help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Popup Menu</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Popup Menu</strong><br>\r
   6   <em>This menu is visible when right clicking either within a selected region \r
   7   on the alignment or on a selected sequence name.</em></p>\r
   8 <ul>\r
   9   <li><strong>Define </strong> \r
  10     <ul>\r
  11       <li><strong>Group<br>\r
  12         </strong><em>This will display a window asking for the name of the currently \r
  13         selected group. Click OK to set the name, cancel to use the default group \r
  14         name. </em><strong><br>\r
  15         </strong></li>\r
  16       <li><strong>Remove Group<br>\r
  17         </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong> <br>\r
  18         </strong></li>\r
  19       <li><strong>Group Colour<br>\r
  20         </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a> \r
  21         of the group.</em><strong> <br>\r
  22         </strong></li>\r
  23       <li><strong>Boxes<br>\r
  24         </strong><em>If selected the background of a residue within the selected \r
  25         group will be coloured according to the assigned colour scheme.</em><strong> \r
  26         <br>\r
  27         </strong></li>\r
  28       <li><strong> Text<br>\r
  29         </strong><em>If selected the selected group will display text. </em><strong><br>\r
  30         </strong></li>\r
  31       <li><strong>Colour Text<br>\r
  32         </strong><em>If selected the selected group will display text in a colour \r
  33         slightly darker than the background colour of that residue.</em><strong><br>\r
  34         </strong></li>\r
  35       <li><strong>Border Colour <br>\r
  36         </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour Chooser&quot; \r
  37         window. Select a colour than press OK to set the border colour of a group.</em><strong><br>\r
  38         </strong></li>\r
  39     </ul>\r
  40   </li>\r
  41   <li><strong>Sequence <br>\r
  42     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence name. \r
  43     </em> \r
  44     <ul>\r
  45       <li><strong>Edit Name<br>\r
  46         </strong><em>You may edit the name of each sequence. A window will be \r
  47         displayed asking for a new sequence name to be entered. Press OK to accept \r
  48         your edit.</em><strong><br>\r
  49         </strong></li>\r
  50       <li><strong>View PDB Structure<br>\r
  51         </strong><em>In the current version you will first need to select &quot;View \r
  52         -&gt; Sequence Features&quot; before associating a PDB file with a sequence. \r
  53         <br>\r
  54         If the sequence has a PDB file associated with it Jalview will display \r
  55         a 3D interactive viewer of the file. </em><strong><br>\r
  56         <br>\r
  57         </strong></li>\r
  58     </ul>\r
  59   </li>\r
  60 </ul>\r
  61 </body>\r
  62 </html>\r