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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245         </ul>
 246       </td>
 247     <td align="left" valign="top">
 248         <ul>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 257             Jalview project involving multiple views</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 260             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 261             Annotation dialog hides columns</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 264             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 265             selection in one view, then making another selection in the
 266             other view</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 271             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 274             or the overview updates with large alignments</li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 277             region if columns were selected by dragging right-to-left
 278             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 279             <li>
 280             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 281             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 284             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 287             on export as Jalview features file</li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 290                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 291                                         </li>
 292                                         <li>
 293             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 294             printed when columns are hidden</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 299             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 314             opening an alignment</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 319             different groups in the alignment are selected</li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 344         </ul>
 345         <em>Editing</em>
 346         <ul>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 349             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 350             via 'Edit' sequence</li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 353             sequence features correctly when start of sequence is
 354             removed (Known defect since 2.10)</li>
 355         </ul><em>New Known Defects</em>
 356         <ul>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 361                                         <li>
 362                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 363                                                 columns within hidden columns
 364                                         </li>
 365                                         <li>
 366                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 367                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 368                                                 region
 369                                         </li>
 370                                 </ul>
 371       </td>
 372     </tr>
 373     <tr>
 374     <td width="60" nowrap>
 375       <div align="center">
 376         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 377       </div>
 378     </td>
 379     <td><div align="left">
 380         <em></em>
 381         <ul>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 384               InstallAnywhere increased to 1G.
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 388               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 389               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 390                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 391                 properties file.</em>
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 395               API and sequence data now imported as JSON.
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 399               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 400               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 401               property.
 402             </li>
 403           </ul>
 404           <em>Development</em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 408               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 409                 Clover</a>
 410             </li>
 411           </ul>
 412         </div></td>
 413     <td><div align="left">
 414         <em></em>
 415         <ul>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 418               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 419               alignment.
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 423               annotation displayed.
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 427               for newly created group when 'Apply to all groups'
 428               selected
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 432               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 433               visible.
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 437               when sequences are selected in exported view.</em>
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 441               aren't rendered with correct colour.
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 445               types of knotted RNA secondary structure.
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 449               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 450               do not start at 1.
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 454               annotation when columns are inserted into an alignment,
 455               and when exporting as Stockholm flatfile.
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 459               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 460               treated as RNA secondary structure.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 464               (not .jar) when saving a jalview project file.
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 468               transfers focus to previous window on OSX
 469             </li>
 470           </ul>
 471           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 475               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 476               box.
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 480               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 481               'look and feel' which has improved compatibility with the
 482               latest version of OSX.
 483             </li>
 484           </ul>
 485         </div>
 486     </td>
 487     </tr>
 488     <tr>
 489       <td width="60" nowrap>
 490         <div align="center">
 491           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 492             <em>7/06/2018</em></strong>
 493         </div>
 494       </td>
 495       <td><div align="left">
 496           <em></em>
 497           <ul>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 500               annotation retrieved from Uniprot
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 504               onto the Jalview Desktop
 505             </li>
 506           </ul>
 507         </div></td>
 508       <td><div align="left">
 509           <em></em>
 510           <ul>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 513               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 517               right-hand column parsed correctly
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 521               not alignment area in exported graphic
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 525               window has input focus
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 529               annotation added to view (Windows)
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 533               network connectivity is poor
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 537               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 538                 the currently open URL and links from a page viewed in
 539                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 540                 you are using Edge, only links in the page can be
 541                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 542                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 543             </li>
 544           </ul>
 545         </div></td>
 546     </tr>
 547     <tr>
 548       <td width="60" nowrap>
 549         <div align="center">
 550           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 551         </div>
 552       </td>
 553       <td><div align="left">
 554           <em></em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 558               for disabling automatic superposition of multiple
 559               structures and open structures in existing views
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 563               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 564               adjust them.
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 568               Ensembl services
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 572               and lots of hidden columns
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 576               of features (particularly when transparency is disabled)
 577             </li>
 578                                                 <li>
 579                                                         <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 580                                                         exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 581                                                         generally available
 582                                                 </li>
 583                                         </ul>
 584           </div>
 585       </td>
 586       <td><div align="left">
 587           <ul>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 590               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 594               overlapping alignment panel
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 598               sequence as gaps
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 602               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 603               UTR
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 607               factor annotation not added to sequence when local PDB
 608               file associated with it by drag'n'drop or structure
 609               chooser
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 613               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 617               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 621               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 625               columns in annotation row
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 629               honored in batch mode
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 633               for structures added to existing Jmol view
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 637               entries after importing project with multiple views
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 641               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 642               with negative residue numbers or missing residues fails
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 646               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 647               as generated by CONSURF)
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 651               tooltip doesn't include a text description of mutation
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 655               structure and/or overview windows are also shown
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 659               very slow for alignments with large numbers of sequences
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 663               with 'StringIndexOutOfBounds'
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 667               platforms running Java 10
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 671               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 672             </li>
 673           </ul>
 674           <em>Applet</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 678               should copy the group consensus when popup is opened on it
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>Batch Mode</em>
 682           <ul>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 685           </li>
 686           </ul>
 687           <em>New Known Defects</em>
 688           <ul>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 691               editing a large alignment and overview is displayed
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 695               repeatedly after a series of edits even when the overview
 696               is no longer reflecting updates
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 700               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 701               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 702               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 703             </li>
 704           </ul>
 705         </div>
 706           </td>
 707     </tr>
 708     <tr>
 709       <td width="60" nowrap>
 710         <div align="center">
 711           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 712         </div>
 713       </td>
 714       <td><div align="left">
 715           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 716               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 717       <td><div align="left">
 718           <em>Desktop</em><ul>
 719           <ul>
 720             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 721             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 722             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 723             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 724             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 725             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 726             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 727           </ul>
 728           </div>
 729       </td>
 730     </tr>
 731     <tr>
 732       <td width="60" nowrap>
 733         <div align="center">
 734           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 735         </div>
 736       </td>
 737       <td><div align="left">
 738           <em></em>
 739           <ul>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 742               rendering of sequence features
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 746               429 rate limit request hander
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 750               their colours have changed
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 754               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 758               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 762               view from Ensembl locus cross-references
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 766               Alignment report
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 770               feature can be disabled
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 774               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 778               Uniprot
 779             </li>
 780           </ul>
 781           <em>Scripting</em>
 782           <ul>
 783             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 784             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 785               percent identity scores for current alignment.</li>
 786           </ul>
 787           <em>Testing and Deployment</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 791             </li>
 792           </ul>
 793         </div></td>
 794       <td><div align="left">
 795           <em>General</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 799               threshold text field doesn't trigger an update to the
 800               alignment view
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 804               strings in parallel
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 808               alignment window is closed
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 812               group visibility
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 816               takes a long time in Cursor mode
 817             </li>
 818           </ul>
 819           <em>Desktop</em>
 820           <ul>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 823               cannot be viewed in Chimera
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 827               CDS/Protein view
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 831               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 832               Search Dialogs
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 842               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 846               scrolling right in unwapped alignment view
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 850               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 851               database
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 855               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 859               features of same type and group to be selected for
 860               amending
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 864               alignments when hidden columns are present
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 868               displaying several structures
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 872               moving a window
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 876               within the Jalview desktop on OSX
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 880               when in wrapped alignment mode
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 884               hand end of alignment
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 888               each selected sequence do not have correct start/end
 889               positions
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 893               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 897               restoring project until a new view is created
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 901               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 902               configured (since 2.10.2b2)
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 906               position is adjusted
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 910               in a multi-chain structure when viewing alignment
 911               involving more than one chain (since 2.10)
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 915               if new selection moves alignment window
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 919               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 923               that produces correctly annotated transcripts and products
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 927               doesn't update associated structure view
 928             </li>
 929           </ul>
 930           <em>Applet</em><br />
 931           <ul>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 934               closing alignment panel
 935             </li>
 936           </ul>
 937           <em>BioJSON</em><br />
 938           <ul>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 941               non-positional features
 942             </li>
 943           </ul>
 944           <em>New Known Issues</em>
 945           <ul>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 948               sequence features correctly (for many previous versions of
 949               Jalview)
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 953               using cursor in wrapped panel other than top
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 957               graduated colour threshold
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 961               always preserve numbering and sequence features
 962             </li>
 963           </ul>
 964           <em>Known Java 9 Issues</em>
 965           <ul>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 968               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 969               9.01, OSX 10.10)
 970             </li>
 971           </ul>
 972         </div></td>
 973     </tr>
 974     <tr>
 975       <td width="60" nowrap>
 976         <div align="center">
 977           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 978             <em>2/10/2017</em></strong>
 979         </div>
 980       </td>
 981       <td><div align="left">
 982           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 983           <ul>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 986             </li>
 987             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 988             </li>
 989           </ul>
 990         </div></td>
 991       <td><div align="left">
 992         </div></td>
 993     </tr>
 994     <tr>
 995       <td width="60" nowrap>
 996         <div align="center">
 997           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 998             <em>7/9/2017</em></strong>
 999         </div>
1000       </td>
1001       <td><div align="left">
1002           <em></em>
1003           <ul>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1006               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1007               white)
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1011               Preferences
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1015               in size and progress bar shown as higher resolution
1016               overview is recalculated
1017             </li>
1018
1019           </ul>
1020         </div></td>
1021       <td><div align="left">
1022           <em></em>
1023           <ul>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1026               column region row by row
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1030               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1034               format setting is unticked
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1038               if group has show boxes format setting unticked
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1042               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1043               include sequences and columns not currently displayed
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1047               assemblies are imported via CIF file
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1051               displayed when threshold or conservation colouring is also
1052               enabled.
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1056               server version
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1060               dragging a selected region off the visible region of the
1061               alignment
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1065               colourscheme to all groups in a view
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1069               initially after font size change using the Font chooser or
1070               middle-mouse zoom
1071             </li>
1072           </ul>
1073         </div></td>
1074     </tr>
1075     <tr>
1076       <td width="60" nowrap>
1077         <div align="center">
1078           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1079         </div>
1080       </td>
1081       <td><div align="left">
1082           <em>Calculations</em>
1083           <ul>
1084
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1087               ungapped positions in each column of the alignment.
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1091               a calculation dialog box
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1095               and memory efficiency (~30x faster)
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1099               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1100               and other calculations
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1104               files within the Jalview codebase
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1108               Similarity may have different topology due to increased
1109               precision
1110             </li>
1111           </ul>
1112           <em>Rendering</em>
1113           <ul>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1116               model for alignments and groups
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1120               scripts
1121             </li>
1122           </ul>
1123           <em>Overview</em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1127               with alignment and overview windows
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1131               overview
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1135               omitted in Overview
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1139               adjustment of visible position
1140             </li>
1141           </ul>
1142
1143           <em>Data import/export</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1147               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1151               annotation input/output via stockholm flatfile
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1155               extension when importing structure files without embedded
1156               names or PDB accessions
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1160               format sequence substitution matrices
1161             </li>
1162           </ul>
1163           <em>User Interface</em>
1164           <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1167               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1168               the application.
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1172               via Overview or sequence motif search operations
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1176               opened by double clicking gaps within sequence feature
1177               extent
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1181               aligned positions were available to create a 3D structure
1182               superposition.
1183             </li>
1184           </ul>
1185           <em>3D Structure</em>
1186           <ul>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1189               coloured in linked structure views
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1193               file-based command exchange
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1197               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1198               structures are already available for sequences
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1202               the Jalview project rather than downloaded again when the
1203               project is reopened.
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1207               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1208               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1209                 Feature</strong>)
1210             </li>
1211           </ul>
1212           <em>Web Services</em>
1213           <ul>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1219               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1220               Analysis services
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1224               cross-references provided by identifiers.org and the
1225               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1226             </li>
1227           </ul>
1228
1229           <em>Scripting</em>
1230           <ul>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1233               identifying file formats (instead of String constants)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1237               efficiency when counting all displayed features (not
1238               backwards compatible with 2.10.1)
1239             </li>
1240           </ul>
1241           <em>Example files</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1245               included in the example feature file
1246             </li>
1247           </ul>
1248           <em>Documentation</em>
1249           <ul>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1252               with the built-in Java help viewer
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1256               sequence description' option
1257             </li>
1258           </ul>
1259           <em>Test Suite</em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1263               Uniprot REST Free Text Search Client
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1270               during tests
1271             </li>
1272           </ul>
1273         </div></td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em>Calculations</em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1279               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1280               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1281             </li>
1282             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1283               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1284               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1285               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1286               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1287               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1288               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1289               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1290               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1291               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1292               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1293               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1294               // for 2.10.1 mode <br />
1295               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1296               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1297                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1298                 calculations (not recommended)</em></li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1301               scaling of branch lengths for trees computed using
1302               Sequence Feature Similarity.
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1306               generating output report when working with highly
1307               redundant alignments
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1311               right of selected region when gaps present on right-hand
1312               boundary
1313             </li>
1314           </ul>
1315           <em>User Interface</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1319               doesn't reselect a specific sequence's associated
1320               annotation after it was used for colouring a view
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1324               opened on a region of alignment without groups
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1328               of an alignment with overlapping groups
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1332               name and description match
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1336               hidden regions results in incorrect hidden regions
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1340               changing colour does not apply Conservation slider value
1341               to all groups
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1345               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1349               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1353               gaps before start of features
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1357               restored to UI when feature colour is edited
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1361               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1365               as graduate feature colour settings are modified via the
1366               dialog box
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1370               when a group defined on the alignment is resized
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1374               wrapped view result in positional status updates
1375             </li>
1376
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1379               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1383               alignment included gapped columns
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1387               widgets don't permanently disappear
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1391               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1392               T-Coffee column reliability scores)
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1396               sequence feature on gaps only
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1400               button from a Find inherit previously defined feature type
1401               rather than the Find query string
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1405               exporting tree calculated in Jalview
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1409               and then revealing them reorders sequences on the
1410               alignment
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1414               doesn't update to reflect available set of groups after
1415               interactively adding or modifying features
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1419               Linux
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1423               only excluded gaps in current sequence and ignored
1424               selection.
1425             </li>
1426           </ul>
1427           <em>Rendering</em>
1428           <ul>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1431               erratically when hidden rows or columns are present
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1435               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1436               sequence colouring
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1440               colour and group colour menu for protein alignments
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1444               reflect currently selected view or group's shading
1445               thresholds
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1449               when rendered on overview and structures when opacity at
1450               100%
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1454               overview when features overlaid on alignment
1455             </li>
1456           </ul>
1457           <em>Data import/export</em>
1458           <ul>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1461               load
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1465               added after a sequence was imported are not written to
1466               Stockholm File
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1470               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1474               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1478               with lightGray or darkGray via features file (but can
1479               specify lightgray)
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1483               when alignment view imported from project
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1487               structure and sequences extracted from structure files
1488               imported via URL and viewed in Jmol
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1492               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1493               the project is loaded and the structure viewed
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>Web Services</em>
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1500               release of Ensembl v.88
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1504               appear enabled in Preferences->Connections
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1508               removed from console output
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1512               Ensembl by Peptide ID
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1516               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1517               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1518               due to 'null' string rather than empty string used for
1519               residues with no corresponding PDB mapping).
1520             </li>
1521           </ul>
1522           <em>Application UI</em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1526               menu
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1530               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1531               new documentation and tooltips added)
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1535               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1539               new features are added to alignment
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1543               changes to feature colours via the Amend features dialog
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1547               edit graduated feature colour via amend features dialog
1548               box
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1552               selection menu changes colours of alignment views
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1556               from alignment calculation workers after alignment has
1557               been closed
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1561               groups now 'Create Group'
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1565               Create/Undefine group doesn't always work
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1569               shown again after pressing 'Cancel'
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1573               adjusts start position in wrap mode
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1577               ambiguous amino acids
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1581               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1582               proteins
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1586               Defined' don't appear in Colours menu
1587             </li>
1588           </ul>
1589           <em>Applet</em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1593               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1597               overview or linked structure view
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1601               work (since 2.8)
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1605               user-defined colourscheme doesn't restore original
1606               colourscheme
1607             </li>
1608           </ul>
1609           <em>Test Suite</em>
1610           <ul>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1613               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1617               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1618               problems with deep array comparison equality asserts in
1619               successive versions of TestNG
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1623               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1624             </li>
1625           </ul>
1626           <em>New Known Issues</em>
1627           <ul>
1628             <li>
1629               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1630               phase after a sequence motif find operation
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1634               containing just upper and lower case letters are
1635               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1639               reliably from eggnog Ortholog database
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1643               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1644               to mark columns containing highlighted regions.
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1648               doesn't always add secondary structure annotation.
1649             </li>
1650           </ul>
1651         </div>
1652     <tr>
1653       <td width="60" nowrap>
1654         <div align="center">
1655           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1656         </div>
1657       </td>
1658       <td><div align="left">
1659           <em>General</em>
1660           <ul>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1663               for all consensus calculations
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1667               3rd Oct 2016)
1668             </li>
1669             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1670               for 2016-2017</li>
1671           </ul>
1672           <em>Application</em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1676               set of database cross-references, sorted alphabetically
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1680               from database cross references. Users with custom links
1681               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1682                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1686               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1687               Chimera session
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1691               the Chimera it is connected to is shut down
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1695               columns menu item to mark columns containing highlighted
1696               regions (e.g. from structure selections or results of a
1697               Find operation)
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1701               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1702               MSAviewer
1703             </li>
1704           </ul>
1705         </div></td>
1706       <td>
1707         <div align="left">
1708           <em>General</em>
1709           <ul>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1712               are not coloured or thresholded according to percent
1713               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1717               hydrophobic
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1721               threshold, amino acid properties)
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1725               reported as mapped to residues in a structure file in the
1726               View Mapping report
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1730               could be added multiple times to a sequence
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1734               bond features shown as two highlighted residues rather
1735               than a range in linked structure views, and treated
1736               correctly when selecting and computing trees from features
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1740               cross-references are matched to database name regardless
1741               of case
1742             </li>
1743
1744           </ul>
1745           <em>Application</em>
1746           <ul>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1749               names without regular expressions also offer links from
1750               Sequence ID
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1754               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1755               update Jalview configuration
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1759               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1763               files with similarly named sequences if dropped onto the
1764               alignment
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1768               entries where more chains exist in the PDB accession than
1769               are reported in the SIFTS file
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1773               the structure view when displayed with Chimera
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1777               panel's View->Show Chains submenu
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1781               work for wrapped alignment views
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1785               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1789               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1790               first annotation row
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1794               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1798               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1799             </li>
1800             <!-- JAL-2319 -->
1801             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1802             coordindate data
1803             </li>
1804           </ul>
1805           <!--           <em>New Known Issues</em>
1806           <ul>
1807             <li></li>
1808           </ul> -->
1809         </div>
1810       </td>
1811     </tr>
1812     <td width="60" nowrap>
1813       <div align="center">
1814         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1815           <em>25/10/2016</em></strong>
1816       </div>
1817     </td>
1818     <td><em>Application</em>
1819       <ul>
1820         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1821           view if structures already loaded</li>
1822         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1823           structure views</li>
1824       </ul></td>
1825     <td>
1826       <div align="left">
1827         <em>General</em>
1828         <ul>
1829           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1830             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1831           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1832             example sequences/projects/trees</li>
1833         </ul>
1834         <em>Application</em>
1835         <ul>
1836           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1837             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1838           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1839             without timeout for structures with multiple models or
1840             multiple sequences in alignment</li>
1841           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1842             PDB ID HEADER line</li>
1843           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1844             is performed</li>
1845           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1846             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1847           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1848           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1849             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1850             option</li>
1851           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1852             is created on the alignment</li>
1853           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1854             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1855             pop-up menu</li>
1856         </ul>
1857         <em>Build and deployment</em>
1858         <ul>
1859           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1860             tags</li>
1861         </ul>
1862         <em>New Known Issues</em>
1863         <ul>
1864           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1865             on Windows</li>
1866         </ul>
1867       </div>
1868     </td>
1869     </tr>
1870     <tr>
1871       <td width="60" nowrap>
1872         <div align="center">
1873           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1874         </div>
1875       </td>
1876       <td><em>General</em>
1877         <ul>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1880           </li>
1881           <li>
1882             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1883             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1884             better PDB parsing.
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1888             reference sequence
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1892             mousing over sequence associated annotation
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1896             for manual entry
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1900             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1901             for each column
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1905             showing or hiding columns containing a feature
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1909             group and sequence associated annotation labels
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1913             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1914             dialogs
1915           </li>
1916
1917         </ul> <em>Application</em>
1918         <ul>
1919           <li>
1920             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1921             gene/transcript view
1922           </li>
1923           <li>
1924             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1925             dialog
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1929             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1933             Pfam sources to xfam.org
1934           </li>
1935           <li>
1936             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1937           </li>
1938           <li>
1939             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1940             over sequences in Jalview
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1944             regions in ENA and EMBL
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1948             for record retrieval via ENA rest API
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1952             complement operator
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1956             groovy script execution
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1960             alignment window's Calculate menu
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1964             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1968             calculation workers from groovy scripts
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1972             Jalview projects
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1976             associations are now saved/restored from project
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1980             before sequence fetcher is opened
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1984             database chooser opens a sequence fetcher
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1988             the UniProt REST API
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1992             the news reader opening
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1996             querying stored in preferences
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2000             search results
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2004           </li>
2005           <li>
2006             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2007             menu for nucleotide sequences
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2011             and feature counts preserves alignment ordering (and
2012             debugged for complex feature sets).
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2016             viewing structures with Jalview 2.10
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2020             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2021             Ensembl Genomes REST API
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2025             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2026             (Ensembl)
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2030             sequences
2031           </li>
2032           <li>
2033             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2034             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2035             data from external database records.
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2039             efficient recovery of sequence coding and alignment
2040             annotation relationships.
2041           </li>
2042         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2043         <ul>
2044           <li>
2045             -- JAL---
2046           </li>
2047         </ul> --></td>
2048       <td>
2049         <div align="left">
2050           <em>General</em>
2051           <ul>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2054               menu on OSX
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2058               includes graduated colourschemes
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2062               working with big alignments and lots of hidden columns
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2066               at right of alignment window
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2070               contents
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2074               for DNA alignments
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2078               based tree calculation
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2082               unconserved enabled for group on alignment
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2086               set as reference
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2090               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2091               annotation
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2095               hidden columns present
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2099               user created annotation added to alignment
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2103               '()' base pair annotation
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2107               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2108               Consensus
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2112               feature not working
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2116               beginning of sequence
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2120               entry 3a6s
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2124               from a tree when t-coffee scores are shown
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2128               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2132               some structures
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2136               to Clustal, PIR and PileUp output
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2140               not visible causes alignment window to repaint
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2144               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2145               scores associated with features and annotation rows
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2149               calculation should be case independent
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2153               columns
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2157               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2158               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2162               problems when reference sequence defined and 'show
2163               non-conserved' enabled
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2167               load even when Consensus calculation is disabled
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2171               alignment does nothing
2172             </li>
2173           </ul>
2174           <em>Application</em>
2175           <ul>
2176             <li>
2177               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2178               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2179               yet fixed for El Capitan)
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2183               output when running on non-gb/us i18n platforms
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2187               hidden sequences as flat-file alignment
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2191               launching Chimera
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2195               (also hotfix for 2.9.0b2)
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2199               reference sequence defined
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2203               alignments and views when revealing hidden columns
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2207               view in a cDNA/Protein splitframe
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2211               sequence from project when only one sequence is
2212               represented
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2216               in Structure Chooser
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2220               structure consensus didn't refresh annotation panel
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2224               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2228               dialogs format columns correctly, don't display array
2229               data, sort columns according to type
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2233               file chooser is cancelled during an image export
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2237               sequence name containing special characters
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2241               case insensitive
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2245               formatting don't wrap
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2249               truncated so L looks like I in consensus annotation
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2253               currently displayed features for the current selection or
2254               view
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2258               after fetching cross-references, and restoring from
2259               project
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2263               followed in the structure viewer
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2267               splitframe not restored from project
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2271               trailing end of protein alignment in transcript/product
2272               splitview when pad-gaps not enabled by default
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2276               is case dependent
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2280               article has been read (reopened issue due to
2281               internationalisation problems)
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2285               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2286               cross-references
2287             </li>
2288
2289             <li>
2290               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2291               alignment as HTML
2292             </li>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2295               multiple structures are shown for one or more sequences.
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2299               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2300               is enabled.
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2304               specific PDB id for sequence
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2308               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2309               columns' is disabled.
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2313               selects lowest rather than highest resolution structures
2314               for each sequence
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2318               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2322               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2326               after clicking on it to create new annotation for a
2327               column.
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2331               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2332             </li>
2333             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2334             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2335           </ul>
2336           <em>Applet</em>
2337           <ul>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2340               hidden columns present before start of sequence
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2344               (JSON jars)
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2348               sequences are hidden in applet
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2352               deployment on examples pages.
2353             </li>
2354           </ul>
2355         </div>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <tr>
2359       <td width="60" nowrap>
2360         <div align="center">
2361           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2362             <em>16/10/2015</em></strong>
2363         </div>
2364       </td>
2365       <td><em>General</em>
2366         <ul>
2367           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2368             jars</li>
2369         </ul></td>
2370       <td>
2371         <div align="left">
2372           <em>Application</em>
2373           <ul>
2374             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2375               shown when tree is partitioned</li>
2376             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2377               multiple cDNA/Protein split views</li>
2378           </ul>
2379         </div>
2380       </td>
2381     </tr>
2382     <tr>
2383       <td width="60" nowrap>
2384         <div align="center">
2385           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2386             <em>8/10/2015</em></strong>
2387         </div>
2388       </td>
2389       <td><em>General</em>
2390         <ul>
2391           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2392             2.9</li>
2393         </ul> <em>Application</em>
2394         <ul>
2395           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2396           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2397           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2398         </ul> <em>Applet</em>
2399         <ul>
2400           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2401         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2402         <ul>
2403           <li>
2404             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2405             suite
2406           </li>
2407         </ul></td>
2408       <td>
2409         <div align="left">
2410           <em>General</em>
2411           <ul>
2412             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2413               incorrect when sequence start > 1</li>
2414             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2415               documentation</li>
2416             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2417             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2418               loading a features file containing HTML tags in feature
2419               description</li>
2420
2421           </ul>
2422           <em>Application</em>
2423           <ul>
2424             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2425               reimport</li>
2426             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2427               with 'trim retrieved sequences'</li>
2428             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2429               deleting selected columns</li>
2430             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2431               JNLP templates for webstart launch</li>
2432             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2433               unreleased structures for download or viewing</li>
2434             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2435               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2436             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2437               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2438             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2439               recovered from jalview project</li>
2440             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2441               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2442               alignment view</li>
2443             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2444               color schemes from BioJSON</li>
2445           </ul>
2446           <em>Applet</em>
2447           <ul>
2448             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2449               frame</li>
2450             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2451           </ul>
2452         </div>
2453       </td>
2454     </tr>
2455     <tr>
2456       <td><div align="center">
2457           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2458         </div></td>
2459       <td><em>General</em>
2460         <ul>
2461           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2462             alignments:
2463             <ul>
2464               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2465                 and DNA alignment views</li>
2466               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2467                 cDNA alignment views</li>
2468               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2469                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2470               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2471                 protein sequences</li>
2472             </ul>
2473           </li>
2474           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2475           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2476             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2477           <li>New alignment annotation file statements for
2478             reference sequences and marking hidden columns</li>
2479           <li>Reference sequence based alignment shading to
2480             highlight variation</li>
2481           <li>Select or hide columns according to alignment
2482             annotation</li>
2483           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2484           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2485             acid conservation row</li>
2486           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2487         </ul> <em>Application</em>
2488         <ul>
2489           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2490             <ul>
2491               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2492                 view with cDNA/Protein</li>
2493               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2494                 sequences are placed in the same alignment</li>
2495               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2496                 projects</li>
2497             </ul>
2498           </li>
2499
2500           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2501           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2502             Jalview windows</li>
2503
2504           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2505           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2506           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2507             be shown in VARNA</li>
2508
2509           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2510             as the active selected region</li>
2511
2512           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2513             similarity</li>
2514           <li>New Export options
2515             <ul>
2516               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2517                 region export in flat file generation</li>
2518
2519               <li>Export alignment views for display with the <a
2520                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2521
2522               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2523               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2524                 alignment figures to HTML</li>
2525           </li>
2526           <li>3D structure retrieval and display
2527             <ul>
2528               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2529                 Search API</li>
2530               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2531                 PDB structures for a sequence set</li>
2532             </ul>
2533           </li>
2534
2535           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2536             predictions</li>
2537           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2538             for one or a group of sequences</li>
2539           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2540             from the JPred4 web server</li>
2541           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2542             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2543             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2544           </li>
2545           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2546             VARNA 2D Structure'</li>
2547           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2548             Structure ..."</li>
2549
2550         </ul> <em>Applet</em>
2551         <ul>
2552           <li>New layout for applet example pages</li>
2553           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2554             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2555           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2556             Protein alignments</li>
2557         </ul> <em>Development and deployment</em>
2558         <ul>
2559           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2560           <li>Include installation type and git revision in build
2561             properties and console log output</li>
2562           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2563             storing BioJsMSA Templates</li>
2564           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2565         </ul></td>
2566       <td>
2567         <!-- <em>General</em>
2568         <ul>
2569         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2570         <ul>
2571           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2572           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2573           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2574             predictions are not highlighted in amber</li>
2575           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2576             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2577           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2578             associated structure views</li>
2579           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2580             width checkbox not enabled</li>
2581           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2582             creating user defined colours</li>
2583           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2584             mappings for just that viewer's sequences</li>
2585           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2586             multiple models in Chimera</li>
2587           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2588             over Jmol structure</li>
2589           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2590             output to text box</li>
2591           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2592             have incorrect sequence start/end</li>
2593           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2594             Jalview fails</li>
2595           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2596             work for nucleotide</li>
2597           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2598             to a grey/invisible alignment window</li>
2599           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2600             imports to different position</li>
2601           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2602             on some platforms</li>
2603           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2604             populated</li>
2605           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2606             console if Chimera has been opened</li>
2607           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2608           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2609             retrieved</li>
2610           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2611           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2612             either sequence shows on first structure</li>
2613           <li>'Show annotations' options should not make
2614             non-positional annotations visible</li>
2615           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2616             in right place after 'view flanking regions'</li>
2617           <li>File Save As type unset when current file format is
2618             unknown</li>
2619           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2620             projects</li>
2621           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2622             responsive</li>
2623           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2624             several views on same alignment</li>
2625           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2626           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2627             spaces</li>
2628         </ul> <em>Applet</em>
2629         <ul>
2630           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2631           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2632             descriptions containing angle brackets</li>
2633         </ul> <em>General</em>
2634         <ul>
2635           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2636             via jalview annotation file</li>
2637           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2638             with RNA secondary structure</li>
2639           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2640             translation doesn't work.</li>
2641           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2642           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2643             positions</li>
2644           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2645             choosing 1pt font</li>
2646           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2647             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2648             'h'</li>
2649           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2650             new feature</li>
2651           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2652             order dependent</li>
2653           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2654             sequences</li>
2655           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2656         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2657         <ul>
2658           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2659             www.jalview.org</li>
2660         </ul> <em>Application Known issues</em>
2661         <ul>
2662           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2663           <li>Misleading message appears after trying to delete
2664             solid column.</li>
2665           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2666             version launches</li>
2667           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2668             fails with a sequence mismatch</li>
2669           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2670             scrolling alignment to right</li>
2671           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2672             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2673           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2674             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2675           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2676             ultra-high resolution</li>
2677           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2678             quality and conservation</li>
2679           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2680             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2681         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2682         <ul>
2683           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2684           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2685             window is being resized</li>
2686
2687         </ul>
2688       </td>
2689     </tr>
2690     <tr>
2691       <td><div align="center">
2692           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2693         </div></td>
2694       <td><em>General</em>
2695         <ul>
2696           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2697             Certum.PL.</li>
2698           <li>Features and annotation preserved when performing
2699             pairwise alignment</li>
2700           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2701             imported/exported/displayed</li>
2702           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2703             protein secondary structure</li>
2704           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2705               post-hoc with 2.9 release</em>)
2706           </li>
2707
2708         </ul> <em>Application</em>
2709         <ul>
2710           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2711             with 3D structures</li>
2712           <li>Support for parsing RNAML</li>
2713           <li>Annotations menu for layout
2714             <ul>
2715               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2716               <li>place sequence annotation above/below alignment
2717                 annotation</li>
2718             </ul>
2719           <li>Output in Stockholm format</li>
2720           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2721             translation</li>
2722           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2723           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2724             shared between alignments</li>
2725           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2726             Jalview</li>
2727           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2728             all or current selection</li>
2729           <li>disorder and secondary structure predictions
2730             available as dataset annotation</li>
2731           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2732
2733
2734           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2735             alignments from Rfam</li>
2736           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2737
2738           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2739             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2740           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2741           <li>include installation type in build properties and
2742             console log output</li>
2743           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2744             annotation</li>
2745         </ul></td>
2746       <td>
2747         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2750             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2751           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2752             alignment</li>
2753           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2754           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2755           <li>Double click on sequence associated annotation
2756             selects only first column</li>
2757           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2758             leaves shown in tree</li>
2759           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2760             properly</li>
2761           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2762           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2763             screen and buttons not visible</li>
2764           <li>author list isn't updated if already written to
2765             Jalview properties</li>
2766           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2767             from database</li>
2768           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2769           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2770             browser search window</li>
2771           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2772             in feature settings dialog</li>
2773           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2774             desktop</li>
2775           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2776             pass validation</li>
2777           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2778             fit on screen</li>
2779           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2780             tooltip</li>
2781           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2782             defined user preset</li>
2783           <li>MSA web services warns user if they were launched
2784             with invalid input</li>
2785           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2786             Java 8</li>
2787           <li>
2788             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2789             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2790             created
2791           </li>
2792
2793         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2794         <ul>
2795         </ul> <em>General</em>
2796         <ul>
2797         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2798         <ul>
2799           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2800             memory allocation</li>
2801           <li>launchApp service doesn't automatically open
2802             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2803           <li>
2804             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2805             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2806             1.7_055 is available
2807           </li>
2808         </ul> <em>Application Known issues</em>
2809         <ul>
2810           <li>
2811             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2812             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2813             alignment to right
2814           </li>
2815           <li>
2816             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2817             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2818             with large number of ID
2819           </li>
2820           <li>
2821             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2822             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2823             start/end
2824           </li>
2825           <li>
2826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2827             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2828             structure tracks are rearranged
2829           </li>
2830           <li>
2831             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2832             invalid rna structure positional highlighting does not
2833             highlight position of invalid base pairs
2834           </li>
2835           <li>
2836             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2837             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2838             project from alignment window file menu
2839           </li>
2840           <li>
2841             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2842             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2843             structures
2844           </li>
2845           <li>
2846             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2847             colour by RNA Helices not enabled when user created
2848             annotation added to alignment
2849           </li>
2850           <li>
2851             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2852             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2853           </li>
2854         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2855         <ul>
2856           <li>
2857             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2858             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2859           </li>
2860           <li>
2861             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2862             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2863           </li>
2864
2865           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2866             when selected</li>
2867         </ul>
2868       </td>
2869     </tr>
2870     <tr>
2871       <td><div align="center">
2872           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2873         </div></td>
2874       <td>
2875         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2876         <em>General</em>
2877         <ul>
2878           <li>Internationalisation of user interface (usually
2879             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2880           <li>Define/Undefine group on current selection with
2881             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2882           <li>Improved group creation/removal options in
2883             alignment/sequence Popup menu</li>
2884           <li>Sensible precision for symbol distribution
2885             percentages shown in logo tooltip.</li>
2886           <li>Annotation panel height set according to amount of
2887             annotation when alignment first opened</li>
2888         </ul> <em>Application</em>
2889         <ul>
2890           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2891             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2892           <li>Select columns containing particular features from
2893             Feature Settings dialog</li>
2894           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2895             sequences</li>
2896           <li>Update Jalview project format:
2897             <ul>
2898               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2899               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2900                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2901               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2902                 colouring</li>
2903             </ul>
2904           </li>
2905           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2906             (PAM250)</li>
2907           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2908             flanking regions for an alignment</li>
2909         </ul>
2910       </td>
2911       <td>
2912         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2913         <ul>
2914           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2915             running after job is cancelled</li>
2916           <li>cannot export features from alignments imported from
2917             Jalview/VAMSAS projects</li>
2918           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2919             float values</li>
2920           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2921             have 'display all symbols' flag set</li>
2922           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2923             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2924           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2925             Jalview</li>
2926           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2927             Lion/Webstart</li>
2928           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2929           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2930           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2931             alignment onto desktop</li>
2932           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2933             'extract scores' function</li>
2934           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2935             alignment window</li>
2936           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2937             performing IUPred disorder prediction</li>
2938           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2939             changing 'normalise logo' display setting</li>
2940           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2941             nothing matches query</li>
2942           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2943             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2944           </li>
2945           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2946             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2947           </li>
2948           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2949             Jalview's menu</li>
2950           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2951             'invalid literal/length code'</li>
2952           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2953             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2954           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2955             colourscheme</li>
2956
2957         </ul> <em>Applet</em>
2958         <ul>
2959           <li>Remove group option is shown even when selection is
2960             not a group</li>
2961           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2962             don't affect groups</li>
2963           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2964             colourscheme name</li>
2965           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2966             Annotation panel is not displayed</li>
2967           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2968             embedded windows</li>
2969         </ul> <em>Other</em>
2970         <ul>
2971           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2972             single sequence were not calculated</li>
2973           <li>annotation files that contain only groups imported as
2974             annotation and junk sequences</li>
2975           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2976             recognised as PFAM or BLC</li>
2977           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2978             doesn't affect background (2.8.0b1)
2979           <li></li>
2980           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2981           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2982             trailing gaps</li>
2983           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2984             registered correctly on import</li>
2985           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2986             certain alignments</li>
2987           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2988             existing annotation based 'use original colours'
2989             colourscheme loses original colours setting</li>
2990         </ul>
2991       </td>
2992     </tr>
2993     <tr>
2994       <td><div align="center">
2995           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2996             <em>30/1/2014</em></strong>
2997         </div></td>
2998       <td>
2999         <ul>
3000           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3001             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3002             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3003             open source project).
3004           </li>
3005           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3006           <li>Output in Stockholm format</li>
3007           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3008           <li>Export/import group and sequence associated line
3009             graph thresholds</li>
3010           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3011             ambiguity codes</li>
3012           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3013             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3014             works</li>
3015           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3016         </ul> <em>Other improvements</em>
3017         <ul>
3018           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3019           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3020             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3021           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3022             files</li>
3023           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3024           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3025             link but no description</li>
3026           <li>Select primary source when selecting authority in
3027             database fetcher GUI</li>
3028           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3029             Jalview</li>
3030           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3031         </ul>
3032       </td>
3033       <td>
3034         <ul>
3035           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3036             displayed</li>
3037           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3038             secondary structure annotation line</li>
3039           <li>Sequence database accessions not imported when
3040             fetching alignments from Rfam</li>
3041           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3042             identical IDs</li>
3043           <li>View all structures does not always superpose
3044             structures</li>
3045           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3046             reflect user or preset settings</li>
3047           <li>Null pointer exceptions for some services without
3048             presets or adjustable parameters</li>
3049           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3050             discover PDB xRefs</li>
3051           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3052             features with DAS</li>
3053           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3054             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3055           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3056             residue follows a gap</li>
3057           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3058             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3059           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3060             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3061           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3062             annotation already exists on alignment</li>
3063           <li>oninit javascript function should be called after
3064             initialisation completes</li>
3065           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3066             alignment window display</li>
3067           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3068           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3069             to annotation file</li>
3070           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3071             groups created</li>
3072           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3073             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3074           <li>Pressing return several times causes Number Format
3075             exceptions in keyboard mode</li>
3076           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3077             correct partitions for input data</li>
3078           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3079           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3080           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3081           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3082             mode</li>
3083           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3084             changes one row&#39;s threshold</li>
3085           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3086             doesn&#39;t open</li>
3087           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3088             quality histograms</li>
3089         </ul>
3090       </td>
3091     </tr>
3092     <tr>
3093       <td><div align="center">
3094           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3095         </div></td>
3096       <td><em>Application</em>
3097         <ul>
3098           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3099             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3100           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3101             preferences</li>
3102           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3103             in Jalview alignment window</li>
3104           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3105             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3106           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3107             RNA and ambiguity codes</li>
3108
3109           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3110           <li>Support fetching and database reference look up
3111             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3112             refs')</li>
3113           <li>Jalview project improvements
3114             <ul>
3115               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3116                 flag for annotation</li>
3117               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3118                 alignment</li>
3119               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3120                 Jalview project</li>
3121
3122             </ul>
3123           </li>
3124           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3125           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3126             running</li>
3127           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3128           <li>visual indication that web service results are still
3129             being retrieved from server</li>
3130           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3131             starts up for first time</li>
3132           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3133             services</li>
3134           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3135             client library</li>
3136           <li>Examples directory and Groovy library included in
3137             InstallAnywhere distribution</li>
3138         </ul> <em>Applet</em>
3139         <ul>
3140           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3141             visualization applet example</li>
3142         </ul> <em>General</em>
3143         <ul>
3144           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3145           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3146             defaults</li>
3147           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3148             calculation</li>
3149           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3150             matrices
3151           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3152             in HTML</li>
3153           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3154             structure contacts</li>
3155           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3156           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3157           <li>Parse sequence associated secondary structure
3158             information in Stockholm files</li>
3159           <li>HTML Export database accessions and annotation
3160             information presented in tooltip for sequences</li>
3161           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3162             style RNA alignment files</li>
3163           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3164             alignment</li>
3165           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3166             shade each sequence according to its associated alignment
3167             annotation</li>
3168           <li>New Jalview Logo</li>
3169         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3170         <ul>
3171           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3172           <li>New Website!</li>
3173         </ul></td>
3174       <td><em>Application</em>
3175         <ul>
3176           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3177             wsdbfetch REST service</li>
3178           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3179           <li>Filetype associations not installed for webstart
3180             launch</li>
3181           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3182             job execution in full once it is complete</li>
3183           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3184             uploaded via ali_file parameter</li>
3185           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3186           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3187           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3188             submitted for prediction</li>
3189           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3190             desktop window</li>
3191           <li>Putting fractional value into integer text box in
3192             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3193           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3194             windows 7</li>
3195           <li>View all structures fails with exception shown in
3196             structure view</li>
3197           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3198             escaped in a platform independent way</li>
3199           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3200             using proxy</li>
3201           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3202             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3203           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3204             failure when java web start temporary file caching is
3205             disabled</li>
3206           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3207             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3208           <li>Errors during processing of command line arguments
3209             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3210           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3211             DAS sources in sequence fetcher</li>
3212           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3213             dialog is shown</li>
3214           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3215           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3216           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3217           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3218             on OSX Mountain Lion</li>
3219           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3220             sequences with alignment annotation are pasted into the
3221             alignment</li>
3222           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3223             when loaded from Jalview project</li>
3224           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3225           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3226             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3227           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3228             associated with all views</li>
3229           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3230             annotation rows to new window</li>
3231         </ul> <em>Applet</em>
3232         <ul>
3233           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3234             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3235           <li>loading features via javascript API automatically
3236             enables feature display</li>
3237           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3238             work</li>
3239         </ul> <em>General</em>
3240         <ul>
3241           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3242           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3243             and then deselected</li>
3244           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3245           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3246             coloured with clustalx</li>
3247           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3248             exceptions and redraw errors</li>
3249           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3250             reconfigured view</li>
3251           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3252             colour</li>
3253           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3254             for lots of labels</li>
3255         </ul>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td>
3259         <div align="center">
3260           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3261         </div>
3262       </td>
3263       <td><em>Application</em>
3264         <ul>
3265           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3266           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3267           <li>View/alignment association menu to enable user to
3268             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3269             its colours/correspondences from</li>
3270           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3271           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3272             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3273           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3274           <li>Annotation row column label formatting attributes
3275             stored in project file</li>
3276           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3277             rows preserved in Jalview project file</li>
3278           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3279             saved using Desktop window menu</li>
3280           <li>Visual indication that command line arguments are
3281             still being processed</li>
3282           <li>Groovy script execution from URL</li>
3283           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3284             preferences</li>
3285           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3286             alignment with sequences that have high similarity and
3287             matching IDs</li>
3288           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3289           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3290             structures in same window</li>
3291           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3292           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3293             analysis function in its own submenu</li>
3294         </ul> <em>Applet</em>
3295         <ul>
3296           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3297             groups</li>
3298           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3299           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3300           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3301           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3302           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3303             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3304           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3305           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3306             parameters are treated as such</li>
3307           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3308             <ul>
3309               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3310               <li>Javascript callbacks for
3311                 <ul>
3312                   <li>Applet initialisation</li>
3313                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3314                 </ul>
3315               </li>
3316               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3317                 functions</li>
3318               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3319               <li>javascript structure viewer harness to pass
3320                 messages between Jmol and Jalview when running as
3321                 distinct applets</li>
3322               <li>sortBy method</li>
3323               <li>Set of applet and application examples shipped
3324                 with documentation</li>
3325               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3326                 javascript message exchange</li>
3327             </ul>
3328         </ul> <em>General</em>
3329         <ul>
3330           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3331             multiple alignments</li>
3332           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3333           <li>User configurable link to enable redirects to a
3334             www.Jalview.org mirror</li>
3335           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3336           <li>Configurable newline string when writing alignment
3337             and other flat files</li>
3338           <li>Allow alignment annotation description lines to
3339             contain html tags</li>
3340         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3341         <ul>
3342           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3343             examples</li>
3344           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3345             using a web service before displaying the result in the
3346             Jalview desktop</li>
3347           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3348           <li>Ant target to publish example html files with applet
3349             archive</li>
3350           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3351           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3352         </ul></td>
3353       <td><em>Application</em>
3354         <ul>
3355           <li>User defined colourscheme throws exception when
3356             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3357           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3358             dialog for valid filename/format</li>
3359           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3360           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3361             P37173</li>
3362           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3363             which sequence is to be associated with the file</li>
3364           <li>Find All raises null pointer exception when query
3365             only matches sequence IDs</li>
3366           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3367           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3368             2.4 cannot be loaded</li>
3369           <li>Filetype associations not installed for webstart
3370             launch</li>
3371           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3372             with sequences in different alignments do not get coloured
3373             by their associated sequence</li>
3374           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3375             not preserved when project is loaded</li>
3376           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3377             stored in Jalview project</li>
3378           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3379             Jalview project</li>
3380           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3381           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3382             by conservation</li>
3383           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3384             created on new view</li>
3385           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3386             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3387           <li>Alignment quality not updated after alignment
3388             annotation row is hidden then shown</li>
3389           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3390             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3391           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3392             properly</li>
3393           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3394             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3395           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3396           <li>Structures imported from file and saved in project
3397             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3398           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3399             job execution in full once it is complete</li>
3400         </ul> <em>Applet</em>
3401         <ul>
3402           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3403             annotation rows are displayed</li>
3404           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3405             codebase</li>
3406           <li>View follows highlighting does not work for positions
3407             in sequences</li>
3408           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3409           <li>Export features raises exception when no features
3410             exist</li>
3411           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3412             for javascript api is modified when separator string
3413             provided as parameter</li>
3414           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3415             alignment with no existing selection</li>
3416           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3417             to applet&#39;s codebase</li>
3418           <li>Status bar not updated after finished searching and
3419             search wraps around to first result</li>
3420           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3421             several Jalview applets causes race conditions and memory
3422             leaks</li>
3423           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3424             not sent from Jmol in applet</li>
3425           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3426             applet API fatally hang browser</li>
3427         </ul> <em>General</em>
3428         <ul>
3429           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3430             position with wrapped view and hidden regions</li>
3431           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3432             with/without hidden columns</li>
3433           <li>Sequence length given in alignment properties window
3434             is off by 1</li>
3435           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3436             import PDB like structure files</li>
3437           <li>Positional search results are only highlighted
3438             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3439           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3440           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3441             given sequence position</li>
3442           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3443             output</li>
3444           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3445             from nucleotide chains correctly</li>
3446           <li>Structure colours not updated when tree partition
3447             changed in alignment</li>
3448           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3449             parsed in interleaved stockholm</li>
3450           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3451             state</li>
3452           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3453             properly</li>
3454           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3455             properly associated with their pdb files</li>
3456         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3457         <ul>
3458           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3459             ApplyCopyright tool</li>
3460         </ul></td>
3461     </tr>
3462     <tr>
3463       <td>
3464         <div align="center">
3465           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3466         </div>
3467       </td>
3468       <td><em>Application</em>
3469         <ul>
3470           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3471             contact web services</li>
3472           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3473             service job window</li>
3474           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3475         </ul></td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3479             pir file emitted by Jalview</li>
3480           <li>Existing feature settings transferred to new
3481             alignment view created from cut'n'paste</li>
3482           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3483             parsing PDB files</li>
3484           <li>Consensus and conservation annotation rows
3485             occasionally become blank for all new windows</li>
3486           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3487             in wrapped view mode</li>
3488         </ul> <em>Application</em>
3489         <ul>
3490           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3491             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3492           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3493             parameter names</li>
3494           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3495             is down</li>
3496         </ul>
3497       </td>
3498     </tr>
3499     <tr>
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td><em>Application</em>
3506         <ul>
3507           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3508             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3509             (JABAWS)
3510           </li>
3511           <li>Web Services preference tab</li>
3512           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3513             preferences</li>
3514           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3515           <li>Superpose structures using associated sequence
3516             alignment</li>
3517           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3518             viewer</li>
3519         </ul> <em>Applet</em>
3520         <ul>
3521           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3522             link out mechanism</li>
3523         </ul> <em>Other</em>
3524         <ul>
3525           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3526             series 12</li>
3527           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3528             require Java 1.5</li>
3529           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3530             sequence annotation files</li>
3531           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3532             type colour specification</li>
3533           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3534             script to check if it being run in an interactive session or
3535             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3536         </ul></td>
3537       <td>
3538         <ul>
3539           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3540             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3541         </ul> <em>Application</em>
3542         <ul>
3543           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3544             selected Regions menu item</li>
3545           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3546             part of a valid accession ID</li>
3547           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3548             runs out of memory</li>
3549           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3550             analysis results</li>
3551           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3552             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3553           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3554         </ul> <em>Applet</em>
3555         <ul>
3556           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3557             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3558             defined.</li>
3559         </ul>
3560       </td>
3561     </tr>
3562     <tr>
3563       <td>
3564         <div align="center">
3565           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3566         </div>
3567       </td>
3568       <td></td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3572             sequence IDs</li>
3573           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3574             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3575           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3576             import correctly</li>
3577           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3578             number of columns are hidden</li>
3579           <li>annotation label popup menu not providing correct
3580             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3581             present</li>
3582           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3583             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3584           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3585             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3586
3587         </ul> <em>Applet</em>
3588         <ul>
3589           <li>annotation panel disappears when annotation is
3590             hidden/removed</li>
3591         </ul> <em>Application</em>
3592         <ul>
3593           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3594             alignment opened where annotation panel is visible but no
3595             annotations are present on alignment</li>
3596           <li>pasted region containing hidden columns is
3597             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3598           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3599             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3600           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3601             selected Rregions menu item.</li>
3602           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3603             'Un' or 'Non'conserved</li>
3604           <li>Sequence feature settings are being shared by
3605             multiple distinct alignments</li>
3606           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3607             changed</li>
3608           <li>double click on group annotation to select sequences
3609             does not propagate to associated trees</li>
3610           <li>Mac OSX specific issues:
3611             <ul>
3612               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3613                 window background</li>
3614               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3615                 name set correctly</li>
3616               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3617                 save feature colourscheme button</li>
3618             </ul>
3619           </li>
3620         </ul>
3621       </td>
3622     </tr>
3623     <tr>
3624
3625       <td>
3626         <div align="center">
3627           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3628         </div>
3629       </td>
3630       <td><em>New Capabilities</em>
3631         <ul>
3632           <li>URL links generated from description line for
3633             regular-expression based URL links (applet and application)
3634
3635           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3636             menu</li>
3637           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3638             structures</li>
3639           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3640             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3641           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3642             average score or total feature count for each sequence.</li>
3643           <li>Shading features by score or associated description</li>
3644           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3645             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3646           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3647             hide everything but the currently selected region.</li>
3648           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3649         </ul> <em>Application</em>
3650         <ul>
3651           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3652             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3653           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3654             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3655           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3656             database references and protein_name is parsed as
3657             description line (BioSapiens terms).</li>
3658           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3659             references in sequence ID tooltip from View menu in
3660             application.</li>
3661           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3662       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3663           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3664             conservation plots</li>
3665           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3666             and visualized as sequence logos</li>
3667           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3668             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3669           </li>
3670           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3671             when a new tree is opened.</li>
3672           <li>Jalview Java Console</li>
3673           <li>Better placement of desktop window when moving
3674             between different screens.</li>
3675           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3676             consensus annotation</li>
3677           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3678             Workflows</li>
3679           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3680             <ul>
3681               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3682                 used to preserve views, structures, and tree display
3683                 settings)</li>
3684               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3685                 command line</li>
3686               <li>Sharing of selected regions between views and
3687                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3688               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3689             </ul></li>
3690         </ul> <em>Applet</em>
3691         <ul>
3692           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3693           <li>New Parameters
3694             <ul>
3695               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3696                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3697                 opened.</li>
3698               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3699                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3700               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3701                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3702               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3703                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3704                 view</li>
3705               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3706                 increase the height or width of a cell in the alignment
3707                 grid relative to the current font size.</li>
3708             </ul>
3709           </li>
3710           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3711             tooltip</li>
3712         </ul> <em>Other</em>
3713         <ul>
3714           <li>Features format: graduated colour definitions and
3715             specification of feature scores</li>
3716           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3717             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3718             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3719           <li>XML formats extended to support graduated feature
3720             colourschemes, group associated annotation, and profile
3721             visualization settings.</li></td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3725             rather than description</li>
3726           <li>Non-positional features are now included in sequence
3727             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3728             visibility in tooltip).</li>
3729           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3730           <li>Added URL embedding instructions to features file
3731             documentation.</li>
3732           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3733             'X' in peptide product</li>
3734           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3735             sequence ID and sequence string and query strings do not
3736             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3737           <li>AMSA files only contain first column of
3738             multi-character column annotation labels</li>
3739           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3740             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3741             exported and re-imported)</li>
3742           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3743             name</li>
3744           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3745             as subsequence matches, and correctly reports total number
3746             of both.</li>
3747           <li>Application:
3748             <ul>
3749               <li>Better handling of exceptions during sequence
3750                 retrieval</li>
3751               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3752                 link text excludes the start_end suffix</li>
3753               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3754                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3755               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3756               <li>Sequence description lines properly shared via
3757                 VAMSAS</li>
3758               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3759                 data sources</li>
3760               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3761                 completes before alignment figures are generated.</li>
3762               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3763                 first time.</li>
3764               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3765                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3766               <li>User defined group colours properly recovered
3767                 from Jalview projects.</li>
3768             </ul>
3769           </li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772
3773     </tr>
3774     <tr>
3775       <td>
3776         <div align="center">
3777           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3778         </div>
3779       </td>
3780       <td>
3781         <ul>
3782           <li>Experimental support for google analytics usage
3783             tracking.</li>
3784           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787       <td>
3788         <ul>
3789           <li>Race condition in applet preventing startup in
3790             jre1.6.0u12+.</li>
3791           <li>Exception when feature created from selection beyond
3792             length of sequence.</li>
3793           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3794           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3795             all sequences with a given id</li>
3796           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3797             ID string searches</li>
3798           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3799             alignment to fail with exception</li>
3800         </ul> <em>Application Issues</em>
3801         <ul>
3802           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3803           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3804             data sources</li>
3805         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3806         <ul>
3807           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3808             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3809           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3810             version (java class versioning error fixed)</li>
3811         </ul>
3812       </td>
3813     </tr>
3814     <tr>
3815       <td>
3816
3817         <div align="center">
3818           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3819         </div>
3820       </td>
3821       <td><em>User Interface</em>
3822         <ul>
3823           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3824             translation and protein products</li>
3825           <li>Linked highlighting of structure associated with
3826             residue mapping to codon position</li>
3827           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3828             and 'clear' button</li>
3829           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3830             Tools menu</li>
3831           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3832             numeric data in description line</li>
3833           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3834           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3835             of sequence</li>
3836         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3837         <ul>
3838           <li>JPred3 web service</li>
3839           <li>Prototype sequence search client (no public services
3840             available yet)</li>
3841           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3842             PFAM</li>
3843           <li>URL Links created for matching database cross
3844             references as well as sequence ID</li>
3845           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3846         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3847         <ul>
3848           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3849             databases</li>
3850           <li>Generalised database reference retrieval and
3851             validation to all fetchable databases</li>
3852           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3853             sequence command</li>
3854         </ul> <em>Import and Export</em>
3855         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3856         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3857           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3858         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3859           File</li>
3860         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3861           triplet as name of colourscheme</li>
3862         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3863         <ul>
3864           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3865           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3866             alignments (experimental)</li>
3867           <li>Create new or select existing session to join</li>
3868           <li>load and save of vamsas documents</li>
3869         </ul> <em>Application command line</em>
3870         <ul>
3871           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3872             from applet)</li>
3873           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3874             of DAS servers to query for alignment features</li>
3875           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3876             that are also automatically queried for features</li>
3877           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3878             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3879         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3880         <ul>
3881           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3882             application (when using &quot;View in full
3883             application&quot;)</li>
3884         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3885         <ul>
3886           <li>feature group display control parameter</li>
3887           <li>debug parameter</li>
3888           <li>showbutton parameter</li>
3889         </ul> <em>Applet API methods</em>
3890         <ul>
3891           <li>newView public method</li>
3892           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3893           <li>Feature display control methods</li>
3894           <li>get list of currently selected sequences</li>
3895         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3896         <ul>
3897           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3898           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3899             Jalview release.</li>
3900           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3901             property controls execution of obfuscator</li>
3902           <li>Build target for generating source distribution</li>
3903           <li>Debug flag for javacc</li>
3904           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3905             jalview.bin.Cache</li>
3906           <li>Continuous Build Integration for stable and
3907             development version of Application, Applet and source
3908             distribution</li>
3909         </ul></td>
3910       <td>
3911         <ul>
3912           <li>selected region output includes visible annotations
3913             (for certain formats)</li>
3914           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3915             for editing</li>
3916           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3917           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3918           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3919           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3920             comments</li>
3921           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3922             filenames containing a ':'</li>
3923           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3924             global sequence features</li>
3925           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3926             references from alignment sequences goes to zero</li>
3927           <li>Close of tree branch colour box without colour
3928             selection causes cascading exceptions</li>
3929           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3930           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3931             file parsing fails.</li>
3932           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3933           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3934             not a valid output format</li>
3935           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3936             vamsas</li>
3937           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3938           <li>error messages passed up and output when data read
3939             fails</li>
3940           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3941             sequence is edited</li>
3942           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3943             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3944           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3945             filetype</li>
3946           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3947             import fixed for PFAM records</li>
3948           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3949             window list</li>
3950           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3951             can be read and written correctly to annotation file</li>
3952           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3953             correctly</li>
3954           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3955             non-italic font for representatives in Applet</li>
3956           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3957             Macs.</li>
3958           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3959             Applet)</li>
3960           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3961             due to null pointer exceptions</li>
3962           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3963             first column of alignment</li>
3964           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3965             July 2008</li>
3966           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3967             file is case-insensitive</li>
3968           <li>Sequence features read from Features file appended to
3969             all sequences with matching IDs</li>
3970           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3971             containing a sub-sequence</li>
3972           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3973           <li>feature and annotation file applet parameters
3974             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3975           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3976           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3977             splash-screen version check to complete</li>
3978           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3979             when passing them to the launchApp service</li>
3980           <li>display name and local features preserved in results
3981             retrieved from web service</li>
3982           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3983             sequence fetcher initialisation</li>
3984           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3985             dasobert DAS client</li>
3986           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3987             association</li>
3988           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3989             sequences
3990           </li>
3991         </ul>
3992       </td>
3993     </tr>
3994     <tr>
3995       <td>
3996         <div align="center">
3997           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3998         </div>
3999       </td>
4000       <td>
4001         <ul>
4002           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4003           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4004           <li>Slide sequences</li>
4005           <li>Edit sequence in place</li>
4006           <li>EMBL CDS features</li>
4007           <li>DAS Feature mapping</li>
4008           <li>Feature ordering</li>
4009           <li>Alignment Properties</li>
4010           <li>Annotation Scores</li>
4011           <li>Sort by scores</li>
4012           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015       <td>
4016         <ul>
4017           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4018           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4019           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4020           <li>Feature group display state in XML</li>
4021           <li>Feature ordering in XML</li>
4022           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4023           <li>Stockholm alignment properties</li>
4024           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4025           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4026           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4027           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4028         </ul>
4029       </td>
4030
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td>
4034         <div align="center">
4035           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td>
4039         <ul>
4040           <li>Non standard characters can be read and displayed
4041           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4042             applet via textbox
4043           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4044             name &amp; description
4045           <li>Preference setting to display sequence name in
4046             italics
4047           <li>Annotation file format extended to allow
4048             Sequence_groups to be defined
4049           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4050             specified in preferences
4051           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4052             sequences
4053         </ul>
4054       </td>
4055       <td>
4056         <ul>
4057           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4058             installed
4059           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4060           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4061         </ul>
4062       </td>
4063     </tr>
4064     <tr>
4065       <td>
4066         <div align="center">
4067           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4068         </div>
4069       </td>
4070       <td>
4071         <ul>
4072           <li>Multiple views on alignment
4073           <li>Sequence feature editing
4074           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4075           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4076           <li>Background dependent text colour
4077           <li>Right align sequence ids
4078           <li>User-defined lower case residue colours
4079           <li>Format Menu
4080           <li>Select Menu
4081           <li>Menu item accelerator keys
4082           <li>Control-V pastes to current alignment
4083           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4084           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4085           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4086
4087           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4088         </ul>
4089       </td>
4090       <td>
4091         <ul>
4092           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4093           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4094             calculations
4095           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4096             edits
4097           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4098             of alignment)
4099           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4100
4101           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4102             display correctly
4103           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4104           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4105             analysis results
4106           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4107             &#8739;
4108           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4109           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4110           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4111
4112         </ul>
4113       </td>
4114     </tr>
4115     <tr>
4116       <td>
4117         <div align="center">
4118           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4119         </div>
4120       </td>
4121       <td>
4122         <ul>
4123           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4124         </ul>
4125       </td>
4126       <td>
4127         <ul>
4128           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4129             sequence id panel has been resized</li>
4130           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4131             rendered</li>
4132           <li>Annotation files with sequence references - all
4133             elements in file are relative to sequence position</li>
4134           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4135         </ul>
4136       </td>
4137     </tr>
4138     <tr>
4139       <td>
4140         <div align="center">
4141           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4142         </div>
4143       </td>
4144       <td>
4145         <ul>
4146           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4147           <li>DAS Feature fetching</li>
4148           <li>Hide sequences and columns</li>
4149           <li>Export Annotations and Features</li>
4150           <li>GFF file reading / writing</li>
4151           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4152             files</li>
4153           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4154           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4155           <li>Applet can launch the full application</li>
4156           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4157             required)</li>
4158           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4159           <li>Applet can load sequences from parameter
4160             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4161           </li>
4162         </ul>
4163       </td>
4164       <td>
4165         <ul>
4166           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4167           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4168           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4169         </ul>
4170       </td>
4171     </tr>
4172     <tr>
4173       <td>
4174         <div align="center">
4175           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4176         </div>
4177       </td>
4178       <td>
4179         <ul>
4180           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4181           <li>Choose to match case when searching</li>
4182           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4183             expand the visible width and height of the alignment</li>
4184         </ul>
4185       </td>
4186       <td>
4187         <ul>
4188           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4189         </ul>
4190       </td>
4191     </tr>
4192     <tr>
4193       <td>
4194         <div align="center">
4195           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4196         </div>
4197       </td>
4198       <td>&nbsp;</td>
4199       <td>
4200         <ul>
4201           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4202           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4203             value</li>
4204         </ul>
4205       </td>
4206     </tr>
4207     <tr>
4208       <td>
4209         <div align="center">
4210           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4211         </div>
4212       </td>
4213       <td>
4214         <ul>
4215           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4216           <li>Keyboard editing</li>
4217           <li>Create sequence features from searches</li>
4218           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4219             alignments</li>
4220           <li>Features file allows grouping of features</li>
4221           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4222           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4223           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4224         </ul>
4225       </td>
4226       <td>
4227         <ul>
4228           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4229           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4230             descriptions saved.</li>
4231         </ul>
4232       </td>
4233     </tr>
4234     <tr>
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4243           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4244           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4245             name for file output</li>
4246           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4247           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4248             used for HTML form input</li>
4249         </ul>
4250       </td>
4251       <td>
4252         <ul>
4253           <li>HTML output writes groups and features</li>
4254           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4255           <li>File IO bugs</li>
4256         </ul>
4257       </td>
4258     </tr>
4259     <tr>
4260       <td>
4261         <div align="center">
4262           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4263         </div>
4264       </td>
4265       <td>
4266         <ul>
4267           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4268           <li>More options for PCA viewer</li>
4269         </ul>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>GUI bugs resolved</li>
4274           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4275         </ul>
4276       </td>
4277     </tr>
4278     <tr>
4279       <td height="63">
4280         <div align="center">
4281           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4282         </div>
4283       </td>
4284       <td>
4285         <ul>
4286           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4287           <li>Jar files are executable</li>
4288           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4289         </ul>
4290       </td>
4291       <td>
4292         <ul>
4293           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4294           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4295           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310       <td>
4311         <ul>
4312           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4313         </ul>
4314       </td>
4315     </tr>
4316     <tr>
4317       <td>
4318         <div align="center">
4319           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4320         </div>
4321       </td>
4322       <td>
4323         <ul>
4324           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4325             size</li>
4326         </ul>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>Improved JPred client reliability</li>
4331           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4332         </ul>
4333       </td>
4334     </tr>
4335     <tr>
4336       <td>
4337         <div align="center">
4338           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4339         </div>
4340       </td>
4341       <td>
4342         <ul>
4343           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4344           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4345           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4346             to Colour Menu</li>
4347           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4348           <li>Unix users can set default web browser</li>
4349           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4350           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4351         </ul>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4356         </ul>
4357       </td>
4358     </tr>
4359     <tr>
4360       <td>
4361         <div align="center">
4362           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4363         </div>
4364       </td>
4365       <td>&nbsp;</td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4369             alignment order.</li>
4370         </ul>
4371       </td>
4372     </tr>
4373     <tr>
4374       <td>
4375         <div align="center">
4376           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4377         </div>
4378       </td>
4379       <td>
4380         <ul>
4381           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4382           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4383           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4384             annotations.</li>
4385           <li>Version and build date written to build properties
4386             file.</li>
4387           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4388             at launch of Jalview.</li>
4389         </ul>
4390       </td>
4391       <td>
4392         <ul>
4393           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4394           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4395           <li>Can remove groups one by one.</li>
4396           <li>Filechooser icons installed.</li>
4397           <li>Finder ignores return character when searching.
4398             Return key will initiate a search.<br>
4399           </li>
4400         </ul>
4401       </td>
4402     </tr>
4403     <tr>
4404       <td>
4405         <div align="center">
4406           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4407         </div>
4408       </td>
4409       <td>
4410         <ul>
4411           <li>New codebase</li>
4412         </ul>
4413       </td>
4414       <td>&nbsp;</td>
4415     </tr>
4416   </table>
4417   <p>&nbsp;</p>
4418 </body>
4419 </html>