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   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line argument to
 112             prevent automatic discovery of analysis webservices on
 113             launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 117             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 118             than anonymous 'Java' icons
 119           </li>
 120         </ul> <em>JalviewJS</em>
 121         <ul>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 124             SIFTS
 125           </li>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL- -->
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL- -->
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 137             reported once per key (avoids excessive log output in js
 138             console)
 139           </li>
 140           <li>
 141             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 142             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 143           </li>
 144           <li></li>
 145         </ul> <em>Development</em>
 146         <ul>
 147           <li>
 148             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 149           </li>
 150           <li>Updated building instructions</li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 153             process, added support for system package provided eclipse
 154             installs on linux
 155           </li>
 156           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 157           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 158             Sur and Monterey</li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 161             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 162             the DMG
 163           </li>
 164           <li>
 165             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 166             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 167             Jalview Launcher
 168           </li>
 169
 170         </ul>
 171
 172       </td>
 173       <td>
 174         <ul>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 177             execution
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 181             disappears when only one structure is shown (and many
 182             sequences:one chain mappings are present)
 183           </li>
 184           <li>
 185             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 186             the first SEQUENCE_GROUP defined
 187
 188           </li>
 189
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 192             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 193             trees (known defect from 2.11.1.3)
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 197             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 201             base in DNA sequences
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 205             Structure Preferences
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 209           </li>
 210           <li>
 211             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 212           </li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 215             modified graduated colour
 216           </li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 219             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 220             clustal colouring is enabled
 221           </li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 227             routing to stderr and appear as a raw template
 228           </li>
 229         </ul> <em>JalviewJS</em>
 230         <ul>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 233             down) percentage values causing a divide by zero
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- -->
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- -->
 240           </li>
 241           <li>
 242             <!-- -->
 243           </li>
 244           <li>
 245             <!-- -->
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 249             via Info.args when there are arguments on the URL
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 256             JalviewJS
 257           </li>
 258         </ul> <em>Development</em>
 259         <ul>
 260           <li>Gradle
 261             <ul>
 262               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 263               <li>
 264                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 265                 Gradle v.6.6+
 266               </li>
 267             </ul>
 268           </li>
 269
 270         </ul>
 271       </td>
 272     </tr>
 273     <tr>
 274       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 275           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 276           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 277       <td></td>
 278       <td align="left" valign="top">
 279         <ul>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 282             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 283             Unix/BSD OSs)
 284           </li>
 285         </ul> <em>Security</em>
 286         <ul>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 289             certificates.
 290           </li>
 291         </ul>
 292     </tr>
 293     <tr>
 294       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 295           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 296           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 297
 298       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 299         <ul>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 302             2.16.0 to 2.17.0.
 303           </li>
 304         </ul></td>
 305       <td></td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 309           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 310           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 311
 312       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 313         <ul>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 316             (was log4j 1.2.x).
 317         </ul> <em>Development</em>
 318         <ul>
 319           <li>Updated building instructions</li>
 320         </ul></td>
 321       <td>
 322         <ul>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 325             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 326             and display)
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 330             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 331             only)
 332           </li>
 333         </ul> <em>Development</em>
 334         <ul>
 335           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 336         </ul>
 337       </td>
 338     </tr>
 339     <tr>
 340       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 341           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 342           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 343       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 344           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 345         <ul>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 348             launch of the news browser (like -nonews argument)
 349           </li>
 350           <li>
 351             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 352             download of linkout URLs from
 353             www.jalview.org/services/identifiers
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 357             download of BIOJSHTML templates
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 361             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 362             disabled
 363           </li>
 364         </ul></td>
 365       <td align="left" valign="top">
 366         <ul>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 369             Jmol
 370           </li>
 371         </ul> <em>New Known defects</em>
 372         <ul>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 375             always restored from project (since 2.10.3)
 376           </li>
 377           <li>
 378             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 379             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 380           </li>
 381         </ul>
 382       </td>
 383     </tr>
 384     <tr>
 385       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 386           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 387           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 388       <td align="left" valign="top">
 389         <ul>
 390
 391         </ul>
 392       </td>
 393       <td align="left" valign="top">
 394         <ul>
 395           <li>
 396             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 397             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 398           </li>
 399           <li>
 400             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 401             sequences can be classed as nucleotide
 402           </li>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 405             sequences after alignment of protein products (known defect
 406             first reported for 2.11.1.0)
 407           </li>
 408           <li>
 409             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 410             features outwith CDS shown overlaid on protein
 411           </li>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 414             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 415             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 416           </li>
 417           <li>
 418             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 419             CDS features
 420           </li>
 421           <li>
 422             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 423             always select corresponding protein sequences
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 427             column selection doesn't always ignore hidden columns
 428           </li>
 429         </ul> <em>Installer</em>
 430         <ul>
 431           <li>
 432             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 433             Windows prevents install4j launching getdown
 434           </li>
 435         </ul> <em>Development</em>
 436         <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 439             version numbers in doc/building.md
 440           </li>
 441         </ul>
 442       </td>
 443     </tr>
 444     <tr>
 445       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 446           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 447           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 448       <td align="left" valign="top">
 449         <ul>
 450         </ul>
 451       </td>
 452       <td align="left" valign="top">
 453         <ul>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 456             "Encountered problems opening
 457             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 458           </li>
 459         </ul>
 460       </td>
 461     </tr>
 462     <tr>
 463       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 464           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 465           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 466       <td align="left" valign="top">
 467         <ul>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 470             residue in cursor mode
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 474             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 475           </li>
 476           <li>
 477             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 478             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 479             improved compatibility with JalviewJS
 480           </li>
 481           <li>
 482             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 483             alignments from Pfam and Rfam
 484           </li>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 487             import (no longer based on .gz extension)
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 491           </li>
 492           <li>
 493             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 494             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 495             EMBL flat file
 496           </li>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 499             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 500             saving or making backup files.
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 504             <ul>
 505               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 506               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 507             </ul>
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 511             when running on Linux (Requires Java 11+)
 512           </li>
 513         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 514         <ul>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 517             through a system property
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 521             line help for configuring Jalview's memory
 522           </li>
 523         </ul>
 524       </td>
 525       <td align="left" valign="top">
 526         <ul>
 527           <li>
 528             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 529             but not calculated and no protein or DNA score models are
 530             available for tree/PCA calculation when launched with
 531             Turkish language locale
 532           </li>
 533           <li>
 534             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 535             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 536           </li>
 537           <li>
 538             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 539             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 540           </li>
 541           <li>
 542             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 543             sequence under the cursor
 544           </li>
 545           <li>
 546             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 547             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 551             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 552             '%s'" on the console
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 556             when there are both local and complementary features mapped
 557             to the position under the cursor
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 561             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 565             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 569             internationalised text for some messages and log output
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 573             hidden gapped columns
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 577             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 578           </li>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 581             specifying output format when exporting an alignment via the
 582             command line
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 586             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 587             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 588             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 589             file again, and if that fails, delete the original file and
 590             save in place.)
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 594             via command line
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 598             program and documentation
 599           </li>
 600         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 601         <ul>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 604             first time for a version that has different jars to the
 605             previous launched version.
 606           </li>
 607         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 608         <ul>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 611             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 612             OutOfMemory error.
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 616             monitor the release channel
 617           </li>
 618         </ul> <em>New Known defects</em>
 619         <ul>
 620           <li>
 621             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 622             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 623             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 624             RNA viruses)
 625           </li>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 628             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 629             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 633             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 634             works for the top left quadrant of the alignment window
 635           </li>
 636           <li>
 637             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 638             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 639           </li>
 640           <li>
 641             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 642             when alignment view restored from project (since Jalview
 643             2.11.0)
 644           </li>
 645           <li>
 646             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 647             protein products for certain ENA records are repeatedly
 648             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 649           </li>
 650         </ul>
 651       </td>
 652     </tr>
 653     <tr>
 654       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 655           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 656           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 657       <td align="left" valign="top">
 658         <ul>
 659           <li>
 660             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 661             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 662             for display in alignments, on structure views (including
 663             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 664             export.
 665           </li>
 666           <li>
 667             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 668             exported and re-imported as GFF3 files
 669           </li>
 670           <li>
 671             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 672             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 673           </li>
 674           <li>
 675             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 676             validation while parsing
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 680             position if reopened
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 684             of associated view
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 688             enabled by default
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 692             tooltips and menus
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 696             with no feature types visible
 697           </li>
 698           <li>
 699             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 700             attributes with large integer values
 701           </li>
 702         </ul>
 703         <em>Jalview Installer</em>
 704         <ul>
 705           <li>
 706             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 707             installer template version reported in console (may be null
 708             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 709           </li>
 710           <li>
 711             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 712             higher quality background images
 713           </li>
 714           <li>
 715             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 716             generated with install4j 8.0.4
 717           </li>
 718           <li>
 719             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 720             Platforms
 721           </li>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 724             setting when running on large memory machines
 725           </li>
 726         </ul> <em>Release processes</em>
 727         <ul>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 733             access to test-release channel builds
 734           </li>
 735         </ul> <em>Build System</em>
 736         <ul>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 739           </li>
 740           <li>
 741             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 742             report
 743           </li>
 744         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 745         <ul>
 746           <li>
 747             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 748             to stdout containing the consensus sequence for each
 749             alignment in a Jalview session
 750           </li>
 751           <li>
 752             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 753             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 754             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 755           </li>
 756         </ul>
 757       </td>
 758       <td align="left" valign="top">
 759         <ul>
 760           <li>
 761             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 762             'Show hidden markers' option is not ticked
 763           </li>
 764           <li>
 765             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 766             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 767             jalview preferences or properties file
 768           </li>
 769           <li>
 770             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 771             'Show Sequence Features' option is not ticked
 772           </li>
 773           <li>
 774             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 775             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 776             features are visible
 777           </li>
 778           <li>
 779             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 780             equal when split frame is first opened
 781           </li>
 782           <li>
 783             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 784             correct after editing a sequence's start position
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 788             with annotation and exceptions thrown when only a few
 789             columns shown in wrapped mode
 790           </li>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 793             wrapped alignment figure with annotations
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 797             ID fails with ClassCastException
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 801             Project
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 805             feature settings dialog also selects columns
 806           </li>
 807           <li>
 808             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 809             IllegalArgumentException in some circumstances
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 813             opened for a view
 814           </li>
 815           <li>
 816             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 817             alignment window is closed
 818           </li>
 819           <li>
 820             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 821             help documentation for 2.11.0 release
 822           </li>
 823           <li>
 824             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 825             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 826             Uniprot Accession
 827           </li>
 828         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 829         <ul>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 832             PDB/Uniprot search panel
 833           </li>
 834         </ul> <em>Installer</em>
 835         <ul>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 838             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 839           </li>
 840         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 841         <ul>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 844             repository
 845           </li>
 846           <li>
 847             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 848             memory
 849           </li>
 850         </ul> <em>New Known Issues</em>
 851         <ul>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 854             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 855             command line
 856           </li>
 857           <li>
 858             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 859             clipped in headless figure export when Right Align option
 860             enabled
 861           </li>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 864             'Source' in console output
 865           </li>
 866           <li>
 867             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 868             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 869           </li>
 870         </ul>
 871       </td>
 872     </tr>
 873     <tr>
 874       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 875           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 876       <td align="left" valign="top">
 877         <ul>
 878           <li>
 879             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 880             Application and Installers built with <a
 881             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 882             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 883             InstallAnywhere
 884           </li>
 885           <li>
 886             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 887             memory settings, receive over the air updates and launch
 888             specific versions via (<a
 889             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 890               Rings' GetDown</a>)
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 894             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 895             files)
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 899             line arguments and switch between different getdown channels
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 903             project or alignment files
 904           </li>
 905
 906           <li>
 907             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 908             data files
 909           </li>
 910           <li>
 911             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 912             updated to version 2.12.0
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 916             'Translate as cDNA'
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 920           </li>
 921           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 922               of Sequence Features</strong>
 923             <ul>
 924               <li>
 925                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 926                 implementation that allows updates) used for Sequence
 927                 Feature collections
 928               </li>
 929               <li>
 930                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 931                 features can be filtered and shaded according to any
 932                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 933                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 934                 file)
 935               </li>
 936               <li>
 937                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 938                 stored and restored from Jalview Projects
 939               </li>
 940               <li>
 941                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 942                 BioJava) to recognise variant features
 943               </li>
 944               <li>
 945                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 946                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 947               </li>
 948               <li>
 949                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 950                 selected sequence feature's details
 951               </li>
 952               <li>
 953                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 954                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 955                 and filter aware)
 956               </li>
 957               <li>
 958                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 959                 Settings dialog
 960               </li>
 961             </ul></li>
 962           <li>
 963             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 964             and PCA calculations
 965           </li>
 966           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 967             <ul>
 968               <li>
 969                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 970                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 971               </li>
 972               <li>
 973                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 974                 viewer's drop-down menus
 975               </li>
 976               <li>
 977                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 978                 PCA image incrementally
 979               </li>
 980               <li>
 981                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 982               </li>
 983             </ul></li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 986           </li>
 987           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 988             <ul>
 989               <li>
 990                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
 991                 selections and multiple groups when working with large
 992                 alignments
 993               </li>
 994               <li>
 995                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
 996                 parsing Stockholm files
 997               </li>
 998             </ul>
 999           <li><strong>User Interface</strong>
1000             <ul>
1001               <li>
1002                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1003                 each view
1004               </li>
1005               <li>
1006                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1007                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1008                 regions of alignment are shown by default (can be
1009                 changed in user preferences)
1010               </li>
1011               <li>
1012                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1013                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1014               </li>
1015               <li>
1016                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1017                 when all sequences are hidden
1018               </li>
1019               <li>
1020                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1021                 selection region, and gap count when inserting or
1022                 deleting gaps
1023               </li>
1024               <li>
1025                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1026                 annotation labels
1027               </li>
1028               <li>
1029                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1030                 shown when in wrapped mode
1031               </li>
1032               <li>
1033                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1034                 left/right in a graph or histogram annotation
1035               </li>
1036               <li>
1037                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1038                 search panels
1039               </li>
1040               <li>
1041                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1042                 Overview panel
1043               </li>
1044               <li>
1045                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1046                 sequence id popup menu
1047               </li>
1048               <li>
1049                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1050                 not shown if no subgroups are created
1051               </li>
1052               <li>
1053                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1054                 search history by right-clicking search box
1055               </li>
1056
1057
1058             </ul></li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1061             Groovy v2.5
1062           </li>
1063           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1064               release)</strong>
1065             <ul>
1066               <li>
1067                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1068                 entry and trapping CMD-Q
1069               </li>
1070             </ul></li>
1071         </ul> <em>Deprecations</em>
1072         <ul>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1075             capabilities removed from the Jalview Desktop
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1079             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1080             projects and XML based data retrieval clients
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1084             removal
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1088             Start
1089           </li>
1090         </ul> <em>Documentation</em>
1091         <ul>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1094             effects not supported in EPS figure export
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1098             dialog
1099           </li>
1100         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1101         <ul>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1104             from Ant to Gradle
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1108             keys in Message bundles
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1112             gradle-eclipse
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1116             continuous integration for unattended Test Suite execution
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1120             operations
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1124             issues resolved
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1128             markdown (with HTML rendering)
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1135             versions of Jalview
1136           </li>
1137         </ul>
1138       </td>
1139       <td align="left" valign="top">
1140         <ul>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1146             superposition in Jmol fail on Windows
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1150             discovering structures for sequences with lots of PDB
1151             structures
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1155             with monospaced font
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1159             Jalview project involving multiple views
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1163             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1164             Annotation dialog hides columns
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1168             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1169             selection in one view, then making another selection in the
1170             other view
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1174             columns
1175           </li>
1176           <li>
1177             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1178             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1179           </li>
1180           <li>
1181             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1182             redrawing the overview with large alignments
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1186             region if columns were selected by dragging right-to-left
1187             and the mouse moved to the left of the first column
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1191             a hidden column marker via scale popup menu
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1195             URLs doesn't tell users the invalid URL
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1199             score from view
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1203             during show cross references or Fetch Database References
1204             are shown in red in original view
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1208             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1209             p.Res.null)
1210           </li>
1211           <li>
1212             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1213             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1214           </li>
1215           <li>
1216             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1217             printed when columns are hidden
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1221             Columns by Annotation description
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1225             dragging out of Scale or Annotation Panel
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1229             out of scale panel
1230           </li>
1231           <li>
1232             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1233             alignment down
1234           </li>
1235           <li>
1236             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1237             in scale panel
1238           </li>
1239           <li>
1240             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1241             Down, Page Up in wrapped mode
1242           </li>
1243           <li>
1244             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1248           </li>
1249           <li>
1250             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1251             selected on opening an alignment
1252           </li>
1253           <li>
1254             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1255             in Colour menu
1256           </li>
1257           <li>
1258             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1259             when different groups in the alignment are selected
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1263             shown correctly in menu
1264           </li>
1265           <li>
1266             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1267             min/max threshold limit
1268           </li>
1269           <li>
1270             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1271             threshold gets 'unrounded'
1272           </li>
1273           <li>
1274             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1275             colour
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1279             axis
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1283           </li>
1284           <li>
1285             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1286             alignment, not Tree font
1287           </li>
1288           <li>
1289             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1290             from project file
1291           </li>
1292           <li>
1293             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1294             Overview shown in complementary view
1295           </li>
1296           <li>
1297             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1298             shown without normalisation
1299           </li>
1300           <li>
1301             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1302             positioned at top of report
1303           </li>
1304           <li>
1305             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1309             OSX Mojave
1310           </li>
1311         </ul> <em>Editing</em>
1312         <ul>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1315             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1316             via 'Edit' sequence
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1320             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1321             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1325             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1329             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1330             in 2.10.5)
1331           </li>
1332         </ul> <em>Datamodel</em>
1333         <ul>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1336             sequence's End is greater than its length
1337           </li>
1338         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1339           release)</em>
1340         <ul>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1343           </li>
1344         </ul> <em>New Known Defects</em>
1345         <ul>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1348             clicking ignores bounds of an existing selected region
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1352             gapped regions of protein alignment.
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1356             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1360             after 'New View'
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1364             columns within hidden columns
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1368             re-enters window after dragging left to select columns to
1369             left of visible region
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1373             description string and thresholded by score in earlier
1374             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1375             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1379             reset group visibility
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1383             linked CDS/Protein view
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1387             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1388           </li>
1389         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1390         <ul>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1393             alphabetically when saved
1394           </li>
1395         </ul>
1396       </td>
1397     </tr>
1398     <tr>
1399       <td width="60" nowrap>
1400         <div align="center">
1401           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1402         </div>
1403       </td>
1404       <td><div align="left">
1405           <em></em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1409               InstallAnywhere increased to 1G.
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1413               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1414               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1415                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1416                 properties file.</em>
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1420               API and sequence data now imported as JSON.
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1424               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1425               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1426               property.
1427             </li>
1428           </ul>
1429           <em>Development</em>
1430           <ul>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1433               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1434                 Clover</a>
1435             </li>
1436           </ul>
1437         </div></td>
1438       <td><div align="left">
1439           <em></em>
1440           <ul>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1443               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1444               alignment.
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1448               annotation displayed.
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1452               for newly created group when 'Apply to all groups'
1453               selected
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1457               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1458               visible.
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1462               when sequences are selected in exported view.</em>
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1466               aren't rendered with correct colour.
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1470               types of knotted RNA secondary structure.
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1474               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1475               do not start at 1.
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1479               annotation when columns are inserted into an alignment,
1480               and when exporting as Stockholm flatfile.
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1484               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1485               treated as RNA secondary structure.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1489               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1493               transfers focus to previous window on OSX
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1500               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1501               box.
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1505               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1506               'look and feel' which has improved compatibility with the
1507               latest version of OSX.
1508             </li>
1509           </ul>
1510         </div></td>
1511     </tr>
1512     <tr>
1513       <td width="60" nowrap>
1514         <div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1516             <em>7/06/2018</em></strong>
1517         </div>
1518       </td>
1519       <td><div align="left">
1520           <em></em>
1521           <ul>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1524               annotation retrieved from Uniprot
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1528               onto the Jalview Desktop
1529             </li>
1530           </ul>
1531         </div></td>
1532       <td><div align="left">
1533           <em></em>
1534           <ul>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1537               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1541               right-hand column parsed correctly
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1545               not alignment area in exported graphic
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1549               window has input focus
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1553               annotation added to view (Windows)
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1557               network connectivity is poor
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1561               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1562                 the currently open URL and links from a page viewed in
1563                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1564                 you are using Edge, only links in the page can be
1565                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1566                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1567             </li>
1568           </ul>
1569           <em>New Known Defects</em>
1570           <ul>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1573               Annotation
1574             </li>
1575           </ul>
1576         </div></td>
1577     </tr>
1578     <tr>
1579       <td width="60" nowrap>
1580         <div align="center">
1581           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1582         </div>
1583       </td>
1584       <td><div align="left">
1585           <em></em>
1586           <ul>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1589               for disabling automatic superposition of multiple
1590               structures and open structures in existing views
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1594               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1595               adjust them.
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1599               Ensembl services
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1603               and lots of hidden columns
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1607               of features (particularly when transparency is disabled)
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1611               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1612               made generally available
1613             </li>
1614           </ul>
1615         </div></td>
1616       <td><div align="left">
1617           <ul>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1620               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1624               overlapping alignment panel
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1628               sequence as gaps
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1632               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1633               UTR
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1637               factor annotation not added to sequence when local PDB
1638               file associated with it by drag'n'drop or structure
1639               chooser
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1643               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1647               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1651               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1655               columns in annotation row
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1659               not honored in batch mode
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1663               for structures added to existing Jmol view
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1667               entries after importing project with multiple views
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1671               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1672               with negative residue numbers or missing residues fails
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1676               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1677               files (e.g. as generated by CONSURF)
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1681               tooltip doesn't include a text description of mutation
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1685               structure and/or overview windows are also shown
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1689               regions very slow for alignments with large numbers of
1690               sequences
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1694               with 'StringIndexOutOfBounds'
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1698               Feel for OSX platforms running Java 10
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1702               view appears to do nothing because the view is hidden
1703               behind the alignment view
1704             </li>
1705           </ul>
1706           <em>Applet</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1710               should copy the group consensus when popup is opened on it
1711             </li>
1712           </ul>
1713           <em>Batch Mode</em>
1714           <ul>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1717               respected
1718             </li>
1719           </ul>
1720           <em>New Known Defects</em>
1721           <ul>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1724               editing a large alignment and overview is displayed
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1728               repeatedly after a series of edits even when the overview
1729               is no longer reflecting updates
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1733               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1734               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1735               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1739               CSV option gives blank output
1740             </li>
1741           </ul>
1742         </div></td>
1743     </tr>
1744     <tr>
1745       <td width="60" nowrap>
1746         <div align="center">
1747           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1748             <em>24/1/2018</em></strong>
1749         </div>
1750       </td>
1751       <td><div align="left">
1752           <ul>
1753             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1754               30th November 2018)</li>
1755           </ul>
1756         </div></td>
1757       <td><div align="left">
1758           <em>Desktop</em>
1759           <ul>
1760             <ul>
1761               <li>
1762                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1763                 several sequences and structures are selected for
1764                 viewing/superposing
1765               </li>
1766               <li>
1767                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1768                 vertically via trackpad and scrollwheel
1769               </li>
1770               <li>
1771                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1772                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1773                 start of alignment
1774               </li>
1775               <li>
1776                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1777                 scrolled into view if columns are hidden
1778               </li>
1779               <li>
1780                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1781                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1782                 hidden columns
1783               </li>
1784               <li>
1785                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1786                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1787                 effect
1788               </li>
1789               <li>
1790                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1791                 relationships when retrieving sequences from
1792                 EnsemblGenomes
1793               </li>
1794             </ul>
1795         </div></td>
1796     </tr>
1797     <tr>
1798       <td width="60" nowrap>
1799         <div align="center">
1800           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1801         </div>
1802       </td>
1803       <td><div align="left">
1804           <em></em>
1805           <ul>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1808               rendering of sequence features
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1812               429 rate limit request hander
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1816               their colours have changed
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1820               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1824               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1828               view from Ensembl locus cross-references
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1832               Alignment report
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1836               feature can be disabled
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1840               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1844               Uniprot
1845             </li>
1846           </ul>
1847           <em>Scripting</em>
1848           <ul>
1849             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1850             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1851               percent identity scores for current alignment.</li>
1852           </ul>
1853           <em>Testing and Deployment</em>
1854           <ul>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1857             </li>
1858           </ul>
1859         </div></td>
1860       <td><div align="left">
1861           <em>General</em>
1862           <ul>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1865               threshold text field doesn't trigger an update to the
1866               alignment view
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1870               strings in parallel
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1874               alignment window is closed
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1878               group visibility
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1882               takes a long time in Cursor mode
1883             </li>
1884           </ul>
1885           <em>Desktop</em>
1886           <ul>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1889               cannot be viewed in Chimera
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1893               CDS/Protein view
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1897               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1898               Search Dialogs
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1908               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1912               scrolling right in unwapped alignment view
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1916               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1917               database
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1921               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1925               features of same type and group to be selected for
1926               amending
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1930               alignments when hidden columns are present
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1934               displaying several structures
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1938               moving a window
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1942               within the Jalview desktop on OSX
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1946               when in wrapped alignment mode
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1950               hand end of alignment
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1954               each selected sequence do not have correct start/end
1955               positions
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1959               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1963               restoring project until a new view is created
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1967               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1968               configured (since 2.10.2b2)
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1972               position is adjusted
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1976               in a multi-chain structure when viewing alignment
1977               involving more than one chain (since 2.10)
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1981               if new selection moves alignment window
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1985               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1989               that produces correctly annotated transcripts and products
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1993               doesn't update associated structure view
1994             </li>
1995           </ul>
1996           <em>Applet</em><br />
1997           <ul>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2000               closing alignment panel
2001             </li>
2002           </ul>
2003           <em>BioJSON</em><br />
2004           <ul>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2007               non-positional features
2008             </li>
2009           </ul>
2010           <em>New Known Issues</em>
2011           <ul>
2012             <li>
2013               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2014               sequence features correctly (for many previous versions of
2015               Jalview)
2016             </li>
2017             <li>
2018               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2019               using cursor in wrapped panel other than top
2020             </li>
2021             <li>
2022               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2023               graduated colour threshold
2024             </li>
2025             <li>
2026               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2027               always preserve numbering and sequence features
2028             </li>
2029           </ul>
2030           <em>Known Java 9 Issues</em>
2031           <ul>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2034               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2035               9.01, OSX 10.10)
2036             </li>
2037           </ul>
2038         </div></td>
2039     </tr>
2040     <tr>
2041       <td width="60" nowrap>
2042         <div align="center">
2043           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2044             <em>2/10/2017</em></strong>
2045         </div>
2046       </td>
2047       <td><div align="left">
2048           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2049           <ul>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2052               at uniprot.org
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2056               ebi.ac.uk
2057             </li>
2058           </ul>
2059         </div></td>
2060       <td><div align="left"></div></td>
2061     </tr>
2062     <tr>
2063       <td width="60" nowrap>
2064         <div align="center">
2065           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2066             <em>7/9/2017</em></strong>
2067         </div>
2068       </td>
2069       <td><div align="left">
2070           <em></em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2074               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2075               white)
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2079               Preferences
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2083               in size and progress bar shown as higher resolution
2084               overview is recalculated
2085             </li>
2086
2087           </ul>
2088         </div></td>
2089       <td><div align="left">
2090           <em></em>
2091           <ul>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2094               column region row by row
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2098               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2102               format setting is unticked
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2106               if group has show boxes format setting unticked
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2110               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2111               include sequences and columns not currently displayed
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2115               assemblies are imported via CIF file
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2119               displayed when threshold or conservation colouring is also
2120               enabled.
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2124               server version
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2128               dragging a selected region off the visible region of the
2129               alignment
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2133               colourscheme to all groups in a view
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2137               initially after font size change using the Font chooser or
2138               middle-mouse zoom
2139             </li>
2140           </ul>
2141         </div></td>
2142     </tr>
2143     <tr>
2144       <td width="60" nowrap>
2145         <div align="center">
2146           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2147         </div>
2148       </td>
2149       <td><div align="left">
2150           <em>Calculations</em>
2151           <ul>
2152
2153             <li>
2154               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2155               ungapped positions in each column of the alignment.
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2159               a calculation dialog box
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2163               and memory efficiency (~30x faster)
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2167               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2168               and other calculations
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2172               files within the Jalview codebase
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2176               Similarity may have different topology due to increased
2177               precision
2178             </li>
2179           </ul>
2180           <em>Rendering</em>
2181           <ul>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2184               model for alignments and groups
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2188               scripts
2189             </li>
2190           </ul>
2191           <em>Overview</em>
2192           <ul>
2193             <li>
2194               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2195               with alignment and overview windows
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2199               overview
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2203               omitted in Overview
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2207               adjustment of visible position
2208             </li>
2209           </ul>
2210
2211           <em>Data import/export</em>
2212           <ul>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2215               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2219               annotation input/output via stockholm flatfile
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2223               extension when importing structure files without embedded
2224               names or PDB accessions
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2228               format sequence substitution matrices
2229             </li>
2230           </ul>
2231           <em>User Interface</em>
2232           <ul>
2233             <li>
2234               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2235               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2236               the application.
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2240               via Overview or sequence motif search operations
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2244               opened by double clicking gaps within sequence feature
2245               extent
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2249               aligned positions were available to create a 3D structure
2250               superposition.
2251             </li>
2252           </ul>
2253           <em>3D Structure</em>
2254           <ul>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2257               coloured in linked structure views
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2261               file-based command exchange
2262             </li>
2263             <li>
2264               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2265               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2266               structures are already available for sequences
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2270               the Jalview project rather than downloaded again when the
2271               project is reopened.
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2275               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2276               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2277                 Feature</strong>)
2278             </li>
2279           </ul>
2280           <em>Web Services</em>
2281           <ul>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2287               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2288               Analysis services
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2292               cross-references provided by identifiers.org and the
2293               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2294             </li>
2295           </ul>
2296
2297           <em>Scripting</em>
2298           <ul>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2301               identifying file formats (instead of String constants)
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2305               efficiency when counting all displayed features (not
2306               backwards compatible with 2.10.1)
2307             </li>
2308           </ul>
2309           <em>Example files</em>
2310           <ul>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2313               included in the example feature file
2314             </li>
2315           </ul>
2316           <em>Documentation</em>
2317           <ul>
2318             <li>
2319               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2320               with the built-in Java help viewer
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2324               sequence description' option
2325             </li>
2326           </ul>
2327           <em>Test Suite</em>
2328           <ul>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2331               Uniprot REST Free Text Search Client
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2338               during tests
2339             </li>
2340           </ul>
2341         </div></td>
2342       <td><div align="left">
2343           <em>Calculations</em>
2344           <ul>
2345             <li>
2346               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2347               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2348               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2349             </li>
2350             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2351               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2352               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2353               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2354               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2355               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2356               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2357               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2358               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2359               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2360               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2361               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2362               // for 2.10.1 mode <br />
2363               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2364               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2365                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2366                 calculations (not recommended)</em></li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2369               scaling of branch lengths for trees computed using
2370               Sequence Feature Similarity.
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2374               generating output report when working with highly
2375               redundant alignments
2376             </li>
2377             <li>
2378               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2379               right of selected region when gaps present on right-hand
2380               boundary
2381             </li>
2382           </ul>
2383           <em>User Interface</em>
2384           <ul>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2387               doesn't reselect a specific sequence's associated
2388               annotation after it was used for colouring a view
2389             </li>
2390             <li>
2391               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2392               opened on a region of alignment without groups
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2396               of an alignment with overlapping groups
2397             </li>
2398             <li>
2399               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2400               name and description match
2401             </li>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2404               hidden regions results in incorrect hidden regions
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2408               changing colour does not apply Conservation slider value
2409               to all groups
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2413               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2417               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2421               gaps before start of features
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2425               restored to UI when feature colour is edited
2426             </li>
2427             <li>
2428               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2429               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2430             </li>
2431             <li>
2432               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2433               as graduate feature colour settings are modified via the
2434               dialog box
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2438               when a group defined on the alignment is resized
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2442               wrapped view result in positional status updates
2443             </li>
2444
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2447               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2451               alignment included gapped columns
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2455               widgets don't permanently disappear
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2459               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2460               T-Coffee column reliability scores)
2461             </li>
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2464               sequence feature on gaps only
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2468               button from a Find inherit previously defined feature type
2469               rather than the Find query string
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2473               exporting tree calculated in Jalview
2474             </li>
2475             <li>
2476               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2477               and then revealing them reorders sequences on the
2478               alignment
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2482               doesn't update to reflect available set of groups after
2483               interactively adding or modifying features
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2487               Linux
2488             </li>
2489             <li>
2490               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2491               only excluded gaps in current sequence and ignored
2492               selection.
2493             </li>
2494           </ul>
2495           <em>Rendering</em>
2496           <ul>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2499               erratically when hidden rows or columns are present
2500             </li>
2501             <li>
2502               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2503               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2504               sequence colouring
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2508               colour and group colour menu for protein alignments
2509             </li>
2510             <li>
2511               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2512               reflect currently selected view or group's shading
2513               thresholds
2514             </li>
2515             <li>
2516               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2517               when rendered on overview and structures when opacity at
2518               100%
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2522               overview when features overlaid on alignment
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2526               recovered correctly from Jalview project file
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2530               opened (automatically via preferences) are different to
2531               the main alignment panel
2532             </li>
2533           </ul>
2534           <em>Data import/export</em>
2535           <ul>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2538               load
2539             </li>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2542               added after a sequence was imported are not written to
2543               Stockholm File
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2547               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2551               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2555               with lightGray or darkGray via features file (but can
2556               specify lightgray)
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2560               when alignment view imported from project
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2564               structure and sequences extracted from structure files
2565               imported via URL and viewed in Jmol
2566             </li>
2567             <li>
2568               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2569               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2570               the project is loaded and the structure viewed
2571             </li>
2572           </ul>
2573           <em>Web Services</em>
2574           <ul>
2575             <li>
2576               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2577               release of Ensembl v.88
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2581               appear enabled in Preferences->Connections
2582             </li>
2583             <li>
2584               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2585               removed from console output
2586             </li>
2587             <li>
2588               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2589               Ensembl by Peptide ID
2590             </li>
2591             <li>
2592               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2593               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2594               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2595               due to 'null' string rather than empty string used for
2596               residues with no corresponding PDB mapping).
2597             </li>
2598           </ul>
2599           <em>Application UI</em>
2600           <ul>
2601             <li>
2602               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2603               menu
2604             </li>
2605             <li>
2606               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2607               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2608               new documentation and tooltips added)
2609             </li>
2610             <li>
2611               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2612               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2613             </li>
2614             <li>
2615               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2616               new features are added to alignment
2617             </li>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2620               changes to feature colours via the Amend features dialog
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2624               edit graduated feature colour via amend features dialog
2625               box
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2629               selection menu changes colours of alignment views
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2633               from alignment calculation workers after alignment has
2634               been closed
2635             </li>
2636             <li>
2637               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2638               groups now 'Create Group'
2639             </li>
2640             <li>
2641               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2642               Create/Undefine group doesn't always work
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2646               shown again after pressing 'Cancel'
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2650               adjusts start position in wrap mode
2651             </li>
2652             <li>
2653               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2654               ambiguous amino acids
2655             </li>
2656             <li>
2657               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2658               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2659               proteins
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2663               Defined' don't appear in Colours menu
2664             </li>
2665           </ul>
2666           <em>Applet</em>
2667           <ul>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2670               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2674               overview or linked structure view
2675             </li>
2676             <li>
2677               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2678               work (since 2.8)
2679             </li>
2680             <li>
2681               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2682               user-defined colourscheme doesn't restore original
2683               colourscheme
2684             </li>
2685           </ul>
2686           <em>Test Suite</em>
2687           <ul>
2688             <li>
2689               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2690               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2691             </li>
2692             <li>
2693               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2694               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2695               problems with deep array comparison equality asserts in
2696               successive versions of TestNG
2697             </li>
2698             <li>
2699               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2700               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2701             </li>
2702           </ul>
2703           <em>New Known Issues</em>
2704           <ul>
2705             <li>
2706               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2707               phase after a sequence motif find operation
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2711               containing just upper and lower case letters are
2712               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2716               reliably from eggnog Ortholog database
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2720               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2721               to mark columns containing highlighted regions.
2722             </li>
2723             <li>
2724               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2725               doesn't always add secondary structure annotation.
2726             </li>
2727           </ul>
2728         </div>
2729     <tr>
2730       <td width="60" nowrap>
2731         <div align="center">
2732           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2733         </div>
2734       </td>
2735       <td><div align="left">
2736           <em>General</em>
2737           <ul>
2738             <li>
2739               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2740               for all consensus calculations
2741             </li>
2742             <li>
2743               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2744               3rd Oct 2016)
2745             </li>
2746             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2747               for 2016-2017</li>
2748           </ul>
2749           <em>Application</em>
2750           <ul>
2751             <li>
2752               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2753               set of database cross-references, sorted alphabetically
2754             </li>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2757               from database cross references. Users with custom links
2758               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2759                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2760             </li>
2761             <li>
2762               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2763               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2764               Chimera session
2765             </li>
2766             <li>
2767               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2768               the Chimera it is connected to is shut down
2769             </li>
2770             <li>
2771               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2772               columns menu item to mark columns containing highlighted
2773               regions (e.g. from structure selections or results of a
2774               Find operation)
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2778               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2779               MSAviewer
2780             </li>
2781           </ul>
2782         </div></td>
2783       <td>
2784         <div align="left">
2785           <em>General</em>
2786           <ul>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2789               are not coloured or thresholded according to percent
2790               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2791             </li>
2792             <li>
2793               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2794               hydrophobic
2795             </li>
2796             <li>
2797               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2798               threshold, amino acid properties)
2799             </li>
2800             <li>
2801               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2802               reported as mapped to residues in a structure file in the
2803               View Mapping report
2804             </li>
2805             <li>
2806               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2807               could be added multiple times to a sequence
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2811               bond features shown as two highlighted residues rather
2812               than a range in linked structure views, and treated
2813               correctly when selecting and computing trees from features
2814             </li>
2815             <li>
2816               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2817               cross-references are matched to database name regardless
2818               of case
2819             </li>
2820
2821           </ul>
2822           <em>Application</em>
2823           <ul>
2824             <li>
2825               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2826               names without regular expressions also offer links from
2827               Sequence ID
2828             </li>
2829             <li>
2830               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2831               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2832               update Jalview configuration
2833             </li>
2834             <li>
2835               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2836               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2837             </li>
2838             <li>
2839               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2840               files with similarly named sequences if dropped onto the
2841               alignment
2842             </li>
2843             <li>
2844               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2845               entries where more chains exist in the PDB accession than
2846               are reported in the SIFTS file
2847             </li>
2848             <li>
2849               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2850               the structure view when displayed with Chimera
2851             </li>
2852             <li>
2853               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2854               panel's View->Show Chains submenu
2855             </li>
2856             <li>
2857               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2858               work for wrapped alignment views
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2862               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2866               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2867               first annotation row
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2871               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2875               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2876             </li>
2877             <!-- JAL-2319 -->
2878             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2879             coordindate data
2880             </li>
2881           </ul>
2882           <!--           <em>New Known Issues</em>
2883           <ul>
2884             <li></li>
2885           </ul> -->
2886         </div>
2887       </td>
2888     </tr>
2889     <td width="60" nowrap>
2890       <div align="center">
2891         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2892           <em>25/10/2016</em></strong>
2893       </div>
2894     </td>
2895     <td><em>Application</em>
2896       <ul>
2897         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2898           view if structures already loaded</li>
2899         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2900           structure views</li>
2901       </ul></td>
2902     <td>
2903       <div align="left">
2904         <em>General</em>
2905         <ul>
2906           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2907             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2908           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2909             example sequences/projects/trees</li>
2910         </ul>
2911         <em>Application</em>
2912         <ul>
2913           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2914             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2915           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2916             without timeout for structures with multiple models or
2917             multiple sequences in alignment</li>
2918           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2919             PDB ID HEADER line</li>
2920           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2921             is performed</li>
2922           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2923             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2924           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2925           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2926             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2927             option</li>
2928           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2929             is created on the alignment</li>
2930           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2931             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2932             pop-up menu</li>
2933         </ul>
2934         <em>Build and deployment</em>
2935         <ul>
2936           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2937             tags</li>
2938         </ul>
2939         <em>New Known Issues</em>
2940         <ul>
2941           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2942             on Windows</li>
2943         </ul>
2944       </div>
2945     </td>
2946     </tr>
2947     <tr>
2948       <td width="60" nowrap>
2949         <div align="center">
2950           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2951         </div>
2952       </td>
2953       <td><em>General</em>
2954         <ul>
2955           <li>
2956             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2957           </li>
2958           <li>
2959             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2960             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2961             better PDB parsing.
2962           </li>
2963           <li>
2964             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2965             reference sequence
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2969             mousing over sequence associated annotation
2970           </li>
2971           <li>
2972             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2973             for manual entry
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2977             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2978             for each column
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2982             showing or hiding columns containing a feature
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2986             group and sequence associated annotation labels
2987           </li>
2988           <li>
2989             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2990             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2991             dialogs
2992           </li>
2993
2994         </ul> <em>Application</em>
2995         <ul>
2996           <li>
2997             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2998             gene/transcript view
2999           </li>
3000           <li>
3001             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3002             dialog
3003           </li>
3004           <li>
3005             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3006             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3007           </li>
3008           <li>
3009             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3010             Pfam sources to xfam.org
3011           </li>
3012           <li>
3013             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3014           </li>
3015           <li>
3016             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3017             over sequences in Jalview
3018           </li>
3019           <li>
3020             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3021             regions in ENA and EMBL
3022           </li>
3023           <li>
3024             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3025             for record retrieval via ENA rest API
3026           </li>
3027           <li>
3028             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3029             complement operator
3030           </li>
3031           <li>
3032             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3033             groovy script execution
3034           </li>
3035           <li>
3036             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3037             alignment window's Calculate menu
3038           </li>
3039           <li>
3040             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3041             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3042           </li>
3043           <li>
3044             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3045             calculation workers from groovy scripts
3046           </li>
3047           <li>
3048             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3049             Jalview projects
3050           </li>
3051           <li>
3052             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3053             associations are now saved/restored from project
3054           </li>
3055           <li>
3056             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3057             before sequence fetcher is opened
3058           </li>
3059           <li>
3060             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3061             database chooser opens a sequence fetcher
3062           </li>
3063           <li>
3064             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3065             the UniProt REST API
3066           </li>
3067           <li>
3068             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3069             the news reader opening
3070           </li>
3071           <li>
3072             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3073             querying stored in preferences
3074           </li>
3075           <li>
3076             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3077             search results
3078           </li>
3079           <li>
3080             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3081           </li>
3082           <li>
3083             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3084             menu for nucleotide sequences
3085           </li>
3086           <li>
3087             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3088             and feature counts preserves alignment ordering (and
3089             debugged for complex feature sets).
3090           </li>
3091           <li>
3092             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3093             viewing structures with Jalview 2.10
3094           </li>
3095           <li>
3096             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3097             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3098             Ensembl Genomes REST API
3099           </li>
3100           <li>
3101             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3102             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3103             (Ensembl)
3104           </li>
3105           <li>
3106             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3107             sequences
3108           </li>
3109           <li>
3110             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3111             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3112             data from external database records.
3113           </li>
3114           <li>
3115             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3116             efficient recovery of sequence coding and alignment
3117             annotation relationships.
3118           </li>
3119         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3120         <ul>
3121           <li>
3122             -- JAL---
3123           </li>
3124         </ul> --></td>
3125       <td>
3126         <div align="left">
3127           <em>General</em>
3128           <ul>
3129             <li>
3130               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3131               menu on OSX
3132             </li>
3133             <li>
3134               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3135               includes graduated colourschemes
3136             </li>
3137             <li>
3138               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3139               working with big alignments and lots of hidden columns
3140             </li>
3141             <li>
3142               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3143               at right of alignment window
3144             </li>
3145             <li>
3146               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3147               contents
3148             </li>
3149             <li>
3150               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3151               for DNA alignments
3152             </li>
3153             <li>
3154               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3155               based tree calculation
3156             </li>
3157             <li>
3158               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3159               unconserved enabled for group on alignment
3160             </li>
3161             <li>
3162               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3163               set as reference
3164             </li>
3165             <li>
3166               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3167               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3168               annotation
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3172               hidden columns present
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3176               user created annotation added to alignment
3177             </li>
3178             <li>
3179               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3180               '()' base pair annotation
3181             </li>
3182             <li>
3183               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3184               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3185               Consensus
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3189               feature not working
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3193               beginning of sequence
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3197               entry 3a6s
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3201               from a tree when t-coffee scores are shown
3202             </li>
3203             <li>
3204               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3205               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3206             </li>
3207             <li>
3208               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3209               some structures
3210             </li>
3211             <li>
3212               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3213               to Clustal, PIR and PileUp output
3214             </li>
3215             <li>
3216               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3217               not visible causes alignment window to repaint
3218             </li>
3219             <li>
3220               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3221               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3222               scores associated with features and annotation rows
3223             </li>
3224             <li>
3225               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3226               calculation should be case independent
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3230               columns
3231             </li>
3232             <li>
3233               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3234               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3235               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3236             </li>
3237             <li>
3238               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3239               problems when reference sequence defined and 'show
3240               non-conserved' enabled
3241             </li>
3242             <li>
3243               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3244               load even when Consensus calculation is disabled
3245             </li>
3246             <li>
3247               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3248               alignment does nothing
3249             </li>
3250           </ul>
3251           <em>Application</em>
3252           <ul>
3253             <li>
3254               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3255               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3256               yet fixed for El Capitan)
3257             </li>
3258             <li>
3259               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3260               output when running on non-gb/us i18n platforms
3261             </li>
3262             <li>
3263               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3264               hidden sequences as flat-file alignment
3265             </li>
3266             <li>
3267               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3268               launching Chimera
3269             </li>
3270             <li>
3271               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3272               (also hotfix for 2.9.0b2)
3273             </li>
3274             <li>
3275               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3276               reference sequence defined
3277             </li>
3278             <li>
3279               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3280               alignments and views when revealing hidden columns
3281             </li>
3282             <li>
3283               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3284               view in a cDNA/Protein splitframe
3285             </li>
3286             <li>
3287               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3288               sequence from project when only one sequence is
3289               represented
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3293               in Structure Chooser
3294             </li>
3295             <li>
3296               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3297               structure consensus didn't refresh annotation panel
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3301               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3305               dialogs format columns correctly, don't display array
3306               data, sort columns according to type
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3310               file chooser is cancelled during an image export
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3314               sequence name containing special characters
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3318               case insensitive
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3322               formatting don't wrap
3323             </li>
3324             <li>
3325               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3326               truncated so L looks like I in consensus annotation
3327             </li>
3328             <li>
3329               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3330               currently displayed features for the current selection or
3331               view
3332             </li>
3333             <li>
3334               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3335               after fetching cross-references, and restoring from
3336               project
3337             </li>
3338             <li>
3339               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3340               followed in the structure viewer
3341             </li>
3342             <li>
3343               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3344               splitframe not restored from project
3345             </li>
3346             <li>
3347               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3348               trailing end of protein alignment in transcript/product
3349               splitview when pad-gaps not enabled by default
3350             </li>
3351             <li>
3352               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3353               is case dependent
3354             </li>
3355             <li>
3356               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3357               article has been read (reopened issue due to
3358               internationalisation problems)
3359             </li>
3360             <li>
3361               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3362               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3363               cross-references
3364             </li>
3365
3366             <li>
3367               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3368               alignment as HTML
3369             </li>
3370             <li>
3371               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3372               multiple structures are shown for one or more sequences.
3373             </li>
3374             <li>
3375               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3376               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3377               is enabled.
3378             </li>
3379             <li>
3380               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3381               specific PDB id for sequence
3382             </li>
3383             <li>
3384               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3385               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3386               columns' is disabled.
3387             </li>
3388             <li>
3389               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3390               selects lowest rather than highest resolution structures
3391               for each sequence
3392             </li>
3393             <li>
3394               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3395               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3396             </li>
3397             <li>
3398               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3399               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3400             </li>
3401             <li>
3402               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3403               after clicking on it to create new annotation for a
3404               column.
3405             </li>
3406             <li>
3407               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3408               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3409             </li>
3410             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3411             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3412           </ul>
3413           <em>Applet</em>
3414           <ul>
3415             <li>
3416               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3417               hidden columns present before start of sequence
3418             </li>
3419             <li>
3420               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3421               (JSON jars)
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3425               sequences are hidden in applet
3426             </li>
3427             <li>
3428               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3429               deployment on examples pages.
3430             </li>
3431           </ul>
3432         </div>
3433       </td>
3434     </tr>
3435     <tr>
3436       <td width="60" nowrap>
3437         <div align="center">
3438           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3439             <em>16/10/2015</em></strong>
3440         </div>
3441       </td>
3442       <td><em>General</em>
3443         <ul>
3444           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3445             jars</li>
3446         </ul></td>
3447       <td>
3448         <div align="left">
3449           <em>Application</em>
3450           <ul>
3451             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3452               shown when tree is partitioned</li>
3453             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3454               multiple cDNA/Protein split views</li>
3455           </ul>
3456         </div>
3457       </td>
3458     </tr>
3459     <tr>
3460       <td width="60" nowrap>
3461         <div align="center">
3462           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3463             <em>8/10/2015</em></strong>
3464         </div>
3465       </td>
3466       <td><em>General</em>
3467         <ul>
3468           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3469             2.9</li>
3470         </ul> <em>Application</em>
3471         <ul>
3472           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3473           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3474           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3475         </ul> <em>Applet</em>
3476         <ul>
3477           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3478         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3479         <ul>
3480           <li>
3481             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3482             suite
3483           </li>
3484         </ul></td>
3485       <td>
3486         <div align="left">
3487           <em>General</em>
3488           <ul>
3489             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3490               incorrect when sequence start > 1</li>
3491             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3492               documentation</li>
3493             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3494             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3495               loading a features file containing HTML tags in feature
3496               description</li>
3497
3498           </ul>
3499           <em>Application</em>
3500           <ul>
3501             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3502               reimport</li>
3503             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3504               with 'trim retrieved sequences'</li>
3505             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3506               deleting selected columns</li>
3507             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3508               JNLP templates for webstart launch</li>
3509             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3510               unreleased structures for download or viewing</li>
3511             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3512               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3513             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3514               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3515             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3516               recovered from jalview project</li>
3517             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3518               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3519               alignment view</li>
3520             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3521               color schemes from BioJSON</li>
3522           </ul>
3523           <em>Applet</em>
3524           <ul>
3525             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3526               frame</li>
3527             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3528           </ul>
3529         </div>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td><div align="center">
3534           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3535         </div></td>
3536       <td><em>General</em>
3537         <ul>
3538           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3539             alignments:
3540             <ul>
3541               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3542                 and DNA alignment views</li>
3543               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3544                 cDNA alignment views</li>
3545               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3546                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3547               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3548                 protein sequences</li>
3549             </ul>
3550           </li>
3551           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3552           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3553             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3554           <li>New alignment annotation file statements for
3555             reference sequences and marking hidden columns</li>
3556           <li>Reference sequence based alignment shading to
3557             highlight variation</li>
3558           <li>Select or hide columns according to alignment
3559             annotation</li>
3560           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3561           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3562             acid conservation row</li>
3563           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3564         </ul> <em>Application</em>
3565         <ul>
3566           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3567             <ul>
3568               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3569                 view with cDNA/Protein</li>
3570               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3571                 sequences are placed in the same alignment</li>
3572               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3573                 projects</li>
3574             </ul>
3575           </li>
3576
3577           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3578           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3579             Jalview windows</li>
3580
3581           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3582           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3583           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3584             be shown in VARNA</li>
3585
3586           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3587             as the active selected region</li>
3588
3589           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3590             similarity</li>
3591           <li>New Export options
3592             <ul>
3593               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3594                 region export in flat file generation</li>
3595
3596               <li>Export alignment views for display with the <a
3597                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3598
3599               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3600               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3601                 alignment figures to HTML</li>
3602           </li>
3603           <li>3D structure retrieval and display
3604             <ul>
3605               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3606                 Search API</li>
3607               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3608                 PDB structures for a sequence set</li>
3609             </ul>
3610           </li>
3611
3612           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3613             predictions</li>
3614           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3615             for one or a group of sequences</li>
3616           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3617             from the JPred4 web server</li>
3618           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3619             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3620             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3621           </li>
3622           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3623             VARNA 2D Structure'</li>
3624           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3625             Structure ..."</li>
3626
3627         </ul> <em>Applet</em>
3628         <ul>
3629           <li>New layout for applet example pages</li>
3630           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3631             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3632           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3633             Protein alignments</li>
3634         </ul> <em>Development and deployment</em>
3635         <ul>
3636           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3637           <li>Include installation type and git revision in build
3638             properties and console log output</li>
3639           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3640             storing BioJsMSA Templates</li>
3641           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3642         </ul></td>
3643       <td>
3644         <!-- <em>General</em>
3645         <ul>
3646         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3647         <ul>
3648           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3649           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3650           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3651             predictions are not highlighted in amber</li>
3652           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3653             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3654           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3655             associated structure views</li>
3656           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3657             width checkbox not enabled</li>
3658           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3659             creating user defined colours</li>
3660           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3661             mappings for just that viewer's sequences</li>
3662           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3663             multiple models in Chimera</li>
3664           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3665             over Jmol structure</li>
3666           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3667             output to text box</li>
3668           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3669             have incorrect sequence start/end</li>
3670           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3671             Jalview fails</li>
3672           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3673             work for nucleotide</li>
3674           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3675             to a grey/invisible alignment window</li>
3676           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3677             imports to different position</li>
3678           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3679             on some platforms</li>
3680           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3681             populated</li>
3682           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3683             console if Chimera has been opened</li>
3684           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3685           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3686             retrieved</li>
3687           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3688           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3689             either sequence shows on first structure</li>
3690           <li>'Show annotations' options should not make
3691             non-positional annotations visible</li>
3692           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3693             in right place after 'view flanking regions'</li>
3694           <li>File Save As type unset when current file format is
3695             unknown</li>
3696           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3697             projects</li>
3698           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3699             responsive</li>
3700           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3701             several views on same alignment</li>
3702           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3703           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3704             spaces</li>
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3708           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3709             descriptions containing angle brackets</li>
3710         </ul> <em>General</em>
3711         <ul>
3712           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3713             via jalview annotation file</li>
3714           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3715             with RNA secondary structure</li>
3716           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3717             translation doesn't work.</li>
3718           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3719           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3720             positions</li>
3721           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3722             choosing 1pt font</li>
3723           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3724             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3725             'h'</li>
3726           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3727             new feature</li>
3728           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3729             order dependent</li>
3730           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3731             sequences</li>
3732           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3733         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3734         <ul>
3735           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3736             www.jalview.org</li>
3737         </ul> <em>Application Known issues</em>
3738         <ul>
3739           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3740           <li>Misleading message appears after trying to delete
3741             solid column.</li>
3742           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3743             version launches</li>
3744           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3745             fails with a sequence mismatch</li>
3746           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3747             scrolling alignment to right</li>
3748           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3749             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3750           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3751             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3752           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3753             ultra-high resolution</li>
3754           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3755             quality and conservation</li>
3756           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3757             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3758         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3759         <ul>
3760           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3761           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3762             window is being resized</li>
3763
3764         </ul>
3765       </td>
3766     </tr>
3767     <tr>
3768       <td><div align="center">
3769           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3770         </div></td>
3771       <td><em>General</em>
3772         <ul>
3773           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3774             Certum.PL.</li>
3775           <li>Features and annotation preserved when performing
3776             pairwise alignment</li>
3777           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3778             imported/exported/displayed</li>
3779           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3780             protein secondary structure</li>
3781           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3782               post-hoc with 2.9 release</em>)
3783           </li>
3784
3785         </ul> <em>Application</em>
3786         <ul>
3787           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3788             with 3D structures</li>
3789           <li>Support for parsing RNAML</li>
3790           <li>Annotations menu for layout
3791             <ul>
3792               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3793               <li>place sequence annotation above/below alignment
3794                 annotation</li>
3795             </ul>
3796           <li>Output in Stockholm format</li>
3797           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3798             translation</li>
3799           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3800           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3801             shared between alignments</li>
3802           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3803             Jalview</li>
3804           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3805             all or current selection</li>
3806           <li>disorder and secondary structure predictions
3807             available as dataset annotation</li>
3808           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3809
3810
3811           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3812             alignments from Rfam</li>
3813           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3814
3815           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3816             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3817           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3818           <li>include installation type in build properties and
3819             console log output</li>
3820           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3821             annotation</li>
3822         </ul></td>
3823       <td>
3824         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3825         <ul>
3826           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3827             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3828           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3829             alignment</li>
3830           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3831           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3832           <li>Double click on sequence associated annotation
3833             selects only first column</li>
3834           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3835             leaves shown in tree</li>
3836           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3837             properly</li>
3838           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3839           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3840             screen and buttons not visible</li>
3841           <li>author list isn't updated if already written to
3842             Jalview properties</li>
3843           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3844             from database</li>
3845           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3846           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3847             browser search window</li>
3848           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3849             in feature settings dialog</li>
3850           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3851             desktop</li>
3852           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3853             pass validation</li>
3854           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3855             fit on screen</li>
3856           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3857             tooltip</li>
3858           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3859             defined user preset</li>
3860           <li>MSA web services warns user if they were launched
3861             with invalid input</li>
3862           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3863             Java 8</li>
3864           <li>
3865             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3866             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3867             created
3868           </li>
3869
3870         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3871         <ul>
3872         </ul> <em>General</em>
3873         <ul>
3874         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3875         <ul>
3876           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3877             memory allocation</li>
3878           <li>launchApp service doesn't automatically open
3879             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3880           <li>
3881             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3882             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3883             1.7_055 is available
3884           </li>
3885         </ul> <em>Application Known issues</em>
3886         <ul>
3887           <li>
3888             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3889             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3890             alignment to right
3891           </li>
3892           <li>
3893             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3894             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3895             with large number of ID
3896           </li>
3897           <li>
3898             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3899             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3900             start/end
3901           </li>
3902           <li>
3903             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3904             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3905             structure tracks are rearranged
3906           </li>
3907           <li>
3908             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3909             invalid rna structure positional highlighting does not
3910             highlight position of invalid base pairs
3911           </li>
3912           <li>
3913             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3914             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3915             project from alignment window file menu
3916           </li>
3917           <li>
3918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3919             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3920             structures
3921           </li>
3922           <li>
3923             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3924             colour by RNA Helices not enabled when user created
3925             annotation added to alignment
3926           </li>
3927           <li>
3928             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3929             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3930           </li>
3931         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3932         <ul>
3933           <li>
3934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3935             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3936           </li>
3937           <li>
3938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3939             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3940           </li>
3941
3942           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3943             when selected</li>
3944         </ul>
3945       </td>
3946     </tr>
3947     <tr>
3948       <td><div align="center">
3949           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3950         </div></td>
3951       <td>
3952         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3953         <em>General</em>
3954         <ul>
3955           <li>Internationalisation of user interface (usually
3956             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3957           <li>Define/Undefine group on current selection with
3958             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3959           <li>Improved group creation/removal options in
3960             alignment/sequence Popup menu</li>
3961           <li>Sensible precision for symbol distribution
3962             percentages shown in logo tooltip.</li>
3963           <li>Annotation panel height set according to amount of
3964             annotation when alignment first opened</li>
3965         </ul> <em>Application</em>
3966         <ul>
3967           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3968             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3969           <li>Select columns containing particular features from
3970             Feature Settings dialog</li>
3971           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3972             sequences</li>
3973           <li>Update Jalview project format:
3974             <ul>
3975               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3976               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3977                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3978               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3979                 colouring</li>
3980             </ul>
3981           </li>
3982           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3983             (PAM250)</li>
3984           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3985             flanking regions for an alignment</li>
3986         </ul>
3987       </td>
3988       <td>
3989         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3990         <ul>
3991           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3992             running after job is cancelled</li>
3993           <li>cannot export features from alignments imported from
3994             Jalview/VAMSAS projects</li>
3995           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3996             float values</li>
3997           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3998             have 'display all symbols' flag set</li>
3999           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4000             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4001           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4002             Jalview</li>
4003           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4004             Lion/Webstart</li>
4005           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4006           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4007           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4008             alignment onto desktop</li>
4009           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4010             'extract scores' function</li>
4011           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4012             alignment window</li>
4013           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4014             performing IUPred disorder prediction</li>
4015           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4016             changing 'normalise logo' display setting</li>
4017           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4018             nothing matches query</li>
4019           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4020             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4021           </li>
4022           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4023             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4024           </li>
4025           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4026             Jalview's menu</li>
4027           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4028             'invalid literal/length code'</li>
4029           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4030             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4031           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4032             colourscheme</li>
4033
4034         </ul> <em>Applet</em>
4035         <ul>
4036           <li>Remove group option is shown even when selection is
4037             not a group</li>
4038           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4039             don't affect groups</li>
4040           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4041             colourscheme name</li>
4042           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4043             Annotation panel is not displayed</li>
4044           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4045             embedded windows</li>
4046         </ul> <em>Other</em>
4047         <ul>
4048           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4049             single sequence were not calculated</li>
4050           <li>annotation files that contain only groups imported as
4051             annotation and junk sequences</li>
4052           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4053             recognised as PFAM or BLC</li>
4054           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4055             doesn't affect background (2.8.0b1)
4056           <li></li>
4057           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4058           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4059             trailing gaps</li>
4060           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4061             registered correctly on import</li>
4062           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4063             certain alignments</li>
4064           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4065             existing annotation based 'use original colours'
4066             colourscheme loses original colours setting</li>
4067         </ul>
4068       </td>
4069     </tr>
4070     <tr>
4071       <td><div align="center">
4072           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4073             <em>30/1/2014</em></strong>
4074         </div></td>
4075       <td>
4076         <ul>
4077           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4078             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4079             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4080             open source project).
4081           </li>
4082           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4083           <li>Output in Stockholm format</li>
4084           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4085           <li>Export/import group and sequence associated line
4086             graph thresholds</li>
4087           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4088             ambiguity codes</li>
4089           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4090             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4091             works</li>
4092           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4093         </ul> <em>Other improvements</em>
4094         <ul>
4095           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4096           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4097             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4098           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4099             files</li>
4100           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4101           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4102             link but no description</li>
4103           <li>Select primary source when selecting authority in
4104             database fetcher GUI</li>
4105           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4106             Jalview</li>
4107           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4108         </ul>
4109       </td>
4110       <td>
4111         <ul>
4112           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4113             displayed</li>
4114           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4115             secondary structure annotation line</li>
4116           <li>Sequence database accessions not imported when
4117             fetching alignments from Rfam</li>
4118           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4119             identical IDs</li>
4120           <li>View all structures does not always superpose
4121             structures</li>
4122           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4123             reflect user or preset settings</li>
4124           <li>Null pointer exceptions for some services without
4125             presets or adjustable parameters</li>
4126           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4127             discover PDB xRefs</li>
4128           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4129             features with DAS</li>
4130           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4131             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4132           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4133             residue follows a gap</li>
4134           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4135             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4136           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4137             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4138           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4139             annotation already exists on alignment</li>
4140           <li>oninit javascript function should be called after
4141             initialisation completes</li>
4142           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4143             alignment window display</li>
4144           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4145           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4146             to annotation file</li>
4147           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4148             groups created</li>
4149           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4150             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4151           <li>Pressing return several times causes Number Format
4152             exceptions in keyboard mode</li>
4153           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4154             correct partitions for input data</li>
4155           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4156           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4157           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4158           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4159             mode</li>
4160           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4161             changes one row&#39;s threshold</li>
4162           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4163             doesn&#39;t open</li>
4164           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4165             quality histograms</li>
4166         </ul>
4167       </td>
4168     </tr>
4169     <tr>
4170       <td><div align="center">
4171           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4172         </div></td>
4173       <td><em>Application</em>
4174         <ul>
4175           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4176             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4177           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4178             preferences</li>
4179           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4180             in Jalview alignment window</li>
4181           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4182             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4183           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4184             RNA and ambiguity codes</li>
4185
4186           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4187           <li>Support fetching and database reference look up
4188             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4189             refs')</li>
4190           <li>Jalview project improvements
4191             <ul>
4192               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4193                 flag for annotation</li>
4194               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4195                 alignment</li>
4196               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4197                 Jalview project</li>
4198
4199             </ul>
4200           </li>
4201           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4202           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4203             running</li>
4204           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4205           <li>visual indication that web service results are still
4206             being retrieved from server</li>
4207           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4208             starts up for first time</li>
4209           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4210             services</li>
4211           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4212             client library</li>
4213           <li>Examples directory and Groovy library included in
4214             InstallAnywhere distribution</li>
4215         </ul> <em>Applet</em>
4216         <ul>
4217           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4218             visualization applet example</li>
4219         </ul> <em>General</em>
4220         <ul>
4221           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4222           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4223             defaults</li>
4224           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4225             calculation</li>
4226           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4227             matrices
4228           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4229             in HTML</li>
4230           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4231             structure contacts</li>
4232           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4233           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4234           <li>Parse sequence associated secondary structure
4235             information in Stockholm files</li>
4236           <li>HTML Export database accessions and annotation
4237             information presented in tooltip for sequences</li>
4238           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4239             style RNA alignment files</li>
4240           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4241             alignment</li>
4242           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4243             shade each sequence according to its associated alignment
4244             annotation</li>
4245           <li>New Jalview Logo</li>
4246         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4247         <ul>
4248           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4249           <li>New Website!</li>
4250         </ul></td>
4251       <td><em>Application</em>
4252         <ul>
4253           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4254             wsdbfetch REST service</li>
4255           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4256           <li>Filetype associations not installed for webstart
4257             launch</li>
4258           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4259             job execution in full once it is complete</li>
4260           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4261             uploaded via ali_file parameter</li>
4262           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4263           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4264           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4265             submitted for prediction</li>
4266           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4267             desktop window</li>
4268           <li>Putting fractional value into integer text box in
4269             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4270           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4271             windows 7</li>
4272           <li>View all structures fails with exception shown in
4273             structure view</li>
4274           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4275             escaped in a platform independent way</li>
4276           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4277             using proxy</li>
4278           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4279             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4280           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4281             failure when java web start temporary file caching is
4282             disabled</li>
4283           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4284             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4285           <li>Errors during processing of command line arguments
4286             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4287           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4288             DAS sources in sequence fetcher</li>
4289           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4290             dialog is shown</li>
4291           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4292           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4293           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4294           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4295             on OSX Mountain Lion</li>
4296           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4297             sequences with alignment annotation are pasted into the
4298             alignment</li>
4299           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4300             when loaded from Jalview project</li>
4301           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4302           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4303             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4304           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4305             associated with all views</li>
4306           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4307             annotation rows to new window</li>
4308         </ul> <em>Applet</em>
4309         <ul>
4310           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4311             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4312           <li>loading features via javascript API automatically
4313             enables feature display</li>
4314           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4315             work</li>
4316         </ul> <em>General</em>
4317         <ul>
4318           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4319           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4320             and then deselected</li>
4321           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4322           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4323             coloured with clustalx</li>
4324           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4325             exceptions and redraw errors</li>
4326           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4327             reconfigured view</li>
4328           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4329             colour</li>
4330           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4331             for lots of labels</li>
4332         </ul>
4333     </tr>
4334     <tr>
4335       <td>
4336         <div align="center">
4337           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4338         </div>
4339       </td>
4340       <td><em>Application</em>
4341         <ul>
4342           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4343           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4344           <li>View/alignment association menu to enable user to
4345             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4346             its colours/correspondences from</li>
4347           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4348           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4349             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4350           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4351           <li>Annotation row column label formatting attributes
4352             stored in project file</li>
4353           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4354             rows preserved in Jalview project file</li>
4355           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4356             saved using Desktop window menu</li>
4357           <li>Visual indication that command line arguments are
4358             still being processed</li>
4359           <li>Groovy script execution from URL</li>
4360           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4361             preferences</li>
4362           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4363             alignment with sequences that have high similarity and
4364             matching IDs</li>
4365           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4366           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4367             structures in same window</li>
4368           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4369           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4370             analysis function in its own submenu</li>
4371         </ul> <em>Applet</em>
4372         <ul>
4373           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4374             groups</li>
4375           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4376           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4377           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4378           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4379           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4380             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4381           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4382           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4383             parameters are treated as such</li>
4384           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4385             <ul>
4386               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4387               <li>Javascript callbacks for
4388                 <ul>
4389                   <li>Applet initialisation</li>
4390                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4391                 </ul>
4392               </li>
4393               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4394                 functions</li>
4395               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4396               <li>javascript structure viewer harness to pass
4397                 messages between Jmol and Jalview when running as
4398                 distinct applets</li>
4399               <li>sortBy method</li>
4400               <li>Set of applet and application examples shipped
4401                 with documentation</li>
4402               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4403                 javascript message exchange</li>
4404             </ul>
4405         </ul> <em>General</em>
4406         <ul>
4407           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4408             multiple alignments</li>
4409           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4410           <li>User configurable link to enable redirects to a
4411             www.Jalview.org mirror</li>
4412           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4413           <li>Configurable newline string when writing alignment
4414             and other flat files</li>
4415           <li>Allow alignment annotation description lines to
4416             contain html tags</li>
4417         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4418         <ul>
4419           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4420             examples</li>
4421           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4422             using a web service before displaying the result in the
4423             Jalview desktop</li>
4424           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4425           <li>Ant target to publish example html files with applet
4426             archive</li>
4427           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4428           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4429         </ul></td>
4430       <td><em>Application</em>
4431         <ul>
4432           <li>User defined colourscheme throws exception when
4433             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4434           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4435             dialog for valid filename/format</li>
4436           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4437           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4438             P37173</li>
4439           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4440             which sequence is to be associated with the file</li>
4441           <li>Find All raises null pointer exception when query
4442             only matches sequence IDs</li>
4443           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4444           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4445             2.4 cannot be loaded</li>
4446           <li>Filetype associations not installed for webstart
4447             launch</li>
4448           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4449             with sequences in different alignments do not get coloured
4450             by their associated sequence</li>
4451           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4452             not preserved when project is loaded</li>
4453           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4454             stored in Jalview project</li>
4455           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4456             Jalview project</li>
4457           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4458           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4459             by conservation</li>
4460           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4461             created on new view</li>
4462           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4463             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4464           <li>Alignment quality not updated after alignment
4465             annotation row is hidden then shown</li>
4466           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4467             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4468           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4469             properly</li>
4470           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4471             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4472           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4473           <li>Structures imported from file and saved in project
4474             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4475           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4476             job execution in full once it is complete</li>
4477         </ul> <em>Applet</em>
4478         <ul>
4479           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4480             annotation rows are displayed</li>
4481           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4482             codebase</li>
4483           <li>View follows highlighting does not work for positions
4484             in sequences</li>
4485           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4486           <li>Export features raises exception when no features
4487             exist</li>
4488           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4489             for javascript api is modified when separator string
4490             provided as parameter</li>
4491           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4492             alignment with no existing selection</li>
4493           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4494             to applet&#39;s codebase</li>
4495           <li>Status bar not updated after finished searching and
4496             search wraps around to first result</li>
4497           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4498             several Jalview applets causes race conditions and memory
4499             leaks</li>
4500           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4501             not sent from Jmol in applet</li>
4502           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4503             applet API fatally hang browser</li>
4504         </ul> <em>General</em>
4505         <ul>
4506           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4507             position with wrapped view and hidden regions</li>
4508           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4509             with/without hidden columns</li>
4510           <li>Sequence length given in alignment properties window
4511             is off by 1</li>
4512           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4513             import PDB like structure files</li>
4514           <li>Positional search results are only highlighted
4515             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4516           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4517           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4518             given sequence position</li>
4519           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4520             output</li>
4521           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4522             from nucleotide chains correctly</li>
4523           <li>Structure colours not updated when tree partition
4524             changed in alignment</li>
4525           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4526             parsed in interleaved stockholm</li>
4527           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4528             state</li>
4529           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4530             properly</li>
4531           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4532             properly associated with their pdb files</li>
4533         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4534         <ul>
4535           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4536             ApplyCopyright tool</li>
4537         </ul></td>
4538     </tr>
4539     <tr>
4540       <td>
4541         <div align="center">
4542           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4543         </div>
4544       </td>
4545       <td><em>Application</em>
4546         <ul>
4547           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4548             contact web services</li>
4549           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4550             service job window</li>
4551           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4552         </ul></td>
4553       <td>
4554         <ul>
4555           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4556             pir file emitted by Jalview</li>
4557           <li>Existing feature settings transferred to new
4558             alignment view created from cut'n'paste</li>
4559           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4560             parsing PDB files</li>
4561           <li>Consensus and conservation annotation rows
4562             occasionally become blank for all new windows</li>
4563           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4564             in wrapped view mode</li>
4565         </ul> <em>Application</em>
4566         <ul>
4567           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4568             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4569           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4570             parameter names</li>
4571           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4572             is down</li>
4573         </ul>
4574       </td>
4575     </tr>
4576     <tr>
4577       <td>
4578         <div align="center">
4579           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4580         </div>
4581       </td>
4582       <td><em>Application</em>
4583         <ul>
4584           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4585             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4586             (JABAWS)
4587           </li>
4588           <li>Web Services preference tab</li>
4589           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4590             preferences</li>
4591           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4592           <li>Superpose structures using associated sequence
4593             alignment</li>
4594           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4595             viewer</li>
4596         </ul> <em>Applet</em>
4597         <ul>
4598           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4599             link out mechanism</li>
4600         </ul> <em>Other</em>
4601         <ul>
4602           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4603             series 12</li>
4604           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4605             require Java 1.5</li>
4606           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4607             sequence annotation files</li>
4608           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4609             type colour specification</li>
4610           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4611             script to check if it being run in an interactive session or
4612             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4613         </ul></td>
4614       <td>
4615         <ul>
4616           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4617             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4618         </ul> <em>Application</em>
4619         <ul>
4620           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4621             selected Regions menu item</li>
4622           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4623             part of a valid accession ID</li>
4624           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4625             runs out of memory</li>
4626           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4627             analysis results</li>
4628           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4629             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4630           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4631         </ul> <em>Applet</em>
4632         <ul>
4633           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4634             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4635             defined.</li>
4636         </ul>
4637       </td>
4638     </tr>
4639     <tr>
4640       <td>
4641         <div align="center">
4642           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4643         </div>
4644       </td>
4645       <td></td>
4646       <td>
4647         <ul>
4648           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4649             sequence IDs</li>
4650           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4651             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4652           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4653             import correctly</li>
4654           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4655             number of columns are hidden</li>
4656           <li>annotation label popup menu not providing correct
4657             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4658             present</li>
4659           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4660             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4661           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4662             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4663
4664         </ul> <em>Applet</em>
4665         <ul>
4666           <li>annotation panel disappears when annotation is
4667             hidden/removed</li>
4668         </ul> <em>Application</em>
4669         <ul>
4670           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4671             alignment opened where annotation panel is visible but no
4672             annotations are present on alignment</li>
4673           <li>pasted region containing hidden columns is
4674             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4675           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4676             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4677           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4678             selected Rregions menu item.</li>
4679           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4680             'Un' or 'Non'conserved</li>
4681           <li>Sequence feature settings are being shared by
4682             multiple distinct alignments</li>
4683           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4684             changed</li>
4685           <li>double click on group annotation to select sequences
4686             does not propagate to associated trees</li>
4687           <li>Mac OSX specific issues:
4688             <ul>
4689               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4690                 window background</li>
4691               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4692                 name set correctly</li>
4693               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4694                 save feature colourscheme button</li>
4695             </ul>
4696           </li>
4697         </ul>
4698       </td>
4699     </tr>
4700     <tr>
4701
4702       <td>
4703         <div align="center">
4704           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4705         </div>
4706       </td>
4707       <td><em>New Capabilities</em>
4708         <ul>
4709           <li>URL links generated from description line for
4710             regular-expression based URL links (applet and application)
4711
4712
4713           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4714             menu</li>
4715           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4716             structures</li>
4717           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4718             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4719           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4720             average score or total feature count for each sequence.</li>
4721           <li>Shading features by score or associated description</li>
4722           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4723             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4724           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4725             hide everything but the currently selected region.</li>
4726           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4727         </ul> <em>Application</em>
4728         <ul>
4729           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4730             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4731           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4732             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4733           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4734             database references and protein_name is parsed as
4735             description line (BioSapiens terms).</li>
4736           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4737             references in sequence ID tooltip from View menu in
4738             application.</li>
4739           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4740       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4741           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4742             conservation plots</li>
4743           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4744             and visualized as sequence logos</li>
4745           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4746             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4747           </li>
4748           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4749             when a new tree is opened.</li>
4750           <li>Jalview Java Console</li>
4751           <li>Better placement of desktop window when moving
4752             between different screens.</li>
4753           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4754             consensus annotation</li>
4755           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4756             Workflows</li>
4757           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4758             <ul>
4759               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4760                 used to preserve views, structures, and tree display
4761                 settings)</li>
4762               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4763                 command line</li>
4764               <li>Sharing of selected regions between views and
4765                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4766               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4767             </ul></li>
4768         </ul> <em>Applet</em>
4769         <ul>
4770           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4771           <li>New Parameters
4772             <ul>
4773               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4774                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4775                 opened.</li>
4776               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4777                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4778               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4779                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4780               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4781                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4782                 view</li>
4783               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4784                 increase the height or width of a cell in the alignment
4785                 grid relative to the current font size.</li>
4786             </ul>
4787           </li>
4788           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4789             tooltip</li>
4790         </ul> <em>Other</em>
4791         <ul>
4792           <li>Features format: graduated colour definitions and
4793             specification of feature scores</li>
4794           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4795             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4796             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4797           <li>XML formats extended to support graduated feature
4798             colourschemes, group associated annotation, and profile
4799             visualization settings.</li></td>
4800       <td>
4801         <ul>
4802           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4803             rather than description</li>
4804           <li>Non-positional features are now included in sequence
4805             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4806             visibility in tooltip).</li>
4807           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4808           <li>Added URL embedding instructions to features file
4809             documentation.</li>
4810           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4811             'X' in peptide product</li>
4812           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4813             sequence ID and sequence string and query strings do not
4814             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4815           <li>AMSA files only contain first column of
4816             multi-character column annotation labels</li>
4817           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4818             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4819             exported and re-imported)</li>
4820           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4821             name</li>
4822           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4823             as subsequence matches, and correctly reports total number
4824             of both.</li>
4825           <li>Application:
4826             <ul>
4827               <li>Better handling of exceptions during sequence
4828                 retrieval</li>
4829               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4830                 link text excludes the start_end suffix</li>
4831               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4832                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4833               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4834               <li>Sequence description lines properly shared via
4835                 VAMSAS</li>
4836               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4837                 data sources</li>
4838               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4839                 completes before alignment figures are generated.</li>
4840               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4841                 first time.</li>
4842               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4843                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4844               <li>User defined group colours properly recovered
4845                 from Jalview projects.</li>
4846             </ul>
4847           </li>
4848         </ul>
4849       </td>
4850
4851     </tr>
4852     <tr>
4853       <td>
4854         <div align="center">
4855           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4856         </div>
4857       </td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>Experimental support for google analytics usage
4861             tracking.</li>
4862           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865       <td>
4866         <ul>
4867           <li>Race condition in applet preventing startup in
4868             jre1.6.0u12+.</li>
4869           <li>Exception when feature created from selection beyond
4870             length of sequence.</li>
4871           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4872           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4873             all sequences with a given id</li>
4874           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4875             ID string searches</li>
4876           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4877             alignment to fail with exception</li>
4878         </ul> <em>Application Issues</em>
4879         <ul>
4880           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4881           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4882             data sources</li>
4883         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4884         <ul>
4885           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4886             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4887           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4888             version (java class versioning error fixed)</li>
4889         </ul>
4890       </td>
4891     </tr>
4892     <tr>
4893       <td>
4894
4895         <div align="center">
4896           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4897         </div>
4898       </td>
4899       <td><em>User Interface</em>
4900         <ul>
4901           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4902             translation and protein products</li>
4903           <li>Linked highlighting of structure associated with
4904             residue mapping to codon position</li>
4905           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4906             and 'clear' button</li>
4907           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4908             Tools menu</li>
4909           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4910             numeric data in description line</li>
4911           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4912           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4913             of sequence</li>
4914         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4915         <ul>
4916           <li>JPred3 web service</li>
4917           <li>Prototype sequence search client (no public services
4918             available yet)</li>
4919           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4920             PFAM</li>
4921           <li>URL Links created for matching database cross
4922             references as well as sequence ID</li>
4923           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4924         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4925         <ul>
4926           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4927             databases</li>
4928           <li>Generalised database reference retrieval and
4929             validation to all fetchable databases</li>
4930           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4931             sequence command</li>
4932         </ul> <em>Import and Export</em>
4933         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4934         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4935           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4936         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4937           File</li>
4938         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4939           triplet as name of colourscheme</li>
4940         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4941         <ul>
4942           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4943           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4944             alignments (experimental)</li>
4945           <li>Create new or select existing session to join</li>
4946           <li>load and save of vamsas documents</li>
4947         </ul> <em>Application command line</em>
4948         <ul>
4949           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4950             from applet)</li>
4951           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4952             of DAS servers to query for alignment features</li>
4953           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4954             that are also automatically queried for features</li>
4955           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4956             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4957         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4958         <ul>
4959           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4960             application (when using &quot;View in full
4961             application&quot;)</li>
4962         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4963         <ul>
4964           <li>feature group display control parameter</li>
4965           <li>debug parameter</li>
4966           <li>showbutton parameter</li>
4967         </ul> <em>Applet API methods</em>
4968         <ul>
4969           <li>newView public method</li>
4970           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4971           <li>Feature display control methods</li>
4972           <li>get list of currently selected sequences</li>
4973         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4974         <ul>
4975           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4976           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4977             Jalview release.</li>
4978           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4979             property controls execution of obfuscator</li>
4980           <li>Build target for generating source distribution</li>
4981           <li>Debug flag for javacc</li>
4982           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4983             jalview.bin.Cache</li>
4984           <li>Continuous Build Integration for stable and
4985             development version of Application, Applet and source
4986             distribution</li>
4987         </ul></td>
4988       <td>
4989         <ul>
4990           <li>selected region output includes visible annotations
4991             (for certain formats)</li>
4992           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4993             for editing</li>
4994           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4995           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4996           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4997           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4998             comments</li>
4999           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5000             filenames containing a ':'</li>
5001           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5002             global sequence features</li>
5003           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5004             references from alignment sequences goes to zero</li>
5005           <li>Close of tree branch colour box without colour
5006             selection causes cascading exceptions</li>
5007           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5008           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5009             file parsing fails.</li>
5010           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5011           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5012             not a valid output format</li>
5013           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5014             vamsas</li>
5015           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5016           <li>error messages passed up and output when data read
5017             fails</li>
5018           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5019             sequence is edited</li>
5020           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5021             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5022           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5023             filetype</li>
5024           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5025             import fixed for PFAM records</li>
5026           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5027             window list</li>
5028           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5029             can be read and written correctly to annotation file</li>
5030           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5031             correctly</li>
5032           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5033             non-italic font for representatives in Applet</li>
5034           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5035             Macs.</li>
5036           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5037             Applet)</li>
5038           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5039             due to null pointer exceptions</li>
5040           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5041             first column of alignment</li>
5042           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5043             July 2008</li>
5044           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5045             file is case-insensitive</li>
5046           <li>Sequence features read from Features file appended to
5047             all sequences with matching IDs</li>
5048           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5049             containing a sub-sequence</li>
5050           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5051           <li>feature and annotation file applet parameters
5052             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5053           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5054           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5055             splash-screen version check to complete</li>
5056           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5057             when passing them to the launchApp service</li>
5058           <li>display name and local features preserved in results
5059             retrieved from web service</li>
5060           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5061             sequence fetcher initialisation</li>
5062           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5063             dasobert DAS client</li>
5064           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5065             association</li>
5066           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5067             sequences
5068           </li>
5069         </ul>
5070       </td>
5071     </tr>
5072     <tr>
5073       <td>
5074         <div align="center">
5075           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5076         </div>
5077       </td>
5078       <td>
5079         <ul>
5080           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5081           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5082           <li>Slide sequences</li>
5083           <li>Edit sequence in place</li>
5084           <li>EMBL CDS features</li>
5085           <li>DAS Feature mapping</li>
5086           <li>Feature ordering</li>
5087           <li>Alignment Properties</li>
5088           <li>Annotation Scores</li>
5089           <li>Sort by scores</li>
5090           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5091         </ul>
5092       </td>
5093       <td>
5094         <ul>
5095           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5096           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5097           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5098           <li>Feature group display state in XML</li>
5099           <li>Feature ordering in XML</li>
5100           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5101           <li>Stockholm alignment properties</li>
5102           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5103           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5104           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5105           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5106         </ul>
5107       </td>
5108
5109     </tr>
5110     <tr>
5111       <td>
5112         <div align="center">
5113           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5114         </div>
5115       </td>
5116       <td>
5117         <ul>
5118           <li>Non standard characters can be read and displayed
5119           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5120             applet via textbox
5121           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5122             name &amp; description
5123           <li>Preference setting to display sequence name in
5124             italics
5125           <li>Annotation file format extended to allow
5126             Sequence_groups to be defined
5127           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5128             specified in preferences
5129           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5130             sequences
5131         </ul>
5132       </td>
5133       <td>
5134         <ul>
5135           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5136             installed
5137           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5138           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5139         </ul>
5140       </td>
5141     </tr>
5142     <tr>
5143       <td>
5144         <div align="center">
5145           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5146         </div>
5147       </td>
5148       <td>
5149         <ul>
5150           <li>Multiple views on alignment
5151           <li>Sequence feature editing
5152           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5153           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5154           <li>Background dependent text colour
5155           <li>Right align sequence ids
5156           <li>User-defined lower case residue colours
5157           <li>Format Menu
5158           <li>Select Menu
5159           <li>Menu item accelerator keys
5160           <li>Control-V pastes to current alignment
5161           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5162           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5163           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5164
5165
5166           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5167         </ul>
5168       </td>
5169       <td>
5170         <ul>
5171           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5172           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5173             calculations
5174           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5175             edits
5176           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5177             of alignment)
5178           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5179
5180
5181           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5182             display correctly
5183           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5184           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5185             analysis results
5186           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5187             &#8739;
5188           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5189           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5190           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5191
5192
5193         </ul>
5194       </td>
5195     </tr>
5196     <tr>
5197       <td>
5198         <div align="center">
5199           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5200         </div>
5201       </td>
5202       <td>
5203         <ul>
5204           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5205         </ul>
5206       </td>
5207       <td>
5208         <ul>
5209           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5210             sequence id panel has been resized</li>
5211           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5212             rendered</li>
5213           <li>Annotation files with sequence references - all
5214             elements in file are relative to sequence position</li>
5215           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5216         </ul>
5217       </td>
5218     </tr>
5219     <tr>
5220       <td>
5221         <div align="center">
5222           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5223         </div>
5224       </td>
5225       <td>
5226         <ul>
5227           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5228           <li>DAS Feature fetching</li>
5229           <li>Hide sequences and columns</li>
5230           <li>Export Annotations and Features</li>
5231           <li>GFF file reading / writing</li>
5232           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5233             files</li>
5234           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5235           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5236           <li>Applet can launch the full application</li>
5237           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5238             required)</li>
5239           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5240           <li>Applet can load sequences from parameter
5241             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5242           </li>
5243         </ul>
5244       </td>
5245       <td>
5246         <ul>
5247           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5248           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5249           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5250         </ul>
5251       </td>
5252     </tr>
5253     <tr>
5254       <td>
5255         <div align="center">
5256           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5257         </div>
5258       </td>
5259       <td>
5260         <ul>
5261           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5262           <li>Choose to match case when searching</li>
5263           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5264             expand the visible width and height of the alignment</li>
5265         </ul>
5266       </td>
5267       <td>
5268         <ul>
5269           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5270         </ul>
5271       </td>
5272     </tr>
5273     <tr>
5274       <td>
5275         <div align="center">
5276           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5277         </div>
5278       </td>
5279       <td>&nbsp;</td>
5280       <td>
5281         <ul>
5282           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5283           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5284             value</li>
5285         </ul>
5286       </td>
5287     </tr>
5288     <tr>
5289       <td>
5290         <div align="center">
5291           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5292         </div>
5293       </td>
5294       <td>
5295         <ul>
5296           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5297           <li>Keyboard editing</li>
5298           <li>Create sequence features from searches</li>
5299           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5300             alignments</li>
5301           <li>Features file allows grouping of features</li>
5302           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5303           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5304           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5305         </ul>
5306       </td>
5307       <td>
5308         <ul>
5309           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5310           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5311             descriptions saved.</li>
5312         </ul>
5313       </td>
5314     </tr>
5315     <tr>
5316       <td>
5317         <div align="center">
5318           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5319         </div>
5320       </td>
5321       <td>
5322         <ul>
5323           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5324           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5325           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5326             name for file output</li>
5327           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5328           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5329             used for HTML form input</li>
5330         </ul>
5331       </td>
5332       <td>
5333         <ul>
5334           <li>HTML output writes groups and features</li>
5335           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5336           <li>File IO bugs</li>
5337         </ul>
5338       </td>
5339     </tr>
5340     <tr>
5341       <td>
5342         <div align="center">
5343           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5344         </div>
5345       </td>
5346       <td>
5347         <ul>
5348           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5349           <li>More options for PCA viewer</li>
5350         </ul>
5351       </td>
5352       <td>
5353         <ul>
5354           <li>GUI bugs resolved</li>
5355           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5356         </ul>
5357       </td>
5358     </tr>
5359     <tr>
5360       <td height="63">
5361         <div align="center">
5362           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5363         </div>
5364       </td>
5365       <td>
5366         <ul>
5367           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5368           <li>Jar files are executable</li>
5369           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5370         </ul>
5371       </td>
5372       <td>
5373         <ul>
5374           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5375           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5376           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5377         </ul>
5378       </td>
5379     </tr>
5380     <tr>
5381       <td>
5382         <div align="center">
5383           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5384         </div>
5385       </td>
5386       <td>
5387         <ul>
5388           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5389         </ul>
5390       </td>
5391       <td>
5392         <ul>
5393           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5394         </ul>
5395       </td>
5396     </tr>
5397     <tr>
5398       <td>
5399         <div align="center">
5400           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5401         </div>
5402       </td>
5403       <td>
5404         <ul>
5405           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5406             size</li>
5407         </ul>
5408       </td>
5409       <td>
5410         <ul>
5411           <li>Improved JPred client reliability</li>
5412           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5413         </ul>
5414       </td>
5415     </tr>
5416     <tr>
5417       <td>
5418         <div align="center">
5419           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5420         </div>
5421       </td>
5422       <td>
5423         <ul>
5424           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5425           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5426           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5427             to Colour Menu</li>
5428           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5429           <li>Unix users can set default web browser</li>
5430           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5431           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5432         </ul>
5433       </td>
5434       <td>
5435         <ul>
5436           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5437         </ul>
5438       </td>
5439     </tr>
5440     <tr>
5441       <td>
5442         <div align="center">
5443           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5444         </div>
5445       </td>
5446       <td>&nbsp;</td>
5447       <td>
5448         <ul>
5449           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5450             alignment order.</li>
5451         </ul>
5452       </td>
5453     </tr>
5454     <tr>
5455       <td>
5456         <div align="center">
5457           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5458         </div>
5459       </td>
5460       <td>
5461         <ul>
5462           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5463           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5464           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5465             annotations.</li>
5466           <li>Version and build date written to build properties
5467             file.</li>
5468           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5469             at launch of Jalview.</li>
5470         </ul>
5471       </td>
5472       <td>
5473         <ul>
5474           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5475           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5476           <li>Can remove groups one by one.</li>
5477           <li>Filechooser icons installed.</li>
5478           <li>Finder ignores return character when searching.
5479             Return key will initiate a search.<br>
5480           </li>
5481         </ul>
5482       </td>
5483     </tr>
5484     <tr>
5485       <td>
5486         <div align="center">
5487           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5488         </div>
5489       </td>
5490       <td>
5491         <ul>
5492           <li>New codebase</li>
5493         </ul>
5494       </td>
5495       <td>&nbsp;</td>
5496     </tr>
5497   </table>
5498   <p>&nbsp;</p>
5499 </body>
5500 </html>