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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  81               for disabling automatic superposition of multiple
  82               structures and open structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features (particularly when transparency is disabled)
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 120               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 121               UTR
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 125               factor annotation not added to sequence when local PDB
 126               file associated with it by drag'n'drop or structure
 127               chooser
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 131               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 135               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 139               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 143               columns in annotation row
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 147               honored in batch mode
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 151               for structures added to existing Jmol view
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 155               entries after importing project with multiple views
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 159               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 160               with negative residue numbers or missing residues fails
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 164               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 165               as generated by CONSURF)
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 169               tooltip doesn't include a text description of mutation
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 173               structure and/or overview windows are also shown
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 177               very slow for alignments with large numbers of sequences
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 181               with 'StringIndexOutOfBounds'
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 185               platforms running Java 10
 186             </li>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 189               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 190             </li>
 191           </ul>
 192           <em>Applet</em>
 193           <ul>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 196               should copy the group consensus when popup is opened on it
 197             </li>
 198           </ul>
 199           <em>Batch Mode</em>
 200           <ul>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 203           </li>
 204           </ul>
 205           <em>New Known Defects</em>
 206           <ul>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 209               editing a large alignment and overview is displayed
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 213               repeatedly after a series of edits even when the overview
 214               is no longer reflecting updates
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 218               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 219               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 220               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 221             </li>
 222           </ul>
 223         </div>
 224           </td>
 225     </tr>
 226     <tr>
 227       <td width="60" nowrap>
 228         <div align="center">
 229           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 230         </div>
 231       </td>
 232       <td><div align="left">
 233           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 234               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 235       <td><div align="left">
 236           <em>Desktop</em><ul>
 237           <ul>
 238             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 239             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 240             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 241             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 242             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 243             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 244             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 245           </ul>
 246           </div>
 247       </td>
 248     </tr>
 249     <tr>
 250       <td width="60" nowrap>
 251         <div align="center">
 252           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 253         </div>
 254       </td>
 255       <td><div align="left">
 256           <em></em>
 257           <ul>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 260               rendering of sequence features
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 264               429 rate limit request hander
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 268               their colours have changed
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 272               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 276               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 280               view from Ensembl locus cross-references
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 284               Alignment report
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 288               feature can be disabled
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 292               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 296               Uniprot
 297             </li>
 298           </ul>
 299           <em>Scripting</em>
 300           <ul>
 301             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 302             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 303               percent identity scores for current alignment.</li>
 304           </ul>
 305           <em>Testing and Deployment</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 309             </li>
 310           </ul>
 311         </div></td>
 312       <td><div align="left">
 313           <em>General</em>
 314           <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 317               threshold text field doesn't trigger an update to the
 318               alignment view
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 322               strings in parallel
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 326               alignment window is closed
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 330               group visibility
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 334               takes a long time in Cursor mode
 335             </li>
 336           </ul>
 337           <em>Desktop</em>
 338           <ul>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 341               cannot be viewed in Chimera
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 345               CDS/Protein view
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 349               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 350               Search Dialogs
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 360               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 364               scrolling right in unwapped alignment view
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 368               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 369               database
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 373               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 377               features of same type and group to be selected for
 378               amending
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 382               alignments when hidden columns are present
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 386               displaying several structures
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 390               moving a window
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 394               within the Jalview desktop on OSX
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 398               when in wrapped alignment mode
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 402               hand end of alignment
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 406               each selected sequence do not have correct start/end
 407               positions
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 411               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 415               restoring project until a new view is created
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 419               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 420               configured (since 2.10.2b2)
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 424               position is adjusted
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 428               in a multi-chain structure when viewing alignment
 429               involving more than one chain (since 2.10)
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 433               if new selection moves alignment window
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 437               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 441               that produces correctly annotated transcripts and products
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 445               doesn't update associated structure view
 446             </li>
 447           </ul>
 448           <em>Applet</em><br />
 449           <ul>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 452               closing alignment panel
 453             </li>
 454           </ul>
 455           <em>BioJSON</em><br />
 456           <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 459               non-positional features
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>New Known Issues</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 466               sequence features correctly (for many previous versions of
 467               Jalview)
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 471               using cursor in wrapped panel other than top
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 475               graduated colour threshold
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 479               always preserve numbering and sequence features
 480             </li>
 481           </ul>
 482           <em>Known Java 9 Issues</em>
 483           <ul>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 486               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 487               9.01, OSX 10.10)
 488             </li>
 489           </ul>
 490         </div></td>
 491     </tr>
 492     <tr>
 493       <td width="60" nowrap>
 494         <div align="center">
 495           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 496             <em>2/10/2017</em></strong>
 497         </div>
 498       </td>
 499       <td><div align="left">
 500           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 504             </li>
 505             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 506             </li>
 507           </ul>
 508         </div></td>
 509       <td><div align="left">
 510         </div></td>
 511     </tr>
 512     <tr>
 513       <td width="60" nowrap>
 514         <div align="center">
 515           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 516             <em>7/9/2017</em></strong>
 517         </div>
 518       </td>
 519       <td><div align="left">
 520           <em></em>
 521           <ul>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 524               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 525               white)
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 529               Preferences
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 533               in size and progress bar shown as higher resolution
 534               overview is recalculated
 535             </li>
 536
 537           </ul>
 538         </div></td>
 539       <td><div align="left">
 540           <em></em>
 541           <ul>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 544               column region row by row
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 548               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 552               format setting is unticked
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 556               if group has show boxes format setting unticked
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 560               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 561               include sequences and columns not currently displayed
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 565               assemblies are imported via CIF file
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 569               displayed when threshold or conservation colouring is also
 570               enabled.
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 574               server version
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 578               dragging a selected region off the visible region of the
 579               alignment
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 583               colourscheme to all groups in a view
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 587               initially after font size change using the Font chooser or
 588               middle-mouse zoom
 589             </li>
 590           </ul>
 591         </div></td>
 592     </tr>
 593     <tr>
 594       <td width="60" nowrap>
 595         <div align="center">
 596           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 597         </div>
 598       </td>
 599       <td><div align="left">
 600           <em>Calculations</em>
 601           <ul>
 602
 603             <li>
 604               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 605               ungapped positions in each column of the alignment.
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 609               a calculation dialog box
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 613               and memory efficiency (~30x faster)
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 617               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 618               and other calculations
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 622               files within the Jalview codebase
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 626               Similarity may have different topology due to increased
 627               precision
 628             </li>
 629           </ul>
 630           <em>Rendering</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 634               model for alignments and groups
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 638               scripts
 639             </li>
 640           </ul>
 641           <em>Overview</em>
 642           <ul>
 643             <li>
 644               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 645               with alignment and overview windows
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 649               overview
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 653               omitted in Overview
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 657               adjustment of visible position
 658             </li>
 659           </ul>
 660
 661           <em>Data import/export</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 665               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 669               annotation input/output via stockholm flatfile
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 673               extension when importing structure files without embedded
 674               names or PDB accessions
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 678               format sequence substitution matrices
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>User Interface</em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 685               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 686               the application.
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 690               via Overview or sequence motif search operations
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 694               opened by double clicking gaps within sequence feature
 695               extent
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 699               aligned positions were available to create a 3D structure
 700               superposition.
 701             </li>
 702           </ul>
 703           <em>3D Structure</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 707               coloured in linked structure views
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 711               file-based command exchange
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 715               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 716               structures are already available for sequences
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 720               the Jalview project rather than downloaded again when the
 721               project is reopened.
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 725               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 726               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 727                 Feature</strong>)
 728             </li>
 729           </ul>
 730           <em>Web Services</em>
 731           <ul>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 737               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 738               Analysis services
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 742               cross-references provided by identifiers.org and the
 743               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 744             </li>
 745           </ul>
 746
 747           <em>Scripting</em>
 748           <ul>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 751               identifying file formats (instead of String constants)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 755               efficiency when counting all displayed features (not
 756               backwards compatible with 2.10.1)
 757             </li>
 758           </ul>
 759           <em>Example files</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 763               included in the example feature file
 764             </li>
 765           </ul>
 766           <em>Documentation</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 770               with the built-in Java help viewer
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 774               sequence description' option
 775             </li>
 776           </ul>
 777           <em>Test Suite</em>
 778           <ul>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 781               Uniprot REST Free Text Search Client
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 788               during tests
 789             </li>
 790           </ul>
 791         </div></td>
 792       <td><div align="left">
 793           <em>Calculations</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 797               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 798               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 799             </li>
 800             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 801               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 802               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 803               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 804               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 805               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 806               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 807               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 808               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 809               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 810               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 811               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 812               // for 2.10.1 mode <br />
 813               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 814               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 815                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 816                 calculations (not recommended)</em></li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 819               scaling of branch lengths for trees computed using
 820               Sequence Feature Similarity.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 824               generating output report when working with highly
 825               redundant alignments
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 829               right of selected region when gaps present on right-hand
 830               boundary
 831             </li>
 832           </ul>
 833           <em>User Interface</em>
 834           <ul>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 837               doesn't reselect a specific sequence's associated
 838               annotation after it was used for colouring a view
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 842               opened on a region of alignment without groups
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 846               of an alignment with overlapping groups
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 850               name and description match
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 854               hidden regions results in incorrect hidden regions
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 858               changing colour does not apply Conservation slider value
 859               to all groups
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 863               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 867               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 871               gaps before start of features
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 875               restored to UI when feature colour is edited
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 879               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 883               as graduate feature colour settings are modified via the
 884               dialog box
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 888               when a group defined on the alignment is resized
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 892               wrapped view result in positional status updates
 893             </li>
 894
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 897               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 901               alignment included gapped columns
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 905               widgets don't permanently disappear
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 909               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 910               T-Coffee column reliability scores)
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 914               sequence feature on gaps only
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 918               button from a Find inherit previously defined feature type
 919               rather than the Find query string
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 923               exporting tree calculated in Jalview
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 927               and then revealing them reorders sequences on the
 928               alignment
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 932               doesn't update to reflect available set of groups after
 933               interactively adding or modifying features
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 937               Linux
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 941               only excluded gaps in current sequence and ignored
 942               selection.
 943             </li>
 944           </ul>
 945           <em>Rendering</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 949               erratically when hidden rows or columns are present
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 953               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 954               sequence colouring
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 958               colour and group colour menu for protein alignments
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 962               reflect currently selected view or group's shading
 963               thresholds
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 967               when rendered on overview and structures when opacity at
 968               100%
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 972               overview when features overlaid on alignment
 973             </li>
 974           </ul>
 975           <em>Data import/export</em>
 976           <ul>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 979               load
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 983               added after a sequence was imported are not written to
 984               Stockholm File
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 988               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 992               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 996               with lightGray or darkGray via features file (but can
 997               specify lightgray)
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1001               when alignment view imported from project
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1005               structure and sequences extracted from structure files
1006               imported via URL and viewed in Jmol
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1010               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1011               the project is loaded and the structure viewed
1012             </li>
1013           </ul>
1014           <em>Web Services</em>
1015           <ul>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1018               release of Ensembl v.88
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1022               appear enabled in Preferences->Connections
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1026               removed from console output
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1030               Ensembl by Peptide ID
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1034               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1035               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1036               due to 'null' string rather than empty string used for
1037               residues with no corresponding PDB mapping).
1038             </li>
1039           </ul>
1040           <em>Application UI</em>
1041           <ul>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1044               menu
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1048               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1049               new documentation and tooltips added)
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1053               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1057               new features are added to alignment
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1061               changes to feature colours via the Amend features dialog
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1065               edit graduated feature colour via amend features dialog
1066               box
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1070               selection menu changes colours of alignment views
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1074               from alignment calculation workers after alignment has
1075               been closed
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1079               groups now 'Create Group'
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1083               Create/Undefine group doesn't always work
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1087               shown again after pressing 'Cancel'
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1091               adjusts start position in wrap mode
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1095               ambiguous amino acids
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1099               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1100               proteins
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1104               Defined' don't appear in Colours menu
1105             </li>
1106           </ul>
1107           <em>Applet</em>
1108           <ul>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1111               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1115               overview or linked structure view
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1119               work (since 2.8)
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1123               user-defined colourscheme doesn't restore original
1124               colourscheme
1125             </li>
1126           </ul>
1127           <em>Test Suite</em>
1128           <ul>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1131               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1135               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1136               problems with deep array comparison equality asserts in
1137               successive versions of TestNG
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1141               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1142             </li>
1143           </ul>
1144           <em>New Known Issues</em>
1145           <ul>
1146             <li>
1147               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1148               phase after a sequence motif find operation
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1152               containing just upper and lower case letters are
1153               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1157               reliably from eggnog Ortholog database
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1161               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1162               to mark columns containing highlighted regions.
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1166               doesn't always add secondary structure annotation.
1167             </li>
1168           </ul>
1169         </div>
1170     <tr>
1171       <td width="60" nowrap>
1172         <div align="center">
1173           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1174         </div>
1175       </td>
1176       <td><div align="left">
1177           <em>General</em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1181               for all consensus calculations
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1185               3rd Oct 2016)
1186             </li>
1187             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1188               for 2016-2017</li>
1189           </ul>
1190           <em>Application</em>
1191           <ul>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1194               set of database cross-references, sorted alphabetically
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1198               from database cross references. Users with custom links
1199               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1200                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1204               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1205               Chimera session
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1209               the Chimera it is connected to is shut down
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1213               columns menu item to mark columns containing highlighted
1214               regions (e.g. from structure selections or results of a
1215               Find operation)
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1219               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1220               MSAviewer
1221             </li>
1222           </ul>
1223         </div></td>
1224       <td>
1225         <div align="left">
1226           <em>General</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1230               are not coloured or thresholded according to percent
1231               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1235               hydrophobic
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1239               threshold, amino acid properties)
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1243               reported as mapped to residues in a structure file in the
1244               View Mapping report
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1248               could be added multiple times to a sequence
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1252               bond features shown as two highlighted residues rather
1253               than a range in linked structure views, and treated
1254               correctly when selecting and computing trees from features
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1258               cross-references are matched to database name regardless
1259               of case
1260             </li>
1261
1262           </ul>
1263           <em>Application</em>
1264           <ul>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1267               names without regular expressions also offer links from
1268               Sequence ID
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1272               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1273               update Jalview configuration
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1277               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1281               files with similarly named sequences if dropped onto the
1282               alignment
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1286               entries where more chains exist in the PDB accession than
1287               are reported in the SIFTS file
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1291               the structure view when displayed with Chimera
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1295               panel's View->Show Chains submenu
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1299               work for wrapped alignment views
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1303               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1307               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1308               first annotation row
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1312               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1316               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1317             </li>
1318             <!-- JAL-2319 -->
1319             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1320             coordindate data
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <!--           <em>New Known Issues</em>
1324           <ul>
1325             <li></li>
1326           </ul> -->
1327         </div>
1328       </td>
1329     </tr>
1330     <td width="60" nowrap>
1331       <div align="center">
1332         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1333           <em>25/10/2016</em></strong>
1334       </div>
1335     </td>
1336     <td><em>Application</em>
1337       <ul>
1338         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1339           view if structures already loaded</li>
1340         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1341           structure views</li>
1342       </ul></td>
1343     <td>
1344       <div align="left">
1345         <em>General</em>
1346         <ul>
1347           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1348             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1349           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1350             example sequences/projects/trees</li>
1351         </ul>
1352         <em>Application</em>
1353         <ul>
1354           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1355             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1356           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1357             without timeout for structures with multiple models or
1358             multiple sequences in alignment</li>
1359           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1360             PDB ID HEADER line</li>
1361           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1362             is performed</li>
1363           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1364             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1365           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1366           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1367             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1368             option</li>
1369           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1370             is created on the alignment</li>
1371           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1372             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1373             pop-up menu</li>
1374         </ul>
1375         <em>Build and deployment</em>
1376         <ul>
1377           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1378             tags</li>
1379         </ul>
1380         <em>New Known Issues</em>
1381         <ul>
1382           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1383             on Windows</li>
1384         </ul>
1385       </div>
1386     </td>
1387     </tr>
1388     <tr>
1389       <td width="60" nowrap>
1390         <div align="center">
1391           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1392         </div>
1393       </td>
1394       <td><em>General</em>
1395         <ul>
1396           <li>
1397             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1401             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1402             better PDB parsing.
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1406             reference sequence
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1410             mousing over sequence associated annotation
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1414             for manual entry
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1418             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1419             for each column
1420           </li>
1421           <li>
1422             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1423             showing or hiding columns containing a feature
1424           </li>
1425           <li>
1426             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1427             group and sequence associated annotation labels
1428           </li>
1429           <li>
1430             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1431             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1432             dialogs
1433           </li>
1434
1435         </ul> <em>Application</em>
1436         <ul>
1437           <li>
1438             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1439             gene/transcript view
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1443             dialog
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1447             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1451             Pfam sources to xfam.org
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1458             over sequences in Jalview
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1462             regions in ENA and EMBL
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1466             for record retrieval via ENA rest API
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1470             complement operator
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1474             groovy script execution
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1478             alignment window's Calculate menu
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1482             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1486             calculation workers from groovy scripts
1487           </li>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1490             Jalview projects
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1494             associations are now saved/restored from project
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1498             before sequence fetcher is opened
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1502             database chooser opens a sequence fetcher
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1506             the UniProt REST API
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1510             the news reader opening
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1514             querying stored in preferences
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1518             search results
1519           </li>
1520           <li>
1521             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1525             menu for nucleotide sequences
1526           </li>
1527           <li>
1528             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1529             and feature counts preserves alignment ordering (and
1530             debugged for complex feature sets).
1531           </li>
1532           <li>
1533             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1534             viewing structures with Jalview 2.10
1535           </li>
1536           <li>
1537             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1538             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1539             Ensembl Genomes REST API
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1543             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1544             (Ensembl)
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1548             sequences
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1552             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1553             data from external database records.
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1557             efficient recovery of sequence coding and alignment
1558             annotation relationships.
1559           </li>
1560         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1561         <ul>
1562           <li>
1563             -- JAL---
1564           </li>
1565         </ul> --></td>
1566       <td>
1567         <div align="left">
1568           <em>General</em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1572               menu on OSX
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1576               includes graduated colourschemes
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1580               working with big alignments and lots of hidden columns
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1584               at right of alignment window
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1588               contents
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1592               for DNA alignments
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1596               based tree calculation
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1600               unconserved enabled for group on alignment
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1604               set as reference
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1608               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1609               annotation
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1613               hidden columns present
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1617               user created annotation added to alignment
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1621               '()' base pair annotation
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1625               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1626               Consensus
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1630               feature not working
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1634               beginning of sequence
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1638               entry 3a6s
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1642               from a tree when t-coffee scores are shown
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1646               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1650               some structures
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1654               to Clustal, PIR and PileUp output
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1658               not visible causes alignment window to repaint
1659             </li>
1660             <li>
1661               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1662               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1663               scores associated with features and annotation rows
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1667               calculation should be case independent
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1671               columns
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1675               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1676               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1680               problems when reference sequence defined and 'show
1681               non-conserved' enabled
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1685               load even when Consensus calculation is disabled
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1689               alignment does nothing
1690             </li>
1691           </ul>
1692           <em>Application</em>
1693           <ul>
1694             <li>
1695               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1696               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1697               yet fixed for El Capitan)
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1701               output when running on non-gb/us i18n platforms
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1705               hidden sequences as flat-file alignment
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1709               launching Chimera
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1713               (also hotfix for 2.9.0b2)
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1717               reference sequence defined
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1721               alignments and views when revealing hidden columns
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1725               view in a cDNA/Protein splitframe
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1729               sequence from project when only one sequence is
1730               represented
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1734               in Structure Chooser
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1738               structure consensus didn't refresh annotation panel
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1742               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1746               dialogs format columns correctly, don't display array
1747               data, sort columns according to type
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1751               file chooser is cancelled during an image export
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1755               sequence name containing special characters
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1759               case insensitive
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1763               formatting don't wrap
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1767               truncated so L looks like I in consensus annotation
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1771               currently displayed features for the current selection or
1772               view
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1776               after fetching cross-references, and restoring from
1777               project
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1781               followed in the structure viewer
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1785               splitframe not restored from project
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1789               trailing end of protein alignment in transcript/product
1790               splitview when pad-gaps not enabled by default
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1794               is case dependent
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1798               article has been read (reopened issue due to
1799               internationalisation problems)
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1803               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1804               cross-references
1805             </li>
1806
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1809               alignment as HTML
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1813               multiple structures are shown for one or more sequences.
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1817               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1818               is enabled.
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1822               specific PDB id for sequence
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1826               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1827               columns' is disabled.
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1831               selects lowest rather than highest resolution structures
1832               for each sequence
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1836               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1840               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1844               after clicking on it to create new annotation for a
1845               column.
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1849               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1850             </li>
1851             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1852             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1853           </ul>
1854           <em>Applet</em>
1855           <ul>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1858               hidden columns present before start of sequence
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1862               (JSON jars)
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1866               sequences are hidden in applet
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1870               deployment on examples pages.
1871             </li>
1872           </ul>
1873         </div>
1874       </td>
1875     </tr>
1876     <tr>
1877       <td width="60" nowrap>
1878         <div align="center">
1879           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1880             <em>16/10/2015</em></strong>
1881         </div>
1882       </td>
1883       <td><em>General</em>
1884         <ul>
1885           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1886             jars</li>
1887         </ul></td>
1888       <td>
1889         <div align="left">
1890           <em>Application</em>
1891           <ul>
1892             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1893               shown when tree is partitioned</li>
1894             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1895               multiple cDNA/Protein split views</li>
1896           </ul>
1897         </div>
1898       </td>
1899     </tr>
1900     <tr>
1901       <td width="60" nowrap>
1902         <div align="center">
1903           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1904             <em>8/10/2015</em></strong>
1905         </div>
1906       </td>
1907       <td><em>General</em>
1908         <ul>
1909           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1910             2.9</li>
1911         </ul> <em>Application</em>
1912         <ul>
1913           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1914           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1915           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1916         </ul> <em>Applet</em>
1917         <ul>
1918           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1919         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1920         <ul>
1921           <li>
1922             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1923             suite
1924           </li>
1925         </ul></td>
1926       <td>
1927         <div align="left">
1928           <em>General</em>
1929           <ul>
1930             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1931               incorrect when sequence start > 1</li>
1932             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1933               documentation</li>
1934             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1935             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1936               loading a features file containing HTML tags in feature
1937               description</li>
1938
1939           </ul>
1940           <em>Application</em>
1941           <ul>
1942             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1943               reimport</li>
1944             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1945               with 'trim retrieved sequences'</li>
1946             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1947               deleting selected columns</li>
1948             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1949               JNLP templates for webstart launch</li>
1950             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1951               unreleased structures for download or viewing</li>
1952             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1953               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1954             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1955               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1956             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1957               recovered from jalview project</li>
1958             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1959               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1960               alignment view</li>
1961             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1962               color schemes from BioJSON</li>
1963           </ul>
1964           <em>Applet</em>
1965           <ul>
1966             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1967               frame</li>
1968             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1969           </ul>
1970         </div>
1971       </td>
1972     </tr>
1973     <tr>
1974       <td><div align="center">
1975           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1976         </div></td>
1977       <td><em>General</em>
1978         <ul>
1979           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1980             alignments:
1981             <ul>
1982               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1983                 and DNA alignment views</li>
1984               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1985                 cDNA alignment views</li>
1986               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1987                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1988               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1989                 protein sequences</li>
1990             </ul>
1991           </li>
1992           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1993           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1994             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1995           <li>New alignment annotation file statements for
1996             reference sequences and marking hidden columns</li>
1997           <li>Reference sequence based alignment shading to
1998             highlight variation</li>
1999           <li>Select or hide columns according to alignment
2000             annotation</li>
2001           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2002           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2003             acid conservation row</li>
2004           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2005         </ul> <em>Application</em>
2006         <ul>
2007           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2008             <ul>
2009               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2010                 view with cDNA/Protein</li>
2011               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2012                 sequences are placed in the same alignment</li>
2013               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2014                 projects</li>
2015             </ul>
2016           </li>
2017
2018           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2019           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2020             Jalview windows</li>
2021
2022           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2023           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2024           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2025             be shown in VARNA</li>
2026
2027           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2028             as the active selected region</li>
2029
2030           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2031             similarity</li>
2032           <li>New Export options
2033             <ul>
2034               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2035                 region export in flat file generation</li>
2036
2037               <li>Export alignment views for display with the <a
2038                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2039
2040               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2041               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2042                 alignment figures to HTML</li>
2043           </li>
2044           <li>3D structure retrieval and display
2045             <ul>
2046               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2047                 Search API</li>
2048               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2049                 PDB structures for a sequence set</li>
2050             </ul>
2051           </li>
2052
2053           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2054             predictions</li>
2055           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2056             for one or a group of sequences</li>
2057           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2058             from the JPred4 web server</li>
2059           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2060             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2061             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2062           </li>
2063           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2064             VARNA 2D Structure'</li>
2065           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2066             Structure ..."</li>
2067
2068         </ul> <em>Applet</em>
2069         <ul>
2070           <li>New layout for applet example pages</li>
2071           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2072             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2073           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2074             Protein alignments</li>
2075         </ul> <em>Development and deployment</em>
2076         <ul>
2077           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2078           <li>Include installation type and git revision in build
2079             properties and console log output</li>
2080           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2081             storing BioJsMSA Templates</li>
2082           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2083         </ul></td>
2084       <td>
2085         <!-- <em>General</em>
2086         <ul>
2087         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2088         <ul>
2089           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2090           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2091           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2092             predictions are not highlighted in amber</li>
2093           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2094             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2095           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2096             associated structure views</li>
2097           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2098             width checkbox not enabled</li>
2099           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2100             creating user defined colours</li>
2101           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2102             mappings for just that viewer's sequences</li>
2103           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2104             multiple models in Chimera</li>
2105           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2106             over Jmol structure</li>
2107           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2108             output to text box</li>
2109           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2110             have incorrect sequence start/end</li>
2111           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2112             Jalview fails</li>
2113           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2114             work for nucleotide</li>
2115           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2116             to a grey/invisible alignment window</li>
2117           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2118             imports to different position</li>
2119           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2120             on some platforms</li>
2121           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2122             populated</li>
2123           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2124             console if Chimera has been opened</li>
2125           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2126           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2127             retrieved</li>
2128           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2129           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2130             either sequence shows on first structure</li>
2131           <li>'Show annotations' options should not make
2132             non-positional annotations visible</li>
2133           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2134             in right place after 'view flanking regions'</li>
2135           <li>File Save As type unset when current file format is
2136             unknown</li>
2137           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2138             projects</li>
2139           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2140             responsive</li>
2141           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2142             several views on same alignment</li>
2143           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2144           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2145             spaces</li>
2146         </ul> <em>Applet</em>
2147         <ul>
2148           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2149           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2150             descriptions containing angle brackets</li>
2151         </ul> <em>General</em>
2152         <ul>
2153           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2154             via jalview annotation file</li>
2155           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2156             with RNA secondary structure</li>
2157           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2158             translation doesn't work.</li>
2159           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2160           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2161             positions</li>
2162           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2163             choosing 1pt font</li>
2164           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2165             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2166             'h'</li>
2167           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2168             new feature</li>
2169           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2170             order dependent</li>
2171           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2172             sequences</li>
2173           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2174         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2175         <ul>
2176           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2177             www.jalview.org</li>
2178         </ul> <em>Application Known issues</em>
2179         <ul>
2180           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2181           <li>Misleading message appears after trying to delete
2182             solid column.</li>
2183           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2184             version launches</li>
2185           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2186             fails with a sequence mismatch</li>
2187           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2188             scrolling alignment to right</li>
2189           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2190             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2191           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2192             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2193           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2194             ultra-high resolution</li>
2195           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2196             quality and conservation</li>
2197           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2198             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2199         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2200         <ul>
2201           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2202           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2203             window is being resized</li>
2204
2205         </ul>
2206       </td>
2207     </tr>
2208     <tr>
2209       <td><div align="center">
2210           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2211         </div></td>
2212       <td><em>General</em>
2213         <ul>
2214           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2215             Certum.PL.</li>
2216           <li>Features and annotation preserved when performing
2217             pairwise alignment</li>
2218           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2219             imported/exported/displayed</li>
2220           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2221             protein secondary structure</li>
2222           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2223               post-hoc with 2.9 release</em>)
2224           </li>
2225
2226         </ul> <em>Application</em>
2227         <ul>
2228           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2229             with 3D structures</li>
2230           <li>Support for parsing RNAML</li>
2231           <li>Annotations menu for layout
2232             <ul>
2233               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2234               <li>place sequence annotation above/below alignment
2235                 annotation</li>
2236             </ul>
2237           <li>Output in Stockholm format</li>
2238           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2239             translation</li>
2240           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2241           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2242             shared between alignments</li>
2243           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2244             Jalview</li>
2245           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2246             all or current selection</li>
2247           <li>disorder and secondary structure predictions
2248             available as dataset annotation</li>
2249           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2250
2251
2252           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2253             alignments from Rfam</li>
2254           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2255
2256           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2257             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2258           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2259           <li>include installation type in build properties and
2260             console log output</li>
2261           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2262             annotation</li>
2263         </ul></td>
2264       <td>
2265         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2266         <ul>
2267           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2268             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2269           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2270             alignment</li>
2271           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2272           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2273           <li>Double click on sequence associated annotation
2274             selects only first column</li>
2275           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2276             leaves shown in tree</li>
2277           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2278             properly</li>
2279           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2280           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2281             screen and buttons not visible</li>
2282           <li>author list isn't updated if already written to
2283             Jalview properties</li>
2284           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2285             from database</li>
2286           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2287           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2288             browser search window</li>
2289           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2290             in feature settings dialog</li>
2291           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2292             desktop</li>
2293           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2294             pass validation</li>
2295           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2296             fit on screen</li>
2297           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2298             tooltip</li>
2299           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2300             defined user preset</li>
2301           <li>MSA web services warns user if they were launched
2302             with invalid input</li>
2303           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2304             Java 8</li>
2305           <li>
2306             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2307             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2308             created
2309           </li>
2310
2311         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2312         <ul>
2313         </ul> <em>General</em>
2314         <ul>
2315         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2316         <ul>
2317           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2318             memory allocation</li>
2319           <li>launchApp service doesn't automatically open
2320             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2321           <li>
2322             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2323             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2324             1.7_055 is available
2325           </li>
2326         </ul> <em>Application Known issues</em>
2327         <ul>
2328           <li>
2329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2330             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2331             alignment to right
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2335             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2336             with large number of ID
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2340             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2341             start/end
2342           </li>
2343           <li>
2344             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2345             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2346             structure tracks are rearranged
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2350             invalid rna structure positional highlighting does not
2351             highlight position of invalid base pairs
2352           </li>
2353           <li>
2354             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2355             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2356             project from alignment window file menu
2357           </li>
2358           <li>
2359             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2360             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2361             structures
2362           </li>
2363           <li>
2364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2365             colour by RNA Helices not enabled when user created
2366             annotation added to alignment
2367           </li>
2368           <li>
2369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2370             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2371           </li>
2372         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2373         <ul>
2374           <li>
2375             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2376             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2377           </li>
2378           <li>
2379             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2380             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2381           </li>
2382
2383           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2384             when selected</li>
2385         </ul>
2386       </td>
2387     </tr>
2388     <tr>
2389       <td><div align="center">
2390           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2391         </div></td>
2392       <td>
2393         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2394         <em>General</em>
2395         <ul>
2396           <li>Internationalisation of user interface (usually
2397             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2398           <li>Define/Undefine group on current selection with
2399             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2400           <li>Improved group creation/removal options in
2401             alignment/sequence Popup menu</li>
2402           <li>Sensible precision for symbol distribution
2403             percentages shown in logo tooltip.</li>
2404           <li>Annotation panel height set according to amount of
2405             annotation when alignment first opened</li>
2406         </ul> <em>Application</em>
2407         <ul>
2408           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2409             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2410           <li>Select columns containing particular features from
2411             Feature Settings dialog</li>
2412           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2413             sequences</li>
2414           <li>Update Jalview project format:
2415             <ul>
2416               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2417               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2418                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2419               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2420                 colouring</li>
2421             </ul>
2422           </li>
2423           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2424             (PAM250)</li>
2425           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2426             flanking regions for an alignment</li>
2427         </ul>
2428       </td>
2429       <td>
2430         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2431         <ul>
2432           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2433             running after job is cancelled</li>
2434           <li>cannot export features from alignments imported from
2435             Jalview/VAMSAS projects</li>
2436           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2437             float values</li>
2438           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2439             have 'display all symbols' flag set</li>
2440           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2441             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2442           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2443             Jalview</li>
2444           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2445             Lion/Webstart</li>
2446           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2447           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2448           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2449             alignment onto desktop</li>
2450           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2451             'extract scores' function</li>
2452           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2453             alignment window</li>
2454           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2455             performing IUPred disorder prediction</li>
2456           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2457             changing 'normalise logo' display setting</li>
2458           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2459             nothing matches query</li>
2460           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2461             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2462           </li>
2463           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2464             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2465           </li>
2466           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2467             Jalview's menu</li>
2468           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2469             'invalid literal/length code'</li>
2470           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2471             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2472           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2473             colourscheme</li>
2474
2475         </ul> <em>Applet</em>
2476         <ul>
2477           <li>Remove group option is shown even when selection is
2478             not a group</li>
2479           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2480             don't affect groups</li>
2481           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2482             colourscheme name</li>
2483           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2484             Annotation panel is not displayed</li>
2485           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2486             embedded windows</li>
2487         </ul> <em>Other</em>
2488         <ul>
2489           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2490             single sequence were not calculated</li>
2491           <li>annotation files that contain only groups imported as
2492             annotation and junk sequences</li>
2493           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2494             recognised as PFAM or BLC</li>
2495           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2496             doesn't affect background (2.8.0b1)
2497           <li></li>
2498           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2499           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2500             trailing gaps</li>
2501           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2502             registered correctly on import</li>
2503           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2504             certain alignments</li>
2505           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2506             existing annotation based 'use original colours'
2507             colourscheme loses original colours setting</li>
2508         </ul>
2509       </td>
2510     </tr>
2511     <tr>
2512       <td><div align="center">
2513           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2514             <em>30/1/2014</em></strong>
2515         </div></td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2519             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2520             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2521             open source project).
2522           </li>
2523           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2524           <li>Output in Stockholm format</li>
2525           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2526           <li>Export/import group and sequence associated line
2527             graph thresholds</li>
2528           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2529             ambiguity codes</li>
2530           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2531             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2532             works</li>
2533           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2534         </ul> <em>Other improvements</em>
2535         <ul>
2536           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2537           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2538             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2539           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2540             files</li>
2541           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2542           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2543             link but no description</li>
2544           <li>Select primary source when selecting authority in
2545             database fetcher GUI</li>
2546           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2547             Jalview</li>
2548           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2549         </ul>
2550       </td>
2551       <td>
2552         <ul>
2553           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2554             displayed</li>
2555           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2556             secondary structure annotation line</li>
2557           <li>Sequence database accessions not imported when
2558             fetching alignments from Rfam</li>
2559           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2560             identical IDs</li>
2561           <li>View all structures does not always superpose
2562             structures</li>
2563           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2564             reflect user or preset settings</li>
2565           <li>Null pointer exceptions for some services without
2566             presets or adjustable parameters</li>
2567           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2568             discover PDB xRefs</li>
2569           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2570             features with DAS</li>
2571           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2572             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2573           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2574             residue follows a gap</li>
2575           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2576             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2577           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2578             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2579           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2580             annotation already exists on alignment</li>
2581           <li>oninit javascript function should be called after
2582             initialisation completes</li>
2583           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2584             alignment window display</li>
2585           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2586           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2587             to annotation file</li>
2588           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2589             groups created</li>
2590           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2591             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2592           <li>Pressing return several times causes Number Format
2593             exceptions in keyboard mode</li>
2594           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2595             correct partitions for input data</li>
2596           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2597           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2598           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2599           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2600             mode</li>
2601           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2602             changes one row&#39;s threshold</li>
2603           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2604             doesn&#39;t open</li>
2605           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2606             quality histograms</li>
2607         </ul>
2608       </td>
2609     </tr>
2610     <tr>
2611       <td><div align="center">
2612           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2613         </div></td>
2614       <td><em>Application</em>
2615         <ul>
2616           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2617             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2618           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2619             preferences</li>
2620           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2621             in Jalview alignment window</li>
2622           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2623             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2624           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2625             RNA and ambiguity codes</li>
2626
2627           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2628           <li>Support fetching and database reference look up
2629             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2630             refs')</li>
2631           <li>Jalview project improvements
2632             <ul>
2633               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2634                 flag for annotation</li>
2635               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2636                 alignment</li>
2637               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2638                 Jalview project</li>
2639
2640             </ul>
2641           </li>
2642           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2643           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2644             running</li>
2645           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2646           <li>visual indication that web service results are still
2647             being retrieved from server</li>
2648           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2649             starts up for first time</li>
2650           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2651             services</li>
2652           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2653             client library</li>
2654           <li>Examples directory and Groovy library included in
2655             InstallAnywhere distribution</li>
2656         </ul> <em>Applet</em>
2657         <ul>
2658           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2659             visualization applet example</li>
2660         </ul> <em>General</em>
2661         <ul>
2662           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2663           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2664             defaults</li>
2665           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2666             calculation</li>
2667           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2668             matrices
2669           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2670             in HTML</li>
2671           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2672             structure contacts</li>
2673           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2674           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2675           <li>Parse sequence associated secondary structure
2676             information in Stockholm files</li>
2677           <li>HTML Export database accessions and annotation
2678             information presented in tooltip for sequences</li>
2679           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2680             style RNA alignment files</li>
2681           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2682             alignment</li>
2683           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2684             shade each sequence according to its associated alignment
2685             annotation</li>
2686           <li>New Jalview Logo</li>
2687         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2688         <ul>
2689           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2690           <li>New Website!</li>
2691         </ul></td>
2692       <td><em>Application</em>
2693         <ul>
2694           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2695             wsdbfetch REST service</li>
2696           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2697           <li>Filetype associations not installed for webstart
2698             launch</li>
2699           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2700             job execution in full once it is complete</li>
2701           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2702             uploaded via ali_file parameter</li>
2703           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2704           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2705           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2706             submitted for prediction</li>
2707           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2708             desktop window</li>
2709           <li>Putting fractional value into integer text box in
2710             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2711           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2712             windows 7</li>
2713           <li>View all structures fails with exception shown in
2714             structure view</li>
2715           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2716             escaped in a platform independent way</li>
2717           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2718             using proxy</li>
2719           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2720             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2721           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2722             failure when java web start temporary file caching is
2723             disabled</li>
2724           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2725             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2726           <li>Errors during processing of command line arguments
2727             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2728           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2729             DAS sources in sequence fetcher</li>
2730           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2731             dialog is shown</li>
2732           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2733           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2734           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2735           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2736             on OSX Mountain Lion</li>
2737           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2738             sequences with alignment annotation are pasted into the
2739             alignment</li>
2740           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2741             when loaded from Jalview project</li>
2742           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2743           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2744             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2745           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2746             associated with all views</li>
2747           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2748             annotation rows to new window</li>
2749         </ul> <em>Applet</em>
2750         <ul>
2751           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2752             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2753           <li>loading features via javascript API automatically
2754             enables feature display</li>
2755           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2756             work</li>
2757         </ul> <em>General</em>
2758         <ul>
2759           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2760           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2761             and then deselected</li>
2762           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2763           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2764             coloured with clustalx</li>
2765           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2766             exceptions and redraw errors</li>
2767           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2768             reconfigured view</li>
2769           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2770             colour</li>
2771           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2772             for lots of labels</li>
2773         </ul>
2774     </tr>
2775     <tr>
2776       <td>
2777         <div align="center">
2778           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2779         </div>
2780       </td>
2781       <td><em>Application</em>
2782         <ul>
2783           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2784           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2785           <li>View/alignment association menu to enable user to
2786             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2787             its colours/correspondences from</li>
2788           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2789           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2790             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2791           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2792           <li>Annotation row column label formatting attributes
2793             stored in project file</li>
2794           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2795             rows preserved in Jalview project file</li>
2796           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2797             saved using Desktop window menu</li>
2798           <li>Visual indication that command line arguments are
2799             still being processed</li>
2800           <li>Groovy script execution from URL</li>
2801           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2802             preferences</li>
2803           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2804             alignment with sequences that have high similarity and
2805             matching IDs</li>
2806           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2807           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2808             structures in same window</li>
2809           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2810           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2811             analysis function in its own submenu</li>
2812         </ul> <em>Applet</em>
2813         <ul>
2814           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2815             groups</li>
2816           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2817           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2818           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2819           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2820           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2821             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2822           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2823           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2824             parameters are treated as such</li>
2825           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2826             <ul>
2827               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2828               <li>Javascript callbacks for
2829                 <ul>
2830                   <li>Applet initialisation</li>
2831                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2832                 </ul>
2833               </li>
2834               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2835                 functions</li>
2836               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2837               <li>javascript structure viewer harness to pass
2838                 messages between Jmol and Jalview when running as
2839                 distinct applets</li>
2840               <li>sortBy method</li>
2841               <li>Set of applet and application examples shipped
2842                 with documentation</li>
2843               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2844                 javascript message exchange</li>
2845             </ul>
2846         </ul> <em>General</em>
2847         <ul>
2848           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2849             multiple alignments</li>
2850           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2851           <li>User configurable link to enable redirects to a
2852             www.Jalview.org mirror</li>
2853           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2854           <li>Configurable newline string when writing alignment
2855             and other flat files</li>
2856           <li>Allow alignment annotation description lines to
2857             contain html tags</li>
2858         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2859         <ul>
2860           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2861             examples</li>
2862           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2863             using a web service before displaying the result in the
2864             Jalview desktop</li>
2865           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2866           <li>Ant target to publish example html files with applet
2867             archive</li>
2868           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2869           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2870         </ul></td>
2871       <td><em>Application</em>
2872         <ul>
2873           <li>User defined colourscheme throws exception when
2874             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2875           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2876             dialog for valid filename/format</li>
2877           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2878           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2879             P37173</li>
2880           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2881             which sequence is to be associated with the file</li>
2882           <li>Find All raises null pointer exception when query
2883             only matches sequence IDs</li>
2884           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2885           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2886             2.4 cannot be loaded</li>
2887           <li>Filetype associations not installed for webstart
2888             launch</li>
2889           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2890             with sequences in different alignments do not get coloured
2891             by their associated sequence</li>
2892           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2893             not preserved when project is loaded</li>
2894           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2895             stored in Jalview project</li>
2896           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2897             Jalview project</li>
2898           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2899           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2900             by conservation</li>
2901           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2902             created on new view</li>
2903           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2904             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2905           <li>Alignment quality not updated after alignment
2906             annotation row is hidden then shown</li>
2907           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2908             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2909           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2910             properly</li>
2911           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2912             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2913           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2914           <li>Structures imported from file and saved in project
2915             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2916           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2917             job execution in full once it is complete</li>
2918         </ul> <em>Applet</em>
2919         <ul>
2920           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2921             annotation rows are displayed</li>
2922           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2923             codebase</li>
2924           <li>View follows highlighting does not work for positions
2925             in sequences</li>
2926           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2927           <li>Export features raises exception when no features
2928             exist</li>
2929           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2930             for javascript api is modified when separator string
2931             provided as parameter</li>
2932           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2933             alignment with no existing selection</li>
2934           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2935             to applet&#39;s codebase</li>
2936           <li>Status bar not updated after finished searching and
2937             search wraps around to first result</li>
2938           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2939             several Jalview applets causes race conditions and memory
2940             leaks</li>
2941           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2942             not sent from Jmol in applet</li>
2943           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2944             applet API fatally hang browser</li>
2945         </ul> <em>General</em>
2946         <ul>
2947           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2948             position with wrapped view and hidden regions</li>
2949           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2950             with/without hidden columns</li>
2951           <li>Sequence length given in alignment properties window
2952             is off by 1</li>
2953           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2954             import PDB like structure files</li>
2955           <li>Positional search results are only highlighted
2956             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2957           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2958           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2959             given sequence position</li>
2960           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2961             output</li>
2962           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2963             from nucleotide chains correctly</li>
2964           <li>Structure colours not updated when tree partition
2965             changed in alignment</li>
2966           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2967             parsed in interleaved stockholm</li>
2968           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2969             state</li>
2970           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2971             properly</li>
2972           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2973             properly associated with their pdb files</li>
2974         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2975         <ul>
2976           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2977             ApplyCopyright tool</li>
2978         </ul></td>
2979     </tr>
2980     <tr>
2981       <td>
2982         <div align="center">
2983           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2984         </div>
2985       </td>
2986       <td><em>Application</em>
2987         <ul>
2988           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2989             contact web services</li>
2990           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2991             service job window</li>
2992           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2993         </ul></td>
2994       <td>
2995         <ul>
2996           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2997             pir file emitted by Jalview</li>
2998           <li>Existing feature settings transferred to new
2999             alignment view created from cut'n'paste</li>
3000           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3001             parsing PDB files</li>
3002           <li>Consensus and conservation annotation rows
3003             occasionally become blank for all new windows</li>
3004           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3005             in wrapped view mode</li>
3006         </ul> <em>Application</em>
3007         <ul>
3008           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3009             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3010           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3011             parameter names</li>
3012           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3013             is down</li>
3014         </ul>
3015       </td>
3016     </tr>
3017     <tr>
3018       <td>
3019         <div align="center">
3020           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3021         </div>
3022       </td>
3023       <td><em>Application</em>
3024         <ul>
3025           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3026             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3027             (JABAWS)
3028           </li>
3029           <li>Web Services preference tab</li>
3030           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3031             preferences</li>
3032           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3033           <li>Superpose structures using associated sequence
3034             alignment</li>
3035           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3036             viewer</li>
3037         </ul> <em>Applet</em>
3038         <ul>
3039           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3040             link out mechanism</li>
3041         </ul> <em>Other</em>
3042         <ul>
3043           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3044             series 12</li>
3045           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3046             require Java 1.5</li>
3047           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3048             sequence annotation files</li>
3049           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3050             type colour specification</li>
3051           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3052             script to check if it being run in an interactive session or
3053             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3054         </ul></td>
3055       <td>
3056         <ul>
3057           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3058             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3059         </ul> <em>Application</em>
3060         <ul>
3061           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3062             selected Regions menu item</li>
3063           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3064             part of a valid accession ID</li>
3065           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3066             runs out of memory</li>
3067           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3068             analysis results</li>
3069           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3070             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3071           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3072         </ul> <em>Applet</em>
3073         <ul>
3074           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3075             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3076             defined.</li>
3077         </ul>
3078       </td>
3079     </tr>
3080     <tr>
3081       <td>
3082         <div align="center">
3083           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3084         </div>
3085       </td>
3086       <td></td>
3087       <td>
3088         <ul>
3089           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3090             sequence IDs</li>
3091           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3092             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3093           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3094             import correctly</li>
3095           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3096             number of columns are hidden</li>
3097           <li>annotation label popup menu not providing correct
3098             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3099             present</li>
3100           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3101             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3102           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3103             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3104
3105         </ul> <em>Applet</em>
3106         <ul>
3107           <li>annotation panel disappears when annotation is
3108             hidden/removed</li>
3109         </ul> <em>Application</em>
3110         <ul>
3111           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3112             alignment opened where annotation panel is visible but no
3113             annotations are present on alignment</li>
3114           <li>pasted region containing hidden columns is
3115             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3116           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3117             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3118           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3119             selected Rregions menu item.</li>
3120           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3121             'Un' or 'Non'conserved</li>
3122           <li>Sequence feature settings are being shared by
3123             multiple distinct alignments</li>
3124           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3125             changed</li>
3126           <li>double click on group annotation to select sequences
3127             does not propagate to associated trees</li>
3128           <li>Mac OSX specific issues:
3129             <ul>
3130               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3131                 window background</li>
3132               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3133                 name set correctly</li>
3134               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3135                 save feature colourscheme button</li>
3136             </ul>
3137           </li>
3138         </ul>
3139       </td>
3140     </tr>
3141     <tr>
3142
3143       <td>
3144         <div align="center">
3145           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3146         </div>
3147       </td>
3148       <td><em>New Capabilities</em>
3149         <ul>
3150           <li>URL links generated from description line for
3151             regular-expression based URL links (applet and application)
3152
3153           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3154             menu</li>
3155           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3156             structures</li>
3157           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3158             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3159           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3160             average score or total feature count for each sequence.</li>
3161           <li>Shading features by score or associated description</li>
3162           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3163             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3164           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3165             hide everything but the currently selected region.</li>
3166           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3167         </ul> <em>Application</em>
3168         <ul>
3169           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3170             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3171           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3172             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3173           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3174             database references and protein_name is parsed as
3175             description line (BioSapiens terms).</li>
3176           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3177             references in sequence ID tooltip from View menu in
3178             application.</li>
3179           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3180       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3181           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3182             conservation plots</li>
3183           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3184             and visualized as sequence logos</li>
3185           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3186             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3187           </li>
3188           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3189             when a new tree is opened.</li>
3190           <li>Jalview Java Console</li>
3191           <li>Better placement of desktop window when moving
3192             between different screens.</li>
3193           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3194             consensus annotation</li>
3195           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3196             Workflows</li>
3197           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3198             <ul>
3199               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3200                 used to preserve views, structures, and tree display
3201                 settings)</li>
3202               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3203                 command line</li>
3204               <li>Sharing of selected regions between views and
3205                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3206               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3207             </ul></li>
3208         </ul> <em>Applet</em>
3209         <ul>
3210           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3211           <li>New Parameters
3212             <ul>
3213               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3214                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3215                 opened.</li>
3216               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3217                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3218               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3219                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3220               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3221                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3222                 view</li>
3223               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3224                 increase the height or width of a cell in the alignment
3225                 grid relative to the current font size.</li>
3226             </ul>
3227           </li>
3228           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3229             tooltip</li>
3230         </ul> <em>Other</em>
3231         <ul>
3232           <li>Features format: graduated colour definitions and
3233             specification of feature scores</li>
3234           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3235             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3236             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3237           <li>XML formats extended to support graduated feature
3238             colourschemes, group associated annotation, and profile
3239             visualization settings.</li></td>
3240       <td>
3241         <ul>
3242           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3243             rather than description</li>
3244           <li>Non-positional features are now included in sequence
3245             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3246             visibility in tooltip).</li>
3247           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3248           <li>Added URL embedding instructions to features file
3249             documentation.</li>
3250           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3251             'X' in peptide product</li>
3252           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3253             sequence ID and sequence string and query strings do not
3254             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3255           <li>AMSA files only contain first column of
3256             multi-character column annotation labels</li>
3257           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3258             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3259             exported and re-imported)</li>
3260           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3261             name</li>
3262           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3263             as subsequence matches, and correctly reports total number
3264             of both.</li>
3265           <li>Application:
3266             <ul>
3267               <li>Better handling of exceptions during sequence
3268                 retrieval</li>
3269               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3270                 link text excludes the start_end suffix</li>
3271               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3272                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3273               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3274               <li>Sequence description lines properly shared via
3275                 VAMSAS</li>
3276               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3277                 data sources</li>
3278               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3279                 completes before alignment figures are generated.</li>
3280               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3281                 first time.</li>
3282               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3283                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3284               <li>User defined group colours properly recovered
3285                 from Jalview projects.</li>
3286             </ul>
3287           </li>
3288         </ul>
3289       </td>
3290
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>Experimental support for google analytics usage
3301             tracking.</li>
3302           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305       <td>
3306         <ul>
3307           <li>Race condition in applet preventing startup in
3308             jre1.6.0u12+.</li>
3309           <li>Exception when feature created from selection beyond
3310             length of sequence.</li>
3311           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3312           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3313             all sequences with a given id</li>
3314           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3315             ID string searches</li>
3316           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3317             alignment to fail with exception</li>
3318         </ul> <em>Application Issues</em>
3319         <ul>
3320           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3321           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3322             data sources</li>
3323         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3324         <ul>
3325           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3326             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3327           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3328             version (java class versioning error fixed)</li>
3329         </ul>
3330       </td>
3331     </tr>
3332     <tr>
3333       <td>
3334
3335         <div align="center">
3336           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3337         </div>
3338       </td>
3339       <td><em>User Interface</em>
3340         <ul>
3341           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3342             translation and protein products</li>
3343           <li>Linked highlighting of structure associated with
3344             residue mapping to codon position</li>
3345           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3346             and 'clear' button</li>
3347           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3348             Tools menu</li>
3349           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3350             numeric data in description line</li>
3351           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3352           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3353             of sequence</li>
3354         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3355         <ul>
3356           <li>JPred3 web service</li>
3357           <li>Prototype sequence search client (no public services
3358             available yet)</li>
3359           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3360             PFAM</li>
3361           <li>URL Links created for matching database cross
3362             references as well as sequence ID</li>
3363           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3364         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3365         <ul>
3366           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3367             databases</li>
3368           <li>Generalised database reference retrieval and
3369             validation to all fetchable databases</li>
3370           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3371             sequence command</li>
3372         </ul> <em>Import and Export</em>
3373         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3374         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3375           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3376         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3377           File</li>
3378         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3379           triplet as name of colourscheme</li>
3380         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3381         <ul>
3382           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3383           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3384             alignments (experimental)</li>
3385           <li>Create new or select existing session to join</li>
3386           <li>load and save of vamsas documents</li>
3387         </ul> <em>Application command line</em>
3388         <ul>
3389           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3390             from applet)</li>
3391           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3392             of DAS servers to query for alignment features</li>
3393           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3394             that are also automatically queried for features</li>
3395           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3396             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3397         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3398         <ul>
3399           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3400             application (when using &quot;View in full
3401             application&quot;)</li>
3402         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3403         <ul>
3404           <li>feature group display control parameter</li>
3405           <li>debug parameter</li>
3406           <li>showbutton parameter</li>
3407         </ul> <em>Applet API methods</em>
3408         <ul>
3409           <li>newView public method</li>
3410           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3411           <li>Feature display control methods</li>
3412           <li>get list of currently selected sequences</li>
3413         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3414         <ul>
3415           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3416           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3417             Jalview release.</li>
3418           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3419             property controls execution of obfuscator</li>
3420           <li>Build target for generating source distribution</li>
3421           <li>Debug flag for javacc</li>
3422           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3423             jalview.bin.Cache</li>
3424           <li>Continuous Build Integration for stable and
3425             development version of Application, Applet and source
3426             distribution</li>
3427         </ul></td>
3428       <td>
3429         <ul>
3430           <li>selected region output includes visible annotations
3431             (for certain formats)</li>
3432           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3433             for editing</li>
3434           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3435           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3436           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3437           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3438             comments</li>
3439           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3440             filenames containing a ':'</li>
3441           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3442             global sequence features</li>
3443           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3444             references from alignment sequences goes to zero</li>
3445           <li>Close of tree branch colour box without colour
3446             selection causes cascading exceptions</li>
3447           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3448           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3449             file parsing fails.</li>
3450           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3451           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3452             not a valid output format</li>
3453           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3454             vamsas</li>
3455           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3456           <li>error messages passed up and output when data read
3457             fails</li>
3458           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3459             sequence is edited</li>
3460           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3461             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3462           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3463             filetype</li>
3464           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3465             import fixed for PFAM records</li>
3466           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3467             window list</li>
3468           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3469             can be read and written correctly to annotation file</li>
3470           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3471             correctly</li>
3472           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3473             non-italic font for representatives in Applet</li>
3474           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3475             Macs.</li>
3476           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3477             Applet)</li>
3478           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3479             due to null pointer exceptions</li>
3480           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3481             first column of alignment</li>
3482           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3483             July 2008</li>
3484           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3485             file is case-insensitive</li>
3486           <li>Sequence features read from Features file appended to
3487             all sequences with matching IDs</li>
3488           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3489             containing a sub-sequence</li>
3490           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3491           <li>feature and annotation file applet parameters
3492             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3493           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3494           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3495             splash-screen version check to complete</li>
3496           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3497             when passing them to the launchApp service</li>
3498           <li>display name and local features preserved in results
3499             retrieved from web service</li>
3500           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3501             sequence fetcher initialisation</li>
3502           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3503             dasobert DAS client</li>
3504           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3505             association</li>
3506           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3507             sequences
3508           </li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511     </tr>
3512     <tr>
3513       <td>
3514         <div align="center">
3515           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3516         </div>
3517       </td>
3518       <td>
3519         <ul>
3520           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3521           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3522           <li>Slide sequences</li>
3523           <li>Edit sequence in place</li>
3524           <li>EMBL CDS features</li>
3525           <li>DAS Feature mapping</li>
3526           <li>Feature ordering</li>
3527           <li>Alignment Properties</li>
3528           <li>Annotation Scores</li>
3529           <li>Sort by scores</li>
3530           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3536           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3537           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3538           <li>Feature group display state in XML</li>
3539           <li>Feature ordering in XML</li>
3540           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3541           <li>Stockholm alignment properties</li>
3542           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3543           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3544           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3545           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3546         </ul>
3547       </td>
3548
3549     </tr>
3550     <tr>
3551       <td>
3552         <div align="center">
3553           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3554         </div>
3555       </td>
3556       <td>
3557         <ul>
3558           <li>Non standard characters can be read and displayed
3559           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3560             applet via textbox
3561           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3562             name &amp; description
3563           <li>Preference setting to display sequence name in
3564             italics
3565           <li>Annotation file format extended to allow
3566             Sequence_groups to be defined
3567           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3568             specified in preferences
3569           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3570             sequences
3571         </ul>
3572       </td>
3573       <td>
3574         <ul>
3575           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3576             installed
3577           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3578           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3579         </ul>
3580       </td>
3581     </tr>
3582     <tr>
3583       <td>
3584         <div align="center">
3585           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3586         </div>
3587       </td>
3588       <td>
3589         <ul>
3590           <li>Multiple views on alignment
3591           <li>Sequence feature editing
3592           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3593           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3594           <li>Background dependent text colour
3595           <li>Right align sequence ids
3596           <li>User-defined lower case residue colours
3597           <li>Format Menu
3598           <li>Select Menu
3599           <li>Menu item accelerator keys
3600           <li>Control-V pastes to current alignment
3601           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3602           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3603           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3604
3605           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3606         </ul>
3607       </td>
3608       <td>
3609         <ul>
3610           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3611           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3612             calculations
3613           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3614             edits
3615           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3616             of alignment)
3617           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3618
3619           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3620             display correctly
3621           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3622           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3623             analysis results
3624           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3625             &#8739;
3626           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3627           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3628           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3629
3630         </ul>
3631       </td>
3632     </tr>
3633     <tr>
3634       <td>
3635         <div align="center">
3636           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3637         </div>
3638       </td>
3639       <td>
3640         <ul>
3641           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3642         </ul>
3643       </td>
3644       <td>
3645         <ul>
3646           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3647             sequence id panel has been resized</li>
3648           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3649             rendered</li>
3650           <li>Annotation files with sequence references - all
3651             elements in file are relative to sequence position</li>
3652           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3653         </ul>
3654       </td>
3655     </tr>
3656     <tr>
3657       <td>
3658         <div align="center">
3659           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3660         </div>
3661       </td>
3662       <td>
3663         <ul>
3664           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3665           <li>DAS Feature fetching</li>
3666           <li>Hide sequences and columns</li>
3667           <li>Export Annotations and Features</li>
3668           <li>GFF file reading / writing</li>
3669           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3670             files</li>
3671           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3672           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3673           <li>Applet can launch the full application</li>
3674           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3675             required)</li>
3676           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3677           <li>Applet can load sequences from parameter
3678             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3679           </li>
3680         </ul>
3681       </td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3685           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3686           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3687         </ul>
3688       </td>
3689     </tr>
3690     <tr>
3691       <td>
3692         <div align="center">
3693           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3694         </div>
3695       </td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3699           <li>Choose to match case when searching</li>
3700           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3701             expand the visible width and height of the alignment</li>
3702         </ul>
3703       </td>
3704       <td>
3705         <ul>
3706           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3707         </ul>
3708       </td>
3709     </tr>
3710     <tr>
3711       <td>
3712         <div align="center">
3713           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3714         </div>
3715       </td>
3716       <td>&nbsp;</td>
3717       <td>
3718         <ul>
3719           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3720           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3721             value</li>
3722         </ul>
3723       </td>
3724     </tr>
3725     <tr>
3726       <td>
3727         <div align="center">
3728           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3729         </div>
3730       </td>
3731       <td>
3732         <ul>
3733           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3734           <li>Keyboard editing</li>
3735           <li>Create sequence features from searches</li>
3736           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3737             alignments</li>
3738           <li>Features file allows grouping of features</li>
3739           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3740           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3741           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3742         </ul>
3743       </td>
3744       <td>
3745         <ul>
3746           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3747           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3748             descriptions saved.</li>
3749         </ul>
3750       </td>
3751     </tr>
3752     <tr>
3753       <td>
3754         <div align="center">
3755           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3756         </div>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3761           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3762           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3763             name for file output</li>
3764           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3765           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3766             used for HTML form input</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769       <td>
3770         <ul>
3771           <li>HTML output writes groups and features</li>
3772           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3773           <li>File IO bugs</li>
3774         </ul>
3775       </td>
3776     </tr>
3777     <tr>
3778       <td>
3779         <div align="center">
3780           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3781         </div>
3782       </td>
3783       <td>
3784         <ul>
3785           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3786           <li>More options for PCA viewer</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>GUI bugs resolved</li>
3792           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3793         </ul>
3794       </td>
3795     </tr>
3796     <tr>
3797       <td height="63">
3798         <div align="center">
3799           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3800         </div>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3805           <li>Jar files are executable</li>
3806           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3807         </ul>
3808       </td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3812           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3813           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816     </tr>
3817     <tr>
3818       <td>
3819         <div align="center">
3820           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3821         </div>
3822       </td>
3823       <td>
3824         <ul>
3825           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3826         </ul>
3827       </td>
3828       <td>
3829         <ul>
3830           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3831         </ul>
3832       </td>
3833     </tr>
3834     <tr>
3835       <td>
3836         <div align="center">
3837           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3838         </div>
3839       </td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3843             size</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>Improved JPred client reliability</li>
3849           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3850         </ul>
3851       </td>
3852     </tr>
3853     <tr>
3854       <td>
3855         <div align="center">
3856           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3857         </div>
3858       </td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3862           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3863           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3864             to Colour Menu</li>
3865           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3866           <li>Unix users can set default web browser</li>
3867           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3868           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871       <td>
3872         <ul>
3873           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876     </tr>
3877     <tr>
3878       <td>
3879         <div align="center">
3880           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3881         </div>
3882       </td>
3883       <td>&nbsp;</td>
3884       <td>
3885         <ul>
3886           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3887             alignment order.</li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890     </tr>
3891     <tr>
3892       <td>
3893         <div align="center">
3894           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3895         </div>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3900           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3901           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3902             annotations.</li>
3903           <li>Version and build date written to build properties
3904             file.</li>
3905           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3906             at launch of Jalview.</li>
3907         </ul>
3908       </td>
3909       <td>
3910         <ul>
3911           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3912           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3913           <li>Can remove groups one by one.</li>
3914           <li>Filechooser icons installed.</li>
3915           <li>Finder ignores return character when searching.
3916             Return key will initiate a search.<br>
3917           </li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920     </tr>
3921     <tr>
3922       <td>
3923         <div align="center">
3924           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3925         </div>
3926       </td>
3927       <td>
3928         <ul>
3929           <li>New codebase</li>
3930         </ul>
3931       </td>
3932       <td>&nbsp;</td>
3933     </tr>
3934   </table>
3935   <p>&nbsp;</p>
3936 </body>
3937 </html>