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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27   /* remove bullets, narrower indent */
  28   list-style-type: none;
  29   margin: 0;
  30   padding-left: 10px;
  31   padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35   /* separate the items from eachother */
  36   margin-left: -3px;
  37   padding-bottom: 3px;
  38   padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42   /*   doesnt get processed in javahelp */
  43   content: '\00b7 ';
  44   padding: 3px;
  45   margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60         id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
  61         <em>09/03/2021</em></strong></td>
  62     <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
  63         Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
  64       <ul>
  65         <li>
  66           <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
  67           launch of the news browser (like -nonews argument)
  68         </li>
  69         <li>
  70           <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
  71           download of linkout URLs from
  72           www.jalview.org/services/identifiers
  73         </li>
  74         <li>
  75           <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
  76           download of BIOJSHTML templates
  77         </li>
  78         <li>
  79           <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to trigger
  80           a one off JABAWS discovery if autodiscovery was disabled
  81         </li>
  82       </ul></td>
  83     <td align="left" valign="top">
  84       <ul>
  85         <li>
  86           <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
  87           Jmol
  88         </li>
  89       </ul> <em>New Known defects</em>
  90       <ul>
  91         <li>
  92           <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
  93           always restored from project (since 2.10.3)
  94         </li>
  95         <li>
  96           <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
  97           propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
  98         </li>
  99       </ul>
 100     </td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 104           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 105           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 106       <td align="left" valign="top">
 107         <ul>
 108
 109         </ul>
 110       </td>
 111       <td align="left" valign="top">
 112         <ul>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 115             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 116           </li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 119             sequences can be classed as nucleotide
 120           </li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 123             sequences after alignment of protein products (known defect
 124             first reported for 2.11.1.0)
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 128             features outwith CDS shown overlaid on protein
 129           </li>
 130           <li>
 131             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 132             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 133             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 137             CDS features
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 141             always select corresponding protein sequences
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 145             column selection doesn't always ignore hidden columns
 146           </li>
 147         </ul> <em>Installer</em>
 148         <ul>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 151             Windows prevents install4j launching getdown
 152           </li>
 153         </ul> <em>Development</em>
 154         <ul>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 157             version numbers in doc/building.md
 158           </li>
 159         </ul>
 160       </td>
 161     </tr>
 162     <tr>
 163       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 164           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 165           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 166       <td align="left" valign="top">
 167         <ul>
 168         </ul>
 169       </td>
 170       <td align="left" valign="top">
 171         <ul>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 174             "Encountered problems opening
 175             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 176           </li>
 177         </ul>
 178       </td>
 179     </tr>
 180     <tr>
 181       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 182           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 183           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 184       <td align="left" valign="top">
 185         <ul>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 188             residue in cursor mode
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 192             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 196             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 197             improved compatibility with JalviewJS
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 201             alignments from Pfam and Rfam
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 205             import (no longer based on .gz extension)
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 212             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 213             EMBL flat file
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 217             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 218             saving or making backup files.
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 222             <ul>
 223               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 224               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 225             </ul>
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 229             when running on Linux (Requires Java 11+)
 230           </li>
 231         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 232         <ul>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 235             through a system property
 236           </li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 239             line help for configuring Jalview's memory
 240           </li>
 241         </ul>
 242       </td>
 243       <td align="left" valign="top">
 244         <ul>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 247             but not calculated and no protein or DNA score models are
 248             available for tree/PCA calculation when launched with
 249             Turkish language locale
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 253             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 257             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 261             sequence under the cursor
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 265             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 269             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 270             '%s'" on the console
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 274             when there are both local and complementary features mapped
 275             to the position under the cursor
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 279             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 280           </li>
 281           <li>
 282             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 283             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 284           </li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 287             internationalised text for some messages and log output
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 291             hidden gapped columns
 292           </li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 295             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 296           </li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 299             specifying output format when exporting an alignment via the
 300             command line
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 304             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 305             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 306             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 307             file again, and if that fails, delete the original file and
 308             save in place.)
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 312             via command line
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 316             program and documentation
 317           </li>
 318         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 319         <ul>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 322             first time for a version that has different jars to the
 323             previous launched version.
 324           </li>
 325         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 326         <ul>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 329             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 330             OutOfMemory error.
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 334             monitor the release channel
 335           </li>
 336         </ul> <em>New Known defects</em>
 337         <ul>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 340             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 341             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 342             genome of RNA viruses)
 343           </li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 346             are ordered differently when shown on alignment and in
 347             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 351             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 352             works for the top left quadrant of the alignment window
 353           </li>
 354           <li>
 355             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 356             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 357           </li>
 358           <li>
 359             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 360             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 361           </li>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 364             protein products for certain ENA records are repeatedly
 365             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 366           </li>
 367         </ul>
 368       </td>
 369     </tr>
 370     <tr>
 371       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 372           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 373           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 374       <td align="left" valign="top">
 375         <ul>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 378             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 379             for display in alignments, on structure views (including
 380             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 381             export.
 382           </li>
 383           <li>
 384             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 385             exported and re-imported as GFF3 files
 386           </li>
 387           <li>
 388             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 389             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 390           </li>
 391           <li>
 392             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 393             validation while parsing
 394           </li>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 397             position if reopened
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 401             of associated view
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 405             enabled by default
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 409             tooltips and menus
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 413             with no feature types visible
 414           </li>
 415           <li>
 416           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 417           </li>
 418         </ul><em>Jalview Installer</em>
 419             <ul>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 422             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 426           </li>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 429           </li>
 430               <li>
 431                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 432               <li>
 433                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 434         </ul> <em>Release processes</em>
 435         <ul>
 436           <li>
 437             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 441           </li>
 442         </ul> <em>Build System</em>
 443         <ul>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 449             report
 450           </li>
 451         </ul>
 452         <em>Groovy Scripts</em>
 453             <ul>
 454           <li>
 455             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 456             to stdout containing the consensus sequence for each
 457             alignment in a Jalview session
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 461             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 462             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 463           </li>
 464         </ul>
 465       </td>
 466       <td align="left" valign="top">
 467         <ul>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 470             'Show hidden markers' option is not ticked
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 474             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 475             jalview preferences or properties file
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 479             'Show Sequence Features' option is not ticked
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 483             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 484             features are visible
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 488             equal when split frame is first opened
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 492             correct after editing a sequence's start position
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 496             with annotation and exceptions thrown when only a few
 497             columns shown in wrapped mode
 498           </li>
 499           <li>
 500             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 501             wrapped alignment figure with annotations
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 505             ID fails with ClassCastException
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 509             Project
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 513             feature settings dialog also selects columns
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 517             IllegalArgumentException in some circumstances
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 521             opened for a view
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 525             alignment window is closed
 526           </li>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 529             help documentation for 2.11.0 release
 530           </li>
 531           <li>
 532             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 533             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 534             Uniprot Accession
 535           </li>
 536         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 537         <ul>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 540             PDB/Uniprot search panel
 541           </li>
 542         </ul> <em>Installer</em>
 543         <ul>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 546             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 547           </li>
 548         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 549         <ul>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 552             repository
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 556             memory
 557           </li>
 558         </ul> <em>New Known Issues</em>
 559         <ul>
 560           <li>
 561             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 562             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 563             command line
 564           </li>
 565           <li>
 566             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 567             clipped in headless figure export when Right Align option
 568             enabled
 569           </li>
 570           <li>
 571             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 572             'Source' in console output
 573           </li>
 574           <li>
 575             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 576             bamboo server but run fine locally.
 577           </li>
 578         </ul>
 579       </td>
 580     </tr>
 581     <tr>
 582       <td width="60" align="center" nowrap>
 583           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 584             <em>04/07/2019</em></strong>
 585       </td>
 586       <td align="left" valign="top">
 587         <ul>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 590             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 591             source project) rather than InstallAnywhere
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 595             settings, receive over the air updates and launch specific
 596             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 597               Rings' GetDown</a>)
 598           </li>
 599           <li>
 600             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 601             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 602           </li>
 603           <li>
 604             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 605             arguments and switch between different getdown channels
 606           </li>
 607           <li>
 608             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 609             or alignment files
 610           </li>
 611
 612           <li>
 613             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 614             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 615           <li>
 616             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 617             'Translate as cDNA'</li>
 618           <li>
 619             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 620           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 621             <ul>
 622                       <li>
 623             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 624             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 625           <li>
 626                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 627                 features can be filtered and shaded according to any
 628                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 629                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 630                 file)
 631               </li>
 632               <li>
 633                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 634                 stored and restored from Jalview Projects
 635               </li>
 636               <li>
 637                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 638                 recognise variant features
 639               </li>
 640               <li>
 641                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 642                 sequences (also coloured red by default)
 643               </li>
 644               <li>
 645                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 646                 details
 647               </li>
 648               <li>
 649                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 650                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 651               </li>
 652               <li>
 653                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 654                 dialog
 655               </li>
 656             </ul>
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 660             tree and PCA calculations
 661           </li>
 662           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 663             <ul>
 664               <li>
 665                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 666                 and Viewer state saved in Jalview Project
 667               </li>
 668               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 669                 drop-down menus</li>
 670               <li>
 671                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 672                 incrementally
 673               </li>
 674               <li>
 675                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 676               </li>
 677             </ul>
 678           </li>
 679           <li>
 680             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 681           </li>
 682           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 683           <ul>
 684               <li>
 685                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 686                 multiple groups when working with large alignments
 687               </li>
 688               <li>
 689                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 690                 Stockholm files
 691               </li>
 692             </ul>
 693           <li><strong>User Interface</strong>
 694           <ul>
 695               <li>
 696                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 697                 view
 698               </li>
 699               <li>
 700                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 701                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 702                 default (can be changed in user preferences)
 703               </li>
 704               <li>
 705                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 706                 to the Overwrite Dialog
 707               </li>
 708               <li>
 709                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 710                 sequences are hidden
 711               </li>
 712               <li>
 713                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 714                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 715               </li>
 716               <li>
 717                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 718                 labels
 719               </li>
 720               <li>
 721                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 722                 when in wrapped mode
 723               </li>
 724               <li>
 725                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 726                 annotation
 727               </li>
 728               <li>
 729                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 730               </li>
 731               <li>
 732                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 733                 panel
 734               </li>
 735               <li>
 736                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 737                 popup menu
 738               </li>
 739               <li>
 740               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 741               <li>
 742               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 743
 744
 745             </ul></li>
 746             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 747           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 748             <ul>
 749               <li>
 750                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 751                 trapping CMD-Q
 752               </li>
 753             </ul></li>
 754         </ul>
 755         <em>Deprecations</em>
 756         <ul>
 757           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 758             capabilities removed from the Jalview Desktop
 759           </li>
 760           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 761             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 762             and XML based data retrieval clients</li>
 763           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 764           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 765         </ul> <em>Documentation</em>
 766         <ul>
 767           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 768             not supported in EPS figure export
 769           </li>
 770           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 771         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 772         <ul>
 773           <li>
 774           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 775           </li>
 776       <li>
 777       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 778           <li>
 779           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 780             gradle-eclipse
 781           </li>
 782           <li>
 783           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 784             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 785             execution
 786           </li>
 787           <li>
 788           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 789             operations
 790           </li>
 791           <li>
 792           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 793             issues resolved
 794           </li>
 795           <li>
 796           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 797             markdown (with HTML rendering)
 798           </li>
 799           <li>
 800           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 801           </li>
 802           <li>
 803           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 804             versions of Jalview
 805           </li>
 806         </ul>
 807       </td>
 808       <td align="left" valign="top">
 809         <ul>
 810           <li>
 811             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 812           </li>
 813           <li>
 814             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 815             superposition in Jmol fail on Windows
 816           </li>
 817           <li>
 818             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 819             structures for sequences with lots of PDB structures
 820           </li>
 821           <li>
 822             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 823             monospaced font
 824           </li>
 825           <li>
 826             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 827             project involving multiple views
 828           </li>
 829           <li>
 830             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 831             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 832             Annotation dialog hides columns
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 836             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 837             one view, then making another selection in the other view
 838           </li>
 839           <li>
 840             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 841             columns
 842           </li>
 843           <li>
 844             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 845             Settings and Jalview Preferences panels
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 849             overview with large alignments
 850           </li>
 851           <li>
 852             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 853             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 854             mouse moved to the left of the first column
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 858             hidden column marker via scale popup menu
 859           </li>
 860           <li>
 861             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 862             doesn't tell users the invalid URL
 863           </li>
 864           <li>
 865             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 866             score from view
 867           </li>
 868           <li>
 869             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 870             show cross references or Fetch Database References are shown in
 871             red in original view
 872           </li>
 873           <li>
 874             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 875             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 876           </li>
 877           <li>
 878             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 879             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 880           </li>
 881           <li>
 882             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 883             when columns are hidden
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 887             Columns by Annotation description
 888           </li>
 889           <li>
 890             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 891             out of Scale or Annotation Panel
 892           </li>
 893           <li>
 894             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 895             scale panel
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 899             alignment down
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 903             scale panel
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 907             Page Up in wrapped mode
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 911           </li>
 912           <li>
 913             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 914           </li>
 915           <li>
 916             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 917             on opening an alignment
 918           </li>
 919           <li>
 920             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 921             Colour menu
 922           </li>
 923           <li>
 924             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 925             different groups in the alignment are selected
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 929             correctly in menu
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 933             threshold limit
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 937             threshold gets 'unrounded'
 938           </li>
 939           <li>
 940             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 941             colour
 942           </li>
 943           <li>
 944             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 945           </li>
 946           <li>
 947             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 948           </li>
 949           <li>
 950             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 951             Tree font
 952           </li>
 953           <li>
 954             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 955             project file
 956           </li>
 957           <li>
 958             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 959             shown in complementary view
 960           </li>
 961           <li>
 962             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 963             without normalisation
 964           </li>
 965           <li>
 966             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 967             of report
 968           </li>
 969           <li>
 970             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 971           </li>
 972           <li>
 973           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 974           </li>
 975         </ul> <em>Editing</em>
 976         <ul>
 977           <li>
 978             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 979             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 980             sequence
 981           </li>
 982           <li>
 983             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 984             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 985             removed (Known defect since 2.10)
 986           </li>
 987           <li>
 988             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 989             dialog corrupts dataset sequence
 990           </li>
 991           <li>
 992             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 993             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 994           </li>
 995         </ul> <em>Datamodel</em>
 996         <ul>
 997           <li>
 998             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 999             sequence's End is greater than its length
1000           </li>
1001         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
1002           general release)</em>
1003         <ul>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1006           </li>
1007         </ul> <em>New Known Defects</em>
1008         <ul>
1009         <li>
1010         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
1011         </li>
1012         <li>
1013           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
1014           regions of protein alignment.
1015         </li>
1016         <li>
1017           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
1018           is restored from a Jalview 2.11 project
1019         </li>
1020         <li>
1021           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
1022           'New View'
1023         </li>
1024         <li>
1025           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1026           columns within hidden columns
1027         </li>
1028         <li>
1029           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
1030           window after dragging left to select columns to left of visible
1031           region
1032         </li>
1033         <li>
1034           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
1035           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
1036           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
1037           create a Score filter instead.
1038         </li>
1039         <li>
1040         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
1041         <li>
1042         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
1043         </li>
1044         <li>
1045           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1046           alignments with multiple views can close views unexpectedly
1047         </li>
1048         </ul>
1049         <em>Java 11 Specific defects</em>
1050           <ul>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1053               alphabetically when saved
1054             </li>
1055         </ul>
1056       </td>
1057     </tr>
1058     <tr>
1059     <td width="60" nowrap>
1060       <div align="center">
1061         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1062       </div>
1063     </td>
1064     <td><div align="left">
1065         <em></em>
1066         <ul>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1069               InstallAnywhere increased to 1G.
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1073               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1074               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1075                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1076                 properties file.</em>
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1080               API and sequence data now imported as JSON.
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1084               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1085               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1086               property.
1087             </li>
1088           </ul>
1089           <em>Development</em>
1090           <ul>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1093               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1094                 Clover</a>
1095             </li>
1096           </ul>
1097         </div></td>
1098     <td><div align="left">
1099         <em></em>
1100         <ul>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1103               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1104               alignment.
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1108               annotation displayed.
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1112               for newly created group when 'Apply to all groups'
1113               selected
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1117               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1118               visible.
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1122               when sequences are selected in exported view.</em>
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1126               aren't rendered with correct colour.
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1130               types of knotted RNA secondary structure.
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1134               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1135               do not start at 1.
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1139               annotation when columns are inserted into an alignment,
1140               and when exporting as Stockholm flatfile.
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1144               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1145               treated as RNA secondary structure.
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1149               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1153               transfers focus to previous window on OSX
1154             </li>
1155           </ul>
1156           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1157           <ul>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1160               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1161               box.
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1165               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1166               'look and feel' which has improved compatibility with the
1167               latest version of OSX.
1168             </li>
1169           </ul>
1170         </div>
1171     </td>
1172     </tr>
1173     <tr>
1174       <td width="60" nowrap>
1175         <div align="center">
1176           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1177             <em>7/06/2018</em></strong>
1178         </div>
1179       </td>
1180       <td><div align="left">
1181           <em></em>
1182           <ul>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1185               annotation retrieved from Uniprot
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1189               onto the Jalview Desktop
1190             </li>
1191           </ul>
1192         </div></td>
1193       <td><div align="left">
1194           <em></em>
1195           <ul>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1198               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1202               right-hand column parsed correctly
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1206               not alignment area in exported graphic
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1210               window has input focus
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1214               annotation added to view (Windows)
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1218               network connectivity is poor
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1222               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1223                 the currently open URL and links from a page viewed in
1224                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1225                 you are using Edge, only links in the page can be
1226                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1227                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1228             </li>
1229           </ul>
1230           <em>New Known Defects</em>
1231           <ul>
1232             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1233           </ul>
1234         </div></td>
1235     </tr>
1236     <tr>
1237       <td width="60" nowrap>
1238         <div align="center">
1239           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1240         </div>
1241       </td>
1242       <td><div align="left">
1243           <em></em>
1244           <ul>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1247               for disabling automatic superposition of multiple
1248               structures and open structures in existing views
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1252               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1253               adjust them.
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1257               Ensembl services
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1261               and lots of hidden columns
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1265               of features (particularly when transparency is disabled)
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1269               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1270               generally available
1271             </li>
1272           </ul>
1273           </div>
1274       </td>
1275       <td><div align="left">
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1279               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1283               overlapping alignment panel
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1287               sequence as gaps
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1291               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1292               UTR
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1296               factor annotation not added to sequence when local PDB
1297               file associated with it by drag'n'drop or structure
1298               chooser
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1302               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1306               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1310               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1314               columns in annotation row
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1318               honored in batch mode
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1322               for structures added to existing Jmol view
1323             </li>
1324             <li>
1325               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1326               entries after importing project with multiple views
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1330               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1331               with negative residue numbers or missing residues fails
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1335               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1336               as generated by CONSURF)
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1340               tooltip doesn't include a text description of mutation
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1344               structure and/or overview windows are also shown
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1348               very slow for alignments with large numbers of sequences
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1352               with 'StringIndexOutOfBounds'
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1356               platforms running Java 10
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1360               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>Applet</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1367               should copy the group consensus when popup is opened on it
1368             </li>
1369           </ul>
1370           <em>Batch Mode</em>
1371           <ul>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1374           </li>
1375           </ul>
1376           <em>New Known Defects</em>
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1380               editing a large alignment and overview is displayed
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1384               repeatedly after a series of edits even when the overview
1385               is no longer reflecting updates
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1389               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1390               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1391               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1395               option gives blank output
1396             </li>
1397           </ul>
1398         </div>
1399           </td>
1400     </tr>
1401     <tr>
1402       <td width="60" nowrap>
1403         <div align="center">
1404           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1405         </div>
1406       </td>
1407       <td><div align="left">
1408           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1409               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1410       <td><div align="left">
1411           <em>Desktop</em><ul>
1412           <ul>
1413             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1414             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1415             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1416             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1417             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1418             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1419             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1420           </ul>
1421           </div>
1422       </td>
1423     </tr>
1424     <tr>
1425       <td width="60" nowrap>
1426         <div align="center">
1427           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1428         </div>
1429       </td>
1430       <td><div align="left">
1431           <em></em>
1432           <ul>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1435               rendering of sequence features
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1439               429 rate limit request hander
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1443               their colours have changed
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1447               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1451               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1455               view from Ensembl locus cross-references
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1459               Alignment report
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1463               feature can be disabled
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1467               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1471               Uniprot
1472             </li>
1473           </ul>
1474           <em>Scripting</em>
1475           <ul>
1476             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1477             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1478               percent identity scores for current alignment.</li>
1479           </ul>
1480           <em>Testing and Deployment</em>
1481           <ul>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1484             </li>
1485           </ul>
1486         </div></td>
1487       <td><div align="left">
1488           <em>General</em>
1489           <ul>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1492               threshold text field doesn't trigger an update to the
1493               alignment view
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1497               strings in parallel
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1501               alignment window is closed
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1505               group visibility
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1509               takes a long time in Cursor mode
1510             </li>
1511           </ul>
1512           <em>Desktop</em>
1513           <ul>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1516               cannot be viewed in Chimera
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1520               CDS/Protein view
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1524               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1525               Search Dialogs
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1535               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1539               scrolling right in unwapped alignment view
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1543               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1544               database
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1548               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1552               features of same type and group to be selected for
1553               amending
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1557               alignments when hidden columns are present
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1561               displaying several structures
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1565               moving a window
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1569               within the Jalview desktop on OSX
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1573               when in wrapped alignment mode
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1577               hand end of alignment
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1581               each selected sequence do not have correct start/end
1582               positions
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1586               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1590               restoring project until a new view is created
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1594               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1595               configured (since 2.10.2b2)
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1599               position is adjusted
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1603               in a multi-chain structure when viewing alignment
1604               involving more than one chain (since 2.10)
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1608               if new selection moves alignment window
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1612               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1616               that produces correctly annotated transcripts and products
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1620               doesn't update associated structure view
1621             </li>
1622           </ul>
1623           <em>Applet</em><br />
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1627               closing alignment panel
1628             </li>
1629           </ul>
1630           <em>BioJSON</em><br />
1631           <ul>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1634               non-positional features
1635             </li>
1636           </ul>
1637           <em>New Known Issues</em>
1638           <ul>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1641               sequence features correctly (for many previous versions of
1642               Jalview)
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1646               using cursor in wrapped panel other than top
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1650               graduated colour threshold
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1654               always preserve numbering and sequence features
1655             </li>
1656           </ul>
1657           <em>Known Java 9 Issues</em>
1658           <ul>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1661               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1662               9.01, OSX 10.10)
1663             </li>
1664           </ul>
1665         </div></td>
1666     </tr>
1667     <tr>
1668       <td width="60" nowrap>
1669         <div align="center">
1670           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1671             <em>2/10/2017</em></strong>
1672         </div>
1673       </td>
1674       <td><div align="left">
1675           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1676           <ul>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1679             </li>
1680             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1681             </li>
1682           </ul>
1683         </div></td>
1684       <td><div align="left">
1685         </div></td>
1686     </tr>
1687     <tr>
1688       <td width="60" nowrap>
1689         <div align="center">
1690           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1691             <em>7/9/2017</em></strong>
1692         </div>
1693       </td>
1694       <td><div align="left">
1695           <em></em>
1696           <ul>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1699               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1700               white)
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1704               Preferences
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1708               in size and progress bar shown as higher resolution
1709               overview is recalculated
1710             </li>
1711
1712           </ul>
1713         </div></td>
1714       <td><div align="left">
1715           <em></em>
1716           <ul>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1719               column region row by row
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1723               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1727               format setting is unticked
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1731               if group has show boxes format setting unticked
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1735               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1736               include sequences and columns not currently displayed
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1740               assemblies are imported via CIF file
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1744               displayed when threshold or conservation colouring is also
1745               enabled.
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1749               server version
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1753               dragging a selected region off the visible region of the
1754               alignment
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1758               colourscheme to all groups in a view
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1762               initially after font size change using the Font chooser or
1763               middle-mouse zoom
1764             </li>
1765           </ul>
1766         </div></td>
1767     </tr>
1768     <tr>
1769       <td width="60" nowrap>
1770         <div align="center">
1771           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1772         </div>
1773       </td>
1774       <td><div align="left">
1775           <em>Calculations</em>
1776           <ul>
1777
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1780               ungapped positions in each column of the alignment.
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1784               a calculation dialog box
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1788               and memory efficiency (~30x faster)
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1792               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1793               and other calculations
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1797               files within the Jalview codebase
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1801               Similarity may have different topology due to increased
1802               precision
1803             </li>
1804           </ul>
1805           <em>Rendering</em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1809               model for alignments and groups
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1813               scripts
1814             </li>
1815           </ul>
1816           <em>Overview</em>
1817           <ul>
1818             <li>
1819               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1820               with alignment and overview windows
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1824               overview
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1828               omitted in Overview
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1832               adjustment of visible position
1833             </li>
1834           </ul>
1835
1836           <em>Data import/export</em>
1837           <ul>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1840               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1844               annotation input/output via stockholm flatfile
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1848               extension when importing structure files without embedded
1849               names or PDB accessions
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1853               format sequence substitution matrices
1854             </li>
1855           </ul>
1856           <em>User Interface</em>
1857           <ul>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1860               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1861               the application.
1862             </li>
1863             <li>
1864               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1865               via Overview or sequence motif search operations
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1869               opened by double clicking gaps within sequence feature
1870               extent
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1874               aligned positions were available to create a 3D structure
1875               superposition.
1876             </li>
1877           </ul>
1878           <em>3D Structure</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1882               coloured in linked structure views
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1886               file-based command exchange
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1890               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1891               structures are already available for sequences
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1895               the Jalview project rather than downloaded again when the
1896               project is reopened.
1897             </li>
1898             <li>
1899               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1900               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1901               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1902                 Feature</strong>)
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>Web Services</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1912               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1913               Analysis services
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1917               cross-references provided by identifiers.org and the
1918               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1919             </li>
1920           </ul>
1921
1922           <em>Scripting</em>
1923           <ul>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1926               identifying file formats (instead of String constants)
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1930               efficiency when counting all displayed features (not
1931               backwards compatible with 2.10.1)
1932             </li>
1933           </ul>
1934           <em>Example files</em>
1935           <ul>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1938               included in the example feature file
1939             </li>
1940           </ul>
1941           <em>Documentation</em>
1942           <ul>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1945               with the built-in Java help viewer
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1949               sequence description' option
1950             </li>
1951           </ul>
1952           <em>Test Suite</em>
1953           <ul>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1956               Uniprot REST Free Text Search Client
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1963               during tests
1964             </li>
1965           </ul>
1966         </div></td>
1967       <td><div align="left">
1968           <em>Calculations</em>
1969           <ul>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1972               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1973               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1974             </li>
1975             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1976               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1977               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1978               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1979               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1980               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1981               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1982               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1983               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1984               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1985               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1986               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1987               // for 2.10.1 mode <br />
1988               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1989               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1990                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1991                 calculations (not recommended)</em></li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1994               scaling of branch lengths for trees computed using
1995               Sequence Feature Similarity.
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1999               generating output report when working with highly
2000               redundant alignments
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2004               right of selected region when gaps present on right-hand
2005               boundary
2006             </li>
2007           </ul>
2008           <em>User Interface</em>
2009           <ul>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2012               doesn't reselect a specific sequence's associated
2013               annotation after it was used for colouring a view
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2017               opened on a region of alignment without groups
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2021               of an alignment with overlapping groups
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2025               name and description match
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2029               hidden regions results in incorrect hidden regions
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2033               changing colour does not apply Conservation slider value
2034               to all groups
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2038               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2042               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2046               gaps before start of features
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2050               restored to UI when feature colour is edited
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2054               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2058               as graduate feature colour settings are modified via the
2059               dialog box
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2063               when a group defined on the alignment is resized
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2067               wrapped view result in positional status updates
2068             </li>
2069
2070             <li>
2071               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2072               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2076               alignment included gapped columns
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2080               widgets don't permanently disappear
2081             </li>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2084               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2085               T-Coffee column reliability scores)
2086             </li>
2087             <li>
2088               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2089               sequence feature on gaps only
2090             </li>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2093               button from a Find inherit previously defined feature type
2094               rather than the Find query string
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2098               exporting tree calculated in Jalview
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2102               and then revealing them reorders sequences on the
2103               alignment
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2107               doesn't update to reflect available set of groups after
2108               interactively adding or modifying features
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2112               Linux
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2116               only excluded gaps in current sequence and ignored
2117               selection.
2118             </li>
2119           </ul>
2120           <em>Rendering</em>
2121           <ul>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2124               erratically when hidden rows or columns are present
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2128               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2129               sequence colouring
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2133               colour and group colour menu for protein alignments
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2137               reflect currently selected view or group's shading
2138               thresholds
2139             </li>
2140             <li>
2141               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2142               when rendered on overview and structures when opacity at
2143               100%
2144             </li>
2145             <li>
2146               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2147               overview when features overlaid on alignment
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2151               recovered correctly from Jalview project file
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2155               (automatically via preferences) are different to the main
2156               alignment panel
2157             </li>
2158           </ul>
2159           <em>Data import/export</em>
2160           <ul>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2163               load
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2167               added after a sequence was imported are not written to
2168               Stockholm File
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2172               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2176               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2180               with lightGray or darkGray via features file (but can
2181               specify lightgray)
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2185               when alignment view imported from project
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2189               structure and sequences extracted from structure files
2190               imported via URL and viewed in Jmol
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2194               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2195               the project is loaded and the structure viewed
2196             </li>
2197           </ul>
2198           <em>Web Services</em>
2199           <ul>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2202               release of Ensembl v.88
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2206               appear enabled in Preferences->Connections
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2210               removed from console output
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2214               Ensembl by Peptide ID
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2218               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2219               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2220               due to 'null' string rather than empty string used for
2221               residues with no corresponding PDB mapping).
2222             </li>
2223           </ul>
2224           <em>Application UI</em>
2225           <ul>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2228               menu
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2232               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2233               new documentation and tooltips added)
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2237               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2241               new features are added to alignment
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2245               changes to feature colours via the Amend features dialog
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2249               edit graduated feature colour via amend features dialog
2250               box
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2254               selection menu changes colours of alignment views
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2258               from alignment calculation workers after alignment has
2259               been closed
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2263               groups now 'Create Group'
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2267               Create/Undefine group doesn't always work
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2271               shown again after pressing 'Cancel'
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2275               adjusts start position in wrap mode
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2279               ambiguous amino acids
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2283               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2284               proteins
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2288               Defined' don't appear in Colours menu
2289             </li>
2290           </ul>
2291           <em>Applet</em>
2292           <ul>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2295               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2299               overview or linked structure view
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2303               work (since 2.8)
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2307               user-defined colourscheme doesn't restore original
2308               colourscheme
2309             </li>
2310           </ul>
2311           <em>Test Suite</em>
2312           <ul>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2315               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2316             </li>
2317             <li>
2318               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2319               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2320               problems with deep array comparison equality asserts in
2321               successive versions of TestNG
2322             </li>
2323             <li>
2324               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2325               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2326             </li>
2327           </ul>
2328           <em>New Known Issues</em>
2329           <ul>
2330             <li>
2331               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2332               phase after a sequence motif find operation
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2336               containing just upper and lower case letters are
2337               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2341               reliably from eggnog Ortholog database
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2345               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2346               to mark columns containing highlighted regions.
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2350               doesn't always add secondary structure annotation.
2351             </li>
2352           </ul>
2353         </div>
2354     <tr>
2355       <td width="60" nowrap>
2356         <div align="center">
2357           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2358         </div>
2359       </td>
2360       <td><div align="left">
2361           <em>General</em>
2362           <ul>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2365               for all consensus calculations
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2369               3rd Oct 2016)
2370             </li>
2371             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2372               for 2016-2017</li>
2373           </ul>
2374           <em>Application</em>
2375           <ul>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2378               set of database cross-references, sorted alphabetically
2379             </li>
2380             <li>
2381               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2382               from database cross references. Users with custom links
2383               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2384                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2388               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2389               Chimera session
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2393               the Chimera it is connected to is shut down
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2397               columns menu item to mark columns containing highlighted
2398               regions (e.g. from structure selections or results of a
2399               Find operation)
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2403               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2404               MSAviewer
2405             </li>
2406           </ul>
2407         </div></td>
2408       <td>
2409         <div align="left">
2410           <em>General</em>
2411           <ul>
2412             <li>
2413               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2414               are not coloured or thresholded according to percent
2415               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2416             </li>
2417             <li>
2418               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2419               hydrophobic
2420             </li>
2421             <li>
2422               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2423               threshold, amino acid properties)
2424             </li>
2425             <li>
2426               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2427               reported as mapped to residues in a structure file in the
2428               View Mapping report
2429             </li>
2430             <li>
2431               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2432               could be added multiple times to a sequence
2433             </li>
2434             <li>
2435               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2436               bond features shown as two highlighted residues rather
2437               than a range in linked structure views, and treated
2438               correctly when selecting and computing trees from features
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2442               cross-references are matched to database name regardless
2443               of case
2444             </li>
2445
2446           </ul>
2447           <em>Application</em>
2448           <ul>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2451               names without regular expressions also offer links from
2452               Sequence ID
2453             </li>
2454             <li>
2455               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2456               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2457               update Jalview configuration
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2461               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2465               files with similarly named sequences if dropped onto the
2466               alignment
2467             </li>
2468             <li>
2469               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2470               entries where more chains exist in the PDB accession than
2471               are reported in the SIFTS file
2472             </li>
2473             <li>
2474               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2475               the structure view when displayed with Chimera
2476             </li>
2477             <li>
2478               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2479               panel's View->Show Chains submenu
2480             </li>
2481             <li>
2482               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2483               work for wrapped alignment views
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2487               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2491               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2492               first annotation row
2493             </li>
2494             <li>
2495               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2496               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2497             </li>
2498             <li>
2499               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2500               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2501             </li>
2502             <!-- JAL-2319 -->
2503             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2504             coordindate data
2505             </li>
2506           </ul>
2507           <!--           <em>New Known Issues</em>
2508           <ul>
2509             <li></li>
2510           </ul> -->
2511         </div>
2512       </td>
2513     </tr>
2514     <td width="60" nowrap>
2515       <div align="center">
2516         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2517           <em>25/10/2016</em></strong>
2518       </div>
2519     </td>
2520     <td><em>Application</em>
2521       <ul>
2522         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2523           view if structures already loaded</li>
2524         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2525           structure views</li>
2526       </ul></td>
2527     <td>
2528       <div align="left">
2529         <em>General</em>
2530         <ul>
2531           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2532             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2533           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2534             example sequences/projects/trees</li>
2535         </ul>
2536         <em>Application</em>
2537         <ul>
2538           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2539             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2540           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2541             without timeout for structures with multiple models or
2542             multiple sequences in alignment</li>
2543           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2544             PDB ID HEADER line</li>
2545           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2546             is performed</li>
2547           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2548             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2549           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2550           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2551             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2552             option</li>
2553           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2554             is created on the alignment</li>
2555           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2556             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2557             pop-up menu</li>
2558         </ul>
2559         <em>Build and deployment</em>
2560         <ul>
2561           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2562             tags</li>
2563         </ul>
2564         <em>New Known Issues</em>
2565         <ul>
2566           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2567             on Windows</li>
2568         </ul>
2569       </div>
2570     </td>
2571     </tr>
2572     <tr>
2573       <td width="60" nowrap>
2574         <div align="center">
2575           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2576         </div>
2577       </td>
2578       <td><em>General</em>
2579         <ul>
2580           <li>
2581             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2582           </li>
2583           <li>
2584             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2585             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2586             better PDB parsing.
2587           </li>
2588           <li>
2589             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2590             reference sequence
2591           </li>
2592           <li>
2593             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2594             mousing over sequence associated annotation
2595           </li>
2596           <li>
2597             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2598             for manual entry
2599           </li>
2600           <li>
2601             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2602             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2603             for each column
2604           </li>
2605           <li>
2606             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2607             showing or hiding columns containing a feature
2608           </li>
2609           <li>
2610             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2611             group and sequence associated annotation labels
2612           </li>
2613           <li>
2614             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2615             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2616             dialogs
2617           </li>
2618
2619         </ul> <em>Application</em>
2620         <ul>
2621           <li>
2622             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2623             gene/transcript view
2624           </li>
2625           <li>
2626             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2627             dialog
2628           </li>
2629           <li>
2630             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2631             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2632           </li>
2633           <li>
2634             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2635             Pfam sources to xfam.org
2636           </li>
2637           <li>
2638             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2639           </li>
2640           <li>
2641             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2642             over sequences in Jalview
2643           </li>
2644           <li>
2645             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2646             regions in ENA and EMBL
2647           </li>
2648           <li>
2649             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2650             for record retrieval via ENA rest API
2651           </li>
2652           <li>
2653             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2654             complement operator
2655           </li>
2656           <li>
2657             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2658             groovy script execution
2659           </li>
2660           <li>
2661             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2662             alignment window's Calculate menu
2663           </li>
2664           <li>
2665             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2666             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2667           </li>
2668           <li>
2669             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2670             calculation workers from groovy scripts
2671           </li>
2672           <li>
2673             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2674             Jalview projects
2675           </li>
2676           <li>
2677             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2678             associations are now saved/restored from project
2679           </li>
2680           <li>
2681             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2682             before sequence fetcher is opened
2683           </li>
2684           <li>
2685             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2686             database chooser opens a sequence fetcher
2687           </li>
2688           <li>
2689             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2690             the UniProt REST API
2691           </li>
2692           <li>
2693             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2694             the news reader opening
2695           </li>
2696           <li>
2697             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2698             querying stored in preferences
2699           </li>
2700           <li>
2701             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2702             search results
2703           </li>
2704           <li>
2705             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2709             menu for nucleotide sequences
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2713             and feature counts preserves alignment ordering (and
2714             debugged for complex feature sets).
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2718             viewing structures with Jalview 2.10
2719           </li>
2720           <li>
2721             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2722             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2723             Ensembl Genomes REST API
2724           </li>
2725           <li>
2726             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2727             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2728             (Ensembl)
2729           </li>
2730           <li>
2731             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2732             sequences
2733           </li>
2734           <li>
2735             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2736             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2737             data from external database records.
2738           </li>
2739           <li>
2740             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2741             efficient recovery of sequence coding and alignment
2742             annotation relationships.
2743           </li>
2744         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2745         <ul>
2746           <li>
2747             -- JAL---
2748           </li>
2749         </ul> --></td>
2750       <td>
2751         <div align="left">
2752           <em>General</em>
2753           <ul>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2756               menu on OSX
2757             </li>
2758             <li>
2759               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2760               includes graduated colourschemes
2761             </li>
2762             <li>
2763               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2764               working with big alignments and lots of hidden columns
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2768               at right of alignment window
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2772               contents
2773             </li>
2774             <li>
2775               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2776               for DNA alignments
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2780               based tree calculation
2781             </li>
2782             <li>
2783               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2784               unconserved enabled for group on alignment
2785             </li>
2786             <li>
2787               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2788               set as reference
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2792               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2793               annotation
2794             </li>
2795             <li>
2796               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2797               hidden columns present
2798             </li>
2799             <li>
2800               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2801               user created annotation added to alignment
2802             </li>
2803             <li>
2804               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2805               '()' base pair annotation
2806             </li>
2807             <li>
2808               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2809               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2810               Consensus
2811             </li>
2812             <li>
2813               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2814               feature not working
2815             </li>
2816             <li>
2817               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2818               beginning of sequence
2819             </li>
2820             <li>
2821               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2822               entry 3a6s
2823             </li>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2826               from a tree when t-coffee scores are shown
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2830               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2834               some structures
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2838               to Clustal, PIR and PileUp output
2839             </li>
2840             <li>
2841               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2842               not visible causes alignment window to repaint
2843             </li>
2844             <li>
2845               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2846               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2847               scores associated with features and annotation rows
2848             </li>
2849             <li>
2850               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2851               calculation should be case independent
2852             </li>
2853             <li>
2854               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2855               columns
2856             </li>
2857             <li>
2858               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2859               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2860               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2861             </li>
2862             <li>
2863               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2864               problems when reference sequence defined and 'show
2865               non-conserved' enabled
2866             </li>
2867             <li>
2868               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2869               load even when Consensus calculation is disabled
2870             </li>
2871             <li>
2872               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2873               alignment does nothing
2874             </li>
2875           </ul>
2876           <em>Application</em>
2877           <ul>
2878             <li>
2879               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2880               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2881               yet fixed for El Capitan)
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2885               output when running on non-gb/us i18n platforms
2886             </li>
2887             <li>
2888               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2889               hidden sequences as flat-file alignment
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2893               launching Chimera
2894             </li>
2895             <li>
2896               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2897               (also hotfix for 2.9.0b2)
2898             </li>
2899             <li>
2900               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2901               reference sequence defined
2902             </li>
2903             <li>
2904               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2905               alignments and views when revealing hidden columns
2906             </li>
2907             <li>
2908               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2909               view in a cDNA/Protein splitframe
2910             </li>
2911             <li>
2912               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2913               sequence from project when only one sequence is
2914               represented
2915             </li>
2916             <li>
2917               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2918               in Structure Chooser
2919             </li>
2920             <li>
2921               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2922               structure consensus didn't refresh annotation panel
2923             </li>
2924             <li>
2925               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2926               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2927             </li>
2928             <li>
2929               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2930               dialogs format columns correctly, don't display array
2931               data, sort columns according to type
2932             </li>
2933             <li>
2934               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2935               file chooser is cancelled during an image export
2936             </li>
2937             <li>
2938               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2939               sequence name containing special characters
2940             </li>
2941             <li>
2942               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2943               case insensitive
2944             </li>
2945             <li>
2946               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2947               formatting don't wrap
2948             </li>
2949             <li>
2950               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2951               truncated so L looks like I in consensus annotation
2952             </li>
2953             <li>
2954               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2955               currently displayed features for the current selection or
2956               view
2957             </li>
2958             <li>
2959               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2960               after fetching cross-references, and restoring from
2961               project
2962             </li>
2963             <li>
2964               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2965               followed in the structure viewer
2966             </li>
2967             <li>
2968               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2969               splitframe not restored from project
2970             </li>
2971             <li>
2972               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2973               trailing end of protein alignment in transcript/product
2974               splitview when pad-gaps not enabled by default
2975             </li>
2976             <li>
2977               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2978               is case dependent
2979             </li>
2980             <li>
2981               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2982               article has been read (reopened issue due to
2983               internationalisation problems)
2984             </li>
2985             <li>
2986               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2987               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2988               cross-references
2989             </li>
2990
2991             <li>
2992               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2993               alignment as HTML
2994             </li>
2995             <li>
2996               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2997               multiple structures are shown for one or more sequences.
2998             </li>
2999             <li>
3000               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3001               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3002               is enabled.
3003             </li>
3004             <li>
3005               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3006               specific PDB id for sequence
3007             </li>
3008             <li>
3009               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3010               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3011               columns' is disabled.
3012             </li>
3013             <li>
3014               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3015               selects lowest rather than highest resolution structures
3016               for each sequence
3017             </li>
3018             <li>
3019               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3020               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3021             </li>
3022             <li>
3023               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3024               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3025             </li>
3026             <li>
3027               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3028               after clicking on it to create new annotation for a
3029               column.
3030             </li>
3031             <li>
3032               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3033               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3034             </li>
3035             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3036             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3037           </ul>
3038           <em>Applet</em>
3039           <ul>
3040             <li>
3041               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3042               hidden columns present before start of sequence
3043             </li>
3044             <li>
3045               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3046               (JSON jars)
3047             </li>
3048             <li>
3049               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3050               sequences are hidden in applet
3051             </li>
3052             <li>
3053               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3054               deployment on examples pages.
3055             </li>
3056           </ul>
3057         </div>
3058       </td>
3059     </tr>
3060     <tr>
3061       <td width="60" nowrap>
3062         <div align="center">
3063           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3064             <em>16/10/2015</em></strong>
3065         </div>
3066       </td>
3067       <td><em>General</em>
3068         <ul>
3069           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3070             jars</li>
3071         </ul></td>
3072       <td>
3073         <div align="left">
3074           <em>Application</em>
3075           <ul>
3076             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3077               shown when tree is partitioned</li>
3078             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3079               multiple cDNA/Protein split views</li>
3080           </ul>
3081         </div>
3082       </td>
3083     </tr>
3084     <tr>
3085       <td width="60" nowrap>
3086         <div align="center">
3087           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3088             <em>8/10/2015</em></strong>
3089         </div>
3090       </td>
3091       <td><em>General</em>
3092         <ul>
3093           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3094             2.9</li>
3095         </ul> <em>Application</em>
3096         <ul>
3097           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3098           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3099           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3100         </ul> <em>Applet</em>
3101         <ul>
3102           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3103         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3104         <ul>
3105           <li>
3106             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3107             suite
3108           </li>
3109         </ul></td>
3110       <td>
3111         <div align="left">
3112           <em>General</em>
3113           <ul>
3114             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3115               incorrect when sequence start > 1</li>
3116             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3117               documentation</li>
3118             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3119             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3120               loading a features file containing HTML tags in feature
3121               description</li>
3122
3123           </ul>
3124           <em>Application</em>
3125           <ul>
3126             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3127               reimport</li>
3128             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3129               with 'trim retrieved sequences'</li>
3130             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3131               deleting selected columns</li>
3132             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3133               JNLP templates for webstart launch</li>
3134             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3135               unreleased structures for download or viewing</li>
3136             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3137               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3138             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3139               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3140             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3141               recovered from jalview project</li>
3142             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3143               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3144               alignment view</li>
3145             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3146               color schemes from BioJSON</li>
3147           </ul>
3148           <em>Applet</em>
3149           <ul>
3150             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3151               frame</li>
3152             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3153           </ul>
3154         </div>
3155       </td>
3156     </tr>
3157     <tr>
3158       <td><div align="center">
3159           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3160         </div></td>
3161       <td><em>General</em>
3162         <ul>
3163           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3164             alignments:
3165             <ul>
3166               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3167                 and DNA alignment views</li>
3168               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3169                 cDNA alignment views</li>
3170               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3171                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3172               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3173                 protein sequences</li>
3174             </ul>
3175           </li>
3176           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3177           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3178             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3179           <li>New alignment annotation file statements for
3180             reference sequences and marking hidden columns</li>
3181           <li>Reference sequence based alignment shading to
3182             highlight variation</li>
3183           <li>Select or hide columns according to alignment
3184             annotation</li>
3185           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3186           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3187             acid conservation row</li>
3188           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3189         </ul> <em>Application</em>
3190         <ul>
3191           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3192             <ul>
3193               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3194                 view with cDNA/Protein</li>
3195               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3196                 sequences are placed in the same alignment</li>
3197               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3198                 projects</li>
3199             </ul>
3200           </li>
3201
3202           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3203           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3204             Jalview windows</li>
3205
3206           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3207           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3208           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3209             be shown in VARNA</li>
3210
3211           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3212             as the active selected region</li>
3213
3214           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3215             similarity</li>
3216           <li>New Export options
3217             <ul>
3218               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3219                 region export in flat file generation</li>
3220
3221               <li>Export alignment views for display with the <a
3222                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3223
3224               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3225               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3226                 alignment figures to HTML</li>
3227           </li>
3228           <li>3D structure retrieval and display
3229             <ul>
3230               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3231                 Search API</li>
3232               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3233                 PDB structures for a sequence set</li>
3234             </ul>
3235           </li>
3236
3237           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3238             predictions</li>
3239           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3240             for one or a group of sequences</li>
3241           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3242             from the JPred4 web server</li>
3243           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3244             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3245             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3246           </li>
3247           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3248             VARNA 2D Structure'</li>
3249           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3250             Structure ..."</li>
3251
3252         </ul> <em>Applet</em>
3253         <ul>
3254           <li>New layout for applet example pages</li>
3255           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3256             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3257           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3258             Protein alignments</li>
3259         </ul> <em>Development and deployment</em>
3260         <ul>
3261           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3262           <li>Include installation type and git revision in build
3263             properties and console log output</li>
3264           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3265             storing BioJsMSA Templates</li>
3266           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3267         </ul></td>
3268       <td>
3269         <!-- <em>General</em>
3270         <ul>
3271         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3272         <ul>
3273           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3274           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3275           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3276             predictions are not highlighted in amber</li>
3277           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3278             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3279           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3280             associated structure views</li>
3281           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3282             width checkbox not enabled</li>
3283           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3284             creating user defined colours</li>
3285           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3286             mappings for just that viewer's sequences</li>
3287           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3288             multiple models in Chimera</li>
3289           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3290             over Jmol structure</li>
3291           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3292             output to text box</li>
3293           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3294             have incorrect sequence start/end</li>
3295           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3296             Jalview fails</li>
3297           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3298             work for nucleotide</li>
3299           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3300             to a grey/invisible alignment window</li>
3301           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3302             imports to different position</li>
3303           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3304             on some platforms</li>
3305           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3306             populated</li>
3307           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3308             console if Chimera has been opened</li>
3309           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3310           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3311             retrieved</li>
3312           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3313           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3314             either sequence shows on first structure</li>
3315           <li>'Show annotations' options should not make
3316             non-positional annotations visible</li>
3317           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3318             in right place after 'view flanking regions'</li>
3319           <li>File Save As type unset when current file format is
3320             unknown</li>
3321           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3322             projects</li>
3323           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3324             responsive</li>
3325           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3326             several views on same alignment</li>
3327           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3328           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3329             spaces</li>
3330         </ul> <em>Applet</em>
3331         <ul>
3332           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3333           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3334             descriptions containing angle brackets</li>
3335         </ul> <em>General</em>
3336         <ul>
3337           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3338             via jalview annotation file</li>
3339           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3340             with RNA secondary structure</li>
3341           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3342             translation doesn't work.</li>
3343           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3344           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3345             positions</li>
3346           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3347             choosing 1pt font</li>
3348           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3349             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3350             'h'</li>
3351           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3352             new feature</li>
3353           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3354             order dependent</li>
3355           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3356             sequences</li>
3357           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3358         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3359         <ul>
3360           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3361             www.jalview.org</li>
3362         </ul> <em>Application Known issues</em>
3363         <ul>
3364           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3365           <li>Misleading message appears after trying to delete
3366             solid column.</li>
3367           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3368             version launches</li>
3369           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3370             fails with a sequence mismatch</li>
3371           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3372             scrolling alignment to right</li>
3373           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3374             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3375           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3376             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3377           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3378             ultra-high resolution</li>
3379           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3380             quality and conservation</li>
3381           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3382             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3383         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3384         <ul>
3385           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3386           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3387             window is being resized</li>
3388
3389         </ul>
3390       </td>
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td><div align="center">
3394           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3395         </div></td>
3396       <td><em>General</em>
3397         <ul>
3398           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3399             Certum.PL.</li>
3400           <li>Features and annotation preserved when performing
3401             pairwise alignment</li>
3402           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3403             imported/exported/displayed</li>
3404           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3405             protein secondary structure</li>
3406           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3407               post-hoc with 2.9 release</em>)
3408           </li>
3409
3410         </ul> <em>Application</em>
3411         <ul>
3412           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3413             with 3D structures</li>
3414           <li>Support for parsing RNAML</li>
3415           <li>Annotations menu for layout
3416             <ul>
3417               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3418               <li>place sequence annotation above/below alignment
3419                 annotation</li>
3420             </ul>
3421           <li>Output in Stockholm format</li>
3422           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3423             translation</li>
3424           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3425           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3426             shared between alignments</li>
3427           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3428             Jalview</li>
3429           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3430             all or current selection</li>
3431           <li>disorder and secondary structure predictions
3432             available as dataset annotation</li>
3433           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3434
3435
3436           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3437             alignments from Rfam</li>
3438           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3439
3440           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3441             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3442           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3443           <li>include installation type in build properties and
3444             console log output</li>
3445           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3446             annotation</li>
3447         </ul></td>
3448       <td>
3449         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3450         <ul>
3451           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3452             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3453           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3454             alignment</li>
3455           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3456           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3457           <li>Double click on sequence associated annotation
3458             selects only first column</li>
3459           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3460             leaves shown in tree</li>
3461           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3462             properly</li>
3463           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3464           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3465             screen and buttons not visible</li>
3466           <li>author list isn't updated if already written to
3467             Jalview properties</li>
3468           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3469             from database</li>
3470           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3471           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3472             browser search window</li>
3473           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3474             in feature settings dialog</li>
3475           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3476             desktop</li>
3477           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3478             pass validation</li>
3479           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3480             fit on screen</li>
3481           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3482             tooltip</li>
3483           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3484             defined user preset</li>
3485           <li>MSA web services warns user if they were launched
3486             with invalid input</li>
3487           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3488             Java 8</li>
3489           <li>
3490             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3491             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3492             created
3493           </li>
3494
3495         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3496         <ul>
3497         </ul> <em>General</em>
3498         <ul>
3499         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3500         <ul>
3501           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3502             memory allocation</li>
3503           <li>launchApp service doesn't automatically open
3504             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3505           <li>
3506             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3507             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3508             1.7_055 is available
3509           </li>
3510         </ul> <em>Application Known issues</em>
3511         <ul>
3512           <li>
3513             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3514             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3515             alignment to right
3516           </li>
3517           <li>
3518             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3519             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3520             with large number of ID
3521           </li>
3522           <li>
3523             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3524             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3525             start/end
3526           </li>
3527           <li>
3528             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3529             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3530             structure tracks are rearranged
3531           </li>
3532           <li>
3533             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3534             invalid rna structure positional highlighting does not
3535             highlight position of invalid base pairs
3536           </li>
3537           <li>
3538             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3539             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3540             project from alignment window file menu
3541           </li>
3542           <li>
3543             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3544             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3545             structures
3546           </li>
3547           <li>
3548             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3549             colour by RNA Helices not enabled when user created
3550             annotation added to alignment
3551           </li>
3552           <li>
3553             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3554             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3555           </li>
3556         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3557         <ul>
3558           <li>
3559             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3560             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3561           </li>
3562           <li>
3563             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3564             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3565           </li>
3566
3567           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3568             when selected</li>
3569         </ul>
3570       </td>
3571     </tr>
3572     <tr>
3573       <td><div align="center">
3574           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3575         </div></td>
3576       <td>
3577         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3578         <em>General</em>
3579         <ul>
3580           <li>Internationalisation of user interface (usually
3581             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3582           <li>Define/Undefine group on current selection with
3583             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3584           <li>Improved group creation/removal options in
3585             alignment/sequence Popup menu</li>
3586           <li>Sensible precision for symbol distribution
3587             percentages shown in logo tooltip.</li>
3588           <li>Annotation panel height set according to amount of
3589             annotation when alignment first opened</li>
3590         </ul> <em>Application</em>
3591         <ul>
3592           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3593             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3594           <li>Select columns containing particular features from
3595             Feature Settings dialog</li>
3596           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3597             sequences</li>
3598           <li>Update Jalview project format:
3599             <ul>
3600               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3601               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3602                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3603               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3604                 colouring</li>
3605             </ul>
3606           </li>
3607           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3608             (PAM250)</li>
3609           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3610             flanking regions for an alignment</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613       <td>
3614         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3615         <ul>
3616           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3617             running after job is cancelled</li>
3618           <li>cannot export features from alignments imported from
3619             Jalview/VAMSAS projects</li>
3620           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3621             float values</li>
3622           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3623             have 'display all symbols' flag set</li>
3624           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3625             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3626           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3627             Jalview</li>
3628           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3629             Lion/Webstart</li>
3630           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3631           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3632           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3633             alignment onto desktop</li>
3634           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3635             'extract scores' function</li>
3636           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3637             alignment window</li>
3638           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3639             performing IUPred disorder prediction</li>
3640           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3641             changing 'normalise logo' display setting</li>
3642           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3643             nothing matches query</li>
3644           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3645             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3646           </li>
3647           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3648             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3649           </li>
3650           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3651             Jalview's menu</li>
3652           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3653             'invalid literal/length code'</li>
3654           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3655             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3656           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3657             colourscheme</li>
3658
3659         </ul> <em>Applet</em>
3660         <ul>
3661           <li>Remove group option is shown even when selection is
3662             not a group</li>
3663           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3664             don't affect groups</li>
3665           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3666             colourscheme name</li>
3667           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3668             Annotation panel is not displayed</li>
3669           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3670             embedded windows</li>
3671         </ul> <em>Other</em>
3672         <ul>
3673           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3674             single sequence were not calculated</li>
3675           <li>annotation files that contain only groups imported as
3676             annotation and junk sequences</li>
3677           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3678             recognised as PFAM or BLC</li>
3679           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3680             doesn't affect background (2.8.0b1)
3681           <li></li>
3682           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3683           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3684             trailing gaps</li>
3685           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3686             registered correctly on import</li>
3687           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3688             certain alignments</li>
3689           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3690             existing annotation based 'use original colours'
3691             colourscheme loses original colours setting</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694     </tr>
3695     <tr>
3696       <td><div align="center">
3697           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3698             <em>30/1/2014</em></strong>
3699         </div></td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3703             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3704             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3705             open source project).
3706           </li>
3707           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3708           <li>Output in Stockholm format</li>
3709           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3710           <li>Export/import group and sequence associated line
3711             graph thresholds</li>
3712           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3713             ambiguity codes</li>
3714           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3715             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3716             works</li>
3717           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3718         </ul> <em>Other improvements</em>
3719         <ul>
3720           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3721           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3722             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3723           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3724             files</li>
3725           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3726           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3727             link but no description</li>
3728           <li>Select primary source when selecting authority in
3729             database fetcher GUI</li>
3730           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3731             Jalview</li>
3732           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3733         </ul>
3734       </td>
3735       <td>
3736         <ul>
3737           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3738             displayed</li>
3739           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3740             secondary structure annotation line</li>
3741           <li>Sequence database accessions not imported when
3742             fetching alignments from Rfam</li>
3743           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3744             identical IDs</li>
3745           <li>View all structures does not always superpose
3746             structures</li>
3747           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3748             reflect user or preset settings</li>
3749           <li>Null pointer exceptions for some services without
3750             presets or adjustable parameters</li>
3751           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3752             discover PDB xRefs</li>
3753           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3754             features with DAS</li>
3755           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3756             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3757           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3758             residue follows a gap</li>
3759           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3760             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3761           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3762             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3763           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3764             annotation already exists on alignment</li>
3765           <li>oninit javascript function should be called after
3766             initialisation completes</li>
3767           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3768             alignment window display</li>
3769           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3770           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3771             to annotation file</li>
3772           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3773             groups created</li>
3774           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3775             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3776           <li>Pressing return several times causes Number Format
3777             exceptions in keyboard mode</li>
3778           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3779             correct partitions for input data</li>
3780           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3781           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3782           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3783           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3784             mode</li>
3785           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3786             changes one row&#39;s threshold</li>
3787           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3788             doesn&#39;t open</li>
3789           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3790             quality histograms</li>
3791         </ul>
3792       </td>
3793     </tr>
3794     <tr>
3795       <td><div align="center">
3796           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3797         </div></td>
3798       <td><em>Application</em>
3799         <ul>
3800           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3801             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3802           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3803             preferences</li>
3804           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3805             in Jalview alignment window</li>
3806           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3807             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3808           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3809             RNA and ambiguity codes</li>
3810
3811           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3812           <li>Support fetching and database reference look up
3813             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3814             refs')</li>
3815           <li>Jalview project improvements
3816             <ul>
3817               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3818                 flag for annotation</li>
3819               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3820                 alignment</li>
3821               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3822                 Jalview project</li>
3823
3824             </ul>
3825           </li>
3826           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3827           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3828             running</li>
3829           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3830           <li>visual indication that web service results are still
3831             being retrieved from server</li>
3832           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3833             starts up for first time</li>
3834           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3835             services</li>
3836           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3837             client library</li>
3838           <li>Examples directory and Groovy library included in
3839             InstallAnywhere distribution</li>
3840         </ul> <em>Applet</em>
3841         <ul>
3842           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3843             visualization applet example</li>
3844         </ul> <em>General</em>
3845         <ul>
3846           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3847           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3848             defaults</li>
3849           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3850             calculation</li>
3851           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3852             matrices
3853           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3854             in HTML</li>
3855           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3856             structure contacts</li>
3857           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3858           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3859           <li>Parse sequence associated secondary structure
3860             information in Stockholm files</li>
3861           <li>HTML Export database accessions and annotation
3862             information presented in tooltip for sequences</li>
3863           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3864             style RNA alignment files</li>
3865           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3866             alignment</li>
3867           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3868             shade each sequence according to its associated alignment
3869             annotation</li>
3870           <li>New Jalview Logo</li>
3871         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3872         <ul>
3873           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3874           <li>New Website!</li>
3875         </ul></td>
3876       <td><em>Application</em>
3877         <ul>
3878           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3879             wsdbfetch REST service</li>
3880           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3881           <li>Filetype associations not installed for webstart
3882             launch</li>
3883           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3884             job execution in full once it is complete</li>
3885           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3886             uploaded via ali_file parameter</li>
3887           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3888           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3889           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3890             submitted for prediction</li>
3891           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3892             desktop window</li>
3893           <li>Putting fractional value into integer text box in
3894             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3895           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3896             windows 7</li>
3897           <li>View all structures fails with exception shown in
3898             structure view</li>
3899           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3900             escaped in a platform independent way</li>
3901           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3902             using proxy</li>
3903           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3904             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3905           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3906             failure when java web start temporary file caching is
3907             disabled</li>
3908           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3909             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3910           <li>Errors during processing of command line arguments
3911             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3912           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3913             DAS sources in sequence fetcher</li>
3914           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3915             dialog is shown</li>
3916           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3917           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3918           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3919           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3920             on OSX Mountain Lion</li>
3921           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3922             sequences with alignment annotation are pasted into the
3923             alignment</li>
3924           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3925             when loaded from Jalview project</li>
3926           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3927           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3928             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3929           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3930             associated with all views</li>
3931           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3932             annotation rows to new window</li>
3933         </ul> <em>Applet</em>
3934         <ul>
3935           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3936             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3937           <li>loading features via javascript API automatically
3938             enables feature display</li>
3939           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3940             work</li>
3941         </ul> <em>General</em>
3942         <ul>
3943           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3944           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3945             and then deselected</li>
3946           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3947           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3948             coloured with clustalx</li>
3949           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3950             exceptions and redraw errors</li>
3951           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3952             reconfigured view</li>
3953           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3954             colour</li>
3955           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3956             for lots of labels</li>
3957         </ul>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961         <div align="center">
3962           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td><em>Application</em>
3966         <ul>
3967           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3968           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3969           <li>View/alignment association menu to enable user to
3970             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3971             its colours/correspondences from</li>
3972           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3973           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3974             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3975           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3976           <li>Annotation row column label formatting attributes
3977             stored in project file</li>
3978           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3979             rows preserved in Jalview project file</li>
3980           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3981             saved using Desktop window menu</li>
3982           <li>Visual indication that command line arguments are
3983             still being processed</li>
3984           <li>Groovy script execution from URL</li>
3985           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3986             preferences</li>
3987           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3988             alignment with sequences that have high similarity and
3989             matching IDs</li>
3990           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3991           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3992             structures in same window</li>
3993           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3994           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3995             analysis function in its own submenu</li>
3996         </ul> <em>Applet</em>
3997         <ul>
3998           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3999             groups</li>
4000           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4001           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4002           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4003           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4004           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4005             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4006           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4007           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4008             parameters are treated as such</li>
4009           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4010             <ul>
4011               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4012               <li>Javascript callbacks for
4013                 <ul>
4014                   <li>Applet initialisation</li>
4015                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4016                 </ul>
4017               </li>
4018               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4019                 functions</li>
4020               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4021               <li>javascript structure viewer harness to pass
4022                 messages between Jmol and Jalview when running as
4023                 distinct applets</li>
4024               <li>sortBy method</li>
4025               <li>Set of applet and application examples shipped
4026                 with documentation</li>
4027               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4028                 javascript message exchange</li>
4029             </ul>
4030         </ul> <em>General</em>
4031         <ul>
4032           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4033             multiple alignments</li>
4034           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4035           <li>User configurable link to enable redirects to a
4036             www.Jalview.org mirror</li>
4037           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4038           <li>Configurable newline string when writing alignment
4039             and other flat files</li>
4040           <li>Allow alignment annotation description lines to
4041             contain html tags</li>
4042         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4043         <ul>
4044           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4045             examples</li>
4046           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4047             using a web service before displaying the result in the
4048             Jalview desktop</li>
4049           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4050           <li>Ant target to publish example html files with applet
4051             archive</li>
4052           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4053           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4054         </ul></td>
4055       <td><em>Application</em>
4056         <ul>
4057           <li>User defined colourscheme throws exception when
4058             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4059           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4060             dialog for valid filename/format</li>
4061           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4062           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4063             P37173</li>
4064           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4065             which sequence is to be associated with the file</li>
4066           <li>Find All raises null pointer exception when query
4067             only matches sequence IDs</li>
4068           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4069           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4070             2.4 cannot be loaded</li>
4071           <li>Filetype associations not installed for webstart
4072             launch</li>
4073           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4074             with sequences in different alignments do not get coloured
4075             by their associated sequence</li>
4076           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4077             not preserved when project is loaded</li>
4078           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4079             stored in Jalview project</li>
4080           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4081             Jalview project</li>
4082           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4083           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4084             by conservation</li>
4085           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4086             created on new view</li>
4087           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4088             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4089           <li>Alignment quality not updated after alignment
4090             annotation row is hidden then shown</li>
4091           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4092             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4093           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4094             properly</li>
4095           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4096             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4097           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4098           <li>Structures imported from file and saved in project
4099             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4100           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4101             job execution in full once it is complete</li>
4102         </ul> <em>Applet</em>
4103         <ul>
4104           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4105             annotation rows are displayed</li>
4106           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4107             codebase</li>
4108           <li>View follows highlighting does not work for positions
4109             in sequences</li>
4110           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4111           <li>Export features raises exception when no features
4112             exist</li>
4113           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4114             for javascript api is modified when separator string
4115             provided as parameter</li>
4116           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4117             alignment with no existing selection</li>
4118           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4119             to applet&#39;s codebase</li>
4120           <li>Status bar not updated after finished searching and
4121             search wraps around to first result</li>
4122           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4123             several Jalview applets causes race conditions and memory
4124             leaks</li>
4125           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4126             not sent from Jmol in applet</li>
4127           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4128             applet API fatally hang browser</li>
4129         </ul> <em>General</em>
4130         <ul>
4131           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4132             position with wrapped view and hidden regions</li>
4133           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4134             with/without hidden columns</li>
4135           <li>Sequence length given in alignment properties window
4136             is off by 1</li>
4137           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4138             import PDB like structure files</li>
4139           <li>Positional search results are only highlighted
4140             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4141           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4142           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4143             given sequence position</li>
4144           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4145             output</li>
4146           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4147             from nucleotide chains correctly</li>
4148           <li>Structure colours not updated when tree partition
4149             changed in alignment</li>
4150           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4151             parsed in interleaved stockholm</li>
4152           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4153             state</li>
4154           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4155             properly</li>
4156           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4157             properly associated with their pdb files</li>
4158         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4159         <ul>
4160           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4161             ApplyCopyright tool</li>
4162         </ul></td>
4163     </tr>
4164     <tr>
4165       <td>
4166         <div align="center">
4167           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4168         </div>
4169       </td>
4170       <td><em>Application</em>
4171         <ul>
4172           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4173             contact web services</li>
4174           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4175             service job window</li>
4176           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4177         </ul></td>
4178       <td>
4179         <ul>
4180           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4181             pir file emitted by Jalview</li>
4182           <li>Existing feature settings transferred to new
4183             alignment view created from cut'n'paste</li>
4184           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4185             parsing PDB files</li>
4186           <li>Consensus and conservation annotation rows
4187             occasionally become blank for all new windows</li>
4188           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4189             in wrapped view mode</li>
4190         </ul> <em>Application</em>
4191         <ul>
4192           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4193             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4194           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4195             parameter names</li>
4196           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4197             is down</li>
4198         </ul>
4199       </td>
4200     </tr>
4201     <tr>
4202       <td>
4203         <div align="center">
4204           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4205         </div>
4206       </td>
4207       <td><em>Application</em>
4208         <ul>
4209           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4210             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4211             (JABAWS)
4212           </li>
4213           <li>Web Services preference tab</li>
4214           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4215             preferences</li>
4216           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4217           <li>Superpose structures using associated sequence
4218             alignment</li>
4219           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4220             viewer</li>
4221         </ul> <em>Applet</em>
4222         <ul>
4223           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4224             link out mechanism</li>
4225         </ul> <em>Other</em>
4226         <ul>
4227           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4228             series 12</li>
4229           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4230             require Java 1.5</li>
4231           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4232             sequence annotation files</li>
4233           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4234             type colour specification</li>
4235           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4236             script to check if it being run in an interactive session or
4237             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4238         </ul></td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4242             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4243         </ul> <em>Application</em>
4244         <ul>
4245           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4246             selected Regions menu item</li>
4247           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4248             part of a valid accession ID</li>
4249           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4250             runs out of memory</li>
4251           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4252             analysis results</li>
4253           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4254             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4255           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4256         </ul> <em>Applet</em>
4257         <ul>
4258           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4259             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4260             defined.</li>
4261         </ul>
4262       </td>
4263     </tr>
4264     <tr>
4265       <td>
4266         <div align="center">
4267           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4268         </div>
4269       </td>
4270       <td></td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4274             sequence IDs</li>
4275           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4276             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4277           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4278             import correctly</li>
4279           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4280             number of columns are hidden</li>
4281           <li>annotation label popup menu not providing correct
4282             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4283             present</li>
4284           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4285             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4286           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4287             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4288
4289         </ul> <em>Applet</em>
4290         <ul>
4291           <li>annotation panel disappears when annotation is
4292             hidden/removed</li>
4293         </ul> <em>Application</em>
4294         <ul>
4295           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4296             alignment opened where annotation panel is visible but no
4297             annotations are present on alignment</li>
4298           <li>pasted region containing hidden columns is
4299             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4300           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4301             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4302           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4303             selected Rregions menu item.</li>
4304           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4305             'Un' or 'Non'conserved</li>
4306           <li>Sequence feature settings are being shared by
4307             multiple distinct alignments</li>
4308           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4309             changed</li>
4310           <li>double click on group annotation to select sequences
4311             does not propagate to associated trees</li>
4312           <li>Mac OSX specific issues:
4313             <ul>
4314               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4315                 window background</li>
4316               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4317                 name set correctly</li>
4318               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4319                 save feature colourscheme button</li>
4320             </ul>
4321           </li>
4322         </ul>
4323       </td>
4324     </tr>
4325     <tr>
4326
4327       <td>
4328         <div align="center">
4329           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4330         </div>
4331       </td>
4332       <td><em>New Capabilities</em>
4333         <ul>
4334           <li>URL links generated from description line for
4335             regular-expression based URL links (applet and application)
4336
4337           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4338             menu</li>
4339           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4340             structures</li>
4341           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4342             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4343           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4344             average score or total feature count for each sequence.</li>
4345           <li>Shading features by score or associated description</li>
4346           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4347             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4348           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4349             hide everything but the currently selected region.</li>
4350           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4351         </ul> <em>Application</em>
4352         <ul>
4353           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4354             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4355           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4356             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4357           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4358             database references and protein_name is parsed as
4359             description line (BioSapiens terms).</li>
4360           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4361             references in sequence ID tooltip from View menu in
4362             application.</li>
4363           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4364       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4365           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4366             conservation plots</li>
4367           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4368             and visualized as sequence logos</li>
4369           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4370             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4371           </li>
4372           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4373             when a new tree is opened.</li>
4374           <li>Jalview Java Console</li>
4375           <li>Better placement of desktop window when moving
4376             between different screens.</li>
4377           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4378             consensus annotation</li>
4379           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4380             Workflows</li>
4381           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4382             <ul>
4383               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4384                 used to preserve views, structures, and tree display
4385                 settings)</li>
4386               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4387                 command line</li>
4388               <li>Sharing of selected regions between views and
4389                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4390               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4391             </ul></li>
4392         </ul> <em>Applet</em>
4393         <ul>
4394           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4395           <li>New Parameters
4396             <ul>
4397               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4398                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4399                 opened.</li>
4400               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4401                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4402               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4403                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4404               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4405                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4406                 view</li>
4407               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4408                 increase the height or width of a cell in the alignment
4409                 grid relative to the current font size.</li>
4410             </ul>
4411           </li>
4412           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4413             tooltip</li>
4414         </ul> <em>Other</em>
4415         <ul>
4416           <li>Features format: graduated colour definitions and
4417             specification of feature scores</li>
4418           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4419             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4420             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4421           <li>XML formats extended to support graduated feature
4422             colourschemes, group associated annotation, and profile
4423             visualization settings.</li></td>
4424       <td>
4425         <ul>
4426           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4427             rather than description</li>
4428           <li>Non-positional features are now included in sequence
4429             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4430             visibility in tooltip).</li>
4431           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4432           <li>Added URL embedding instructions to features file
4433             documentation.</li>
4434           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4435             'X' in peptide product</li>
4436           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4437             sequence ID and sequence string and query strings do not
4438             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4439           <li>AMSA files only contain first column of
4440             multi-character column annotation labels</li>
4441           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4442             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4443             exported and re-imported)</li>
4444           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4445             name</li>
4446           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4447             as subsequence matches, and correctly reports total number
4448             of both.</li>
4449           <li>Application:
4450             <ul>
4451               <li>Better handling of exceptions during sequence
4452                 retrieval</li>
4453               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4454                 link text excludes the start_end suffix</li>
4455               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4456                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4457               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4458               <li>Sequence description lines properly shared via
4459                 VAMSAS</li>
4460               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4461                 data sources</li>
4462               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4463                 completes before alignment figures are generated.</li>
4464               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4465                 first time.</li>
4466               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4467                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4468               <li>User defined group colours properly recovered
4469                 from Jalview projects.</li>
4470             </ul>
4471           </li>
4472         </ul>
4473       </td>
4474
4475     </tr>
4476     <tr>
4477       <td>
4478         <div align="center">
4479           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4480         </div>
4481       </td>
4482       <td>
4483         <ul>
4484           <li>Experimental support for google analytics usage
4485             tracking.</li>
4486           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4487         </ul>
4488       </td>
4489       <td>
4490         <ul>
4491           <li>Race condition in applet preventing startup in
4492             jre1.6.0u12+.</li>
4493           <li>Exception when feature created from selection beyond
4494             length of sequence.</li>
4495           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4496           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4497             all sequences with a given id</li>
4498           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4499             ID string searches</li>
4500           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4501             alignment to fail with exception</li>
4502         </ul> <em>Application Issues</em>
4503         <ul>
4504           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4505           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4506             data sources</li>
4507         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4508         <ul>
4509           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4510             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4511           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4512             version (java class versioning error fixed)</li>
4513         </ul>
4514       </td>
4515     </tr>
4516     <tr>
4517       <td>
4518
4519         <div align="center">
4520           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4521         </div>
4522       </td>
4523       <td><em>User Interface</em>
4524         <ul>
4525           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4526             translation and protein products</li>
4527           <li>Linked highlighting of structure associated with
4528             residue mapping to codon position</li>
4529           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4530             and 'clear' button</li>
4531           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4532             Tools menu</li>
4533           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4534             numeric data in description line</li>
4535           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4536           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4537             of sequence</li>
4538         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4539         <ul>
4540           <li>JPred3 web service</li>
4541           <li>Prototype sequence search client (no public services
4542             available yet)</li>
4543           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4544             PFAM</li>
4545           <li>URL Links created for matching database cross
4546             references as well as sequence ID</li>
4547           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4548         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4549         <ul>
4550           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4551             databases</li>
4552           <li>Generalised database reference retrieval and
4553             validation to all fetchable databases</li>
4554           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4555             sequence command</li>
4556         </ul> <em>Import and Export</em>
4557         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4558         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4559           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4560         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4561           File</li>
4562         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4563           triplet as name of colourscheme</li>
4564         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4565         <ul>
4566           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4567           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4568             alignments (experimental)</li>
4569           <li>Create new or select existing session to join</li>
4570           <li>load and save of vamsas documents</li>
4571         </ul> <em>Application command line</em>
4572         <ul>
4573           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4574             from applet)</li>
4575           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4576             of DAS servers to query for alignment features</li>
4577           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4578             that are also automatically queried for features</li>
4579           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4580             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4581         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4582         <ul>
4583           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4584             application (when using &quot;View in full
4585             application&quot;)</li>
4586         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4587         <ul>
4588           <li>feature group display control parameter</li>
4589           <li>debug parameter</li>
4590           <li>showbutton parameter</li>
4591         </ul> <em>Applet API methods</em>
4592         <ul>
4593           <li>newView public method</li>
4594           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4595           <li>Feature display control methods</li>
4596           <li>get list of currently selected sequences</li>
4597         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4598         <ul>
4599           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4600           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4601             Jalview release.</li>
4602           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4603             property controls execution of obfuscator</li>
4604           <li>Build target for generating source distribution</li>
4605           <li>Debug flag for javacc</li>
4606           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4607             jalview.bin.Cache</li>
4608           <li>Continuous Build Integration for stable and
4609             development version of Application, Applet and source
4610             distribution</li>
4611         </ul></td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>selected region output includes visible annotations
4615             (for certain formats)</li>
4616           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4617             for editing</li>
4618           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4619           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4620           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4621           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4622             comments</li>
4623           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4624             filenames containing a ':'</li>
4625           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4626             global sequence features</li>
4627           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4628             references from alignment sequences goes to zero</li>
4629           <li>Close of tree branch colour box without colour
4630             selection causes cascading exceptions</li>
4631           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4632           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4633             file parsing fails.</li>
4634           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4635           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4636             not a valid output format</li>
4637           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4638             vamsas</li>
4639           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4640           <li>error messages passed up and output when data read
4641             fails</li>
4642           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4643             sequence is edited</li>
4644           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4645             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4646           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4647             filetype</li>
4648           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4649             import fixed for PFAM records</li>
4650           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4651             window list</li>
4652           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4653             can be read and written correctly to annotation file</li>
4654           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4655             correctly</li>
4656           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4657             non-italic font for representatives in Applet</li>
4658           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4659             Macs.</li>
4660           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4661             Applet)</li>
4662           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4663             due to null pointer exceptions</li>
4664           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4665             first column of alignment</li>
4666           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4667             July 2008</li>
4668           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4669             file is case-insensitive</li>
4670           <li>Sequence features read from Features file appended to
4671             all sequences with matching IDs</li>
4672           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4673             containing a sub-sequence</li>
4674           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4675           <li>feature and annotation file applet parameters
4676             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4677           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4678           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4679             splash-screen version check to complete</li>
4680           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4681             when passing them to the launchApp service</li>
4682           <li>display name and local features preserved in results
4683             retrieved from web service</li>
4684           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4685             sequence fetcher initialisation</li>
4686           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4687             dasobert DAS client</li>
4688           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4689             association</li>
4690           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4691             sequences
4692           </li>
4693         </ul>
4694       </td>
4695     </tr>
4696     <tr>
4697       <td>
4698         <div align="center">
4699           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4700         </div>
4701       </td>
4702       <td>
4703         <ul>
4704           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4705           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4706           <li>Slide sequences</li>
4707           <li>Edit sequence in place</li>
4708           <li>EMBL CDS features</li>
4709           <li>DAS Feature mapping</li>
4710           <li>Feature ordering</li>
4711           <li>Alignment Properties</li>
4712           <li>Annotation Scores</li>
4713           <li>Sort by scores</li>
4714           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4715         </ul>
4716       </td>
4717       <td>
4718         <ul>
4719           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4720           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4721           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4722           <li>Feature group display state in XML</li>
4723           <li>Feature ordering in XML</li>
4724           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4725           <li>Stockholm alignment properties</li>
4726           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4727           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4728           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4729           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4730         </ul>
4731       </td>
4732
4733     </tr>
4734     <tr>
4735       <td>
4736         <div align="center">
4737           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4738         </div>
4739       </td>
4740       <td>
4741         <ul>
4742           <li>Non standard characters can be read and displayed
4743           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4744             applet via textbox
4745           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4746             name &amp; description
4747           <li>Preference setting to display sequence name in
4748             italics
4749           <li>Annotation file format extended to allow
4750             Sequence_groups to be defined
4751           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4752             specified in preferences
4753           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4754             sequences
4755         </ul>
4756       </td>
4757       <td>
4758         <ul>
4759           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4760             installed
4761           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4762           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4763         </ul>
4764       </td>
4765     </tr>
4766     <tr>
4767       <td>
4768         <div align="center">
4769           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4770         </div>
4771       </td>
4772       <td>
4773         <ul>
4774           <li>Multiple views on alignment
4775           <li>Sequence feature editing
4776           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4777           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4778           <li>Background dependent text colour
4779           <li>Right align sequence ids
4780           <li>User-defined lower case residue colours
4781           <li>Format Menu
4782           <li>Select Menu
4783           <li>Menu item accelerator keys
4784           <li>Control-V pastes to current alignment
4785           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4786           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4787           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4788
4789           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4790         </ul>
4791       </td>
4792       <td>
4793         <ul>
4794           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4795           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4796             calculations
4797           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4798             edits
4799           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4800             of alignment)
4801           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4802
4803           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4804             display correctly
4805           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4806           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4807             analysis results
4808           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4809             &#8739;
4810           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4811           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4812           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4813
4814         </ul>
4815       </td>
4816     </tr>
4817     <tr>
4818       <td>
4819         <div align="center">
4820           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4821         </div>
4822       </td>
4823       <td>
4824         <ul>
4825           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4826         </ul>
4827       </td>
4828       <td>
4829         <ul>
4830           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4831             sequence id panel has been resized</li>
4832           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4833             rendered</li>
4834           <li>Annotation files with sequence references - all
4835             elements in file are relative to sequence position</li>
4836           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4837         </ul>
4838       </td>
4839     </tr>
4840     <tr>
4841       <td>
4842         <div align="center">
4843           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4844         </div>
4845       </td>
4846       <td>
4847         <ul>
4848           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4849           <li>DAS Feature fetching</li>
4850           <li>Hide sequences and columns</li>
4851           <li>Export Annotations and Features</li>
4852           <li>GFF file reading / writing</li>
4853           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4854             files</li>
4855           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4856           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4857           <li>Applet can launch the full application</li>
4858           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4859             required)</li>
4860           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4861           <li>Applet can load sequences from parameter
4862             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4863           </li>
4864         </ul>
4865       </td>
4866       <td>
4867         <ul>
4868           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4869           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4870           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4871         </ul>
4872       </td>
4873     </tr>
4874     <tr>
4875       <td>
4876         <div align="center">
4877           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4878         </div>
4879       </td>
4880       <td>
4881         <ul>
4882           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4883           <li>Choose to match case when searching</li>
4884           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4885             expand the visible width and height of the alignment</li>
4886         </ul>
4887       </td>
4888       <td>
4889         <ul>
4890           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4891         </ul>
4892       </td>
4893     </tr>
4894     <tr>
4895       <td>
4896         <div align="center">
4897           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4898         </div>
4899       </td>
4900       <td>&nbsp;</td>
4901       <td>
4902         <ul>
4903           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4904           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4905             value</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911         <div align="center">
4912           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4913         </div>
4914       </td>
4915       <td>
4916         <ul>
4917           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4918           <li>Keyboard editing</li>
4919           <li>Create sequence features from searches</li>
4920           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4921             alignments</li>
4922           <li>Features file allows grouping of features</li>
4923           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4924           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4925           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4926         </ul>
4927       </td>
4928       <td>
4929         <ul>
4930           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4931           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4932             descriptions saved.</li>
4933         </ul>
4934       </td>
4935     </tr>
4936     <tr>
4937       <td>
4938         <div align="center">
4939           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4940         </div>
4941       </td>
4942       <td>
4943         <ul>
4944           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4945           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4946           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4947             name for file output</li>
4948           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4949           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4950             used for HTML form input</li>
4951         </ul>
4952       </td>
4953       <td>
4954         <ul>
4955           <li>HTML output writes groups and features</li>
4956           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4957           <li>File IO bugs</li>
4958         </ul>
4959       </td>
4960     </tr>
4961     <tr>
4962       <td>
4963         <div align="center">
4964           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4965         </div>
4966       </td>
4967       <td>
4968         <ul>
4969           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4970           <li>More options for PCA viewer</li>
4971         </ul>
4972       </td>
4973       <td>
4974         <ul>
4975           <li>GUI bugs resolved</li>
4976           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4977         </ul>
4978       </td>
4979     </tr>
4980     <tr>
4981       <td height="63">
4982         <div align="center">
4983           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4984         </div>
4985       </td>
4986       <td>
4987         <ul>
4988           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4989           <li>Jar files are executable</li>
4990           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4991         </ul>
4992       </td>
4993       <td>
4994         <ul>
4995           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4996           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4997           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4998         </ul>
4999       </td>
5000     </tr>
5001     <tr>
5002       <td>
5003         <div align="center">
5004           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5005         </div>
5006       </td>
5007       <td>
5008         <ul>
5009           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5010         </ul>
5011       </td>
5012       <td>
5013         <ul>
5014           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5015         </ul>
5016       </td>
5017     </tr>
5018     <tr>
5019       <td>
5020         <div align="center">
5021           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5022         </div>
5023       </td>
5024       <td>
5025         <ul>
5026           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5027             size</li>
5028         </ul>
5029       </td>
5030       <td>
5031         <ul>
5032           <li>Improved JPred client reliability</li>
5033           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5034         </ul>
5035       </td>
5036     </tr>
5037     <tr>
5038       <td>
5039         <div align="center">
5040           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5041         </div>
5042       </td>
5043       <td>
5044         <ul>
5045           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5046           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5047           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5048             to Colour Menu</li>
5049           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5050           <li>Unix users can set default web browser</li>
5051           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5052           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5053         </ul>
5054       </td>
5055       <td>
5056         <ul>
5057           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5058         </ul>
5059       </td>
5060     </tr>
5061     <tr>
5062       <td>
5063         <div align="center">
5064           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5065         </div>
5066       </td>
5067       <td>&nbsp;</td>
5068       <td>
5069         <ul>
5070           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5071             alignment order.</li>
5072         </ul>
5073       </td>
5074     </tr>
5075     <tr>
5076       <td>
5077         <div align="center">
5078           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5079         </div>
5080       </td>
5081       <td>
5082         <ul>
5083           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5084           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5085           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5086             annotations.</li>
5087           <li>Version and build date written to build properties
5088             file.</li>
5089           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5090             at launch of Jalview.</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093       <td>
5094         <ul>
5095           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5096           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5097           <li>Can remove groups one by one.</li>
5098           <li>Filechooser icons installed.</li>
5099           <li>Finder ignores return character when searching.
5100             Return key will initiate a search.<br>
5101           </li>
5102         </ul>
5103       </td>
5104     </tr>
5105     <tr>
5106       <td>
5107         <div align="center">
5108           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5109         </div>
5110       </td>
5111       <td>
5112         <ul>
5113           <li>New codebase</li>
5114         </ul>
5115       </td>
5116       <td>&nbsp;</td>
5117     </tr>
5118   </table>
5119   <p>&nbsp;</p>
5120 </body>
5121 </html>