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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
  61           <em>22/04/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map 'virtual'
  66             codon features shown on protein (or vice versa) for display
  67             in alignments, on structure views, in feature reports and for export.
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
  71             exported and re-imported as GFF3 files
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
  75             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
  79             validation while parsing
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
  83             position if reopened
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
  87             of associated view
  88           </li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
  91             enabled by default
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
  95             tooltips and menus
  96           </li>
  97           <li>
  98             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
  99             with no feature types visible
 100           </li>
 101           <li>
 102           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 103           </li>
 104         </ul><em>Jalview Installer</em>
 105             <ul>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 108             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 112           </li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 115           </li>
 116               <li>
 117                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 118               <li>
 119                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 120         </ul> <em>Release processes</em>
 121         <ul>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 124           </li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 127           </li>
 128         </ul> <em>Build System</em>
 129         <ul>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 135             report
 136           </li>
 137         </ul>
 138         <em>Groovy Scripts</em>
 139             <ul>
 140           <li>
 141             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 142             to stdout containing the consensus sequence for each
 143             alignment in a Jalview session
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 147             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 148             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 149           </li>
 150         </ul>
 151       </td>
 152       <td align="left" valign="top">
 153         <ul>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 156             'Show hidden markers' option is not ticked
 157           </li>
 158           <li>
 159             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 160             'Show Sequence Features' option is not ticked
 161           </li>
 162           <li>
 163             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 164             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 165             features are visible
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 169             equal when split frame is first opened
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 173             correct after editing a sequence's start position
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 177             with annotation and exceptions thrown when only a few
 178             columns shown in wrapped mode
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 182             wrapped alignment figure with annotations
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 186             ID fails with ClassCastException
 187           </li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 190             Project
 191           </li>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 194             feature settings dialog also selects columns
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 198             IllegalArgumentException in some circumstances
 199           </li>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 202             opened for a view
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 206             alignment window is closed
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 210             help documentation for 2.11.0 release
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 214             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 215             Uniprot Accession
 216           </li>
 217         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 218         <ul>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 221             PDB/Uniprot search panel
 222           </li>
 223         </ul> <em>Installer</em>
 224         <ul>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 227             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 228           </li>
 229         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 230         <ul>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 233             repository
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 237             memory
 238           </li>
 239         </ul> <em>New Known Issues</em>
 240         <ul>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 243             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 244             command line
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 248             clipped in headless figure export when Right Align option
 249             enabled
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 253             'Source' in console output
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 257             bamboo server but run fine locally.
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3574 -->Filtering features by genomic location (POS) is broken by rounding
 261           </li>
 262         </ul>
 263       </td>
 264     </tr>
 265     <tr>
 266       <td width="60" align="center" nowrap>
 267           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 268             <em>04/07/2019</em></strong>
 269       </td>
 270       <td align="left" valign="top">
 271         <ul>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 274             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 275             source project) rather than InstallAnywhere
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 279             settings, receive over the air updates and launch specific
 280             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 281               Rings' GetDown</a>)
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 285             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 289             arguments and switch between different getdown channels
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 293             or alignment files
 294           </li>
 295
 296           <li>
 297             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 298             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 301             'Translate as cDNA'</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 304           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 305             <ul>
 306                       <li>
 307             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 308             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 309           <li>
 310                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 311                 features can be filtered and shaded according to any
 312                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 313                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 314                 file)
 315               </li>
 316               <li>
 317                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 318                 stored and restored from Jalview Projects
 319               </li>
 320               <li>
 321                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 322                 recognise variant features
 323               </li>
 324               <li>
 325                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 326                 sequences (also coloured red by default)
 327               </li>
 328               <li>
 329                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 330                 details
 331               </li>
 332               <li>
 333                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 334                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 335               </li>
 336               <li>
 337                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 338                 dialog
 339               </li>
 340             </ul>
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 344             tree and PCA calculations
 345           </li>
 346           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 347             <ul>
 348               <li>
 349                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 350                 and Viewer state saved in Jalview Project
 351               </li>
 352               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 353                 drop-down menus</li>
 354               <li>
 355                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 356                 incrementally
 357               </li>
 358               <li>
 359                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 360               </li>
 361             </ul>
 362           </li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 365           </li>
 366           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 367           <ul>
 368               <li>
 369                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 370                 multiple groups when working with large alignments
 371               </li>
 372               <li>
 373                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 374                 Stockholm files
 375               </li>
 376             </ul>
 377           <li><strong>User Interface</strong>
 378           <ul>
 379               <li>
 380                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 381                 view
 382               </li>
 383               <li>
 384                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 385                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 386                 default (can be changed in user preferences)
 387               </li>
 388               <li>
 389                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 390                 to the Overwrite Dialog
 391               </li>
 392               <li>
 393                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 394                 sequences are hidden
 395               </li>
 396               <li>
 397                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 398                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 399               </li>
 400               <li>
 401                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 402                 labels
 403               </li>
 404               <li>
 405                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 406                 when in wrapped mode
 407               </li>
 408               <li>
 409                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 410                 annotation
 411               </li>
 412               <li>
 413                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 414               </li>
 415               <li>
 416                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 417                 panel
 418               </li>
 419               <li>
 420                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 421                 popup menu
 422               </li>
 423               <li>
 424               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 425               <li>
 426               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 427
 428
 429             </ul></li>
 430             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 431           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 432             <ul>
 433               <li>
 434                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 435                 trapping CMD-Q
 436               </li>
 437             </ul></li>
 438         </ul>
 439         <em>Deprecations</em>
 440         <ul>
 441           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 442             capabilities removed from the Jalview Desktop
 443           </li>
 444           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 445             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 446             and XML based data retrieval clients</li>
 447           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 448           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 449         </ul> <em>Documentation</em>
 450         <ul>
 451           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 452             not supported in EPS figure export
 453           </li>
 454           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 455         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 456         <ul>
 457           <li>
 458           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 459           </li>
 460       <li>
 461       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 462           <li>
 463           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 464             gradle-eclipse
 465           </li>
 466           <li>
 467           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 468             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 469             execution
 470           </li>
 471           <li>
 472           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 473             operations
 474           </li>
 475           <li>
 476           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 477             issues resolved
 478           </li>
 479           <li>
 480           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 481             markdown (with HTML rendering)
 482           </li>
 483           <li>
 484           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 485           </li>
 486           <li>
 487           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 488             versions of Jalview
 489           </li>
 490         </ul>
 491       </td>
 492       <td align="left" valign="top">
 493         <ul>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 499             superposition in Jmol fail on Windows
 500           </li>
 501           <li>
 502             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 503             structures for sequences with lots of PDB structures
 504           </li>
 505           <li>
 506             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 507             monospaced font
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 511             project involving multiple views
 512           </li>
 513           <li>
 514             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 515             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 516             Annotation dialog hides columns
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 520             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 521             one view, then making another selection in the other view
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 525             columns
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 529             Settings and Jalview Preferences panels
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 533             overview with large alignments
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 537             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 538             mouse moved to the left of the first column
 539           </li>
 540           <li>
 541             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 542             hidden column marker via scale popup menu
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 546             doesn't tell users the invalid URL
 547           </li>
 548           <li>
 549             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 550             score from view
 551           </li>
 552           <li>
 553             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 554             show cross references or Fetch Database References are shown in
 555             red in original view
 556           </li>
 557           <li>
 558             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 559             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 560           </li>
 561           <li>
 562             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 563             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 567             when columns are hidden
 568           </li>
 569           <li>
 570             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 571             Columns by Annotation description
 572           </li>
 573           <li>
 574             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 575             out of Scale or Annotation Panel
 576           </li>
 577           <li>
 578             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 579             scale panel
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 583             alignment down
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 587             scale panel
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 591             Page Up in wrapped mode
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 601             on opening an alignment
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 605             Colour menu
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 609             different groups in the alignment are selected
 610           </li>
 611           <li>
 612             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 613             correctly in menu
 614           </li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 617             threshold limit
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 621             threshold gets 'unrounded'
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 625             colour
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 629           </li>
 630           <li>
 631             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 632           </li>
 633           <li>
 634             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 635             Tree font
 636           </li>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 639             project file
 640           </li>
 641           <li>
 642             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 643             shown in complementary view
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 647             without normalisation
 648           </li>
 649           <li>
 650             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 651             of report
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 655           </li>
 656           <li>
 657           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 658           </li>
 659         </ul> <em>Editing</em>
 660         <ul>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 663             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 664             sequence
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 668             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 669             removed (Known defect since 2.10)
 670           </li>
 671           <li>
 672             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 673             dialog corrupts dataset sequence
 674           </li>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 677             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 678           </li>
 679         </ul> <em>Datamodel</em>
 680         <ul>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 683             sequence's End is greater than its length
 684           </li>
 685         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 686           general release)</em>
 687         <ul>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 690           </li>
 691         </ul> <em>New Known Defects</em>
 692         <ul>
 693         <li>
 694         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 695         </li>
 696         <li>
 697           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 698           regions of protein alignment.
 699         </li>
 700         <li>
 701           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 702           is restored from a Jalview 2.11 project
 703         </li>
 704         <li>
 705           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 706           'New View'
 707         </li>
 708         <li>
 709           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 710           columns within hidden columns
 711         </li>
 712         <li>
 713           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 714           window after dragging left to select columns to left of visible
 715           region
 716         </li>
 717         <li>
 718           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 719           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 720           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 721           create a Score filter instead.
 722         </li>
 723         <li>
 724         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 725         <li>
 726         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 727         </li>
 728         <li>
 729           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 730           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 731         </li>
 732         </ul>
 733         <em>Java 11 Specific defects</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 737               alphabetically when saved
 738             </li>
 739         </ul>
 740       </td>
 741     </tr>
 742     <tr>
 743     <td width="60" nowrap>
 744       <div align="center">
 745         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 746       </div>
 747     </td>
 748     <td><div align="left">
 749         <em></em>
 750         <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 753               InstallAnywhere increased to 1G.
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 757               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 758               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 759                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 760                 properties file.</em>
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 764               API and sequence data now imported as JSON.
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 768               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 769               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 770               property.
 771             </li>
 772           </ul>
 773           <em>Development</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 777               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 778                 Clover</a>
 779             </li>
 780           </ul>
 781         </div></td>
 782     <td><div align="left">
 783         <em></em>
 784         <ul>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 787               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 788               alignment.
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 792               annotation displayed.
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 796               for newly created group when 'Apply to all groups'
 797               selected
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 801               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 802               visible.
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 806               when sequences are selected in exported view.</em>
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 810               aren't rendered with correct colour.
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 814               types of knotted RNA secondary structure.
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 818               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 819               do not start at 1.
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 823               annotation when columns are inserted into an alignment,
 824               and when exporting as Stockholm flatfile.
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 828               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 829               treated as RNA secondary structure.
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 833               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 837               transfers focus to previous window on OSX
 838             </li>
 839           </ul>
 840           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 844               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 845               box.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 849               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 850               'look and feel' which has improved compatibility with the
 851               latest version of OSX.
 852             </li>
 853           </ul>
 854         </div>
 855     </td>
 856     </tr>
 857     <tr>
 858       <td width="60" nowrap>
 859         <div align="center">
 860           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 861             <em>7/06/2018</em></strong>
 862         </div>
 863       </td>
 864       <td><div align="left">
 865           <em></em>
 866           <ul>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 869               annotation retrieved from Uniprot
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 873               onto the Jalview Desktop
 874             </li>
 875           </ul>
 876         </div></td>
 877       <td><div align="left">
 878           <em></em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 882               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 886               right-hand column parsed correctly
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 890               not alignment area in exported graphic
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 894               window has input focus
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 898               annotation added to view (Windows)
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 902               network connectivity is poor
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 906               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 907                 the currently open URL and links from a page viewed in
 908                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 909                 you are using Edge, only links in the page can be
 910                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 911                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 912             </li>
 913           </ul>
 914           <em>New Known Defects</em>
 915           <ul>
 916             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 917           </ul>
 918         </div></td>
 919     </tr>
 920     <tr>
 921       <td width="60" nowrap>
 922         <div align="center">
 923           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 924         </div>
 925       </td>
 926       <td><div align="left">
 927           <em></em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 931               for disabling automatic superposition of multiple
 932               structures and open structures in existing views
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 936               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 937               adjust them.
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 941               Ensembl services
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 945               and lots of hidden columns
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 949               of features (particularly when transparency is disabled)
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 953               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 954               generally available
 955             </li>
 956           </ul>
 957           </div>
 958       </td>
 959       <td><div align="left">
 960           <ul>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 963               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 967               overlapping alignment panel
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 971               sequence as gaps
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 975               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 976               UTR
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 980               factor annotation not added to sequence when local PDB
 981               file associated with it by drag'n'drop or structure
 982               chooser
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 986               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 990               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 994               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 998               columns in annotation row
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1002               honored in batch mode
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1006               for structures added to existing Jmol view
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1010               entries after importing project with multiple views
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1014               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1015               with negative residue numbers or missing residues fails
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1019               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1020               as generated by CONSURF)
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1024               tooltip doesn't include a text description of mutation
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1028               structure and/or overview windows are also shown
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1032               very slow for alignments with large numbers of sequences
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1036               with 'StringIndexOutOfBounds'
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1040               platforms running Java 10
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1044               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1045             </li>
1046           </ul>
1047           <em>Applet</em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1051               should copy the group consensus when popup is opened on it
1052             </li>
1053           </ul>
1054           <em>Batch Mode</em>
1055           <ul>
1056           <li>
1057             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1058           </li>
1059           </ul>
1060           <em>New Known Defects</em>
1061           <ul>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1064               editing a large alignment and overview is displayed
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1068               repeatedly after a series of edits even when the overview
1069               is no longer reflecting updates
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1073               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1074               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1075               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1079               option gives blank output
1080             </li>
1081           </ul>
1082         </div>
1083           </td>
1084     </tr>
1085     <tr>
1086       <td width="60" nowrap>
1087         <div align="center">
1088           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1089         </div>
1090       </td>
1091       <td><div align="left">
1092           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1093               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1094       <td><div align="left">
1095           <em>Desktop</em><ul>
1096           <ul>
1097             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1098             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1099             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1100             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1101             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1102             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1103             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1104           </ul>
1105           </div>
1106       </td>
1107     </tr>
1108     <tr>
1109       <td width="60" nowrap>
1110         <div align="center">
1111           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1112         </div>
1113       </td>
1114       <td><div align="left">
1115           <em></em>
1116           <ul>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1119               rendering of sequence features
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1123               429 rate limit request hander
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1127               their colours have changed
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1131               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1135               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1139               view from Ensembl locus cross-references
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1143               Alignment report
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1147               feature can be disabled
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1151               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1155               Uniprot
1156             </li>
1157           </ul>
1158           <em>Scripting</em>
1159           <ul>
1160             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1161             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1162               percent identity scores for current alignment.</li>
1163           </ul>
1164           <em>Testing and Deployment</em>
1165           <ul>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1168             </li>
1169           </ul>
1170         </div></td>
1171       <td><div align="left">
1172           <em>General</em>
1173           <ul>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1176               threshold text field doesn't trigger an update to the
1177               alignment view
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1181               strings in parallel
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1185               alignment window is closed
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1189               group visibility
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1193               takes a long time in Cursor mode
1194             </li>
1195           </ul>
1196           <em>Desktop</em>
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1200               cannot be viewed in Chimera
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1204               CDS/Protein view
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1208               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1209               Search Dialogs
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1219               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1223               scrolling right in unwapped alignment view
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1227               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1228               database
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1232               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1236               features of same type and group to be selected for
1237               amending
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1241               alignments when hidden columns are present
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1245               displaying several structures
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1249               moving a window
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1253               within the Jalview desktop on OSX
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1257               when in wrapped alignment mode
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1261               hand end of alignment
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1265               each selected sequence do not have correct start/end
1266               positions
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1270               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1274               restoring project until a new view is created
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1278               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1279               configured (since 2.10.2b2)
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1283               position is adjusted
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1287               in a multi-chain structure when viewing alignment
1288               involving more than one chain (since 2.10)
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1292               if new selection moves alignment window
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1296               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1300               that produces correctly annotated transcripts and products
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1304               doesn't update associated structure view
1305             </li>
1306           </ul>
1307           <em>Applet</em><br />
1308           <ul>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1311               closing alignment panel
1312             </li>
1313           </ul>
1314           <em>BioJSON</em><br />
1315           <ul>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1318               non-positional features
1319             </li>
1320           </ul>
1321           <em>New Known Issues</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1325               sequence features correctly (for many previous versions of
1326               Jalview)
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1330               using cursor in wrapped panel other than top
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1334               graduated colour threshold
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1338               always preserve numbering and sequence features
1339             </li>
1340           </ul>
1341           <em>Known Java 9 Issues</em>
1342           <ul>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1345               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1346               9.01, OSX 10.10)
1347             </li>
1348           </ul>
1349         </div></td>
1350     </tr>
1351     <tr>
1352       <td width="60" nowrap>
1353         <div align="center">
1354           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1355             <em>2/10/2017</em></strong>
1356         </div>
1357       </td>
1358       <td><div align="left">
1359           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1360           <ul>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1363             </li>
1364             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1365             </li>
1366           </ul>
1367         </div></td>
1368       <td><div align="left">
1369         </div></td>
1370     </tr>
1371     <tr>
1372       <td width="60" nowrap>
1373         <div align="center">
1374           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1375             <em>7/9/2017</em></strong>
1376         </div>
1377       </td>
1378       <td><div align="left">
1379           <em></em>
1380           <ul>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1383               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1384               white)
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1388               Preferences
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1392               in size and progress bar shown as higher resolution
1393               overview is recalculated
1394             </li>
1395
1396           </ul>
1397         </div></td>
1398       <td><div align="left">
1399           <em></em>
1400           <ul>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1403               column region row by row
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1407               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1411               format setting is unticked
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1415               if group has show boxes format setting unticked
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1419               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1420               include sequences and columns not currently displayed
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1424               assemblies are imported via CIF file
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1428               displayed when threshold or conservation colouring is also
1429               enabled.
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1433               server version
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1437               dragging a selected region off the visible region of the
1438               alignment
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1442               colourscheme to all groups in a view
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1446               initially after font size change using the Font chooser or
1447               middle-mouse zoom
1448             </li>
1449           </ul>
1450         </div></td>
1451     </tr>
1452     <tr>
1453       <td width="60" nowrap>
1454         <div align="center">
1455           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1456         </div>
1457       </td>
1458       <td><div align="left">
1459           <em>Calculations</em>
1460           <ul>
1461
1462             <li>
1463               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1464               ungapped positions in each column of the alignment.
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1468               a calculation dialog box
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1472               and memory efficiency (~30x faster)
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1476               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1477               and other calculations
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1481               files within the Jalview codebase
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1485               Similarity may have different topology due to increased
1486               precision
1487             </li>
1488           </ul>
1489           <em>Rendering</em>
1490           <ul>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1493               model for alignments and groups
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1497               scripts
1498             </li>
1499           </ul>
1500           <em>Overview</em>
1501           <ul>
1502             <li>
1503               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1504               with alignment and overview windows
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1508               overview
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1512               omitted in Overview
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1516               adjustment of visible position
1517             </li>
1518           </ul>
1519
1520           <em>Data import/export</em>
1521           <ul>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1524               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1528               annotation input/output via stockholm flatfile
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1532               extension when importing structure files without embedded
1533               names or PDB accessions
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1537               format sequence substitution matrices
1538             </li>
1539           </ul>
1540           <em>User Interface</em>
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1544               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1545               the application.
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1549               via Overview or sequence motif search operations
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1553               opened by double clicking gaps within sequence feature
1554               extent
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1558               aligned positions were available to create a 3D structure
1559               superposition.
1560             </li>
1561           </ul>
1562           <em>3D Structure</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1566               coloured in linked structure views
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1570               file-based command exchange
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1574               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1575               structures are already available for sequences
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1579               the Jalview project rather than downloaded again when the
1580               project is reopened.
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1584               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1585               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1586                 Feature</strong>)
1587             </li>
1588           </ul>
1589           <em>Web Services</em>
1590           <ul>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1596               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1597               Analysis services
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1601               cross-references provided by identifiers.org and the
1602               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1603             </li>
1604           </ul>
1605
1606           <em>Scripting</em>
1607           <ul>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1610               identifying file formats (instead of String constants)
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1614               efficiency when counting all displayed features (not
1615               backwards compatible with 2.10.1)
1616             </li>
1617           </ul>
1618           <em>Example files</em>
1619           <ul>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1622               included in the example feature file
1623             </li>
1624           </ul>
1625           <em>Documentation</em>
1626           <ul>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1629               with the built-in Java help viewer
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1633               sequence description' option
1634             </li>
1635           </ul>
1636           <em>Test Suite</em>
1637           <ul>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1640               Uniprot REST Free Text Search Client
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1647               during tests
1648             </li>
1649           </ul>
1650         </div></td>
1651       <td><div align="left">
1652           <em>Calculations</em>
1653           <ul>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1656               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1657               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1658             </li>
1659             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1660               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1661               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1662               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1663               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1664               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1665               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1666               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1667               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1668               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1669               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1670               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1671               // for 2.10.1 mode <br />
1672               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1673               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1674                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1675                 calculations (not recommended)</em></li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1678               scaling of branch lengths for trees computed using
1679               Sequence Feature Similarity.
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1683               generating output report when working with highly
1684               redundant alignments
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1688               right of selected region when gaps present on right-hand
1689               boundary
1690             </li>
1691           </ul>
1692           <em>User Interface</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1696               doesn't reselect a specific sequence's associated
1697               annotation after it was used for colouring a view
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1701               opened on a region of alignment without groups
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1705               of an alignment with overlapping groups
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1709               name and description match
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1713               hidden regions results in incorrect hidden regions
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1717               changing colour does not apply Conservation slider value
1718               to all groups
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1722               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1726               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1730               gaps before start of features
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1734               restored to UI when feature colour is edited
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1738               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1742               as graduate feature colour settings are modified via the
1743               dialog box
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1747               when a group defined on the alignment is resized
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1751               wrapped view result in positional status updates
1752             </li>
1753
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1756               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1760               alignment included gapped columns
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1764               widgets don't permanently disappear
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1768               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1769               T-Coffee column reliability scores)
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1773               sequence feature on gaps only
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1777               button from a Find inherit previously defined feature type
1778               rather than the Find query string
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1782               exporting tree calculated in Jalview
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1786               and then revealing them reorders sequences on the
1787               alignment
1788             </li>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1791               doesn't update to reflect available set of groups after
1792               interactively adding or modifying features
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1796               Linux
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1800               only excluded gaps in current sequence and ignored
1801               selection.
1802             </li>
1803           </ul>
1804           <em>Rendering</em>
1805           <ul>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1808               erratically when hidden rows or columns are present
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1812               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1813               sequence colouring
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1817               colour and group colour menu for protein alignments
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1821               reflect currently selected view or group's shading
1822               thresholds
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1826               when rendered on overview and structures when opacity at
1827               100%
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1831               overview when features overlaid on alignment
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1835               recovered correctly from Jalview project file
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1839               (automatically via preferences) are different to the main
1840               alignment panel
1841             </li>
1842           </ul>
1843           <em>Data import/export</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1847               load
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1851               added after a sequence was imported are not written to
1852               Stockholm File
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1856               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1860               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1864               with lightGray or darkGray via features file (but can
1865               specify lightgray)
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1869               when alignment view imported from project
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1873               structure and sequences extracted from structure files
1874               imported via URL and viewed in Jmol
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1878               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1879               the project is loaded and the structure viewed
1880             </li>
1881           </ul>
1882           <em>Web Services</em>
1883           <ul>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1886               release of Ensembl v.88
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1890               appear enabled in Preferences->Connections
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1894               removed from console output
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1898               Ensembl by Peptide ID
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1902               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1903               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1904               due to 'null' string rather than empty string used for
1905               residues with no corresponding PDB mapping).
1906             </li>
1907           </ul>
1908           <em>Application UI</em>
1909           <ul>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1912               menu
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1916               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1917               new documentation and tooltips added)
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1921               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1925               new features are added to alignment
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1929               changes to feature colours via the Amend features dialog
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1933               edit graduated feature colour via amend features dialog
1934               box
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1938               selection menu changes colours of alignment views
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1942               from alignment calculation workers after alignment has
1943               been closed
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1947               groups now 'Create Group'
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1951               Create/Undefine group doesn't always work
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1955               shown again after pressing 'Cancel'
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1959               adjusts start position in wrap mode
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1963               ambiguous amino acids
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1967               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1968               proteins
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1972               Defined' don't appear in Colours menu
1973             </li>
1974           </ul>
1975           <em>Applet</em>
1976           <ul>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1979               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1983               overview or linked structure view
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1987               work (since 2.8)
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1991               user-defined colourscheme doesn't restore original
1992               colourscheme
1993             </li>
1994           </ul>
1995           <em>Test Suite</em>
1996           <ul>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1999               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2003               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2004               problems with deep array comparison equality asserts in
2005               successive versions of TestNG
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2009               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2010             </li>
2011           </ul>
2012           <em>New Known Issues</em>
2013           <ul>
2014             <li>
2015               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2016               phase after a sequence motif find operation
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2020               containing just upper and lower case letters are
2021               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2025               reliably from eggnog Ortholog database
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2029               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2030               to mark columns containing highlighted regions.
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2034               doesn't always add secondary structure annotation.
2035             </li>
2036           </ul>
2037         </div>
2038     <tr>
2039       <td width="60" nowrap>
2040         <div align="center">
2041           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2042         </div>
2043       </td>
2044       <td><div align="left">
2045           <em>General</em>
2046           <ul>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2049               for all consensus calculations
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2053               3rd Oct 2016)
2054             </li>
2055             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2056               for 2016-2017</li>
2057           </ul>
2058           <em>Application</em>
2059           <ul>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2062               set of database cross-references, sorted alphabetically
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2066               from database cross references. Users with custom links
2067               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2068                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2072               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2073               Chimera session
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2077               the Chimera it is connected to is shut down
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2081               columns menu item to mark columns containing highlighted
2082               regions (e.g. from structure selections or results of a
2083               Find operation)
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2087               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2088               MSAviewer
2089             </li>
2090           </ul>
2091         </div></td>
2092       <td>
2093         <div align="left">
2094           <em>General</em>
2095           <ul>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2098               are not coloured or thresholded according to percent
2099               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2103               hydrophobic
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2107               threshold, amino acid properties)
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2111               reported as mapped to residues in a structure file in the
2112               View Mapping report
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2116               could be added multiple times to a sequence
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2120               bond features shown as two highlighted residues rather
2121               than a range in linked structure views, and treated
2122               correctly when selecting and computing trees from features
2123             </li>
2124             <li>
2125               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2126               cross-references are matched to database name regardless
2127               of case
2128             </li>
2129
2130           </ul>
2131           <em>Application</em>
2132           <ul>
2133             <li>
2134               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2135               names without regular expressions also offer links from
2136               Sequence ID
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2140               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2141               update Jalview configuration
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2145               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2149               files with similarly named sequences if dropped onto the
2150               alignment
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2154               entries where more chains exist in the PDB accession than
2155               are reported in the SIFTS file
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2159               the structure view when displayed with Chimera
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2163               panel's View->Show Chains submenu
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2167               work for wrapped alignment views
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2171               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2175               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2176               first annotation row
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2180               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2184               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2185             </li>
2186             <!-- JAL-2319 -->
2187             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2188             coordindate data
2189             </li>
2190           </ul>
2191           <!--           <em>New Known Issues</em>
2192           <ul>
2193             <li></li>
2194           </ul> -->
2195         </div>
2196       </td>
2197     </tr>
2198     <td width="60" nowrap>
2199       <div align="center">
2200         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2201           <em>25/10/2016</em></strong>
2202       </div>
2203     </td>
2204     <td><em>Application</em>
2205       <ul>
2206         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2207           view if structures already loaded</li>
2208         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2209           structure views</li>
2210       </ul></td>
2211     <td>
2212       <div align="left">
2213         <em>General</em>
2214         <ul>
2215           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2216             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2217           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2218             example sequences/projects/trees</li>
2219         </ul>
2220         <em>Application</em>
2221         <ul>
2222           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2223             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2224           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2225             without timeout for structures with multiple models or
2226             multiple sequences in alignment</li>
2227           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2228             PDB ID HEADER line</li>
2229           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2230             is performed</li>
2231           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2232             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2233           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2234           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2235             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2236             option</li>
2237           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2238             is created on the alignment</li>
2239           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2240             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2241             pop-up menu</li>
2242         </ul>
2243         <em>Build and deployment</em>
2244         <ul>
2245           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2246             tags</li>
2247         </ul>
2248         <em>New Known Issues</em>
2249         <ul>
2250           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2251             on Windows</li>
2252         </ul>
2253       </div>
2254     </td>
2255     </tr>
2256     <tr>
2257       <td width="60" nowrap>
2258         <div align="center">
2259           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2260         </div>
2261       </td>
2262       <td><em>General</em>
2263         <ul>
2264           <li>
2265             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2266           </li>
2267           <li>
2268             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2269             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2270             better PDB parsing.
2271           </li>
2272           <li>
2273             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2274             reference sequence
2275           </li>
2276           <li>
2277             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2278             mousing over sequence associated annotation
2279           </li>
2280           <li>
2281             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2282             for manual entry
2283           </li>
2284           <li>
2285             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2286             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2287             for each column
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2291             showing or hiding columns containing a feature
2292           </li>
2293           <li>
2294             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2295             group and sequence associated annotation labels
2296           </li>
2297           <li>
2298             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2299             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2300             dialogs
2301           </li>
2302
2303         </ul> <em>Application</em>
2304         <ul>
2305           <li>
2306             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2307             gene/transcript view
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2311             dialog
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2315             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2316           </li>
2317           <li>
2318             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2319             Pfam sources to xfam.org
2320           </li>
2321           <li>
2322             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2326             over sequences in Jalview
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2330             regions in ENA and EMBL
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2334             for record retrieval via ENA rest API
2335           </li>
2336           <li>
2337             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2338             complement operator
2339           </li>
2340           <li>
2341             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2342             groovy script execution
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2346             alignment window's Calculate menu
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2350             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2351           </li>
2352           <li>
2353             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2354             calculation workers from groovy scripts
2355           </li>
2356           <li>
2357             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2358             Jalview projects
2359           </li>
2360           <li>
2361             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2362             associations are now saved/restored from project
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2366             before sequence fetcher is opened
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2370             database chooser opens a sequence fetcher
2371           </li>
2372           <li>
2373             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2374             the UniProt REST API
2375           </li>
2376           <li>
2377             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2378             the news reader opening
2379           </li>
2380           <li>
2381             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2382             querying stored in preferences
2383           </li>
2384           <li>
2385             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2386             search results
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2390           </li>
2391           <li>
2392             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2393             menu for nucleotide sequences
2394           </li>
2395           <li>
2396             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2397             and feature counts preserves alignment ordering (and
2398             debugged for complex feature sets).
2399           </li>
2400           <li>
2401             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2402             viewing structures with Jalview 2.10
2403           </li>
2404           <li>
2405             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2406             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2407             Ensembl Genomes REST API
2408           </li>
2409           <li>
2410             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2411             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2412             (Ensembl)
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2416             sequences
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2420             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2421             data from external database records.
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2425             efficient recovery of sequence coding and alignment
2426             annotation relationships.
2427           </li>
2428         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2429         <ul>
2430           <li>
2431             -- JAL---
2432           </li>
2433         </ul> --></td>
2434       <td>
2435         <div align="left">
2436           <em>General</em>
2437           <ul>
2438             <li>
2439               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2440               menu on OSX
2441             </li>
2442             <li>
2443               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2444               includes graduated colourschemes
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2448               working with big alignments and lots of hidden columns
2449             </li>
2450             <li>
2451               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2452               at right of alignment window
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2456               contents
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2460               for DNA alignments
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2464               based tree calculation
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2468               unconserved enabled for group on alignment
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2472               set as reference
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2476               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2477               annotation
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2481               hidden columns present
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2485               user created annotation added to alignment
2486             </li>
2487             <li>
2488               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2489               '()' base pair annotation
2490             </li>
2491             <li>
2492               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2493               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2494               Consensus
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2498               feature not working
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2502               beginning of sequence
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2506               entry 3a6s
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2510               from a tree when t-coffee scores are shown
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2514               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2518               some structures
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2522               to Clustal, PIR and PileUp output
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2526               not visible causes alignment window to repaint
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2530               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2531               scores associated with features and annotation rows
2532             </li>
2533             <li>
2534               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2535               calculation should be case independent
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2539               columns
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2543               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2544               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2545             </li>
2546             <li>
2547               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2548               problems when reference sequence defined and 'show
2549               non-conserved' enabled
2550             </li>
2551             <li>
2552               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2553               load even when Consensus calculation is disabled
2554             </li>
2555             <li>
2556               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2557               alignment does nothing
2558             </li>
2559           </ul>
2560           <em>Application</em>
2561           <ul>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2564               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2565               yet fixed for El Capitan)
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2569               output when running on non-gb/us i18n platforms
2570             </li>
2571             <li>
2572               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2573               hidden sequences as flat-file alignment
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2577               launching Chimera
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2581               (also hotfix for 2.9.0b2)
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2585               reference sequence defined
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2589               alignments and views when revealing hidden columns
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2593               view in a cDNA/Protein splitframe
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2597               sequence from project when only one sequence is
2598               represented
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2602               in Structure Chooser
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2606               structure consensus didn't refresh annotation panel
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2610               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2611             </li>
2612             <li>
2613               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2614               dialogs format columns correctly, don't display array
2615               data, sort columns according to type
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2619               file chooser is cancelled during an image export
2620             </li>
2621             <li>
2622               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2623               sequence name containing special characters
2624             </li>
2625             <li>
2626               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2627               case insensitive
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2631               formatting don't wrap
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2635               truncated so L looks like I in consensus annotation
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2639               currently displayed features for the current selection or
2640               view
2641             </li>
2642             <li>
2643               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2644               after fetching cross-references, and restoring from
2645               project
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2649               followed in the structure viewer
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2653               splitframe not restored from project
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2657               trailing end of protein alignment in transcript/product
2658               splitview when pad-gaps not enabled by default
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2662               is case dependent
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2666               article has been read (reopened issue due to
2667               internationalisation problems)
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2671               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2672               cross-references
2673             </li>
2674
2675             <li>
2676               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2677               alignment as HTML
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2681               multiple structures are shown for one or more sequences.
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2685               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2686               is enabled.
2687             </li>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2690               specific PDB id for sequence
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2694               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2695               columns' is disabled.
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2699               selects lowest rather than highest resolution structures
2700               for each sequence
2701             </li>
2702             <li>
2703               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2704               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2705             </li>
2706             <li>
2707               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2708               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2709             </li>
2710             <li>
2711               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2712               after clicking on it to create new annotation for a
2713               column.
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2717               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2718             </li>
2719             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2720             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2721           </ul>
2722           <em>Applet</em>
2723           <ul>
2724             <li>
2725               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2726               hidden columns present before start of sequence
2727             </li>
2728             <li>
2729               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2730               (JSON jars)
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2734               sequences are hidden in applet
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2738               deployment on examples pages.
2739             </li>
2740           </ul>
2741         </div>
2742       </td>
2743     </tr>
2744     <tr>
2745       <td width="60" nowrap>
2746         <div align="center">
2747           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2748             <em>16/10/2015</em></strong>
2749         </div>
2750       </td>
2751       <td><em>General</em>
2752         <ul>
2753           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2754             jars</li>
2755         </ul></td>
2756       <td>
2757         <div align="left">
2758           <em>Application</em>
2759           <ul>
2760             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2761               shown when tree is partitioned</li>
2762             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2763               multiple cDNA/Protein split views</li>
2764           </ul>
2765         </div>
2766       </td>
2767     </tr>
2768     <tr>
2769       <td width="60" nowrap>
2770         <div align="center">
2771           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2772             <em>8/10/2015</em></strong>
2773         </div>
2774       </td>
2775       <td><em>General</em>
2776         <ul>
2777           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2778             2.9</li>
2779         </ul> <em>Application</em>
2780         <ul>
2781           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2782           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2783           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2784         </ul> <em>Applet</em>
2785         <ul>
2786           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2787         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2788         <ul>
2789           <li>
2790             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2791             suite
2792           </li>
2793         </ul></td>
2794       <td>
2795         <div align="left">
2796           <em>General</em>
2797           <ul>
2798             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2799               incorrect when sequence start > 1</li>
2800             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2801               documentation</li>
2802             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2803             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2804               loading a features file containing HTML tags in feature
2805               description</li>
2806
2807           </ul>
2808           <em>Application</em>
2809           <ul>
2810             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2811               reimport</li>
2812             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2813               with 'trim retrieved sequences'</li>
2814             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2815               deleting selected columns</li>
2816             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2817               JNLP templates for webstart launch</li>
2818             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2819               unreleased structures for download or viewing</li>
2820             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2821               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2822             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2823               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2824             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2825               recovered from jalview project</li>
2826             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2827               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2828               alignment view</li>
2829             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2830               color schemes from BioJSON</li>
2831           </ul>
2832           <em>Applet</em>
2833           <ul>
2834             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2835               frame</li>
2836             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2837           </ul>
2838         </div>
2839       </td>
2840     </tr>
2841     <tr>
2842       <td><div align="center">
2843           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2844         </div></td>
2845       <td><em>General</em>
2846         <ul>
2847           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2848             alignments:
2849             <ul>
2850               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2851                 and DNA alignment views</li>
2852               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2853                 cDNA alignment views</li>
2854               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2855                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2856               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2857                 protein sequences</li>
2858             </ul>
2859           </li>
2860           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2861           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2862             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2863           <li>New alignment annotation file statements for
2864             reference sequences and marking hidden columns</li>
2865           <li>Reference sequence based alignment shading to
2866             highlight variation</li>
2867           <li>Select or hide columns according to alignment
2868             annotation</li>
2869           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2870           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2871             acid conservation row</li>
2872           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2873         </ul> <em>Application</em>
2874         <ul>
2875           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2876             <ul>
2877               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2878                 view with cDNA/Protein</li>
2879               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2880                 sequences are placed in the same alignment</li>
2881               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2882                 projects</li>
2883             </ul>
2884           </li>
2885
2886           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2887           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2888             Jalview windows</li>
2889
2890           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2891           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2892           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2893             be shown in VARNA</li>
2894
2895           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2896             as the active selected region</li>
2897
2898           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2899             similarity</li>
2900           <li>New Export options
2901             <ul>
2902               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2903                 region export in flat file generation</li>
2904
2905               <li>Export alignment views for display with the <a
2906                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2907
2908               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2909               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2910                 alignment figures to HTML</li>
2911           </li>
2912           <li>3D structure retrieval and display
2913             <ul>
2914               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2915                 Search API</li>
2916               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2917                 PDB structures for a sequence set</li>
2918             </ul>
2919           </li>
2920
2921           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2922             predictions</li>
2923           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2924             for one or a group of sequences</li>
2925           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2926             from the JPred4 web server</li>
2927           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2928             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2929             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2930           </li>
2931           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2932             VARNA 2D Structure'</li>
2933           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2934             Structure ..."</li>
2935
2936         </ul> <em>Applet</em>
2937         <ul>
2938           <li>New layout for applet example pages</li>
2939           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2940             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2941           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2942             Protein alignments</li>
2943         </ul> <em>Development and deployment</em>
2944         <ul>
2945           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2946           <li>Include installation type and git revision in build
2947             properties and console log output</li>
2948           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2949             storing BioJsMSA Templates</li>
2950           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2951         </ul></td>
2952       <td>
2953         <!-- <em>General</em>
2954         <ul>
2955         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2956         <ul>
2957           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2958           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2959           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2960             predictions are not highlighted in amber</li>
2961           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2962             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2963           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2964             associated structure views</li>
2965           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2966             width checkbox not enabled</li>
2967           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2968             creating user defined colours</li>
2969           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2970             mappings for just that viewer's sequences</li>
2971           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2972             multiple models in Chimera</li>
2973           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2974             over Jmol structure</li>
2975           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2976             output to text box</li>
2977           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2978             have incorrect sequence start/end</li>
2979           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2980             Jalview fails</li>
2981           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2982             work for nucleotide</li>
2983           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2984             to a grey/invisible alignment window</li>
2985           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2986             imports to different position</li>
2987           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2988             on some platforms</li>
2989           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2990             populated</li>
2991           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2992             console if Chimera has been opened</li>
2993           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2994           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2995             retrieved</li>
2996           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2997           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2998             either sequence shows on first structure</li>
2999           <li>'Show annotations' options should not make
3000             non-positional annotations visible</li>
3001           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3002             in right place after 'view flanking regions'</li>
3003           <li>File Save As type unset when current file format is
3004             unknown</li>
3005           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3006             projects</li>
3007           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3008             responsive</li>
3009           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3010             several views on same alignment</li>
3011           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3012           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3013             spaces</li>
3014         </ul> <em>Applet</em>
3015         <ul>
3016           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3017           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3018             descriptions containing angle brackets</li>
3019         </ul> <em>General</em>
3020         <ul>
3021           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3022             via jalview annotation file</li>
3023           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3024             with RNA secondary structure</li>
3025           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3026             translation doesn't work.</li>
3027           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3028           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3029             positions</li>
3030           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3031             choosing 1pt font</li>
3032           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3033             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3034             'h'</li>
3035           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3036             new feature</li>
3037           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3038             order dependent</li>
3039           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3040             sequences</li>
3041           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3042         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3043         <ul>
3044           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3045             www.jalview.org</li>
3046         </ul> <em>Application Known issues</em>
3047         <ul>
3048           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3049           <li>Misleading message appears after trying to delete
3050             solid column.</li>
3051           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3052             version launches</li>
3053           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3054             fails with a sequence mismatch</li>
3055           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3056             scrolling alignment to right</li>
3057           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3058             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3059           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3060             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3061           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3062             ultra-high resolution</li>
3063           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3064             quality and conservation</li>
3065           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3066             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3067         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3068         <ul>
3069           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3070           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3071             window is being resized</li>
3072
3073         </ul>
3074       </td>
3075     </tr>
3076     <tr>
3077       <td><div align="center">
3078           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3079         </div></td>
3080       <td><em>General</em>
3081         <ul>
3082           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3083             Certum.PL.</li>
3084           <li>Features and annotation preserved when performing
3085             pairwise alignment</li>
3086           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3087             imported/exported/displayed</li>
3088           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3089             protein secondary structure</li>
3090           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3091               post-hoc with 2.9 release</em>)
3092           </li>
3093
3094         </ul> <em>Application</em>
3095         <ul>
3096           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3097             with 3D structures</li>
3098           <li>Support for parsing RNAML</li>
3099           <li>Annotations menu for layout
3100             <ul>
3101               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3102               <li>place sequence annotation above/below alignment
3103                 annotation</li>
3104             </ul>
3105           <li>Output in Stockholm format</li>
3106           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3107             translation</li>
3108           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3109           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3110             shared between alignments</li>
3111           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3112             Jalview</li>
3113           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3114             all or current selection</li>
3115           <li>disorder and secondary structure predictions
3116             available as dataset annotation</li>
3117           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3118
3119
3120           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3121             alignments from Rfam</li>
3122           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3123
3124           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3125             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3126           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3127           <li>include installation type in build properties and
3128             console log output</li>
3129           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3130             annotation</li>
3131         </ul></td>
3132       <td>
3133         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3134         <ul>
3135           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3136             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3137           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3138             alignment</li>
3139           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3140           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3141           <li>Double click on sequence associated annotation
3142             selects only first column</li>
3143           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3144             leaves shown in tree</li>
3145           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3146             properly</li>
3147           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3148           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3149             screen and buttons not visible</li>
3150           <li>author list isn't updated if already written to
3151             Jalview properties</li>
3152           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3153             from database</li>
3154           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3155           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3156             browser search window</li>
3157           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3158             in feature settings dialog</li>
3159           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3160             desktop</li>
3161           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3162             pass validation</li>
3163           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3164             fit on screen</li>
3165           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3166             tooltip</li>
3167           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3168             defined user preset</li>
3169           <li>MSA web services warns user if they were launched
3170             with invalid input</li>
3171           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3172             Java 8</li>
3173           <li>
3174             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3175             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3176             created
3177           </li>
3178
3179         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3180         <ul>
3181         </ul> <em>General</em>
3182         <ul>
3183         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3184         <ul>
3185           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3186             memory allocation</li>
3187           <li>launchApp service doesn't automatically open
3188             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3189           <li>
3190             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3191             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3192             1.7_055 is available
3193           </li>
3194         </ul> <em>Application Known issues</em>
3195         <ul>
3196           <li>
3197             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3198             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3199             alignment to right
3200           </li>
3201           <li>
3202             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3203             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3204             with large number of ID
3205           </li>
3206           <li>
3207             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3208             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3209             start/end
3210           </li>
3211           <li>
3212             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3213             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3214             structure tracks are rearranged
3215           </li>
3216           <li>
3217             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3218             invalid rna structure positional highlighting does not
3219             highlight position of invalid base pairs
3220           </li>
3221           <li>
3222             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3223             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3224             project from alignment window file menu
3225           </li>
3226           <li>
3227             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3228             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3229             structures
3230           </li>
3231           <li>
3232             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3233             colour by RNA Helices not enabled when user created
3234             annotation added to alignment
3235           </li>
3236           <li>
3237             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3238             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3239           </li>
3240         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3241         <ul>
3242           <li>
3243             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3244             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3245           </li>
3246           <li>
3247             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3248             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3249           </li>
3250
3251           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3252             when selected</li>
3253         </ul>
3254       </td>
3255     </tr>
3256     <tr>
3257       <td><div align="center">
3258           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3259         </div></td>
3260       <td>
3261         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3262         <em>General</em>
3263         <ul>
3264           <li>Internationalisation of user interface (usually
3265             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3266           <li>Define/Undefine group on current selection with
3267             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3268           <li>Improved group creation/removal options in
3269             alignment/sequence Popup menu</li>
3270           <li>Sensible precision for symbol distribution
3271             percentages shown in logo tooltip.</li>
3272           <li>Annotation panel height set according to amount of
3273             annotation when alignment first opened</li>
3274         </ul> <em>Application</em>
3275         <ul>
3276           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3277             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3278           <li>Select columns containing particular features from
3279             Feature Settings dialog</li>
3280           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3281             sequences</li>
3282           <li>Update Jalview project format:
3283             <ul>
3284               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3285               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3286                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3287               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3288                 colouring</li>
3289             </ul>
3290           </li>
3291           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3292             (PAM250)</li>
3293           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3294             flanking regions for an alignment</li>
3295         </ul>
3296       </td>
3297       <td>
3298         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3299         <ul>
3300           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3301             running after job is cancelled</li>
3302           <li>cannot export features from alignments imported from
3303             Jalview/VAMSAS projects</li>
3304           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3305             float values</li>
3306           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3307             have 'display all symbols' flag set</li>
3308           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3309             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3310           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3311             Jalview</li>
3312           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3313             Lion/Webstart</li>
3314           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3315           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3316           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3317             alignment onto desktop</li>
3318           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3319             'extract scores' function</li>
3320           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3321             alignment window</li>
3322           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3323             performing IUPred disorder prediction</li>
3324           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3325             changing 'normalise logo' display setting</li>
3326           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3327             nothing matches query</li>
3328           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3329             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3330           </li>
3331           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3332             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3333           </li>
3334           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3335             Jalview's menu</li>
3336           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3337             'invalid literal/length code'</li>
3338           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3339             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3340           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3341             colourscheme</li>
3342
3343         </ul> <em>Applet</em>
3344         <ul>
3345           <li>Remove group option is shown even when selection is
3346             not a group</li>
3347           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3348             don't affect groups</li>
3349           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3350             colourscheme name</li>
3351           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3352             Annotation panel is not displayed</li>
3353           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3354             embedded windows</li>
3355         </ul> <em>Other</em>
3356         <ul>
3357           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3358             single sequence were not calculated</li>
3359           <li>annotation files that contain only groups imported as
3360             annotation and junk sequences</li>
3361           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3362             recognised as PFAM or BLC</li>
3363           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3364             doesn't affect background (2.8.0b1)
3365           <li></li>
3366           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3367           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3368             trailing gaps</li>
3369           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3370             registered correctly on import</li>
3371           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3372             certain alignments</li>
3373           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3374             existing annotation based 'use original colours'
3375             colourscheme loses original colours setting</li>
3376         </ul>
3377       </td>
3378     </tr>
3379     <tr>
3380       <td><div align="center">
3381           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3382             <em>30/1/2014</em></strong>
3383         </div></td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3387             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3388             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3389             open source project).
3390           </li>
3391           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3392           <li>Output in Stockholm format</li>
3393           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3394           <li>Export/import group and sequence associated line
3395             graph thresholds</li>
3396           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3397             ambiguity codes</li>
3398           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3399             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3400             works</li>
3401           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3402         </ul> <em>Other improvements</em>
3403         <ul>
3404           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3405           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3406             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3407           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3408             files</li>
3409           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3410           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3411             link but no description</li>
3412           <li>Select primary source when selecting authority in
3413             database fetcher GUI</li>
3414           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3415             Jalview</li>
3416           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3422             displayed</li>
3423           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3424             secondary structure annotation line</li>
3425           <li>Sequence database accessions not imported when
3426             fetching alignments from Rfam</li>
3427           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3428             identical IDs</li>
3429           <li>View all structures does not always superpose
3430             structures</li>
3431           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3432             reflect user or preset settings</li>
3433           <li>Null pointer exceptions for some services without
3434             presets or adjustable parameters</li>
3435           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3436             discover PDB xRefs</li>
3437           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3438             features with DAS</li>
3439           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3440             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3441           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3442             residue follows a gap</li>
3443           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3444             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3445           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3446             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3447           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3448             annotation already exists on alignment</li>
3449           <li>oninit javascript function should be called after
3450             initialisation completes</li>
3451           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3452             alignment window display</li>
3453           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3454           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3455             to annotation file</li>
3456           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3457             groups created</li>
3458           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3459             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3460           <li>Pressing return several times causes Number Format
3461             exceptions in keyboard mode</li>
3462           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3463             correct partitions for input data</li>
3464           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3465           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3466           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3467           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3468             mode</li>
3469           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3470             changes one row&#39;s threshold</li>
3471           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3472             doesn&#39;t open</li>
3473           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3474             quality histograms</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td><div align="center">
3480           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3481         </div></td>
3482       <td><em>Application</em>
3483         <ul>
3484           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3485             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3486           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3487             preferences</li>
3488           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3489             in Jalview alignment window</li>
3490           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3491             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3492           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3493             RNA and ambiguity codes</li>
3494
3495           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3496           <li>Support fetching and database reference look up
3497             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3498             refs')</li>
3499           <li>Jalview project improvements
3500             <ul>
3501               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3502                 flag for annotation</li>
3503               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3504                 alignment</li>
3505               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3506                 Jalview project</li>
3507
3508             </ul>
3509           </li>
3510           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3511           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3512             running</li>
3513           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3514           <li>visual indication that web service results are still
3515             being retrieved from server</li>
3516           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3517             starts up for first time</li>
3518           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3519             services</li>
3520           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3521             client library</li>
3522           <li>Examples directory and Groovy library included in
3523             InstallAnywhere distribution</li>
3524         </ul> <em>Applet</em>
3525         <ul>
3526           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3527             visualization applet example</li>
3528         </ul> <em>General</em>
3529         <ul>
3530           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3531           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3532             defaults</li>
3533           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3534             calculation</li>
3535           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3536             matrices
3537           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3538             in HTML</li>
3539           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3540             structure contacts</li>
3541           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3542           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3543           <li>Parse sequence associated secondary structure
3544             information in Stockholm files</li>
3545           <li>HTML Export database accessions and annotation
3546             information presented in tooltip for sequences</li>
3547           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3548             style RNA alignment files</li>
3549           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3550             alignment</li>
3551           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3552             shade each sequence according to its associated alignment
3553             annotation</li>
3554           <li>New Jalview Logo</li>
3555         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3556         <ul>
3557           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3558           <li>New Website!</li>
3559         </ul></td>
3560       <td><em>Application</em>
3561         <ul>
3562           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3563             wsdbfetch REST service</li>
3564           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3565           <li>Filetype associations not installed for webstart
3566             launch</li>
3567           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3568             job execution in full once it is complete</li>
3569           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3570             uploaded via ali_file parameter</li>
3571           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3572           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3573           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3574             submitted for prediction</li>
3575           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3576             desktop window</li>
3577           <li>Putting fractional value into integer text box in
3578             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3579           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3580             windows 7</li>
3581           <li>View all structures fails with exception shown in
3582             structure view</li>
3583           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3584             escaped in a platform independent way</li>
3585           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3586             using proxy</li>
3587           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3588             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3589           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3590             failure when java web start temporary file caching is
3591             disabled</li>
3592           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3593             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3594           <li>Errors during processing of command line arguments
3595             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3596           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3597             DAS sources in sequence fetcher</li>
3598           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3599             dialog is shown</li>
3600           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3601           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3602           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3603           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3604             on OSX Mountain Lion</li>
3605           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3606             sequences with alignment annotation are pasted into the
3607             alignment</li>
3608           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3609             when loaded from Jalview project</li>
3610           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3611           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3612             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3613           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3614             associated with all views</li>
3615           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3616             annotation rows to new window</li>
3617         </ul> <em>Applet</em>
3618         <ul>
3619           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3620             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3621           <li>loading features via javascript API automatically
3622             enables feature display</li>
3623           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3624             work</li>
3625         </ul> <em>General</em>
3626         <ul>
3627           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3628           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3629             and then deselected</li>
3630           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3631           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3632             coloured with clustalx</li>
3633           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3634             exceptions and redraw errors</li>
3635           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3636             reconfigured view</li>
3637           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3638             colour</li>
3639           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3640             for lots of labels</li>
3641         </ul>
3642     </tr>
3643     <tr>
3644       <td>
3645         <div align="center">
3646           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3647         </div>
3648       </td>
3649       <td><em>Application</em>
3650         <ul>
3651           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3652           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3653           <li>View/alignment association menu to enable user to
3654             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3655             its colours/correspondences from</li>
3656           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3657           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3658             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3659           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3660           <li>Annotation row column label formatting attributes
3661             stored in project file</li>
3662           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3663             rows preserved in Jalview project file</li>
3664           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3665             saved using Desktop window menu</li>
3666           <li>Visual indication that command line arguments are
3667             still being processed</li>
3668           <li>Groovy script execution from URL</li>
3669           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3670             preferences</li>
3671           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3672             alignment with sequences that have high similarity and
3673             matching IDs</li>
3674           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3675           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3676             structures in same window</li>
3677           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3678           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3679             analysis function in its own submenu</li>
3680         </ul> <em>Applet</em>
3681         <ul>
3682           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3683             groups</li>
3684           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3685           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3686           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3687           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3688           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3689             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3690           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3691           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3692             parameters are treated as such</li>
3693           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3694             <ul>
3695               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3696               <li>Javascript callbacks for
3697                 <ul>
3698                   <li>Applet initialisation</li>
3699                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3700                 </ul>
3701               </li>
3702               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3703                 functions</li>
3704               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3705               <li>javascript structure viewer harness to pass
3706                 messages between Jmol and Jalview when running as
3707                 distinct applets</li>
3708               <li>sortBy method</li>
3709               <li>Set of applet and application examples shipped
3710                 with documentation</li>
3711               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3712                 javascript message exchange</li>
3713             </ul>
3714         </ul> <em>General</em>
3715         <ul>
3716           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3717             multiple alignments</li>
3718           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3719           <li>User configurable link to enable redirects to a
3720             www.Jalview.org mirror</li>
3721           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3722           <li>Configurable newline string when writing alignment
3723             and other flat files</li>
3724           <li>Allow alignment annotation description lines to
3725             contain html tags</li>
3726         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3727         <ul>
3728           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3729             examples</li>
3730           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3731             using a web service before displaying the result in the
3732             Jalview desktop</li>
3733           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3734           <li>Ant target to publish example html files with applet
3735             archive</li>
3736           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3737           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3738         </ul></td>
3739       <td><em>Application</em>
3740         <ul>
3741           <li>User defined colourscheme throws exception when
3742             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3743           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3744             dialog for valid filename/format</li>
3745           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3746           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3747             P37173</li>
3748           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3749             which sequence is to be associated with the file</li>
3750           <li>Find All raises null pointer exception when query
3751             only matches sequence IDs</li>
3752           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3753           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3754             2.4 cannot be loaded</li>
3755           <li>Filetype associations not installed for webstart
3756             launch</li>
3757           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3758             with sequences in different alignments do not get coloured
3759             by their associated sequence</li>
3760           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3761             not preserved when project is loaded</li>
3762           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3763             stored in Jalview project</li>
3764           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3765             Jalview project</li>
3766           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3767           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3768             by conservation</li>
3769           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3770             created on new view</li>
3771           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3772             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3773           <li>Alignment quality not updated after alignment
3774             annotation row is hidden then shown</li>
3775           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3776             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3777           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3778             properly</li>
3779           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3780             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3781           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3782           <li>Structures imported from file and saved in project
3783             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3784           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3785             job execution in full once it is complete</li>
3786         </ul> <em>Applet</em>
3787         <ul>
3788           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3789             annotation rows are displayed</li>
3790           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3791             codebase</li>
3792           <li>View follows highlighting does not work for positions
3793             in sequences</li>
3794           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3795           <li>Export features raises exception when no features
3796             exist</li>
3797           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3798             for javascript api is modified when separator string
3799             provided as parameter</li>
3800           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3801             alignment with no existing selection</li>
3802           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3803             to applet&#39;s codebase</li>
3804           <li>Status bar not updated after finished searching and
3805             search wraps around to first result</li>
3806           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3807             several Jalview applets causes race conditions and memory
3808             leaks</li>
3809           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3810             not sent from Jmol in applet</li>
3811           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3812             applet API fatally hang browser</li>
3813         </ul> <em>General</em>
3814         <ul>
3815           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3816             position with wrapped view and hidden regions</li>
3817           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3818             with/without hidden columns</li>
3819           <li>Sequence length given in alignment properties window
3820             is off by 1</li>
3821           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3822             import PDB like structure files</li>
3823           <li>Positional search results are only highlighted
3824             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3825           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3826           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3827             given sequence position</li>
3828           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3829             output</li>
3830           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3831             from nucleotide chains correctly</li>
3832           <li>Structure colours not updated when tree partition
3833             changed in alignment</li>
3834           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3835             parsed in interleaved stockholm</li>
3836           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3837             state</li>
3838           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3839             properly</li>
3840           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3841             properly associated with their pdb files</li>
3842         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3843         <ul>
3844           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3845             ApplyCopyright tool</li>
3846         </ul></td>
3847     </tr>
3848     <tr>
3849       <td>
3850         <div align="center">
3851           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3852         </div>
3853       </td>
3854       <td><em>Application</em>
3855         <ul>
3856           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3857             contact web services</li>
3858           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3859             service job window</li>
3860           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3861         </ul></td>
3862       <td>
3863         <ul>
3864           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3865             pir file emitted by Jalview</li>
3866           <li>Existing feature settings transferred to new
3867             alignment view created from cut'n'paste</li>
3868           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3869             parsing PDB files</li>
3870           <li>Consensus and conservation annotation rows
3871             occasionally become blank for all new windows</li>
3872           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3873             in wrapped view mode</li>
3874         </ul> <em>Application</em>
3875         <ul>
3876           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3877             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3878           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3879             parameter names</li>
3880           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3881             is down</li>
3882         </ul>
3883       </td>
3884     </tr>
3885     <tr>
3886       <td>
3887         <div align="center">
3888           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3889         </div>
3890       </td>
3891       <td><em>Application</em>
3892         <ul>
3893           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3894             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3895             (JABAWS)
3896           </li>
3897           <li>Web Services preference tab</li>
3898           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3899             preferences</li>
3900           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3901           <li>Superpose structures using associated sequence
3902             alignment</li>
3903           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3904             viewer</li>
3905         </ul> <em>Applet</em>
3906         <ul>
3907           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3908             link out mechanism</li>
3909         </ul> <em>Other</em>
3910         <ul>
3911           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3912             series 12</li>
3913           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3914             require Java 1.5</li>
3915           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3916             sequence annotation files</li>
3917           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3918             type colour specification</li>
3919           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3920             script to check if it being run in an interactive session or
3921             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3922         </ul></td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3926             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3927         </ul> <em>Application</em>
3928         <ul>
3929           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3930             selected Regions menu item</li>
3931           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3932             part of a valid accession ID</li>
3933           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3934             runs out of memory</li>
3935           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3936             analysis results</li>
3937           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3938             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3939           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3940         </ul> <em>Applet</em>
3941         <ul>
3942           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3943             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3944             defined.</li>
3945         </ul>
3946       </td>
3947     </tr>
3948     <tr>
3949       <td>
3950         <div align="center">
3951           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3952         </div>
3953       </td>
3954       <td></td>
3955       <td>
3956         <ul>
3957           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3958             sequence IDs</li>
3959           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3960             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3961           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3962             import correctly</li>
3963           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3964             number of columns are hidden</li>
3965           <li>annotation label popup menu not providing correct
3966             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3967             present</li>
3968           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3969             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3970           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3971             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3972
3973         </ul> <em>Applet</em>
3974         <ul>
3975           <li>annotation panel disappears when annotation is
3976             hidden/removed</li>
3977         </ul> <em>Application</em>
3978         <ul>
3979           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3980             alignment opened where annotation panel is visible but no
3981             annotations are present on alignment</li>
3982           <li>pasted region containing hidden columns is
3983             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3984           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3985             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3986           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3987             selected Rregions menu item.</li>
3988           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3989             'Un' or 'Non'conserved</li>
3990           <li>Sequence feature settings are being shared by
3991             multiple distinct alignments</li>
3992           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3993             changed</li>
3994           <li>double click on group annotation to select sequences
3995             does not propagate to associated trees</li>
3996           <li>Mac OSX specific issues:
3997             <ul>
3998               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3999                 window background</li>
4000               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4001                 name set correctly</li>
4002               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4003                 save feature colourscheme button</li>
4004             </ul>
4005           </li>
4006         </ul>
4007       </td>
4008     </tr>
4009     <tr>
4010
4011       <td>
4012         <div align="center">
4013           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4014         </div>
4015       </td>
4016       <td><em>New Capabilities</em>
4017         <ul>
4018           <li>URL links generated from description line for
4019             regular-expression based URL links (applet and application)
4020
4021           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4022             menu</li>
4023           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4024             structures</li>
4025           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4026             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4027           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4028             average score or total feature count for each sequence.</li>
4029           <li>Shading features by score or associated description</li>
4030           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4031             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4032           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4033             hide everything but the currently selected region.</li>
4034           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4035         </ul> <em>Application</em>
4036         <ul>
4037           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4038             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4039           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4040             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4041           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4042             database references and protein_name is parsed as
4043             description line (BioSapiens terms).</li>
4044           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4045             references in sequence ID tooltip from View menu in
4046             application.</li>
4047           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4048       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4049           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4050             conservation plots</li>
4051           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4052             and visualized as sequence logos</li>
4053           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4054             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4055           </li>
4056           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4057             when a new tree is opened.</li>
4058           <li>Jalview Java Console</li>
4059           <li>Better placement of desktop window when moving
4060             between different screens.</li>
4061           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4062             consensus annotation</li>
4063           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4064             Workflows</li>
4065           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4066             <ul>
4067               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4068                 used to preserve views, structures, and tree display
4069                 settings)</li>
4070               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4071                 command line</li>
4072               <li>Sharing of selected regions between views and
4073                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4074               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4075             </ul></li>
4076         </ul> <em>Applet</em>
4077         <ul>
4078           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4079           <li>New Parameters
4080             <ul>
4081               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4082                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4083                 opened.</li>
4084               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4085                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4086               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4087                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4088               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4089                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4090                 view</li>
4091               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4092                 increase the height or width of a cell in the alignment
4093                 grid relative to the current font size.</li>
4094             </ul>
4095           </li>
4096           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4097             tooltip</li>
4098         </ul> <em>Other</em>
4099         <ul>
4100           <li>Features format: graduated colour definitions and
4101             specification of feature scores</li>
4102           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4103             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4104             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4105           <li>XML formats extended to support graduated feature
4106             colourschemes, group associated annotation, and profile
4107             visualization settings.</li></td>
4108       <td>
4109         <ul>
4110           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4111             rather than description</li>
4112           <li>Non-positional features are now included in sequence
4113             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4114             visibility in tooltip).</li>
4115           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4116           <li>Added URL embedding instructions to features file
4117             documentation.</li>
4118           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4119             'X' in peptide product</li>
4120           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4121             sequence ID and sequence string and query strings do not
4122             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4123           <li>AMSA files only contain first column of
4124             multi-character column annotation labels</li>
4125           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4126             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4127             exported and re-imported)</li>
4128           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4129             name</li>
4130           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4131             as subsequence matches, and correctly reports total number
4132             of both.</li>
4133           <li>Application:
4134             <ul>
4135               <li>Better handling of exceptions during sequence
4136                 retrieval</li>
4137               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4138                 link text excludes the start_end suffix</li>
4139               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4140                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4141               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4142               <li>Sequence description lines properly shared via
4143                 VAMSAS</li>
4144               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4145                 data sources</li>
4146               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4147                 completes before alignment figures are generated.</li>
4148               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4149                 first time.</li>
4150               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4151                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4152               <li>User defined group colours properly recovered
4153                 from Jalview projects.</li>
4154             </ul>
4155           </li>
4156         </ul>
4157       </td>
4158
4159     </tr>
4160     <tr>
4161       <td>
4162         <div align="center">
4163           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4164         </div>
4165       </td>
4166       <td>
4167         <ul>
4168           <li>Experimental support for google analytics usage
4169             tracking.</li>
4170           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173       <td>
4174         <ul>
4175           <li>Race condition in applet preventing startup in
4176             jre1.6.0u12+.</li>
4177           <li>Exception when feature created from selection beyond
4178             length of sequence.</li>
4179           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4180           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4181             all sequences with a given id</li>
4182           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4183             ID string searches</li>
4184           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4185             alignment to fail with exception</li>
4186         </ul> <em>Application Issues</em>
4187         <ul>
4188           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4189           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4190             data sources</li>
4191         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4192         <ul>
4193           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4194             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4195           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4196             version (java class versioning error fixed)</li>
4197         </ul>
4198       </td>
4199     </tr>
4200     <tr>
4201       <td>
4202
4203         <div align="center">
4204           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4205         </div>
4206       </td>
4207       <td><em>User Interface</em>
4208         <ul>
4209           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4210             translation and protein products</li>
4211           <li>Linked highlighting of structure associated with
4212             residue mapping to codon position</li>
4213           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4214             and 'clear' button</li>
4215           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4216             Tools menu</li>
4217           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4218             numeric data in description line</li>
4219           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4220           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4221             of sequence</li>
4222         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4223         <ul>
4224           <li>JPred3 web service</li>
4225           <li>Prototype sequence search client (no public services
4226             available yet)</li>
4227           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4228             PFAM</li>
4229           <li>URL Links created for matching database cross
4230             references as well as sequence ID</li>
4231           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4232         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4233         <ul>
4234           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4235             databases</li>
4236           <li>Generalised database reference retrieval and
4237             validation to all fetchable databases</li>
4238           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4239             sequence command</li>
4240         </ul> <em>Import and Export</em>
4241         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4242         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4243           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4244         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4245           File</li>
4246         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4247           triplet as name of colourscheme</li>
4248         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4249         <ul>
4250           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4251           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4252             alignments (experimental)</li>
4253           <li>Create new or select existing session to join</li>
4254           <li>load and save of vamsas documents</li>
4255         </ul> <em>Application command line</em>
4256         <ul>
4257           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4258             from applet)</li>
4259           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4260             of DAS servers to query for alignment features</li>
4261           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4262             that are also automatically queried for features</li>
4263           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4264             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4265         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4266         <ul>
4267           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4268             application (when using &quot;View in full
4269             application&quot;)</li>
4270         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4271         <ul>
4272           <li>feature group display control parameter</li>
4273           <li>debug parameter</li>
4274           <li>showbutton parameter</li>
4275         </ul> <em>Applet API methods</em>
4276         <ul>
4277           <li>newView public method</li>
4278           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4279           <li>Feature display control methods</li>
4280           <li>get list of currently selected sequences</li>
4281         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4282         <ul>
4283           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4284           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4285             Jalview release.</li>
4286           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4287             property controls execution of obfuscator</li>
4288           <li>Build target for generating source distribution</li>
4289           <li>Debug flag for javacc</li>
4290           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4291             jalview.bin.Cache</li>
4292           <li>Continuous Build Integration for stable and
4293             development version of Application, Applet and source
4294             distribution</li>
4295         </ul></td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>selected region output includes visible annotations
4299             (for certain formats)</li>
4300           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4301             for editing</li>
4302           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4303           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4304           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4305           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4306             comments</li>
4307           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4308             filenames containing a ':'</li>
4309           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4310             global sequence features</li>
4311           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4312             references from alignment sequences goes to zero</li>
4313           <li>Close of tree branch colour box without colour
4314             selection causes cascading exceptions</li>
4315           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4316           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4317             file parsing fails.</li>
4318           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4319           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4320             not a valid output format</li>
4321           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4322             vamsas</li>
4323           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4324           <li>error messages passed up and output when data read
4325             fails</li>
4326           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4327             sequence is edited</li>
4328           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4329             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4330           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4331             filetype</li>
4332           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4333             import fixed for PFAM records</li>
4334           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4335             window list</li>
4336           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4337             can be read and written correctly to annotation file</li>
4338           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4339             correctly</li>
4340           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4341             non-italic font for representatives in Applet</li>
4342           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4343             Macs.</li>
4344           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4345             Applet)</li>
4346           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4347             due to null pointer exceptions</li>
4348           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4349             first column of alignment</li>
4350           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4351             July 2008</li>
4352           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4353             file is case-insensitive</li>
4354           <li>Sequence features read from Features file appended to
4355             all sequences with matching IDs</li>
4356           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4357             containing a sub-sequence</li>
4358           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4359           <li>feature and annotation file applet parameters
4360             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4361           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4362           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4363             splash-screen version check to complete</li>
4364           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4365             when passing them to the launchApp service</li>
4366           <li>display name and local features preserved in results
4367             retrieved from web service</li>
4368           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4369             sequence fetcher initialisation</li>
4370           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4371             dasobert DAS client</li>
4372           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4373             association</li>
4374           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4375             sequences
4376           </li>
4377         </ul>
4378       </td>
4379     </tr>
4380     <tr>
4381       <td>
4382         <div align="center">
4383           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4384         </div>
4385       </td>
4386       <td>
4387         <ul>
4388           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4389           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4390           <li>Slide sequences</li>
4391           <li>Edit sequence in place</li>
4392           <li>EMBL CDS features</li>
4393           <li>DAS Feature mapping</li>
4394           <li>Feature ordering</li>
4395           <li>Alignment Properties</li>
4396           <li>Annotation Scores</li>
4397           <li>Sort by scores</li>
4398           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4399         </ul>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4404           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4405           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4406           <li>Feature group display state in XML</li>
4407           <li>Feature ordering in XML</li>
4408           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4409           <li>Stockholm alignment properties</li>
4410           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4411           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4412           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4413           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4414         </ul>
4415       </td>
4416
4417     </tr>
4418     <tr>
4419       <td>
4420         <div align="center">
4421           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4422         </div>
4423       </td>
4424       <td>
4425         <ul>
4426           <li>Non standard characters can be read and displayed
4427           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4428             applet via textbox
4429           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4430             name &amp; description
4431           <li>Preference setting to display sequence name in
4432             italics
4433           <li>Annotation file format extended to allow
4434             Sequence_groups to be defined
4435           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4436             specified in preferences
4437           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4438             sequences
4439         </ul>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4444             installed
4445           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4446           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4447         </ul>
4448       </td>
4449     </tr>
4450     <tr>
4451       <td>
4452         <div align="center">
4453           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4454         </div>
4455       </td>
4456       <td>
4457         <ul>
4458           <li>Multiple views on alignment
4459           <li>Sequence feature editing
4460           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4461           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4462           <li>Background dependent text colour
4463           <li>Right align sequence ids
4464           <li>User-defined lower case residue colours
4465           <li>Format Menu
4466           <li>Select Menu
4467           <li>Menu item accelerator keys
4468           <li>Control-V pastes to current alignment
4469           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4470           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4471           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4472
4473           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4474         </ul>
4475       </td>
4476       <td>
4477         <ul>
4478           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4479           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4480             calculations
4481           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4482             edits
4483           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4484             of alignment)
4485           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4486
4487           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4488             display correctly
4489           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4490           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4491             analysis results
4492           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4493             &#8739;
4494           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4495           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4496           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4497
4498         </ul>
4499       </td>
4500     </tr>
4501     <tr>
4502       <td>
4503         <div align="center">
4504           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4505         </div>
4506       </td>
4507       <td>
4508         <ul>
4509           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4510         </ul>
4511       </td>
4512       <td>
4513         <ul>
4514           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4515             sequence id panel has been resized</li>
4516           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4517             rendered</li>
4518           <li>Annotation files with sequence references - all
4519             elements in file are relative to sequence position</li>
4520           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4521         </ul>
4522       </td>
4523     </tr>
4524     <tr>
4525       <td>
4526         <div align="center">
4527           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4528         </div>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4533           <li>DAS Feature fetching</li>
4534           <li>Hide sequences and columns</li>
4535           <li>Export Annotations and Features</li>
4536           <li>GFF file reading / writing</li>
4537           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4538             files</li>
4539           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4540           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4541           <li>Applet can launch the full application</li>
4542           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4543             required)</li>
4544           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4545           <li>Applet can load sequences from parameter
4546             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4547           </li>
4548         </ul>
4549       </td>
4550       <td>
4551         <ul>
4552           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4553           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4554           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4555         </ul>
4556       </td>
4557     </tr>
4558     <tr>
4559       <td>
4560         <div align="center">
4561           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4562         </div>
4563       </td>
4564       <td>
4565         <ul>
4566           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4567           <li>Choose to match case when searching</li>
4568           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4569             expand the visible width and height of the alignment</li>
4570         </ul>
4571       </td>
4572       <td>
4573         <ul>
4574           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4575         </ul>
4576       </td>
4577     </tr>
4578     <tr>
4579       <td>
4580         <div align="center">
4581           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4582         </div>
4583       </td>
4584       <td>&nbsp;</td>
4585       <td>
4586         <ul>
4587           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4588           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4589             value</li>
4590         </ul>
4591       </td>
4592     </tr>
4593     <tr>
4594       <td>
4595         <div align="center">
4596           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4597         </div>
4598       </td>
4599       <td>
4600         <ul>
4601           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4602           <li>Keyboard editing</li>
4603           <li>Create sequence features from searches</li>
4604           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4605             alignments</li>
4606           <li>Features file allows grouping of features</li>
4607           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4608           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4609           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4615           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4616             descriptions saved.</li>
4617         </ul>
4618       </td>
4619     </tr>
4620     <tr>
4621       <td>
4622         <div align="center">
4623           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4624         </div>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4629           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4630           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4631             name for file output</li>
4632           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4633           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4634             used for HTML form input</li>
4635         </ul>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>HTML output writes groups and features</li>
4640           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4641           <li>File IO bugs</li>
4642         </ul>
4643       </td>
4644     </tr>
4645     <tr>
4646       <td>
4647         <div align="center">
4648           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4649         </div>
4650       </td>
4651       <td>
4652         <ul>
4653           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4654           <li>More options for PCA viewer</li>
4655         </ul>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>GUI bugs resolved</li>
4660           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4661         </ul>
4662       </td>
4663     </tr>
4664     <tr>
4665       <td height="63">
4666         <div align="center">
4667           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4668         </div>
4669       </td>
4670       <td>
4671         <ul>
4672           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4673           <li>Jar files are executable</li>
4674           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4675         </ul>
4676       </td>
4677       <td>
4678         <ul>
4679           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4680           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4681           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4682         </ul>
4683       </td>
4684     </tr>
4685     <tr>
4686       <td>
4687         <div align="center">
4688           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4689         </div>
4690       </td>
4691       <td>
4692         <ul>
4693           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4694         </ul>
4695       </td>
4696       <td>
4697         <ul>
4698           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4699         </ul>
4700       </td>
4701     </tr>
4702     <tr>
4703       <td>
4704         <div align="center">
4705           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4706         </div>
4707       </td>
4708       <td>
4709         <ul>
4710           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4711             size</li>
4712         </ul>
4713       </td>
4714       <td>
4715         <ul>
4716           <li>Improved JPred client reliability</li>
4717           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4718         </ul>
4719       </td>
4720     </tr>
4721     <tr>
4722       <td>
4723         <div align="center">
4724           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4725         </div>
4726       </td>
4727       <td>
4728         <ul>
4729           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4730           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4731           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4732             to Colour Menu</li>
4733           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4734           <li>Unix users can set default web browser</li>
4735           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4736           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4742         </ul>
4743       </td>
4744     </tr>
4745     <tr>
4746       <td>
4747         <div align="center">
4748           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4749         </div>
4750       </td>
4751       <td>&nbsp;</td>
4752       <td>
4753         <ul>
4754           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4755             alignment order.</li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758     </tr>
4759     <tr>
4760       <td>
4761         <div align="center">
4762           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4763         </div>
4764       </td>
4765       <td>
4766         <ul>
4767           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4768           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4769           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4770             annotations.</li>
4771           <li>Version and build date written to build properties
4772             file.</li>
4773           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4774             at launch of Jalview.</li>
4775         </ul>
4776       </td>
4777       <td>
4778         <ul>
4779           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4780           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4781           <li>Can remove groups one by one.</li>
4782           <li>Filechooser icons installed.</li>
4783           <li>Finder ignores return character when searching.
4784             Return key will initiate a search.<br>
4785           </li>
4786         </ul>
4787       </td>
4788     </tr>
4789     <tr>
4790       <td>
4791         <div align="center">
4792           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4793         </div>
4794       </td>
4795       <td>
4796         <ul>
4797           <li>New codebase</li>
4798         </ul>
4799       </td>
4800       <td>&nbsp;</td>
4801     </tr>
4802   </table>
4803   <p>&nbsp;</p>
4804 </body>
4805 </html>