help/html/menus/alwcalculate.html

   1 <html>
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
   3
   4 <body>
   5 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>
   6 <ul>
   7   <li><strong>Sort </strong>
   8     <ul>
   9       <li><strong>by ID</strong><em><br>
  10         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is
  11         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  12       <li><strong>by Group</strong><strong><br>
  13         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.
  14         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.
  15         </em><strong></strong></li>
  16       <li><strong>by Pairwise Identity<br>
  17         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
  18         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put at
  19         the top. </em></li>
  20       <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will have
  21         some additional options if the alignment has any associated
  22         score annotation, or you have just done a multiple alignment calculation
  23         or opened a tree viewer window.</em><br>
  24       </li>
  25     </ul>
  26   </li>
  27   <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
  28     <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently selected
  29     region. See <a
  30     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>
  31     <ul>
  32       <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
  33       <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
  34       <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
  35       <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
  36         </strong></li>
  37     </ul>
  38   </li>
  39   <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
  40     <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  41     alignments</a>.</em><br>
  42   </li>
  43   <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
  44     <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 scores
  45     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component
  46     Analysis</a>.</em> <br>
  47   </li>
  48         <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
  49                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
  50                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
  51                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
  52         </li>
  53
  54   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
  55     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate
  56     Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy calculations
  57     performed after each sequence edit.</em> <br>
  58   </li>
  59 </ul>
  60   </body>
  61 </html>