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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em>Deprecations</em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  82             capabilities removed from the Jalview Desktop
  83           </li>
  84         </ul>
  85         <em>Release Processes</em>
  86         <ul>
  87         <li>Atlassian Bamboo continuous integration server for unattended Test Suite execution</li>
  88         <li><!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common operations</li>
  89         </ul>
  90       </div></td>
  91     <td><div align="left">
  92         <em></em>
  93         <ul>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
  96             or the overview updates with large alignments.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 100             region if columns were selected by dragging right-to-left
 101             and the mouse moved to the left of the first column.
 102           </li>
 103           <li>
 104             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 105             URLs doesn't tell users the invalid URL
 106           </li>
 107         </ul>
 108         <em>Editing</em>
 109         <ul>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 112             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 113             via 'Edit' sequence
 114           </li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 117             sequence features correctly when start of sequence is
 118             removed (Known defect since 2.10)
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL- -->
 122           </li>
 123         </ul>
 124         <em>New Known Defects</em>
 125         <ul>
 126           <li>
 127             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 128             on export as jalview features file
 129           </li>
 130         </ul>
 131       </div></td>
 132     </tr>
 133     <tr>
 134     <td width="60" nowrap>
 135       <div align="center">
 136         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 137       </div>
 138     </td>
 139     <td><div align="left">
 140         <em></em>
 141         <ul>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 144               InstallAnywhere increased to 1G.
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 148               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 149               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 150                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 151                 properties file.</em>
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 155               API and sequence data now imported as JSON.
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 159               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 160               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 161               property.
 162             </li>
 163           </ul>
 164           <em>Development</em>
 165           <ul>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 168               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 169                 Clover</a>
 170             </li>
 171           </ul>
 172         </div></td>
 173     <td><div align="left">
 174         <em></em>
 175         <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 178               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 179               alignment.
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 183               annotation displayed.
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 187               for newly created group when 'Apply to all groups'
 188               selected
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 192               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 193               visible.
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 197               when sequences are selected in exported view.</em>
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 201               aren't rendered with correct colour.
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 205               types of knotted RNA secondary structure.
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 209               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 210               do not start at 1.
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 214               annotation when columns are inserted into an alignment,
 215               and when exporting as Stockholm flatfile.
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 219               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 220               treated as RNA secondary structure.
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 224               (not .jar) when saving a jalview project file.
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 228               transfers focus to previous window on OSX
 229             </li>
 230           </ul>
 231           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 232           <ul>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 235               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 236               box.
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 240               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 241               'look and feel' which has improved compatibility with the
 242               latest version of OSX.
 243             </li>
 244           </ul>
 245         </div>
 246     </td>
 247     </tr>
 248     <tr>
 249       <td width="60" nowrap>
 250         <div align="center">
 251           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 252             <em>7/06/2018</em></strong>
 253         </div>
 254       </td>
 255       <td><div align="left">
 256           <em></em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 260               annotation retrieved from Uniprot
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 264               onto the Jalview Desktop
 265             </li>
 266           </ul>
 267         </div></td>
 268       <td><div align="left">
 269           <em></em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 273               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 277               right-hand column parsed correctly
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 281               not alignment area in exported graphic
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 285               window has input focus
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 289               annotation added to view (Windows)
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 293               network connectivity is poor
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 297               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 298                 the currently open URL and links from a page viewed in
 299                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 300                 you are using Edge, only links in the page can be
 301                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 302                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 303             </li>
 304           </ul>
 305         </div></td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td width="60" nowrap>
 309         <div align="center">
 310           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 311         </div>
 312       </td>
 313       <td><div align="left">
 314           <em></em>
 315           <ul>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 318               for disabling automatic superposition of multiple
 319               structures and open structures in existing views
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 323               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 324               adjust them.
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 328               Ensembl services
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 332               and lots of hidden columns
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 336               of features (particularly when transparency is disabled)
 337             </li>
 338           </ul>
 339           </div>
 340       </td>
 341       <td><div align="left">
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 345               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 349               overlapping alignment panel
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 353               sequence as gaps
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 357               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 358               UTR
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 362               factor annotation not added to sequence when local PDB
 363               file associated with it by drag'n'drop or structure
 364               chooser
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 368               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 372               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 376               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 380               columns in annotation row
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 384               honored in batch mode
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 388               for structures added to existing Jmol view
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 392               entries after importing project with multiple views
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 396               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 397               with negative residue numbers or missing residues fails
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 401               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 402               as generated by CONSURF)
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 406               tooltip doesn't include a text description of mutation
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 410               structure and/or overview windows are also shown
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 414               very slow for alignments with large numbers of sequences
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 418               with 'StringIndexOutOfBounds'
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 422               platforms running Java 10
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 426               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 427             </li>
 428           </ul>
 429           <em>Applet</em>
 430           <ul>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 433               should copy the group consensus when popup is opened on it
 434             </li>
 435           </ul>
 436           <em>Batch Mode</em>
 437           <ul>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 440           </li>
 441           </ul>
 442           <em>New Known Defects</em>
 443           <ul>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 446               editing a large alignment and overview is displayed
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 450               repeatedly after a series of edits even when the overview
 451               is no longer reflecting updates
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 455               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 456               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 457               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 458             </li>
 459           </ul>
 460         </div>
 461           </td>
 462     </tr>
 463     <tr>
 464       <td width="60" nowrap>
 465         <div align="center">
 466           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 467         </div>
 468       </td>
 469       <td><div align="left">
 470           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 471               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 472       <td><div align="left">
 473           <em>Desktop</em><ul>
 474           <ul>
 475             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 476             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 477             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 478             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 479             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 480             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 481             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 482           </ul>
 483           </div>
 484       </td>
 485     </tr>
 486     <tr>
 487       <td width="60" nowrap>
 488         <div align="center">
 489           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 490         </div>
 491       </td>
 492       <td><div align="left">
 493           <em></em>
 494           <ul>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 497               rendering of sequence features
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 501               429 rate limit request hander
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 505               their colours have changed
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 509               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 513               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 517               view from Ensembl locus cross-references
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 521               Alignment report
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 525               feature can be disabled
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 529               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 533               Uniprot
 534             </li>
 535           </ul>
 536           <em>Scripting</em>
 537           <ul>
 538             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 539             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 540               percent identity scores for current alignment.</li>
 541           </ul>
 542           <em>Testing and Deployment</em>
 543           <ul>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 546             </li>
 547           </ul>
 548         </div></td>
 549       <td><div align="left">
 550           <em>General</em>
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 554               threshold text field doesn't trigger an update to the
 555               alignment view
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 559               strings in parallel
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 563               alignment window is closed
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 567               group visibility
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 571               takes a long time in Cursor mode
 572             </li>
 573           </ul>
 574           <em>Desktop</em>
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 578               cannot be viewed in Chimera
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 582               CDS/Protein view
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 586               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 587               Search Dialogs
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 597               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 601               scrolling right in unwapped alignment view
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 605               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 606               database
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 610               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 614               features of same type and group to be selected for
 615               amending
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 619               alignments when hidden columns are present
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 623               displaying several structures
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 627               moving a window
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 631               within the Jalview desktop on OSX
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 635               when in wrapped alignment mode
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 639               hand end of alignment
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 643               each selected sequence do not have correct start/end
 644               positions
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 648               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 652               restoring project until a new view is created
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 656               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 657               configured (since 2.10.2b2)
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 661               position is adjusted
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 665               in a multi-chain structure when viewing alignment
 666               involving more than one chain (since 2.10)
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 670               if new selection moves alignment window
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 674               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 678               that produces correctly annotated transcripts and products
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 682               doesn't update associated structure view
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Applet</em><br />
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 689               closing alignment panel
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>BioJSON</em><br />
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 696               non-positional features
 697             </li>
 698           </ul>
 699           <em>New Known Issues</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 703               sequence features correctly (for many previous versions of
 704               Jalview)
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 708               using cursor in wrapped panel other than top
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 712               graduated colour threshold
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 716               always preserve numbering and sequence features
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Known Java 9 Issues</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 723               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 724               9.01, OSX 10.10)
 725             </li>
 726           </ul>
 727         </div></td>
 728     </tr>
 729     <tr>
 730       <td width="60" nowrap>
 731         <div align="center">
 732           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 733             <em>2/10/2017</em></strong>
 734         </div>
 735       </td>
 736       <td><div align="left">
 737           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 738           <ul>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 741             </li>
 742             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 743             </li>
 744           </ul>
 745         </div></td>
 746       <td><div align="left">
 747         </div></td>
 748     </tr>
 749     <tr>
 750       <td width="60" nowrap>
 751         <div align="center">
 752           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 753             <em>7/9/2017</em></strong>
 754         </div>
 755       </td>
 756       <td><div align="left">
 757           <em></em>
 758           <ul>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 761               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 762               white)
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 766               Preferences
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 770               in size and progress bar shown as higher resolution
 771               overview is recalculated
 772             </li>
 773
 774           </ul>
 775         </div></td>
 776       <td><div align="left">
 777           <em></em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 781               column region row by row
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 785               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 789               format setting is unticked
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 793               if group has show boxes format setting unticked
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 797               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 798               include sequences and columns not currently displayed
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 802               assemblies are imported via CIF file
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 806               displayed when threshold or conservation colouring is also
 807               enabled.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 811               server version
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 815               dragging a selected region off the visible region of the
 816               alignment
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 820               colourscheme to all groups in a view
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 824               initially after font size change using the Font chooser or
 825               middle-mouse zoom
 826             </li>
 827           </ul>
 828         </div></td>
 829     </tr>
 830     <tr>
 831       <td width="60" nowrap>
 832         <div align="center">
 833           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 834         </div>
 835       </td>
 836       <td><div align="left">
 837           <em>Calculations</em>
 838           <ul>
 839
 840             <li>
 841               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 842               ungapped positions in each column of the alignment.
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 846               a calculation dialog box
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 850               and memory efficiency (~30x faster)
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 854               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 855               and other calculations
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 859               files within the Jalview codebase
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 863               Similarity may have different topology due to increased
 864               precision
 865             </li>
 866           </ul>
 867           <em>Rendering</em>
 868           <ul>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 871               model for alignments and groups
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 875               scripts
 876             </li>
 877           </ul>
 878           <em>Overview</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 882               with alignment and overview windows
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 886               overview
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 890               omitted in Overview
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 894               adjustment of visible position
 895             </li>
 896           </ul>
 897
 898           <em>Data import/export</em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 902               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 903             </li>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 906               annotation input/output via stockholm flatfile
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 910               extension when importing structure files without embedded
 911               names or PDB accessions
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 915               format sequence substitution matrices
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>User Interface</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 922               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 923               the application.
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 927               via Overview or sequence motif search operations
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 931               opened by double clicking gaps within sequence feature
 932               extent
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 936               aligned positions were available to create a 3D structure
 937               superposition.
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>3D Structure</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 944               coloured in linked structure views
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 948               file-based command exchange
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 952               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 953               structures are already available for sequences
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 957               the Jalview project rather than downloaded again when the
 958               project is reopened.
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 962               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 963               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 964                 Feature</strong>)
 965             </li>
 966           </ul>
 967           <em>Web Services</em>
 968           <ul>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 974               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 975               Analysis services
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 979               cross-references provided by identifiers.org and the
 980               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 981             </li>
 982           </ul>
 983
 984           <em>Scripting</em>
 985           <ul>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 988               identifying file formats (instead of String constants)
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 992               efficiency when counting all displayed features (not
 993               backwards compatible with 2.10.1)
 994             </li>
 995           </ul>
 996           <em>Example files</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1000               included in the example feature file
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Documentation</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1007               with the built-in Java help viewer
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1011               sequence description' option
1012             </li>
1013           </ul>
1014           <em>Test Suite</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1018               Uniprot REST Free Text Search Client
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1025               during tests
1026             </li>
1027           </ul>
1028         </div></td>
1029       <td><div align="left">
1030           <em>Calculations</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1034               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1035               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1036             </li>
1037             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1038               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1039               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1040               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1041               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1042               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1043               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1044               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1045               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1046               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1047               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1048               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1049               // for 2.10.1 mode <br />
1050               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1051               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1052                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1053                 calculations (not recommended)</em></li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1056               scaling of branch lengths for trees computed using
1057               Sequence Feature Similarity.
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1061               generating output report when working with highly
1062               redundant alignments
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1066               right of selected region when gaps present on right-hand
1067               boundary
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>User Interface</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1074               doesn't reselect a specific sequence's associated
1075               annotation after it was used for colouring a view
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1079               opened on a region of alignment without groups
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1083               of an alignment with overlapping groups
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1087               name and description match
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1091               hidden regions results in incorrect hidden regions
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1095               changing colour does not apply Conservation slider value
1096               to all groups
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1100               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1104               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1108               gaps before start of features
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1112               restored to UI when feature colour is edited
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1116               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1120               as graduate feature colour settings are modified via the
1121               dialog box
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1125               when a group defined on the alignment is resized
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1129               wrapped view result in positional status updates
1130             </li>
1131
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1134               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1138               alignment included gapped columns
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1142               widgets don't permanently disappear
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1146               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1147               T-Coffee column reliability scores)
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1151               sequence feature on gaps only
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1155               button from a Find inherit previously defined feature type
1156               rather than the Find query string
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1160               exporting tree calculated in Jalview
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1164               and then revealing them reorders sequences on the
1165               alignment
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1169               doesn't update to reflect available set of groups after
1170               interactively adding or modifying features
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1174               Linux
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1178               only excluded gaps in current sequence and ignored
1179               selection.
1180             </li>
1181           </ul>
1182           <em>Rendering</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1186               erratically when hidden rows or columns are present
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1190               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1191               sequence colouring
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1195               colour and group colour menu for protein alignments
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1199               reflect currently selected view or group's shading
1200               thresholds
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1204               when rendered on overview and structures when opacity at
1205               100%
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1209               overview when features overlaid on alignment
1210             </li>
1211           </ul>
1212           <em>Data import/export</em>
1213           <ul>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1216               load
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1220               added after a sequence was imported are not written to
1221               Stockholm File
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1225               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1229               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1233               with lightGray or darkGray via features file (but can
1234               specify lightgray)
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1238               when alignment view imported from project
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1242               structure and sequences extracted from structure files
1243               imported via URL and viewed in Jmol
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1247               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1248               the project is loaded and the structure viewed
1249             </li>
1250           </ul>
1251           <em>Web Services</em>
1252           <ul>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1255               release of Ensembl v.88
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1259               appear enabled in Preferences->Connections
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1263               removed from console output
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1267               Ensembl by Peptide ID
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1271               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1272               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1273               due to 'null' string rather than empty string used for
1274               residues with no corresponding PDB mapping).
1275             </li>
1276           </ul>
1277           <em>Application UI</em>
1278           <ul>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1281               menu
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1285               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1286               new documentation and tooltips added)
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1290               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1294               new features are added to alignment
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1298               changes to feature colours via the Amend features dialog
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1302               edit graduated feature colour via amend features dialog
1303               box
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1307               selection menu changes colours of alignment views
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1311               from alignment calculation workers after alignment has
1312               been closed
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1316               groups now 'Create Group'
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1320               Create/Undefine group doesn't always work
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1324               shown again after pressing 'Cancel'
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1328               adjusts start position in wrap mode
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1332               ambiguous amino acids
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1336               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1337               proteins
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1341               Defined' don't appear in Colours menu
1342             </li>
1343           </ul>
1344           <em>Applet</em>
1345           <ul>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1348               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1352               overview or linked structure view
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1356               work (since 2.8)
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1360               user-defined colourscheme doesn't restore original
1361               colourscheme
1362             </li>
1363           </ul>
1364           <em>Test Suite</em>
1365           <ul>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1368               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1372               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1373               problems with deep array comparison equality asserts in
1374               successive versions of TestNG
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1378               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1379             </li>
1380           </ul>
1381           <em>New Known Issues</em>
1382           <ul>
1383             <li>
1384               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1385               phase after a sequence motif find operation
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1389               containing just upper and lower case letters are
1390               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1394               reliably from eggnog Ortholog database
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1398               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1399               to mark columns containing highlighted regions.
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1403               doesn't always add secondary structure annotation.
1404             </li>
1405           </ul>
1406         </div>
1407     <tr>
1408       <td width="60" nowrap>
1409         <div align="center">
1410           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1411         </div>
1412       </td>
1413       <td><div align="left">
1414           <em>General</em>
1415           <ul>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1418               for all consensus calculations
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1422               3rd Oct 2016)
1423             </li>
1424             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1425               for 2016-2017</li>
1426           </ul>
1427           <em>Application</em>
1428           <ul>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1431               set of database cross-references, sorted alphabetically
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1435               from database cross references. Users with custom links
1436               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1437                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1441               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1442               Chimera session
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1446               the Chimera it is connected to is shut down
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1450               columns menu item to mark columns containing highlighted
1451               regions (e.g. from structure selections or results of a
1452               Find operation)
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1456               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1457               MSAviewer
1458             </li>
1459           </ul>
1460         </div></td>
1461       <td>
1462         <div align="left">
1463           <em>General</em>
1464           <ul>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1467               are not coloured or thresholded according to percent
1468               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1472               hydrophobic
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1476               threshold, amino acid properties)
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1480               reported as mapped to residues in a structure file in the
1481               View Mapping report
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1485               could be added multiple times to a sequence
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1489               bond features shown as two highlighted residues rather
1490               than a range in linked structure views, and treated
1491               correctly when selecting and computing trees from features
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1495               cross-references are matched to database name regardless
1496               of case
1497             </li>
1498
1499           </ul>
1500           <em>Application</em>
1501           <ul>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1504               names without regular expressions also offer links from
1505               Sequence ID
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1509               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1510               update Jalview configuration
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1514               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1518               files with similarly named sequences if dropped onto the
1519               alignment
1520             </li>
1521             <li>
1522               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1523               entries where more chains exist in the PDB accession than
1524               are reported in the SIFTS file
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1528               the structure view when displayed with Chimera
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1532               panel's View->Show Chains submenu
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1536               work for wrapped alignment views
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1540               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1544               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1545               first annotation row
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1549               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1553               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1554             </li>
1555             <!-- JAL-2319 -->
1556             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1557             coordindate data
1558             </li>
1559           </ul>
1560           <!--           <em>New Known Issues</em>
1561           <ul>
1562             <li></li>
1563           </ul> -->
1564         </div>
1565       </td>
1566     </tr>
1567     <td width="60" nowrap>
1568       <div align="center">
1569         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1570           <em>25/10/2016</em></strong>
1571       </div>
1572     </td>
1573     <td><em>Application</em>
1574       <ul>
1575         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1576           view if structures already loaded</li>
1577         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1578           structure views</li>
1579       </ul></td>
1580     <td>
1581       <div align="left">
1582         <em>General</em>
1583         <ul>
1584           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1585             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1586           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1587             example sequences/projects/trees</li>
1588         </ul>
1589         <em>Application</em>
1590         <ul>
1591           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1592             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1593           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1594             without timeout for structures with multiple models or
1595             multiple sequences in alignment</li>
1596           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1597             PDB ID HEADER line</li>
1598           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1599             is performed</li>
1600           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1601             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1602           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1603           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1604             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1605             option</li>
1606           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1607             is created on the alignment</li>
1608           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1609             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1610             pop-up menu</li>
1611         </ul>
1612         <em>Build and deployment</em>
1613         <ul>
1614           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1615             tags</li>
1616         </ul>
1617         <em>New Known Issues</em>
1618         <ul>
1619           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1620             on Windows</li>
1621         </ul>
1622       </div>
1623     </td>
1624     </tr>
1625     <tr>
1626       <td width="60" nowrap>
1627         <div align="center">
1628           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1629         </div>
1630       </td>
1631       <td><em>General</em>
1632         <ul>
1633           <li>
1634             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1635           </li>
1636           <li>
1637             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1638             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1639             better PDB parsing.
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1643             reference sequence
1644           </li>
1645           <li>
1646             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1647             mousing over sequence associated annotation
1648           </li>
1649           <li>
1650             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1651             for manual entry
1652           </li>
1653           <li>
1654             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1655             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1656             for each column
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1660             showing or hiding columns containing a feature
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1664             group and sequence associated annotation labels
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1668             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1669             dialogs
1670           </li>
1671
1672         </ul> <em>Application</em>
1673         <ul>
1674           <li>
1675             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1676             gene/transcript view
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1680             dialog
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1684             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1688             Pfam sources to xfam.org
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1692           </li>
1693           <li>
1694             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1695             over sequences in Jalview
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1699             regions in ENA and EMBL
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1703             for record retrieval via ENA rest API
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1707             complement operator
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1711             groovy script execution
1712           </li>
1713           <li>
1714             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1715             alignment window's Calculate menu
1716           </li>
1717           <li>
1718             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1719             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1720           </li>
1721           <li>
1722             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1723             calculation workers from groovy scripts
1724           </li>
1725           <li>
1726             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1727             Jalview projects
1728           </li>
1729           <li>
1730             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1731             associations are now saved/restored from project
1732           </li>
1733           <li>
1734             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1735             before sequence fetcher is opened
1736           </li>
1737           <li>
1738             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1739             database chooser opens a sequence fetcher
1740           </li>
1741           <li>
1742             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1743             the UniProt REST API
1744           </li>
1745           <li>
1746             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1747             the news reader opening
1748           </li>
1749           <li>
1750             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1751             querying stored in preferences
1752           </li>
1753           <li>
1754             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1755             search results
1756           </li>
1757           <li>
1758             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1759           </li>
1760           <li>
1761             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1762             menu for nucleotide sequences
1763           </li>
1764           <li>
1765             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1766             and feature counts preserves alignment ordering (and
1767             debugged for complex feature sets).
1768           </li>
1769           <li>
1770             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1771             viewing structures with Jalview 2.10
1772           </li>
1773           <li>
1774             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1775             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1776             Ensembl Genomes REST API
1777           </li>
1778           <li>
1779             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1780             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1781             (Ensembl)
1782           </li>
1783           <li>
1784             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1785             sequences
1786           </li>
1787           <li>
1788             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1789             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1790             data from external database records.
1791           </li>
1792           <li>
1793             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1794             efficient recovery of sequence coding and alignment
1795             annotation relationships.
1796           </li>
1797         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1798         <ul>
1799           <li>
1800             -- JAL---
1801           </li>
1802         </ul> --></td>
1803       <td>
1804         <div align="left">
1805           <em>General</em>
1806           <ul>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1809               menu on OSX
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1813               includes graduated colourschemes
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1817               working with big alignments and lots of hidden columns
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1821               at right of alignment window
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1825               contents
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1829               for DNA alignments
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1833               based tree calculation
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1837               unconserved enabled for group on alignment
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1841               set as reference
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1845               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1846               annotation
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1850               hidden columns present
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1854               user created annotation added to alignment
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1858               '()' base pair annotation
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1862               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1863               Consensus
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1867               feature not working
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1871               beginning of sequence
1872             </li>
1873             <li>
1874               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1875               entry 3a6s
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1879               from a tree when t-coffee scores are shown
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1883               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1884             </li>
1885             <li>
1886               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1887               some structures
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1891               to Clustal, PIR and PileUp output
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1895               not visible causes alignment window to repaint
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1899               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1900               scores associated with features and annotation rows
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1904               calculation should be case independent
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1908               columns
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1912               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1913               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1917               problems when reference sequence defined and 'show
1918               non-conserved' enabled
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1922               load even when Consensus calculation is disabled
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1926               alignment does nothing
1927             </li>
1928           </ul>
1929           <em>Application</em>
1930           <ul>
1931             <li>
1932               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1933               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1934               yet fixed for El Capitan)
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1938               output when running on non-gb/us i18n platforms
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1942               hidden sequences as flat-file alignment
1943             </li>
1944             <li>
1945               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1946               launching Chimera
1947             </li>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1950               (also hotfix for 2.9.0b2)
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1954               reference sequence defined
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1958               alignments and views when revealing hidden columns
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1962               view in a cDNA/Protein splitframe
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1966               sequence from project when only one sequence is
1967               represented
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1971               in Structure Chooser
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1975               structure consensus didn't refresh annotation panel
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1979               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1983               dialogs format columns correctly, don't display array
1984               data, sort columns according to type
1985             </li>
1986             <li>
1987               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1988               file chooser is cancelled during an image export
1989             </li>
1990             <li>
1991               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1992               sequence name containing special characters
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1996               case insensitive
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2000               formatting don't wrap
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2004               truncated so L looks like I in consensus annotation
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2008               currently displayed features for the current selection or
2009               view
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2013               after fetching cross-references, and restoring from
2014               project
2015             </li>
2016             <li>
2017               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2018               followed in the structure viewer
2019             </li>
2020             <li>
2021               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2022               splitframe not restored from project
2023             </li>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2026               trailing end of protein alignment in transcript/product
2027               splitview when pad-gaps not enabled by default
2028             </li>
2029             <li>
2030               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2031               is case dependent
2032             </li>
2033             <li>
2034               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2035               article has been read (reopened issue due to
2036               internationalisation problems)
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2040               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2041               cross-references
2042             </li>
2043
2044             <li>
2045               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2046               alignment as HTML
2047             </li>
2048             <li>
2049               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2050               multiple structures are shown for one or more sequences.
2051             </li>
2052             <li>
2053               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2054               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2055               is enabled.
2056             </li>
2057             <li>
2058               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2059               specific PDB id for sequence
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2063               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2064               columns' is disabled.
2065             </li>
2066             <li>
2067               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2068               selects lowest rather than highest resolution structures
2069               for each sequence
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2073               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2077               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2081               after clicking on it to create new annotation for a
2082               column.
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2086               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2087             </li>
2088             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2089             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2090           </ul>
2091           <em>Applet</em>
2092           <ul>
2093             <li>
2094               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2095               hidden columns present before start of sequence
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2099               (JSON jars)
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2103               sequences are hidden in applet
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2107               deployment on examples pages.
2108             </li>
2109           </ul>
2110         </div>
2111       </td>
2112     </tr>
2113     <tr>
2114       <td width="60" nowrap>
2115         <div align="center">
2116           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2117             <em>16/10/2015</em></strong>
2118         </div>
2119       </td>
2120       <td><em>General</em>
2121         <ul>
2122           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2123             jars</li>
2124         </ul></td>
2125       <td>
2126         <div align="left">
2127           <em>Application</em>
2128           <ul>
2129             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2130               shown when tree is partitioned</li>
2131             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2132               multiple cDNA/Protein split views</li>
2133           </ul>
2134         </div>
2135       </td>
2136     </tr>
2137     <tr>
2138       <td width="60" nowrap>
2139         <div align="center">
2140           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2141             <em>8/10/2015</em></strong>
2142         </div>
2143       </td>
2144       <td><em>General</em>
2145         <ul>
2146           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2147             2.9</li>
2148         </ul> <em>Application</em>
2149         <ul>
2150           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2151           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2152           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2153         </ul> <em>Applet</em>
2154         <ul>
2155           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2156         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2157         <ul>
2158           <li>
2159             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2160             suite
2161           </li>
2162         </ul></td>
2163       <td>
2164         <div align="left">
2165           <em>General</em>
2166           <ul>
2167             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2168               incorrect when sequence start > 1</li>
2169             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2170               documentation</li>
2171             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2172             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2173               loading a features file containing HTML tags in feature
2174               description</li>
2175
2176           </ul>
2177           <em>Application</em>
2178           <ul>
2179             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2180               reimport</li>
2181             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2182               with 'trim retrieved sequences'</li>
2183             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2184               deleting selected columns</li>
2185             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2186               JNLP templates for webstart launch</li>
2187             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2188               unreleased structures for download or viewing</li>
2189             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2190               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2191             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2192               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2193             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2194               recovered from jalview project</li>
2195             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2196               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2197               alignment view</li>
2198             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2199               color schemes from BioJSON</li>
2200           </ul>
2201           <em>Applet</em>
2202           <ul>
2203             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2204               frame</li>
2205             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2206           </ul>
2207         </div>
2208       </td>
2209     </tr>
2210     <tr>
2211       <td><div align="center">
2212           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2213         </div></td>
2214       <td><em>General</em>
2215         <ul>
2216           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2217             alignments:
2218             <ul>
2219               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2220                 and DNA alignment views</li>
2221               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2222                 cDNA alignment views</li>
2223               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2224                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2225               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2226                 protein sequences</li>
2227             </ul>
2228           </li>
2229           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2230           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2231             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2232           <li>New alignment annotation file statements for
2233             reference sequences and marking hidden columns</li>
2234           <li>Reference sequence based alignment shading to
2235             highlight variation</li>
2236           <li>Select or hide columns according to alignment
2237             annotation</li>
2238           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2239           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2240             acid conservation row</li>
2241           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2242         </ul> <em>Application</em>
2243         <ul>
2244           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2245             <ul>
2246               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2247                 view with cDNA/Protein</li>
2248               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2249                 sequences are placed in the same alignment</li>
2250               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2251                 projects</li>
2252             </ul>
2253           </li>
2254
2255           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2256           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2257             Jalview windows</li>
2258
2259           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2260           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2261           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2262             be shown in VARNA</li>
2263
2264           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2265             as the active selected region</li>
2266
2267           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2268             similarity</li>
2269           <li>New Export options
2270             <ul>
2271               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2272                 region export in flat file generation</li>
2273
2274               <li>Export alignment views for display with the <a
2275                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2276
2277               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2278               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2279                 alignment figures to HTML</li>
2280           </li>
2281           <li>3D structure retrieval and display
2282             <ul>
2283               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2284                 Search API</li>
2285               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2286                 PDB structures for a sequence set</li>
2287             </ul>
2288           </li>
2289
2290           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2291             predictions</li>
2292           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2293             for one or a group of sequences</li>
2294           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2295             from the JPred4 web server</li>
2296           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2297             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2298             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2299           </li>
2300           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2301             VARNA 2D Structure'</li>
2302           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2303             Structure ..."</li>
2304
2305         </ul> <em>Applet</em>
2306         <ul>
2307           <li>New layout for applet example pages</li>
2308           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2309             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2310           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2311             Protein alignments</li>
2312         </ul> <em>Development and deployment</em>
2313         <ul>
2314           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2315           <li>Include installation type and git revision in build
2316             properties and console log output</li>
2317           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2318             storing BioJsMSA Templates</li>
2319           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2320         </ul></td>
2321       <td>
2322         <!-- <em>General</em>
2323         <ul>
2324         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2325         <ul>
2326           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2327           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2328           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2329             predictions are not highlighted in amber</li>
2330           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2331             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2332           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2333             associated structure views</li>
2334           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2335             width checkbox not enabled</li>
2336           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2337             creating user defined colours</li>
2338           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2339             mappings for just that viewer's sequences</li>
2340           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2341             multiple models in Chimera</li>
2342           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2343             over Jmol structure</li>
2344           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2345             output to text box</li>
2346           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2347             have incorrect sequence start/end</li>
2348           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2349             Jalview fails</li>
2350           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2351             work for nucleotide</li>
2352           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2353             to a grey/invisible alignment window</li>
2354           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2355             imports to different position</li>
2356           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2357             on some platforms</li>
2358           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2359             populated</li>
2360           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2361             console if Chimera has been opened</li>
2362           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2363           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2364             retrieved</li>
2365           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2366           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2367             either sequence shows on first structure</li>
2368           <li>'Show annotations' options should not make
2369             non-positional annotations visible</li>
2370           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2371             in right place after 'view flanking regions'</li>
2372           <li>File Save As type unset when current file format is
2373             unknown</li>
2374           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2375             projects</li>
2376           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2377             responsive</li>
2378           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2379             several views on same alignment</li>
2380           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2381           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2382             spaces</li>
2383         </ul> <em>Applet</em>
2384         <ul>
2385           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2386           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2387             descriptions containing angle brackets</li>
2388         </ul> <em>General</em>
2389         <ul>
2390           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2391             via jalview annotation file</li>
2392           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2393             with RNA secondary structure</li>
2394           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2395             translation doesn't work.</li>
2396           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2397           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2398             positions</li>
2399           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2400             choosing 1pt font</li>
2401           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2402             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2403             'h'</li>
2404           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2405             new feature</li>
2406           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2407             order dependent</li>
2408           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2409             sequences</li>
2410           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2411         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2412         <ul>
2413           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2414             www.jalview.org</li>
2415         </ul> <em>Application Known issues</em>
2416         <ul>
2417           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2418           <li>Misleading message appears after trying to delete
2419             solid column.</li>
2420           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2421             version launches</li>
2422           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2423             fails with a sequence mismatch</li>
2424           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2425             scrolling alignment to right</li>
2426           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2427             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2428           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2429             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2430           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2431             ultra-high resolution</li>
2432           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2433             quality and conservation</li>
2434           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2435             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2436         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2437         <ul>
2438           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2439           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2440             window is being resized</li>
2441
2442         </ul>
2443       </td>
2444     </tr>
2445     <tr>
2446       <td><div align="center">
2447           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2448         </div></td>
2449       <td><em>General</em>
2450         <ul>
2451           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2452             Certum.PL.</li>
2453           <li>Features and annotation preserved when performing
2454             pairwise alignment</li>
2455           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2456             imported/exported/displayed</li>
2457           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2458             protein secondary structure</li>
2459           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2460               post-hoc with 2.9 release</em>)
2461           </li>
2462
2463         </ul> <em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2466             with 3D structures</li>
2467           <li>Support for parsing RNAML</li>
2468           <li>Annotations menu for layout
2469             <ul>
2470               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2471               <li>place sequence annotation above/below alignment
2472                 annotation</li>
2473             </ul>
2474           <li>Output in Stockholm format</li>
2475           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2476             translation</li>
2477           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2478           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2479             shared between alignments</li>
2480           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2481             Jalview</li>
2482           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2483             all or current selection</li>
2484           <li>disorder and secondary structure predictions
2485             available as dataset annotation</li>
2486           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2487
2488
2489           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2490             alignments from Rfam</li>
2491           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2492
2493           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2494             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2495           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2496           <li>include installation type in build properties and
2497             console log output</li>
2498           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2499             annotation</li>
2500         </ul></td>
2501       <td>
2502         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2503         <ul>
2504           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2505             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2506           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2507             alignment</li>
2508           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2509           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2510           <li>Double click on sequence associated annotation
2511             selects only first column</li>
2512           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2513             leaves shown in tree</li>
2514           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2515             properly</li>
2516           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2517           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2518             screen and buttons not visible</li>
2519           <li>author list isn't updated if already written to
2520             Jalview properties</li>
2521           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2522             from database</li>
2523           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2524           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2525             browser search window</li>
2526           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2527             in feature settings dialog</li>
2528           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2529             desktop</li>
2530           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2531             pass validation</li>
2532           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2533             fit on screen</li>
2534           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2535             tooltip</li>
2536           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2537             defined user preset</li>
2538           <li>MSA web services warns user if they were launched
2539             with invalid input</li>
2540           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2541             Java 8</li>
2542           <li>
2543             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2544             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2545             created
2546           </li>
2547
2548         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2549         <ul>
2550         </ul> <em>General</em>
2551         <ul>
2552         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2553         <ul>
2554           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2555             memory allocation</li>
2556           <li>launchApp service doesn't automatically open
2557             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2558           <li>
2559             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2560             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2561             1.7_055 is available
2562           </li>
2563         </ul> <em>Application Known issues</em>
2564         <ul>
2565           <li>
2566             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2567             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2568             alignment to right
2569           </li>
2570           <li>
2571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2572             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2573             with large number of ID
2574           </li>
2575           <li>
2576             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2577             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2578             start/end
2579           </li>
2580           <li>
2581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2582             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2583             structure tracks are rearranged
2584           </li>
2585           <li>
2586             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2587             invalid rna structure positional highlighting does not
2588             highlight position of invalid base pairs
2589           </li>
2590           <li>
2591             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2592             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2593             project from alignment window file menu
2594           </li>
2595           <li>
2596             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2597             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2598             structures
2599           </li>
2600           <li>
2601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2602             colour by RNA Helices not enabled when user created
2603             annotation added to alignment
2604           </li>
2605           <li>
2606             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2607             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2608           </li>
2609         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2610         <ul>
2611           <li>
2612             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2613             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2614           </li>
2615           <li>
2616             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2617             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2618           </li>
2619
2620           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2621             when selected</li>
2622         </ul>
2623       </td>
2624     </tr>
2625     <tr>
2626       <td><div align="center">
2627           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2628         </div></td>
2629       <td>
2630         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2631         <em>General</em>
2632         <ul>
2633           <li>Internationalisation of user interface (usually
2634             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2635           <li>Define/Undefine group on current selection with
2636             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2637           <li>Improved group creation/removal options in
2638             alignment/sequence Popup menu</li>
2639           <li>Sensible precision for symbol distribution
2640             percentages shown in logo tooltip.</li>
2641           <li>Annotation panel height set according to amount of
2642             annotation when alignment first opened</li>
2643         </ul> <em>Application</em>
2644         <ul>
2645           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2646             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2647           <li>Select columns containing particular features from
2648             Feature Settings dialog</li>
2649           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2650             sequences</li>
2651           <li>Update Jalview project format:
2652             <ul>
2653               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2654               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2655                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2656               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2657                 colouring</li>
2658             </ul>
2659           </li>
2660           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2661             (PAM250)</li>
2662           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2663             flanking regions for an alignment</li>
2664         </ul>
2665       </td>
2666       <td>
2667         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2668         <ul>
2669           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2670             running after job is cancelled</li>
2671           <li>cannot export features from alignments imported from
2672             Jalview/VAMSAS projects</li>
2673           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2674             float values</li>
2675           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2676             have 'display all symbols' flag set</li>
2677           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2678             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2679           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2680             Jalview</li>
2681           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2682             Lion/Webstart</li>
2683           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2684           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2685           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2686             alignment onto desktop</li>
2687           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2688             'extract scores' function</li>
2689           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2690             alignment window</li>
2691           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2692             performing IUPred disorder prediction</li>
2693           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2694             changing 'normalise logo' display setting</li>
2695           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2696             nothing matches query</li>
2697           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2698             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2699           </li>
2700           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2701             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2702           </li>
2703           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2704             Jalview's menu</li>
2705           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2706             'invalid literal/length code'</li>
2707           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2708             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2709           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2710             colourscheme</li>
2711
2712         </ul> <em>Applet</em>
2713         <ul>
2714           <li>Remove group option is shown even when selection is
2715             not a group</li>
2716           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2717             don't affect groups</li>
2718           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2719             colourscheme name</li>
2720           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2721             Annotation panel is not displayed</li>
2722           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2723             embedded windows</li>
2724         </ul> <em>Other</em>
2725         <ul>
2726           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2727             single sequence were not calculated</li>
2728           <li>annotation files that contain only groups imported as
2729             annotation and junk sequences</li>
2730           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2731             recognised as PFAM or BLC</li>
2732           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2733             doesn't affect background (2.8.0b1)
2734           <li></li>
2735           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2736           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2737             trailing gaps</li>
2738           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2739             registered correctly on import</li>
2740           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2741             certain alignments</li>
2742           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2743             existing annotation based 'use original colours'
2744             colourscheme loses original colours setting</li>
2745         </ul>
2746       </td>
2747     </tr>
2748     <tr>
2749       <td><div align="center">
2750           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2751             <em>30/1/2014</em></strong>
2752         </div></td>
2753       <td>
2754         <ul>
2755           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2756             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2757             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2758             open source project).
2759           </li>
2760           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2761           <li>Output in Stockholm format</li>
2762           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2763           <li>Export/import group and sequence associated line
2764             graph thresholds</li>
2765           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2766             ambiguity codes</li>
2767           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2768             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2769             works</li>
2770           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2771         </ul> <em>Other improvements</em>
2772         <ul>
2773           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2774           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2775             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2776           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2777             files</li>
2778           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2779           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2780             link but no description</li>
2781           <li>Select primary source when selecting authority in
2782             database fetcher GUI</li>
2783           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2784             Jalview</li>
2785           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2786         </ul>
2787       </td>
2788       <td>
2789         <ul>
2790           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2791             displayed</li>
2792           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2793             secondary structure annotation line</li>
2794           <li>Sequence database accessions not imported when
2795             fetching alignments from Rfam</li>
2796           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2797             identical IDs</li>
2798           <li>View all structures does not always superpose
2799             structures</li>
2800           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2801             reflect user or preset settings</li>
2802           <li>Null pointer exceptions for some services without
2803             presets or adjustable parameters</li>
2804           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2805             discover PDB xRefs</li>
2806           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2807             features with DAS</li>
2808           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2809             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2810           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2811             residue follows a gap</li>
2812           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2813             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2814           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2815             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2816           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2817             annotation already exists on alignment</li>
2818           <li>oninit javascript function should be called after
2819             initialisation completes</li>
2820           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2821             alignment window display</li>
2822           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2823           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2824             to annotation file</li>
2825           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2826             groups created</li>
2827           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2828             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2829           <li>Pressing return several times causes Number Format
2830             exceptions in keyboard mode</li>
2831           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2832             correct partitions for input data</li>
2833           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2834           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2835           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2836           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2837             mode</li>
2838           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2839             changes one row&#39;s threshold</li>
2840           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2841             doesn&#39;t open</li>
2842           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2843             quality histograms</li>
2844         </ul>
2845       </td>
2846     </tr>
2847     <tr>
2848       <td><div align="center">
2849           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2850         </div></td>
2851       <td><em>Application</em>
2852         <ul>
2853           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2854             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2855           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2856             preferences</li>
2857           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2858             in Jalview alignment window</li>
2859           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2860             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2861           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2862             RNA and ambiguity codes</li>
2863
2864           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2865           <li>Support fetching and database reference look up
2866             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2867             refs')</li>
2868           <li>Jalview project improvements
2869             <ul>
2870               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2871                 flag for annotation</li>
2872               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2873                 alignment</li>
2874               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2875                 Jalview project</li>
2876
2877             </ul>
2878           </li>
2879           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2880           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2881             running</li>
2882           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2883           <li>visual indication that web service results are still
2884             being retrieved from server</li>
2885           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2886             starts up for first time</li>
2887           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2888             services</li>
2889           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2890             client library</li>
2891           <li>Examples directory and Groovy library included in
2892             InstallAnywhere distribution</li>
2893         </ul> <em>Applet</em>
2894         <ul>
2895           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2896             visualization applet example</li>
2897         </ul> <em>General</em>
2898         <ul>
2899           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2900           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2901             defaults</li>
2902           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2903             calculation</li>
2904           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2905             matrices
2906           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2907             in HTML</li>
2908           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2909             structure contacts</li>
2910           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2911           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2912           <li>Parse sequence associated secondary structure
2913             information in Stockholm files</li>
2914           <li>HTML Export database accessions and annotation
2915             information presented in tooltip for sequences</li>
2916           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2917             style RNA alignment files</li>
2918           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2919             alignment</li>
2920           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2921             shade each sequence according to its associated alignment
2922             annotation</li>
2923           <li>New Jalview Logo</li>
2924         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2925         <ul>
2926           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2927           <li>New Website!</li>
2928         </ul></td>
2929       <td><em>Application</em>
2930         <ul>
2931           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2932             wsdbfetch REST service</li>
2933           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2934           <li>Filetype associations not installed for webstart
2935             launch</li>
2936           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2937             job execution in full once it is complete</li>
2938           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2939             uploaded via ali_file parameter</li>
2940           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2941           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2942           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2943             submitted for prediction</li>
2944           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2945             desktop window</li>
2946           <li>Putting fractional value into integer text box in
2947             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2948           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2949             windows 7</li>
2950           <li>View all structures fails with exception shown in
2951             structure view</li>
2952           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2953             escaped in a platform independent way</li>
2954           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2955             using proxy</li>
2956           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2957             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2958           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2959             failure when java web start temporary file caching is
2960             disabled</li>
2961           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2962             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2963           <li>Errors during processing of command line arguments
2964             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2965           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2966             DAS sources in sequence fetcher</li>
2967           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2968             dialog is shown</li>
2969           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2970           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2971           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2972           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2973             on OSX Mountain Lion</li>
2974           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2975             sequences with alignment annotation are pasted into the
2976             alignment</li>
2977           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2978             when loaded from Jalview project</li>
2979           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2980           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2981             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2982           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2983             associated with all views</li>
2984           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2985             annotation rows to new window</li>
2986         </ul> <em>Applet</em>
2987         <ul>
2988           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2989             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2990           <li>loading features via javascript API automatically
2991             enables feature display</li>
2992           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2993             work</li>
2994         </ul> <em>General</em>
2995         <ul>
2996           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2997           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2998             and then deselected</li>
2999           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3000           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3001             coloured with clustalx</li>
3002           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3003             exceptions and redraw errors</li>
3004           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3005             reconfigured view</li>
3006           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3007             colour</li>
3008           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3009             for lots of labels</li>
3010         </ul>
3011     </tr>
3012     <tr>
3013       <td>
3014         <div align="center">
3015           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3016         </div>
3017       </td>
3018       <td><em>Application</em>
3019         <ul>
3020           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3021           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3022           <li>View/alignment association menu to enable user to
3023             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3024             its colours/correspondences from</li>
3025           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3026           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3027             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3028           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3029           <li>Annotation row column label formatting attributes
3030             stored in project file</li>
3031           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3032             rows preserved in Jalview project file</li>
3033           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3034             saved using Desktop window menu</li>
3035           <li>Visual indication that command line arguments are
3036             still being processed</li>
3037           <li>Groovy script execution from URL</li>
3038           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3039             preferences</li>
3040           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3041             alignment with sequences that have high similarity and
3042             matching IDs</li>
3043           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3044           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3045             structures in same window</li>
3046           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3047           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3048             analysis function in its own submenu</li>
3049         </ul> <em>Applet</em>
3050         <ul>
3051           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3052             groups</li>
3053           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3054           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3055           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3056           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3057           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3058             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3059           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3060           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3061             parameters are treated as such</li>
3062           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3063             <ul>
3064               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3065               <li>Javascript callbacks for
3066                 <ul>
3067                   <li>Applet initialisation</li>
3068                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3069                 </ul>
3070               </li>
3071               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3072                 functions</li>
3073               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3074               <li>javascript structure viewer harness to pass
3075                 messages between Jmol and Jalview when running as
3076                 distinct applets</li>
3077               <li>sortBy method</li>
3078               <li>Set of applet and application examples shipped
3079                 with documentation</li>
3080               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3081                 javascript message exchange</li>
3082             </ul>
3083         </ul> <em>General</em>
3084         <ul>
3085           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3086             multiple alignments</li>
3087           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3088           <li>User configurable link to enable redirects to a
3089             www.Jalview.org mirror</li>
3090           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3091           <li>Configurable newline string when writing alignment
3092             and other flat files</li>
3093           <li>Allow alignment annotation description lines to
3094             contain html tags</li>
3095         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3096         <ul>
3097           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3098             examples</li>
3099           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3100             using a web service before displaying the result in the
3101             Jalview desktop</li>
3102           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3103           <li>Ant target to publish example html files with applet
3104             archive</li>
3105           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3106           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3107         </ul></td>
3108       <td><em>Application</em>
3109         <ul>
3110           <li>User defined colourscheme throws exception when
3111             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3112           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3113             dialog for valid filename/format</li>
3114           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3115           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3116             P37173</li>
3117           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3118             which sequence is to be associated with the file</li>
3119           <li>Find All raises null pointer exception when query
3120             only matches sequence IDs</li>
3121           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3122           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3123             2.4 cannot be loaded</li>
3124           <li>Filetype associations not installed for webstart
3125             launch</li>
3126           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3127             with sequences in different alignments do not get coloured
3128             by their associated sequence</li>
3129           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3130             not preserved when project is loaded</li>
3131           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3132             stored in Jalview project</li>
3133           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3134             Jalview project</li>
3135           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3136           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3137             by conservation</li>
3138           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3139             created on new view</li>
3140           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3141             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3142           <li>Alignment quality not updated after alignment
3143             annotation row is hidden then shown</li>
3144           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3145             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3146           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3147             properly</li>
3148           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3149             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3150           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3151           <li>Structures imported from file and saved in project
3152             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3153           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3154             job execution in full once it is complete</li>
3155         </ul> <em>Applet</em>
3156         <ul>
3157           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3158             annotation rows are displayed</li>
3159           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3160             codebase</li>
3161           <li>View follows highlighting does not work for positions
3162             in sequences</li>
3163           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3164           <li>Export features raises exception when no features
3165             exist</li>
3166           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3167             for javascript api is modified when separator string
3168             provided as parameter</li>
3169           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3170             alignment with no existing selection</li>
3171           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3172             to applet&#39;s codebase</li>
3173           <li>Status bar not updated after finished searching and
3174             search wraps around to first result</li>
3175           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3176             several Jalview applets causes race conditions and memory
3177             leaks</li>
3178           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3179             not sent from Jmol in applet</li>
3180           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3181             applet API fatally hang browser</li>
3182         </ul> <em>General</em>
3183         <ul>
3184           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3185             position with wrapped view and hidden regions</li>
3186           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3187             with/without hidden columns</li>
3188           <li>Sequence length given in alignment properties window
3189             is off by 1</li>
3190           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3191             import PDB like structure files</li>
3192           <li>Positional search results are only highlighted
3193             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3194           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3195           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3196             given sequence position</li>
3197           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3198             output</li>
3199           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3200             from nucleotide chains correctly</li>
3201           <li>Structure colours not updated when tree partition
3202             changed in alignment</li>
3203           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3204             parsed in interleaved stockholm</li>
3205           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3206             state</li>
3207           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3208             properly</li>
3209           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3210             properly associated with their pdb files</li>
3211         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3212         <ul>
3213           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3214             ApplyCopyright tool</li>
3215         </ul></td>
3216     </tr>
3217     <tr>
3218       <td>
3219         <div align="center">
3220           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3221         </div>
3222       </td>
3223       <td><em>Application</em>
3224         <ul>
3225           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3226             contact web services</li>
3227           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3228             service job window</li>
3229           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3230         </ul></td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3234             pir file emitted by Jalview</li>
3235           <li>Existing feature settings transferred to new
3236             alignment view created from cut'n'paste</li>
3237           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3238             parsing PDB files</li>
3239           <li>Consensus and conservation annotation rows
3240             occasionally become blank for all new windows</li>
3241           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3242             in wrapped view mode</li>
3243         </ul> <em>Application</em>
3244         <ul>
3245           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3246             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3247           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3248             parameter names</li>
3249           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3250             is down</li>
3251         </ul>
3252       </td>
3253     </tr>
3254     <tr>
3255       <td>
3256         <div align="center">
3257           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3258         </div>
3259       </td>
3260       <td><em>Application</em>
3261         <ul>
3262           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3263             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3264             (JABAWS)
3265           </li>
3266           <li>Web Services preference tab</li>
3267           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3268             preferences</li>
3269           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3270           <li>Superpose structures using associated sequence
3271             alignment</li>
3272           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3273             viewer</li>
3274         </ul> <em>Applet</em>
3275         <ul>
3276           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3277             link out mechanism</li>
3278         </ul> <em>Other</em>
3279         <ul>
3280           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3281             series 12</li>
3282           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3283             require Java 1.5</li>
3284           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3285             sequence annotation files</li>
3286           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3287             type colour specification</li>
3288           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3289             script to check if it being run in an interactive session or
3290             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3291         </ul></td>
3292       <td>
3293         <ul>
3294           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3295             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3296         </ul> <em>Application</em>
3297         <ul>
3298           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3299             selected Regions menu item</li>
3300           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3301             part of a valid accession ID</li>
3302           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3303             runs out of memory</li>
3304           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3305             analysis results</li>
3306           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3307             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3308           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3309         </ul> <em>Applet</em>
3310         <ul>
3311           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3312             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3313             defined.</li>
3314         </ul>
3315       </td>
3316     </tr>
3317     <tr>
3318       <td>
3319         <div align="center">
3320           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3321         </div>
3322       </td>
3323       <td></td>
3324       <td>
3325         <ul>
3326           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3327             sequence IDs</li>
3328           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3329             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3330           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3331             import correctly</li>
3332           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3333             number of columns are hidden</li>
3334           <li>annotation label popup menu not providing correct
3335             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3336             present</li>
3337           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3338             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3339           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3340             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3341
3342         </ul> <em>Applet</em>
3343         <ul>
3344           <li>annotation panel disappears when annotation is
3345             hidden/removed</li>
3346         </ul> <em>Application</em>
3347         <ul>
3348           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3349             alignment opened where annotation panel is visible but no
3350             annotations are present on alignment</li>
3351           <li>pasted region containing hidden columns is
3352             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3353           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3354             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3355           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3356             selected Rregions menu item.</li>
3357           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3358             'Un' or 'Non'conserved</li>
3359           <li>Sequence feature settings are being shared by
3360             multiple distinct alignments</li>
3361           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3362             changed</li>
3363           <li>double click on group annotation to select sequences
3364             does not propagate to associated trees</li>
3365           <li>Mac OSX specific issues:
3366             <ul>
3367               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3368                 window background</li>
3369               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3370                 name set correctly</li>
3371               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3372                 save feature colourscheme button</li>
3373             </ul>
3374           </li>
3375         </ul>
3376       </td>
3377     </tr>
3378     <tr>
3379
3380       <td>
3381         <div align="center">
3382           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3383         </div>
3384       </td>
3385       <td><em>New Capabilities</em>
3386         <ul>
3387           <li>URL links generated from description line for
3388             regular-expression based URL links (applet and application)
3389
3390           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3391             menu</li>
3392           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3393             structures</li>
3394           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3395             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3396           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3397             average score or total feature count for each sequence.</li>
3398           <li>Shading features by score or associated description</li>
3399           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3400             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3401           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3402             hide everything but the currently selected region.</li>
3403           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3404         </ul> <em>Application</em>
3405         <ul>
3406           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3407             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3408           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3409             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3410           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3411             database references and protein_name is parsed as
3412             description line (BioSapiens terms).</li>
3413           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3414             references in sequence ID tooltip from View menu in
3415             application.</li>
3416           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3417       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3418           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3419             conservation plots</li>
3420           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3421             and visualized as sequence logos</li>
3422           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3423             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3424           </li>
3425           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3426             when a new tree is opened.</li>
3427           <li>Jalview Java Console</li>
3428           <li>Better placement of desktop window when moving
3429             between different screens.</li>
3430           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3431             consensus annotation</li>
3432           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3433             Workflows</li>
3434           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3435             <ul>
3436               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3437                 used to preserve views, structures, and tree display
3438                 settings)</li>
3439               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3440                 command line</li>
3441               <li>Sharing of selected regions between views and
3442                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3443               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3444             </ul></li>
3445         </ul> <em>Applet</em>
3446         <ul>
3447           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3448           <li>New Parameters
3449             <ul>
3450               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3451                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3452                 opened.</li>
3453               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3454                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3455               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3456                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3457               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3458                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3459                 view</li>
3460               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3461                 increase the height or width of a cell in the alignment
3462                 grid relative to the current font size.</li>
3463             </ul>
3464           </li>
3465           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3466             tooltip</li>
3467         </ul> <em>Other</em>
3468         <ul>
3469           <li>Features format: graduated colour definitions and
3470             specification of feature scores</li>
3471           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3472             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3473             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3474           <li>XML formats extended to support graduated feature
3475             colourschemes, group associated annotation, and profile
3476             visualization settings.</li></td>
3477       <td>
3478         <ul>
3479           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3480             rather than description</li>
3481           <li>Non-positional features are now included in sequence
3482             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3483             visibility in tooltip).</li>
3484           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3485           <li>Added URL embedding instructions to features file
3486             documentation.</li>
3487           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3488             'X' in peptide product</li>
3489           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3490             sequence ID and sequence string and query strings do not
3491             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3492           <li>AMSA files only contain first column of
3493             multi-character column annotation labels</li>
3494           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3495             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3496             exported and re-imported)</li>
3497           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3498             name</li>
3499           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3500             as subsequence matches, and correctly reports total number
3501             of both.</li>
3502           <li>Application:
3503             <ul>
3504               <li>Better handling of exceptions during sequence
3505                 retrieval</li>
3506               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3507                 link text excludes the start_end suffix</li>
3508               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3509                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3510               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3511               <li>Sequence description lines properly shared via
3512                 VAMSAS</li>
3513               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3514                 data sources</li>
3515               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3516                 completes before alignment figures are generated.</li>
3517               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3518                 first time.</li>
3519               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3520                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3521               <li>User defined group colours properly recovered
3522                 from Jalview projects.</li>
3523             </ul>
3524           </li>
3525         </ul>
3526       </td>
3527
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td>
3531         <div align="center">
3532           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3533         </div>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>Experimental support for google analytics usage
3538             tracking.</li>
3539           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3540         </ul>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>Race condition in applet preventing startup in
3545             jre1.6.0u12+.</li>
3546           <li>Exception when feature created from selection beyond
3547             length of sequence.</li>
3548           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3549           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3550             all sequences with a given id</li>
3551           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3552             ID string searches</li>
3553           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3554             alignment to fail with exception</li>
3555         </ul> <em>Application Issues</em>
3556         <ul>
3557           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3558           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3559             data sources</li>
3560         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3561         <ul>
3562           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3563             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3564           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3565             version (java class versioning error fixed)</li>
3566         </ul>
3567       </td>
3568     </tr>
3569     <tr>
3570       <td>
3571
3572         <div align="center">
3573           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3574         </div>
3575       </td>
3576       <td><em>User Interface</em>
3577         <ul>
3578           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3579             translation and protein products</li>
3580           <li>Linked highlighting of structure associated with
3581             residue mapping to codon position</li>
3582           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3583             and 'clear' button</li>
3584           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3585             Tools menu</li>
3586           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3587             numeric data in description line</li>
3588           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3589           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3590             of sequence</li>
3591         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3592         <ul>
3593           <li>JPred3 web service</li>
3594           <li>Prototype sequence search client (no public services
3595             available yet)</li>
3596           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3597             PFAM</li>
3598           <li>URL Links created for matching database cross
3599             references as well as sequence ID</li>
3600           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3601         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3602         <ul>
3603           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3604             databases</li>
3605           <li>Generalised database reference retrieval and
3606             validation to all fetchable databases</li>
3607           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3608             sequence command</li>
3609         </ul> <em>Import and Export</em>
3610         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3611         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3612           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3613         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3614           File</li>
3615         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3616           triplet as name of colourscheme</li>
3617         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3618         <ul>
3619           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3620           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3621             alignments (experimental)</li>
3622           <li>Create new or select existing session to join</li>
3623           <li>load and save of vamsas documents</li>
3624         </ul> <em>Application command line</em>
3625         <ul>
3626           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3627             from applet)</li>
3628           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3629             of DAS servers to query for alignment features</li>
3630           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3631             that are also automatically queried for features</li>
3632           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3633             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3634         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3635         <ul>
3636           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3637             application (when using &quot;View in full
3638             application&quot;)</li>
3639         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3640         <ul>
3641           <li>feature group display control parameter</li>
3642           <li>debug parameter</li>
3643           <li>showbutton parameter</li>
3644         </ul> <em>Applet API methods</em>
3645         <ul>
3646           <li>newView public method</li>
3647           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3648           <li>Feature display control methods</li>
3649           <li>get list of currently selected sequences</li>
3650         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3651         <ul>
3652           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3653           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3654             Jalview release.</li>
3655           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3656             property controls execution of obfuscator</li>
3657           <li>Build target for generating source distribution</li>
3658           <li>Debug flag for javacc</li>
3659           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3660             jalview.bin.Cache</li>
3661           <li>Continuous Build Integration for stable and
3662             development version of Application, Applet and source
3663             distribution</li>
3664         </ul></td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>selected region output includes visible annotations
3668             (for certain formats)</li>
3669           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3670             for editing</li>
3671           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3672           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3673           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3674           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3675             comments</li>
3676           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3677             filenames containing a ':'</li>
3678           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3679             global sequence features</li>
3680           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3681             references from alignment sequences goes to zero</li>
3682           <li>Close of tree branch colour box without colour
3683             selection causes cascading exceptions</li>
3684           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3685           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3686             file parsing fails.</li>
3687           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3688           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3689             not a valid output format</li>
3690           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3691             vamsas</li>
3692           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3693           <li>error messages passed up and output when data read
3694             fails</li>
3695           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3696             sequence is edited</li>
3697           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3698             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3699           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3700             filetype</li>
3701           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3702             import fixed for PFAM records</li>
3703           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3704             window list</li>
3705           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3706             can be read and written correctly to annotation file</li>
3707           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3708             correctly</li>
3709           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3710             non-italic font for representatives in Applet</li>
3711           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3712             Macs.</li>
3713           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3714             Applet)</li>
3715           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3716             due to null pointer exceptions</li>
3717           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3718             first column of alignment</li>
3719           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3720             July 2008</li>
3721           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3722             file is case-insensitive</li>
3723           <li>Sequence features read from Features file appended to
3724             all sequences with matching IDs</li>
3725           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3726             containing a sub-sequence</li>
3727           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3728           <li>feature and annotation file applet parameters
3729             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3730           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3731           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3732             splash-screen version check to complete</li>
3733           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3734             when passing them to the launchApp service</li>
3735           <li>display name and local features preserved in results
3736             retrieved from web service</li>
3737           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3738             sequence fetcher initialisation</li>
3739           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3740             dasobert DAS client</li>
3741           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3742             association</li>
3743           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3744             sequences
3745           </li>
3746         </ul>
3747       </td>
3748     </tr>
3749     <tr>
3750       <td>
3751         <div align="center">
3752           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3753         </div>
3754       </td>
3755       <td>
3756         <ul>
3757           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3758           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3759           <li>Slide sequences</li>
3760           <li>Edit sequence in place</li>
3761           <li>EMBL CDS features</li>
3762           <li>DAS Feature mapping</li>
3763           <li>Feature ordering</li>
3764           <li>Alignment Properties</li>
3765           <li>Annotation Scores</li>
3766           <li>Sort by scores</li>
3767           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3768         </ul>
3769       </td>
3770       <td>
3771         <ul>
3772           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3773           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3774           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3775           <li>Feature group display state in XML</li>
3776           <li>Feature ordering in XML</li>
3777           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3778           <li>Stockholm alignment properties</li>
3779           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3780           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3781           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3782           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3783         </ul>
3784       </td>
3785
3786     </tr>
3787     <tr>
3788       <td>
3789         <div align="center">
3790           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3791         </div>
3792       </td>
3793       <td>
3794         <ul>
3795           <li>Non standard characters can be read and displayed
3796           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3797             applet via textbox
3798           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3799             name &amp; description
3800           <li>Preference setting to display sequence name in
3801             italics
3802           <li>Annotation file format extended to allow
3803             Sequence_groups to be defined
3804           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3805             specified in preferences
3806           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3807             sequences
3808         </ul>
3809       </td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3813             installed
3814           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3815           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821         <div align="center">
3822           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td>
3826         <ul>
3827           <li>Multiple views on alignment
3828           <li>Sequence feature editing
3829           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3830           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3831           <li>Background dependent text colour
3832           <li>Right align sequence ids
3833           <li>User-defined lower case residue colours
3834           <li>Format Menu
3835           <li>Select Menu
3836           <li>Menu item accelerator keys
3837           <li>Control-V pastes to current alignment
3838           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3839           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3840           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3841
3842           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3843         </ul>
3844       </td>
3845       <td>
3846         <ul>
3847           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3848           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3849             calculations
3850           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3851             edits
3852           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3853             of alignment)
3854           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3855
3856           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3857             display correctly
3858           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3859           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3860             analysis results
3861           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3862             &#8739;
3863           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3864           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3865           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3866
3867         </ul>
3868       </td>
3869     </tr>
3870     <tr>
3871       <td>
3872         <div align="center">
3873           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3874         </div>
3875       </td>
3876       <td>
3877         <ul>
3878           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3879         </ul>
3880       </td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3884             sequence id panel has been resized</li>
3885           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3886             rendered</li>
3887           <li>Annotation files with sequence references - all
3888             elements in file are relative to sequence position</li>
3889           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3890         </ul>
3891       </td>
3892     </tr>
3893     <tr>
3894       <td>
3895         <div align="center">
3896           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3897         </div>
3898       </td>
3899       <td>
3900         <ul>
3901           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3902           <li>DAS Feature fetching</li>
3903           <li>Hide sequences and columns</li>
3904           <li>Export Annotations and Features</li>
3905           <li>GFF file reading / writing</li>
3906           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3907             files</li>
3908           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3909           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3910           <li>Applet can launch the full application</li>
3911           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3912             required)</li>
3913           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3914           <li>Applet can load sequences from parameter
3915             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3916           </li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919       <td>
3920         <ul>
3921           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3922           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3923           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926     </tr>
3927     <tr>
3928       <td>
3929         <div align="center">
3930           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3931         </div>
3932       </td>
3933       <td>
3934         <ul>
3935           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3936           <li>Choose to match case when searching</li>
3937           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3938             expand the visible width and height of the alignment</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941       <td>
3942         <ul>
3943           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3944         </ul>
3945       </td>
3946     </tr>
3947     <tr>
3948       <td>
3949         <div align="center">
3950           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3951         </div>
3952       </td>
3953       <td>&nbsp;</td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3957           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3958             value</li>
3959         </ul>
3960       </td>
3961     </tr>
3962     <tr>
3963       <td>
3964         <div align="center">
3965           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3966         </div>
3967       </td>
3968       <td>
3969         <ul>
3970           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3971           <li>Keyboard editing</li>
3972           <li>Create sequence features from searches</li>
3973           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3974             alignments</li>
3975           <li>Features file allows grouping of features</li>
3976           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3977           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3978           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3979         </ul>
3980       </td>
3981       <td>
3982         <ul>
3983           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3984           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3985             descriptions saved.</li>
3986         </ul>
3987       </td>
3988     </tr>
3989     <tr>
3990       <td>
3991         <div align="center">
3992           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3993         </div>
3994       </td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3998           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3999           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4000             name for file output</li>
4001           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4002           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4003             used for HTML form input</li>
4004         </ul>
4005       </td>
4006       <td>
4007         <ul>
4008           <li>HTML output writes groups and features</li>
4009           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4010           <li>File IO bugs</li>
4011         </ul>
4012       </td>
4013     </tr>
4014     <tr>
4015       <td>
4016         <div align="center">
4017           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4018         </div>
4019       </td>
4020       <td>
4021         <ul>
4022           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4023           <li>More options for PCA viewer</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026       <td>
4027         <ul>
4028           <li>GUI bugs resolved</li>
4029           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4030         </ul>
4031       </td>
4032     </tr>
4033     <tr>
4034       <td height="63">
4035         <div align="center">
4036           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4037         </div>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4042           <li>Jar files are executable</li>
4043           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4044         </ul>
4045       </td>
4046       <td>
4047         <ul>
4048           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4049           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4050           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4051         </ul>
4052       </td>
4053     </tr>
4054     <tr>
4055       <td>
4056         <div align="center">
4057           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4058         </div>
4059       </td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4063         </ul>
4064       </td>
4065       <td>
4066         <ul>
4067           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4068         </ul>
4069       </td>
4070     </tr>
4071     <tr>
4072       <td>
4073         <div align="center">
4074           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4075         </div>
4076       </td>
4077       <td>
4078         <ul>
4079           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4080             size</li>
4081         </ul>
4082       </td>
4083       <td>
4084         <ul>
4085           <li>Improved JPred client reliability</li>
4086           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4087         </ul>
4088       </td>
4089     </tr>
4090     <tr>
4091       <td>
4092         <div align="center">
4093           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4094         </div>
4095       </td>
4096       <td>
4097         <ul>
4098           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4099           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4100           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4101             to Colour Menu</li>
4102           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4103           <li>Unix users can set default web browser</li>
4104           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4105           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4106         </ul>
4107       </td>
4108       <td>
4109         <ul>
4110           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4111         </ul>
4112       </td>
4113     </tr>
4114     <tr>
4115       <td>
4116         <div align="center">
4117           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4118         </div>
4119       </td>
4120       <td>&nbsp;</td>
4121       <td>
4122         <ul>
4123           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4124             alignment order.</li>
4125         </ul>
4126       </td>
4127     </tr>
4128     <tr>
4129       <td>
4130         <div align="center">
4131           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4132         </div>
4133       </td>
4134       <td>
4135         <ul>
4136           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4137           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4138           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4139             annotations.</li>
4140           <li>Version and build date written to build properties
4141             file.</li>
4142           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4143             at launch of Jalview.</li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146       <td>
4147         <ul>
4148           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4149           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4150           <li>Can remove groups one by one.</li>
4151           <li>Filechooser icons installed.</li>
4152           <li>Finder ignores return character when searching.
4153             Return key will initiate a search.<br>
4154           </li>
4155         </ul>
4156       </td>
4157     </tr>
4158     <tr>
4159       <td>
4160         <div align="center">
4161           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4162         </div>
4163       </td>
4164       <td>
4165         <ul>
4166           <li>New codebase</li>
4167         </ul>
4168       </td>
4169       <td>&nbsp;</td>
4170     </tr>
4171   </table>
4172   <p>&nbsp;</p>
4173 </body>
4174 </html>