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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  81               rendering of sequence features
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  85               429 rate limit request hander
  86             </li>
  87             <li>
  88               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  89               their colours have changed
  90             </li>
  91             <li>
  92               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
  93               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
  97               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  98             </li>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 101               view from Ensembl locus cross-references
 102             </li>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 105               Alignment report
 106             </li>
 107             <li>
 108               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 109               feature can be disabled
 110             </li>
 111             <li>
 112               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 113               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 114             </li>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 117               Uniprot
 118             </li>
 119           </ul>
 120           <em>Scripting</em>
 121           <ul>
 122             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 123             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 124               percent identity scores for current alignment.</li>
 125           </ul>
 126           <em>Testing and Deployment</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 130             </li>
 131           </ul>
 132         </div></td>
 133       <td><div align="left">
 134           <em>General</em>
 135           <ul>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 138               threshold text field doesn't trigger an update to the
 139               alignment view
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 143               strings in parallel
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 147               alignment window is closed
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 151               group visibility
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 155               takes a long time in Cursor mode
 156             </li>
 157           </ul>
 158           <em>Desktop</em>
 159           <ul>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 162               cannot be viewed in Chimera
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 166               CDS/Protein view
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 170               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 171               Search Dialogs
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 181               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 185               scrolling right in unwapped alignment view
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 189               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 190               database
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 194               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 198               features of same type and group to be selected for
 199               amending
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 203               alignments when hidden columns are present
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 207               displaying several structures
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 211               moving a window
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 215               within the Jalview desktop on OSX
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 219               when in wrapped alignment mode
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 223               hand end of alignment
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 227               each selected sequence do not have correct start/end
 228               positions
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 232               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 236               restoring project until a new view is created
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 240               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 241               configured (since 2.10.2b2)
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 245               position is adjusted
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 249               in a multi-chain structure when viewing alignment
 250               involving more than one chain (since 2.10)
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 254               if new selection moves alignment window
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 258               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 262               that produces correctly annotated transcripts and products
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 266               doesn't update associated structure view
 267             </li>
 268           </ul>
 269           <em>Applet</em><br />
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 273               closing alignment panel
 274             </li>
 275           </ul>
 276           <em>BioJSON</em><br />
 277           <ul>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 280               non-positional features
 281             </li>
 282           </ul>
 283           <em>New Known Issues</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 287               sequence features correctly (for many previous versions of
 288               Jalview)
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 292               using cursor in wrapped panel other than top
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 296               graduated colour threshold
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 300               always preserve numbering and sequence features
 301             </li>
 302           </ul>
 303           <em>Known Java 9 Issues</em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 307               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 308               9.01, OSX 10.10)
 309             </li>
 310           </ul>
 311         </div></td>
 312     </tr>
 313     <tr>
 314       <td width="60" nowrap>
 315         <div align="center">
 316           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 317             <em>2/10/2017</em></strong>
 318         </div>
 319       </td>
 320       <td><div align="left">
 321           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 322           <ul>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 325             </li>
 326             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 327             </li>
 328           </ul>
 329         </div></td>
 330       <td><div align="left">
 331         </div></td>
 332     </tr>
 333     <tr>
 334       <td width="60" nowrap>
 335         <div align="center">
 336           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 337             <em>7/9/2017</em></strong>
 338         </div>
 339       </td>
 340       <td><div align="left">
 341           <em></em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 345               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 346               white)
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 350               Preferences
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 354               in size and progress bar shown as higher resolution
 355               overview is recalculated
 356             </li>
 357
 358           </ul>
 359         </div></td>
 360       <td><div align="left">
 361           <em></em>
 362           <ul>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 365               column region row by row
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 369               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 373               format setting is unticked
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 377               if group has show boxes format setting unticked
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 381               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 382               include sequences and columns not currently displayed
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 386               assemblies are imported via CIF file
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 390               displayed when threshold or conservation colouring is also
 391               enabled.
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 395               server version
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 399               dragging a selected region off the visible region of the
 400               alignment
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 404               colourscheme to all groups in a view
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 408               initially after font size change using the Font chooser or
 409               middle-mouse zoom
 410             </li>
 411           </ul>
 412         </div></td>
 413     </tr>
 414     <tr>
 415       <td width="60" nowrap>
 416         <div align="center">
 417           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 418         </div>
 419       </td>
 420       <td><div align="left">
 421           <em>Calculations</em>
 422           <ul>
 423
 424             <li>
 425               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 426               ungapped positions in each column of the alignment.
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 430               a calculation dialog box
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 434               and memory efficiency (~30x faster)
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 438               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 439               and other calculations
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 443               files within the Jalview codebase
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 447               Similarity may have different topology due to increased
 448               precision
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>Rendering</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 455               model for alignments and groups
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 459               scripts
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>Overview</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 466               with alignment and overview windows
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 470               overview
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 474               omitted in Overview
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 478               adjustment of visible position
 479             </li>
 480           </ul>
 481
 482           <em>Data import/export</em>
 483           <ul>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 486               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 490               annotation input/output via stockholm flatfile
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 494               extension when importing structure files without embedded
 495               names or PDB accessions
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 499               format sequence substitution matrices
 500             </li>
 501           </ul>
 502           <em>User Interface</em>
 503           <ul>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 506               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 507               the application.
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 511               via Overview or sequence motif search operations
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 515               opened by double clicking gaps within sequence feature
 516               extent
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 520               aligned positions were available to create a 3D structure
 521               superposition.
 522             </li>
 523           </ul>
 524           <em>3D Structure</em>
 525           <ul>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 528               coloured in linked structure views
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 532               file-based command exchange
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 536               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 537               structures are already available for sequences
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 541               the Jalview project rather than downloaded again when the
 542               project is reopened.
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 546               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 547               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 548                 Feature</strong>)
 549             </li>
 550           </ul>
 551           <em>Web Services</em>
 552           <ul>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 558               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 559               Analysis services
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 563               cross-references provided by identifiers.org and the
 564               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 565             </li>
 566           </ul>
 567
 568           <em>Scripting</em>
 569           <ul>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 572               identifying file formats (instead of String constants)
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 576               efficiency when counting all displayed features (not
 577               backwards compatible with 2.10.1)
 578             </li>
 579           </ul>
 580           <em>Example files</em>
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 584               included in the example feature file
 585             </li>
 586           </ul>
 587           <em>Documentation</em>
 588           <ul>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 591               with the built-in Java help viewer
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 595               sequence description' option
 596             </li>
 597           </ul>
 598           <em>Test Suite</em>
 599           <ul>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 602               Uniprot REST Free Text Search Client
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 609               during tests
 610             </li>
 611           </ul>
 612         </div></td>
 613       <td><div align="left">
 614           <em>Calculations</em>
 615           <ul>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 618               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 619               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 620             </li>
 621             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 622               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 623               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 624               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 625               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 626               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 627               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 628               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 629               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 630               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 631               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 632               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 633               // for 2.10.1 mode <br />
 634               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 635               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 636                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 637                 calculations (not recommended)</em></li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 640               scaling of branch lengths for trees computed using
 641               Sequence Feature Similarity.
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 645               generating output report when working with highly
 646               redundant alignments
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 650               right of selected region when gaps present on right-hand
 651               boundary
 652             </li>
 653           </ul>
 654           <em>User Interface</em>
 655           <ul>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 658               doesn't reselect a specific sequence's associated
 659               annotation after it was used for colouring a view
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 663               opened on a region of alignment without groups
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 667               of an alignment with overlapping groups
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 671               name and description match
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 675               hidden regions results in incorrect hidden regions
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 679               changing colour does not apply Conservation slider value
 680               to all groups
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 684               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 688               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 692               gaps before start of features
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 696               restored to UI when feature colour is edited
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 700               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 704               as graduate feature colour settings are modified via the
 705               dialog box
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 709               when a group defined on the alignment is resized
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 713               wrapped view result in positional status updates
 714             </li>
 715
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 718               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 722               alignment included gapped columns
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 726               widgets don't permanently disappear
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 730               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 731               T-Coffee column reliability scores)
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 735               sequence feature on gaps only
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 739               button from a Find inherit previously defined feature type
 740               rather than the Find query string
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 744               exporting tree calculated in Jalview
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 748               and then revealing them reorders sequences on the
 749               alignment
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 753               doesn't update to reflect available set of groups after
 754               interactively adding or modifying features
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 758               Linux
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 762               only excluded gaps in current sequence and ignored
 763               selection.
 764             </li>
 765           </ul>
 766           <em>Rendering</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 770               erratically when hidden rows or columns are present
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 774               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 775               sequence colouring
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 779               colour and group colour menu for protein alignments
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 783               reflect currently selected view or group's shading
 784               thresholds
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 788               when rendered on overview and structures when opacity at
 789               100%
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 793               overview when features overlaid on alignment
 794             </li>
 795           </ul>
 796           <em>Data import/export</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 800               load
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 804               added after a sequence was imported are not written to
 805               Stockholm File
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 809               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 813               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 817               with lightGray or darkGray via features file (but can
 818               specify lightgray)
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 822               when alignment view imported from project
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 826               structure and sequences extracted from structure files
 827               imported via URL and viewed in Jmol
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 831               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 832               the project is loaded and the structure viewed
 833             </li>
 834           </ul>
 835           <em>Web Services</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 839               release of Ensembl v.88
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 843               appear enabled in Preferences->Connections
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 847               removed from console output
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 851               Ensembl by Peptide ID
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 855               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 856               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 857               due to 'null' string rather than empty string used for
 858               residues with no corresponding PDB mapping).
 859             </li>
 860           </ul>
 861           <em>Application UI</em>
 862           <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 865               menu
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 869               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 870               new documentation and tooltips added)
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 874               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 878               new features are added to alignment
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 882               changes to feature colours via the Amend features dialog
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 886               edit graduated feature colour via amend features dialog
 887               box
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 891               selection menu changes colours of alignment views
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 895               from alignment calculation workers after alignment has
 896               been closed
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 900               groups now 'Create Group'
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 904               Create/Undefine group doesn't always work
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 908               shown again after pressing 'Cancel'
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 912               adjusts start position in wrap mode
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 916               ambiguous amino acids
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 920               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 921               proteins
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 925               Defined' don't appear in Colours menu
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>Applet</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 932               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 936               overview or linked structure view
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 940               work (since 2.8)
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 944               user-defined colourscheme doesn't restore original
 945               colourscheme
 946             </li>
 947           </ul>
 948           <em>Test Suite</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 952               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 956               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 957               problems with deep array comparison equality asserts in
 958               successive versions of TestNG
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 962               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 963             </li>
 964           </ul>
 965           <em>New Known Issues</em>
 966           <ul>
 967             <li>
 968               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 969               phase after a sequence motif find operation
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 973               containing just upper and lower case letters are
 974               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 978               reliably from eggnog Ortholog database
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 982               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 983               to mark columns containing highlighted regions.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 987               doesn't always add secondary structure annotation.
 988             </li>
 989           </ul>
 990         </div>
 991     <tr>
 992       <td width="60" nowrap>
 993         <div align="center">
 994           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 995         </div>
 996       </td>
 997       <td><div align="left">
 998           <em>General</em>
 999           <ul>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1002               for all consensus calculations
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1006               3rd Oct 2016)
1007             </li>
1008             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1009               for 2016-2017</li>
1010           </ul>
1011           <em>Application</em>
1012           <ul>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1015               set of database cross-references, sorted alphabetically
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1019               from database cross references. Users with custom links
1020               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1021                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1025               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1026               Chimera session
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1030               the Chimera it is connected to is shut down
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1034               columns menu item to mark columns containing highlighted
1035               regions (e.g. from structure selections or results of a
1036               Find operation)
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1040               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1041               MSAviewer
1042             </li>
1043           </ul>
1044         </div></td>
1045       <td>
1046         <div align="left">
1047           <em>General</em>
1048           <ul>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1051               are not coloured or thresholded according to percent
1052               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1056               hydrophobic
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1060               threshold, amino acid properties)
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1064               reported as mapped to residues in a structure file in the
1065               View Mapping report
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1069               could be added multiple times to a sequence
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1073               bond features shown as two highlighted residues rather
1074               than a range in linked structure views, and treated
1075               correctly when selecting and computing trees from features
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1079               cross-references are matched to database name regardless
1080               of case
1081             </li>
1082
1083           </ul>
1084           <em>Application</em>
1085           <ul>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1088               names without regular expressions also offer links from
1089               Sequence ID
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1093               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1094               update Jalview configuration
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1098               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1102               files with similarly named sequences if dropped onto the
1103               alignment
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1107               entries where more chains exist in the PDB accession than
1108               are reported in the SIFTS file
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1112               the structure view when displayed with Chimera
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1116               panel's View->Show Chains submenu
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1120               work for wrapped alignment views
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1124               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1128               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1129               first annotation row
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1133               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1137               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1138             </li>
1139             <!-- JAL-2319 -->
1140             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1141             coordindate data
1142             </li>
1143           </ul>
1144           <!--           <em>New Known Issues</em>
1145           <ul>
1146             <li></li>
1147           </ul> -->
1148         </div>
1149       </td>
1150     </tr>
1151     <td width="60" nowrap>
1152       <div align="center">
1153         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1154           <em>25/10/2016</em></strong>
1155       </div>
1156     </td>
1157     <td><em>Application</em>
1158       <ul>
1159         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1160           view if structures already loaded</li>
1161         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1162           structure views</li>
1163       </ul></td>
1164     <td>
1165       <div align="left">
1166         <em>General</em>
1167         <ul>
1168           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1169             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1170           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1171             example sequences/projects/trees</li>
1172         </ul>
1173         <em>Application</em>
1174         <ul>
1175           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1176             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1177           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1178             without timeout for structures with multiple models or
1179             multiple sequences in alignment</li>
1180           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1181             PDB ID HEADER line</li>
1182           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1183             is performed</li>
1184           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1185             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1186           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1187           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1188             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1189             option</li>
1190           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1191             is created on the alignment</li>
1192           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1193             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1194             pop-up menu</li>
1195         </ul>
1196         <em>Build and deployment</em>
1197         <ul>
1198           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1199             tags</li>
1200         </ul>
1201         <em>New Known Issues</em>
1202         <ul>
1203           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1204             on Windows</li>
1205         </ul>
1206       </div>
1207     </td>
1208     </tr>
1209     <tr>
1210       <td width="60" nowrap>
1211         <div align="center">
1212           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1213         </div>
1214       </td>
1215       <td><em>General</em>
1216         <ul>
1217           <li>
1218             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1219           </li>
1220           <li>
1221             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1222             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1223             better PDB parsing.
1224           </li>
1225           <li>
1226             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1227             reference sequence
1228           </li>
1229           <li>
1230             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1231             mousing over sequence associated annotation
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1235             for manual entry
1236           </li>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1239             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1240             for each column
1241           </li>
1242           <li>
1243             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1244             showing or hiding columns containing a feature
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1248             group and sequence associated annotation labels
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1252             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1253             dialogs
1254           </li>
1255
1256         </ul> <em>Application</em>
1257         <ul>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1260             gene/transcript view
1261           </li>
1262           <li>
1263             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1264             dialog
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1268             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1272             Pfam sources to xfam.org
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1276           </li>
1277           <li>
1278             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1279             over sequences in Jalview
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1283             regions in ENA and EMBL
1284           </li>
1285           <li>
1286             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1287             for record retrieval via ENA rest API
1288           </li>
1289           <li>
1290             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1291             complement operator
1292           </li>
1293           <li>
1294             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1295             groovy script execution
1296           </li>
1297           <li>
1298             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1299             alignment window's Calculate menu
1300           </li>
1301           <li>
1302             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1303             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1304           </li>
1305           <li>
1306             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1307             calculation workers from groovy scripts
1308           </li>
1309           <li>
1310             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1311             Jalview projects
1312           </li>
1313           <li>
1314             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1315             associations are now saved/restored from project
1316           </li>
1317           <li>
1318             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1319             before sequence fetcher is opened
1320           </li>
1321           <li>
1322             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1323             database chooser opens a sequence fetcher
1324           </li>
1325           <li>
1326             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1327             the UniProt REST API
1328           </li>
1329           <li>
1330             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1331             the news reader opening
1332           </li>
1333           <li>
1334             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1335             querying stored in preferences
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1339             search results
1340           </li>
1341           <li>
1342             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1343           </li>
1344           <li>
1345             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1346             menu for nucleotide sequences
1347           </li>
1348           <li>
1349             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1350             and feature counts preserves alignment ordering (and
1351             debugged for complex feature sets).
1352           </li>
1353           <li>
1354             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1355             viewing structures with Jalview 2.10
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1359             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1360             Ensembl Genomes REST API
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1364             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1365             (Ensembl)
1366           </li>
1367           <li>
1368             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1369             sequences
1370           </li>
1371           <li>
1372             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1373             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1374             data from external database records.
1375           </li>
1376           <li>
1377             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1378             efficient recovery of sequence coding and alignment
1379             annotation relationships.
1380           </li>
1381         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1382         <ul>
1383           <li>
1384             -- JAL---
1385           </li>
1386         </ul> --></td>
1387       <td>
1388         <div align="left">
1389           <em>General</em>
1390           <ul>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1393               menu on OSX
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1397               includes graduated colourschemes
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1401               working with big alignments and lots of hidden columns
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1405               at right of alignment window
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1409               contents
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1413               for DNA alignments
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1417               based tree calculation
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1421               unconserved enabled for group on alignment
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1425               set as reference
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1429               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1430               annotation
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1434               hidden columns present
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1438               user created annotation added to alignment
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1442               '()' base pair annotation
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1446               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1447               Consensus
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1451               feature not working
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1455               beginning of sequence
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1459               entry 3a6s
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1463               from a tree when t-coffee scores are shown
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1467               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1471               some structures
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1475               to Clustal, PIR and PileUp output
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1479               not visible causes alignment window to repaint
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1483               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1484               scores associated with features and annotation rows
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1488               calculation should be case independent
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1492               columns
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1496               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1497               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1501               problems when reference sequence defined and 'show
1502               non-conserved' enabled
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1506               load even when Consensus calculation is disabled
1507             </li>
1508             <li>
1509               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1510               alignment does nothing
1511             </li>
1512           </ul>
1513           <em>Application</em>
1514           <ul>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1517               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1518               yet fixed for El Capitan)
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1522               output when running on non-gb/us i18n platforms
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1526               hidden sequences as flat-file alignment
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1530               launching Chimera
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1534               (also hotfix for 2.9.0b2)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1538               reference sequence defined
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1542               alignments and views when revealing hidden columns
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1546               view in a cDNA/Protein splitframe
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1550               sequence from project when only one sequence is
1551               represented
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1555               in Structure Chooser
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1559               structure consensus didn't refresh annotation panel
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1563               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1567               dialogs format columns correctly, don't display array
1568               data, sort columns according to type
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1572               file chooser is cancelled during an image export
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1576               sequence name containing special characters
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1580               case insensitive
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1584               formatting don't wrap
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1588               truncated so L looks like I in consensus annotation
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1592               currently displayed features for the current selection or
1593               view
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1597               after fetching cross-references, and restoring from
1598               project
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1602               followed in the structure viewer
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1606               splitframe not restored from project
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1610               trailing end of protein alignment in transcript/product
1611               splitview when pad-gaps not enabled by default
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1615               is case dependent
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1619               article has been read (reopened issue due to
1620               internationalisation problems)
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1624               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1625               cross-references
1626             </li>
1627
1628             <li>
1629               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1630               alignment as HTML
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1634               multiple structures are shown for one or more sequences.
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1638               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1639               is enabled.
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1643               specific PDB id for sequence
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1647               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1648               columns' is disabled.
1649             </li>
1650             <li>
1651               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1652               selects lowest rather than highest resolution structures
1653               for each sequence
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1657               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1661               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1665               after clicking on it to create new annotation for a
1666               column.
1667             </li>
1668             <li>
1669               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1670               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1671             </li>
1672             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1673             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1674           </ul>
1675           <em>Applet</em>
1676           <ul>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1679               hidden columns present before start of sequence
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1683               (JSON jars)
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1687               sequences are hidden in applet
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1691               deployment on examples pages.
1692             </li>
1693           </ul>
1694         </div>
1695       </td>
1696     </tr>
1697     <tr>
1698       <td width="60" nowrap>
1699         <div align="center">
1700           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1701             <em>16/10/2015</em></strong>
1702         </div>
1703       </td>
1704       <td><em>General</em>
1705         <ul>
1706           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1707             jars</li>
1708         </ul></td>
1709       <td>
1710         <div align="left">
1711           <em>Application</em>
1712           <ul>
1713             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1714               shown when tree is partitioned</li>
1715             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1716               multiple cDNA/Protein split views</li>
1717           </ul>
1718         </div>
1719       </td>
1720     </tr>
1721     <tr>
1722       <td width="60" nowrap>
1723         <div align="center">
1724           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1725             <em>8/10/2015</em></strong>
1726         </div>
1727       </td>
1728       <td><em>General</em>
1729         <ul>
1730           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1731             2.9</li>
1732         </ul> <em>Application</em>
1733         <ul>
1734           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1735           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1736           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1737         </ul> <em>Applet</em>
1738         <ul>
1739           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1740         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1741         <ul>
1742           <li>
1743             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1744             suite
1745           </li>
1746         </ul></td>
1747       <td>
1748         <div align="left">
1749           <em>General</em>
1750           <ul>
1751             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1752               incorrect when sequence start > 1</li>
1753             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1754               documentation</li>
1755             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1756             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1757               loading a features file containing HTML tags in feature
1758               description</li>
1759
1760           </ul>
1761           <em>Application</em>
1762           <ul>
1763             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1764               reimport</li>
1765             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1766               with 'trim retrieved sequences'</li>
1767             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1768               deleting selected columns</li>
1769             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1770               JNLP templates for webstart launch</li>
1771             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1772               unreleased structures for download or viewing</li>
1773             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1774               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1775             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1776               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1777             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1778               recovered from jalview project</li>
1779             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1780               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1781               alignment view</li>
1782             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1783               color schemes from BioJSON</li>
1784           </ul>
1785           <em>Applet</em>
1786           <ul>
1787             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1788               frame</li>
1789             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1790           </ul>
1791         </div>
1792       </td>
1793     </tr>
1794     <tr>
1795       <td><div align="center">
1796           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1797         </div></td>
1798       <td><em>General</em>
1799         <ul>
1800           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1801             alignments:
1802             <ul>
1803               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1804                 and DNA alignment views</li>
1805               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1806                 cDNA alignment views</li>
1807               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1808                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1809               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1810                 protein sequences</li>
1811             </ul>
1812           </li>
1813           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1814           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1815             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1816           <li>New alignment annotation file statements for
1817             reference sequences and marking hidden columns</li>
1818           <li>Reference sequence based alignment shading to
1819             highlight variation</li>
1820           <li>Select or hide columns according to alignment
1821             annotation</li>
1822           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1823           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1824             acid conservation row</li>
1825           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1826         </ul> <em>Application</em>
1827         <ul>
1828           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1829             <ul>
1830               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1831                 view with cDNA/Protein</li>
1832               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1833                 sequences are placed in the same alignment</li>
1834               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1835                 projects</li>
1836             </ul>
1837           </li>
1838
1839           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1840           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1841             Jalview windows</li>
1842
1843           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1844           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1845           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1846             be shown in VARNA</li>
1847
1848           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1849             as the active selected region</li>
1850
1851           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1852             similarity</li>
1853           <li>New Export options
1854             <ul>
1855               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1856                 region export in flat file generation</li>
1857
1858               <li>Export alignment views for display with the <a
1859                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1860
1861               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1862               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1863                 alignment figures to HTML</li>
1864           </li>
1865           <li>3D structure retrieval and display
1866             <ul>
1867               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1868                 Search API</li>
1869               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1870                 PDB structures for a sequence set</li>
1871             </ul>
1872           </li>
1873
1874           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1875             predictions</li>
1876           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1877             for one or a group of sequences</li>
1878           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1879             from the JPred4 web server</li>
1880           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1881             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1882             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1883           </li>
1884           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1885             VARNA 2D Structure'</li>
1886           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1887             Structure ..."</li>
1888
1889         </ul> <em>Applet</em>
1890         <ul>
1891           <li>New layout for applet example pages</li>
1892           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1893             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1894           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1895             Protein alignments</li>
1896         </ul> <em>Development and deployment</em>
1897         <ul>
1898           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1899           <li>Include installation type and git revision in build
1900             properties and console log output</li>
1901           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1902             storing BioJsMSA Templates</li>
1903           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1904         </ul></td>
1905       <td>
1906         <!-- <em>General</em>
1907         <ul>
1908         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1909         <ul>
1910           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1911           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1912           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1913             predictions are not highlighted in amber</li>
1914           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1915             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1916           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1917             associated structure views</li>
1918           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1919             width checkbox not enabled</li>
1920           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1921             creating user defined colours</li>
1922           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1923             mappings for just that viewer's sequences</li>
1924           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1925             multiple models in Chimera</li>
1926           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1927             over Jmol structure</li>
1928           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1929             output to text box</li>
1930           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1931             have incorrect sequence start/end</li>
1932           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1933             Jalview fails</li>
1934           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1935             work for nucleotide</li>
1936           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1937             to a grey/invisible alignment window</li>
1938           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1939             imports to different position</li>
1940           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1941             on some platforms</li>
1942           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1943             populated</li>
1944           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1945             console if Chimera has been opened</li>
1946           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1947           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1948             retrieved</li>
1949           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1950           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1951             either sequence shows on first structure</li>
1952           <li>'Show annotations' options should not make
1953             non-positional annotations visible</li>
1954           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1955             in right place after 'view flanking regions'</li>
1956           <li>File Save As type unset when current file format is
1957             unknown</li>
1958           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1959             projects</li>
1960           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1961             responsive</li>
1962           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1963             several views on same alignment</li>
1964           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1965           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1966             spaces</li>
1967         </ul> <em>Applet</em>
1968         <ul>
1969           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1970           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1971             descriptions containing angle brackets</li>
1972         </ul> <em>General</em>
1973         <ul>
1974           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1975             via jalview annotation file</li>
1976           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1977             with RNA secondary structure</li>
1978           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1979             translation doesn't work.</li>
1980           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1981           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1982             positions</li>
1983           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1984             choosing 1pt font</li>
1985           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1986             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1987             'h'</li>
1988           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1989             new feature</li>
1990           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1991             order dependent</li>
1992           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1993             sequences</li>
1994           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1995         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1996         <ul>
1997           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1998             www.jalview.org</li>
1999         </ul> <em>Application Known issues</em>
2000         <ul>
2001           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2002           <li>Misleading message appears after trying to delete
2003             solid column.</li>
2004           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2005             version launches</li>
2006           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2007             fails with a sequence mismatch</li>
2008           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2009             scrolling alignment to right</li>
2010           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2011             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2012           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2013             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2014           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2015             ultra-high resolution</li>
2016           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2017             quality and conservation</li>
2018           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2019             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2020         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2021         <ul>
2022           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2023           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2024             window is being resized</li>
2025
2026         </ul>
2027       </td>
2028     </tr>
2029     <tr>
2030       <td><div align="center">
2031           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2032         </div></td>
2033       <td><em>General</em>
2034         <ul>
2035           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2036             Certum.PL.</li>
2037           <li>Features and annotation preserved when performing
2038             pairwise alignment</li>
2039           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2040             imported/exported/displayed</li>
2041           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2042             protein secondary structure</li>
2043           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2044               post-hoc with 2.9 release</em>)
2045           </li>
2046
2047         </ul> <em>Application</em>
2048         <ul>
2049           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2050             with 3D structures</li>
2051           <li>Support for parsing RNAML</li>
2052           <li>Annotations menu for layout
2053             <ul>
2054               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2055               <li>place sequence annotation above/below alignment
2056                 annotation</li>
2057             </ul>
2058           <li>Output in Stockholm format</li>
2059           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2060             translation</li>
2061           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2062           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2063             shared between alignments</li>
2064           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2065             Jalview</li>
2066           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2067             all or current selection</li>
2068           <li>disorder and secondary structure predictions
2069             available as dataset annotation</li>
2070           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2071
2072
2073           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2074             alignments from Rfam</li>
2075           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2076
2077           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2078             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2079           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2080           <li>include installation type in build properties and
2081             console log output</li>
2082           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2083             annotation</li>
2084         </ul></td>
2085       <td>
2086         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2087         <ul>
2088           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2089             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2090           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2091             alignment</li>
2092           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2093           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2094           <li>Double click on sequence associated annotation
2095             selects only first column</li>
2096           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2097             leaves shown in tree</li>
2098           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2099             properly</li>
2100           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2101           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2102             screen and buttons not visible</li>
2103           <li>author list isn't updated if already written to
2104             Jalview properties</li>
2105           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2106             from database</li>
2107           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2108           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2109             browser search window</li>
2110           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2111             in feature settings dialog</li>
2112           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2113             desktop</li>
2114           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2115             pass validation</li>
2116           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2117             fit on screen</li>
2118           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2119             tooltip</li>
2120           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2121             defined user preset</li>
2122           <li>MSA web services warns user if they were launched
2123             with invalid input</li>
2124           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2125             Java 8</li>
2126           <li>
2127             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2128             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2129             created
2130           </li>
2131
2132         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2133         <ul>
2134         </ul> <em>General</em>
2135         <ul>
2136         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2137         <ul>
2138           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2139             memory allocation</li>
2140           <li>launchApp service doesn't automatically open
2141             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2142           <li>
2143             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2144             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2145             1.7_055 is available
2146           </li>
2147         </ul> <em>Application Known issues</em>
2148         <ul>
2149           <li>
2150             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2151             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2152             alignment to right
2153           </li>
2154           <li>
2155             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2156             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2157             with large number of ID
2158           </li>
2159           <li>
2160             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2161             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2162             start/end
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2166             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2167             structure tracks are rearranged
2168           </li>
2169           <li>
2170             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2171             invalid rna structure positional highlighting does not
2172             highlight position of invalid base pairs
2173           </li>
2174           <li>
2175             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2176             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2177             project from alignment window file menu
2178           </li>
2179           <li>
2180             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2181             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2182             structures
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2186             colour by RNA Helices not enabled when user created
2187             annotation added to alignment
2188           </li>
2189           <li>
2190             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2191             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2192           </li>
2193         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2194         <ul>
2195           <li>
2196             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2197             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2198           </li>
2199           <li>
2200             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2201             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2202           </li>
2203
2204           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2205             when selected</li>
2206         </ul>
2207       </td>
2208     </tr>
2209     <tr>
2210       <td><div align="center">
2211           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2212         </div></td>
2213       <td>
2214         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2215         <em>General</em>
2216         <ul>
2217           <li>Internationalisation of user interface (usually
2218             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2219           <li>Define/Undefine group on current selection with
2220             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2221           <li>Improved group creation/removal options in
2222             alignment/sequence Popup menu</li>
2223           <li>Sensible precision for symbol distribution
2224             percentages shown in logo tooltip.</li>
2225           <li>Annotation panel height set according to amount of
2226             annotation when alignment first opened</li>
2227         </ul> <em>Application</em>
2228         <ul>
2229           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2230             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2231           <li>Select columns containing particular features from
2232             Feature Settings dialog</li>
2233           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2234             sequences</li>
2235           <li>Update Jalview project format:
2236             <ul>
2237               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2238               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2239                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2240               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2241                 colouring</li>
2242             </ul>
2243           </li>
2244           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2245             (PAM250)</li>
2246           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2247             flanking regions for an alignment</li>
2248         </ul>
2249       </td>
2250       <td>
2251         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2252         <ul>
2253           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2254             running after job is cancelled</li>
2255           <li>cannot export features from alignments imported from
2256             Jalview/VAMSAS projects</li>
2257           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2258             float values</li>
2259           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2260             have 'display all symbols' flag set</li>
2261           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2262             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2263           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2264             Jalview</li>
2265           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2266             Lion/Webstart</li>
2267           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2268           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2269           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2270             alignment onto desktop</li>
2271           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2272             'extract scores' function</li>
2273           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2274             alignment window</li>
2275           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2276             performing IUPred disorder prediction</li>
2277           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2278             changing 'normalise logo' display setting</li>
2279           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2280             nothing matches query</li>
2281           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2282             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2283           </li>
2284           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2285             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2286           </li>
2287           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2288             Jalview's menu</li>
2289           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2290             'invalid literal/length code'</li>
2291           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2292             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2293           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2294             colourscheme</li>
2295
2296         </ul> <em>Applet</em>
2297         <ul>
2298           <li>Remove group option is shown even when selection is
2299             not a group</li>
2300           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2301             don't affect groups</li>
2302           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2303             colourscheme name</li>
2304           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2305             Annotation panel is not displayed</li>
2306           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2307             embedded windows</li>
2308         </ul> <em>Other</em>
2309         <ul>
2310           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2311             single sequence were not calculated</li>
2312           <li>annotation files that contain only groups imported as
2313             annotation and junk sequences</li>
2314           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2315             recognised as PFAM or BLC</li>
2316           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2317             doesn't affect background (2.8.0b1)
2318           <li></li>
2319           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2320           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2321             trailing gaps</li>
2322           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2323             registered correctly on import</li>
2324           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2325             certain alignments</li>
2326           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2327             existing annotation based 'use original colours'
2328             colourscheme loses original colours setting</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331     </tr>
2332     <tr>
2333       <td><div align="center">
2334           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2335             <em>30/1/2014</em></strong>
2336         </div></td>
2337       <td>
2338         <ul>
2339           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2340             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2341             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2342             open source project).
2343           </li>
2344           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2345           <li>Output in Stockholm format</li>
2346           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2347           <li>Export/import group and sequence associated line
2348             graph thresholds</li>
2349           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2350             ambiguity codes</li>
2351           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2352             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2353             works</li>
2354           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2355         </ul> <em>Other improvements</em>
2356         <ul>
2357           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2358           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2359             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2360           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2361             files</li>
2362           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2363           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2364             link but no description</li>
2365           <li>Select primary source when selecting authority in
2366             database fetcher GUI</li>
2367           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2368             Jalview</li>
2369           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2370         </ul>
2371       </td>
2372       <td>
2373         <ul>
2374           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2375             displayed</li>
2376           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2377             secondary structure annotation line</li>
2378           <li>Sequence database accessions not imported when
2379             fetching alignments from Rfam</li>
2380           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2381             identical IDs</li>
2382           <li>View all structures does not always superpose
2383             structures</li>
2384           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2385             reflect user or preset settings</li>
2386           <li>Null pointer exceptions for some services without
2387             presets or adjustable parameters</li>
2388           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2389             discover PDB xRefs</li>
2390           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2391             features with DAS</li>
2392           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2393             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2394           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2395             residue follows a gap</li>
2396           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2397             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2398           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2399             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2400           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2401             annotation already exists on alignment</li>
2402           <li>oninit javascript function should be called after
2403             initialisation completes</li>
2404           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2405             alignment window display</li>
2406           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2407           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2408             to annotation file</li>
2409           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2410             groups created</li>
2411           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2412             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2413           <li>Pressing return several times causes Number Format
2414             exceptions in keyboard mode</li>
2415           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2416             correct partitions for input data</li>
2417           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2418           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2419           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2420           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2421             mode</li>
2422           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2423             changes one row&#39;s threshold</li>
2424           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2425             doesn&#39;t open</li>
2426           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2427             quality histograms</li>
2428         </ul>
2429       </td>
2430     </tr>
2431     <tr>
2432       <td><div align="center">
2433           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2434         </div></td>
2435       <td><em>Application</em>
2436         <ul>
2437           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2438             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2439           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2440             preferences</li>
2441           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2442             in Jalview alignment window</li>
2443           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2444             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2445           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2446             RNA and ambiguity codes</li>
2447
2448           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2449           <li>Support fetching and database reference look up
2450             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2451             refs')</li>
2452           <li>Jalview project improvements
2453             <ul>
2454               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2455                 flag for annotation</li>
2456               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2457                 alignment</li>
2458               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2459                 Jalview project</li>
2460
2461             </ul>
2462           </li>
2463           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2464           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2465             running</li>
2466           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2467           <li>visual indication that web service results are still
2468             being retrieved from server</li>
2469           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2470             starts up for first time</li>
2471           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2472             services</li>
2473           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2474             client library</li>
2475           <li>Examples directory and Groovy library included in
2476             InstallAnywhere distribution</li>
2477         </ul> <em>Applet</em>
2478         <ul>
2479           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2480             visualization applet example</li>
2481         </ul> <em>General</em>
2482         <ul>
2483           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2484           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2485             defaults</li>
2486           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2487             calculation</li>
2488           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2489             matrices
2490           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2491             in HTML</li>
2492           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2493             structure contacts</li>
2494           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2495           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2496           <li>Parse sequence associated secondary structure
2497             information in Stockholm files</li>
2498           <li>HTML Export database accessions and annotation
2499             information presented in tooltip for sequences</li>
2500           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2501             style RNA alignment files</li>
2502           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2503             alignment</li>
2504           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2505             shade each sequence according to its associated alignment
2506             annotation</li>
2507           <li>New Jalview Logo</li>
2508         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2509         <ul>
2510           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2511           <li>New Website!</li>
2512         </ul></td>
2513       <td><em>Application</em>
2514         <ul>
2515           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2516             wsdbfetch REST service</li>
2517           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2518           <li>Filetype associations not installed for webstart
2519             launch</li>
2520           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2521             job execution in full once it is complete</li>
2522           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2523             uploaded via ali_file parameter</li>
2524           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2525           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2526           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2527             submitted for prediction</li>
2528           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2529             desktop window</li>
2530           <li>Putting fractional value into integer text box in
2531             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2532           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2533             windows 7</li>
2534           <li>View all structures fails with exception shown in
2535             structure view</li>
2536           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2537             escaped in a platform independent way</li>
2538           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2539             using proxy</li>
2540           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2541             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2542           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2543             failure when java web start temporary file caching is
2544             disabled</li>
2545           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2546             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2547           <li>Errors during processing of command line arguments
2548             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2549           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2550             DAS sources in sequence fetcher</li>
2551           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2552             dialog is shown</li>
2553           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2554           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2555           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2556           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2557             on OSX Mountain Lion</li>
2558           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2559             sequences with alignment annotation are pasted into the
2560             alignment</li>
2561           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2562             when loaded from Jalview project</li>
2563           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2564           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2565             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2566           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2567             associated with all views</li>
2568           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2569             annotation rows to new window</li>
2570         </ul> <em>Applet</em>
2571         <ul>
2572           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2573             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2574           <li>loading features via javascript API automatically
2575             enables feature display</li>
2576           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2577             work</li>
2578         </ul> <em>General</em>
2579         <ul>
2580           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2581           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2582             and then deselected</li>
2583           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2584           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2585             coloured with clustalx</li>
2586           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2587             exceptions and redraw errors</li>
2588           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2589             reconfigured view</li>
2590           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2591             colour</li>
2592           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2593             for lots of labels</li>
2594         </ul>
2595     </tr>
2596     <tr>
2597       <td>
2598         <div align="center">
2599           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2600         </div>
2601       </td>
2602       <td><em>Application</em>
2603         <ul>
2604           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2605           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2606           <li>View/alignment association menu to enable user to
2607             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2608             its colours/correspondences from</li>
2609           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2610           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2611             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2612           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2613           <li>Annotation row column label formatting attributes
2614             stored in project file</li>
2615           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2616             rows preserved in Jalview project file</li>
2617           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2618             saved using Desktop window menu</li>
2619           <li>Visual indication that command line arguments are
2620             still being processed</li>
2621           <li>Groovy script execution from URL</li>
2622           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2623             preferences</li>
2624           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2625             alignment with sequences that have high similarity and
2626             matching IDs</li>
2627           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2628           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2629             structures in same window</li>
2630           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2631           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2632             analysis function in its own submenu</li>
2633         </ul> <em>Applet</em>
2634         <ul>
2635           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2636             groups</li>
2637           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2638           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2639           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2640           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2641           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2642             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2643           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2644           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2645             parameters are treated as such</li>
2646           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2647             <ul>
2648               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2649               <li>Javascript callbacks for
2650                 <ul>
2651                   <li>Applet initialisation</li>
2652                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2653                 </ul>
2654               </li>
2655               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2656                 functions</li>
2657               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2658               <li>javascript structure viewer harness to pass
2659                 messages between Jmol and Jalview when running as
2660                 distinct applets</li>
2661               <li>sortBy method</li>
2662               <li>Set of applet and application examples shipped
2663                 with documentation</li>
2664               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2665                 javascript message exchange</li>
2666             </ul>
2667         </ul> <em>General</em>
2668         <ul>
2669           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2670             multiple alignments</li>
2671           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2672           <li>User configurable link to enable redirects to a
2673             www.Jalview.org mirror</li>
2674           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2675           <li>Configurable newline string when writing alignment
2676             and other flat files</li>
2677           <li>Allow alignment annotation description lines to
2678             contain html tags</li>
2679         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2680         <ul>
2681           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2682             examples</li>
2683           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2684             using a web service before displaying the result in the
2685             Jalview desktop</li>
2686           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2687           <li>Ant target to publish example html files with applet
2688             archive</li>
2689           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2690           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2691         </ul></td>
2692       <td><em>Application</em>
2693         <ul>
2694           <li>User defined colourscheme throws exception when
2695             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2696           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2697             dialog for valid filename/format</li>
2698           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2699           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2700             P37173</li>
2701           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2702             which sequence is to be associated with the file</li>
2703           <li>Find All raises null pointer exception when query
2704             only matches sequence IDs</li>
2705           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2706           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2707             2.4 cannot be loaded</li>
2708           <li>Filetype associations not installed for webstart
2709             launch</li>
2710           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2711             with sequences in different alignments do not get coloured
2712             by their associated sequence</li>
2713           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2714             not preserved when project is loaded</li>
2715           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2716             stored in Jalview project</li>
2717           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2718             Jalview project</li>
2719           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2720           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2721             by conservation</li>
2722           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2723             created on new view</li>
2724           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2725             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2726           <li>Alignment quality not updated after alignment
2727             annotation row is hidden then shown</li>
2728           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2729             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2730           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2731             properly</li>
2732           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2733             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2734           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2735           <li>Structures imported from file and saved in project
2736             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2737           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2738             job execution in full once it is complete</li>
2739         </ul> <em>Applet</em>
2740         <ul>
2741           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2742             annotation rows are displayed</li>
2743           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2744             codebase</li>
2745           <li>View follows highlighting does not work for positions
2746             in sequences</li>
2747           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2748           <li>Export features raises exception when no features
2749             exist</li>
2750           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2751             for javascript api is modified when separator string
2752             provided as parameter</li>
2753           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2754             alignment with no existing selection</li>
2755           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2756             to applet&#39;s codebase</li>
2757           <li>Status bar not updated after finished searching and
2758             search wraps around to first result</li>
2759           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2760             several Jalview applets causes race conditions and memory
2761             leaks</li>
2762           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2763             not sent from Jmol in applet</li>
2764           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2765             applet API fatally hang browser</li>
2766         </ul> <em>General</em>
2767         <ul>
2768           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2769             position with wrapped view and hidden regions</li>
2770           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2771             with/without hidden columns</li>
2772           <li>Sequence length given in alignment properties window
2773             is off by 1</li>
2774           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2775             import PDB like structure files</li>
2776           <li>Positional search results are only highlighted
2777             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2778           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2779           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2780             given sequence position</li>
2781           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2782             output</li>
2783           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2784             from nucleotide chains correctly</li>
2785           <li>Structure colours not updated when tree partition
2786             changed in alignment</li>
2787           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2788             parsed in interleaved stockholm</li>
2789           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2790             state</li>
2791           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2792             properly</li>
2793           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2794             properly associated with their pdb files</li>
2795         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2796         <ul>
2797           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2798             ApplyCopyright tool</li>
2799         </ul></td>
2800     </tr>
2801     <tr>
2802       <td>
2803         <div align="center">
2804           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2805         </div>
2806       </td>
2807       <td><em>Application</em>
2808         <ul>
2809           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2810             contact web services</li>
2811           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2812             service job window</li>
2813           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2814         </ul></td>
2815       <td>
2816         <ul>
2817           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2818             pir file emitted by Jalview</li>
2819           <li>Existing feature settings transferred to new
2820             alignment view created from cut'n'paste</li>
2821           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2822             parsing PDB files</li>
2823           <li>Consensus and conservation annotation rows
2824             occasionally become blank for all new windows</li>
2825           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2826             in wrapped view mode</li>
2827         </ul> <em>Application</em>
2828         <ul>
2829           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2830             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2831           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2832             parameter names</li>
2833           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2834             is down</li>
2835         </ul>
2836       </td>
2837     </tr>
2838     <tr>
2839       <td>
2840         <div align="center">
2841           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2842         </div>
2843       </td>
2844       <td><em>Application</em>
2845         <ul>
2846           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2847             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2848             (JABAWS)
2849           </li>
2850           <li>Web Services preference tab</li>
2851           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2852             preferences</li>
2853           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2854           <li>Superpose structures using associated sequence
2855             alignment</li>
2856           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2857             viewer</li>
2858         </ul> <em>Applet</em>
2859         <ul>
2860           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2861             link out mechanism</li>
2862         </ul> <em>Other</em>
2863         <ul>
2864           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2865             series 12</li>
2866           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2867             require Java 1.5</li>
2868           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2869             sequence annotation files</li>
2870           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2871             type colour specification</li>
2872           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2873             script to check if it being run in an interactive session or
2874             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2875         </ul></td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2879             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2880         </ul> <em>Application</em>
2881         <ul>
2882           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2883             selected Regions menu item</li>
2884           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2885             part of a valid accession ID</li>
2886           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2887             runs out of memory</li>
2888           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2889             analysis results</li>
2890           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2891             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2892           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2893         </ul> <em>Applet</em>
2894         <ul>
2895           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2896             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2897             defined.</li>
2898         </ul>
2899       </td>
2900     </tr>
2901     <tr>
2902       <td>
2903         <div align="center">
2904           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2905         </div>
2906       </td>
2907       <td></td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2911             sequence IDs</li>
2912           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2913             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2914           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2915             import correctly</li>
2916           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2917             number of columns are hidden</li>
2918           <li>annotation label popup menu not providing correct
2919             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2920             present</li>
2921           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2922             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2923           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2924             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2925
2926         </ul> <em>Applet</em>
2927         <ul>
2928           <li>annotation panel disappears when annotation is
2929             hidden/removed</li>
2930         </ul> <em>Application</em>
2931         <ul>
2932           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2933             alignment opened where annotation panel is visible but no
2934             annotations are present on alignment</li>
2935           <li>pasted region containing hidden columns is
2936             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2937           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2938             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2939           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2940             selected Rregions menu item.</li>
2941           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2942             'Un' or 'Non'conserved</li>
2943           <li>Sequence feature settings are being shared by
2944             multiple distinct alignments</li>
2945           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2946             changed</li>
2947           <li>double click on group annotation to select sequences
2948             does not propagate to associated trees</li>
2949           <li>Mac OSX specific issues:
2950             <ul>
2951               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2952                 window background</li>
2953               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2954                 name set correctly</li>
2955               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2956                 save feature colourscheme button</li>
2957             </ul>
2958           </li>
2959         </ul>
2960       </td>
2961     </tr>
2962     <tr>
2963
2964       <td>
2965         <div align="center">
2966           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2967         </div>
2968       </td>
2969       <td><em>New Capabilities</em>
2970         <ul>
2971           <li>URL links generated from description line for
2972             regular-expression based URL links (applet and application)
2973
2974           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2975             menu</li>
2976           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2977             structures</li>
2978           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2979             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2980           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2981             average score or total feature count for each sequence.</li>
2982           <li>Shading features by score or associated description</li>
2983           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2984             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2985           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2986             hide everything but the currently selected region.</li>
2987           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2988         </ul> <em>Application</em>
2989         <ul>
2990           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2991             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2992           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2993             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2994           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2995             database references and protein_name is parsed as
2996             description line (BioSapiens terms).</li>
2997           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2998             references in sequence ID tooltip from View menu in
2999             application.</li>
3000           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3001       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3002           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3003             conservation plots</li>
3004           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3005             and visualized as sequence logos</li>
3006           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3007             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3008           </li>
3009           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3010             when a new tree is opened.</li>
3011           <li>Jalview Java Console</li>
3012           <li>Better placement of desktop window when moving
3013             between different screens.</li>
3014           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3015             consensus annotation</li>
3016           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3017             Workflows</li>
3018           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3019             <ul>
3020               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3021                 used to preserve views, structures, and tree display
3022                 settings)</li>
3023               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3024                 command line</li>
3025               <li>Sharing of selected regions between views and
3026                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3027               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3028             </ul></li>
3029         </ul> <em>Applet</em>
3030         <ul>
3031           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3032           <li>New Parameters
3033             <ul>
3034               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3035                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3036                 opened.</li>
3037               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3038                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3039               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3040                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3041               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3042                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3043                 view</li>
3044               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3045                 increase the height or width of a cell in the alignment
3046                 grid relative to the current font size.</li>
3047             </ul>
3048           </li>
3049           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3050             tooltip</li>
3051         </ul> <em>Other</em>
3052         <ul>
3053           <li>Features format: graduated colour definitions and
3054             specification of feature scores</li>
3055           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3056             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3057             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3058           <li>XML formats extended to support graduated feature
3059             colourschemes, group associated annotation, and profile
3060             visualization settings.</li></td>
3061       <td>
3062         <ul>
3063           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3064             rather than description</li>
3065           <li>Non-positional features are now included in sequence
3066             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3067             visibility in tooltip).</li>
3068           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3069           <li>Added URL embedding instructions to features file
3070             documentation.</li>
3071           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3072             'X' in peptide product</li>
3073           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3074             sequence ID and sequence string and query strings do not
3075             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3076           <li>AMSA files only contain first column of
3077             multi-character column annotation labels</li>
3078           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3079             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3080             exported and re-imported)</li>
3081           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3082             name</li>
3083           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3084             as subsequence matches, and correctly reports total number
3085             of both.</li>
3086           <li>Application:
3087             <ul>
3088               <li>Better handling of exceptions during sequence
3089                 retrieval</li>
3090               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3091                 link text excludes the start_end suffix</li>
3092               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3093                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3094               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3095               <li>Sequence description lines properly shared via
3096                 VAMSAS</li>
3097               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3098                 data sources</li>
3099               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3100                 completes before alignment figures are generated.</li>
3101               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3102                 first time.</li>
3103               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3104                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3105               <li>User defined group colours properly recovered
3106                 from Jalview projects.</li>
3107             </ul>
3108           </li>
3109         </ul>
3110       </td>
3111
3112     </tr>
3113     <tr>
3114       <td>
3115         <div align="center">
3116           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3117         </div>
3118       </td>
3119       <td>
3120         <ul>
3121           <li>Experimental support for google analytics usage
3122             tracking.</li>
3123           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3124         </ul>
3125       </td>
3126       <td>
3127         <ul>
3128           <li>Race condition in applet preventing startup in
3129             jre1.6.0u12+.</li>
3130           <li>Exception when feature created from selection beyond
3131             length of sequence.</li>
3132           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3133           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3134             all sequences with a given id</li>
3135           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3136             ID string searches</li>
3137           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3138             alignment to fail with exception</li>
3139         </ul> <em>Application Issues</em>
3140         <ul>
3141           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3142           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3143             data sources</li>
3144         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3145         <ul>
3146           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3147             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3148           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3149             version (java class versioning error fixed)</li>
3150         </ul>
3151       </td>
3152     </tr>
3153     <tr>
3154       <td>
3155
3156         <div align="center">
3157           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3158         </div>
3159       </td>
3160       <td><em>User Interface</em>
3161         <ul>
3162           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3163             translation and protein products</li>
3164           <li>Linked highlighting of structure associated with
3165             residue mapping to codon position</li>
3166           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3167             and 'clear' button</li>
3168           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3169             Tools menu</li>
3170           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3171             numeric data in description line</li>
3172           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3173           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3174             of sequence</li>
3175         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3176         <ul>
3177           <li>JPred3 web service</li>
3178           <li>Prototype sequence search client (no public services
3179             available yet)</li>
3180           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3181             PFAM</li>
3182           <li>URL Links created for matching database cross
3183             references as well as sequence ID</li>
3184           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3185         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3186         <ul>
3187           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3188             databases</li>
3189           <li>Generalised database reference retrieval and
3190             validation to all fetchable databases</li>
3191           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3192             sequence command</li>
3193         </ul> <em>Import and Export</em>
3194         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3195         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3196           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3197         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3198           File</li>
3199         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3200           triplet as name of colourscheme</li>
3201         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3202         <ul>
3203           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3204           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3205             alignments (experimental)</li>
3206           <li>Create new or select existing session to join</li>
3207           <li>load and save of vamsas documents</li>
3208         </ul> <em>Application command line</em>
3209         <ul>
3210           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3211             from applet)</li>
3212           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3213             of DAS servers to query for alignment features</li>
3214           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3215             that are also automatically queried for features</li>
3216           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3217             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3218         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3219         <ul>
3220           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3221             application (when using &quot;View in full
3222             application&quot;)</li>
3223         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3224         <ul>
3225           <li>feature group display control parameter</li>
3226           <li>debug parameter</li>
3227           <li>showbutton parameter</li>
3228         </ul> <em>Applet API methods</em>
3229         <ul>
3230           <li>newView public method</li>
3231           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3232           <li>Feature display control methods</li>
3233           <li>get list of currently selected sequences</li>
3234         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3235         <ul>
3236           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3237           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3238             Jalview release.</li>
3239           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3240             property controls execution of obfuscator</li>
3241           <li>Build target for generating source distribution</li>
3242           <li>Debug flag for javacc</li>
3243           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3244             jalview.bin.Cache</li>
3245           <li>Continuous Build Integration for stable and
3246             development version of Application, Applet and source
3247             distribution</li>
3248         </ul></td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>selected region output includes visible annotations
3252             (for certain formats)</li>
3253           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3254             for editing</li>
3255           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3256           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3257           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3258           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3259             comments</li>
3260           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3261             filenames containing a ':'</li>
3262           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3263             global sequence features</li>
3264           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3265             references from alignment sequences goes to zero</li>
3266           <li>Close of tree branch colour box without colour
3267             selection causes cascading exceptions</li>
3268           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3269           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3270             file parsing fails.</li>
3271           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3272           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3273             not a valid output format</li>
3274           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3275             vamsas</li>
3276           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3277           <li>error messages passed up and output when data read
3278             fails</li>
3279           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3280             sequence is edited</li>
3281           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3282             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3283           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3284             filetype</li>
3285           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3286             import fixed for PFAM records</li>
3287           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3288             window list</li>
3289           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3290             can be read and written correctly to annotation file</li>
3291           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3292             correctly</li>
3293           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3294             non-italic font for representatives in Applet</li>
3295           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3296             Macs.</li>
3297           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3298             Applet)</li>
3299           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3300             due to null pointer exceptions</li>
3301           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3302             first column of alignment</li>
3303           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3304             July 2008</li>
3305           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3306             file is case-insensitive</li>
3307           <li>Sequence features read from Features file appended to
3308             all sequences with matching IDs</li>
3309           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3310             containing a sub-sequence</li>
3311           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3312           <li>feature and annotation file applet parameters
3313             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3314           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3315           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3316             splash-screen version check to complete</li>
3317           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3318             when passing them to the launchApp service</li>
3319           <li>display name and local features preserved in results
3320             retrieved from web service</li>
3321           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3322             sequence fetcher initialisation</li>
3323           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3324             dasobert DAS client</li>
3325           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3326             association</li>
3327           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3328             sequences
3329           </li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332     </tr>
3333     <tr>
3334       <td>
3335         <div align="center">
3336           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3337         </div>
3338       </td>
3339       <td>
3340         <ul>
3341           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3342           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3343           <li>Slide sequences</li>
3344           <li>Edit sequence in place</li>
3345           <li>EMBL CDS features</li>
3346           <li>DAS Feature mapping</li>
3347           <li>Feature ordering</li>
3348           <li>Alignment Properties</li>
3349           <li>Annotation Scores</li>
3350           <li>Sort by scores</li>
3351           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354       <td>
3355         <ul>
3356           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3357           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3358           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3359           <li>Feature group display state in XML</li>
3360           <li>Feature ordering in XML</li>
3361           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3362           <li>Stockholm alignment properties</li>
3363           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3364           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3365           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3366           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Non standard characters can be read and displayed
3380           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3381             applet via textbox
3382           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3383             name &amp; description
3384           <li>Preference setting to display sequence name in
3385             italics
3386           <li>Annotation file format extended to allow
3387             Sequence_groups to be defined
3388           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3389             specified in preferences
3390           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3391             sequences
3392         </ul>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3397             installed
3398           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3399           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3400         </ul>
3401       </td>
3402     </tr>
3403     <tr>
3404       <td>
3405         <div align="center">
3406           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3407         </div>
3408       </td>
3409       <td>
3410         <ul>
3411           <li>Multiple views on alignment
3412           <li>Sequence feature editing
3413           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3414           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3415           <li>Background dependent text colour
3416           <li>Right align sequence ids
3417           <li>User-defined lower case residue colours
3418           <li>Format Menu
3419           <li>Select Menu
3420           <li>Menu item accelerator keys
3421           <li>Control-V pastes to current alignment
3422           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3423           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3424           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3425
3426           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3427         </ul>
3428       </td>
3429       <td>
3430         <ul>
3431           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3432           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3433             calculations
3434           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3435             edits
3436           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3437             of alignment)
3438           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3439
3440           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3441             display correctly
3442           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3443           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3444             analysis results
3445           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3446             &#8739;
3447           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3448           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3449           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3450
3451         </ul>
3452       </td>
3453     </tr>
3454     <tr>
3455       <td>
3456         <div align="center">
3457           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3458         </div>
3459       </td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3463         </ul>
3464       </td>
3465       <td>
3466         <ul>
3467           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3468             sequence id panel has been resized</li>
3469           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3470             rendered</li>
3471           <li>Annotation files with sequence references - all
3472             elements in file are relative to sequence position</li>
3473           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td>
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3486           <li>DAS Feature fetching</li>
3487           <li>Hide sequences and columns</li>
3488           <li>Export Annotations and Features</li>
3489           <li>GFF file reading / writing</li>
3490           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3491             files</li>
3492           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3493           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3494           <li>Applet can launch the full application</li>
3495           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3496             required)</li>
3497           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3498           <li>Applet can load sequences from parameter
3499             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3500           </li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3506           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3507           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510     </tr>
3511     <tr>
3512       <td>
3513         <div align="center">
3514           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3515         </div>
3516       </td>
3517       <td>
3518         <ul>
3519           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3520           <li>Choose to match case when searching</li>
3521           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3522             expand the visible width and height of the alignment</li>
3523         </ul>
3524       </td>
3525       <td>
3526         <ul>
3527           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530     </tr>
3531     <tr>
3532       <td>
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td>&nbsp;</td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3541           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3542             value</li>
3543         </ul>
3544       </td>
3545     </tr>
3546     <tr>
3547       <td>
3548         <div align="center">
3549           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3550         </div>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3555           <li>Keyboard editing</li>
3556           <li>Create sequence features from searches</li>
3557           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3558             alignments</li>
3559           <li>Features file allows grouping of features</li>
3560           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3561           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3562           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3568           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3569             descriptions saved.</li>
3570         </ul>
3571       </td>
3572     </tr>
3573     <tr>
3574       <td>
3575         <div align="center">
3576           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3577         </div>
3578       </td>
3579       <td>
3580         <ul>
3581           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3582           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3583           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3584             name for file output</li>
3585           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3586           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3587             used for HTML form input</li>
3588         </ul>
3589       </td>
3590       <td>
3591         <ul>
3592           <li>HTML output writes groups and features</li>
3593           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3594           <li>File IO bugs</li>
3595         </ul>
3596       </td>
3597     </tr>
3598     <tr>
3599       <td>
3600         <div align="center">
3601           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3602         </div>
3603       </td>
3604       <td>
3605         <ul>
3606           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3607           <li>More options for PCA viewer</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>GUI bugs resolved</li>
3613           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3614         </ul>
3615       </td>
3616     </tr>
3617     <tr>
3618       <td height="63">
3619         <div align="center">
3620           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3621         </div>
3622       </td>
3623       <td>
3624         <ul>
3625           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3626           <li>Jar files are executable</li>
3627           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3628         </ul>
3629       </td>
3630       <td>
3631         <ul>
3632           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3633           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3634           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3635         </ul>
3636       </td>
3637     </tr>
3638     <tr>
3639       <td>
3640         <div align="center">
3641           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3642         </div>
3643       </td>
3644       <td>
3645         <ul>
3646           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3647         </ul>
3648       </td>
3649       <td>
3650         <ul>
3651           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3652         </ul>
3653       </td>
3654     </tr>
3655     <tr>
3656       <td>
3657         <div align="center">
3658           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3659         </div>
3660       </td>
3661       <td>
3662         <ul>
3663           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3664             size</li>
3665         </ul>
3666       </td>
3667       <td>
3668         <ul>
3669           <li>Improved JPred client reliability</li>
3670           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3671         </ul>
3672       </td>
3673     </tr>
3674     <tr>
3675       <td>
3676         <div align="center">
3677           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3678         </div>
3679       </td>
3680       <td>
3681         <ul>
3682           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3683           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3684           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3685             to Colour Menu</li>
3686           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3687           <li>Unix users can set default web browser</li>
3688           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3689           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3690         </ul>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3695         </ul>
3696       </td>
3697     </tr>
3698     <tr>
3699       <td>
3700         <div align="center">
3701           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3702         </div>
3703       </td>
3704       <td>&nbsp;</td>
3705       <td>
3706         <ul>
3707           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3708             alignment order.</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711     </tr>
3712     <tr>
3713       <td>
3714         <div align="center">
3715           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3716         </div>
3717       </td>
3718       <td>
3719         <ul>
3720           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3721           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3722           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3723             annotations.</li>
3724           <li>Version and build date written to build properties
3725             file.</li>
3726           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3727             at launch of Jalview.</li>
3728         </ul>
3729       </td>
3730       <td>
3731         <ul>
3732           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3733           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3734           <li>Can remove groups one by one.</li>
3735           <li>Filechooser icons installed.</li>
3736           <li>Finder ignores return character when searching.
3737             Return key will initiate a search.<br>
3738           </li>
3739         </ul>
3740       </td>
3741     </tr>
3742     <tr>
3743       <td>
3744         <div align="center">
3745           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3746         </div>
3747       </td>
3748       <td>
3749         <ul>
3750           <li>New codebase</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753       <td>&nbsp;</td>
3754     </tr>
3755   </table>
3756   <p>&nbsp;</p>
3757 </body>
3758 </html>