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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  69             Jalview project or alignment files</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  72             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  73             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  78             'Translate as cDNA'</li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  83             multiple groups when working with large alignments</li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  86             parsing stockholm files</li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  91             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  92             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  93             column 9 of GFF file)</li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide sequences</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2792 -->Popup report of a selected sequence feature's details</li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
 100             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 103             only visible region of alignment (this can be changed in
 104             user preferences)</li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 109           all sequences are hidden</li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 112           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 133             to a hidden column marker</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image incrementally</li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-2965 -->PCA depth queuing with graduated colours</li>
 138         </ul>
 139         <em>Deprecations</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 143             capabilities removed from the Jalview Desktop
 144           </li>
 145         </ul>
 146         <em>Release Processes</em>
 147         <ul>
 148           <li>
 149           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 150             unattended Test Suite execution</li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 153             operations</li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 156             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 159             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 160             and XML based data retrieval clients</li>
 161         </ul>
 162       </td>
 163     <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 171             Jalview project involving multiple views</li>
 172           <li>
 173             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 174             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 175             Annotation dialog hides columns</li>
 176           <li>
 177             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 178             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 179             selection in one view, then making another selection in the
 180             other view</li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 185             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 188             or the overview updates with large alignments</li>
 189           <li>
 190             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 191             region if columns were selected by dragging right-to-left
 192             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 195             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 196           <li>
 197             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 198             on export as Jalview features file</li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 201             printed when columns are hidden</li>
 202           <li>
 203             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 206             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 221             opening an alignment</li>
 222           <li>
 223             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 226             different groups in the alignment are selected</li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 249         </ul>
 250         <em>Editing</em>
 251         <ul>
 252           <li>
 253             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 254             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 255             via 'Edit' sequence</li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 258             sequence features correctly when start of sequence is
 259             removed (Known defect since 2.10)</li>
 260         </ul>
 261         <em>New Known Defects</em>
 262         <ul>
 263           <li>
 264             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 267         </ul>
 268       </td>
 269     </tr>
 270     <tr>
 271     <td width="60" nowrap>
 272       <div align="center">
 273         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 274       </div>
 275     </td>
 276     <td><div align="left">
 277         <em></em>
 278         <ul>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 281               InstallAnywhere increased to 1G.
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 285               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 286               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 287                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 288                 properties file.</em>
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 292               API and sequence data now imported as JSON.
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 296               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 297               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 298               property.
 299             </li>
 300           </ul>
 301           <em>Development</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 305               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 306                 Clover</a>
 307             </li>
 308           </ul>
 309         </div></td>
 310     <td><div align="left">
 311         <em></em>
 312         <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 315               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 316               alignment.
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 320               annotation displayed.
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 324               for newly created group when 'Apply to all groups'
 325               selected
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 329               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 330               visible.
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 334               when sequences are selected in exported view.</em>
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 338               aren't rendered with correct colour.
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 342               types of knotted RNA secondary structure.
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 346               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 347               do not start at 1.
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 351               annotation when columns are inserted into an alignment,
 352               and when exporting as Stockholm flatfile.
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 356               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 357               treated as RNA secondary structure.
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 361               (not .jar) when saving a jalview project file.
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 365               transfers focus to previous window on OSX
 366             </li>
 367           </ul>
 368           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 372               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 373               box.
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 377               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 378               'look and feel' which has improved compatibility with the
 379               latest version of OSX.
 380             </li>
 381           </ul>
 382         </div>
 383     </td>
 384     </tr>
 385     <tr>
 386       <td width="60" nowrap>
 387         <div align="center">
 388           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 389             <em>7/06/2018</em></strong>
 390         </div>
 391       </td>
 392       <td><div align="left">
 393           <em></em>
 394           <ul>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 397               annotation retrieved from Uniprot
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 401               onto the Jalview Desktop
 402             </li>
 403           </ul>
 404         </div></td>
 405       <td><div align="left">
 406           <em></em>
 407           <ul>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 410               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 414               right-hand column parsed correctly
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 418               not alignment area in exported graphic
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 422               window has input focus
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 426               annotation added to view (Windows)
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 430               network connectivity is poor
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 434               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 435                 the currently open URL and links from a page viewed in
 436                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 437                 you are using Edge, only links in the page can be
 438                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 439                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 440             </li>
 441           </ul>
 442         </div></td>
 443     </tr>
 444     <tr>
 445       <td width="60" nowrap>
 446         <div align="center">
 447           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 448         </div>
 449       </td>
 450       <td><div align="left">
 451           <em></em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 455               for disabling automatic superposition of multiple
 456               structures and open structures in existing views
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 460               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 461               adjust them.
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 465               Ensembl services
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 469               and lots of hidden columns
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 473               of features (particularly when transparency is disabled)
 474             </li>
 475           </ul>
 476           </div>
 477       </td>
 478       <td><div align="left">
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 482               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 486               overlapping alignment panel
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 490               sequence as gaps
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 494               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 495               UTR
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 499               factor annotation not added to sequence when local PDB
 500               file associated with it by drag'n'drop or structure
 501               chooser
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 505               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 509               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 513               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 517               columns in annotation row
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 521               honored in batch mode
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 525               for structures added to existing Jmol view
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 529               entries after importing project with multiple views
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 533               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 534               with negative residue numbers or missing residues fails
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 538               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 539               as generated by CONSURF)
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 543               tooltip doesn't include a text description of mutation
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 547               structure and/or overview windows are also shown
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 551               very slow for alignments with large numbers of sequences
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 555               with 'StringIndexOutOfBounds'
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 559               platforms running Java 10
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 563               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 564             </li>
 565           </ul>
 566           <em>Applet</em>
 567           <ul>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 570               should copy the group consensus when popup is opened on it
 571             </li>
 572           </ul>
 573           <em>Batch Mode</em>
 574           <ul>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 577           </li>
 578           </ul>
 579           <em>New Known Defects</em>
 580           <ul>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 583               editing a large alignment and overview is displayed
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 587               repeatedly after a series of edits even when the overview
 588               is no longer reflecting updates
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 592               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 593               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 594               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 595             </li>
 596           </ul>
 597         </div>
 598           </td>
 599     </tr>
 600     <tr>
 601       <td width="60" nowrap>
 602         <div align="center">
 603           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 604         </div>
 605       </td>
 606       <td><div align="left">
 607           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 608               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 609       <td><div align="left">
 610           <em>Desktop</em><ul>
 611           <ul>
 612             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 613             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 614             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 615             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 616             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 617             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 618             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 619           </ul>
 620           </div>
 621       </td>
 622     </tr>
 623     <tr>
 624       <td width="60" nowrap>
 625         <div align="center">
 626           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 627         </div>
 628       </td>
 629       <td><div align="left">
 630           <em></em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 634               rendering of sequence features
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 638               429 rate limit request hander
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 642               their colours have changed
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 646               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 650               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 654               view from Ensembl locus cross-references
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 658               Alignment report
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 662               feature can be disabled
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 666               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 670               Uniprot
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>Scripting</em>
 674           <ul>
 675             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 676             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 677               percent identity scores for current alignment.</li>
 678           </ul>
 679           <em>Testing and Deployment</em>
 680           <ul>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 683             </li>
 684           </ul>
 685         </div></td>
 686       <td><div align="left">
 687           <em>General</em>
 688           <ul>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 691               threshold text field doesn't trigger an update to the
 692               alignment view
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 696               strings in parallel
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 700               alignment window is closed
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 704               group visibility
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 708               takes a long time in Cursor mode
 709             </li>
 710           </ul>
 711           <em>Desktop</em>
 712           <ul>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 715               cannot be viewed in Chimera
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 719               CDS/Protein view
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 723               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 724               Search Dialogs
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 734               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 738               scrolling right in unwapped alignment view
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 742               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 743               database
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 747               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 751               features of same type and group to be selected for
 752               amending
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 756               alignments when hidden columns are present
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 760               displaying several structures
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 764               moving a window
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 768               within the Jalview desktop on OSX
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 772               when in wrapped alignment mode
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 776               hand end of alignment
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 780               each selected sequence do not have correct start/end
 781               positions
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 785               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 789               restoring project until a new view is created
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 793               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 794               configured (since 2.10.2b2)
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 798               position is adjusted
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 802               in a multi-chain structure when viewing alignment
 803               involving more than one chain (since 2.10)
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 807               if new selection moves alignment window
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 811               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 815               that produces correctly annotated transcripts and products
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 819               doesn't update associated structure view
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>Applet</em><br />
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 826               closing alignment panel
 827             </li>
 828           </ul>
 829           <em>BioJSON</em><br />
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 833               non-positional features
 834             </li>
 835           </ul>
 836           <em>New Known Issues</em>
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 840               sequence features correctly (for many previous versions of
 841               Jalview)
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 845               using cursor in wrapped panel other than top
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 849               graduated colour threshold
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 853               always preserve numbering and sequence features
 854             </li>
 855           </ul>
 856           <em>Known Java 9 Issues</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 860               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 861               9.01, OSX 10.10)
 862             </li>
 863           </ul>
 864         </div></td>
 865     </tr>
 866     <tr>
 867       <td width="60" nowrap>
 868         <div align="center">
 869           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 870             <em>2/10/2017</em></strong>
 871         </div>
 872       </td>
 873       <td><div align="left">
 874           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 878             </li>
 879             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 880             </li>
 881           </ul>
 882         </div></td>
 883       <td><div align="left">
 884         </div></td>
 885     </tr>
 886     <tr>
 887       <td width="60" nowrap>
 888         <div align="center">
 889           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 890             <em>7/9/2017</em></strong>
 891         </div>
 892       </td>
 893       <td><div align="left">
 894           <em></em>
 895           <ul>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 898               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 899               white)
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 903               Preferences
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 907               in size and progress bar shown as higher resolution
 908               overview is recalculated
 909             </li>
 910
 911           </ul>
 912         </div></td>
 913       <td><div align="left">
 914           <em></em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 918               column region row by row
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 922               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 926               format setting is unticked
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 930               if group has show boxes format setting unticked
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 934               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 935               include sequences and columns not currently displayed
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 939               assemblies are imported via CIF file
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 943               displayed when threshold or conservation colouring is also
 944               enabled.
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 948               server version
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 952               dragging a selected region off the visible region of the
 953               alignment
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 957               colourscheme to all groups in a view
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 961               initially after font size change using the Font chooser or
 962               middle-mouse zoom
 963             </li>
 964           </ul>
 965         </div></td>
 966     </tr>
 967     <tr>
 968       <td width="60" nowrap>
 969         <div align="center">
 970           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 971         </div>
 972       </td>
 973       <td><div align="left">
 974           <em>Calculations</em>
 975           <ul>
 976
 977             <li>
 978               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 979               ungapped positions in each column of the alignment.
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 983               a calculation dialog box
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 987               and memory efficiency (~30x faster)
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 991               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 992               and other calculations
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 996               files within the Jalview codebase
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1000               Similarity may have different topology due to increased
1001               precision
1002             </li>
1003           </ul>
1004           <em>Rendering</em>
1005           <ul>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1008               model for alignments and groups
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1012               scripts
1013             </li>
1014           </ul>
1015           <em>Overview</em>
1016           <ul>
1017             <li>
1018               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1019               with alignment and overview windows
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1023               overview
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1027               omitted in Overview
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1031               adjustment of visible position
1032             </li>
1033           </ul>
1034
1035           <em>Data import/export</em>
1036           <ul>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1039               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1043               annotation input/output via stockholm flatfile
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1047               extension when importing structure files without embedded
1048               names or PDB accessions
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1052               format sequence substitution matrices
1053             </li>
1054           </ul>
1055           <em>User Interface</em>
1056           <ul>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1059               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1060               the application.
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1064               via Overview or sequence motif search operations
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1068               opened by double clicking gaps within sequence feature
1069               extent
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1073               aligned positions were available to create a 3D structure
1074               superposition.
1075             </li>
1076           </ul>
1077           <em>3D Structure</em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1081               coloured in linked structure views
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1085               file-based command exchange
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1089               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1090               structures are already available for sequences
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1094               the Jalview project rather than downloaded again when the
1095               project is reopened.
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1099               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1100               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1101                 Feature</strong>)
1102             </li>
1103           </ul>
1104           <em>Web Services</em>
1105           <ul>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1111               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1112               Analysis services
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1116               cross-references provided by identifiers.org and the
1117               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1118             </li>
1119           </ul>
1120
1121           <em>Scripting</em>
1122           <ul>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1125               identifying file formats (instead of String constants)
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1129               efficiency when counting all displayed features (not
1130               backwards compatible with 2.10.1)
1131             </li>
1132           </ul>
1133           <em>Example files</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1137               included in the example feature file
1138             </li>
1139           </ul>
1140           <em>Documentation</em>
1141           <ul>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1144               with the built-in Java help viewer
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1148               sequence description' option
1149             </li>
1150           </ul>
1151           <em>Test Suite</em>
1152           <ul>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1155               Uniprot REST Free Text Search Client
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1162               during tests
1163             </li>
1164           </ul>
1165         </div></td>
1166       <td><div align="left">
1167           <em>Calculations</em>
1168           <ul>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1171               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1172               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1173             </li>
1174             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1175               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1176               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1177               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1178               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1179               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1180               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1181               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1182               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1183               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1184               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1185               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1186               // for 2.10.1 mode <br />
1187               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1188               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1189                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1190                 calculations (not recommended)</em></li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1193               scaling of branch lengths for trees computed using
1194               Sequence Feature Similarity.
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1198               generating output report when working with highly
1199               redundant alignments
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1203               right of selected region when gaps present on right-hand
1204               boundary
1205             </li>
1206           </ul>
1207           <em>User Interface</em>
1208           <ul>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1211               doesn't reselect a specific sequence's associated
1212               annotation after it was used for colouring a view
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1216               opened on a region of alignment without groups
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1220               of an alignment with overlapping groups
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1224               name and description match
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1228               hidden regions results in incorrect hidden regions
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1232               changing colour does not apply Conservation slider value
1233               to all groups
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1237               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1241               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1245               gaps before start of features
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1249               restored to UI when feature colour is edited
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1253               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1257               as graduate feature colour settings are modified via the
1258               dialog box
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1262               when a group defined on the alignment is resized
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1266               wrapped view result in positional status updates
1267             </li>
1268
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1271               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1275               alignment included gapped columns
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1279               widgets don't permanently disappear
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1283               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1284               T-Coffee column reliability scores)
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1288               sequence feature on gaps only
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1292               button from a Find inherit previously defined feature type
1293               rather than the Find query string
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1297               exporting tree calculated in Jalview
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1301               and then revealing them reorders sequences on the
1302               alignment
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1306               doesn't update to reflect available set of groups after
1307               interactively adding or modifying features
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1311               Linux
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1315               only excluded gaps in current sequence and ignored
1316               selection.
1317             </li>
1318           </ul>
1319           <em>Rendering</em>
1320           <ul>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1323               erratically when hidden rows or columns are present
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1327               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1328               sequence colouring
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1332               colour and group colour menu for protein alignments
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1336               reflect currently selected view or group's shading
1337               thresholds
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1341               when rendered on overview and structures when opacity at
1342               100%
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1346               overview when features overlaid on alignment
1347             </li>
1348           </ul>
1349           <em>Data import/export</em>
1350           <ul>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1353               load
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1357               added after a sequence was imported are not written to
1358               Stockholm File
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1362               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1366               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1370               with lightGray or darkGray via features file (but can
1371               specify lightgray)
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1375               when alignment view imported from project
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1379               structure and sequences extracted from structure files
1380               imported via URL and viewed in Jmol
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1384               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1385               the project is loaded and the structure viewed
1386             </li>
1387           </ul>
1388           <em>Web Services</em>
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1392               release of Ensembl v.88
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1396               appear enabled in Preferences->Connections
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1400               removed from console output
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1404               Ensembl by Peptide ID
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1408               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1409               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1410               due to 'null' string rather than empty string used for
1411               residues with no corresponding PDB mapping).
1412             </li>
1413           </ul>
1414           <em>Application UI</em>
1415           <ul>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1418               menu
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1422               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1423               new documentation and tooltips added)
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1427               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1431               new features are added to alignment
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1435               changes to feature colours via the Amend features dialog
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1439               edit graduated feature colour via amend features dialog
1440               box
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1444               selection menu changes colours of alignment views
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1448               from alignment calculation workers after alignment has
1449               been closed
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1453               groups now 'Create Group'
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1457               Create/Undefine group doesn't always work
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1461               shown again after pressing 'Cancel'
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1465               adjusts start position in wrap mode
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1469               ambiguous amino acids
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1473               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1474               proteins
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1478               Defined' don't appear in Colours menu
1479             </li>
1480           </ul>
1481           <em>Applet</em>
1482           <ul>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1485               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1489               overview or linked structure view
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1493               work (since 2.8)
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1497               user-defined colourscheme doesn't restore original
1498               colourscheme
1499             </li>
1500           </ul>
1501           <em>Test Suite</em>
1502           <ul>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1505               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1509               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1510               problems with deep array comparison equality asserts in
1511               successive versions of TestNG
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1515               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1516             </li>
1517           </ul>
1518           <em>New Known Issues</em>
1519           <ul>
1520             <li>
1521               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1522               phase after a sequence motif find operation
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1526               containing just upper and lower case letters are
1527               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1531               reliably from eggnog Ortholog database
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1535               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1536               to mark columns containing highlighted regions.
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1540               doesn't always add secondary structure annotation.
1541             </li>
1542           </ul>
1543         </div>
1544     <tr>
1545       <td width="60" nowrap>
1546         <div align="center">
1547           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1548         </div>
1549       </td>
1550       <td><div align="left">
1551           <em>General</em>
1552           <ul>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1555               for all consensus calculations
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1559               3rd Oct 2016)
1560             </li>
1561             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1562               for 2016-2017</li>
1563           </ul>
1564           <em>Application</em>
1565           <ul>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1568               set of database cross-references, sorted alphabetically
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1572               from database cross references. Users with custom links
1573               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1574                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1578               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1579               Chimera session
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1583               the Chimera it is connected to is shut down
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1587               columns menu item to mark columns containing highlighted
1588               regions (e.g. from structure selections or results of a
1589               Find operation)
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1593               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1594               MSAviewer
1595             </li>
1596           </ul>
1597         </div></td>
1598       <td>
1599         <div align="left">
1600           <em>General</em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1604               are not coloured or thresholded according to percent
1605               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1609               hydrophobic
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1613               threshold, amino acid properties)
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1617               reported as mapped to residues in a structure file in the
1618               View Mapping report
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1622               could be added multiple times to a sequence
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1626               bond features shown as two highlighted residues rather
1627               than a range in linked structure views, and treated
1628               correctly when selecting and computing trees from features
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1632               cross-references are matched to database name regardless
1633               of case
1634             </li>
1635
1636           </ul>
1637           <em>Application</em>
1638           <ul>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1641               names without regular expressions also offer links from
1642               Sequence ID
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1646               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1647               update Jalview configuration
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1651               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1655               files with similarly named sequences if dropped onto the
1656               alignment
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1660               entries where more chains exist in the PDB accession than
1661               are reported in the SIFTS file
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1665               the structure view when displayed with Chimera
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1669               panel's View->Show Chains submenu
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1673               work for wrapped alignment views
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1677               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1681               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1682               first annotation row
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1686               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1690               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1691             </li>
1692             <!-- JAL-2319 -->
1693             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1694             coordindate data
1695             </li>
1696           </ul>
1697           <!--           <em>New Known Issues</em>
1698           <ul>
1699             <li></li>
1700           </ul> -->
1701         </div>
1702       </td>
1703     </tr>
1704     <td width="60" nowrap>
1705       <div align="center">
1706         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1707           <em>25/10/2016</em></strong>
1708       </div>
1709     </td>
1710     <td><em>Application</em>
1711       <ul>
1712         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1713           view if structures already loaded</li>
1714         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1715           structure views</li>
1716       </ul></td>
1717     <td>
1718       <div align="left">
1719         <em>General</em>
1720         <ul>
1721           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1722             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1723           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1724             example sequences/projects/trees</li>
1725         </ul>
1726         <em>Application</em>
1727         <ul>
1728           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1729             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1730           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1731             without timeout for structures with multiple models or
1732             multiple sequences in alignment</li>
1733           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1734             PDB ID HEADER line</li>
1735           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1736             is performed</li>
1737           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1738             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1739           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1740           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1741             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1742             option</li>
1743           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1744             is created on the alignment</li>
1745           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1746             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1747             pop-up menu</li>
1748         </ul>
1749         <em>Build and deployment</em>
1750         <ul>
1751           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1752             tags</li>
1753         </ul>
1754         <em>New Known Issues</em>
1755         <ul>
1756           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1757             on Windows</li>
1758         </ul>
1759       </div>
1760     </td>
1761     </tr>
1762     <tr>
1763       <td width="60" nowrap>
1764         <div align="center">
1765           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1766         </div>
1767       </td>
1768       <td><em>General</em>
1769         <ul>
1770           <li>
1771             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1772           </li>
1773           <li>
1774             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1775             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1776             better PDB parsing.
1777           </li>
1778           <li>
1779             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1780             reference sequence
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1784             mousing over sequence associated annotation
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1788             for manual entry
1789           </li>
1790           <li>
1791             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1792             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1793             for each column
1794           </li>
1795           <li>
1796             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1797             showing or hiding columns containing a feature
1798           </li>
1799           <li>
1800             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1801             group and sequence associated annotation labels
1802           </li>
1803           <li>
1804             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1805             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1806             dialogs
1807           </li>
1808
1809         </ul> <em>Application</em>
1810         <ul>
1811           <li>
1812             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1813             gene/transcript view
1814           </li>
1815           <li>
1816             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1817             dialog
1818           </li>
1819           <li>
1820             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1821             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1822           </li>
1823           <li>
1824             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1825             Pfam sources to xfam.org
1826           </li>
1827           <li>
1828             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1829           </li>
1830           <li>
1831             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1832             over sequences in Jalview
1833           </li>
1834           <li>
1835             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1836             regions in ENA and EMBL
1837           </li>
1838           <li>
1839             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1840             for record retrieval via ENA rest API
1841           </li>
1842           <li>
1843             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1844             complement operator
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1848             groovy script execution
1849           </li>
1850           <li>
1851             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1852             alignment window's Calculate menu
1853           </li>
1854           <li>
1855             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1856             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1857           </li>
1858           <li>
1859             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1860             calculation workers from groovy scripts
1861           </li>
1862           <li>
1863             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1864             Jalview projects
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1868             associations are now saved/restored from project
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1872             before sequence fetcher is opened
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1876             database chooser opens a sequence fetcher
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1880             the UniProt REST API
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1884             the news reader opening
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1888             querying stored in preferences
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1892             search results
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1896           </li>
1897           <li>
1898             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1899             menu for nucleotide sequences
1900           </li>
1901           <li>
1902             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1903             and feature counts preserves alignment ordering (and
1904             debugged for complex feature sets).
1905           </li>
1906           <li>
1907             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1908             viewing structures with Jalview 2.10
1909           </li>
1910           <li>
1911             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1912             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1913             Ensembl Genomes REST API
1914           </li>
1915           <li>
1916             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1917             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1918             (Ensembl)
1919           </li>
1920           <li>
1921             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1922             sequences
1923           </li>
1924           <li>
1925             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1926             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1927             data from external database records.
1928           </li>
1929           <li>
1930             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1931             efficient recovery of sequence coding and alignment
1932             annotation relationships.
1933           </li>
1934         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1935         <ul>
1936           <li>
1937             -- JAL---
1938           </li>
1939         </ul> --></td>
1940       <td>
1941         <div align="left">
1942           <em>General</em>
1943           <ul>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1946               menu on OSX
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1950               includes graduated colourschemes
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1954               working with big alignments and lots of hidden columns
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1958               at right of alignment window
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1962               contents
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1966               for DNA alignments
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1970               based tree calculation
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1974               unconserved enabled for group on alignment
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1978               set as reference
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1982               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1983               annotation
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1987               hidden columns present
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1991               user created annotation added to alignment
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1995               '()' base pair annotation
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1999               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2000               Consensus
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2004               feature not working
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2008               beginning of sequence
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2012               entry 3a6s
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2016               from a tree when t-coffee scores are shown
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2020               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2024               some structures
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2028               to Clustal, PIR and PileUp output
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2032               not visible causes alignment window to repaint
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2036               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2037               scores associated with features and annotation rows
2038             </li>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2041               calculation should be case independent
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2045               columns
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2049               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2050               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2054               problems when reference sequence defined and 'show
2055               non-conserved' enabled
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2059               load even when Consensus calculation is disabled
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2063               alignment does nothing
2064             </li>
2065           </ul>
2066           <em>Application</em>
2067           <ul>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2070               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2071               yet fixed for El Capitan)
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2075               output when running on non-gb/us i18n platforms
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2079               hidden sequences as flat-file alignment
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2083               launching Chimera
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2087               (also hotfix for 2.9.0b2)
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2091               reference sequence defined
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2095               alignments and views when revealing hidden columns
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2099               view in a cDNA/Protein splitframe
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2103               sequence from project when only one sequence is
2104               represented
2105             </li>
2106             <li>
2107               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2108               in Structure Chooser
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2112               structure consensus didn't refresh annotation panel
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2116               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2120               dialogs format columns correctly, don't display array
2121               data, sort columns according to type
2122             </li>
2123             <li>
2124               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2125               file chooser is cancelled during an image export
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2129               sequence name containing special characters
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2133               case insensitive
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2137               formatting don't wrap
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2141               truncated so L looks like I in consensus annotation
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2145               currently displayed features for the current selection or
2146               view
2147             </li>
2148             <li>
2149               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2150               after fetching cross-references, and restoring from
2151               project
2152             </li>
2153             <li>
2154               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2155               followed in the structure viewer
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2159               splitframe not restored from project
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2163               trailing end of protein alignment in transcript/product
2164               splitview when pad-gaps not enabled by default
2165             </li>
2166             <li>
2167               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2168               is case dependent
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2172               article has been read (reopened issue due to
2173               internationalisation problems)
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2177               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2178               cross-references
2179             </li>
2180
2181             <li>
2182               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2183               alignment as HTML
2184             </li>
2185             <li>
2186               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2187               multiple structures are shown for one or more sequences.
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2191               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2192               is enabled.
2193             </li>
2194             <li>
2195               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2196               specific PDB id for sequence
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2200               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2201               columns' is disabled.
2202             </li>
2203             <li>
2204               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2205               selects lowest rather than highest resolution structures
2206               for each sequence
2207             </li>
2208             <li>
2209               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2210               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2214               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2218               after clicking on it to create new annotation for a
2219               column.
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2223               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2224             </li>
2225             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2226             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2227           </ul>
2228           <em>Applet</em>
2229           <ul>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2232               hidden columns present before start of sequence
2233             </li>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2236               (JSON jars)
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2240               sequences are hidden in applet
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2244               deployment on examples pages.
2245             </li>
2246           </ul>
2247         </div>
2248       </td>
2249     </tr>
2250     <tr>
2251       <td width="60" nowrap>
2252         <div align="center">
2253           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2254             <em>16/10/2015</em></strong>
2255         </div>
2256       </td>
2257       <td><em>General</em>
2258         <ul>
2259           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2260             jars</li>
2261         </ul></td>
2262       <td>
2263         <div align="left">
2264           <em>Application</em>
2265           <ul>
2266             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2267               shown when tree is partitioned</li>
2268             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2269               multiple cDNA/Protein split views</li>
2270           </ul>
2271         </div>
2272       </td>
2273     </tr>
2274     <tr>
2275       <td width="60" nowrap>
2276         <div align="center">
2277           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2278             <em>8/10/2015</em></strong>
2279         </div>
2280       </td>
2281       <td><em>General</em>
2282         <ul>
2283           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2284             2.9</li>
2285         </ul> <em>Application</em>
2286         <ul>
2287           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2288           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2289           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2290         </ul> <em>Applet</em>
2291         <ul>
2292           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2293         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2294         <ul>
2295           <li>
2296             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2297             suite
2298           </li>
2299         </ul></td>
2300       <td>
2301         <div align="left">
2302           <em>General</em>
2303           <ul>
2304             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2305               incorrect when sequence start > 1</li>
2306             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2307               documentation</li>
2308             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2309             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2310               loading a features file containing HTML tags in feature
2311               description</li>
2312
2313           </ul>
2314           <em>Application</em>
2315           <ul>
2316             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2317               reimport</li>
2318             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2319               with 'trim retrieved sequences'</li>
2320             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2321               deleting selected columns</li>
2322             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2323               JNLP templates for webstart launch</li>
2324             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2325               unreleased structures for download or viewing</li>
2326             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2327               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2328             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2329               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2330             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2331               recovered from jalview project</li>
2332             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2333               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2334               alignment view</li>
2335             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2336               color schemes from BioJSON</li>
2337           </ul>
2338           <em>Applet</em>
2339           <ul>
2340             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2341               frame</li>
2342             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2343           </ul>
2344         </div>
2345       </td>
2346     </tr>
2347     <tr>
2348       <td><div align="center">
2349           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2350         </div></td>
2351       <td><em>General</em>
2352         <ul>
2353           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2354             alignments:
2355             <ul>
2356               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2357                 and DNA alignment views</li>
2358               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2359                 cDNA alignment views</li>
2360               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2361                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2362               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2363                 protein sequences</li>
2364             </ul>
2365           </li>
2366           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2367           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2368             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2369           <li>New alignment annotation file statements for
2370             reference sequences and marking hidden columns</li>
2371           <li>Reference sequence based alignment shading to
2372             highlight variation</li>
2373           <li>Select or hide columns according to alignment
2374             annotation</li>
2375           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2376           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2377             acid conservation row</li>
2378           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2379         </ul> <em>Application</em>
2380         <ul>
2381           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2382             <ul>
2383               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2384                 view with cDNA/Protein</li>
2385               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2386                 sequences are placed in the same alignment</li>
2387               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2388                 projects</li>
2389             </ul>
2390           </li>
2391
2392           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2393           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2394             Jalview windows</li>
2395
2396           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2397           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2398           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2399             be shown in VARNA</li>
2400
2401           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2402             as the active selected region</li>
2403
2404           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2405             similarity</li>
2406           <li>New Export options
2407             <ul>
2408               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2409                 region export in flat file generation</li>
2410
2411               <li>Export alignment views for display with the <a
2412                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2413
2414               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2415               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2416                 alignment figures to HTML</li>
2417           </li>
2418           <li>3D structure retrieval and display
2419             <ul>
2420               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2421                 Search API</li>
2422               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2423                 PDB structures for a sequence set</li>
2424             </ul>
2425           </li>
2426
2427           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2428             predictions</li>
2429           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2430             for one or a group of sequences</li>
2431           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2432             from the JPred4 web server</li>
2433           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2434             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2435             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2436           </li>
2437           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2438             VARNA 2D Structure'</li>
2439           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2440             Structure ..."</li>
2441
2442         </ul> <em>Applet</em>
2443         <ul>
2444           <li>New layout for applet example pages</li>
2445           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2446             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2447           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2448             Protein alignments</li>
2449         </ul> <em>Development and deployment</em>
2450         <ul>
2451           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2452           <li>Include installation type and git revision in build
2453             properties and console log output</li>
2454           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2455             storing BioJsMSA Templates</li>
2456           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2457         </ul></td>
2458       <td>
2459         <!-- <em>General</em>
2460         <ul>
2461         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2462         <ul>
2463           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2464           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2465           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2466             predictions are not highlighted in amber</li>
2467           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2468             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2469           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2470             associated structure views</li>
2471           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2472             width checkbox not enabled</li>
2473           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2474             creating user defined colours</li>
2475           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2476             mappings for just that viewer's sequences</li>
2477           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2478             multiple models in Chimera</li>
2479           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2480             over Jmol structure</li>
2481           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2482             output to text box</li>
2483           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2484             have incorrect sequence start/end</li>
2485           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2486             Jalview fails</li>
2487           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2488             work for nucleotide</li>
2489           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2490             to a grey/invisible alignment window</li>
2491           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2492             imports to different position</li>
2493           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2494             on some platforms</li>
2495           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2496             populated</li>
2497           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2498             console if Chimera has been opened</li>
2499           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2500           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2501             retrieved</li>
2502           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2503           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2504             either sequence shows on first structure</li>
2505           <li>'Show annotations' options should not make
2506             non-positional annotations visible</li>
2507           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2508             in right place after 'view flanking regions'</li>
2509           <li>File Save As type unset when current file format is
2510             unknown</li>
2511           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2512             projects</li>
2513           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2514             responsive</li>
2515           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2516             several views on same alignment</li>
2517           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2518           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2519             spaces</li>
2520         </ul> <em>Applet</em>
2521         <ul>
2522           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2523           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2524             descriptions containing angle brackets</li>
2525         </ul> <em>General</em>
2526         <ul>
2527           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2528             via jalview annotation file</li>
2529           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2530             with RNA secondary structure</li>
2531           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2532             translation doesn't work.</li>
2533           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2534           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2535             positions</li>
2536           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2537             choosing 1pt font</li>
2538           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2539             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2540             'h'</li>
2541           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2542             new feature</li>
2543           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2544             order dependent</li>
2545           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2546             sequences</li>
2547           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2548         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2549         <ul>
2550           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2551             www.jalview.org</li>
2552         </ul> <em>Application Known issues</em>
2553         <ul>
2554           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2555           <li>Misleading message appears after trying to delete
2556             solid column.</li>
2557           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2558             version launches</li>
2559           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2560             fails with a sequence mismatch</li>
2561           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2562             scrolling alignment to right</li>
2563           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2564             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2565           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2566             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2567           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2568             ultra-high resolution</li>
2569           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2570             quality and conservation</li>
2571           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2572             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2573         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2574         <ul>
2575           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2576           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2577             window is being resized</li>
2578
2579         </ul>
2580       </td>
2581     </tr>
2582     <tr>
2583       <td><div align="center">
2584           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2585         </div></td>
2586       <td><em>General</em>
2587         <ul>
2588           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2589             Certum.PL.</li>
2590           <li>Features and annotation preserved when performing
2591             pairwise alignment</li>
2592           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2593             imported/exported/displayed</li>
2594           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2595             protein secondary structure</li>
2596           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2597               post-hoc with 2.9 release</em>)
2598           </li>
2599
2600         </ul> <em>Application</em>
2601         <ul>
2602           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2603             with 3D structures</li>
2604           <li>Support for parsing RNAML</li>
2605           <li>Annotations menu for layout
2606             <ul>
2607               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2608               <li>place sequence annotation above/below alignment
2609                 annotation</li>
2610             </ul>
2611           <li>Output in Stockholm format</li>
2612           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2613             translation</li>
2614           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2615           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2616             shared between alignments</li>
2617           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2618             Jalview</li>
2619           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2620             all or current selection</li>
2621           <li>disorder and secondary structure predictions
2622             available as dataset annotation</li>
2623           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2624
2625
2626           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2627             alignments from Rfam</li>
2628           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2629
2630           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2631             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2632           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2633           <li>include installation type in build properties and
2634             console log output</li>
2635           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2636             annotation</li>
2637         </ul></td>
2638       <td>
2639         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2640         <ul>
2641           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2642             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2643           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2644             alignment</li>
2645           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2646           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2647           <li>Double click on sequence associated annotation
2648             selects only first column</li>
2649           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2650             leaves shown in tree</li>
2651           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2652             properly</li>
2653           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2654           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2655             screen and buttons not visible</li>
2656           <li>author list isn't updated if already written to
2657             Jalview properties</li>
2658           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2659             from database</li>
2660           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2661           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2662             browser search window</li>
2663           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2664             in feature settings dialog</li>
2665           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2666             desktop</li>
2667           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2668             pass validation</li>
2669           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2670             fit on screen</li>
2671           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2672             tooltip</li>
2673           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2674             defined user preset</li>
2675           <li>MSA web services warns user if they were launched
2676             with invalid input</li>
2677           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2678             Java 8</li>
2679           <li>
2680             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2681             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2682             created
2683           </li>
2684
2685         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2686         <ul>
2687         </ul> <em>General</em>
2688         <ul>
2689         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2690         <ul>
2691           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2692             memory allocation</li>
2693           <li>launchApp service doesn't automatically open
2694             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2695           <li>
2696             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2697             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2698             1.7_055 is available
2699           </li>
2700         </ul> <em>Application Known issues</em>
2701         <ul>
2702           <li>
2703             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2704             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2705             alignment to right
2706           </li>
2707           <li>
2708             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2709             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2710             with large number of ID
2711           </li>
2712           <li>
2713             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2714             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2715             start/end
2716           </li>
2717           <li>
2718             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2719             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2720             structure tracks are rearranged
2721           </li>
2722           <li>
2723             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2724             invalid rna structure positional highlighting does not
2725             highlight position of invalid base pairs
2726           </li>
2727           <li>
2728             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2729             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2730             project from alignment window file menu
2731           </li>
2732           <li>
2733             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2734             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2735             structures
2736           </li>
2737           <li>
2738             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2739             colour by RNA Helices not enabled when user created
2740             annotation added to alignment
2741           </li>
2742           <li>
2743             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2744             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2745           </li>
2746         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2747         <ul>
2748           <li>
2749             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2750             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2751           </li>
2752           <li>
2753             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2754             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2755           </li>
2756
2757           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2758             when selected</li>
2759         </ul>
2760       </td>
2761     </tr>
2762     <tr>
2763       <td><div align="center">
2764           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2765         </div></td>
2766       <td>
2767         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2768         <em>General</em>
2769         <ul>
2770           <li>Internationalisation of user interface (usually
2771             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2772           <li>Define/Undefine group on current selection with
2773             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2774           <li>Improved group creation/removal options in
2775             alignment/sequence Popup menu</li>
2776           <li>Sensible precision for symbol distribution
2777             percentages shown in logo tooltip.</li>
2778           <li>Annotation panel height set according to amount of
2779             annotation when alignment first opened</li>
2780         </ul> <em>Application</em>
2781         <ul>
2782           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2783             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2784           <li>Select columns containing particular features from
2785             Feature Settings dialog</li>
2786           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2787             sequences</li>
2788           <li>Update Jalview project format:
2789             <ul>
2790               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2791               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2792                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2793               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2794                 colouring</li>
2795             </ul>
2796           </li>
2797           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2798             (PAM250)</li>
2799           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2800             flanking regions for an alignment</li>
2801         </ul>
2802       </td>
2803       <td>
2804         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2805         <ul>
2806           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2807             running after job is cancelled</li>
2808           <li>cannot export features from alignments imported from
2809             Jalview/VAMSAS projects</li>
2810           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2811             float values</li>
2812           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2813             have 'display all symbols' flag set</li>
2814           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2815             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2816           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2817             Jalview</li>
2818           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2819             Lion/Webstart</li>
2820           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2821           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2822           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2823             alignment onto desktop</li>
2824           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2825             'extract scores' function</li>
2826           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2827             alignment window</li>
2828           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2829             performing IUPred disorder prediction</li>
2830           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2831             changing 'normalise logo' display setting</li>
2832           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2833             nothing matches query</li>
2834           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2835             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2836           </li>
2837           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2838             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2839           </li>
2840           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2841             Jalview's menu</li>
2842           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2843             'invalid literal/length code'</li>
2844           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2845             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2846           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2847             colourscheme</li>
2848
2849         </ul> <em>Applet</em>
2850         <ul>
2851           <li>Remove group option is shown even when selection is
2852             not a group</li>
2853           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2854             don't affect groups</li>
2855           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2856             colourscheme name</li>
2857           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2858             Annotation panel is not displayed</li>
2859           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2860             embedded windows</li>
2861         </ul> <em>Other</em>
2862         <ul>
2863           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2864             single sequence were not calculated</li>
2865           <li>annotation files that contain only groups imported as
2866             annotation and junk sequences</li>
2867           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2868             recognised as PFAM or BLC</li>
2869           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2870             doesn't affect background (2.8.0b1)
2871           <li></li>
2872           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2873           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2874             trailing gaps</li>
2875           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2876             registered correctly on import</li>
2877           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2878             certain alignments</li>
2879           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2880             existing annotation based 'use original colours'
2881             colourscheme loses original colours setting</li>
2882         </ul>
2883       </td>
2884     </tr>
2885     <tr>
2886       <td><div align="center">
2887           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2888             <em>30/1/2014</em></strong>
2889         </div></td>
2890       <td>
2891         <ul>
2892           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2893             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2894             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2895             open source project).
2896           </li>
2897           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2898           <li>Output in Stockholm format</li>
2899           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2900           <li>Export/import group and sequence associated line
2901             graph thresholds</li>
2902           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2903             ambiguity codes</li>
2904           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2905             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2906             works</li>
2907           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2908         </ul> <em>Other improvements</em>
2909         <ul>
2910           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2911           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2912             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2913           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2914             files</li>
2915           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2916           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2917             link but no description</li>
2918           <li>Select primary source when selecting authority in
2919             database fetcher GUI</li>
2920           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2921             Jalview</li>
2922           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2923         </ul>
2924       </td>
2925       <td>
2926         <ul>
2927           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2928             displayed</li>
2929           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2930             secondary structure annotation line</li>
2931           <li>Sequence database accessions not imported when
2932             fetching alignments from Rfam</li>
2933           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2934             identical IDs</li>
2935           <li>View all structures does not always superpose
2936             structures</li>
2937           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2938             reflect user or preset settings</li>
2939           <li>Null pointer exceptions for some services without
2940             presets or adjustable parameters</li>
2941           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2942             discover PDB xRefs</li>
2943           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2944             features with DAS</li>
2945           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2946             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2947           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2948             residue follows a gap</li>
2949           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2950             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2951           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2952             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2953           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2954             annotation already exists on alignment</li>
2955           <li>oninit javascript function should be called after
2956             initialisation completes</li>
2957           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2958             alignment window display</li>
2959           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2960           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2961             to annotation file</li>
2962           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2963             groups created</li>
2964           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2965             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2966           <li>Pressing return several times causes Number Format
2967             exceptions in keyboard mode</li>
2968           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2969             correct partitions for input data</li>
2970           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2971           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2972           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2973           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2974             mode</li>
2975           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2976             changes one row&#39;s threshold</li>
2977           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2978             doesn&#39;t open</li>
2979           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2980             quality histograms</li>
2981         </ul>
2982       </td>
2983     </tr>
2984     <tr>
2985       <td><div align="center">
2986           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2987         </div></td>
2988       <td><em>Application</em>
2989         <ul>
2990           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2991             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2992           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2993             preferences</li>
2994           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2995             in Jalview alignment window</li>
2996           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2997             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2998           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2999             RNA and ambiguity codes</li>
3000
3001           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3002           <li>Support fetching and database reference look up
3003             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3004             refs')</li>
3005           <li>Jalview project improvements
3006             <ul>
3007               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3008                 flag for annotation</li>
3009               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3010                 alignment</li>
3011               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3012                 Jalview project</li>
3013
3014             </ul>
3015           </li>
3016           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3017           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3018             running</li>
3019           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3020           <li>visual indication that web service results are still
3021             being retrieved from server</li>
3022           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3023             starts up for first time</li>
3024           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3025             services</li>
3026           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3027             client library</li>
3028           <li>Examples directory and Groovy library included in
3029             InstallAnywhere distribution</li>
3030         </ul> <em>Applet</em>
3031         <ul>
3032           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3033             visualization applet example</li>
3034         </ul> <em>General</em>
3035         <ul>
3036           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3037           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3038             defaults</li>
3039           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3040             calculation</li>
3041           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3042             matrices
3043           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3044             in HTML</li>
3045           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3046             structure contacts</li>
3047           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3048           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3049           <li>Parse sequence associated secondary structure
3050             information in Stockholm files</li>
3051           <li>HTML Export database accessions and annotation
3052             information presented in tooltip for sequences</li>
3053           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3054             style RNA alignment files</li>
3055           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3056             alignment</li>
3057           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3058             shade each sequence according to its associated alignment
3059             annotation</li>
3060           <li>New Jalview Logo</li>
3061         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3062         <ul>
3063           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3064           <li>New Website!</li>
3065         </ul></td>
3066       <td><em>Application</em>
3067         <ul>
3068           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3069             wsdbfetch REST service</li>
3070           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3071           <li>Filetype associations not installed for webstart
3072             launch</li>
3073           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3074             job execution in full once it is complete</li>
3075           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3076             uploaded via ali_file parameter</li>
3077           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3078           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3079           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3080             submitted for prediction</li>
3081           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3082             desktop window</li>
3083           <li>Putting fractional value into integer text box in
3084             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3085           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3086             windows 7</li>
3087           <li>View all structures fails with exception shown in
3088             structure view</li>
3089           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3090             escaped in a platform independent way</li>
3091           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3092             using proxy</li>
3093           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3094             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3095           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3096             failure when java web start temporary file caching is
3097             disabled</li>
3098           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3099             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3100           <li>Errors during processing of command line arguments
3101             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3102           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3103             DAS sources in sequence fetcher</li>
3104           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3105             dialog is shown</li>
3106           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3107           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3108           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3109           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3110             on OSX Mountain Lion</li>
3111           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3112             sequences with alignment annotation are pasted into the
3113             alignment</li>
3114           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3115             when loaded from Jalview project</li>
3116           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3117           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3118             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3119           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3120             associated with all views</li>
3121           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3122             annotation rows to new window</li>
3123         </ul> <em>Applet</em>
3124         <ul>
3125           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3126             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3127           <li>loading features via javascript API automatically
3128             enables feature display</li>
3129           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3130             work</li>
3131         </ul> <em>General</em>
3132         <ul>
3133           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3134           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3135             and then deselected</li>
3136           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3137           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3138             coloured with clustalx</li>
3139           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3140             exceptions and redraw errors</li>
3141           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3142             reconfigured view</li>
3143           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3144             colour</li>
3145           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3146             for lots of labels</li>
3147         </ul>
3148     </tr>
3149     <tr>
3150       <td>
3151         <div align="center">
3152           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3153         </div>
3154       </td>
3155       <td><em>Application</em>
3156         <ul>
3157           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3158           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3159           <li>View/alignment association menu to enable user to
3160             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3161             its colours/correspondences from</li>
3162           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3163           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3164             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3165           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3166           <li>Annotation row column label formatting attributes
3167             stored in project file</li>
3168           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3169             rows preserved in Jalview project file</li>
3170           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3171             saved using Desktop window menu</li>
3172           <li>Visual indication that command line arguments are
3173             still being processed</li>
3174           <li>Groovy script execution from URL</li>
3175           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3176             preferences</li>
3177           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3178             alignment with sequences that have high similarity and
3179             matching IDs</li>
3180           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3181           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3182             structures in same window</li>
3183           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3184           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3185             analysis function in its own submenu</li>
3186         </ul> <em>Applet</em>
3187         <ul>
3188           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3189             groups</li>
3190           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3191           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3192           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3193           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3194           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3195             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3196           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3197           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3198             parameters are treated as such</li>
3199           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3200             <ul>
3201               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3202               <li>Javascript callbacks for
3203                 <ul>
3204                   <li>Applet initialisation</li>
3205                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3206                 </ul>
3207               </li>
3208               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3209                 functions</li>
3210               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3211               <li>javascript structure viewer harness to pass
3212                 messages between Jmol and Jalview when running as
3213                 distinct applets</li>
3214               <li>sortBy method</li>
3215               <li>Set of applet and application examples shipped
3216                 with documentation</li>
3217               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3218                 javascript message exchange</li>
3219             </ul>
3220         </ul> <em>General</em>
3221         <ul>
3222           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3223             multiple alignments</li>
3224           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3225           <li>User configurable link to enable redirects to a
3226             www.Jalview.org mirror</li>
3227           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3228           <li>Configurable newline string when writing alignment
3229             and other flat files</li>
3230           <li>Allow alignment annotation description lines to
3231             contain html tags</li>
3232         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3233         <ul>
3234           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3235             examples</li>
3236           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3237             using a web service before displaying the result in the
3238             Jalview desktop</li>
3239           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3240           <li>Ant target to publish example html files with applet
3241             archive</li>
3242           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3243           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3244         </ul></td>
3245       <td><em>Application</em>
3246         <ul>
3247           <li>User defined colourscheme throws exception when
3248             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3249           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3250             dialog for valid filename/format</li>
3251           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3252           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3253             P37173</li>
3254           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3255             which sequence is to be associated with the file</li>
3256           <li>Find All raises null pointer exception when query
3257             only matches sequence IDs</li>
3258           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3259           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3260             2.4 cannot be loaded</li>
3261           <li>Filetype associations not installed for webstart
3262             launch</li>
3263           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3264             with sequences in different alignments do not get coloured
3265             by their associated sequence</li>
3266           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3267             not preserved when project is loaded</li>
3268           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3269             stored in Jalview project</li>
3270           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3271             Jalview project</li>
3272           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3273           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3274             by conservation</li>
3275           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3276             created on new view</li>
3277           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3278             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3279           <li>Alignment quality not updated after alignment
3280             annotation row is hidden then shown</li>
3281           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3282             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3283           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3284             properly</li>
3285           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3286             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3287           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3288           <li>Structures imported from file and saved in project
3289             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3290           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3291             job execution in full once it is complete</li>
3292         </ul> <em>Applet</em>
3293         <ul>
3294           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3295             annotation rows are displayed</li>
3296           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3297             codebase</li>
3298           <li>View follows highlighting does not work for positions
3299             in sequences</li>
3300           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3301           <li>Export features raises exception when no features
3302             exist</li>
3303           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3304             for javascript api is modified when separator string
3305             provided as parameter</li>
3306           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3307             alignment with no existing selection</li>
3308           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3309             to applet&#39;s codebase</li>
3310           <li>Status bar not updated after finished searching and
3311             search wraps around to first result</li>
3312           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3313             several Jalview applets causes race conditions and memory
3314             leaks</li>
3315           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3316             not sent from Jmol in applet</li>
3317           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3318             applet API fatally hang browser</li>
3319         </ul> <em>General</em>
3320         <ul>
3321           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3322             position with wrapped view and hidden regions</li>
3323           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3324             with/without hidden columns</li>
3325           <li>Sequence length given in alignment properties window
3326             is off by 1</li>
3327           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3328             import PDB like structure files</li>
3329           <li>Positional search results are only highlighted
3330             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3331           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3332           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3333             given sequence position</li>
3334           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3335             output</li>
3336           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3337             from nucleotide chains correctly</li>
3338           <li>Structure colours not updated when tree partition
3339             changed in alignment</li>
3340           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3341             parsed in interleaved stockholm</li>
3342           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3343             state</li>
3344           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3345             properly</li>
3346           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3347             properly associated with their pdb files</li>
3348         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3349         <ul>
3350           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3351             ApplyCopyright tool</li>
3352         </ul></td>
3353     </tr>
3354     <tr>
3355       <td>
3356         <div align="center">
3357           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3358         </div>
3359       </td>
3360       <td><em>Application</em>
3361         <ul>
3362           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3363             contact web services</li>
3364           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3365             service job window</li>
3366           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3367         </ul></td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3371             pir file emitted by Jalview</li>
3372           <li>Existing feature settings transferred to new
3373             alignment view created from cut'n'paste</li>
3374           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3375             parsing PDB files</li>
3376           <li>Consensus and conservation annotation rows
3377             occasionally become blank for all new windows</li>
3378           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3379             in wrapped view mode</li>
3380         </ul> <em>Application</em>
3381         <ul>
3382           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3383             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3384           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3385             parameter names</li>
3386           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3387             is down</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390     </tr>
3391     <tr>
3392       <td>
3393         <div align="center">
3394           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3395         </div>
3396       </td>
3397       <td><em>Application</em>
3398         <ul>
3399           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3400             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3401             (JABAWS)
3402           </li>
3403           <li>Web Services preference tab</li>
3404           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3405             preferences</li>
3406           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3407           <li>Superpose structures using associated sequence
3408             alignment</li>
3409           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3410             viewer</li>
3411         </ul> <em>Applet</em>
3412         <ul>
3413           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3414             link out mechanism</li>
3415         </ul> <em>Other</em>
3416         <ul>
3417           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3418             series 12</li>
3419           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3420             require Java 1.5</li>
3421           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3422             sequence annotation files</li>
3423           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3424             type colour specification</li>
3425           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3426             script to check if it being run in an interactive session or
3427             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3428         </ul></td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3432             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3433         </ul> <em>Application</em>
3434         <ul>
3435           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3436             selected Regions menu item</li>
3437           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3438             part of a valid accession ID</li>
3439           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3440             runs out of memory</li>
3441           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3442             analysis results</li>
3443           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3444             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3445           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3446         </ul> <em>Applet</em>
3447         <ul>
3448           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3449             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3450             defined.</li>
3451         </ul>
3452       </td>
3453     </tr>
3454     <tr>
3455       <td>
3456         <div align="center">
3457           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3458         </div>
3459       </td>
3460       <td></td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3464             sequence IDs</li>
3465           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3466             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3467           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3468             import correctly</li>
3469           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3470             number of columns are hidden</li>
3471           <li>annotation label popup menu not providing correct
3472             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3473             present</li>
3474           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3475             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3476           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3477             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3478
3479         </ul> <em>Applet</em>
3480         <ul>
3481           <li>annotation panel disappears when annotation is
3482             hidden/removed</li>
3483         </ul> <em>Application</em>
3484         <ul>
3485           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3486             alignment opened where annotation panel is visible but no
3487             annotations are present on alignment</li>
3488           <li>pasted region containing hidden columns is
3489             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3490           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3491             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3492           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3493             selected Rregions menu item.</li>
3494           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3495             'Un' or 'Non'conserved</li>
3496           <li>Sequence feature settings are being shared by
3497             multiple distinct alignments</li>
3498           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3499             changed</li>
3500           <li>double click on group annotation to select sequences
3501             does not propagate to associated trees</li>
3502           <li>Mac OSX specific issues:
3503             <ul>
3504               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3505                 window background</li>
3506               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3507                 name set correctly</li>
3508               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3509                 save feature colourscheme button</li>
3510             </ul>
3511           </li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516
3517       <td>
3518         <div align="center">
3519           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3520         </div>
3521       </td>
3522       <td><em>New Capabilities</em>
3523         <ul>
3524           <li>URL links generated from description line for
3525             regular-expression based URL links (applet and application)
3526
3527           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3528             menu</li>
3529           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3530             structures</li>
3531           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3532             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3533           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3534             average score or total feature count for each sequence.</li>
3535           <li>Shading features by score or associated description</li>
3536           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3537             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3538           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3539             hide everything but the currently selected region.</li>
3540           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3541         </ul> <em>Application</em>
3542         <ul>
3543           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3544             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3545           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3546             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3547           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3548             database references and protein_name is parsed as
3549             description line (BioSapiens terms).</li>
3550           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3551             references in sequence ID tooltip from View menu in
3552             application.</li>
3553           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3554       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3555           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3556             conservation plots</li>
3557           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3558             and visualized as sequence logos</li>
3559           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3560             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3561           </li>
3562           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3563             when a new tree is opened.</li>
3564           <li>Jalview Java Console</li>
3565           <li>Better placement of desktop window when moving
3566             between different screens.</li>
3567           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3568             consensus annotation</li>
3569           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3570             Workflows</li>
3571           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3572             <ul>
3573               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3574                 used to preserve views, structures, and tree display
3575                 settings)</li>
3576               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3577                 command line</li>
3578               <li>Sharing of selected regions between views and
3579                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3580               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3581             </ul></li>
3582         </ul> <em>Applet</em>
3583         <ul>
3584           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3585           <li>New Parameters
3586             <ul>
3587               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3588                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3589                 opened.</li>
3590               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3591                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3592               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3593                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3594               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3595                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3596                 view</li>
3597               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3598                 increase the height or width of a cell in the alignment
3599                 grid relative to the current font size.</li>
3600             </ul>
3601           </li>
3602           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3603             tooltip</li>
3604         </ul> <em>Other</em>
3605         <ul>
3606           <li>Features format: graduated colour definitions and
3607             specification of feature scores</li>
3608           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3609             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3610             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3611           <li>XML formats extended to support graduated feature
3612             colourschemes, group associated annotation, and profile
3613             visualization settings.</li></td>
3614       <td>
3615         <ul>
3616           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3617             rather than description</li>
3618           <li>Non-positional features are now included in sequence
3619             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3620             visibility in tooltip).</li>
3621           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3622           <li>Added URL embedding instructions to features file
3623             documentation.</li>
3624           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3625             'X' in peptide product</li>
3626           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3627             sequence ID and sequence string and query strings do not
3628             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3629           <li>AMSA files only contain first column of
3630             multi-character column annotation labels</li>
3631           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3632             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3633             exported and re-imported)</li>
3634           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3635             name</li>
3636           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3637             as subsequence matches, and correctly reports total number
3638             of both.</li>
3639           <li>Application:
3640             <ul>
3641               <li>Better handling of exceptions during sequence
3642                 retrieval</li>
3643               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3644                 link text excludes the start_end suffix</li>
3645               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3646                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3647               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3648               <li>Sequence description lines properly shared via
3649                 VAMSAS</li>
3650               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3651                 data sources</li>
3652               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3653                 completes before alignment figures are generated.</li>
3654               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3655                 first time.</li>
3656               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3657                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3658               <li>User defined group colours properly recovered
3659                 from Jalview projects.</li>
3660             </ul>
3661           </li>
3662         </ul>
3663       </td>
3664
3665     </tr>
3666     <tr>
3667       <td>
3668         <div align="center">
3669           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3670         </div>
3671       </td>
3672       <td>
3673         <ul>
3674           <li>Experimental support for google analytics usage
3675             tracking.</li>
3676           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679       <td>
3680         <ul>
3681           <li>Race condition in applet preventing startup in
3682             jre1.6.0u12+.</li>
3683           <li>Exception when feature created from selection beyond
3684             length of sequence.</li>
3685           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3686           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3687             all sequences with a given id</li>
3688           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3689             ID string searches</li>
3690           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3691             alignment to fail with exception</li>
3692         </ul> <em>Application Issues</em>
3693         <ul>
3694           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3695           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3696             data sources</li>
3697         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3698         <ul>
3699           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3700             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3701           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3702             version (java class versioning error fixed)</li>
3703         </ul>
3704       </td>
3705     </tr>
3706     <tr>
3707       <td>
3708
3709         <div align="center">
3710           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3711         </div>
3712       </td>
3713       <td><em>User Interface</em>
3714         <ul>
3715           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3716             translation and protein products</li>
3717           <li>Linked highlighting of structure associated with
3718             residue mapping to codon position</li>
3719           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3720             and 'clear' button</li>
3721           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3722             Tools menu</li>
3723           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3724             numeric data in description line</li>
3725           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3726           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3727             of sequence</li>
3728         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3729         <ul>
3730           <li>JPred3 web service</li>
3731           <li>Prototype sequence search client (no public services
3732             available yet)</li>
3733           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3734             PFAM</li>
3735           <li>URL Links created for matching database cross
3736             references as well as sequence ID</li>
3737           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3738         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3739         <ul>
3740           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3741             databases</li>
3742           <li>Generalised database reference retrieval and
3743             validation to all fetchable databases</li>
3744           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3745             sequence command</li>
3746         </ul> <em>Import and Export</em>
3747         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3748         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3749           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3750         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3751           File</li>
3752         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3753           triplet as name of colourscheme</li>
3754         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3755         <ul>
3756           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3757           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3758             alignments (experimental)</li>
3759           <li>Create new or select existing session to join</li>
3760           <li>load and save of vamsas documents</li>
3761         </ul> <em>Application command line</em>
3762         <ul>
3763           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3764             from applet)</li>
3765           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3766             of DAS servers to query for alignment features</li>
3767           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3768             that are also automatically queried for features</li>
3769           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3770             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3771         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3772         <ul>
3773           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3774             application (when using &quot;View in full
3775             application&quot;)</li>
3776         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3777         <ul>
3778           <li>feature group display control parameter</li>
3779           <li>debug parameter</li>
3780           <li>showbutton parameter</li>
3781         </ul> <em>Applet API methods</em>
3782         <ul>
3783           <li>newView public method</li>
3784           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3785           <li>Feature display control methods</li>
3786           <li>get list of currently selected sequences</li>
3787         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3788         <ul>
3789           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3790           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3791             Jalview release.</li>
3792           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3793             property controls execution of obfuscator</li>
3794           <li>Build target for generating source distribution</li>
3795           <li>Debug flag for javacc</li>
3796           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3797             jalview.bin.Cache</li>
3798           <li>Continuous Build Integration for stable and
3799             development version of Application, Applet and source
3800             distribution</li>
3801         </ul></td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>selected region output includes visible annotations
3805             (for certain formats)</li>
3806           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3807             for editing</li>
3808           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3809           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3810           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3811           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3812             comments</li>
3813           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3814             filenames containing a ':'</li>
3815           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3816             global sequence features</li>
3817           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3818             references from alignment sequences goes to zero</li>
3819           <li>Close of tree branch colour box without colour
3820             selection causes cascading exceptions</li>
3821           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3822           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3823             file parsing fails.</li>
3824           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3825           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3826             not a valid output format</li>
3827           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3828             vamsas</li>
3829           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3830           <li>error messages passed up and output when data read
3831             fails</li>
3832           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3833             sequence is edited</li>
3834           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3835             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3836           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3837             filetype</li>
3838           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3839             import fixed for PFAM records</li>
3840           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3841             window list</li>
3842           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3843             can be read and written correctly to annotation file</li>
3844           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3845             correctly</li>
3846           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3847             non-italic font for representatives in Applet</li>
3848           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3849             Macs.</li>
3850           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3851             Applet)</li>
3852           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3853             due to null pointer exceptions</li>
3854           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3855             first column of alignment</li>
3856           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3857             July 2008</li>
3858           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3859             file is case-insensitive</li>
3860           <li>Sequence features read from Features file appended to
3861             all sequences with matching IDs</li>
3862           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3863             containing a sub-sequence</li>
3864           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3865           <li>feature and annotation file applet parameters
3866             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3867           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3868           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3869             splash-screen version check to complete</li>
3870           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3871             when passing them to the launchApp service</li>
3872           <li>display name and local features preserved in results
3873             retrieved from web service</li>
3874           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3875             sequence fetcher initialisation</li>
3876           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3877             dasobert DAS client</li>
3878           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3879             association</li>
3880           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3881             sequences
3882           </li>
3883         </ul>
3884       </td>
3885     </tr>
3886     <tr>
3887       <td>
3888         <div align="center">
3889           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3890         </div>
3891       </td>
3892       <td>
3893         <ul>
3894           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3895           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3896           <li>Slide sequences</li>
3897           <li>Edit sequence in place</li>
3898           <li>EMBL CDS features</li>
3899           <li>DAS Feature mapping</li>
3900           <li>Feature ordering</li>
3901           <li>Alignment Properties</li>
3902           <li>Annotation Scores</li>
3903           <li>Sort by scores</li>
3904           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907       <td>
3908         <ul>
3909           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3910           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3911           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3912           <li>Feature group display state in XML</li>
3913           <li>Feature ordering in XML</li>
3914           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3915           <li>Stockholm alignment properties</li>
3916           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3917           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3918           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3919           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3920         </ul>
3921       </td>
3922
3923     </tr>
3924     <tr>
3925       <td>
3926         <div align="center">
3927           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3928         </div>
3929       </td>
3930       <td>
3931         <ul>
3932           <li>Non standard characters can be read and displayed
3933           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3934             applet via textbox
3935           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3936             name &amp; description
3937           <li>Preference setting to display sequence name in
3938             italics
3939           <li>Annotation file format extended to allow
3940             Sequence_groups to be defined
3941           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3942             specified in preferences
3943           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3944             sequences
3945         </ul>
3946       </td>
3947       <td>
3948         <ul>
3949           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3950             installed
3951           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3952           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3953         </ul>
3954       </td>
3955     </tr>
3956     <tr>
3957       <td>
3958         <div align="center">
3959           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3960         </div>
3961       </td>
3962       <td>
3963         <ul>
3964           <li>Multiple views on alignment
3965           <li>Sequence feature editing
3966           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3967           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3968           <li>Background dependent text colour
3969           <li>Right align sequence ids
3970           <li>User-defined lower case residue colours
3971           <li>Format Menu
3972           <li>Select Menu
3973           <li>Menu item accelerator keys
3974           <li>Control-V pastes to current alignment
3975           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3976           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3977           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3978
3979           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3980         </ul>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3985           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3986             calculations
3987           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3988             edits
3989           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3990             of alignment)
3991           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3992
3993           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3994             display correctly
3995           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3996           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3997             analysis results
3998           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3999             &#8739;
4000           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4001           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4002           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4003
4004         </ul>
4005       </td>
4006     </tr>
4007     <tr>
4008       <td>
4009         <div align="center">
4010           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4011         </div>
4012       </td>
4013       <td>
4014         <ul>
4015           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4016         </ul>
4017       </td>
4018       <td>
4019         <ul>
4020           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4021             sequence id panel has been resized</li>
4022           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4023             rendered</li>
4024           <li>Annotation files with sequence references - all
4025             elements in file are relative to sequence position</li>
4026           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4027         </ul>
4028       </td>
4029     </tr>
4030     <tr>
4031       <td>
4032         <div align="center">
4033           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4034         </div>
4035       </td>
4036       <td>
4037         <ul>
4038           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4039           <li>DAS Feature fetching</li>
4040           <li>Hide sequences and columns</li>
4041           <li>Export Annotations and Features</li>
4042           <li>GFF file reading / writing</li>
4043           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4044             files</li>
4045           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4046           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4047           <li>Applet can launch the full application</li>
4048           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4049             required)</li>
4050           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4051           <li>Applet can load sequences from parameter
4052             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4053           </li>
4054         </ul>
4055       </td>
4056       <td>
4057         <ul>
4058           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4059           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4060           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4061         </ul>
4062       </td>
4063     </tr>
4064     <tr>
4065       <td>
4066         <div align="center">
4067           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4068         </div>
4069       </td>
4070       <td>
4071         <ul>
4072           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4073           <li>Choose to match case when searching</li>
4074           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4075             expand the visible width and height of the alignment</li>
4076         </ul>
4077       </td>
4078       <td>
4079         <ul>
4080           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4081         </ul>
4082       </td>
4083     </tr>
4084     <tr>
4085       <td>
4086         <div align="center">
4087           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4088         </div>
4089       </td>
4090       <td>&nbsp;</td>
4091       <td>
4092         <ul>
4093           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4094           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4095             value</li>
4096         </ul>
4097       </td>
4098     </tr>
4099     <tr>
4100       <td>
4101         <div align="center">
4102           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4103         </div>
4104       </td>
4105       <td>
4106         <ul>
4107           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4108           <li>Keyboard editing</li>
4109           <li>Create sequence features from searches</li>
4110           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4111             alignments</li>
4112           <li>Features file allows grouping of features</li>
4113           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4114           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4115           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4116         </ul>
4117       </td>
4118       <td>
4119         <ul>
4120           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4121           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4122             descriptions saved.</li>
4123         </ul>
4124       </td>
4125     </tr>
4126     <tr>
4127       <td>
4128         <div align="center">
4129           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4130         </div>
4131       </td>
4132       <td>
4133         <ul>
4134           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4135           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4136           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4137             name for file output</li>
4138           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4139           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4140             used for HTML form input</li>
4141         </ul>
4142       </td>
4143       <td>
4144         <ul>
4145           <li>HTML output writes groups and features</li>
4146           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4147           <li>File IO bugs</li>
4148         </ul>
4149       </td>
4150     </tr>
4151     <tr>
4152       <td>
4153         <div align="center">
4154           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4155         </div>
4156       </td>
4157       <td>
4158         <ul>
4159           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4160           <li>More options for PCA viewer</li>
4161         </ul>
4162       </td>
4163       <td>
4164         <ul>
4165           <li>GUI bugs resolved</li>
4166           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4167         </ul>
4168       </td>
4169     </tr>
4170     <tr>
4171       <td height="63">
4172         <div align="center">
4173           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4174         </div>
4175       </td>
4176       <td>
4177         <ul>
4178           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4179           <li>Jar files are executable</li>
4180           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4181         </ul>
4182       </td>
4183       <td>
4184         <ul>
4185           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4186           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4187           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4188         </ul>
4189       </td>
4190     </tr>
4191     <tr>
4192       <td>
4193         <div align="center">
4194           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4195         </div>
4196       </td>
4197       <td>
4198         <ul>
4199           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4200         </ul>
4201       </td>
4202       <td>
4203         <ul>
4204           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4205         </ul>
4206       </td>
4207     </tr>
4208     <tr>
4209       <td>
4210         <div align="center">
4211           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4212         </div>
4213       </td>
4214       <td>
4215         <ul>
4216           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4217             size</li>
4218         </ul>
4219       </td>
4220       <td>
4221         <ul>
4222           <li>Improved JPred client reliability</li>
4223           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4224         </ul>
4225       </td>
4226     </tr>
4227     <tr>
4228       <td>
4229         <div align="center">
4230           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4231         </div>
4232       </td>
4233       <td>
4234         <ul>
4235           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4236           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4237           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4238             to Colour Menu</li>
4239           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4240           <li>Unix users can set default web browser</li>
4241           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4242           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4243         </ul>
4244       </td>
4245       <td>
4246         <ul>
4247           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4248         </ul>
4249       </td>
4250     </tr>
4251     <tr>
4252       <td>
4253         <div align="center">
4254           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4255         </div>
4256       </td>
4257       <td>&nbsp;</td>
4258       <td>
4259         <ul>
4260           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4261             alignment order.</li>
4262         </ul>
4263       </td>
4264     </tr>
4265     <tr>
4266       <td>
4267         <div align="center">
4268           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4269         </div>
4270       </td>
4271       <td>
4272         <ul>
4273           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4274           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4275           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4276             annotations.</li>
4277           <li>Version and build date written to build properties
4278             file.</li>
4279           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4280             at launch of Jalview.</li>
4281         </ul>
4282       </td>
4283       <td>
4284         <ul>
4285           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4286           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4287           <li>Can remove groups one by one.</li>
4288           <li>Filechooser icons installed.</li>
4289           <li>Finder ignores return character when searching.
4290             Return key will initiate a search.<br>
4291           </li>
4292         </ul>
4293       </td>
4294     </tr>
4295     <tr>
4296       <td>
4297         <div align="center">
4298           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4299         </div>
4300       </td>
4301       <td>
4302         <ul>
4303           <li>New codebase</li>
4304         </ul>
4305       </td>
4306       <td>&nbsp;</td>
4307     </tr>
4308   </table>
4309   <p>&nbsp;</p>
4310 </body>
4311 </html>