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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 246         </ul>
 247       </td>
 248     <td align="left" valign="top">
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 254                                         <li>
 255                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 256                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 257                                         </li>
 258                                         <li>
 259             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 262             Jalview project involving multiple views</li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 265             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 266             Annotation dialog hides columns</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 269             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 270             selection in one view, then making another selection in the
 271             other view</li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 276             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 279             or the overview updates with large alignments</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 282             region if columns were selected by dragging right-to-left
 283             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 284             <li>
 285             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 286             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 289             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 292             on export as Jalview features file</li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 295                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 296                                         </li>
 297                                         <li>
 298             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 299             printed when columns are hidden</li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 304             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 319             opening an alignment</li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 324             different groups in the alignment are selected</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 349         </ul>
 350         <em>Editing</em>
 351         <ul>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 354             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 355             via 'Edit' sequence</li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 358             sequence features correctly when start of sequence is
 359             removed (Known defect since 2.10)</li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 362                                                 dialog corrupts dataset sequence
 363                                         </li>
 364                                 </ul><em>New Known Defects</em>
 365         <ul>
 366           <li>
 367             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 372                                                 columns within hidden columns
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 376                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 377                                                 region
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 381                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 382                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 383                                                 create a Score filter instead.
 384                                         </li>
 385                                 </ul>
 386       </td>
 387     </tr>
 388     <tr>
 389     <td width="60" nowrap>
 390       <div align="center">
 391         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 392       </div>
 393     </td>
 394     <td><div align="left">
 395         <em></em>
 396         <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 399               InstallAnywhere increased to 1G.
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 403               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 404               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 405                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 406                 properties file.</em>
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 410               API and sequence data now imported as JSON.
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 414               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 415               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 416               property.
 417             </li>
 418           </ul>
 419           <em>Development</em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 423               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 424                 Clover</a>
 425             </li>
 426           </ul>
 427         </div></td>
 428     <td><div align="left">
 429         <em></em>
 430         <ul>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 433               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 434               alignment.
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 438               annotation displayed.
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 442               for newly created group when 'Apply to all groups'
 443               selected
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 447               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 448               visible.
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 452               when sequences are selected in exported view.</em>
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 456               aren't rendered with correct colour.
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 460               types of knotted RNA secondary structure.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 464               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 465               do not start at 1.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 469               annotation when columns are inserted into an alignment,
 470               and when exporting as Stockholm flatfile.
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 474               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 475               treated as RNA secondary structure.
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 479               (not .jar) when saving a jalview project file.
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 483               transfers focus to previous window on OSX
 484             </li>
 485           </ul>
 486           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 487           <ul>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 490               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 491               box.
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 495               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 496               'look and feel' which has improved compatibility with the
 497               latest version of OSX.
 498             </li>
 499           </ul>
 500         </div>
 501     </td>
 502     </tr>
 503     <tr>
 504       <td width="60" nowrap>
 505         <div align="center">
 506           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 507             <em>7/06/2018</em></strong>
 508         </div>
 509       </td>
 510       <td><div align="left">
 511           <em></em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 515               annotation retrieved from Uniprot
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 519               onto the Jalview Desktop
 520             </li>
 521           </ul>
 522         </div></td>
 523       <td><div align="left">
 524           <em></em>
 525           <ul>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 528               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 532               right-hand column parsed correctly
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 536               not alignment area in exported graphic
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 540               window has input focus
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 544               annotation added to view (Windows)
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 548               network connectivity is poor
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 552               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 553                 the currently open URL and links from a page viewed in
 554                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 555                 you are using Edge, only links in the page can be
 556                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 557                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 558             </li>
 559           </ul>
 560         </div></td>
 561     </tr>
 562     <tr>
 563       <td width="60" nowrap>
 564         <div align="center">
 565           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 566         </div>
 567       </td>
 568       <td><div align="left">
 569           <em></em>
 570           <ul>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 573               for disabling automatic superposition of multiple
 574               structures and open structures in existing views
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 578               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 579               adjust them.
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 583               Ensembl services
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 587               and lots of hidden columns
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 591               of features (particularly when transparency is disabled)
 592             </li>
 593                                                 <li>
 594                                                         <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 595                                                         exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 596                                                         generally available
 597                                                 </li>
 598                                         </ul>
 599           </div>
 600       </td>
 601       <td><div align="left">
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 605               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 609               overlapping alignment panel
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 613               sequence as gaps
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 617               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 618               UTR
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 622               factor annotation not added to sequence when local PDB
 623               file associated with it by drag'n'drop or structure
 624               chooser
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 628               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 632               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 636               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 640               columns in annotation row
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 644               honored in batch mode
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 648               for structures added to existing Jmol view
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 652               entries after importing project with multiple views
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 656               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 657               with negative residue numbers or missing residues fails
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 661               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 662               as generated by CONSURF)
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 666               tooltip doesn't include a text description of mutation
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 670               structure and/or overview windows are also shown
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 674               very slow for alignments with large numbers of sequences
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 678               with 'StringIndexOutOfBounds'
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 682               platforms running Java 10
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 686               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 687             </li>
 688           </ul>
 689           <em>Applet</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 693               should copy the group consensus when popup is opened on it
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <em>Batch Mode</em>
 697           <ul>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 700           </li>
 701           </ul>
 702           <em>New Known Defects</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 706               editing a large alignment and overview is displayed
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 710               repeatedly after a series of edits even when the overview
 711               is no longer reflecting updates
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 715               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 716               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 717               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 718             </li>
 719           </ul>
 720         </div>
 721           </td>
 722     </tr>
 723     <tr>
 724       <td width="60" nowrap>
 725         <div align="center">
 726           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 727         </div>
 728       </td>
 729       <td><div align="left">
 730           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 731               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 732       <td><div align="left">
 733           <em>Desktop</em><ul>
 734           <ul>
 735             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 736             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 737             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 738             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 739             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 740             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 741             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 742           </ul>
 743           </div>
 744       </td>
 745     </tr>
 746     <tr>
 747       <td width="60" nowrap>
 748         <div align="center">
 749           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 750         </div>
 751       </td>
 752       <td><div align="left">
 753           <em></em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 757               rendering of sequence features
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 761               429 rate limit request hander
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 765               their colours have changed
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 769               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 773               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 777               view from Ensembl locus cross-references
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 781               Alignment report
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 785               feature can be disabled
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 789               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 793               Uniprot
 794             </li>
 795           </ul>
 796           <em>Scripting</em>
 797           <ul>
 798             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 799             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 800               percent identity scores for current alignment.</li>
 801           </ul>
 802           <em>Testing and Deployment</em>
 803           <ul>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 806             </li>
 807           </ul>
 808         </div></td>
 809       <td><div align="left">
 810           <em>General</em>
 811           <ul>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 814               threshold text field doesn't trigger an update to the
 815               alignment view
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 819               strings in parallel
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 823               alignment window is closed
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 827               group visibility
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 831               takes a long time in Cursor mode
 832             </li>
 833           </ul>
 834           <em>Desktop</em>
 835           <ul>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 838               cannot be viewed in Chimera
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 842               CDS/Protein view
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 846               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 847               Search Dialogs
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 857               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 861               scrolling right in unwapped alignment view
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 865               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 866               database
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 870               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 874               features of same type and group to be selected for
 875               amending
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 879               alignments when hidden columns are present
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 883               displaying several structures
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 887               moving a window
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 891               within the Jalview desktop on OSX
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 895               when in wrapped alignment mode
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 899               hand end of alignment
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 903               each selected sequence do not have correct start/end
 904               positions
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 908               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 912               restoring project until a new view is created
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 916               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 917               configured (since 2.10.2b2)
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 921               position is adjusted
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 925               in a multi-chain structure when viewing alignment
 926               involving more than one chain (since 2.10)
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 930               if new selection moves alignment window
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 934               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 938               that produces correctly annotated transcripts and products
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 942               doesn't update associated structure view
 943             </li>
 944           </ul>
 945           <em>Applet</em><br />
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 949               closing alignment panel
 950             </li>
 951           </ul>
 952           <em>BioJSON</em><br />
 953           <ul>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 956               non-positional features
 957             </li>
 958           </ul>
 959           <em>New Known Issues</em>
 960           <ul>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 963               sequence features correctly (for many previous versions of
 964               Jalview)
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 968               using cursor in wrapped panel other than top
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 972               graduated colour threshold
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 976               always preserve numbering and sequence features
 977             </li>
 978           </ul>
 979           <em>Known Java 9 Issues</em>
 980           <ul>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 983               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 984               9.01, OSX 10.10)
 985             </li>
 986           </ul>
 987         </div></td>
 988     </tr>
 989     <tr>
 990       <td width="60" nowrap>
 991         <div align="center">
 992           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 993             <em>2/10/2017</em></strong>
 994         </div>
 995       </td>
 996       <td><div align="left">
 997           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 998           <ul>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1001             </li>
1002             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1003             </li>
1004           </ul>
1005         </div></td>
1006       <td><div align="left">
1007         </div></td>
1008     </tr>
1009     <tr>
1010       <td width="60" nowrap>
1011         <div align="center">
1012           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1013             <em>7/9/2017</em></strong>
1014         </div>
1015       </td>
1016       <td><div align="left">
1017           <em></em>
1018           <ul>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1021               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1022               white)
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1026               Preferences
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1030               in size and progress bar shown as higher resolution
1031               overview is recalculated
1032             </li>
1033
1034           </ul>
1035         </div></td>
1036       <td><div align="left">
1037           <em></em>
1038           <ul>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1041               column region row by row
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1045               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1049               format setting is unticked
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1053               if group has show boxes format setting unticked
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1057               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1058               include sequences and columns not currently displayed
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1062               assemblies are imported via CIF file
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1066               displayed when threshold or conservation colouring is also
1067               enabled.
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1071               server version
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1075               dragging a selected region off the visible region of the
1076               alignment
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1080               colourscheme to all groups in a view
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1084               initially after font size change using the Font chooser or
1085               middle-mouse zoom
1086             </li>
1087           </ul>
1088         </div></td>
1089     </tr>
1090     <tr>
1091       <td width="60" nowrap>
1092         <div align="center">
1093           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1094         </div>
1095       </td>
1096       <td><div align="left">
1097           <em>Calculations</em>
1098           <ul>
1099
1100             <li>
1101               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1102               ungapped positions in each column of the alignment.
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1106               a calculation dialog box
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1110               and memory efficiency (~30x faster)
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1114               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1115               and other calculations
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1119               files within the Jalview codebase
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1123               Similarity may have different topology due to increased
1124               precision
1125             </li>
1126           </ul>
1127           <em>Rendering</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1131               model for alignments and groups
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1135               scripts
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>Overview</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1142               with alignment and overview windows
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1146               overview
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1150               omitted in Overview
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1154               adjustment of visible position
1155             </li>
1156           </ul>
1157
1158           <em>Data import/export</em>
1159           <ul>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1162               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1166               annotation input/output via stockholm flatfile
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1170               extension when importing structure files without embedded
1171               names or PDB accessions
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1175               format sequence substitution matrices
1176             </li>
1177           </ul>
1178           <em>User Interface</em>
1179           <ul>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1182               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1183               the application.
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1187               via Overview or sequence motif search operations
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1191               opened by double clicking gaps within sequence feature
1192               extent
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1196               aligned positions were available to create a 3D structure
1197               superposition.
1198             </li>
1199           </ul>
1200           <em>3D Structure</em>
1201           <ul>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1204               coloured in linked structure views
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1208               file-based command exchange
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1212               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1213               structures are already available for sequences
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1217               the Jalview project rather than downloaded again when the
1218               project is reopened.
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1222               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1223               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1224                 Feature</strong>)
1225             </li>
1226           </ul>
1227           <em>Web Services</em>
1228           <ul>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1234               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1235               Analysis services
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1239               cross-references provided by identifiers.org and the
1240               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1241             </li>
1242           </ul>
1243
1244           <em>Scripting</em>
1245           <ul>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1248               identifying file formats (instead of String constants)
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1252               efficiency when counting all displayed features (not
1253               backwards compatible with 2.10.1)
1254             </li>
1255           </ul>
1256           <em>Example files</em>
1257           <ul>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1260               included in the example feature file
1261             </li>
1262           </ul>
1263           <em>Documentation</em>
1264           <ul>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1267               with the built-in Java help viewer
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1271               sequence description' option
1272             </li>
1273           </ul>
1274           <em>Test Suite</em>
1275           <ul>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1278               Uniprot REST Free Text Search Client
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1285               during tests
1286             </li>
1287           </ul>
1288         </div></td>
1289       <td><div align="left">
1290           <em>Calculations</em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1294               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1295               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1296             </li>
1297             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1298               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1299               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1300               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1301               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1302               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1303               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1304               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1305               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1306               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1307               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1308               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1309               // for 2.10.1 mode <br />
1310               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1311               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1312                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1313                 calculations (not recommended)</em></li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1316               scaling of branch lengths for trees computed using
1317               Sequence Feature Similarity.
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1321               generating output report when working with highly
1322               redundant alignments
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1326               right of selected region when gaps present on right-hand
1327               boundary
1328             </li>
1329           </ul>
1330           <em>User Interface</em>
1331           <ul>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1334               doesn't reselect a specific sequence's associated
1335               annotation after it was used for colouring a view
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1339               opened on a region of alignment without groups
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1343               of an alignment with overlapping groups
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1347               name and description match
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1351               hidden regions results in incorrect hidden regions
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1355               changing colour does not apply Conservation slider value
1356               to all groups
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1360               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1364               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1368               gaps before start of features
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1372               restored to UI when feature colour is edited
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1376               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1380               as graduate feature colour settings are modified via the
1381               dialog box
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1385               when a group defined on the alignment is resized
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1389               wrapped view result in positional status updates
1390             </li>
1391
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1394               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1398               alignment included gapped columns
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1402               widgets don't permanently disappear
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1406               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1407               T-Coffee column reliability scores)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1411               sequence feature on gaps only
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1415               button from a Find inherit previously defined feature type
1416               rather than the Find query string
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1420               exporting tree calculated in Jalview
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1424               and then revealing them reorders sequences on the
1425               alignment
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1429               doesn't update to reflect available set of groups after
1430               interactively adding or modifying features
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1434               Linux
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1438               only excluded gaps in current sequence and ignored
1439               selection.
1440             </li>
1441           </ul>
1442           <em>Rendering</em>
1443           <ul>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1446               erratically when hidden rows or columns are present
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1450               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1451               sequence colouring
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1455               colour and group colour menu for protein alignments
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1459               reflect currently selected view or group's shading
1460               thresholds
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1464               when rendered on overview and structures when opacity at
1465               100%
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1469               overview when features overlaid on alignment
1470             </li>
1471                                                 <li>
1472                                                         <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1473                                                         recovered correctly from Jalview project file
1474                                                 </li>
1475                                                 <li>
1476                                                         <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1477                                                         (automatically via preferences) are different to the main
1478                                                         alignment panel
1479                                                 </li>
1480                                         </ul>
1481           <em>Data import/export</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1485               load
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1489               added after a sequence was imported are not written to
1490               Stockholm File
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1494               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1498               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1502               with lightGray or darkGray via features file (but can
1503               specify lightgray)
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1507               when alignment view imported from project
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1511               structure and sequences extracted from structure files
1512               imported via URL and viewed in Jmol
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1516               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1517               the project is loaded and the structure viewed
1518             </li>
1519           </ul>
1520           <em>Web Services</em>
1521           <ul>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1524               release of Ensembl v.88
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1528               appear enabled in Preferences->Connections
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1532               removed from console output
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1536               Ensembl by Peptide ID
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1540               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1541               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1542               due to 'null' string rather than empty string used for
1543               residues with no corresponding PDB mapping).
1544             </li>
1545           </ul>
1546           <em>Application UI</em>
1547           <ul>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1550               menu
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1554               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1555               new documentation and tooltips added)
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1559               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1563               new features are added to alignment
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1567               changes to feature colours via the Amend features dialog
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1571               edit graduated feature colour via amend features dialog
1572               box
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1576               selection menu changes colours of alignment views
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1580               from alignment calculation workers after alignment has
1581               been closed
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1585               groups now 'Create Group'
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1589               Create/Undefine group doesn't always work
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1593               shown again after pressing 'Cancel'
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1597               adjusts start position in wrap mode
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1601               ambiguous amino acids
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1605               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1606               proteins
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1610               Defined' don't appear in Colours menu
1611             </li>
1612           </ul>
1613           <em>Applet</em>
1614           <ul>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1617               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1621               overview or linked structure view
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1625               work (since 2.8)
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1629               user-defined colourscheme doesn't restore original
1630               colourscheme
1631             </li>
1632           </ul>
1633           <em>Test Suite</em>
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1637               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1641               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1642               problems with deep array comparison equality asserts in
1643               successive versions of TestNG
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1647               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1648             </li>
1649           </ul>
1650           <em>New Known Issues</em>
1651           <ul>
1652             <li>
1653               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1654               phase after a sequence motif find operation
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1658               containing just upper and lower case letters are
1659               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1663               reliably from eggnog Ortholog database
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1667               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1668               to mark columns containing highlighted regions.
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1672               doesn't always add secondary structure annotation.
1673             </li>
1674           </ul>
1675         </div>
1676     <tr>
1677       <td width="60" nowrap>
1678         <div align="center">
1679           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1680         </div>
1681       </td>
1682       <td><div align="left">
1683           <em>General</em>
1684           <ul>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1687               for all consensus calculations
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1691               3rd Oct 2016)
1692             </li>
1693             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1694               for 2016-2017</li>
1695           </ul>
1696           <em>Application</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1700               set of database cross-references, sorted alphabetically
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1704               from database cross references. Users with custom links
1705               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1706                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1710               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1711               Chimera session
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1715               the Chimera it is connected to is shut down
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1719               columns menu item to mark columns containing highlighted
1720               regions (e.g. from structure selections or results of a
1721               Find operation)
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1725               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1726               MSAviewer
1727             </li>
1728           </ul>
1729         </div></td>
1730       <td>
1731         <div align="left">
1732           <em>General</em>
1733           <ul>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1736               are not coloured or thresholded according to percent
1737               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1741               hydrophobic
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1745               threshold, amino acid properties)
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1749               reported as mapped to residues in a structure file in the
1750               View Mapping report
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1754               could be added multiple times to a sequence
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1758               bond features shown as two highlighted residues rather
1759               than a range in linked structure views, and treated
1760               correctly when selecting and computing trees from features
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1764               cross-references are matched to database name regardless
1765               of case
1766             </li>
1767
1768           </ul>
1769           <em>Application</em>
1770           <ul>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1773               names without regular expressions also offer links from
1774               Sequence ID
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1778               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1779               update Jalview configuration
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1783               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1787               files with similarly named sequences if dropped onto the
1788               alignment
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1792               entries where more chains exist in the PDB accession than
1793               are reported in the SIFTS file
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1797               the structure view when displayed with Chimera
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1801               panel's View->Show Chains submenu
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1805               work for wrapped alignment views
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1809               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1813               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1814               first annotation row
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1818               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1822               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1823             </li>
1824             <!-- JAL-2319 -->
1825             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1826             coordindate data
1827             </li>
1828           </ul>
1829           <!--           <em>New Known Issues</em>
1830           <ul>
1831             <li></li>
1832           </ul> -->
1833         </div>
1834       </td>
1835     </tr>
1836     <td width="60" nowrap>
1837       <div align="center">
1838         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1839           <em>25/10/2016</em></strong>
1840       </div>
1841     </td>
1842     <td><em>Application</em>
1843       <ul>
1844         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1845           view if structures already loaded</li>
1846         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1847           structure views</li>
1848       </ul></td>
1849     <td>
1850       <div align="left">
1851         <em>General</em>
1852         <ul>
1853           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1854             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1855           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1856             example sequences/projects/trees</li>
1857         </ul>
1858         <em>Application</em>
1859         <ul>
1860           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1861             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1862           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1863             without timeout for structures with multiple models or
1864             multiple sequences in alignment</li>
1865           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1866             PDB ID HEADER line</li>
1867           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1868             is performed</li>
1869           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1870             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1871           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1872           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1873             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1874             option</li>
1875           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1876             is created on the alignment</li>
1877           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1878             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1879             pop-up menu</li>
1880         </ul>
1881         <em>Build and deployment</em>
1882         <ul>
1883           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1884             tags</li>
1885         </ul>
1886         <em>New Known Issues</em>
1887         <ul>
1888           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1889             on Windows</li>
1890         </ul>
1891       </div>
1892     </td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td width="60" nowrap>
1896         <div align="center">
1897           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1898         </div>
1899       </td>
1900       <td><em>General</em>
1901         <ul>
1902           <li>
1903             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1904           </li>
1905           <li>
1906             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1907             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1908             better PDB parsing.
1909           </li>
1910           <li>
1911             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1912             reference sequence
1913           </li>
1914           <li>
1915             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1916             mousing over sequence associated annotation
1917           </li>
1918           <li>
1919             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1920             for manual entry
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1924             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1925             for each column
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1929             showing or hiding columns containing a feature
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1933             group and sequence associated annotation labels
1934           </li>
1935           <li>
1936             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1937             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1938             dialogs
1939           </li>
1940
1941         </ul> <em>Application</em>
1942         <ul>
1943           <li>
1944             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1945             gene/transcript view
1946           </li>
1947           <li>
1948             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1949             dialog
1950           </li>
1951           <li>
1952             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1953             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1954           </li>
1955           <li>
1956             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1957             Pfam sources to xfam.org
1958           </li>
1959           <li>
1960             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1964             over sequences in Jalview
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1968             regions in ENA and EMBL
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1972             for record retrieval via ENA rest API
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1976             complement operator
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1980             groovy script execution
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1984             alignment window's Calculate menu
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1988             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1992             calculation workers from groovy scripts
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1996             Jalview projects
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2000             associations are now saved/restored from project
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2004             before sequence fetcher is opened
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2008             database chooser opens a sequence fetcher
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2012             the UniProt REST API
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2016             the news reader opening
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2020             querying stored in preferences
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2024             search results
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2028           </li>
2029           <li>
2030             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2031             menu for nucleotide sequences
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2035             and feature counts preserves alignment ordering (and
2036             debugged for complex feature sets).
2037           </li>
2038           <li>
2039             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2040             viewing structures with Jalview 2.10
2041           </li>
2042           <li>
2043             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2044             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2045             Ensembl Genomes REST API
2046           </li>
2047           <li>
2048             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2049             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2050             (Ensembl)
2051           </li>
2052           <li>
2053             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2054             sequences
2055           </li>
2056           <li>
2057             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2058             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2059             data from external database records.
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2063             efficient recovery of sequence coding and alignment
2064             annotation relationships.
2065           </li>
2066         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2067         <ul>
2068           <li>
2069             -- JAL---
2070           </li>
2071         </ul> --></td>
2072       <td>
2073         <div align="left">
2074           <em>General</em>
2075           <ul>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2078               menu on OSX
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2082               includes graduated colourschemes
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2086               working with big alignments and lots of hidden columns
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2090               at right of alignment window
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2094               contents
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2098               for DNA alignments
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2102               based tree calculation
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2106               unconserved enabled for group on alignment
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2110               set as reference
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2114               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2115               annotation
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2119               hidden columns present
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2123               user created annotation added to alignment
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2127               '()' base pair annotation
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2131               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2132               Consensus
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2136               feature not working
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2140               beginning of sequence
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2144               entry 3a6s
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2148               from a tree when t-coffee scores are shown
2149             </li>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2152               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2153             </li>
2154             <li>
2155               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2156               some structures
2157             </li>
2158             <li>
2159               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2160               to Clustal, PIR and PileUp output
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2164               not visible causes alignment window to repaint
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2168               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2169               scores associated with features and annotation rows
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2173               calculation should be case independent
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2177               columns
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2181               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2182               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2183             </li>
2184             <li>
2185               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2186               problems when reference sequence defined and 'show
2187               non-conserved' enabled
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2191               load even when Consensus calculation is disabled
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2195               alignment does nothing
2196             </li>
2197           </ul>
2198           <em>Application</em>
2199           <ul>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2202               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2203               yet fixed for El Capitan)
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2207               output when running on non-gb/us i18n platforms
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2211               hidden sequences as flat-file alignment
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2215               launching Chimera
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2219               (also hotfix for 2.9.0b2)
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2223               reference sequence defined
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2227               alignments and views when revealing hidden columns
2228             </li>
2229             <li>
2230               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2231               view in a cDNA/Protein splitframe
2232             </li>
2233             <li>
2234               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2235               sequence from project when only one sequence is
2236               represented
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2240               in Structure Chooser
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2244               structure consensus didn't refresh annotation panel
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2248               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2249             </li>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2252               dialogs format columns correctly, don't display array
2253               data, sort columns according to type
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2257               file chooser is cancelled during an image export
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2261               sequence name containing special characters
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2265               case insensitive
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2269               formatting don't wrap
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2273               truncated so L looks like I in consensus annotation
2274             </li>
2275             <li>
2276               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2277               currently displayed features for the current selection or
2278               view
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2282               after fetching cross-references, and restoring from
2283               project
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2287               followed in the structure viewer
2288             </li>
2289             <li>
2290               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2291               splitframe not restored from project
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2295               trailing end of protein alignment in transcript/product
2296               splitview when pad-gaps not enabled by default
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2300               is case dependent
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2304               article has been read (reopened issue due to
2305               internationalisation problems)
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2309               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2310               cross-references
2311             </li>
2312
2313             <li>
2314               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2315               alignment as HTML
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2319               multiple structures are shown for one or more sequences.
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2323               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2324               is enabled.
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2328               specific PDB id for sequence
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2332               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2333               columns' is disabled.
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2337               selects lowest rather than highest resolution structures
2338               for each sequence
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2342               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2346               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2350               after clicking on it to create new annotation for a
2351               column.
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2355               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2356             </li>
2357             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2358             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2359           </ul>
2360           <em>Applet</em>
2361           <ul>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2364               hidden columns present before start of sequence
2365             </li>
2366             <li>
2367               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2368               (JSON jars)
2369             </li>
2370             <li>
2371               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2372               sequences are hidden in applet
2373             </li>
2374             <li>
2375               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2376               deployment on examples pages.
2377             </li>
2378           </ul>
2379         </div>
2380       </td>
2381     </tr>
2382     <tr>
2383       <td width="60" nowrap>
2384         <div align="center">
2385           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2386             <em>16/10/2015</em></strong>
2387         </div>
2388       </td>
2389       <td><em>General</em>
2390         <ul>
2391           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2392             jars</li>
2393         </ul></td>
2394       <td>
2395         <div align="left">
2396           <em>Application</em>
2397           <ul>
2398             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2399               shown when tree is partitioned</li>
2400             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2401               multiple cDNA/Protein split views</li>
2402           </ul>
2403         </div>
2404       </td>
2405     </tr>
2406     <tr>
2407       <td width="60" nowrap>
2408         <div align="center">
2409           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2410             <em>8/10/2015</em></strong>
2411         </div>
2412       </td>
2413       <td><em>General</em>
2414         <ul>
2415           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2416             2.9</li>
2417         </ul> <em>Application</em>
2418         <ul>
2419           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2420           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2421           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2422         </ul> <em>Applet</em>
2423         <ul>
2424           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2425         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2426         <ul>
2427           <li>
2428             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2429             suite
2430           </li>
2431         </ul></td>
2432       <td>
2433         <div align="left">
2434           <em>General</em>
2435           <ul>
2436             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2437               incorrect when sequence start > 1</li>
2438             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2439               documentation</li>
2440             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2441             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2442               loading a features file containing HTML tags in feature
2443               description</li>
2444
2445           </ul>
2446           <em>Application</em>
2447           <ul>
2448             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2449               reimport</li>
2450             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2451               with 'trim retrieved sequences'</li>
2452             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2453               deleting selected columns</li>
2454             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2455               JNLP templates for webstart launch</li>
2456             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2457               unreleased structures for download or viewing</li>
2458             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2459               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2460             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2461               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2462             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2463               recovered from jalview project</li>
2464             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2465               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2466               alignment view</li>
2467             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2468               color schemes from BioJSON</li>
2469           </ul>
2470           <em>Applet</em>
2471           <ul>
2472             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2473               frame</li>
2474             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2475           </ul>
2476         </div>
2477       </td>
2478     </tr>
2479     <tr>
2480       <td><div align="center">
2481           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2482         </div></td>
2483       <td><em>General</em>
2484         <ul>
2485           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2486             alignments:
2487             <ul>
2488               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2489                 and DNA alignment views</li>
2490               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2491                 cDNA alignment views</li>
2492               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2493                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2494               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2495                 protein sequences</li>
2496             </ul>
2497           </li>
2498           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2499           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2500             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2501           <li>New alignment annotation file statements for
2502             reference sequences and marking hidden columns</li>
2503           <li>Reference sequence based alignment shading to
2504             highlight variation</li>
2505           <li>Select or hide columns according to alignment
2506             annotation</li>
2507           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2508           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2509             acid conservation row</li>
2510           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2511         </ul> <em>Application</em>
2512         <ul>
2513           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2514             <ul>
2515               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2516                 view with cDNA/Protein</li>
2517               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2518                 sequences are placed in the same alignment</li>
2519               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2520                 projects</li>
2521             </ul>
2522           </li>
2523
2524           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2525           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2526             Jalview windows</li>
2527
2528           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2529           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2530           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2531             be shown in VARNA</li>
2532
2533           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2534             as the active selected region</li>
2535
2536           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2537             similarity</li>
2538           <li>New Export options
2539             <ul>
2540               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2541                 region export in flat file generation</li>
2542
2543               <li>Export alignment views for display with the <a
2544                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2545
2546               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2547               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2548                 alignment figures to HTML</li>
2549           </li>
2550           <li>3D structure retrieval and display
2551             <ul>
2552               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2553                 Search API</li>
2554               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2555                 PDB structures for a sequence set</li>
2556             </ul>
2557           </li>
2558
2559           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2560             predictions</li>
2561           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2562             for one or a group of sequences</li>
2563           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2564             from the JPred4 web server</li>
2565           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2566             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2567             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2568           </li>
2569           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2570             VARNA 2D Structure'</li>
2571           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2572             Structure ..."</li>
2573
2574         </ul> <em>Applet</em>
2575         <ul>
2576           <li>New layout for applet example pages</li>
2577           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2578             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2579           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2580             Protein alignments</li>
2581         </ul> <em>Development and deployment</em>
2582         <ul>
2583           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2584           <li>Include installation type and git revision in build
2585             properties and console log output</li>
2586           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2587             storing BioJsMSA Templates</li>
2588           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2589         </ul></td>
2590       <td>
2591         <!-- <em>General</em>
2592         <ul>
2593         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2594         <ul>
2595           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2596           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2597           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2598             predictions are not highlighted in amber</li>
2599           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2600             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2601           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2602             associated structure views</li>
2603           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2604             width checkbox not enabled</li>
2605           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2606             creating user defined colours</li>
2607           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2608             mappings for just that viewer's sequences</li>
2609           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2610             multiple models in Chimera</li>
2611           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2612             over Jmol structure</li>
2613           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2614             output to text box</li>
2615           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2616             have incorrect sequence start/end</li>
2617           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2618             Jalview fails</li>
2619           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2620             work for nucleotide</li>
2621           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2622             to a grey/invisible alignment window</li>
2623           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2624             imports to different position</li>
2625           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2626             on some platforms</li>
2627           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2628             populated</li>
2629           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2630             console if Chimera has been opened</li>
2631           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2632           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2633             retrieved</li>
2634           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2635           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2636             either sequence shows on first structure</li>
2637           <li>'Show annotations' options should not make
2638             non-positional annotations visible</li>
2639           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2640             in right place after 'view flanking regions'</li>
2641           <li>File Save As type unset when current file format is
2642             unknown</li>
2643           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2644             projects</li>
2645           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2646             responsive</li>
2647           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2648             several views on same alignment</li>
2649           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2650           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2651             spaces</li>
2652         </ul> <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2655           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2656             descriptions containing angle brackets</li>
2657         </ul> <em>General</em>
2658         <ul>
2659           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2660             via jalview annotation file</li>
2661           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2662             with RNA secondary structure</li>
2663           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2664             translation doesn't work.</li>
2665           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2666           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2667             positions</li>
2668           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2669             choosing 1pt font</li>
2670           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2671             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2672             'h'</li>
2673           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2674             new feature</li>
2675           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2676             order dependent</li>
2677           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2678             sequences</li>
2679           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2680         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2681         <ul>
2682           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2683             www.jalview.org</li>
2684         </ul> <em>Application Known issues</em>
2685         <ul>
2686           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2687           <li>Misleading message appears after trying to delete
2688             solid column.</li>
2689           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2690             version launches</li>
2691           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2692             fails with a sequence mismatch</li>
2693           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2694             scrolling alignment to right</li>
2695           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2696             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2697           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2698             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2699           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2700             ultra-high resolution</li>
2701           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2702             quality and conservation</li>
2703           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2704             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2705         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2706         <ul>
2707           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2708           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2709             window is being resized</li>
2710
2711         </ul>
2712       </td>
2713     </tr>
2714     <tr>
2715       <td><div align="center">
2716           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2717         </div></td>
2718       <td><em>General</em>
2719         <ul>
2720           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2721             Certum.PL.</li>
2722           <li>Features and annotation preserved when performing
2723             pairwise alignment</li>
2724           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2725             imported/exported/displayed</li>
2726           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2727             protein secondary structure</li>
2728           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2729               post-hoc with 2.9 release</em>)
2730           </li>
2731
2732         </ul> <em>Application</em>
2733         <ul>
2734           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2735             with 3D structures</li>
2736           <li>Support for parsing RNAML</li>
2737           <li>Annotations menu for layout
2738             <ul>
2739               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2740               <li>place sequence annotation above/below alignment
2741                 annotation</li>
2742             </ul>
2743           <li>Output in Stockholm format</li>
2744           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2745             translation</li>
2746           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2747           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2748             shared between alignments</li>
2749           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2750             Jalview</li>
2751           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2752             all or current selection</li>
2753           <li>disorder and secondary structure predictions
2754             available as dataset annotation</li>
2755           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2756
2757
2758           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2759             alignments from Rfam</li>
2760           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2761
2762           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2763             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2764           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2765           <li>include installation type in build properties and
2766             console log output</li>
2767           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2768             annotation</li>
2769         </ul></td>
2770       <td>
2771         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2772         <ul>
2773           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2774             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2775           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2776             alignment</li>
2777           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2778           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2779           <li>Double click on sequence associated annotation
2780             selects only first column</li>
2781           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2782             leaves shown in tree</li>
2783           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2784             properly</li>
2785           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2786           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2787             screen and buttons not visible</li>
2788           <li>author list isn't updated if already written to
2789             Jalview properties</li>
2790           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2791             from database</li>
2792           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2793           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2794             browser search window</li>
2795           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2796             in feature settings dialog</li>
2797           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2798             desktop</li>
2799           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2800             pass validation</li>
2801           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2802             fit on screen</li>
2803           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2804             tooltip</li>
2805           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2806             defined user preset</li>
2807           <li>MSA web services warns user if they were launched
2808             with invalid input</li>
2809           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2810             Java 8</li>
2811           <li>
2812             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2813             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2814             created
2815           </li>
2816
2817         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2818         <ul>
2819         </ul> <em>General</em>
2820         <ul>
2821         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2822         <ul>
2823           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2824             memory allocation</li>
2825           <li>launchApp service doesn't automatically open
2826             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2827           <li>
2828             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2829             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2830             1.7_055 is available
2831           </li>
2832         </ul> <em>Application Known issues</em>
2833         <ul>
2834           <li>
2835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2836             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2837             alignment to right
2838           </li>
2839           <li>
2840             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2841             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2842             with large number of ID
2843           </li>
2844           <li>
2845             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2846             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2847             start/end
2848           </li>
2849           <li>
2850             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2851             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2852             structure tracks are rearranged
2853           </li>
2854           <li>
2855             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2856             invalid rna structure positional highlighting does not
2857             highlight position of invalid base pairs
2858           </li>
2859           <li>
2860             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2861             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2862             project from alignment window file menu
2863           </li>
2864           <li>
2865             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2866             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2867             structures
2868           </li>
2869           <li>
2870             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2871             colour by RNA Helices not enabled when user created
2872             annotation added to alignment
2873           </li>
2874           <li>
2875             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2876             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2877           </li>
2878         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2879         <ul>
2880           <li>
2881             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2882             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2883           </li>
2884           <li>
2885             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2886             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2887           </li>
2888
2889           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2890             when selected</li>
2891         </ul>
2892       </td>
2893     </tr>
2894     <tr>
2895       <td><div align="center">
2896           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2897         </div></td>
2898       <td>
2899         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2900         <em>General</em>
2901         <ul>
2902           <li>Internationalisation of user interface (usually
2903             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2904           <li>Define/Undefine group on current selection with
2905             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2906           <li>Improved group creation/removal options in
2907             alignment/sequence Popup menu</li>
2908           <li>Sensible precision for symbol distribution
2909             percentages shown in logo tooltip.</li>
2910           <li>Annotation panel height set according to amount of
2911             annotation when alignment first opened</li>
2912         </ul> <em>Application</em>
2913         <ul>
2914           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2915             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2916           <li>Select columns containing particular features from
2917             Feature Settings dialog</li>
2918           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2919             sequences</li>
2920           <li>Update Jalview project format:
2921             <ul>
2922               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2923               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2924                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2925               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2926                 colouring</li>
2927             </ul>
2928           </li>
2929           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2930             (PAM250)</li>
2931           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2932             flanking regions for an alignment</li>
2933         </ul>
2934       </td>
2935       <td>
2936         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2937         <ul>
2938           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2939             running after job is cancelled</li>
2940           <li>cannot export features from alignments imported from
2941             Jalview/VAMSAS projects</li>
2942           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2943             float values</li>
2944           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2945             have 'display all symbols' flag set</li>
2946           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2947             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2948           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2949             Jalview</li>
2950           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2951             Lion/Webstart</li>
2952           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2953           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2954           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2955             alignment onto desktop</li>
2956           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2957             'extract scores' function</li>
2958           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2959             alignment window</li>
2960           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2961             performing IUPred disorder prediction</li>
2962           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2963             changing 'normalise logo' display setting</li>
2964           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2965             nothing matches query</li>
2966           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2967             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2968           </li>
2969           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2970             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2971           </li>
2972           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2973             Jalview's menu</li>
2974           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2975             'invalid literal/length code'</li>
2976           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2977             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2978           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2979             colourscheme</li>
2980
2981         </ul> <em>Applet</em>
2982         <ul>
2983           <li>Remove group option is shown even when selection is
2984             not a group</li>
2985           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2986             don't affect groups</li>
2987           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2988             colourscheme name</li>
2989           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2990             Annotation panel is not displayed</li>
2991           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2992             embedded windows</li>
2993         </ul> <em>Other</em>
2994         <ul>
2995           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2996             single sequence were not calculated</li>
2997           <li>annotation files that contain only groups imported as
2998             annotation and junk sequences</li>
2999           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3000             recognised as PFAM or BLC</li>
3001           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3002             doesn't affect background (2.8.0b1)
3003           <li></li>
3004           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3005           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3006             trailing gaps</li>
3007           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3008             registered correctly on import</li>
3009           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3010             certain alignments</li>
3011           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3012             existing annotation based 'use original colours'
3013             colourscheme loses original colours setting</li>
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td><div align="center">
3019           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3020             <em>30/1/2014</em></strong>
3021         </div></td>
3022       <td>
3023         <ul>
3024           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3025             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3026             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3027             open source project).
3028           </li>
3029           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3030           <li>Output in Stockholm format</li>
3031           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3032           <li>Export/import group and sequence associated line
3033             graph thresholds</li>
3034           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3035             ambiguity codes</li>
3036           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3037             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3038             works</li>
3039           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3040         </ul> <em>Other improvements</em>
3041         <ul>
3042           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3043           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3044             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3045           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3046             files</li>
3047           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3048           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3049             link but no description</li>
3050           <li>Select primary source when selecting authority in
3051             database fetcher GUI</li>
3052           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3053             Jalview</li>
3054           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3055         </ul>
3056       </td>
3057       <td>
3058         <ul>
3059           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3060             displayed</li>
3061           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3062             secondary structure annotation line</li>
3063           <li>Sequence database accessions not imported when
3064             fetching alignments from Rfam</li>
3065           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3066             identical IDs</li>
3067           <li>View all structures does not always superpose
3068             structures</li>
3069           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3070             reflect user or preset settings</li>
3071           <li>Null pointer exceptions for some services without
3072             presets or adjustable parameters</li>
3073           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3074             discover PDB xRefs</li>
3075           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3076             features with DAS</li>
3077           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3078             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3079           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3080             residue follows a gap</li>
3081           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3082             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3083           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3084             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3085           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3086             annotation already exists on alignment</li>
3087           <li>oninit javascript function should be called after
3088             initialisation completes</li>
3089           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3090             alignment window display</li>
3091           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3092           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3093             to annotation file</li>
3094           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3095             groups created</li>
3096           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3097             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3098           <li>Pressing return several times causes Number Format
3099             exceptions in keyboard mode</li>
3100           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3101             correct partitions for input data</li>
3102           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3103           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3104           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3105           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3106             mode</li>
3107           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3108             changes one row&#39;s threshold</li>
3109           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3110             doesn&#39;t open</li>
3111           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3112             quality histograms</li>
3113         </ul>
3114       </td>
3115     </tr>
3116     <tr>
3117       <td><div align="center">
3118           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3119         </div></td>
3120       <td><em>Application</em>
3121         <ul>
3122           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3123             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3124           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3125             preferences</li>
3126           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3127             in Jalview alignment window</li>
3128           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3129             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3130           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3131             RNA and ambiguity codes</li>
3132
3133           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3134           <li>Support fetching and database reference look up
3135             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3136             refs')</li>
3137           <li>Jalview project improvements
3138             <ul>
3139               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3140                 flag for annotation</li>
3141               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3142                 alignment</li>
3143               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3144                 Jalview project</li>
3145
3146             </ul>
3147           </li>
3148           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3149           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3150             running</li>
3151           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3152           <li>visual indication that web service results are still
3153             being retrieved from server</li>
3154           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3155             starts up for first time</li>
3156           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3157             services</li>
3158           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3159             client library</li>
3160           <li>Examples directory and Groovy library included in
3161             InstallAnywhere distribution</li>
3162         </ul> <em>Applet</em>
3163         <ul>
3164           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3165             visualization applet example</li>
3166         </ul> <em>General</em>
3167         <ul>
3168           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3169           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3170             defaults</li>
3171           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3172             calculation</li>
3173           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3174             matrices
3175           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3176             in HTML</li>
3177           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3178             structure contacts</li>
3179           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3180           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3181           <li>Parse sequence associated secondary structure
3182             information in Stockholm files</li>
3183           <li>HTML Export database accessions and annotation
3184             information presented in tooltip for sequences</li>
3185           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3186             style RNA alignment files</li>
3187           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3188             alignment</li>
3189           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3190             shade each sequence according to its associated alignment
3191             annotation</li>
3192           <li>New Jalview Logo</li>
3193         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3194         <ul>
3195           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3196           <li>New Website!</li>
3197         </ul></td>
3198       <td><em>Application</em>
3199         <ul>
3200           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3201             wsdbfetch REST service</li>
3202           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3203           <li>Filetype associations not installed for webstart
3204             launch</li>
3205           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3206             job execution in full once it is complete</li>
3207           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3208             uploaded via ali_file parameter</li>
3209           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3210           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3211           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3212             submitted for prediction</li>
3213           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3214             desktop window</li>
3215           <li>Putting fractional value into integer text box in
3216             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3217           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3218             windows 7</li>
3219           <li>View all structures fails with exception shown in
3220             structure view</li>
3221           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3222             escaped in a platform independent way</li>
3223           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3224             using proxy</li>
3225           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3226             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3227           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3228             failure when java web start temporary file caching is
3229             disabled</li>
3230           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3231             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3232           <li>Errors during processing of command line arguments
3233             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3234           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3235             DAS sources in sequence fetcher</li>
3236           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3237             dialog is shown</li>
3238           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3239           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3240           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3241           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3242             on OSX Mountain Lion</li>
3243           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3244             sequences with alignment annotation are pasted into the
3245             alignment</li>
3246           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3247             when loaded from Jalview project</li>
3248           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3249           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3250             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3251           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3252             associated with all views</li>
3253           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3254             annotation rows to new window</li>
3255         </ul> <em>Applet</em>
3256         <ul>
3257           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3258             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3259           <li>loading features via javascript API automatically
3260             enables feature display</li>
3261           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3262             work</li>
3263         </ul> <em>General</em>
3264         <ul>
3265           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3266           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3267             and then deselected</li>
3268           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3269           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3270             coloured with clustalx</li>
3271           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3272             exceptions and redraw errors</li>
3273           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3274             reconfigured view</li>
3275           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3276             colour</li>
3277           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3278             for lots of labels</li>
3279         </ul>
3280     </tr>
3281     <tr>
3282       <td>
3283         <div align="center">
3284           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3285         </div>
3286       </td>
3287       <td><em>Application</em>
3288         <ul>
3289           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3290           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3291           <li>View/alignment association menu to enable user to
3292             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3293             its colours/correspondences from</li>
3294           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3295           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3296             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3297           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3298           <li>Annotation row column label formatting attributes
3299             stored in project file</li>
3300           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3301             rows preserved in Jalview project file</li>
3302           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3303             saved using Desktop window menu</li>
3304           <li>Visual indication that command line arguments are
3305             still being processed</li>
3306           <li>Groovy script execution from URL</li>
3307           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3308             preferences</li>
3309           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3310             alignment with sequences that have high similarity and
3311             matching IDs</li>
3312           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3313           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3314             structures in same window</li>
3315           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3316           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3317             analysis function in its own submenu</li>
3318         </ul> <em>Applet</em>
3319         <ul>
3320           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3321             groups</li>
3322           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3323           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3324           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3325           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3326           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3327             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3328           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3329           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3330             parameters are treated as such</li>
3331           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3332             <ul>
3333               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3334               <li>Javascript callbacks for
3335                 <ul>
3336                   <li>Applet initialisation</li>
3337                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3338                 </ul>
3339               </li>
3340               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3341                 functions</li>
3342               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3343               <li>javascript structure viewer harness to pass
3344                 messages between Jmol and Jalview when running as
3345                 distinct applets</li>
3346               <li>sortBy method</li>
3347               <li>Set of applet and application examples shipped
3348                 with documentation</li>
3349               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3350                 javascript message exchange</li>
3351             </ul>
3352         </ul> <em>General</em>
3353         <ul>
3354           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3355             multiple alignments</li>
3356           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3357           <li>User configurable link to enable redirects to a
3358             www.Jalview.org mirror</li>
3359           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3360           <li>Configurable newline string when writing alignment
3361             and other flat files</li>
3362           <li>Allow alignment annotation description lines to
3363             contain html tags</li>
3364         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3365         <ul>
3366           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3367             examples</li>
3368           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3369             using a web service before displaying the result in the
3370             Jalview desktop</li>
3371           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3372           <li>Ant target to publish example html files with applet
3373             archive</li>
3374           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3375           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3376         </ul></td>
3377       <td><em>Application</em>
3378         <ul>
3379           <li>User defined colourscheme throws exception when
3380             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3381           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3382             dialog for valid filename/format</li>
3383           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3384           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3385             P37173</li>
3386           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3387             which sequence is to be associated with the file</li>
3388           <li>Find All raises null pointer exception when query
3389             only matches sequence IDs</li>
3390           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3391           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3392             2.4 cannot be loaded</li>
3393           <li>Filetype associations not installed for webstart
3394             launch</li>
3395           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3396             with sequences in different alignments do not get coloured
3397             by their associated sequence</li>
3398           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3399             not preserved when project is loaded</li>
3400           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3401             stored in Jalview project</li>
3402           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3403             Jalview project</li>
3404           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3405           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3406             by conservation</li>
3407           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3408             created on new view</li>
3409           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3410             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3411           <li>Alignment quality not updated after alignment
3412             annotation row is hidden then shown</li>
3413           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3414             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3415           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3416             properly</li>
3417           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3418             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3419           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3420           <li>Structures imported from file and saved in project
3421             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3422           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3423             job execution in full once it is complete</li>
3424         </ul> <em>Applet</em>
3425         <ul>
3426           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3427             annotation rows are displayed</li>
3428           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3429             codebase</li>
3430           <li>View follows highlighting does not work for positions
3431             in sequences</li>
3432           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3433           <li>Export features raises exception when no features
3434             exist</li>
3435           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3436             for javascript api is modified when separator string
3437             provided as parameter</li>
3438           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3439             alignment with no existing selection</li>
3440           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3441             to applet&#39;s codebase</li>
3442           <li>Status bar not updated after finished searching and
3443             search wraps around to first result</li>
3444           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3445             several Jalview applets causes race conditions and memory
3446             leaks</li>
3447           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3448             not sent from Jmol in applet</li>
3449           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3450             applet API fatally hang browser</li>
3451         </ul> <em>General</em>
3452         <ul>
3453           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3454             position with wrapped view and hidden regions</li>
3455           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3456             with/without hidden columns</li>
3457           <li>Sequence length given in alignment properties window
3458             is off by 1</li>
3459           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3460             import PDB like structure files</li>
3461           <li>Positional search results are only highlighted
3462             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3463           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3464           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3465             given sequence position</li>
3466           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3467             output</li>
3468           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3469             from nucleotide chains correctly</li>
3470           <li>Structure colours not updated when tree partition
3471             changed in alignment</li>
3472           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3473             parsed in interleaved stockholm</li>
3474           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3475             state</li>
3476           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3477             properly</li>
3478           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3479             properly associated with their pdb files</li>
3480         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3481         <ul>
3482           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3483             ApplyCopyright tool</li>
3484         </ul></td>
3485     </tr>
3486     <tr>
3487       <td>
3488         <div align="center">
3489           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3490         </div>
3491       </td>
3492       <td><em>Application</em>
3493         <ul>
3494           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3495             contact web services</li>
3496           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3497             service job window</li>
3498           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3499         </ul></td>
3500       <td>
3501         <ul>
3502           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3503             pir file emitted by Jalview</li>
3504           <li>Existing feature settings transferred to new
3505             alignment view created from cut'n'paste</li>
3506           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3507             parsing PDB files</li>
3508           <li>Consensus and conservation annotation rows
3509             occasionally become blank for all new windows</li>
3510           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3511             in wrapped view mode</li>
3512         </ul> <em>Application</em>
3513         <ul>
3514           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3515             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3516           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3517             parameter names</li>
3518           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3519             is down</li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522     </tr>
3523     <tr>
3524       <td>
3525         <div align="center">
3526           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3527         </div>
3528       </td>
3529       <td><em>Application</em>
3530         <ul>
3531           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3532             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3533             (JABAWS)
3534           </li>
3535           <li>Web Services preference tab</li>
3536           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3537             preferences</li>
3538           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3539           <li>Superpose structures using associated sequence
3540             alignment</li>
3541           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3542             viewer</li>
3543         </ul> <em>Applet</em>
3544         <ul>
3545           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3546             link out mechanism</li>
3547         </ul> <em>Other</em>
3548         <ul>
3549           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3550             series 12</li>
3551           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3552             require Java 1.5</li>
3553           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3554             sequence annotation files</li>
3555           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3556             type colour specification</li>
3557           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3558             script to check if it being run in an interactive session or
3559             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3560         </ul></td>
3561       <td>
3562         <ul>
3563           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3564             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3565         </ul> <em>Application</em>
3566         <ul>
3567           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3568             selected Regions menu item</li>
3569           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3570             part of a valid accession ID</li>
3571           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3572             runs out of memory</li>
3573           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3574             analysis results</li>
3575           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3576             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3577           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3578         </ul> <em>Applet</em>
3579         <ul>
3580           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3581             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3582             defined.</li>
3583         </ul>
3584       </td>
3585     </tr>
3586     <tr>
3587       <td>
3588         <div align="center">
3589           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3590         </div>
3591       </td>
3592       <td></td>
3593       <td>
3594         <ul>
3595           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3596             sequence IDs</li>
3597           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3598             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3599           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3600             import correctly</li>
3601           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3602             number of columns are hidden</li>
3603           <li>annotation label popup menu not providing correct
3604             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3605             present</li>
3606           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3607             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3608           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3609             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3610
3611         </ul> <em>Applet</em>
3612         <ul>
3613           <li>annotation panel disappears when annotation is
3614             hidden/removed</li>
3615         </ul> <em>Application</em>
3616         <ul>
3617           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3618             alignment opened where annotation panel is visible but no
3619             annotations are present on alignment</li>
3620           <li>pasted region containing hidden columns is
3621             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3622           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3623             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3624           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3625             selected Rregions menu item.</li>
3626           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3627             'Un' or 'Non'conserved</li>
3628           <li>Sequence feature settings are being shared by
3629             multiple distinct alignments</li>
3630           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3631             changed</li>
3632           <li>double click on group annotation to select sequences
3633             does not propagate to associated trees</li>
3634           <li>Mac OSX specific issues:
3635             <ul>
3636               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3637                 window background</li>
3638               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3639                 name set correctly</li>
3640               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3641                 save feature colourscheme button</li>
3642             </ul>
3643           </li>
3644         </ul>
3645       </td>
3646     </tr>
3647     <tr>
3648
3649       <td>
3650         <div align="center">
3651           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3652         </div>
3653       </td>
3654       <td><em>New Capabilities</em>
3655         <ul>
3656           <li>URL links generated from description line for
3657             regular-expression based URL links (applet and application)
3658
3659           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3660             menu</li>
3661           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3662             structures</li>
3663           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3664             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3665           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3666             average score or total feature count for each sequence.</li>
3667           <li>Shading features by score or associated description</li>
3668           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3669             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3670           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3671             hide everything but the currently selected region.</li>
3672           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3673         </ul> <em>Application</em>
3674         <ul>
3675           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3676             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3677           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3678             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3679           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3680             database references and protein_name is parsed as
3681             description line (BioSapiens terms).</li>
3682           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3683             references in sequence ID tooltip from View menu in
3684             application.</li>
3685           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3686       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3687           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3688             conservation plots</li>
3689           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3690             and visualized as sequence logos</li>
3691           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3692             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3693           </li>
3694           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3695             when a new tree is opened.</li>
3696           <li>Jalview Java Console</li>
3697           <li>Better placement of desktop window when moving
3698             between different screens.</li>
3699           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3700             consensus annotation</li>
3701           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3702             Workflows</li>
3703           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3704             <ul>
3705               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3706                 used to preserve views, structures, and tree display
3707                 settings)</li>
3708               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3709                 command line</li>
3710               <li>Sharing of selected regions between views and
3711                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3712               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3713             </ul></li>
3714         </ul> <em>Applet</em>
3715         <ul>
3716           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3717           <li>New Parameters
3718             <ul>
3719               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3720                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3721                 opened.</li>
3722               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3723                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3724               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3725                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3726               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3727                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3728                 view</li>
3729               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3730                 increase the height or width of a cell in the alignment
3731                 grid relative to the current font size.</li>
3732             </ul>
3733           </li>
3734           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3735             tooltip</li>
3736         </ul> <em>Other</em>
3737         <ul>
3738           <li>Features format: graduated colour definitions and
3739             specification of feature scores</li>
3740           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3741             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3742             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3743           <li>XML formats extended to support graduated feature
3744             colourschemes, group associated annotation, and profile
3745             visualization settings.</li></td>
3746       <td>
3747         <ul>
3748           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3749             rather than description</li>
3750           <li>Non-positional features are now included in sequence
3751             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3752             visibility in tooltip).</li>
3753           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3754           <li>Added URL embedding instructions to features file
3755             documentation.</li>
3756           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3757             'X' in peptide product</li>
3758           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3759             sequence ID and sequence string and query strings do not
3760             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3761           <li>AMSA files only contain first column of
3762             multi-character column annotation labels</li>
3763           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3764             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3765             exported and re-imported)</li>
3766           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3767             name</li>
3768           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3769             as subsequence matches, and correctly reports total number
3770             of both.</li>
3771           <li>Application:
3772             <ul>
3773               <li>Better handling of exceptions during sequence
3774                 retrieval</li>
3775               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3776                 link text excludes the start_end suffix</li>
3777               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3778                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3779               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3780               <li>Sequence description lines properly shared via
3781                 VAMSAS</li>
3782               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3783                 data sources</li>
3784               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3785                 completes before alignment figures are generated.</li>
3786               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3787                 first time.</li>
3788               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3789                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3790               <li>User defined group colours properly recovered
3791                 from Jalview projects.</li>
3792             </ul>
3793           </li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800         <div align="center">
3801           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3802         </div>
3803       </td>
3804       <td>
3805         <ul>
3806           <li>Experimental support for google analytics usage
3807             tracking.</li>
3808           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3809         </ul>
3810       </td>
3811       <td>
3812         <ul>
3813           <li>Race condition in applet preventing startup in
3814             jre1.6.0u12+.</li>
3815           <li>Exception when feature created from selection beyond
3816             length of sequence.</li>
3817           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3818           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3819             all sequences with a given id</li>
3820           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3821             ID string searches</li>
3822           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3823             alignment to fail with exception</li>
3824         </ul> <em>Application Issues</em>
3825         <ul>
3826           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3827           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3828             data sources</li>
3829         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3830         <ul>
3831           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3832             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3833           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3834             version (java class versioning error fixed)</li>
3835         </ul>
3836       </td>
3837     </tr>
3838     <tr>
3839       <td>
3840
3841         <div align="center">
3842           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3843         </div>
3844       </td>
3845       <td><em>User Interface</em>
3846         <ul>
3847           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3848             translation and protein products</li>
3849           <li>Linked highlighting of structure associated with
3850             residue mapping to codon position</li>
3851           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3852             and 'clear' button</li>
3853           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3854             Tools menu</li>
3855           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3856             numeric data in description line</li>
3857           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3858           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3859             of sequence</li>
3860         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3861         <ul>
3862           <li>JPred3 web service</li>
3863           <li>Prototype sequence search client (no public services
3864             available yet)</li>
3865           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3866             PFAM</li>
3867           <li>URL Links created for matching database cross
3868             references as well as sequence ID</li>
3869           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3870         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3871         <ul>
3872           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3873             databases</li>
3874           <li>Generalised database reference retrieval and
3875             validation to all fetchable databases</li>
3876           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3877             sequence command</li>
3878         </ul> <em>Import and Export</em>
3879         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3880         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3881           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3882         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3883           File</li>
3884         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3885           triplet as name of colourscheme</li>
3886         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3887         <ul>
3888           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3889           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3890             alignments (experimental)</li>
3891           <li>Create new or select existing session to join</li>
3892           <li>load and save of vamsas documents</li>
3893         </ul> <em>Application command line</em>
3894         <ul>
3895           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3896             from applet)</li>
3897           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3898             of DAS servers to query for alignment features</li>
3899           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3900             that are also automatically queried for features</li>
3901           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3902             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3903         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3904         <ul>
3905           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3906             application (when using &quot;View in full
3907             application&quot;)</li>
3908         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3909         <ul>
3910           <li>feature group display control parameter</li>
3911           <li>debug parameter</li>
3912           <li>showbutton parameter</li>
3913         </ul> <em>Applet API methods</em>
3914         <ul>
3915           <li>newView public method</li>
3916           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3917           <li>Feature display control methods</li>
3918           <li>get list of currently selected sequences</li>
3919         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3920         <ul>
3921           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3922           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3923             Jalview release.</li>
3924           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3925             property controls execution of obfuscator</li>
3926           <li>Build target for generating source distribution</li>
3927           <li>Debug flag for javacc</li>
3928           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3929             jalview.bin.Cache</li>
3930           <li>Continuous Build Integration for stable and
3931             development version of Application, Applet and source
3932             distribution</li>
3933         </ul></td>
3934       <td>
3935         <ul>
3936           <li>selected region output includes visible annotations
3937             (for certain formats)</li>
3938           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3939             for editing</li>
3940           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3941           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3942           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3943           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3944             comments</li>
3945           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3946             filenames containing a ':'</li>
3947           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3948             global sequence features</li>
3949           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3950             references from alignment sequences goes to zero</li>
3951           <li>Close of tree branch colour box without colour
3952             selection causes cascading exceptions</li>
3953           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3954           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3955             file parsing fails.</li>
3956           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3957           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3958             not a valid output format</li>
3959           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3960             vamsas</li>
3961           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3962           <li>error messages passed up and output when data read
3963             fails</li>
3964           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3965             sequence is edited</li>
3966           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3967             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3968           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3969             filetype</li>
3970           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3971             import fixed for PFAM records</li>
3972           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3973             window list</li>
3974           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3975             can be read and written correctly to annotation file</li>
3976           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3977             correctly</li>
3978           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3979             non-italic font for representatives in Applet</li>
3980           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3981             Macs.</li>
3982           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3983             Applet)</li>
3984           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3985             due to null pointer exceptions</li>
3986           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3987             first column of alignment</li>
3988           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3989             July 2008</li>
3990           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3991             file is case-insensitive</li>
3992           <li>Sequence features read from Features file appended to
3993             all sequences with matching IDs</li>
3994           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3995             containing a sub-sequence</li>
3996           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3997           <li>feature and annotation file applet parameters
3998             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3999           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4000           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4001             splash-screen version check to complete</li>
4002           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4003             when passing them to the launchApp service</li>
4004           <li>display name and local features preserved in results
4005             retrieved from web service</li>
4006           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4007             sequence fetcher initialisation</li>
4008           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4009             dasobert DAS client</li>
4010           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4011             association</li>
4012           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4013             sequences
4014           </li>
4015         </ul>
4016       </td>
4017     </tr>
4018     <tr>
4019       <td>
4020         <div align="center">
4021           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4022         </div>
4023       </td>
4024       <td>
4025         <ul>
4026           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4027           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4028           <li>Slide sequences</li>
4029           <li>Edit sequence in place</li>
4030           <li>EMBL CDS features</li>
4031           <li>DAS Feature mapping</li>
4032           <li>Feature ordering</li>
4033           <li>Alignment Properties</li>
4034           <li>Annotation Scores</li>
4035           <li>Sort by scores</li>
4036           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4037         </ul>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4042           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4043           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4044           <li>Feature group display state in XML</li>
4045           <li>Feature ordering in XML</li>
4046           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4047           <li>Stockholm alignment properties</li>
4048           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4049           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4050           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4051           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054
4055     </tr>
4056     <tr>
4057       <td>
4058         <div align="center">
4059           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4060         </div>
4061       </td>
4062       <td>
4063         <ul>
4064           <li>Non standard characters can be read and displayed
4065           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4066             applet via textbox
4067           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4068             name &amp; description
4069           <li>Preference setting to display sequence name in
4070             italics
4071           <li>Annotation file format extended to allow
4072             Sequence_groups to be defined
4073           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4074             specified in preferences
4075           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4076             sequences
4077         </ul>
4078       </td>
4079       <td>
4080         <ul>
4081           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4082             installed
4083           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4084           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4085         </ul>
4086       </td>
4087     </tr>
4088     <tr>
4089       <td>
4090         <div align="center">
4091           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4092         </div>
4093       </td>
4094       <td>
4095         <ul>
4096           <li>Multiple views on alignment
4097           <li>Sequence feature editing
4098           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4099           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4100           <li>Background dependent text colour
4101           <li>Right align sequence ids
4102           <li>User-defined lower case residue colours
4103           <li>Format Menu
4104           <li>Select Menu
4105           <li>Menu item accelerator keys
4106           <li>Control-V pastes to current alignment
4107           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4108           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4109           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4110
4111           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4112         </ul>
4113       </td>
4114       <td>
4115         <ul>
4116           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4117           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4118             calculations
4119           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4120             edits
4121           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4122             of alignment)
4123           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4124
4125           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4126             display correctly
4127           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4128           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4129             analysis results
4130           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4131             &#8739;
4132           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4133           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4134           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4135
4136         </ul>
4137       </td>
4138     </tr>
4139     <tr>
4140       <td>
4141         <div align="center">
4142           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4143         </div>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <ul>
4147           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4148         </ul>
4149       </td>
4150       <td>
4151         <ul>
4152           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4153             sequence id panel has been resized</li>
4154           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4155             rendered</li>
4156           <li>Annotation files with sequence references - all
4157             elements in file are relative to sequence position</li>
4158           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4159         </ul>
4160       </td>
4161     </tr>
4162     <tr>
4163       <td>
4164         <div align="center">
4165           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4166         </div>
4167       </td>
4168       <td>
4169         <ul>
4170           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4171           <li>DAS Feature fetching</li>
4172           <li>Hide sequences and columns</li>
4173           <li>Export Annotations and Features</li>
4174           <li>GFF file reading / writing</li>
4175           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4176             files</li>
4177           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4178           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4179           <li>Applet can launch the full application</li>
4180           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4181             required)</li>
4182           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4183           <li>Applet can load sequences from parameter
4184             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4185           </li>
4186         </ul>
4187       </td>
4188       <td>
4189         <ul>
4190           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4191           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4192           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4193         </ul>
4194       </td>
4195     </tr>
4196     <tr>
4197       <td>
4198         <div align="center">
4199           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4200         </div>
4201       </td>
4202       <td>
4203         <ul>
4204           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4205           <li>Choose to match case when searching</li>
4206           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4207             expand the visible width and height of the alignment</li>
4208         </ul>
4209       </td>
4210       <td>
4211         <ul>
4212           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4213         </ul>
4214       </td>
4215     </tr>
4216     <tr>
4217       <td>
4218         <div align="center">
4219           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4220         </div>
4221       </td>
4222       <td>&nbsp;</td>
4223       <td>
4224         <ul>
4225           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4226           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4227             value</li>
4228         </ul>
4229       </td>
4230     </tr>
4231     <tr>
4232       <td>
4233         <div align="center">
4234           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4235         </div>
4236       </td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4240           <li>Keyboard editing</li>
4241           <li>Create sequence features from searches</li>
4242           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4243             alignments</li>
4244           <li>Features file allows grouping of features</li>
4245           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4246           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4247           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4248         </ul>
4249       </td>
4250       <td>
4251         <ul>
4252           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4253           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4254             descriptions saved.</li>
4255         </ul>
4256       </td>
4257     </tr>
4258     <tr>
4259       <td>
4260         <div align="center">
4261           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4262         </div>
4263       </td>
4264       <td>
4265         <ul>
4266           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4267           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4268           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4269             name for file output</li>
4270           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4271           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4272             used for HTML form input</li>
4273         </ul>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>HTML output writes groups and features</li>
4278           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4279           <li>File IO bugs</li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282     </tr>
4283     <tr>
4284       <td>
4285         <div align="center">
4286           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4292           <li>More options for PCA viewer</li>
4293         </ul>
4294       </td>
4295       <td>
4296         <ul>
4297           <li>GUI bugs resolved</li>
4298           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4299         </ul>
4300       </td>
4301     </tr>
4302     <tr>
4303       <td height="63">
4304         <div align="center">
4305           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4306         </div>
4307       </td>
4308       <td>
4309         <ul>
4310           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4311           <li>Jar files are executable</li>
4312           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4313         </ul>
4314       </td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4318           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4319           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4320         </ul>
4321       </td>
4322     </tr>
4323     <tr>
4324       <td>
4325         <div align="center">
4326           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4327         </div>
4328       </td>
4329       <td>
4330         <ul>
4331           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334       <td>
4335         <ul>
4336           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339     </tr>
4340     <tr>
4341       <td>
4342         <div align="center">
4343           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4344         </div>
4345       </td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4349             size</li>
4350         </ul>
4351       </td>
4352       <td>
4353         <ul>
4354           <li>Improved JPred client reliability</li>
4355           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4356         </ul>
4357       </td>
4358     </tr>
4359     <tr>
4360       <td>
4361         <div align="center">
4362           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4363         </div>
4364       </td>
4365       <td>
4366         <ul>
4367           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4368           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4369           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4370             to Colour Menu</li>
4371           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4372           <li>Unix users can set default web browser</li>
4373           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4374           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4375         </ul>
4376       </td>
4377       <td>
4378         <ul>
4379           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4380         </ul>
4381       </td>
4382     </tr>
4383     <tr>
4384       <td>
4385         <div align="center">
4386           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4387         </div>
4388       </td>
4389       <td>&nbsp;</td>
4390       <td>
4391         <ul>
4392           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4393             alignment order.</li>
4394         </ul>
4395       </td>
4396     </tr>
4397     <tr>
4398       <td>
4399         <div align="center">
4400           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4401         </div>
4402       </td>
4403       <td>
4404         <ul>
4405           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4406           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4407           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4408             annotations.</li>
4409           <li>Version and build date written to build properties
4410             file.</li>
4411           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4412             at launch of Jalview.</li>
4413         </ul>
4414       </td>
4415       <td>
4416         <ul>
4417           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4418           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4419           <li>Can remove groups one by one.</li>
4420           <li>Filechooser icons installed.</li>
4421           <li>Finder ignores return character when searching.
4422             Return key will initiate a search.<br>
4423           </li>
4424         </ul>
4425       </td>
4426     </tr>
4427     <tr>
4428       <td>
4429         <div align="center">
4430           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4431         </div>
4432       </td>
4433       <td>
4434         <ul>
4435           <li>New codebase</li>
4436         </ul>
4437       </td>
4438       <td>&nbsp;</td>
4439     </tr>
4440   </table>
4441   <p>&nbsp;</p>
4442 </body>
4443 </html>