help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>
   2 <head><title>Alignment Conservation Annotation</title></head>
   3 <body><p><strong>Alignment Conservation Annotation</strong></p>
   4 <p>This is an automatically calculated quantitative alignment
   5 annotation which measures the number of conserved physico-chemical
   6 properties conserved for each column of the alignment. Its calculation
   7 is based on the one used in
   8   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis :<br>
   9 <ul>Livingstone
  10   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  11   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.<em>CABIOS</em> Vol. <b>9</b>
  12   No. 6 (745-756)).
  13 </ul>
  14 </p>
  15 <p>Conservation is measured as a numerical index reflecting the
  16 conservation of physico-chemical properties in the alignment:
  17 Identities score highest, and the next most conserved group contain
  18 substitutions to amino acids lying in the same physico-chemical
  19 class.</p>
  20
  21 <p><em>Colouring an alignment by conservation</em><br>
  22 Conservation scores can be used to colour an alignment.  This is
  23 explained further in the help page for <a
  24 href="../colourSchemes/conservation.html">conservation colouring</a>.
  25 </p>
  26 </body>
  27 </html>