help/html/features/hiddenRegions.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Hidden Regions</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Hidden Regions</strong></p>
   7 <p>Use the keyboard key &quot;H&quot; to hide / reveal selected
   8 columns and sequences. To hide / reveal only selected sequences, use
   9 &quot;Shift H&quot;, to hide / reveal only selected columns, use
  10 &quot;Control H&quot;. You can also use &quot;Shift&quot; and
  11 &quot;Control&quot; together to hide everything but the currently
  12 selected region.</p>
  13 <p><strong><em>Hiding Sequences</em></strong><br>
  14 To hide selected sequences in an alignment, use the <strong>&quot;View
  15 -&gt; Hide -&gt; Selected Sequences&quot;</strong> menu item or simply select <strong>&quot;Hide
  16 Sequences&quot;</strong> from the Popup menu after a right click on the sequence
  17 Ids.</p>
  18 <p>Hidden sequences will not be used in any calculations, editing or
  19 web service alignments performed on visible sequences.</p>
  20 <p><strong><em>Hidden Sequences Representatives</em></strong><br>
  21 A more advanced hide involves a right-mouse click on a sequence, then
  22 selecting <strong>&quot;SequenceID -&gt; Represent Group with
  23 SequenceId&quot;</strong>. Using this method of hiding sequences, any edits
  24 performed on the visible group representative will be propogated to all
  25 the sequences in that group. <br>
  26 The hidden representative sequences will not be used in any calculations
  27 or web service alignments (<em>nb. this may change in the future</em>).
  28 <p><strong><em>Hidden Sequence Representatives and
  29 Multiple Views</em></strong><br>
  30 <em>A word of warning: hidden representative sequence groups are
  31 (still) only partly implemented in the jalview 2.5 release, and we hope
  32 to deal with the following issues in the future.</em><br>
  33 Currently, represented hidden groups are only made correctly if there is
  34 just one alignment view. When multiple views on an alignment exist, then
  35 the represented group will be displayed correctly in the view in which
  36 it was made, but in other views, both representative and hidden
  37 sequences will be visible, but will behave as if they are grouped. <br>
  38 Hidden representatives are propagated correctly to a new view if they
  39 exist in the current view. However, if the represented sequences are
  40 revealed in any one view, then in all other views they will simply be
  41 marked as hidden, and their association with the representative sequence
  42 will be lost.<br>
  43 </blockquote>
  44 </p>
  45 <p><strong><em>Hiding Columns</em></strong><br>
  46 To hide selected columns in an alignment, use the <strong>&quot;View
  47 -&gt; Hide -&gt; Selected Columns&quot;</strong> menu item, or right click within
  48 a region of selected columns in the scale above the alignment (only
  49 available in non wrapped mode) and select <strong>&quot;Hide
  50 Columns&quot;</strong>.</p>
  51 <p>When an alignment view contains hidden columns, certain
  52 constraints apply:
  53 <ul>
  54         <li>Editing the alignment is bound by the hidden columns, <em>i.e.</em>
  55         you cannot move residues across a hidden column boundary.</li>
  56         <li><strong><a href="../calculations/tree.html">Tree</a></strong>,
  57         <strong><a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  58         alignment</a></strong> and <strong><a href="../calculations/pca.html">PCA</a></strong>
  59         calculations will only be performed using the <em>visible</em> parts of
  60         the alignment.</li>
  61         <li><a href="../webservices/msaclient.html">Multiple Sequence
  62         Alignments</a> are performed locally on on each visible chunk of the input,
  63         and concatenated with the hidden regions to form the final result.
  64 </p>
  65 </li>
  66 </ul>
  67 <p><strong>Column Separability</strong><br>
  68 Calculations where hidden columns are excluded, and a single analysis
  69 performed on the result, are termed <em>column-separable</em>. The
  70 simple Tree and PCA calculations are column separable because
  71 essentially the same results would be obtained if the excluded hidden
  72 columns were replaced by gaps as the input to the calculation.</p>
  73 <p>Multiple Sequence alignment and secondary structure prediction
  74 are both non-column-separable, and so the exclusion of hidden regions
  75 leads to only 'locally optimal' results - sometimes different to that
  76 obtained when using the full alignment.</p>
  77 <p>&nbsp;</p>
  78 <p>&nbsp;</p>
  79 <p>&nbsp;</p>
  80 </body>
  81 </html>