help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views, in feature reports and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  87             of associated view
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  91             enabled by default
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  95             tooltips and menus
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  99             with no feature types visible
 100           </li>
 101         </ul><em>Jalview Installer</em>
 102             <ul>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 105             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 112           </li>
 113               <li>
 114                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 115               <li>
 116                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 117         </ul> <em>Release processes</em>
 118         <ul>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 121           </li>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 124           </li>
 125         </ul> <em>Build System</em>
 126         <ul>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 132             report
 133           </li>
 134         </ul>
 135         <em>Groovy Scripts</em>
 136             <ul>
 137           <li>
 138             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 139             to stdout containing the consensus sequence for each
 140             alignment in a Jalview session
 141           </li>
 142           <li>
 143             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 144             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 145             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 146           </li>
 147         </ul>
 148       </td>
 149       <td align="left" valign="top">
 150         <ul>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 153             'Show hidden markers' option is not ticked
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 157             'Show Sequence Features' option is not ticked
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 161             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 162             features are visible
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 166             equal when split frame is first opened
 167           </li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 170             correct after editing a sequence's start position
 171           </li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 174             with annotation and exceptions thrown when only a few
 175             columns shown in wrapped mode
 176           </li>
 177           <li>
 178             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 179             wrapped alignment figure with annotations
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 183             ID fails with ClassCastException
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 187             Project
 188           </li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 191             feature settings dialog also selects columns
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 195             IllegalArgumentException in some circumstances
 196           </li>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 199             opened for a view
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 203             alignment window is closed
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 207             help documentation for 2.11.0 release
 208           </li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 211             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 212             Uniprot Accession
 213           </li>
 214         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 215         <ul>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 218             PDB/Uniprot search panel
 219           </li>
 220         </ul> <em>Installer</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 224             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 225           </li>
 226         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 227         <ul>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 230             repository
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 234             memory
 235           </li>
 236         </ul> <em>New Known Issues</em>
 237         <ul>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 240             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 241             command line
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 245             clipped in headless figure export when Right Align option
 246             enabled
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 250             'Source' in console output
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 254             bamboo server but run fine locally.
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3574 -->Filtering features by genomic location (POS) is broken by rounding
 258           </li>
 259         </ul>
 260       </td>
 261     </tr>
 262     <tr>
 263       <td width="60" align="center" nowrap>
 264           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 265             <em>04/07/2019</em></strong>
 266       </td>
 267       <td align="left" valign="top">
 268         <ul>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 271             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 272             source project) rather than InstallAnywhere
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 276             settings, receive over the air updates and launch specific
 277             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 278               Rings' GetDown</a>)
 279           </li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 282             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 283           </li>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 286             arguments and switch between different getdown channels
 287           </li>
 288           <li>
 289             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 290             or alignment files
 291           </li>
 292
 293           <li>
 294             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 295             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 298             'Translate as cDNA'</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 301           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 302             <ul>
 303                       <li>
 304             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 305             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 306           <li>
 307                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 308                 features can be filtered and shaded according to any
 309                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 310                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 311                 file)
 312               </li>
 313               <li>
 314                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 315                 stored and restored from Jalview Projects
 316               </li>
 317               <li>
 318                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 319                 recognise variant features
 320               </li>
 321               <li>
 322                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 323                 sequences (also coloured red by default)
 324               </li>
 325               <li>
 326                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 327                 details
 328               </li>
 329               <li>
 330                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 331                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 332               </li>
 333               <li>
 334                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 335                 dialog
 336               </li>
 337             </ul>
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 341             tree and PCA calculations
 342           </li>
 343           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 344             <ul>
 345               <li>
 346                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 347                 and Viewer state saved in Jalview Project
 348               </li>
 349               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 350                 drop-down menus</li>
 351               <li>
 352                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 353                 incrementally
 354               </li>
 355               <li>
 356                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 357               </li>
 358             </ul>
 359           </li>
 360           <li>
 361             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 362           </li>
 363           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 364           <ul>
 365               <li>
 366                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 367                 multiple groups when working with large alignments
 368               </li>
 369               <li>
 370                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 371                 Stockholm files
 372               </li>
 373             </ul>
 374           <li><strong>User Interface</strong>
 375           <ul>
 376               <li>
 377                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 378                 view
 379               </li>
 380               <li>
 381                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 382                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 383                 default (can be changed in user preferences)
 384               </li>
 385               <li>
 386                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 387                 to the Overwrite Dialog
 388               </li>
 389               <li>
 390                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 391                 sequences are hidden
 392               </li>
 393               <li>
 394                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 395                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 396               </li>
 397               <li>
 398                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 399                 labels
 400               </li>
 401               <li>
 402                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 403                 when in wrapped mode
 404               </li>
 405               <li>
 406                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 407                 annotation
 408               </li>
 409               <li>
 410                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 411               </li>
 412               <li>
 413                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 414                 panel
 415               </li>
 416               <li>
 417                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 418                 popup menu
 419               </li>
 420               <li>
 421               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 422               <li>
 423               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 424
 425
 426             </ul></li>
 427             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 428           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 429             <ul>
 430               <li>
 431                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 432                 trapping CMD-Q
 433               </li>
 434             </ul></li>
 435         </ul>
 436         <em>Deprecations</em>
 437         <ul>
 438           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 439             capabilities removed from the Jalview Desktop
 440           </li>
 441           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 442             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 443             and XML based data retrieval clients</li>
 444           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 445           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 446         </ul> <em>Documentation</em>
 447         <ul>
 448           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 449             not supported in EPS figure export
 450           </li>
 451           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 452         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 453         <ul>
 454           <li>
 455           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 456           </li>
 457       <li>
 458       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 459           <li>
 460           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 461             gradle-eclipse
 462           </li>
 463           <li>
 464           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 465             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 466             execution
 467           </li>
 468           <li>
 469           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 470             operations
 471           </li>
 472           <li>
 473           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 474             issues resolved
 475           </li>
 476           <li>
 477           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 478             markdown (with HTML rendering)
 479           </li>
 480           <li>
 481           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 482           </li>
 483           <li>
 484           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 485             versions of Jalview
 486           </li>
 487         </ul>
 488       </td>
 489       <td align="left" valign="top">
 490         <ul>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 496             superposition in Jmol fail on Windows
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 500             structures for sequences with lots of PDB structures
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 504             monospaced font
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 508             project involving multiple views
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 512             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 513             Annotation dialog hides columns
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 517             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 518             one view, then making another selection in the other view
 519           </li>
 520           <li>
 521             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 522             columns
 523           </li>
 524           <li>
 525             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 526             Settings and Jalview Preferences panels
 527           </li>
 528           <li>
 529             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 530             overview with large alignments
 531           </li>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 534             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 535             mouse moved to the left of the first column
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 539             hidden column marker via scale popup menu
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 543             doesn't tell users the invalid URL
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 547             score from view
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 551             show cross references or Fetch Database References are shown in
 552             red in original view
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 556             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 560             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 564             when columns are hidden
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 568             Columns by Annotation description
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 572             out of Scale or Annotation Panel
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 576             scale panel
 577           </li>
 578           <li>
 579             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 580             alignment down
 581           </li>
 582           <li>
 583             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 584             scale panel
 585           </li>
 586           <li>
 587             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 588             Page Up in wrapped mode
 589           </li>
 590           <li>
 591             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 598             on opening an alignment
 599           </li>
 600           <li>
 601             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 602             Colour menu
 603           </li>
 604           <li>
 605             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 606             different groups in the alignment are selected
 607           </li>
 608           <li>
 609             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 610             correctly in menu
 611           </li>
 612           <li>
 613             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 614             threshold limit
 615           </li>
 616           <li>
 617             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 618             threshold gets 'unrounded'
 619           </li>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 622             colour
 623           </li>
 624           <li>
 625             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 632             Tree font
 633           </li>
 634           <li>
 635             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 636             project file
 637           </li>
 638           <li>
 639             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 640             shown in complementary view
 641           </li>
 642           <li>
 643             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 644             without normalisation
 645           </li>
 646           <li>
 647             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 648             of report
 649           </li>
 650           <li>
 651             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 652           </li>
 653           <li>
 654           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 655           </li>
 656         </ul> <em>Editing</em>
 657         <ul>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 660             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 661             sequence
 662           </li>
 663           <li>
 664             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 665             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 666             removed (Known defect since 2.10)
 667           </li>
 668           <li>
 669             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 670             dialog corrupts dataset sequence
 671           </li>
 672           <li>
 673             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 674             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 675           </li>
 676         </ul> <em>Datamodel</em>
 677         <ul>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 680             sequence's End is greater than its length
 681           </li>
 682         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 683           general release)</em>
 684         <ul>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 687           </li>
 688         </ul> <em>New Known Defects</em>
 689         <ul>
 690         <li>
 691         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 692         </li>
 693         <li>
 694           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 695           regions of protein alignment.
 696         </li>
 697         <li>
 698           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 699           is restored from a Jalview 2.11 project
 700         </li>
 701         <li>
 702           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 703           'New View'
 704         </li>
 705         <li>
 706           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 707           columns within hidden columns
 708         </li>
 709         <li>
 710           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 711           window after dragging left to select columns to left of visible
 712           region
 713         </li>
 714         <li>
 715           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 716           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 717           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 718           create a Score filter instead.
 719         </li>
 720         <li>
 721         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 722         <li>
 723         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 724         </li>
 725         <li>
 726           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 727           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 728         </li>
 729         </ul>
 730         <em>Java 11 Specific defects</em>
 731           <ul>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 734               alphabetically when saved
 735             </li>
 736         </ul>
 737       </td>
 738     </tr>
 739     <tr>
 740     <td width="60" nowrap>
 741       <div align="center">
 742         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 743       </div>
 744     </td>
 745     <td><div align="left">
 746         <em></em>
 747         <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 750               InstallAnywhere increased to 1G.
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 754               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 755               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 756                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 757                 properties file.</em>
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 761               API and sequence data now imported as JSON.
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 765               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 766               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 767               property.
 768             </li>
 769           </ul>
 770           <em>Development</em>
 771           <ul>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 774               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 775                 Clover</a>
 776             </li>
 777           </ul>
 778         </div></td>
 779     <td><div align="left">
 780         <em></em>
 781         <ul>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 784               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 785               alignment.
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 789               annotation displayed.
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 793               for newly created group when 'Apply to all groups'
 794               selected
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 798               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 799               visible.
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 803               when sequences are selected in exported view.</em>
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 807               aren't rendered with correct colour.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 811               types of knotted RNA secondary structure.
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 815               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 816               do not start at 1.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 820               annotation when columns are inserted into an alignment,
 821               and when exporting as Stockholm flatfile.
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 825               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 826               treated as RNA secondary structure.
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 830               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 834               transfers focus to previous window on OSX
 835             </li>
 836           </ul>
 837           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 838           <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 841               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 842               box.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 846               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 847               'look and feel' which has improved compatibility with the
 848               latest version of OSX.
 849             </li>
 850           </ul>
 851         </div>
 852     </td>
 853     </tr>
 854     <tr>
 855       <td width="60" nowrap>
 856         <div align="center">
 857           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 858             <em>7/06/2018</em></strong>
 859         </div>
 860       </td>
 861       <td><div align="left">
 862           <em></em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 866               annotation retrieved from Uniprot
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 870               onto the Jalview Desktop
 871             </li>
 872           </ul>
 873         </div></td>
 874       <td><div align="left">
 875           <em></em>
 876           <ul>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 879               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 883               right-hand column parsed correctly
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 887               not alignment area in exported graphic
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 891               window has input focus
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 895               annotation added to view (Windows)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 899               network connectivity is poor
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 903               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 904                 the currently open URL and links from a page viewed in
 905                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 906                 you are using Edge, only links in the page can be
 907                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 908                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 909             </li>
 910           </ul>
 911           <em>New Known Defects</em>
 912           <ul>
 913             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 914           </ul>
 915         </div></td>
 916     </tr>
 917     <tr>
 918       <td width="60" nowrap>
 919         <div align="center">
 920           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 921         </div>
 922       </td>
 923       <td><div align="left">
 924           <em></em>
 925           <ul>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 928               for disabling automatic superposition of multiple
 929               structures and open structures in existing views
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 933               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 934               adjust them.
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 938               Ensembl services
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 942               and lots of hidden columns
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 946               of features (particularly when transparency is disabled)
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 950               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 951               generally available
 952             </li>
 953           </ul>
 954           </div>
 955       </td>
 956       <td><div align="left">
 957           <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 960               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 964               overlapping alignment panel
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 968               sequence as gaps
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 972               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 973               UTR
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 977               factor annotation not added to sequence when local PDB
 978               file associated with it by drag'n'drop or structure
 979               chooser
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 983               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 987               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 991               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 995               columns in annotation row
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 999               honored in batch mode
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1003               for structures added to existing Jmol view
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1007               entries after importing project with multiple views
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1011               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1012               with negative residue numbers or missing residues fails
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1016               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1017               as generated by CONSURF)
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1021               tooltip doesn't include a text description of mutation
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1025               structure and/or overview windows are also shown
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1029               very slow for alignments with large numbers of sequences
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1033               with 'StringIndexOutOfBounds'
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1037               platforms running Java 10
1038             </li>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1041               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1042             </li>
1043           </ul>
1044           <em>Applet</em>
1045           <ul>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1048               should copy the group consensus when popup is opened on it
1049             </li>
1050           </ul>
1051           <em>Batch Mode</em>
1052           <ul>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1055           </li>
1056           </ul>
1057           <em>New Known Defects</em>
1058           <ul>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1061               editing a large alignment and overview is displayed
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1065               repeatedly after a series of edits even when the overview
1066               is no longer reflecting updates
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1070               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1071               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1072               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1076               option gives blank output
1077             </li>
1078           </ul>
1079         </div>
1080           </td>
1081     </tr>
1082     <tr>
1083       <td width="60" nowrap>
1084         <div align="center">
1085           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1086         </div>
1087       </td>
1088       <td><div align="left">
1089           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1090               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1091       <td><div align="left">
1092           <em>Desktop</em><ul>
1093           <ul>
1094             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1095             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1096             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1097             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1098             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1099             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1100             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1101           </ul>
1102           </div>
1103       </td>
1104     </tr>
1105     <tr>
1106       <td width="60" nowrap>
1107         <div align="center">
1108           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1109         </div>
1110       </td>
1111       <td><div align="left">
1112           <em></em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1116               rendering of sequence features
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1120               429 rate limit request hander
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1124               their colours have changed
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1128               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1129             </li>
1130             <li>
1131               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1132               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1136               view from Ensembl locus cross-references
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1140               Alignment report
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1144               feature can be disabled
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1148               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1152               Uniprot
1153             </li>
1154           </ul>
1155           <em>Scripting</em>
1156           <ul>
1157             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1158             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1159               percent identity scores for current alignment.</li>
1160           </ul>
1161           <em>Testing and Deployment</em>
1162           <ul>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1165             </li>
1166           </ul>
1167         </div></td>
1168       <td><div align="left">
1169           <em>General</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1173               threshold text field doesn't trigger an update to the
1174               alignment view
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1178               strings in parallel
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1182               alignment window is closed
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1186               group visibility
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1190               takes a long time in Cursor mode
1191             </li>
1192           </ul>
1193           <em>Desktop</em>
1194           <ul>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1197               cannot be viewed in Chimera
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1201               CDS/Protein view
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1205               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1206               Search Dialogs
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1216               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1220               scrolling right in unwapped alignment view
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1224               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1225               database
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1229               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1233               features of same type and group to be selected for
1234               amending
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1238               alignments when hidden columns are present
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1242               displaying several structures
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1246               moving a window
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1250               within the Jalview desktop on OSX
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1254               when in wrapped alignment mode
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1258               hand end of alignment
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1262               each selected sequence do not have correct start/end
1263               positions
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1267               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1271               restoring project until a new view is created
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1275               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1276               configured (since 2.10.2b2)
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1280               position is adjusted
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1284               in a multi-chain structure when viewing alignment
1285               involving more than one chain (since 2.10)
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1289               if new selection moves alignment window
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1293               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1297               that produces correctly annotated transcripts and products
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1301               doesn't update associated structure view
1302             </li>
1303           </ul>
1304           <em>Applet</em><br />
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1308               closing alignment panel
1309             </li>
1310           </ul>
1311           <em>BioJSON</em><br />
1312           <ul>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1315               non-positional features
1316             </li>
1317           </ul>
1318           <em>New Known Issues</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1322               sequence features correctly (for many previous versions of
1323               Jalview)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1327               using cursor in wrapped panel other than top
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1331               graduated colour threshold
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1335               always preserve numbering and sequence features
1336             </li>
1337           </ul>
1338           <em>Known Java 9 Issues</em>
1339           <ul>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1342               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1343               9.01, OSX 10.10)
1344             </li>
1345           </ul>
1346         </div></td>
1347     </tr>
1348     <tr>
1349       <td width="60" nowrap>
1350         <div align="center">
1351           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1352             <em>2/10/2017</em></strong>
1353         </div>
1354       </td>
1355       <td><div align="left">
1356           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1360             </li>
1361             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1362             </li>
1363           </ul>
1364         </div></td>
1365       <td><div align="left">
1366         </div></td>
1367     </tr>
1368     <tr>
1369       <td width="60" nowrap>
1370         <div align="center">
1371           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1372             <em>7/9/2017</em></strong>
1373         </div>
1374       </td>
1375       <td><div align="left">
1376           <em></em>
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1380               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1381               white)
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1385               Preferences
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1389               in size and progress bar shown as higher resolution
1390               overview is recalculated
1391             </li>
1392
1393           </ul>
1394         </div></td>
1395       <td><div align="left">
1396           <em></em>
1397           <ul>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1400               column region row by row
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1404               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1408               format setting is unticked
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1412               if group has show boxes format setting unticked
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1416               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1417               include sequences and columns not currently displayed
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1421               assemblies are imported via CIF file
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1425               displayed when threshold or conservation colouring is also
1426               enabled.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1430               server version
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1434               dragging a selected region off the visible region of the
1435               alignment
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1439               colourscheme to all groups in a view
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1443               initially after font size change using the Font chooser or
1444               middle-mouse zoom
1445             </li>
1446           </ul>
1447         </div></td>
1448     </tr>
1449     <tr>
1450       <td width="60" nowrap>
1451         <div align="center">
1452           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1453         </div>
1454       </td>
1455       <td><div align="left">
1456           <em>Calculations</em>
1457           <ul>
1458
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1461               ungapped positions in each column of the alignment.
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1465               a calculation dialog box
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1469               and memory efficiency (~30x faster)
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1473               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1474               and other calculations
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1478               files within the Jalview codebase
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1482               Similarity may have different topology due to increased
1483               precision
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <em>Rendering</em>
1487           <ul>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1490               model for alignments and groups
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1494               scripts
1495             </li>
1496           </ul>
1497           <em>Overview</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1501               with alignment and overview windows
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1505               overview
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1509               omitted in Overview
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1513               adjustment of visible position
1514             </li>
1515           </ul>
1516
1517           <em>Data import/export</em>
1518           <ul>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1521               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1525               annotation input/output via stockholm flatfile
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1529               extension when importing structure files without embedded
1530               names or PDB accessions
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1534               format sequence substitution matrices
1535             </li>
1536           </ul>
1537           <em>User Interface</em>
1538           <ul>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1541               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1542               the application.
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1546               via Overview or sequence motif search operations
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1550               opened by double clicking gaps within sequence feature
1551               extent
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1555               aligned positions were available to create a 3D structure
1556               superposition.
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <em>3D Structure</em>
1560           <ul>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1563               coloured in linked structure views
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1567               file-based command exchange
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1571               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1572               structures are already available for sequences
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1576               the Jalview project rather than downloaded again when the
1577               project is reopened.
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1581               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1582               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1583                 Feature</strong>)
1584             </li>
1585           </ul>
1586           <em>Web Services</em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1593               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1594               Analysis services
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1598               cross-references provided by identifiers.org and the
1599               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1600             </li>
1601           </ul>
1602
1603           <em>Scripting</em>
1604           <ul>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1607               identifying file formats (instead of String constants)
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1611               efficiency when counting all displayed features (not
1612               backwards compatible with 2.10.1)
1613             </li>
1614           </ul>
1615           <em>Example files</em>
1616           <ul>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1619               included in the example feature file
1620             </li>
1621           </ul>
1622           <em>Documentation</em>
1623           <ul>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1626               with the built-in Java help viewer
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1630               sequence description' option
1631             </li>
1632           </ul>
1633           <em>Test Suite</em>
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1637               Uniprot REST Free Text Search Client
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1644               during tests
1645             </li>
1646           </ul>
1647         </div></td>
1648       <td><div align="left">
1649           <em>Calculations</em>
1650           <ul>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1653               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1654               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1655             </li>
1656             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1657               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1658               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1659               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1660               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1661               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1662               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1663               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1664               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1665               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1666               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1667               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1668               // for 2.10.1 mode <br />
1669               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1670               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1671                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1672                 calculations (not recommended)</em></li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1675               scaling of branch lengths for trees computed using
1676               Sequence Feature Similarity.
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1680               generating output report when working with highly
1681               redundant alignments
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1685               right of selected region when gaps present on right-hand
1686               boundary
1687             </li>
1688           </ul>
1689           <em>User Interface</em>
1690           <ul>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1693               doesn't reselect a specific sequence's associated
1694               annotation after it was used for colouring a view
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1698               opened on a region of alignment without groups
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1702               of an alignment with overlapping groups
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1706               name and description match
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1710               hidden regions results in incorrect hidden regions
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1714               changing colour does not apply Conservation slider value
1715               to all groups
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1719               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1723               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1727               gaps before start of features
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1731               restored to UI when feature colour is edited
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1735               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1739               as graduate feature colour settings are modified via the
1740               dialog box
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1744               when a group defined on the alignment is resized
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1748               wrapped view result in positional status updates
1749             </li>
1750
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1753               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1757               alignment included gapped columns
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1761               widgets don't permanently disappear
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1765               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1766               T-Coffee column reliability scores)
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1770               sequence feature on gaps only
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1774               button from a Find inherit previously defined feature type
1775               rather than the Find query string
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1779               exporting tree calculated in Jalview
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1783               and then revealing them reorders sequences on the
1784               alignment
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1788               doesn't update to reflect available set of groups after
1789               interactively adding or modifying features
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1793               Linux
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1797               only excluded gaps in current sequence and ignored
1798               selection.
1799             </li>
1800           </ul>
1801           <em>Rendering</em>
1802           <ul>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1805               erratically when hidden rows or columns are present
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1809               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1810               sequence colouring
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1814               colour and group colour menu for protein alignments
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1818               reflect currently selected view or group's shading
1819               thresholds
1820             </li>
1821             <li>
1822               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1823               when rendered on overview and structures when opacity at
1824               100%
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1828               overview when features overlaid on alignment
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1832               recovered correctly from Jalview project file
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1836               (automatically via preferences) are different to the main
1837               alignment panel
1838             </li>
1839           </ul>
1840           <em>Data import/export</em>
1841           <ul>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1844               load
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1848               added after a sequence was imported are not written to
1849               Stockholm File
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1853               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1857               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1861               with lightGray or darkGray via features file (but can
1862               specify lightgray)
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1866               when alignment view imported from project
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1870               structure and sequences extracted from structure files
1871               imported via URL and viewed in Jmol
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1875               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1876               the project is loaded and the structure viewed
1877             </li>
1878           </ul>
1879           <em>Web Services</em>
1880           <ul>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1883               release of Ensembl v.88
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1887               appear enabled in Preferences->Connections
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1891               removed from console output
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1895               Ensembl by Peptide ID
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1899               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1900               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1901               due to 'null' string rather than empty string used for
1902               residues with no corresponding PDB mapping).
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>Application UI</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1909               menu
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1913               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1914               new documentation and tooltips added)
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1918               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1922               new features are added to alignment
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1926               changes to feature colours via the Amend features dialog
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1930               edit graduated feature colour via amend features dialog
1931               box
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1935               selection menu changes colours of alignment views
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1939               from alignment calculation workers after alignment has
1940               been closed
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1944               groups now 'Create Group'
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1948               Create/Undefine group doesn't always work
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1952               shown again after pressing 'Cancel'
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1956               adjusts start position in wrap mode
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1960               ambiguous amino acids
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1964               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1965               proteins
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1969               Defined' don't appear in Colours menu
1970             </li>
1971           </ul>
1972           <em>Applet</em>
1973           <ul>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1976               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1980               overview or linked structure view
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1984               work (since 2.8)
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1988               user-defined colourscheme doesn't restore original
1989               colourscheme
1990             </li>
1991           </ul>
1992           <em>Test Suite</em>
1993           <ul>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1996               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2000               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2001               problems with deep array comparison equality asserts in
2002               successive versions of TestNG
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2006               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2007             </li>
2008           </ul>
2009           <em>New Known Issues</em>
2010           <ul>
2011             <li>
2012               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2013               phase after a sequence motif find operation
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2017               containing just upper and lower case letters are
2018               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2022               reliably from eggnog Ortholog database
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2026               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2027               to mark columns containing highlighted regions.
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2031               doesn't always add secondary structure annotation.
2032             </li>
2033           </ul>
2034         </div>
2035     <tr>
2036       <td width="60" nowrap>
2037         <div align="center">
2038           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2039         </div>
2040       </td>
2041       <td><div align="left">
2042           <em>General</em>
2043           <ul>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2046               for all consensus calculations
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2050               3rd Oct 2016)
2051             </li>
2052             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2053               for 2016-2017</li>
2054           </ul>
2055           <em>Application</em>
2056           <ul>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2059               set of database cross-references, sorted alphabetically
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2063               from database cross references. Users with custom links
2064               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2065                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2069               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2070               Chimera session
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2074               the Chimera it is connected to is shut down
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2078               columns menu item to mark columns containing highlighted
2079               regions (e.g. from structure selections or results of a
2080               Find operation)
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2084               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2085               MSAviewer
2086             </li>
2087           </ul>
2088         </div></td>
2089       <td>
2090         <div align="left">
2091           <em>General</em>
2092           <ul>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2095               are not coloured or thresholded according to percent
2096               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2100               hydrophobic
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2104               threshold, amino acid properties)
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2108               reported as mapped to residues in a structure file in the
2109               View Mapping report
2110             </li>
2111             <li>
2112               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2113               could be added multiple times to a sequence
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2117               bond features shown as two highlighted residues rather
2118               than a range in linked structure views, and treated
2119               correctly when selecting and computing trees from features
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2123               cross-references are matched to database name regardless
2124               of case
2125             </li>
2126
2127           </ul>
2128           <em>Application</em>
2129           <ul>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2132               names without regular expressions also offer links from
2133               Sequence ID
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2137               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2138               update Jalview configuration
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2142               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2146               files with similarly named sequences if dropped onto the
2147               alignment
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2151               entries where more chains exist in the PDB accession than
2152               are reported in the SIFTS file
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2156               the structure view when displayed with Chimera
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2160               panel's View->Show Chains submenu
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2164               work for wrapped alignment views
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2168               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2172               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2173               first annotation row
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2177               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2181               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2182             </li>
2183             <!-- JAL-2319 -->
2184             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2185             coordindate data
2186             </li>
2187           </ul>
2188           <!--           <em>New Known Issues</em>
2189           <ul>
2190             <li></li>
2191           </ul> -->
2192         </div>
2193       </td>
2194     </tr>
2195     <td width="60" nowrap>
2196       <div align="center">
2197         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2198           <em>25/10/2016</em></strong>
2199       </div>
2200     </td>
2201     <td><em>Application</em>
2202       <ul>
2203         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2204           view if structures already loaded</li>
2205         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2206           structure views</li>
2207       </ul></td>
2208     <td>
2209       <div align="left">
2210         <em>General</em>
2211         <ul>
2212           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2213             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2214           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2215             example sequences/projects/trees</li>
2216         </ul>
2217         <em>Application</em>
2218         <ul>
2219           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2220             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2221           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2222             without timeout for structures with multiple models or
2223             multiple sequences in alignment</li>
2224           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2225             PDB ID HEADER line</li>
2226           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2227             is performed</li>
2228           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2229             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2230           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2231           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2232             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2233             option</li>
2234           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2235             is created on the alignment</li>
2236           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2237             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2238             pop-up menu</li>
2239         </ul>
2240         <em>Build and deployment</em>
2241         <ul>
2242           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2243             tags</li>
2244         </ul>
2245         <em>New Known Issues</em>
2246         <ul>
2247           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2248             on Windows</li>
2249         </ul>
2250       </div>
2251     </td>
2252     </tr>
2253     <tr>
2254       <td width="60" nowrap>
2255         <div align="center">
2256           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2257         </div>
2258       </td>
2259       <td><em>General</em>
2260         <ul>
2261           <li>
2262             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2263           </li>
2264           <li>
2265             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2266             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2267             better PDB parsing.
2268           </li>
2269           <li>
2270             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2271             reference sequence
2272           </li>
2273           <li>
2274             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2275             mousing over sequence associated annotation
2276           </li>
2277           <li>
2278             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2279             for manual entry
2280           </li>
2281           <li>
2282             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2283             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2284             for each column
2285           </li>
2286           <li>
2287             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2288             showing or hiding columns containing a feature
2289           </li>
2290           <li>
2291             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2292             group and sequence associated annotation labels
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2296             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2297             dialogs
2298           </li>
2299
2300         </ul> <em>Application</em>
2301         <ul>
2302           <li>
2303             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2304             gene/transcript view
2305           </li>
2306           <li>
2307             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2308             dialog
2309           </li>
2310           <li>
2311             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2312             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2316             Pfam sources to xfam.org
2317           </li>
2318           <li>
2319             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2323             over sequences in Jalview
2324           </li>
2325           <li>
2326             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2327             regions in ENA and EMBL
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2331             for record retrieval via ENA rest API
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2335             complement operator
2336           </li>
2337           <li>
2338             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2339             groovy script execution
2340           </li>
2341           <li>
2342             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2343             alignment window's Calculate menu
2344           </li>
2345           <li>
2346             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2347             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2348           </li>
2349           <li>
2350             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2351             calculation workers from groovy scripts
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2355             Jalview projects
2356           </li>
2357           <li>
2358             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2359             associations are now saved/restored from project
2360           </li>
2361           <li>
2362             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2363             before sequence fetcher is opened
2364           </li>
2365           <li>
2366             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2367             database chooser opens a sequence fetcher
2368           </li>
2369           <li>
2370             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2371             the UniProt REST API
2372           </li>
2373           <li>
2374             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2375             the news reader opening
2376           </li>
2377           <li>
2378             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2379             querying stored in preferences
2380           </li>
2381           <li>
2382             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2383             search results
2384           </li>
2385           <li>
2386             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2390             menu for nucleotide sequences
2391           </li>
2392           <li>
2393             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2394             and feature counts preserves alignment ordering (and
2395             debugged for complex feature sets).
2396           </li>
2397           <li>
2398             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2399             viewing structures with Jalview 2.10
2400           </li>
2401           <li>
2402             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2403             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2404             Ensembl Genomes REST API
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2408             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2409             (Ensembl)
2410           </li>
2411           <li>
2412             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2413             sequences
2414           </li>
2415           <li>
2416             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2417             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2418             data from external database records.
2419           </li>
2420           <li>
2421             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2422             efficient recovery of sequence coding and alignment
2423             annotation relationships.
2424           </li>
2425         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2426         <ul>
2427           <li>
2428             -- JAL---
2429           </li>
2430         </ul> --></td>
2431       <td>
2432         <div align="left">
2433           <em>General</em>
2434           <ul>
2435             <li>
2436               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2437               menu on OSX
2438             </li>
2439             <li>
2440               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2441               includes graduated colourschemes
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2445               working with big alignments and lots of hidden columns
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2449               at right of alignment window
2450             </li>
2451             <li>
2452               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2453               contents
2454             </li>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2457               for DNA alignments
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2461               based tree calculation
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2465               unconserved enabled for group on alignment
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2469               set as reference
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2473               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2474               annotation
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2478               hidden columns present
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2482               user created annotation added to alignment
2483             </li>
2484             <li>
2485               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2486               '()' base pair annotation
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2490               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2491               Consensus
2492             </li>
2493             <li>
2494               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2495               feature not working
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2499               beginning of sequence
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2503               entry 3a6s
2504             </li>
2505             <li>
2506               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2507               from a tree when t-coffee scores are shown
2508             </li>
2509             <li>
2510               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2511               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2515               some structures
2516             </li>
2517             <li>
2518               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2519               to Clustal, PIR and PileUp output
2520             </li>
2521             <li>
2522               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2523               not visible causes alignment window to repaint
2524             </li>
2525             <li>
2526               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2527               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2528               scores associated with features and annotation rows
2529             </li>
2530             <li>
2531               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2532               calculation should be case independent
2533             </li>
2534             <li>
2535               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2536               columns
2537             </li>
2538             <li>
2539               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2540               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2541               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2542             </li>
2543             <li>
2544               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2545               problems when reference sequence defined and 'show
2546               non-conserved' enabled
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2550               load even when Consensus calculation is disabled
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2554               alignment does nothing
2555             </li>
2556           </ul>
2557           <em>Application</em>
2558           <ul>
2559             <li>
2560               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2561               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2562               yet fixed for El Capitan)
2563             </li>
2564             <li>
2565               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2566               output when running on non-gb/us i18n platforms
2567             </li>
2568             <li>
2569               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2570               hidden sequences as flat-file alignment
2571             </li>
2572             <li>
2573               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2574               launching Chimera
2575             </li>
2576             <li>
2577               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2578               (also hotfix for 2.9.0b2)
2579             </li>
2580             <li>
2581               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2582               reference sequence defined
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2586               alignments and views when revealing hidden columns
2587             </li>
2588             <li>
2589               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2590               view in a cDNA/Protein splitframe
2591             </li>
2592             <li>
2593               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2594               sequence from project when only one sequence is
2595               represented
2596             </li>
2597             <li>
2598               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2599               in Structure Chooser
2600             </li>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2603               structure consensus didn't refresh annotation panel
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2607               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2608             </li>
2609             <li>
2610               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2611               dialogs format columns correctly, don't display array
2612               data, sort columns according to type
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2616               file chooser is cancelled during an image export
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2620               sequence name containing special characters
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2624               case insensitive
2625             </li>
2626             <li>
2627               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2628               formatting don't wrap
2629             </li>
2630             <li>
2631               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2632               truncated so L looks like I in consensus annotation
2633             </li>
2634             <li>
2635               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2636               currently displayed features for the current selection or
2637               view
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2641               after fetching cross-references, and restoring from
2642               project
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2646               followed in the structure viewer
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2650               splitframe not restored from project
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2654               trailing end of protein alignment in transcript/product
2655               splitview when pad-gaps not enabled by default
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2659               is case dependent
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2663               article has been read (reopened issue due to
2664               internationalisation problems)
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2668               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2669               cross-references
2670             </li>
2671
2672             <li>
2673               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2674               alignment as HTML
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2678               multiple structures are shown for one or more sequences.
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2682               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2683               is enabled.
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2687               specific PDB id for sequence
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2691               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2692               columns' is disabled.
2693             </li>
2694             <li>
2695               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2696               selects lowest rather than highest resolution structures
2697               for each sequence
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2701               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2702             </li>
2703             <li>
2704               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2705               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2706             </li>
2707             <li>
2708               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2709               after clicking on it to create new annotation for a
2710               column.
2711             </li>
2712             <li>
2713               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2714               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2715             </li>
2716             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2717             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2718           </ul>
2719           <em>Applet</em>
2720           <ul>
2721             <li>
2722               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2723               hidden columns present before start of sequence
2724             </li>
2725             <li>
2726               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2727               (JSON jars)
2728             </li>
2729             <li>
2730               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2731               sequences are hidden in applet
2732             </li>
2733             <li>
2734               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2735               deployment on examples pages.
2736             </li>
2737           </ul>
2738         </div>
2739       </td>
2740     </tr>
2741     <tr>
2742       <td width="60" nowrap>
2743         <div align="center">
2744           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2745             <em>16/10/2015</em></strong>
2746         </div>
2747       </td>
2748       <td><em>General</em>
2749         <ul>
2750           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2751             jars</li>
2752         </ul></td>
2753       <td>
2754         <div align="left">
2755           <em>Application</em>
2756           <ul>
2757             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2758               shown when tree is partitioned</li>
2759             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2760               multiple cDNA/Protein split views</li>
2761           </ul>
2762         </div>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td width="60" nowrap>
2767         <div align="center">
2768           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2769             <em>8/10/2015</em></strong>
2770         </div>
2771       </td>
2772       <td><em>General</em>
2773         <ul>
2774           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2775             2.9</li>
2776         </ul> <em>Application</em>
2777         <ul>
2778           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2779           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2780           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2781         </ul> <em>Applet</em>
2782         <ul>
2783           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2784         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2785         <ul>
2786           <li>
2787             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2788             suite
2789           </li>
2790         </ul></td>
2791       <td>
2792         <div align="left">
2793           <em>General</em>
2794           <ul>
2795             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2796               incorrect when sequence start > 1</li>
2797             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2798               documentation</li>
2799             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2800             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2801               loading a features file containing HTML tags in feature
2802               description</li>
2803
2804           </ul>
2805           <em>Application</em>
2806           <ul>
2807             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2808               reimport</li>
2809             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2810               with 'trim retrieved sequences'</li>
2811             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2812               deleting selected columns</li>
2813             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2814               JNLP templates for webstart launch</li>
2815             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2816               unreleased structures for download or viewing</li>
2817             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2818               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2819             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2820               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2821             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2822               recovered from jalview project</li>
2823             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2824               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2825               alignment view</li>
2826             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2827               color schemes from BioJSON</li>
2828           </ul>
2829           <em>Applet</em>
2830           <ul>
2831             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2832               frame</li>
2833             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2834           </ul>
2835         </div>
2836       </td>
2837     </tr>
2838     <tr>
2839       <td><div align="center">
2840           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2841         </div></td>
2842       <td><em>General</em>
2843         <ul>
2844           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2845             alignments:
2846             <ul>
2847               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2848                 and DNA alignment views</li>
2849               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2850                 cDNA alignment views</li>
2851               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2852                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2853               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2854                 protein sequences</li>
2855             </ul>
2856           </li>
2857           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2858           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2859             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2860           <li>New alignment annotation file statements for
2861             reference sequences and marking hidden columns</li>
2862           <li>Reference sequence based alignment shading to
2863             highlight variation</li>
2864           <li>Select or hide columns according to alignment
2865             annotation</li>
2866           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2867           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2868             acid conservation row</li>
2869           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2870         </ul> <em>Application</em>
2871         <ul>
2872           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2873             <ul>
2874               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2875                 view with cDNA/Protein</li>
2876               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2877                 sequences are placed in the same alignment</li>
2878               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2879                 projects</li>
2880             </ul>
2881           </li>
2882
2883           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2884           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2885             Jalview windows</li>
2886
2887           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2888           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2889           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2890             be shown in VARNA</li>
2891
2892           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2893             as the active selected region</li>
2894
2895           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2896             similarity</li>
2897           <li>New Export options
2898             <ul>
2899               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2900                 region export in flat file generation</li>
2901
2902               <li>Export alignment views for display with the <a
2903                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2904
2905               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2906               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2907                 alignment figures to HTML</li>
2908           </li>
2909           <li>3D structure retrieval and display
2910             <ul>
2911               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2912                 Search API</li>
2913               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2914                 PDB structures for a sequence set</li>
2915             </ul>
2916           </li>
2917
2918           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2919             predictions</li>
2920           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2921             for one or a group of sequences</li>
2922           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2923             from the JPred4 web server</li>
2924           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2925             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2926             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2927           </li>
2928           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2929             VARNA 2D Structure'</li>
2930           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2931             Structure ..."</li>
2932
2933         </ul> <em>Applet</em>
2934         <ul>
2935           <li>New layout for applet example pages</li>
2936           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2937             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2938           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2939             Protein alignments</li>
2940         </ul> <em>Development and deployment</em>
2941         <ul>
2942           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2943           <li>Include installation type and git revision in build
2944             properties and console log output</li>
2945           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2946             storing BioJsMSA Templates</li>
2947           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2948         </ul></td>
2949       <td>
2950         <!-- <em>General</em>
2951         <ul>
2952         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2953         <ul>
2954           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2955           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2956           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2957             predictions are not highlighted in amber</li>
2958           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2959             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2960           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2961             associated structure views</li>
2962           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2963             width checkbox not enabled</li>
2964           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2965             creating user defined colours</li>
2966           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2967             mappings for just that viewer's sequences</li>
2968           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2969             multiple models in Chimera</li>
2970           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2971             over Jmol structure</li>
2972           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2973             output to text box</li>
2974           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2975             have incorrect sequence start/end</li>
2976           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2977             Jalview fails</li>
2978           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2979             work for nucleotide</li>
2980           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2981             to a grey/invisible alignment window</li>
2982           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2983             imports to different position</li>
2984           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2985             on some platforms</li>
2986           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2987             populated</li>
2988           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2989             console if Chimera has been opened</li>
2990           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2991           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2992             retrieved</li>
2993           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2994           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2995             either sequence shows on first structure</li>
2996           <li>'Show annotations' options should not make
2997             non-positional annotations visible</li>
2998           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2999             in right place after 'view flanking regions'</li>
3000           <li>File Save As type unset when current file format is
3001             unknown</li>
3002           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3003             projects</li>
3004           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3005             responsive</li>
3006           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3007             several views on same alignment</li>
3008           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3009           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3010             spaces</li>
3011         </ul> <em>Applet</em>
3012         <ul>
3013           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3014           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3015             descriptions containing angle brackets</li>
3016         </ul> <em>General</em>
3017         <ul>
3018           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3019             via jalview annotation file</li>
3020           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3021             with RNA secondary structure</li>
3022           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3023             translation doesn't work.</li>
3024           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3025           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3026             positions</li>
3027           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3028             choosing 1pt font</li>
3029           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3030             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3031             'h'</li>
3032           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3033             new feature</li>
3034           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3035             order dependent</li>
3036           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3037             sequences</li>
3038           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3039         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3040         <ul>
3041           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3042             www.jalview.org</li>
3043         </ul> <em>Application Known issues</em>
3044         <ul>
3045           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3046           <li>Misleading message appears after trying to delete
3047             solid column.</li>
3048           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3049             version launches</li>
3050           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3051             fails with a sequence mismatch</li>
3052           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3053             scrolling alignment to right</li>
3054           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3055             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3056           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3057             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3058           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3059             ultra-high resolution</li>
3060           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3061             quality and conservation</li>
3062           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3063             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3064         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3065         <ul>
3066           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3067           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3068             window is being resized</li>
3069
3070         </ul>
3071       </td>
3072     </tr>
3073     <tr>
3074       <td><div align="center">
3075           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3076         </div></td>
3077       <td><em>General</em>
3078         <ul>
3079           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3080             Certum.PL.</li>
3081           <li>Features and annotation preserved when performing
3082             pairwise alignment</li>
3083           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3084             imported/exported/displayed</li>
3085           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3086             protein secondary structure</li>
3087           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3088               post-hoc with 2.9 release</em>)
3089           </li>
3090
3091         </ul> <em>Application</em>
3092         <ul>
3093           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3094             with 3D structures</li>
3095           <li>Support for parsing RNAML</li>
3096           <li>Annotations menu for layout
3097             <ul>
3098               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3099               <li>place sequence annotation above/below alignment
3100                 annotation</li>
3101             </ul>
3102           <li>Output in Stockholm format</li>
3103           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3104             translation</li>
3105           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3106           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3107             shared between alignments</li>
3108           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3109             Jalview</li>
3110           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3111             all or current selection</li>
3112           <li>disorder and secondary structure predictions
3113             available as dataset annotation</li>
3114           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3115
3116
3117           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3118             alignments from Rfam</li>
3119           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3120
3121           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3122             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3123           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3124           <li>include installation type in build properties and
3125             console log output</li>
3126           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3127             annotation</li>
3128         </ul></td>
3129       <td>
3130         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3131         <ul>
3132           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3133             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3134           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3135             alignment</li>
3136           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3137           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3138           <li>Double click on sequence associated annotation
3139             selects only first column</li>
3140           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3141             leaves shown in tree</li>
3142           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3143             properly</li>
3144           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3145           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3146             screen and buttons not visible</li>
3147           <li>author list isn't updated if already written to
3148             Jalview properties</li>
3149           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3150             from database</li>
3151           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3152           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3153             browser search window</li>
3154           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3155             in feature settings dialog</li>
3156           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3157             desktop</li>
3158           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3159             pass validation</li>
3160           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3161             fit on screen</li>
3162           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3163             tooltip</li>
3164           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3165             defined user preset</li>
3166           <li>MSA web services warns user if they were launched
3167             with invalid input</li>
3168           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3169             Java 8</li>
3170           <li>
3171             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3172             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3173             created
3174           </li>
3175
3176         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3177         <ul>
3178         </ul> <em>General</em>
3179         <ul>
3180         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3181         <ul>
3182           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3183             memory allocation</li>
3184           <li>launchApp service doesn't automatically open
3185             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3186           <li>
3187             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3188             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3189             1.7_055 is available
3190           </li>
3191         </ul> <em>Application Known issues</em>
3192         <ul>
3193           <li>
3194             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3195             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3196             alignment to right
3197           </li>
3198           <li>
3199             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3200             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3201             with large number of ID
3202           </li>
3203           <li>
3204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3205             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3206             start/end
3207           </li>
3208           <li>
3209             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3210             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3211             structure tracks are rearranged
3212           </li>
3213           <li>
3214             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3215             invalid rna structure positional highlighting does not
3216             highlight position of invalid base pairs
3217           </li>
3218           <li>
3219             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3220             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3221             project from alignment window file menu
3222           </li>
3223           <li>
3224             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3225             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3226             structures
3227           </li>
3228           <li>
3229             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3230             colour by RNA Helices not enabled when user created
3231             annotation added to alignment
3232           </li>
3233           <li>
3234             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3235             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3236           </li>
3237         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3238         <ul>
3239           <li>
3240             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3241             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3242           </li>
3243           <li>
3244             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3245             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3246           </li>
3247
3248           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3249             when selected</li>
3250         </ul>
3251       </td>
3252     </tr>
3253     <tr>
3254       <td><div align="center">
3255           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3256         </div></td>
3257       <td>
3258         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3259         <em>General</em>
3260         <ul>
3261           <li>Internationalisation of user interface (usually
3262             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3263           <li>Define/Undefine group on current selection with
3264             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3265           <li>Improved group creation/removal options in
3266             alignment/sequence Popup menu</li>
3267           <li>Sensible precision for symbol distribution
3268             percentages shown in logo tooltip.</li>
3269           <li>Annotation panel height set according to amount of
3270             annotation when alignment first opened</li>
3271         </ul> <em>Application</em>
3272         <ul>
3273           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3274             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3275           <li>Select columns containing particular features from
3276             Feature Settings dialog</li>
3277           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3278             sequences</li>
3279           <li>Update Jalview project format:
3280             <ul>
3281               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3282               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3283                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3284               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3285                 colouring</li>
3286             </ul>
3287           </li>
3288           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3289             (PAM250)</li>
3290           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3291             flanking regions for an alignment</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3296         <ul>
3297           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3298             running after job is cancelled</li>
3299           <li>cannot export features from alignments imported from
3300             Jalview/VAMSAS projects</li>
3301           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3302             float values</li>
3303           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3304             have 'display all symbols' flag set</li>
3305           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3306             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3307           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3308             Jalview</li>
3309           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3310             Lion/Webstart</li>
3311           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3312           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3313           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3314             alignment onto desktop</li>
3315           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3316             'extract scores' function</li>
3317           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3318             alignment window</li>
3319           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3320             performing IUPred disorder prediction</li>
3321           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3322             changing 'normalise logo' display setting</li>
3323           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3324             nothing matches query</li>
3325           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3326             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3327           </li>
3328           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3329             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3330           </li>
3331           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3332             Jalview's menu</li>
3333           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3334             'invalid literal/length code'</li>
3335           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3336             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3337           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3338             colourscheme</li>
3339
3340         </ul> <em>Applet</em>
3341         <ul>
3342           <li>Remove group option is shown even when selection is
3343             not a group</li>
3344           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3345             don't affect groups</li>
3346           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3347             colourscheme name</li>
3348           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3349             Annotation panel is not displayed</li>
3350           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3351             embedded windows</li>
3352         </ul> <em>Other</em>
3353         <ul>
3354           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3355             single sequence were not calculated</li>
3356           <li>annotation files that contain only groups imported as
3357             annotation and junk sequences</li>
3358           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3359             recognised as PFAM or BLC</li>
3360           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3361             doesn't affect background (2.8.0b1)
3362           <li></li>
3363           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3364           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3365             trailing gaps</li>
3366           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3367             registered correctly on import</li>
3368           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3369             certain alignments</li>
3370           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3371             existing annotation based 'use original colours'
3372             colourscheme loses original colours setting</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375     </tr>
3376     <tr>
3377       <td><div align="center">
3378           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3379             <em>30/1/2014</em></strong>
3380         </div></td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3384             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3385             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3386             open source project).
3387           </li>
3388           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3389           <li>Output in Stockholm format</li>
3390           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3391           <li>Export/import group and sequence associated line
3392             graph thresholds</li>
3393           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3394             ambiguity codes</li>
3395           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3396             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3397             works</li>
3398           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3399         </ul> <em>Other improvements</em>
3400         <ul>
3401           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3402           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3403             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3404           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3405             files</li>
3406           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3407           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3408             link but no description</li>
3409           <li>Select primary source when selecting authority in
3410             database fetcher GUI</li>
3411           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3412             Jalview</li>
3413           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3414         </ul>
3415       </td>
3416       <td>
3417         <ul>
3418           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3419             displayed</li>
3420           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3421             secondary structure annotation line</li>
3422           <li>Sequence database accessions not imported when
3423             fetching alignments from Rfam</li>
3424           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3425             identical IDs</li>
3426           <li>View all structures does not always superpose
3427             structures</li>
3428           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3429             reflect user or preset settings</li>
3430           <li>Null pointer exceptions for some services without
3431             presets or adjustable parameters</li>
3432           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3433             discover PDB xRefs</li>
3434           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3435             features with DAS</li>
3436           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3437             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3438           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3439             residue follows a gap</li>
3440           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3441             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3442           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3443             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3444           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3445             annotation already exists on alignment</li>
3446           <li>oninit javascript function should be called after
3447             initialisation completes</li>
3448           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3449             alignment window display</li>
3450           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3451           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3452             to annotation file</li>
3453           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3454             groups created</li>
3455           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3456             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3457           <li>Pressing return several times causes Number Format
3458             exceptions in keyboard mode</li>
3459           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3460             correct partitions for input data</li>
3461           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3462           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3463           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3464           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3465             mode</li>
3466           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3467             changes one row&#39;s threshold</li>
3468           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3469             doesn&#39;t open</li>
3470           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3471             quality histograms</li>
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td><div align="center">
3477           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3478         </div></td>
3479       <td><em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3482             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3483           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3484             preferences</li>
3485           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3486             in Jalview alignment window</li>
3487           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3488             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3489           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3490             RNA and ambiguity codes</li>
3491
3492           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3493           <li>Support fetching and database reference look up
3494             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3495             refs')</li>
3496           <li>Jalview project improvements
3497             <ul>
3498               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3499                 flag for annotation</li>
3500               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3501                 alignment</li>
3502               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3503                 Jalview project</li>
3504
3505             </ul>
3506           </li>
3507           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3508           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3509             running</li>
3510           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3511           <li>visual indication that web service results are still
3512             being retrieved from server</li>
3513           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3514             starts up for first time</li>
3515           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3516             services</li>
3517           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3518             client library</li>
3519           <li>Examples directory and Groovy library included in
3520             InstallAnywhere distribution</li>
3521         </ul> <em>Applet</em>
3522         <ul>
3523           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3524             visualization applet example</li>
3525         </ul> <em>General</em>
3526         <ul>
3527           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3528           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3529             defaults</li>
3530           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3531             calculation</li>
3532           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3533             matrices
3534           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3535             in HTML</li>
3536           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3537             structure contacts</li>
3538           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3539           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3540           <li>Parse sequence associated secondary structure
3541             information in Stockholm files</li>
3542           <li>HTML Export database accessions and annotation
3543             information presented in tooltip for sequences</li>
3544           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3545             style RNA alignment files</li>
3546           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3547             alignment</li>
3548           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3549             shade each sequence according to its associated alignment
3550             annotation</li>
3551           <li>New Jalview Logo</li>
3552         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3553         <ul>
3554           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3555           <li>New Website!</li>
3556         </ul></td>
3557       <td><em>Application</em>
3558         <ul>
3559           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3560             wsdbfetch REST service</li>
3561           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3562           <li>Filetype associations not installed for webstart
3563             launch</li>
3564           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3565             job execution in full once it is complete</li>
3566           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3567             uploaded via ali_file parameter</li>
3568           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3569           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3570           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3571             submitted for prediction</li>
3572           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3573             desktop window</li>
3574           <li>Putting fractional value into integer text box in
3575             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3576           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3577             windows 7</li>
3578           <li>View all structures fails with exception shown in
3579             structure view</li>
3580           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3581             escaped in a platform independent way</li>
3582           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3583             using proxy</li>
3584           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3585             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3586           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3587             failure when java web start temporary file caching is
3588             disabled</li>
3589           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3590             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3591           <li>Errors during processing of command line arguments
3592             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3593           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3594             DAS sources in sequence fetcher</li>
3595           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3596             dialog is shown</li>
3597           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3598           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3599           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3600           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3601             on OSX Mountain Lion</li>
3602           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3603             sequences with alignment annotation are pasted into the
3604             alignment</li>
3605           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3606             when loaded from Jalview project</li>
3607           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3608           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3609             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3610           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3611             associated with all views</li>
3612           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3613             annotation rows to new window</li>
3614         </ul> <em>Applet</em>
3615         <ul>
3616           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3617             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3618           <li>loading features via javascript API automatically
3619             enables feature display</li>
3620           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3621             work</li>
3622         </ul> <em>General</em>
3623         <ul>
3624           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3625           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3626             and then deselected</li>
3627           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3628           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3629             coloured with clustalx</li>
3630           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3631             exceptions and redraw errors</li>
3632           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3633             reconfigured view</li>
3634           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3635             colour</li>
3636           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3637             for lots of labels</li>
3638         </ul>
3639     </tr>
3640     <tr>
3641       <td>
3642         <div align="center">
3643           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3644         </div>
3645       </td>
3646       <td><em>Application</em>
3647         <ul>
3648           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3649           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3650           <li>View/alignment association menu to enable user to
3651             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3652             its colours/correspondences from</li>
3653           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3654           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3655             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3656           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3657           <li>Annotation row column label formatting attributes
3658             stored in project file</li>
3659           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3660             rows preserved in Jalview project file</li>
3661           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3662             saved using Desktop window menu</li>
3663           <li>Visual indication that command line arguments are
3664             still being processed</li>
3665           <li>Groovy script execution from URL</li>
3666           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3667             preferences</li>
3668           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3669             alignment with sequences that have high similarity and
3670             matching IDs</li>
3671           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3672           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3673             structures in same window</li>
3674           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3675           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3676             analysis function in its own submenu</li>
3677         </ul> <em>Applet</em>
3678         <ul>
3679           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3680             groups</li>
3681           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3682           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3683           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3684           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3685           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3686             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3687           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3688           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3689             parameters are treated as such</li>
3690           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3691             <ul>
3692               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3693               <li>Javascript callbacks for
3694                 <ul>
3695                   <li>Applet initialisation</li>
3696                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3697                 </ul>
3698               </li>
3699               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3700                 functions</li>
3701               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3702               <li>javascript structure viewer harness to pass
3703                 messages between Jmol and Jalview when running as
3704                 distinct applets</li>
3705               <li>sortBy method</li>
3706               <li>Set of applet and application examples shipped
3707                 with documentation</li>
3708               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3709                 javascript message exchange</li>
3710             </ul>
3711         </ul> <em>General</em>
3712         <ul>
3713           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3714             multiple alignments</li>
3715           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3716           <li>User configurable link to enable redirects to a
3717             www.Jalview.org mirror</li>
3718           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3719           <li>Configurable newline string when writing alignment
3720             and other flat files</li>
3721           <li>Allow alignment annotation description lines to
3722             contain html tags</li>
3723         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3724         <ul>
3725           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3726             examples</li>
3727           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3728             using a web service before displaying the result in the
3729             Jalview desktop</li>
3730           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3731           <li>Ant target to publish example html files with applet
3732             archive</li>
3733           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3734           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3735         </ul></td>
3736       <td><em>Application</em>
3737         <ul>
3738           <li>User defined colourscheme throws exception when
3739             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3740           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3741             dialog for valid filename/format</li>
3742           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3743           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3744             P37173</li>
3745           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3746             which sequence is to be associated with the file</li>
3747           <li>Find All raises null pointer exception when query
3748             only matches sequence IDs</li>
3749           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3750           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3751             2.4 cannot be loaded</li>
3752           <li>Filetype associations not installed for webstart
3753             launch</li>
3754           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3755             with sequences in different alignments do not get coloured
3756             by their associated sequence</li>
3757           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3758             not preserved when project is loaded</li>
3759           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3760             stored in Jalview project</li>
3761           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3762             Jalview project</li>
3763           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3764           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3765             by conservation</li>
3766           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3767             created on new view</li>
3768           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3769             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3770           <li>Alignment quality not updated after alignment
3771             annotation row is hidden then shown</li>
3772           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3773             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3774           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3775             properly</li>
3776           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3777             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3778           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3779           <li>Structures imported from file and saved in project
3780             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3781           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3782             job execution in full once it is complete</li>
3783         </ul> <em>Applet</em>
3784         <ul>
3785           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3786             annotation rows are displayed</li>
3787           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3788             codebase</li>
3789           <li>View follows highlighting does not work for positions
3790             in sequences</li>
3791           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3792           <li>Export features raises exception when no features
3793             exist</li>
3794           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3795             for javascript api is modified when separator string
3796             provided as parameter</li>
3797           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3798             alignment with no existing selection</li>
3799           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3800             to applet&#39;s codebase</li>
3801           <li>Status bar not updated after finished searching and
3802             search wraps around to first result</li>
3803           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3804             several Jalview applets causes race conditions and memory
3805             leaks</li>
3806           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3807             not sent from Jmol in applet</li>
3808           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3809             applet API fatally hang browser</li>
3810         </ul> <em>General</em>
3811         <ul>
3812           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3813             position with wrapped view and hidden regions</li>
3814           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3815             with/without hidden columns</li>
3816           <li>Sequence length given in alignment properties window
3817             is off by 1</li>
3818           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3819             import PDB like structure files</li>
3820           <li>Positional search results are only highlighted
3821             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3822           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3823           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3824             given sequence position</li>
3825           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3826             output</li>
3827           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3828             from nucleotide chains correctly</li>
3829           <li>Structure colours not updated when tree partition
3830             changed in alignment</li>
3831           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3832             parsed in interleaved stockholm</li>
3833           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3834             state</li>
3835           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3836             properly</li>
3837           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3838             properly associated with their pdb files</li>
3839         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3840         <ul>
3841           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3842             ApplyCopyright tool</li>
3843         </ul></td>
3844     </tr>
3845     <tr>
3846       <td>
3847         <div align="center">
3848           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3849         </div>
3850       </td>
3851       <td><em>Application</em>
3852         <ul>
3853           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3854             contact web services</li>
3855           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3856             service job window</li>
3857           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3858         </ul></td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3862             pir file emitted by Jalview</li>
3863           <li>Existing feature settings transferred to new
3864             alignment view created from cut'n'paste</li>
3865           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3866             parsing PDB files</li>
3867           <li>Consensus and conservation annotation rows
3868             occasionally become blank for all new windows</li>
3869           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3870             in wrapped view mode</li>
3871         </ul> <em>Application</em>
3872         <ul>
3873           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3874             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3875           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3876             parameter names</li>
3877           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3878             is down</li>
3879         </ul>
3880       </td>
3881     </tr>
3882     <tr>
3883       <td>
3884         <div align="center">
3885           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3886         </div>
3887       </td>
3888       <td><em>Application</em>
3889         <ul>
3890           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3891             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3892             (JABAWS)
3893           </li>
3894           <li>Web Services preference tab</li>
3895           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3896             preferences</li>
3897           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3898           <li>Superpose structures using associated sequence
3899             alignment</li>
3900           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3901             viewer</li>
3902         </ul> <em>Applet</em>
3903         <ul>
3904           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3905             link out mechanism</li>
3906         </ul> <em>Other</em>
3907         <ul>
3908           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3909             series 12</li>
3910           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3911             require Java 1.5</li>
3912           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3913             sequence annotation files</li>
3914           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3915             type colour specification</li>
3916           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3917             script to check if it being run in an interactive session or
3918             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3919         </ul></td>
3920       <td>
3921         <ul>
3922           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3923             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3924         </ul> <em>Application</em>
3925         <ul>
3926           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3927             selected Regions menu item</li>
3928           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3929             part of a valid accession ID</li>
3930           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3931             runs out of memory</li>
3932           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3933             analysis results</li>
3934           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3935             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3936           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3937         </ul> <em>Applet</em>
3938         <ul>
3939           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3940             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3941             defined.</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944     </tr>
3945     <tr>
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td></td>
3952       <td>
3953         <ul>
3954           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3955             sequence IDs</li>
3956           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3957             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3958           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3959             import correctly</li>
3960           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3961             number of columns are hidden</li>
3962           <li>annotation label popup menu not providing correct
3963             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3964             present</li>
3965           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3966             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3967           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3968             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3969
3970         </ul> <em>Applet</em>
3971         <ul>
3972           <li>annotation panel disappears when annotation is
3973             hidden/removed</li>
3974         </ul> <em>Application</em>
3975         <ul>
3976           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3977             alignment opened where annotation panel is visible but no
3978             annotations are present on alignment</li>
3979           <li>pasted region containing hidden columns is
3980             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3981           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3982             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3983           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3984             selected Rregions menu item.</li>
3985           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3986             'Un' or 'Non'conserved</li>
3987           <li>Sequence feature settings are being shared by
3988             multiple distinct alignments</li>
3989           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3990             changed</li>
3991           <li>double click on group annotation to select sequences
3992             does not propagate to associated trees</li>
3993           <li>Mac OSX specific issues:
3994             <ul>
3995               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3996                 window background</li>
3997               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3998                 name set correctly</li>
3999               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4000                 save feature colourscheme button</li>
4001             </ul>
4002           </li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005     </tr>
4006     <tr>
4007
4008       <td>
4009         <div align="center">
4010           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4011         </div>
4012       </td>
4013       <td><em>New Capabilities</em>
4014         <ul>
4015           <li>URL links generated from description line for
4016             regular-expression based URL links (applet and application)
4017
4018           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4019             menu</li>
4020           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4021             structures</li>
4022           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4023             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4024           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4025             average score or total feature count for each sequence.</li>
4026           <li>Shading features by score or associated description</li>
4027           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4028             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4029           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4030             hide everything but the currently selected region.</li>
4031           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4032         </ul> <em>Application</em>
4033         <ul>
4034           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4035             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4036           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4037             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4038           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4039             database references and protein_name is parsed as
4040             description line (BioSapiens terms).</li>
4041           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4042             references in sequence ID tooltip from View menu in
4043             application.</li>
4044           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4045       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4046           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4047             conservation plots</li>
4048           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4049             and visualized as sequence logos</li>
4050           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4051             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4052           </li>
4053           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4054             when a new tree is opened.</li>
4055           <li>Jalview Java Console</li>
4056           <li>Better placement of desktop window when moving
4057             between different screens.</li>
4058           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4059             consensus annotation</li>
4060           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4061             Workflows</li>
4062           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4063             <ul>
4064               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4065                 used to preserve views, structures, and tree display
4066                 settings)</li>
4067               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4068                 command line</li>
4069               <li>Sharing of selected regions between views and
4070                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4071               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4072             </ul></li>
4073         </ul> <em>Applet</em>
4074         <ul>
4075           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4076           <li>New Parameters
4077             <ul>
4078               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4079                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4080                 opened.</li>
4081               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4082                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4083               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4084                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4085               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4086                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4087                 view</li>
4088               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4089                 increase the height or width of a cell in the alignment
4090                 grid relative to the current font size.</li>
4091             </ul>
4092           </li>
4093           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4094             tooltip</li>
4095         </ul> <em>Other</em>
4096         <ul>
4097           <li>Features format: graduated colour definitions and
4098             specification of feature scores</li>
4099           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4100             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4101             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4102           <li>XML formats extended to support graduated feature
4103             colourschemes, group associated annotation, and profile
4104             visualization settings.</li></td>
4105       <td>
4106         <ul>
4107           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4108             rather than description</li>
4109           <li>Non-positional features are now included in sequence
4110             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4111             visibility in tooltip).</li>
4112           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4113           <li>Added URL embedding instructions to features file
4114             documentation.</li>
4115           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4116             'X' in peptide product</li>
4117           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4118             sequence ID and sequence string and query strings do not
4119             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4120           <li>AMSA files only contain first column of
4121             multi-character column annotation labels</li>
4122           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4123             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4124             exported and re-imported)</li>
4125           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4126             name</li>
4127           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4128             as subsequence matches, and correctly reports total number
4129             of both.</li>
4130           <li>Application:
4131             <ul>
4132               <li>Better handling of exceptions during sequence
4133                 retrieval</li>
4134               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4135                 link text excludes the start_end suffix</li>
4136               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4137                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4138               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4139               <li>Sequence description lines properly shared via
4140                 VAMSAS</li>
4141               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4142                 data sources</li>
4143               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4144                 completes before alignment figures are generated.</li>
4145               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4146                 first time.</li>
4147               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4148                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4149               <li>User defined group colours properly recovered
4150                 from Jalview projects.</li>
4151             </ul>
4152           </li>
4153         </ul>
4154       </td>
4155
4156     </tr>
4157     <tr>
4158       <td>
4159         <div align="center">
4160           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4161         </div>
4162       </td>
4163       <td>
4164         <ul>
4165           <li>Experimental support for google analytics usage
4166             tracking.</li>
4167           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4168         </ul>
4169       </td>
4170       <td>
4171         <ul>
4172           <li>Race condition in applet preventing startup in
4173             jre1.6.0u12+.</li>
4174           <li>Exception when feature created from selection beyond
4175             length of sequence.</li>
4176           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4177           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4178             all sequences with a given id</li>
4179           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4180             ID string searches</li>
4181           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4182             alignment to fail with exception</li>
4183         </ul> <em>Application Issues</em>
4184         <ul>
4185           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4186           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4187             data sources</li>
4188         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4189         <ul>
4190           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4191             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4192           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4193             version (java class versioning error fixed)</li>
4194         </ul>
4195       </td>
4196     </tr>
4197     <tr>
4198       <td>
4199
4200         <div align="center">
4201           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4202         </div>
4203       </td>
4204       <td><em>User Interface</em>
4205         <ul>
4206           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4207             translation and protein products</li>
4208           <li>Linked highlighting of structure associated with
4209             residue mapping to codon position</li>
4210           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4211             and 'clear' button</li>
4212           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4213             Tools menu</li>
4214           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4215             numeric data in description line</li>
4216           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4217           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4218             of sequence</li>
4219         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4220         <ul>
4221           <li>JPred3 web service</li>
4222           <li>Prototype sequence search client (no public services
4223             available yet)</li>
4224           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4225             PFAM</li>
4226           <li>URL Links created for matching database cross
4227             references as well as sequence ID</li>
4228           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4229         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4230         <ul>
4231           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4232             databases</li>
4233           <li>Generalised database reference retrieval and
4234             validation to all fetchable databases</li>
4235           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4236             sequence command</li>
4237         </ul> <em>Import and Export</em>
4238         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4239         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4240           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4241         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4242           File</li>
4243         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4244           triplet as name of colourscheme</li>
4245         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4246         <ul>
4247           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4248           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4249             alignments (experimental)</li>
4250           <li>Create new or select existing session to join</li>
4251           <li>load and save of vamsas documents</li>
4252         </ul> <em>Application command line</em>
4253         <ul>
4254           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4255             from applet)</li>
4256           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4257             of DAS servers to query for alignment features</li>
4258           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4259             that are also automatically queried for features</li>
4260           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4261             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4262         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4263         <ul>
4264           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4265             application (when using &quot;View in full
4266             application&quot;)</li>
4267         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4268         <ul>
4269           <li>feature group display control parameter</li>
4270           <li>debug parameter</li>
4271           <li>showbutton parameter</li>
4272         </ul> <em>Applet API methods</em>
4273         <ul>
4274           <li>newView public method</li>
4275           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4276           <li>Feature display control methods</li>
4277           <li>get list of currently selected sequences</li>
4278         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4279         <ul>
4280           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4281           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4282             Jalview release.</li>
4283           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4284             property controls execution of obfuscator</li>
4285           <li>Build target for generating source distribution</li>
4286           <li>Debug flag for javacc</li>
4287           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4288             jalview.bin.Cache</li>
4289           <li>Continuous Build Integration for stable and
4290             development version of Application, Applet and source
4291             distribution</li>
4292         </ul></td>
4293       <td>
4294         <ul>
4295           <li>selected region output includes visible annotations
4296             (for certain formats)</li>
4297           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4298             for editing</li>
4299           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4300           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4301           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4302           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4303             comments</li>
4304           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4305             filenames containing a ':'</li>
4306           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4307             global sequence features</li>
4308           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4309             references from alignment sequences goes to zero</li>
4310           <li>Close of tree branch colour box without colour
4311             selection causes cascading exceptions</li>
4312           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4313           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4314             file parsing fails.</li>
4315           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4316           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4317             not a valid output format</li>
4318           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4319             vamsas</li>
4320           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4321           <li>error messages passed up and output when data read
4322             fails</li>
4323           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4324             sequence is edited</li>
4325           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4326             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4327           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4328             filetype</li>
4329           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4330             import fixed for PFAM records</li>
4331           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4332             window list</li>
4333           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4334             can be read and written correctly to annotation file</li>
4335           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4336             correctly</li>
4337           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4338             non-italic font for representatives in Applet</li>
4339           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4340             Macs.</li>
4341           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4342             Applet)</li>
4343           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4344             due to null pointer exceptions</li>
4345           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4346             first column of alignment</li>
4347           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4348             July 2008</li>
4349           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4350             file is case-insensitive</li>
4351           <li>Sequence features read from Features file appended to
4352             all sequences with matching IDs</li>
4353           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4354             containing a sub-sequence</li>
4355           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4356           <li>feature and annotation file applet parameters
4357             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4358           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4359           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4360             splash-screen version check to complete</li>
4361           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4362             when passing them to the launchApp service</li>
4363           <li>display name and local features preserved in results
4364             retrieved from web service</li>
4365           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4366             sequence fetcher initialisation</li>
4367           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4368             dasobert DAS client</li>
4369           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4370             association</li>
4371           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4372             sequences
4373           </li>
4374         </ul>
4375       </td>
4376     </tr>
4377     <tr>
4378       <td>
4379         <div align="center">
4380           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4381         </div>
4382       </td>
4383       <td>
4384         <ul>
4385           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4386           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4387           <li>Slide sequences</li>
4388           <li>Edit sequence in place</li>
4389           <li>EMBL CDS features</li>
4390           <li>DAS Feature mapping</li>
4391           <li>Feature ordering</li>
4392           <li>Alignment Properties</li>
4393           <li>Annotation Scores</li>
4394           <li>Sort by scores</li>
4395           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398       <td>
4399         <ul>
4400           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4401           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4402           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4403           <li>Feature group display state in XML</li>
4404           <li>Feature ordering in XML</li>
4405           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4406           <li>Stockholm alignment properties</li>
4407           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4408           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4409           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4410           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4411         </ul>
4412       </td>
4413
4414     </tr>
4415     <tr>
4416       <td>
4417         <div align="center">
4418           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4419         </div>
4420       </td>
4421       <td>
4422         <ul>
4423           <li>Non standard characters can be read and displayed
4424           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4425             applet via textbox
4426           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4427             name &amp; description
4428           <li>Preference setting to display sequence name in
4429             italics
4430           <li>Annotation file format extended to allow
4431             Sequence_groups to be defined
4432           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4433             specified in preferences
4434           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4435             sequences
4436         </ul>
4437       </td>
4438       <td>
4439         <ul>
4440           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4441             installed
4442           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4443           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4444         </ul>
4445       </td>
4446     </tr>
4447     <tr>
4448       <td>
4449         <div align="center">
4450           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4451         </div>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>Multiple views on alignment
4456           <li>Sequence feature editing
4457           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4458           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4459           <li>Background dependent text colour
4460           <li>Right align sequence ids
4461           <li>User-defined lower case residue colours
4462           <li>Format Menu
4463           <li>Select Menu
4464           <li>Menu item accelerator keys
4465           <li>Control-V pastes to current alignment
4466           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4467           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4468           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4469
4470           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4471         </ul>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4476           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4477             calculations
4478           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4479             edits
4480           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4481             of alignment)
4482           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4483
4484           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4485             display correctly
4486           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4487           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4488             analysis results
4489           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4490             &#8739;
4491           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4492           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4493           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4494
4495         </ul>
4496       </td>
4497     </tr>
4498     <tr>
4499       <td>
4500         <div align="center">
4501           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4502         </div>
4503       </td>
4504       <td>
4505         <ul>
4506           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4507         </ul>
4508       </td>
4509       <td>
4510         <ul>
4511           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4512             sequence id panel has been resized</li>
4513           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4514             rendered</li>
4515           <li>Annotation files with sequence references - all
4516             elements in file are relative to sequence position</li>
4517           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4518         </ul>
4519       </td>
4520     </tr>
4521     <tr>
4522       <td>
4523         <div align="center">
4524           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4525         </div>
4526       </td>
4527       <td>
4528         <ul>
4529           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4530           <li>DAS Feature fetching</li>
4531           <li>Hide sequences and columns</li>
4532           <li>Export Annotations and Features</li>
4533           <li>GFF file reading / writing</li>
4534           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4535             files</li>
4536           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4537           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4538           <li>Applet can launch the full application</li>
4539           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4540             required)</li>
4541           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4542           <li>Applet can load sequences from parameter
4543             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4544           </li>
4545         </ul>
4546       </td>
4547       <td>
4548         <ul>
4549           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4550           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4551           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4552         </ul>
4553       </td>
4554     </tr>
4555     <tr>
4556       <td>
4557         <div align="center">
4558           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4559         </div>
4560       </td>
4561       <td>
4562         <ul>
4563           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4564           <li>Choose to match case when searching</li>
4565           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4566             expand the visible width and height of the alignment</li>
4567         </ul>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4572         </ul>
4573       </td>
4574     </tr>
4575     <tr>
4576       <td>
4577         <div align="center">
4578           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4579         </div>
4580       </td>
4581       <td>&nbsp;</td>
4582       <td>
4583         <ul>
4584           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4585           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4586             value</li>
4587         </ul>
4588       </td>
4589     </tr>
4590     <tr>
4591       <td>
4592         <div align="center">
4593           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4594         </div>
4595       </td>
4596       <td>
4597         <ul>
4598           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4599           <li>Keyboard editing</li>
4600           <li>Create sequence features from searches</li>
4601           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4602             alignments</li>
4603           <li>Features file allows grouping of features</li>
4604           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4605           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4606           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4607         </ul>
4608       </td>
4609       <td>
4610         <ul>
4611           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4612           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4613             descriptions saved.</li>
4614         </ul>
4615       </td>
4616     </tr>
4617     <tr>
4618       <td>
4619         <div align="center">
4620           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4621         </div>
4622       </td>
4623       <td>
4624         <ul>
4625           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4626           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4627           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4628             name for file output</li>
4629           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4630           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4631             used for HTML form input</li>
4632         </ul>
4633       </td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>HTML output writes groups and features</li>
4637           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4638           <li>File IO bugs</li>
4639         </ul>
4640       </td>
4641     </tr>
4642     <tr>
4643       <td>
4644         <div align="center">
4645           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4646         </div>
4647       </td>
4648       <td>
4649         <ul>
4650           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4651           <li>More options for PCA viewer</li>
4652         </ul>
4653       </td>
4654       <td>
4655         <ul>
4656           <li>GUI bugs resolved</li>
4657           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4658         </ul>
4659       </td>
4660     </tr>
4661     <tr>
4662       <td height="63">
4663         <div align="center">
4664           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4665         </div>
4666       </td>
4667       <td>
4668         <ul>
4669           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4670           <li>Jar files are executable</li>
4671           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4677           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4678           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681     </tr>
4682     <tr>
4683       <td>
4684         <div align="center">
4685           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4686         </div>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693       <td>
4694         <ul>
4695           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4696         </ul>
4697       </td>
4698     </tr>
4699     <tr>
4700       <td>
4701         <div align="center">
4702           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4703         </div>
4704       </td>
4705       <td>
4706         <ul>
4707           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4708             size</li>
4709         </ul>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>Improved JPred client reliability</li>
4714           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717     </tr>
4718     <tr>
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td>
4725         <ul>
4726           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4727           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4728           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4729             to Colour Menu</li>
4730           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4731           <li>Unix users can set default web browser</li>
4732           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4733           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4734         </ul>
4735       </td>
4736       <td>
4737         <ul>
4738           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4739         </ul>
4740       </td>
4741     </tr>
4742     <tr>
4743       <td>
4744         <div align="center">
4745           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4746         </div>
4747       </td>
4748       <td>&nbsp;</td>
4749       <td>
4750         <ul>
4751           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4752             alignment order.</li>
4753         </ul>
4754       </td>
4755     </tr>
4756     <tr>
4757       <td>
4758         <div align="center">
4759           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4760         </div>
4761       </td>
4762       <td>
4763         <ul>
4764           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4765           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4766           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4767             annotations.</li>
4768           <li>Version and build date written to build properties
4769             file.</li>
4770           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4771             at launch of Jalview.</li>
4772         </ul>
4773       </td>
4774       <td>
4775         <ul>
4776           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4777           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4778           <li>Can remove groups one by one.</li>
4779           <li>Filechooser icons installed.</li>
4780           <li>Finder ignores return character when searching.
4781             Return key will initiate a search.<br>
4782           </li>
4783         </ul>
4784       </td>
4785     </tr>
4786     <tr>
4787       <td>
4788         <div align="center">
4789           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4790         </div>
4791       </td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>New codebase</li>
4795         </ul>
4796       </td>
4797       <td>&nbsp;</td>
4798     </tr>
4799   </table>
4800   <p>&nbsp;</p>
4801 </body>
4802 </html>