help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  61             <em>02/07/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  67             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  68             source project) rather than InstallAnywhere
  69           </li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  72             settings, receive over the air updates and launch specific
  73             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  74               Rings' GetDown</a>)
  75           </li>
  76                                         <li>
  77                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
  78                                                 formats supported by jalview (including .jvp project files)
  79                                         </li>
  80                                         <li>
  81                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
  82                                                 arguments and switch between different getdown channels
  83                                         </li>
  84                                         <li>
  85                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
  86                                                 or alignment files
  87                                         </li>
  88
  89                                         <li>
  90             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  91             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
  92           <li>
  93             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  94             'Translate as cDNA'</li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  97                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  98                                                 <ul>
  99                                                           <li>
 100             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 101             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 102           <li>
 103                                                         <li>
 104                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence features can be filtered and
 105                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
 106                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
 107                                                                 column 9 of GFF file)
 108                                                         </li>
 109                                                         <li>
 110                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 111                                                                 recognise variant features
 112                                                         </li>
 113                                                         <li>
 114                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 115                                                                 sequences (also coloured red by default)
 116                                                         </li>
 117                                                         <li>
 118                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 119                                                                 details
 120                                                         </li>
 121                                                         <li>
 122                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 123                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 124                                                         </li>
 125                                                         <li>
 126                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 127                                                                 dialog
 128                                                         </li>
 129                                                 </ul>
 130                                         </li>
 131                                         <li>
 132                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 133                                                 tree and PCA calculations
 134                                         </li>
 135                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 136             <ul>
 137                                                         <li>
 138                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 139                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 140                                                         </li>
 141                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 142                                                                 drop-down menus</li>
 143                                                         <li>
 144                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 145                                                                 incrementally
 146                                                         </li>
 147                                                         <li>
 148                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 149                                                         </li>
 150                                                 </ul>
 151                                         </li>
 152                                         <li>
 153                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 154                                         </li>
 155                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 156                                         <ul>
 157                                                         <li>
 158                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 159                                                                 multiple groups when working with large alignments
 160                                                         </li>
 161                                                         <li>
 162                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 163                                                                 Stockholm files
 164                                                         </li>
 165                                                 </ul>
 166                                         <li><strong>User Interface</strong>
 167                                         <ul>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 170                                                                 view
 171                                                         </li>
 172                                                         <li>
 173                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 174                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 175                                                                 default (can be changed in user preferences)
 176                                                         </li>
 177                                                         <li>
 178                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 179                                                                 to the Overwrite Dialog
 180                                                         </li>
 181                                                         <li>
 182                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 183                                                                 sequences are hidden
 184                                                         </li>
 185                                                         <li>
 186                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 187                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 188                                                         </li>
 189                                                         <li>
 190                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 191                                                                 labels
 192                                                         </li>
 193                                                         <li>
 194                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 195                                                                 when in wrapped mode
 196                                                         </li>
 197                                                         <li>
 198                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 199                                                                 annotation
 200                                                         </li>
 201                                                         <li>
 202                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 206                                                                 panel
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 210                                                                 popup menu
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 214                                                         <li>
 215                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 216
 217
 218                                                 </ul></li>
 219                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 220                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 221                                                 <ul>
 222                                                         <li>
 223                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 224                                                                 trapping CMD-Q
 225                                                         </li>
 226                                                 </ul></li>
 227                                 </ul>
 228         <em>Deprecations</em>
 229         <ul>
 230           <li>
 231             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 232             capabilities removed from the Jalview Desktop
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 236             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 237             and XML based data retrieval clients</li>
 238           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 239           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 240         </ul> <em>Documentation</em>
 241                                 <ul>
 242                                         <li>
 243                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 244                                                 not supported in EPS figure export
 245                                         </li>
 246                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 247                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 248         <ul>
 249                 <li>
 250                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 251                                         </li>
 252                                         <li><!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 253                                         <li>
 254                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 255                                                 gradle-eclipse
 256                                         </li>
 257           <li><!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729 -->
 258           Atlassian Bamboo continuous integration for
 259             unattended Test Suite execution</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 262             operations</li>
 263           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 264           <li><!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to markdown (with HTML rendering)</li>
 265         </ul>
 266       </td>
 267                         <td align="left" valign="top">
 268                                 <ul>
 269                                         <li>
 270                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 271                                         </li>
 272                                         <li>
 273                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 274                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 275                                         </li>
 276                                         <li>
 277                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 278                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 279                                         </li>
 280                                         <li>
 281                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 282                                                 monospaced font
 283                                         </li>
 284                                         <li>
 285                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 286                                                 project involving multiple views
 287                                         </li>
 288                                         <li>
 289                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 290                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 291                                                 Annotation dialog hides columns
 292                                         </li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 295                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 296                                                 one view, then making another selection in the other view
 297                                         </li>
 298                                         <li>
 299                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 300                                                 columns
 301                                         </li>
 302                                         <li>
 303                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 304                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 305                                         </li>
 306                                         <li>
 307                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows or the
 308                                                 overview updates with large alignments
 309                                         </li>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 312                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 313                                                 mouse moved to the left of the first column
 314                                         </li>
 315                                         <li>
 316                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 317                                                 hidden column marker via scale popup menu
 318                                         </li>
 319                                         <li>
 320                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 321                                                 doesn't tell users the invalid URL
 322                                         </li>
 323                                         <li>
 324                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 325                                                 score from view
 326                                         </li>
 327                                         <li>
 328                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 329                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 330                                                 red in original view
 331                                         </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 334             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 335           </li>
 336                                         <li>
 337                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 338                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 339                                         </li>
 340                                         <li>
 341                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 342                                                 when columns are hidden
 343                                         </li>
 344                                         <li>
 345                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 346                                                 Columns by Annotation description
 347                                         </li>
 348                                         <li>
 349                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 350                                                 out of Scale or Annotation Panel
 351                                         </li>
 352                                         <li>
 353                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 354                                                 scale panel
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 358                                                 alignment down
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 362                                                 scale panel
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 366                                                 Page Up in wrapped mode
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 370                                         </li>
 371                                         <li>
 372                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 373                                         </li>
 374                                         <li>
 375                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 376                                                 on opening an alignment
 377                                         </li>
 378                                         <li>
 379                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 380                                                 Colour menu
 381                                         </li>
 382                                         <li>
 383                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 384                                                 different groups in the alignment are selected
 385                                         </li>
 386                                         <li>
 387                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 388                                                 correctly in menu
 389                                         </li>
 390                                         <li>
 391                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 392                                                 threshold limit
 393                                         </li>
 394                                         <li>
 395                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 396                                                 threshold gets 'unrounded'
 397                                         </li>
 398                                         <li>
 399                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 400                                                 colour
 401                                         </li>
 402                                         <li>
 403                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 407                                         </li>
 408                                         <li>
 409                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 410                                                 Tree font
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 414                                                 project file
 415                                         </li>
 416                                         <li>
 417                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 418                                                 shown in complementary view
 419                                         </li>
 420                                         <li>
 421                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 422                                                 without normalisation
 423                                         </li>
 424                                         <li>
 425                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 426                                                 of report
 427                                         </li>
 428                                         <li>
 429                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 430                                         </li>
 431                                   <li>
 432                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 433                                   </li>
 434                                 </ul> <em>Editing</em>
 435                                 <ul>
 436                                         <li>
 437                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 438                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 439                                                 sequence
 440                                         </li>
 441                                         <li>
 442                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 443                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 444                                                 removed (Known defect since 2.10)
 445                                         </li>
 446                                         <li>
 447                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 448                                                 dialog corrupts dataset sequence
 449                                         </li>
 450                                         <li>
 451                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 452                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 453                                         </li>
 454                                 </ul>
 455                                 <em>Datamodel</em>
 456                                 <ul>
 457                                         <li>
 458                                                 <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 459                                                 sequence's End is greater than its length
 460                                         </li>
 461                                 </ul> <em>New Known Defects</em>
 462                                 <ul>
 463                                 <li><!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 464                                 </li>
 465                                         <li>
 466                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 467                                                 regions of protein alignment.
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 471                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 472                                         </li>
 473                                         <li>
 474                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 475                                                 'New View'
 476                                         </li>
 477                                         <li>
 478                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 479                                                 columns within hidden columns
 480                                         </li>
 481                                         <li>
 482                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 483                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 484                                                 region
 485                                         </li>
 486                                         <li>
 487                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 488                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 489                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 490                                                 create a Score filter instead.
 491                                         </li>
 492                                         <li><!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 493                                         <li>
 494                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 495                                         </li>
 496                                          <li><strong>Java 11 Specific defects</strong>
 497             <ul>
 498               <li>
 499               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted alphabetically when saved</li>
 500
 501             </ul></li>
 502
 503                                 </ul>
 504                         </td>
 505                 </tr>
 506     <tr>
 507     <td width="60" nowrap>
 508       <div align="center">
 509         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 510       </div>
 511     </td>
 512     <td><div align="left">
 513         <em></em>
 514         <ul>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 517               InstallAnywhere increased to 1G.
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 521               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 522               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 523                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 524                 properties file.</em>
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 528               API and sequence data now imported as JSON.
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 532               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 533               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 534               property.
 535             </li>
 536           </ul>
 537           <em>Development</em>
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 541               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 542                 Clover</a>
 543             </li>
 544           </ul>
 545         </div></td>
 546     <td><div align="left">
 547         <em></em>
 548         <ul>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 551               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 552               alignment.
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 556               annotation displayed.
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 560               for newly created group when 'Apply to all groups'
 561               selected
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 565               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 566               visible.
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 570               when sequences are selected in exported view.</em>
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 574               aren't rendered with correct colour.
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 578               types of knotted RNA secondary structure.
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 582               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 583               do not start at 1.
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 587               annotation when columns are inserted into an alignment,
 588               and when exporting as Stockholm flatfile.
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 592               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 593               treated as RNA secondary structure.
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 597               (not .jar) when saving a jalview project file.
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 601               transfers focus to previous window on OSX
 602             </li>
 603           </ul>
 604           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 608               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 609               box.
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 613               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 614               'look and feel' which has improved compatibility with the
 615               latest version of OSX.
 616             </li>
 617           </ul>
 618         </div>
 619     </td>
 620     </tr>
 621     <tr>
 622       <td width="60" nowrap>
 623         <div align="center">
 624           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 625             <em>7/06/2018</em></strong>
 626         </div>
 627       </td>
 628       <td><div align="left">
 629           <em></em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 633               annotation retrieved from Uniprot
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 637               onto the Jalview Desktop
 638             </li>
 639           </ul>
 640         </div></td>
 641       <td><div align="left">
 642           <em></em>
 643           <ul>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 646               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 650               right-hand column parsed correctly
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 654               not alignment area in exported graphic
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 658               window has input focus
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 662               annotation added to view (Windows)
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 666               network connectivity is poor
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 670               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 671                 the currently open URL and links from a page viewed in
 672                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 673                 you are using Edge, only links in the page can be
 674                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 675                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 676             </li>
 677           </ul>
 678           <em>New Known Defects</em>
 679           <ul>
 680             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 681           </ul>
 682         </div></td>
 683     </tr>
 684     <tr>
 685       <td width="60" nowrap>
 686         <div align="center">
 687           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 688         </div>
 689       </td>
 690       <td><div align="left">
 691           <em></em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 695               for disabling automatic superposition of multiple
 696               structures and open structures in existing views
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 700               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 701               adjust them.
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 705               Ensembl services
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 709               and lots of hidden columns
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 713               of features (particularly when transparency is disabled)
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 717               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 718               generally available
 719             </li>
 720           </ul>
 721           </div>
 722       </td>
 723       <td><div align="left">
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 727               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 731               overlapping alignment panel
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 735               sequence as gaps
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 739               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 740               UTR
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 744               factor annotation not added to sequence when local PDB
 745               file associated with it by drag'n'drop or structure
 746               chooser
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 750               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 754               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 758               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 762               columns in annotation row
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 766               honored in batch mode
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 770               for structures added to existing Jmol view
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 774               entries after importing project with multiple views
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 778               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 779               with negative residue numbers or missing residues fails
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 783               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 784               as generated by CONSURF)
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 788               tooltip doesn't include a text description of mutation
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 792               structure and/or overview windows are also shown
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 796               very slow for alignments with large numbers of sequences
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 800               with 'StringIndexOutOfBounds'
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 804               platforms running Java 10
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 808               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 809             </li>
 810           </ul>
 811           <em>Applet</em>
 812           <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 815               should copy the group consensus when popup is opened on it
 816             </li>
 817           </ul>
 818           <em>Batch Mode</em>
 819           <ul>
 820           <li>
 821             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 822           </li>
 823           </ul>
 824           <em>New Known Defects</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 828               editing a large alignment and overview is displayed
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 832               repeatedly after a series of edits even when the overview
 833               is no longer reflecting updates
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 837               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 838               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 839               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 840             </li>
 841                                                 <li>
 842                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 843                                                         option gives blank output
 844                                                 </li>
 845                                         </ul>
 846         </div>
 847           </td>
 848     </tr>
 849     <tr>
 850       <td width="60" nowrap>
 851         <div align="center">
 852           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 853         </div>
 854       </td>
 855       <td><div align="left">
 856           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 857               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 858       <td><div align="left">
 859           <em>Desktop</em><ul>
 860           <ul>
 861             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 862             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 863             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 864             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 865             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 866             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 867             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 868           </ul>
 869           </div>
 870       </td>
 871     </tr>
 872     <tr>
 873       <td width="60" nowrap>
 874         <div align="center">
 875           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 876         </div>
 877       </td>
 878       <td><div align="left">
 879           <em></em>
 880           <ul>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 883               rendering of sequence features
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 887               429 rate limit request hander
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 891               their colours have changed
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 895               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 899               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 903               view from Ensembl locus cross-references
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 907               Alignment report
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 911               feature can be disabled
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 915               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 919               Uniprot
 920             </li>
 921           </ul>
 922           <em>Scripting</em>
 923           <ul>
 924             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 925             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 926               percent identity scores for current alignment.</li>
 927           </ul>
 928           <em>Testing and Deployment</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 932             </li>
 933           </ul>
 934         </div></td>
 935       <td><div align="left">
 936           <em>General</em>
 937           <ul>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 940               threshold text field doesn't trigger an update to the
 941               alignment view
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 945               strings in parallel
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 949               alignment window is closed
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 953               group visibility
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 957               takes a long time in Cursor mode
 958             </li>
 959           </ul>
 960           <em>Desktop</em>
 961           <ul>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 964               cannot be viewed in Chimera
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 968               CDS/Protein view
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 972               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 973               Search Dialogs
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 983               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 987               scrolling right in unwapped alignment view
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 991               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 992               database
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 996               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1000               features of same type and group to be selected for
1001               amending
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1005               alignments when hidden columns are present
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1009               displaying several structures
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1013               moving a window
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1017               within the Jalview desktop on OSX
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1021               when in wrapped alignment mode
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1025               hand end of alignment
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1029               each selected sequence do not have correct start/end
1030               positions
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1034               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1038               restoring project until a new view is created
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1042               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1043               configured (since 2.10.2b2)
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1047               position is adjusted
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1051               in a multi-chain structure when viewing alignment
1052               involving more than one chain (since 2.10)
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1056               if new selection moves alignment window
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1060               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1064               that produces correctly annotated transcripts and products
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1068               doesn't update associated structure view
1069             </li>
1070           </ul>
1071           <em>Applet</em><br />
1072           <ul>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1075               closing alignment panel
1076             </li>
1077           </ul>
1078           <em>BioJSON</em><br />
1079           <ul>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1082               non-positional features
1083             </li>
1084           </ul>
1085           <em>New Known Issues</em>
1086           <ul>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1089               sequence features correctly (for many previous versions of
1090               Jalview)
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1094               using cursor in wrapped panel other than top
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1098               graduated colour threshold
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1102               always preserve numbering and sequence features
1103             </li>
1104           </ul>
1105           <em>Known Java 9 Issues</em>
1106           <ul>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1109               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1110               9.01, OSX 10.10)
1111             </li>
1112           </ul>
1113         </div></td>
1114     </tr>
1115     <tr>
1116       <td width="60" nowrap>
1117         <div align="center">
1118           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1119             <em>2/10/2017</em></strong>
1120         </div>
1121       </td>
1122       <td><div align="left">
1123           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1127             </li>
1128             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1129             </li>
1130           </ul>
1131         </div></td>
1132       <td><div align="left">
1133         </div></td>
1134     </tr>
1135     <tr>
1136       <td width="60" nowrap>
1137         <div align="center">
1138           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1139             <em>7/9/2017</em></strong>
1140         </div>
1141       </td>
1142       <td><div align="left">
1143           <em></em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1147               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1148               white)
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1152               Preferences
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1156               in size and progress bar shown as higher resolution
1157               overview is recalculated
1158             </li>
1159
1160           </ul>
1161         </div></td>
1162       <td><div align="left">
1163           <em></em>
1164           <ul>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1167               column region row by row
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1171               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1175               format setting is unticked
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1179               if group has show boxes format setting unticked
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1183               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1184               include sequences and columns not currently displayed
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1188               assemblies are imported via CIF file
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1192               displayed when threshold or conservation colouring is also
1193               enabled.
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1197               server version
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1201               dragging a selected region off the visible region of the
1202               alignment
1203             </li>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1206               colourscheme to all groups in a view
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1210               initially after font size change using the Font chooser or
1211               middle-mouse zoom
1212             </li>
1213           </ul>
1214         </div></td>
1215     </tr>
1216     <tr>
1217       <td width="60" nowrap>
1218         <div align="center">
1219           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1220         </div>
1221       </td>
1222       <td><div align="left">
1223           <em>Calculations</em>
1224           <ul>
1225
1226             <li>
1227               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1228               ungapped positions in each column of the alignment.
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1232               a calculation dialog box
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1236               and memory efficiency (~30x faster)
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1240               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1241               and other calculations
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1245               files within the Jalview codebase
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1249               Similarity may have different topology due to increased
1250               precision
1251             </li>
1252           </ul>
1253           <em>Rendering</em>
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1257               model for alignments and groups
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1261               scripts
1262             </li>
1263           </ul>
1264           <em>Overview</em>
1265           <ul>
1266             <li>
1267               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1268               with alignment and overview windows
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1272               overview
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1276               omitted in Overview
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1280               adjustment of visible position
1281             </li>
1282           </ul>
1283
1284           <em>Data import/export</em>
1285           <ul>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1288               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1292               annotation input/output via stockholm flatfile
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1296               extension when importing structure files without embedded
1297               names or PDB accessions
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1301               format sequence substitution matrices
1302             </li>
1303           </ul>
1304           <em>User Interface</em>
1305           <ul>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1308               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1309               the application.
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1313               via Overview or sequence motif search operations
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1317               opened by double clicking gaps within sequence feature
1318               extent
1319             </li>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1322               aligned positions were available to create a 3D structure
1323               superposition.
1324             </li>
1325           </ul>
1326           <em>3D Structure</em>
1327           <ul>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1330               coloured in linked structure views
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1334               file-based command exchange
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1338               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1339               structures are already available for sequences
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1343               the Jalview project rather than downloaded again when the
1344               project is reopened.
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1348               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1349               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1350                 Feature</strong>)
1351             </li>
1352           </ul>
1353           <em>Web Services</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1360               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1361               Analysis services
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1365               cross-references provided by identifiers.org and the
1366               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1367             </li>
1368           </ul>
1369
1370           <em>Scripting</em>
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1374               identifying file formats (instead of String constants)
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1378               efficiency when counting all displayed features (not
1379               backwards compatible with 2.10.1)
1380             </li>
1381           </ul>
1382           <em>Example files</em>
1383           <ul>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1386               included in the example feature file
1387             </li>
1388           </ul>
1389           <em>Documentation</em>
1390           <ul>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1393               with the built-in Java help viewer
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1397               sequence description' option
1398             </li>
1399           </ul>
1400           <em>Test Suite</em>
1401           <ul>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1404               Uniprot REST Free Text Search Client
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1411               during tests
1412             </li>
1413           </ul>
1414         </div></td>
1415       <td><div align="left">
1416           <em>Calculations</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1420               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1421               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1422             </li>
1423             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1424               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1425               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1426               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1427               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1428               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1429               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1430               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1431               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1432               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1433               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1434               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1435               // for 2.10.1 mode <br />
1436               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1437               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1438                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1439                 calculations (not recommended)</em></li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1442               scaling of branch lengths for trees computed using
1443               Sequence Feature Similarity.
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1447               generating output report when working with highly
1448               redundant alignments
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1452               right of selected region when gaps present on right-hand
1453               boundary
1454             </li>
1455           </ul>
1456           <em>User Interface</em>
1457           <ul>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1460               doesn't reselect a specific sequence's associated
1461               annotation after it was used for colouring a view
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1465               opened on a region of alignment without groups
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1469               of an alignment with overlapping groups
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1473               name and description match
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1477               hidden regions results in incorrect hidden regions
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1481               changing colour does not apply Conservation slider value
1482               to all groups
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1486               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1490               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1494               gaps before start of features
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1498               restored to UI when feature colour is edited
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1502               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1506               as graduate feature colour settings are modified via the
1507               dialog box
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1511               when a group defined on the alignment is resized
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1515               wrapped view result in positional status updates
1516             </li>
1517
1518             <li>
1519               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1520               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1524               alignment included gapped columns
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1528               widgets don't permanently disappear
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1532               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1533               T-Coffee column reliability scores)
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1537               sequence feature on gaps only
1538             </li>
1539             <li>
1540               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1541               button from a Find inherit previously defined feature type
1542               rather than the Find query string
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1546               exporting tree calculated in Jalview
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1550               and then revealing them reorders sequences on the
1551               alignment
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1555               doesn't update to reflect available set of groups after
1556               interactively adding or modifying features
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1560               Linux
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1564               only excluded gaps in current sequence and ignored
1565               selection.
1566             </li>
1567           </ul>
1568           <em>Rendering</em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1572               erratically when hidden rows or columns are present
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1576               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1577               sequence colouring
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1581               colour and group colour menu for protein alignments
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1585               reflect currently selected view or group's shading
1586               thresholds
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1590               when rendered on overview and structures when opacity at
1591               100%
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1595               overview when features overlaid on alignment
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1599               recovered correctly from Jalview project file
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1603               (automatically via preferences) are different to the main
1604               alignment panel
1605             </li>
1606           </ul>
1607           <em>Data import/export</em>
1608           <ul>
1609             <li>
1610               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1611               load
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1615               added after a sequence was imported are not written to
1616               Stockholm File
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1620               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1624               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1628               with lightGray or darkGray via features file (but can
1629               specify lightgray)
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1633               when alignment view imported from project
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1637               structure and sequences extracted from structure files
1638               imported via URL and viewed in Jmol
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1642               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1643               the project is loaded and the structure viewed
1644             </li>
1645           </ul>
1646           <em>Web Services</em>
1647           <ul>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1650               release of Ensembl v.88
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1654               appear enabled in Preferences->Connections
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1658               removed from console output
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1662               Ensembl by Peptide ID
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1666               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1667               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1668               due to 'null' string rather than empty string used for
1669               residues with no corresponding PDB mapping).
1670             </li>
1671           </ul>
1672           <em>Application UI</em>
1673           <ul>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1676               menu
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1680               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1681               new documentation and tooltips added)
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1685               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1689               new features are added to alignment
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1693               changes to feature colours via the Amend features dialog
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1697               edit graduated feature colour via amend features dialog
1698               box
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1702               selection menu changes colours of alignment views
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1706               from alignment calculation workers after alignment has
1707               been closed
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1711               groups now 'Create Group'
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1715               Create/Undefine group doesn't always work
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1719               shown again after pressing 'Cancel'
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1723               adjusts start position in wrap mode
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1727               ambiguous amino acids
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1731               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1732               proteins
1733             </li>
1734             <li>
1735               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1736               Defined' don't appear in Colours menu
1737             </li>
1738           </ul>
1739           <em>Applet</em>
1740           <ul>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1743               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1747               overview or linked structure view
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1751               work (since 2.8)
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1755               user-defined colourscheme doesn't restore original
1756               colourscheme
1757             </li>
1758           </ul>
1759           <em>Test Suite</em>
1760           <ul>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1763               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1767               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1768               problems with deep array comparison equality asserts in
1769               successive versions of TestNG
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1773               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1774             </li>
1775           </ul>
1776           <em>New Known Issues</em>
1777           <ul>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1780               phase after a sequence motif find operation
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1784               containing just upper and lower case letters are
1785               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1789               reliably from eggnog Ortholog database
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1793               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1794               to mark columns containing highlighted regions.
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1798               doesn't always add secondary structure annotation.
1799             </li>
1800           </ul>
1801         </div>
1802     <tr>
1803       <td width="60" nowrap>
1804         <div align="center">
1805           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1806         </div>
1807       </td>
1808       <td><div align="left">
1809           <em>General</em>
1810           <ul>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1813               for all consensus calculations
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1817               3rd Oct 2016)
1818             </li>
1819             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1820               for 2016-2017</li>
1821           </ul>
1822           <em>Application</em>
1823           <ul>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1826               set of database cross-references, sorted alphabetically
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1830               from database cross references. Users with custom links
1831               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1832                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1836               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1837               Chimera session
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1841               the Chimera it is connected to is shut down
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1845               columns menu item to mark columns containing highlighted
1846               regions (e.g. from structure selections or results of a
1847               Find operation)
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1851               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1852               MSAviewer
1853             </li>
1854           </ul>
1855         </div></td>
1856       <td>
1857         <div align="left">
1858           <em>General</em>
1859           <ul>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1862               are not coloured or thresholded according to percent
1863               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1867               hydrophobic
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1871               threshold, amino acid properties)
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1875               reported as mapped to residues in a structure file in the
1876               View Mapping report
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1880               could be added multiple times to a sequence
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1884               bond features shown as two highlighted residues rather
1885               than a range in linked structure views, and treated
1886               correctly when selecting and computing trees from features
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1890               cross-references are matched to database name regardless
1891               of case
1892             </li>
1893
1894           </ul>
1895           <em>Application</em>
1896           <ul>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1899               names without regular expressions also offer links from
1900               Sequence ID
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1904               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1905               update Jalview configuration
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1909               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1913               files with similarly named sequences if dropped onto the
1914               alignment
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1918               entries where more chains exist in the PDB accession than
1919               are reported in the SIFTS file
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1923               the structure view when displayed with Chimera
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1927               panel's View->Show Chains submenu
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1931               work for wrapped alignment views
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1935               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1939               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1940               first annotation row
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1944               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1948               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1949             </li>
1950             <!-- JAL-2319 -->
1951             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1952             coordindate data
1953             </li>
1954           </ul>
1955           <!--           <em>New Known Issues</em>
1956           <ul>
1957             <li></li>
1958           </ul> -->
1959         </div>
1960       </td>
1961     </tr>
1962     <td width="60" nowrap>
1963       <div align="center">
1964         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1965           <em>25/10/2016</em></strong>
1966       </div>
1967     </td>
1968     <td><em>Application</em>
1969       <ul>
1970         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1971           view if structures already loaded</li>
1972         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1973           structure views</li>
1974       </ul></td>
1975     <td>
1976       <div align="left">
1977         <em>General</em>
1978         <ul>
1979           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1980             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1981           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1982             example sequences/projects/trees</li>
1983         </ul>
1984         <em>Application</em>
1985         <ul>
1986           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1987             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1988           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1989             without timeout for structures with multiple models or
1990             multiple sequences in alignment</li>
1991           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1992             PDB ID HEADER line</li>
1993           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1994             is performed</li>
1995           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1996             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1997           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1998           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1999             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2000             option</li>
2001           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2002             is created on the alignment</li>
2003           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2004             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2005             pop-up menu</li>
2006         </ul>
2007         <em>Build and deployment</em>
2008         <ul>
2009           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2010             tags</li>
2011         </ul>
2012         <em>New Known Issues</em>
2013         <ul>
2014           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2015             on Windows</li>
2016         </ul>
2017       </div>
2018     </td>
2019     </tr>
2020     <tr>
2021       <td width="60" nowrap>
2022         <div align="center">
2023           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2024         </div>
2025       </td>
2026       <td><em>General</em>
2027         <ul>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2030           </li>
2031           <li>
2032             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2033             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2034             better PDB parsing.
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2038             reference sequence
2039           </li>
2040           <li>
2041             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2042             mousing over sequence associated annotation
2043           </li>
2044           <li>
2045             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2046             for manual entry
2047           </li>
2048           <li>
2049             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2050             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2051             for each column
2052           </li>
2053           <li>
2054             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2055             showing or hiding columns containing a feature
2056           </li>
2057           <li>
2058             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2059             group and sequence associated annotation labels
2060           </li>
2061           <li>
2062             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2063             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2064             dialogs
2065           </li>
2066
2067         </ul> <em>Application</em>
2068         <ul>
2069           <li>
2070             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2071             gene/transcript view
2072           </li>
2073           <li>
2074             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2075             dialog
2076           </li>
2077           <li>
2078             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2079             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2080           </li>
2081           <li>
2082             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2083             Pfam sources to xfam.org
2084           </li>
2085           <li>
2086             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2087           </li>
2088           <li>
2089             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2090             over sequences in Jalview
2091           </li>
2092           <li>
2093             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2094             regions in ENA and EMBL
2095           </li>
2096           <li>
2097             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2098             for record retrieval via ENA rest API
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2102             complement operator
2103           </li>
2104           <li>
2105             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2106             groovy script execution
2107           </li>
2108           <li>
2109             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2110             alignment window's Calculate menu
2111           </li>
2112           <li>
2113             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2114             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2115           </li>
2116           <li>
2117             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2118             calculation workers from groovy scripts
2119           </li>
2120           <li>
2121             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2122             Jalview projects
2123           </li>
2124           <li>
2125             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2126             associations are now saved/restored from project
2127           </li>
2128           <li>
2129             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2130             before sequence fetcher is opened
2131           </li>
2132           <li>
2133             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2134             database chooser opens a sequence fetcher
2135           </li>
2136           <li>
2137             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2138             the UniProt REST API
2139           </li>
2140           <li>
2141             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2142             the news reader opening
2143           </li>
2144           <li>
2145             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2146             querying stored in preferences
2147           </li>
2148           <li>
2149             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2150             search results
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2154           </li>
2155           <li>
2156             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2157             menu for nucleotide sequences
2158           </li>
2159           <li>
2160             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2161             and feature counts preserves alignment ordering (and
2162             debugged for complex feature sets).
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2166             viewing structures with Jalview 2.10
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2170             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2171             Ensembl Genomes REST API
2172           </li>
2173           <li>
2174             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2175             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2176             (Ensembl)
2177           </li>
2178           <li>
2179             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2180             sequences
2181           </li>
2182           <li>
2183             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2184             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2185             data from external database records.
2186           </li>
2187           <li>
2188             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2189             efficient recovery of sequence coding and alignment
2190             annotation relationships.
2191           </li>
2192         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2193         <ul>
2194           <li>
2195             -- JAL---
2196           </li>
2197         </ul> --></td>
2198       <td>
2199         <div align="left">
2200           <em>General</em>
2201           <ul>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2204               menu on OSX
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2208               includes graduated colourschemes
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2212               working with big alignments and lots of hidden columns
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2216               at right of alignment window
2217             </li>
2218             <li>
2219               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2220               contents
2221             </li>
2222             <li>
2223               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2224               for DNA alignments
2225             </li>
2226             <li>
2227               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2228               based tree calculation
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2232               unconserved enabled for group on alignment
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2236               set as reference
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2240               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2241               annotation
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2245               hidden columns present
2246             </li>
2247             <li>
2248               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2249               user created annotation added to alignment
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2253               '()' base pair annotation
2254             </li>
2255             <li>
2256               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2257               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2258               Consensus
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2262               feature not working
2263             </li>
2264             <li>
2265               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2266               beginning of sequence
2267             </li>
2268             <li>
2269               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2270               entry 3a6s
2271             </li>
2272             <li>
2273               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2274               from a tree when t-coffee scores are shown
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2278               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2282               some structures
2283             </li>
2284             <li>
2285               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2286               to Clustal, PIR and PileUp output
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2290               not visible causes alignment window to repaint
2291             </li>
2292             <li>
2293               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2294               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2295               scores associated with features and annotation rows
2296             </li>
2297             <li>
2298               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2299               calculation should be case independent
2300             </li>
2301             <li>
2302               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2303               columns
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2307               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2308               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2309             </li>
2310             <li>
2311               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2312               problems when reference sequence defined and 'show
2313               non-conserved' enabled
2314             </li>
2315             <li>
2316               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2317               load even when Consensus calculation is disabled
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2321               alignment does nothing
2322             </li>
2323           </ul>
2324           <em>Application</em>
2325           <ul>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2328               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2329               yet fixed for El Capitan)
2330             </li>
2331             <li>
2332               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2333               output when running on non-gb/us i18n platforms
2334             </li>
2335             <li>
2336               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2337               hidden sequences as flat-file alignment
2338             </li>
2339             <li>
2340               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2341               launching Chimera
2342             </li>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2345               (also hotfix for 2.9.0b2)
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2349               reference sequence defined
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2353               alignments and views when revealing hidden columns
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2357               view in a cDNA/Protein splitframe
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2361               sequence from project when only one sequence is
2362               represented
2363             </li>
2364             <li>
2365               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2366               in Structure Chooser
2367             </li>
2368             <li>
2369               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2370               structure consensus didn't refresh annotation panel
2371             </li>
2372             <li>
2373               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2374               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2375             </li>
2376             <li>
2377               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2378               dialogs format columns correctly, don't display array
2379               data, sort columns according to type
2380             </li>
2381             <li>
2382               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2383               file chooser is cancelled during an image export
2384             </li>
2385             <li>
2386               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2387               sequence name containing special characters
2388             </li>
2389             <li>
2390               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2391               case insensitive
2392             </li>
2393             <li>
2394               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2395               formatting don't wrap
2396             </li>
2397             <li>
2398               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2399               truncated so L looks like I in consensus annotation
2400             </li>
2401             <li>
2402               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2403               currently displayed features for the current selection or
2404               view
2405             </li>
2406             <li>
2407               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2408               after fetching cross-references, and restoring from
2409               project
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2413               followed in the structure viewer
2414             </li>
2415             <li>
2416               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2417               splitframe not restored from project
2418             </li>
2419             <li>
2420               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2421               trailing end of protein alignment in transcript/product
2422               splitview when pad-gaps not enabled by default
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2426               is case dependent
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2430               article has been read (reopened issue due to
2431               internationalisation problems)
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2435               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2436               cross-references
2437             </li>
2438
2439             <li>
2440               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2441               alignment as HTML
2442             </li>
2443             <li>
2444               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2445               multiple structures are shown for one or more sequences.
2446             </li>
2447             <li>
2448               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2449               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2450               is enabled.
2451             </li>
2452             <li>
2453               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2454               specific PDB id for sequence
2455             </li>
2456             <li>
2457               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2458               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2459               columns' is disabled.
2460             </li>
2461             <li>
2462               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2463               selects lowest rather than highest resolution structures
2464               for each sequence
2465             </li>
2466             <li>
2467               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2468               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2469             </li>
2470             <li>
2471               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2472               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2473             </li>
2474             <li>
2475               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2476               after clicking on it to create new annotation for a
2477               column.
2478             </li>
2479             <li>
2480               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2481               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2482             </li>
2483             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2484             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2485           </ul>
2486           <em>Applet</em>
2487           <ul>
2488             <li>
2489               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2490               hidden columns present before start of sequence
2491             </li>
2492             <li>
2493               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2494               (JSON jars)
2495             </li>
2496             <li>
2497               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2498               sequences are hidden in applet
2499             </li>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2502               deployment on examples pages.
2503             </li>
2504           </ul>
2505         </div>
2506       </td>
2507     </tr>
2508     <tr>
2509       <td width="60" nowrap>
2510         <div align="center">
2511           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2512             <em>16/10/2015</em></strong>
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td><em>General</em>
2516         <ul>
2517           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2518             jars</li>
2519         </ul></td>
2520       <td>
2521         <div align="left">
2522           <em>Application</em>
2523           <ul>
2524             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2525               shown when tree is partitioned</li>
2526             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2527               multiple cDNA/Protein split views</li>
2528           </ul>
2529         </div>
2530       </td>
2531     </tr>
2532     <tr>
2533       <td width="60" nowrap>
2534         <div align="center">
2535           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2536             <em>8/10/2015</em></strong>
2537         </div>
2538       </td>
2539       <td><em>General</em>
2540         <ul>
2541           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2542             2.9</li>
2543         </ul> <em>Application</em>
2544         <ul>
2545           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2546           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2547           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2548         </ul> <em>Applet</em>
2549         <ul>
2550           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2551         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2552         <ul>
2553           <li>
2554             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2555             suite
2556           </li>
2557         </ul></td>
2558       <td>
2559         <div align="left">
2560           <em>General</em>
2561           <ul>
2562             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2563               incorrect when sequence start > 1</li>
2564             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2565               documentation</li>
2566             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2567             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2568               loading a features file containing HTML tags in feature
2569               description</li>
2570
2571           </ul>
2572           <em>Application</em>
2573           <ul>
2574             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2575               reimport</li>
2576             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2577               with 'trim retrieved sequences'</li>
2578             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2579               deleting selected columns</li>
2580             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2581               JNLP templates for webstart launch</li>
2582             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2583               unreleased structures for download or viewing</li>
2584             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2585               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2586             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2587               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2588             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2589               recovered from jalview project</li>
2590             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2591               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2592               alignment view</li>
2593             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2594               color schemes from BioJSON</li>
2595           </ul>
2596           <em>Applet</em>
2597           <ul>
2598             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2599               frame</li>
2600             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2601           </ul>
2602         </div>
2603       </td>
2604     </tr>
2605     <tr>
2606       <td><div align="center">
2607           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2608         </div></td>
2609       <td><em>General</em>
2610         <ul>
2611           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2612             alignments:
2613             <ul>
2614               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2615                 and DNA alignment views</li>
2616               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2617                 cDNA alignment views</li>
2618               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2619                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2620               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2621                 protein sequences</li>
2622             </ul>
2623           </li>
2624           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2625           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2626             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2627           <li>New alignment annotation file statements for
2628             reference sequences and marking hidden columns</li>
2629           <li>Reference sequence based alignment shading to
2630             highlight variation</li>
2631           <li>Select or hide columns according to alignment
2632             annotation</li>
2633           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2634           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2635             acid conservation row</li>
2636           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2637         </ul> <em>Application</em>
2638         <ul>
2639           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2640             <ul>
2641               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2642                 view with cDNA/Protein</li>
2643               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2644                 sequences are placed in the same alignment</li>
2645               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2646                 projects</li>
2647             </ul>
2648           </li>
2649
2650           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2651           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2652             Jalview windows</li>
2653
2654           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2655           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2656           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2657             be shown in VARNA</li>
2658
2659           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2660             as the active selected region</li>
2661
2662           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2663             similarity</li>
2664           <li>New Export options
2665             <ul>
2666               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2667                 region export in flat file generation</li>
2668
2669               <li>Export alignment views for display with the <a
2670                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2671
2672               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2673               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2674                 alignment figures to HTML</li>
2675           </li>
2676           <li>3D structure retrieval and display
2677             <ul>
2678               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2679                 Search API</li>
2680               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2681                 PDB structures for a sequence set</li>
2682             </ul>
2683           </li>
2684
2685           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2686             predictions</li>
2687           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2688             for one or a group of sequences</li>
2689           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2690             from the JPred4 web server</li>
2691           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2692             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2693             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2694           </li>
2695           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2696             VARNA 2D Structure'</li>
2697           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2698             Structure ..."</li>
2699
2700         </ul> <em>Applet</em>
2701         <ul>
2702           <li>New layout for applet example pages</li>
2703           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2704             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2705           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2706             Protein alignments</li>
2707         </ul> <em>Development and deployment</em>
2708         <ul>
2709           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2710           <li>Include installation type and git revision in build
2711             properties and console log output</li>
2712           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2713             storing BioJsMSA Templates</li>
2714           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2715         </ul></td>
2716       <td>
2717         <!-- <em>General</em>
2718         <ul>
2719         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2720         <ul>
2721           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2722           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2723           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2724             predictions are not highlighted in amber</li>
2725           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2726             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2727           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2728             associated structure views</li>
2729           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2730             width checkbox not enabled</li>
2731           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2732             creating user defined colours</li>
2733           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2734             mappings for just that viewer's sequences</li>
2735           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2736             multiple models in Chimera</li>
2737           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2738             over Jmol structure</li>
2739           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2740             output to text box</li>
2741           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2742             have incorrect sequence start/end</li>
2743           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2744             Jalview fails</li>
2745           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2746             work for nucleotide</li>
2747           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2748             to a grey/invisible alignment window</li>
2749           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2750             imports to different position</li>
2751           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2752             on some platforms</li>
2753           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2754             populated</li>
2755           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2756             console if Chimera has been opened</li>
2757           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2758           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2759             retrieved</li>
2760           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2761           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2762             either sequence shows on first structure</li>
2763           <li>'Show annotations' options should not make
2764             non-positional annotations visible</li>
2765           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2766             in right place after 'view flanking regions'</li>
2767           <li>File Save As type unset when current file format is
2768             unknown</li>
2769           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2770             projects</li>
2771           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2772             responsive</li>
2773           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2774             several views on same alignment</li>
2775           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2776           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2777             spaces</li>
2778         </ul> <em>Applet</em>
2779         <ul>
2780           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2781           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2782             descriptions containing angle brackets</li>
2783         </ul> <em>General</em>
2784         <ul>
2785           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2786             via jalview annotation file</li>
2787           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2788             with RNA secondary structure</li>
2789           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2790             translation doesn't work.</li>
2791           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2792           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2793             positions</li>
2794           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2795             choosing 1pt font</li>
2796           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2797             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2798             'h'</li>
2799           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2800             new feature</li>
2801           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2802             order dependent</li>
2803           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2804             sequences</li>
2805           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2806         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2807         <ul>
2808           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2809             www.jalview.org</li>
2810         </ul> <em>Application Known issues</em>
2811         <ul>
2812           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2813           <li>Misleading message appears after trying to delete
2814             solid column.</li>
2815           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2816             version launches</li>
2817           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2818             fails with a sequence mismatch</li>
2819           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2820             scrolling alignment to right</li>
2821           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2822             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2823           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2824             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2825           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2826             ultra-high resolution</li>
2827           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2828             quality and conservation</li>
2829           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2830             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2831         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2832         <ul>
2833           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2834           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2835             window is being resized</li>
2836
2837         </ul>
2838       </td>
2839     </tr>
2840     <tr>
2841       <td><div align="center">
2842           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2843         </div></td>
2844       <td><em>General</em>
2845         <ul>
2846           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2847             Certum.PL.</li>
2848           <li>Features and annotation preserved when performing
2849             pairwise alignment</li>
2850           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2851             imported/exported/displayed</li>
2852           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2853             protein secondary structure</li>
2854           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2855               post-hoc with 2.9 release</em>)
2856           </li>
2857
2858         </ul> <em>Application</em>
2859         <ul>
2860           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2861             with 3D structures</li>
2862           <li>Support for parsing RNAML</li>
2863           <li>Annotations menu for layout
2864             <ul>
2865               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2866               <li>place sequence annotation above/below alignment
2867                 annotation</li>
2868             </ul>
2869           <li>Output in Stockholm format</li>
2870           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2871             translation</li>
2872           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2873           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2874             shared between alignments</li>
2875           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2876             Jalview</li>
2877           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2878             all or current selection</li>
2879           <li>disorder and secondary structure predictions
2880             available as dataset annotation</li>
2881           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2882
2883
2884           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2885             alignments from Rfam</li>
2886           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2887
2888           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2889             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2890           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2891           <li>include installation type in build properties and
2892             console log output</li>
2893           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2894             annotation</li>
2895         </ul></td>
2896       <td>
2897         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2898         <ul>
2899           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2900             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2901           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2902             alignment</li>
2903           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2904           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2905           <li>Double click on sequence associated annotation
2906             selects only first column</li>
2907           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2908             leaves shown in tree</li>
2909           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2910             properly</li>
2911           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2912           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2913             screen and buttons not visible</li>
2914           <li>author list isn't updated if already written to
2915             Jalview properties</li>
2916           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2917             from database</li>
2918           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2919           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2920             browser search window</li>
2921           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2922             in feature settings dialog</li>
2923           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2924             desktop</li>
2925           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2926             pass validation</li>
2927           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2928             fit on screen</li>
2929           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2930             tooltip</li>
2931           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2932             defined user preset</li>
2933           <li>MSA web services warns user if they were launched
2934             with invalid input</li>
2935           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2936             Java 8</li>
2937           <li>
2938             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2939             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2940             created
2941           </li>
2942
2943         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2944         <ul>
2945         </ul> <em>General</em>
2946         <ul>
2947         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2948         <ul>
2949           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2950             memory allocation</li>
2951           <li>launchApp service doesn't automatically open
2952             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2953           <li>
2954             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2955             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2956             1.7_055 is available
2957           </li>
2958         </ul> <em>Application Known issues</em>
2959         <ul>
2960           <li>
2961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2962             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2963             alignment to right
2964           </li>
2965           <li>
2966             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2967             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2968             with large number of ID
2969           </li>
2970           <li>
2971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2972             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2973             start/end
2974           </li>
2975           <li>
2976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2977             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2978             structure tracks are rearranged
2979           </li>
2980           <li>
2981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2982             invalid rna structure positional highlighting does not
2983             highlight position of invalid base pairs
2984           </li>
2985           <li>
2986             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2987             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2988             project from alignment window file menu
2989           </li>
2990           <li>
2991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2992             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2993             structures
2994           </li>
2995           <li>
2996             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2997             colour by RNA Helices not enabled when user created
2998             annotation added to alignment
2999           </li>
3000           <li>
3001             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3002             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3003           </li>
3004         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3005         <ul>
3006           <li>
3007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3008             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3009           </li>
3010           <li>
3011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3012             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3013           </li>
3014
3015           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3016             when selected</li>
3017         </ul>
3018       </td>
3019     </tr>
3020     <tr>
3021       <td><div align="center">
3022           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3023         </div></td>
3024       <td>
3025         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3026         <em>General</em>
3027         <ul>
3028           <li>Internationalisation of user interface (usually
3029             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3030           <li>Define/Undefine group on current selection with
3031             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3032           <li>Improved group creation/removal options in
3033             alignment/sequence Popup menu</li>
3034           <li>Sensible precision for symbol distribution
3035             percentages shown in logo tooltip.</li>
3036           <li>Annotation panel height set according to amount of
3037             annotation when alignment first opened</li>
3038         </ul> <em>Application</em>
3039         <ul>
3040           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3041             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3042           <li>Select columns containing particular features from
3043             Feature Settings dialog</li>
3044           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3045             sequences</li>
3046           <li>Update Jalview project format:
3047             <ul>
3048               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3049               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3050                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3051               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3052                 colouring</li>
3053             </ul>
3054           </li>
3055           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3056             (PAM250)</li>
3057           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3058             flanking regions for an alignment</li>
3059         </ul>
3060       </td>
3061       <td>
3062         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3063         <ul>
3064           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3065             running after job is cancelled</li>
3066           <li>cannot export features from alignments imported from
3067             Jalview/VAMSAS projects</li>
3068           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3069             float values</li>
3070           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3071             have 'display all symbols' flag set</li>
3072           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3073             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3074           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3075             Jalview</li>
3076           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3077             Lion/Webstart</li>
3078           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3079           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3080           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3081             alignment onto desktop</li>
3082           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3083             'extract scores' function</li>
3084           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3085             alignment window</li>
3086           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3087             performing IUPred disorder prediction</li>
3088           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3089             changing 'normalise logo' display setting</li>
3090           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3091             nothing matches query</li>
3092           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3093             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3094           </li>
3095           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3096             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3097           </li>
3098           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3099             Jalview's menu</li>
3100           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3101             'invalid literal/length code'</li>
3102           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3103             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3104           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3105             colourscheme</li>
3106
3107         </ul> <em>Applet</em>
3108         <ul>
3109           <li>Remove group option is shown even when selection is
3110             not a group</li>
3111           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3112             don't affect groups</li>
3113           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3114             colourscheme name</li>
3115           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3116             Annotation panel is not displayed</li>
3117           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3118             embedded windows</li>
3119         </ul> <em>Other</em>
3120         <ul>
3121           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3122             single sequence were not calculated</li>
3123           <li>annotation files that contain only groups imported as
3124             annotation and junk sequences</li>
3125           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3126             recognised as PFAM or BLC</li>
3127           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3128             doesn't affect background (2.8.0b1)
3129           <li></li>
3130           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3131           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3132             trailing gaps</li>
3133           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3134             registered correctly on import</li>
3135           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3136             certain alignments</li>
3137           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3138             existing annotation based 'use original colours'
3139             colourscheme loses original colours setting</li>
3140         </ul>
3141       </td>
3142     </tr>
3143     <tr>
3144       <td><div align="center">
3145           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3146             <em>30/1/2014</em></strong>
3147         </div></td>
3148       <td>
3149         <ul>
3150           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3151             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3152             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3153             open source project).
3154           </li>
3155           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3156           <li>Output in Stockholm format</li>
3157           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3158           <li>Export/import group and sequence associated line
3159             graph thresholds</li>
3160           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3161             ambiguity codes</li>
3162           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3163             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3164             works</li>
3165           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3166         </ul> <em>Other improvements</em>
3167         <ul>
3168           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3169           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3170             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3171           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3172             files</li>
3173           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3174           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3175             link but no description</li>
3176           <li>Select primary source when selecting authority in
3177             database fetcher GUI</li>
3178           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3179             Jalview</li>
3180           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3181         </ul>
3182       </td>
3183       <td>
3184         <ul>
3185           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3186             displayed</li>
3187           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3188             secondary structure annotation line</li>
3189           <li>Sequence database accessions not imported when
3190             fetching alignments from Rfam</li>
3191           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3192             identical IDs</li>
3193           <li>View all structures does not always superpose
3194             structures</li>
3195           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3196             reflect user or preset settings</li>
3197           <li>Null pointer exceptions for some services without
3198             presets or adjustable parameters</li>
3199           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3200             discover PDB xRefs</li>
3201           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3202             features with DAS</li>
3203           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3204             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3205           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3206             residue follows a gap</li>
3207           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3208             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3209           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3210             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3211           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3212             annotation already exists on alignment</li>
3213           <li>oninit javascript function should be called after
3214             initialisation completes</li>
3215           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3216             alignment window display</li>
3217           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3218           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3219             to annotation file</li>
3220           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3221             groups created</li>
3222           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3223             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3224           <li>Pressing return several times causes Number Format
3225             exceptions in keyboard mode</li>
3226           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3227             correct partitions for input data</li>
3228           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3229           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3230           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3231           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3232             mode</li>
3233           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3234             changes one row&#39;s threshold</li>
3235           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3236             doesn&#39;t open</li>
3237           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3238             quality histograms</li>
3239         </ul>
3240       </td>
3241     </tr>
3242     <tr>
3243       <td><div align="center">
3244           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3245         </div></td>
3246       <td><em>Application</em>
3247         <ul>
3248           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3249             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3250           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3251             preferences</li>
3252           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3253             in Jalview alignment window</li>
3254           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3255             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3256           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3257             RNA and ambiguity codes</li>
3258
3259           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3260           <li>Support fetching and database reference look up
3261             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3262             refs')</li>
3263           <li>Jalview project improvements
3264             <ul>
3265               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3266                 flag for annotation</li>
3267               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3268                 alignment</li>
3269               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3270                 Jalview project</li>
3271
3272             </ul>
3273           </li>
3274           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3275           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3276             running</li>
3277           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3278           <li>visual indication that web service results are still
3279             being retrieved from server</li>
3280           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3281             starts up for first time</li>
3282           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3283             services</li>
3284           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3285             client library</li>
3286           <li>Examples directory and Groovy library included in
3287             InstallAnywhere distribution</li>
3288         </ul> <em>Applet</em>
3289         <ul>
3290           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3291             visualization applet example</li>
3292         </ul> <em>General</em>
3293         <ul>
3294           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3295           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3296             defaults</li>
3297           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3298             calculation</li>
3299           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3300             matrices
3301           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3302             in HTML</li>
3303           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3304             structure contacts</li>
3305           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3306           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3307           <li>Parse sequence associated secondary structure
3308             information in Stockholm files</li>
3309           <li>HTML Export database accessions and annotation
3310             information presented in tooltip for sequences</li>
3311           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3312             style RNA alignment files</li>
3313           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3314             alignment</li>
3315           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3316             shade each sequence according to its associated alignment
3317             annotation</li>
3318           <li>New Jalview Logo</li>
3319         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3320         <ul>
3321           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3322           <li>New Website!</li>
3323         </ul></td>
3324       <td><em>Application</em>
3325         <ul>
3326           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3327             wsdbfetch REST service</li>
3328           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3329           <li>Filetype associations not installed for webstart
3330             launch</li>
3331           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3332             job execution in full once it is complete</li>
3333           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3334             uploaded via ali_file parameter</li>
3335           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3336           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3337           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3338             submitted for prediction</li>
3339           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3340             desktop window</li>
3341           <li>Putting fractional value into integer text box in
3342             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3343           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3344             windows 7</li>
3345           <li>View all structures fails with exception shown in
3346             structure view</li>
3347           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3348             escaped in a platform independent way</li>
3349           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3350             using proxy</li>
3351           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3352             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3353           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3354             failure when java web start temporary file caching is
3355             disabled</li>
3356           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3357             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3358           <li>Errors during processing of command line arguments
3359             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3360           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3361             DAS sources in sequence fetcher</li>
3362           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3363             dialog is shown</li>
3364           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3365           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3366           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3367           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3368             on OSX Mountain Lion</li>
3369           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3370             sequences with alignment annotation are pasted into the
3371             alignment</li>
3372           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3373             when loaded from Jalview project</li>
3374           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3375           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3376             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3377           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3378             associated with all views</li>
3379           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3380             annotation rows to new window</li>
3381         </ul> <em>Applet</em>
3382         <ul>
3383           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3384             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3385           <li>loading features via javascript API automatically
3386             enables feature display</li>
3387           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3388             work</li>
3389         </ul> <em>General</em>
3390         <ul>
3391           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3392           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3393             and then deselected</li>
3394           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3395           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3396             coloured with clustalx</li>
3397           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3398             exceptions and redraw errors</li>
3399           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3400             reconfigured view</li>
3401           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3402             colour</li>
3403           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3404             for lots of labels</li>
3405         </ul>
3406     </tr>
3407     <tr>
3408       <td>
3409         <div align="center">
3410           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3411         </div>
3412       </td>
3413       <td><em>Application</em>
3414         <ul>
3415           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3416           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3417           <li>View/alignment association menu to enable user to
3418             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3419             its colours/correspondences from</li>
3420           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3421           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3422             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3423           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3424           <li>Annotation row column label formatting attributes
3425             stored in project file</li>
3426           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3427             rows preserved in Jalview project file</li>
3428           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3429             saved using Desktop window menu</li>
3430           <li>Visual indication that command line arguments are
3431             still being processed</li>
3432           <li>Groovy script execution from URL</li>
3433           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3434             preferences</li>
3435           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3436             alignment with sequences that have high similarity and
3437             matching IDs</li>
3438           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3439           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3440             structures in same window</li>
3441           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3442           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3443             analysis function in its own submenu</li>
3444         </ul> <em>Applet</em>
3445         <ul>
3446           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3447             groups</li>
3448           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3449           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3450           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3451           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3452           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3453             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3454           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3455           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3456             parameters are treated as such</li>
3457           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3458             <ul>
3459               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3460               <li>Javascript callbacks for
3461                 <ul>
3462                   <li>Applet initialisation</li>
3463                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3464                 </ul>
3465               </li>
3466               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3467                 functions</li>
3468               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3469               <li>javascript structure viewer harness to pass
3470                 messages between Jmol and Jalview when running as
3471                 distinct applets</li>
3472               <li>sortBy method</li>
3473               <li>Set of applet and application examples shipped
3474                 with documentation</li>
3475               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3476                 javascript message exchange</li>
3477             </ul>
3478         </ul> <em>General</em>
3479         <ul>
3480           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3481             multiple alignments</li>
3482           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3483           <li>User configurable link to enable redirects to a
3484             www.Jalview.org mirror</li>
3485           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3486           <li>Configurable newline string when writing alignment
3487             and other flat files</li>
3488           <li>Allow alignment annotation description lines to
3489             contain html tags</li>
3490         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3491         <ul>
3492           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3493             examples</li>
3494           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3495             using a web service before displaying the result in the
3496             Jalview desktop</li>
3497           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3498           <li>Ant target to publish example html files with applet
3499             archive</li>
3500           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3501           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3502         </ul></td>
3503       <td><em>Application</em>
3504         <ul>
3505           <li>User defined colourscheme throws exception when
3506             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3507           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3508             dialog for valid filename/format</li>
3509           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3510           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3511             P37173</li>
3512           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3513             which sequence is to be associated with the file</li>
3514           <li>Find All raises null pointer exception when query
3515             only matches sequence IDs</li>
3516           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3517           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3518             2.4 cannot be loaded</li>
3519           <li>Filetype associations not installed for webstart
3520             launch</li>
3521           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3522             with sequences in different alignments do not get coloured
3523             by their associated sequence</li>
3524           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3525             not preserved when project is loaded</li>
3526           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3527             stored in Jalview project</li>
3528           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3529             Jalview project</li>
3530           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3531           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3532             by conservation</li>
3533           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3534             created on new view</li>
3535           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3536             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3537           <li>Alignment quality not updated after alignment
3538             annotation row is hidden then shown</li>
3539           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3540             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3541           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3542             properly</li>
3543           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3544             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3545           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3546           <li>Structures imported from file and saved in project
3547             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3548           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3549             job execution in full once it is complete</li>
3550         </ul> <em>Applet</em>
3551         <ul>
3552           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3553             annotation rows are displayed</li>
3554           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3555             codebase</li>
3556           <li>View follows highlighting does not work for positions
3557             in sequences</li>
3558           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3559           <li>Export features raises exception when no features
3560             exist</li>
3561           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3562             for javascript api is modified when separator string
3563             provided as parameter</li>
3564           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3565             alignment with no existing selection</li>
3566           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3567             to applet&#39;s codebase</li>
3568           <li>Status bar not updated after finished searching and
3569             search wraps around to first result</li>
3570           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3571             several Jalview applets causes race conditions and memory
3572             leaks</li>
3573           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3574             not sent from Jmol in applet</li>
3575           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3576             applet API fatally hang browser</li>
3577         </ul> <em>General</em>
3578         <ul>
3579           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3580             position with wrapped view and hidden regions</li>
3581           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3582             with/without hidden columns</li>
3583           <li>Sequence length given in alignment properties window
3584             is off by 1</li>
3585           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3586             import PDB like structure files</li>
3587           <li>Positional search results are only highlighted
3588             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3589           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3590           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3591             given sequence position</li>
3592           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3593             output</li>
3594           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3595             from nucleotide chains correctly</li>
3596           <li>Structure colours not updated when tree partition
3597             changed in alignment</li>
3598           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3599             parsed in interleaved stockholm</li>
3600           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3601             state</li>
3602           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3603             properly</li>
3604           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3605             properly associated with their pdb files</li>
3606         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3607         <ul>
3608           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3609             ApplyCopyright tool</li>
3610         </ul></td>
3611     </tr>
3612     <tr>
3613       <td>
3614         <div align="center">
3615           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3616         </div>
3617       </td>
3618       <td><em>Application</em>
3619         <ul>
3620           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3621             contact web services</li>
3622           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3623             service job window</li>
3624           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3625         </ul></td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3629             pir file emitted by Jalview</li>
3630           <li>Existing feature settings transferred to new
3631             alignment view created from cut'n'paste</li>
3632           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3633             parsing PDB files</li>
3634           <li>Consensus and conservation annotation rows
3635             occasionally become blank for all new windows</li>
3636           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3637             in wrapped view mode</li>
3638         </ul> <em>Application</em>
3639         <ul>
3640           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3641             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3642           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3643             parameter names</li>
3644           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3645             is down</li>
3646         </ul>
3647       </td>
3648     </tr>
3649     <tr>
3650       <td>
3651         <div align="center">
3652           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3653         </div>
3654       </td>
3655       <td><em>Application</em>
3656         <ul>
3657           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3658             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3659             (JABAWS)
3660           </li>
3661           <li>Web Services preference tab</li>
3662           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3663             preferences</li>
3664           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3665           <li>Superpose structures using associated sequence
3666             alignment</li>
3667           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3668             viewer</li>
3669         </ul> <em>Applet</em>
3670         <ul>
3671           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3672             link out mechanism</li>
3673         </ul> <em>Other</em>
3674         <ul>
3675           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3676             series 12</li>
3677           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3678             require Java 1.5</li>
3679           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3680             sequence annotation files</li>
3681           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3682             type colour specification</li>
3683           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3684             script to check if it being run in an interactive session or
3685             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3686         </ul></td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3690             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3691         </ul> <em>Application</em>
3692         <ul>
3693           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3694             selected Regions menu item</li>
3695           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3696             part of a valid accession ID</li>
3697           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3698             runs out of memory</li>
3699           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3700             analysis results</li>
3701           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3702             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3703           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3704         </ul> <em>Applet</em>
3705         <ul>
3706           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3707             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3708             defined.</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711     </tr>
3712     <tr>
3713       <td>
3714         <div align="center">
3715           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3716         </div>
3717       </td>
3718       <td></td>
3719       <td>
3720         <ul>
3721           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3722             sequence IDs</li>
3723           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3724             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3725           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3726             import correctly</li>
3727           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3728             number of columns are hidden</li>
3729           <li>annotation label popup menu not providing correct
3730             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3731             present</li>
3732           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3733             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3734           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3735             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3736
3737         </ul> <em>Applet</em>
3738         <ul>
3739           <li>annotation panel disappears when annotation is
3740             hidden/removed</li>
3741         </ul> <em>Application</em>
3742         <ul>
3743           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3744             alignment opened where annotation panel is visible but no
3745             annotations are present on alignment</li>
3746           <li>pasted region containing hidden columns is
3747             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3748           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3749             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3750           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3751             selected Rregions menu item.</li>
3752           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3753             'Un' or 'Non'conserved</li>
3754           <li>Sequence feature settings are being shared by
3755             multiple distinct alignments</li>
3756           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3757             changed</li>
3758           <li>double click on group annotation to select sequences
3759             does not propagate to associated trees</li>
3760           <li>Mac OSX specific issues:
3761             <ul>
3762               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3763                 window background</li>
3764               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3765                 name set correctly</li>
3766               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3767                 save feature colourscheme button</li>
3768             </ul>
3769           </li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772     </tr>
3773     <tr>
3774
3775       <td>
3776         <div align="center">
3777           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3778         </div>
3779       </td>
3780       <td><em>New Capabilities</em>
3781         <ul>
3782           <li>URL links generated from description line for
3783             regular-expression based URL links (applet and application)
3784
3785           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3786             menu</li>
3787           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3788             structures</li>
3789           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3790             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3791           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3792             average score or total feature count for each sequence.</li>
3793           <li>Shading features by score or associated description</li>
3794           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3795             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3796           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3797             hide everything but the currently selected region.</li>
3798           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3799         </ul> <em>Application</em>
3800         <ul>
3801           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3802             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3803           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3804             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3805           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3806             database references and protein_name is parsed as
3807             description line (BioSapiens terms).</li>
3808           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3809             references in sequence ID tooltip from View menu in
3810             application.</li>
3811           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3812       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3813           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3814             conservation plots</li>
3815           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3816             and visualized as sequence logos</li>
3817           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3818             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3819           </li>
3820           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3821             when a new tree is opened.</li>
3822           <li>Jalview Java Console</li>
3823           <li>Better placement of desktop window when moving
3824             between different screens.</li>
3825           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3826             consensus annotation</li>
3827           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3828             Workflows</li>
3829           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3830             <ul>
3831               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3832                 used to preserve views, structures, and tree display
3833                 settings)</li>
3834               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3835                 command line</li>
3836               <li>Sharing of selected regions between views and
3837                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3838               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3839             </ul></li>
3840         </ul> <em>Applet</em>
3841         <ul>
3842           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3843           <li>New Parameters
3844             <ul>
3845               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3846                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3847                 opened.</li>
3848               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3849                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3850               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3851                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3852               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3853                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3854                 view</li>
3855               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3856                 increase the height or width of a cell in the alignment
3857                 grid relative to the current font size.</li>
3858             </ul>
3859           </li>
3860           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3861             tooltip</li>
3862         </ul> <em>Other</em>
3863         <ul>
3864           <li>Features format: graduated colour definitions and
3865             specification of feature scores</li>
3866           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3867             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3868             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3869           <li>XML formats extended to support graduated feature
3870             colourschemes, group associated annotation, and profile
3871             visualization settings.</li></td>
3872       <td>
3873         <ul>
3874           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3875             rather than description</li>
3876           <li>Non-positional features are now included in sequence
3877             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3878             visibility in tooltip).</li>
3879           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3880           <li>Added URL embedding instructions to features file
3881             documentation.</li>
3882           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3883             'X' in peptide product</li>
3884           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3885             sequence ID and sequence string and query strings do not
3886             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3887           <li>AMSA files only contain first column of
3888             multi-character column annotation labels</li>
3889           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3890             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3891             exported and re-imported)</li>
3892           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3893             name</li>
3894           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3895             as subsequence matches, and correctly reports total number
3896             of both.</li>
3897           <li>Application:
3898             <ul>
3899               <li>Better handling of exceptions during sequence
3900                 retrieval</li>
3901               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3902                 link text excludes the start_end suffix</li>
3903               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3904                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3905               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3906               <li>Sequence description lines properly shared via
3907                 VAMSAS</li>
3908               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3909                 data sources</li>
3910               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3911                 completes before alignment figures are generated.</li>
3912               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3913                 first time.</li>
3914               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3915                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3916               <li>User defined group colours properly recovered
3917                 from Jalview projects.</li>
3918             </ul>
3919           </li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922
3923     </tr>
3924     <tr>
3925       <td>
3926         <div align="center">
3927           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3928         </div>
3929       </td>
3930       <td>
3931         <ul>
3932           <li>Experimental support for google analytics usage
3933             tracking.</li>
3934           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3935         </ul>
3936       </td>
3937       <td>
3938         <ul>
3939           <li>Race condition in applet preventing startup in
3940             jre1.6.0u12+.</li>
3941           <li>Exception when feature created from selection beyond
3942             length of sequence.</li>
3943           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3944           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3945             all sequences with a given id</li>
3946           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3947             ID string searches</li>
3948           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3949             alignment to fail with exception</li>
3950         </ul> <em>Application Issues</em>
3951         <ul>
3952           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3953           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3954             data sources</li>
3955         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3956         <ul>
3957           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3958             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3959           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3960             version (java class versioning error fixed)</li>
3961         </ul>
3962       </td>
3963     </tr>
3964     <tr>
3965       <td>
3966
3967         <div align="center">
3968           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3969         </div>
3970       </td>
3971       <td><em>User Interface</em>
3972         <ul>
3973           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3974             translation and protein products</li>
3975           <li>Linked highlighting of structure associated with
3976             residue mapping to codon position</li>
3977           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3978             and 'clear' button</li>
3979           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3980             Tools menu</li>
3981           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3982             numeric data in description line</li>
3983           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3984           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3985             of sequence</li>
3986         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3987         <ul>
3988           <li>JPred3 web service</li>
3989           <li>Prototype sequence search client (no public services
3990             available yet)</li>
3991           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3992             PFAM</li>
3993           <li>URL Links created for matching database cross
3994             references as well as sequence ID</li>
3995           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3996         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3997         <ul>
3998           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3999             databases</li>
4000           <li>Generalised database reference retrieval and
4001             validation to all fetchable databases</li>
4002           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4003             sequence command</li>
4004         </ul> <em>Import and Export</em>
4005         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4006         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4007           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4008         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4009           File</li>
4010         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4011           triplet as name of colourscheme</li>
4012         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4013         <ul>
4014           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4015           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4016             alignments (experimental)</li>
4017           <li>Create new or select existing session to join</li>
4018           <li>load and save of vamsas documents</li>
4019         </ul> <em>Application command line</em>
4020         <ul>
4021           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4022             from applet)</li>
4023           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4024             of DAS servers to query for alignment features</li>
4025           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4026             that are also automatically queried for features</li>
4027           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4028             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4029         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4030         <ul>
4031           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4032             application (when using &quot;View in full
4033             application&quot;)</li>
4034         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4035         <ul>
4036           <li>feature group display control parameter</li>
4037           <li>debug parameter</li>
4038           <li>showbutton parameter</li>
4039         </ul> <em>Applet API methods</em>
4040         <ul>
4041           <li>newView public method</li>
4042           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4043           <li>Feature display control methods</li>
4044           <li>get list of currently selected sequences</li>
4045         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4046         <ul>
4047           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4048           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4049             Jalview release.</li>
4050           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4051             property controls execution of obfuscator</li>
4052           <li>Build target for generating source distribution</li>
4053           <li>Debug flag for javacc</li>
4054           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4055             jalview.bin.Cache</li>
4056           <li>Continuous Build Integration for stable and
4057             development version of Application, Applet and source
4058             distribution</li>
4059         </ul></td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>selected region output includes visible annotations
4063             (for certain formats)</li>
4064           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4065             for editing</li>
4066           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4067           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4068           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4069           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4070             comments</li>
4071           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4072             filenames containing a ':'</li>
4073           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4074             global sequence features</li>
4075           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4076             references from alignment sequences goes to zero</li>
4077           <li>Close of tree branch colour box without colour
4078             selection causes cascading exceptions</li>
4079           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4080           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4081             file parsing fails.</li>
4082           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4083           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4084             not a valid output format</li>
4085           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4086             vamsas</li>
4087           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4088           <li>error messages passed up and output when data read
4089             fails</li>
4090           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4091             sequence is edited</li>
4092           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4093             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4094           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4095             filetype</li>
4096           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4097             import fixed for PFAM records</li>
4098           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4099             window list</li>
4100           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4101             can be read and written correctly to annotation file</li>
4102           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4103             correctly</li>
4104           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4105             non-italic font for representatives in Applet</li>
4106           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4107             Macs.</li>
4108           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4109             Applet)</li>
4110           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4111             due to null pointer exceptions</li>
4112           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4113             first column of alignment</li>
4114           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4115             July 2008</li>
4116           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4117             file is case-insensitive</li>
4118           <li>Sequence features read from Features file appended to
4119             all sequences with matching IDs</li>
4120           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4121             containing a sub-sequence</li>
4122           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4123           <li>feature and annotation file applet parameters
4124             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4125           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4126           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4127             splash-screen version check to complete</li>
4128           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4129             when passing them to the launchApp service</li>
4130           <li>display name and local features preserved in results
4131             retrieved from web service</li>
4132           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4133             sequence fetcher initialisation</li>
4134           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4135             dasobert DAS client</li>
4136           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4137             association</li>
4138           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4139             sequences
4140           </li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143     </tr>
4144     <tr>
4145       <td>
4146         <div align="center">
4147           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4148         </div>
4149       </td>
4150       <td>
4151         <ul>
4152           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4153           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4154           <li>Slide sequences</li>
4155           <li>Edit sequence in place</li>
4156           <li>EMBL CDS features</li>
4157           <li>DAS Feature mapping</li>
4158           <li>Feature ordering</li>
4159           <li>Alignment Properties</li>
4160           <li>Annotation Scores</li>
4161           <li>Sort by scores</li>
4162           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4163         </ul>
4164       </td>
4165       <td>
4166         <ul>
4167           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4168           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4169           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4170           <li>Feature group display state in XML</li>
4171           <li>Feature ordering in XML</li>
4172           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4173           <li>Stockholm alignment properties</li>
4174           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4175           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4176           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4177           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4178         </ul>
4179       </td>
4180
4181     </tr>
4182     <tr>
4183       <td>
4184         <div align="center">
4185           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4186         </div>
4187       </td>
4188       <td>
4189         <ul>
4190           <li>Non standard characters can be read and displayed
4191           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4192             applet via textbox
4193           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4194             name &amp; description
4195           <li>Preference setting to display sequence name in
4196             italics
4197           <li>Annotation file format extended to allow
4198             Sequence_groups to be defined
4199           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4200             specified in preferences
4201           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4202             sequences
4203         </ul>
4204       </td>
4205       <td>
4206         <ul>
4207           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4208             installed
4209           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4210           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4211         </ul>
4212       </td>
4213     </tr>
4214     <tr>
4215       <td>
4216         <div align="center">
4217           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4218         </div>
4219       </td>
4220       <td>
4221         <ul>
4222           <li>Multiple views on alignment
4223           <li>Sequence feature editing
4224           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4225           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4226           <li>Background dependent text colour
4227           <li>Right align sequence ids
4228           <li>User-defined lower case residue colours
4229           <li>Format Menu
4230           <li>Select Menu
4231           <li>Menu item accelerator keys
4232           <li>Control-V pastes to current alignment
4233           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4234           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4235           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4236
4237           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4238         </ul>
4239       </td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4243           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4244             calculations
4245           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4246             edits
4247           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4248             of alignment)
4249           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4250
4251           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4252             display correctly
4253           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4254           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4255             analysis results
4256           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4257             &#8739;
4258           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4259           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4260           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4261
4262         </ul>
4263       </td>
4264     </tr>
4265     <tr>
4266       <td>
4267         <div align="center">
4268           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4269         </div>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4274         </ul>
4275       </td>
4276       <td>
4277         <ul>
4278           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4279             sequence id panel has been resized</li>
4280           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4281             rendered</li>
4282           <li>Annotation files with sequence references - all
4283             elements in file are relative to sequence position</li>
4284           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4285         </ul>
4286       </td>
4287     </tr>
4288     <tr>
4289       <td>
4290         <div align="center">
4291           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4292         </div>
4293       </td>
4294       <td>
4295         <ul>
4296           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4297           <li>DAS Feature fetching</li>
4298           <li>Hide sequences and columns</li>
4299           <li>Export Annotations and Features</li>
4300           <li>GFF file reading / writing</li>
4301           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4302             files</li>
4303           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4304           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4305           <li>Applet can launch the full application</li>
4306           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4307             required)</li>
4308           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4309           <li>Applet can load sequences from parameter
4310             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4311           </li>
4312         </ul>
4313       </td>
4314       <td>
4315         <ul>
4316           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4317           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4318           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4319         </ul>
4320       </td>
4321     </tr>
4322     <tr>
4323       <td>
4324         <div align="center">
4325           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4326         </div>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4331           <li>Choose to match case when searching</li>
4332           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4333             expand the visible width and height of the alignment</li>
4334         </ul>
4335       </td>
4336       <td>
4337         <ul>
4338           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4339         </ul>
4340       </td>
4341     </tr>
4342     <tr>
4343       <td>
4344         <div align="center">
4345           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4346         </div>
4347       </td>
4348       <td>&nbsp;</td>
4349       <td>
4350         <ul>
4351           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4352           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4353             value</li>
4354         </ul>
4355       </td>
4356     </tr>
4357     <tr>
4358       <td>
4359         <div align="center">
4360           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4361         </div>
4362       </td>
4363       <td>
4364         <ul>
4365           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4366           <li>Keyboard editing</li>
4367           <li>Create sequence features from searches</li>
4368           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4369             alignments</li>
4370           <li>Features file allows grouping of features</li>
4371           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4372           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4373           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4374         </ul>
4375       </td>
4376       <td>
4377         <ul>
4378           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4379           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4380             descriptions saved.</li>
4381         </ul>
4382       </td>
4383     </tr>
4384     <tr>
4385       <td>
4386         <div align="center">
4387           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4388         </div>
4389       </td>
4390       <td>
4391         <ul>
4392           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4393           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4394           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4395             name for file output</li>
4396           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4397           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4398             used for HTML form input</li>
4399         </ul>
4400       </td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>HTML output writes groups and features</li>
4404           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4405           <li>File IO bugs</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408     </tr>
4409     <tr>
4410       <td>
4411         <div align="center">
4412           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4413         </div>
4414       </td>
4415       <td>
4416         <ul>
4417           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4418           <li>More options for PCA viewer</li>
4419         </ul>
4420       </td>
4421       <td>
4422         <ul>
4423           <li>GUI bugs resolved</li>
4424           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4425         </ul>
4426       </td>
4427     </tr>
4428     <tr>
4429       <td height="63">
4430         <div align="center">
4431           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4432         </div>
4433       </td>
4434       <td>
4435         <ul>
4436           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4437           <li>Jar files are executable</li>
4438           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4439         </ul>
4440       </td>
4441       <td>
4442         <ul>
4443           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4444           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4445           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4446         </ul>
4447       </td>
4448     </tr>
4449     <tr>
4450       <td>
4451         <div align="center">
4452           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4453         </div>
4454       </td>
4455       <td>
4456         <ul>
4457           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460       <td>
4461         <ul>
4462           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4463         </ul>
4464       </td>
4465     </tr>
4466     <tr>
4467       <td>
4468         <div align="center">
4469           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4470         </div>
4471       </td>
4472       <td>
4473         <ul>
4474           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4475             size</li>
4476         </ul>
4477       </td>
4478       <td>
4479         <ul>
4480           <li>Improved JPred client reliability</li>
4481           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4482         </ul>
4483       </td>
4484     </tr>
4485     <tr>
4486       <td>
4487         <div align="center">
4488           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4489         </div>
4490       </td>
4491       <td>
4492         <ul>
4493           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4494           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4495           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4496             to Colour Menu</li>
4497           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4498           <li>Unix users can set default web browser</li>
4499           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4500           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4501         </ul>
4502       </td>
4503       <td>
4504         <ul>
4505           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4506         </ul>
4507       </td>
4508     </tr>
4509     <tr>
4510       <td>
4511         <div align="center">
4512           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4513         </div>
4514       </td>
4515       <td>&nbsp;</td>
4516       <td>
4517         <ul>
4518           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4519             alignment order.</li>
4520         </ul>
4521       </td>
4522     </tr>
4523     <tr>
4524       <td>
4525         <div align="center">
4526           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4527         </div>
4528       </td>
4529       <td>
4530         <ul>
4531           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4532           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4533           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4534             annotations.</li>
4535           <li>Version and build date written to build properties
4536             file.</li>
4537           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4538             at launch of Jalview.</li>
4539         </ul>
4540       </td>
4541       <td>
4542         <ul>
4543           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4544           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4545           <li>Can remove groups one by one.</li>
4546           <li>Filechooser icons installed.</li>
4547           <li>Finder ignores return character when searching.
4548             Return key will initiate a search.<br>
4549           </li>
4550         </ul>
4551       </td>
4552     </tr>
4553     <tr>
4554       <td>
4555         <div align="center">
4556           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4557         </div>
4558       </td>
4559       <td>
4560         <ul>
4561           <li>New codebase</li>
4562         </ul>
4563       </td>
4564       <td>&nbsp;</td>
4565     </tr>
4566   </table>
4567   <p>&nbsp;</p>
4568 </body>
4569 </html>