help/html/calculations/treeviewer.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>The Tree Viewing Window</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>The Tree Viewing Window</strong></p>
   7 <p>
   8   When a tree has been calculated from an alignment, or imported via a
   9   file or web service it is displayed by Jalview's tree viewing
  10   window. Trees can be rearranged, used to select sequences and groups
  11   in the associated alignment, saved in Newick format or exported as an
  12   image or postscript file.</p>
  13 <p>
  14   Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
  15   corresponding sequences in the original alignment. These selections
  16   are also reflected in any other analysis windows associated with the
  17   alignment, such as another tree viewer.</p>
  18
  19 <p>Moving the mouse over an internal node of the tree will highlight
  20   it. You can then : <ul>
  21   <li>Click the highlighted node to select all the sequences in that branch.
  22   <li>Double-click the highlighted node to rearrange the tree
  23   diagram by inverting the branch ordering at that
  24   node.
  25   <li>Right-click to open the 'Select Sub-Tree Colour' dialog box, to
  26   pick a new colour for the sub-tree and associated sequences.
  27   </ul>
  28 </p>
  29 <p>
  30   Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
  31   internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch
  32   of the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. Groups
  33   are created containing sequences at the leaves of each connected
  34   sub tree. These groups are each given a different colour, which are
  35   reflected in other windows in the same way as if the sequence ids
  36   were selected, and can be edited in the same way as user defined
  37   sequence groups.
  38 </p>
  39 <p>Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  40 different methods and measures. They are also an effective way of
  41 identifying specific patterns of conservation and mutation
  42 corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  43 with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  44 based colour scheme</a>.</p>
  45 <p><strong>File Menu</strong></p>
  46 <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick tree
  47 file (Save&#8594;Newick File), printed or exported as an image (PNG) or
  48 Postscript file. Finally, data used to calculate the tree can be
  49 retrieved with the 'Input Data...' entry.
  50 </p>
  51 <p><strong>View Menu</strong></p>
  52 <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  53 associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  54 lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  55 the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap information,
  56 and additional leaves from sequences not present in the associated
  57 alignment.
  58 </p>
  59 <p>The view menu contains options controlling the way a tree is
  60 rendered and labelled:
  61 <ul>
  62 <li><strong>Fit to Window</strong><p>
  63 The tree layout will be scaled to fit in the  display
  64 window. You may need to reduce the font size to minimise the leaf
  65 label overlap when this option is selected.
  66 </p></li>
  67 <li><strong>Font Size ...</strong><em>n</em><p>
  68 Brings up a dialog box to set the font size for the leaf
  69 names. <em>n</em> is the current font size.
  70 </p></li>
  71 <li><strong>Show Distances</strong><p>
  72 Labels each branch or leaf with its associated branch
  73 length.</p></li>
  74 <li><strong>Show Bootstrap values</strong><p>
  75 Labels each branch or leaf with its associated bootstrap value.
  76 </p></li>
  77 <li><strong>Mark unlinked leaves</strong><p>
  78 Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label to
  79 indicate that there is no sequence corresponding to that leaf in the
  80 associated alignment.
  81 </p></li>
  82 <li><strong>Associate Leaves with ...</strong><p>
  83 Only visible when there are <a href="../features/multipleviews.html">multiple views</a> of the same
  84 alignment to show and edit which alignment views are associated with
  85 the leaves of the displayed tree.
  86 </p>
  87 </ul>
  88 </p>
  89 </body>
  90 </html>