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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>15/09/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <li>
  65             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  66             residue in cursor mode
  67           </li>
  68           <li>
  69             <!-- JAL-3695 -->Support import of VCF 4.3 by updating
  70             HTSJDK from 2.12 to 2.23
  71           </li>
  72           <li>
  73             <!-- JAL-3621 -->IntervalStore library updated to v.1.1:
  74             optimisations and improvements suggested by Bob Hanson and
  75             improved compatibility with JalviewJS
  76           </li>
  77           <li>
  78             <!-- JAL-3615 -->Retrieve GZipped stockholm formatted
  79             alignments from Pfam and Rfam
  80           </li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-2656 -->Recognise GZipped content for URLs and File
  83             import (no longer based on .gz extension)
  84           </li>
  85           <li>
  86             <!-- JAL-3570 -->Updated Spanish Translation for 2.11.1
  87           </li>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-3692 -->Migrate EMBL record retrieval to use latest
  90             ENA Browser (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home) and
  91             EMBL flat file
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-3667 -->Improved warning messages, debug logging
  95             and fixed Retry action when Jalview encounters errors when
  96             saving or making backup files.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3676 -->Enhanced Jalview Java Console:
 100             <ul>
 101               <li>Jalview's logging level can be configured</li>
 102               <li>Copy to Clipboard Buttion</li>
 103             </ul>
 104           </li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3541 -->Improved support for Hi-DPI (4K) screens
 107             when running on Linux (Requires Java 11+)
 108           </li>
 109         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 110         <ul>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-3608 -->Configure Jalview Desktop's look and feel
 113             through a system property
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3477 -->Improved built-in documentation and command
 117             line help for configuring Jalview's memory
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </td>
 121       <td align="left" valign="top">
 122         <ul>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-3691 -->Conservation and Quality tracks are shown
 125             but not calculated and no protein or DNA score models are
 126             available for tree/PCA calculation when launched with
 127             Turkish language locale
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
 131             alignment (Since Jalview 2.10.3)
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
 135             doesn't slide selected sequences, just sequence under cursor
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3732 -->Alt+Up/Down in cursor mode doesn't move
 139             sequence under the cursor
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
 143             multiple EMBL gene products shown for a single contig
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3696 -->Errors encountered when processing variants
 147             from VCF files yield "Error processing VCF: Format specifier
 148             '%s'" on the console
 149           </li>
 150           <li>
 151             <!-- JAL-3697 -->Count of features not shown can be wrong
 152             when there are both local and complementary features mapped
 153             to the position under the cursor
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!-- JAL-3673 -->Sequence ID for reference sequence is
 157             clipped when Right align Sequence IDs enabled
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!-- JAL-2983 -->Slider with negative range values not
 161             rendered correctly in VAqua4 (Since 2.10.4)
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!-- JAL-3685 -->Single quotes not displayed correctly in
 165             internationalised text for some messages and log output
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3490 -->Find doesn't report matches that span
 169             hidden gapped columns
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3597 -->Resolved memory leaks in Tree and PCA
 173             panels, Alignment viewport and annotation renderer.
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-3561 -->Jalview ignores file format parameter
 177             specifying output format when exporting an alignment via the
 178             command line
 179           </li>
 180           <li>
 181             <!-- JAL-3667 -->Windows 10: For a minority of users, if
 182             backups are not enabled, Jalview sometimes fails to
 183             overwrite an existing file and raises a warning dialog. (in
 184             2.11.0, and 2.11.1.0, the workaround is to try to save the
 185             file again, and if that fails, delete the original file and
 186             save in place.)
 187           </li>
 188         </ul> <em>Launching Jalview</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3718 -->Jalview application fails when launched the
 192             first time for a version that has different jars to the
 193             previous launched version.
 194           </li>
 195         </ul> <em>Developing Jalview</em>
 196         <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-3541 -->Fixed issue with cleaning up old coverage
 199             data, causing cloverReport gradle task to fail with an
 200             OutOfMemory error.
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3280 -->Migrated the Jalview Version Checker to
 204             monitor the release channel
 205           </li>
 206         </ul> <em>New Known defects</em>
 207         <ul>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-3748 -->CDS shown in result of submitting proteins
 210             in a CDS/Protein alignment to a web service is wrong when
 211             proteins share a common transcript sequence (e.g.
 212             genome of RNA viruses)
 213           </li>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3576 -->Co-located features exported and re-imported
 216             are ordered differently when shown on alignment and in
 217             tooltips. (Also affects v2.11.1.0)
 218           </li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-3702 -->Drag and drop of alignment file onto
 221             alignment window when in a HiDPI scaled mode in Linux only
 222             works for the top left quadrant of the alignment window
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3701 -->Stale build data in jalview standalone jar
 226             builds (only affects 2.11.1.1 branch)
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-3127 -->Sequence ID colourscheme not re-applied
 230             when alignment view restored from project (since Jalview 2.11.0)
 231           </li>
 232         </ul>
 233       </td>
 234     </tr>
 235     <tr>
 236       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 237           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 238           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 239       <td align="left" valign="top">
 240         <ul>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 243             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 244             for display in alignments, on structure views (including
 245             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 246             export.
 247           </li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 250             exported and re-imported as GFF3 files
 251           </li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 254             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 255           </li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 258             validation while parsing
 259           </li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 262             position if reopened
 263           </li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 266             of associated view
 267           </li>
 268           <li>
 269             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 270             enabled by default
 271           </li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 274             tooltips and menus
 275           </li>
 276           <li>
 277             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 278             with no feature types visible
 279           </li>
 280           <li>
 281           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 282           </li>
 283         </ul><em>Jalview Installer</em>
 284             <ul>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 287             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 288           </li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 291           </li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 294           </li>
 295               <li>
 296                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 297               <li>
 298                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 299         </ul> <em>Release processes</em>
 300         <ul>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 303           </li>
 304           <li>
 305             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 306           </li>
 307         </ul> <em>Build System</em>
 308         <ul>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 311           </li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 314             report
 315           </li>
 316         </ul>
 317         <em>Groovy Scripts</em>
 318             <ul>
 319           <li>
 320             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 321             to stdout containing the consensus sequence for each
 322             alignment in a Jalview session
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 326             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 327             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 328           </li>
 329         </ul>
 330       </td>
 331       <td align="left" valign="top">
 332         <ul>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 335             'Show hidden markers' option is not ticked
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 339             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 340             jalview preferences or properties file
 341           </li>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 344             'Show Sequence Features' option is not ticked
 345           </li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 348             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 349             features are visible
 350           </li>
 351           <li>
 352             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 353             equal when split frame is first opened
 354           </li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 357             correct after editing a sequence's start position
 358           </li>
 359           <li>
 360             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 361             with annotation and exceptions thrown when only a few
 362             columns shown in wrapped mode
 363           </li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 366             wrapped alignment figure with annotations
 367           </li>
 368           <li>
 369             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 370             ID fails with ClassCastException
 371           </li>
 372           <li>
 373             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 374             Project
 375           </li>
 376           <li>
 377             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 378             feature settings dialog also selects columns
 379           </li>
 380           <li>
 381             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 382             IllegalArgumentException in some circumstances
 383           </li>
 384           <li>
 385             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 386             opened for a view
 387           </li>
 388           <li>
 389             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 390             alignment window is closed
 391           </li>
 392           <li>
 393             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 394             help documentation for 2.11.0 release
 395           </li>
 396           <li>
 397             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 398             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 399             Uniprot Accession
 400           </li>
 401         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 402         <ul>
 403           <li>
 404             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 405             PDB/Uniprot search panel
 406           </li>
 407         </ul> <em>Installer</em>
 408         <ul>
 409           <li>
 410             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 411             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 412           </li>
 413         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 414         <ul>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 417             repository
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 421             memory
 422           </li>
 423         </ul> <em>New Known Issues</em>
 424         <ul>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 427             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 428             command line
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 432             clipped in headless figure export when Right Align option
 433             enabled
 434           </li>
 435           <li>
 436             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 437             'Source' in console output
 438           </li>
 439           <li>
 440             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 441             bamboo server but run fine locally.
 442           </li>
 443         </ul>
 444       </td>
 445     </tr>
 446     <tr>
 447       <td width="60" align="center" nowrap>
 448           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 449             <em>04/07/2019</em></strong>
 450       </td>
 451       <td align="left" valign="top">
 452         <ul>
 453           <li>
 454             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 455             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 456             source project) rather than InstallAnywhere
 457           </li>
 458           <li>
 459             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 460             settings, receive over the air updates and launch specific
 461             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 462               Rings' GetDown</a>)
 463           </li>
 464           <li>
 465             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 466             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 467           </li>
 468           <li>
 469             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 470             arguments and switch between different getdown channels
 471           </li>
 472           <li>
 473             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 474             or alignment files
 475           </li>
 476
 477           <li>
 478             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 479             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 480           <li>
 481             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 482             'Translate as cDNA'</li>
 483           <li>
 484             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 485           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 486             <ul>
 487                       <li>
 488             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 489             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 490           <li>
 491                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 492                 features can be filtered and shaded according to any
 493                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 494                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 495                 file)
 496               </li>
 497               <li>
 498                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 499                 stored and restored from Jalview Projects
 500               </li>
 501               <li>
 502                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 503                 recognise variant features
 504               </li>
 505               <li>
 506                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 507                 sequences (also coloured red by default)
 508               </li>
 509               <li>
 510                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 511                 details
 512               </li>
 513               <li>
 514                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 515                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 516               </li>
 517               <li>
 518                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 519                 dialog
 520               </li>
 521             </ul>
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 525             tree and PCA calculations
 526           </li>
 527           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 528             <ul>
 529               <li>
 530                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 531                 and Viewer state saved in Jalview Project
 532               </li>
 533               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 534                 drop-down menus</li>
 535               <li>
 536                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 537                 incrementally
 538               </li>
 539               <li>
 540                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 541               </li>
 542             </ul>
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 546           </li>
 547           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 548           <ul>
 549               <li>
 550                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 551                 multiple groups when working with large alignments
 552               </li>
 553               <li>
 554                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 555                 Stockholm files
 556               </li>
 557             </ul>
 558           <li><strong>User Interface</strong>
 559           <ul>
 560               <li>
 561                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 562                 view
 563               </li>
 564               <li>
 565                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 566                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 567                 default (can be changed in user preferences)
 568               </li>
 569               <li>
 570                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 571                 to the Overwrite Dialog
 572               </li>
 573               <li>
 574                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 575                 sequences are hidden
 576               </li>
 577               <li>
 578                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 579                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 580               </li>
 581               <li>
 582                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 583                 labels
 584               </li>
 585               <li>
 586                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 587                 when in wrapped mode
 588               </li>
 589               <li>
 590                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 591                 annotation
 592               </li>
 593               <li>
 594                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 595               </li>
 596               <li>
 597                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 598                 panel
 599               </li>
 600               <li>
 601                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 602                 popup menu
 603               </li>
 604               <li>
 605               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 606               <li>
 607               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 608
 609
 610             </ul></li>
 611             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 612           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 613             <ul>
 614               <li>
 615                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 616                 trapping CMD-Q
 617               </li>
 618             </ul></li>
 619         </ul>
 620         <em>Deprecations</em>
 621         <ul>
 622           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 623             capabilities removed from the Jalview Desktop
 624           </li>
 625           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 626             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 627             and XML based data retrieval clients</li>
 628           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 629           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 630         </ul> <em>Documentation</em>
 631         <ul>
 632           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 633             not supported in EPS figure export
 634           </li>
 635           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 636         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 637         <ul>
 638           <li>
 639           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 640           </li>
 641       <li>
 642       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 643           <li>
 644           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 645             gradle-eclipse
 646           </li>
 647           <li>
 648           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 649             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 650             execution
 651           </li>
 652           <li>
 653           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 654             operations
 655           </li>
 656           <li>
 657           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 658             issues resolved
 659           </li>
 660           <li>
 661           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 662             markdown (with HTML rendering)
 663           </li>
 664           <li>
 665           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 666           </li>
 667           <li>
 668           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 669             versions of Jalview
 670           </li>
 671         </ul>
 672       </td>
 673       <td align="left" valign="top">
 674         <ul>
 675           <li>
 676             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 677           </li>
 678           <li>
 679             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 680             superposition in Jmol fail on Windows
 681           </li>
 682           <li>
 683             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 684             structures for sequences with lots of PDB structures
 685           </li>
 686           <li>
 687             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 688             monospaced font
 689           </li>
 690           <li>
 691             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 692             project involving multiple views
 693           </li>
 694           <li>
 695             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 696             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 697             Annotation dialog hides columns
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 701             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 702             one view, then making another selection in the other view
 703           </li>
 704           <li>
 705             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 706             columns
 707           </li>
 708           <li>
 709             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 710             Settings and Jalview Preferences panels
 711           </li>
 712           <li>
 713             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 714             overview with large alignments
 715           </li>
 716           <li>
 717             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 718             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 719             mouse moved to the left of the first column
 720           </li>
 721           <li>
 722             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 723             hidden column marker via scale popup menu
 724           </li>
 725           <li>
 726             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 727             doesn't tell users the invalid URL
 728           </li>
 729           <li>
 730             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 731             score from view
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 735             show cross references or Fetch Database References are shown in
 736             red in original view
 737           </li>
 738           <li>
 739             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 740             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 741           </li>
 742           <li>
 743             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 744             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 745           </li>
 746           <li>
 747             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 748             when columns are hidden
 749           </li>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 752             Columns by Annotation description
 753           </li>
 754           <li>
 755             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 756             out of Scale or Annotation Panel
 757           </li>
 758           <li>
 759             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 760             scale panel
 761           </li>
 762           <li>
 763             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 764             alignment down
 765           </li>
 766           <li>
 767             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 768             scale panel
 769           </li>
 770           <li>
 771             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 772             Page Up in wrapped mode
 773           </li>
 774           <li>
 775             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 776           </li>
 777           <li>
 778             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 779           </li>
 780           <li>
 781             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 782             on opening an alignment
 783           </li>
 784           <li>
 785             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 786             Colour menu
 787           </li>
 788           <li>
 789             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 790             different groups in the alignment are selected
 791           </li>
 792           <li>
 793             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 794             correctly in menu
 795           </li>
 796           <li>
 797             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 798             threshold limit
 799           </li>
 800           <li>
 801             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 802             threshold gets 'unrounded'
 803           </li>
 804           <li>
 805             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 806             colour
 807           </li>
 808           <li>
 809             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 810           </li>
 811           <li>
 812             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 813           </li>
 814           <li>
 815             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 816             Tree font
 817           </li>
 818           <li>
 819             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 820             project file
 821           </li>
 822           <li>
 823             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 824             shown in complementary view
 825           </li>
 826           <li>
 827             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 828             without normalisation
 829           </li>
 830           <li>
 831             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 832             of report
 833           </li>
 834           <li>
 835             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 836           </li>
 837           <li>
 838           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 839           </li>
 840         </ul> <em>Editing</em>
 841         <ul>
 842           <li>
 843             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 844             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 845             sequence
 846           </li>
 847           <li>
 848             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 849             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 850             removed (Known defect since 2.10)
 851           </li>
 852           <li>
 853             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 854             dialog corrupts dataset sequence
 855           </li>
 856           <li>
 857             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 858             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 859           </li>
 860         </ul> <em>Datamodel</em>
 861         <ul>
 862           <li>
 863             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 864             sequence's End is greater than its length
 865           </li>
 866         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 867           general release)</em>
 868         <ul>
 869           <li>
 870             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 871           </li>
 872         </ul> <em>New Known Defects</em>
 873         <ul>
 874         <li>
 875         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 876         </li>
 877         <li>
 878           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 879           regions of protein alignment.
 880         </li>
 881         <li>
 882           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 883           is restored from a Jalview 2.11 project
 884         </li>
 885         <li>
 886           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 887           'New View'
 888         </li>
 889         <li>
 890           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 891           columns within hidden columns
 892         </li>
 893         <li>
 894           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 895           window after dragging left to select columns to left of visible
 896           region
 897         </li>
 898         <li>
 899           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 900           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 901           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 902           create a Score filter instead.
 903         </li>
 904         <li>
 905         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 906         <li>
 907         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 908         </li>
 909         <li>
 910           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 911           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 912         </li>
 913         </ul>
 914         <em>Java 11 Specific defects</em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 918               alphabetically when saved
 919             </li>
 920         </ul>
 921       </td>
 922     </tr>
 923     <tr>
 924     <td width="60" nowrap>
 925       <div align="center">
 926         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 927       </div>
 928     </td>
 929     <td><div align="left">
 930         <em></em>
 931         <ul>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 934               InstallAnywhere increased to 1G.
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 938               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 939               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 940                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 941                 properties file.</em>
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 945               API and sequence data now imported as JSON.
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 949               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 950               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 951               property.
 952             </li>
 953           </ul>
 954           <em>Development</em>
 955           <ul>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 958               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 959                 Clover</a>
 960             </li>
 961           </ul>
 962         </div></td>
 963     <td><div align="left">
 964         <em></em>
 965         <ul>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 968               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 969               alignment.
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 973               annotation displayed.
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 977               for newly created group when 'Apply to all groups'
 978               selected
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 982               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 983               visible.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 987               when sequences are selected in exported view.</em>
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 991               aren't rendered with correct colour.
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 995               types of knotted RNA secondary structure.
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 999               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
1000               do not start at 1.
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
1004               annotation when columns are inserted into an alignment,
1005               and when exporting as Stockholm flatfile.
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
1009               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
1010               treated as RNA secondary structure.
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
1014               (not .jar) when saving a Jalview project file.
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
1018               transfers focus to previous window on OSX
1019             </li>
1020           </ul>
1021           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
1022           <ul>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
1025               or export menus by typing in a name into the Save dialog
1026               box.
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
1030               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
1031               'look and feel' which has improved compatibility with the
1032               latest version of OSX.
1033             </li>
1034           </ul>
1035         </div>
1036     </td>
1037     </tr>
1038     <tr>
1039       <td width="60" nowrap>
1040         <div align="center">
1041           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
1042             <em>7/06/2018</em></strong>
1043         </div>
1044       </td>
1045       <td><div align="left">
1046           <em></em>
1047           <ul>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
1050               annotation retrieved from Uniprot
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
1054               onto the Jalview Desktop
1055             </li>
1056           </ul>
1057         </div></td>
1058       <td><div align="left">
1059           <em></em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
1063               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
1067               right-hand column parsed correctly
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
1071               not alignment area in exported graphic
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
1075               window has input focus
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
1079               annotation added to view (Windows)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
1083               network connectivity is poor
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
1087               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
1088                 the currently open URL and links from a page viewed in
1089                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
1090                 you are using Edge, only links in the page can be
1091                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
1092                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
1093             </li>
1094           </ul>
1095           <em>New Known Defects</em>
1096           <ul>
1097             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
1098           </ul>
1099         </div></td>
1100     </tr>
1101     <tr>
1102       <td width="60" nowrap>
1103         <div align="center">
1104           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
1105         </div>
1106       </td>
1107       <td><div align="left">
1108           <em></em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
1112               for disabling automatic superposition of multiple
1113               structures and open structures in existing views
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
1117               ID and annotation area margins can be click-dragged to
1118               adjust them.
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1122               Ensembl services
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1126               and lots of hidden columns
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1130               of features (particularly when transparency is disabled)
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1134               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1135               generally available
1136             </li>
1137           </ul>
1138           </div>
1139       </td>
1140       <td><div align="left">
1141           <ul>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1144               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1148               overlapping alignment panel
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1152               sequence as gaps
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1156               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1157               UTR
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1161               factor annotation not added to sequence when local PDB
1162               file associated with it by drag'n'drop or structure
1163               chooser
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1167               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1171               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1175               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1179               columns in annotation row
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1183               honored in batch mode
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1187               for structures added to existing Jmol view
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1191               entries after importing project with multiple views
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1195               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1196               with negative residue numbers or missing residues fails
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1200               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1201               as generated by CONSURF)
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1205               tooltip doesn't include a text description of mutation
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1209               structure and/or overview windows are also shown
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1213               very slow for alignments with large numbers of sequences
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1217               with 'StringIndexOutOfBounds'
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1221               platforms running Java 10
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1225               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1226             </li>
1227           </ul>
1228           <em>Applet</em>
1229           <ul>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1232               should copy the group consensus when popup is opened on it
1233             </li>
1234           </ul>
1235           <em>Batch Mode</em>
1236           <ul>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1239           </li>
1240           </ul>
1241           <em>New Known Defects</em>
1242           <ul>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1245               editing a large alignment and overview is displayed
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1249               repeatedly after a series of edits even when the overview
1250               is no longer reflecting updates
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1254               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1255               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1256               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1260               option gives blank output
1261             </li>
1262           </ul>
1263         </div>
1264           </td>
1265     </tr>
1266     <tr>
1267       <td width="60" nowrap>
1268         <div align="center">
1269           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1270         </div>
1271       </td>
1272       <td><div align="left">
1273           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1274               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1275       <td><div align="left">
1276           <em>Desktop</em><ul>
1277           <ul>
1278             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1279             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1280             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1281             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1282             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1283             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1284             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1285           </ul>
1286           </div>
1287       </td>
1288     </tr>
1289     <tr>
1290       <td width="60" nowrap>
1291         <div align="center">
1292           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1293         </div>
1294       </td>
1295       <td><div align="left">
1296           <em></em>
1297           <ul>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1300               rendering of sequence features
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1304               429 rate limit request hander
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1308               their colours have changed
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1312               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1316               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1320               view from Ensembl locus cross-references
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1324               Alignment report
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1328               feature can be disabled
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1332               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1336               Uniprot
1337             </li>
1338           </ul>
1339           <em>Scripting</em>
1340           <ul>
1341             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1342             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1343               percent identity scores for current alignment.</li>
1344           </ul>
1345           <em>Testing and Deployment</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1349             </li>
1350           </ul>
1351         </div></td>
1352       <td><div align="left">
1353           <em>General</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1357               threshold text field doesn't trigger an update to the
1358               alignment view
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1362               strings in parallel
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1366               alignment window is closed
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1370               group visibility
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1374               takes a long time in Cursor mode
1375             </li>
1376           </ul>
1377           <em>Desktop</em>
1378           <ul>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1381               cannot be viewed in Chimera
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1385               CDS/Protein view
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1389               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1390               Search Dialogs
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1400               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1404               scrolling right in unwapped alignment view
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1408               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1409               database
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1413               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1417               features of same type and group to be selected for
1418               amending
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1422               alignments when hidden columns are present
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1426               displaying several structures
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1430               moving a window
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1434               within the Jalview desktop on OSX
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1438               when in wrapped alignment mode
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1442               hand end of alignment
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1446               each selected sequence do not have correct start/end
1447               positions
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1451               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1455               restoring project until a new view is created
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1459               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1460               configured (since 2.10.2b2)
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1464               position is adjusted
1465             </li>
1466             <li>
1467               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1468               in a multi-chain structure when viewing alignment
1469               involving more than one chain (since 2.10)
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1473               if new selection moves alignment window
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1477               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1481               that produces correctly annotated transcripts and products
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1485               doesn't update associated structure view
1486             </li>
1487           </ul>
1488           <em>Applet</em><br />
1489           <ul>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1492               closing alignment panel
1493             </li>
1494           </ul>
1495           <em>BioJSON</em><br />
1496           <ul>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1499               non-positional features
1500             </li>
1501           </ul>
1502           <em>New Known Issues</em>
1503           <ul>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1506               sequence features correctly (for many previous versions of
1507               Jalview)
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1511               using cursor in wrapped panel other than top
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1515               graduated colour threshold
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1519               always preserve numbering and sequence features
1520             </li>
1521           </ul>
1522           <em>Known Java 9 Issues</em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1526               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1527               9.01, OSX 10.10)
1528             </li>
1529           </ul>
1530         </div></td>
1531     </tr>
1532     <tr>
1533       <td width="60" nowrap>
1534         <div align="center">
1535           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1536             <em>2/10/2017</em></strong>
1537         </div>
1538       </td>
1539       <td><div align="left">
1540           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1544             </li>
1545             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1546             </li>
1547           </ul>
1548         </div></td>
1549       <td><div align="left">
1550         </div></td>
1551     </tr>
1552     <tr>
1553       <td width="60" nowrap>
1554         <div align="center">
1555           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1556             <em>7/9/2017</em></strong>
1557         </div>
1558       </td>
1559       <td><div align="left">
1560           <em></em>
1561           <ul>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1564               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1565               white)
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1569               Preferences
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1573               in size and progress bar shown as higher resolution
1574               overview is recalculated
1575             </li>
1576
1577           </ul>
1578         </div></td>
1579       <td><div align="left">
1580           <em></em>
1581           <ul>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1584               column region row by row
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1588               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1592               format setting is unticked
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1596               if group has show boxes format setting unticked
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1600               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1601               include sequences and columns not currently displayed
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1605               assemblies are imported via CIF file
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1609               displayed when threshold or conservation colouring is also
1610               enabled.
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1614               server version
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1618               dragging a selected region off the visible region of the
1619               alignment
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1623               colourscheme to all groups in a view
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1627               initially after font size change using the Font chooser or
1628               middle-mouse zoom
1629             </li>
1630           </ul>
1631         </div></td>
1632     </tr>
1633     <tr>
1634       <td width="60" nowrap>
1635         <div align="center">
1636           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1637         </div>
1638       </td>
1639       <td><div align="left">
1640           <em>Calculations</em>
1641           <ul>
1642
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1645               ungapped positions in each column of the alignment.
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1649               a calculation dialog box
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1653               and memory efficiency (~30x faster)
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1657               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1658               and other calculations
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1662               files within the Jalview codebase
1663             </li>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1666               Similarity may have different topology due to increased
1667               precision
1668             </li>
1669           </ul>
1670           <em>Rendering</em>
1671           <ul>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1674               model for alignments and groups
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1678               scripts
1679             </li>
1680           </ul>
1681           <em>Overview</em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1685               with alignment and overview windows
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1689               overview
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1693               omitted in Overview
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1697               adjustment of visible position
1698             </li>
1699           </ul>
1700
1701           <em>Data import/export</em>
1702           <ul>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1705               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1709               annotation input/output via stockholm flatfile
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1713               extension when importing structure files without embedded
1714               names or PDB accessions
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1718               format sequence substitution matrices
1719             </li>
1720           </ul>
1721           <em>User Interface</em>
1722           <ul>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1725               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1726               the application.
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1730               via Overview or sequence motif search operations
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1734               opened by double clicking gaps within sequence feature
1735               extent
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1739               aligned positions were available to create a 3D structure
1740               superposition.
1741             </li>
1742           </ul>
1743           <em>3D Structure</em>
1744           <ul>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1747               coloured in linked structure views
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1751               file-based command exchange
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1755               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1756               structures are already available for sequences
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1760               the Jalview project rather than downloaded again when the
1761               project is reopened.
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1765               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1766               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1767                 Feature</strong>)
1768             </li>
1769           </ul>
1770           <em>Web Services</em>
1771           <ul>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1777               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1778               Analysis services
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1782               cross-references provided by identifiers.org and the
1783               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1784             </li>
1785           </ul>
1786
1787           <em>Scripting</em>
1788           <ul>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1791               identifying file formats (instead of String constants)
1792             </li>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1795               efficiency when counting all displayed features (not
1796               backwards compatible with 2.10.1)
1797             </li>
1798           </ul>
1799           <em>Example files</em>
1800           <ul>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1803               included in the example feature file
1804             </li>
1805           </ul>
1806           <em>Documentation</em>
1807           <ul>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1810               with the built-in Java help viewer
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1814               sequence description' option
1815             </li>
1816           </ul>
1817           <em>Test Suite</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1821               Uniprot REST Free Text Search Client
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1828               during tests
1829             </li>
1830           </ul>
1831         </div></td>
1832       <td><div align="left">
1833           <em>Calculations</em>
1834           <ul>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1837               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1838               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1839             </li>
1840             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1841               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1842               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1843               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1844               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1845               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1846               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1847               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1848               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1849               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1850               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1851               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1852               // for 2.10.1 mode <br />
1853               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1854               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1855                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1856                 calculations (not recommended)</em></li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1859               scaling of branch lengths for trees computed using
1860               Sequence Feature Similarity.
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1864               generating output report when working with highly
1865               redundant alignments
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1869               right of selected region when gaps present on right-hand
1870               boundary
1871             </li>
1872           </ul>
1873           <em>User Interface</em>
1874           <ul>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1877               doesn't reselect a specific sequence's associated
1878               annotation after it was used for colouring a view
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1882               opened on a region of alignment without groups
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1886               of an alignment with overlapping groups
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1890               name and description match
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1894               hidden regions results in incorrect hidden regions
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1898               changing colour does not apply Conservation slider value
1899               to all groups
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1903               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1907               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1911               gaps before start of features
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1915               restored to UI when feature colour is edited
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1919               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1923               as graduate feature colour settings are modified via the
1924               dialog box
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1928               when a group defined on the alignment is resized
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1932               wrapped view result in positional status updates
1933             </li>
1934
1935             <li>
1936               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1937               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1941               alignment included gapped columns
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1945               widgets don't permanently disappear
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1949               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1950               T-Coffee column reliability scores)
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1954               sequence feature on gaps only
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1958               button from a Find inherit previously defined feature type
1959               rather than the Find query string
1960             </li>
1961             <li>
1962               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1963               exporting tree calculated in Jalview
1964             </li>
1965             <li>
1966               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1967               and then revealing them reorders sequences on the
1968               alignment
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1972               doesn't update to reflect available set of groups after
1973               interactively adding or modifying features
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1977               Linux
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1981               only excluded gaps in current sequence and ignored
1982               selection.
1983             </li>
1984           </ul>
1985           <em>Rendering</em>
1986           <ul>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1989               erratically when hidden rows or columns are present
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1993               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1994               sequence colouring
1995             </li>
1996             <li>
1997               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1998               colour and group colour menu for protein alignments
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
2002               reflect currently selected view or group's shading
2003               thresholds
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
2007               when rendered on overview and structures when opacity at
2008               100%
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
2012               overview when features overlaid on alignment
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
2016               recovered correctly from Jalview project file
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
2020               (automatically via preferences) are different to the main
2021               alignment panel
2022             </li>
2023           </ul>
2024           <em>Data import/export</em>
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
2028               load
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
2032               added after a sequence was imported are not written to
2033               Stockholm File
2034             </li>
2035             <li>
2036               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
2037               when importing RNA secondary structure via Stockholm
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
2041               not shown in correct direction for simple pseudoknots
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
2045               with lightGray or darkGray via features file (but can
2046               specify lightgray)
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
2050               when alignment view imported from project
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
2054               structure and sequences extracted from structure files
2055               imported via URL and viewed in Jmol
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
2059               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
2060               the project is loaded and the structure viewed
2061             </li>
2062           </ul>
2063           <em>Web Services</em>
2064           <ul>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
2067               release of Ensembl v.88
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
2071               appear enabled in Preferences->Connections
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
2075               removed from console output
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
2079               Ensembl by Peptide ID
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
2083               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
2084               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
2085               due to 'null' string rather than empty string used for
2086               residues with no corresponding PDB mapping).
2087             </li>
2088           </ul>
2089           <em>Application UI</em>
2090           <ul>
2091             <li>
2092               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
2093               menu
2094             </li>
2095             <li>
2096               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
2097               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
2098               new documentation and tooltips added)
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
2102               doesn't restore group-specific text colour thresholds
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
2106               new features are added to alignment
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
2110               changes to feature colours via the Amend features dialog
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
2114               edit graduated feature colour via amend features dialog
2115               box
2116             </li>
2117             <li>
2118               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2119               selection menu changes colours of alignment views
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2123               from alignment calculation workers after alignment has
2124               been closed
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2128               groups now 'Create Group'
2129             </li>
2130             <li>
2131               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2132               Create/Undefine group doesn't always work
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2136               shown again after pressing 'Cancel'
2137             </li>
2138             <li>
2139               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2140               adjusts start position in wrap mode
2141             </li>
2142             <li>
2143               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2144               ambiguous amino acids
2145             </li>
2146             <li>
2147               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2148               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2149               proteins
2150             </li>
2151             <li>
2152               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2153               Defined' don't appear in Colours menu
2154             </li>
2155           </ul>
2156           <em>Applet</em>
2157           <ul>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2160               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2161             </li>
2162             <li>
2163               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2164               overview or linked structure view
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2168               work (since 2.8)
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2172               user-defined colourscheme doesn't restore original
2173               colourscheme
2174             </li>
2175           </ul>
2176           <em>Test Suite</em>
2177           <ul>
2178             <li>
2179               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2180               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2181             </li>
2182             <li>
2183               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2184               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2185               problems with deep array comparison equality asserts in
2186               successive versions of TestNG
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2190               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2191             </li>
2192           </ul>
2193           <em>New Known Issues</em>
2194           <ul>
2195             <li>
2196               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2197               phase after a sequence motif find operation
2198             </li>
2199             <li>
2200               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2201               containing just upper and lower case letters are
2202               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2203             </li>
2204             <li>
2205               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2206               reliably from eggnog Ortholog database
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2210               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2211               to mark columns containing highlighted regions.
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2215               doesn't always add secondary structure annotation.
2216             </li>
2217           </ul>
2218         </div>
2219     <tr>
2220       <td width="60" nowrap>
2221         <div align="center">
2222           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2223         </div>
2224       </td>
2225       <td><div align="left">
2226           <em>General</em>
2227           <ul>
2228             <li>
2229               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2230               for all consensus calculations
2231             </li>
2232             <li>
2233               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2234               3rd Oct 2016)
2235             </li>
2236             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2237               for 2016-2017</li>
2238           </ul>
2239           <em>Application</em>
2240           <ul>
2241             <li>
2242               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2243               set of database cross-references, sorted alphabetically
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2247               from database cross references. Users with custom links
2248               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2249                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2250             </li>
2251             <li>
2252               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2253               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2254               Chimera session
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2258               the Chimera it is connected to is shut down
2259             </li>
2260             <li>
2261               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2262               columns menu item to mark columns containing highlighted
2263               regions (e.g. from structure selections or results of a
2264               Find operation)
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2268               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2269               MSAviewer
2270             </li>
2271           </ul>
2272         </div></td>
2273       <td>
2274         <div align="left">
2275           <em>General</em>
2276           <ul>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2279               are not coloured or thresholded according to percent
2280               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2284               hydrophobic
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2288               threshold, amino acid properties)
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2292               reported as mapped to residues in a structure file in the
2293               View Mapping report
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2297               could be added multiple times to a sequence
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2301               bond features shown as two highlighted residues rather
2302               than a range in linked structure views, and treated
2303               correctly when selecting and computing trees from features
2304             </li>
2305             <li>
2306               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2307               cross-references are matched to database name regardless
2308               of case
2309             </li>
2310
2311           </ul>
2312           <em>Application</em>
2313           <ul>
2314             <li>
2315               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2316               names without regular expressions also offer links from
2317               Sequence ID
2318             </li>
2319             <li>
2320               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2321               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2322               update Jalview configuration
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2326               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2330               files with similarly named sequences if dropped onto the
2331               alignment
2332             </li>
2333             <li>
2334               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2335               entries where more chains exist in the PDB accession than
2336               are reported in the SIFTS file
2337             </li>
2338             <li>
2339               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2340               the structure view when displayed with Chimera
2341             </li>
2342             <li>
2343               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2344               panel's View->Show Chains submenu
2345             </li>
2346             <li>
2347               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2348               work for wrapped alignment views
2349             </li>
2350             <li>
2351               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2352               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2353             </li>
2354             <li>
2355               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2356               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2357               first annotation row
2358             </li>
2359             <li>
2360               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2361               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2362             </li>
2363             <li>
2364               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2365               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2366             </li>
2367             <!-- JAL-2319 -->
2368             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2369             coordindate data
2370             </li>
2371           </ul>
2372           <!--           <em>New Known Issues</em>
2373           <ul>
2374             <li></li>
2375           </ul> -->
2376         </div>
2377       </td>
2378     </tr>
2379     <td width="60" nowrap>
2380       <div align="center">
2381         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2382           <em>25/10/2016</em></strong>
2383       </div>
2384     </td>
2385     <td><em>Application</em>
2386       <ul>
2387         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2388           view if structures already loaded</li>
2389         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2390           structure views</li>
2391       </ul></td>
2392     <td>
2393       <div align="left">
2394         <em>General</em>
2395         <ul>
2396           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2397             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2398           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2399             example sequences/projects/trees</li>
2400         </ul>
2401         <em>Application</em>
2402         <ul>
2403           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2404             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2405           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2406             without timeout for structures with multiple models or
2407             multiple sequences in alignment</li>
2408           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2409             PDB ID HEADER line</li>
2410           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2411             is performed</li>
2412           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2413             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2414           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2415           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2416             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2417             option</li>
2418           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2419             is created on the alignment</li>
2420           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2421             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2422             pop-up menu</li>
2423         </ul>
2424         <em>Build and deployment</em>
2425         <ul>
2426           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2427             tags</li>
2428         </ul>
2429         <em>New Known Issues</em>
2430         <ul>
2431           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2432             on Windows</li>
2433         </ul>
2434       </div>
2435     </td>
2436     </tr>
2437     <tr>
2438       <td width="60" nowrap>
2439         <div align="center">
2440           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2441         </div>
2442       </td>
2443       <td><em>General</em>
2444         <ul>
2445           <li>
2446             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2450             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2451             better PDB parsing.
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2455             reference sequence
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2459             mousing over sequence associated annotation
2460           </li>
2461           <li>
2462             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2463             for manual entry
2464           </li>
2465           <li>
2466             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2467             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2468             for each column
2469           </li>
2470           <li>
2471             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2472             showing or hiding columns containing a feature
2473           </li>
2474           <li>
2475             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2476             group and sequence associated annotation labels
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2480             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2481             dialogs
2482           </li>
2483
2484         </ul> <em>Application</em>
2485         <ul>
2486           <li>
2487             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2488             gene/transcript view
2489           </li>
2490           <li>
2491             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2492             dialog
2493           </li>
2494           <li>
2495             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2496             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2500             Pfam sources to xfam.org
2501           </li>
2502           <li>
2503             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2507             over sequences in Jalview
2508           </li>
2509           <li>
2510             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2511             regions in ENA and EMBL
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2515             for record retrieval via ENA rest API
2516           </li>
2517           <li>
2518             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2519             complement operator
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2523             groovy script execution
2524           </li>
2525           <li>
2526             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2527             alignment window's Calculate menu
2528           </li>
2529           <li>
2530             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2531             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2535             calculation workers from groovy scripts
2536           </li>
2537           <li>
2538             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2539             Jalview projects
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2543             associations are now saved/restored from project
2544           </li>
2545           <li>
2546             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2547             before sequence fetcher is opened
2548           </li>
2549           <li>
2550             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2551             database chooser opens a sequence fetcher
2552           </li>
2553           <li>
2554             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2555             the UniProt REST API
2556           </li>
2557           <li>
2558             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2559             the news reader opening
2560           </li>
2561           <li>
2562             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2563             querying stored in preferences
2564           </li>
2565           <li>
2566             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2567             search results
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2571           </li>
2572           <li>
2573             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2574             menu for nucleotide sequences
2575           </li>
2576           <li>
2577             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2578             and feature counts preserves alignment ordering (and
2579             debugged for complex feature sets).
2580           </li>
2581           <li>
2582             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2583             viewing structures with Jalview 2.10
2584           </li>
2585           <li>
2586             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2587             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2588             Ensembl Genomes REST API
2589           </li>
2590           <li>
2591             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2592             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2593             (Ensembl)
2594           </li>
2595           <li>
2596             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2597             sequences
2598           </li>
2599           <li>
2600             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2601             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2602             data from external database records.
2603           </li>
2604           <li>
2605             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2606             efficient recovery of sequence coding and alignment
2607             annotation relationships.
2608           </li>
2609         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2610         <ul>
2611           <li>
2612             -- JAL---
2613           </li>
2614         </ul> --></td>
2615       <td>
2616         <div align="left">
2617           <em>General</em>
2618           <ul>
2619             <li>
2620               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2621               menu on OSX
2622             </li>
2623             <li>
2624               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2625               includes graduated colourschemes
2626             </li>
2627             <li>
2628               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2629               working with big alignments and lots of hidden columns
2630             </li>
2631             <li>
2632               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2633               at right of alignment window
2634             </li>
2635             <li>
2636               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2637               contents
2638             </li>
2639             <li>
2640               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2641               for DNA alignments
2642             </li>
2643             <li>
2644               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2645               based tree calculation
2646             </li>
2647             <li>
2648               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2649               unconserved enabled for group on alignment
2650             </li>
2651             <li>
2652               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2653               set as reference
2654             </li>
2655             <li>
2656               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2657               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2658               annotation
2659             </li>
2660             <li>
2661               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2662               hidden columns present
2663             </li>
2664             <li>
2665               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2666               user created annotation added to alignment
2667             </li>
2668             <li>
2669               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2670               '()' base pair annotation
2671             </li>
2672             <li>
2673               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2674               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2675               Consensus
2676             </li>
2677             <li>
2678               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2679               feature not working
2680             </li>
2681             <li>
2682               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2683               beginning of sequence
2684             </li>
2685             <li>
2686               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2687               entry 3a6s
2688             </li>
2689             <li>
2690               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2691               from a tree when t-coffee scores are shown
2692             </li>
2693             <li>
2694               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2695               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2696             </li>
2697             <li>
2698               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2699               some structures
2700             </li>
2701             <li>
2702               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2703               to Clustal, PIR and PileUp output
2704             </li>
2705             <li>
2706               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2707               not visible causes alignment window to repaint
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2711               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2712               scores associated with features and annotation rows
2713             </li>
2714             <li>
2715               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2716               calculation should be case independent
2717             </li>
2718             <li>
2719               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2720               columns
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2724               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2725               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2726             </li>
2727             <li>
2728               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2729               problems when reference sequence defined and 'show
2730               non-conserved' enabled
2731             </li>
2732             <li>
2733               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2734               load even when Consensus calculation is disabled
2735             </li>
2736             <li>
2737               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2738               alignment does nothing
2739             </li>
2740           </ul>
2741           <em>Application</em>
2742           <ul>
2743             <li>
2744               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2745               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2746               yet fixed for El Capitan)
2747             </li>
2748             <li>
2749               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2750               output when running on non-gb/us i18n platforms
2751             </li>
2752             <li>
2753               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2754               hidden sequences as flat-file alignment
2755             </li>
2756             <li>
2757               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2758               launching Chimera
2759             </li>
2760             <li>
2761               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2762               (also hotfix for 2.9.0b2)
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2766               reference sequence defined
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2770               alignments and views when revealing hidden columns
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2774               view in a cDNA/Protein splitframe
2775             </li>
2776             <li>
2777               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2778               sequence from project when only one sequence is
2779               represented
2780             </li>
2781             <li>
2782               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2783               in Structure Chooser
2784             </li>
2785             <li>
2786               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2787               structure consensus didn't refresh annotation panel
2788             </li>
2789             <li>
2790               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2791               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2792             </li>
2793             <li>
2794               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2795               dialogs format columns correctly, don't display array
2796               data, sort columns according to type
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2800               file chooser is cancelled during an image export
2801             </li>
2802             <li>
2803               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2804               sequence name containing special characters
2805             </li>
2806             <li>
2807               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2808               case insensitive
2809             </li>
2810             <li>
2811               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2812               formatting don't wrap
2813             </li>
2814             <li>
2815               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2816               truncated so L looks like I in consensus annotation
2817             </li>
2818             <li>
2819               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2820               currently displayed features for the current selection or
2821               view
2822             </li>
2823             <li>
2824               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2825               after fetching cross-references, and restoring from
2826               project
2827             </li>
2828             <li>
2829               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2830               followed in the structure viewer
2831             </li>
2832             <li>
2833               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2834               splitframe not restored from project
2835             </li>
2836             <li>
2837               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2838               trailing end of protein alignment in transcript/product
2839               splitview when pad-gaps not enabled by default
2840             </li>
2841             <li>
2842               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2843               is case dependent
2844             </li>
2845             <li>
2846               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2847               article has been read (reopened issue due to
2848               internationalisation problems)
2849             </li>
2850             <li>
2851               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2852               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2853               cross-references
2854             </li>
2855
2856             <li>
2857               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2858               alignment as HTML
2859             </li>
2860             <li>
2861               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2862               multiple structures are shown for one or more sequences.
2863             </li>
2864             <li>
2865               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2866               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2867               is enabled.
2868             </li>
2869             <li>
2870               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2871               specific PDB id for sequence
2872             </li>
2873             <li>
2874               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2875               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2876               columns' is disabled.
2877             </li>
2878             <li>
2879               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2880               selects lowest rather than highest resolution structures
2881               for each sequence
2882             </li>
2883             <li>
2884               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2885               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2886             </li>
2887             <li>
2888               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2889               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2890             </li>
2891             <li>
2892               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2893               after clicking on it to create new annotation for a
2894               column.
2895             </li>
2896             <li>
2897               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2898               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2899             </li>
2900             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2901             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2902           </ul>
2903           <em>Applet</em>
2904           <ul>
2905             <li>
2906               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2907               hidden columns present before start of sequence
2908             </li>
2909             <li>
2910               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2911               (JSON jars)
2912             </li>
2913             <li>
2914               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2915               sequences are hidden in applet
2916             </li>
2917             <li>
2918               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2919               deployment on examples pages.
2920             </li>
2921           </ul>
2922         </div>
2923       </td>
2924     </tr>
2925     <tr>
2926       <td width="60" nowrap>
2927         <div align="center">
2928           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2929             <em>16/10/2015</em></strong>
2930         </div>
2931       </td>
2932       <td><em>General</em>
2933         <ul>
2934           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2935             jars</li>
2936         </ul></td>
2937       <td>
2938         <div align="left">
2939           <em>Application</em>
2940           <ul>
2941             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2942               shown when tree is partitioned</li>
2943             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2944               multiple cDNA/Protein split views</li>
2945           </ul>
2946         </div>
2947       </td>
2948     </tr>
2949     <tr>
2950       <td width="60" nowrap>
2951         <div align="center">
2952           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2953             <em>8/10/2015</em></strong>
2954         </div>
2955       </td>
2956       <td><em>General</em>
2957         <ul>
2958           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2959             2.9</li>
2960         </ul> <em>Application</em>
2961         <ul>
2962           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2963           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2964           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2965         </ul> <em>Applet</em>
2966         <ul>
2967           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2968         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2969         <ul>
2970           <li>
2971             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2972             suite
2973           </li>
2974         </ul></td>
2975       <td>
2976         <div align="left">
2977           <em>General</em>
2978           <ul>
2979             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2980               incorrect when sequence start > 1</li>
2981             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2982               documentation</li>
2983             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2984             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2985               loading a features file containing HTML tags in feature
2986               description</li>
2987
2988           </ul>
2989           <em>Application</em>
2990           <ul>
2991             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2992               reimport</li>
2993             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2994               with 'trim retrieved sequences'</li>
2995             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2996               deleting selected columns</li>
2997             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2998               JNLP templates for webstart launch</li>
2999             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
3000               unreleased structures for download or viewing</li>
3001             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
3002               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
3003             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
3004               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
3005             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
3006               recovered from jalview project</li>
3007             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
3008               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
3009               alignment view</li>
3010             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
3011               color schemes from BioJSON</li>
3012           </ul>
3013           <em>Applet</em>
3014           <ul>
3015             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
3016               frame</li>
3017             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
3018           </ul>
3019         </div>
3020       </td>
3021     </tr>
3022     <tr>
3023       <td><div align="center">
3024           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
3025         </div></td>
3026       <td><em>General</em>
3027         <ul>
3028           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
3029             alignments:
3030             <ul>
3031               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
3032                 and DNA alignment views</li>
3033               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
3034                 cDNA alignment views</li>
3035               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
3036                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
3037               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
3038                 protein sequences</li>
3039             </ul>
3040           </li>
3041           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
3042           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
3043             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
3044           <li>New alignment annotation file statements for
3045             reference sequences and marking hidden columns</li>
3046           <li>Reference sequence based alignment shading to
3047             highlight variation</li>
3048           <li>Select or hide columns according to alignment
3049             annotation</li>
3050           <li>Find option for locating sequences by description</li>
3051           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
3052             acid conservation row</li>
3053           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
3054         </ul> <em>Application</em>
3055         <ul>
3056           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
3057             <ul>
3058               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
3059                 view with cDNA/Protein</li>
3060               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
3061                 sequences are placed in the same alignment</li>
3062               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
3063                 projects</li>
3064             </ul>
3065           </li>
3066
3067           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
3068           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
3069             Jalview windows</li>
3070
3071           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
3072           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
3073           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
3074             be shown in VARNA</li>
3075
3076           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
3077             as the active selected region</li>
3078
3079           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
3080             similarity</li>
3081           <li>New Export options
3082             <ul>
3083               <li>New Export Settings dialog to control hidden
3084                 region export in flat file generation</li>
3085
3086               <li>Export alignment views for display with the <a
3087                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
3088
3089               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
3090               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
3091                 alignment figures to HTML</li>
3092           </li>
3093           <li>3D structure retrieval and display
3094             <ul>
3095               <li>Free text and structured queries with the PDBe
3096                 Search API</li>
3097               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
3098                 PDB structures for a sequence set</li>
3099             </ul>
3100           </li>
3101
3102           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
3103             predictions</li>
3104           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
3105             for one or a group of sequences</li>
3106           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
3107             from the JPred4 web server</li>
3108           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
3109             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
3110             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
3111           </li>
3112           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
3113             VARNA 2D Structure'</li>
3114           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
3115             Structure ..."</li>
3116
3117         </ul> <em>Applet</em>
3118         <ul>
3119           <li>New layout for applet example pages</li>
3120           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3121             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3122           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3123             Protein alignments</li>
3124         </ul> <em>Development and deployment</em>
3125         <ul>
3126           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3127           <li>Include installation type and git revision in build
3128             properties and console log output</li>
3129           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3130             storing BioJsMSA Templates</li>
3131           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3132         </ul></td>
3133       <td>
3134         <!-- <em>General</em>
3135         <ul>
3136         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3137         <ul>
3138           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3139           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3140           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3141             predictions are not highlighted in amber</li>
3142           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3143             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3144           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3145             associated structure views</li>
3146           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3147             width checkbox not enabled</li>
3148           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3149             creating user defined colours</li>
3150           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3151             mappings for just that viewer's sequences</li>
3152           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3153             multiple models in Chimera</li>
3154           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3155             over Jmol structure</li>
3156           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3157             output to text box</li>
3158           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3159             have incorrect sequence start/end</li>
3160           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3161             Jalview fails</li>
3162           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3163             work for nucleotide</li>
3164           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3165             to a grey/invisible alignment window</li>
3166           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3167             imports to different position</li>
3168           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3169             on some platforms</li>
3170           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3171             populated</li>
3172           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3173             console if Chimera has been opened</li>
3174           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3175           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3176             retrieved</li>
3177           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3178           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3179             either sequence shows on first structure</li>
3180           <li>'Show annotations' options should not make
3181             non-positional annotations visible</li>
3182           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3183             in right place after 'view flanking regions'</li>
3184           <li>File Save As type unset when current file format is
3185             unknown</li>
3186           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3187             projects</li>
3188           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3189             responsive</li>
3190           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3191             several views on same alignment</li>
3192           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3193           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3194             spaces</li>
3195         </ul> <em>Applet</em>
3196         <ul>
3197           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3198           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3199             descriptions containing angle brackets</li>
3200         </ul> <em>General</em>
3201         <ul>
3202           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3203             via jalview annotation file</li>
3204           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3205             with RNA secondary structure</li>
3206           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3207             translation doesn't work.</li>
3208           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3209           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3210             positions</li>
3211           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3212             choosing 1pt font</li>
3213           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3214             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3215             'h'</li>
3216           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3217             new feature</li>
3218           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3219             order dependent</li>
3220           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3221             sequences</li>
3222           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3223         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3224         <ul>
3225           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3226             www.jalview.org</li>
3227         </ul> <em>Application Known issues</em>
3228         <ul>
3229           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3230           <li>Misleading message appears after trying to delete
3231             solid column.</li>
3232           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3233             version launches</li>
3234           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3235             fails with a sequence mismatch</li>
3236           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3237             scrolling alignment to right</li>
3238           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3239             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3240           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3241             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3242           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3243             ultra-high resolution</li>
3244           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3245             quality and conservation</li>
3246           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3247             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3248         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3249         <ul>
3250           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3251           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3252             window is being resized</li>
3253
3254         </ul>
3255       </td>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td><div align="center">
3259           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3260         </div></td>
3261       <td><em>General</em>
3262         <ul>
3263           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3264             Certum.PL.</li>
3265           <li>Features and annotation preserved when performing
3266             pairwise alignment</li>
3267           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3268             imported/exported/displayed</li>
3269           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3270             protein secondary structure</li>
3271           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3272               post-hoc with 2.9 release</em>)
3273           </li>
3274
3275         </ul> <em>Application</em>
3276         <ul>
3277           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3278             with 3D structures</li>
3279           <li>Support for parsing RNAML</li>
3280           <li>Annotations menu for layout
3281             <ul>
3282               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3283               <li>place sequence annotation above/below alignment
3284                 annotation</li>
3285             </ul>
3286           <li>Output in Stockholm format</li>
3287           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3288             translation</li>
3289           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3290           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3291             shared between alignments</li>
3292           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3293             Jalview</li>
3294           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3295             all or current selection</li>
3296           <li>disorder and secondary structure predictions
3297             available as dataset annotation</li>
3298           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3299
3300
3301           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3302             alignments from Rfam</li>
3303           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3304
3305           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3306             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3307           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3308           <li>include installation type in build properties and
3309             console log output</li>
3310           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3311             annotation</li>
3312         </ul></td>
3313       <td>
3314         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3315         <ul>
3316           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3317             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3318           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3319             alignment</li>
3320           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3321           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3322           <li>Double click on sequence associated annotation
3323             selects only first column</li>
3324           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3325             leaves shown in tree</li>
3326           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3327             properly</li>
3328           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3329           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3330             screen and buttons not visible</li>
3331           <li>author list isn't updated if already written to
3332             Jalview properties</li>
3333           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3334             from database</li>
3335           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3336           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3337             browser search window</li>
3338           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3339             in feature settings dialog</li>
3340           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3341             desktop</li>
3342           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3343             pass validation</li>
3344           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3345             fit on screen</li>
3346           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3347             tooltip</li>
3348           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3349             defined user preset</li>
3350           <li>MSA web services warns user if they were launched
3351             with invalid input</li>
3352           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3353             Java 8</li>
3354           <li>
3355             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3356             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3357             created
3358           </li>
3359
3360         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3361         <ul>
3362         </ul> <em>General</em>
3363         <ul>
3364         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3365         <ul>
3366           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3367             memory allocation</li>
3368           <li>launchApp service doesn't automatically open
3369             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3370           <li>
3371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3372             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3373             1.7_055 is available
3374           </li>
3375         </ul> <em>Application Known issues</em>
3376         <ul>
3377           <li>
3378             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3379             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3380             alignment to right
3381           </li>
3382           <li>
3383             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3384             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3385             with large number of ID
3386           </li>
3387           <li>
3388             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3389             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3390             start/end
3391           </li>
3392           <li>
3393             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3394             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3395             structure tracks are rearranged
3396           </li>
3397           <li>
3398             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3399             invalid rna structure positional highlighting does not
3400             highlight position of invalid base pairs
3401           </li>
3402           <li>
3403             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3404             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3405             project from alignment window file menu
3406           </li>
3407           <li>
3408             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3409             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3410             structures
3411           </li>
3412           <li>
3413             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3414             colour by RNA Helices not enabled when user created
3415             annotation added to alignment
3416           </li>
3417           <li>
3418             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3419             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3420           </li>
3421         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3422         <ul>
3423           <li>
3424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3425             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3426           </li>
3427           <li>
3428             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3429             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3430           </li>
3431
3432           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3433             when selected</li>
3434         </ul>
3435       </td>
3436     </tr>
3437     <tr>
3438       <td><div align="center">
3439           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3440         </div></td>
3441       <td>
3442         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3443         <em>General</em>
3444         <ul>
3445           <li>Internationalisation of user interface (usually
3446             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3447           <li>Define/Undefine group on current selection with
3448             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3449           <li>Improved group creation/removal options in
3450             alignment/sequence Popup menu</li>
3451           <li>Sensible precision for symbol distribution
3452             percentages shown in logo tooltip.</li>
3453           <li>Annotation panel height set according to amount of
3454             annotation when alignment first opened</li>
3455         </ul> <em>Application</em>
3456         <ul>
3457           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3458             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3459           <li>Select columns containing particular features from
3460             Feature Settings dialog</li>
3461           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3462             sequences</li>
3463           <li>Update Jalview project format:
3464             <ul>
3465               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3466               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3467                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3468               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3469                 colouring</li>
3470             </ul>
3471           </li>
3472           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3473             (PAM250)</li>
3474           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3475             flanking regions for an alignment</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3482             running after job is cancelled</li>
3483           <li>cannot export features from alignments imported from
3484             Jalview/VAMSAS projects</li>
3485           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3486             float values</li>
3487           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3488             have 'display all symbols' flag set</li>
3489           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3490             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3491           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3492             Jalview</li>
3493           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3494             Lion/Webstart</li>
3495           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3496           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3497           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3498             alignment onto desktop</li>
3499           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3500             'extract scores' function</li>
3501           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3502             alignment window</li>
3503           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3504             performing IUPred disorder prediction</li>
3505           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3506             changing 'normalise logo' display setting</li>
3507           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3508             nothing matches query</li>
3509           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3510             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3511           </li>
3512           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3513             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3514           </li>
3515           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3516             Jalview's menu</li>
3517           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3518             'invalid literal/length code'</li>
3519           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3520             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3521           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3522             colourscheme</li>
3523
3524         </ul> <em>Applet</em>
3525         <ul>
3526           <li>Remove group option is shown even when selection is
3527             not a group</li>
3528           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3529             don't affect groups</li>
3530           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3531             colourscheme name</li>
3532           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3533             Annotation panel is not displayed</li>
3534           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3535             embedded windows</li>
3536         </ul> <em>Other</em>
3537         <ul>
3538           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3539             single sequence were not calculated</li>
3540           <li>annotation files that contain only groups imported as
3541             annotation and junk sequences</li>
3542           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3543             recognised as PFAM or BLC</li>
3544           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3545             doesn't affect background (2.8.0b1)
3546           <li></li>
3547           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3548           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3549             trailing gaps</li>
3550           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3551             registered correctly on import</li>
3552           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3553             certain alignments</li>
3554           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3555             existing annotation based 'use original colours'
3556             colourscheme loses original colours setting</li>
3557         </ul>
3558       </td>
3559     </tr>
3560     <tr>
3561       <td><div align="center">
3562           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3563             <em>30/1/2014</em></strong>
3564         </div></td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3568             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3569             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3570             open source project).
3571           </li>
3572           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3573           <li>Output in Stockholm format</li>
3574           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3575           <li>Export/import group and sequence associated line
3576             graph thresholds</li>
3577           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3578             ambiguity codes</li>
3579           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3580             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3581             works</li>
3582           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3583         </ul> <em>Other improvements</em>
3584         <ul>
3585           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3586           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3587             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3588           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3589             files</li>
3590           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3591           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3592             link but no description</li>
3593           <li>Select primary source when selecting authority in
3594             database fetcher GUI</li>
3595           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3596             Jalview</li>
3597           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600       <td>
3601         <ul>
3602           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3603             displayed</li>
3604           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3605             secondary structure annotation line</li>
3606           <li>Sequence database accessions not imported when
3607             fetching alignments from Rfam</li>
3608           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3609             identical IDs</li>
3610           <li>View all structures does not always superpose
3611             structures</li>
3612           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3613             reflect user or preset settings</li>
3614           <li>Null pointer exceptions for some services without
3615             presets or adjustable parameters</li>
3616           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3617             discover PDB xRefs</li>
3618           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3619             features with DAS</li>
3620           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3621             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3622           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3623             residue follows a gap</li>
3624           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3625             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3626           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3627             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3628           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3629             annotation already exists on alignment</li>
3630           <li>oninit javascript function should be called after
3631             initialisation completes</li>
3632           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3633             alignment window display</li>
3634           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3635           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3636             to annotation file</li>
3637           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3638             groups created</li>
3639           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3640             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3641           <li>Pressing return several times causes Number Format
3642             exceptions in keyboard mode</li>
3643           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3644             correct partitions for input data</li>
3645           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3646           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3647           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3648           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3649             mode</li>
3650           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3651             changes one row&#39;s threshold</li>
3652           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3653             doesn&#39;t open</li>
3654           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3655             quality histograms</li>
3656         </ul>
3657       </td>
3658     </tr>
3659     <tr>
3660       <td><div align="center">
3661           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3662         </div></td>
3663       <td><em>Application</em>
3664         <ul>
3665           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3666             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3667           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3668             preferences</li>
3669           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3670             in Jalview alignment window</li>
3671           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3672             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3673           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3674             RNA and ambiguity codes</li>
3675
3676           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3677           <li>Support fetching and database reference look up
3678             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3679             refs')</li>
3680           <li>Jalview project improvements
3681             <ul>
3682               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3683                 flag for annotation</li>
3684               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3685                 alignment</li>
3686               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3687                 Jalview project</li>
3688
3689             </ul>
3690           </li>
3691           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3692           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3693             running</li>
3694           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3695           <li>visual indication that web service results are still
3696             being retrieved from server</li>
3697           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3698             starts up for first time</li>
3699           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3700             services</li>
3701           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3702             client library</li>
3703           <li>Examples directory and Groovy library included in
3704             InstallAnywhere distribution</li>
3705         </ul> <em>Applet</em>
3706         <ul>
3707           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3708             visualization applet example</li>
3709         </ul> <em>General</em>
3710         <ul>
3711           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3712           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3713             defaults</li>
3714           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3715             calculation</li>
3716           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3717             matrices
3718           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3719             in HTML</li>
3720           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3721             structure contacts</li>
3722           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3723           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3724           <li>Parse sequence associated secondary structure
3725             information in Stockholm files</li>
3726           <li>HTML Export database accessions and annotation
3727             information presented in tooltip for sequences</li>
3728           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3729             style RNA alignment files</li>
3730           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3731             alignment</li>
3732           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3733             shade each sequence according to its associated alignment
3734             annotation</li>
3735           <li>New Jalview Logo</li>
3736         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3737         <ul>
3738           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3739           <li>New Website!</li>
3740         </ul></td>
3741       <td><em>Application</em>
3742         <ul>
3743           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3744             wsdbfetch REST service</li>
3745           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3746           <li>Filetype associations not installed for webstart
3747             launch</li>
3748           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3749             job execution in full once it is complete</li>
3750           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3751             uploaded via ali_file parameter</li>
3752           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3753           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3754           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3755             submitted for prediction</li>
3756           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3757             desktop window</li>
3758           <li>Putting fractional value into integer text box in
3759             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3760           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3761             windows 7</li>
3762           <li>View all structures fails with exception shown in
3763             structure view</li>
3764           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3765             escaped in a platform independent way</li>
3766           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3767             using proxy</li>
3768           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3769             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3770           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3771             failure when java web start temporary file caching is
3772             disabled</li>
3773           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3774             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3775           <li>Errors during processing of command line arguments
3776             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3777           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3778             DAS sources in sequence fetcher</li>
3779           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3780             dialog is shown</li>
3781           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3782           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3783           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3784           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3785             on OSX Mountain Lion</li>
3786           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3787             sequences with alignment annotation are pasted into the
3788             alignment</li>
3789           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3790             when loaded from Jalview project</li>
3791           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3792           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3793             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3794           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3795             associated with all views</li>
3796           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3797             annotation rows to new window</li>
3798         </ul> <em>Applet</em>
3799         <ul>
3800           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3801             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3802           <li>loading features via javascript API automatically
3803             enables feature display</li>
3804           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3805             work</li>
3806         </ul> <em>General</em>
3807         <ul>
3808           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3809           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3810             and then deselected</li>
3811           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3812           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3813             coloured with clustalx</li>
3814           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3815             exceptions and redraw errors</li>
3816           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3817             reconfigured view</li>
3818           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3819             colour</li>
3820           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3821             for lots of labels</li>
3822         </ul>
3823     </tr>
3824     <tr>
3825       <td>
3826         <div align="center">
3827           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3828         </div>
3829       </td>
3830       <td><em>Application</em>
3831         <ul>
3832           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3833           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3834           <li>View/alignment association menu to enable user to
3835             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3836             its colours/correspondences from</li>
3837           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3838           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3839             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3840           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3841           <li>Annotation row column label formatting attributes
3842             stored in project file</li>
3843           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3844             rows preserved in Jalview project file</li>
3845           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3846             saved using Desktop window menu</li>
3847           <li>Visual indication that command line arguments are
3848             still being processed</li>
3849           <li>Groovy script execution from URL</li>
3850           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3851             preferences</li>
3852           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3853             alignment with sequences that have high similarity and
3854             matching IDs</li>
3855           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3856           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3857             structures in same window</li>
3858           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3859           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3860             analysis function in its own submenu</li>
3861         </ul> <em>Applet</em>
3862         <ul>
3863           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3864             groups</li>
3865           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3866           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3867           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3868           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3869           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3870             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3871           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3872           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3873             parameters are treated as such</li>
3874           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3875             <ul>
3876               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3877               <li>Javascript callbacks for
3878                 <ul>
3879                   <li>Applet initialisation</li>
3880                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3881                 </ul>
3882               </li>
3883               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3884                 functions</li>
3885               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3886               <li>javascript structure viewer harness to pass
3887                 messages between Jmol and Jalview when running as
3888                 distinct applets</li>
3889               <li>sortBy method</li>
3890               <li>Set of applet and application examples shipped
3891                 with documentation</li>
3892               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3893                 javascript message exchange</li>
3894             </ul>
3895         </ul> <em>General</em>
3896         <ul>
3897           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3898             multiple alignments</li>
3899           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3900           <li>User configurable link to enable redirects to a
3901             www.Jalview.org mirror</li>
3902           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3903           <li>Configurable newline string when writing alignment
3904             and other flat files</li>
3905           <li>Allow alignment annotation description lines to
3906             contain html tags</li>
3907         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3908         <ul>
3909           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3910             examples</li>
3911           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3912             using a web service before displaying the result in the
3913             Jalview desktop</li>
3914           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3915           <li>Ant target to publish example html files with applet
3916             archive</li>
3917           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3918           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3919         </ul></td>
3920       <td><em>Application</em>
3921         <ul>
3922           <li>User defined colourscheme throws exception when
3923             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3924           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3925             dialog for valid filename/format</li>
3926           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3927           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3928             P37173</li>
3929           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3930             which sequence is to be associated with the file</li>
3931           <li>Find All raises null pointer exception when query
3932             only matches sequence IDs</li>
3933           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3934           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3935             2.4 cannot be loaded</li>
3936           <li>Filetype associations not installed for webstart
3937             launch</li>
3938           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3939             with sequences in different alignments do not get coloured
3940             by their associated sequence</li>
3941           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3942             not preserved when project is loaded</li>
3943           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3944             stored in Jalview project</li>
3945           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3946             Jalview project</li>
3947           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3948           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3949             by conservation</li>
3950           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3951             created on new view</li>
3952           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3953             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3954           <li>Alignment quality not updated after alignment
3955             annotation row is hidden then shown</li>
3956           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3957             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3958           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3959             properly</li>
3960           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3961             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3962           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3963           <li>Structures imported from file and saved in project
3964             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3965           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3966             job execution in full once it is complete</li>
3967         </ul> <em>Applet</em>
3968         <ul>
3969           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3970             annotation rows are displayed</li>
3971           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3972             codebase</li>
3973           <li>View follows highlighting does not work for positions
3974             in sequences</li>
3975           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3976           <li>Export features raises exception when no features
3977             exist</li>
3978           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3979             for javascript api is modified when separator string
3980             provided as parameter</li>
3981           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3982             alignment with no existing selection</li>
3983           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3984             to applet&#39;s codebase</li>
3985           <li>Status bar not updated after finished searching and
3986             search wraps around to first result</li>
3987           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3988             several Jalview applets causes race conditions and memory
3989             leaks</li>
3990           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3991             not sent from Jmol in applet</li>
3992           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3993             applet API fatally hang browser</li>
3994         </ul> <em>General</em>
3995         <ul>
3996           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3997             position with wrapped view and hidden regions</li>
3998           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3999             with/without hidden columns</li>
4000           <li>Sequence length given in alignment properties window
4001             is off by 1</li>
4002           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
4003             import PDB like structure files</li>
4004           <li>Positional search results are only highlighted
4005             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
4006           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
4007           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
4008             given sequence position</li>
4009           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
4010             output</li>
4011           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
4012             from nucleotide chains correctly</li>
4013           <li>Structure colours not updated when tree partition
4014             changed in alignment</li>
4015           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
4016             parsed in interleaved stockholm</li>
4017           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
4018             state</li>
4019           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
4020             properly</li>
4021           <li>Sequences containing lowercase letters are not
4022             properly associated with their pdb files</li>
4023         </ul> <em>Documentation and Development</em>
4024         <ul>
4025           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
4026             ApplyCopyright tool</li>
4027         </ul></td>
4028     </tr>
4029     <tr>
4030       <td>
4031         <div align="center">
4032           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
4033         </div>
4034       </td>
4035       <td><em>Application</em>
4036         <ul>
4037           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
4038             contact web services</li>
4039           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
4040             service job window</li>
4041           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
4042         </ul></td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
4046             pir file emitted by Jalview</li>
4047           <li>Existing feature settings transferred to new
4048             alignment view created from cut'n'paste</li>
4049           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
4050             parsing PDB files</li>
4051           <li>Consensus and conservation annotation rows
4052             occasionally become blank for all new windows</li>
4053           <li>Exception raised when right clicking above sequences
4054             in wrapped view mode</li>
4055         </ul> <em>Application</em>
4056         <ul>
4057           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
4058             usage to hit 100% and computer to hang</li>
4059           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
4060             parameter names</li>
4061           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
4062             is down</li>
4063         </ul>
4064       </td>
4065     </tr>
4066     <tr>
4067       <td>
4068         <div align="center">
4069           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
4070         </div>
4071       </td>
4072       <td><em>Application</em>
4073         <ul>
4074           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
4075             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
4076             (JABAWS)
4077           </li>
4078           <li>Web Services preference tab</li>
4079           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
4080             preferences</li>
4081           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
4082           <li>Superpose structures using associated sequence
4083             alignment</li>
4084           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
4085             viewer</li>
4086         </ul> <em>Applet</em>
4087         <ul>
4088           <li>enable javascript: execution by the applet via the
4089             link out mechanism</li>
4090         </ul> <em>Other</em>
4091         <ul>
4092           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
4093             series 12</li>
4094           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
4095             require Java 1.5</li>
4096           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
4097             sequence annotation files</li>
4098           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
4099             type colour specification</li>
4100           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
4101             script to check if it being run in an interactive session or
4102             in a batch operation from the Jalview command line</li>
4103         </ul></td>
4104       <td>
4105         <ul>
4106           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4107             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4108         </ul> <em>Application</em>
4109         <ul>
4110           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4111             selected Regions menu item</li>
4112           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
4113             part of a valid accession ID</li>
4114           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
4115             runs out of memory</li>
4116           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
4117             analysis results</li>
4118           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4119             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4120           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4121         </ul> <em>Applet</em>
4122         <ul>
4123           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4124             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4125             defined.</li>
4126         </ul>
4127       </td>
4128     </tr>
4129     <tr>
4130       <td>
4131         <div align="center">
4132           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4133         </div>
4134       </td>
4135       <td></td>
4136       <td>
4137         <ul>
4138           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4139             sequence IDs</li>
4140           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4141             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4142           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4143             import correctly</li>
4144           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4145             number of columns are hidden</li>
4146           <li>annotation label popup menu not providing correct
4147             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4148             present</li>
4149           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4150             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4151           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4152             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4153
4154         </ul> <em>Applet</em>
4155         <ul>
4156           <li>annotation panel disappears when annotation is
4157             hidden/removed</li>
4158         </ul> <em>Application</em>
4159         <ul>
4160           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4161             alignment opened where annotation panel is visible but no
4162             annotations are present on alignment</li>
4163           <li>pasted region containing hidden columns is
4164             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4165           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4166             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4167           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4168             selected Rregions menu item.</li>
4169           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4170             'Un' or 'Non'conserved</li>
4171           <li>Sequence feature settings are being shared by
4172             multiple distinct alignments</li>
4173           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4174             changed</li>
4175           <li>double click on group annotation to select sequences
4176             does not propagate to associated trees</li>
4177           <li>Mac OSX specific issues:
4178             <ul>
4179               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4180                 window background</li>
4181               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4182                 name set correctly</li>
4183               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4184                 save feature colourscheme button</li>
4185             </ul>
4186           </li>
4187         </ul>
4188       </td>
4189     </tr>
4190     <tr>
4191
4192       <td>
4193         <div align="center">
4194           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4195         </div>
4196       </td>
4197       <td><em>New Capabilities</em>
4198         <ul>
4199           <li>URL links generated from description line for
4200             regular-expression based URL links (applet and application)
4201
4202           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4203             menu</li>
4204           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4205             structures</li>
4206           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4207             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4208           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4209             average score or total feature count for each sequence.</li>
4210           <li>Shading features by score or associated description</li>
4211           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4212             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4213           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4214             hide everything but the currently selected region.</li>
4215           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4216         </ul> <em>Application</em>
4217         <ul>
4218           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4219             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4220           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4221             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4222           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4223             database references and protein_name is parsed as
4224             description line (BioSapiens terms).</li>
4225           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4226             references in sequence ID tooltip from View menu in
4227             application.</li>
4228           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4229       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4230           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4231             conservation plots</li>
4232           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4233             and visualized as sequence logos</li>
4234           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4235             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4236           </li>
4237           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4238             when a new tree is opened.</li>
4239           <li>Jalview Java Console</li>
4240           <li>Better placement of desktop window when moving
4241             between different screens.</li>
4242           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4243             consensus annotation</li>
4244           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4245             Workflows</li>
4246           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4247             <ul>
4248               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4249                 used to preserve views, structures, and tree display
4250                 settings)</li>
4251               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4252                 command line</li>
4253               <li>Sharing of selected regions between views and
4254                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4255               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4256             </ul></li>
4257         </ul> <em>Applet</em>
4258         <ul>
4259           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4260           <li>New Parameters
4261             <ul>
4262               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4263                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4264                 opened.</li>
4265               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4266                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4267               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4268                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4269               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4270                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4271                 view</li>
4272               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4273                 increase the height or width of a cell in the alignment
4274                 grid relative to the current font size.</li>
4275             </ul>
4276           </li>
4277           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4278             tooltip</li>
4279         </ul> <em>Other</em>
4280         <ul>
4281           <li>Features format: graduated colour definitions and
4282             specification of feature scores</li>
4283           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4284             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4285             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4286           <li>XML formats extended to support graduated feature
4287             colourschemes, group associated annotation, and profile
4288             visualization settings.</li></td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4292             rather than description</li>
4293           <li>Non-positional features are now included in sequence
4294             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4295             visibility in tooltip).</li>
4296           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4297           <li>Added URL embedding instructions to features file
4298             documentation.</li>
4299           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4300             'X' in peptide product</li>
4301           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4302             sequence ID and sequence string and query strings do not
4303             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4304           <li>AMSA files only contain first column of
4305             multi-character column annotation labels</li>
4306           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4307             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4308             exported and re-imported)</li>
4309           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4310             name</li>
4311           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4312             as subsequence matches, and correctly reports total number
4313             of both.</li>
4314           <li>Application:
4315             <ul>
4316               <li>Better handling of exceptions during sequence
4317                 retrieval</li>
4318               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4319                 link text excludes the start_end suffix</li>
4320               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4321                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4322               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4323               <li>Sequence description lines properly shared via
4324                 VAMSAS</li>
4325               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4326                 data sources</li>
4327               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4328                 completes before alignment figures are generated.</li>
4329               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4330                 first time.</li>
4331               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4332                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4333               <li>User defined group colours properly recovered
4334                 from Jalview projects.</li>
4335             </ul>
4336           </li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339
4340     </tr>
4341     <tr>
4342       <td>
4343         <div align="center">
4344           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4345         </div>
4346       </td>
4347       <td>
4348         <ul>
4349           <li>Experimental support for google analytics usage
4350             tracking.</li>
4351           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4352         </ul>
4353       </td>
4354       <td>
4355         <ul>
4356           <li>Race condition in applet preventing startup in
4357             jre1.6.0u12+.</li>
4358           <li>Exception when feature created from selection beyond
4359             length of sequence.</li>
4360           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4361           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4362             all sequences with a given id</li>
4363           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4364             ID string searches</li>
4365           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4366             alignment to fail with exception</li>
4367         </ul> <em>Application Issues</em>
4368         <ul>
4369           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4370           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4371             data sources</li>
4372         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4373         <ul>
4374           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4375             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4376           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4377             version (java class versioning error fixed)</li>
4378         </ul>
4379       </td>
4380     </tr>
4381     <tr>
4382       <td>
4383
4384         <div align="center">
4385           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4386         </div>
4387       </td>
4388       <td><em>User Interface</em>
4389         <ul>
4390           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4391             translation and protein products</li>
4392           <li>Linked highlighting of structure associated with
4393             residue mapping to codon position</li>
4394           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4395             and 'clear' button</li>
4396           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4397             Tools menu</li>
4398           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4399             numeric data in description line</li>
4400           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4401           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4402             of sequence</li>
4403         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4404         <ul>
4405           <li>JPred3 web service</li>
4406           <li>Prototype sequence search client (no public services
4407             available yet)</li>
4408           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4409             PFAM</li>
4410           <li>URL Links created for matching database cross
4411             references as well as sequence ID</li>
4412           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4413         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4414         <ul>
4415           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4416             databases</li>
4417           <li>Generalised database reference retrieval and
4418             validation to all fetchable databases</li>
4419           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4420             sequence command</li>
4421         </ul> <em>Import and Export</em>
4422         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4423         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4424           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4425         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4426           File</li>
4427         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4428           triplet as name of colourscheme</li>
4429         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4430         <ul>
4431           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4432           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4433             alignments (experimental)</li>
4434           <li>Create new or select existing session to join</li>
4435           <li>load and save of vamsas documents</li>
4436         </ul> <em>Application command line</em>
4437         <ul>
4438           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4439             from applet)</li>
4440           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4441             of DAS servers to query for alignment features</li>
4442           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4443             that are also automatically queried for features</li>
4444           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4445             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4446         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4447         <ul>
4448           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4449             application (when using &quot;View in full
4450             application&quot;)</li>
4451         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4452         <ul>
4453           <li>feature group display control parameter</li>
4454           <li>debug parameter</li>
4455           <li>showbutton parameter</li>
4456         </ul> <em>Applet API methods</em>
4457         <ul>
4458           <li>newView public method</li>
4459           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4460           <li>Feature display control methods</li>
4461           <li>get list of currently selected sequences</li>
4462         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4463         <ul>
4464           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4465           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4466             Jalview release.</li>
4467           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4468             property controls execution of obfuscator</li>
4469           <li>Build target for generating source distribution</li>
4470           <li>Debug flag for javacc</li>
4471           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4472             jalview.bin.Cache</li>
4473           <li>Continuous Build Integration for stable and
4474             development version of Application, Applet and source
4475             distribution</li>
4476         </ul></td>
4477       <td>
4478         <ul>
4479           <li>selected region output includes visible annotations
4480             (for certain formats)</li>
4481           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4482             for editing</li>
4483           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4484           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4485           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4486           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4487             comments</li>
4488           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4489             filenames containing a ':'</li>
4490           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4491             global sequence features</li>
4492           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4493             references from alignment sequences goes to zero</li>
4494           <li>Close of tree branch colour box without colour
4495             selection causes cascading exceptions</li>
4496           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4497           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4498             file parsing fails.</li>
4499           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4500           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4501             not a valid output format</li>
4502           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4503             vamsas</li>
4504           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4505           <li>error messages passed up and output when data read
4506             fails</li>
4507           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4508             sequence is edited</li>
4509           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4510             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4511           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4512             filetype</li>
4513           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4514             import fixed for PFAM records</li>
4515           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4516             window list</li>
4517           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4518             can be read and written correctly to annotation file</li>
4519           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4520             correctly</li>
4521           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4522             non-italic font for representatives in Applet</li>
4523           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4524             Macs.</li>
4525           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4526             Applet)</li>
4527           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4528             due to null pointer exceptions</li>
4529           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4530             first column of alignment</li>
4531           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4532             July 2008</li>
4533           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4534             file is case-insensitive</li>
4535           <li>Sequence features read from Features file appended to
4536             all sequences with matching IDs</li>
4537           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4538             containing a sub-sequence</li>
4539           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4540           <li>feature and annotation file applet parameters
4541             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4542           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4543           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4544             splash-screen version check to complete</li>
4545           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4546             when passing them to the launchApp service</li>
4547           <li>display name and local features preserved in results
4548             retrieved from web service</li>
4549           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4550             sequence fetcher initialisation</li>
4551           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4552             dasobert DAS client</li>
4553           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4554             association</li>
4555           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4556             sequences
4557           </li>
4558         </ul>
4559       </td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td>
4568         <ul>
4569           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4570           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4571           <li>Slide sequences</li>
4572           <li>Edit sequence in place</li>
4573           <li>EMBL CDS features</li>
4574           <li>DAS Feature mapping</li>
4575           <li>Feature ordering</li>
4576           <li>Alignment Properties</li>
4577           <li>Annotation Scores</li>
4578           <li>Sort by scores</li>
4579           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4580         </ul>
4581       </td>
4582       <td>
4583         <ul>
4584           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4585           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4586           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4587           <li>Feature group display state in XML</li>
4588           <li>Feature ordering in XML</li>
4589           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4590           <li>Stockholm alignment properties</li>
4591           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4592           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4593           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4594           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4595         </ul>
4596       </td>
4597
4598     </tr>
4599     <tr>
4600       <td>
4601         <div align="center">
4602           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4603         </div>
4604       </td>
4605       <td>
4606         <ul>
4607           <li>Non standard characters can be read and displayed
4608           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4609             applet via textbox
4610           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4611             name &amp; description
4612           <li>Preference setting to display sequence name in
4613             italics
4614           <li>Annotation file format extended to allow
4615             Sequence_groups to be defined
4616           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4617             specified in preferences
4618           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4619             sequences
4620         </ul>
4621       </td>
4622       <td>
4623         <ul>
4624           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4625             installed
4626           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4627           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4628         </ul>
4629       </td>
4630     </tr>
4631     <tr>
4632       <td>
4633         <div align="center">
4634           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4635         </div>
4636       </td>
4637       <td>
4638         <ul>
4639           <li>Multiple views on alignment
4640           <li>Sequence feature editing
4641           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4642           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4643           <li>Background dependent text colour
4644           <li>Right align sequence ids
4645           <li>User-defined lower case residue colours
4646           <li>Format Menu
4647           <li>Select Menu
4648           <li>Menu item accelerator keys
4649           <li>Control-V pastes to current alignment
4650           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4651           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4652           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4653
4654           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4655         </ul>
4656       </td>
4657       <td>
4658         <ul>
4659           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4660           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4661             calculations
4662           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4663             edits
4664           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4665             of alignment)
4666           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4667
4668           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4669             display correctly
4670           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4671           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4672             analysis results
4673           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4674             &#8739;
4675           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4676           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4677           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4678
4679         </ul>
4680       </td>
4681     </tr>
4682     <tr>
4683       <td>
4684         <div align="center">
4685           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4686         </div>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4691         </ul>
4692       </td>
4693       <td>
4694         <ul>
4695           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4696             sequence id panel has been resized</li>
4697           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4698             rendered</li>
4699           <li>Annotation files with sequence references - all
4700             elements in file are relative to sequence position</li>
4701           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4702         </ul>
4703       </td>
4704     </tr>
4705     <tr>
4706       <td>
4707         <div align="center">
4708           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4709         </div>
4710       </td>
4711       <td>
4712         <ul>
4713           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4714           <li>DAS Feature fetching</li>
4715           <li>Hide sequences and columns</li>
4716           <li>Export Annotations and Features</li>
4717           <li>GFF file reading / writing</li>
4718           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4719             files</li>
4720           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4721           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4722           <li>Applet can launch the full application</li>
4723           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4724             required)</li>
4725           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4726           <li>Applet can load sequences from parameter
4727             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4728           </li>
4729         </ul>
4730       </td>
4731       <td>
4732         <ul>
4733           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4734           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4735           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4736         </ul>
4737       </td>
4738     </tr>
4739     <tr>
4740       <td>
4741         <div align="center">
4742           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4743         </div>
4744       </td>
4745       <td>
4746         <ul>
4747           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4748           <li>Choose to match case when searching</li>
4749           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4750             expand the visible width and height of the alignment</li>
4751         </ul>
4752       </td>
4753       <td>
4754         <ul>
4755           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758     </tr>
4759     <tr>
4760       <td>
4761         <div align="center">
4762           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4763         </div>
4764       </td>
4765       <td>&nbsp;</td>
4766       <td>
4767         <ul>
4768           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4769           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4770             value</li>
4771         </ul>
4772       </td>
4773     </tr>
4774     <tr>
4775       <td>
4776         <div align="center">
4777           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4778         </div>
4779       </td>
4780       <td>
4781         <ul>
4782           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4783           <li>Keyboard editing</li>
4784           <li>Create sequence features from searches</li>
4785           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4786             alignments</li>
4787           <li>Features file allows grouping of features</li>
4788           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4789           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4790           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4791         </ul>
4792       </td>
4793       <td>
4794         <ul>
4795           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4796           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4797             descriptions saved.</li>
4798         </ul>
4799       </td>
4800     </tr>
4801     <tr>
4802       <td>
4803         <div align="center">
4804           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4805         </div>
4806       </td>
4807       <td>
4808         <ul>
4809           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4810           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4811           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4812             name for file output</li>
4813           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4814           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4815             used for HTML form input</li>
4816         </ul>
4817       </td>
4818       <td>
4819         <ul>
4820           <li>HTML output writes groups and features</li>
4821           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4822           <li>File IO bugs</li>
4823         </ul>
4824       </td>
4825     </tr>
4826     <tr>
4827       <td>
4828         <div align="center">
4829           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4830         </div>
4831       </td>
4832       <td>
4833         <ul>
4834           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4835           <li>More options for PCA viewer</li>
4836         </ul>
4837       </td>
4838       <td>
4839         <ul>
4840           <li>GUI bugs resolved</li>
4841           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4842         </ul>
4843       </td>
4844     </tr>
4845     <tr>
4846       <td height="63">
4847         <div align="center">
4848           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4849         </div>
4850       </td>
4851       <td>
4852         <ul>
4853           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4854           <li>Jar files are executable</li>
4855           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4856         </ul>
4857       </td>
4858       <td>
4859         <ul>
4860           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4861           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4862           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4863         </ul>
4864       </td>
4865     </tr>
4866     <tr>
4867       <td>
4868         <div align="center">
4869           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4870         </div>
4871       </td>
4872       <td>
4873         <ul>
4874           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4875         </ul>
4876       </td>
4877       <td>
4878         <ul>
4879           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4880         </ul>
4881       </td>
4882     </tr>
4883     <tr>
4884       <td>
4885         <div align="center">
4886           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4887         </div>
4888       </td>
4889       <td>
4890         <ul>
4891           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4892             size</li>
4893         </ul>
4894       </td>
4895       <td>
4896         <ul>
4897           <li>Improved JPred client reliability</li>
4898           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4899         </ul>
4900       </td>
4901     </tr>
4902     <tr>
4903       <td>
4904         <div align="center">
4905           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4906         </div>
4907       </td>
4908       <td>
4909         <ul>
4910           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4911           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4912           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4913             to Colour Menu</li>
4914           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4915           <li>Unix users can set default web browser</li>
4916           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4917           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4918         </ul>
4919       </td>
4920       <td>
4921         <ul>
4922           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4923         </ul>
4924       </td>
4925     </tr>
4926     <tr>
4927       <td>
4928         <div align="center">
4929           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4930         </div>
4931       </td>
4932       <td>&nbsp;</td>
4933       <td>
4934         <ul>
4935           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4936             alignment order.</li>
4937         </ul>
4938       </td>
4939     </tr>
4940     <tr>
4941       <td>
4942         <div align="center">
4943           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4944         </div>
4945       </td>
4946       <td>
4947         <ul>
4948           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4949           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4950           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4951             annotations.</li>
4952           <li>Version and build date written to build properties
4953             file.</li>
4954           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4955             at launch of Jalview.</li>
4956         </ul>
4957       </td>
4958       <td>
4959         <ul>
4960           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4961           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4962           <li>Can remove groups one by one.</li>
4963           <li>Filechooser icons installed.</li>
4964           <li>Finder ignores return character when searching.
4965             Return key will initiate a search.<br>
4966           </li>
4967         </ul>
4968       </td>
4969     </tr>
4970     <tr>
4971       <td>
4972         <div align="center">
4973           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4974         </div>
4975       </td>
4976       <td>
4977         <ul>
4978           <li>New codebase</li>
4979         </ul>
4980       </td>
4981       <td>&nbsp;</td>
4982     </tr>
4983   </table>
4984   <p>&nbsp;</p>
4985 </body>
4986 </html>