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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Nucleic Acid Support</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         font-family: "Courier New", Courier, mono;
  28         font-style: normal;
  29         font-size: medium;
  30 }
  31 -->
  32 </style>
  33 </head>
  34 <body>
  35         <p>
  36                 <strong>Nucleic Acid Support</strong>
  37         </p>
  38         <p>
  39                 <em>Colour Schemes</em>
  40         </p>
  41         <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences,
  42                 ability to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure
  43                 coloring</p>
  44         <p>
  45                 Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
  46                         colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
  47                         Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available under the Colour Menu.
  48                 See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour Schemes</a>.
  49         </p>
  50         <p>
  51                 <em>RNA Support</em>
  52         </p>
  53         Jalview supports annotation of RNA sequences with secondary structure
  54         information. You can interactively
  55         <a href="../features/annotation.html#rna">create and edit RNA
  56                 secondary structure annotation rows</a>, or import data in the following
  57         way:
  58         <ul>
  59                 <li><em>RFAM</em> - Sequences can be <a
  60                         href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the RFAM database
  61                         by accession number or ID.</li>
  62                 <li><em>Stockholm files</em> - WUSS (or VIENNA) dot-bracket
  63                         notation found in the secondary structure annotation line will be
  64                         imported as sequence or alignment associated secondary structure
  65                         annotation.</li>
  66                 <li><em>Clustal files</em> - certain RNA alignment programs, such
  67                         as <a href="http://rna.informatik.uni-freiburg.de:8080/LocARNA.jsp">LocaRNA</a>
  68                         output consensus RNA secondary structure lines in the line normally
  69                         reserved for the Clustal consensus line in a clustal file.</li>
  70                 <li><em>RNAML</em> Jalview can import RNAML files containing sequences and extended secondary structure annotation derived from RNA 3D structure</li>
  71         </ul>
  72         <p>
  73                 <strong>RNA Secondary Structure Visualization and Analysis</strong><br />
  74                 If a sequence or RNA alignment has secondary structure information,
  75                 the alignment will have a secondary structure line shown below it, and
  76                 a number of additional options become available:
  77         <ul>
  78                 <li><a href="../colourschemes/rnaHelicesColouring.html">RNA
  79                                 Helix colouring</a> - highlights columns of alignment involved in
  80                         particular RNA helices, Uses the first displayed secondary structure annotation.</li>
  81       <li><a href="../calculations/structureconsensus.html">Base Pair
  82                                 Conservation Analysis</a> - shown as a histogram and base-pair logo
  83                         below the alignment. Uses the first displayed secondary structure annotation row.</li>
  84                 <li><a href="../features/varna.html">2D Structure
  85                                 Visualization in VARNA</a> - allows linked viewing of the consensus or
  86                         an individual sequence's structure. Accessed via the Sequence ID popup menu.</li>
  87     <li><strong>per sequence secondary structure
  88         annotation</strong><br /> Sequence associated secondary structure
  89       annotation imported via stockholm, PDB files, or other sources can
  90       be shown on the alignment with the <strong>Colours&#8594;By
  91         Annotation</strong> dialog box. Colours are assigned according to RNA
  92       helix topology number (number of distinct nested helices).
  93       Alignments can also be sorted by RNA helix secondary structure
  94       topology number, <em>via</em> the <strong>Calculations&#8594;Sort&#8594;By
  95         Annotation&#8594;Secondary Structure</strong> option (only present when
  96       per-sequence secondary structure is available).</li>
  97   </ul>
  98         <p><strong>Pseudo-knots</strong><br/>
  99           Jalview 2.8.2 introduced limited support for working with structures including pseudoknots. Where possible, extended WUSS symbols (e.g. different types of parentheses, or upper and lower case letters) are preserved when parsing RNA structure annotation and will be shaded differently when displayed in the structure.<br/>
 100   Extended WUSS annotation is also employed to distinguish different base pair interactions obtained from RNAML files.</p>
 101
 102         <p><strong>Limitations when working with RNA in Jalview</strong><br/>
 103         Currently, Jalview is not able to export RNA secondary structure annotation in any format other than Jalview annotation
 104         </br>
 105         <em>Jalview's RNA handling capabilities were introduced in v2.8</em>
 106         </p>
 107         <p align="center">&nbsp;</p>
 108 </body>
 109 </html>