help/help/html/releases.html

   1
   2 <html>
   3 <!--
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   5  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   6  *
   7  * This file is part of Jalview.
   8  *
   9  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  15  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  16  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  17  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  20  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  22  -->
  23 <head>
  24 <title>Release History</title>
  25 <style>
  26 ul {
  27         /* remove bullets, narrower indent */
  28         list-style-type: none;
  29         margin: 0;
  30         padding-left: 10px;
  31         padding-bottom: 4px;
  32 }
  33
  34 li {
  35         /* separate the items from eachother */
  36         margin-left: -3px;
  37         padding-bottom: 3px;
  38         padding-left: 6px;
  39 }
  40
  41 li:before {
  42         /*   doesnt get processed in javahelp */
  43         content: '\00b7 ';
  44         padding: 3px;
  45         margin-left: -14px;
  46 }
  47 </style>
  48 </head>
  49 <body>
  50   <p>
  51     <strong>Release History</strong>
  52   </p>
  53   <table border="1">
  54     <tr>
  55       <th nowrap><a id="Jalview.$$Version-Rel$$"><em>Release</em></th>
  56       <th><em>New Features</em></th>
  57       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  58     </tr>
  59     <tr>
  60       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  61           id="Jalview.2.11.2">2.11.2</a><a id="Jalview.2.11.2.0">.0</a><br />
  62           <em>3/03/2022</em></strong></td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3616 JAL-3551 JAL-2322 -->Support for viewing 3D
  67             structures with ChimeraX and Pymol in addition to Jmol and
  68             Chimera.
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3829 -->Discover 3D structure data for sequences
  72             with Uniprot references via 3D-Beacons
  73           </li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3391 -->Rank and select available structures for
  76             Uniprot sequences according to number of residues in
  77             structure mapped to positions involved in the alignment
  78           </li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-3503 -->New Preferences tab for adjusting Jalview's
  81             memory settings at launch
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-3144 -->Reverted to Jalview 'classic' drop-down
  85             menu for selecting which database to fetch from in sequence
  86             fetcher dialog.
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-2226 -->Structure annotation rows for all mapped
  90             chains in 3D structures are included in the 'Reference
  91             Annotation' for a sequence
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1260 -->Import Genbank and EMBL format flatfiles
  95           </li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-3821 -->ENA record's mol_type honoured so RNA
  98             molecules imported from ENA records are shown as RNA
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3863 -->Support for Canonical Uniprot IDs
 101           </li>
 102           <li>
 103             <!-- JAL-3204 -->Updated Jalview bindings for Uniprot XML
 104             schema
 105           </li>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-3926 -->Uniprot and PDBe autosearch option is
 108             disabled by default
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-3530 -->-nowebservicediscovery command line
 112             argument to prevent automatic discovery of analysis
 113             webservices on launch
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3618 -->Allow 'App' directories to be opened when
 117             locating Chimera, ChimeraX or Pymol binaries via filechooser
 118             opened by double clicking the Structure Preferences' path
 119             textbox
 120           </li>
 121         </ul>
 122         <em>Jalview Native App</em>
 123         <ul>
 124           <li>
 125             <!-- JAL- -->New Jalview Develop app - making it even easier
 126             to get at Jalview's development builds
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-3594 -->New splashscreens for Jalview, Jalview Test
 130             and Jalview Develop applications.
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-3728 -->Jalview logos shown for Jalview Java
 134             Console and other window widgets in taskbar and dock rather
 135             than anonymous 'Java' icons
 136           </li>
 137         </ul> <em>JalviewJS</em>
 138         <ul>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-3624 -->PDB structures mapped to Uniprot Sequences with
 141             SIFTS
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-3208 -->setprop commandline argument reinstated for JalviewJS only
 145           </li>
 146           <li>
 147             <!-- JAL- -->
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL- -->
 151           </li>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-3163 -->Missing message bundle keys are only
 154             reported once per key (avoids excessive log output in js
 155             console)
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3168 -->Feature type is included in the title of
 159             the Feature Settings' Colour Chooser dialog
 160           </li>
 161           <li></li>
 162         </ul> <em>Development</em>
 163         <ul>
 164           <li>
 165             <!--   -->First integrated JalviewJS and Jalview release
 166           </li>
 167           <li>Updated building instructions</li>
 168           <li>
 169             <!-- JAL-3789, JAL-3679 -->Improved JalviewJS/Jalview build
 170             process, added support for system package provided eclipse
 171             installs on linux
 172           </li>
 173           <li>Install4j 9.0.x used for installer packaging</li>
 174           <li>Notarized MacOS installer for compatibility with Big
 175             Sur and Monterey</li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3805 -->Uninstaller application for old
 178             (InstallAnywhere based) Jalview installations removed from
 179             the DMG
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3930 -->Improved use of installers for unattended
 183             installation with a customizedId of "JALVIEW" in install4j's
 184             Jalview Launcher
 185           </li>
 186
 187         </ul>
 188
 189       </td>
 190       <td>
 191         <ul>
 192           <li>
 193             <!-- JAL-3674 -->Slow structure commands can block Jalview
 194             execution
 195           </li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3904 -->Structure window's viewer-specific menu
 198             disappears when only one structure is shown (and many
 199             sequences:one chain mappings are present)
 200           </li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3779 -->Annotation file: PROPERTIES apply only to
 203             the first SEQUENCE_GROUP defined
 204
 205           </li>
 206
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3700,JAL-3751,JAL-3763, JAL-3725 -->Selections not
 209             propagated between Linked CDS - Protein alignments and their
 210             trees (known defect from 2.11.1.3)
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-3761  -->Not all codon positions highlighted for
 214             overlapping exon splice sites (e.g due to RNA slippage)
 215           </li>
 216           <li>
 217             <!-- JAL-3794 -->X was not being recognised as the unknown
 218             base in DNA sequences
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-3915 -->Removed RNAview checkbox and logic from
 222             Structure Preferences
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!--  JAL-3583 -->Tooltip behaviour improved (slightly)
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3162 -->Can edit a feature so that start &gt; end
 229           </li>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-2848 -->Cancel from Amend Features doesn't reset a
 232             modified graduated colour
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3788 -->New View with automatic 'Show Overview'
 236             preference enabled results in Null Pointer Exceptions when
 237             clustal colouring is enabled
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3275 -->Can open multiple Preferences panels
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3949 -->Standard out logging broken: messages only
 244             routing to stderr and appear as a raw template
 245           </li>
 246         </ul> <em>JalviewJS</em>
 247         <ul>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3202 -->Consensus profile may include zero (rounded
 250             down) percentage values causing a divide by zero
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- -->
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!-- -->
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!-- -->
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- -->
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3762 -->JalviewJS doesn't honour arguments passed
 266             via Info.args when there are arguments on the URL
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3602 -->gradle closure-compiler not using UTF-8
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-3603 -->Annotation file fails to load from URL in
 273             JalviewJS
 274           </li>
 275         </ul> <em>Development</em>
 276         <ul>
 277           <li>Gradle
 278             <ul>
 279               <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 280               <li>
 281                 <!--  JAL-3745 -->Updated build.gradle for use with
 282                 Gradle v.6.6+
 283               </li>
 284             </ul>
 285           </li>
 286
 287         </ul>
 288       </td>
 289     </tr>
 290     <tr>
 291       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 292           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.7">.7</a><br />
 293           <em>18/01/2022</em></strong></td>
 294       <td></td>
 295       <td align="left" valign="top">
 296         <ul>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3703, JAL-3935 -->Files open in Jalview cannot be
 299             updated by Jalview or other applications (Windows, other non
 300             Unix/BSD OSs)
 301           </li>
 302         </ul> <em>Security</em>
 303         <ul>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3937 -->Enable AIA download of HTTPS intermediate
 306             certificates.
 307           </li>
 308         </ul>
 309     </tr>
 310     <tr>
 311       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 312           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.6">.6</a><br />
 313           <em>6/01/2022</em></strong></td>
 314
 315       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 316         <ul>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3934 -->Version bump library dependency: Log4j
 319             2.16.0 to 2.17.0.
 320           </li>
 321         </ul></td>
 322       <td></td>
 323     </tr>
 324     <tr>
 325       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 326           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
 327           <em>20/12/2021</em></strong></td>
 328
 329       <td align="left" valign="top"><em>Security</em>
 330         <ul>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-3933 -->Update library dependency: Log4j 2.16.0
 333             (was log4j 1.2.x).
 334         </ul> <em>Development</em>
 335         <ul>
 336           <li>Updated building instructions</li>
 337         </ul></td>
 338       <td>
 339         <ul>
 340           <li>
 341             <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
 342             alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
 343             and display)
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
 347             scale factors being set with buggy window-managers (linux
 348             only)
 349           </li>
 350         </ul> <em>Development</em>
 351         <ul>
 352           <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
 353         </ul>
 354       </td>
 355     </tr>
 356     <tr>
 357       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 358           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
 359           <em>09/03/2021</em></strong></td>
 360       <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
 361           Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
 362         <ul>
 363           <li>
 364             <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
 365             launch of the news browser (like -nonews argument)
 366           </li>
 367           <li>
 368             <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
 369             download of linkout URLs from
 370             www.jalview.org/services/identifiers
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
 374             download of BIOJSHTML templates
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
 378             trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
 379             disabled
 380           </li>
 381         </ul></td>
 382       <td align="left" valign="top">
 383         <ul>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
 386             Jmol
 387           </li>
 388         </ul> <em>New Known defects</em>
 389         <ul>
 390           <li>
 391             <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
 392             always restored from project (since 2.10.3)
 393           </li>
 394           <li>
 395             <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
 396             propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
 397           </li>
 398         </ul>
 399       </td>
 400     </tr>
 401     <tr>
 402       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 403           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.3">.3</a><br />
 404           <em>29/10/2020</em></strong></td>
 405       <td align="left" valign="top">
 406         <ul>
 407
 408         </ul>
 409       </td>
 410       <td align="left" valign="top">
 411         <ul>
 412           <li>
 413             <!-- JAL-3765 -->Find doesn't always highlight all matching
 414             positions in a sequence (bug introduced in 2.11.1.2)
 415           </li>
 416           <li>
 417             <!-- JAL-3760 -->Alignments containing one or more protein
 418             sequences can be classed as nucleotide
 419           </li>
 420           <li>
 421             <!-- JAL-3748 -->CDS alignment doesn't match original CDS
 422             sequences after alignment of protein products (known defect
 423             first reported for 2.11.1.0)
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3725 -->No tooltip or popup menu for genomic
 427             features outwith CDS shown overlaid on protein
 428           </li>
 429           <li>
 430             <!-- JAL-3751 -->Overlapping CDS in ENA accessions are not
 431             correctly mapped by Jalview (e.g. affects viral CDS with
 432             ribosomal slippage, since 2.9.0)
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-3763 -->Spliced transcript CDS sequences don't show
 436             CDS features
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-3700 -->Selections in CDS sequence panel don't
 440             always select corresponding protein sequences
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-3759 --> <em>Make groups from selection</em> for a
 444             column selection doesn't always ignore hidden columns
 445           </li>
 446         </ul> <em>Installer</em>
 447         <ul>
 448           <li>
 449             <!-- JAL-3611 -->Space character in Jalview install path on
 450             Windows prevents install4j launching getdown
 451           </li>
 452         </ul> <em>Development</em>
 453         <ul>
 454           <li>
 455             <!-- JAL-3248 -->Fixed typos and specified compatible gradle
 456             version numbers in doc/building.md
 457           </li>
 458         </ul>
 459       </td>
 460     </tr>
 461     <tr>
 462       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 463           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.2">.2</a><br />
 464           <em>25/09/2020</em></strong></td>
 465       <td align="left" valign="top">
 466         <ul>
 467         </ul>
 468       </td>
 469       <td align="left" valign="top">
 470         <ul>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-3757 -->Fresh install of Jalview 2.11.1.1 reports
 473             "Encountered problems opening
 474             https://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_7.jvp"
 475           </li>
 476         </ul>
 477       </td>
 478     </tr>
 479     <tr>
 480       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 481           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
 482           <em>17/09/2020</em></strong></td>
 483       <td align="left" valign="top">
 484         <ul>
 485           <li>
 486             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
 487             residue in cursor mode
 488           </li>
 489           <li>
 490             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
 491             HTSJDK from 2.12 to 2.23
 492           </li>
 493           <li>
 494             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
 495             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
 496             improved compatibility with JalviewJS
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
 500             alignments from Pfam and Rfam
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
 504             import (no longer based on .gz extension)
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
 508           </li>
 509           <li>
 510             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
 511             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
 512             EMBL flat file
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
 516             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
 517             saving or making backup files.
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 521             <ul>
 522               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 523               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 524             </ul>
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 528             when running on Linux (Requires Java 11+)
 529           </li>
 530         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 531         <ul>
 532           <li>
 533             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 534             through a system property
 535           </li>
 536           <li>
 537             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 538             line help for configuring Jalview's memory
 539           </li>
 540         </ul>
 541       </td>
 542       <td align="left" valign="top">
 543         <ul>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 546             but not calculated and no protein or DNA score models are
 547             available for tree/PCA calculation when launched with
 548             Turkish language locale
 549           </li>
 550           <li>
 551             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 552             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 553           </li>
 554           <li>
 555             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 556             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 560             sequence under the cursor
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 564             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 565           </li>
 566           <li>
 567             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 568             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 569             '%s'" on the console
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 573             when there are both local and complementary features mapped
 574             to the position under the cursor
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 578             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 582             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 583           </li>
 584           <li>
 585             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 586             internationalised text for some messages and log output
 587           </li>
 588           <li>
 589             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 590             hidden gapped columns
 591           </li>
 592           <li>
 593             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 594             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 595           </li>
 596           <li>
 597             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 598             specifying output format when exporting an alignment via the
 599             command line
 600           </li>
 601           <li>
 602             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 603             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 604             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 605             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 606             file again, and if that fails, delete the original file and
 607             save in place.)
 608           </li>
 609           <li>
 610             <!-- JAL-3750 -->Cannot process alignments from HTTPS urls
 611             via command line
 612           </li>
 613           <li>
 614             <!-- JAL-3741 -->References to http://www.jalview.org in
 615             program and documentation
 616           </li>
 617         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 618         <ul>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 621             first time for a version that has different jars to the
 622             previous launched version.
 623           </li>
 624         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 625         <ul>
 626           <li>
 627             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 628             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 629             OutOfMemory error.
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 633             monitor the release channel
 634           </li>
 635         </ul> <em>New Known defects</em>
 636         <ul>
 637           <li>
 638             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 639             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 640             proteins share a common transcript sequence (e.g. genome of
 641             RNA viruses)
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and
 645             re-imported are ordered differently when shown on alignment
 646             and in tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 647           </li>
 648           <li>
 649             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 650             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 651             works for the top left quadrant of the alignment window
 652           </li>
 653           <li>
 654             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 655             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 656           </li>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 659             when alignment view restored from project (since Jalview
 660             2.11.0)
 661           </li>
 662           <li>
 663             <!-- JAL-3749 -->Duplicate CDS sequences are generated when
 664             protein products for certain ENA records are repeatedly
 665             shown via Calculate-&gt;Show Cross Refs
 666           </li>
 667         </ul>
 668       </td>
 669     </tr>
 670     <tr>
 671       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 672           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 673           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 674       <td align="left" valign="top">
 675         <ul>
 676           <li>
 677             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 678             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 679             for display in alignments, on structure views (including
 680             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 681             export.
 682           </li>
 683           <li>
 684             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 685             exported and re-imported as GFF3 files
 686           </li>
 687           <li>
 688             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 689             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 690           </li>
 691           <li>
 692             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 693             validation while parsing
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 697             position if reopened
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 701             of associated view
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 705             enabled by default
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 709             tooltips and menus
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 713             with no feature types visible
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature
 717             attributes with large integer values
 718           </li>
 719         </ul>
 720         <em>Jalview Installer</em>
 721         <ul>
 722           <li>
 723             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and
 724             installer template version reported in console (may be null
 725             when Jalview launched as executable jar or via conda)
 726           </li>
 727           <li>
 728             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and
 729             higher quality background images
 730           </li>
 731           <li>
 732             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher
 733             generated with install4j 8.0.4
 734           </li>
 735           <li>
 736             <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix
 737             Platforms
 738           </li>
 739           <li>
 740             <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory
 741             setting when running on large memory machines
 742           </li>
 743         </ul> <em>Release processes</em>
 744         <ul>
 745           <li>
 746             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 747           </li>
 748           <li>
 749             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier
 750             access to test-release channel builds
 751           </li>
 752         </ul> <em>Build System</em>
 753         <ul>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 756           </li>
 757           <li>
 758             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 759             report
 760           </li>
 761         </ul> <em>Groovy Scripts</em>
 762         <ul>
 763           <li>
 764             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 765             to stdout containing the consensus sequence for each
 766             alignment in a Jalview session
 767           </li>
 768           <li>
 769             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 770             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 771             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 772           </li>
 773         </ul>
 774       </td>
 775       <td align="left" valign="top">
 776         <ul>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 779             'Show hidden markers' option is not ticked
 780           </li>
 781           <li>
 782             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 783             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 784             jalview preferences or properties file
 785           </li>
 786           <li>
 787             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 788             'Show Sequence Features' option is not ticked
 789           </li>
 790           <li>
 791             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 792             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 793             features are visible
 794           </li>
 795           <li>
 796             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 797             equal when split frame is first opened
 798           </li>
 799           <li>
 800             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 801             correct after editing a sequence's start position
 802           </li>
 803           <li>
 804             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 805             with annotation and exceptions thrown when only a few
 806             columns shown in wrapped mode
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 810             wrapped alignment figure with annotations
 811           </li>
 812           <li>
 813             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 814             ID fails with ClassCastException
 815           </li>
 816           <li>
 817             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 818             Project
 819           </li>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 822             feature settings dialog also selects columns
 823           </li>
 824           <li>
 825             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 826             IllegalArgumentException in some circumstances
 827           </li>
 828           <li>
 829             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 830             opened for a view
 831           </li>
 832           <li>
 833             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 834             alignment window is closed
 835           </li>
 836           <li>
 837             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 838             help documentation for 2.11.0 release
 839           </li>
 840           <li>
 841             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 842             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 843             Uniprot Accession
 844           </li>
 845         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 846         <ul>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 849             PDB/Uniprot search panel
 850           </li>
 851         </ul> <em>Installer</em>
 852         <ul>
 853           <li>
 854             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 855             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 856           </li>
 857         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 858         <ul>
 859           <li>
 860             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 861             repository
 862           </li>
 863           <li>
 864             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 865             memory
 866           </li>
 867         </ul> <em>New Known Issues</em>
 868         <ul>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 871             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 872             command line
 873           </li>
 874           <li>
 875             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 876             clipped in headless figure export when Right Align option
 877             enabled
 878           </li>
 879           <li>
 880             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 881             'Source' in console output
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail
 885             on jalview's bamboo server but run fine locally.
 886           </li>
 887         </ul>
 888       </td>
 889     </tr>
 890     <tr>
 891       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 892           name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br /> <em>04/07/2019</em></strong></td>
 893       <td align="left" valign="top">
 894         <ul>
 895           <li>
 896             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native
 897             Application and Installers built with <a
 898             href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a>
 899             (licensed to the Jalview open source project) rather than
 900             InstallAnywhere
 901           </li>
 902           <li>
 903             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure
 904             memory settings, receive over the air updates and launch
 905             specific versions via (<a
 906             href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 907               Rings' GetDown</a>)
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations
 911             for formats supported by Jalview (including .jvp project
 912             files)
 913           </li>
 914           <li>
 915             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command
 916             line arguments and switch between different getdown channels
 917           </li>
 918           <li>
 919             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview
 920             project or alignment files
 921           </li>
 922
 923           <li>
 924             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF
 925             data files
 926           </li>
 927           <li>
 928             <!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview
 929             updated to version 2.12.0
 930           </li>
 931           <li>
 932             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 933             'Translate as cDNA'
 934           </li>
 935           <li>
 936             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0
 937           </li>
 938           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis
 939               of Sequence Features</strong>
 940             <ul>
 941               <li>
 942                 <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 943                 implementation that allows updates) used for Sequence
 944                 Feature collections
 945               </li>
 946               <li>
 947                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 948                 features can be filtered and shaded according to any
 949                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 950                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 951                 file)
 952               </li>
 953               <li>
 954                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 955                 stored and restored from Jalview Projects
 956               </li>
 957               <li>
 958                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via
 959                 BioJava) to recognise variant features
 960               </li>
 961               <li>
 962                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants
 963                 on peptide sequences (also coloured red by default)
 964               </li>
 965               <li>
 966                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a
 967                 selected sequence feature's details
 968               </li>
 969               <li>
 970                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient
 971                 sequence feature render algorithm (Z-sort/transparency
 972                 and filter aware)
 973               </li>
 974               <li>
 975                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature
 976                 Settings dialog
 977               </li>
 978             </ul></li>
 979           <li>
 980             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster tree
 981             and PCA calculations
 982           </li>
 983           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 984             <ul>
 985               <li>
 986                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis
 987                 results and Viewer state saved in Jalview Project
 988               </li>
 989               <li>
 990                 <!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from
 991                 viewer's drop-down menus
 992               </li>
 993               <li>
 994                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate
 995                 PCA image incrementally
 996               </li>
 997               <li>
 998                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 999               </li>
1000             </ul></li>
1001           <li>
1002             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
1003           </li>
1004           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
1005             <ul>
1006               <li>
1007                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of
1008                 selections and multiple groups when working with large
1009                 alignments
1010               </li>
1011               <li>
1012                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
1013                 parsing Stockholm files
1014               </li>
1015             </ul>
1016           <li><strong>User Interface</strong>
1017             <ul>
1018               <li>
1019                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in
1020                 each view
1021               </li>
1022               <li>
1023                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS
1024                 (What you see is what is shown)<br />Only visible
1025                 regions of alignment are shown by default (can be
1026                 changed in user preferences)
1027               </li>
1028               <li>
1029                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after
1030                 responding Cancel to the Overwrite Dialog
1031               </li>
1032               <li>
1033                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour
1034                 when all sequences are hidden
1035               </li>
1036               <li>
1037                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
1038                 selection region, and gap count when inserting or
1039                 deleting gaps
1040               </li>
1041               <li>
1042                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and
1043                 annotation labels
1044               </li>
1045               <li>
1046                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are
1047                 shown when in wrapped mode
1048               </li>
1049               <li>
1050                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging
1051                 left/right in a graph or histogram annotation
1052               </li>
1053               <li>
1054                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB
1055                 search panels
1056               </li>
1057               <li>
1058                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in
1059                 Overview panel
1060               </li>
1061               <li>
1062                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in
1063                 sequence id popup menu
1064               </li>
1065               <li>
1066                 <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position
1067                 not shown if no subgroups are created
1068               </li>
1069               <li>
1070                 <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of
1071                 search history by right-clicking search box
1072               </li>
1073
1074
1075             </ul></li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to
1078             Groovy v2.5
1079           </li>
1080           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general
1081               release)</strong>
1082             <ul>
1083               <li>
1084                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About'
1085                 entry and trapping CMD-Q
1086               </li>
1087             </ul></li>
1088         </ul> <em>Deprecations</em>
1089         <ul>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
1092             capabilities removed from the Jalview Desktop
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling
1096             and unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview
1097             projects and XML based data retrieval clients
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for
1101             removal
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web
1105             Start
1106           </li>
1107         </ul> <em>Documentation</em>
1108         <ul>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering
1111             effects not supported in EPS figure export
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences
1115             dialog
1116           </li>
1117         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
1118         <ul>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated
1121             from Ant to Gradle
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated
1125             keys in Message bundles
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
1129             gradle-eclipse
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian Bamboo
1133             continuous integration for unattended Test Suite execution
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
1137             operations
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
1141             issues resolved
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
1145             markdown (with HTML rendering)
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
1152             versions of Jalview
1153           </li>
1154         </ul>
1155       </td>
1156       <td align="left" valign="top">
1157         <ul>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
1163             superposition in Jmol fail on Windows
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when
1167             discovering structures for sequences with lots of PDB
1168             structures
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export
1172             with monospaced font
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
1176             Jalview project involving multiple views
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
1180             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
1181             Annotation dialog hides columns
1182           </li>
1183           <li>
1184             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
1185             a CDS/Protein alignment stops working after making a
1186             selection in one view, then making another selection in the
1187             other view
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
1191             columns
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
1195             Feature Settings and Jalview Preferences panels
1196           </li>
1197           <li>
1198             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or
1199             redrawing the overview with large alignments
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
1203             region if columns were selected by dragging right-to-left
1204             and the mouse moved to the left of the first column
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to
1208             a hidden column marker via scale popup menu
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
1212             URLs doesn't tell users the invalid URL
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
1216             score from view
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl
1220             during show cross references or Fetch Database References
1221             are shown in red in original view
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown
1225             correctly on peptide sequence (computed variant shown as
1226             p.Res.null)
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
1230             manually created features (where feature score is Float.NaN)
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
1234             printed when columns are hidden
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
1238             Columns by Annotation description
1239           </li>
1240           <li>
1241             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
1242             dragging out of Scale or Annotation Panel
1243           </li>
1244           <li>
1245             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling
1246             out of scale panel
1247           </li>
1248           <li>
1249             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
1250             alignment down
1251           </li>
1252           <li>
1253             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal
1254             in scale panel
1255           </li>
1256           <li>
1257             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page
1258             Down, Page Up in wrapped mode
1259           </li>
1260           <li>
1261             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always
1268             selected on opening an alignment
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected
1272             in Colour menu
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes
1276             when different groups in the alignment are selected
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not
1280             shown correctly in menu
1281           </li>
1282           <li>
1283             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at
1284             min/max threshold limit
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
1288             threshold gets 'unrounded'
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
1292             colour
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y
1296             axis
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets
1303             alignment, not Tree font
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored
1307             from project file
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if
1311             Overview shown in complementary view
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when
1315             shown without normalisation
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open
1319             positioned at top of report
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
1323           </li>
1324           <li>
1325             <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on
1326             OSX Mojave
1327           </li>
1328         </ul> <em>Editing</em>
1329         <ul>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
1332             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
1333             via 'Edit' sequence
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection
1337             doesn't relocate sequence features correctly when start of
1338             sequence is removed (Known defect since 2.10)
1339           </li>
1340           <li>
1341             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit
1342             Sequence dialog corrupts dataset sequence
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when
1346             associated tree repartitions the alignment view (Regression
1347             in 2.10.5)
1348           </li>
1349         </ul> <em>Datamodel</em>
1350         <ul>
1351           <li>
1352             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
1353             sequence's End is greater than its length
1354           </li>
1355         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on general
1356           release)</em>
1357         <ul>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
1360           </li>
1361         </ul> <em>New Known Defects</em>
1362         <ul>
1363           <li>
1364             <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double
1365             clicking ignores bounds of an existing selected region
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in
1369             gapped regions of protein alignment.
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when
1373             PCA View is restored from a Jalview 2.11 project
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small
1377             after 'New View'
1378           </li>
1379           <li>
1380             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
1381             columns within hidden columns
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse
1385             re-enters window after dragging left to select columns to
1386             left of visible region
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their
1390             description string and thresholded by score in earlier
1391             versions of Jalview are not shown as thresholded features in
1392             2.11. To workaround please create a Score filter instead.
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't
1396             reset group visibility
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in
1400             linked CDS/Protein view
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
1404             alignments with multiple views can close views unexpectedly
1405           </li>
1406         </ul> <em>Java 11 Specific defects</em>
1407         <ul>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
1410             alphabetically when saved
1411           </li>
1412         </ul>
1413       </td>
1414     </tr>
1415     <tr>
1416       <td width="60" nowrap>
1417         <div align="center">
1418           <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
1419         </div>
1420       </td>
1421       <td><div align="left">
1422           <em></em>
1423           <ul>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
1426               InstallAnywhere increased to 1G.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
1430               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
1431               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
1432                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
1433                 properties file.</em>
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
1437               API and sequence data now imported as JSON.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
1441               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
1442               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
1443               property.
1444             </li>
1445           </ul>
1446           <em>Development</em>
1447           <ul>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
1450               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
1451                 Clover</a>
1452             </li>
1453           </ul>
1454         </div></td>
1455       <td><div align="left">
1456           <em></em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
1460               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
1461               alignment.
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
1465               annotation displayed.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
1469               for newly created group when 'Apply to all groups'
1470               selected
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
1474               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
1475               visible.
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
1479               when sequences are selected in exported view.</em>
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
1483               aren't rendered with correct colour.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
1487               types of knotted RNA secondary structure.
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
1491               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1492               do not start at 1.
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1496               annotation when columns are inserted into an alignment,
1497               and when exporting as Stockholm flatfile.
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1501               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1502               treated as RNA secondary structure.
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1506               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1510               transfers focus to previous window on OSX
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1517               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1518               box.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1522               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1523               'look and feel' which has improved compatibility with the
1524               latest version of OSX.
1525             </li>
1526           </ul>
1527         </div></td>
1528     </tr>
1529     <tr>
1530       <td width="60" nowrap>
1531         <div align="center">
1532           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1533             <em>7/06/2018</em></strong>
1534         </div>
1535       </td>
1536       <td><div align="left">
1537           <em></em>
1538           <ul>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1541               annotation retrieved from Uniprot
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1545               onto the Jalview Desktop
1546             </li>
1547           </ul>
1548         </div></td>
1549       <td><div align="left">
1550           <em></em>
1551           <ul>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1554               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1558               right-hand column parsed correctly
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1562               not alignment area in exported graphic
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1566               window has input focus
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1570               annotation added to view (Windows)
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1574               network connectivity is poor
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1578               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1579                 the currently open URL and links from a page viewed in
1580                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1581                 you are using Edge, only links in the page can be
1582                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1583                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1584             </li>
1585           </ul>
1586           <em>New Known Defects</em>
1587           <ul>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by
1590               Annotation
1591             </li>
1592           </ul>
1593         </div></td>
1594     </tr>
1595     <tr>
1596       <td width="60" nowrap>
1597         <div align="center">
1598           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1599         </div>
1600       </td>
1601       <td><div align="left">
1602           <em></em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1606               for disabling automatic superposition of multiple
1607               structures and open structures in existing views
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1611               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1612               adjust them.
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1616               Ensembl services
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1620               and lots of hidden columns
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1624               of features (particularly when transparency is disabled)
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2
1628               for exchange of Jalview features and Chimera attributes
1629               made generally available
1630             </li>
1631           </ul>
1632         </div></td>
1633       <td><div align="left">
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1637               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1641               overlapping alignment panel
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1645               sequence as gaps
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1649               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1650               UTR
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1654               factor annotation not added to sequence when local PDB
1655               file associated with it by drag'n'drop or structure
1656               chooser
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1660               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1664               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1668               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1672               columns in annotation row
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
1676               not honored in batch mode
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1680               for structures added to existing Jmol view
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1684               entries after importing project with multiple views
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1688               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1689               with negative residue numbers or missing residues fails
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with
1693               negative Temperature Factor values from annotated PDB
1694               files (e.g. as generated by CONSURF)
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1698               tooltip doesn't include a text description of mutation
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1702               structure and/or overview windows are also shown
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted
1706               regions very slow for alignments with large numbers of
1707               sequences
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1711               with 'StringIndexOutOfBounds'
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and
1715               Feel for OSX platforms running Java 10
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1719               view appears to do nothing because the view is hidden
1720               behind the alignment view
1721             </li>
1722           </ul>
1723           <em>Applet</em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1727               should copy the group consensus when popup is opened on it
1728             </li>
1729           </ul>
1730           <em>Batch Mode</em>
1731           <ul>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not
1734               respected
1735             </li>
1736           </ul>
1737           <em>New Known Defects</em>
1738           <ul>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1741               editing a large alignment and overview is displayed
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1745               repeatedly after a series of edits even when the overview
1746               is no longer reflecting updates
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1750               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1751               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1752               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with
1756               CSV option gives blank output
1757             </li>
1758           </ul>
1759         </div></td>
1760     </tr>
1761     <tr>
1762       <td width="60" nowrap>
1763         <div align="center">
1764           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br />
1765             <em>24/1/2018</em></strong>
1766         </div>
1767       </td>
1768       <td><div align="left">
1769           <ul>
1770             <li>Updated Certum Codesigning Certificate (Valid till
1771               30th November 2018)</li>
1772           </ul>
1773         </div></td>
1774       <td><div align="left">
1775           <em>Desktop</em>
1776           <ul>
1777             <ul>
1778               <li>
1779                 <!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when
1780                 several sequences and structures are selected for
1781                 viewing/superposing
1782               </li>
1783               <li>
1784                 <!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll
1785                 vertically via trackpad and scrollwheel
1786               </li>
1787               <li>
1788                 <!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed
1789                 in cursor mode when cursor lies in hidden region at
1790                 start of alignment
1791               </li>
1792               <li>
1793                 <!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when
1794                 scrolled into view if columns are hidden
1795               </li>
1796               <li>
1797                 <!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to
1798                 reset (ie after hitting cancel) for large numbers of
1799                 hidden columns
1800               </li>
1801               <li>
1802                 <!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion
1803                 of sequence limits when exporting as flat file has no
1804                 effect
1805               </li>
1806               <li>
1807                 <!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference
1808                 relationships when retrieving sequences from
1809                 EnsemblGenomes
1810               </li>
1811             </ul>
1812         </div></td>
1813     </tr>
1814     <tr>
1815       <td width="60" nowrap>
1816         <div align="center">
1817           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1818         </div>
1819       </td>
1820       <td><div align="left">
1821           <em></em>
1822           <ul>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1825               rendering of sequence features
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1829               429 rate limit request hander
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1833               their colours have changed
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1837               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1841               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1845               view from Ensembl locus cross-references
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1849               Alignment report
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1853               feature can be disabled
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1857               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1861               Uniprot
1862             </li>
1863           </ul>
1864           <em>Scripting</em>
1865           <ul>
1866             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1867             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1868               percent identity scores for current alignment.</li>
1869           </ul>
1870           <em>Testing and Deployment</em>
1871           <ul>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1874             </li>
1875           </ul>
1876         </div></td>
1877       <td><div align="left">
1878           <em>General</em>
1879           <ul>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1882               threshold text field doesn't trigger an update to the
1883               alignment view
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1887               strings in parallel
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1891               alignment window is closed
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1895               group visibility
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1899               takes a long time in Cursor mode
1900             </li>
1901           </ul>
1902           <em>Desktop</em>
1903           <ul>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1906               cannot be viewed in Chimera
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1910               CDS/Protein view
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1914               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1915               Search Dialogs
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1925               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1926             </li>
1927             <li>
1928               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1929               scrolling right in unwapped alignment view
1930             </li>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1933               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1934               database
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1938               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1942               features of same type and group to be selected for
1943               amending
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1947               alignments when hidden columns are present
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1951               displaying several structures
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1955               moving a window
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1959               within the Jalview desktop on OSX
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1963               when in wrapped alignment mode
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1967               hand end of alignment
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1971               each selected sequence do not have correct start/end
1972               positions
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1976               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1980               restoring project until a new view is created
1981             </li>
1982             <li>
1983               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1984               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1985               configured (since 2.10.2b2)
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1989               position is adjusted
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1993               in a multi-chain structure when viewing alignment
1994               involving more than one chain (since 2.10)
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1998               if new selection moves alignment window
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
2002               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
2003             </li>
2004             <li>
2005               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
2006               that produces correctly annotated transcripts and products
2007             </li>
2008             <li>
2009               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
2010               doesn't update associated structure view
2011             </li>
2012           </ul>
2013           <em>Applet</em><br />
2014           <ul>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
2017               closing alignment panel
2018             </li>
2019           </ul>
2020           <em>BioJSON</em><br />
2021           <ul>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
2024               non-positional features
2025             </li>
2026           </ul>
2027           <em>New Known Issues</em>
2028           <ul>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
2031               sequence features correctly (for many previous versions of
2032               Jalview)
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
2036               using cursor in wrapped panel other than top
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
2040               graduated colour threshold
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
2044               always preserve numbering and sequence features
2045             </li>
2046           </ul>
2047           <em>Known Java 9 Issues</em>
2048           <ul>
2049             <li>
2050               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
2051               not responsive when entering characters (Webstart, Java
2052               9.01, OSX 10.10)
2053             </li>
2054           </ul>
2055         </div></td>
2056     </tr>
2057     <tr>
2058       <td width="60" nowrap>
2059         <div align="center">
2060           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
2061             <em>2/10/2017</em></strong>
2062         </div>
2063       </td>
2064       <td><div align="left">
2065           <em>New features in Jalview Desktop</em>
2066           <ul>
2067             <li>
2068               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API
2069               at uniprot.org
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to
2073               ebi.ac.uk
2074             </li>
2075           </ul>
2076         </div></td>
2077       <td><div align="left"></div></td>
2078     </tr>
2079     <tr>
2080       <td width="60" nowrap>
2081         <div align="center">
2082           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
2083             <em>7/9/2017</em></strong>
2084         </div>
2085       </td>
2086       <td><div align="left">
2087           <em></em>
2088           <ul>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
2091               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
2092               white)
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
2096               Preferences
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
2100               in size and progress bar shown as higher resolution
2101               overview is recalculated
2102             </li>
2103
2104           </ul>
2105         </div></td>
2106       <td><div align="left">
2107           <em></em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
2111               column region row by row
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
2115               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
2119               format setting is unticked
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
2123               if group has show boxes format setting unticked
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
2127               autoscrolling whilst dragging current selection group to
2128               include sequences and columns not currently displayed
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
2132               assemblies are imported via CIF file
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
2136               displayed when threshold or conservation colouring is also
2137               enabled.
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
2141               server version
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
2145               dragging a selected region off the visible region of the
2146               alignment
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
2150               colourscheme to all groups in a view
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
2154               initially after font size change using the Font chooser or
2155               middle-mouse zoom
2156             </li>
2157           </ul>
2158         </div></td>
2159     </tr>
2160     <tr>
2161       <td width="60" nowrap>
2162         <div align="center">
2163           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
2164         </div>
2165       </td>
2166       <td><div align="left">
2167           <em>Calculations</em>
2168           <ul>
2169
2170             <li>
2171               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
2172               ungapped positions in each column of the alignment.
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
2176               a calculation dialog box
2177             </li>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
2180               and memory efficiency (~30x faster)
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
2184               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
2185               and other calculations
2186             </li>
2187             <li>
2188               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
2189               files within the Jalview codebase
2190             </li>
2191             <li>
2192               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
2193               Similarity may have different topology due to increased
2194               precision
2195             </li>
2196           </ul>
2197           <em>Rendering</em>
2198           <ul>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
2201               model for alignments and groups
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
2205               scripts
2206             </li>
2207           </ul>
2208           <em>Overview</em>
2209           <ul>
2210             <li>
2211               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
2212               with alignment and overview windows
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
2216               overview
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
2220               omitted in Overview
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
2224               adjustment of visible position
2225             </li>
2226           </ul>
2227
2228           <em>Data import/export</em>
2229           <ul>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
2232               Stockholm files imported as sequence associated annotation
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
2236               annotation input/output via stockholm flatfile
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
2240               extension when importing structure files without embedded
2241               names or PDB accessions
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
2245               format sequence substitution matrices
2246             </li>
2247           </ul>
2248           <em>User Interface</em>
2249           <ul>
2250             <li>
2251               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
2252               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
2253               the application.
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
2257               via Overview or sequence motif search operations
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
2261               opened by double clicking gaps within sequence feature
2262               extent
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
2266               aligned positions were available to create a 3D structure
2267               superposition.
2268             </li>
2269           </ul>
2270           <em>3D Structure</em>
2271           <ul>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
2274               coloured in linked structure views
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
2278               file-based command exchange
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
2282               Cached Structures rather than querying the PDBe if
2283               structures are already available for sequences
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
2287               the Jalview project rather than downloaded again when the
2288               project is reopened.
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
2292               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
2293               features, and vice-versa (<strong>Experimental
2294                 Feature</strong>)
2295             </li>
2296           </ul>
2297           <em>Web Services</em>
2298           <ul>
2299             <li>
2300               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
2304               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
2305               Analysis services
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
2309               cross-references provided by identifiers.org and the
2310               EMBL-EBI's MIRIAM DB
2311             </li>
2312           </ul>
2313
2314           <em>Scripting</em>
2315           <ul>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
2318               identifying file formats (instead of String constants)
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
2322               efficiency when counting all displayed features (not
2323               backwards compatible with 2.10.1)
2324             </li>
2325           </ul>
2326           <em>Example files</em>
2327           <ul>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
2330               included in the example feature file
2331             </li>
2332           </ul>
2333           <em>Documentation</em>
2334           <ul>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
2337               with the built-in Java help viewer
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
2341               sequence description' option
2342             </li>
2343           </ul>
2344           <em>Test Suite</em>
2345           <ul>
2346             <li>
2347               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
2348               Uniprot REST Free Text Search Client
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
2355               during tests
2356             </li>
2357           </ul>
2358         </div></td>
2359       <td><div align="left">
2360           <em>Calculations</em>
2361           <ul>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
2364               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
2365               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
2366             </li>
2367             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
2368               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
2369               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
2370               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
2371               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
2372               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
2373               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
2374               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
2375               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
2376               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
2377               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
2378               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
2379               // for 2.10.1 mode <br />
2380               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
2381               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
2382                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
2383                 calculations (not recommended)</em></li>
2384             <li>
2385               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
2386               scaling of branch lengths for trees computed using
2387               Sequence Feature Similarity.
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
2391               generating output report when working with highly
2392               redundant alignments
2393             </li>
2394             <li>
2395               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
2396               right of selected region when gaps present on right-hand
2397               boundary
2398             </li>
2399           </ul>
2400           <em>User Interface</em>
2401           <ul>
2402             <li>
2403               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
2404               doesn't reselect a specific sequence's associated
2405               annotation after it was used for colouring a view
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
2409               opened on a region of alignment without groups
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
2413               of an alignment with overlapping groups
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
2417               name and description match
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
2421               hidden regions results in incorrect hidden regions
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
2425               changing colour does not apply Conservation slider value
2426               to all groups
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
2430               items do not show a tick or allow shading to be disabled
2431             </li>
2432             <li>
2433               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
2434               lost when base colourscheme changed if slider not visible
2435             </li>
2436             <li>
2437               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
2438               gaps before start of features
2439             </li>
2440             <li>
2441               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
2442               restored to UI when feature colour is edited
2443             </li>
2444             <li>
2445               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
2446               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
2447             </li>
2448             <li>
2449               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
2450               as graduate feature colour settings are modified via the
2451               dialog box
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
2455               when a group defined on the alignment is resized
2456             </li>
2457             <li>
2458               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
2459               wrapped view result in positional status updates
2460             </li>
2461
2462             <li>
2463               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
2464               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
2468               alignment included gapped columns
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
2472               widgets don't permanently disappear
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
2476               annotation that are shown only as column labels (e.g.
2477               T-Coffee column reliability scores)
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
2481               sequence feature on gaps only
2482             </li>
2483             <li>
2484               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
2485               button from a Find inherit previously defined feature type
2486               rather than the Find query string
2487             </li>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
2490               exporting tree calculated in Jalview
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
2494               and then revealing them reorders sequences on the
2495               alignment
2496             </li>
2497             <li>
2498               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
2499               doesn't update to reflect available set of groups after
2500               interactively adding or modifying features
2501             </li>
2502             <li>
2503               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
2504               Linux
2505             </li>
2506             <li>
2507               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
2508               only excluded gaps in current sequence and ignored
2509               selection.
2510             </li>
2511           </ul>
2512           <em>Rendering</em>
2513           <ul>
2514             <li>
2515               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
2516               erratically when hidden rows or columns are present
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
2520               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
2521               sequence colouring
2522             </li>
2523             <li>
2524               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
2525               colour and group colour menu for protein alignments
2526             </li>
2527             <li>
2528               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2529               reflect currently selected view or group's shading
2530               thresholds
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2534               when rendered on overview and structures when opacity at
2535               100%
2536             </li>
2537             <li>
2538               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2539               overview when features overlaid on alignment
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2543               recovered correctly from Jalview project file
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first
2547               opened (automatically via preferences) are different to
2548               the main alignment panel
2549             </li>
2550           </ul>
2551           <em>Data import/export</em>
2552           <ul>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2555               load
2556             </li>
2557             <li>
2558               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2559               added after a sequence was imported are not written to
2560               Stockholm File
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2564               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2568               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2572               with lightGray or darkGray via features file (but can
2573               specify lightgray)
2574             </li>
2575             <li>
2576               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2577               when alignment view imported from project
2578             </li>
2579             <li>
2580               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2581               structure and sequences extracted from structure files
2582               imported via URL and viewed in Jmol
2583             </li>
2584             <li>
2585               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2586               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2587               the project is loaded and the structure viewed
2588             </li>
2589           </ul>
2590           <em>Web Services</em>
2591           <ul>
2592             <li>
2593               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2594               release of Ensembl v.88
2595             </li>
2596             <li>
2597               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2598               appear enabled in Preferences->Connections
2599             </li>
2600             <li>
2601               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2602               removed from console output
2603             </li>
2604             <li>
2605               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2606               Ensembl by Peptide ID
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2610               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2611               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2612               due to 'null' string rather than empty string used for
2613               residues with no corresponding PDB mapping).
2614             </li>
2615           </ul>
2616           <em>Application UI</em>
2617           <ul>
2618             <li>
2619               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2620               menu
2621             </li>
2622             <li>
2623               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2624               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2625               new documentation and tooltips added)
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2629               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2633               new features are added to alignment
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2637               changes to feature colours via the Amend features dialog
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2641               edit graduated feature colour via amend features dialog
2642               box
2643             </li>
2644             <li>
2645               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2646               selection menu changes colours of alignment views
2647             </li>
2648             <li>
2649               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2650               from alignment calculation workers after alignment has
2651               been closed
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2655               groups now 'Create Group'
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2659               Create/Undefine group doesn't always work
2660             </li>
2661             <li>
2662               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2663               shown again after pressing 'Cancel'
2664             </li>
2665             <li>
2666               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2667               adjusts start position in wrap mode
2668             </li>
2669             <li>
2670               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2671               ambiguous amino acids
2672             </li>
2673             <li>
2674               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2675               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2676               proteins
2677             </li>
2678             <li>
2679               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2680               Defined' don't appear in Colours menu
2681             </li>
2682           </ul>
2683           <em>Applet</em>
2684           <ul>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2687               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2691               overview or linked structure view
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2695               work (since 2.8)
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2699               user-defined colourscheme doesn't restore original
2700               colourscheme
2701             </li>
2702           </ul>
2703           <em>Test Suite</em>
2704           <ul>
2705             <li>
2706               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2707               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2711               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2712               problems with deep array comparison equality asserts in
2713               successive versions of TestNG
2714             </li>
2715             <li>
2716               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2717               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2718             </li>
2719           </ul>
2720           <em>New Known Issues</em>
2721           <ul>
2722             <li>
2723               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2724               phase after a sequence motif find operation
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2728               containing just upper and lower case letters are
2729               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2733               reliably from eggnog Ortholog database
2734             </li>
2735             <li>
2736               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2737               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2738               to mark columns containing highlighted regions.
2739             </li>
2740             <li>
2741               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2742               doesn't always add secondary structure annotation.
2743             </li>
2744           </ul>
2745         </div>
2746     <tr>
2747       <td width="60" nowrap>
2748         <div align="center">
2749           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2750         </div>
2751       </td>
2752       <td><div align="left">
2753           <em>General</em>
2754           <ul>
2755             <li>
2756               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2757               for all consensus calculations
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2761               3rd Oct 2016)
2762             </li>
2763             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2764               for 2016-2017</li>
2765           </ul>
2766           <em>Application</em>
2767           <ul>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2770               set of database cross-references, sorted alphabetically
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2774               from database cross references. Users with custom links
2775               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2776                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2777             </li>
2778             <li>
2779               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2780               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2781               Chimera session
2782             </li>
2783             <li>
2784               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2785               the Chimera it is connected to is shut down
2786             </li>
2787             <li>
2788               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2789               columns menu item to mark columns containing highlighted
2790               regions (e.g. from structure selections or results of a
2791               Find operation)
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2795               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2796               MSAviewer
2797             </li>
2798           </ul>
2799         </div></td>
2800       <td>
2801         <div align="left">
2802           <em>General</em>
2803           <ul>
2804             <li>
2805               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2806               are not coloured or thresholded according to percent
2807               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2808             </li>
2809             <li>
2810               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2811               hydrophobic
2812             </li>
2813             <li>
2814               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2815               threshold, amino acid properties)
2816             </li>
2817             <li>
2818               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2819               reported as mapped to residues in a structure file in the
2820               View Mapping report
2821             </li>
2822             <li>
2823               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2824               could be added multiple times to a sequence
2825             </li>
2826             <li>
2827               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2828               bond features shown as two highlighted residues rather
2829               than a range in linked structure views, and treated
2830               correctly when selecting and computing trees from features
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2834               cross-references are matched to database name regardless
2835               of case
2836             </li>
2837
2838           </ul>
2839           <em>Application</em>
2840           <ul>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2843               names without regular expressions also offer links from
2844               Sequence ID
2845             </li>
2846             <li>
2847               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2848               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2849               update Jalview configuration
2850             </li>
2851             <li>
2852               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2853               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2854             </li>
2855             <li>
2856               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2857               files with similarly named sequences if dropped onto the
2858               alignment
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2862               entries where more chains exist in the PDB accession than
2863               are reported in the SIFTS file
2864             </li>
2865             <li>
2866               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2867               the structure view when displayed with Chimera
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2871               panel's View->Show Chains submenu
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2875               work for wrapped alignment views
2876             </li>
2877             <li>
2878               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2879               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2880             </li>
2881             <li>
2882               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2883               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2884               first annotation row
2885             </li>
2886             <li>
2887               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2888               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2889             </li>
2890             <li>
2891               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2892               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2893             </li>
2894             <!-- JAL-2319 -->
2895             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2896             coordindate data
2897             </li>
2898           </ul>
2899           <!--           <em>New Known Issues</em>
2900           <ul>
2901             <li></li>
2902           </ul> -->
2903         </div>
2904       </td>
2905     </tr>
2906     <td width="60" nowrap>
2907       <div align="center">
2908         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2909           <em>25/10/2016</em></strong>
2910       </div>
2911     </td>
2912     <td><em>Application</em>
2913       <ul>
2914         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2915           view if structures already loaded</li>
2916         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2917           structure views</li>
2918       </ul></td>
2919     <td>
2920       <div align="left">
2921         <em>General</em>
2922         <ul>
2923           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2924             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2925           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2926             example sequences/projects/trees</li>
2927         </ul>
2928         <em>Application</em>
2929         <ul>
2930           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2931             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2932           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2933             without timeout for structures with multiple models or
2934             multiple sequences in alignment</li>
2935           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2936             PDB ID HEADER line</li>
2937           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2938             is performed</li>
2939           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2940             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2941           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2942           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2943             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2944             option</li>
2945           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2946             is created on the alignment</li>
2947           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2948             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2949             pop-up menu</li>
2950         </ul>
2951         <em>Build and deployment</em>
2952         <ul>
2953           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2954             tags</li>
2955         </ul>
2956         <em>New Known Issues</em>
2957         <ul>
2958           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2959             on Windows</li>
2960         </ul>
2961       </div>
2962     </td>
2963     </tr>
2964     <tr>
2965       <td width="60" nowrap>
2966         <div align="center">
2967           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2968         </div>
2969       </td>
2970       <td><em>General</em>
2971         <ul>
2972           <li>
2973             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2977             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2978             better PDB parsing.
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2982             reference sequence
2983           </li>
2984           <li>
2985             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2986             mousing over sequence associated annotation
2987           </li>
2988           <li>
2989             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2990             for manual entry
2991           </li>
2992           <li>
2993             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2994             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2995             for each column
2996           </li>
2997           <li>
2998             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2999             showing or hiding columns containing a feature
3000           </li>
3001           <li>
3002             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
3003             group and sequence associated annotation labels
3004           </li>
3005           <li>
3006             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
3007             select/hide columns by annotation and colour by annotation
3008             dialogs
3009           </li>
3010
3011         </ul> <em>Application</em>
3012         <ul>
3013           <li>
3014             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
3015             gene/transcript view
3016           </li>
3017           <li>
3018             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
3019             dialog
3020           </li>
3021           <li>
3022             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
3023             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
3024           </li>
3025           <li>
3026             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
3027             Pfam sources to xfam.org
3028           </li>
3029           <li>
3030             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
3031           </li>
3032           <li>
3033             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
3034             over sequences in Jalview
3035           </li>
3036           <li>
3037             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
3038             regions in ENA and EMBL
3039           </li>
3040           <li>
3041             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
3042             for record retrieval via ENA rest API
3043           </li>
3044           <li>
3045             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
3046             complement operator
3047           </li>
3048           <li>
3049             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
3050             groovy script execution
3051           </li>
3052           <li>
3053             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
3054             alignment window's Calculate menu
3055           </li>
3056           <li>
3057             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
3058             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
3059           </li>
3060           <li>
3061             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
3062             calculation workers from groovy scripts
3063           </li>
3064           <li>
3065             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
3066             Jalview projects
3067           </li>
3068           <li>
3069             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
3070             associations are now saved/restored from project
3071           </li>
3072           <li>
3073             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
3074             before sequence fetcher is opened
3075           </li>
3076           <li>
3077             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
3078             database chooser opens a sequence fetcher
3079           </li>
3080           <li>
3081             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
3082             the UniProt REST API
3083           </li>
3084           <li>
3085             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
3086             the news reader opening
3087           </li>
3088           <li>
3089             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
3090             querying stored in preferences
3091           </li>
3092           <li>
3093             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
3094             search results
3095           </li>
3096           <li>
3097             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
3098           </li>
3099           <li>
3100             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
3101             menu for nucleotide sequences
3102           </li>
3103           <li>
3104             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
3105             and feature counts preserves alignment ordering (and
3106             debugged for complex feature sets).
3107           </li>
3108           <li>
3109             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
3110             viewing structures with Jalview 2.10
3111           </li>
3112           <li>
3113             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
3114             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
3115             Ensembl Genomes REST API
3116           </li>
3117           <li>
3118             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
3119             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
3120             (Ensembl)
3121           </li>
3122           <li>
3123             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
3124             sequences
3125           </li>
3126           <li>
3127             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
3128             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
3129             data from external database records.
3130           </li>
3131           <li>
3132             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
3133             efficient recovery of sequence coding and alignment
3134             annotation relationships.
3135           </li>
3136         </ul> <!-- <em>Applet</em>
3137         <ul>
3138           <li>
3139             -- JAL---
3140           </li>
3141         </ul> --></td>
3142       <td>
3143         <div align="left">
3144           <em>General</em>
3145           <ul>
3146             <li>
3147               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
3148               menu on OSX
3149             </li>
3150             <li>
3151               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
3152               includes graduated colourschemes
3153             </li>
3154             <li>
3155               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
3156               working with big alignments and lots of hidden columns
3157             </li>
3158             <li>
3159               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
3160               at right of alignment window
3161             </li>
3162             <li>
3163               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
3164               contents
3165             </li>
3166             <li>
3167               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
3168               for DNA alignments
3169             </li>
3170             <li>
3171               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
3172               based tree calculation
3173             </li>
3174             <li>
3175               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
3176               unconserved enabled for group on alignment
3177             </li>
3178             <li>
3179               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
3180               set as reference
3181             </li>
3182             <li>
3183               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
3184               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
3185               annotation
3186             </li>
3187             <li>
3188               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
3189               hidden columns present
3190             </li>
3191             <li>
3192               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
3193               user created annotation added to alignment
3194             </li>
3195             <li>
3196               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
3197               '()' base pair annotation
3198             </li>
3199             <li>
3200               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
3201               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
3202               Consensus
3203             </li>
3204             <li>
3205               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
3206               feature not working
3207             </li>
3208             <li>
3209               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
3210               beginning of sequence
3211             </li>
3212             <li>
3213               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
3214               entry 3a6s
3215             </li>
3216             <li>
3217               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
3218               from a tree when t-coffee scores are shown
3219             </li>
3220             <li>
3221               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
3222               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
3223             </li>
3224             <li>
3225               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
3226               some structures
3227             </li>
3228             <li>
3229               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
3230               to Clustal, PIR and PileUp output
3231             </li>
3232             <li>
3233               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
3234               not visible causes alignment window to repaint
3235             </li>
3236             <li>
3237               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
3238               graduated colour and colour by annotation row for e-value
3239               scores associated with features and annotation rows
3240             </li>
3241             <li>
3242               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3243               calculation should be case independent
3244             </li>
3245             <li>
3246               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
3247               columns
3248             </li>
3249             <li>
3250               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
3251               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
3252               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
3253             </li>
3254             <li>
3255               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
3256               problems when reference sequence defined and 'show
3257               non-conserved' enabled
3258             </li>
3259             <li>
3260               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
3261               load even when Consensus calculation is disabled
3262             </li>
3263             <li>
3264               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
3265               alignment does nothing
3266             </li>
3267           </ul>
3268           <em>Application</em>
3269           <ul>
3270             <li>
3271               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
3272               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
3273               yet fixed for El Capitan)
3274             </li>
3275             <li>
3276               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
3277               output when running on non-gb/us i18n platforms
3278             </li>
3279             <li>
3280               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
3281               hidden sequences as flat-file alignment
3282             </li>
3283             <li>
3284               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
3285               launching Chimera
3286             </li>
3287             <li>
3288               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
3289               (also hotfix for 2.9.0b2)
3290             </li>
3291             <li>
3292               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
3293               reference sequence defined
3294             </li>
3295             <li>
3296               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
3297               alignments and views when revealing hidden columns
3298             </li>
3299             <li>
3300               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
3301               view in a cDNA/Protein splitframe
3302             </li>
3303             <li>
3304               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
3305               sequence from project when only one sequence is
3306               represented
3307             </li>
3308             <li>
3309               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
3310               in Structure Chooser
3311             </li>
3312             <li>
3313               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
3314               structure consensus didn't refresh annotation panel
3315             </li>
3316             <li>
3317               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
3318               mappings between sequence and all chains in a PDB file
3319             </li>
3320             <li>
3321               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
3322               dialogs format columns correctly, don't display array
3323               data, sort columns according to type
3324             </li>
3325             <li>
3326               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
3327               file chooser is cancelled during an image export
3328             </li>
3329             <li>
3330               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
3331               sequence name containing special characters
3332             </li>
3333             <li>
3334               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
3335               case insensitive
3336             </li>
3337             <li>
3338               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
3339               formatting don't wrap
3340             </li>
3341             <li>
3342               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
3343               truncated so L looks like I in consensus annotation
3344             </li>
3345             <li>
3346               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
3347               currently displayed features for the current selection or
3348               view
3349             </li>
3350             <li>
3351               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
3352               after fetching cross-references, and restoring from
3353               project
3354             </li>
3355             <li>
3356               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
3357               followed in the structure viewer
3358             </li>
3359             <li>
3360               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
3361               splitframe not restored from project
3362             </li>
3363             <li>
3364               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
3365               trailing end of protein alignment in transcript/product
3366               splitview when pad-gaps not enabled by default
3367             </li>
3368             <li>
3369               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
3370               is case dependent
3371             </li>
3372             <li>
3373               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
3374               article has been read (reopened issue due to
3375               internationalisation problems)
3376             </li>
3377             <li>
3378               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
3379               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
3380               cross-references
3381             </li>
3382
3383             <li>
3384               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
3385               alignment as HTML
3386             </li>
3387             <li>
3388               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
3389               multiple structures are shown for one or more sequences.
3390             </li>
3391             <li>
3392               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
3393               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
3394               is enabled.
3395             </li>
3396             <li>
3397               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
3398               specific PDB id for sequence
3399             </li>
3400             <li>
3401               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
3402               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
3403               columns' is disabled.
3404             </li>
3405             <li>
3406               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
3407               selects lowest rather than highest resolution structures
3408               for each sequence
3409             </li>
3410             <li>
3411               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
3412               to sequence mapping in 'View Mappings' report
3413             </li>
3414             <li>
3415               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
3416               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
3417             </li>
3418             <li>
3419               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
3420               after clicking on it to create new annotation for a
3421               column.
3422             </li>
3423             <li>
3424               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
3425               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
3426             </li>
3427             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
3428             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
3429           </ul>
3430           <em>Applet</em>
3431           <ul>
3432             <li>
3433               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
3434               hidden columns present before start of sequence
3435             </li>
3436             <li>
3437               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
3438               (JSON jars)
3439             </li>
3440             <li>
3441               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
3442               sequences are hidden in applet
3443             </li>
3444             <li>
3445               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
3446               deployment on examples pages.
3447             </li>
3448           </ul>
3449         </div>
3450       </td>
3451     </tr>
3452     <tr>
3453       <td width="60" nowrap>
3454         <div align="center">
3455           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
3456             <em>16/10/2015</em></strong>
3457         </div>
3458       </td>
3459       <td><em>General</em>
3460         <ul>
3461           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
3462             jars</li>
3463         </ul></td>
3464       <td>
3465         <div align="left">
3466           <em>Application</em>
3467           <ul>
3468             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
3469               shown when tree is partitioned</li>
3470             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
3471               multiple cDNA/Protein split views</li>
3472           </ul>
3473         </div>
3474       </td>
3475     </tr>
3476     <tr>
3477       <td width="60" nowrap>
3478         <div align="center">
3479           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
3480             <em>8/10/2015</em></strong>
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td><em>General</em>
3484         <ul>
3485           <li>Updated Spanish translations of localized text for
3486             2.9</li>
3487         </ul> <em>Application</em>
3488         <ul>
3489           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
3490           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
3491           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
3492         </ul> <em>Applet</em>
3493         <ul>
3494           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
3495         </ul> <em>Build and Deployment</em>
3496         <ul>
3497           <li>
3498             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
3499             suite
3500           </li>
3501         </ul></td>
3502       <td>
3503         <div align="left">
3504           <em>General</em>
3505           <ul>
3506             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
3507               incorrect when sequence start > 1</li>
3508             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
3509               documentation</li>
3510             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
3511             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
3512               loading a features file containing HTML tags in feature
3513               description</li>
3514
3515           </ul>
3516           <em>Application</em>
3517           <ul>
3518             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
3519               reimport</li>
3520             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
3521               with 'trim retrieved sequences'</li>
3522             <li>Incorrect warning about deleting all data when
3523               deleting selected columns</li>
3524             <li>Patch to build system for shipping properly signed
3525               JNLP templates for webstart launch</li>
3526             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3527               unreleased structures for download or viewing</li>
3528             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3529               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3530             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3531               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3532             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3533               recovered from jalview project</li>
3534             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3535               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3536               alignment view</li>
3537             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3538               color schemes from BioJSON</li>
3539           </ul>
3540           <em>Applet</em>
3541           <ul>
3542             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3543               frame</li>
3544             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3545           </ul>
3546         </div>
3547       </td>
3548     </tr>
3549     <tr>
3550       <td><div align="center">
3551           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3552         </div></td>
3553       <td><em>General</em>
3554         <ul>
3555           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3556             alignments:
3557             <ul>
3558               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3559                 and DNA alignment views</li>
3560               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3561                 cDNA alignment views</li>
3562               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3563                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3564               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3565                 protein sequences</li>
3566             </ul>
3567           </li>
3568           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3569           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3570             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3571           <li>New alignment annotation file statements for
3572             reference sequences and marking hidden columns</li>
3573           <li>Reference sequence based alignment shading to
3574             highlight variation</li>
3575           <li>Select or hide columns according to alignment
3576             annotation</li>
3577           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3578           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3579             acid conservation row</li>
3580           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3581         </ul> <em>Application</em>
3582         <ul>
3583           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3584             <ul>
3585               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3586                 view with cDNA/Protein</li>
3587               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3588                 sequences are placed in the same alignment</li>
3589               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3590                 projects</li>
3591             </ul>
3592           </li>
3593
3594           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3595           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3596             Jalview windows</li>
3597
3598           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3599           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3600           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3601             be shown in VARNA</li>
3602
3603           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3604             as the active selected region</li>
3605
3606           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3607             similarity</li>
3608           <li>New Export options
3609             <ul>
3610               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3611                 region export in flat file generation</li>
3612
3613               <li>Export alignment views for display with the <a
3614                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3615
3616               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3617               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3618                 alignment figures to HTML</li>
3619           </li>
3620           <li>3D structure retrieval and display
3621             <ul>
3622               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3623                 Search API</li>
3624               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3625                 PDB structures for a sequence set</li>
3626             </ul>
3627           </li>
3628
3629           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3630             predictions</li>
3631           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3632             for one or a group of sequences</li>
3633           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3634             from the JPred4 web server</li>
3635           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3636             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3637             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3638           </li>
3639           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3640             VARNA 2D Structure'</li>
3641           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3642             Structure ..."</li>
3643
3644         </ul> <em>Applet</em>
3645         <ul>
3646           <li>New layout for applet example pages</li>
3647           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3648             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3649           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3650             Protein alignments</li>
3651         </ul> <em>Development and deployment</em>
3652         <ul>
3653           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3654           <li>Include installation type and git revision in build
3655             properties and console log output</li>
3656           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3657             storing BioJsMSA Templates</li>
3658           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3659         </ul></td>
3660       <td>
3661         <!-- <em>General</em>
3662         <ul>
3663         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3664         <ul>
3665           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3666           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3667           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3668             predictions are not highlighted in amber</li>
3669           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3670             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3671           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3672             associated structure views</li>
3673           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3674             width checkbox not enabled</li>
3675           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3676             creating user defined colours</li>
3677           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3678             mappings for just that viewer's sequences</li>
3679           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3680             multiple models in Chimera</li>
3681           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3682             over Jmol structure</li>
3683           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3684             output to text box</li>
3685           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3686             have incorrect sequence start/end</li>
3687           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3688             Jalview fails</li>
3689           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3690             work for nucleotide</li>
3691           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3692             to a grey/invisible alignment window</li>
3693           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3694             imports to different position</li>
3695           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3696             on some platforms</li>
3697           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3698             populated</li>
3699           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3700             console if Chimera has been opened</li>
3701           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3702           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3703             retrieved</li>
3704           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3705           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3706             either sequence shows on first structure</li>
3707           <li>'Show annotations' options should not make
3708             non-positional annotations visible</li>
3709           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3710             in right place after 'view flanking regions'</li>
3711           <li>File Save As type unset when current file format is
3712             unknown</li>
3713           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3714             projects</li>
3715           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3716             responsive</li>
3717           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3718             several views on same alignment</li>
3719           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3720           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3721             spaces</li>
3722         </ul> <em>Applet</em>
3723         <ul>
3724           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3725           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3726             descriptions containing angle brackets</li>
3727         </ul> <em>General</em>
3728         <ul>
3729           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3730             via jalview annotation file</li>
3731           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3732             with RNA secondary structure</li>
3733           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3734             translation doesn't work.</li>
3735           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3736           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3737             positions</li>
3738           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3739             choosing 1pt font</li>
3740           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3741             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3742             'h'</li>
3743           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3744             new feature</li>
3745           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3746             order dependent</li>
3747           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3748             sequences</li>
3749           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3750         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3751         <ul>
3752           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3753             www.jalview.org</li>
3754         </ul> <em>Application Known issues</em>
3755         <ul>
3756           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3757           <li>Misleading message appears after trying to delete
3758             solid column.</li>
3759           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3760             version launches</li>
3761           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3762             fails with a sequence mismatch</li>
3763           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3764             scrolling alignment to right</li>
3765           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3766             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3767           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3768             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3769           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3770             ultra-high resolution</li>
3771           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3772             quality and conservation</li>
3773           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3774             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3775         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3776         <ul>
3777           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3778           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3779             window is being resized</li>
3780
3781         </ul>
3782       </td>
3783     </tr>
3784     <tr>
3785       <td><div align="center">
3786           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3787         </div></td>
3788       <td><em>General</em>
3789         <ul>
3790           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3791             Certum.PL.</li>
3792           <li>Features and annotation preserved when performing
3793             pairwise alignment</li>
3794           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3795             imported/exported/displayed</li>
3796           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3797             protein secondary structure</li>
3798           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3799               post-hoc with 2.9 release</em>)
3800           </li>
3801
3802         </ul> <em>Application</em>
3803         <ul>
3804           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3805             with 3D structures</li>
3806           <li>Support for parsing RNAML</li>
3807           <li>Annotations menu for layout
3808             <ul>
3809               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3810               <li>place sequence annotation above/below alignment
3811                 annotation</li>
3812             </ul>
3813           <li>Output in Stockholm format</li>
3814           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3815             translation</li>
3816           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3817           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3818             shared between alignments</li>
3819           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3820             Jalview</li>
3821           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3822             all or current selection</li>
3823           <li>disorder and secondary structure predictions
3824             available as dataset annotation</li>
3825           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3826
3827
3828           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3829             alignments from Rfam</li>
3830           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3831
3832           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3833             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3834           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3835           <li>include installation type in build properties and
3836             console log output</li>
3837           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3838             annotation</li>
3839         </ul></td>
3840       <td>
3841         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3842         <ul>
3843           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3844             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3845           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3846             alignment</li>
3847           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3848           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3849           <li>Double click on sequence associated annotation
3850             selects only first column</li>
3851           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3852             leaves shown in tree</li>
3853           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3854             properly</li>
3855           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3856           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3857             screen and buttons not visible</li>
3858           <li>author list isn't updated if already written to
3859             Jalview properties</li>
3860           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3861             from database</li>
3862           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3863           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3864             browser search window</li>
3865           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3866             in feature settings dialog</li>
3867           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3868             desktop</li>
3869           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3870             pass validation</li>
3871           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3872             fit on screen</li>
3873           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3874             tooltip</li>
3875           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3876             defined user preset</li>
3877           <li>MSA web services warns user if they were launched
3878             with invalid input</li>
3879           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3880             Java 8</li>
3881           <li>
3882             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3883             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3884             created
3885           </li>
3886
3887         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3888         <ul>
3889         </ul> <em>General</em>
3890         <ul>
3891         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3892         <ul>
3893           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3894             memory allocation</li>
3895           <li>launchApp service doesn't automatically open
3896             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3897           <li>
3898             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3899             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3900             1.7_055 is available
3901           </li>
3902         </ul> <em>Application Known issues</em>
3903         <ul>
3904           <li>
3905             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3906             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3907             alignment to right
3908           </li>
3909           <li>
3910             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3911             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3912             with large number of ID
3913           </li>
3914           <li>
3915             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3916             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3917             start/end
3918           </li>
3919           <li>
3920             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3921             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3922             structure tracks are rearranged
3923           </li>
3924           <li>
3925             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3926             invalid rna structure positional highlighting does not
3927             highlight position of invalid base pairs
3928           </li>
3929           <li>
3930             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3931             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3932             project from alignment window file menu
3933           </li>
3934           <li>
3935             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3936             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3937             structures
3938           </li>
3939           <li>
3940             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3941             colour by RNA Helices not enabled when user created
3942             annotation added to alignment
3943           </li>
3944           <li>
3945             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3946             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3947           </li>
3948         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3949         <ul>
3950           <li>
3951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3952             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3953           </li>
3954           <li>
3955             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3956             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3957           </li>
3958
3959           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3960             when selected</li>
3961         </ul>
3962       </td>
3963     </tr>
3964     <tr>
3965       <td><div align="center">
3966           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3967         </div></td>
3968       <td>
3969         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3970         <em>General</em>
3971         <ul>
3972           <li>Internationalisation of user interface (usually
3973             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3974           <li>Define/Undefine group on current selection with
3975             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3976           <li>Improved group creation/removal options in
3977             alignment/sequence Popup menu</li>
3978           <li>Sensible precision for symbol distribution
3979             percentages shown in logo tooltip.</li>
3980           <li>Annotation panel height set according to amount of
3981             annotation when alignment first opened</li>
3982         </ul> <em>Application</em>
3983         <ul>
3984           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3985             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3986           <li>Select columns containing particular features from
3987             Feature Settings dialog</li>
3988           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3989             sequences</li>
3990           <li>Update Jalview project format:
3991             <ul>
3992               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3993               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3994                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3995               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3996                 colouring</li>
3997             </ul>
3998           </li>
3999           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
4000             (PAM250)</li>
4001           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
4002             flanking regions for an alignment</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
4007         <ul>
4008           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
4009             running after job is cancelled</li>
4010           <li>cannot export features from alignments imported from
4011             Jalview/VAMSAS projects</li>
4012           <li>Buggy slider for web service parameters that take
4013             float values</li>
4014           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
4015             have 'display all symbols' flag set</li>
4016           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
4017             annotation shading not saved in Jalview project</li>
4018           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
4019             Jalview</li>
4020           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
4021             Lion/Webstart</li>
4022           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
4023           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
4024           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
4025             alignment onto desktop</li>
4026           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
4027             'extract scores' function</li>
4028           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
4029             alignment window</li>
4030           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
4031             performing IUPred disorder prediction</li>
4032           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
4033             changing 'normalise logo' display setting</li>
4034           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
4035             nothing matches query</li>
4036           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
4037             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
4038           </li>
4039           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
4040             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
4041           </li>
4042           <li>Not all working JABAWS services are shown in
4043             Jalview's menu</li>
4044           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
4045             'invalid literal/length code'</li>
4046           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
4047             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
4048           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
4049             colourscheme</li>
4050
4051         </ul> <em>Applet</em>
4052         <ul>
4053           <li>Remove group option is shown even when selection is
4054             not a group</li>
4055           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
4056             don't affect groups</li>
4057           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
4058             colourscheme name</li>
4059           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
4060             Annotation panel is not displayed</li>
4061           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
4062             embedded windows</li>
4063         </ul> <em>Other</em>
4064         <ul>
4065           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
4066             single sequence were not calculated</li>
4067           <li>annotation files that contain only groups imported as
4068             annotation and junk sequences</li>
4069           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
4070             recognised as PFAM or BLC</li>
4071           <li>conservation/PID slider apply all groups option
4072             doesn't affect background (2.8.0b1)
4073           <li></li>
4074           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
4075           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
4076             trailing gaps</li>
4077           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
4078             registered correctly on import</li>
4079           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
4080             certain alignments</li>
4081           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
4082             existing annotation based 'use original colours'
4083             colourscheme loses original colours setting</li>
4084         </ul>
4085       </td>
4086     </tr>
4087     <tr>
4088       <td><div align="center">
4089           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
4090             <em>30/1/2014</em></strong>
4091         </div></td>
4092       <td>
4093         <ul>
4094           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
4095             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
4096             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
4097             open source project).
4098           </li>
4099           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
4100           <li>Output in Stockholm format</li>
4101           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
4102           <li>Export/import group and sequence associated line
4103             graph thresholds</li>
4104           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
4105             ambiguity codes</li>
4106           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
4107             selection (or visible selection) in the same way that JPred
4108             works</li>
4109           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
4110         </ul> <em>Other improvements</em>
4111         <ul>
4112           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
4113           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
4114             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
4115           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
4116             files</li>
4117           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
4118           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
4119             link but no description</li>
4120           <li>Select primary source when selecting authority in
4121             database fetcher GUI</li>
4122           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
4123             Jalview</li>
4124           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
4125         </ul>
4126       </td>
4127       <td>
4128         <ul>
4129           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
4130             displayed</li>
4131           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
4132             secondary structure annotation line</li>
4133           <li>Sequence database accessions not imported when
4134             fetching alignments from Rfam</li>
4135           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
4136             identical IDs</li>
4137           <li>View all structures does not always superpose
4138             structures</li>
4139           <li>Option widgets in service parameters not updated to
4140             reflect user or preset settings</li>
4141           <li>Null pointer exceptions for some services without
4142             presets or adjustable parameters</li>
4143           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
4144             discover PDB xRefs</li>
4145           <li>Exception encountered while trying to retrieve
4146             features with DAS</li>
4147           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
4148             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
4149           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
4150             residue follows a gap</li>
4151           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
4152             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
4153           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
4154             shown in wrap mode when no annotations present</li>
4155           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
4156             annotation already exists on alignment</li>
4157           <li>oninit javascript function should be called after
4158             initialisation completes</li>
4159           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
4160             alignment window display</li>
4161           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
4162           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
4163             to annotation file</li>
4164           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
4165             groups created</li>
4166           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
4167             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
4168           <li>Pressing return several times causes Number Format
4169             exceptions in keyboard mode</li>
4170           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
4171             correct partitions for input data</li>
4172           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
4173           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
4174           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
4175           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
4176             mode</li>
4177           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
4178             changes one row&#39;s threshold</li>
4179           <li>Preferences and Feature settings panel panel
4180             doesn&#39;t open</li>
4181           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
4182             quality histograms</li>
4183         </ul>
4184       </td>
4185     </tr>
4186     <tr>
4187       <td><div align="center">
4188           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
4189         </div></td>
4190       <td><em>Application</em>
4191         <ul>
4192           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
4193             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
4194           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
4195             preferences</li>
4196           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
4197             in Jalview alignment window</li>
4198           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
4199             mountain lion, windows 7, and 8</li>
4200           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
4201             RNA and ambiguity codes</li>
4202
4203           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
4204           <li>Support fetching and database reference look up
4205             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
4206             refs')</li>
4207           <li>Jalview project improvements
4208             <ul>
4209               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
4210                 flag for annotation</li>
4211               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
4212                 alignment</li>
4213               <li>Store AACon calculation settings for a view in
4214                 Jalview project</li>
4215
4216             </ul>
4217           </li>
4218           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
4219           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
4220             running</li>
4221           <li>Simpler JABA web services menus</li>
4222           <li>visual indication that web service results are still
4223             being retrieved from server</li>
4224           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
4225             starts up for first time</li>
4226           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
4227             services</li>
4228           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
4229             client library</li>
4230           <li>Examples directory and Groovy library included in
4231             InstallAnywhere distribution</li>
4232         </ul> <em>Applet</em>
4233         <ul>
4234           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
4235             visualization applet example</li>
4236         </ul> <em>General</em>
4237         <ul>
4238           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
4239           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
4240             defaults</li>
4241           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
4242             calculation</li>
4243           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
4244             matrices
4245           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
4246             in HTML</li>
4247           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
4248             structure contacts</li>
4249           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
4250           <li>RNA base pair logo consensus</li>
4251           <li>Parse sequence associated secondary structure
4252             information in Stockholm files</li>
4253           <li>HTML Export database accessions and annotation
4254             information presented in tooltip for sequences</li>
4255           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
4256             style RNA alignment files</li>
4257           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
4258             alignment</li>
4259           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
4260             shade each sequence according to its associated alignment
4261             annotation</li>
4262           <li>New Jalview Logo</li>
4263         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4264         <ul>
4265           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
4266           <li>New Website!</li>
4267         </ul></td>
4268       <td><em>Application</em>
4269         <ul>
4270           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
4271             wsdbfetch REST service</li>
4272           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
4273           <li>Filetype associations not installed for webstart
4274             launch</li>
4275           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4276             job execution in full once it is complete</li>
4277           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
4278             uploaded via ali_file parameter</li>
4279           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
4280           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
4281           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
4282             submitted for prediction</li>
4283           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
4284             desktop window</li>
4285           <li>Putting fractional value into integer text box in
4286             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
4287           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
4288             windows 7</li>
4289           <li>View all structures fails with exception shown in
4290             structure view</li>
4291           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
4292             escaped in a platform independent way</li>
4293           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
4294             using proxy</li>
4295           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
4296             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
4297           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
4298             failure when java web start temporary file caching is
4299             disabled</li>
4300           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
4301             results in sequence xref which includes range qualification</li>
4302           <li>Errors during processing of command line arguments
4303             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
4304           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
4305             DAS sources in sequence fetcher</li>
4306           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
4307             dialog is shown</li>
4308           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
4309           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
4310           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
4311           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
4312             on OSX Mountain Lion</li>
4313           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
4314             sequences with alignment annotation are pasted into the
4315             alignment</li>
4316           <li>Sequence associated annotation rows not associated
4317             when loaded from Jalview project</li>
4318           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
4319           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
4320             cancelled or job failed due to invalid input</li>
4321           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
4322             associated with all views</li>
4323           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
4324             annotation rows to new window</li>
4325         </ul> <em>Applet</em>
4326         <ul>
4327           <li>Sequence features are momentarily displayed before
4328             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
4329           <li>loading features via javascript API automatically
4330             enables feature display</li>
4331           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
4332             work</li>
4333         </ul> <em>General</em>
4334         <ul>
4335           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
4336           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
4337             and then deselected</li>
4338           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
4339           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
4340             coloured with clustalx</li>
4341           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
4342             exceptions and redraw errors</li>
4343           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
4344             reconfigured view</li>
4345           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
4346             colour</li>
4347           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
4348             for lots of labels</li>
4349         </ul>
4350     </tr>
4351     <tr>
4352       <td>
4353         <div align="center">
4354           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
4355         </div>
4356       </td>
4357       <td><em>Application</em>
4358         <ul>
4359           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
4360           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
4361           <li>View/alignment association menu to enable user to
4362             easily specify which alignment a multi-structure view takes
4363             its colours/correspondences from</li>
4364           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
4365           <li>Extend Jalview project to preserve associations
4366             between many alignment views and a single Jmol display</li>
4367           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
4368           <li>Annotation row column label formatting attributes
4369             stored in project file</li>
4370           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
4371             rows preserved in Jalview project file</li>
4372           <li>Visual progress indication when Jalview state is
4373             saved using Desktop window menu</li>
4374           <li>Visual indication that command line arguments are
4375             still being processed</li>
4376           <li>Groovy script execution from URL</li>
4377           <li>Colour by annotation default min and max colours in
4378             preferences</li>
4379           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
4380             alignment with sequences that have high similarity and
4381             matching IDs</li>
4382           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
4383           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
4384             structures in same window</li>
4385           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
4386           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
4387             analysis function in its own submenu</li>
4388         </ul> <em>Applet</em>
4389         <ul>
4390           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
4391             groups</li>
4392           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
4393           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
4394           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
4395           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
4396           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
4397             annotated from GFF/Jalview features files</li>
4398           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
4399           <li>Absolute paths relative to host server in applet
4400             parameters are treated as such</li>
4401           <li>New in the JalviewLite javascript API:
4402             <ul>
4403               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
4404               <li>Javascript callbacks for
4405                 <ul>
4406                   <li>Applet initialisation</li>
4407                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
4408                 </ul>
4409               </li>
4410               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
4411                 functions</li>
4412               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
4413               <li>javascript structure viewer harness to pass
4414                 messages between Jmol and Jalview when running as
4415                 distinct applets</li>
4416               <li>sortBy method</li>
4417               <li>Set of applet and application examples shipped
4418                 with documentation</li>
4419               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
4420                 javascript message exchange</li>
4421             </ul>
4422         </ul> <em>General</em>
4423         <ul>
4424           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
4425             multiple alignments</li>
4426           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
4427           <li>User configurable link to enable redirects to a
4428             www.Jalview.org mirror</li>
4429           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
4430           <li>Configurable newline string when writing alignment
4431             and other flat files</li>
4432           <li>Allow alignment annotation description lines to
4433             contain html tags</li>
4434         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4435         <ul>
4436           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
4437             examples</li>
4438           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
4439             using a web service before displaying the result in the
4440             Jalview desktop</li>
4441           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
4442           <li>Ant target to publish example html files with applet
4443             archive</li>
4444           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
4445           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
4446         </ul></td>
4447       <td><em>Application</em>
4448         <ul>
4449           <li>User defined colourscheme throws exception when
4450             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
4451           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
4452             dialog for valid filename/format</li>
4453           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
4454           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
4455             P37173</li>
4456           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
4457             which sequence is to be associated with the file</li>
4458           <li>Find All raises null pointer exception when query
4459             only matches sequence IDs</li>
4460           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
4461           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
4462             2.4 cannot be loaded</li>
4463           <li>Filetype associations not installed for webstart
4464             launch</li>
4465           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
4466             with sequences in different alignments do not get coloured
4467             by their associated sequence</li>
4468           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
4469             not preserved when project is loaded</li>
4470           <li>Annotation row height and visibility attributes not
4471             stored in Jalview project</li>
4472           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
4473             Jalview project</li>
4474           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
4475           <li>Enabling show group conservation also enables colour
4476             by conservation</li>
4477           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
4478             created on new view</li>
4479           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
4480             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
4481           <li>Alignment quality not updated after alignment
4482             annotation row is hidden then shown</li>
4483           <li>Preserve colouring of structures coloured by
4484             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
4485           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
4486             properly</li>
4487           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
4488             services&#39; button is pressed in preferences</li>
4489           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
4490           <li>Structures imported from file and saved in project
4491             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
4492           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
4493             job execution in full once it is complete</li>
4494         </ul> <em>Applet</em>
4495         <ul>
4496           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
4497             annotation rows are displayed</li>
4498           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
4499             codebase</li>
4500           <li>View follows highlighting does not work for positions
4501             in sequences</li>
4502           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
4503           <li>Export features raises exception when no features
4504             exist</li>
4505           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
4506             for javascript api is modified when separator string
4507             provided as parameter</li>
4508           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
4509             alignment with no existing selection</li>
4510           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
4511             to applet&#39;s codebase</li>
4512           <li>Status bar not updated after finished searching and
4513             search wraps around to first result</li>
4514           <li>StructureSelectionManager instance shared between
4515             several Jalview applets causes race conditions and memory
4516             leaks</li>
4517           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
4518             not sent from Jmol in applet</li>
4519           <li>Certain sequences of javascript method calls to
4520             applet API fatally hang browser</li>
4521         </ul> <em>General</em>
4522         <ul>
4523           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
4524             position with wrapped view and hidden regions</li>
4525           <li>Find sequence position moves to wrong residue
4526             with/without hidden columns</li>
4527           <li>Sequence length given in alignment properties window
4528             is off by 1</li>
4529           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4530             import PDB like structure files</li>
4531           <li>Positional search results are only highlighted
4532             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4533           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4534           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4535             given sequence position</li>
4536           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4537             output</li>
4538           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4539             from nucleotide chains correctly</li>
4540           <li>Structure colours not updated when tree partition
4541             changed in alignment</li>
4542           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4543             parsed in interleaved stockholm</li>
4544           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4545             state</li>
4546           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4547             properly</li>
4548           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4549             properly associated with their pdb files</li>
4550         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4551         <ul>
4552           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4553             ApplyCopyright tool</li>
4554         </ul></td>
4555     </tr>
4556     <tr>
4557       <td>
4558         <div align="center">
4559           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4560         </div>
4561       </td>
4562       <td><em>Application</em>
4563         <ul>
4564           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4565             contact web services</li>
4566           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4567             service job window</li>
4568           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4569         </ul></td>
4570       <td>
4571         <ul>
4572           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4573             pir file emitted by Jalview</li>
4574           <li>Existing feature settings transferred to new
4575             alignment view created from cut'n'paste</li>
4576           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4577             parsing PDB files</li>
4578           <li>Consensus and conservation annotation rows
4579             occasionally become blank for all new windows</li>
4580           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4581             in wrapped view mode</li>
4582         </ul> <em>Application</em>
4583         <ul>
4584           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4585             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4586           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4587             parameter names</li>
4588           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4589             is down</li>
4590         </ul>
4591       </td>
4592     </tr>
4593     <tr>
4594       <td>
4595         <div align="center">
4596           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4597         </div>
4598       </td>
4599       <td><em>Application</em>
4600         <ul>
4601           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4602             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4603             (JABAWS)
4604           </li>
4605           <li>Web Services preference tab</li>
4606           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4607             preferences</li>
4608           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4609           <li>Superpose structures using associated sequence
4610             alignment</li>
4611           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4612             viewer</li>
4613         </ul> <em>Applet</em>
4614         <ul>
4615           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4616             link out mechanism</li>
4617         </ul> <em>Other</em>
4618         <ul>
4619           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4620             series 12</li>
4621           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4622             require Java 1.5</li>
4623           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4624             sequence annotation files</li>
4625           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4626             type colour specification</li>
4627           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4628             script to check if it being run in an interactive session or
4629             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4630         </ul></td>
4631       <td>
4632         <ul>
4633           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4634             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4635         </ul> <em>Application</em>
4636         <ul>
4637           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4638             selected Regions menu item</li>
4639           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4640             part of a valid accession ID</li>
4641           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4642             runs out of memory</li>
4643           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4644             analysis results</li>
4645           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4646             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4647           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4648         </ul> <em>Applet</em>
4649         <ul>
4650           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4651             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4652             defined.</li>
4653         </ul>
4654       </td>
4655     </tr>
4656     <tr>
4657       <td>
4658         <div align="center">
4659           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4660         </div>
4661       </td>
4662       <td></td>
4663       <td>
4664         <ul>
4665           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4666             sequence IDs</li>
4667           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4668             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4669           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4670             import correctly</li>
4671           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4672             number of columns are hidden</li>
4673           <li>annotation label popup menu not providing correct
4674             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4675             present</li>
4676           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4677             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4678           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4679             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4680
4681         </ul> <em>Applet</em>
4682         <ul>
4683           <li>annotation panel disappears when annotation is
4684             hidden/removed</li>
4685         </ul> <em>Application</em>
4686         <ul>
4687           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4688             alignment opened where annotation panel is visible but no
4689             annotations are present on alignment</li>
4690           <li>pasted region containing hidden columns is
4691             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4692           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4693             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4694           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4695             selected Rregions menu item.</li>
4696           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4697             'Un' or 'Non'conserved</li>
4698           <li>Sequence feature settings are being shared by
4699             multiple distinct alignments</li>
4700           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4701             changed</li>
4702           <li>double click on group annotation to select sequences
4703             does not propagate to associated trees</li>
4704           <li>Mac OSX specific issues:
4705             <ul>
4706               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4707                 window background</li>
4708               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4709                 name set correctly</li>
4710               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4711                 save feature colourscheme button</li>
4712             </ul>
4713           </li>
4714         </ul>
4715       </td>
4716     </tr>
4717     <tr>
4718
4719       <td>
4720         <div align="center">
4721           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4722         </div>
4723       </td>
4724       <td><em>New Capabilities</em>
4725         <ul>
4726           <li>URL links generated from description line for
4727             regular-expression based URL links (applet and application)
4728
4729
4730           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4731             menu</li>
4732           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4733             structures</li>
4734           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4735             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4736           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4737             average score or total feature count for each sequence.</li>
4738           <li>Shading features by score or associated description</li>
4739           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4740             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4741           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4742             hide everything but the currently selected region.</li>
4743           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4744         </ul> <em>Application</em>
4745         <ul>
4746           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4747             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4748           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4749             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4750           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4751             database references and protein_name is parsed as
4752             description line (BioSapiens terms).</li>
4753           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4754             references in sequence ID tooltip from View menu in
4755             application.</li>
4756           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4757       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4758           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4759             conservation plots</li>
4760           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4761             and visualized as sequence logos</li>
4762           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4763             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4764           </li>
4765           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4766             when a new tree is opened.</li>
4767           <li>Jalview Java Console</li>
4768           <li>Better placement of desktop window when moving
4769             between different screens.</li>
4770           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4771             consensus annotation</li>
4772           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4773             Workflows</li>
4774           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4775             <ul>
4776               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4777                 used to preserve views, structures, and tree display
4778                 settings)</li>
4779               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4780                 command line</li>
4781               <li>Sharing of selected regions between views and
4782                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4783               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4784             </ul></li>
4785         </ul> <em>Applet</em>
4786         <ul>
4787           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4788           <li>New Parameters
4789             <ul>
4790               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4791                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4792                 opened.</li>
4793               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4794                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4795               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4796                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4797               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4798                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4799                 view</li>
4800               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4801                 increase the height or width of a cell in the alignment
4802                 grid relative to the current font size.</li>
4803             </ul>
4804           </li>
4805           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4806             tooltip</li>
4807         </ul> <em>Other</em>
4808         <ul>
4809           <li>Features format: graduated colour definitions and
4810             specification of feature scores</li>
4811           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4812             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4813             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4814           <li>XML formats extended to support graduated feature
4815             colourschemes, group associated annotation, and profile
4816             visualization settings.</li></td>
4817       <td>
4818         <ul>
4819           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4820             rather than description</li>
4821           <li>Non-positional features are now included in sequence
4822             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4823             visibility in tooltip).</li>
4824           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4825           <li>Added URL embedding instructions to features file
4826             documentation.</li>
4827           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4828             'X' in peptide product</li>
4829           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4830             sequence ID and sequence string and query strings do not
4831             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4832           <li>AMSA files only contain first column of
4833             multi-character column annotation labels</li>
4834           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4835             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4836             exported and re-imported)</li>
4837           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4838             name</li>
4839           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4840             as subsequence matches, and correctly reports total number
4841             of both.</li>
4842           <li>Application:
4843             <ul>
4844               <li>Better handling of exceptions during sequence
4845                 retrieval</li>
4846               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4847                 link text excludes the start_end suffix</li>
4848               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4849                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4850               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4851               <li>Sequence description lines properly shared via
4852                 VAMSAS</li>
4853               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4854                 data sources</li>
4855               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4856                 completes before alignment figures are generated.</li>
4857               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4858                 first time.</li>
4859               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4860                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4861               <li>User defined group colours properly recovered
4862                 from Jalview projects.</li>
4863             </ul>
4864           </li>
4865         </ul>
4866       </td>
4867
4868     </tr>
4869     <tr>
4870       <td>
4871         <div align="center">
4872           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4873         </div>
4874       </td>
4875       <td>
4876         <ul>
4877           <li>Experimental support for google analytics usage
4878             tracking.</li>
4879           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4880         </ul>
4881       </td>
4882       <td>
4883         <ul>
4884           <li>Race condition in applet preventing startup in
4885             jre1.6.0u12+.</li>
4886           <li>Exception when feature created from selection beyond
4887             length of sequence.</li>
4888           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4889           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4890             all sequences with a given id</li>
4891           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4892             ID string searches</li>
4893           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4894             alignment to fail with exception</li>
4895         </ul> <em>Application Issues</em>
4896         <ul>
4897           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4898           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4899             data sources</li>
4900         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4901         <ul>
4902           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4903             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4904           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4905             version (java class versioning error fixed)</li>
4906         </ul>
4907       </td>
4908     </tr>
4909     <tr>
4910       <td>
4911
4912         <div align="center">
4913           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4914         </div>
4915       </td>
4916       <td><em>User Interface</em>
4917         <ul>
4918           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4919             translation and protein products</li>
4920           <li>Linked highlighting of structure associated with
4921             residue mapping to codon position</li>
4922           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4923             and 'clear' button</li>
4924           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4925             Tools menu</li>
4926           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4927             numeric data in description line</li>
4928           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4929           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4930             of sequence</li>
4931         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4932         <ul>
4933           <li>JPred3 web service</li>
4934           <li>Prototype sequence search client (no public services
4935             available yet)</li>
4936           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4937             PFAM</li>
4938           <li>URL Links created for matching database cross
4939             references as well as sequence ID</li>
4940           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4941         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4942         <ul>
4943           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4944             databases</li>
4945           <li>Generalised database reference retrieval and
4946             validation to all fetchable databases</li>
4947           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4948             sequence command</li>
4949         </ul> <em>Import and Export</em>
4950         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4951         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4952           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4953         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4954           File</li>
4955         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4956           triplet as name of colourscheme</li>
4957         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4958         <ul>
4959           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4960           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4961             alignments (experimental)</li>
4962           <li>Create new or select existing session to join</li>
4963           <li>load and save of vamsas documents</li>
4964         </ul> <em>Application command line</em>
4965         <ul>
4966           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4967             from applet)</li>
4968           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4969             of DAS servers to query for alignment features</li>
4970           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4971             that are also automatically queried for features</li>
4972           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4973             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4974         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4975         <ul>
4976           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4977             application (when using &quot;View in full
4978             application&quot;)</li>
4979         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4980         <ul>
4981           <li>feature group display control parameter</li>
4982           <li>debug parameter</li>
4983           <li>showbutton parameter</li>
4984         </ul> <em>Applet API methods</em>
4985         <ul>
4986           <li>newView public method</li>
4987           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4988           <li>Feature display control methods</li>
4989           <li>get list of currently selected sequences</li>
4990         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4991         <ul>
4992           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4993           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4994             Jalview release.</li>
4995           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4996             property controls execution of obfuscator</li>
4997           <li>Build target for generating source distribution</li>
4998           <li>Debug flag for javacc</li>
4999           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
5000             jalview.bin.Cache</li>
5001           <li>Continuous Build Integration for stable and
5002             development version of Application, Applet and source
5003             distribution</li>
5004         </ul></td>
5005       <td>
5006         <ul>
5007           <li>selected region output includes visible annotations
5008             (for certain formats)</li>
5009           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
5010             for editing</li>
5011           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
5012           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
5013           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
5014           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
5015             comments</li>
5016           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
5017             filenames containing a ':'</li>
5018           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
5019             global sequence features</li>
5020           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
5021             references from alignment sequences goes to zero</li>
5022           <li>Close of tree branch colour box without colour
5023             selection causes cascading exceptions</li>
5024           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
5025           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
5026             file parsing fails.</li>
5027           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
5028           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
5029             not a valid output format</li>
5030           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
5031             vamsas</li>
5032           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
5033           <li>error messages passed up and output when data read
5034             fails</li>
5035           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
5036             sequence is edited</li>
5037           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
5038             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
5039           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
5040             filetype</li>
5041           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
5042             import fixed for PFAM records</li>
5043           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
5044             window list</li>
5045           <li>annotation consisting of sequence associated scores
5046             can be read and written correctly to annotation file</li>
5047           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
5048             correctly</li>
5049           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
5050             non-italic font for representatives in Applet</li>
5051           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
5052             Macs.</li>
5053           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
5054             Applet)</li>
5055           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
5056             due to null pointer exceptions</li>
5057           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
5058             first column of alignment</li>
5059           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
5060             July 2008</li>
5061           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
5062             file is case-insensitive</li>
5063           <li>Sequence features read from Features file appended to
5064             all sequences with matching IDs</li>
5065           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
5066             containing a sub-sequence</li>
5067           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
5068           <li>feature and annotation file applet parameters
5069             referring to different directories are retrieved correctly</li>
5070           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
5071           <li>Fixed application hang whilst waiting for
5072             splash-screen version check to complete</li>
5073           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
5074             when passing them to the launchApp service</li>
5075           <li>display name and local features preserved in results
5076             retrieved from web service</li>
5077           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
5078             sequence fetcher initialisation</li>
5079           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
5080             dasobert DAS client</li>
5081           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
5082             association</li>
5083           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
5084             sequences
5085           </li>
5086         </ul>
5087       </td>
5088     </tr>
5089     <tr>
5090       <td>
5091         <div align="center">
5092           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
5093         </div>
5094       </td>
5095       <td>
5096         <ul>
5097           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
5098           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
5099           <li>Slide sequences</li>
5100           <li>Edit sequence in place</li>
5101           <li>EMBL CDS features</li>
5102           <li>DAS Feature mapping</li>
5103           <li>Feature ordering</li>
5104           <li>Alignment Properties</li>
5105           <li>Annotation Scores</li>
5106           <li>Sort by scores</li>
5107           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
5108         </ul>
5109       </td>
5110       <td>
5111         <ul>
5112           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
5113           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
5114           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
5115           <li>Feature group display state in XML</li>
5116           <li>Feature ordering in XML</li>
5117           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
5118           <li>Stockholm alignment properties</li>
5119           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
5120           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
5121           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
5122           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
5123         </ul>
5124       </td>
5125
5126     </tr>
5127     <tr>
5128       <td>
5129         <div align="center">
5130           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
5131         </div>
5132       </td>
5133       <td>
5134         <ul>
5135           <li>Non standard characters can be read and displayed
5136           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
5137             applet via textbox
5138           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
5139             name &amp; description
5140           <li>Preference setting to display sequence name in
5141             italics
5142           <li>Annotation file format extended to allow
5143             Sequence_groups to be defined
5144           <li>Default opening of alignment overview panel can be
5145             specified in preferences
5146           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
5147             sequences
5148         </ul>
5149       </td>
5150       <td>
5151         <ul>
5152           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
5153             installed
5154           <li>Annotation file export / import bugs fixed
5155           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
5156         </ul>
5157       </td>
5158     </tr>
5159     <tr>
5160       <td>
5161         <div align="center">
5162           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
5163         </div>
5164       </td>
5165       <td>
5166         <ul>
5167           <li>Multiple views on alignment
5168           <li>Sequence feature editing
5169           <li>&quot;Reload&quot; alignment
5170           <li>&quot;Save&quot; to current filename
5171           <li>Background dependent text colour
5172           <li>Right align sequence ids
5173           <li>User-defined lower case residue colours
5174           <li>Format Menu
5175           <li>Select Menu
5176           <li>Menu item accelerator keys
5177           <li>Control-V pastes to current alignment
5178           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
5179           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
5180           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
5181
5182
5183           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
5184         </ul>
5185       </td>
5186       <td>
5187         <ul>
5188           <li>New memory efficient Undo/Redo System
5189           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
5190             calculations
5191           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
5192             edits
5193           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
5194             of alignment)
5195           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
5196
5197
5198           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
5199             display correctly
5200           <li>Re-instated Zoom function for PCA
5201           <li>Sequence descriptions conserved in web service
5202             analysis results
5203           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
5204             &#8739;
5205           <li>WsDbFetch query/result association resolved
5206           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
5207           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
5208
5209
5210         </ul>
5211       </td>
5212     </tr>
5213     <tr>
5214       <td>
5215         <div align="center">
5216           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
5217         </div>
5218       </td>
5219       <td>
5220         <ul>
5221           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
5222         </ul>
5223       </td>
5224       <td>
5225         <ul>
5226           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
5227             sequence id panel has been resized</li>
5228           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
5229             rendered</li>
5230           <li>Annotation files with sequence references - all
5231             elements in file are relative to sequence position</li>
5232           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
5233         </ul>
5234       </td>
5235     </tr>
5236     <tr>
5237       <td>
5238         <div align="center">
5239           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
5240         </div>
5241       </td>
5242       <td>
5243         <ul>
5244           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
5245           <li>DAS Feature fetching</li>
5246           <li>Hide sequences and columns</li>
5247           <li>Export Annotations and Features</li>
5248           <li>GFF file reading / writing</li>
5249           <li>Associate structures with sequences from local PDB
5250             files</li>
5251           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
5252           <li>Recently opened files / URL lists</li>
5253           <li>Applet can launch the full application</li>
5254           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
5255             required)</li>
5256           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
5257           <li>Applet can load sequences from parameter
5258             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
5259           </li>
5260         </ul>
5261       </td>
5262       <td>
5263         <ul>
5264           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
5265           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
5266           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
5267         </ul>
5268       </td>
5269     </tr>
5270     <tr>
5271       <td>
5272         <div align="center">
5273           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
5274         </div>
5275       </td>
5276       <td>
5277         <ul>
5278           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
5279           <li>Choose to match case when searching</li>
5280           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
5281             expand the visible width and height of the alignment</li>
5282         </ul>
5283       </td>
5284       <td>
5285         <ul>
5286           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
5287         </ul>
5288       </td>
5289     </tr>
5290     <tr>
5291       <td>
5292         <div align="center">
5293           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
5294         </div>
5295       </td>
5296       <td>&nbsp;</td>
5297       <td>
5298         <ul>
5299           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
5300           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
5301             value</li>
5302         </ul>
5303       </td>
5304     </tr>
5305     <tr>
5306       <td>
5307         <div align="center">
5308           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
5309         </div>
5310       </td>
5311       <td>
5312         <ul>
5313           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
5314           <li>Keyboard editing</li>
5315           <li>Create sequence features from searches</li>
5316           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
5317             alignments</li>
5318           <li>Features file allows grouping of features</li>
5319           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
5320           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
5321           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
5322         </ul>
5323       </td>
5324       <td>
5325         <ul>
5326           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
5327           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
5328             descriptions saved.</li>
5329         </ul>
5330       </td>
5331     </tr>
5332     <tr>
5333       <td>
5334         <div align="center">
5335           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
5336         </div>
5337       </td>
5338       <td>
5339         <ul>
5340           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
5341           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
5342           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
5343             name for file output</li>
5344           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
5345           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
5346             used for HTML form input</li>
5347         </ul>
5348       </td>
5349       <td>
5350         <ul>
5351           <li>HTML output writes groups and features</li>
5352           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
5353           <li>File IO bugs</li>
5354         </ul>
5355       </td>
5356     </tr>
5357     <tr>
5358       <td>
5359         <div align="center">
5360           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
5361         </div>
5362       </td>
5363       <td>
5364         <ul>
5365           <li>View annotations in wrapped mode</li>
5366           <li>More options for PCA viewer</li>
5367         </ul>
5368       </td>
5369       <td>
5370         <ul>
5371           <li>GUI bugs resolved</li>
5372           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
5373         </ul>
5374       </td>
5375     </tr>
5376     <tr>
5377       <td height="63">
5378         <div align="center">
5379           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
5380         </div>
5381       </td>
5382       <td>
5383         <ul>
5384           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
5385           <li>Jar files are executable</li>
5386           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
5387         </ul>
5388       </td>
5389       <td>
5390         <ul>
5391           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
5392           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
5393           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5394         </ul>
5395       </td>
5396     </tr>
5397     <tr>
5398       <td>
5399         <div align="center">
5400           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
5401         </div>
5402       </td>
5403       <td>
5404         <ul>
5405           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
5406         </ul>
5407       </td>
5408       <td>
5409         <ul>
5410           <li>Several GUI bugs resolved</li>
5411         </ul>
5412       </td>
5413     </tr>
5414     <tr>
5415       <td>
5416         <div align="center">
5417           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
5418         </div>
5419       </td>
5420       <td>
5421         <ul>
5422           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
5423             size</li>
5424         </ul>
5425       </td>
5426       <td>
5427         <ul>
5428           <li>Improved JPred client reliability</li>
5429           <li>Improved loading of Jalview files</li>
5430         </ul>
5431       </td>
5432     </tr>
5433     <tr>
5434       <td>
5435         <div align="center">
5436           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
5437         </div>
5438       </td>
5439       <td>
5440         <ul>
5441           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
5442           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
5443           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
5444             to Colour Menu</li>
5445           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
5446           <li>Unix users can set default web browser</li>
5447           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
5448           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
5449         </ul>
5450       </td>
5451       <td>
5452         <ul>
5453           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
5454         </ul>
5455       </td>
5456     </tr>
5457     <tr>
5458       <td>
5459         <div align="center">
5460           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
5461         </div>
5462       </td>
5463       <td>&nbsp;</td>
5464       <td>
5465         <ul>
5466           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
5467             alignment order.</li>
5468         </ul>
5469       </td>
5470     </tr>
5471     <tr>
5472       <td>
5473         <div align="center">
5474           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
5475         </div>
5476       </td>
5477       <td>
5478         <ul>
5479           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
5480           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
5481           <li>Help file updated to describe how to add alignment
5482             annotations.</li>
5483           <li>Version and build date written to build properties
5484             file.</li>
5485           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
5486             at launch of Jalview.</li>
5487         </ul>
5488       </td>
5489       <td>
5490         <ul>
5491           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
5492           <li>FileChooser sorts columns.</li>
5493           <li>Can remove groups one by one.</li>
5494           <li>Filechooser icons installed.</li>
5495           <li>Finder ignores return character when searching.
5496             Return key will initiate a search.<br>
5497           </li>
5498         </ul>
5499       </td>
5500     </tr>
5501     <tr>
5502       <td>
5503         <div align="center">
5504           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
5505         </div>
5506       </td>
5507       <td>
5508         <ul>
5509           <li>New codebase</li>
5510         </ul>
5511       </td>
5512       <td>&nbsp;</td>
5513     </tr>
5514   </table>
5515   <p>&nbsp;</p>
5516 </body>
5517 </html>