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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul>
 211         <em>Development and Release Processes</em>
 212         <ul>
 213                                         <li>
 214                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 215                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 216                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 217                                         </li>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 220                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 221                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 222                                                         Rings' GetDown</a>)
 223                                         </li>
 224                                         <li>
 225                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 226                                         </li>
 227                                         <li>
 228                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 229                                                 gradle-eclipse
 230                                         </li>
 231           <li>
 232           Atlassian Bamboo continuous integration for
 233             unattended Test Suite execution</li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 236             operations</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 239             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 240         </ul>
 241       </td>
 242     <td align="left" valign="top">
 243         <ul>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 248           <li>
 249             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 252             Jalview project involving multiple views</li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 255             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 256             Annotation dialog hides columns</li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 259             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 260             selection in one view, then making another selection in the
 261             other view</li>
 262           <li>
 263             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 266             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 269             or the overview updates with large alignments</li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 272             region if columns were selected by dragging right-to-left
 273             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 274             <li>
 275             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 276             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 279             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 282             on export as Jalview features file</li>
 283                                         <li>
 284                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 285                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 286                                         </li>
 287                                         <li>
 288             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 289             printed when columns are hidden</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 292           <li>
 293             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 294             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 301           <li>
 302             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 309             opening an alignment</li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 312           <li>
 313             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 314             different groups in the alignment are selected</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 339         </ul>
 340         <em>Editing</em>
 341         <ul>
 342           <li>
 343             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 344             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 345             via 'Edit' sequence</li>
 346           <li>
 347             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 348             sequence features correctly when start of sequence is
 349             removed (Known defect since 2.10)</li>
 350         </ul>
 351         <em>New Known Defects</em>
 352         <ul>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 355           <li>
 356             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 357           <li>
 358             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped columns within hidden columns</li>
 359         </ul>
 360       </td>
 361     </tr>
 362     <tr>
 363     <td width="60" nowrap>
 364       <div align="center">
 365         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 366       </div>
 367     </td>
 368     <td><div align="left">
 369         <em></em>
 370         <ul>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 373               InstallAnywhere increased to 1G.
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 377               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 378               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 379                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 380                 properties file.</em>
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 384               API and sequence data now imported as JSON.
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 388               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 389               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 390               property.
 391             </li>
 392           </ul>
 393           <em>Development</em>
 394           <ul>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 397               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 398                 Clover</a>
 399             </li>
 400           </ul>
 401         </div></td>
 402     <td><div align="left">
 403         <em></em>
 404         <ul>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 407               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 408               alignment.
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 412               annotation displayed.
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 416               for newly created group when 'Apply to all groups'
 417               selected
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 421               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 422               visible.
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 426               when sequences are selected in exported view.</em>
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 430               aren't rendered with correct colour.
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 434               types of knotted RNA secondary structure.
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 438               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 439               do not start at 1.
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 443               annotation when columns are inserted into an alignment,
 444               and when exporting as Stockholm flatfile.
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 448               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 449               treated as RNA secondary structure.
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 453               (not .jar) when saving a jalview project file.
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 457               transfers focus to previous window on OSX
 458             </li>
 459           </ul>
 460           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 464               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 465               box.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 469               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 470               'look and feel' which has improved compatibility with the
 471               latest version of OSX.
 472             </li>
 473           </ul>
 474         </div>
 475     </td>
 476     </tr>
 477     <tr>
 478       <td width="60" nowrap>
 479         <div align="center">
 480           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 481             <em>7/06/2018</em></strong>
 482         </div>
 483       </td>
 484       <td><div align="left">
 485           <em></em>
 486           <ul>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 489               annotation retrieved from Uniprot
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 493               onto the Jalview Desktop
 494             </li>
 495           </ul>
 496         </div></td>
 497       <td><div align="left">
 498           <em></em>
 499           <ul>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 502               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 506               right-hand column parsed correctly
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 510               not alignment area in exported graphic
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 514               window has input focus
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 518               annotation added to view (Windows)
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 522               network connectivity is poor
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 526               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 527                 the currently open URL and links from a page viewed in
 528                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 529                 you are using Edge, only links in the page can be
 530                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 531                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 532             </li>
 533           </ul>
 534         </div></td>
 535     </tr>
 536     <tr>
 537       <td width="60" nowrap>
 538         <div align="center">
 539           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 540         </div>
 541       </td>
 542       <td><div align="left">
 543           <em></em>
 544           <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 547               for disabling automatic superposition of multiple
 548               structures and open structures in existing views
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 552               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 553               adjust them.
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 557               Ensembl services
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 561               and lots of hidden columns
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 565               of features (particularly when transparency is disabled)
 566             </li>
 567           </ul>
 568           </div>
 569       </td>
 570       <td><div align="left">
 571           <ul>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 574               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 578               overlapping alignment panel
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 582               sequence as gaps
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 586               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 587               UTR
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 591               factor annotation not added to sequence when local PDB
 592               file associated with it by drag'n'drop or structure
 593               chooser
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 597               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 601               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 605               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 609               columns in annotation row
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 613               honored in batch mode
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 617               for structures added to existing Jmol view
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 621               entries after importing project with multiple views
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 625               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 626               with negative residue numbers or missing residues fails
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 630               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 631               as generated by CONSURF)
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 635               tooltip doesn't include a text description of mutation
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 639               structure and/or overview windows are also shown
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 643               very slow for alignments with large numbers of sequences
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 647               with 'StringIndexOutOfBounds'
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 651               platforms running Java 10
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 655               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 656             </li>
 657           </ul>
 658           <em>Applet</em>
 659           <ul>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 662               should copy the group consensus when popup is opened on it
 663             </li>
 664           </ul>
 665           <em>Batch Mode</em>
 666           <ul>
 667           <li>
 668             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 669           </li>
 670           </ul>
 671           <em>New Known Defects</em>
 672           <ul>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 675               editing a large alignment and overview is displayed
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 679               repeatedly after a series of edits even when the overview
 680               is no longer reflecting updates
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 684               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 685               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 686               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 687             </li>
 688           </ul>
 689         </div>
 690           </td>
 691     </tr>
 692     <tr>
 693       <td width="60" nowrap>
 694         <div align="center">
 695           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 696         </div>
 697       </td>
 698       <td><div align="left">
 699           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 700               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 701       <td><div align="left">
 702           <em>Desktop</em><ul>
 703           <ul>
 704             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 705             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 706             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 707             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 708             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 709             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 710             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 711           </ul>
 712           </div>
 713       </td>
 714     </tr>
 715     <tr>
 716       <td width="60" nowrap>
 717         <div align="center">
 718           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 719         </div>
 720       </td>
 721       <td><div align="left">
 722           <em></em>
 723           <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 726               rendering of sequence features
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 730               429 rate limit request hander
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 734               their colours have changed
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 738               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 742               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 746               view from Ensembl locus cross-references
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 750               Alignment report
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 754               feature can be disabled
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 758               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 762               Uniprot
 763             </li>
 764           </ul>
 765           <em>Scripting</em>
 766           <ul>
 767             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 768             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 769               percent identity scores for current alignment.</li>
 770           </ul>
 771           <em>Testing and Deployment</em>
 772           <ul>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 775             </li>
 776           </ul>
 777         </div></td>
 778       <td><div align="left">
 779           <em>General</em>
 780           <ul>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 783               threshold text field doesn't trigger an update to the
 784               alignment view
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 788               strings in parallel
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 792               alignment window is closed
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 796               group visibility
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 800               takes a long time in Cursor mode
 801             </li>
 802           </ul>
 803           <em>Desktop</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 807               cannot be viewed in Chimera
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 811               CDS/Protein view
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 815               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 816               Search Dialogs
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 826               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 830               scrolling right in unwapped alignment view
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 834               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 835               database
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 839               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 843               features of same type and group to be selected for
 844               amending
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 848               alignments when hidden columns are present
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 852               displaying several structures
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 856               moving a window
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 860               within the Jalview desktop on OSX
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 864               when in wrapped alignment mode
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 868               hand end of alignment
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 872               each selected sequence do not have correct start/end
 873               positions
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 877               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 881               restoring project until a new view is created
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 885               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 886               configured (since 2.10.2b2)
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 890               position is adjusted
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 894               in a multi-chain structure when viewing alignment
 895               involving more than one chain (since 2.10)
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 899               if new selection moves alignment window
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 903               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 907               that produces correctly annotated transcripts and products
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 911               doesn't update associated structure view
 912             </li>
 913           </ul>
 914           <em>Applet</em><br />
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 918               closing alignment panel
 919             </li>
 920           </ul>
 921           <em>BioJSON</em><br />
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 925               non-positional features
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>New Known Issues</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 932               sequence features correctly (for many previous versions of
 933               Jalview)
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 937               using cursor in wrapped panel other than top
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 941               graduated colour threshold
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 945               always preserve numbering and sequence features
 946             </li>
 947           </ul>
 948           <em>Known Java 9 Issues</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 952               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 953               9.01, OSX 10.10)
 954             </li>
 955           </ul>
 956         </div></td>
 957     </tr>
 958     <tr>
 959       <td width="60" nowrap>
 960         <div align="center">
 961           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 962             <em>2/10/2017</em></strong>
 963         </div>
 964       </td>
 965       <td><div align="left">
 966           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 970             </li>
 971             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 972             </li>
 973           </ul>
 974         </div></td>
 975       <td><div align="left">
 976         </div></td>
 977     </tr>
 978     <tr>
 979       <td width="60" nowrap>
 980         <div align="center">
 981           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 982             <em>7/9/2017</em></strong>
 983         </div>
 984       </td>
 985       <td><div align="left">
 986           <em></em>
 987           <ul>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 990               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 991               white)
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 995               Preferences
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 999               in size and progress bar shown as higher resolution
1000               overview is recalculated
1001             </li>
1002
1003           </ul>
1004         </div></td>
1005       <td><div align="left">
1006           <em></em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1010               column region row by row
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1014               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1018               format setting is unticked
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1022               if group has show boxes format setting unticked
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1026               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1027               include sequences and columns not currently displayed
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1031               assemblies are imported via CIF file
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1035               displayed when threshold or conservation colouring is also
1036               enabled.
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1040               server version
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1044               dragging a selected region off the visible region of the
1045               alignment
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1049               colourscheme to all groups in a view
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1053               initially after font size change using the Font chooser or
1054               middle-mouse zoom
1055             </li>
1056           </ul>
1057         </div></td>
1058     </tr>
1059     <tr>
1060       <td width="60" nowrap>
1061         <div align="center">
1062           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1063         </div>
1064       </td>
1065       <td><div align="left">
1066           <em>Calculations</em>
1067           <ul>
1068
1069             <li>
1070               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1071               ungapped positions in each column of the alignment.
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1075               a calculation dialog box
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1079               and memory efficiency (~30x faster)
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1083               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1084               and other calculations
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1088               files within the Jalview codebase
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1092               Similarity may have different topology due to increased
1093               precision
1094             </li>
1095           </ul>
1096           <em>Rendering</em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1100               model for alignments and groups
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1104               scripts
1105             </li>
1106           </ul>
1107           <em>Overview</em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1111               with alignment and overview windows
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1115               overview
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1119               omitted in Overview
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1123               adjustment of visible position
1124             </li>
1125           </ul>
1126
1127           <em>Data import/export</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1131               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1135               annotation input/output via stockholm flatfile
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1139               extension when importing structure files without embedded
1140               names or PDB accessions
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1144               format sequence substitution matrices
1145             </li>
1146           </ul>
1147           <em>User Interface</em>
1148           <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1151               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1152               the application.
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1156               via Overview or sequence motif search operations
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1160               opened by double clicking gaps within sequence feature
1161               extent
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1165               aligned positions were available to create a 3D structure
1166               superposition.
1167             </li>
1168           </ul>
1169           <em>3D Structure</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1173               coloured in linked structure views
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1177               file-based command exchange
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1181               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1182               structures are already available for sequences
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1186               the Jalview project rather than downloaded again when the
1187               project is reopened.
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1191               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1192               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1193                 Feature</strong>)
1194             </li>
1195           </ul>
1196           <em>Web Services</em>
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1203               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1204               Analysis services
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1208               cross-references provided by identifiers.org and the
1209               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1210             </li>
1211           </ul>
1212
1213           <em>Scripting</em>
1214           <ul>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1217               identifying file formats (instead of String constants)
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1221               efficiency when counting all displayed features (not
1222               backwards compatible with 2.10.1)
1223             </li>
1224           </ul>
1225           <em>Example files</em>
1226           <ul>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1229               included in the example feature file
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Documentation</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1236               with the built-in Java help viewer
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1240               sequence description' option
1241             </li>
1242           </ul>
1243           <em>Test Suite</em>
1244           <ul>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1247               Uniprot REST Free Text Search Client
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1254               during tests
1255             </li>
1256           </ul>
1257         </div></td>
1258       <td><div align="left">
1259           <em>Calculations</em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1263               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1264               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1265             </li>
1266             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1267               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1268               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1269               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1270               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1271               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1272               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1273               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1274               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1275               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1276               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1277               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1278               // for 2.10.1 mode <br />
1279               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1280               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1281                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1282                 calculations (not recommended)</em></li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1285               scaling of branch lengths for trees computed using
1286               Sequence Feature Similarity.
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1290               generating output report when working with highly
1291               redundant alignments
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1295               right of selected region when gaps present on right-hand
1296               boundary
1297             </li>
1298           </ul>
1299           <em>User Interface</em>
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1303               doesn't reselect a specific sequence's associated
1304               annotation after it was used for colouring a view
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1308               opened on a region of alignment without groups
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1312               of an alignment with overlapping groups
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1316               name and description match
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1320               hidden regions results in incorrect hidden regions
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1324               changing colour does not apply Conservation slider value
1325               to all groups
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1329               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1333               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1337               gaps before start of features
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1341               restored to UI when feature colour is edited
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1345               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1349               as graduate feature colour settings are modified via the
1350               dialog box
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1354               when a group defined on the alignment is resized
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1358               wrapped view result in positional status updates
1359             </li>
1360
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1363               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1367               alignment included gapped columns
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1371               widgets don't permanently disappear
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1375               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1376               T-Coffee column reliability scores)
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1380               sequence feature on gaps only
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1384               button from a Find inherit previously defined feature type
1385               rather than the Find query string
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1389               exporting tree calculated in Jalview
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1393               and then revealing them reorders sequences on the
1394               alignment
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1398               doesn't update to reflect available set of groups after
1399               interactively adding or modifying features
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1403               Linux
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1407               only excluded gaps in current sequence and ignored
1408               selection.
1409             </li>
1410           </ul>
1411           <em>Rendering</em>
1412           <ul>
1413             <li>
1414               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1415               erratically when hidden rows or columns are present
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1419               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1420               sequence colouring
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1424               colour and group colour menu for protein alignments
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1428               reflect currently selected view or group's shading
1429               thresholds
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1433               when rendered on overview and structures when opacity at
1434               100%
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1438               overview when features overlaid on alignment
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>Data import/export</em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1445               load
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1449               added after a sequence was imported are not written to
1450               Stockholm File
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1454               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1458               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1462               with lightGray or darkGray via features file (but can
1463               specify lightgray)
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1467               when alignment view imported from project
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1471               structure and sequences extracted from structure files
1472               imported via URL and viewed in Jmol
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1476               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1477               the project is loaded and the structure viewed
1478             </li>
1479           </ul>
1480           <em>Web Services</em>
1481           <ul>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1484               release of Ensembl v.88
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1488               appear enabled in Preferences->Connections
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1492               removed from console output
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1496               Ensembl by Peptide ID
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1500               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1501               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1502               due to 'null' string rather than empty string used for
1503               residues with no corresponding PDB mapping).
1504             </li>
1505           </ul>
1506           <em>Application UI</em>
1507           <ul>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1510               menu
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1514               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1515               new documentation and tooltips added)
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1519               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1523               new features are added to alignment
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1527               changes to feature colours via the Amend features dialog
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1531               edit graduated feature colour via amend features dialog
1532               box
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1536               selection menu changes colours of alignment views
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1540               from alignment calculation workers after alignment has
1541               been closed
1542             </li>
1543             <li>
1544               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1545               groups now 'Create Group'
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1549               Create/Undefine group doesn't always work
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1553               shown again after pressing 'Cancel'
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1557               adjusts start position in wrap mode
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1561               ambiguous amino acids
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1565               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1566               proteins
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1570               Defined' don't appear in Colours menu
1571             </li>
1572           </ul>
1573           <em>Applet</em>
1574           <ul>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1577               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1581               overview or linked structure view
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1585               work (since 2.8)
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1589               user-defined colourscheme doesn't restore original
1590               colourscheme
1591             </li>
1592           </ul>
1593           <em>Test Suite</em>
1594           <ul>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1597               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1601               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1602               problems with deep array comparison equality asserts in
1603               successive versions of TestNG
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1607               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1608             </li>
1609           </ul>
1610           <em>New Known Issues</em>
1611           <ul>
1612             <li>
1613               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1614               phase after a sequence motif find operation
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1618               containing just upper and lower case letters are
1619               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1623               reliably from eggnog Ortholog database
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1627               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1628               to mark columns containing highlighted regions.
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1632               doesn't always add secondary structure annotation.
1633             </li>
1634           </ul>
1635         </div>
1636     <tr>
1637       <td width="60" nowrap>
1638         <div align="center">
1639           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1640         </div>
1641       </td>
1642       <td><div align="left">
1643           <em>General</em>
1644           <ul>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1647               for all consensus calculations
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1651               3rd Oct 2016)
1652             </li>
1653             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1654               for 2016-2017</li>
1655           </ul>
1656           <em>Application</em>
1657           <ul>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1660               set of database cross-references, sorted alphabetically
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1664               from database cross references. Users with custom links
1665               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1666                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1670               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1671               Chimera session
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1675               the Chimera it is connected to is shut down
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1679               columns menu item to mark columns containing highlighted
1680               regions (e.g. from structure selections or results of a
1681               Find operation)
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1685               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1686               MSAviewer
1687             </li>
1688           </ul>
1689         </div></td>
1690       <td>
1691         <div align="left">
1692           <em>General</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1696               are not coloured or thresholded according to percent
1697               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1701               hydrophobic
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1705               threshold, amino acid properties)
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1709               reported as mapped to residues in a structure file in the
1710               View Mapping report
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1714               could be added multiple times to a sequence
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1718               bond features shown as two highlighted residues rather
1719               than a range in linked structure views, and treated
1720               correctly when selecting and computing trees from features
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1724               cross-references are matched to database name regardless
1725               of case
1726             </li>
1727
1728           </ul>
1729           <em>Application</em>
1730           <ul>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1733               names without regular expressions also offer links from
1734               Sequence ID
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1738               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1739               update Jalview configuration
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1743               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1747               files with similarly named sequences if dropped onto the
1748               alignment
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1752               entries where more chains exist in the PDB accession than
1753               are reported in the SIFTS file
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1757               the structure view when displayed with Chimera
1758             </li>
1759             <li>
1760               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1761               panel's View->Show Chains submenu
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1765               work for wrapped alignment views
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1769               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1773               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1774               first annotation row
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1778               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1782               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1783             </li>
1784             <!-- JAL-2319 -->
1785             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1786             coordindate data
1787             </li>
1788           </ul>
1789           <!--           <em>New Known Issues</em>
1790           <ul>
1791             <li></li>
1792           </ul> -->
1793         </div>
1794       </td>
1795     </tr>
1796     <td width="60" nowrap>
1797       <div align="center">
1798         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1799           <em>25/10/2016</em></strong>
1800       </div>
1801     </td>
1802     <td><em>Application</em>
1803       <ul>
1804         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1805           view if structures already loaded</li>
1806         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1807           structure views</li>
1808       </ul></td>
1809     <td>
1810       <div align="left">
1811         <em>General</em>
1812         <ul>
1813           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1814             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1815           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1816             example sequences/projects/trees</li>
1817         </ul>
1818         <em>Application</em>
1819         <ul>
1820           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1821             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1822           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1823             without timeout for structures with multiple models or
1824             multiple sequences in alignment</li>
1825           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1826             PDB ID HEADER line</li>
1827           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1828             is performed</li>
1829           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1830             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1831           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1832           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1833             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1834             option</li>
1835           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1836             is created on the alignment</li>
1837           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1838             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1839             pop-up menu</li>
1840         </ul>
1841         <em>Build and deployment</em>
1842         <ul>
1843           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1844             tags</li>
1845         </ul>
1846         <em>New Known Issues</em>
1847         <ul>
1848           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1849             on Windows</li>
1850         </ul>
1851       </div>
1852     </td>
1853     </tr>
1854     <tr>
1855       <td width="60" nowrap>
1856         <div align="center">
1857           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1858         </div>
1859       </td>
1860       <td><em>General</em>
1861         <ul>
1862           <li>
1863             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1864           </li>
1865           <li>
1866             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1867             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1868             better PDB parsing.
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1872             reference sequence
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1876             mousing over sequence associated annotation
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1880             for manual entry
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1884             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1885             for each column
1886           </li>
1887           <li>
1888             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1889             showing or hiding columns containing a feature
1890           </li>
1891           <li>
1892             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1893             group and sequence associated annotation labels
1894           </li>
1895           <li>
1896             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1897             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1898             dialogs
1899           </li>
1900
1901         </ul> <em>Application</em>
1902         <ul>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1905             gene/transcript view
1906           </li>
1907           <li>
1908             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1909             dialog
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1913             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1914           </li>
1915           <li>
1916             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1917             Pfam sources to xfam.org
1918           </li>
1919           <li>
1920             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1921           </li>
1922           <li>
1923             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1924             over sequences in Jalview
1925           </li>
1926           <li>
1927             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1928             regions in ENA and EMBL
1929           </li>
1930           <li>
1931             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1932             for record retrieval via ENA rest API
1933           </li>
1934           <li>
1935             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1936             complement operator
1937           </li>
1938           <li>
1939             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1940             groovy script execution
1941           </li>
1942           <li>
1943             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1944             alignment window's Calculate menu
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1948             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1952             calculation workers from groovy scripts
1953           </li>
1954           <li>
1955             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1956             Jalview projects
1957           </li>
1958           <li>
1959             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1960             associations are now saved/restored from project
1961           </li>
1962           <li>
1963             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1964             before sequence fetcher is opened
1965           </li>
1966           <li>
1967             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1968             database chooser opens a sequence fetcher
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1972             the UniProt REST API
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1976             the news reader opening
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1980             querying stored in preferences
1981           </li>
1982           <li>
1983             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1984             search results
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1991             menu for nucleotide sequences
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1995             and feature counts preserves alignment ordering (and
1996             debugged for complex feature sets).
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2000             viewing structures with Jalview 2.10
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2004             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2005             Ensembl Genomes REST API
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2009             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2010             (Ensembl)
2011           </li>
2012           <li>
2013             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2014             sequences
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2018             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2019             data from external database records.
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2023             efficient recovery of sequence coding and alignment
2024             annotation relationships.
2025           </li>
2026         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2027         <ul>
2028           <li>
2029             -- JAL---
2030           </li>
2031         </ul> --></td>
2032       <td>
2033         <div align="left">
2034           <em>General</em>
2035           <ul>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2038               menu on OSX
2039             </li>
2040             <li>
2041               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2042               includes graduated colourschemes
2043             </li>
2044             <li>
2045               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2046               working with big alignments and lots of hidden columns
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2050               at right of alignment window
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2054               contents
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2058               for DNA alignments
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2062               based tree calculation
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2066               unconserved enabled for group on alignment
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2070               set as reference
2071             </li>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2074               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2075               annotation
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2079               hidden columns present
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2083               user created annotation added to alignment
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2087               '()' base pair annotation
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2091               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2092               Consensus
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2096               feature not working
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2100               beginning of sequence
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2104               entry 3a6s
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2108               from a tree when t-coffee scores are shown
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2112               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2116               some structures
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2120               to Clustal, PIR and PileUp output
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2124               not visible causes alignment window to repaint
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2128               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2129               scores associated with features and annotation rows
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2133               calculation should be case independent
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2137               columns
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2141               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2142               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2143             </li>
2144             <li>
2145               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2146               problems when reference sequence defined and 'show
2147               non-conserved' enabled
2148             </li>
2149             <li>
2150               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2151               load even when Consensus calculation is disabled
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2155               alignment does nothing
2156             </li>
2157           </ul>
2158           <em>Application</em>
2159           <ul>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2162               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2163               yet fixed for El Capitan)
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2167               output when running on non-gb/us i18n platforms
2168             </li>
2169             <li>
2170               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2171               hidden sequences as flat-file alignment
2172             </li>
2173             <li>
2174               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2175               launching Chimera
2176             </li>
2177             <li>
2178               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2179               (also hotfix for 2.9.0b2)
2180             </li>
2181             <li>
2182               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2183               reference sequence defined
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2187               alignments and views when revealing hidden columns
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2191               view in a cDNA/Protein splitframe
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2195               sequence from project when only one sequence is
2196               represented
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2200               in Structure Chooser
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2204               structure consensus didn't refresh annotation panel
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2208               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2212               dialogs format columns correctly, don't display array
2213               data, sort columns according to type
2214             </li>
2215             <li>
2216               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2217               file chooser is cancelled during an image export
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2221               sequence name containing special characters
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2225               case insensitive
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2229               formatting don't wrap
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2233               truncated so L looks like I in consensus annotation
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2237               currently displayed features for the current selection or
2238               view
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2242               after fetching cross-references, and restoring from
2243               project
2244             </li>
2245             <li>
2246               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2247               followed in the structure viewer
2248             </li>
2249             <li>
2250               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2251               splitframe not restored from project
2252             </li>
2253             <li>
2254               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2255               trailing end of protein alignment in transcript/product
2256               splitview when pad-gaps not enabled by default
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2260               is case dependent
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2264               article has been read (reopened issue due to
2265               internationalisation problems)
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2269               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2270               cross-references
2271             </li>
2272
2273             <li>
2274               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2275               alignment as HTML
2276             </li>
2277             <li>
2278               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2279               multiple structures are shown for one or more sequences.
2280             </li>
2281             <li>
2282               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2283               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2284               is enabled.
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2288               specific PDB id for sequence
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2292               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2293               columns' is disabled.
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2297               selects lowest rather than highest resolution structures
2298               for each sequence
2299             </li>
2300             <li>
2301               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2302               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2303             </li>
2304             <li>
2305               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2306               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2307             </li>
2308             <li>
2309               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2310               after clicking on it to create new annotation for a
2311               column.
2312             </li>
2313             <li>
2314               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2315               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2316             </li>
2317             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2318             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2319           </ul>
2320           <em>Applet</em>
2321           <ul>
2322             <li>
2323               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2324               hidden columns present before start of sequence
2325             </li>
2326             <li>
2327               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2328               (JSON jars)
2329             </li>
2330             <li>
2331               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2332               sequences are hidden in applet
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2336               deployment on examples pages.
2337             </li>
2338           </ul>
2339         </div>
2340       </td>
2341     </tr>
2342     <tr>
2343       <td width="60" nowrap>
2344         <div align="center">
2345           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2346             <em>16/10/2015</em></strong>
2347         </div>
2348       </td>
2349       <td><em>General</em>
2350         <ul>
2351           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2352             jars</li>
2353         </ul></td>
2354       <td>
2355         <div align="left">
2356           <em>Application</em>
2357           <ul>
2358             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2359               shown when tree is partitioned</li>
2360             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2361               multiple cDNA/Protein split views</li>
2362           </ul>
2363         </div>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <tr>
2367       <td width="60" nowrap>
2368         <div align="center">
2369           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2370             <em>8/10/2015</em></strong>
2371         </div>
2372       </td>
2373       <td><em>General</em>
2374         <ul>
2375           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2376             2.9</li>
2377         </ul> <em>Application</em>
2378         <ul>
2379           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2380           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2381           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2382         </ul> <em>Applet</em>
2383         <ul>
2384           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2385         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2386         <ul>
2387           <li>
2388             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2389             suite
2390           </li>
2391         </ul></td>
2392       <td>
2393         <div align="left">
2394           <em>General</em>
2395           <ul>
2396             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2397               incorrect when sequence start > 1</li>
2398             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2399               documentation</li>
2400             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2401             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2402               loading a features file containing HTML tags in feature
2403               description</li>
2404
2405           </ul>
2406           <em>Application</em>
2407           <ul>
2408             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2409               reimport</li>
2410             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2411               with 'trim retrieved sequences'</li>
2412             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2413               deleting selected columns</li>
2414             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2415               JNLP templates for webstart launch</li>
2416             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2417               unreleased structures for download or viewing</li>
2418             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2419               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2420             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2421               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2422             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2423               recovered from jalview project</li>
2424             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2425               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2426               alignment view</li>
2427             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2428               color schemes from BioJSON</li>
2429           </ul>
2430           <em>Applet</em>
2431           <ul>
2432             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2433               frame</li>
2434             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2435           </ul>
2436         </div>
2437       </td>
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td><div align="center">
2441           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2442         </div></td>
2443       <td><em>General</em>
2444         <ul>
2445           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2446             alignments:
2447             <ul>
2448               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2449                 and DNA alignment views</li>
2450               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2451                 cDNA alignment views</li>
2452               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2453                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2454               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2455                 protein sequences</li>
2456             </ul>
2457           </li>
2458           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2459           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2460             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2461           <li>New alignment annotation file statements for
2462             reference sequences and marking hidden columns</li>
2463           <li>Reference sequence based alignment shading to
2464             highlight variation</li>
2465           <li>Select or hide columns according to alignment
2466             annotation</li>
2467           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2468           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2469             acid conservation row</li>
2470           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2471         </ul> <em>Application</em>
2472         <ul>
2473           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2474             <ul>
2475               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2476                 view with cDNA/Protein</li>
2477               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2478                 sequences are placed in the same alignment</li>
2479               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2480                 projects</li>
2481             </ul>
2482           </li>
2483
2484           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2485           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2486             Jalview windows</li>
2487
2488           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2489           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2490           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2491             be shown in VARNA</li>
2492
2493           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2494             as the active selected region</li>
2495
2496           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2497             similarity</li>
2498           <li>New Export options
2499             <ul>
2500               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2501                 region export in flat file generation</li>
2502
2503               <li>Export alignment views for display with the <a
2504                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2505
2506               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2507               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2508                 alignment figures to HTML</li>
2509           </li>
2510           <li>3D structure retrieval and display
2511             <ul>
2512               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2513                 Search API</li>
2514               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2515                 PDB structures for a sequence set</li>
2516             </ul>
2517           </li>
2518
2519           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2520             predictions</li>
2521           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2522             for one or a group of sequences</li>
2523           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2524             from the JPred4 web server</li>
2525           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2526             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2527             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2528           </li>
2529           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2530             VARNA 2D Structure'</li>
2531           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2532             Structure ..."</li>
2533
2534         </ul> <em>Applet</em>
2535         <ul>
2536           <li>New layout for applet example pages</li>
2537           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2538             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2539           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2540             Protein alignments</li>
2541         </ul> <em>Development and deployment</em>
2542         <ul>
2543           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2544           <li>Include installation type and git revision in build
2545             properties and console log output</li>
2546           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2547             storing BioJsMSA Templates</li>
2548           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2549         </ul></td>
2550       <td>
2551         <!-- <em>General</em>
2552         <ul>
2553         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2554         <ul>
2555           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2556           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2557           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2558             predictions are not highlighted in amber</li>
2559           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2560             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2561           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2562             associated structure views</li>
2563           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2564             width checkbox not enabled</li>
2565           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2566             creating user defined colours</li>
2567           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2568             mappings for just that viewer's sequences</li>
2569           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2570             multiple models in Chimera</li>
2571           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2572             over Jmol structure</li>
2573           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2574             output to text box</li>
2575           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2576             have incorrect sequence start/end</li>
2577           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2578             Jalview fails</li>
2579           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2580             work for nucleotide</li>
2581           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2582             to a grey/invisible alignment window</li>
2583           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2584             imports to different position</li>
2585           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2586             on some platforms</li>
2587           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2588             populated</li>
2589           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2590             console if Chimera has been opened</li>
2591           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2592           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2593             retrieved</li>
2594           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2595           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2596             either sequence shows on first structure</li>
2597           <li>'Show annotations' options should not make
2598             non-positional annotations visible</li>
2599           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2600             in right place after 'view flanking regions'</li>
2601           <li>File Save As type unset when current file format is
2602             unknown</li>
2603           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2604             projects</li>
2605           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2606             responsive</li>
2607           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2608             several views on same alignment</li>
2609           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2610           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2611             spaces</li>
2612         </ul> <em>Applet</em>
2613         <ul>
2614           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2615           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2616             descriptions containing angle brackets</li>
2617         </ul> <em>General</em>
2618         <ul>
2619           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2620             via jalview annotation file</li>
2621           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2622             with RNA secondary structure</li>
2623           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2624             translation doesn't work.</li>
2625           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2626           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2627             positions</li>
2628           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2629             choosing 1pt font</li>
2630           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2631             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2632             'h'</li>
2633           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2634             new feature</li>
2635           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2636             order dependent</li>
2637           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2638             sequences</li>
2639           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2640         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2641         <ul>
2642           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2643             www.jalview.org</li>
2644         </ul> <em>Application Known issues</em>
2645         <ul>
2646           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2647           <li>Misleading message appears after trying to delete
2648             solid column.</li>
2649           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2650             version launches</li>
2651           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2652             fails with a sequence mismatch</li>
2653           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2654             scrolling alignment to right</li>
2655           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2656             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2657           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2658             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2659           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2660             ultra-high resolution</li>
2661           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2662             quality and conservation</li>
2663           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2664             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2665         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2666         <ul>
2667           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2668           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2669             window is being resized</li>
2670
2671         </ul>
2672       </td>
2673     </tr>
2674     <tr>
2675       <td><div align="center">
2676           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2677         </div></td>
2678       <td><em>General</em>
2679         <ul>
2680           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2681             Certum.PL.</li>
2682           <li>Features and annotation preserved when performing
2683             pairwise alignment</li>
2684           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2685             imported/exported/displayed</li>
2686           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2687             protein secondary structure</li>
2688           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2689               post-hoc with 2.9 release</em>)
2690           </li>
2691
2692         </ul> <em>Application</em>
2693         <ul>
2694           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2695             with 3D structures</li>
2696           <li>Support for parsing RNAML</li>
2697           <li>Annotations menu for layout
2698             <ul>
2699               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2700               <li>place sequence annotation above/below alignment
2701                 annotation</li>
2702             </ul>
2703           <li>Output in Stockholm format</li>
2704           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2705             translation</li>
2706           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2707           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2708             shared between alignments</li>
2709           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2710             Jalview</li>
2711           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2712             all or current selection</li>
2713           <li>disorder and secondary structure predictions
2714             available as dataset annotation</li>
2715           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2716
2717
2718           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2719             alignments from Rfam</li>
2720           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2721
2722           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2723             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2724           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2725           <li>include installation type in build properties and
2726             console log output</li>
2727           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2728             annotation</li>
2729         </ul></td>
2730       <td>
2731         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2732         <ul>
2733           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2734             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2735           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2736             alignment</li>
2737           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2738           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2739           <li>Double click on sequence associated annotation
2740             selects only first column</li>
2741           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2742             leaves shown in tree</li>
2743           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2744             properly</li>
2745           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2746           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2747             screen and buttons not visible</li>
2748           <li>author list isn't updated if already written to
2749             Jalview properties</li>
2750           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2751             from database</li>
2752           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2753           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2754             browser search window</li>
2755           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2756             in feature settings dialog</li>
2757           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2758             desktop</li>
2759           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2760             pass validation</li>
2761           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2762             fit on screen</li>
2763           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2764             tooltip</li>
2765           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2766             defined user preset</li>
2767           <li>MSA web services warns user if they were launched
2768             with invalid input</li>
2769           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2770             Java 8</li>
2771           <li>
2772             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2773             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2774             created
2775           </li>
2776
2777         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2778         <ul>
2779         </ul> <em>General</em>
2780         <ul>
2781         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2782         <ul>
2783           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2784             memory allocation</li>
2785           <li>launchApp service doesn't automatically open
2786             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2787           <li>
2788             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2789             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2790             1.7_055 is available
2791           </li>
2792         </ul> <em>Application Known issues</em>
2793         <ul>
2794           <li>
2795             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2796             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2797             alignment to right
2798           </li>
2799           <li>
2800             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2801             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2802             with large number of ID
2803           </li>
2804           <li>
2805             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2806             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2807             start/end
2808           </li>
2809           <li>
2810             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2811             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2812             structure tracks are rearranged
2813           </li>
2814           <li>
2815             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2816             invalid rna structure positional highlighting does not
2817             highlight position of invalid base pairs
2818           </li>
2819           <li>
2820             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2821             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2822             project from alignment window file menu
2823           </li>
2824           <li>
2825             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2826             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2827             structures
2828           </li>
2829           <li>
2830             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2831             colour by RNA Helices not enabled when user created
2832             annotation added to alignment
2833           </li>
2834           <li>
2835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2836             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2837           </li>
2838         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2839         <ul>
2840           <li>
2841             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2842             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2843           </li>
2844           <li>
2845             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2846             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2847           </li>
2848
2849           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2850             when selected</li>
2851         </ul>
2852       </td>
2853     </tr>
2854     <tr>
2855       <td><div align="center">
2856           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2857         </div></td>
2858       <td>
2859         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2860         <em>General</em>
2861         <ul>
2862           <li>Internationalisation of user interface (usually
2863             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2864           <li>Define/Undefine group on current selection with
2865             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2866           <li>Improved group creation/removal options in
2867             alignment/sequence Popup menu</li>
2868           <li>Sensible precision for symbol distribution
2869             percentages shown in logo tooltip.</li>
2870           <li>Annotation panel height set according to amount of
2871             annotation when alignment first opened</li>
2872         </ul> <em>Application</em>
2873         <ul>
2874           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2875             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2876           <li>Select columns containing particular features from
2877             Feature Settings dialog</li>
2878           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2879             sequences</li>
2880           <li>Update Jalview project format:
2881             <ul>
2882               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2883               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2884                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2885               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2886                 colouring</li>
2887             </ul>
2888           </li>
2889           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2890             (PAM250)</li>
2891           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2892             flanking regions for an alignment</li>
2893         </ul>
2894       </td>
2895       <td>
2896         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2897         <ul>
2898           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2899             running after job is cancelled</li>
2900           <li>cannot export features from alignments imported from
2901             Jalview/VAMSAS projects</li>
2902           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2903             float values</li>
2904           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2905             have 'display all symbols' flag set</li>
2906           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2907             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2908           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2909             Jalview</li>
2910           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2911             Lion/Webstart</li>
2912           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2913           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2914           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2915             alignment onto desktop</li>
2916           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2917             'extract scores' function</li>
2918           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2919             alignment window</li>
2920           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2921             performing IUPred disorder prediction</li>
2922           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2923             changing 'normalise logo' display setting</li>
2924           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2925             nothing matches query</li>
2926           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2927             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2928           </li>
2929           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2930             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2931           </li>
2932           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2933             Jalview's menu</li>
2934           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2935             'invalid literal/length code'</li>
2936           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2937             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2938           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2939             colourscheme</li>
2940
2941         </ul> <em>Applet</em>
2942         <ul>
2943           <li>Remove group option is shown even when selection is
2944             not a group</li>
2945           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2946             don't affect groups</li>
2947           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2948             colourscheme name</li>
2949           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2950             Annotation panel is not displayed</li>
2951           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2952             embedded windows</li>
2953         </ul> <em>Other</em>
2954         <ul>
2955           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2956             single sequence were not calculated</li>
2957           <li>annotation files that contain only groups imported as
2958             annotation and junk sequences</li>
2959           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2960             recognised as PFAM or BLC</li>
2961           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2962             doesn't affect background (2.8.0b1)
2963           <li></li>
2964           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2965           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2966             trailing gaps</li>
2967           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2968             registered correctly on import</li>
2969           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2970             certain alignments</li>
2971           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2972             existing annotation based 'use original colours'
2973             colourscheme loses original colours setting</li>
2974         </ul>
2975       </td>
2976     </tr>
2977     <tr>
2978       <td><div align="center">
2979           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2980             <em>30/1/2014</em></strong>
2981         </div></td>
2982       <td>
2983         <ul>
2984           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2985             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2986             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2987             open source project).
2988           </li>
2989           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2990           <li>Output in Stockholm format</li>
2991           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2992           <li>Export/import group and sequence associated line
2993             graph thresholds</li>
2994           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2995             ambiguity codes</li>
2996           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2997             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2998             works</li>
2999           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3000         </ul> <em>Other improvements</em>
3001         <ul>
3002           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3003           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3004             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3005           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3006             files</li>
3007           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3008           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3009             link but no description</li>
3010           <li>Select primary source when selecting authority in
3011             database fetcher GUI</li>
3012           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3013             Jalview</li>
3014           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3015         </ul>
3016       </td>
3017       <td>
3018         <ul>
3019           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3020             displayed</li>
3021           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3022             secondary structure annotation line</li>
3023           <li>Sequence database accessions not imported when
3024             fetching alignments from Rfam</li>
3025           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3026             identical IDs</li>
3027           <li>View all structures does not always superpose
3028             structures</li>
3029           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3030             reflect user or preset settings</li>
3031           <li>Null pointer exceptions for some services without
3032             presets or adjustable parameters</li>
3033           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3034             discover PDB xRefs</li>
3035           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3036             features with DAS</li>
3037           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3038             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3039           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3040             residue follows a gap</li>
3041           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3042             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3043           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3044             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3045           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3046             annotation already exists on alignment</li>
3047           <li>oninit javascript function should be called after
3048             initialisation completes</li>
3049           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3050             alignment window display</li>
3051           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3052           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3053             to annotation file</li>
3054           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3055             groups created</li>
3056           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3057             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3058           <li>Pressing return several times causes Number Format
3059             exceptions in keyboard mode</li>
3060           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3061             correct partitions for input data</li>
3062           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3063           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3064           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3065           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3066             mode</li>
3067           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3068             changes one row&#39;s threshold</li>
3069           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3070             doesn&#39;t open</li>
3071           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3072             quality histograms</li>
3073         </ul>
3074       </td>
3075     </tr>
3076     <tr>
3077       <td><div align="center">
3078           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3079         </div></td>
3080       <td><em>Application</em>
3081         <ul>
3082           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3083             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3084           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3085             preferences</li>
3086           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3087             in Jalview alignment window</li>
3088           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3089             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3090           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3091             RNA and ambiguity codes</li>
3092
3093           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3094           <li>Support fetching and database reference look up
3095             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3096             refs')</li>
3097           <li>Jalview project improvements
3098             <ul>
3099               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3100                 flag for annotation</li>
3101               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3102                 alignment</li>
3103               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3104                 Jalview project</li>
3105
3106             </ul>
3107           </li>
3108           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3109           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3110             running</li>
3111           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3112           <li>visual indication that web service results are still
3113             being retrieved from server</li>
3114           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3115             starts up for first time</li>
3116           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3117             services</li>
3118           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3119             client library</li>
3120           <li>Examples directory and Groovy library included in
3121             InstallAnywhere distribution</li>
3122         </ul> <em>Applet</em>
3123         <ul>
3124           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3125             visualization applet example</li>
3126         </ul> <em>General</em>
3127         <ul>
3128           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3129           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3130             defaults</li>
3131           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3132             calculation</li>
3133           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3134             matrices
3135           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3136             in HTML</li>
3137           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3138             structure contacts</li>
3139           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3140           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3141           <li>Parse sequence associated secondary structure
3142             information in Stockholm files</li>
3143           <li>HTML Export database accessions and annotation
3144             information presented in tooltip for sequences</li>
3145           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3146             style RNA alignment files</li>
3147           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3148             alignment</li>
3149           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3150             shade each sequence according to its associated alignment
3151             annotation</li>
3152           <li>New Jalview Logo</li>
3153         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3154         <ul>
3155           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3156           <li>New Website!</li>
3157         </ul></td>
3158       <td><em>Application</em>
3159         <ul>
3160           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3161             wsdbfetch REST service</li>
3162           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3163           <li>Filetype associations not installed for webstart
3164             launch</li>
3165           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3166             job execution in full once it is complete</li>
3167           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3168             uploaded via ali_file parameter</li>
3169           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3170           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3171           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3172             submitted for prediction</li>
3173           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3174             desktop window</li>
3175           <li>Putting fractional value into integer text box in
3176             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3177           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3178             windows 7</li>
3179           <li>View all structures fails with exception shown in
3180             structure view</li>
3181           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3182             escaped in a platform independent way</li>
3183           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3184             using proxy</li>
3185           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3186             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3187           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3188             failure when java web start temporary file caching is
3189             disabled</li>
3190           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3191             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3192           <li>Errors during processing of command line arguments
3193             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3194           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3195             DAS sources in sequence fetcher</li>
3196           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3197             dialog is shown</li>
3198           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3199           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3200           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3201           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3202             on OSX Mountain Lion</li>
3203           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3204             sequences with alignment annotation are pasted into the
3205             alignment</li>
3206           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3207             when loaded from Jalview project</li>
3208           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3209           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3210             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3211           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3212             associated with all views</li>
3213           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3214             annotation rows to new window</li>
3215         </ul> <em>Applet</em>
3216         <ul>
3217           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3218             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3219           <li>loading features via javascript API automatically
3220             enables feature display</li>
3221           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3222             work</li>
3223         </ul> <em>General</em>
3224         <ul>
3225           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3226           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3227             and then deselected</li>
3228           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3229           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3230             coloured with clustalx</li>
3231           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3232             exceptions and redraw errors</li>
3233           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3234             reconfigured view</li>
3235           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3236             colour</li>
3237           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3238             for lots of labels</li>
3239         </ul>
3240     </tr>
3241     <tr>
3242       <td>
3243         <div align="center">
3244           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3245         </div>
3246       </td>
3247       <td><em>Application</em>
3248         <ul>
3249           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3250           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3251           <li>View/alignment association menu to enable user to
3252             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3253             its colours/correspondences from</li>
3254           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3255           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3256             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3257           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3258           <li>Annotation row column label formatting attributes
3259             stored in project file</li>
3260           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3261             rows preserved in Jalview project file</li>
3262           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3263             saved using Desktop window menu</li>
3264           <li>Visual indication that command line arguments are
3265             still being processed</li>
3266           <li>Groovy script execution from URL</li>
3267           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3268             preferences</li>
3269           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3270             alignment with sequences that have high similarity and
3271             matching IDs</li>
3272           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3273           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3274             structures in same window</li>
3275           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3276           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3277             analysis function in its own submenu</li>
3278         </ul> <em>Applet</em>
3279         <ul>
3280           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3281             groups</li>
3282           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3283           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3284           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3285           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3286           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3287             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3288           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3289           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3290             parameters are treated as such</li>
3291           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3292             <ul>
3293               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3294               <li>Javascript callbacks for
3295                 <ul>
3296                   <li>Applet initialisation</li>
3297                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3298                 </ul>
3299               </li>
3300               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3301                 functions</li>
3302               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3303               <li>javascript structure viewer harness to pass
3304                 messages between Jmol and Jalview when running as
3305                 distinct applets</li>
3306               <li>sortBy method</li>
3307               <li>Set of applet and application examples shipped
3308                 with documentation</li>
3309               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3310                 javascript message exchange</li>
3311             </ul>
3312         </ul> <em>General</em>
3313         <ul>
3314           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3315             multiple alignments</li>
3316           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3317           <li>User configurable link to enable redirects to a
3318             www.Jalview.org mirror</li>
3319           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3320           <li>Configurable newline string when writing alignment
3321             and other flat files</li>
3322           <li>Allow alignment annotation description lines to
3323             contain html tags</li>
3324         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3325         <ul>
3326           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3327             examples</li>
3328           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3329             using a web service before displaying the result in the
3330             Jalview desktop</li>
3331           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3332           <li>Ant target to publish example html files with applet
3333             archive</li>
3334           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3335           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3336         </ul></td>
3337       <td><em>Application</em>
3338         <ul>
3339           <li>User defined colourscheme throws exception when
3340             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3341           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3342             dialog for valid filename/format</li>
3343           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3344           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3345             P37173</li>
3346           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3347             which sequence is to be associated with the file</li>
3348           <li>Find All raises null pointer exception when query
3349             only matches sequence IDs</li>
3350           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3351           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3352             2.4 cannot be loaded</li>
3353           <li>Filetype associations not installed for webstart
3354             launch</li>
3355           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3356             with sequences in different alignments do not get coloured
3357             by their associated sequence</li>
3358           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3359             not preserved when project is loaded</li>
3360           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3361             stored in Jalview project</li>
3362           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3363             Jalview project</li>
3364           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3365           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3366             by conservation</li>
3367           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3368             created on new view</li>
3369           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3370             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3371           <li>Alignment quality not updated after alignment
3372             annotation row is hidden then shown</li>
3373           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3374             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3375           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3376             properly</li>
3377           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3378             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3379           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3380           <li>Structures imported from file and saved in project
3381             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3382           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3383             job execution in full once it is complete</li>
3384         </ul> <em>Applet</em>
3385         <ul>
3386           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3387             annotation rows are displayed</li>
3388           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3389             codebase</li>
3390           <li>View follows highlighting does not work for positions
3391             in sequences</li>
3392           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3393           <li>Export features raises exception when no features
3394             exist</li>
3395           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3396             for javascript api is modified when separator string
3397             provided as parameter</li>
3398           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3399             alignment with no existing selection</li>
3400           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3401             to applet&#39;s codebase</li>
3402           <li>Status bar not updated after finished searching and
3403             search wraps around to first result</li>
3404           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3405             several Jalview applets causes race conditions and memory
3406             leaks</li>
3407           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3408             not sent from Jmol in applet</li>
3409           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3410             applet API fatally hang browser</li>
3411         </ul> <em>General</em>
3412         <ul>
3413           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3414             position with wrapped view and hidden regions</li>
3415           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3416             with/without hidden columns</li>
3417           <li>Sequence length given in alignment properties window
3418             is off by 1</li>
3419           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3420             import PDB like structure files</li>
3421           <li>Positional search results are only highlighted
3422             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3423           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3424           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3425             given sequence position</li>
3426           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3427             output</li>
3428           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3429             from nucleotide chains correctly</li>
3430           <li>Structure colours not updated when tree partition
3431             changed in alignment</li>
3432           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3433             parsed in interleaved stockholm</li>
3434           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3435             state</li>
3436           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3437             properly</li>
3438           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3439             properly associated with their pdb files</li>
3440         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3441         <ul>
3442           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3443             ApplyCopyright tool</li>
3444         </ul></td>
3445     </tr>
3446     <tr>
3447       <td>
3448         <div align="center">
3449           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3450         </div>
3451       </td>
3452       <td><em>Application</em>
3453         <ul>
3454           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3455             contact web services</li>
3456           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3457             service job window</li>
3458           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3459         </ul></td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3463             pir file emitted by Jalview</li>
3464           <li>Existing feature settings transferred to new
3465             alignment view created from cut'n'paste</li>
3466           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3467             parsing PDB files</li>
3468           <li>Consensus and conservation annotation rows
3469             occasionally become blank for all new windows</li>
3470           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3471             in wrapped view mode</li>
3472         </ul> <em>Application</em>
3473         <ul>
3474           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3475             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3476           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3477             parameter names</li>
3478           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3479             is down</li>
3480         </ul>
3481       </td>
3482     </tr>
3483     <tr>
3484       <td>
3485         <div align="center">
3486           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3487         </div>
3488       </td>
3489       <td><em>Application</em>
3490         <ul>
3491           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3492             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3493             (JABAWS)
3494           </li>
3495           <li>Web Services preference tab</li>
3496           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3497             preferences</li>
3498           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3499           <li>Superpose structures using associated sequence
3500             alignment</li>
3501           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3502             viewer</li>
3503         </ul> <em>Applet</em>
3504         <ul>
3505           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3506             link out mechanism</li>
3507         </ul> <em>Other</em>
3508         <ul>
3509           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3510             series 12</li>
3511           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3512             require Java 1.5</li>
3513           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3514             sequence annotation files</li>
3515           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3516             type colour specification</li>
3517           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3518             script to check if it being run in an interactive session or
3519             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3520         </ul></td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3524             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3525         </ul> <em>Application</em>
3526         <ul>
3527           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3528             selected Regions menu item</li>
3529           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3530             part of a valid accession ID</li>
3531           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3532             runs out of memory</li>
3533           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3534             analysis results</li>
3535           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3536             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3537           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3538         </ul> <em>Applet</em>
3539         <ul>
3540           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3541             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3542             defined.</li>
3543         </ul>
3544       </td>
3545     </tr>
3546     <tr>
3547       <td>
3548         <div align="center">
3549           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3550         </div>
3551       </td>
3552       <td></td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3556             sequence IDs</li>
3557           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3558             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3559           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3560             import correctly</li>
3561           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3562             number of columns are hidden</li>
3563           <li>annotation label popup menu not providing correct
3564             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3565             present</li>
3566           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3567             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3568           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3569             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3570
3571         </ul> <em>Applet</em>
3572         <ul>
3573           <li>annotation panel disappears when annotation is
3574             hidden/removed</li>
3575         </ul> <em>Application</em>
3576         <ul>
3577           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3578             alignment opened where annotation panel is visible but no
3579             annotations are present on alignment</li>
3580           <li>pasted region containing hidden columns is
3581             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3582           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3583             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3584           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3585             selected Rregions menu item.</li>
3586           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3587             'Un' or 'Non'conserved</li>
3588           <li>Sequence feature settings are being shared by
3589             multiple distinct alignments</li>
3590           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3591             changed</li>
3592           <li>double click on group annotation to select sequences
3593             does not propagate to associated trees</li>
3594           <li>Mac OSX specific issues:
3595             <ul>
3596               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3597                 window background</li>
3598               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3599                 name set correctly</li>
3600               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3601                 save feature colourscheme button</li>
3602             </ul>
3603           </li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608
3609       <td>
3610         <div align="center">
3611           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3612         </div>
3613       </td>
3614       <td><em>New Capabilities</em>
3615         <ul>
3616           <li>URL links generated from description line for
3617             regular-expression based URL links (applet and application)
3618
3619           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3620             menu</li>
3621           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3622             structures</li>
3623           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3624             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3625           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3626             average score or total feature count for each sequence.</li>
3627           <li>Shading features by score or associated description</li>
3628           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3629             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3630           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3631             hide everything but the currently selected region.</li>
3632           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3633         </ul> <em>Application</em>
3634         <ul>
3635           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3636             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3637           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3638             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3639           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3640             database references and protein_name is parsed as
3641             description line (BioSapiens terms).</li>
3642           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3643             references in sequence ID tooltip from View menu in
3644             application.</li>
3645           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3646       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3647           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3648             conservation plots</li>
3649           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3650             and visualized as sequence logos</li>
3651           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3652             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3653           </li>
3654           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3655             when a new tree is opened.</li>
3656           <li>Jalview Java Console</li>
3657           <li>Better placement of desktop window when moving
3658             between different screens.</li>
3659           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3660             consensus annotation</li>
3661           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3662             Workflows</li>
3663           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3664             <ul>
3665               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3666                 used to preserve views, structures, and tree display
3667                 settings)</li>
3668               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3669                 command line</li>
3670               <li>Sharing of selected regions between views and
3671                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3672               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3673             </ul></li>
3674         </ul> <em>Applet</em>
3675         <ul>
3676           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3677           <li>New Parameters
3678             <ul>
3679               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3680                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3681                 opened.</li>
3682               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3683                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3684               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3685                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3686               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3687                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3688                 view</li>
3689               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3690                 increase the height or width of a cell in the alignment
3691                 grid relative to the current font size.</li>
3692             </ul>
3693           </li>
3694           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3695             tooltip</li>
3696         </ul> <em>Other</em>
3697         <ul>
3698           <li>Features format: graduated colour definitions and
3699             specification of feature scores</li>
3700           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3701             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3702             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3703           <li>XML formats extended to support graduated feature
3704             colourschemes, group associated annotation, and profile
3705             visualization settings.</li></td>
3706       <td>
3707         <ul>
3708           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3709             rather than description</li>
3710           <li>Non-positional features are now included in sequence
3711             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3712             visibility in tooltip).</li>
3713           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3714           <li>Added URL embedding instructions to features file
3715             documentation.</li>
3716           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3717             'X' in peptide product</li>
3718           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3719             sequence ID and sequence string and query strings do not
3720             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3721           <li>AMSA files only contain first column of
3722             multi-character column annotation labels</li>
3723           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3724             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3725             exported and re-imported)</li>
3726           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3727             name</li>
3728           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3729             as subsequence matches, and correctly reports total number
3730             of both.</li>
3731           <li>Application:
3732             <ul>
3733               <li>Better handling of exceptions during sequence
3734                 retrieval</li>
3735               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3736                 link text excludes the start_end suffix</li>
3737               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3738                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3739               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3740               <li>Sequence description lines properly shared via
3741                 VAMSAS</li>
3742               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3743                 data sources</li>
3744               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3745                 completes before alignment figures are generated.</li>
3746               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3747                 first time.</li>
3748               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3749                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3750               <li>User defined group colours properly recovered
3751                 from Jalview projects.</li>
3752             </ul>
3753           </li>
3754         </ul>
3755       </td>
3756
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td>
3760         <div align="center">
3761           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3762         </div>
3763       </td>
3764       <td>
3765         <ul>
3766           <li>Experimental support for google analytics usage
3767             tracking.</li>
3768           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Race condition in applet preventing startup in
3774             jre1.6.0u12+.</li>
3775           <li>Exception when feature created from selection beyond
3776             length of sequence.</li>
3777           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3778           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3779             all sequences with a given id</li>
3780           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3781             ID string searches</li>
3782           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3783             alignment to fail with exception</li>
3784         </ul> <em>Application Issues</em>
3785         <ul>
3786           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3787           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3788             data sources</li>
3789         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3790         <ul>
3791           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3792             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3793           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3794             version (java class versioning error fixed)</li>
3795         </ul>
3796       </td>
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800
3801         <div align="center">
3802           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3803         </div>
3804       </td>
3805       <td><em>User Interface</em>
3806         <ul>
3807           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3808             translation and protein products</li>
3809           <li>Linked highlighting of structure associated with
3810             residue mapping to codon position</li>
3811           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3812             and 'clear' button</li>
3813           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3814             Tools menu</li>
3815           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3816             numeric data in description line</li>
3817           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3818           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3819             of sequence</li>
3820         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3821         <ul>
3822           <li>JPred3 web service</li>
3823           <li>Prototype sequence search client (no public services
3824             available yet)</li>
3825           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3826             PFAM</li>
3827           <li>URL Links created for matching database cross
3828             references as well as sequence ID</li>
3829           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3830         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3831         <ul>
3832           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3833             databases</li>
3834           <li>Generalised database reference retrieval and
3835             validation to all fetchable databases</li>
3836           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3837             sequence command</li>
3838         </ul> <em>Import and Export</em>
3839         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3840         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3841           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3842         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3843           File</li>
3844         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3845           triplet as name of colourscheme</li>
3846         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3847         <ul>
3848           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3849           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3850             alignments (experimental)</li>
3851           <li>Create new or select existing session to join</li>
3852           <li>load and save of vamsas documents</li>
3853         </ul> <em>Application command line</em>
3854         <ul>
3855           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3856             from applet)</li>
3857           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3858             of DAS servers to query for alignment features</li>
3859           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3860             that are also automatically queried for features</li>
3861           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3862             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3863         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3864         <ul>
3865           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3866             application (when using &quot;View in full
3867             application&quot;)</li>
3868         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3869         <ul>
3870           <li>feature group display control parameter</li>
3871           <li>debug parameter</li>
3872           <li>showbutton parameter</li>
3873         </ul> <em>Applet API methods</em>
3874         <ul>
3875           <li>newView public method</li>
3876           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3877           <li>Feature display control methods</li>
3878           <li>get list of currently selected sequences</li>
3879         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3880         <ul>
3881           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3882           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3883             Jalview release.</li>
3884           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3885             property controls execution of obfuscator</li>
3886           <li>Build target for generating source distribution</li>
3887           <li>Debug flag for javacc</li>
3888           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3889             jalview.bin.Cache</li>
3890           <li>Continuous Build Integration for stable and
3891             development version of Application, Applet and source
3892             distribution</li>
3893         </ul></td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>selected region output includes visible annotations
3897             (for certain formats)</li>
3898           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3899             for editing</li>
3900           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3901           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3902           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3903           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3904             comments</li>
3905           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3906             filenames containing a ':'</li>
3907           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3908             global sequence features</li>
3909           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3910             references from alignment sequences goes to zero</li>
3911           <li>Close of tree branch colour box without colour
3912             selection causes cascading exceptions</li>
3913           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3914           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3915             file parsing fails.</li>
3916           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3917           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3918             not a valid output format</li>
3919           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3920             vamsas</li>
3921           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3922           <li>error messages passed up and output when data read
3923             fails</li>
3924           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3925             sequence is edited</li>
3926           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3927             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3928           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3929             filetype</li>
3930           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3931             import fixed for PFAM records</li>
3932           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3933             window list</li>
3934           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3935             can be read and written correctly to annotation file</li>
3936           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3937             correctly</li>
3938           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3939             non-italic font for representatives in Applet</li>
3940           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3941             Macs.</li>
3942           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3943             Applet)</li>
3944           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3945             due to null pointer exceptions</li>
3946           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3947             first column of alignment</li>
3948           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3949             July 2008</li>
3950           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3951             file is case-insensitive</li>
3952           <li>Sequence features read from Features file appended to
3953             all sequences with matching IDs</li>
3954           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3955             containing a sub-sequence</li>
3956           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3957           <li>feature and annotation file applet parameters
3958             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3959           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3960           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3961             splash-screen version check to complete</li>
3962           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3963             when passing them to the launchApp service</li>
3964           <li>display name and local features preserved in results
3965             retrieved from web service</li>
3966           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3967             sequence fetcher initialisation</li>
3968           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3969             dasobert DAS client</li>
3970           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3971             association</li>
3972           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3973             sequences
3974           </li>
3975         </ul>
3976       </td>
3977     </tr>
3978     <tr>
3979       <td>
3980         <div align="center">
3981           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3982         </div>
3983       </td>
3984       <td>
3985         <ul>
3986           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3987           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3988           <li>Slide sequences</li>
3989           <li>Edit sequence in place</li>
3990           <li>EMBL CDS features</li>
3991           <li>DAS Feature mapping</li>
3992           <li>Feature ordering</li>
3993           <li>Alignment Properties</li>
3994           <li>Annotation Scores</li>
3995           <li>Sort by scores</li>
3996           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3997         </ul>
3998       </td>
3999       <td>
4000         <ul>
4001           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4002           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4003           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4004           <li>Feature group display state in XML</li>
4005           <li>Feature ordering in XML</li>
4006           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4007           <li>Stockholm alignment properties</li>
4008           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4009           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4010           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4011           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018         <div align="center">
4019           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4020         </div>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>Non standard characters can be read and displayed
4025           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4026             applet via textbox
4027           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4028             name &amp; description
4029           <li>Preference setting to display sequence name in
4030             italics
4031           <li>Annotation file format extended to allow
4032             Sequence_groups to be defined
4033           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4034             specified in preferences
4035           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4036             sequences
4037         </ul>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4042             installed
4043           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4044           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4045         </ul>
4046       </td>
4047     </tr>
4048     <tr>
4049       <td>
4050         <div align="center">
4051           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4052         </div>
4053       </td>
4054       <td>
4055         <ul>
4056           <li>Multiple views on alignment
4057           <li>Sequence feature editing
4058           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4059           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4060           <li>Background dependent text colour
4061           <li>Right align sequence ids
4062           <li>User-defined lower case residue colours
4063           <li>Format Menu
4064           <li>Select Menu
4065           <li>Menu item accelerator keys
4066           <li>Control-V pastes to current alignment
4067           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4068           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4069           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4070
4071           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4072         </ul>
4073       </td>
4074       <td>
4075         <ul>
4076           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4077           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4078             calculations
4079           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4080             edits
4081           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4082             of alignment)
4083           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4084
4085           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4086             display correctly
4087           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4088           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4089             analysis results
4090           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4091             &#8739;
4092           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4093           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4094           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4095
4096         </ul>
4097       </td>
4098     </tr>
4099     <tr>
4100       <td>
4101         <div align="center">
4102           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4103         </div>
4104       </td>
4105       <td>
4106         <ul>
4107           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4108         </ul>
4109       </td>
4110       <td>
4111         <ul>
4112           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4113             sequence id panel has been resized</li>
4114           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4115             rendered</li>
4116           <li>Annotation files with sequence references - all
4117             elements in file are relative to sequence position</li>
4118           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4119         </ul>
4120       </td>
4121     </tr>
4122     <tr>
4123       <td>
4124         <div align="center">
4125           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4126         </div>
4127       </td>
4128       <td>
4129         <ul>
4130           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4131           <li>DAS Feature fetching</li>
4132           <li>Hide sequences and columns</li>
4133           <li>Export Annotations and Features</li>
4134           <li>GFF file reading / writing</li>
4135           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4136             files</li>
4137           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4138           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4139           <li>Applet can launch the full application</li>
4140           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4141             required)</li>
4142           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4143           <li>Applet can load sequences from parameter
4144             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4145           </li>
4146         </ul>
4147       </td>
4148       <td>
4149         <ul>
4150           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4151           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4152           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4153         </ul>
4154       </td>
4155     </tr>
4156     <tr>
4157       <td>
4158         <div align="center">
4159           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4160         </div>
4161       </td>
4162       <td>
4163         <ul>
4164           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4165           <li>Choose to match case when searching</li>
4166           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4167             expand the visible width and height of the alignment</li>
4168         </ul>
4169       </td>
4170       <td>
4171         <ul>
4172           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4173         </ul>
4174       </td>
4175     </tr>
4176     <tr>
4177       <td>
4178         <div align="center">
4179           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4180         </div>
4181       </td>
4182       <td>&nbsp;</td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4186           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4187             value</li>
4188         </ul>
4189       </td>
4190     </tr>
4191     <tr>
4192       <td>
4193         <div align="center">
4194           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4195         </div>
4196       </td>
4197       <td>
4198         <ul>
4199           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4200           <li>Keyboard editing</li>
4201           <li>Create sequence features from searches</li>
4202           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4203             alignments</li>
4204           <li>Features file allows grouping of features</li>
4205           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4206           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4207           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4208         </ul>
4209       </td>
4210       <td>
4211         <ul>
4212           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4213           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4214             descriptions saved.</li>
4215         </ul>
4216       </td>
4217     </tr>
4218     <tr>
4219       <td>
4220         <div align="center">
4221           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4222         </div>
4223       </td>
4224       <td>
4225         <ul>
4226           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4227           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4228           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4229             name for file output</li>
4230           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4231           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4232             used for HTML form input</li>
4233         </ul>
4234       </td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>HTML output writes groups and features</li>
4238           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4239           <li>File IO bugs</li>
4240         </ul>
4241       </td>
4242     </tr>
4243     <tr>
4244       <td>
4245         <div align="center">
4246           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4247         </div>
4248       </td>
4249       <td>
4250         <ul>
4251           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4252           <li>More options for PCA viewer</li>
4253         </ul>
4254       </td>
4255       <td>
4256         <ul>
4257           <li>GUI bugs resolved</li>
4258           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4259         </ul>
4260       </td>
4261     </tr>
4262     <tr>
4263       <td height="63">
4264         <div align="center">
4265           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4266         </div>
4267       </td>
4268       <td>
4269         <ul>
4270           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4271           <li>Jar files are executable</li>
4272           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4273         </ul>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4278           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4279           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282     </tr>
4283     <tr>
4284       <td>
4285         <div align="center">
4286           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294       <td>
4295         <ul>
4296           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4297         </ul>
4298       </td>
4299     </tr>
4300     <tr>
4301       <td>
4302         <div align="center">
4303           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4304         </div>
4305       </td>
4306       <td>
4307         <ul>
4308           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4309             size</li>
4310         </ul>
4311       </td>
4312       <td>
4313         <ul>
4314           <li>Improved JPred client reliability</li>
4315           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4316         </ul>
4317       </td>
4318     </tr>
4319     <tr>
4320       <td>
4321         <div align="center">
4322           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4323         </div>
4324       </td>
4325       <td>
4326         <ul>
4327           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4328           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4329           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4330             to Colour Menu</li>
4331           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4332           <li>Unix users can set default web browser</li>
4333           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4334           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4335         </ul>
4336       </td>
4337       <td>
4338         <ul>
4339           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4340         </ul>
4341       </td>
4342     </tr>
4343     <tr>
4344       <td>
4345         <div align="center">
4346           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4347         </div>
4348       </td>
4349       <td>&nbsp;</td>
4350       <td>
4351         <ul>
4352           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4353             alignment order.</li>
4354         </ul>
4355       </td>
4356     </tr>
4357     <tr>
4358       <td>
4359         <div align="center">
4360           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4361         </div>
4362       </td>
4363       <td>
4364         <ul>
4365           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4366           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4367           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4368             annotations.</li>
4369           <li>Version and build date written to build properties
4370             file.</li>
4371           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4372             at launch of Jalview.</li>
4373         </ul>
4374       </td>
4375       <td>
4376         <ul>
4377           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4378           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4379           <li>Can remove groups one by one.</li>
4380           <li>Filechooser icons installed.</li>
4381           <li>Finder ignores return character when searching.
4382             Return key will initiate a search.<br>
4383           </li>
4384         </ul>
4385       </td>
4386     </tr>
4387     <tr>
4388       <td>
4389         <div align="center">
4390           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4391         </div>
4392       </td>
4393       <td>
4394         <ul>
4395           <li>New codebase</li>
4396         </ul>
4397       </td>
4398       <td>&nbsp;</td>
4399     </tr>
4400   </table>
4401   <p>&nbsp;</p>
4402 </body>
4403 </html>