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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
 111                                                                 sequences
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 115                                                                 details
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 119                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 123                                                                 dialog
 124                                                         </li>
 125                                                 </ul>
 126                                         </li>
 127           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 128             <ul>
 129                                                         <li>
 130                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 131                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 132                                                         </li>
 133                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 134                                                                 drop-down menus</li>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 137                                                                 incrementally
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 141                                                         </li>
 142                                                 </ul>
 143                                         </li>
 144                                         <li>
 145                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 146                                         </li>
 147                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 148                                         <ul>
 149                                                         <li>
 150                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 151                                                                 multiple groups when working with large alignments
 152                                                         </li>
 153                                                         <li>
 154                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 155                                                                 Stockholm files
 156                                                         </li>
 157                                                 </ul>
 158                                         <li><strong>User Interface</strong>
 159                                         <ul>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 162                                                                 view
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 166                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 167                                                                 default (can be changed in user preferences)
 168                                                         </li>
 169                                                         <li>
 170                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 171                                                                 to the Overwrite Dialog
 172                                                         </li>
 173                                                         <li>
 174                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 175                                                                 sequences are hidden
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 179                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 183                                                                 labels
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 187                                                                 when in wrapped mode
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 191                                                                 annotation
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 195                                                         </li>
 196                                                         <li>
 197                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 198                                                                 panel
 199                                                         </li>
 200                                                         <li>
 201                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 202                                                                 popup menu
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 206                                                         <li>
 207                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 208
 209
 210                                                 </ul></li>
 211                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 212                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 213                                                 <ul>
 214                                                         <li>
 215                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 216                                                                 trapping CMD-Q
 217                                                         </li>
 218                                                 </ul></li>
 219                                 </ul>
 220         <em>Deprecations</em>
 221         <ul>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 224             capabilities removed from the Jalview Desktop
 225           </li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 228             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 229             and XML based data retrieval clients</li>
 230           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 231           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 232         </ul> <em>Documentation</em>
 233                                 <ul>
 234                                         <li>
 235                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 236                                                 not supported in EPS figure export
 237                                         </li>
 238                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 239         <ul>
 240                 <li>
 241                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 242                                         </li>
 243                                         <li>
 244                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 245                                                 gradle-eclipse
 246                                         </li>
 247           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 248           Atlassian Bamboo continuous integration for
 249             unattended Test Suite execution</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 252             operations</li>
 253           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 254           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 255         </ul>
 256       </td>
 257                         <td align="left" valign="top">
 258                                 <ul>
 259                                         <li>
 260                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 261                                         </li>
 262                                         <li>
 263                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 264                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 265                                         </li>
 266                                         <li>
 267                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 268                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 269                                         </li>
 270                                         <li>
 271                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 272                                                 monospaced font
 273                                         </li>
 274                                         <li>
 275                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 276                                                 project involving multiple views
 277                                         </li>
 278                                         <li>
 279                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 280                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 281                                                 Annotation dialog hides columns
 282                                         </li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 285                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 286                                                 one view, then making another selection in the other view
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 290                                                 columns
 291                                         </li>
 292                                         <li>
 293                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 294                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 295                                         </li>
 296                                         <li>
 297                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 298                                                 overview updates with large alignments
 299                                         </li>
 300                                         <li>
 301                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 302                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 303                                                 mouse moved to the left of the first column
 304                                         </li>
 305                                         <li>
 306                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 307                                                 hidden column marker via scale popup menu
 308                                         </li>
 309                                         <li>
 310                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 311                                                 doesn't tell users the invalid URL
 312                                         </li>
 313                                         <li>
 314                                                 <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group on
 315                                                 export as Jalview features file
 316                                         </li>
 317                                         <li>
 318                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 319                                                 score from view
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 323                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 327                                                 when columns are hidden
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 331                                                 Columns by Annotation description
 332                                         </li>
 333                                         <li>
 334                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 335                                                 out of Scale or Annotation Panel
 336                                         </li>
 337                                         <li>
 338                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 339                                                 scale panel
 340                                         </li>
 341                                         <li>
 342                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 343                                                 alignment down
 344                                         </li>
 345                                         <li>
 346                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 347                                                 scale panel
 348                                         </li>
 349                                         <li>
 350                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 351                                                 Page Up in wrapped mode
 352                                         </li>
 353                                         <li>
 354                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 358                                         </li>
 359                                         <li>
 360                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 361                                                 on opening an alignment
 362                                         </li>
 363                                         <li>
 364                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 365                                                 Colour menu
 366                                         </li>
 367                                         <li>
 368                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 369                                                 different groups in the alignment are selected
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 373                                                 correctly in menu
 374                                         </li>
 375                                         <li>
 376                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 377                                                 threshold limit
 378                                         </li>
 379                                         <li>
 380                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 381                                                 threshold gets 'unrounded'
 382                                         </li>
 383                                         <li>
 384                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 385                                                 colour
 386                                         </li>
 387                                         <li>
 388                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 389                                         </li>
 390                                         <li>
 391                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 392                                         </li>
 393                                         <li>
 394                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 395                                                 Tree font
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 399                                                 project file
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 403                                                 shown in complementary view
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on
 407                                                 peptide sequence
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 411                                                 without normalisation
 412                                         </li>
 413                                         <li>
 414                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top
 415                                                 of report
 416                                         </li>
 417                                         <li>
 418                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 419                                         </li>
 420                                 </ul> <em>Editing</em>
 421                                 <ul>
 422                                         <li>
 423                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 424                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 425                                                 sequence
 426                                         </li>
 427                                         <li>
 428                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 429                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 430                                                 removed (Known defect since 2.10)
 431                                         </li>
 432                                         <li>
 433                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 434                                                 dialog corrupts dataset sequence
 435                                         </li>
 436                                         <li>
 437                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 438                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 439                                         </li>
 440
 441                                 </ul>
 442                                 <em>New Known Defects</em>
 443                                 <ul>
 444                                         <li>
 445                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 446                                                 regions of protein alignment.
 447                                         </li>
 448                                         <li>
 449                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 450                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 451                                         </li>
 452                                         <li>
 453                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 454                                                 'New View'
 455                                         </li>
 456                                         <li>
 457                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 458                                                 columns within hidden columns
 459                                         </li>
 460                                         <li>
 461                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 462                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 463                                                 region
 464                                         </li>
 465                                         <li>
 466                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 467                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 468                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 469                                                 create a Score filter instead.
 470                                         </li>
 471                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 472             <ul>
 473               <li>
 474               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 475
 476             </ul></li>
 477
 478                                 </ul>
 479                         </td>
 480                 </tr>
 481     <tr>
 482     <td width="60" nowrap>
 483       <div align="center">
 484         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 485       </div>
 486     </td>
 487     <td><div align="left">
 488         <em></em>
 489         <ul>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 492               InstallAnywhere increased to 1G.
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 496               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 497               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 498                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 499                 properties file.</em>
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 503               API and sequence data now imported as JSON.
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 507               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 508               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 509               property.
 510             </li>
 511           </ul>
 512           <em>Development</em>
 513           <ul>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 516               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 517                 Clover</a>
 518             </li>
 519           </ul>
 520         </div></td>
 521     <td><div align="left">
 522         <em></em>
 523         <ul>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 526               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 527               alignment.
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 531               annotation displayed.
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 535               for newly created group when 'Apply to all groups'
 536               selected
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 540               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 541               visible.
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 545               when sequences are selected in exported view.</em>
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 549               aren't rendered with correct colour.
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 553               types of knotted RNA secondary structure.
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 557               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 558               do not start at 1.
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 562               annotation when columns are inserted into an alignment,
 563               and when exporting as Stockholm flatfile.
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 567               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 568               treated as RNA secondary structure.
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 572               (not .jar) when saving a jalview project file.
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 576               transfers focus to previous window on OSX
 577             </li>
 578           </ul>
 579           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 580           <ul>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 583               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 584               box.
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 588               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 589               'look and feel' which has improved compatibility with the
 590               latest version of OSX.
 591             </li>
 592           </ul>
 593         </div>
 594     </td>
 595     </tr>
 596     <tr>
 597       <td width="60" nowrap>
 598         <div align="center">
 599           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 600             <em>7/06/2018</em></strong>
 601         </div>
 602       </td>
 603       <td><div align="left">
 604           <em></em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 608               annotation retrieved from Uniprot
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 612               onto the Jalview Desktop
 613             </li>
 614           </ul>
 615         </div></td>
 616       <td><div align="left">
 617           <em></em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 621               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 625               right-hand column parsed correctly
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 629               not alignment area in exported graphic
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 633               window has input focus
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 637               annotation added to view (Windows)
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 641               network connectivity is poor
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 645               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 646                 the currently open URL and links from a page viewed in
 647                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 648                 you are using Edge, only links in the page can be
 649                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 650                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 651             </li>
 652           </ul>
 653         </div></td>
 654     </tr>
 655     <tr>
 656       <td width="60" nowrap>
 657         <div align="center">
 658           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 659         </div>
 660       </td>
 661       <td><div align="left">
 662           <em></em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 666               for disabling automatic superposition of multiple
 667               structures and open structures in existing views
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 671               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 672               adjust them.
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 676               Ensembl services
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 680               and lots of hidden columns
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 684               of features (particularly when transparency is disabled)
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 688               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 689               generally available
 690             </li>
 691           </ul>
 692           </div>
 693       </td>
 694       <td><div align="left">
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 698               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 702               overlapping alignment panel
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 706               sequence as gaps
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 710               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 711               UTR
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 715               factor annotation not added to sequence when local PDB
 716               file associated with it by drag'n'drop or structure
 717               chooser
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 721               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 725               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 729               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 733               columns in annotation row
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 737               honored in batch mode
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 741               for structures added to existing Jmol view
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 745               entries after importing project with multiple views
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 749               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 750               with negative residue numbers or missing residues fails
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 754               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 755               as generated by CONSURF)
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 759               tooltip doesn't include a text description of mutation
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 763               structure and/or overview windows are also shown
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 767               very slow for alignments with large numbers of sequences
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 771               with 'StringIndexOutOfBounds'
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 775               platforms running Java 10
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 779               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 780             </li>
 781           </ul>
 782           <em>Applet</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 786               should copy the group consensus when popup is opened on it
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>Batch Mode</em>
 790           <ul>
 791           <li>
 792             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 793           </li>
 794           </ul>
 795           <em>New Known Defects</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 799               editing a large alignment and overview is displayed
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 803               repeatedly after a series of edits even when the overview
 804               is no longer reflecting updates
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 808               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 809               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 810               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 811             </li>
 812           </ul>
 813         </div>
 814           </td>
 815     </tr>
 816     <tr>
 817       <td width="60" nowrap>
 818         <div align="center">
 819           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 820         </div>
 821       </td>
 822       <td><div align="left">
 823           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 824               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 825       <td><div align="left">
 826           <em>Desktop</em><ul>
 827           <ul>
 828             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 829             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 830             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 831             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 832             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 833             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 834             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 835           </ul>
 836           </div>
 837       </td>
 838     </tr>
 839     <tr>
 840       <td width="60" nowrap>
 841         <div align="center">
 842           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 843         </div>
 844       </td>
 845       <td><div align="left">
 846           <em></em>
 847           <ul>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 850               rendering of sequence features
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 854               429 rate limit request hander
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 858               their colours have changed
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 862               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 866               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 870               view from Ensembl locus cross-references
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 874               Alignment report
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 878               feature can be disabled
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 882               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 886               Uniprot
 887             </li>
 888           </ul>
 889           <em>Scripting</em>
 890           <ul>
 891             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 892             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 893               percent identity scores for current alignment.</li>
 894           </ul>
 895           <em>Testing and Deployment</em>
 896           <ul>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 899             </li>
 900           </ul>
 901         </div></td>
 902       <td><div align="left">
 903           <em>General</em>
 904           <ul>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 907               threshold text field doesn't trigger an update to the
 908               alignment view
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 912               strings in parallel
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 916               alignment window is closed
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 920               group visibility
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 924               takes a long time in Cursor mode
 925             </li>
 926           </ul>
 927           <em>Desktop</em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 931               cannot be viewed in Chimera
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 935               CDS/Protein view
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 939               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 940               Search Dialogs
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 950               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 954               scrolling right in unwapped alignment view
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 958               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 959               database
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 963               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 967               features of same type and group to be selected for
 968               amending
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 972               alignments when hidden columns are present
 973             </li>
 974             <li>
 975               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 976               displaying several structures
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 980               moving a window
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 984               within the Jalview desktop on OSX
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 988               when in wrapped alignment mode
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 992               hand end of alignment
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 996               each selected sequence do not have correct start/end
 997               positions
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1001               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1005               restoring project until a new view is created
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1009               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1010               configured (since 2.10.2b2)
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1014               position is adjusted
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1018               in a multi-chain structure when viewing alignment
1019               involving more than one chain (since 2.10)
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1023               if new selection moves alignment window
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1027               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1031               that produces correctly annotated transcripts and products
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1035               doesn't update associated structure view
1036             </li>
1037           </ul>
1038           <em>Applet</em><br />
1039           <ul>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1042               closing alignment panel
1043             </li>
1044           </ul>
1045           <em>BioJSON</em><br />
1046           <ul>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1049               non-positional features
1050             </li>
1051           </ul>
1052           <em>New Known Issues</em>
1053           <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1056               sequence features correctly (for many previous versions of
1057               Jalview)
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1061               using cursor in wrapped panel other than top
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1065               graduated colour threshold
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1069               always preserve numbering and sequence features
1070             </li>
1071           </ul>
1072           <em>Known Java 9 Issues</em>
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1076               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1077               9.01, OSX 10.10)
1078             </li>
1079           </ul>
1080         </div></td>
1081     </tr>
1082     <tr>
1083       <td width="60" nowrap>
1084         <div align="center">
1085           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1086             <em>2/10/2017</em></strong>
1087         </div>
1088       </td>
1089       <td><div align="left">
1090           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1091           <ul>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1094             </li>
1095             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1096             </li>
1097           </ul>
1098         </div></td>
1099       <td><div align="left">
1100         </div></td>
1101     </tr>
1102     <tr>
1103       <td width="60" nowrap>
1104         <div align="center">
1105           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1106             <em>7/9/2017</em></strong>
1107         </div>
1108       </td>
1109       <td><div align="left">
1110           <em></em>
1111           <ul>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1114               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1115               white)
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1119               Preferences
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1123               in size and progress bar shown as higher resolution
1124               overview is recalculated
1125             </li>
1126
1127           </ul>
1128         </div></td>
1129       <td><div align="left">
1130           <em></em>
1131           <ul>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1134               column region row by row
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1138               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1142               format setting is unticked
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1146               if group has show boxes format setting unticked
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1150               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1151               include sequences and columns not currently displayed
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1155               assemblies are imported via CIF file
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1159               displayed when threshold or conservation colouring is also
1160               enabled.
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1164               server version
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1168               dragging a selected region off the visible region of the
1169               alignment
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1173               colourscheme to all groups in a view
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1177               initially after font size change using the Font chooser or
1178               middle-mouse zoom
1179             </li>
1180           </ul>
1181         </div></td>
1182     </tr>
1183     <tr>
1184       <td width="60" nowrap>
1185         <div align="center">
1186           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1187         </div>
1188       </td>
1189       <td><div align="left">
1190           <em>Calculations</em>
1191           <ul>
1192
1193             <li>
1194               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1195               ungapped positions in each column of the alignment.
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1199               a calculation dialog box
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1203               and memory efficiency (~30x faster)
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1207               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1208               and other calculations
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1212               files within the Jalview codebase
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1216               Similarity may have different topology due to increased
1217               precision
1218             </li>
1219           </ul>
1220           <em>Rendering</em>
1221           <ul>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1224               model for alignments and groups
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1228               scripts
1229             </li>
1230           </ul>
1231           <em>Overview</em>
1232           <ul>
1233             <li>
1234               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1235               with alignment and overview windows
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1239               overview
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1243               omitted in Overview
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1247               adjustment of visible position
1248             </li>
1249           </ul>
1250
1251           <em>Data import/export</em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1255               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1259               annotation input/output via stockholm flatfile
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1263               extension when importing structure files without embedded
1264               names or PDB accessions
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1268               format sequence substitution matrices
1269             </li>
1270           </ul>
1271           <em>User Interface</em>
1272           <ul>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1275               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1276               the application.
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1280               via Overview or sequence motif search operations
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1284               opened by double clicking gaps within sequence feature
1285               extent
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1289               aligned positions were available to create a 3D structure
1290               superposition.
1291             </li>
1292           </ul>
1293           <em>3D Structure</em>
1294           <ul>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1297               coloured in linked structure views
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1301               file-based command exchange
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1305               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1306               structures are already available for sequences
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1310               the Jalview project rather than downloaded again when the
1311               project is reopened.
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1315               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1316               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1317                 Feature</strong>)
1318             </li>
1319           </ul>
1320           <em>Web Services</em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1327               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1328               Analysis services
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1332               cross-references provided by identifiers.org and the
1333               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1334             </li>
1335           </ul>
1336
1337           <em>Scripting</em>
1338           <ul>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1341               identifying file formats (instead of String constants)
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1345               efficiency when counting all displayed features (not
1346               backwards compatible with 2.10.1)
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>Example files</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1353               included in the example feature file
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>Documentation</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1360               with the built-in Java help viewer
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1364               sequence description' option
1365             </li>
1366           </ul>
1367           <em>Test Suite</em>
1368           <ul>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1371               Uniprot REST Free Text Search Client
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1378               during tests
1379             </li>
1380           </ul>
1381         </div></td>
1382       <td><div align="left">
1383           <em>Calculations</em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1387               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1388               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1389             </li>
1390             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1391               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1392               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1393               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1394               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1395               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1396               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1397               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1398               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1399               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1400               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1401               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1402               // for 2.10.1 mode <br />
1403               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1404               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1405                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1406                 calculations (not recommended)</em></li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1409               scaling of branch lengths for trees computed using
1410               Sequence Feature Similarity.
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1414               generating output report when working with highly
1415               redundant alignments
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1419               right of selected region when gaps present on right-hand
1420               boundary
1421             </li>
1422           </ul>
1423           <em>User Interface</em>
1424           <ul>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1427               doesn't reselect a specific sequence's associated
1428               annotation after it was used for colouring a view
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1432               opened on a region of alignment without groups
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1436               of an alignment with overlapping groups
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1440               name and description match
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1444               hidden regions results in incorrect hidden regions
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1448               changing colour does not apply Conservation slider value
1449               to all groups
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1453               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1457               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1461               gaps before start of features
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1465               restored to UI when feature colour is edited
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1469               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1473               as graduate feature colour settings are modified via the
1474               dialog box
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1478               when a group defined on the alignment is resized
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1482               wrapped view result in positional status updates
1483             </li>
1484
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1487               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1491               alignment included gapped columns
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1495               widgets don't permanently disappear
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1499               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1500               T-Coffee column reliability scores)
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1504               sequence feature on gaps only
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1508               button from a Find inherit previously defined feature type
1509               rather than the Find query string
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1513               exporting tree calculated in Jalview
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1517               and then revealing them reorders sequences on the
1518               alignment
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1522               doesn't update to reflect available set of groups after
1523               interactively adding or modifying features
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1527               Linux
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1531               only excluded gaps in current sequence and ignored
1532               selection.
1533             </li>
1534           </ul>
1535           <em>Rendering</em>
1536           <ul>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1539               erratically when hidden rows or columns are present
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1543               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1544               sequence colouring
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1548               colour and group colour menu for protein alignments
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1552               reflect currently selected view or group's shading
1553               thresholds
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1557               when rendered on overview and structures when opacity at
1558               100%
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1562               overview when features overlaid on alignment
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1566               recovered correctly from Jalview project file
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1570               (automatically via preferences) are different to the main
1571               alignment panel
1572             </li>
1573           </ul>
1574           <em>Data import/export</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1578               load
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1582               added after a sequence was imported are not written to
1583               Stockholm File
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1587               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1591               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1595               with lightGray or darkGray via features file (but can
1596               specify lightgray)
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1600               when alignment view imported from project
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1604               structure and sequences extracted from structure files
1605               imported via URL and viewed in Jmol
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1609               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1610               the project is loaded and the structure viewed
1611             </li>
1612           </ul>
1613           <em>Web Services</em>
1614           <ul>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1617               release of Ensembl v.88
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1621               appear enabled in Preferences->Connections
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1625               removed from console output
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1629               Ensembl by Peptide ID
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1633               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1634               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1635               due to 'null' string rather than empty string used for
1636               residues with no corresponding PDB mapping).
1637             </li>
1638           </ul>
1639           <em>Application UI</em>
1640           <ul>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1643               menu
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1647               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1648               new documentation and tooltips added)
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1652               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1656               new features are added to alignment
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1660               changes to feature colours via the Amend features dialog
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1664               edit graduated feature colour via amend features dialog
1665               box
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1669               selection menu changes colours of alignment views
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1673               from alignment calculation workers after alignment has
1674               been closed
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1678               groups now 'Create Group'
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1682               Create/Undefine group doesn't always work
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1686               shown again after pressing 'Cancel'
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1690               adjusts start position in wrap mode
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1694               ambiguous amino acids
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1698               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1699               proteins
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1703               Defined' don't appear in Colours menu
1704             </li>
1705           </ul>
1706           <em>Applet</em>
1707           <ul>
1708             <li>
1709               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1710               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1714               overview or linked structure view
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1718               work (since 2.8)
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1722               user-defined colourscheme doesn't restore original
1723               colourscheme
1724             </li>
1725           </ul>
1726           <em>Test Suite</em>
1727           <ul>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1730               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1734               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1735               problems with deep array comparison equality asserts in
1736               successive versions of TestNG
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1740               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1741             </li>
1742           </ul>
1743           <em>New Known Issues</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1747               phase after a sequence motif find operation
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1751               containing just upper and lower case letters are
1752               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1756               reliably from eggnog Ortholog database
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1760               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1761               to mark columns containing highlighted regions.
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1765               doesn't always add secondary structure annotation.
1766             </li>
1767           </ul>
1768         </div>
1769     <tr>
1770       <td width="60" nowrap>
1771         <div align="center">
1772           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1773         </div>
1774       </td>
1775       <td><div align="left">
1776           <em>General</em>
1777           <ul>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1780               for all consensus calculations
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1784               3rd Oct 2016)
1785             </li>
1786             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1787               for 2016-2017</li>
1788           </ul>
1789           <em>Application</em>
1790           <ul>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1793               set of database cross-references, sorted alphabetically
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1797               from database cross references. Users with custom links
1798               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1799                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1803               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1804               Chimera session
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1808               the Chimera it is connected to is shut down
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1812               columns menu item to mark columns containing highlighted
1813               regions (e.g. from structure selections or results of a
1814               Find operation)
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1818               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1819               MSAviewer
1820             </li>
1821           </ul>
1822         </div></td>
1823       <td>
1824         <div align="left">
1825           <em>General</em>
1826           <ul>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1829               are not coloured or thresholded according to percent
1830               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1834               hydrophobic
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1838               threshold, amino acid properties)
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1842               reported as mapped to residues in a structure file in the
1843               View Mapping report
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1847               could be added multiple times to a sequence
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1851               bond features shown as two highlighted residues rather
1852               than a range in linked structure views, and treated
1853               correctly when selecting and computing trees from features
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1857               cross-references are matched to database name regardless
1858               of case
1859             </li>
1860
1861           </ul>
1862           <em>Application</em>
1863           <ul>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1866               names without regular expressions also offer links from
1867               Sequence ID
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1871               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1872               update Jalview configuration
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1876               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1880               files with similarly named sequences if dropped onto the
1881               alignment
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1885               entries where more chains exist in the PDB accession than
1886               are reported in the SIFTS file
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1890               the structure view when displayed with Chimera
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1894               panel's View->Show Chains submenu
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1898               work for wrapped alignment views
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1902               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1906               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1907               first annotation row
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1911               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1915               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1916             </li>
1917             <!-- JAL-2319 -->
1918             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1919             coordindate data
1920             </li>
1921           </ul>
1922           <!--           <em>New Known Issues</em>
1923           <ul>
1924             <li></li>
1925           </ul> -->
1926         </div>
1927       </td>
1928     </tr>
1929     <td width="60" nowrap>
1930       <div align="center">
1931         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1932           <em>25/10/2016</em></strong>
1933       </div>
1934     </td>
1935     <td><em>Application</em>
1936       <ul>
1937         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1938           view if structures already loaded</li>
1939         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1940           structure views</li>
1941       </ul></td>
1942     <td>
1943       <div align="left">
1944         <em>General</em>
1945         <ul>
1946           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1947             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1948           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1949             example sequences/projects/trees</li>
1950         </ul>
1951         <em>Application</em>
1952         <ul>
1953           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1954             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1955           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1956             without timeout for structures with multiple models or
1957             multiple sequences in alignment</li>
1958           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1959             PDB ID HEADER line</li>
1960           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1961             is performed</li>
1962           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1963             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1964           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1965           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1966             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1967             option</li>
1968           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1969             is created on the alignment</li>
1970           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1971             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1972             pop-up menu</li>
1973         </ul>
1974         <em>Build and deployment</em>
1975         <ul>
1976           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1977             tags</li>
1978         </ul>
1979         <em>New Known Issues</em>
1980         <ul>
1981           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1982             on Windows</li>
1983         </ul>
1984       </div>
1985     </td>
1986     </tr>
1987     <tr>
1988       <td width="60" nowrap>
1989         <div align="center">
1990           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1991         </div>
1992       </td>
1993       <td><em>General</em>
1994         <ul>
1995           <li>
1996             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2000             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2001             better PDB parsing.
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2005             reference sequence
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2009             mousing over sequence associated annotation
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2013             for manual entry
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2017             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2018             for each column
2019           </li>
2020           <li>
2021             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2022             showing or hiding columns containing a feature
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2026             group and sequence associated annotation labels
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2030             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2031             dialogs
2032           </li>
2033
2034         </ul> <em>Application</em>
2035         <ul>
2036           <li>
2037             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2038             gene/transcript view
2039           </li>
2040           <li>
2041             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2042             dialog
2043           </li>
2044           <li>
2045             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2046             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2050             Pfam sources to xfam.org
2051           </li>
2052           <li>
2053             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2054           </li>
2055           <li>
2056             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2057             over sequences in Jalview
2058           </li>
2059           <li>
2060             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2061             regions in ENA and EMBL
2062           </li>
2063           <li>
2064             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2065             for record retrieval via ENA rest API
2066           </li>
2067           <li>
2068             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2069             complement operator
2070           </li>
2071           <li>
2072             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2073             groovy script execution
2074           </li>
2075           <li>
2076             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2077             alignment window's Calculate menu
2078           </li>
2079           <li>
2080             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2081             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2082           </li>
2083           <li>
2084             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2085             calculation workers from groovy scripts
2086           </li>
2087           <li>
2088             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2089             Jalview projects
2090           </li>
2091           <li>
2092             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2093             associations are now saved/restored from project
2094           </li>
2095           <li>
2096             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2097             before sequence fetcher is opened
2098           </li>
2099           <li>
2100             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2101             database chooser opens a sequence fetcher
2102           </li>
2103           <li>
2104             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2105             the UniProt REST API
2106           </li>
2107           <li>
2108             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2109             the news reader opening
2110           </li>
2111           <li>
2112             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2113             querying stored in preferences
2114           </li>
2115           <li>
2116             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2117             search results
2118           </li>
2119           <li>
2120             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2121           </li>
2122           <li>
2123             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2124             menu for nucleotide sequences
2125           </li>
2126           <li>
2127             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2128             and feature counts preserves alignment ordering (and
2129             debugged for complex feature sets).
2130           </li>
2131           <li>
2132             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2133             viewing structures with Jalview 2.10
2134           </li>
2135           <li>
2136             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2137             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2138             Ensembl Genomes REST API
2139           </li>
2140           <li>
2141             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2142             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2143             (Ensembl)
2144           </li>
2145           <li>
2146             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2147             sequences
2148           </li>
2149           <li>
2150             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2151             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2152             data from external database records.
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2156             efficient recovery of sequence coding and alignment
2157             annotation relationships.
2158           </li>
2159         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2160         <ul>
2161           <li>
2162             -- JAL---
2163           </li>
2164         </ul> --></td>
2165       <td>
2166         <div align="left">
2167           <em>General</em>
2168           <ul>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2171               menu on OSX
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2175               includes graduated colourschemes
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2179               working with big alignments and lots of hidden columns
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2183               at right of alignment window
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2187               contents
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2191               for DNA alignments
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2195               based tree calculation
2196             </li>
2197             <li>
2198               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2199               unconserved enabled for group on alignment
2200             </li>
2201             <li>
2202               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2203               set as reference
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2207               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2208               annotation
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2212               hidden columns present
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2216               user created annotation added to alignment
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2220               '()' base pair annotation
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2224               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2225               Consensus
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2229               feature not working
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2233               beginning of sequence
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2237               entry 3a6s
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2241               from a tree when t-coffee scores are shown
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2245               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2249               some structures
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2253               to Clustal, PIR and PileUp output
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2257               not visible causes alignment window to repaint
2258             </li>
2259             <li>
2260               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2261               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2262               scores associated with features and annotation rows
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2266               calculation should be case independent
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2270               columns
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2274               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2275               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2279               problems when reference sequence defined and 'show
2280               non-conserved' enabled
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2284               load even when Consensus calculation is disabled
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2288               alignment does nothing
2289             </li>
2290           </ul>
2291           <em>Application</em>
2292           <ul>
2293             <li>
2294               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2295               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2296               yet fixed for El Capitan)
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2300               output when running on non-gb/us i18n platforms
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2304               hidden sequences as flat-file alignment
2305             </li>
2306             <li>
2307               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2308               launching Chimera
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2312               (also hotfix for 2.9.0b2)
2313             </li>
2314             <li>
2315               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2316               reference sequence defined
2317             </li>
2318             <li>
2319               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2320               alignments and views when revealing hidden columns
2321             </li>
2322             <li>
2323               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2324               view in a cDNA/Protein splitframe
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2328               sequence from project when only one sequence is
2329               represented
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2333               in Structure Chooser
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2337               structure consensus didn't refresh annotation panel
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2341               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2345               dialogs format columns correctly, don't display array
2346               data, sort columns according to type
2347             </li>
2348             <li>
2349               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2350               file chooser is cancelled during an image export
2351             </li>
2352             <li>
2353               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2354               sequence name containing special characters
2355             </li>
2356             <li>
2357               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2358               case insensitive
2359             </li>
2360             <li>
2361               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2362               formatting don't wrap
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2366               truncated so L looks like I in consensus annotation
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2370               currently displayed features for the current selection or
2371               view
2372             </li>
2373             <li>
2374               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2375               after fetching cross-references, and restoring from
2376               project
2377             </li>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2380               followed in the structure viewer
2381             </li>
2382             <li>
2383               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2384               splitframe not restored from project
2385             </li>
2386             <li>
2387               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2388               trailing end of protein alignment in transcript/product
2389               splitview when pad-gaps not enabled by default
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2393               is case dependent
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2397               article has been read (reopened issue due to
2398               internationalisation problems)
2399             </li>
2400             <li>
2401               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2402               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2403               cross-references
2404             </li>
2405
2406             <li>
2407               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2408               alignment as HTML
2409             </li>
2410             <li>
2411               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2412               multiple structures are shown for one or more sequences.
2413             </li>
2414             <li>
2415               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2416               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2417               is enabled.
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2421               specific PDB id for sequence
2422             </li>
2423             <li>
2424               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2425               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2426               columns' is disabled.
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2430               selects lowest rather than highest resolution structures
2431               for each sequence
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2435               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2439               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2443               after clicking on it to create new annotation for a
2444               column.
2445             </li>
2446             <li>
2447               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2448               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2449             </li>
2450             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2451             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2452           </ul>
2453           <em>Applet</em>
2454           <ul>
2455             <li>
2456               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2457               hidden columns present before start of sequence
2458             </li>
2459             <li>
2460               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2461               (JSON jars)
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2465               sequences are hidden in applet
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2469               deployment on examples pages.
2470             </li>
2471           </ul>
2472         </div>
2473       </td>
2474     </tr>
2475     <tr>
2476       <td width="60" nowrap>
2477         <div align="center">
2478           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2479             <em>16/10/2015</em></strong>
2480         </div>
2481       </td>
2482       <td><em>General</em>
2483         <ul>
2484           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2485             jars</li>
2486         </ul></td>
2487       <td>
2488         <div align="left">
2489           <em>Application</em>
2490           <ul>
2491             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2492               shown when tree is partitioned</li>
2493             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2494               multiple cDNA/Protein split views</li>
2495           </ul>
2496         </div>
2497       </td>
2498     </tr>
2499     <tr>
2500       <td width="60" nowrap>
2501         <div align="center">
2502           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2503             <em>8/10/2015</em></strong>
2504         </div>
2505       </td>
2506       <td><em>General</em>
2507         <ul>
2508           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2509             2.9</li>
2510         </ul> <em>Application</em>
2511         <ul>
2512           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2513           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2514           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2515         </ul> <em>Applet</em>
2516         <ul>
2517           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2518         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2519         <ul>
2520           <li>
2521             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2522             suite
2523           </li>
2524         </ul></td>
2525       <td>
2526         <div align="left">
2527           <em>General</em>
2528           <ul>
2529             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2530               incorrect when sequence start > 1</li>
2531             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2532               documentation</li>
2533             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2534             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2535               loading a features file containing HTML tags in feature
2536               description</li>
2537
2538           </ul>
2539           <em>Application</em>
2540           <ul>
2541             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2542               reimport</li>
2543             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2544               with 'trim retrieved sequences'</li>
2545             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2546               deleting selected columns</li>
2547             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2548               JNLP templates for webstart launch</li>
2549             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2550               unreleased structures for download or viewing</li>
2551             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2552               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2553             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2554               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2555             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2556               recovered from jalview project</li>
2557             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2558               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2559               alignment view</li>
2560             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2561               color schemes from BioJSON</li>
2562           </ul>
2563           <em>Applet</em>
2564           <ul>
2565             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2566               frame</li>
2567             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2568           </ul>
2569         </div>
2570       </td>
2571     </tr>
2572     <tr>
2573       <td><div align="center">
2574           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2575         </div></td>
2576       <td><em>General</em>
2577         <ul>
2578           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2579             alignments:
2580             <ul>
2581               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2582                 and DNA alignment views</li>
2583               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2584                 cDNA alignment views</li>
2585               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2586                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2587               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2588                 protein sequences</li>
2589             </ul>
2590           </li>
2591           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2592           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2593             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2594           <li>New alignment annotation file statements for
2595             reference sequences and marking hidden columns</li>
2596           <li>Reference sequence based alignment shading to
2597             highlight variation</li>
2598           <li>Select or hide columns according to alignment
2599             annotation</li>
2600           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2601           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2602             acid conservation row</li>
2603           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2604         </ul> <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2607             <ul>
2608               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2609                 view with cDNA/Protein</li>
2610               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2611                 sequences are placed in the same alignment</li>
2612               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2613                 projects</li>
2614             </ul>
2615           </li>
2616
2617           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2618           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2619             Jalview windows</li>
2620
2621           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2622           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2623           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2624             be shown in VARNA</li>
2625
2626           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2627             as the active selected region</li>
2628
2629           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2630             similarity</li>
2631           <li>New Export options
2632             <ul>
2633               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2634                 region export in flat file generation</li>
2635
2636               <li>Export alignment views for display with the <a
2637                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2638
2639               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2640               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2641                 alignment figures to HTML</li>
2642           </li>
2643           <li>3D structure retrieval and display
2644             <ul>
2645               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2646                 Search API</li>
2647               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2648                 PDB structures for a sequence set</li>
2649             </ul>
2650           </li>
2651
2652           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2653             predictions</li>
2654           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2655             for one or a group of sequences</li>
2656           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2657             from the JPred4 web server</li>
2658           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2659             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2660             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2661           </li>
2662           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2663             VARNA 2D Structure'</li>
2664           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2665             Structure ..."</li>
2666
2667         </ul> <em>Applet</em>
2668         <ul>
2669           <li>New layout for applet example pages</li>
2670           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2671             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2672           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2673             Protein alignments</li>
2674         </ul> <em>Development and deployment</em>
2675         <ul>
2676           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2677           <li>Include installation type and git revision in build
2678             properties and console log output</li>
2679           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2680             storing BioJsMSA Templates</li>
2681           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2682         </ul></td>
2683       <td>
2684         <!-- <em>General</em>
2685         <ul>
2686         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2687         <ul>
2688           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2689           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2690           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2691             predictions are not highlighted in amber</li>
2692           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2693             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2694           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2695             associated structure views</li>
2696           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2697             width checkbox not enabled</li>
2698           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2699             creating user defined colours</li>
2700           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2701             mappings for just that viewer's sequences</li>
2702           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2703             multiple models in Chimera</li>
2704           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2705             over Jmol structure</li>
2706           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2707             output to text box</li>
2708           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2709             have incorrect sequence start/end</li>
2710           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2711             Jalview fails</li>
2712           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2713             work for nucleotide</li>
2714           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2715             to a grey/invisible alignment window</li>
2716           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2717             imports to different position</li>
2718           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2719             on some platforms</li>
2720           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2721             populated</li>
2722           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2723             console if Chimera has been opened</li>
2724           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2725           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2726             retrieved</li>
2727           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2728           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2729             either sequence shows on first structure</li>
2730           <li>'Show annotations' options should not make
2731             non-positional annotations visible</li>
2732           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2733             in right place after 'view flanking regions'</li>
2734           <li>File Save As type unset when current file format is
2735             unknown</li>
2736           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2737             projects</li>
2738           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2739             responsive</li>
2740           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2741             several views on same alignment</li>
2742           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2743           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2744             spaces</li>
2745         </ul> <em>Applet</em>
2746         <ul>
2747           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2748           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2749             descriptions containing angle brackets</li>
2750         </ul> <em>General</em>
2751         <ul>
2752           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2753             via jalview annotation file</li>
2754           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2755             with RNA secondary structure</li>
2756           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2757             translation doesn't work.</li>
2758           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2759           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2760             positions</li>
2761           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2762             choosing 1pt font</li>
2763           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2764             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2765             'h'</li>
2766           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2767             new feature</li>
2768           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2769             order dependent</li>
2770           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2771             sequences</li>
2772           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2773         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2774         <ul>
2775           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2776             www.jalview.org</li>
2777         </ul> <em>Application Known issues</em>
2778         <ul>
2779           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2780           <li>Misleading message appears after trying to delete
2781             solid column.</li>
2782           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2783             version launches</li>
2784           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2785             fails with a sequence mismatch</li>
2786           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2787             scrolling alignment to right</li>
2788           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2789             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2790           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2791             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2792           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2793             ultra-high resolution</li>
2794           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2795             quality and conservation</li>
2796           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2797             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2798         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2799         <ul>
2800           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2801           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2802             window is being resized</li>
2803
2804         </ul>
2805       </td>
2806     </tr>
2807     <tr>
2808       <td><div align="center">
2809           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2810         </div></td>
2811       <td><em>General</em>
2812         <ul>
2813           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2814             Certum.PL.</li>
2815           <li>Features and annotation preserved when performing
2816             pairwise alignment</li>
2817           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2818             imported/exported/displayed</li>
2819           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2820             protein secondary structure</li>
2821           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2822               post-hoc with 2.9 release</em>)
2823           </li>
2824
2825         </ul> <em>Application</em>
2826         <ul>
2827           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2828             with 3D structures</li>
2829           <li>Support for parsing RNAML</li>
2830           <li>Annotations menu for layout
2831             <ul>
2832               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2833               <li>place sequence annotation above/below alignment
2834                 annotation</li>
2835             </ul>
2836           <li>Output in Stockholm format</li>
2837           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2838             translation</li>
2839           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2840           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2841             shared between alignments</li>
2842           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2843             Jalview</li>
2844           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2845             all or current selection</li>
2846           <li>disorder and secondary structure predictions
2847             available as dataset annotation</li>
2848           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2849
2850
2851           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2852             alignments from Rfam</li>
2853           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2854
2855           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2856             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2857           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2858           <li>include installation type in build properties and
2859             console log output</li>
2860           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2861             annotation</li>
2862         </ul></td>
2863       <td>
2864         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2865         <ul>
2866           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2867             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2868           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2869             alignment</li>
2870           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2871           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2872           <li>Double click on sequence associated annotation
2873             selects only first column</li>
2874           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2875             leaves shown in tree</li>
2876           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2877             properly</li>
2878           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2879           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2880             screen and buttons not visible</li>
2881           <li>author list isn't updated if already written to
2882             Jalview properties</li>
2883           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2884             from database</li>
2885           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2886           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2887             browser search window</li>
2888           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2889             in feature settings dialog</li>
2890           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2891             desktop</li>
2892           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2893             pass validation</li>
2894           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2895             fit on screen</li>
2896           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2897             tooltip</li>
2898           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2899             defined user preset</li>
2900           <li>MSA web services warns user if they were launched
2901             with invalid input</li>
2902           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2903             Java 8</li>
2904           <li>
2905             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2906             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2907             created
2908           </li>
2909
2910         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2911         <ul>
2912         </ul> <em>General</em>
2913         <ul>
2914         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2915         <ul>
2916           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2917             memory allocation</li>
2918           <li>launchApp service doesn't automatically open
2919             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2920           <li>
2921             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2922             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2923             1.7_055 is available
2924           </li>
2925         </ul> <em>Application Known issues</em>
2926         <ul>
2927           <li>
2928             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2929             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2930             alignment to right
2931           </li>
2932           <li>
2933             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2934             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2935             with large number of ID
2936           </li>
2937           <li>
2938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2939             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2940             start/end
2941           </li>
2942           <li>
2943             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2944             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2945             structure tracks are rearranged
2946           </li>
2947           <li>
2948             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2949             invalid rna structure positional highlighting does not
2950             highlight position of invalid base pairs
2951           </li>
2952           <li>
2953             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2954             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2955             project from alignment window file menu
2956           </li>
2957           <li>
2958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2959             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2960             structures
2961           </li>
2962           <li>
2963             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2964             colour by RNA Helices not enabled when user created
2965             annotation added to alignment
2966           </li>
2967           <li>
2968             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2969             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2970           </li>
2971         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2972         <ul>
2973           <li>
2974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2975             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2976           </li>
2977           <li>
2978             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2979             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2980           </li>
2981
2982           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2983             when selected</li>
2984         </ul>
2985       </td>
2986     </tr>
2987     <tr>
2988       <td><div align="center">
2989           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2990         </div></td>
2991       <td>
2992         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2993         <em>General</em>
2994         <ul>
2995           <li>Internationalisation of user interface (usually
2996             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2997           <li>Define/Undefine group on current selection with
2998             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2999           <li>Improved group creation/removal options in
3000             alignment/sequence Popup menu</li>
3001           <li>Sensible precision for symbol distribution
3002             percentages shown in logo tooltip.</li>
3003           <li>Annotation panel height set according to amount of
3004             annotation when alignment first opened</li>
3005         </ul> <em>Application</em>
3006         <ul>
3007           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3008             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3009           <li>Select columns containing particular features from
3010             Feature Settings dialog</li>
3011           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3012             sequences</li>
3013           <li>Update Jalview project format:
3014             <ul>
3015               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3016               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3017                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3018               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3019                 colouring</li>
3020             </ul>
3021           </li>
3022           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3023             (PAM250)</li>
3024           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3025             flanking regions for an alignment</li>
3026         </ul>
3027       </td>
3028       <td>
3029         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3032             running after job is cancelled</li>
3033           <li>cannot export features from alignments imported from
3034             Jalview/VAMSAS projects</li>
3035           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3036             float values</li>
3037           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3038             have 'display all symbols' flag set</li>
3039           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3040             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3041           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3042             Jalview</li>
3043           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3044             Lion/Webstart</li>
3045           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3046           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3047           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3048             alignment onto desktop</li>
3049           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3050             'extract scores' function</li>
3051           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3052             alignment window</li>
3053           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3054             performing IUPred disorder prediction</li>
3055           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3056             changing 'normalise logo' display setting</li>
3057           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3058             nothing matches query</li>
3059           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3060             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3061           </li>
3062           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3063             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3064           </li>
3065           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3066             Jalview's menu</li>
3067           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3068             'invalid literal/length code'</li>
3069           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3070             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3071           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3072             colourscheme</li>
3073
3074         </ul> <em>Applet</em>
3075         <ul>
3076           <li>Remove group option is shown even when selection is
3077             not a group</li>
3078           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3079             don't affect groups</li>
3080           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3081             colourscheme name</li>
3082           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3083             Annotation panel is not displayed</li>
3084           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3085             embedded windows</li>
3086         </ul> <em>Other</em>
3087         <ul>
3088           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3089             single sequence were not calculated</li>
3090           <li>annotation files that contain only groups imported as
3091             annotation and junk sequences</li>
3092           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3093             recognised as PFAM or BLC</li>
3094           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3095             doesn't affect background (2.8.0b1)
3096           <li></li>
3097           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3098           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3099             trailing gaps</li>
3100           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3101             registered correctly on import</li>
3102           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3103             certain alignments</li>
3104           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3105             existing annotation based 'use original colours'
3106             colourscheme loses original colours setting</li>
3107         </ul>
3108       </td>
3109     </tr>
3110     <tr>
3111       <td><div align="center">
3112           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3113             <em>30/1/2014</em></strong>
3114         </div></td>
3115       <td>
3116         <ul>
3117           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3118             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3119             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3120             open source project).
3121           </li>
3122           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3123           <li>Output in Stockholm format</li>
3124           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3125           <li>Export/import group and sequence associated line
3126             graph thresholds</li>
3127           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3128             ambiguity codes</li>
3129           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3130             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3131             works</li>
3132           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3133         </ul> <em>Other improvements</em>
3134         <ul>
3135           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3136           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3137             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3138           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3139             files</li>
3140           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3141           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3142             link but no description</li>
3143           <li>Select primary source when selecting authority in
3144             database fetcher GUI</li>
3145           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3146             Jalview</li>
3147           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3148         </ul>
3149       </td>
3150       <td>
3151         <ul>
3152           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3153             displayed</li>
3154           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3155             secondary structure annotation line</li>
3156           <li>Sequence database accessions not imported when
3157             fetching alignments from Rfam</li>
3158           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3159             identical IDs</li>
3160           <li>View all structures does not always superpose
3161             structures</li>
3162           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3163             reflect user or preset settings</li>
3164           <li>Null pointer exceptions for some services without
3165             presets or adjustable parameters</li>
3166           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3167             discover PDB xRefs</li>
3168           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3169             features with DAS</li>
3170           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3171             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3172           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3173             residue follows a gap</li>
3174           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3175             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3176           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3177             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3178           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3179             annotation already exists on alignment</li>
3180           <li>oninit javascript function should be called after
3181             initialisation completes</li>
3182           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3183             alignment window display</li>
3184           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3185           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3186             to annotation file</li>
3187           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3188             groups created</li>
3189           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3190             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3191           <li>Pressing return several times causes Number Format
3192             exceptions in keyboard mode</li>
3193           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3194             correct partitions for input data</li>
3195           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3196           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3197           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3198           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3199             mode</li>
3200           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3201             changes one row&#39;s threshold</li>
3202           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3203             doesn&#39;t open</li>
3204           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3205             quality histograms</li>
3206         </ul>
3207       </td>
3208     </tr>
3209     <tr>
3210       <td><div align="center">
3211           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3212         </div></td>
3213       <td><em>Application</em>
3214         <ul>
3215           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3216             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3217           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3218             preferences</li>
3219           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3220             in Jalview alignment window</li>
3221           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3222             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3223           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3224             RNA and ambiguity codes</li>
3225
3226           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3227           <li>Support fetching and database reference look up
3228             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3229             refs')</li>
3230           <li>Jalview project improvements
3231             <ul>
3232               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3233                 flag for annotation</li>
3234               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3235                 alignment</li>
3236               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3237                 Jalview project</li>
3238
3239             </ul>
3240           </li>
3241           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3242           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3243             running</li>
3244           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3245           <li>visual indication that web service results are still
3246             being retrieved from server</li>
3247           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3248             starts up for first time</li>
3249           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3250             services</li>
3251           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3252             client library</li>
3253           <li>Examples directory and Groovy library included in
3254             InstallAnywhere distribution</li>
3255         </ul> <em>Applet</em>
3256         <ul>
3257           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3258             visualization applet example</li>
3259         </ul> <em>General</em>
3260         <ul>
3261           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3262           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3263             defaults</li>
3264           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3265             calculation</li>
3266           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3267             matrices
3268           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3269             in HTML</li>
3270           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3271             structure contacts</li>
3272           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3273           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3274           <li>Parse sequence associated secondary structure
3275             information in Stockholm files</li>
3276           <li>HTML Export database accessions and annotation
3277             information presented in tooltip for sequences</li>
3278           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3279             style RNA alignment files</li>
3280           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3281             alignment</li>
3282           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3283             shade each sequence according to its associated alignment
3284             annotation</li>
3285           <li>New Jalview Logo</li>
3286         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3287         <ul>
3288           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3289           <li>New Website!</li>
3290         </ul></td>
3291       <td><em>Application</em>
3292         <ul>
3293           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3294             wsdbfetch REST service</li>
3295           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3296           <li>Filetype associations not installed for webstart
3297             launch</li>
3298           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3299             job execution in full once it is complete</li>
3300           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3301             uploaded via ali_file parameter</li>
3302           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3303           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3304           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3305             submitted for prediction</li>
3306           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3307             desktop window</li>
3308           <li>Putting fractional value into integer text box in
3309             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3310           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3311             windows 7</li>
3312           <li>View all structures fails with exception shown in
3313             structure view</li>
3314           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3315             escaped in a platform independent way</li>
3316           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3317             using proxy</li>
3318           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3319             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3320           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3321             failure when java web start temporary file caching is
3322             disabled</li>
3323           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3324             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3325           <li>Errors during processing of command line arguments
3326             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3327           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3328             DAS sources in sequence fetcher</li>
3329           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3330             dialog is shown</li>
3331           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3332           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3333           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3334           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3335             on OSX Mountain Lion</li>
3336           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3337             sequences with alignment annotation are pasted into the
3338             alignment</li>
3339           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3340             when loaded from Jalview project</li>
3341           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3342           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3343             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3344           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3345             associated with all views</li>
3346           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3347             annotation rows to new window</li>
3348         </ul> <em>Applet</em>
3349         <ul>
3350           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3351             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3352           <li>loading features via javascript API automatically
3353             enables feature display</li>
3354           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3355             work</li>
3356         </ul> <em>General</em>
3357         <ul>
3358           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3359           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3360             and then deselected</li>
3361           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3362           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3363             coloured with clustalx</li>
3364           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3365             exceptions and redraw errors</li>
3366           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3367             reconfigured view</li>
3368           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3369             colour</li>
3370           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3371             for lots of labels</li>
3372         </ul>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376         <div align="center">
3377           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td><em>Application</em>
3381         <ul>
3382           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3383           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3384           <li>View/alignment association menu to enable user to
3385             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3386             its colours/correspondences from</li>
3387           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3388           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3389             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3390           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3391           <li>Annotation row column label formatting attributes
3392             stored in project file</li>
3393           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3394             rows preserved in Jalview project file</li>
3395           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3396             saved using Desktop window menu</li>
3397           <li>Visual indication that command line arguments are
3398             still being processed</li>
3399           <li>Groovy script execution from URL</li>
3400           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3401             preferences</li>
3402           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3403             alignment with sequences that have high similarity and
3404             matching IDs</li>
3405           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3406           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3407             structures in same window</li>
3408           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3409           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3410             analysis function in its own submenu</li>
3411         </ul> <em>Applet</em>
3412         <ul>
3413           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3414             groups</li>
3415           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3416           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3417           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3418           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3419           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3420             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3421           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3422           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3423             parameters are treated as such</li>
3424           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3425             <ul>
3426               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3427               <li>Javascript callbacks for
3428                 <ul>
3429                   <li>Applet initialisation</li>
3430                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3431                 </ul>
3432               </li>
3433               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3434                 functions</li>
3435               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3436               <li>javascript structure viewer harness to pass
3437                 messages between Jmol and Jalview when running as
3438                 distinct applets</li>
3439               <li>sortBy method</li>
3440               <li>Set of applet and application examples shipped
3441                 with documentation</li>
3442               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3443                 javascript message exchange</li>
3444             </ul>
3445         </ul> <em>General</em>
3446         <ul>
3447           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3448             multiple alignments</li>
3449           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3450           <li>User configurable link to enable redirects to a
3451             www.Jalview.org mirror</li>
3452           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3453           <li>Configurable newline string when writing alignment
3454             and other flat files</li>
3455           <li>Allow alignment annotation description lines to
3456             contain html tags</li>
3457         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3458         <ul>
3459           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3460             examples</li>
3461           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3462             using a web service before displaying the result in the
3463             Jalview desktop</li>
3464           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3465           <li>Ant target to publish example html files with applet
3466             archive</li>
3467           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3468           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3469         </ul></td>
3470       <td><em>Application</em>
3471         <ul>
3472           <li>User defined colourscheme throws exception when
3473             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3474           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3475             dialog for valid filename/format</li>
3476           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3477           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3478             P37173</li>
3479           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3480             which sequence is to be associated with the file</li>
3481           <li>Find All raises null pointer exception when query
3482             only matches sequence IDs</li>
3483           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3484           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3485             2.4 cannot be loaded</li>
3486           <li>Filetype associations not installed for webstart
3487             launch</li>
3488           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3489             with sequences in different alignments do not get coloured
3490             by their associated sequence</li>
3491           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3492             not preserved when project is loaded</li>
3493           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3494             stored in Jalview project</li>
3495           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3496             Jalview project</li>
3497           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3498           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3499             by conservation</li>
3500           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3501             created on new view</li>
3502           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3503             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3504           <li>Alignment quality not updated after alignment
3505             annotation row is hidden then shown</li>
3506           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3507             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3508           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3509             properly</li>
3510           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3511             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3512           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3513           <li>Structures imported from file and saved in project
3514             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3515           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3516             job execution in full once it is complete</li>
3517         </ul> <em>Applet</em>
3518         <ul>
3519           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3520             annotation rows are displayed</li>
3521           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3522             codebase</li>
3523           <li>View follows highlighting does not work for positions
3524             in sequences</li>
3525           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3526           <li>Export features raises exception when no features
3527             exist</li>
3528           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3529             for javascript api is modified when separator string
3530             provided as parameter</li>
3531           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3532             alignment with no existing selection</li>
3533           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3534             to applet&#39;s codebase</li>
3535           <li>Status bar not updated after finished searching and
3536             search wraps around to first result</li>
3537           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3538             several Jalview applets causes race conditions and memory
3539             leaks</li>
3540           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3541             not sent from Jmol in applet</li>
3542           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3543             applet API fatally hang browser</li>
3544         </ul> <em>General</em>
3545         <ul>
3546           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3547             position with wrapped view and hidden regions</li>
3548           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3549             with/without hidden columns</li>
3550           <li>Sequence length given in alignment properties window
3551             is off by 1</li>
3552           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3553             import PDB like structure files</li>
3554           <li>Positional search results are only highlighted
3555             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3556           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3557           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3558             given sequence position</li>
3559           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3560             output</li>
3561           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3562             from nucleotide chains correctly</li>
3563           <li>Structure colours not updated when tree partition
3564             changed in alignment</li>
3565           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3566             parsed in interleaved stockholm</li>
3567           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3568             state</li>
3569           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3570             properly</li>
3571           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3572             properly associated with their pdb files</li>
3573         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3574         <ul>
3575           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3576             ApplyCopyright tool</li>
3577         </ul></td>
3578     </tr>
3579     <tr>
3580       <td>
3581         <div align="center">
3582           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3583         </div>
3584       </td>
3585       <td><em>Application</em>
3586         <ul>
3587           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3588             contact web services</li>
3589           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3590             service job window</li>
3591           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3592         </ul></td>
3593       <td>
3594         <ul>
3595           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3596             pir file emitted by Jalview</li>
3597           <li>Existing feature settings transferred to new
3598             alignment view created from cut'n'paste</li>
3599           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3600             parsing PDB files</li>
3601           <li>Consensus and conservation annotation rows
3602             occasionally become blank for all new windows</li>
3603           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3604             in wrapped view mode</li>
3605         </ul> <em>Application</em>
3606         <ul>
3607           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3608             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3609           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3610             parameter names</li>
3611           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3612             is down</li>
3613         </ul>
3614       </td>
3615     </tr>
3616     <tr>
3617       <td>
3618         <div align="center">
3619           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3620         </div>
3621       </td>
3622       <td><em>Application</em>
3623         <ul>
3624           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3625             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3626             (JABAWS)
3627           </li>
3628           <li>Web Services preference tab</li>
3629           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3630             preferences</li>
3631           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3632           <li>Superpose structures using associated sequence
3633             alignment</li>
3634           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3635             viewer</li>
3636         </ul> <em>Applet</em>
3637         <ul>
3638           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3639             link out mechanism</li>
3640         </ul> <em>Other</em>
3641         <ul>
3642           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3643             series 12</li>
3644           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3645             require Java 1.5</li>
3646           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3647             sequence annotation files</li>
3648           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3649             type colour specification</li>
3650           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3651             script to check if it being run in an interactive session or
3652             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3653         </ul></td>
3654       <td>
3655         <ul>
3656           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3657             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3658         </ul> <em>Application</em>
3659         <ul>
3660           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3661             selected Regions menu item</li>
3662           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3663             part of a valid accession ID</li>
3664           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3665             runs out of memory</li>
3666           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3667             analysis results</li>
3668           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3669             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3670           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3671         </ul> <em>Applet</em>
3672         <ul>
3673           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3674             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3675             defined.</li>
3676         </ul>
3677       </td>
3678     </tr>
3679     <tr>
3680       <td>
3681         <div align="center">
3682           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3683         </div>
3684       </td>
3685       <td></td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3689             sequence IDs</li>
3690           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3691             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3692           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3693             import correctly</li>
3694           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3695             number of columns are hidden</li>
3696           <li>annotation label popup menu not providing correct
3697             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3698             present</li>
3699           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3700             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3701           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3702             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3703
3704         </ul> <em>Applet</em>
3705         <ul>
3706           <li>annotation panel disappears when annotation is
3707             hidden/removed</li>
3708         </ul> <em>Application</em>
3709         <ul>
3710           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3711             alignment opened where annotation panel is visible but no
3712             annotations are present on alignment</li>
3713           <li>pasted region containing hidden columns is
3714             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3715           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3716             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3717           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3718             selected Rregions menu item.</li>
3719           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3720             'Un' or 'Non'conserved</li>
3721           <li>Sequence feature settings are being shared by
3722             multiple distinct alignments</li>
3723           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3724             changed</li>
3725           <li>double click on group annotation to select sequences
3726             does not propagate to associated trees</li>
3727           <li>Mac OSX specific issues:
3728             <ul>
3729               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3730                 window background</li>
3731               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3732                 name set correctly</li>
3733               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3734                 save feature colourscheme button</li>
3735             </ul>
3736           </li>
3737         </ul>
3738       </td>
3739     </tr>
3740     <tr>
3741
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td><em>New Capabilities</em>
3748         <ul>
3749           <li>URL links generated from description line for
3750             regular-expression based URL links (applet and application)
3751
3752           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3753             menu</li>
3754           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3755             structures</li>
3756           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3757             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3758           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3759             average score or total feature count for each sequence.</li>
3760           <li>Shading features by score or associated description</li>
3761           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3762             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3763           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3764             hide everything but the currently selected region.</li>
3765           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3766         </ul> <em>Application</em>
3767         <ul>
3768           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3769             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3770           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3771             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3772           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3773             database references and protein_name is parsed as
3774             description line (BioSapiens terms).</li>
3775           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3776             references in sequence ID tooltip from View menu in
3777             application.</li>
3778           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3779       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3780           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3781             conservation plots</li>
3782           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3783             and visualized as sequence logos</li>
3784           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3785             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3786           </li>
3787           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3788             when a new tree is opened.</li>
3789           <li>Jalview Java Console</li>
3790           <li>Better placement of desktop window when moving
3791             between different screens.</li>
3792           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3793             consensus annotation</li>
3794           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3795             Workflows</li>
3796           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3797             <ul>
3798               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3799                 used to preserve views, structures, and tree display
3800                 settings)</li>
3801               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3802                 command line</li>
3803               <li>Sharing of selected regions between views and
3804                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3805               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3806             </ul></li>
3807         </ul> <em>Applet</em>
3808         <ul>
3809           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3810           <li>New Parameters
3811             <ul>
3812               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3813                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3814                 opened.</li>
3815               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3816                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3817               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3818                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3819               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3820                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3821                 view</li>
3822               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3823                 increase the height or width of a cell in the alignment
3824                 grid relative to the current font size.</li>
3825             </ul>
3826           </li>
3827           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3828             tooltip</li>
3829         </ul> <em>Other</em>
3830         <ul>
3831           <li>Features format: graduated colour definitions and
3832             specification of feature scores</li>
3833           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3834             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3835             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3836           <li>XML formats extended to support graduated feature
3837             colourschemes, group associated annotation, and profile
3838             visualization settings.</li></td>
3839       <td>
3840         <ul>
3841           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3842             rather than description</li>
3843           <li>Non-positional features are now included in sequence
3844             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3845             visibility in tooltip).</li>
3846           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3847           <li>Added URL embedding instructions to features file
3848             documentation.</li>
3849           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3850             'X' in peptide product</li>
3851           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3852             sequence ID and sequence string and query strings do not
3853             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3854           <li>AMSA files only contain first column of
3855             multi-character column annotation labels</li>
3856           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3857             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3858             exported and re-imported)</li>
3859           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3860             name</li>
3861           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3862             as subsequence matches, and correctly reports total number
3863             of both.</li>
3864           <li>Application:
3865             <ul>
3866               <li>Better handling of exceptions during sequence
3867                 retrieval</li>
3868               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3869                 link text excludes the start_end suffix</li>
3870               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3871                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3872               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3873               <li>Sequence description lines properly shared via
3874                 VAMSAS</li>
3875               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3876                 data sources</li>
3877               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3878                 completes before alignment figures are generated.</li>
3879               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3880                 first time.</li>
3881               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3882                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3883               <li>User defined group colours properly recovered
3884                 from Jalview projects.</li>
3885             </ul>
3886           </li>
3887         </ul>
3888       </td>
3889
3890     </tr>
3891     <tr>
3892       <td>
3893         <div align="center">
3894           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3895         </div>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>Experimental support for google analytics usage
3900             tracking.</li>
3901           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3902         </ul>
3903       </td>
3904       <td>
3905         <ul>
3906           <li>Race condition in applet preventing startup in
3907             jre1.6.0u12+.</li>
3908           <li>Exception when feature created from selection beyond
3909             length of sequence.</li>
3910           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3911           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3912             all sequences with a given id</li>
3913           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3914             ID string searches</li>
3915           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3916             alignment to fail with exception</li>
3917         </ul> <em>Application Issues</em>
3918         <ul>
3919           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3920           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3921             data sources</li>
3922         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3923         <ul>
3924           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3925             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3926           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3927             version (java class versioning error fixed)</li>
3928         </ul>
3929       </td>
3930     </tr>
3931     <tr>
3932       <td>
3933
3934         <div align="center">
3935           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3936         </div>
3937       </td>
3938       <td><em>User Interface</em>
3939         <ul>
3940           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3941             translation and protein products</li>
3942           <li>Linked highlighting of structure associated with
3943             residue mapping to codon position</li>
3944           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3945             and 'clear' button</li>
3946           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3947             Tools menu</li>
3948           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3949             numeric data in description line</li>
3950           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3951           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3952             of sequence</li>
3953         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3954         <ul>
3955           <li>JPred3 web service</li>
3956           <li>Prototype sequence search client (no public services
3957             available yet)</li>
3958           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3959             PFAM</li>
3960           <li>URL Links created for matching database cross
3961             references as well as sequence ID</li>
3962           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3963         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3964         <ul>
3965           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3966             databases</li>
3967           <li>Generalised database reference retrieval and
3968             validation to all fetchable databases</li>
3969           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3970             sequence command</li>
3971         </ul> <em>Import and Export</em>
3972         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3973         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3974           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3975         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3976           File</li>
3977         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3978           triplet as name of colourscheme</li>
3979         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3980         <ul>
3981           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3982           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3983             alignments (experimental)</li>
3984           <li>Create new or select existing session to join</li>
3985           <li>load and save of vamsas documents</li>
3986         </ul> <em>Application command line</em>
3987         <ul>
3988           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3989             from applet)</li>
3990           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3991             of DAS servers to query for alignment features</li>
3992           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3993             that are also automatically queried for features</li>
3994           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3995             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3996         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3997         <ul>
3998           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3999             application (when using &quot;View in full
4000             application&quot;)</li>
4001         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4002         <ul>
4003           <li>feature group display control parameter</li>
4004           <li>debug parameter</li>
4005           <li>showbutton parameter</li>
4006         </ul> <em>Applet API methods</em>
4007         <ul>
4008           <li>newView public method</li>
4009           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4010           <li>Feature display control methods</li>
4011           <li>get list of currently selected sequences</li>
4012         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4013         <ul>
4014           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4015           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4016             Jalview release.</li>
4017           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4018             property controls execution of obfuscator</li>
4019           <li>Build target for generating source distribution</li>
4020           <li>Debug flag for javacc</li>
4021           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4022             jalview.bin.Cache</li>
4023           <li>Continuous Build Integration for stable and
4024             development version of Application, Applet and source
4025             distribution</li>
4026         </ul></td>
4027       <td>
4028         <ul>
4029           <li>selected region output includes visible annotations
4030             (for certain formats)</li>
4031           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4032             for editing</li>
4033           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4034           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4035           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4036           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4037             comments</li>
4038           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4039             filenames containing a ':'</li>
4040           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4041             global sequence features</li>
4042           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4043             references from alignment sequences goes to zero</li>
4044           <li>Close of tree branch colour box without colour
4045             selection causes cascading exceptions</li>
4046           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4047           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4048             file parsing fails.</li>
4049           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4050           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4051             not a valid output format</li>
4052           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4053             vamsas</li>
4054           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4055           <li>error messages passed up and output when data read
4056             fails</li>
4057           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4058             sequence is edited</li>
4059           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4060             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4061           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4062             filetype</li>
4063           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4064             import fixed for PFAM records</li>
4065           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4066             window list</li>
4067           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4068             can be read and written correctly to annotation file</li>
4069           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4070             correctly</li>
4071           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4072             non-italic font for representatives in Applet</li>
4073           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4074             Macs.</li>
4075           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4076             Applet)</li>
4077           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4078             due to null pointer exceptions</li>
4079           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4080             first column of alignment</li>
4081           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4082             July 2008</li>
4083           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4084             file is case-insensitive</li>
4085           <li>Sequence features read from Features file appended to
4086             all sequences with matching IDs</li>
4087           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4088             containing a sub-sequence</li>
4089           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4090           <li>feature and annotation file applet parameters
4091             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4092           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4093           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4094             splash-screen version check to complete</li>
4095           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4096             when passing them to the launchApp service</li>
4097           <li>display name and local features preserved in results
4098             retrieved from web service</li>
4099           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4100             sequence fetcher initialisation</li>
4101           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4102             dasobert DAS client</li>
4103           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4104             association</li>
4105           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4106             sequences
4107           </li>
4108         </ul>
4109       </td>
4110     </tr>
4111     <tr>
4112       <td>
4113         <div align="center">
4114           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4115         </div>
4116       </td>
4117       <td>
4118         <ul>
4119           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4120           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4121           <li>Slide sequences</li>
4122           <li>Edit sequence in place</li>
4123           <li>EMBL CDS features</li>
4124           <li>DAS Feature mapping</li>
4125           <li>Feature ordering</li>
4126           <li>Alignment Properties</li>
4127           <li>Annotation Scores</li>
4128           <li>Sort by scores</li>
4129           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4130         </ul>
4131       </td>
4132       <td>
4133         <ul>
4134           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4135           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4136           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4137           <li>Feature group display state in XML</li>
4138           <li>Feature ordering in XML</li>
4139           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4140           <li>Stockholm alignment properties</li>
4141           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4142           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4143           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4144           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4145         </ul>
4146       </td>
4147
4148     </tr>
4149     <tr>
4150       <td>
4151         <div align="center">
4152           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4153         </div>
4154       </td>
4155       <td>
4156         <ul>
4157           <li>Non standard characters can be read and displayed
4158           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4159             applet via textbox
4160           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4161             name &amp; description
4162           <li>Preference setting to display sequence name in
4163             italics
4164           <li>Annotation file format extended to allow
4165             Sequence_groups to be defined
4166           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4167             specified in preferences
4168           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4169             sequences
4170         </ul>
4171       </td>
4172       <td>
4173         <ul>
4174           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4175             installed
4176           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4177           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4178         </ul>
4179       </td>
4180     </tr>
4181     <tr>
4182       <td>
4183         <div align="center">
4184           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4185         </div>
4186       </td>
4187       <td>
4188         <ul>
4189           <li>Multiple views on alignment
4190           <li>Sequence feature editing
4191           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4192           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4193           <li>Background dependent text colour
4194           <li>Right align sequence ids
4195           <li>User-defined lower case residue colours
4196           <li>Format Menu
4197           <li>Select Menu
4198           <li>Menu item accelerator keys
4199           <li>Control-V pastes to current alignment
4200           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4201           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4202           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4203
4204           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4205         </ul>
4206       </td>
4207       <td>
4208         <ul>
4209           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4210           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4211             calculations
4212           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4213             edits
4214           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4215             of alignment)
4216           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4217
4218           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4219             display correctly
4220           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4221           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4222             analysis results
4223           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4224             &#8739;
4225           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4226           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4227           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4228
4229         </ul>
4230       </td>
4231     </tr>
4232     <tr>
4233       <td>
4234         <div align="center">
4235           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4236         </div>
4237       </td>
4238       <td>
4239         <ul>
4240           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4241         </ul>
4242       </td>
4243       <td>
4244         <ul>
4245           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4246             sequence id panel has been resized</li>
4247           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4248             rendered</li>
4249           <li>Annotation files with sequence references - all
4250             elements in file are relative to sequence position</li>
4251           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4252         </ul>
4253       </td>
4254     </tr>
4255     <tr>
4256       <td>
4257         <div align="center">
4258           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4259         </div>
4260       </td>
4261       <td>
4262         <ul>
4263           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4264           <li>DAS Feature fetching</li>
4265           <li>Hide sequences and columns</li>
4266           <li>Export Annotations and Features</li>
4267           <li>GFF file reading / writing</li>
4268           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4269             files</li>
4270           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4271           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4272           <li>Applet can launch the full application</li>
4273           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4274             required)</li>
4275           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4276           <li>Applet can load sequences from parameter
4277             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4278           </li>
4279         </ul>
4280       </td>
4281       <td>
4282         <ul>
4283           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4284           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4285           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4286         </ul>
4287       </td>
4288     </tr>
4289     <tr>
4290       <td>
4291         <div align="center">
4292           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4293         </div>
4294       </td>
4295       <td>
4296         <ul>
4297           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4298           <li>Choose to match case when searching</li>
4299           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4300             expand the visible width and height of the alignment</li>
4301         </ul>
4302       </td>
4303       <td>
4304         <ul>
4305           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4306         </ul>
4307       </td>
4308     </tr>
4309     <tr>
4310       <td>
4311         <div align="center">
4312           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4313         </div>
4314       </td>
4315       <td>&nbsp;</td>
4316       <td>
4317         <ul>
4318           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4319           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4320             value</li>
4321         </ul>
4322       </td>
4323     </tr>
4324     <tr>
4325       <td>
4326         <div align="center">
4327           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4328         </div>
4329       </td>
4330       <td>
4331         <ul>
4332           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4333           <li>Keyboard editing</li>
4334           <li>Create sequence features from searches</li>
4335           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4336             alignments</li>
4337           <li>Features file allows grouping of features</li>
4338           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4339           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4340           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4341         </ul>
4342       </td>
4343       <td>
4344         <ul>
4345           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4346           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4347             descriptions saved.</li>
4348         </ul>
4349       </td>
4350     </tr>
4351     <tr>
4352       <td>
4353         <div align="center">
4354           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4355         </div>
4356       </td>
4357       <td>
4358         <ul>
4359           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4360           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4361           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4362             name for file output</li>
4363           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4364           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4365             used for HTML form input</li>
4366         </ul>
4367       </td>
4368       <td>
4369         <ul>
4370           <li>HTML output writes groups and features</li>
4371           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4372           <li>File IO bugs</li>
4373         </ul>
4374       </td>
4375     </tr>
4376     <tr>
4377       <td>
4378         <div align="center">
4379           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4380         </div>
4381       </td>
4382       <td>
4383         <ul>
4384           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4385           <li>More options for PCA viewer</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388       <td>
4389         <ul>
4390           <li>GUI bugs resolved</li>
4391           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4392         </ul>
4393       </td>
4394     </tr>
4395     <tr>
4396       <td height="63">
4397         <div align="center">
4398           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4399         </div>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4404           <li>Jar files are executable</li>
4405           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408       <td>
4409         <ul>
4410           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4411           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4412           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4413         </ul>
4414       </td>
4415     </tr>
4416     <tr>
4417       <td>
4418         <div align="center">
4419           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4420         </div>
4421       </td>
4422       <td>
4423         <ul>
4424           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4425         </ul>
4426       </td>
4427       <td>
4428         <ul>
4429           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4430         </ul>
4431       </td>
4432     </tr>
4433     <tr>
4434       <td>
4435         <div align="center">
4436           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4437         </div>
4438       </td>
4439       <td>
4440         <ul>
4441           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4442             size</li>
4443         </ul>
4444       </td>
4445       <td>
4446         <ul>
4447           <li>Improved JPred client reliability</li>
4448           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4449         </ul>
4450       </td>
4451     </tr>
4452     <tr>
4453       <td>
4454         <div align="center">
4455           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4456         </div>
4457       </td>
4458       <td>
4459         <ul>
4460           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4461           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4462           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4463             to Colour Menu</li>
4464           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4465           <li>Unix users can set default web browser</li>
4466           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4467           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4468         </ul>
4469       </td>
4470       <td>
4471         <ul>
4472           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4473         </ul>
4474       </td>
4475     </tr>
4476     <tr>
4477       <td>
4478         <div align="center">
4479           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4480         </div>
4481       </td>
4482       <td>&nbsp;</td>
4483       <td>
4484         <ul>
4485           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4486             alignment order.</li>
4487         </ul>
4488       </td>
4489     </tr>
4490     <tr>
4491       <td>
4492         <div align="center">
4493           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4494         </div>
4495       </td>
4496       <td>
4497         <ul>
4498           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4499           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4500           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4501             annotations.</li>
4502           <li>Version and build date written to build properties
4503             file.</li>
4504           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4505             at launch of Jalview.</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508       <td>
4509         <ul>
4510           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4511           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4512           <li>Can remove groups one by one.</li>
4513           <li>Filechooser icons installed.</li>
4514           <li>Finder ignores return character when searching.
4515             Return key will initiate a search.<br>
4516           </li>
4517         </ul>
4518       </td>
4519     </tr>
4520     <tr>
4521       <td>
4522         <div align="center">
4523           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4524         </div>
4525       </td>
4526       <td>
4527         <ul>
4528           <li>New codebase</li>
4529         </ul>
4530       </td>
4531       <td>&nbsp;</td>
4532     </tr>
4533   </table>
4534   <p>&nbsp;</p>
4535 </body>
4536 </html>