li>
1367           </ul>
1368           <em>Test Suite</em>
1369           <ul>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1372               Uniprot REST Free Text Search Client
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1379               during tests
1380             </li>
1381           </ul>
1382         </div></td>
1383       <td><div align="left">
1384           <em>Calculations</em>
1385           <ul>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1388               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1389               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1390             </li>
1391             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1392               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1393               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1394               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1395               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1396               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1397               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1398               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1399               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1400               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1401               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1402               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1403               // for 2.10.1 mode <br />
1404               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1405               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1406                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1407                 calculations (not recommended)</em></li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1410               scaling of branch lengths for trees computed using
1411               Sequence Feature Similarity.
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1415               generating output report when working with highly
1416               redundant alignments
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1420               right of selected region when gaps present on right-hand
1421               boundary
1422             </li>
1423           </ul>
1424           <em>User Interface</em>
1425           <ul>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1428               doesn't reselect a specific sequence's associated
1429               annotation after it was used for colouring a view
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1433               opened on a region of alignment without groups
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1437               of an alignment with overlapping groups
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1441               name and description match
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1445               hidden regions results in incorrect hidden regions
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1449               changing colour does not apply Conservation slider value
1450               to all groups
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1454               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1458               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1462               gaps before start of features
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1466               restored to UI when feature colour is edited
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1470               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1474               as graduate feature colour settings are modified via the
1475               dialog box
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1479               when a group defined on the alignment is resized
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1483               wrapped view result in positional status updates
1484             </li>
1485
1486             <li>
1487               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1488               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1492               alignment included gapped columns
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1496               widgets don't permanently disappear
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1500               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1501               T-Coffee column reliability scores)
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1505               sequence feature on gaps only
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1509               button from a Find inherit previously defined feature type
1510               rather than the Find query string
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1514               exporting tree calculated in Jalview
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1518               and then revealing them reorders sequences on the
1519               alignment
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1523               doesn't update to reflect available set of groups after
1524               interactively adding or modifying features
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1528               Linux
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1532               only excluded gaps in current sequence and ignored
1533               selection.
1534             </li>
1535           </ul>
1536           <em>Rendering</em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1540               erratically when hidden rows or columns are present
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1544               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1545               sequence colouring
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1549               colour and group colour menu for protein alignments
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1553               reflect currently selected view or group's shading
1554               thresholds
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1558               when rendered on overview and structures when opacity at
1559               100%
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1563               overview when features overlaid on alignment
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1567               recovered correctly from Jalview project file
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1571               (automatically via preferences) are different to the main
1572               alignment panel
1573             </li>
1574           </ul>
1575           <em>Data import/export</em>
1576           <ul>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1579               load
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1583               added after a sequence was imported are not written to
1584               Stockholm File
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1588               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1592               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1596               with lightGray or darkGray via features file (but can
1597               specify lightgray)
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1601               when alignment view imported from project
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1605               structure and sequences extracted from structure files
1606               imported via URL and viewed in Jmol
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1610               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1611               the project is loaded and the structure viewed
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>Web Services</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1618               release of Ensembl v.88
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1622               appear enabled in Preferences->Connections
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1626               removed from console output
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1630               Ensembl by Peptide ID
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1634               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1635               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1636               due to 'null' string rather than empty string used for
1637               residues with no corresponding PDB mapping).
1638             </li>
1639           </ul>
1640           <em>Application UI</em>
1641           <ul>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1644               menu
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1648               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1649               new documentation and tooltips added)
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1653               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1657               new features are added to alignment
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1661               changes to feature colours via the Amend features dialog
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1665               edit graduated feature colour via amend features dialog
1666               box
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1670               selection menu changes colours of alignment views
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1674               from alignment calculation workers after alignment has
1675               been closed
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1679               groups now 'Create Group'
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1683               Create/Undefine group doesn't always work
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1687               shown again after pressing 'Cancel'
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1691               adjusts start position in wrap mode
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1695               ambiguous amino acids
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1699               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1700               proteins
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1704               Defined' don't appear in Colours menu
1705             </li>
1706           </ul>
1707           <em>Applet</em>
1708           <ul>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1711               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1715               overview or linked structure view
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1719               work (since 2.8)
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1723               user-defined colourscheme doesn't restore original
1724               colourscheme
1725             </li>
1726           </ul>
1727           <em>Test Suite</em>
1728           <ul>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1731               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1735               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1736               problems with deep array comparison equality asserts in
1737               successive versions of TestNG
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1741               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1742             </li>
1743           </ul>
1744           <em>New Known Issues</em>
1745           <ul>
1746             <li>
1747               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1748               phase after a sequence motif find operation
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1752               containing just upper and lower case letters are
1753               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1757               reliably from eggnog Ortholog database
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1761               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1762               to mark columns containing highlighted regions.
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1766               doesn't always add secondary structure annotation.
1767             </li>
1768           </ul>
1769         </div>
1770     <tr>
1771       <td width="60" nowrap>
1772         <div align="center">
1773           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1774         </div>
1775       </td>
1776       <td><div align="left">
1777           <em>General</em>
1778           <ul>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1781               for all consensus calculations
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1785               3rd Oct 2016)
1786             </li>
1787             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1788               for 2016-2017</li>
1789           </ul>
1790           <em>Application</em>
1791           <ul>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1794               set of database cross-references, sorted alphabetically
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1798               from database cross references. Users with custom links
1799               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1800                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1804               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1805               Chimera session
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1809               the Chimera it is connected to is shut down
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1813               columns menu item to mark columns containing highlighted
1814               regions (e.g. from structure selections or results of a
1815               Find operation)
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1819               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1820               MSAviewer
1821             </li>
1822           </ul>
1823         </div></td>
1824       <td>
1825         <div align="left">
1826           <em>General</em>
1827           <ul>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1830               are not coloured or thresholded according to percent
1831               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1835               hydrophobic
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1839               threshold, amino acid properties)
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1843               reported as mapped to residues in a structure file in the
1844               View Mapping report
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1848               could be added multiple times to a sequence
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1852               bond features shown as two highlighted residues rather
1853               than a range in linked structure views, and treated
1854               correctly when selecting and computing trees from features
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1858               cross-references are matched to database name regardless
1859               of case
1860             </li>
1861
1862           </ul>
1863           <em>Application</em>
1864           <ul>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1867               names without regular expressions also offer links from
1868               Sequence ID
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1872               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1873               update Jalview configuration
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1877               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1881               files with similarly named sequences if dropped onto the
1882               alignment
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1886               entries where more chains exist in the PDB accession than
1887               are reported in the SIFTS file
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1891               the structure view when displayed with Chimera
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1895               panel's View->Show Chains submenu
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1899               work for wrapped alignment views
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1903               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1907               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1908               first annotation row
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1912               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1916               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1917             </li>
1918             <!-- JAL-2319 -->
1919             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1920             coordindate data
1921             </li>
1922           </ul>
1923           <!--           <em>New Known Issues</em>
1924           <ul>
1925             <li></li>
1926           </ul> -->
1927         </div>
1928       </td>
1929     </tr>
1930     <td width="60" nowrap>
1931       <div align="center">
1932         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1933           <em>25/10/2016</em></strong>
1934       </div>
1935     </td>
1936     <td><em>Application</em>
1937       <ul>
1938         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1939           view if structures already loaded</li>
1940         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1941           structure views</li>
1942       </ul></td>
1943     <td>
1944       <div align="left">
1945         <em>General</em>
1946         <ul>
1947           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1948             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1949           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1950             example sequences/projects/trees</li>
1951         </ul>
1952         <em>Application</em>
1953         <ul>
1954           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1955             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1956           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1957             without timeout for structures with multiple models or
1958             multiple sequences in alignment</li>
1959           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1960             PDB ID HEADER line</li>
1961           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1962             is performed</li>
1963           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1964             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1965           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1966           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1967             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1968             option</li>
1969           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1970             is created on the alignment</li>
1971           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1972             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1973             pop-up menu</li>
1974         </ul>
1975         <em>Build and deployment</em>
1976         <ul>
1977           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1978             tags</li>
1979         </ul>
1980         <em>New Known Issues</em>
1981         <ul>
1982           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1983             on Windows</li>
1984         </ul>
1985       </div>
1986     </td>
1987     </tr>
1988     <tr>
1989       <td width="60" nowrap>
1990         <div align="center">
1991           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1992         </div>
1993       </td>
1994       <td><em>General</em>
1995         <ul>
1996           <li>
1997             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2001             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2002             better PDB parsing.
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2006             reference sequence
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2010             mousing over sequence associated annotation
2011           </li>
2012           <li>
2013             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2014             for manual entry
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2018             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2019             for each column
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2023             showing or hiding columns containing a feature
2024           </li>
2025           <li>
2026             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2027             group and sequence associated annotation labels
2028           </li>
2029           <li>
2030             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2031             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2032             dialogs
2033           </li>
2034
2035         </ul> <em>Application</em>
2036         <ul>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2039             gene/transcript view
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2043             dialog
2044           </li>
2045           <li>
2046             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2047             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2051             Pfam sources to xfam.org
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2055           </li>
2056           <li>
2057             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2058             over sequences in Jalview
2059           </li>
2060           <li>
2061             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2062             regions in ENA and EMBL
2063           </li>
2064           <li>
2065             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2066             for record retrieval via ENA rest API
2067           </li>
2068           <li>
2069             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2070             complement operator
2071           </li>
2072           <li>
2073             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2074             groovy script execution
2075           </li>
2076           <li>
2077             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2078             alignment window's Calculate menu
2079           </li>
2080           <li>
2081             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2082             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2083           </li>
2084           <li>
2085             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2086             calculation workers from groovy scripts
2087           </li>
2088           <li>
2089             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2090             Jalview projects
2091           </li>
2092           <li>
2093             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2094             associations are now saved/restored from project
2095           </li>
2096           <li>
2097             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2098             before sequence fetcher is opened
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2102             database chooser opens a sequence fetcher
2103           </li>
2104           <li>
2105             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2106             the UniProt REST API
2107           </li>
2108           <li>
2109             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2110             the news reader opening
2111           </li>
2112           <li>
2113             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2114             querying stored in preferences
2115           </li>
2116           <li>
2117             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2118             search results
2119           </li>
2120           <li>
2121             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2122           </li>
2123           <li>
2124             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2125             menu for nucleotide sequences
2126           </li>
2127           <li>
2128             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2129             and feature counts preserves alignment ordering (and
2130             debugged for complex feature sets).
2131           </li>
2132           <li>
2133             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2134             viewing structures with Jalview 2.10
2135           </li>
2136           <li>
2137             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2138             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2139             Ensembl Genomes REST API
2140           </li>
2141           <li>
2142             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2143             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2144             (Ensembl)
2145           </li>
2146           <li>
2147             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2148             sequences
2149           </li>
2150           <li>
2151             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2152             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2153             data from external database records.
2154           </li>
2155           <li>
2156             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2157             efficient recovery of sequence coding and alignment
2158             annotation relationships.
2159           </li>
2160         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2161         <ul>
2162           <li>
2163             -- JAL---
2164           </li>
2165         </ul> --></td>
2166       <td>
2167         <div align="left">
2168           <em>General</em>
2169           <ul>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2172               menu on OSX
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2176               includes graduated colourschemes
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2180               working with big alignments and lots of hidden columns
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2184               at right of alignment window
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2188               contents
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2192               for DNA alignments
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2196               based tree calculation
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2200               unconserved enabled for group on alignment
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2204               set as reference
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2208               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2209               annotation
2210             </li>
2211             <li>
2212               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2213               hidden columns present
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2217               user created annotation added to alignment
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2221               '()' base pair annotation
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2225               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2226               Consensus
2227             </li>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2230               feature not working
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2234               beginning of sequence
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2238               entry 3a6s
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2242               from a tree when t-coffee scores are shown
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2246               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2250               some structures
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2254               to Clustal, PIR and PileUp output
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2258               not visible causes alignment window to repaint
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2262               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2263               scores associated with features and annotation rows
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2267               calculation should be case independent
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2271               columns
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2275               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2276               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2280               problems when reference sequence defined and 'show
2281               non-conserved' enabled
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2285               load even when Consensus calculation is disabled
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2289               alignment does nothing
2290             </li>
2291           </ul>
2292           <em>Application</em>
2293           <ul>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2296               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2297               yet fixed for El Capitan)
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2301               output when running on non-gb/us i18n platforms
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2305               hidden sequences as flat-file alignment
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2309               launching Chimera
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2313               (also hotfix for 2.9.0b2)
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2317               reference sequence defined
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2321               alignments and views when revealing hidden columns
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2325               view in a cDNA/Protein splitframe
2326             </li>
2327             <li>
2328               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2329               sequence from project when only one sequence is
2330               represented
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2334               in Structure Chooser
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2338               structure consensus didn't refresh annotation panel
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2342               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2346               dialogs format columns correctly, don't display array
2347               data, sort columns according to type
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2351               file chooser is cancelled during an image export
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2355               sequence name containing special characters
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2359               case insensitive
2360             </li>
2361             <li>
2362               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2363               formatting don't wrap
2364             </li>
2365             <li>
2366               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2367               truncated so L looks like I in consensus annotation
2368             </li>
2369             <li>
2370               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2371               currently displayed features for the current selection or
2372               view
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2376               after fetching cross-references, and restoring from
2377               project
2378             </li>
2379             <li>
2380               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2381               followed in the structure viewer
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2385               splitframe not restored from project
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2389               trailing end of protein alignment in transcript/product
2390               splitview when pad-gaps not enabled by default
2391             </li>
2392             <li>
2393               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2394               is case dependent
2395             </li>
2396             <li>
2397               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2398               article has been read (reopened issue due to
2399               internationalisation problems)
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2403               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2404               cross-references
2405             </li>
2406
2407             <li>
2408               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2409               alignment as HTML
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2413               multiple structures are shown for one or more sequences.
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2417               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2418               is enabled.
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2422               specific PDB id for sequence
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2426               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2427               columns' is disabled.
2428             </li>
2429             <li>
2430               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2431               selects lowest rather than highest resolution structures
2432               for each sequence
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2436               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2437             </li>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2440               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2444               after clicking on it to create new annotation for a
2445               column.
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2449               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2450             </li>
2451             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2452             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2453           </ul>
2454           <em>Applet</em>
2455           <ul>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2458               hidden columns present before start of sequence
2459             </li>
2460             <li>
2461               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2462               (JSON jars)
2463             </li>
2464             <li>
2465               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2466               sequences are hidden in applet
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2470               deployment on examples pages.
2471             </li>
2472           </ul>
2473         </div>
2474       </td>
2475     </tr>
2476     <tr>
2477       <td width="60" nowrap>
2478         <div align="center">
2479           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2480             <em>16/10/2015</em></strong>
2481         </div>
2482       </td>
2483       <td><em>General</em>
2484         <ul>
2485           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2486             jars</li>
2487         </ul></td>
2488       <td>
2489         <div align="left">
2490           <em>Application</em>
2491           <ul>
2492             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2493               shown when tree is partitioned</li>
2494             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2495               multiple cDNA/Protein split views</li>
2496           </ul>
2497         </div>
2498       </td>
2499     </tr>
2500     <tr>
2501       <td width="60" nowrap>
2502         <div align="center">
2503           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2504             <em>8/10/2015</em></strong>
2505         </div>
2506       </td>
2507       <td><em>General</em>
2508         <ul>
2509           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2510             2.9</li>
2511         </ul> <em>Application</em>
2512         <ul>
2513           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2514           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2515           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2516         </ul> <em>Applet</em>
2517         <ul>
2518           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2519         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2520         <ul>
2521           <li>
2522             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2523             suite
2524           </li>
2525         </ul></td>
2526       <td>
2527         <div align="left">
2528           <em>General</em>
2529           <ul>
2530             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2531               incorrect when sequence start > 1</li>
2532             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2533               documentation</li>
2534             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2535             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2536               loading a features file containing HTML tags in feature
2537               description</li>
2538
2539           </ul>
2540           <em>Application</em>
2541           <ul>
2542             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2543               reimport</li>
2544             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2545               with 'trim retrieved sequences'</li>
2546             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2547               deleting selected columns</li>
2548             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2549               JNLP templates for webstart launch</li>
2550             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2551               unreleased structures for download or viewing</li>
2552             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2553               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2554             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2555               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2556             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2557               recovered from jalview project</li>
2558             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2559               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2560               alignment view</li>
2561             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2562               color schemes from BioJSON</li>
2563           </ul>
2564           <em>Applet</em>
2565           <ul>
2566             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2567               frame</li>
2568             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2569           </ul>
2570         </div>
2571       </td>
2572     </tr>
2573     <tr>
2574       <td><div align="center">
2575           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2576         </div></td>
2577       <td><em>General</em>
2578         <ul>
2579           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2580             alignments:
2581             <ul>
2582               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2583                 and DNA alignment views</li>
2584               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2585                 cDNA alignment views</li>
2586               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2587                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2588               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2589                 protein sequences</li>
2590             </ul>
2591           </li>
2592           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2593           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2594             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2595           <li>New alignment annotation file statements for
2596             reference sequences and marking hidden columns</li>
2597           <li>Reference sequence based alignment shading to
2598             highlight variation</li>
2599           <li>Select or hide columns according to alignment
2600             annotation</li>
2601           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2602           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2603             acid conservation row</li>
2604           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2605         </ul> <em>Application</em>
2606         <ul>
2607           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2608             <ul>
2609               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2610                 view with cDNA/Protein</li>
2611               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2612                 sequences are placed in the same alignment</li>
2613               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2614                 projects</li>
2615             </ul>
2616           </li>
2617
2618           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2619           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2620             Jalview windows</li>
2621
2622           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2623           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2624           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2625             be shown in VARNA</li>
2626
2627           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2628             as the active selected region</li>
2629
2630           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2631             similarity</li>
2632           <li>New Export options
2633             <ul>
2634               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2635                 region export in flat file generation</li>
2636
2637               <li>Export alignment views for display with the <a
2638                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2639
2640               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2641               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2642                 alignment figures to HTML</li>
2643           </li>
2644           <li>3D structure retrieval and display
2645             <ul>
2646               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2647                 Search API</li>
2648               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2649                 PDB structures for a sequence set</li>
2650             </ul>
2651           </li>
2652
2653           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2654             predictions</li>
2655           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2656             for one or a group of sequences</li>
2657           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2658             from the JPred4 web server</li>
2659           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2660             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2661             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2662           </li>
2663           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2664             VARNA 2D Structure'</li>
2665           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2666             Structure ..."</li>
2667
2668         </ul> <em>Applet</em>
2669         <ul>
2670           <li>New layout for applet example pages</li>
2671           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2672             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2673           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2674             Protein alignments</li>
2675         </ul> <em>Development and deployment</em>
2676         <ul>
2677           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2678           <li>Include installation type and git revision in build
2679             properties and console log output</li>
2680           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2681             storing BioJsMSA Templates</li>
2682           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2683         </ul></td>
2684       <td>
2685         <!-- <em>General</em>
2686         <ul>
2687         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2688         <ul>
2689           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2690           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2691           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2692             predictions are not highlighted in amber</li>
2693           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2694             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2695           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2696             associated structure views</li>
2697           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2698             width checkbox not enabled</li>
2699           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2700             creating user defined colours</li>
2701           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2702             mappings for just that viewer's sequences</li>
2703           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2704             multiple models in Chimera</li>
2705           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2706             over Jmol structure</li>
2707           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2708             output to text box</li>
2709           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2710             have incorrect sequence start/end</li>
2711           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2712             Jalview fails</li>
2713           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2714             work for nucleotide</li>
2715           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2716             to a grey/invisible alignment window</li>
2717           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2718             imports to different position</li>
2719           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2720             on some platforms</li>
2721           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2722             populated</li>
2723           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2724             console if Chimera has been opened</li>
2725           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2726           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2727             retrieved</li>
2728           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2729           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2730             either sequence shows on first structure</li>
2731           <li>'Show annotations' options should not make
2732             non-positional annotations visible</li>
2733           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2734             in right place after 'view flanking regions'</li>
2735           <li>File Save As type unset when current file format is
2736             unknown</li>
2737           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2738             projects</li>
2739           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2740             responsive</li>
2741           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2742             several views on same alignment</li>
2743           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2744           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2745             spaces</li>
2746         </ul> <em>Applet</em>
2747         <ul>
2748           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2749           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2750             descriptions containing angle brackets</li>
2751         </ul> <em>General</em>
2752         <ul>
2753           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2754             via jalview annotation file</li>
2755           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2756             with RNA secondary structure</li>
2757           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2758             translation doesn't work.</li>
2759           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2760           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2761             positions</li>
2762           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2763             choosing 1pt font</li>
2764           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2765             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2766             'h'</li>
2767           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2768             new feature</li>
2769           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2770             order dependent</li>
2771           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2772             sequences</li>
2773           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2774         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2775         <ul>
2776           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2777             www.jalview.org</li>
2778         </ul> <em>Application Known issues</em>
2779         <ul>
2780           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2781           <li>Misleading message appears after trying to delete
2782             solid column.</li>
2783           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2784             version launches</li>
2785           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2786             fails with a sequence mismatch</li>
2787           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2788             scrolling alignment to right</li>
2789           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2790             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2791           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2792             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2793           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2794             ultra-high resolution</li>
2795           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2796             quality and conservation</li>
2797           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2798             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2799         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2800         <ul>
2801           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2802           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2803             window is being resized</li>
2804
2805         </ul>
2806       </td>
2807     </tr>
2808     <tr>
2809       <td><div align="center">
2810           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2811         </div></td>
2812       <td><em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2815             Certum.PL.</li>
2816           <li>Features and annotation preserved when performing
2817             pairwise alignment</li>
2818           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2819             imported/exported/displayed</li>
2820           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2821             protein secondary structure</li>
2822           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2823               post-hoc with 2.9 release</em>)
2824           </li>
2825
2826         </ul> <em>Application</em>
2827         <ul>
2828           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2829             with 3D structures</li>
2830           <li>Support for parsing RNAML</li>
2831           <li>Annotations menu for layout
2832             <ul>
2833               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2834               <li>place sequence annotation above/below alignment
2835                 annotation</li>
2836             </ul>
2837           <li>Output in Stockholm format</li>
2838           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2839             translation</li>
2840           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2841           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2842             shared between alignments</li>
2843           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2844             Jalview</li>
2845           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2846             all or current selection</li>
2847           <li>disorder and secondary structure predictions
2848             available as dataset annotation</li>
2849           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2850
2851
2852           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2853             alignments from Rfam</li>
2854           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2855
2856           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2857             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2858           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2859           <li>include installation type in build properties and
2860             console log output</li>
2861           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2862             annotation</li>
2863         </ul></td>
2864       <td>
2865         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2866         <ul>
2867           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2868             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2869           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2870             alignment</li>
2871           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2872           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2873           <li>Double click on sequence associated annotation
2874             selects only first column</li>
2875           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2876             leaves shown in tree</li>
2877           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2878             properly</li>
2879           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2880           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2881             screen and buttons not visible</li>
2882           <li>author list isn't updated if already written to
2883             Jalview properties</li>
2884           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2885             from database</li>
2886           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2887           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2888             browser search window</li>
2889           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2890             in feature settings dialog</li>
2891           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2892             desktop</li>
2893           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2894             pass validation</li>
2895           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2896             fit on screen</li>
2897           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2898             tooltip</li>
2899           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2900             defined user preset</li>
2901           <li>MSA web services warns user if they were launched
2902             with invalid input</li>
2903           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2904             Java 8</li>
2905           <li>
2906             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2907             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2908             created
2909           </li>
2910
2911         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2912         <ul>
2913         </ul> <em>General</em>
2914         <ul>
2915         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2916         <ul>
2917           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2918             memory allocation</li>
2919           <li>launchApp service doesn't automatically open
2920             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2921           <li>
2922             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2923             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2924             1.7_055 is available
2925           </li>
2926         </ul> <em>Application Known issues</em>
2927         <ul>
2928           <li>
2929             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2930             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2931             alignment to right
2932           </li>
2933           <li>
2934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2935             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2936             with large number of ID
2937           </li>
2938           <li>
2939             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2940             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2941             start/end
2942           </li>
2943           <li>
2944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2945             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2946             structure tracks are rearranged
2947           </li>
2948           <li>
2949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2950             invalid rna structure positional highlighting does not
2951             highlight position of invalid base pairs
2952           </li>
2953           <li>
2954             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2955             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2956             project from alignment window file menu
2957           </li>
2958           <li>
2959             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2960             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2961             structures
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2965             colour by RNA Helices not enabled when user created
2966             annotation added to alignment
2967           </li>
2968           <li>
2969             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2970             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2971           </li>
2972         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2973         <ul>
2974           <li>
2975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2976             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2977           </li>
2978           <li>
2979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2980             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2981           </li>
2982
2983           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2984             when selected</li>
2985         </ul>
2986       </td>
2987     </tr>
2988     <tr>
2989       <td><div align="center">
2990           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2991         </div></td>
2992       <td>
2993         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2994         <em>General</em>
2995         <ul>
2996           <li>Internationalisation of user interface (usually
2997             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2998           <li>Define/Undefine group on current selection with
2999             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3000           <li>Improved group creation/removal options in
3001             alignment/sequence Popup menu</li>
3002           <li>Sensible precision for symbol distribution
3003             percentages shown in logo tooltip.</li>
3004           <li>Annotation panel height set according to amount of
3005             annotation when alignment first opened</li>
3006         </ul> <em>Application</em>
3007         <ul>
3008           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3009             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3010           <li>Select columns containing particular features from
3011             Feature Settings dialog</li>
3012           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3013             sequences</li>
3014           <li>Update Jalview project format:
3015             <ul>
3016               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3017               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3018                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3019               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3020                 colouring</li>
3021             </ul>
3022           </li>
3023           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3024             (PAM250)</li>
3025           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3026             flanking regions for an alignment</li>
3027         </ul>
3028       </td>
3029       <td>
3030         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3031         <ul>
3032           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3033             running after job is cancelled</li>
3034           <li>cannot export features from alignments imported from
3035             Jalview/VAMSAS projects</li>
3036           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3037             float values</li>
3038           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3039             have 'display all symbols' flag set</li>
3040           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3041             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3042           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3043             Jalview</li>
3044           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3045             Lion/Webstart</li>
3046           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3047           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3048           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3049             alignment onto desktop</li>
3050           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3051             'extract scores' function</li>
3052           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3053             alignment window</li>
3054           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3055             performing IUPred disorder prediction</li>
3056           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3057             changing 'normalise logo' display setting</li>
3058           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3059             nothing matches query</li>
3060           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3061             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3062           </li>
3063           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3064             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3065           </li>
3066           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3067             Jalview's menu</li>
3068           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3069             'invalid literal/length code'</li>
3070           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3071             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3072           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3073             colourscheme</li>
3074
3075         </ul> <em>Applet</em>
3076         <ul>
3077           <li>Remove group option is shown even when selection is
3078             not a group</li>
3079           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3080             don't affect groups</li>
3081           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3082             colourscheme name</li>
3083           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3084             Annotation panel is not displayed</li>
3085           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3086             embedded windows</li>
3087         </ul> <em>Other</em>
3088         <ul>
3089           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3090             single sequence were not calculated</li>
3091           <li>annotation files that contain only groups imported as
3092             annotation and junk sequences</li>
3093           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3094             recognised as PFAM or BLC</li>
3095           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3096             doesn't affect background (2.8.0b1)
3097           <li></li>
3098           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3099           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3100             trailing gaps</li>
3101           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3102             registered correctly on import</li>
3103           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3104             certain alignments</li>
3105           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3106             existing annotation based 'use original colours'
3107             colourscheme loses original colours setting</li>
3108         </ul>
3109       </td>
3110     </tr>
3111     <tr>
3112       <td><div align="center">
3113           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3114             <em>30/1/2014</em></strong>
3115         </div></td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3119             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3120             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3121             open source project).
3122           </li>
3123           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3124           <li>Output in Stockholm format</li>
3125           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3126           <li>Export/import group and sequence associated line
3127             graph thresholds</li>
3128           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3129             ambiguity codes</li>
3130           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3131             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3132             works</li>
3133           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3134         </ul> <em>Other improvements</em>
3135         <ul>
3136           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3137           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3138             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3139           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3140             files</li>
3141           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3142           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3143             link but no description</li>
3144           <li>Select primary source when selecting authority in
3145             database fetcher GUI</li>
3146           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3147             Jalview</li>
3148           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3149         </ul>
3150       </td>
3151       <td>
3152         <ul>
3153           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3154             displayed</li>
3155           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3156             secondary structure annotation line</li>
3157           <li>Sequence database accessions not imported when
3158             fetching alignments from Rfam</li>
3159           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3160             identical IDs</li>
3161           <li>View all structures does not always superpose
3162             structures</li>
3163           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3164             reflect user or preset settings</li>
3165           <li>Null pointer exceptions for some services without
3166             presets or adjustable parameters</li>
3167           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3168             discover PDB xRefs</li>
3169           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3170             features with DAS</li>
3171           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3172             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3173           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3174             residue follows a gap</li>
3175           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3176             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3177           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3178             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3179           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3180             annotation already exists on alignment</li>
3181           <li>oninit javascript function should be called after
3182             initialisation completes</li>
3183           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3184             alignment window display</li>
3185           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3186           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3187             to annotation file</li>
3188           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3189             groups created</li>
3190           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3191             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3192           <li>Pressing return several times causes Number Format
3193             exceptions in keyboard mode</li>
3194           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3195             correct partitions for input data</li>
3196           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3197           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3198           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3199           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3200             mode</li>
3201           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3202             changes one row&#39;s threshold</li>
3203           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3204             doesn&#39;t open</li>
3205           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3206             quality histograms</li>
3207         </ul>
3208       </td>
3209     </tr>
3210     <tr>
3211       <td><div align="center">
3212           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3213         </div></td>
3214       <td><em>Application</em>
3215         <ul>
3216           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3217             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3218           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3219             preferences</li>
3220           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3221             in Jalview alignment window</li>
3222           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3223             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3224           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3225             RNA and ambiguity codes</li>
3226
3227           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3228           <li>Support fetching and database reference look up
3229             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3230             refs')</li>
3231           <li>Jalview project improvements
3232             <ul>
3233               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3234                 flag for annotation</li>
3235               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3236                 alignment</li>
3237               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3238                 Jalview project</li>
3239
3240             </ul>
3241           </li>
3242           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3243           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3244             running</li>
3245           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3246           <li>visual indication that web service results are still
3247             being retrieved from server</li>
3248           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3249             starts up for first time</li>
3250           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3251             services</li>
3252           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3253             client library</li>
3254           <li>Examples directory and Groovy library included in
3255             InstallAnywhere distribution</li>
3256         </ul> <em>Applet</em>
3257         <ul>
3258           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3259             visualization applet example</li>
3260         </ul> <em>General</em>
3261         <ul>
3262           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3263           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3264             defaults</li>
3265           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3266             calculation</li>
3267           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3268             matrices
3269           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3270             in HTML</li>
3271           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3272             structure contacts</li>
3273           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3274           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3275           <li>Parse sequence associated secondary structure
3276             information in Stockholm files</li>
3277           <li>HTML Export database accessions and annotation
3278             information presented in tooltip for sequences</li>
3279           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3280             style RNA alignment files</li>
3281           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3282             alignment</li>
3283           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3284             shade each sequence according to its associated alignment
3285             annotation</li>
3286           <li>New Jalview Logo</li>
3287         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3288         <ul>
3289           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3290           <li>New Website!</li>
3291         </ul></td>
3292       <td><em>Application</em>
3293         <ul>
3294           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3295             wsdbfetch REST service</li>
3296           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3297           <li>Filetype associations not installed for webstart
3298             launch</li>
3299           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3300             job execution in full once it is complete</li>
3301           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3302             uploaded via ali_file parameter</li>
3303           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3304           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3305           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3306             submitted for prediction</li>
3307           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3308             desktop window</li>
3309           <li>Putting fractional value into integer text box in
3310             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3311           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3312             windows 7</li>
3313           <li>View all structures fails with exception shown in
3314             structure view</li>
3315           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3316             escaped in a platform independent way</li>
3317           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3318             using proxy</li>
3319           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3320             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3321           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3322             failure when java web start temporary file caching is
3323             disabled</li>
3324           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3325             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3326           <li>Errors during processing of command line arguments
3327             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3328           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3329             DAS sources in sequence fetcher</li>
3330           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3331             dialog is shown</li>
3332           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3333           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3334           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3335           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3336             on OSX Mountain Lion</li>
3337           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3338             sequences with alignment annotation are pasted into the
3339             alignment</li>
3340           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3341             when loaded from Jalview project</li>
3342           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3343           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3344             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3345           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3346             associated with all views</li>
3347           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3348             annotation rows to new window</li>
3349         </ul> <em>Applet</em>
3350         <ul>
3351           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3352             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3353           <li>loading features via javascript API automatically
3354             enables feature display</li>
3355           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3356             work</li>
3357         </ul> <em>General</em>
3358         <ul>
3359           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3360           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3361             and then deselected</li>
3362           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3363           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3364             coloured with clustalx</li>
3365           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3366             exceptions and redraw errors</li>
3367           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3368             reconfigured view</li>
3369           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3370             colour</li>
3371           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3372             for lots of labels</li>
3373         </ul>
3374     </tr>
3375     <tr>
3376       <td>
3377         <div align="center">
3378           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3379         </div>
3380       </td>
3381       <td><em>Application</em>
3382         <ul>
3383           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3384           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3385           <li>View/alignment association menu to enable user to
3386             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3387             its colours/correspondences from</li>
3388           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3389           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3390             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3391           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3392           <li>Annotation row column label formatting attributes
3393             stored in project file</li>
3394           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3395             rows preserved in Jalview project file</li>
3396           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3397             saved using Desktop window menu</li>
3398           <li>Visual indication that command line arguments are
3399             still being processed</li>
3400           <li>Groovy script execution from URL</li>
3401           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3402             preferences</li>
3403           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3404             alignment with sequences that have high similarity and
3405             matching IDs</li>
3406           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3407           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3408             structures in same window</li>
3409           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3410           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3411             analysis function in its own submenu</li>
3412         </ul> <em>Applet</em>
3413         <ul>
3414           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3415             groups</li>
3416           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3417           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3418           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3419           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3420           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3421             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3422           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3423           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3424             parameters are treated as such</li>
3425           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3426             <ul>
3427               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3428               <li>Javascript callbacks for
3429                 <ul>
3430                   <li>Applet initialisation</li>
3431                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3432                 </ul>
3433               </li>
3434               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3435                 functions</li>
3436               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3437               <li>javascript structure viewer harness to pass
3438                 messages between Jmol and Jalview when running as
3439                 distinct applets</li>
3440               <li>sortBy method</li>
3441               <li>Set of applet and application examples shipped
3442                 with documentation</li>
3443               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3444                 javascript message exchange</li>
3445             </ul>
3446         </ul> <em>General</em>
3447         <ul>
3448           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3449             multiple alignments</li>
3450           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3451           <li>User configurable link to enable redirects to a
3452             www.Jalview.org mirror</li>
3453           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3454           <li>Configurable newline string when writing alignment
3455             and other flat files</li>
3456           <li>Allow alignment annotation description lines to
3457             contain html tags</li>
3458         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3459         <ul>
3460           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3461             examples</li>
3462           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3463             using a web service before displaying the result in the
3464             Jalview desktop</li>
3465           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3466           <li>Ant target to publish example html files with applet
3467             archive</li>
3468           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3469           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3470         </ul></td>
3471       <td><em>Application</em>
3472         <ul>
3473           <li>User defined colourscheme throws exception when
3474             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3475           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3476             dialog for valid filename/format</li>
3477           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3478           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3479             P37173</li>
3480           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3481             which sequence is to be associated with the file</li>
3482           <li>Find All raises null pointer exception when query
3483             only matches sequence IDs</li>
3484           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3485           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3486             2.4 cannot be loaded</li>
3487           <li>Filetype associations not installed for webstart
3488             launch</li>
3489           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3490             with sequences in different alignments do not get coloured
3491             by their associated sequence</li>
3492           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3493             not preserved when project is loaded</li>
3494           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3495             stored in Jalview project</li>
3496           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3497             Jalview project</li>
3498           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3499           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3500             by conservation</li>
3501           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3502             created on new view</li>
3503           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3504             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3505           <li>Alignment quality not updated after alignment
3506             annotation row is hidden then shown</li>
3507           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3508             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3509           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3510             properly</li>
3511           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3512             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3513           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3514           <li>Structures imported from file and saved in project
3515             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3516           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3517             job execution in full once it is complete</li>
3518         </ul> <em>Applet</em>
3519         <ul>
3520           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3521             annotation rows are displayed</li>
3522           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3523             codebase</li>
3524           <li>View follows highlighting does not work for positions
3525             in sequences</li>
3526           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3527           <li>Export features raises exception when no features
3528             exist</li>
3529           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3530             for javascript api is modified when separator string
3531             provided as parameter</li>
3532           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3533             alignment with no existing selection</li>
3534           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3535             to applet&#39;s codebase</li>
3536           <li>Status bar not updated after finished searching and
3537             search wraps around to first result</li>
3538           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3539             several Jalview applets causes race conditions and memory
3540             leaks</li>
3541           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3542             not sent from Jmol in applet</li>
3543           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3544             applet API fatally hang browser</li>
3545         </ul> <em>General</em>
3546         <ul>
3547           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3548             position with wrapped view and hidden regions</li>
3549           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3550             with/without hidden columns</li>
3551           <li>Sequence length given in alignment properties window
3552             is off by 1</li>
3553           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3554             import PDB like structure files</li>
3555           <li>Positional search results are only highlighted
3556             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3557           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3558           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3559             given sequence position</li>
3560           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3561             output</li>
3562           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3563             from nucleotide chains correctly</li>
3564           <li>Structure colours not updated when tree partition
3565             changed in alignment</li>
3566           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3567             parsed in interleaved stockholm</li>
3568           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3569             state</li>
3570           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3571             properly</li>
3572           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3573             properly associated with their pdb files</li>
3574         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3575         <ul>
3576           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3577             ApplyCopyright tool</li>
3578         </ul></td>
3579     </tr>
3580     <tr>
3581       <td>
3582         <div align="center">
3583           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3584         </div>
3585       </td>
3586       <td><em>Application</em>
3587         <ul>
3588           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3589             contact web services</li>
3590           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3591             service job window</li>
3592           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3593         </ul></td>
3594       <td>
3595         <ul>
3596           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3597             pir file emitted by Jalview</li>
3598           <li>Existing feature settings transferred to new
3599             alignment view created from cut'n'paste</li>
3600           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3601             parsing PDB files</li>
3602           <li>Consensus and conservation annotation rows
3603             occasionally become blank for all new windows</li>
3604           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3605             in wrapped view mode</li>
3606         </ul> <em>Application</em>
3607         <ul>
3608           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3609             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3610           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3611             parameter names</li>
3612           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3613             is down</li>
3614         </ul>
3615       </td>
3616     </tr>
3617     <tr>
3618       <td>
3619         <div align="center">
3620           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3621         </div>
3622       </td>
3623       <td><em>Application</em>
3624         <ul>
3625           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3626             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3627             (JABAWS)
3628           </li>
3629           <li>Web Services preference tab</li>
3630           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3631             preferences</li>
3632           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3633           <li>Superpose structures using associated sequence
3634             alignment</li>
3635           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3636             viewer</li>
3637         </ul> <em>Applet</em>
3638         <ul>
3639           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3640             link out mechanism</li>
3641         </ul> <em>Other</em>
3642         <ul>
3643           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3644             series 12</li>
3645           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3646             require Java 1.5</li>
3647           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3648             sequence annotation files</li>
3649           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3650             type colour specification</li>
3651           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3652             script to check if it being run in an interactive session or
3653             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3654         </ul></td>
3655       <td>
3656         <ul>
3657           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3658             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3659         </ul> <em>Application</em>
3660         <ul>
3661           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3662             selected Regions menu item</li>
3663           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3664             part of a valid accession ID</li>
3665           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3666             runs out of memory</li>
3667           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3668             analysis results</li>
3669           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3670             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3671           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3672         </ul> <em>Applet</em>
3673         <ul>
3674           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3675             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3676             defined.</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679     </tr>
3680     <tr>
3681       <td>
3682         <div align="center">
3683           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3684         </div>
3685       </td>
3686       <td></td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3690             sequence IDs</li>
3691           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3692             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3693           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3694             import correctly</li>
3695           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3696             number of columns are hidden</li>
3697           <li>annotation label popup menu not providing correct
3698             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3699             present</li>
3700           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3701             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3702           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3703             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3704
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>annotation panel disappears when annotation is
3708             hidden/removed</li>
3709         </ul> <em>Application</em>
3710         <ul>
3711           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3712             alignment opened where annotation panel is visible but no
3713             annotations are present on alignment</li>
3714           <li>pasted region containing hidden columns is
3715             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3716           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3717             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3718           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3719             selected Rregions menu item.</li>
3720           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3721             'Un' or 'Non'conserved</li>
3722           <li>Sequence feature settings are being shared by
3723             multiple distinct alignments</li>
3724           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3725             changed</li>
3726           <li>double click on group annotation to select sequences
3727             does not propagate to associated trees</li>
3728           <li>Mac OSX specific issues:
3729             <ul>
3730               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3731                 window background</li>
3732               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3733                 name set correctly</li>
3734               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3735                 save feature colourscheme button</li>
3736             </ul>
3737           </li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742
3743       <td>
3744         <div align="center">
3745           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3746         </div>
3747       </td>
3748       <td><em>New Capabilities</em>
3749         <ul>
3750           <li>URL links generated from description line for
3751             regular-expression based URL links (applet and application)
3752
3753           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3754             menu</li>
3755           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3756             structures</li>
3757           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3758             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3759           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3760             average score or total feature count for each sequence.</li>
3761           <li>Shading features by score or associated description</li>
3762           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3763             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3764           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3765             hide everything but the currently selected region.</li>
3766           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3767         </ul> <em>Application</em>
3768         <ul>
3769           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3770             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3771           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3772             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3773           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3774             database references and protein_name is parsed as
3775             description line (BioSapiens terms).</li>
3776           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3777             references in sequence ID tooltip from View menu in
3778             application.</li>
3779           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3780       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3781           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3782             conservation plots</li>
3783           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3784             and visualized as sequence logos</li>
3785           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3786             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3787           </li>
3788           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3789             when a new tree is opened.</li>
3790           <li>Jalview Java Console</li>
3791           <li>Better placement of desktop window when moving
3792             between different screens.</li>
3793           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3794             consensus annotation</li>
3795           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3796             Workflows</li>
3797           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3798             <ul>
3799               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3800                 used to preserve views, structures, and tree display
3801                 settings)</li>
3802               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3803                 command line</li>
3804               <li>Sharing of selected regions between views and
3805                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3806               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3807             </ul></li>
3808         </ul> <em>Applet</em>
3809         <ul>
3810           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3811           <li>New Parameters
3812             <ul>
3813               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3814                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3815                 opened.</li>
3816               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3817                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3818               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3819                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3820               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3821                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3822                 view</li>
3823               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3824                 increase the height or width of a cell in the alignment
3825                 grid relative to the current font size.</li>
3826             </ul>
3827           </li>
3828           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3829             tooltip</li>
3830         </ul> <em>Other</em>
3831         <ul>
3832           <li>Features format: graduated colour definitions and
3833             specification of feature scores</li>
3834           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3835             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3836             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3837           <li>XML formats extended to support graduated feature
3838             colourschemes, group associated annotation, and profile
3839             visualization settings.</li></td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3843             rather than description</li>
3844           <li>Non-positional features are now included in sequence
3845             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3846             visibility in tooltip).</li>
3847           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3848           <li>Added URL embedding instructions to features file
3849             documentation.</li>
3850           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3851             'X' in peptide product</li>
3852           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3853             sequence ID and sequence string and query strings do not
3854             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3855           <li>AMSA files only contain first column of
3856             multi-character column annotation labels</li>
3857           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3858             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3859             exported and re-imported)</li>
3860           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3861             name</li>
3862           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3863             as subsequence matches, and correctly reports total number
3864             of both.</li>
3865           <li>Application:
3866             <ul>
3867               <li>Better handling of exceptions during sequence
3868                 retrieval</li>
3869               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3870                 link text excludes the start_end suffix</li>
3871               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3872                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3873               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3874               <li>Sequence description lines properly shared via
3875                 VAMSAS</li>
3876               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3877                 data sources</li>
3878               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3879                 completes before alignment figures are generated.</li>
3880               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3881                 first time.</li>
3882               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3883                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3884               <li>User defined group colours properly recovered
3885                 from Jalview projects.</li>
3886             </ul>
3887           </li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890
3891     </tr>
3892     <tr>
3893       <td>
3894         <div align="center">
3895           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3896         </div>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Experimental support for google analytics usage
3901             tracking.</li>
3902           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Race condition in applet preventing startup in
3908             jre1.6.0u12+.</li>
3909           <li>Exception when feature created from selection beyond
3910             length of sequence.</li>
3911           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3912           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3913             all sequences with a given id</li>
3914           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3915             ID string searches</li>
3916           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3917             alignment to fail with exception</li>
3918         </ul> <em>Application Issues</em>
3919         <ul>
3920           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3921           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3922             data sources</li>
3923         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3924         <ul>
3925           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3926             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3927           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3928             version (java class versioning error fixed)</li>
3929         </ul>
3930       </td>
3931     </tr>
3932     <tr>
3933       <td>
3934
3935         <div align="center">
3936           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3937         </div>
3938       </td>
3939       <td><em>User Interface</em>
3940         <ul>
3941           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3942             translation and protein products</li>
3943           <li>Linked highlighting of structure associated with
3944             residue mapping to codon position</li>
3945           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3946             and 'clear' button</li>
3947           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3948             Tools menu</li>
3949           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3950             numeric data in description line</li>
3951           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3952           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3953             of sequence</li>
3954         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3955         <ul>
3956           <li>JPred3 web service</li>
3957           <li>Prototype sequence search client (no public services
3958             available yet)</li>
3959           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3960             PFAM</li>
3961           <li>URL Links created for matching database cross
3962             references as well as sequence ID</li>
3963           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3964         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3965         <ul>
3966           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3967             databases</li>
3968           <li>Generalised database reference retrieval and
3969             validation to all fetchable databases</li>
3970           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3971             sequence command</li>
3972         </ul> <em>Import and Export</em>
3973         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3974         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3975           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3976         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3977           File</li>
3978         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3979           triplet as name of colourscheme</li>
3980         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3981         <ul>
3982           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3983           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3984             alignments (experimental)</li>
3985           <li>Create new or select existing session to join</li>
3986           <li>load and save of vamsas documents</li>
3987         </ul> <em>Application command line</em>
3988         <ul>
3989           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3990             from applet)</li>
3991           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3992             of DAS servers to query for alignment features</li>
3993           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3994             that are also automatically queried for features</li>
3995           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3996             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3997         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3998         <ul>
3999           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4000             application (when using &quot;View in full
4001             application&quot;)</li>
4002         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4003         <ul>
4004           <li>feature group display control parameter</li>
4005           <li>debug parameter</li>
4006           <li>showbutton parameter</li>
4007         </ul> <em>Applet API methods</em>
4008         <ul>
4009           <li>newView public method</li>
4010           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4011           <li>Feature display control methods</li>
4012           <li>get list of currently selected sequences</li>
4013         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4014         <ul>
4015           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4016           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4017             Jalview release.</li>
4018           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4019             property controls execution of obfuscator</li>
4020           <li>Build target for generating source distribution</li>
4021           <li>Debug flag for javacc</li>
4022           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4023             jalview.bin.Cache</li>
4024           <li>Continuous Build Integration for stable and
4025             development version of Application, Applet and source
4026             distribution</li>
4027         </ul></td>
4028       <td>
4029         <ul>
4030           <li>selected region output includes visible annotations
4031             (for certain formats)</li>
4032           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4033             for editing</li>
4034           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4035           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4036           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4037           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4038             comments</li>
4039           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4040             filenames containing a ':'</li>
4041           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4042             global sequence features</li>
4043           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4044             references from alignment sequences goes to zero</li>
4045           <li>Close of tree branch colour box without colour
4046             selection causes cascading exceptions</li>
4047           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4048           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4049             file parsing fails.</li>
4050           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4051           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4052             not a valid output format</li>
4053           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4054             vamsas</li>
4055           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4056           <li>error messages passed up and output when data read
4057             fails</li>
4058           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4059             sequence is edited</li>
4060           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4061             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4062           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4063             filetype</li>
4064           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4065             import fixed for PFAM records</li>
4066           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4067             window list</li>
4068           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4069             can be read and written correctly to annotation file</li>
4070           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4071             correctly</li>
4072           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4073             non-italic font for representatives in Applet</li>
4074           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4075             Macs.</li>
4076           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4077             Applet)</li>
4078           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4079             due to null pointer exceptions</li>
4080           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4081             first column of alignment</li>
4082           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4083             July 2008</li>
4084           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4085             file is case-insensitive</li>
4086           <li>Sequence features read from Features file appended to
4087             all sequences with matching IDs</li>
4088           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4089             containing a sub-sequence</li>
4090           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4091           <li>feature and annotation file applet parameters
4092             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4093           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4094           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4095             splash-screen version check to complete</li>
4096           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4097             when passing them to the launchApp service</li>
4098           <li>display name and local features preserved in results
4099             retrieved from web service</li>
4100           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4101             sequence fetcher initialisation</li>
4102           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4103             dasobert DAS client</li>
4104           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4105             association</li>
4106           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4107             sequences
4108           </li>
4109         </ul>
4110       </td>
4111     </tr>
4112     <tr>
4113       <td>
4114         <div align="center">
4115           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4116         </div>
4117       </td>
4118       <td>
4119         <ul>
4120           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4121           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4122           <li>Slide sequences</li>
4123           <li>Edit sequence in place</li>
4124           <li>EMBL CDS features</li>
4125           <li>DAS Feature mapping</li>
4126           <li>Feature ordering</li>
4127           <li>Alignment Properties</li>
4128           <li>Annotation Scores</li>
4129           <li>Sort by scores</li>
4130           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4131         </ul>
4132       </td>
4133       <td>
4134         <ul>
4135           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4136           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4137           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4138           <li>Feature group display state in XML</li>
4139           <li>Feature ordering in XML</li>
4140           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4141           <li>Stockholm alignment properties</li>
4142           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4143           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4144           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4145           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4146         </ul>
4147       </td>
4148
4149     </tr>
4150     <tr>
4151       <td>
4152         <div align="center">
4153           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4154         </div>
4155       </td>
4156       <td>
4157         <ul>
4158           <li>Non standard characters can be read and displayed
4159           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4160             applet via textbox
4161           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4162             name &amp; description
4163           <li>Preference setting to display sequence name in
4164             italics
4165           <li>Annotation file format extended to allow
4166             Sequence_groups to be defined
4167           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4168             specified in preferences
4169           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4170             sequences
4171         </ul>
4172       </td>
4173       <td>
4174         <ul>
4175           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4176             installed
4177           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4178           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4179         </ul>
4180       </td>
4181     </tr>
4182     <tr>
4183       <td>
4184         <div align="center">
4185           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4186         </div>
4187       </td>
4188       <td>
4189         <ul>
4190           <li>Multiple views on alignment
4191           <li>Sequence feature editing
4192           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4193           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4194           <li>Background dependent text colour
4195           <li>Right align sequence ids
4196           <li>User-defined lower case residue colours
4197           <li>Format Menu
4198           <li>Select Menu
4199           <li>Menu item accelerator keys
4200           <li>Control-V pastes to current alignment
4201           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4202           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4203           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4204
4205           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4206         </ul>
4207       </td>
4208       <td>
4209         <ul>
4210           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4211           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4212             calculations
4213           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4214             edits
4215           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4216             of alignment)
4217           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4218
4219           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4220             display correctly
4221           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4222           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4223             analysis results
4224           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4225             &#8739;
4226           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4227           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4228           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4229
4230         </ul>
4231       </td>
4232     </tr>
4233     <tr>
4234       <td>
4235         <div align="center">
4236           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4237         </div>
4238       </td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4242         </ul>
4243       </td>
4244       <td>
4245         <ul>
4246           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4247             sequence id panel has been resized</li>
4248           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4249             rendered</li>
4250           <li>Annotation files with sequence references - all
4251             elements in file are relative to sequence position</li>
4252           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4253         </ul>
4254       </td>
4255     </tr>
4256     <tr>
4257       <td>
4258         <div align="center">
4259           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4260         </div>
4261       </td>
4262       <td>
4263         <ul>
4264           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4265           <li>DAS Feature fetching</li>
4266           <li>Hide sequences and columns</li>
4267           <li>Export Annotations and Features</li>
4268           <li>GFF file reading / writing</li>
4269           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4270             files</li>
4271           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4272           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4273           <li>Applet can launch the full application</li>
4274           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4275             required)</li>
4276           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4277           <li>Applet can load sequences from parameter
4278             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4279           </li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282       <td>
4283         <ul>
4284           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4285           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4286           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4287         </ul>
4288       </td>
4289     </tr>
4290     <tr>
4291       <td>
4292         <div align="center">
4293           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4294         </div>
4295       </td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4299           <li>Choose to match case when searching</li>
4300           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4301             expand the visible width and height of the alignment</li>
4302         </ul>
4303       </td>
4304       <td>
4305         <ul>
4306           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4307         </ul>
4308       </td>
4309     </tr>
4310     <tr>
4311       <td>
4312         <div align="center">
4313           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4314         </div>
4315       </td>
4316       <td>&nbsp;</td>
4317       <td>
4318         <ul>
4319           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4320           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4321             value</li>
4322         </ul>
4323       </td>
4324     </tr>
4325     <tr>
4326       <td>
4327         <div align="center">
4328           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4329         </div>
4330       </td>
4331       <td>
4332         <ul>
4333           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4334           <li>Keyboard editing</li>
4335           <li>Create sequence features from searches</li>
4336           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4337             alignments</li>
4338           <li>Features file allows grouping of features</li>
4339           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4340           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4341           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4342         </ul>
4343       </td>
4344       <td>
4345         <ul>
4346           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4347           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4348             descriptions saved.</li>
4349         </ul>
4350       </td>
4351     </tr>
4352     <tr>
4353       <td>
4354         <div align="center">
4355           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4356         </div>
4357       </td>
4358       <td>
4359         <ul>
4360           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4361           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4362           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4363             name for file output</li>
4364           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4365           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4366             used for HTML form input</li>
4367         </ul>
4368       </td>
4369       <td>
4370         <ul>
4371           <li>HTML output writes groups and features</li>
4372           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4373           <li>File IO bugs</li>
4374         </ul>
4375       </td>
4376     </tr>
4377     <tr>
4378       <td>
4379         <div align="center">
4380           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4381         </div>
4382       </td>
4383       <td>
4384         <ul>
4385           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4386           <li>More options for PCA viewer</li>
4387         </ul>
4388       </td>
4389       <td>
4390         <ul>
4391           <li>GUI bugs resolved</li>
4392           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4393         </ul>
4394       </td>
4395     </tr>
4396     <tr>
4397       <td height="63">
4398         <div align="center">
4399           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4400         </div>
4401       </td>
4402       <td>
4403         <ul>
4404           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4405           <li>Jar files are executable</li>
4406           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4407         </ul>
4408       </td>
4409       <td>
4410         <ul>
4411           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4412           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4413           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416     </tr>
4417     <tr>
4418       <td>
4419         <div align="center">
4420           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4421         </div>
4422       </td>
4423       <td>
4424         <ul>
4425           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4431         </ul>
4432       </td>
4433     </tr>
4434     <tr>
4435       <td>
4436         <div align="center">
4437           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4438         </div>
4439       </td>
4440       <td>
4441         <ul>
4442           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4443             size</li>
4444         </ul>
4445       </td>
4446       <td>
4447         <ul>
4448           <li>Improved JPred client reliability</li>
4449           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4450         </ul>
4451       </td>
4452     </tr>
4453     <tr>
4454       <td>
4455         <div align="center">
4456           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4457         </div>
4458       </td>
4459       <td>
4460         <ul>
4461           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4462           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4463           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4464             to Colour Menu</li>
4465           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4466           <li>Unix users can set default web browser</li>
4467           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4468           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4469         </ul>
4470       </td>
4471       <td>
4472         <ul>
4473           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4474         </ul>
4475       </td>
4476     </tr>
4477     <tr>
4478       <td>
4479         <div align="center">
4480           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4481         </div>
4482       </td>
4483       <td>&nbsp;</td>
4484       <td>
4485         <ul>
4486           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4487             alignment order.</li>
4488         </ul>
4489       </td>
4490     </tr>
4491     <tr>
4492       <td>
4493         <div align="center">
4494           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4495         </div>
4496       </td>
4497       <td>
4498         <ul>
4499           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4500           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4501           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4502             annotations.</li>
4503           <li>Version and build date written to build properties
4504             file.</li>
4505           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4506             at launch of Jalview.</li>
4507         </ul>
4508       </td>
4509       <td>
4510         <ul>
4511           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4512           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4513           <li>Can remove groups one by one.</li>
4514           <li>Filechooser icons installed.</li>
4515           <li>Finder ignores return character when searching.
4516             Return key will initiate a search.<br>
4517           </li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520     </tr>
4521     <tr>
4522       <td>
4523         <div align="center">
4524           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4525         </div>
4526       </td>
4527       <td>
4528         <ul>
4529           <li>New codebase</li>
4530         </ul>
4531       </td>
4532       <td>&nbsp;</td>
4533     </tr>
4534   </table>
4535   <p>&nbsp;</p>
4536 </body>
4537 </html>