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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11.1.0</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.11.1.0 is the first minor release for the 2.11 series.
  31     Along with a number of critical bug fixes and improvements it brings
  32     new functionality for mapping sequence features between CDS and
  33     Protein alignments. It is also the first release made under a new <em>four</em>
  34     number versioning scheme, which will allow us to keep track of
  35     patches and bug fixes.
  36   </p>
  37   <ul>
  38     <li><strong>Virtual Features</strong><br />In previous
  39       versions of Jalview, specific nucleotide sequence features such as
  40       genomic variants and exons were transferred to protein products on
  41       import. Jalview 2.11.1 instead provides 'virtual features' that
  42       can be enabled and overlaid on linked CDS/Protein views via their
  43       <a href="features/splitView.html#virtualfeats">Sequence
  44         Features dialog</a>. This allows more analyses of nucleotide and
  45       peptide sequence features on alignments in a more flexible and
  46       memory efficient way than in earlier versions.<br />
  47     <em>Note: Virtual features work best when variants are
  48         annotated with CSQ fields. Please <a
  49         href="features/importvcf.html#computepepvariants">see this
  50           Groovy script workaround</a> if you are working with VCF files
  51         without CSQ fields.
  52     </em></li>
  53     <li><strong>Improved VCF data import</strong><br /> <a
  54       href="features/importvcf.html#attribs">Standard attributes for
  55         filtering variants</a> (e.g. position, QUAL field etc) are now
  56       extracted from VCF files. This new feature was suggested by a user
  57       at the Jalview booth during ISMB 2019.</li>
  58     <li><strong>Extended feature attributes are exported
  59         in GFF3</strong><br />Complex attributes from VCF files can be exported
  60       and imported via GFF3</li>
  61     <li><strong>Updated Jalview Installer and Launcher</strong><br />Jalview's
  62       installation packages are now built with Install4j 8, which brings
  63       better support for Linux and improved control of file
  64       associations. New <a href="memory.html#jvm">parameters on the
  65         Jalview launcher</a> allow an upper memory limit to be specified <em>via</em>
  66       a Jalview launch file, to prevent it from hogging your system.</li>
  67   </ul>
  68   <p>
  69     See the <a href="releases.html#Jalview.2.11.1.0">2.11.1.0
  70       release notes</a> for full details of bugs fixed and new known issues.
  71   </p>
  72   <p>
  73     <em>JalviewJS News</em><br />With the release of Jalview 2.11.1.0,
  74     the team are now focused on bringing JalviewJS to full production.
  75     To follow our progress take a look at <em>http://www.jalview.org/jalview-js/</em>
  76     and follow updates on our new <a
  77       href="https://github.com/jalview/jalview-js/">JalviewJS
  78       Releases github repository</a>.
  79   </p>
  80 </body>
  81 </html>