help/html/features/bioJsonFormat.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>BioJSON in Jalviwe</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>BioJSON support in Jalview</strong>
  28   </p>
  29   <p>BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification
  30     for the representation and exchange of multiple sequence alignment
  31     data.</p>
  32   <p>Jalview 2.9 includes support for reading and writing BioJSON
  33     v1.0 data directly, or embedded in HTML documents. It can also
  34     generate HTML pages which employ the <a href="biojsmsa.html">BioJS MSA viewer</a> for
  35     interactive display of BioJSON data.</p>
  36   <p>
  37     <strong>Finding out more about BioJSON</strong>
  38   </p>
  39   <p>
  40     The BioJSON specification is published at <a
  41       href="http://jalview.github.io/biojson/">http://jalview.github.io/biojson/</a>.
  42   </p>
  43   <p>
  44     <strong>Jalview's Support for BioJSON v1.0</strong>
  45   </p>
  46   <p>BioJSON exports of an alignment view include
  47     the following additional data:</p>
  48   <ul>
  49     <li>Alignment Annotations</li>
  50     <li>Alignment Features</li>
  51     <li>Alignment Sequences</li>
  52     <li>Color Scheme</li>
  53     <li>Hidden Columns</li>
  54     <li>Hidden Sequences</li>
  55     <li>Sequence Groups</li>
  56   </ul>
  57   <p>The following data are NOT currently preserved on export:</p>
  58   <ul>
  59     <li>Alignment Reference sequences</li>
  60     <li>Representative sequence groups</li>
  61     <li>Trees</li>
  62     <li>3D Structures</li>
  63   </ul>
  64 </body>
  65 </html>