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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
  74             <em>7/06/2018</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
  82               onto the Jalview Desktop
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
  86               annotation retrieved from Uniprot
  87             </li>
  88           </ul>
  89         </div></td>
  90       <td><div align="left">
  91           <em></em>
  92           <ul>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
  95               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
  99               right-hand column parsed correctly
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 103               not alignment area in exported graphic
 104             </li>
 105             <li>
 106               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 107               annotation added to view
 108             </li>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 111               window has input focus
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 115               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 116                 the currently open URL and links from a page viewed in
 117                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 118                 you are using Edge, only links in the page can be
 119                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 120                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 121             </li>
 122           </ul>
 123         </div></td>
 124     </tr>
 125     <tr>
 126       <td width="60" nowrap>
 127         <div align="center">
 128           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 129         </div>
 130       </td>
 131       <td><div align="left">
 132           <em></em>
 133           <ul>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 136               for disabling automatic superposition of multiple
 137               structures and open structures in existing views
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 141               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 142               adjust them.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 146               Ensembl services
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 150               and lots of hidden columns
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 154               of features (particularly when transparency is disabled)
 155             </li>
 156           </ul>
 157           </div>
 158       </td>
 159       <td><div align="left">
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 163               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 167               overlapping alignment panel
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 171               sequence as gaps
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 175               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 176               UTR
 177             </li>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 180               factor annotation not added to sequence when local PDB
 181               file associated with it by drag'n'drop or structure
 182               chooser
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 186               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 190               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 194               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 198               columns in annotation row
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 202               honored in batch mode
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 206               for structures added to existing Jmol view
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 210               entries after importing project with multiple views
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 214               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 215               with negative residue numbers or missing residues fails
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 219               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 220               as generated by CONSURF)
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 224               tooltip doesn't include a text description of mutation
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 228               structure and/or overview windows are also shown
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 232               very slow for alignments with large numbers of sequences
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 236               with 'StringIndexOutOfBounds'
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 240               platforms running Java 10
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 244               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 245             </li>
 246           </ul>
 247           <em>Applet</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 251               should copy the group consensus when popup is opened on it
 252             </li>
 253           </ul>
 254           <em>Batch Mode</em>
 255           <ul>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 258           </li>
 259           </ul>
 260           <em>New Known Defects</em>
 261           <ul>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 264               editing a large alignment and overview is displayed
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 268               repeatedly after a series of edits even when the overview
 269               is no longer reflecting updates
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 273               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 274               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 275               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 276             </li>
 277           </ul>
 278         </div>
 279           </td>
 280     </tr>
 281     <tr>
 282       <td width="60" nowrap>
 283         <div align="center">
 284           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 285         </div>
 286       </td>
 287       <td><div align="left">
 288           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 289               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 290       <td><div align="left">
 291           <em>Desktop</em><ul>
 292           <ul>
 293             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 294             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 295             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 296             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 297             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 298             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 299             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 300           </ul>
 301           </div>
 302       </td>
 303     </tr>
 304     <tr>
 305       <td width="60" nowrap>
 306         <div align="center">
 307           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 308         </div>
 309       </td>
 310       <td><div align="left">
 311           <em></em>
 312           <ul>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 315               rendering of sequence features
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 319               429 rate limit request hander
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 323               their colours have changed
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 327               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 331               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 335               view from Ensembl locus cross-references
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 339               Alignment report
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 343               feature can be disabled
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 347               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 351               Uniprot
 352             </li>
 353           </ul>
 354           <em>Scripting</em>
 355           <ul>
 356             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 357             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 358               percent identity scores for current alignment.</li>
 359           </ul>
 360           <em>Testing and Deployment</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 364             </li>
 365           </ul>
 366         </div></td>
 367       <td><div align="left">
 368           <em>General</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 372               threshold text field doesn't trigger an update to the
 373               alignment view
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 377               strings in parallel
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 381               alignment window is closed
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 385               group visibility
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 389               takes a long time in Cursor mode
 390             </li>
 391           </ul>
 392           <em>Desktop</em>
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 396               cannot be viewed in Chimera
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 400               CDS/Protein view
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 404               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 405               Search Dialogs
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 415               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 419               scrolling right in unwapped alignment view
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 423               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 424               database
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 428               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 432               features of same type and group to be selected for
 433               amending
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 437               alignments when hidden columns are present
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 441               displaying several structures
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 445               moving a window
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 449               within the Jalview desktop on OSX
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 453               when in wrapped alignment mode
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 457               hand end of alignment
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 461               each selected sequence do not have correct start/end
 462               positions
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 466               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 470               restoring project until a new view is created
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 474               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 475               configured (since 2.10.2b2)
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 479               position is adjusted
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 483               in a multi-chain structure when viewing alignment
 484               involving more than one chain (since 2.10)
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 488               if new selection moves alignment window
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 492               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 496               that produces correctly annotated transcripts and products
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 500               doesn't update associated structure view
 501             </li>
 502           </ul>
 503           <em>Applet</em><br />
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 507               closing alignment panel
 508             </li>
 509           </ul>
 510           <em>BioJSON</em><br />
 511           <ul>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 514               non-positional features
 515             </li>
 516           </ul>
 517           <em>New Known Issues</em>
 518           <ul>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 521               sequence features correctly (for many previous versions of
 522               Jalview)
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 526               using cursor in wrapped panel other than top
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 530               graduated colour threshold
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 534               always preserve numbering and sequence features
 535             </li>
 536           </ul>
 537           <em>Known Java 9 Issues</em>
 538           <ul>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 541               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 542               9.01, OSX 10.10)
 543             </li>
 544           </ul>
 545         </div></td>
 546     </tr>
 547     <tr>
 548       <td width="60" nowrap>
 549         <div align="center">
 550           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 551             <em>2/10/2017</em></strong>
 552         </div>
 553       </td>
 554       <td><div align="left">
 555           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 556           <ul>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 559             </li>
 560             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 561             </li>
 562           </ul>
 563         </div></td>
 564       <td><div align="left">
 565         </div></td>
 566     </tr>
 567     <tr>
 568       <td width="60" nowrap>
 569         <div align="center">
 570           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 571             <em>7/9/2017</em></strong>
 572         </div>
 573       </td>
 574       <td><div align="left">
 575           <em></em>
 576           <ul>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 579               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 580               white)
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 584               Preferences
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 588               in size and progress bar shown as higher resolution
 589               overview is recalculated
 590             </li>
 591
 592           </ul>
 593         </div></td>
 594       <td><div align="left">
 595           <em></em>
 596           <ul>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 599               column region row by row
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 603               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 607               format setting is unticked
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 611               if group has show boxes format setting unticked
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 615               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 616               include sequences and columns not currently displayed
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 620               assemblies are imported via CIF file
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 624               displayed when threshold or conservation colouring is also
 625               enabled.
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 629               server version
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 633               dragging a selected region off the visible region of the
 634               alignment
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 638               colourscheme to all groups in a view
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 642               initially after font size change using the Font chooser or
 643               middle-mouse zoom
 644             </li>
 645           </ul>
 646         </div></td>
 647     </tr>
 648     <tr>
 649       <td width="60" nowrap>
 650         <div align="center">
 651           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 652         </div>
 653       </td>
 654       <td><div align="left">
 655           <em>Calculations</em>
 656           <ul>
 657
 658             <li>
 659               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 660               ungapped positions in each column of the alignment.
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 664               a calculation dialog box
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 668               and memory efficiency (~30x faster)
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 672               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 673               and other calculations
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 677               files within the Jalview codebase
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 681               Similarity may have different topology due to increased
 682               precision
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Rendering</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 689               model for alignments and groups
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 693               scripts
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <em>Overview</em>
 697           <ul>
 698             <li>
 699               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 700               with alignment and overview windows
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 704               overview
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 708               omitted in Overview
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 712               adjustment of visible position
 713             </li>
 714           </ul>
 715
 716           <em>Data import/export</em>
 717           <ul>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 720               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 724               annotation input/output via stockholm flatfile
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 728               extension when importing structure files without embedded
 729               names or PDB accessions
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 733               format sequence substitution matrices
 734             </li>
 735           </ul>
 736           <em>User Interface</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 740               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 741               the application.
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 745               via Overview or sequence motif search operations
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 749               opened by double clicking gaps within sequence feature
 750               extent
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 754               aligned positions were available to create a 3D structure
 755               superposition.
 756             </li>
 757           </ul>
 758           <em>3D Structure</em>
 759           <ul>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 762               coloured in linked structure views
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 766               file-based command exchange
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 770               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 771               structures are already available for sequences
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 775               the Jalview project rather than downloaded again when the
 776               project is reopened.
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 780               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 781               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 782                 Feature</strong>)
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Web Services</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 792               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 793               Analysis services
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 797               cross-references provided by identifiers.org and the
 798               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 799             </li>
 800           </ul>
 801
 802           <em>Scripting</em>
 803           <ul>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 806               identifying file formats (instead of String constants)
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 810               efficiency when counting all displayed features (not
 811               backwards compatible with 2.10.1)
 812             </li>
 813           </ul>
 814           <em>Example files</em>
 815           <ul>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 818               included in the example feature file
 819             </li>
 820           </ul>
 821           <em>Documentation</em>
 822           <ul>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 825               with the built-in Java help viewer
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 829               sequence description' option
 830             </li>
 831           </ul>
 832           <em>Test Suite</em>
 833           <ul>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 836               Uniprot REST Free Text Search Client
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 843               during tests
 844             </li>
 845           </ul>
 846         </div></td>
 847       <td><div align="left">
 848           <em>Calculations</em>
 849           <ul>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 852               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 853               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 854             </li>
 855             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 856               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 857               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 858               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 859               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 860               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 861               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 862               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 863               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 864               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 865               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 866               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 867               // for 2.10.1 mode <br />
 868               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 869               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 870                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 871                 calculations (not recommended)</em></li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 874               scaling of branch lengths for trees computed using
 875               Sequence Feature Similarity.
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 879               generating output report when working with highly
 880               redundant alignments
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 884               right of selected region when gaps present on right-hand
 885               boundary
 886             </li>
 887           </ul>
 888           <em>User Interface</em>
 889           <ul>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 892               doesn't reselect a specific sequence's associated
 893               annotation after it was used for colouring a view
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 897               opened on a region of alignment without groups
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 901               of an alignment with overlapping groups
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 905               name and description match
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 909               hidden regions results in incorrect hidden regions
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 913               changing colour does not apply Conservation slider value
 914               to all groups
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 918               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 922               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 926               gaps before start of features
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 930               restored to UI when feature colour is edited
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 934               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 938               as graduate feature colour settings are modified via the
 939               dialog box
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 943               when a group defined on the alignment is resized
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 947               wrapped view result in positional status updates
 948             </li>
 949
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 952               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 956               alignment included gapped columns
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 960               widgets don't permanently disappear
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 964               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 965               T-Coffee column reliability scores)
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 969               sequence feature on gaps only
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 973               button from a Find inherit previously defined feature type
 974               rather than the Find query string
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 978               exporting tree calculated in Jalview
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 982               and then revealing them reorders sequences on the
 983               alignment
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 987               doesn't update to reflect available set of groups after
 988               interactively adding or modifying features
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 992               Linux
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 996               only excluded gaps in current sequence and ignored
 997               selection.
 998             </li>
 999           </ul>
1000           <em>Rendering</em>
1001           <ul>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1004               erratically when hidden rows or columns are present
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1008               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1009               sequence colouring
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1013               colour and group colour menu for protein alignments
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1017               reflect currently selected view or group's shading
1018               thresholds
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1022               when rendered on overview and structures when opacity at
1023               100%
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1027               overview when features overlaid on alignment
1028             </li>
1029           </ul>
1030           <em>Data import/export</em>
1031           <ul>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1034               load
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1038               added after a sequence was imported are not written to
1039               Stockholm File
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1043               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1047               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1051               with lightGray or darkGray via features file (but can
1052               specify lightgray)
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1056               when alignment view imported from project
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1060               structure and sequences extracted from structure files
1061               imported via URL and viewed in Jmol
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1065               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1066               the project is loaded and the structure viewed
1067             </li>
1068           </ul>
1069           <em>Web Services</em>
1070           <ul>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1073               release of Ensembl v.88
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1077               appear enabled in Preferences->Connections
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1081               removed from console output
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1085               Ensembl by Peptide ID
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1089               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1090               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1091               due to 'null' string rather than empty string used for
1092               residues with no corresponding PDB mapping).
1093             </li>
1094           </ul>
1095           <em>Application UI</em>
1096           <ul>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1099               menu
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1103               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1104               new documentation and tooltips added)
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1108               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1112               new features are added to alignment
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1116               changes to feature colours via the Amend features dialog
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1120               edit graduated feature colour via amend features dialog
1121               box
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1125               selection menu changes colours of alignment views
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1129               from alignment calculation workers after alignment has
1130               been closed
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1134               groups now 'Create Group'
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1138               Create/Undefine group doesn't always work
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1142               shown again after pressing 'Cancel'
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1146               adjusts start position in wrap mode
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1150               ambiguous amino acids
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1154               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1155               proteins
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1159               Defined' don't appear in Colours menu
1160             </li>
1161           </ul>
1162           <em>Applet</em>
1163           <ul>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1166               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1170               overview or linked structure view
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1174               work (since 2.8)
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1178               user-defined colourscheme doesn't restore original
1179               colourscheme
1180             </li>
1181           </ul>
1182           <em>Test Suite</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1186               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1190               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1191               problems with deep array comparison equality asserts in
1192               successive versions of TestNG
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1196               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>New Known Issues</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1203               phase after a sequence motif find operation
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1207               containing just upper and lower case letters are
1208               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1212               reliably from eggnog Ortholog database
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1216               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1217               to mark columns containing highlighted regions.
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1221               doesn't always add secondary structure annotation.
1222             </li>
1223           </ul>
1224         </div>
1225     <tr>
1226       <td width="60" nowrap>
1227         <div align="center">
1228           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1229         </div>
1230       </td>
1231       <td><div align="left">
1232           <em>General</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1236               for all consensus calculations
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1240               3rd Oct 2016)
1241             </li>
1242             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1243               for 2016-2017</li>
1244           </ul>
1245           <em>Application</em>
1246           <ul>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1249               set of database cross-references, sorted alphabetically
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1253               from database cross references. Users with custom links
1254               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1255                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1259               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1260               Chimera session
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1264               the Chimera it is connected to is shut down
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1268               columns menu item to mark columns containing highlighted
1269               regions (e.g. from structure selections or results of a
1270               Find operation)
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1274               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1275               MSAviewer
1276             </li>
1277           </ul>
1278         </div></td>
1279       <td>
1280         <div align="left">
1281           <em>General</em>
1282           <ul>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1285               are not coloured or thresholded according to percent
1286               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1290               hydrophobic
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1294               threshold, amino acid properties)
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1298               reported as mapped to residues in a structure file in the
1299               View Mapping report
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1303               could be added multiple times to a sequence
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1307               bond features shown as two highlighted residues rather
1308               than a range in linked structure views, and treated
1309               correctly when selecting and computing trees from features
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1313               cross-references are matched to database name regardless
1314               of case
1315             </li>
1316
1317           </ul>
1318           <em>Application</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1322               names without regular expressions also offer links from
1323               Sequence ID
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1327               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1328               update Jalview configuration
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1332               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1336               files with similarly named sequences if dropped onto the
1337               alignment
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1341               entries where more chains exist in the PDB accession than
1342               are reported in the SIFTS file
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1346               the structure view when displayed with Chimera
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1350               panel's View->Show Chains submenu
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1354               work for wrapped alignment views
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1358               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1362               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1363               first annotation row
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1367               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1371               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1372             </li>
1373             <!-- JAL-2319 -->
1374             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1375             coordindate data
1376             </li>
1377           </ul>
1378           <!--           <em>New Known Issues</em>
1379           <ul>
1380             <li></li>
1381           </ul> -->
1382         </div>
1383       </td>
1384     </tr>
1385     <td width="60" nowrap>
1386       <div align="center">
1387         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1388           <em>25/10/2016</em></strong>
1389       </div>
1390     </td>
1391     <td><em>Application</em>
1392       <ul>
1393         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1394           view if structures already loaded</li>
1395         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1396           structure views</li>
1397       </ul></td>
1398     <td>
1399       <div align="left">
1400         <em>General</em>
1401         <ul>
1402           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1403             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1404           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1405             example sequences/projects/trees</li>
1406         </ul>
1407         <em>Application</em>
1408         <ul>
1409           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1410             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1411           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1412             without timeout for structures with multiple models or
1413             multiple sequences in alignment</li>
1414           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1415             PDB ID HEADER line</li>
1416           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1417             is performed</li>
1418           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1419             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1420           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1421           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1422             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1423             option</li>
1424           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1425             is created on the alignment</li>
1426           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1427             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1428             pop-up menu</li>
1429         </ul>
1430         <em>Build and deployment</em>
1431         <ul>
1432           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1433             tags</li>
1434         </ul>
1435         <em>New Known Issues</em>
1436         <ul>
1437           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1438             on Windows</li>
1439         </ul>
1440       </div>
1441     </td>
1442     </tr>
1443     <tr>
1444       <td width="60" nowrap>
1445         <div align="center">
1446           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1447         </div>
1448       </td>
1449       <td><em>General</em>
1450         <ul>
1451           <li>
1452             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1456             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1457             better PDB parsing.
1458           </li>
1459           <li>
1460             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1461             reference sequence
1462           </li>
1463           <li>
1464             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1465             mousing over sequence associated annotation
1466           </li>
1467           <li>
1468             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1469             for manual entry
1470           </li>
1471           <li>
1472             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1473             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1474             for each column
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1478             showing or hiding columns containing a feature
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1482             group and sequence associated annotation labels
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1486             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1487             dialogs
1488           </li>
1489
1490         </ul> <em>Application</em>
1491         <ul>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1494             gene/transcript view
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1498             dialog
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1502             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1506             Pfam sources to xfam.org
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1513             over sequences in Jalview
1514           </li>
1515           <li>
1516             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1517             regions in ENA and EMBL
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1521             for record retrieval via ENA rest API
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1525             complement operator
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1529             groovy script execution
1530           </li>
1531           <li>
1532             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1533             alignment window's Calculate menu
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1537             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1541             calculation workers from groovy scripts
1542           </li>
1543           <li>
1544             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1545             Jalview projects
1546           </li>
1547           <li>
1548             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1549             associations are now saved/restored from project
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1553             before sequence fetcher is opened
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1557             database chooser opens a sequence fetcher
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1561             the UniProt REST API
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1565             the news reader opening
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1569             querying stored in preferences
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1573             search results
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1580             menu for nucleotide sequences
1581           </li>
1582           <li>
1583             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1584             and feature counts preserves alignment ordering (and
1585             debugged for complex feature sets).
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1589             viewing structures with Jalview 2.10
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1593             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1594             Ensembl Genomes REST API
1595           </li>
1596           <li>
1597             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1598             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1599             (Ensembl)
1600           </li>
1601           <li>
1602             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1603             sequences
1604           </li>
1605           <li>
1606             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1607             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1608             data from external database records.
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1612             efficient recovery of sequence coding and alignment
1613             annotation relationships.
1614           </li>
1615         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1616         <ul>
1617           <li>
1618             -- JAL---
1619           </li>
1620         </ul> --></td>
1621       <td>
1622         <div align="left">
1623           <em>General</em>
1624           <ul>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1627               menu on OSX
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1631               includes graduated colourschemes
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1635               working with big alignments and lots of hidden columns
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1639               at right of alignment window
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1643               contents
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1647               for DNA alignments
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1651               based tree calculation
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1655               unconserved enabled for group on alignment
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1659               set as reference
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1663               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1664               annotation
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1668               hidden columns present
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1672               user created annotation added to alignment
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1676               '()' base pair annotation
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1680               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1681               Consensus
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1685               feature not working
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1689               beginning of sequence
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1693               entry 3a6s
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1697               from a tree when t-coffee scores are shown
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1701               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1705               some structures
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1709               to Clustal, PIR and PileUp output
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1713               not visible causes alignment window to repaint
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1717               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1718               scores associated with features and annotation rows
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1722               calculation should be case independent
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1726               columns
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1730               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1731               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1735               problems when reference sequence defined and 'show
1736               non-conserved' enabled
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1740               load even when Consensus calculation is disabled
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1744               alignment does nothing
1745             </li>
1746           </ul>
1747           <em>Application</em>
1748           <ul>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1751               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1752               yet fixed for El Capitan)
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1756               output when running on non-gb/us i18n platforms
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1760               hidden sequences as flat-file alignment
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1764               launching Chimera
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1768               (also hotfix for 2.9.0b2)
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1772               reference sequence defined
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1776               alignments and views when revealing hidden columns
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1780               view in a cDNA/Protein splitframe
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1784               sequence from project when only one sequence is
1785               represented
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1789               in Structure Chooser
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1793               structure consensus didn't refresh annotation panel
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1797               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1801               dialogs format columns correctly, don't display array
1802               data, sort columns according to type
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1806               file chooser is cancelled during an image export
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1810               sequence name containing special characters
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1814               case insensitive
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1818               formatting don't wrap
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1822               truncated so L looks like I in consensus annotation
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1826               currently displayed features for the current selection or
1827               view
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1831               after fetching cross-references, and restoring from
1832               project
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1836               followed in the structure viewer
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1840               splitframe not restored from project
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1844               trailing end of protein alignment in transcript/product
1845               splitview when pad-gaps not enabled by default
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1849               is case dependent
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1853               article has been read (reopened issue due to
1854               internationalisation problems)
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1858               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1859               cross-references
1860             </li>
1861
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1864               alignment as HTML
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1868               multiple structures are shown for one or more sequences.
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1872               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1873               is enabled.
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1877               specific PDB id for sequence
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1881               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1882               columns' is disabled.
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1886               selects lowest rather than highest resolution structures
1887               for each sequence
1888             </li>
1889             <li>
1890               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1891               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1895               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1896             </li>
1897             <li>
1898               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1899               after clicking on it to create new annotation for a
1900               column.
1901             </li>
1902             <li>
1903               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1904               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1905             </li>
1906             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1907             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1908           </ul>
1909           <em>Applet</em>
1910           <ul>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1913               hidden columns present before start of sequence
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1917               (JSON jars)
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1921               sequences are hidden in applet
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1925               deployment on examples pages.
1926             </li>
1927           </ul>
1928         </div>
1929       </td>
1930     </tr>
1931     <tr>
1932       <td width="60" nowrap>
1933         <div align="center">
1934           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1935             <em>16/10/2015</em></strong>
1936         </div>
1937       </td>
1938       <td><em>General</em>
1939         <ul>
1940           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1941             jars</li>
1942         </ul></td>
1943       <td>
1944         <div align="left">
1945           <em>Application</em>
1946           <ul>
1947             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1948               shown when tree is partitioned</li>
1949             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1950               multiple cDNA/Protein split views</li>
1951           </ul>
1952         </div>
1953       </td>
1954     </tr>
1955     <tr>
1956       <td width="60" nowrap>
1957         <div align="center">
1958           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1959             <em>8/10/2015</em></strong>
1960         </div>
1961       </td>
1962       <td><em>General</em>
1963         <ul>
1964           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1965             2.9</li>
1966         </ul> <em>Application</em>
1967         <ul>
1968           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1969           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1970           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1971         </ul> <em>Applet</em>
1972         <ul>
1973           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1974         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1975         <ul>
1976           <li>
1977             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1978             suite
1979           </li>
1980         </ul></td>
1981       <td>
1982         <div align="left">
1983           <em>General</em>
1984           <ul>
1985             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1986               incorrect when sequence start > 1</li>
1987             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1988               documentation</li>
1989             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1990             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1991               loading a features file containing HTML tags in feature
1992               description</li>
1993
1994           </ul>
1995           <em>Application</em>
1996           <ul>
1997             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1998               reimport</li>
1999             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2000               with 'trim retrieved sequences'</li>
2001             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2002               deleting selected columns</li>
2003             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2004               JNLP templates for webstart launch</li>
2005             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2006               unreleased structures for download or viewing</li>
2007             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2008               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2009             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2010               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2011             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2012               recovered from jalview project</li>
2013             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2014               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2015               alignment view</li>
2016             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2017               color schemes from BioJSON</li>
2018           </ul>
2019           <em>Applet</em>
2020           <ul>
2021             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2022               frame</li>
2023             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2024           </ul>
2025         </div>
2026       </td>
2027     </tr>
2028     <tr>
2029       <td><div align="center">
2030           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2031         </div></td>
2032       <td><em>General</em>
2033         <ul>
2034           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2035             alignments:
2036             <ul>
2037               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2038                 and DNA alignment views</li>
2039               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2040                 cDNA alignment views</li>
2041               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2042                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2043               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2044                 protein sequences</li>
2045             </ul>
2046           </li>
2047           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2048           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2049             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2050           <li>New alignment annotation file statements for
2051             reference sequences and marking hidden columns</li>
2052           <li>Reference sequence based alignment shading to
2053             highlight variation</li>
2054           <li>Select or hide columns according to alignment
2055             annotation</li>
2056           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2057           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2058             acid conservation row</li>
2059           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2060         </ul> <em>Application</em>
2061         <ul>
2062           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2063             <ul>
2064               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2065                 view with cDNA/Protein</li>
2066               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2067                 sequences are placed in the same alignment</li>
2068               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2069                 projects</li>
2070             </ul>
2071           </li>
2072
2073           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2074           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2075             Jalview windows</li>
2076
2077           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2078           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2079           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2080             be shown in VARNA</li>
2081
2082           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2083             as the active selected region</li>
2084
2085           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2086             similarity</li>
2087           <li>New Export options
2088             <ul>
2089               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2090                 region export in flat file generation</li>
2091
2092               <li>Export alignment views for display with the <a
2093                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2094
2095               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2096               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2097                 alignment figures to HTML</li>
2098           </li>
2099           <li>3D structure retrieval and display
2100             <ul>
2101               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2102                 Search API</li>
2103               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2104                 PDB structures for a sequence set</li>
2105             </ul>
2106           </li>
2107
2108           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2109             predictions</li>
2110           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2111             for one or a group of sequences</li>
2112           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2113             from the JPred4 web server</li>
2114           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2115             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2116             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2117           </li>
2118           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2119             VARNA 2D Structure'</li>
2120           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2121             Structure ..."</li>
2122
2123         </ul> <em>Applet</em>
2124         <ul>
2125           <li>New layout for applet example pages</li>
2126           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2127             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2128           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2129             Protein alignments</li>
2130         </ul> <em>Development and deployment</em>
2131         <ul>
2132           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2133           <li>Include installation type and git revision in build
2134             properties and console log output</li>
2135           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2136             storing BioJsMSA Templates</li>
2137           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2138         </ul></td>
2139       <td>
2140         <!-- <em>General</em>
2141         <ul>
2142         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2143         <ul>
2144           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2145           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2146           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2147             predictions are not highlighted in amber</li>
2148           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2149             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2150           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2151             associated structure views</li>
2152           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2153             width checkbox not enabled</li>
2154           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2155             creating user defined colours</li>
2156           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2157             mappings for just that viewer's sequences</li>
2158           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2159             multiple models in Chimera</li>
2160           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2161             over Jmol structure</li>
2162           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2163             output to text box</li>
2164           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2165             have incorrect sequence start/end</li>
2166           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2167             Jalview fails</li>
2168           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2169             work for nucleotide</li>
2170           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2171             to a grey/invisible alignment window</li>
2172           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2173             imports to different position</li>
2174           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2175             on some platforms</li>
2176           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2177             populated</li>
2178           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2179             console if Chimera has been opened</li>
2180           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2181           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2182             retrieved</li>
2183           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2184           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2185             either sequence shows on first structure</li>
2186           <li>'Show annotations' options should not make
2187             non-positional annotations visible</li>
2188           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2189             in right place after 'view flanking regions'</li>
2190           <li>File Save As type unset when current file format is
2191             unknown</li>
2192           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2193             projects</li>
2194           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2195             responsive</li>
2196           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2197             several views on same alignment</li>
2198           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2199           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2200             spaces</li>
2201         </ul> <em>Applet</em>
2202         <ul>
2203           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2204           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2205             descriptions containing angle brackets</li>
2206         </ul> <em>General</em>
2207         <ul>
2208           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2209             via jalview annotation file</li>
2210           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2211             with RNA secondary structure</li>
2212           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2213             translation doesn't work.</li>
2214           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2215           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2216             positions</li>
2217           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2218             choosing 1pt font</li>
2219           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2220             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2221             'h'</li>
2222           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2223             new feature</li>
2224           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2225             order dependent</li>
2226           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2227             sequences</li>
2228           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2229         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2230         <ul>
2231           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2232             www.jalview.org</li>
2233         </ul> <em>Application Known issues</em>
2234         <ul>
2235           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2236           <li>Misleading message appears after trying to delete
2237             solid column.</li>
2238           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2239             version launches</li>
2240           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2241             fails with a sequence mismatch</li>
2242           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2243             scrolling alignment to right</li>
2244           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2245             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2246           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2247             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2248           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2249             ultra-high resolution</li>
2250           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2251             quality and conservation</li>
2252           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2253             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2254         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2255         <ul>
2256           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2257           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2258             window is being resized</li>
2259
2260         </ul>
2261       </td>
2262     </tr>
2263     <tr>
2264       <td><div align="center">
2265           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2266         </div></td>
2267       <td><em>General</em>
2268         <ul>
2269           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2270             Certum.PL.</li>
2271           <li>Features and annotation preserved when performing
2272             pairwise alignment</li>
2273           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2274             imported/exported/displayed</li>
2275           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2276             protein secondary structure</li>
2277           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2278               post-hoc with 2.9 release</em>)
2279           </li>
2280
2281         </ul> <em>Application</em>
2282         <ul>
2283           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2284             with 3D structures</li>
2285           <li>Support for parsing RNAML</li>
2286           <li>Annotations menu for layout
2287             <ul>
2288               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2289               <li>place sequence annotation above/below alignment
2290                 annotation</li>
2291             </ul>
2292           <li>Output in Stockholm format</li>
2293           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2294             translation</li>
2295           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2296           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2297             shared between alignments</li>
2298           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2299             Jalview</li>
2300           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2301             all or current selection</li>
2302           <li>disorder and secondary structure predictions
2303             available as dataset annotation</li>
2304           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2305
2306
2307           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2308             alignments from Rfam</li>
2309           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2310
2311           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2312             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2313           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2314           <li>include installation type in build properties and
2315             console log output</li>
2316           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2317             annotation</li>
2318         </ul></td>
2319       <td>
2320         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2321         <ul>
2322           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2323             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2324           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2325             alignment</li>
2326           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2327           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2328           <li>Double click on sequence associated annotation
2329             selects only first column</li>
2330           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2331             leaves shown in tree</li>
2332           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2333             properly</li>
2334           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2335           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2336             screen and buttons not visible</li>
2337           <li>author list isn't updated if already written to
2338             Jalview properties</li>
2339           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2340             from database</li>
2341           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2342           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2343             browser search window</li>
2344           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2345             in feature settings dialog</li>
2346           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2347             desktop</li>
2348           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2349             pass validation</li>
2350           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2351             fit on screen</li>
2352           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2353             tooltip</li>
2354           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2355             defined user preset</li>
2356           <li>MSA web services warns user if they were launched
2357             with invalid input</li>
2358           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2359             Java 8</li>
2360           <li>
2361             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2362             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2363             created
2364           </li>
2365
2366         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2367         <ul>
2368         </ul> <em>General</em>
2369         <ul>
2370         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2371         <ul>
2372           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2373             memory allocation</li>
2374           <li>launchApp service doesn't automatically open
2375             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2376           <li>
2377             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2378             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2379             1.7_055 is available
2380           </li>
2381         </ul> <em>Application Known issues</em>
2382         <ul>
2383           <li>
2384             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2385             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2386             alignment to right
2387           </li>
2388           <li>
2389             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2390             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2391             with large number of ID
2392           </li>
2393           <li>
2394             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2395             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2396             start/end
2397           </li>
2398           <li>
2399             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2400             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2401             structure tracks are rearranged
2402           </li>
2403           <li>
2404             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2405             invalid rna structure positional highlighting does not
2406             highlight position of invalid base pairs
2407           </li>
2408           <li>
2409             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2410             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2411             project from alignment window file menu
2412           </li>
2413           <li>
2414             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2415             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2416             structures
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2420             colour by RNA Helices not enabled when user created
2421             annotation added to alignment
2422           </li>
2423           <li>
2424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2425             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2426           </li>
2427         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2428         <ul>
2429           <li>
2430             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2431             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2435             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2436           </li>
2437
2438           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2439             when selected</li>
2440         </ul>
2441       </td>
2442     </tr>
2443     <tr>
2444       <td><div align="center">
2445           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2446         </div></td>
2447       <td>
2448         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2449         <em>General</em>
2450         <ul>
2451           <li>Internationalisation of user interface (usually
2452             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2453           <li>Define/Undefine group on current selection with
2454             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2455           <li>Improved group creation/removal options in
2456             alignment/sequence Popup menu</li>
2457           <li>Sensible precision for symbol distribution
2458             percentages shown in logo tooltip.</li>
2459           <li>Annotation panel height set according to amount of
2460             annotation when alignment first opened</li>
2461         </ul> <em>Application</em>
2462         <ul>
2463           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2464             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2465           <li>Select columns containing particular features from
2466             Feature Settings dialog</li>
2467           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2468             sequences</li>
2469           <li>Update Jalview project format:
2470             <ul>
2471               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2472               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2473                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2474               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2475                 colouring</li>
2476             </ul>
2477           </li>
2478           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2479             (PAM250)</li>
2480           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2481             flanking regions for an alignment</li>
2482         </ul>
2483       </td>
2484       <td>
2485         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2486         <ul>
2487           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2488             running after job is cancelled</li>
2489           <li>cannot export features from alignments imported from
2490             Jalview/VAMSAS projects</li>
2491           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2492             float values</li>
2493           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2494             have 'display all symbols' flag set</li>
2495           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2496             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2497           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2498             Jalview</li>
2499           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2500             Lion/Webstart</li>
2501           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2502           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2503           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2504             alignment onto desktop</li>
2505           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2506             'extract scores' function</li>
2507           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2508             alignment window</li>
2509           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2510             performing IUPred disorder prediction</li>
2511           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2512             changing 'normalise logo' display setting</li>
2513           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2514             nothing matches query</li>
2515           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2516             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2517           </li>
2518           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2519             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2520           </li>
2521           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2522             Jalview's menu</li>
2523           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2524             'invalid literal/length code'</li>
2525           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2526             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2527           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2528             colourscheme</li>
2529
2530         </ul> <em>Applet</em>
2531         <ul>
2532           <li>Remove group option is shown even when selection is
2533             not a group</li>
2534           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2535             don't affect groups</li>
2536           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2537             colourscheme name</li>
2538           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2539             Annotation panel is not displayed</li>
2540           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2541             embedded windows</li>
2542         </ul> <em>Other</em>
2543         <ul>
2544           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2545             single sequence were not calculated</li>
2546           <li>annotation files that contain only groups imported as
2547             annotation and junk sequences</li>
2548           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2549             recognised as PFAM or BLC</li>
2550           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2551             doesn't affect background (2.8.0b1)
2552           <li></li>
2553           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2554           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2555             trailing gaps</li>
2556           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2557             registered correctly on import</li>
2558           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2559             certain alignments</li>
2560           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2561             existing annotation based 'use original colours'
2562             colourscheme loses original colours setting</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td><div align="center">
2568           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2569             <em>30/1/2014</em></strong>
2570         </div></td>
2571       <td>
2572         <ul>
2573           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2574             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2575             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2576             open source project).
2577           </li>
2578           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2579           <li>Output in Stockholm format</li>
2580           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2581           <li>Export/import group and sequence associated line
2582             graph thresholds</li>
2583           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2584             ambiguity codes</li>
2585           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2586             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2587             works</li>
2588           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2589         </ul> <em>Other improvements</em>
2590         <ul>
2591           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2592           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2593             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2594           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2595             files</li>
2596           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2597           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2598             link but no description</li>
2599           <li>Select primary source when selecting authority in
2600             database fetcher GUI</li>
2601           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2602             Jalview</li>
2603           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2604         </ul>
2605       </td>
2606       <td>
2607         <ul>
2608           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2609             displayed</li>
2610           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2611             secondary structure annotation line</li>
2612           <li>Sequence database accessions not imported when
2613             fetching alignments from Rfam</li>
2614           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2615             identical IDs</li>
2616           <li>View all structures does not always superpose
2617             structures</li>
2618           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2619             reflect user or preset settings</li>
2620           <li>Null pointer exceptions for some services without
2621             presets or adjustable parameters</li>
2622           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2623             discover PDB xRefs</li>
2624           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2625             features with DAS</li>
2626           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2627             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2628           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2629             residue follows a gap</li>
2630           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2631             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2632           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2633             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2634           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2635             annotation already exists on alignment</li>
2636           <li>oninit javascript function should be called after
2637             initialisation completes</li>
2638           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2639             alignment window display</li>
2640           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2641           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2642             to annotation file</li>
2643           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2644             groups created</li>
2645           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2646             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2647           <li>Pressing return several times causes Number Format
2648             exceptions in keyboard mode</li>
2649           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2650             correct partitions for input data</li>
2651           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2652           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2653           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2654           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2655             mode</li>
2656           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2657             changes one row&#39;s threshold</li>
2658           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2659             doesn&#39;t open</li>
2660           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2661             quality histograms</li>
2662         </ul>
2663       </td>
2664     </tr>
2665     <tr>
2666       <td><div align="center">
2667           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2668         </div></td>
2669       <td><em>Application</em>
2670         <ul>
2671           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2672             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2673           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2674             preferences</li>
2675           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2676             in Jalview alignment window</li>
2677           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2678             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2679           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2680             RNA and ambiguity codes</li>
2681
2682           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2683           <li>Support fetching and database reference look up
2684             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2685             refs')</li>
2686           <li>Jalview project improvements
2687             <ul>
2688               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2689                 flag for annotation</li>
2690               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2691                 alignment</li>
2692               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2693                 Jalview project</li>
2694
2695             </ul>
2696           </li>
2697           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2698           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2699             running</li>
2700           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2701           <li>visual indication that web service results are still
2702             being retrieved from server</li>
2703           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2704             starts up for first time</li>
2705           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2706             services</li>
2707           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2708             client library</li>
2709           <li>Examples directory and Groovy library included in
2710             InstallAnywhere distribution</li>
2711         </ul> <em>Applet</em>
2712         <ul>
2713           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2714             visualization applet example</li>
2715         </ul> <em>General</em>
2716         <ul>
2717           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2718           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2719             defaults</li>
2720           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2721             calculation</li>
2722           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2723             matrices
2724           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2725             in HTML</li>
2726           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2727             structure contacts</li>
2728           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2729           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2730           <li>Parse sequence associated secondary structure
2731             information in Stockholm files</li>
2732           <li>HTML Export database accessions and annotation
2733             information presented in tooltip for sequences</li>
2734           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2735             style RNA alignment files</li>
2736           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2737             alignment</li>
2738           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2739             shade each sequence according to its associated alignment
2740             annotation</li>
2741           <li>New Jalview Logo</li>
2742         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2743         <ul>
2744           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2745           <li>New Website!</li>
2746         </ul></td>
2747       <td><em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2750             wsdbfetch REST service</li>
2751           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2752           <li>Filetype associations not installed for webstart
2753             launch</li>
2754           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2755             job execution in full once it is complete</li>
2756           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2757             uploaded via ali_file parameter</li>
2758           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2759           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2760           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2761             submitted for prediction</li>
2762           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2763             desktop window</li>
2764           <li>Putting fractional value into integer text box in
2765             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2766           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2767             windows 7</li>
2768           <li>View all structures fails with exception shown in
2769             structure view</li>
2770           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2771             escaped in a platform independent way</li>
2772           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2773             using proxy</li>
2774           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2775             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2776           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2777             failure when java web start temporary file caching is
2778             disabled</li>
2779           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2780             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2781           <li>Errors during processing of command line arguments
2782             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2783           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2784             DAS sources in sequence fetcher</li>
2785           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2786             dialog is shown</li>
2787           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2788           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2789           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2790           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2791             on OSX Mountain Lion</li>
2792           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2793             sequences with alignment annotation are pasted into the
2794             alignment</li>
2795           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2796             when loaded from Jalview project</li>
2797           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2798           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2799             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2800           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2801             associated with all views</li>
2802           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2803             annotation rows to new window</li>
2804         </ul> <em>Applet</em>
2805         <ul>
2806           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2807             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2808           <li>loading features via javascript API automatically
2809             enables feature display</li>
2810           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2811             work</li>
2812         </ul> <em>General</em>
2813         <ul>
2814           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2815           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2816             and then deselected</li>
2817           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2818           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2819             coloured with clustalx</li>
2820           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2821             exceptions and redraw errors</li>
2822           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2823             reconfigured view</li>
2824           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2825             colour</li>
2826           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2827             for lots of labels</li>
2828         </ul>
2829     </tr>
2830     <tr>
2831       <td>
2832         <div align="center">
2833           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2834         </div>
2835       </td>
2836       <td><em>Application</em>
2837         <ul>
2838           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2839           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2840           <li>View/alignment association menu to enable user to
2841             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2842             its colours/correspondences from</li>
2843           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2844           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2845             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2846           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2847           <li>Annotation row column label formatting attributes
2848             stored in project file</li>
2849           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2850             rows preserved in Jalview project file</li>
2851           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2852             saved using Desktop window menu</li>
2853           <li>Visual indication that command line arguments are
2854             still being processed</li>
2855           <li>Groovy script execution from URL</li>
2856           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2857             preferences</li>
2858           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2859             alignment with sequences that have high similarity and
2860             matching IDs</li>
2861           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2862           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2863             structures in same window</li>
2864           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2865           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2866             analysis function in its own submenu</li>
2867         </ul> <em>Applet</em>
2868         <ul>
2869           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2870             groups</li>
2871           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2872           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2873           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2874           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2875           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2876             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2877           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2878           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2879             parameters are treated as such</li>
2880           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2881             <ul>
2882               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2883               <li>Javascript callbacks for
2884                 <ul>
2885                   <li>Applet initialisation</li>
2886                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2887                 </ul>
2888               </li>
2889               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2890                 functions</li>
2891               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2892               <li>javascript structure viewer harness to pass
2893                 messages between Jmol and Jalview when running as
2894                 distinct applets</li>
2895               <li>sortBy method</li>
2896               <li>Set of applet and application examples shipped
2897                 with documentation</li>
2898               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2899                 javascript message exchange</li>
2900             </ul>
2901         </ul> <em>General</em>
2902         <ul>
2903           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2904             multiple alignments</li>
2905           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2906           <li>User configurable link to enable redirects to a
2907             www.Jalview.org mirror</li>
2908           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2909           <li>Configurable newline string when writing alignment
2910             and other flat files</li>
2911           <li>Allow alignment annotation description lines to
2912             contain html tags</li>
2913         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2914         <ul>
2915           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2916             examples</li>
2917           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2918             using a web service before displaying the result in the
2919             Jalview desktop</li>
2920           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2921           <li>Ant target to publish example html files with applet
2922             archive</li>
2923           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2924           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2925         </ul></td>
2926       <td><em>Application</em>
2927         <ul>
2928           <li>User defined colourscheme throws exception when
2929             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2930           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2931             dialog for valid filename/format</li>
2932           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2933           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2934             P37173</li>
2935           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2936             which sequence is to be associated with the file</li>
2937           <li>Find All raises null pointer exception when query
2938             only matches sequence IDs</li>
2939           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2940           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2941             2.4 cannot be loaded</li>
2942           <li>Filetype associations not installed for webstart
2943             launch</li>
2944           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2945             with sequences in different alignments do not get coloured
2946             by their associated sequence</li>
2947           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2948             not preserved when project is loaded</li>
2949           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2950             stored in Jalview project</li>
2951           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2952             Jalview project</li>
2953           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2954           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2955             by conservation</li>
2956           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2957             created on new view</li>
2958           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2959             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2960           <li>Alignment quality not updated after alignment
2961             annotation row is hidden then shown</li>
2962           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2963             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2964           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2965             properly</li>
2966           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2967             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2968           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2969           <li>Structures imported from file and saved in project
2970             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2971           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2972             job execution in full once it is complete</li>
2973         </ul> <em>Applet</em>
2974         <ul>
2975           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2976             annotation rows are displayed</li>
2977           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2978             codebase</li>
2979           <li>View follows highlighting does not work for positions
2980             in sequences</li>
2981           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2982           <li>Export features raises exception when no features
2983             exist</li>
2984           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2985             for javascript api is modified when separator string
2986             provided as parameter</li>
2987           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2988             alignment with no existing selection</li>
2989           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2990             to applet&#39;s codebase</li>
2991           <li>Status bar not updated after finished searching and
2992             search wraps around to first result</li>
2993           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2994             several Jalview applets causes race conditions and memory
2995             leaks</li>
2996           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2997             not sent from Jmol in applet</li>
2998           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2999             applet API fatally hang browser</li>
3000         </ul> <em>General</em>
3001         <ul>
3002           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3003             position with wrapped view and hidden regions</li>
3004           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3005             with/without hidden columns</li>
3006           <li>Sequence length given in alignment properties window
3007             is off by 1</li>
3008           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3009             import PDB like structure files</li>
3010           <li>Positional search results are only highlighted
3011             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3012           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3013           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3014             given sequence position</li>
3015           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3016             output</li>
3017           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3018             from nucleotide chains correctly</li>
3019           <li>Structure colours not updated when tree partition
3020             changed in alignment</li>
3021           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3022             parsed in interleaved stockholm</li>
3023           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3024             state</li>
3025           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3026             properly</li>
3027           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3028             properly associated with their pdb files</li>
3029         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3030         <ul>
3031           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3032             ApplyCopyright tool</li>
3033         </ul></td>
3034     </tr>
3035     <tr>
3036       <td>
3037         <div align="center">
3038           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3039         </div>
3040       </td>
3041       <td><em>Application</em>
3042         <ul>
3043           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3044             contact web services</li>
3045           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3046             service job window</li>
3047           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3048         </ul></td>
3049       <td>
3050         <ul>
3051           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3052             pir file emitted by Jalview</li>
3053           <li>Existing feature settings transferred to new
3054             alignment view created from cut'n'paste</li>
3055           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3056             parsing PDB files</li>
3057           <li>Consensus and conservation annotation rows
3058             occasionally become blank for all new windows</li>
3059           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3060             in wrapped view mode</li>
3061         </ul> <em>Application</em>
3062         <ul>
3063           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3064             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3065           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3066             parameter names</li>
3067           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3068             is down</li>
3069         </ul>
3070       </td>
3071     </tr>
3072     <tr>
3073       <td>
3074         <div align="center">
3075           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3076         </div>
3077       </td>
3078       <td><em>Application</em>
3079         <ul>
3080           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3081             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3082             (JABAWS)
3083           </li>
3084           <li>Web Services preference tab</li>
3085           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3086             preferences</li>
3087           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3088           <li>Superpose structures using associated sequence
3089             alignment</li>
3090           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3091             viewer</li>
3092         </ul> <em>Applet</em>
3093         <ul>
3094           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3095             link out mechanism</li>
3096         </ul> <em>Other</em>
3097         <ul>
3098           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3099             series 12</li>
3100           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3101             require Java 1.5</li>
3102           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3103             sequence annotation files</li>
3104           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3105             type colour specification</li>
3106           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3107             script to check if it being run in an interactive session or
3108             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3109         </ul></td>
3110       <td>
3111         <ul>
3112           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3113             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3114         </ul> <em>Application</em>
3115         <ul>
3116           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3117             selected Regions menu item</li>
3118           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3119             part of a valid accession ID</li>
3120           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3121             runs out of memory</li>
3122           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3123             analysis results</li>
3124           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3125             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3126           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3127         </ul> <em>Applet</em>
3128         <ul>
3129           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3130             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3131             defined.</li>
3132         </ul>
3133       </td>
3134     </tr>
3135     <tr>
3136       <td>
3137         <div align="center">
3138           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3139         </div>
3140       </td>
3141       <td></td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3145             sequence IDs</li>
3146           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3147             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3148           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3149             import correctly</li>
3150           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3151             number of columns are hidden</li>
3152           <li>annotation label popup menu not providing correct
3153             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3154             present</li>
3155           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3156             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3157           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3158             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3159
3160         </ul> <em>Applet</em>
3161         <ul>
3162           <li>annotation panel disappears when annotation is
3163             hidden/removed</li>
3164         </ul> <em>Application</em>
3165         <ul>
3166           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3167             alignment opened where annotation panel is visible but no
3168             annotations are present on alignment</li>
3169           <li>pasted region containing hidden columns is
3170             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3171           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3172             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3173           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3174             selected Rregions menu item.</li>
3175           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3176             'Un' or 'Non'conserved</li>
3177           <li>Sequence feature settings are being shared by
3178             multiple distinct alignments</li>
3179           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3180             changed</li>
3181           <li>double click on group annotation to select sequences
3182             does not propagate to associated trees</li>
3183           <li>Mac OSX specific issues:
3184             <ul>
3185               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3186                 window background</li>
3187               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3188                 name set correctly</li>
3189               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3190                 save feature colourscheme button</li>
3191             </ul>
3192           </li>
3193         </ul>
3194       </td>
3195     </tr>
3196     <tr>
3197
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td><em>New Capabilities</em>
3204         <ul>
3205           <li>URL links generated from description line for
3206             regular-expression based URL links (applet and application)
3207
3208           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3209             menu</li>
3210           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3211             structures</li>
3212           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3213             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3214           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3215             average score or total feature count for each sequence.</li>
3216           <li>Shading features by score or associated description</li>
3217           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3218             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3219           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3220             hide everything but the currently selected region.</li>
3221           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3222         </ul> <em>Application</em>
3223         <ul>
3224           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3225             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3226           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3227             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3228           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3229             database references and protein_name is parsed as
3230             description line (BioSapiens terms).</li>
3231           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3232             references in sequence ID tooltip from View menu in
3233             application.</li>
3234           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3235       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3236           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3237             conservation plots</li>
3238           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3239             and visualized as sequence logos</li>
3240           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3241             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3242           </li>
3243           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3244             when a new tree is opened.</li>
3245           <li>Jalview Java Console</li>
3246           <li>Better placement of desktop window when moving
3247             between different screens.</li>
3248           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3249             consensus annotation</li>
3250           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3251             Workflows</li>
3252           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3253             <ul>
3254               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3255                 used to preserve views, structures, and tree display
3256                 settings)</li>
3257               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3258                 command line</li>
3259               <li>Sharing of selected regions between views and
3260                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3261               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3262             </ul></li>
3263         </ul> <em>Applet</em>
3264         <ul>
3265           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3266           <li>New Parameters
3267             <ul>
3268               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3269                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3270                 opened.</li>
3271               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3272                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3273               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3274                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3275               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3276                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3277                 view</li>
3278               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3279                 increase the height or width of a cell in the alignment
3280                 grid relative to the current font size.</li>
3281             </ul>
3282           </li>
3283           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3284             tooltip</li>
3285         </ul> <em>Other</em>
3286         <ul>
3287           <li>Features format: graduated colour definitions and
3288             specification of feature scores</li>
3289           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3290             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3291             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3292           <li>XML formats extended to support graduated feature
3293             colourschemes, group associated annotation, and profile
3294             visualization settings.</li></td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3298             rather than description</li>
3299           <li>Non-positional features are now included in sequence
3300             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3301             visibility in tooltip).</li>
3302           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3303           <li>Added URL embedding instructions to features file
3304             documentation.</li>
3305           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3306             'X' in peptide product</li>
3307           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3308             sequence ID and sequence string and query strings do not
3309             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3310           <li>AMSA files only contain first column of
3311             multi-character column annotation labels</li>
3312           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3313             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3314             exported and re-imported)</li>
3315           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3316             name</li>
3317           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3318             as subsequence matches, and correctly reports total number
3319             of both.</li>
3320           <li>Application:
3321             <ul>
3322               <li>Better handling of exceptions during sequence
3323                 retrieval</li>
3324               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3325                 link text excludes the start_end suffix</li>
3326               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3327                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3328               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3329               <li>Sequence description lines properly shared via
3330                 VAMSAS</li>
3331               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3332                 data sources</li>
3333               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3334                 completes before alignment figures are generated.</li>
3335               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3336                 first time.</li>
3337               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3338                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3339               <li>User defined group colours properly recovered
3340                 from Jalview projects.</li>
3341             </ul>
3342           </li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345
3346     </tr>
3347     <tr>
3348       <td>
3349         <div align="center">
3350           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3351         </div>
3352       </td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Experimental support for google analytics usage
3356             tracking.</li>
3357           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>Race condition in applet preventing startup in
3363             jre1.6.0u12+.</li>
3364           <li>Exception when feature created from selection beyond
3365             length of sequence.</li>
3366           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3367           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3368             all sequences with a given id</li>
3369           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3370             ID string searches</li>
3371           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3372             alignment to fail with exception</li>
3373         </ul> <em>Application Issues</em>
3374         <ul>
3375           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3376           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3377             data sources</li>
3378         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3379         <ul>
3380           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3381             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3382           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3383             version (java class versioning error fixed)</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td><em>User Interface</em>
3395         <ul>
3396           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3397             translation and protein products</li>
3398           <li>Linked highlighting of structure associated with
3399             residue mapping to codon position</li>
3400           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3401             and 'clear' button</li>
3402           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3403             Tools menu</li>
3404           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3405             numeric data in description line</li>
3406           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3407           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3408             of sequence</li>
3409         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3410         <ul>
3411           <li>JPred3 web service</li>
3412           <li>Prototype sequence search client (no public services
3413             available yet)</li>
3414           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3415             PFAM</li>
3416           <li>URL Links created for matching database cross
3417             references as well as sequence ID</li>
3418           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3419         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3420         <ul>
3421           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3422             databases</li>
3423           <li>Generalised database reference retrieval and
3424             validation to all fetchable databases</li>
3425           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3426             sequence command</li>
3427         </ul> <em>Import and Export</em>
3428         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3429         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3430           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3431         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3432           File</li>
3433         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3434           triplet as name of colourscheme</li>
3435         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3436         <ul>
3437           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3438           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3439             alignments (experimental)</li>
3440           <li>Create new or select existing session to join</li>
3441           <li>load and save of vamsas documents</li>
3442         </ul> <em>Application command line</em>
3443         <ul>
3444           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3445             from applet)</li>
3446           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3447             of DAS servers to query for alignment features</li>
3448           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3449             that are also automatically queried for features</li>
3450           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3451             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3452         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3453         <ul>
3454           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3455             application (when using &quot;View in full
3456             application&quot;)</li>
3457         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3458         <ul>
3459           <li>feature group display control parameter</li>
3460           <li>debug parameter</li>
3461           <li>showbutton parameter</li>
3462         </ul> <em>Applet API methods</em>
3463         <ul>
3464           <li>newView public method</li>
3465           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3466           <li>Feature display control methods</li>
3467           <li>get list of currently selected sequences</li>
3468         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3469         <ul>
3470           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3471           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3472             Jalview release.</li>
3473           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3474             property controls execution of obfuscator</li>
3475           <li>Build target for generating source distribution</li>
3476           <li>Debug flag for javacc</li>
3477           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3478             jalview.bin.Cache</li>
3479           <li>Continuous Build Integration for stable and
3480             development version of Application, Applet and source
3481             distribution</li>
3482         </ul></td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>selected region output includes visible annotations
3486             (for certain formats)</li>
3487           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3488             for editing</li>
3489           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3490           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3491           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3492           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3493             comments</li>
3494           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3495             filenames containing a ':'</li>
3496           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3497             global sequence features</li>
3498           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3499             references from alignment sequences goes to zero</li>
3500           <li>Close of tree branch colour box without colour
3501             selection causes cascading exceptions</li>
3502           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3503           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3504             file parsing fails.</li>
3505           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3506           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3507             not a valid output format</li>
3508           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3509             vamsas</li>
3510           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3511           <li>error messages passed up and output when data read
3512             fails</li>
3513           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3514             sequence is edited</li>
3515           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3516             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3517           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3518             filetype</li>
3519           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3520             import fixed for PFAM records</li>
3521           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3522             window list</li>
3523           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3524             can be read and written correctly to annotation file</li>
3525           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3526             correctly</li>
3527           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3528             non-italic font for representatives in Applet</li>
3529           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3530             Macs.</li>
3531           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3532             Applet)</li>
3533           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3534             due to null pointer exceptions</li>
3535           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3536             first column of alignment</li>
3537           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3538             July 2008</li>
3539           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3540             file is case-insensitive</li>
3541           <li>Sequence features read from Features file appended to
3542             all sequences with matching IDs</li>
3543           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3544             containing a sub-sequence</li>
3545           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3546           <li>feature and annotation file applet parameters
3547             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3548           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3549           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3550             splash-screen version check to complete</li>
3551           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3552             when passing them to the launchApp service</li>
3553           <li>display name and local features preserved in results
3554             retrieved from web service</li>
3555           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3556             sequence fetcher initialisation</li>
3557           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3558             dasobert DAS client</li>
3559           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3560             association</li>
3561           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3562             sequences
3563           </li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566     </tr>
3567     <tr>
3568       <td>
3569         <div align="center">
3570           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3571         </div>
3572       </td>
3573       <td>
3574         <ul>
3575           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3576           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3577           <li>Slide sequences</li>
3578           <li>Edit sequence in place</li>
3579           <li>EMBL CDS features</li>
3580           <li>DAS Feature mapping</li>
3581           <li>Feature ordering</li>
3582           <li>Alignment Properties</li>
3583           <li>Annotation Scores</li>
3584           <li>Sort by scores</li>
3585           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3586         </ul>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3591           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3592           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3593           <li>Feature group display state in XML</li>
3594           <li>Feature ordering in XML</li>
3595           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3596           <li>Stockholm alignment properties</li>
3597           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3598           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3599           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3600           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603
3604     </tr>
3605     <tr>
3606       <td>
3607         <div align="center">
3608           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3609         </div>
3610       </td>
3611       <td>
3612         <ul>
3613           <li>Non standard characters can be read and displayed
3614           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3615             applet via textbox
3616           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3617             name &amp; description
3618           <li>Preference setting to display sequence name in
3619             italics
3620           <li>Annotation file format extended to allow
3621             Sequence_groups to be defined
3622           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3623             specified in preferences
3624           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3625             sequences
3626         </ul>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3631             installed
3632           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3633           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3634         </ul>
3635       </td>
3636     </tr>
3637     <tr>
3638       <td>
3639         <div align="center">
3640           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3641         </div>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Multiple views on alignment
3646           <li>Sequence feature editing
3647           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3648           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3649           <li>Background dependent text colour
3650           <li>Right align sequence ids
3651           <li>User-defined lower case residue colours
3652           <li>Format Menu
3653           <li>Select Menu
3654           <li>Menu item accelerator keys
3655           <li>Control-V pastes to current alignment
3656           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3657           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3658           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3659
3660           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3661         </ul>
3662       </td>
3663       <td>
3664         <ul>
3665           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3666           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3667             calculations
3668           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3669             edits
3670           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3671             of alignment)
3672           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3673
3674           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3675             display correctly
3676           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3677           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3678             analysis results
3679           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3680             &#8739;
3681           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3682           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3683           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3684
3685         </ul>
3686       </td>
3687     </tr>
3688     <tr>
3689       <td>
3690         <div align="center">
3691           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3692         </div>
3693       </td>
3694       <td>
3695         <ul>
3696           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3697         </ul>
3698       </td>
3699       <td>
3700         <ul>
3701           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3702             sequence id panel has been resized</li>
3703           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3704             rendered</li>
3705           <li>Annotation files with sequence references - all
3706             elements in file are relative to sequence position</li>
3707           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710     </tr>
3711     <tr>
3712       <td>
3713         <div align="center">
3714           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3715         </div>
3716       </td>
3717       <td>
3718         <ul>
3719           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3720           <li>DAS Feature fetching</li>
3721           <li>Hide sequences and columns</li>
3722           <li>Export Annotations and Features</li>
3723           <li>GFF file reading / writing</li>
3724           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3725             files</li>
3726           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3727           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3728           <li>Applet can launch the full application</li>
3729           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3730             required)</li>
3731           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3732           <li>Applet can load sequences from parameter
3733             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3734           </li>
3735         </ul>
3736       </td>
3737       <td>
3738         <ul>
3739           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3740           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3741           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3742         </ul>
3743       </td>
3744     </tr>
3745     <tr>
3746       <td>
3747         <div align="center">
3748           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3749         </div>
3750       </td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3754           <li>Choose to match case when searching</li>
3755           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3756             expand the visible width and height of the alignment</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3762         </ul>
3763       </td>
3764     </tr>
3765     <tr>
3766       <td>
3767         <div align="center">
3768           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3769         </div>
3770       </td>
3771       <td>&nbsp;</td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3775           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3776             value</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779     </tr>
3780     <tr>
3781       <td>
3782         <div align="center">
3783           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3784         </div>
3785       </td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3789           <li>Keyboard editing</li>
3790           <li>Create sequence features from searches</li>
3791           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3792             alignments</li>
3793           <li>Features file allows grouping of features</li>
3794           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3795           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3796           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3802           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3803             descriptions saved.</li>
3804         </ul>
3805       </td>
3806     </tr>
3807     <tr>
3808       <td>
3809         <div align="center">
3810           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3811         </div>
3812       </td>
3813       <td>
3814         <ul>
3815           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3816           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3817           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3818             name for file output</li>
3819           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3820           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3821             used for HTML form input</li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>HTML output writes groups and features</li>
3827           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3828           <li>File IO bugs</li>
3829         </ul>
3830       </td>
3831     </tr>
3832     <tr>
3833       <td>
3834         <div align="center">
3835           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3836         </div>
3837       </td>
3838       <td>
3839         <ul>
3840           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3841           <li>More options for PCA viewer</li>
3842         </ul>
3843       </td>
3844       <td>
3845         <ul>
3846           <li>GUI bugs resolved</li>
3847           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3848         </ul>
3849       </td>
3850     </tr>
3851     <tr>
3852       <td height="63">
3853         <div align="center">
3854           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3855         </div>
3856       </td>
3857       <td>
3858         <ul>
3859           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3860           <li>Jar files are executable</li>
3861           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3867           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3868           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td>
3874         <div align="center">
3875           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3876         </div>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <ul>
3880           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3881         </ul>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888     </tr>
3889     <tr>
3890       <td>
3891         <div align="center">
3892           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3893         </div>
3894       </td>
3895       <td>
3896         <ul>
3897           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3898             size</li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>Improved JPred client reliability</li>
3904           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907     </tr>
3908     <tr>
3909       <td>
3910         <div align="center">
3911           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3912         </div>
3913       </td>
3914       <td>
3915         <ul>
3916           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3917           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3918           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3919             to Colour Menu</li>
3920           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3921           <li>Unix users can set default web browser</li>
3922           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3923           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3929         </ul>
3930       </td>
3931     </tr>
3932     <tr>
3933       <td>
3934         <div align="center">
3935           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3936         </div>
3937       </td>
3938       <td>&nbsp;</td>
3939       <td>
3940         <ul>
3941           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3942             alignment order.</li>
3943         </ul>
3944       </td>
3945     </tr>
3946     <tr>
3947       <td>
3948         <div align="center">
3949           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3950         </div>
3951       </td>
3952       <td>
3953         <ul>
3954           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3955           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3956           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3957             annotations.</li>
3958           <li>Version and build date written to build properties
3959             file.</li>
3960           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3961             at launch of Jalview.</li>
3962         </ul>
3963       </td>
3964       <td>
3965         <ul>
3966           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3967           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3968           <li>Can remove groups one by one.</li>
3969           <li>Filechooser icons installed.</li>
3970           <li>Finder ignores return character when searching.
3971             Return key will initiate a search.<br>
3972           </li>
3973         </ul>
3974       </td>
3975     </tr>
3976     <tr>
3977       <td>
3978         <div align="center">
3979           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3980         </div>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>New codebase</li>
3985         </ul>
3986       </td>
3987       <td>&nbsp;</td>
3988     </tr>
3989   </table>
3990   <p>&nbsp;</p>
3991 </body>
3992 </html>