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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245         </ul>
 246       </td>
 247     <td align="left" valign="top">
 248         <ul>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 255                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 256                                         </li>
 257                                         <li>
 258             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 259           <li>
 260             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 261             Jalview project involving multiple views</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 264             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 265             Annotation dialog hides columns</li>
 266           <li>
 267             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 268             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 269             selection in one view, then making another selection in the
 270             other view</li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 275             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 278             or the overview updates with large alignments</li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 281             region if columns were selected by dragging right-to-left
 282             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 283             <li>
 284             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 285             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 288             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 291             on export as Jalview features file</li>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 294                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 298             printed when columns are hidden</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 303             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 308           <li>
 309             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 318             opening an alignment</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 323             different groups in the alignment are selected</li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 330           <li>
 331             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 344           <li>
 345             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 348         </ul>
 349         <em>Editing</em>
 350         <ul>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 353             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 354             via 'Edit' sequence</li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 357             sequence features correctly when start of sequence is
 358             removed (Known defect since 2.10)</li>
 359         </ul><em>New Known Defects</em>
 360         <ul>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 365                                         <li>
 366                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 367                                                 columns within hidden columns
 368                                         </li>
 369                                         <li>
 370                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 371                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 372                                                 region
 373                                         </li>
 374                                 </ul>
 375       </td>
 376     </tr>
 377     <tr>
 378     <td width="60" nowrap>
 379       <div align="center">
 380         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 381       </div>
 382     </td>
 383     <td><div align="left">
 384         <em></em>
 385         <ul>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 388               InstallAnywhere increased to 1G.
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 392               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 393               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 394                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 395                 properties file.</em>
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 399               API and sequence data now imported as JSON.
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 403               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 404               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 405               property.
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Development</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 412               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 413                 Clover</a>
 414             </li>
 415           </ul>
 416         </div></td>
 417     <td><div align="left">
 418         <em></em>
 419         <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 422               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 423               alignment.
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 427               annotation displayed.
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 431               for newly created group when 'Apply to all groups'
 432               selected
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 436               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 437               visible.
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 441               when sequences are selected in exported view.</em>
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 445               aren't rendered with correct colour.
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 449               types of knotted RNA secondary structure.
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 453               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 454               do not start at 1.
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 458               annotation when columns are inserted into an alignment,
 459               and when exporting as Stockholm flatfile.
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 463               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 464               treated as RNA secondary structure.
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 468               (not .jar) when saving a jalview project file.
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 472               transfers focus to previous window on OSX
 473             </li>
 474           </ul>
 475           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 476           <ul>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 479               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 480               box.
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 484               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 485               'look and feel' which has improved compatibility with the
 486               latest version of OSX.
 487             </li>
 488           </ul>
 489         </div>
 490     </td>
 491     </tr>
 492     <tr>
 493       <td width="60" nowrap>
 494         <div align="center">
 495           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 496             <em>7/06/2018</em></strong>
 497         </div>
 498       </td>
 499       <td><div align="left">
 500           <em></em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 504               annotation retrieved from Uniprot
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 508               onto the Jalview Desktop
 509             </li>
 510           </ul>
 511         </div></td>
 512       <td><div align="left">
 513           <em></em>
 514           <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 517               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 521               right-hand column parsed correctly
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 525               not alignment area in exported graphic
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 529               window has input focus
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 533               annotation added to view (Windows)
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 537               network connectivity is poor
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 541               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 542                 the currently open URL and links from a page viewed in
 543                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 544                 you are using Edge, only links in the page can be
 545                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 546                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 547             </li>
 548           </ul>
 549         </div></td>
 550     </tr>
 551     <tr>
 552       <td width="60" nowrap>
 553         <div align="center">
 554           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 555         </div>
 556       </td>
 557       <td><div align="left">
 558           <em></em>
 559           <ul>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 562               for disabling automatic superposition of multiple
 563               structures and open structures in existing views
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 567               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 568               adjust them.
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 572               Ensembl services
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 576               and lots of hidden columns
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 580               of features (particularly when transparency is disabled)
 581             </li>
 582                                                 <li>
 583                                                         <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 584                                                         exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 585                                                         generally available
 586                                                 </li>
 587                                         </ul>
 588           </div>
 589       </td>
 590       <td><div align="left">
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 594               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 598               overlapping alignment panel
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 602               sequence as gaps
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 606               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 607               UTR
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 611               factor annotation not added to sequence when local PDB
 612               file associated with it by drag'n'drop or structure
 613               chooser
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 617               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 621               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 625               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 629               columns in annotation row
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 633               honored in batch mode
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 637               for structures added to existing Jmol view
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 641               entries after importing project with multiple views
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 645               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 646               with negative residue numbers or missing residues fails
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 650               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 651               as generated by CONSURF)
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 655               tooltip doesn't include a text description of mutation
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 659               structure and/or overview windows are also shown
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 663               very slow for alignments with large numbers of sequences
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 667               with 'StringIndexOutOfBounds'
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 671               platforms running Java 10
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 675               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 676             </li>
 677           </ul>
 678           <em>Applet</em>
 679           <ul>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 682               should copy the group consensus when popup is opened on it
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Batch Mode</em>
 686           <ul>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 689           </li>
 690           </ul>
 691           <em>New Known Defects</em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 695               editing a large alignment and overview is displayed
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 699               repeatedly after a series of edits even when the overview
 700               is no longer reflecting updates
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 704               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 705               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 706               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 707             </li>
 708           </ul>
 709         </div>
 710           </td>
 711     </tr>
 712     <tr>
 713       <td width="60" nowrap>
 714         <div align="center">
 715           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 716         </div>
 717       </td>
 718       <td><div align="left">
 719           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 720               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 721       <td><div align="left">
 722           <em>Desktop</em><ul>
 723           <ul>
 724             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 725             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 726             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 727             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 728             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 729             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 730             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 731           </ul>
 732           </div>
 733       </td>
 734     </tr>
 735     <tr>
 736       <td width="60" nowrap>
 737         <div align="center">
 738           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 739         </div>
 740       </td>
 741       <td><div align="left">
 742           <em></em>
 743           <ul>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 746               rendering of sequence features
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 750               429 rate limit request hander
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 754               their colours have changed
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 758               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 762               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 766               view from Ensembl locus cross-references
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 770               Alignment report
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 774               feature can be disabled
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 778               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 782               Uniprot
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Scripting</em>
 786           <ul>
 787             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 788             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 789               percent identity scores for current alignment.</li>
 790           </ul>
 791           <em>Testing and Deployment</em>
 792           <ul>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 795             </li>
 796           </ul>
 797         </div></td>
 798       <td><div align="left">
 799           <em>General</em>
 800           <ul>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 803               threshold text field doesn't trigger an update to the
 804               alignment view
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 808               strings in parallel
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 812               alignment window is closed
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 816               group visibility
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 820               takes a long time in Cursor mode
 821             </li>
 822           </ul>
 823           <em>Desktop</em>
 824           <ul>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 827               cannot be viewed in Chimera
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 831               CDS/Protein view
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 835               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 836               Search Dialogs
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 846               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 850               scrolling right in unwapped alignment view
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 854               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 855               database
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 859               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 863               features of same type and group to be selected for
 864               amending
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 868               alignments when hidden columns are present
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 872               displaying several structures
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 876               moving a window
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 880               within the Jalview desktop on OSX
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 884               when in wrapped alignment mode
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 888               hand end of alignment
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 892               each selected sequence do not have correct start/end
 893               positions
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 897               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 901               restoring project until a new view is created
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 905               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 906               configured (since 2.10.2b2)
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 910               position is adjusted
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 914               in a multi-chain structure when viewing alignment
 915               involving more than one chain (since 2.10)
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 919               if new selection moves alignment window
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 923               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 927               that produces correctly annotated transcripts and products
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 931               doesn't update associated structure view
 932             </li>
 933           </ul>
 934           <em>Applet</em><br />
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 938               closing alignment panel
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>BioJSON</em><br />
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 945               non-positional features
 946             </li>
 947           </ul>
 948           <em>New Known Issues</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 952               sequence features correctly (for many previous versions of
 953               Jalview)
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 957               using cursor in wrapped panel other than top
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 961               graduated colour threshold
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 965               always preserve numbering and sequence features
 966             </li>
 967           </ul>
 968           <em>Known Java 9 Issues</em>
 969           <ul>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 972               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 973               9.01, OSX 10.10)
 974             </li>
 975           </ul>
 976         </div></td>
 977     </tr>
 978     <tr>
 979       <td width="60" nowrap>
 980         <div align="center">
 981           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 982             <em>2/10/2017</em></strong>
 983         </div>
 984       </td>
 985       <td><div align="left">
 986           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 987           <ul>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 990             </li>
 991             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 992             </li>
 993           </ul>
 994         </div></td>
 995       <td><div align="left">
 996         </div></td>
 997     </tr>
 998     <tr>
 999       <td width="60" nowrap>
1000         <div align="center">
1001           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1002             <em>7/9/2017</em></strong>
1003         </div>
1004       </td>
1005       <td><div align="left">
1006           <em></em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1010               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1011               white)
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1015               Preferences
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1019               in size and progress bar shown as higher resolution
1020               overview is recalculated
1021             </li>
1022
1023           </ul>
1024         </div></td>
1025       <td><div align="left">
1026           <em></em>
1027           <ul>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1030               column region row by row
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1034               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1038               format setting is unticked
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1042               if group has show boxes format setting unticked
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1046               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1047               include sequences and columns not currently displayed
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1051               assemblies are imported via CIF file
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1055               displayed when threshold or conservation colouring is also
1056               enabled.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1060               server version
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1064               dragging a selected region off the visible region of the
1065               alignment
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1069               colourscheme to all groups in a view
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1073               initially after font size change using the Font chooser or
1074               middle-mouse zoom
1075             </li>
1076           </ul>
1077         </div></td>
1078     </tr>
1079     <tr>
1080       <td width="60" nowrap>
1081         <div align="center">
1082           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1083         </div>
1084       </td>
1085       <td><div align="left">
1086           <em>Calculations</em>
1087           <ul>
1088
1089             <li>
1090               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1091               ungapped positions in each column of the alignment.
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1095               a calculation dialog box
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1099               and memory efficiency (~30x faster)
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1103               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1104               and other calculations
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1108               files within the Jalview codebase
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1112               Similarity may have different topology due to increased
1113               precision
1114             </li>
1115           </ul>
1116           <em>Rendering</em>
1117           <ul>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1120               model for alignments and groups
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1124               scripts
1125             </li>
1126           </ul>
1127           <em>Overview</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1131               with alignment and overview windows
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1135               overview
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1139               omitted in Overview
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1143               adjustment of visible position
1144             </li>
1145           </ul>
1146
1147           <em>Data import/export</em>
1148           <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1151               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1155               annotation input/output via stockholm flatfile
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1159               extension when importing structure files without embedded
1160               names or PDB accessions
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1164               format sequence substitution matrices
1165             </li>
1166           </ul>
1167           <em>User Interface</em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1171               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1172               the application.
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1176               via Overview or sequence motif search operations
1177             </li>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1180               opened by double clicking gaps within sequence feature
1181               extent
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1185               aligned positions were available to create a 3D structure
1186               superposition.
1187             </li>
1188           </ul>
1189           <em>3D Structure</em>
1190           <ul>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1193               coloured in linked structure views
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1197               file-based command exchange
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1201               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1202               structures are already available for sequences
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1206               the Jalview project rather than downloaded again when the
1207               project is reopened.
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1211               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1212               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1213                 Feature</strong>)
1214             </li>
1215           </ul>
1216           <em>Web Services</em>
1217           <ul>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1223               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1224               Analysis services
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1228               cross-references provided by identifiers.org and the
1229               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1230             </li>
1231           </ul>
1232
1233           <em>Scripting</em>
1234           <ul>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1237               identifying file formats (instead of String constants)
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1241               efficiency when counting all displayed features (not
1242               backwards compatible with 2.10.1)
1243             </li>
1244           </ul>
1245           <em>Example files</em>
1246           <ul>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1249               included in the example feature file
1250             </li>
1251           </ul>
1252           <em>Documentation</em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1256               with the built-in Java help viewer
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1260               sequence description' option
1261             </li>
1262           </ul>
1263           <em>Test Suite</em>
1264           <ul>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1267               Uniprot REST Free Text Search Client
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1274               during tests
1275             </li>
1276           </ul>
1277         </div></td>
1278       <td><div align="left">
1279           <em>Calculations</em>
1280           <ul>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1283               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1284               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1285             </li>
1286             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1287               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1288               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1289               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1290               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1291               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1292               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1293               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1294               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1295               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1296               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1297               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1298               // for 2.10.1 mode <br />
1299               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1300               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1301                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1302                 calculations (not recommended)</em></li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1305               scaling of branch lengths for trees computed using
1306               Sequence Feature Similarity.
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1310               generating output report when working with highly
1311               redundant alignments
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1315               right of selected region when gaps present on right-hand
1316               boundary
1317             </li>
1318           </ul>
1319           <em>User Interface</em>
1320           <ul>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1323               doesn't reselect a specific sequence's associated
1324               annotation after it was used for colouring a view
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1328               opened on a region of alignment without groups
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1332               of an alignment with overlapping groups
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1336               name and description match
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1340               hidden regions results in incorrect hidden regions
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1344               changing colour does not apply Conservation slider value
1345               to all groups
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1349               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1353               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1357               gaps before start of features
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1361               restored to UI when feature colour is edited
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1365               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1369               as graduate feature colour settings are modified via the
1370               dialog box
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1374               when a group defined on the alignment is resized
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1378               wrapped view result in positional status updates
1379             </li>
1380
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1383               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1387               alignment included gapped columns
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1391               widgets don't permanently disappear
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1395               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1396               T-Coffee column reliability scores)
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1400               sequence feature on gaps only
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1404               button from a Find inherit previously defined feature type
1405               rather than the Find query string
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1409               exporting tree calculated in Jalview
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1413               and then revealing them reorders sequences on the
1414               alignment
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1418               doesn't update to reflect available set of groups after
1419               interactively adding or modifying features
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1423               Linux
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1427               only excluded gaps in current sequence and ignored
1428               selection.
1429             </li>
1430           </ul>
1431           <em>Rendering</em>
1432           <ul>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1435               erratically when hidden rows or columns are present
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1439               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1440               sequence colouring
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1444               colour and group colour menu for protein alignments
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1448               reflect currently selected view or group's shading
1449               thresholds
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1453               when rendered on overview and structures when opacity at
1454               100%
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1458               overview when features overlaid on alignment
1459             </li>
1460           </ul>
1461           <em>Data import/export</em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1465               load
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1469               added after a sequence was imported are not written to
1470               Stockholm File
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1474               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1478               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1482               with lightGray or darkGray via features file (but can
1483               specify lightgray)
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1487               when alignment view imported from project
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1491               structure and sequences extracted from structure files
1492               imported via URL and viewed in Jmol
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1496               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1497               the project is loaded and the structure viewed
1498             </li>
1499           </ul>
1500           <em>Web Services</em>
1501           <ul>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1504               release of Ensembl v.88
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1508               appear enabled in Preferences->Connections
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1512               removed from console output
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1516               Ensembl by Peptide ID
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1520               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1521               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1522               due to 'null' string rather than empty string used for
1523               residues with no corresponding PDB mapping).
1524             </li>
1525           </ul>
1526           <em>Application UI</em>
1527           <ul>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1530               menu
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1534               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1535               new documentation and tooltips added)
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1539               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1543               new features are added to alignment
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1547               changes to feature colours via the Amend features dialog
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1551               edit graduated feature colour via amend features dialog
1552               box
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1556               selection menu changes colours of alignment views
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1560               from alignment calculation workers after alignment has
1561               been closed
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1565               groups now 'Create Group'
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1569               Create/Undefine group doesn't always work
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1573               shown again after pressing 'Cancel'
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1577               adjusts start position in wrap mode
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1581               ambiguous amino acids
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1585               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1586               proteins
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1590               Defined' don't appear in Colours menu
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Applet</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1597               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1601               overview or linked structure view
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1605               work (since 2.8)
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1609               user-defined colourscheme doesn't restore original
1610               colourscheme
1611             </li>
1612           </ul>
1613           <em>Test Suite</em>
1614           <ul>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1617               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1621               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1622               problems with deep array comparison equality asserts in
1623               successive versions of TestNG
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1627               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1628             </li>
1629           </ul>
1630           <em>New Known Issues</em>
1631           <ul>
1632             <li>
1633               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1634               phase after a sequence motif find operation
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1638               containing just upper and lower case letters are
1639               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1643               reliably from eggnog Ortholog database
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1647               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1648               to mark columns containing highlighted regions.
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1652               doesn't always add secondary structure annotation.
1653             </li>
1654           </ul>
1655         </div>
1656     <tr>
1657       <td width="60" nowrap>
1658         <div align="center">
1659           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1660         </div>
1661       </td>
1662       <td><div align="left">
1663           <em>General</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1667               for all consensus calculations
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1671               3rd Oct 2016)
1672             </li>
1673             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1674               for 2016-2017</li>
1675           </ul>
1676           <em>Application</em>
1677           <ul>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1680               set of database cross-references, sorted alphabetically
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1684               from database cross references. Users with custom links
1685               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1686                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1690               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1691               Chimera session
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1695               the Chimera it is connected to is shut down
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1699               columns menu item to mark columns containing highlighted
1700               regions (e.g. from structure selections or results of a
1701               Find operation)
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1705               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1706               MSAviewer
1707             </li>
1708           </ul>
1709         </div></td>
1710       <td>
1711         <div align="left">
1712           <em>General</em>
1713           <ul>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1716               are not coloured or thresholded according to percent
1717               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1721               hydrophobic
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1725               threshold, amino acid properties)
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1729               reported as mapped to residues in a structure file in the
1730               View Mapping report
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1734               could be added multiple times to a sequence
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1738               bond features shown as two highlighted residues rather
1739               than a range in linked structure views, and treated
1740               correctly when selecting and computing trees from features
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1744               cross-references are matched to database name regardless
1745               of case
1746             </li>
1747
1748           </ul>
1749           <em>Application</em>
1750           <ul>
1751             <li>
1752               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1753               names without regular expressions also offer links from
1754               Sequence ID
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1758               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1759               update Jalview configuration
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1763               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1767               files with similarly named sequences if dropped onto the
1768               alignment
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1772               entries where more chains exist in the PDB accession than
1773               are reported in the SIFTS file
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1777               the structure view when displayed with Chimera
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1781               panel's View->Show Chains submenu
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1785               work for wrapped alignment views
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1789               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1793               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1794               first annotation row
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1798               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1802               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1803             </li>
1804             <!-- JAL-2319 -->
1805             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1806             coordindate data
1807             </li>
1808           </ul>
1809           <!--           <em>New Known Issues</em>
1810           <ul>
1811             <li></li>
1812           </ul> -->
1813         </div>
1814       </td>
1815     </tr>
1816     <td width="60" nowrap>
1817       <div align="center">
1818         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1819           <em>25/10/2016</em></strong>
1820       </div>
1821     </td>
1822     <td><em>Application</em>
1823       <ul>
1824         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1825           view if structures already loaded</li>
1826         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1827           structure views</li>
1828       </ul></td>
1829     <td>
1830       <div align="left">
1831         <em>General</em>
1832         <ul>
1833           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1834             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1835           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1836             example sequences/projects/trees</li>
1837         </ul>
1838         <em>Application</em>
1839         <ul>
1840           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1841             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1842           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1843             without timeout for structures with multiple models or
1844             multiple sequences in alignment</li>
1845           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1846             PDB ID HEADER line</li>
1847           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1848             is performed</li>
1849           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1850             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1851           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1852           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1853             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1854             option</li>
1855           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1856             is created on the alignment</li>
1857           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1858             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1859             pop-up menu</li>
1860         </ul>
1861         <em>Build and deployment</em>
1862         <ul>
1863           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1864             tags</li>
1865         </ul>
1866         <em>New Known Issues</em>
1867         <ul>
1868           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1869             on Windows</li>
1870         </ul>
1871       </div>
1872     </td>
1873     </tr>
1874     <tr>
1875       <td width="60" nowrap>
1876         <div align="center">
1877           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1878         </div>
1879       </td>
1880       <td><em>General</em>
1881         <ul>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1884           </li>
1885           <li>
1886             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1887             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1888             better PDB parsing.
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1892             reference sequence
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1896             mousing over sequence associated annotation
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1900             for manual entry
1901           </li>
1902           <li>
1903             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1904             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1905             for each column
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1909             showing or hiding columns containing a feature
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1913             group and sequence associated annotation labels
1914           </li>
1915           <li>
1916             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1917             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1918             dialogs
1919           </li>
1920
1921         </ul> <em>Application</em>
1922         <ul>
1923           <li>
1924             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1925             gene/transcript view
1926           </li>
1927           <li>
1928             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1929             dialog
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1933             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1934           </li>
1935           <li>
1936             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1937             Pfam sources to xfam.org
1938           </li>
1939           <li>
1940             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1944             over sequences in Jalview
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1948             regions in ENA and EMBL
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1952             for record retrieval via ENA rest API
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1956             complement operator
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1960             groovy script execution
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1964             alignment window's Calculate menu
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1968             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1972             calculation workers from groovy scripts
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1976             Jalview projects
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1980             associations are now saved/restored from project
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1984             before sequence fetcher is opened
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1988             database chooser opens a sequence fetcher
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1992             the UniProt REST API
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1996             the news reader opening
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2000             querying stored in preferences
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2004             search results
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2008           </li>
2009           <li>
2010             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2011             menu for nucleotide sequences
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2015             and feature counts preserves alignment ordering (and
2016             debugged for complex feature sets).
2017           </li>
2018           <li>
2019             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2020             viewing structures with Jalview 2.10
2021           </li>
2022           <li>
2023             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2024             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2025             Ensembl Genomes REST API
2026           </li>
2027           <li>
2028             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2029             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2030             (Ensembl)
2031           </li>
2032           <li>
2033             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2034             sequences
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2038             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2039             data from external database records.
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2043             efficient recovery of sequence coding and alignment
2044             annotation relationships.
2045           </li>
2046         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2047         <ul>
2048           <li>
2049             -- JAL---
2050           </li>
2051         </ul> --></td>
2052       <td>
2053         <div align="left">
2054           <em>General</em>
2055           <ul>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2058               menu on OSX
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2062               includes graduated colourschemes
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2066               working with big alignments and lots of hidden columns
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2070               at right of alignment window
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2074               contents
2075             </li>
2076             <li>
2077               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2078               for DNA alignments
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2082               based tree calculation
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2086               unconserved enabled for group on alignment
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2090               set as reference
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2094               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2095               annotation
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2099               hidden columns present
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2103               user created annotation added to alignment
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2107               '()' base pair annotation
2108             </li>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2111               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2112               Consensus
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2116               feature not working
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2120               beginning of sequence
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2124               entry 3a6s
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2128               from a tree when t-coffee scores are shown
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2132               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2136               some structures
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2140               to Clustal, PIR and PileUp output
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2144               not visible causes alignment window to repaint
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2148               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2149               scores associated with features and annotation rows
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2153               calculation should be case independent
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2157               columns
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2161               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2162               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2163             </li>
2164             <li>
2165               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2166               problems when reference sequence defined and 'show
2167               non-conserved' enabled
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2171               load even when Consensus calculation is disabled
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2175               alignment does nothing
2176             </li>
2177           </ul>
2178           <em>Application</em>
2179           <ul>
2180             <li>
2181               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2182               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2183               yet fixed for El Capitan)
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2187               output when running on non-gb/us i18n platforms
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2191               hidden sequences as flat-file alignment
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2195               launching Chimera
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2199               (also hotfix for 2.9.0b2)
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2203               reference sequence defined
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2207               alignments and views when revealing hidden columns
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2211               view in a cDNA/Protein splitframe
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2215               sequence from project when only one sequence is
2216               represented
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2220               in Structure Chooser
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2224               structure consensus didn't refresh annotation panel
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2228               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2232               dialogs format columns correctly, don't display array
2233               data, sort columns according to type
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2237               file chooser is cancelled during an image export
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2241               sequence name containing special characters
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2245               case insensitive
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2249               formatting don't wrap
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2253               truncated so L looks like I in consensus annotation
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2257               currently displayed features for the current selection or
2258               view
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2262               after fetching cross-references, and restoring from
2263               project
2264             </li>
2265             <li>
2266               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2267               followed in the structure viewer
2268             </li>
2269             <li>
2270               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2271               splitframe not restored from project
2272             </li>
2273             <li>
2274               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2275               trailing end of protein alignment in transcript/product
2276               splitview when pad-gaps not enabled by default
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2280               is case dependent
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2284               article has been read (reopened issue due to
2285               internationalisation problems)
2286             </li>
2287             <li>
2288               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2289               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2290               cross-references
2291             </li>
2292
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2295               alignment as HTML
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2299               multiple structures are shown for one or more sequences.
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2303               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2304               is enabled.
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2308               specific PDB id for sequence
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2312               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2313               columns' is disabled.
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2317               selects lowest rather than highest resolution structures
2318               for each sequence
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2322               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2326               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2330               after clicking on it to create new annotation for a
2331               column.
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2335               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2336             </li>
2337             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2338             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2339           </ul>
2340           <em>Applet</em>
2341           <ul>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2344               hidden columns present before start of sequence
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2348               (JSON jars)
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2352               sequences are hidden in applet
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2356               deployment on examples pages.
2357             </li>
2358           </ul>
2359         </div>
2360       </td>
2361     </tr>
2362     <tr>
2363       <td width="60" nowrap>
2364         <div align="center">
2365           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2366             <em>16/10/2015</em></strong>
2367         </div>
2368       </td>
2369       <td><em>General</em>
2370         <ul>
2371           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2372             jars</li>
2373         </ul></td>
2374       <td>
2375         <div align="left">
2376           <em>Application</em>
2377           <ul>
2378             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2379               shown when tree is partitioned</li>
2380             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2381               multiple cDNA/Protein split views</li>
2382           </ul>
2383         </div>
2384       </td>
2385     </tr>
2386     <tr>
2387       <td width="60" nowrap>
2388         <div align="center">
2389           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2390             <em>8/10/2015</em></strong>
2391         </div>
2392       </td>
2393       <td><em>General</em>
2394         <ul>
2395           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2396             2.9</li>
2397         </ul> <em>Application</em>
2398         <ul>
2399           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2400           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2401           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2402         </ul> <em>Applet</em>
2403         <ul>
2404           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2405         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2406         <ul>
2407           <li>
2408             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2409             suite
2410           </li>
2411         </ul></td>
2412       <td>
2413         <div align="left">
2414           <em>General</em>
2415           <ul>
2416             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2417               incorrect when sequence start > 1</li>
2418             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2419               documentation</li>
2420             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2421             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2422               loading a features file containing HTML tags in feature
2423               description</li>
2424
2425           </ul>
2426           <em>Application</em>
2427           <ul>
2428             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2429               reimport</li>
2430             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2431               with 'trim retrieved sequences'</li>
2432             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2433               deleting selected columns</li>
2434             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2435               JNLP templates for webstart launch</li>
2436             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2437               unreleased structures for download or viewing</li>
2438             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2439               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2440             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2441               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2442             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2443               recovered from jalview project</li>
2444             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2445               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2446               alignment view</li>
2447             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2448               color schemes from BioJSON</li>
2449           </ul>
2450           <em>Applet</em>
2451           <ul>
2452             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2453               frame</li>
2454             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2455           </ul>
2456         </div>
2457       </td>
2458     </tr>
2459     <tr>
2460       <td><div align="center">
2461           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2462         </div></td>
2463       <td><em>General</em>
2464         <ul>
2465           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2466             alignments:
2467             <ul>
2468               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2469                 and DNA alignment views</li>
2470               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2471                 cDNA alignment views</li>
2472               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2473                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2474               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2475                 protein sequences</li>
2476             </ul>
2477           </li>
2478           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2479           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2480             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2481           <li>New alignment annotation file statements for
2482             reference sequences and marking hidden columns</li>
2483           <li>Reference sequence based alignment shading to
2484             highlight variation</li>
2485           <li>Select or hide columns according to alignment
2486             annotation</li>
2487           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2488           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2489             acid conservation row</li>
2490           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2491         </ul> <em>Application</em>
2492         <ul>
2493           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2494             <ul>
2495               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2496                 view with cDNA/Protein</li>
2497               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2498                 sequences are placed in the same alignment</li>
2499               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2500                 projects</li>
2501             </ul>
2502           </li>
2503
2504           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2505           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2506             Jalview windows</li>
2507
2508           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2509           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2510           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2511             be shown in VARNA</li>
2512
2513           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2514             as the active selected region</li>
2515
2516           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2517             similarity</li>
2518           <li>New Export options
2519             <ul>
2520               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2521                 region export in flat file generation</li>
2522
2523               <li>Export alignment views for display with the <a
2524                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2525
2526               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2527               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2528                 alignment figures to HTML</li>
2529           </li>
2530           <li>3D structure retrieval and display
2531             <ul>
2532               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2533                 Search API</li>
2534               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2535                 PDB structures for a sequence set</li>
2536             </ul>
2537           </li>
2538
2539           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2540             predictions</li>
2541           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2542             for one or a group of sequences</li>
2543           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2544             from the JPred4 web server</li>
2545           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2546             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2547             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2548           </li>
2549           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2550             VARNA 2D Structure'</li>
2551           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2552             Structure ..."</li>
2553
2554         </ul> <em>Applet</em>
2555         <ul>
2556           <li>New layout for applet example pages</li>
2557           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2558             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2559           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2560             Protein alignments</li>
2561         </ul> <em>Development and deployment</em>
2562         <ul>
2563           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2564           <li>Include installation type and git revision in build
2565             properties and console log output</li>
2566           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2567             storing BioJsMSA Templates</li>
2568           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2569         </ul></td>
2570       <td>
2571         <!-- <em>General</em>
2572         <ul>
2573         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2574         <ul>
2575           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2576           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2577           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2578             predictions are not highlighted in amber</li>
2579           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2580             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2581           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2582             associated structure views</li>
2583           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2584             width checkbox not enabled</li>
2585           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2586             creating user defined colours</li>
2587           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2588             mappings for just that viewer's sequences</li>
2589           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2590             multiple models in Chimera</li>
2591           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2592             over Jmol structure</li>
2593           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2594             output to text box</li>
2595           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2596             have incorrect sequence start/end</li>
2597           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2598             Jalview fails</li>
2599           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2600             work for nucleotide</li>
2601           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2602             to a grey/invisible alignment window</li>
2603           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2604             imports to different position</li>
2605           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2606             on some platforms</li>
2607           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2608             populated</li>
2609           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2610             console if Chimera has been opened</li>
2611           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2612           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2613             retrieved</li>
2614           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2615           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2616             either sequence shows on first structure</li>
2617           <li>'Show annotations' options should not make
2618             non-positional annotations visible</li>
2619           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2620             in right place after 'view flanking regions'</li>
2621           <li>File Save As type unset when current file format is
2622             unknown</li>
2623           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2624             projects</li>
2625           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2626             responsive</li>
2627           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2628             several views on same alignment</li>
2629           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2630           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2631             spaces</li>
2632         </ul> <em>Applet</em>
2633         <ul>
2634           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2635           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2636             descriptions containing angle brackets</li>
2637         </ul> <em>General</em>
2638         <ul>
2639           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2640             via jalview annotation file</li>
2641           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2642             with RNA secondary structure</li>
2643           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2644             translation doesn't work.</li>
2645           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2646           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2647             positions</li>
2648           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2649             choosing 1pt font</li>
2650           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2651             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2652             'h'</li>
2653           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2654             new feature</li>
2655           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2656             order dependent</li>
2657           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2658             sequences</li>
2659           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2660         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2661         <ul>
2662           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2663             www.jalview.org</li>
2664         </ul> <em>Application Known issues</em>
2665         <ul>
2666           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2667           <li>Misleading message appears after trying to delete
2668             solid column.</li>
2669           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2670             version launches</li>
2671           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2672             fails with a sequence mismatch</li>
2673           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2674             scrolling alignment to right</li>
2675           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2676             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2677           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2678             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2679           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2680             ultra-high resolution</li>
2681           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2682             quality and conservation</li>
2683           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2684             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2685         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2686         <ul>
2687           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2688           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2689             window is being resized</li>
2690
2691         </ul>
2692       </td>
2693     </tr>
2694     <tr>
2695       <td><div align="center">
2696           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2697         </div></td>
2698       <td><em>General</em>
2699         <ul>
2700           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2701             Certum.PL.</li>
2702           <li>Features and annotation preserved when performing
2703             pairwise alignment</li>
2704           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2705             imported/exported/displayed</li>
2706           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2707             protein secondary structure</li>
2708           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2709               post-hoc with 2.9 release</em>)
2710           </li>
2711
2712         </ul> <em>Application</em>
2713         <ul>
2714           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2715             with 3D structures</li>
2716           <li>Support for parsing RNAML</li>
2717           <li>Annotations menu for layout
2718             <ul>
2719               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2720               <li>place sequence annotation above/below alignment
2721                 annotation</li>
2722             </ul>
2723           <li>Output in Stockholm format</li>
2724           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2725             translation</li>
2726           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2727           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2728             shared between alignments</li>
2729           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2730             Jalview</li>
2731           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2732             all or current selection</li>
2733           <li>disorder and secondary structure predictions
2734             available as dataset annotation</li>
2735           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2736
2737
2738           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2739             alignments from Rfam</li>
2740           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2741
2742           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2743             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2744           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2745           <li>include installation type in build properties and
2746             console log output</li>
2747           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2748             annotation</li>
2749         </ul></td>
2750       <td>
2751         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2752         <ul>
2753           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2754             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2755           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2756             alignment</li>
2757           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2758           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2759           <li>Double click on sequence associated annotation
2760             selects only first column</li>
2761           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2762             leaves shown in tree</li>
2763           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2764             properly</li>
2765           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2766           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2767             screen and buttons not visible</li>
2768           <li>author list isn't updated if already written to
2769             Jalview properties</li>
2770           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2771             from database</li>
2772           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2773           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2774             browser search window</li>
2775           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2776             in feature settings dialog</li>
2777           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2778             desktop</li>
2779           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2780             pass validation</li>
2781           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2782             fit on screen</li>
2783           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2784             tooltip</li>
2785           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2786             defined user preset</li>
2787           <li>MSA web services warns user if they were launched
2788             with invalid input</li>
2789           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2790             Java 8</li>
2791           <li>
2792             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2793             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2794             created
2795           </li>
2796
2797         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2798         <ul>
2799         </ul> <em>General</em>
2800         <ul>
2801         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2802         <ul>
2803           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2804             memory allocation</li>
2805           <li>launchApp service doesn't automatically open
2806             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2807           <li>
2808             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2809             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2810             1.7_055 is available
2811           </li>
2812         </ul> <em>Application Known issues</em>
2813         <ul>
2814           <li>
2815             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2816             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2817             alignment to right
2818           </li>
2819           <li>
2820             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2821             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2822             with large number of ID
2823           </li>
2824           <li>
2825             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2826             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2827             start/end
2828           </li>
2829           <li>
2830             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2831             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2832             structure tracks are rearranged
2833           </li>
2834           <li>
2835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2836             invalid rna structure positional highlighting does not
2837             highlight position of invalid base pairs
2838           </li>
2839           <li>
2840             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2841             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2842             project from alignment window file menu
2843           </li>
2844           <li>
2845             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2846             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2847             structures
2848           </li>
2849           <li>
2850             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2851             colour by RNA Helices not enabled when user created
2852             annotation added to alignment
2853           </li>
2854           <li>
2855             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2856             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2857           </li>
2858         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2859         <ul>
2860           <li>
2861             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2862             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2863           </li>
2864           <li>
2865             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2866             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2867           </li>
2868
2869           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2870             when selected</li>
2871         </ul>
2872       </td>
2873     </tr>
2874     <tr>
2875       <td><div align="center">
2876           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2877         </div></td>
2878       <td>
2879         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2880         <em>General</em>
2881         <ul>
2882           <li>Internationalisation of user interface (usually
2883             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2884           <li>Define/Undefine group on current selection with
2885             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2886           <li>Improved group creation/removal options in
2887             alignment/sequence Popup menu</li>
2888           <li>Sensible precision for symbol distribution
2889             percentages shown in logo tooltip.</li>
2890           <li>Annotation panel height set according to amount of
2891             annotation when alignment first opened</li>
2892         </ul> <em>Application</em>
2893         <ul>
2894           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2895             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2896           <li>Select columns containing particular features from
2897             Feature Settings dialog</li>
2898           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2899             sequences</li>
2900           <li>Update Jalview project format:
2901             <ul>
2902               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2903               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2904                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2905               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2906                 colouring</li>
2907             </ul>
2908           </li>
2909           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2910             (PAM250)</li>
2911           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2912             flanking regions for an alignment</li>
2913         </ul>
2914       </td>
2915       <td>
2916         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2917         <ul>
2918           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2919             running after job is cancelled</li>
2920           <li>cannot export features from alignments imported from
2921             Jalview/VAMSAS projects</li>
2922           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2923             float values</li>
2924           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2925             have 'display all symbols' flag set</li>
2926           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2927             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2928           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2929             Jalview</li>
2930           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2931             Lion/Webstart</li>
2932           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2933           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2934           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2935             alignment onto desktop</li>
2936           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2937             'extract scores' function</li>
2938           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2939             alignment window</li>
2940           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2941             performing IUPred disorder prediction</li>
2942           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2943             changing 'normalise logo' display setting</li>
2944           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2945             nothing matches query</li>
2946           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2947             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2948           </li>
2949           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2950             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2951           </li>
2952           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2953             Jalview's menu</li>
2954           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2955             'invalid literal/length code'</li>
2956           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2957             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2958           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2959             colourscheme</li>
2960
2961         </ul> <em>Applet</em>
2962         <ul>
2963           <li>Remove group option is shown even when selection is
2964             not a group</li>
2965           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2966             don't affect groups</li>
2967           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2968             colourscheme name</li>
2969           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2970             Annotation panel is not displayed</li>
2971           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2972             embedded windows</li>
2973         </ul> <em>Other</em>
2974         <ul>
2975           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2976             single sequence were not calculated</li>
2977           <li>annotation files that contain only groups imported as
2978             annotation and junk sequences</li>
2979           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2980             recognised as PFAM or BLC</li>
2981           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2982             doesn't affect background (2.8.0b1)
2983           <li></li>
2984           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2985           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2986             trailing gaps</li>
2987           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2988             registered correctly on import</li>
2989           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2990             certain alignments</li>
2991           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2992             existing annotation based 'use original colours'
2993             colourscheme loses original colours setting</li>
2994         </ul>
2995       </td>
2996     </tr>
2997     <tr>
2998       <td><div align="center">
2999           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3000             <em>30/1/2014</em></strong>
3001         </div></td>
3002       <td>
3003         <ul>
3004           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3005             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3006             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3007             open source project).
3008           </li>
3009           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3010           <li>Output in Stockholm format</li>
3011           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3012           <li>Export/import group and sequence associated line
3013             graph thresholds</li>
3014           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3015             ambiguity codes</li>
3016           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3017             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3018             works</li>
3019           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3020         </ul> <em>Other improvements</em>
3021         <ul>
3022           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3023           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3024             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3025           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3026             files</li>
3027           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3028           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3029             link but no description</li>
3030           <li>Select primary source when selecting authority in
3031             database fetcher GUI</li>
3032           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3033             Jalview</li>
3034           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3035         </ul>
3036       </td>
3037       <td>
3038         <ul>
3039           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3040             displayed</li>
3041           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3042             secondary structure annotation line</li>
3043           <li>Sequence database accessions not imported when
3044             fetching alignments from Rfam</li>
3045           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3046             identical IDs</li>
3047           <li>View all structures does not always superpose
3048             structures</li>
3049           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3050             reflect user or preset settings</li>
3051           <li>Null pointer exceptions for some services without
3052             presets or adjustable parameters</li>
3053           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3054             discover PDB xRefs</li>
3055           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3056             features with DAS</li>
3057           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3058             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3059           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3060             residue follows a gap</li>
3061           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3062             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3063           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3064             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3065           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3066             annotation already exists on alignment</li>
3067           <li>oninit javascript function should be called after
3068             initialisation completes</li>
3069           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3070             alignment window display</li>
3071           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3072           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3073             to annotation file</li>
3074           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3075             groups created</li>
3076           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3077             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3078           <li>Pressing return several times causes Number Format
3079             exceptions in keyboard mode</li>
3080           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3081             correct partitions for input data</li>
3082           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3083           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3084           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3085           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3086             mode</li>
3087           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3088             changes one row&#39;s threshold</li>
3089           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3090             doesn&#39;t open</li>
3091           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3092             quality histograms</li>
3093         </ul>
3094       </td>
3095     </tr>
3096     <tr>
3097       <td><div align="center">
3098           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3099         </div></td>
3100       <td><em>Application</em>
3101         <ul>
3102           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3103             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3104           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3105             preferences</li>
3106           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3107             in Jalview alignment window</li>
3108           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3109             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3110           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3111             RNA and ambiguity codes</li>
3112
3113           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3114           <li>Support fetching and database reference look up
3115             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3116             refs')</li>
3117           <li>Jalview project improvements
3118             <ul>
3119               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3120                 flag for annotation</li>
3121               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3122                 alignment</li>
3123               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3124                 Jalview project</li>
3125
3126             </ul>
3127           </li>
3128           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3129           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3130             running</li>
3131           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3132           <li>visual indication that web service results are still
3133             being retrieved from server</li>
3134           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3135             starts up for first time</li>
3136           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3137             services</li>
3138           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3139             client library</li>
3140           <li>Examples directory and Groovy library included in
3141             InstallAnywhere distribution</li>
3142         </ul> <em>Applet</em>
3143         <ul>
3144           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3145             visualization applet example</li>
3146         </ul> <em>General</em>
3147         <ul>
3148           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3149           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3150             defaults</li>
3151           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3152             calculation</li>
3153           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3154             matrices
3155           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3156             in HTML</li>
3157           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3158             structure contacts</li>
3159           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3160           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3161           <li>Parse sequence associated secondary structure
3162             information in Stockholm files</li>
3163           <li>HTML Export database accessions and annotation
3164             information presented in tooltip for sequences</li>
3165           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3166             style RNA alignment files</li>
3167           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3168             alignment</li>
3169           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3170             shade each sequence according to its associated alignment
3171             annotation</li>
3172           <li>New Jalview Logo</li>
3173         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3174         <ul>
3175           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3176           <li>New Website!</li>
3177         </ul></td>
3178       <td><em>Application</em>
3179         <ul>
3180           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3181             wsdbfetch REST service</li>
3182           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3183           <li>Filetype associations not installed for webstart
3184             launch</li>
3185           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3186             job execution in full once it is complete</li>
3187           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3188             uploaded via ali_file parameter</li>
3189           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3190           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3191           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3192             submitted for prediction</li>
3193           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3194             desktop window</li>
3195           <li>Putting fractional value into integer text box in
3196             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3197           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3198             windows 7</li>
3199           <li>View all structures fails with exception shown in
3200             structure view</li>
3201           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3202             escaped in a platform independent way</li>
3203           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3204             using proxy</li>
3205           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3206             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3207           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3208             failure when java web start temporary file caching is
3209             disabled</li>
3210           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3211             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3212           <li>Errors during processing of command line arguments
3213             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3214           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3215             DAS sources in sequence fetcher</li>
3216           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3217             dialog is shown</li>
3218           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3219           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3220           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3221           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3222             on OSX Mountain Lion</li>
3223           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3224             sequences with alignment annotation are pasted into the
3225             alignment</li>
3226           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3227             when loaded from Jalview project</li>
3228           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3229           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3230             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3231           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3232             associated with all views</li>
3233           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3234             annotation rows to new window</li>
3235         </ul> <em>Applet</em>
3236         <ul>
3237           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3238             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3239           <li>loading features via javascript API automatically
3240             enables feature display</li>
3241           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3242             work</li>
3243         </ul> <em>General</em>
3244         <ul>
3245           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3246           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3247             and then deselected</li>
3248           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3249           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3250             coloured with clustalx</li>
3251           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3252             exceptions and redraw errors</li>
3253           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3254             reconfigured view</li>
3255           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3256             colour</li>
3257           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3258             for lots of labels</li>
3259         </ul>
3260     </tr>
3261     <tr>
3262       <td>
3263         <div align="center">
3264           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3265         </div>
3266       </td>
3267       <td><em>Application</em>
3268         <ul>
3269           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3270           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3271           <li>View/alignment association menu to enable user to
3272             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3273             its colours/correspondences from</li>
3274           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3275           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3276             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3277           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3278           <li>Annotation row column label formatting attributes
3279             stored in project file</li>
3280           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3281             rows preserved in Jalview project file</li>
3282           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3283             saved using Desktop window menu</li>
3284           <li>Visual indication that command line arguments are
3285             still being processed</li>
3286           <li>Groovy script execution from URL</li>
3287           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3288             preferences</li>
3289           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3290             alignment with sequences that have high similarity and
3291             matching IDs</li>
3292           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3293           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3294             structures in same window</li>
3295           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3296           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3297             analysis function in its own submenu</li>
3298         </ul> <em>Applet</em>
3299         <ul>
3300           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3301             groups</li>
3302           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3303           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3304           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3305           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3306           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3307             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3308           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3309           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3310             parameters are treated as such</li>
3311           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3312             <ul>
3313               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3314               <li>Javascript callbacks for
3315                 <ul>
3316                   <li>Applet initialisation</li>
3317                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3318                 </ul>
3319               </li>
3320               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3321                 functions</li>
3322               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3323               <li>javascript structure viewer harness to pass
3324                 messages between Jmol and Jalview when running as
3325                 distinct applets</li>
3326               <li>sortBy method</li>
3327               <li>Set of applet and application examples shipped
3328                 with documentation</li>
3329               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3330                 javascript message exchange</li>
3331             </ul>
3332         </ul> <em>General</em>
3333         <ul>
3334           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3335             multiple alignments</li>
3336           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3337           <li>User configurable link to enable redirects to a
3338             www.Jalview.org mirror</li>
3339           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3340           <li>Configurable newline string when writing alignment
3341             and other flat files</li>
3342           <li>Allow alignment annotation description lines to
3343             contain html tags</li>
3344         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3345         <ul>
3346           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3347             examples</li>
3348           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3349             using a web service before displaying the result in the
3350             Jalview desktop</li>
3351           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3352           <li>Ant target to publish example html files with applet
3353             archive</li>
3354           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3355           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3356         </ul></td>
3357       <td><em>Application</em>
3358         <ul>
3359           <li>User defined colourscheme throws exception when
3360             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3361           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3362             dialog for valid filename/format</li>
3363           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3364           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3365             P37173</li>
3366           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3367             which sequence is to be associated with the file</li>
3368           <li>Find All raises null pointer exception when query
3369             only matches sequence IDs</li>
3370           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3371           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3372             2.4 cannot be loaded</li>
3373           <li>Filetype associations not installed for webstart
3374             launch</li>
3375           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3376             with sequences in different alignments do not get coloured
3377             by their associated sequence</li>
3378           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3379             not preserved when project is loaded</li>
3380           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3381             stored in Jalview project</li>
3382           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3383             Jalview project</li>
3384           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3385           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3386             by conservation</li>
3387           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3388             created on new view</li>
3389           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3390             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3391           <li>Alignment quality not updated after alignment
3392             annotation row is hidden then shown</li>
3393           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3394             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3395           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3396             properly</li>
3397           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3398             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3399           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3400           <li>Structures imported from file and saved in project
3401             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3402           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3403             job execution in full once it is complete</li>
3404         </ul> <em>Applet</em>
3405         <ul>
3406           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3407             annotation rows are displayed</li>
3408           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3409             codebase</li>
3410           <li>View follows highlighting does not work for positions
3411             in sequences</li>
3412           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3413           <li>Export features raises exception when no features
3414             exist</li>
3415           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3416             for javascript api is modified when separator string
3417             provided as parameter</li>
3418           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3419             alignment with no existing selection</li>
3420           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3421             to applet&#39;s codebase</li>
3422           <li>Status bar not updated after finished searching and
3423             search wraps around to first result</li>
3424           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3425             several Jalview applets causes race conditions and memory
3426             leaks</li>
3427           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3428             not sent from Jmol in applet</li>
3429           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3430             applet API fatally hang browser</li>
3431         </ul> <em>General</em>
3432         <ul>
3433           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3434             position with wrapped view and hidden regions</li>
3435           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3436             with/without hidden columns</li>
3437           <li>Sequence length given in alignment properties window
3438             is off by 1</li>
3439           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3440             import PDB like structure files</li>
3441           <li>Positional search results are only highlighted
3442             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3443           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3444           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3445             given sequence position</li>
3446           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3447             output</li>
3448           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3449             from nucleotide chains correctly</li>
3450           <li>Structure colours not updated when tree partition
3451             changed in alignment</li>
3452           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3453             parsed in interleaved stockholm</li>
3454           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3455             state</li>
3456           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3457             properly</li>
3458           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3459             properly associated with their pdb files</li>
3460         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3461         <ul>
3462           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3463             ApplyCopyright tool</li>
3464         </ul></td>
3465     </tr>
3466     <tr>
3467       <td>
3468         <div align="center">
3469           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3470         </div>
3471       </td>
3472       <td><em>Application</em>
3473         <ul>
3474           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3475             contact web services</li>
3476           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3477             service job window</li>
3478           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3479         </ul></td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3483             pir file emitted by Jalview</li>
3484           <li>Existing feature settings transferred to new
3485             alignment view created from cut'n'paste</li>
3486           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3487             parsing PDB files</li>
3488           <li>Consensus and conservation annotation rows
3489             occasionally become blank for all new windows</li>
3490           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3491             in wrapped view mode</li>
3492         </ul> <em>Application</em>
3493         <ul>
3494           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3495             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3496           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3497             parameter names</li>
3498           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3499             is down</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td><em>Application</em>
3510         <ul>
3511           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3512             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3513             (JABAWS)
3514           </li>
3515           <li>Web Services preference tab</li>
3516           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3517             preferences</li>
3518           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3519           <li>Superpose structures using associated sequence
3520             alignment</li>
3521           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3522             viewer</li>
3523         </ul> <em>Applet</em>
3524         <ul>
3525           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3526             link out mechanism</li>
3527         </ul> <em>Other</em>
3528         <ul>
3529           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3530             series 12</li>
3531           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3532             require Java 1.5</li>
3533           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3534             sequence annotation files</li>
3535           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3536             type colour specification</li>
3537           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3538             script to check if it being run in an interactive session or
3539             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3540         </ul></td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3544             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3545         </ul> <em>Application</em>
3546         <ul>
3547           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3548             selected Regions menu item</li>
3549           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3550             part of a valid accession ID</li>
3551           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3552             runs out of memory</li>
3553           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3554             analysis results</li>
3555           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3556             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3557           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3558         </ul> <em>Applet</em>
3559         <ul>
3560           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3561             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3562             defined.</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td>
3568         <div align="center">
3569           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3570         </div>
3571       </td>
3572       <td></td>
3573       <td>
3574         <ul>
3575           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3576             sequence IDs</li>
3577           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3578             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3579           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3580             import correctly</li>
3581           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3582             number of columns are hidden</li>
3583           <li>annotation label popup menu not providing correct
3584             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3585             present</li>
3586           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3587             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3588           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3589             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3590
3591         </ul> <em>Applet</em>
3592         <ul>
3593           <li>annotation panel disappears when annotation is
3594             hidden/removed</li>
3595         </ul> <em>Application</em>
3596         <ul>
3597           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3598             alignment opened where annotation panel is visible but no
3599             annotations are present on alignment</li>
3600           <li>pasted region containing hidden columns is
3601             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3602           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3603             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3604           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3605             selected Rregions menu item.</li>
3606           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3607             'Un' or 'Non'conserved</li>
3608           <li>Sequence feature settings are being shared by
3609             multiple distinct alignments</li>
3610           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3611             changed</li>
3612           <li>double click on group annotation to select sequences
3613             does not propagate to associated trees</li>
3614           <li>Mac OSX specific issues:
3615             <ul>
3616               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3617                 window background</li>
3618               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3619                 name set correctly</li>
3620               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3621                 save feature colourscheme button</li>
3622             </ul>
3623           </li>
3624         </ul>
3625       </td>
3626     </tr>
3627     <tr>
3628
3629       <td>
3630         <div align="center">
3631           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3632         </div>
3633       </td>
3634       <td><em>New Capabilities</em>
3635         <ul>
3636           <li>URL links generated from description line for
3637             regular-expression based URL links (applet and application)
3638
3639           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3640             menu</li>
3641           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3642             structures</li>
3643           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3644             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3645           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3646             average score or total feature count for each sequence.</li>
3647           <li>Shading features by score or associated description</li>
3648           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3649             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3650           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3651             hide everything but the currently selected region.</li>
3652           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3653         </ul> <em>Application</em>
3654         <ul>
3655           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3656             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3657           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3658             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3659           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3660             database references and protein_name is parsed as
3661             description line (BioSapiens terms).</li>
3662           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3663             references in sequence ID tooltip from View menu in
3664             application.</li>
3665           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3666       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3667           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3668             conservation plots</li>
3669           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3670             and visualized as sequence logos</li>
3671           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3672             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3673           </li>
3674           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3675             when a new tree is opened.</li>
3676           <li>Jalview Java Console</li>
3677           <li>Better placement of desktop window when moving
3678             between different screens.</li>
3679           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3680             consensus annotation</li>
3681           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3682             Workflows</li>
3683           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3684             <ul>
3685               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3686                 used to preserve views, structures, and tree display
3687                 settings)</li>
3688               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3689                 command line</li>
3690               <li>Sharing of selected regions between views and
3691                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3692               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3693             </ul></li>
3694         </ul> <em>Applet</em>
3695         <ul>
3696           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3697           <li>New Parameters
3698             <ul>
3699               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3700                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3701                 opened.</li>
3702               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3703                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3704               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3705                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3706               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3707                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3708                 view</li>
3709               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3710                 increase the height or width of a cell in the alignment
3711                 grid relative to the current font size.</li>
3712             </ul>
3713           </li>
3714           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3715             tooltip</li>
3716         </ul> <em>Other</em>
3717         <ul>
3718           <li>Features format: graduated colour definitions and
3719             specification of feature scores</li>
3720           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3721             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3722             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3723           <li>XML formats extended to support graduated feature
3724             colourschemes, group associated annotation, and profile
3725             visualization settings.</li></td>
3726       <td>
3727         <ul>
3728           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3729             rather than description</li>
3730           <li>Non-positional features are now included in sequence
3731             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3732             visibility in tooltip).</li>
3733           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3734           <li>Added URL embedding instructions to features file
3735             documentation.</li>
3736           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3737             'X' in peptide product</li>
3738           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3739             sequence ID and sequence string and query strings do not
3740             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3741           <li>AMSA files only contain first column of
3742             multi-character column annotation labels</li>
3743           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3744             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3745             exported and re-imported)</li>
3746           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3747             name</li>
3748           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3749             as subsequence matches, and correctly reports total number
3750             of both.</li>
3751           <li>Application:
3752             <ul>
3753               <li>Better handling of exceptions during sequence
3754                 retrieval</li>
3755               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3756                 link text excludes the start_end suffix</li>
3757               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3758                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3759               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3760               <li>Sequence description lines properly shared via
3761                 VAMSAS</li>
3762               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3763                 data sources</li>
3764               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3765                 completes before alignment figures are generated.</li>
3766               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3767                 first time.</li>
3768               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3769                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3770               <li>User defined group colours properly recovered
3771                 from Jalview projects.</li>
3772             </ul>
3773           </li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776
3777     </tr>
3778     <tr>
3779       <td>
3780         <div align="center">
3781           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3782         </div>
3783       </td>
3784       <td>
3785         <ul>
3786           <li>Experimental support for google analytics usage
3787             tracking.</li>
3788           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3789         </ul>
3790       </td>
3791       <td>
3792         <ul>
3793           <li>Race condition in applet preventing startup in
3794             jre1.6.0u12+.</li>
3795           <li>Exception when feature created from selection beyond
3796             length of sequence.</li>
3797           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3798           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3799             all sequences with a given id</li>
3800           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3801             ID string searches</li>
3802           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3803             alignment to fail with exception</li>
3804         </ul> <em>Application Issues</em>
3805         <ul>
3806           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3807           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3808             data sources</li>
3809         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3810         <ul>
3811           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3812             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3813           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3814             version (java class versioning error fixed)</li>
3815         </ul>
3816       </td>
3817     </tr>
3818     <tr>
3819       <td>
3820
3821         <div align="center">
3822           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td><em>User Interface</em>
3826         <ul>
3827           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3828             translation and protein products</li>
3829           <li>Linked highlighting of structure associated with
3830             residue mapping to codon position</li>
3831           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3832             and 'clear' button</li>
3833           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3834             Tools menu</li>
3835           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3836             numeric data in description line</li>
3837           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3838           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3839             of sequence</li>
3840         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3841         <ul>
3842           <li>JPred3 web service</li>
3843           <li>Prototype sequence search client (no public services
3844             available yet)</li>
3845           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3846             PFAM</li>
3847           <li>URL Links created for matching database cross
3848             references as well as sequence ID</li>
3849           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3850         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3851         <ul>
3852           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3853             databases</li>
3854           <li>Generalised database reference retrieval and
3855             validation to all fetchable databases</li>
3856           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3857             sequence command</li>
3858         </ul> <em>Import and Export</em>
3859         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3860         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3861           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3862         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3863           File</li>
3864         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3865           triplet as name of colourscheme</li>
3866         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3867         <ul>
3868           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3869           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3870             alignments (experimental)</li>
3871           <li>Create new or select existing session to join</li>
3872           <li>load and save of vamsas documents</li>
3873         </ul> <em>Application command line</em>
3874         <ul>
3875           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3876             from applet)</li>
3877           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3878             of DAS servers to query for alignment features</li>
3879           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3880             that are also automatically queried for features</li>
3881           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3882             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3883         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3884         <ul>
3885           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3886             application (when using &quot;View in full
3887             application&quot;)</li>
3888         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3889         <ul>
3890           <li>feature group display control parameter</li>
3891           <li>debug parameter</li>
3892           <li>showbutton parameter</li>
3893         </ul> <em>Applet API methods</em>
3894         <ul>
3895           <li>newView public method</li>
3896           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3897           <li>Feature display control methods</li>
3898           <li>get list of currently selected sequences</li>
3899         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3900         <ul>
3901           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3902           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3903             Jalview release.</li>
3904           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3905             property controls execution of obfuscator</li>
3906           <li>Build target for generating source distribution</li>
3907           <li>Debug flag for javacc</li>
3908           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3909             jalview.bin.Cache</li>
3910           <li>Continuous Build Integration for stable and
3911             development version of Application, Applet and source
3912             distribution</li>
3913         </ul></td>
3914       <td>
3915         <ul>
3916           <li>selected region output includes visible annotations
3917             (for certain formats)</li>
3918           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3919             for editing</li>
3920           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3921           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3922           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3923           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3924             comments</li>
3925           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3926             filenames containing a ':'</li>
3927           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3928             global sequence features</li>
3929           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3930             references from alignment sequences goes to zero</li>
3931           <li>Close of tree branch colour box without colour
3932             selection causes cascading exceptions</li>
3933           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3934           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3935             file parsing fails.</li>
3936           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3937           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3938             not a valid output format</li>
3939           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3940             vamsas</li>
3941           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3942           <li>error messages passed up and output when data read
3943             fails</li>
3944           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3945             sequence is edited</li>
3946           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3947             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3948           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3949             filetype</li>
3950           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3951             import fixed for PFAM records</li>
3952           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3953             window list</li>
3954           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3955             can be read and written correctly to annotation file</li>
3956           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3957             correctly</li>
3958           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3959             non-italic font for representatives in Applet</li>
3960           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3961             Macs.</li>
3962           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3963             Applet)</li>
3964           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3965             due to null pointer exceptions</li>
3966           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3967             first column of alignment</li>
3968           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3969             July 2008</li>
3970           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3971             file is case-insensitive</li>
3972           <li>Sequence features read from Features file appended to
3973             all sequences with matching IDs</li>
3974           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3975             containing a sub-sequence</li>
3976           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3977           <li>feature and annotation file applet parameters
3978             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3979           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3980           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3981             splash-screen version check to complete</li>
3982           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3983             when passing them to the launchApp service</li>
3984           <li>display name and local features preserved in results
3985             retrieved from web service</li>
3986           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3987             sequence fetcher initialisation</li>
3988           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3989             dasobert DAS client</li>
3990           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3991             association</li>
3992           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3993             sequences
3994           </li>
3995         </ul>
3996       </td>
3997     </tr>
3998     <tr>
3999       <td>
4000         <div align="center">
4001           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4002         </div>
4003       </td>
4004       <td>
4005         <ul>
4006           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4007           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4008           <li>Slide sequences</li>
4009           <li>Edit sequence in place</li>
4010           <li>EMBL CDS features</li>
4011           <li>DAS Feature mapping</li>
4012           <li>Feature ordering</li>
4013           <li>Alignment Properties</li>
4014           <li>Annotation Scores</li>
4015           <li>Sort by scores</li>
4016           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4017         </ul>
4018       </td>
4019       <td>
4020         <ul>
4021           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4022           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4023           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4024           <li>Feature group display state in XML</li>
4025           <li>Feature ordering in XML</li>
4026           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4027           <li>Stockholm alignment properties</li>
4028           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4029           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4030           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4031           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034
4035     </tr>
4036     <tr>
4037       <td>
4038         <div align="center">
4039           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4040         </div>
4041       </td>
4042       <td>
4043         <ul>
4044           <li>Non standard characters can be read and displayed
4045           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4046             applet via textbox
4047           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4048             name &amp; description
4049           <li>Preference setting to display sequence name in
4050             italics
4051           <li>Annotation file format extended to allow
4052             Sequence_groups to be defined
4053           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4054             specified in preferences
4055           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4056             sequences
4057         </ul>
4058       </td>
4059       <td>
4060         <ul>
4061           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4062             installed
4063           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4064           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4065         </ul>
4066       </td>
4067     </tr>
4068     <tr>
4069       <td>
4070         <div align="center">
4071           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4072         </div>
4073       </td>
4074       <td>
4075         <ul>
4076           <li>Multiple views on alignment
4077           <li>Sequence feature editing
4078           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4079           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4080           <li>Background dependent text colour
4081           <li>Right align sequence ids
4082           <li>User-defined lower case residue colours
4083           <li>Format Menu
4084           <li>Select Menu
4085           <li>Menu item accelerator keys
4086           <li>Control-V pastes to current alignment
4087           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4088           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4089           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4090
4091           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4092         </ul>
4093       </td>
4094       <td>
4095         <ul>
4096           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4097           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4098             calculations
4099           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4100             edits
4101           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4102             of alignment)
4103           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4104
4105           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4106             display correctly
4107           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4108           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4109             analysis results
4110           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4111             &#8739;
4112           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4113           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4114           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4115
4116         </ul>
4117       </td>
4118     </tr>
4119     <tr>
4120       <td>
4121         <div align="center">
4122           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4123         </div>
4124       </td>
4125       <td>
4126         <ul>
4127           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4128         </ul>
4129       </td>
4130       <td>
4131         <ul>
4132           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4133             sequence id panel has been resized</li>
4134           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4135             rendered</li>
4136           <li>Annotation files with sequence references - all
4137             elements in file are relative to sequence position</li>
4138           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4139         </ul>
4140       </td>
4141     </tr>
4142     <tr>
4143       <td>
4144         <div align="center">
4145           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4146         </div>
4147       </td>
4148       <td>
4149         <ul>
4150           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4151           <li>DAS Feature fetching</li>
4152           <li>Hide sequences and columns</li>
4153           <li>Export Annotations and Features</li>
4154           <li>GFF file reading / writing</li>
4155           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4156             files</li>
4157           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4158           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4159           <li>Applet can launch the full application</li>
4160           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4161             required)</li>
4162           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4163           <li>Applet can load sequences from parameter
4164             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4165           </li>
4166         </ul>
4167       </td>
4168       <td>
4169         <ul>
4170           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4171           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4172           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4173         </ul>
4174       </td>
4175     </tr>
4176     <tr>
4177       <td>
4178         <div align="center">
4179           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4180         </div>
4181       </td>
4182       <td>
4183         <ul>
4184           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4185           <li>Choose to match case when searching</li>
4186           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4187             expand the visible width and height of the alignment</li>
4188         </ul>
4189       </td>
4190       <td>
4191         <ul>
4192           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4193         </ul>
4194       </td>
4195     </tr>
4196     <tr>
4197       <td>
4198         <div align="center">
4199           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4200         </div>
4201       </td>
4202       <td>&nbsp;</td>
4203       <td>
4204         <ul>
4205           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4206           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4207             value</li>
4208         </ul>
4209       </td>
4210     </tr>
4211     <tr>
4212       <td>
4213         <div align="center">
4214           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4215         </div>
4216       </td>
4217       <td>
4218         <ul>
4219           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4220           <li>Keyboard editing</li>
4221           <li>Create sequence features from searches</li>
4222           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4223             alignments</li>
4224           <li>Features file allows grouping of features</li>
4225           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4226           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4227           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4228         </ul>
4229       </td>
4230       <td>
4231         <ul>
4232           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4233           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4234             descriptions saved.</li>
4235         </ul>
4236       </td>
4237     </tr>
4238     <tr>
4239       <td>
4240         <div align="center">
4241           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4242         </div>
4243       </td>
4244       <td>
4245         <ul>
4246           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4247           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4248           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4249             name for file output</li>
4250           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4251           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4252             used for HTML form input</li>
4253         </ul>
4254       </td>
4255       <td>
4256         <ul>
4257           <li>HTML output writes groups and features</li>
4258           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4259           <li>File IO bugs</li>
4260         </ul>
4261       </td>
4262     </tr>
4263     <tr>
4264       <td>
4265         <div align="center">
4266           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4267         </div>
4268       </td>
4269       <td>
4270         <ul>
4271           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4272           <li>More options for PCA viewer</li>
4273         </ul>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>GUI bugs resolved</li>
4278           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281     </tr>
4282     <tr>
4283       <td height="63">
4284         <div align="center">
4285           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4286         </div>
4287       </td>
4288       <td>
4289         <ul>
4290           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4291           <li>Jar files are executable</li>
4292           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4293         </ul>
4294       </td>
4295       <td>
4296         <ul>
4297           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4298           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4299           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4300         </ul>
4301       </td>
4302     </tr>
4303     <tr>
4304       <td>
4305         <div align="center">
4306           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4307         </div>
4308       </td>
4309       <td>
4310         <ul>
4311           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314       <td>
4315         <ul>
4316           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4317         </ul>
4318       </td>
4319     </tr>
4320     <tr>
4321       <td>
4322         <div align="center">
4323           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4324         </div>
4325       </td>
4326       <td>
4327         <ul>
4328           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4329             size</li>
4330         </ul>
4331       </td>
4332       <td>
4333         <ul>
4334           <li>Improved JPred client reliability</li>
4335           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4336         </ul>
4337       </td>
4338     </tr>
4339     <tr>
4340       <td>
4341         <div align="center">
4342           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4343         </div>
4344       </td>
4345       <td>
4346         <ul>
4347           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4348           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4349           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4350             to Colour Menu</li>
4351           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4352           <li>Unix users can set default web browser</li>
4353           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4354           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4355         </ul>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4360         </ul>
4361       </td>
4362     </tr>
4363     <tr>
4364       <td>
4365         <div align="center">
4366           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4367         </div>
4368       </td>
4369       <td>&nbsp;</td>
4370       <td>
4371         <ul>
4372           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4373             alignment order.</li>
4374         </ul>
4375       </td>
4376     </tr>
4377     <tr>
4378       <td>
4379         <div align="center">
4380           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4381         </div>
4382       </td>
4383       <td>
4384         <ul>
4385           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4386           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4387           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4388             annotations.</li>
4389           <li>Version and build date written to build properties
4390             file.</li>
4391           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4392             at launch of Jalview.</li>
4393         </ul>
4394       </td>
4395       <td>
4396         <ul>
4397           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4398           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4399           <li>Can remove groups one by one.</li>
4400           <li>Filechooser icons installed.</li>
4401           <li>Finder ignores return character when searching.
4402             Return key will initiate a search.<br>
4403           </li>
4404         </ul>
4405       </td>
4406     </tr>
4407     <tr>
4408       <td>
4409         <div align="center">
4410           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4411         </div>
4412       </td>
4413       <td>
4414         <ul>
4415           <li>New codebase</li>
4416         </ul>
4417       </td>
4418       <td>&nbsp;</td>
4419     </tr>
4420   </table>
4421   <p>&nbsp;</p>
4422 </body>
4423 </html>