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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 166                                                                 annotation
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                         <li>
 180                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 181                                                         <li>
 182                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 183
 184
 185                                                 </ul></li>
 186                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 187                                                 <ul>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 190                                                                 and getdown release channels
 191                                                         </li>
 192                                                         <li>
 193                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 194                                                                 trapping CMD-Q
 195                                                         </li>
 196                                                 </ul></li>
 197                                 </ul>
 198         <em>Deprecations</em>
 199         <ul>
 200           <li>
 201             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 202             capabilities removed from the Jalview Desktop
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 206             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 207             and XML based data retrieval clients</li>
 208           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 209           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 210         </ul> <em>Documentation</em>
 211                                 <ul>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 214                                                 not supported in EPS figure export
 215                                         </li>
 216                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 217         <ul>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 220                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 221                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 222                                         </li>
 223                                         <li>
 224                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 225                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 226                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 227                                                         Rings' GetDown</a>)
 228                                         </li>
 229                                         <li>
 230                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 231                                         </li>
 232                                         <li>
 233                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 234                                                 gradle-eclipse
 235                                         </li>
 236           <li>
 237           Atlassian Bamboo continuous integration for
 238             unattended Test Suite execution</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 241             operations</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 244             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 245           <li><!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor issues resolved.</li>
 246         </ul>
 247       </td>
 248     <td align="left" valign="top">
 249         <ul>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 254                                         <li>
 255                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 256                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 257                                         </li>
 258                                         <li>
 259             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 260           <li>
 261             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 262             Jalview project involving multiple views</li>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 265             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 266             Annotation dialog hides columns</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 269             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 270             selection in one view, then making another selection in the
 271             other view</li>
 272           <li>
 273             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 276             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 279             or the overview updates with large alignments</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 282             region if columns were selected by dragging right-to-left
 283             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 284             <li>
 285             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 286             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 289             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 292             on export as Jalview features file</li>
 293                                         <li>
 294                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 295                                                 manually created features (where if feature score is Float.NaN)
 296                                         </li>
 297                                         <li>
 298             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 299             printed when columns are hidden</li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 304             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 319             opening an alignment</li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 322           <li>
 323             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 324             different groups in the alignment are selected</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 331           <li>
 332             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 335           <li>
 336             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 341           <li>
 342             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 349         </ul>
 350         <em>Editing</em>
 351         <ul>
 352           <li>
 353             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 354             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 355             via 'Edit' sequence</li>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 358             sequence features correctly when start of sequence is
 359             removed (Known defect since 2.10)</li>
 360         </ul><em>New Known Defects</em>
 361         <ul>
 362           <li>
 363             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 366                                         <li>
 367                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 368                                                 columns within hidden columns
 369                                         </li>
 370                                         <li>
 371                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 372                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 373                                                 region
 374                                         </li>
 375                                 </ul>
 376       </td>
 377     </tr>
 378     <tr>
 379     <td width="60" nowrap>
 380       <div align="center">
 381         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 382       </div>
 383     </td>
 384     <td><div align="left">
 385         <em></em>
 386         <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 389               InstallAnywhere increased to 1G.
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 393               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 394               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 395                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 396                 properties file.</em>
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 400               API and sequence data now imported as JSON.
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 404               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 405               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 406               property.
 407             </li>
 408           </ul>
 409           <em>Development</em>
 410           <ul>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 413               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 414                 Clover</a>
 415             </li>
 416           </ul>
 417         </div></td>
 418     <td><div align="left">
 419         <em></em>
 420         <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 423               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 424               alignment.
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 428               annotation displayed.
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 432               for newly created group when 'Apply to all groups'
 433               selected
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 437               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 438               visible.
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 442               when sequences are selected in exported view.</em>
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 446               aren't rendered with correct colour.
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 450               types of knotted RNA secondary structure.
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 454               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 455               do not start at 1.
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 459               annotation when columns are inserted into an alignment,
 460               and when exporting as Stockholm flatfile.
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 464               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 465               treated as RNA secondary structure.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 469               (not .jar) when saving a jalview project file.
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 473               transfers focus to previous window on OSX
 474             </li>
 475           </ul>
 476           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 480               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 481               box.
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 485               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 486               'look and feel' which has improved compatibility with the
 487               latest version of OSX.
 488             </li>
 489           </ul>
 490         </div>
 491     </td>
 492     </tr>
 493     <tr>
 494       <td width="60" nowrap>
 495         <div align="center">
 496           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 497             <em>7/06/2018</em></strong>
 498         </div>
 499       </td>
 500       <td><div align="left">
 501           <em></em>
 502           <ul>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 505               annotation retrieved from Uniprot
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 509               onto the Jalview Desktop
 510             </li>
 511           </ul>
 512         </div></td>
 513       <td><div align="left">
 514           <em></em>
 515           <ul>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 518               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 522               right-hand column parsed correctly
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 526               not alignment area in exported graphic
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 530               window has input focus
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 534               annotation added to view (Windows)
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 538               network connectivity is poor
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 542               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 543                 the currently open URL and links from a page viewed in
 544                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 545                 you are using Edge, only links in the page can be
 546                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 547                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 548             </li>
 549           </ul>
 550         </div></td>
 551     </tr>
 552     <tr>
 553       <td width="60" nowrap>
 554         <div align="center">
 555           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 556         </div>
 557       </td>
 558       <td><div align="left">
 559           <em></em>
 560           <ul>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 563               for disabling automatic superposition of multiple
 564               structures and open structures in existing views
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 568               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 569               adjust them.
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 573               Ensembl services
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 577               and lots of hidden columns
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 581               of features (particularly when transparency is disabled)
 582             </li>
 583                                                 <li>
 584                                                         <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 585                                                         exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 586                                                         generally available
 587                                                 </li>
 588                                         </ul>
 589           </div>
 590       </td>
 591       <td><div align="left">
 592           <ul>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 595               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 599               overlapping alignment panel
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 603               sequence as gaps
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 607               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 608               UTR
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 612               factor annotation not added to sequence when local PDB
 613               file associated with it by drag'n'drop or structure
 614               chooser
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 618               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 622               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 626               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 630               columns in annotation row
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 634               honored in batch mode
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 638               for structures added to existing Jmol view
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 642               entries after importing project with multiple views
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 646               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 647               with negative residue numbers or missing residues fails
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 651               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 652               as generated by CONSURF)
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 656               tooltip doesn't include a text description of mutation
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 660               structure and/or overview windows are also shown
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 664               very slow for alignments with large numbers of sequences
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 668               with 'StringIndexOutOfBounds'
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 672               platforms running Java 10
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 676               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 677             </li>
 678           </ul>
 679           <em>Applet</em>
 680           <ul>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 683               should copy the group consensus when popup is opened on it
 684             </li>
 685           </ul>
 686           <em>Batch Mode</em>
 687           <ul>
 688           <li>
 689             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 690           </li>
 691           </ul>
 692           <em>New Known Defects</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 696               editing a large alignment and overview is displayed
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 700               repeatedly after a series of edits even when the overview
 701               is no longer reflecting updates
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 705               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 706               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 707               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 708             </li>
 709           </ul>
 710         </div>
 711           </td>
 712     </tr>
 713     <tr>
 714       <td width="60" nowrap>
 715         <div align="center">
 716           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 717         </div>
 718       </td>
 719       <td><div align="left">
 720           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 721               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 722       <td><div align="left">
 723           <em>Desktop</em><ul>
 724           <ul>
 725             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 726             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 727             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 728             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 729             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 730             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 731             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 732           </ul>
 733           </div>
 734       </td>
 735     </tr>
 736     <tr>
 737       <td width="60" nowrap>
 738         <div align="center">
 739           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 740         </div>
 741       </td>
 742       <td><div align="left">
 743           <em></em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 747               rendering of sequence features
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 751               429 rate limit request hander
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 755               their colours have changed
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 759               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 763               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 767               view from Ensembl locus cross-references
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 771               Alignment report
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 775               feature can be disabled
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 779               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 783               Uniprot
 784             </li>
 785           </ul>
 786           <em>Scripting</em>
 787           <ul>
 788             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 789             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 790               percent identity scores for current alignment.</li>
 791           </ul>
 792           <em>Testing and Deployment</em>
 793           <ul>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 796             </li>
 797           </ul>
 798         </div></td>
 799       <td><div align="left">
 800           <em>General</em>
 801           <ul>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 804               threshold text field doesn't trigger an update to the
 805               alignment view
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 809               strings in parallel
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 813               alignment window is closed
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 817               group visibility
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 821               takes a long time in Cursor mode
 822             </li>
 823           </ul>
 824           <em>Desktop</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 828               cannot be viewed in Chimera
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 832               CDS/Protein view
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 836               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 837               Search Dialogs
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 847               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 851               scrolling right in unwapped alignment view
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 855               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 856               database
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 860               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 864               features of same type and group to be selected for
 865               amending
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 869               alignments when hidden columns are present
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 873               displaying several structures
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 877               moving a window
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 881               within the Jalview desktop on OSX
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 885               when in wrapped alignment mode
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 889               hand end of alignment
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 893               each selected sequence do not have correct start/end
 894               positions
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 898               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 902               restoring project until a new view is created
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 906               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 907               configured (since 2.10.2b2)
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 911               position is adjusted
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 915               in a multi-chain structure when viewing alignment
 916               involving more than one chain (since 2.10)
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 920               if new selection moves alignment window
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 924               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 928               that produces correctly annotated transcripts and products
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 932               doesn't update associated structure view
 933             </li>
 934           </ul>
 935           <em>Applet</em><br />
 936           <ul>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 939               closing alignment panel
 940             </li>
 941           </ul>
 942           <em>BioJSON</em><br />
 943           <ul>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 946               non-positional features
 947             </li>
 948           </ul>
 949           <em>New Known Issues</em>
 950           <ul>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 953               sequence features correctly (for many previous versions of
 954               Jalview)
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 958               using cursor in wrapped panel other than top
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 962               graduated colour threshold
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 966               always preserve numbering and sequence features
 967             </li>
 968           </ul>
 969           <em>Known Java 9 Issues</em>
 970           <ul>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 973               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 974               9.01, OSX 10.10)
 975             </li>
 976           </ul>
 977         </div></td>
 978     </tr>
 979     <tr>
 980       <td width="60" nowrap>
 981         <div align="center">
 982           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 983             <em>2/10/2017</em></strong>
 984         </div>
 985       </td>
 986       <td><div align="left">
 987           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 988           <ul>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 991             </li>
 992             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 993             </li>
 994           </ul>
 995         </div></td>
 996       <td><div align="left">
 997         </div></td>
 998     </tr>
 999     <tr>
1000       <td width="60" nowrap>
1001         <div align="center">
1002           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1003             <em>7/9/2017</em></strong>
1004         </div>
1005       </td>
1006       <td><div align="left">
1007           <em></em>
1008           <ul>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1011               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1012               white)
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1016               Preferences
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1020               in size and progress bar shown as higher resolution
1021               overview is recalculated
1022             </li>
1023
1024           </ul>
1025         </div></td>
1026       <td><div align="left">
1027           <em></em>
1028           <ul>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1031               column region row by row
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1035               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1039               format setting is unticked
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1043               if group has show boxes format setting unticked
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1047               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1048               include sequences and columns not currently displayed
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1052               assemblies are imported via CIF file
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1056               displayed when threshold or conservation colouring is also
1057               enabled.
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1061               server version
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1065               dragging a selected region off the visible region of the
1066               alignment
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1070               colourscheme to all groups in a view
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1074               initially after font size change using the Font chooser or
1075               middle-mouse zoom
1076             </li>
1077           </ul>
1078         </div></td>
1079     </tr>
1080     <tr>
1081       <td width="60" nowrap>
1082         <div align="center">
1083           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1084         </div>
1085       </td>
1086       <td><div align="left">
1087           <em>Calculations</em>
1088           <ul>
1089
1090             <li>
1091               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1092               ungapped positions in each column of the alignment.
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1096               a calculation dialog box
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1100               and memory efficiency (~30x faster)
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1104               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1105               and other calculations
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1109               files within the Jalview codebase
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1113               Similarity may have different topology due to increased
1114               precision
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Rendering</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1121               model for alignments and groups
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1125               scripts
1126             </li>
1127           </ul>
1128           <em>Overview</em>
1129           <ul>
1130             <li>
1131               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1132               with alignment and overview windows
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1136               overview
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1140               omitted in Overview
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1144               adjustment of visible position
1145             </li>
1146           </ul>
1147
1148           <em>Data import/export</em>
1149           <ul>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1152               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1156               annotation input/output via stockholm flatfile
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1160               extension when importing structure files without embedded
1161               names or PDB accessions
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1165               format sequence substitution matrices
1166             </li>
1167           </ul>
1168           <em>User Interface</em>
1169           <ul>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1172               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1173               the application.
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1177               via Overview or sequence motif search operations
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1181               opened by double clicking gaps within sequence feature
1182               extent
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1186               aligned positions were available to create a 3D structure
1187               superposition.
1188             </li>
1189           </ul>
1190           <em>3D Structure</em>
1191           <ul>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1194               coloured in linked structure views
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1198               file-based command exchange
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1202               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1203               structures are already available for sequences
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1207               the Jalview project rather than downloaded again when the
1208               project is reopened.
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1212               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1213               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1214                 Feature</strong>)
1215             </li>
1216           </ul>
1217           <em>Web Services</em>
1218           <ul>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1224               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1225               Analysis services
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1229               cross-references provided by identifiers.org and the
1230               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1231             </li>
1232           </ul>
1233
1234           <em>Scripting</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1238               identifying file formats (instead of String constants)
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1242               efficiency when counting all displayed features (not
1243               backwards compatible with 2.10.1)
1244             </li>
1245           </ul>
1246           <em>Example files</em>
1247           <ul>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1250               included in the example feature file
1251             </li>
1252           </ul>
1253           <em>Documentation</em>
1254           <ul>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1257               with the built-in Java help viewer
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1261               sequence description' option
1262             </li>
1263           </ul>
1264           <em>Test Suite</em>
1265           <ul>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1268               Uniprot REST Free Text Search Client
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1275               during tests
1276             </li>
1277           </ul>
1278         </div></td>
1279       <td><div align="left">
1280           <em>Calculations</em>
1281           <ul>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1284               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1285               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1286             </li>
1287             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1288               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1289               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1290               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1291               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1292               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1293               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1294               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1295               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1296               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1297               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1298               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1299               // for 2.10.1 mode <br />
1300               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1301               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1302                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1303                 calculations (not recommended)</em></li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1306               scaling of branch lengths for trees computed using
1307               Sequence Feature Similarity.
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1311               generating output report when working with highly
1312               redundant alignments
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1316               right of selected region when gaps present on right-hand
1317               boundary
1318             </li>
1319           </ul>
1320           <em>User Interface</em>
1321           <ul>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1324               doesn't reselect a specific sequence's associated
1325               annotation after it was used for colouring a view
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1329               opened on a region of alignment without groups
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1333               of an alignment with overlapping groups
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1337               name and description match
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1341               hidden regions results in incorrect hidden regions
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1345               changing colour does not apply Conservation slider value
1346               to all groups
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1350               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1354               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1358               gaps before start of features
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1362               restored to UI when feature colour is edited
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1366               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1370               as graduate feature colour settings are modified via the
1371               dialog box
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1375               when a group defined on the alignment is resized
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1379               wrapped view result in positional status updates
1380             </li>
1381
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1384               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1388               alignment included gapped columns
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1392               widgets don't permanently disappear
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1396               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1397               T-Coffee column reliability scores)
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1401               sequence feature on gaps only
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1405               button from a Find inherit previously defined feature type
1406               rather than the Find query string
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1410               exporting tree calculated in Jalview
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1414               and then revealing them reorders sequences on the
1415               alignment
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1419               doesn't update to reflect available set of groups after
1420               interactively adding or modifying features
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1424               Linux
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1428               only excluded gaps in current sequence and ignored
1429               selection.
1430             </li>
1431           </ul>
1432           <em>Rendering</em>
1433           <ul>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1436               erratically when hidden rows or columns are present
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1440               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1441               sequence colouring
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1445               colour and group colour menu for protein alignments
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1449               reflect currently selected view or group's shading
1450               thresholds
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1454               when rendered on overview and structures when opacity at
1455               100%
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1459               overview when features overlaid on alignment
1460             </li>
1461           </ul>
1462           <em>Data import/export</em>
1463           <ul>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1466               load
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1470               added after a sequence was imported are not written to
1471               Stockholm File
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1475               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1479               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1483               with lightGray or darkGray via features file (but can
1484               specify lightgray)
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1488               when alignment view imported from project
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1492               structure and sequences extracted from structure files
1493               imported via URL and viewed in Jmol
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1497               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1498               the project is loaded and the structure viewed
1499             </li>
1500           </ul>
1501           <em>Web Services</em>
1502           <ul>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1505               release of Ensembl v.88
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1509               appear enabled in Preferences->Connections
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1513               removed from console output
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1517               Ensembl by Peptide ID
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1521               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1522               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1523               due to 'null' string rather than empty string used for
1524               residues with no corresponding PDB mapping).
1525             </li>
1526           </ul>
1527           <em>Application UI</em>
1528           <ul>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1531               menu
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1535               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1536               new documentation and tooltips added)
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1540               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1544               new features are added to alignment
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1548               changes to feature colours via the Amend features dialog
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1552               edit graduated feature colour via amend features dialog
1553               box
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1557               selection menu changes colours of alignment views
1558             </li>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1561               from alignment calculation workers after alignment has
1562               been closed
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1566               groups now 'Create Group'
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1570               Create/Undefine group doesn't always work
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1574               shown again after pressing 'Cancel'
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1578               adjusts start position in wrap mode
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1582               ambiguous amino acids
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1586               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1587               proteins
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1591               Defined' don't appear in Colours menu
1592             </li>
1593           </ul>
1594           <em>Applet</em>
1595           <ul>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1598               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1602               overview or linked structure view
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1606               work (since 2.8)
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1610               user-defined colourscheme doesn't restore original
1611               colourscheme
1612             </li>
1613           </ul>
1614           <em>Test Suite</em>
1615           <ul>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1618               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1622               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1623               problems with deep array comparison equality asserts in
1624               successive versions of TestNG
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1628               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1629             </li>
1630           </ul>
1631           <em>New Known Issues</em>
1632           <ul>
1633             <li>
1634               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1635               phase after a sequence motif find operation
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1639               containing just upper and lower case letters are
1640               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1641             </li>
1642             <li>
1643               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1644               reliably from eggnog Ortholog database
1645             </li>
1646             <li>
1647               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1648               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1649               to mark columns containing highlighted regions.
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1653               doesn't always add secondary structure annotation.
1654             </li>
1655           </ul>
1656         </div>
1657     <tr>
1658       <td width="60" nowrap>
1659         <div align="center">
1660           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1661         </div>
1662       </td>
1663       <td><div align="left">
1664           <em>General</em>
1665           <ul>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1668               for all consensus calculations
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1672               3rd Oct 2016)
1673             </li>
1674             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1675               for 2016-2017</li>
1676           </ul>
1677           <em>Application</em>
1678           <ul>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1681               set of database cross-references, sorted alphabetically
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1685               from database cross references. Users with custom links
1686               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1687                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1691               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1692               Chimera session
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1696               the Chimera it is connected to is shut down
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1700               columns menu item to mark columns containing highlighted
1701               regions (e.g. from structure selections or results of a
1702               Find operation)
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1706               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1707               MSAviewer
1708             </li>
1709           </ul>
1710         </div></td>
1711       <td>
1712         <div align="left">
1713           <em>General</em>
1714           <ul>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1717               are not coloured or thresholded according to percent
1718               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1722               hydrophobic
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1726               threshold, amino acid properties)
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1730               reported as mapped to residues in a structure file in the
1731               View Mapping report
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1735               could be added multiple times to a sequence
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1739               bond features shown as two highlighted residues rather
1740               than a range in linked structure views, and treated
1741               correctly when selecting and computing trees from features
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1745               cross-references are matched to database name regardless
1746               of case
1747             </li>
1748
1749           </ul>
1750           <em>Application</em>
1751           <ul>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1754               names without regular expressions also offer links from
1755               Sequence ID
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1759               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1760               update Jalview configuration
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1764               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1768               files with similarly named sequences if dropped onto the
1769               alignment
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1773               entries where more chains exist in the PDB accession than
1774               are reported in the SIFTS file
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1778               the structure view when displayed with Chimera
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1782               panel's View->Show Chains submenu
1783             </li>
1784             <li>
1785               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1786               work for wrapped alignment views
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1790               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1794               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1795               first annotation row
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1799               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1803               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1804             </li>
1805             <!-- JAL-2319 -->
1806             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1807             coordindate data
1808             </li>
1809           </ul>
1810           <!--           <em>New Known Issues</em>
1811           <ul>
1812             <li></li>
1813           </ul> -->
1814         </div>
1815       </td>
1816     </tr>
1817     <td width="60" nowrap>
1818       <div align="center">
1819         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1820           <em>25/10/2016</em></strong>
1821       </div>
1822     </td>
1823     <td><em>Application</em>
1824       <ul>
1825         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1826           view if structures already loaded</li>
1827         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1828           structure views</li>
1829       </ul></td>
1830     <td>
1831       <div align="left">
1832         <em>General</em>
1833         <ul>
1834           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1835             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1836           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1837             example sequences/projects/trees</li>
1838         </ul>
1839         <em>Application</em>
1840         <ul>
1841           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1842             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1843           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1844             without timeout for structures with multiple models or
1845             multiple sequences in alignment</li>
1846           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1847             PDB ID HEADER line</li>
1848           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1849             is performed</li>
1850           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1851             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1852           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1853           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1854             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1855             option</li>
1856           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1857             is created on the alignment</li>
1858           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1859             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1860             pop-up menu</li>
1861         </ul>
1862         <em>Build and deployment</em>
1863         <ul>
1864           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1865             tags</li>
1866         </ul>
1867         <em>New Known Issues</em>
1868         <ul>
1869           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1870             on Windows</li>
1871         </ul>
1872       </div>
1873     </td>
1874     </tr>
1875     <tr>
1876       <td width="60" nowrap>
1877         <div align="center">
1878           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1879         </div>
1880       </td>
1881       <td><em>General</em>
1882         <ul>
1883           <li>
1884             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1888             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1889             better PDB parsing.
1890           </li>
1891           <li>
1892             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1893             reference sequence
1894           </li>
1895           <li>
1896             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1897             mousing over sequence associated annotation
1898           </li>
1899           <li>
1900             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1901             for manual entry
1902           </li>
1903           <li>
1904             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1905             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1906             for each column
1907           </li>
1908           <li>
1909             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1910             showing or hiding columns containing a feature
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1914             group and sequence associated annotation labels
1915           </li>
1916           <li>
1917             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1918             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1919             dialogs
1920           </li>
1921
1922         </ul> <em>Application</em>
1923         <ul>
1924           <li>
1925             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1926             gene/transcript view
1927           </li>
1928           <li>
1929             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1930             dialog
1931           </li>
1932           <li>
1933             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1934             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1935           </li>
1936           <li>
1937             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1938             Pfam sources to xfam.org
1939           </li>
1940           <li>
1941             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1942           </li>
1943           <li>
1944             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1945             over sequences in Jalview
1946           </li>
1947           <li>
1948             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1949             regions in ENA and EMBL
1950           </li>
1951           <li>
1952             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1953             for record retrieval via ENA rest API
1954           </li>
1955           <li>
1956             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1957             complement operator
1958           </li>
1959           <li>
1960             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1961             groovy script execution
1962           </li>
1963           <li>
1964             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1965             alignment window's Calculate menu
1966           </li>
1967           <li>
1968             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1969             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1970           </li>
1971           <li>
1972             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1973             calculation workers from groovy scripts
1974           </li>
1975           <li>
1976             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1977             Jalview projects
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1981             associations are now saved/restored from project
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1985             before sequence fetcher is opened
1986           </li>
1987           <li>
1988             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1989             database chooser opens a sequence fetcher
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1993             the UniProt REST API
1994           </li>
1995           <li>
1996             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1997             the news reader opening
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2001             querying stored in preferences
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2005             search results
2006           </li>
2007           <li>
2008             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2009           </li>
2010           <li>
2011             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2012             menu for nucleotide sequences
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2016             and feature counts preserves alignment ordering (and
2017             debugged for complex feature sets).
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2021             viewing structures with Jalview 2.10
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2025             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2026             Ensembl Genomes REST API
2027           </li>
2028           <li>
2029             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2030             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2031             (Ensembl)
2032           </li>
2033           <li>
2034             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2035             sequences
2036           </li>
2037           <li>
2038             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2039             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2040             data from external database records.
2041           </li>
2042           <li>
2043             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2044             efficient recovery of sequence coding and alignment
2045             annotation relationships.
2046           </li>
2047         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2048         <ul>
2049           <li>
2050             -- JAL---
2051           </li>
2052         </ul> --></td>
2053       <td>
2054         <div align="left">
2055           <em>General</em>
2056           <ul>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2059               menu on OSX
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2063               includes graduated colourschemes
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2067               working with big alignments and lots of hidden columns
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2071               at right of alignment window
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2075               contents
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2079               for DNA alignments
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2083               based tree calculation
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2087               unconserved enabled for group on alignment
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2091               set as reference
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2095               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2096               annotation
2097             </li>
2098             <li>
2099               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2100               hidden columns present
2101             </li>
2102             <li>
2103               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2104               user created annotation added to alignment
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2108               '()' base pair annotation
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2112               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2113               Consensus
2114             </li>
2115             <li>
2116               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2117               feature not working
2118             </li>
2119             <li>
2120               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2121               beginning of sequence
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2125               entry 3a6s
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2129               from a tree when t-coffee scores are shown
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2133               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2137               some structures
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2141               to Clustal, PIR and PileUp output
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2145               not visible causes alignment window to repaint
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2149               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2150               scores associated with features and annotation rows
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2154               calculation should be case independent
2155             </li>
2156             <li>
2157               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2158               columns
2159             </li>
2160             <li>
2161               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2162               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2163               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2167               problems when reference sequence defined and 'show
2168               non-conserved' enabled
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2172               load even when Consensus calculation is disabled
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2176               alignment does nothing
2177             </li>
2178           </ul>
2179           <em>Application</em>
2180           <ul>
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2183               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2184               yet fixed for El Capitan)
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2188               output when running on non-gb/us i18n platforms
2189             </li>
2190             <li>
2191               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2192               hidden sequences as flat-file alignment
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2196               launching Chimera
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2200               (also hotfix for 2.9.0b2)
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2204               reference sequence defined
2205             </li>
2206             <li>
2207               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2208               alignments and views when revealing hidden columns
2209             </li>
2210             <li>
2211               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2212               view in a cDNA/Protein splitframe
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2216               sequence from project when only one sequence is
2217               represented
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2221               in Structure Chooser
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2225               structure consensus didn't refresh annotation panel
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2229               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2233               dialogs format columns correctly, don't display array
2234               data, sort columns according to type
2235             </li>
2236             <li>
2237               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2238               file chooser is cancelled during an image export
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2242               sequence name containing special characters
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2246               case insensitive
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2250               formatting don't wrap
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2254               truncated so L looks like I in consensus annotation
2255             </li>
2256             <li>
2257               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2258               currently displayed features for the current selection or
2259               view
2260             </li>
2261             <li>
2262               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2263               after fetching cross-references, and restoring from
2264               project
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2268               followed in the structure viewer
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2272               splitframe not restored from project
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2276               trailing end of protein alignment in transcript/product
2277               splitview when pad-gaps not enabled by default
2278             </li>
2279             <li>
2280               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2281               is case dependent
2282             </li>
2283             <li>
2284               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2285               article has been read (reopened issue due to
2286               internationalisation problems)
2287             </li>
2288             <li>
2289               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2290               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2291               cross-references
2292             </li>
2293
2294             <li>
2295               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2296               alignment as HTML
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2300               multiple structures are shown for one or more sequences.
2301             </li>
2302             <li>
2303               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2304               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2305               is enabled.
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2309               specific PDB id for sequence
2310             </li>
2311             <li>
2312               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2313               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2314               columns' is disabled.
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2318               selects lowest rather than highest resolution structures
2319               for each sequence
2320             </li>
2321             <li>
2322               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2323               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2324             </li>
2325             <li>
2326               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2327               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2328             </li>
2329             <li>
2330               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2331               after clicking on it to create new annotation for a
2332               column.
2333             </li>
2334             <li>
2335               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2336               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2337             </li>
2338             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2339             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2340           </ul>
2341           <em>Applet</em>
2342           <ul>
2343             <li>
2344               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2345               hidden columns present before start of sequence
2346             </li>
2347             <li>
2348               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2349               (JSON jars)
2350             </li>
2351             <li>
2352               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2353               sequences are hidden in applet
2354             </li>
2355             <li>
2356               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2357               deployment on examples pages.
2358             </li>
2359           </ul>
2360         </div>
2361       </td>
2362     </tr>
2363     <tr>
2364       <td width="60" nowrap>
2365         <div align="center">
2366           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2367             <em>16/10/2015</em></strong>
2368         </div>
2369       </td>
2370       <td><em>General</em>
2371         <ul>
2372           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2373             jars</li>
2374         </ul></td>
2375       <td>
2376         <div align="left">
2377           <em>Application</em>
2378           <ul>
2379             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2380               shown when tree is partitioned</li>
2381             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2382               multiple cDNA/Protein split views</li>
2383           </ul>
2384         </div>
2385       </td>
2386     </tr>
2387     <tr>
2388       <td width="60" nowrap>
2389         <div align="center">
2390           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2391             <em>8/10/2015</em></strong>
2392         </div>
2393       </td>
2394       <td><em>General</em>
2395         <ul>
2396           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2397             2.9</li>
2398         </ul> <em>Application</em>
2399         <ul>
2400           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2401           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2402           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2403         </ul> <em>Applet</em>
2404         <ul>
2405           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2406         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2407         <ul>
2408           <li>
2409             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2410             suite
2411           </li>
2412         </ul></td>
2413       <td>
2414         <div align="left">
2415           <em>General</em>
2416           <ul>
2417             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2418               incorrect when sequence start > 1</li>
2419             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2420               documentation</li>
2421             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2422             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2423               loading a features file containing HTML tags in feature
2424               description</li>
2425
2426           </ul>
2427           <em>Application</em>
2428           <ul>
2429             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2430               reimport</li>
2431             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2432               with 'trim retrieved sequences'</li>
2433             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2434               deleting selected columns</li>
2435             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2436               JNLP templates for webstart launch</li>
2437             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2438               unreleased structures for download or viewing</li>
2439             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2440               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2441             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2442               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2443             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2444               recovered from jalview project</li>
2445             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2446               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2447               alignment view</li>
2448             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2449               color schemes from BioJSON</li>
2450           </ul>
2451           <em>Applet</em>
2452           <ul>
2453             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2454               frame</li>
2455             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2456           </ul>
2457         </div>
2458       </td>
2459     </tr>
2460     <tr>
2461       <td><div align="center">
2462           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2463         </div></td>
2464       <td><em>General</em>
2465         <ul>
2466           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2467             alignments:
2468             <ul>
2469               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2470                 and DNA alignment views</li>
2471               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2472                 cDNA alignment views</li>
2473               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2474                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2475               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2476                 protein sequences</li>
2477             </ul>
2478           </li>
2479           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2480           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2481             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2482           <li>New alignment annotation file statements for
2483             reference sequences and marking hidden columns</li>
2484           <li>Reference sequence based alignment shading to
2485             highlight variation</li>
2486           <li>Select or hide columns according to alignment
2487             annotation</li>
2488           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2489           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2490             acid conservation row</li>
2491           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2492         </ul> <em>Application</em>
2493         <ul>
2494           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2495             <ul>
2496               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2497                 view with cDNA/Protein</li>
2498               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2499                 sequences are placed in the same alignment</li>
2500               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2501                 projects</li>
2502             </ul>
2503           </li>
2504
2505           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2506           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2507             Jalview windows</li>
2508
2509           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2510           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2511           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2512             be shown in VARNA</li>
2513
2514           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2515             as the active selected region</li>
2516
2517           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2518             similarity</li>
2519           <li>New Export options
2520             <ul>
2521               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2522                 region export in flat file generation</li>
2523
2524               <li>Export alignment views for display with the <a
2525                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2526
2527               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2528               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2529                 alignment figures to HTML</li>
2530           </li>
2531           <li>3D structure retrieval and display
2532             <ul>
2533               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2534                 Search API</li>
2535               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2536                 PDB structures for a sequence set</li>
2537             </ul>
2538           </li>
2539
2540           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2541             predictions</li>
2542           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2543             for one or a group of sequences</li>
2544           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2545             from the JPred4 web server</li>
2546           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2547             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2548             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2549           </li>
2550           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2551             VARNA 2D Structure'</li>
2552           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2553             Structure ..."</li>
2554
2555         </ul> <em>Applet</em>
2556         <ul>
2557           <li>New layout for applet example pages</li>
2558           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2559             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2560           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2561             Protein alignments</li>
2562         </ul> <em>Development and deployment</em>
2563         <ul>
2564           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2565           <li>Include installation type and git revision in build
2566             properties and console log output</li>
2567           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2568             storing BioJsMSA Templates</li>
2569           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2570         </ul></td>
2571       <td>
2572         <!-- <em>General</em>
2573         <ul>
2574         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2575         <ul>
2576           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2577           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2578           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2579             predictions are not highlighted in amber</li>
2580           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2581             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2582           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2583             associated structure views</li>
2584           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2585             width checkbox not enabled</li>
2586           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2587             creating user defined colours</li>
2588           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2589             mappings for just that viewer's sequences</li>
2590           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2591             multiple models in Chimera</li>
2592           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2593             over Jmol structure</li>
2594           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2595             output to text box</li>
2596           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2597             have incorrect sequence start/end</li>
2598           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2599             Jalview fails</li>
2600           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2601             work for nucleotide</li>
2602           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2603             to a grey/invisible alignment window</li>
2604           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2605             imports to different position</li>
2606           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2607             on some platforms</li>
2608           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2609             populated</li>
2610           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2611             console if Chimera has been opened</li>
2612           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2613           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2614             retrieved</li>
2615           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2616           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2617             either sequence shows on first structure</li>
2618           <li>'Show annotations' options should not make
2619             non-positional annotations visible</li>
2620           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2621             in right place after 'view flanking regions'</li>
2622           <li>File Save As type unset when current file format is
2623             unknown</li>
2624           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2625             projects</li>
2626           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2627             responsive</li>
2628           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2629             several views on same alignment</li>
2630           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2631           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2632             spaces</li>
2633         </ul> <em>Applet</em>
2634         <ul>
2635           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2636           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2637             descriptions containing angle brackets</li>
2638         </ul> <em>General</em>
2639         <ul>
2640           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2641             via jalview annotation file</li>
2642           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2643             with RNA secondary structure</li>
2644           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2645             translation doesn't work.</li>
2646           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2647           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2648             positions</li>
2649           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2650             choosing 1pt font</li>
2651           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2652             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2653             'h'</li>
2654           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2655             new feature</li>
2656           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2657             order dependent</li>
2658           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2659             sequences</li>
2660           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2661         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2662         <ul>
2663           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2664             www.jalview.org</li>
2665         </ul> <em>Application Known issues</em>
2666         <ul>
2667           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2668           <li>Misleading message appears after trying to delete
2669             solid column.</li>
2670           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2671             version launches</li>
2672           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2673             fails with a sequence mismatch</li>
2674           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2675             scrolling alignment to right</li>
2676           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2677             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2678           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2679             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2680           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2681             ultra-high resolution</li>
2682           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2683             quality and conservation</li>
2684           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2685             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2686         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2687         <ul>
2688           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2689           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2690             window is being resized</li>
2691
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696       <td><div align="center">
2697           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2698         </div></td>
2699       <td><em>General</em>
2700         <ul>
2701           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2702             Certum.PL.</li>
2703           <li>Features and annotation preserved when performing
2704             pairwise alignment</li>
2705           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2706             imported/exported/displayed</li>
2707           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2708             protein secondary structure</li>
2709           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2710               post-hoc with 2.9 release</em>)
2711           </li>
2712
2713         </ul> <em>Application</em>
2714         <ul>
2715           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2716             with 3D structures</li>
2717           <li>Support for parsing RNAML</li>
2718           <li>Annotations menu for layout
2719             <ul>
2720               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2721               <li>place sequence annotation above/below alignment
2722                 annotation</li>
2723             </ul>
2724           <li>Output in Stockholm format</li>
2725           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2726             translation</li>
2727           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2728           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2729             shared between alignments</li>
2730           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2731             Jalview</li>
2732           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2733             all or current selection</li>
2734           <li>disorder and secondary structure predictions
2735             available as dataset annotation</li>
2736           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2737
2738
2739           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2740             alignments from Rfam</li>
2741           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2742
2743           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2744             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2745           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2746           <li>include installation type in build properties and
2747             console log output</li>
2748           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2749             annotation</li>
2750         </ul></td>
2751       <td>
2752         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2753         <ul>
2754           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2755             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2756           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2757             alignment</li>
2758           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2759           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2760           <li>Double click on sequence associated annotation
2761             selects only first column</li>
2762           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2763             leaves shown in tree</li>
2764           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2765             properly</li>
2766           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2767           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2768             screen and buttons not visible</li>
2769           <li>author list isn't updated if already written to
2770             Jalview properties</li>
2771           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2772             from database</li>
2773           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2774           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2775             browser search window</li>
2776           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2777             in feature settings dialog</li>
2778           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2779             desktop</li>
2780           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2781             pass validation</li>
2782           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2783             fit on screen</li>
2784           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2785             tooltip</li>
2786           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2787             defined user preset</li>
2788           <li>MSA web services warns user if they were launched
2789             with invalid input</li>
2790           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2791             Java 8</li>
2792           <li>
2793             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2794             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2795             created
2796           </li>
2797
2798         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2799         <ul>
2800         </ul> <em>General</em>
2801         <ul>
2802         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2803         <ul>
2804           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2805             memory allocation</li>
2806           <li>launchApp service doesn't automatically open
2807             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2808           <li>
2809             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2810             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2811             1.7_055 is available
2812           </li>
2813         </ul> <em>Application Known issues</em>
2814         <ul>
2815           <li>
2816             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2817             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2818             alignment to right
2819           </li>
2820           <li>
2821             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2822             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2823             with large number of ID
2824           </li>
2825           <li>
2826             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2827             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2828             start/end
2829           </li>
2830           <li>
2831             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2832             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2833             structure tracks are rearranged
2834           </li>
2835           <li>
2836             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2837             invalid rna structure positional highlighting does not
2838             highlight position of invalid base pairs
2839           </li>
2840           <li>
2841             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2842             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2843             project from alignment window file menu
2844           </li>
2845           <li>
2846             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2847             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2848             structures
2849           </li>
2850           <li>
2851             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2852             colour by RNA Helices not enabled when user created
2853             annotation added to alignment
2854           </li>
2855           <li>
2856             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2857             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2858           </li>
2859         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2860         <ul>
2861           <li>
2862             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2863             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2864           </li>
2865           <li>
2866             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2867             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2868           </li>
2869
2870           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2871             when selected</li>
2872         </ul>
2873       </td>
2874     </tr>
2875     <tr>
2876       <td><div align="center">
2877           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2878         </div></td>
2879       <td>
2880         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2881         <em>General</em>
2882         <ul>
2883           <li>Internationalisation of user interface (usually
2884             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2885           <li>Define/Undefine group on current selection with
2886             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2887           <li>Improved group creation/removal options in
2888             alignment/sequence Popup menu</li>
2889           <li>Sensible precision for symbol distribution
2890             percentages shown in logo tooltip.</li>
2891           <li>Annotation panel height set according to amount of
2892             annotation when alignment first opened</li>
2893         </ul> <em>Application</em>
2894         <ul>
2895           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2896             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2897           <li>Select columns containing particular features from
2898             Feature Settings dialog</li>
2899           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2900             sequences</li>
2901           <li>Update Jalview project format:
2902             <ul>
2903               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2904               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2905                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2906               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2907                 colouring</li>
2908             </ul>
2909           </li>
2910           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2911             (PAM250)</li>
2912           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2913             flanking regions for an alignment</li>
2914         </ul>
2915       </td>
2916       <td>
2917         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2918         <ul>
2919           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2920             running after job is cancelled</li>
2921           <li>cannot export features from alignments imported from
2922             Jalview/VAMSAS projects</li>
2923           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2924             float values</li>
2925           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2926             have 'display all symbols' flag set</li>
2927           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2928             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2929           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2930             Jalview</li>
2931           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2932             Lion/Webstart</li>
2933           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2934           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2935           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2936             alignment onto desktop</li>
2937           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2938             'extract scores' function</li>
2939           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2940             alignment window</li>
2941           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2942             performing IUPred disorder prediction</li>
2943           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2944             changing 'normalise logo' display setting</li>
2945           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2946             nothing matches query</li>
2947           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2948             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2949           </li>
2950           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2951             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2952           </li>
2953           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2954             Jalview's menu</li>
2955           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2956             'invalid literal/length code'</li>
2957           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2958             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2959           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2960             colourscheme</li>
2961
2962         </ul> <em>Applet</em>
2963         <ul>
2964           <li>Remove group option is shown even when selection is
2965             not a group</li>
2966           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2967             don't affect groups</li>
2968           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2969             colourscheme name</li>
2970           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2971             Annotation panel is not displayed</li>
2972           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2973             embedded windows</li>
2974         </ul> <em>Other</em>
2975         <ul>
2976           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2977             single sequence were not calculated</li>
2978           <li>annotation files that contain only groups imported as
2979             annotation and junk sequences</li>
2980           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2981             recognised as PFAM or BLC</li>
2982           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2983             doesn't affect background (2.8.0b1)
2984           <li></li>
2985           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2986           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2987             trailing gaps</li>
2988           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2989             registered correctly on import</li>
2990           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2991             certain alignments</li>
2992           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2993             existing annotation based 'use original colours'
2994             colourscheme loses original colours setting</li>
2995         </ul>
2996       </td>
2997     </tr>
2998     <tr>
2999       <td><div align="center">
3000           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3001             <em>30/1/2014</em></strong>
3002         </div></td>
3003       <td>
3004         <ul>
3005           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3006             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3007             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3008             open source project).
3009           </li>
3010           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3011           <li>Output in Stockholm format</li>
3012           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3013           <li>Export/import group and sequence associated line
3014             graph thresholds</li>
3015           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3016             ambiguity codes</li>
3017           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3018             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3019             works</li>
3020           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3021         </ul> <em>Other improvements</em>
3022         <ul>
3023           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3024           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3025             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3026           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3027             files</li>
3028           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3029           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3030             link but no description</li>
3031           <li>Select primary source when selecting authority in
3032             database fetcher GUI</li>
3033           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3034             Jalview</li>
3035           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3036         </ul>
3037       </td>
3038       <td>
3039         <ul>
3040           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3041             displayed</li>
3042           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3043             secondary structure annotation line</li>
3044           <li>Sequence database accessions not imported when
3045             fetching alignments from Rfam</li>
3046           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3047             identical IDs</li>
3048           <li>View all structures does not always superpose
3049             structures</li>
3050           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3051             reflect user or preset settings</li>
3052           <li>Null pointer exceptions for some services without
3053             presets or adjustable parameters</li>
3054           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3055             discover PDB xRefs</li>
3056           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3057             features with DAS</li>
3058           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3059             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3060           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3061             residue follows a gap</li>
3062           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3063             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3064           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3065             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3066           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3067             annotation already exists on alignment</li>
3068           <li>oninit javascript function should be called after
3069             initialisation completes</li>
3070           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3071             alignment window display</li>
3072           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3073           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3074             to annotation file</li>
3075           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3076             groups created</li>
3077           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3078             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3079           <li>Pressing return several times causes Number Format
3080             exceptions in keyboard mode</li>
3081           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3082             correct partitions for input data</li>
3083           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3084           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3085           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3086           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3087             mode</li>
3088           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3089             changes one row&#39;s threshold</li>
3090           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3091             doesn&#39;t open</li>
3092           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3093             quality histograms</li>
3094         </ul>
3095       </td>
3096     </tr>
3097     <tr>
3098       <td><div align="center">
3099           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3100         </div></td>
3101       <td><em>Application</em>
3102         <ul>
3103           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3104             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3105           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3106             preferences</li>
3107           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3108             in Jalview alignment window</li>
3109           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3110             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3111           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3112             RNA and ambiguity codes</li>
3113
3114           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3115           <li>Support fetching and database reference look up
3116             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3117             refs')</li>
3118           <li>Jalview project improvements
3119             <ul>
3120               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3121                 flag for annotation</li>
3122               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3123                 alignment</li>
3124               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3125                 Jalview project</li>
3126
3127             </ul>
3128           </li>
3129           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3130           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3131             running</li>
3132           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3133           <li>visual indication that web service results are still
3134             being retrieved from server</li>
3135           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3136             starts up for first time</li>
3137           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3138             services</li>
3139           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3140             client library</li>
3141           <li>Examples directory and Groovy library included in
3142             InstallAnywhere distribution</li>
3143         </ul> <em>Applet</em>
3144         <ul>
3145           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3146             visualization applet example</li>
3147         </ul> <em>General</em>
3148         <ul>
3149           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3150           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3151             defaults</li>
3152           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3153             calculation</li>
3154           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3155             matrices
3156           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3157             in HTML</li>
3158           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3159             structure contacts</li>
3160           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3161           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3162           <li>Parse sequence associated secondary structure
3163             information in Stockholm files</li>
3164           <li>HTML Export database accessions and annotation
3165             information presented in tooltip for sequences</li>
3166           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3167             style RNA alignment files</li>
3168           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3169             alignment</li>
3170           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3171             shade each sequence according to its associated alignment
3172             annotation</li>
3173           <li>New Jalview Logo</li>
3174         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3175         <ul>
3176           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3177           <li>New Website!</li>
3178         </ul></td>
3179       <td><em>Application</em>
3180         <ul>
3181           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3182             wsdbfetch REST service</li>
3183           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3184           <li>Filetype associations not installed for webstart
3185             launch</li>
3186           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3187             job execution in full once it is complete</li>
3188           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3189             uploaded via ali_file parameter</li>
3190           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3191           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3192           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3193             submitted for prediction</li>
3194           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3195             desktop window</li>
3196           <li>Putting fractional value into integer text box in
3197             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3198           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3199             windows 7</li>
3200           <li>View all structures fails with exception shown in
3201             structure view</li>
3202           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3203             escaped in a platform independent way</li>
3204           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3205             using proxy</li>
3206           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3207             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3208           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3209             failure when java web start temporary file caching is
3210             disabled</li>
3211           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3212             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3213           <li>Errors during processing of command line arguments
3214             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3215           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3216             DAS sources in sequence fetcher</li>
3217           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3218             dialog is shown</li>
3219           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3220           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3221           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3222           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3223             on OSX Mountain Lion</li>
3224           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3225             sequences with alignment annotation are pasted into the
3226             alignment</li>
3227           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3228             when loaded from Jalview project</li>
3229           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3230           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3231             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3232           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3233             associated with all views</li>
3234           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3235             annotation rows to new window</li>
3236         </ul> <em>Applet</em>
3237         <ul>
3238           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3239             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3240           <li>loading features via javascript API automatically
3241             enables feature display</li>
3242           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3243             work</li>
3244         </ul> <em>General</em>
3245         <ul>
3246           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3247           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3248             and then deselected</li>
3249           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3250           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3251             coloured with clustalx</li>
3252           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3253             exceptions and redraw errors</li>
3254           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3255             reconfigured view</li>
3256           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3257             colour</li>
3258           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3259             for lots of labels</li>
3260         </ul>
3261     </tr>
3262     <tr>
3263       <td>
3264         <div align="center">
3265           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3266         </div>
3267       </td>
3268       <td><em>Application</em>
3269         <ul>
3270           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3271           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3272           <li>View/alignment association menu to enable user to
3273             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3274             its colours/correspondences from</li>
3275           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3276           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3277             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3278           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3279           <li>Annotation row column label formatting attributes
3280             stored in project file</li>
3281           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3282             rows preserved in Jalview project file</li>
3283           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3284             saved using Desktop window menu</li>
3285           <li>Visual indication that command line arguments are
3286             still being processed</li>
3287           <li>Groovy script execution from URL</li>
3288           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3289             preferences</li>
3290           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3291             alignment with sequences that have high similarity and
3292             matching IDs</li>
3293           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3294           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3295             structures in same window</li>
3296           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3297           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3298             analysis function in its own submenu</li>
3299         </ul> <em>Applet</em>
3300         <ul>
3301           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3302             groups</li>
3303           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3304           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3305           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3306           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3307           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3308             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3309           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3310           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3311             parameters are treated as such</li>
3312           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3313             <ul>
3314               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3315               <li>Javascript callbacks for
3316                 <ul>
3317                   <li>Applet initialisation</li>
3318                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3319                 </ul>
3320               </li>
3321               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3322                 functions</li>
3323               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3324               <li>javascript structure viewer harness to pass
3325                 messages between Jmol and Jalview when running as
3326                 distinct applets</li>
3327               <li>sortBy method</li>
3328               <li>Set of applet and application examples shipped
3329                 with documentation</li>
3330               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3331                 javascript message exchange</li>
3332             </ul>
3333         </ul> <em>General</em>
3334         <ul>
3335           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3336             multiple alignments</li>
3337           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3338           <li>User configurable link to enable redirects to a
3339             www.Jalview.org mirror</li>
3340           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3341           <li>Configurable newline string when writing alignment
3342             and other flat files</li>
3343           <li>Allow alignment annotation description lines to
3344             contain html tags</li>
3345         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3346         <ul>
3347           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3348             examples</li>
3349           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3350             using a web service before displaying the result in the
3351             Jalview desktop</li>
3352           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3353           <li>Ant target to publish example html files with applet
3354             archive</li>
3355           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3356           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3357         </ul></td>
3358       <td><em>Application</em>
3359         <ul>
3360           <li>User defined colourscheme throws exception when
3361             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3362           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3363             dialog for valid filename/format</li>
3364           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3365           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3366             P37173</li>
3367           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3368             which sequence is to be associated with the file</li>
3369           <li>Find All raises null pointer exception when query
3370             only matches sequence IDs</li>
3371           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3372           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3373             2.4 cannot be loaded</li>
3374           <li>Filetype associations not installed for webstart
3375             launch</li>
3376           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3377             with sequences in different alignments do not get coloured
3378             by their associated sequence</li>
3379           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3380             not preserved when project is loaded</li>
3381           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3382             stored in Jalview project</li>
3383           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3384             Jalview project</li>
3385           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3386           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3387             by conservation</li>
3388           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3389             created on new view</li>
3390           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3391             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3392           <li>Alignment quality not updated after alignment
3393             annotation row is hidden then shown</li>
3394           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3395             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3396           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3397             properly</li>
3398           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3399             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3400           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3401           <li>Structures imported from file and saved in project
3402             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3403           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3404             job execution in full once it is complete</li>
3405         </ul> <em>Applet</em>
3406         <ul>
3407           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3408             annotation rows are displayed</li>
3409           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3410             codebase</li>
3411           <li>View follows highlighting does not work for positions
3412             in sequences</li>
3413           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3414           <li>Export features raises exception when no features
3415             exist</li>
3416           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3417             for javascript api is modified when separator string
3418             provided as parameter</li>
3419           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3420             alignment with no existing selection</li>
3421           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3422             to applet&#39;s codebase</li>
3423           <li>Status bar not updated after finished searching and
3424             search wraps around to first result</li>
3425           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3426             several Jalview applets causes race conditions and memory
3427             leaks</li>
3428           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3429             not sent from Jmol in applet</li>
3430           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3431             applet API fatally hang browser</li>
3432         </ul> <em>General</em>
3433         <ul>
3434           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3435             position with wrapped view and hidden regions</li>
3436           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3437             with/without hidden columns</li>
3438           <li>Sequence length given in alignment properties window
3439             is off by 1</li>
3440           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3441             import PDB like structure files</li>
3442           <li>Positional search results are only highlighted
3443             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3444           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3445           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3446             given sequence position</li>
3447           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3448             output</li>
3449           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3450             from nucleotide chains correctly</li>
3451           <li>Structure colours not updated when tree partition
3452             changed in alignment</li>
3453           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3454             parsed in interleaved stockholm</li>
3455           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3456             state</li>
3457           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3458             properly</li>
3459           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3460             properly associated with their pdb files</li>
3461         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3462         <ul>
3463           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3464             ApplyCopyright tool</li>
3465         </ul></td>
3466     </tr>
3467     <tr>
3468       <td>
3469         <div align="center">
3470           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3471         </div>
3472       </td>
3473       <td><em>Application</em>
3474         <ul>
3475           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3476             contact web services</li>
3477           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3478             service job window</li>
3479           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3480         </ul></td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3484             pir file emitted by Jalview</li>
3485           <li>Existing feature settings transferred to new
3486             alignment view created from cut'n'paste</li>
3487           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3488             parsing PDB files</li>
3489           <li>Consensus and conservation annotation rows
3490             occasionally become blank for all new windows</li>
3491           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3492             in wrapped view mode</li>
3493         </ul> <em>Application</em>
3494         <ul>
3495           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3496             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3497           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3498             parameter names</li>
3499           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3500             is down</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503     </tr>
3504     <tr>
3505       <td>
3506         <div align="center">
3507           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3508         </div>
3509       </td>
3510       <td><em>Application</em>
3511         <ul>
3512           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3513             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3514             (JABAWS)
3515           </li>
3516           <li>Web Services preference tab</li>
3517           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3518             preferences</li>
3519           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3520           <li>Superpose structures using associated sequence
3521             alignment</li>
3522           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3523             viewer</li>
3524         </ul> <em>Applet</em>
3525         <ul>
3526           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3527             link out mechanism</li>
3528         </ul> <em>Other</em>
3529         <ul>
3530           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3531             series 12</li>
3532           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3533             require Java 1.5</li>
3534           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3535             sequence annotation files</li>
3536           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3537             type colour specification</li>
3538           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3539             script to check if it being run in an interactive session or
3540             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3541         </ul></td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3545             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3546         </ul> <em>Application</em>
3547         <ul>
3548           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3549             selected Regions menu item</li>
3550           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3551             part of a valid accession ID</li>
3552           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3553             runs out of memory</li>
3554           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3555             analysis results</li>
3556           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3557             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3558           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3559         </ul> <em>Applet</em>
3560         <ul>
3561           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3562             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3563             defined.</li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566     </tr>
3567     <tr>
3568       <td>
3569         <div align="center">
3570           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3571         </div>
3572       </td>
3573       <td></td>
3574       <td>
3575         <ul>
3576           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3577             sequence IDs</li>
3578           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3579             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3580           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3581             import correctly</li>
3582           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3583             number of columns are hidden</li>
3584           <li>annotation label popup menu not providing correct
3585             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3586             present</li>
3587           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3588             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3589           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3590             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3591
3592         </ul> <em>Applet</em>
3593         <ul>
3594           <li>annotation panel disappears when annotation is
3595             hidden/removed</li>
3596         </ul> <em>Application</em>
3597         <ul>
3598           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3599             alignment opened where annotation panel is visible but no
3600             annotations are present on alignment</li>
3601           <li>pasted region containing hidden columns is
3602             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3603           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3604             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3605           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3606             selected Rregions menu item.</li>
3607           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3608             'Un' or 'Non'conserved</li>
3609           <li>Sequence feature settings are being shared by
3610             multiple distinct alignments</li>
3611           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3612             changed</li>
3613           <li>double click on group annotation to select sequences
3614             does not propagate to associated trees</li>
3615           <li>Mac OSX specific issues:
3616             <ul>
3617               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3618                 window background</li>
3619               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3620                 name set correctly</li>
3621               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3622                 save feature colourscheme button</li>
3623             </ul>
3624           </li>
3625         </ul>
3626       </td>
3627     </tr>
3628     <tr>
3629
3630       <td>
3631         <div align="center">
3632           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3633         </div>
3634       </td>
3635       <td><em>New Capabilities</em>
3636         <ul>
3637           <li>URL links generated from description line for
3638             regular-expression based URL links (applet and application)
3639
3640           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3641             menu</li>
3642           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3643             structures</li>
3644           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3645             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3646           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3647             average score or total feature count for each sequence.</li>
3648           <li>Shading features by score or associated description</li>
3649           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3650             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3651           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3652             hide everything but the currently selected region.</li>
3653           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3654         </ul> <em>Application</em>
3655         <ul>
3656           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3657             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3658           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3659             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3660           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3661             database references and protein_name is parsed as
3662             description line (BioSapiens terms).</li>
3663           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3664             references in sequence ID tooltip from View menu in
3665             application.</li>
3666           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3667       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3668           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3669             conservation plots</li>
3670           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3671             and visualized as sequence logos</li>
3672           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3673             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3674           </li>
3675           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3676             when a new tree is opened.</li>
3677           <li>Jalview Java Console</li>
3678           <li>Better placement of desktop window when moving
3679             between different screens.</li>
3680           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3681             consensus annotation</li>
3682           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3683             Workflows</li>
3684           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3685             <ul>
3686               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3687                 used to preserve views, structures, and tree display
3688                 settings)</li>
3689               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3690                 command line</li>
3691               <li>Sharing of selected regions between views and
3692                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3693               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3694             </ul></li>
3695         </ul> <em>Applet</em>
3696         <ul>
3697           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3698           <li>New Parameters
3699             <ul>
3700               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3701                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3702                 opened.</li>
3703               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3704                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3705               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3706                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3707               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3708                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3709                 view</li>
3710               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3711                 increase the height or width of a cell in the alignment
3712                 grid relative to the current font size.</li>
3713             </ul>
3714           </li>
3715           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3716             tooltip</li>
3717         </ul> <em>Other</em>
3718         <ul>
3719           <li>Features format: graduated colour definitions and
3720             specification of feature scores</li>
3721           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3722             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3723             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3724           <li>XML formats extended to support graduated feature
3725             colourschemes, group associated annotation, and profile
3726             visualization settings.</li></td>
3727       <td>
3728         <ul>
3729           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3730             rather than description</li>
3731           <li>Non-positional features are now included in sequence
3732             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3733             visibility in tooltip).</li>
3734           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3735           <li>Added URL embedding instructions to features file
3736             documentation.</li>
3737           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3738             'X' in peptide product</li>
3739           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3740             sequence ID and sequence string and query strings do not
3741             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3742           <li>AMSA files only contain first column of
3743             multi-character column annotation labels</li>
3744           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3745             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3746             exported and re-imported)</li>
3747           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3748             name</li>
3749           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3750             as subsequence matches, and correctly reports total number
3751             of both.</li>
3752           <li>Application:
3753             <ul>
3754               <li>Better handling of exceptions during sequence
3755                 retrieval</li>
3756               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3757                 link text excludes the start_end suffix</li>
3758               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3759                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3760               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3761               <li>Sequence description lines properly shared via
3762                 VAMSAS</li>
3763               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3764                 data sources</li>
3765               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3766                 completes before alignment figures are generated.</li>
3767               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3768                 first time.</li>
3769               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3770                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3771               <li>User defined group colours properly recovered
3772                 from Jalview projects.</li>
3773             </ul>
3774           </li>
3775         </ul>
3776       </td>
3777
3778     </tr>
3779     <tr>
3780       <td>
3781         <div align="center">
3782           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3783         </div>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>Experimental support for google analytics usage
3788             tracking.</li>
3789           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3790         </ul>
3791       </td>
3792       <td>
3793         <ul>
3794           <li>Race condition in applet preventing startup in
3795             jre1.6.0u12+.</li>
3796           <li>Exception when feature created from selection beyond
3797             length of sequence.</li>
3798           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3799           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3800             all sequences with a given id</li>
3801           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3802             ID string searches</li>
3803           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3804             alignment to fail with exception</li>
3805         </ul> <em>Application Issues</em>
3806         <ul>
3807           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3808           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3809             data sources</li>
3810         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3811         <ul>
3812           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3813             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3814           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3815             version (java class versioning error fixed)</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821
3822         <div align="center">
3823           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3824         </div>
3825       </td>
3826       <td><em>User Interface</em>
3827         <ul>
3828           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3829             translation and protein products</li>
3830           <li>Linked highlighting of structure associated with
3831             residue mapping to codon position</li>
3832           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3833             and 'clear' button</li>
3834           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3835             Tools menu</li>
3836           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3837             numeric data in description line</li>
3838           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3839           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3840             of sequence</li>
3841         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3842         <ul>
3843           <li>JPred3 web service</li>
3844           <li>Prototype sequence search client (no public services
3845             available yet)</li>
3846           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3847             PFAM</li>
3848           <li>URL Links created for matching database cross
3849             references as well as sequence ID</li>
3850           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3851         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3852         <ul>
3853           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3854             databases</li>
3855           <li>Generalised database reference retrieval and
3856             validation to all fetchable databases</li>
3857           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3858             sequence command</li>
3859         </ul> <em>Import and Export</em>
3860         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3861         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3862           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3863         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3864           File</li>
3865         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3866           triplet as name of colourscheme</li>
3867         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3868         <ul>
3869           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3870           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3871             alignments (experimental)</li>
3872           <li>Create new or select existing session to join</li>
3873           <li>load and save of vamsas documents</li>
3874         </ul> <em>Application command line</em>
3875         <ul>
3876           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3877             from applet)</li>
3878           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3879             of DAS servers to query for alignment features</li>
3880           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3881             that are also automatically queried for features</li>
3882           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3883             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3884         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3885         <ul>
3886           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3887             application (when using &quot;View in full
3888             application&quot;)</li>
3889         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3890         <ul>
3891           <li>feature group display control parameter</li>
3892           <li>debug parameter</li>
3893           <li>showbutton parameter</li>
3894         </ul> <em>Applet API methods</em>
3895         <ul>
3896           <li>newView public method</li>
3897           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3898           <li>Feature display control methods</li>
3899           <li>get list of currently selected sequences</li>
3900         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3901         <ul>
3902           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3903           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3904             Jalview release.</li>
3905           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3906             property controls execution of obfuscator</li>
3907           <li>Build target for generating source distribution</li>
3908           <li>Debug flag for javacc</li>
3909           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3910             jalview.bin.Cache</li>
3911           <li>Continuous Build Integration for stable and
3912             development version of Application, Applet and source
3913             distribution</li>
3914         </ul></td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>selected region output includes visible annotations
3918             (for certain formats)</li>
3919           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3920             for editing</li>
3921           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3922           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3923           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3924           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3925             comments</li>
3926           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3927             filenames containing a ':'</li>
3928           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3929             global sequence features</li>
3930           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3931             references from alignment sequences goes to zero</li>
3932           <li>Close of tree branch colour box without colour
3933             selection causes cascading exceptions</li>
3934           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3935           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3936             file parsing fails.</li>
3937           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3938           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3939             not a valid output format</li>
3940           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3941             vamsas</li>
3942           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3943           <li>error messages passed up and output when data read
3944             fails</li>
3945           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3946             sequence is edited</li>
3947           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3948             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3949           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3950             filetype</li>
3951           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3952             import fixed for PFAM records</li>
3953           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3954             window list</li>
3955           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3956             can be read and written correctly to annotation file</li>
3957           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3958             correctly</li>
3959           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3960             non-italic font for representatives in Applet</li>
3961           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3962             Macs.</li>
3963           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3964             Applet)</li>
3965           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3966             due to null pointer exceptions</li>
3967           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3968             first column of alignment</li>
3969           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3970             July 2008</li>
3971           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3972             file is case-insensitive</li>
3973           <li>Sequence features read from Features file appended to
3974             all sequences with matching IDs</li>
3975           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3976             containing a sub-sequence</li>
3977           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3978           <li>feature and annotation file applet parameters
3979             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3980           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3981           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3982             splash-screen version check to complete</li>
3983           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3984             when passing them to the launchApp service</li>
3985           <li>display name and local features preserved in results
3986             retrieved from web service</li>
3987           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3988             sequence fetcher initialisation</li>
3989           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3990             dasobert DAS client</li>
3991           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3992             association</li>
3993           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3994             sequences
3995           </li>
3996         </ul>
3997       </td>
3998     </tr>
3999     <tr>
4000       <td>
4001         <div align="center">
4002           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4003         </div>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4008           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4009           <li>Slide sequences</li>
4010           <li>Edit sequence in place</li>
4011           <li>EMBL CDS features</li>
4012           <li>DAS Feature mapping</li>
4013           <li>Feature ordering</li>
4014           <li>Alignment Properties</li>
4015           <li>Annotation Scores</li>
4016           <li>Sort by scores</li>
4017           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020       <td>
4021         <ul>
4022           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4023           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4024           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4025           <li>Feature group display state in XML</li>
4026           <li>Feature ordering in XML</li>
4027           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4028           <li>Stockholm alignment properties</li>
4029           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4030           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4031           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4032           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4033         </ul>
4034       </td>
4035
4036     </tr>
4037     <tr>
4038       <td>
4039         <div align="center">
4040           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4041         </div>
4042       </td>
4043       <td>
4044         <ul>
4045           <li>Non standard characters can be read and displayed
4046           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4047             applet via textbox
4048           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4049             name &amp; description
4050           <li>Preference setting to display sequence name in
4051             italics
4052           <li>Annotation file format extended to allow
4053             Sequence_groups to be defined
4054           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4055             specified in preferences
4056           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4057             sequences
4058         </ul>
4059       </td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4063             installed
4064           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4065           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4066         </ul>
4067       </td>
4068     </tr>
4069     <tr>
4070       <td>
4071         <div align="center">
4072           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4073         </div>
4074       </td>
4075       <td>
4076         <ul>
4077           <li>Multiple views on alignment
4078           <li>Sequence feature editing
4079           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4080           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4081           <li>Background dependent text colour
4082           <li>Right align sequence ids
4083           <li>User-defined lower case residue colours
4084           <li>Format Menu
4085           <li>Select Menu
4086           <li>Menu item accelerator keys
4087           <li>Control-V pastes to current alignment
4088           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4089           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4090           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4091
4092           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4093         </ul>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4098           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4099             calculations
4100           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4101             edits
4102           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4103             of alignment)
4104           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4105
4106           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4107             display correctly
4108           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4109           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4110             analysis results
4111           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4112             &#8739;
4113           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4114           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4115           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4116
4117         </ul>
4118       </td>
4119     </tr>
4120     <tr>
4121       <td>
4122         <div align="center">
4123           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4124         </div>
4125       </td>
4126       <td>
4127         <ul>
4128           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4129         </ul>
4130       </td>
4131       <td>
4132         <ul>
4133           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4134             sequence id panel has been resized</li>
4135           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4136             rendered</li>
4137           <li>Annotation files with sequence references - all
4138             elements in file are relative to sequence position</li>
4139           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4140         </ul>
4141       </td>
4142     </tr>
4143     <tr>
4144       <td>
4145         <div align="center">
4146           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4147         </div>
4148       </td>
4149       <td>
4150         <ul>
4151           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4152           <li>DAS Feature fetching</li>
4153           <li>Hide sequences and columns</li>
4154           <li>Export Annotations and Features</li>
4155           <li>GFF file reading / writing</li>
4156           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4157             files</li>
4158           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4159           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4160           <li>Applet can launch the full application</li>
4161           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4162             required)</li>
4163           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4164           <li>Applet can load sequences from parameter
4165             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4166           </li>
4167         </ul>
4168       </td>
4169       <td>
4170         <ul>
4171           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4172           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4173           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4174         </ul>
4175       </td>
4176     </tr>
4177     <tr>
4178       <td>
4179         <div align="center">
4180           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4181         </div>
4182       </td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4186           <li>Choose to match case when searching</li>
4187           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4188             expand the visible width and height of the alignment</li>
4189         </ul>
4190       </td>
4191       <td>
4192         <ul>
4193           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4194         </ul>
4195       </td>
4196     </tr>
4197     <tr>
4198       <td>
4199         <div align="center">
4200           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4201         </div>
4202       </td>
4203       <td>&nbsp;</td>
4204       <td>
4205         <ul>
4206           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4207           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4208             value</li>
4209         </ul>
4210       </td>
4211     </tr>
4212     <tr>
4213       <td>
4214         <div align="center">
4215           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4216         </div>
4217       </td>
4218       <td>
4219         <ul>
4220           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4221           <li>Keyboard editing</li>
4222           <li>Create sequence features from searches</li>
4223           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4224             alignments</li>
4225           <li>Features file allows grouping of features</li>
4226           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4227           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4228           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4229         </ul>
4230       </td>
4231       <td>
4232         <ul>
4233           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4234           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4235             descriptions saved.</li>
4236         </ul>
4237       </td>
4238     </tr>
4239     <tr>
4240       <td>
4241         <div align="center">
4242           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4243         </div>
4244       </td>
4245       <td>
4246         <ul>
4247           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4248           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4249           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4250             name for file output</li>
4251           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4252           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4253             used for HTML form input</li>
4254         </ul>
4255       </td>
4256       <td>
4257         <ul>
4258           <li>HTML output writes groups and features</li>
4259           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4260           <li>File IO bugs</li>
4261         </ul>
4262       </td>
4263     </tr>
4264     <tr>
4265       <td>
4266         <div align="center">
4267           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4268         </div>
4269       </td>
4270       <td>
4271         <ul>
4272           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4273           <li>More options for PCA viewer</li>
4274         </ul>
4275       </td>
4276       <td>
4277         <ul>
4278           <li>GUI bugs resolved</li>
4279           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4280         </ul>
4281       </td>
4282     </tr>
4283     <tr>
4284       <td height="63">
4285         <div align="center">
4286           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4287         </div>
4288       </td>
4289       <td>
4290         <ul>
4291           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4292           <li>Jar files are executable</li>
4293           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4294         </ul>
4295       </td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4299           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4300           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4301         </ul>
4302       </td>
4303     </tr>
4304     <tr>
4305       <td>
4306         <div align="center">
4307           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4308         </div>
4309       </td>
4310       <td>
4311         <ul>
4312           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4313         </ul>
4314       </td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4318         </ul>
4319       </td>
4320     </tr>
4321     <tr>
4322       <td>
4323         <div align="center">
4324           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4325         </div>
4326       </td>
4327       <td>
4328         <ul>
4329           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4330             size</li>
4331         </ul>
4332       </td>
4333       <td>
4334         <ul>
4335           <li>Improved JPred client reliability</li>
4336           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339     </tr>
4340     <tr>
4341       <td>
4342         <div align="center">
4343           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4344         </div>
4345       </td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4349           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4350           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4351             to Colour Menu</li>
4352           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4353           <li>Unix users can set default web browser</li>
4354           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4355           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4356         </ul>
4357       </td>
4358       <td>
4359         <ul>
4360           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4361         </ul>
4362       </td>
4363     </tr>
4364     <tr>
4365       <td>
4366         <div align="center">
4367           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4368         </div>
4369       </td>
4370       <td>&nbsp;</td>
4371       <td>
4372         <ul>
4373           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4374             alignment order.</li>
4375         </ul>
4376       </td>
4377     </tr>
4378     <tr>
4379       <td>
4380         <div align="center">
4381           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4382         </div>
4383       </td>
4384       <td>
4385         <ul>
4386           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4387           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4388           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4389             annotations.</li>
4390           <li>Version and build date written to build properties
4391             file.</li>
4392           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4393             at launch of Jalview.</li>
4394         </ul>
4395       </td>
4396       <td>
4397         <ul>
4398           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4399           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4400           <li>Can remove groups one by one.</li>
4401           <li>Filechooser icons installed.</li>
4402           <li>Finder ignores return character when searching.
4403             Return key will initiate a search.<br>
4404           </li>
4405         </ul>
4406       </td>
4407     </tr>
4408     <tr>
4409       <td>
4410         <div align="center">
4411           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4412         </div>
4413       </td>
4414       <td>
4415         <ul>
4416           <li>New codebase</li>
4417         </ul>
4418       </td>
4419       <td>&nbsp;</td>
4420     </tr>
4421   </table>
4422   <p>&nbsp;</p>
4423 </body>
4424 </html>