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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>Calculations</em>
  78           <ul>
  79
  80             <li>
  81               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
  82               ungapped positions in each column of the alignment.
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
  86               a calculation dialog box
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  90               and memory efficiency (~30x faster)
  91             </li>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  94               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  95               and other calculations
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  99               files within the Jalview codebase
 100             </li>
 101             <li>
 102               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 103               Similarity may have different topology due to increased
 104               precision
 105             </li>
 106           </ul>
 107           <em>Rendering</em>
 108           <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 111               model for alignments and groups
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 115               scripts
 116             </li>
 117           </ul>
 118           <em>Overview</em>
 119           <ul>
 120             <li>
 121               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 122               with alignment and overview windows
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 126               via Overview or sequence motif search operations
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 130               overview
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 134               omitted in Overview
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 138               adjustment of visible position
 139             </li>
 140           </ul>
 141
 142           <em>Data import/export</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 146               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 150               annotation input/output via stockholm flatfile
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 154               extension when importing structure files without embedded
 155               names or PDB accessions
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 159               format sequence substitution matrices
 160             </li>
 161           </ul>
 162           <em>User Interface</em>
 163           <ul>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 166               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 167               the application.
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 171               opened by double clicking gaps within sequence feature
 172               extent
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 176               aligned positions were available to create a 3D structure
 177               superposition.
 178             </li>
 179           </ul>
 180           <em>3D Structure</em>
 181           <ul>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 184               file-based command exchange
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 188               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 189               structures are already available for sequences
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 193               the Jalview project rather than downloaded again when the
 194               project is reopened.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 198               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 199               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 200                 Feauture</strong>)
 201             </li>
 202           </ul>
 203           <em>Web Services</em>
 204           <ul>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and nucleotides when submitting to AACon and other MSA Analysis services
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 213               cross-references provided by identifiers.org and the
 214               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 215             </li>
 216           </ul>
 217
 218           <em>Scripting</em>
 219           <ul>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 222               identifying file formats (instead of String constants)
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 226               efficiency when counting all displayed features (not
 227               backwards compatible with 2.10.1)
 228             </li>
 229           </ul>
 230           <em>Example files</em>
 231           <ul>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 234               included in the example feature file
 235             </li>
 236           </ul>
 237           <em>Documentation</em>
 238           <ul>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 241               with the built-in Java help viewer
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 245               sequence description' option
 246             </li>
 247           </ul>
 248           <em>Test Suite</em>
 249           <ul>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 252               Uniprot REST Free Text Search Client
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 259               during tests
 260             </li>
 261           </ul>
 262         </div></td>
 263       <td><div align="left">
 264           <em>Calculations</em>
 265           <ul>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 268               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 269               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 273               and substitution matrix based Tree calculations.<br /> <br />In
 274               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 275               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 276               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 277               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 278               Jalview's PCAs were different to those produced by
 279               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 280               SeqSpace (ie it scores them as 0). <br /> <br />Enter
 281               the following in the Groovy console to restore pre-2.10.2
 282               behaviour:<br />
 283               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 284               // for 2.10.1 mode <br />
 285               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 286               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 287                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 288                 calculations (not recommended)</em>
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 292               scaling of branch lengths for trees computed using
 293               Sequence Feature Similarity.
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 297               generating output report when working with highly
 298               redundant alignments
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 302               right of selected region when gaps present on right-hand
 303               boundary
 304             </li>
 305           </ul>
 306           <em>User Interface</em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 310               doesn't reselect a specific sequence's associated
 311               annotation after it was used for colouring a view
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 315               opened on a region of alignment without groups
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 319               of an alignment with overlapping groups
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 323               name and description match
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 327               hidden regions results in incorrect hidden regions
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 331               changing colour does not apply Conservation slider value
 332               to all groups
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 336               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 340               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 344               gaps before start of features
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 348               restored to UI when feature colour is edited
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 352               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 356               as graduate feature colour settings are modified via the
 357               dialog box
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 361               when a group defined on the alignment is resized
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 365               wrapped view result in positional status updates
 366             </li>
 367
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 370               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 374               alignment included gapped columns
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 378               widgets don't permanently disappear
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 382               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 383               T-Coffee column reliability scores)
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 387               sequence feature on gaps only
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 391               button from a Find inherit previously defined feature type
 392               rather than the Find query string
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 396               exporting tree calculated in Jalview
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 400               and then revealing them reorders sequences on the
 401               alignment
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 405               doesn't update to reflect available set of groups after
 406               interactively adding or modifying features
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 410               Linux
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 414               only excluded gaps in current sequence and ignored
 415               selection.
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Rendering</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 422               coloured in linked structure views
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 426               erratically when hidden rows or columns are present
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 430               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 431               sequence colouring
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 435               colour and group colour menu for protein alignments
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 439               reflect currently selected view or group's shading
 440               thresholds
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 444               when rendered on overview and structures when opacity at
 445               100%
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 449               overview when features overlaid on alignment
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>Data import/export</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 456               load
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 460               added after a sequence was imported are not written to
 461               Stockholm File
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 465               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 469               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 473               with lightGray or darkGray via features file (but can
 474               specify lightgray)
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 478               when alignment view imported from project
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 482               structure and sequences extracted from structure files
 483               imported via URL and viewed in Jmol
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 487               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 488               the project is loaded and the structure viewed
 489             </li>
 490           </ul>
 491           <em>Web Services</em>
 492           <ul>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 495               release of Ensembl v.88
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 499               appear enabled in Preferences->Connections
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 503               removed from console output
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 507               Ensembl by Peptide ID
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 511               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 512               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 513               due to 'null' string rather than empty string used for
 514               residues with no corresponding PDB mapping).
 515             </li>
 516           </ul>
 517           <em>Application UI</em>
 518           <ul>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 521               menu
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 525               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 526               new documentation and tooltips added)
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 530               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 534               new features are added to alignment
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 538               changes to feature colours via the Amend features dialog
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 542               edit graduated feature colour via amend features dialog
 543               box
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 547               selection menu changes colours of alignment views
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 551               from alignment calculation workers after alignment has
 552               been closed
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 556               groups now 'Create Group'
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 560               Create/Undefine group doesn't always work
 561             </li>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 564               shown again after pressing 'Cancel'
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 568               adjusts start position in wrap mode
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 572               ambiguous amino acids
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 576               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 577               proteins
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 581               Defined' don't appear in Colours menu
 582             </li>
 583           </ul>
 584           <em>Applet</em>
 585           <ul>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 588               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 592               overview or linked structure view
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 596               work (since 2.8)
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 600               user-defined colourscheme doesn't restore original
 601               colourscheme
 602             </li>
 603           </ul>
 604           <em>Test Suite</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 608               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 612               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 613               problems with deep array comparison equality asserts in
 614               successive versions of TestNG
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 618               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 619             </li>
 620           </ul>
 621           <em>New Known Issues</em>
 622           <ul>
 623             <li>
 624               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 625               phase after a sequence motif find operation
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 629               containing just upper and lower case letters are
 630               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 634               ortholog database
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 638               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 639               to mark columns containing highlighted regions.
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 643               doesn't always add secondary structure annotation.
 644             </li>
 645           </ul>
 646         </div><tr>
 647       <td width="60" nowrap>
 648         <div align="center">
 649           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 650         </div>
 651       </td>
 652       <td><div align="left">
 653           <em>General</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 657               for all consensus calculations
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 661               3rd Oct 2016)
 662             </li>
 663             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 664               for 2016-2017</li>
 665           </ul>
 666           <em>Application</em>
 667           <ul>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 670               set of database cross-references, sorted alphabetically
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 674               from database cross references. Users with custom links
 675               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 676                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 680               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 681               Chimera session
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 685               the Chimera it is connected to is shut down
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 689               columns menu item to mark columns containing highlighted
 690               regions (e.g. from structure selections or results of a
 691               Find operation)
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 695               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 696               MSAviewer
 697             </li>
 698           </ul>
 699         </div></td>
 700       <td>
 701         <div align="left">
 702           <em>General</em>
 703           <ul>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 706               are not coloured or thresholded according to percent
 707               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 711               hydrophobic
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 715               threshold, amino acid properties)
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 719               reported as mapped to residues in a structure file in the
 720               View Mapping report
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 724               could be added multiple times to a sequence
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 728               bond features shown as two highlighted residues rather
 729               than a range in linked structure views, and treated
 730               correctly when selecting and computing trees from features
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 734               cross-references are matched to database name regardless
 735               of case
 736             </li>
 737
 738           </ul>
 739           <em>Application</em>
 740           <ul>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 743               names without regular expressions also offer links from
 744               Sequence ID
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 748               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 749               update Jalview configuration
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 753               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 757               files with similarly named sequences if dropped onto the
 758               alignment
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 762               entries where more chains exist in the PDB accession than
 763               are reported in the SIFTS file
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 767               the structure view when displayed with Chimera
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 771               panel's View->Show Chains submenu
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 775               work for wrapped alignment views
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 779               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 783               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 784               first annotation row
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 788               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 792               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 793             </li>
 794             <!-- JAL-2319 -->
 795             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 796             coordindate data
 797             </li>
 798           </ul>
 799           <!--           <em>New Known Issues</em>
 800           <ul>
 801             <li></li>
 802           </ul> -->
 803         </div>
 804       </td>
 805     </tr>
 806     <td width="60" nowrap>
 807       <div align="center">
 808         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 809           <em>25/10/2016</em></strong>
 810       </div>
 811     </td>
 812     <td><em>Application</em>
 813       <ul>
 814         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 815           view if structures already loaded</li>
 816         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 817           structure views</li>
 818       </ul></td>
 819     <td>
 820       <div align="left">
 821         <em>General</em>
 822         <ul>
 823           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 824             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 825           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 826             example sequences/projects/trees</li>
 827         </ul>
 828         <em>Application</em>
 829         <ul>
 830           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 831             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 832           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 833             without timeout for structures with multiple models or
 834             multiple sequences in alignment</li>
 835           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 836             PDB ID HEADER line</li>
 837           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 838             is performed</li>
 839           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 840             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 841           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 842           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 843             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 844             option</li>
 845           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 846             is created on the alignment</li>
 847           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 848             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 849             pop-up menu</li>
 850         </ul>
 851         <em>Build and deployment</em>
 852         <ul>
 853           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 854             tags</li>
 855         </ul>
 856         <em>New Known Issues</em>
 857         <ul>
 858           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 859             on Windows</li>
 860         </ul>
 861       </div>
 862     </td>
 863     </tr>
 864     <tr>
 865       <td width="60" nowrap>
 866         <div align="center">
 867           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 868         </div>
 869       </td>
 870       <td><em>General</em>
 871         <ul>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 874           </li>
 875           <li>
 876             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 877             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 878             better PDB parsing.
 879           </li>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 882             reference sequence
 883           </li>
 884           <li>
 885             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 886             mousing over sequence associated annotation
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 890             for manual entry
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 894             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 895             for each column
 896           </li>
 897           <li>
 898             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 899             showing or hiding columns containing a feature
 900           </li>
 901           <li>
 902             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 903             group and sequence associated annotation labels
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 907             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 908             dialogs
 909           </li>
 910
 911         </ul> <em>Application</em>
 912         <ul>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 915             gene/transcript view
 916           </li>
 917           <li>
 918             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 919             dialog
 920           </li>
 921           <li>
 922             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 923             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 927             Pfam sources to xfam.org
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 931           </li>
 932           <li>
 933             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 934             over sequences in Jalview
 935           </li>
 936           <li>
 937             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 938             regions in ENA and EMBL
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 942             for record retrieval via ENA rest API
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 946             complement operator
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 950             groovy script execution
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 954             alignment window's Calculate menu
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 958             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 962             calculation workers from groovy scripts
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 966             Jalview projects
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 970             associations are now saved/restored from project
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 974             before sequence fetcher is opened
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 978             database chooser opens a sequence fetcher
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 982             the UniProt REST API
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 986             the news reader opening
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 990             querying stored in preferences
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 994             search results
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 998           </li>
 999           <li>
1000             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1001             menu for nucleotide sequences
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1005             and feature counts preserves alignment ordering (and
1006             debugged for complex feature sets).
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1010             viewing structures with Jalview 2.10
1011           </li>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1014             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1015             Ensembl Genomes REST API
1016           </li>
1017           <li>
1018             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1019             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1020             (Ensembl)
1021           </li>
1022           <li>
1023             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1024             sequences
1025           </li>
1026           <li>
1027             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1028             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1029             data from external database records.
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1033             efficient recovery of sequence coding and alignment
1034             annotation relationships.
1035           </li>
1036         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1037         <ul>
1038           <li>
1039             -- JAL---
1040           </li>
1041         </ul> --></td>
1042       <td>
1043         <div align="left">
1044           <em>General</em>
1045           <ul>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1048               menu on OSX
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1052               includes graduated colourschemes
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1056               working with big alignments and lots of hidden columns
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1060               at right of alignment window
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1064               contents
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1068               for DNA alignments
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1072               based tree calculation
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1076               unconserved enabled for group on alignment
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1080               set as reference
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1084               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1085               annotation
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1089               hidden columns present
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1093               user created annotation added to alignment
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1097               '()' base pair annotation
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1101               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1102               Consensus
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1106               feature not working
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1110               beginning of sequence
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1114               entry 3a6s
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1118               from a tree when t-coffee scores are shown
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1122               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1126               some structures
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1130               to Clustal, PIR and PileUp output
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1134               not visible causes alignment window to repaint
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1138               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1139               scores associated with features and annotation rows
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1143               calculation should be case independent
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1147               columns
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1151               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1152               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1156               problems when reference sequence defined and 'show
1157               non-conserved' enabled
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1161               load even when Consensus calculation is disabled
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1165               alignment does nothing
1166             </li>
1167           </ul>
1168           <em>Application</em>
1169           <ul>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1172               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1173               yet fixed for El Capitan)
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1177               output when running on non-gb/us i18n platforms
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1181               hidden sequences as flat-file alignment
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1185               launching Chimera
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1189               (also hotfix for 2.9.0b2)
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1193               reference sequence defined
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1197               alignments and views when revealing hidden columns
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1201               view in a cDNA/Protein splitframe
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1205               sequence from project when only one sequence is
1206               represented
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1210               in Structure Chooser
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1214               structure consensus didn't refresh annotation panel
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1218               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1222               dialogs format columns correctly, don't display array
1223               data, sort columns according to type
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1227               file chooser is cancelled during an image export
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1231               sequence name containing special characters
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1235               case insensitive
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1239               formatting don't wrap
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1243               truncated so L looks like I in consensus annotation
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1247               currently displayed features for the current selection or
1248               view
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1252               after fetching cross-references, and restoring from
1253               project
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1257               followed in the structure viewer
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1261               splitframe not restored from project
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1265               trailing end of protein alignment in transcript/product
1266               splitview when pad-gaps not enabled by default
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1270               is case dependent
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1274               article has been read (reopened issue due to
1275               internationalisation problems)
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1279               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1280               cross-references
1281             </li>
1282
1283             <li>
1284               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1285               alignment as HTML
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1289               multiple structures are shown for one or more sequences.
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1293               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1294               is enabled.
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1298               specific PDB id for sequence
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1302               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1303               columns' is disabled.
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1307               selects lowest rather than highest resolution structures
1308               for each sequence
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1312               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1316               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1320               after clicking on it to create new annotation for a
1321               column.
1322             </li>
1323             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1324             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1325           </ul>
1326           <em>Applet</em>
1327           <ul>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1330               hidden columns present before start of sequence
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1334               (JSON jars)
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1338               sequences are hidden in applet
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1342               deployment on examples pages.
1343             </li>
1344           </ul>
1345         </div>
1346       </td>
1347     </tr>
1348     <tr>
1349       <td width="60" nowrap>
1350         <div align="center">
1351           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1352             <em>16/10/2015</em></strong>
1353         </div>
1354       </td>
1355       <td><em>General</em>
1356         <ul>
1357           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1358             jars</li>
1359         </ul></td>
1360       <td>
1361         <div align="left">
1362           <em>Application</em>
1363           <ul>
1364             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1365               shown when tree is partitioned</li>
1366             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1367               multiple cDNA/Protein split views</li>
1368           </ul>
1369         </div>
1370       </td>
1371     </tr>
1372     <tr>
1373       <td width="60" nowrap>
1374         <div align="center">
1375           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1376             <em>8/10/2015</em></strong>
1377         </div>
1378       </td>
1379       <td><em>General</em>
1380         <ul>
1381           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1382             2.9</li>
1383         </ul> <em>Application</em>
1384         <ul>
1385           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1386           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1387           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1388         </ul> <em>Applet</em>
1389         <ul>
1390           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1391         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1392         <ul>
1393           <li>
1394             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1395             suite
1396           </li>
1397         </ul></td>
1398       <td>
1399         <div align="left">
1400           <em>General</em>
1401           <ul>
1402             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1403               incorrect when sequence start > 1</li>
1404             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1405               documentation</li>
1406             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1407             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1408               loading a features file containing HTML tags in feature
1409               description</li>
1410
1411           </ul>
1412           <em>Application</em>
1413           <ul>
1414             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1415               reimport</li>
1416             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1417               with 'trim retrieved sequences'</li>
1418             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1419               deleting selected columns</li>
1420             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1421               JNLP templates for webstart launch</li>
1422             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1423               unreleased structures for download or viewing</li>
1424             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1425               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1426             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1427               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1428             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1429               recovered from jalview project</li>
1430             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1431               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1432               alignment view</li>
1433             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1434               color schemes from BioJSON</li>
1435           </ul>
1436           <em>Applet</em>
1437           <ul>
1438             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1439               frame</li>
1440             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1441           </ul>
1442         </div>
1443       </td>
1444     </tr>
1445     <tr>
1446       <td><div align="center">
1447           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1448         </div></td>
1449       <td><em>General</em>
1450         <ul>
1451           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1452             alignments:
1453             <ul>
1454               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1455                 and DNA alignment views</li>
1456               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1457                 cDNA alignment views</li>
1458               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1459                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1460               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1461                 protein sequences</li>
1462             </ul>
1463           </li>
1464           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1465           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1466             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1467           <li>New alignment annotation file statements for
1468             reference sequences and marking hidden columns</li>
1469           <li>Reference sequence based alignment shading to
1470             highlight variation</li>
1471           <li>Select or hide columns according to alignment
1472             annotation</li>
1473           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1474           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1475             acid conservation row</li>
1476           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1477         </ul> <em>Application</em>
1478         <ul>
1479           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1480             <ul>
1481               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1482                 view with cDNA/Protein</li>
1483               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1484                 sequences are placed in the same alignment</li>
1485               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1486                 projects</li>
1487             </ul>
1488           </li>
1489
1490           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1491           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1492             Jalview windows</li>
1493
1494           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1495           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1496           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1497             be shown in VARNA</li>
1498
1499           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1500             as the active selected region</li>
1501
1502           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1503             similarity</li>
1504           <li>New Export options
1505             <ul>
1506               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1507                 region export in flat file generation</li>
1508
1509               <li>Export alignment views for display with the <a
1510                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1511
1512               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1513               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1514                 alignment figures to HTML</li>
1515           </li>
1516           <li>3D structure retrieval and display
1517             <ul>
1518               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1519                 Search API</li>
1520               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1521                 PDB structures for a sequence set</li>
1522             </ul>
1523           </li>
1524
1525           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1526             predictions</li>
1527           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1528             for one or a group of sequences</li>
1529           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1530             from the JPred4 web server</li>
1531           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1532             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1533             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1534           </li>
1535           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1536             VARNA 2D Structure'</li>
1537           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1538             Structure ..."</li>
1539
1540         </ul> <em>Applet</em>
1541         <ul>
1542           <li>New layout for applet example pages</li>
1543           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1544             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1545           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1546             Protein alignments</li>
1547         </ul> <em>Development and deployment</em>
1548         <ul>
1549           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1550           <li>Include installation type and git revision in build
1551             properties and console log output</li>
1552           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1553             storing BioJsMSA Templates</li>
1554           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1555         </ul></td>
1556       <td>
1557         <!-- <em>General</em>
1558         <ul>
1559         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1560         <ul>
1561           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1562           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1563           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1564             predictions are not highlighted in amber</li>
1565           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1566             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1567           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1568             associated structure views</li>
1569           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1570             width checkbox not enabled</li>
1571           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1572             creating user defined colours</li>
1573           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1574             mappings for just that viewer's sequences</li>
1575           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1576             multiple models in Chimera</li>
1577           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1578             over Jmol structure</li>
1579           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1580             output to text box</li>
1581           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1582             have incorrect sequence start/end</li>
1583           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1584             Jalview fails</li>
1585           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1586             work for nucleotide</li>
1587           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1588             to a grey/invisible alignment window</li>
1589           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1590             imports to different position</li>
1591           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1592             on some platforms</li>
1593           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1594             populated</li>
1595           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1596             console if Chimera has been opened</li>
1597           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1598           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1599             retrieved</li>
1600           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1601           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1602             either sequence shows on first structure</li>
1603           <li>'Show annotations' options should not make
1604             non-positional annotations visible</li>
1605           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1606             in right place after 'view flanking regions'</li>
1607           <li>File Save As type unset when current file format is
1608             unknown</li>
1609           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1610             projects</li>
1611           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1612             responsive</li>
1613           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1614             several views on same alignment</li>
1615           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1616           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1617             spaces</li>
1618         </ul> <em>Applet</em>
1619         <ul>
1620           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1621           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1622             descriptions containing angle brackets</li>
1623         </ul> <em>General</em>
1624         <ul>
1625           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1626             via jalview annotation file</li>
1627           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1628             with RNA secondary structure</li>
1629           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1630             translation doesn't work.</li>
1631           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1632           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1633             positions</li>
1634           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1635             choosing 1pt font</li>
1636           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1637             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1638             'h'</li>
1639           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1640             new feature</li>
1641           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1642             order dependent</li>
1643           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1644             sequences</li>
1645           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1646         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1647         <ul>
1648           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1649             www.jalview.org</li>
1650         </ul> <em>Application Known issues</em>
1651         <ul>
1652           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1653           <li>Misleading message appears after trying to delete
1654             solid column.</li>
1655           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1656             version launches</li>
1657           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1658             fails with a sequence mismatch</li>
1659           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1660             scrolling alignment to right</li>
1661           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1662             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1663           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1664             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1665           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1666             ultra-high resolution</li>
1667           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1668             quality and conservation</li>
1669           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1670             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1671         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1672         <ul>
1673           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1674           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1675             window is being resized</li>
1676
1677         </ul>
1678       </td>
1679     </tr>
1680     <tr>
1681       <td><div align="center">
1682           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1683         </div></td>
1684       <td><em>General</em>
1685         <ul>
1686           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1687             Certum.PL.</li>
1688           <li>Features and annotation preserved when performing
1689             pairwise alignment</li>
1690           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1691             imported/exported/displayed</li>
1692           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1693             protein secondary structure</li>
1694           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1695               post-hoc with 2.9 release</em>)
1696           </li>
1697
1698         </ul> <em>Application</em>
1699         <ul>
1700           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1701             with 3D structures</li>
1702           <li>Support for parsing RNAML</li>
1703           <li>Annotations menu for layout
1704             <ul>
1705               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1706               <li>place sequence annotation above/below alignment
1707                 annotation</li>
1708             </ul>
1709           <li>Output in Stockholm format</li>
1710           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1711             translation</li>
1712           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1713           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1714             shared between alignments</li>
1715           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1716             Jalview</li>
1717           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1718             all or current selection</li>
1719           <li>disorder and secondary structure predictions
1720             available as dataset annotation</li>
1721           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1722
1723
1724           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1725             alignments from Rfam</li>
1726           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1727
1728           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1729             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1730           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1731           <li>include installation type in build properties and
1732             console log output</li>
1733           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1734             annotation</li>
1735         </ul></td>
1736       <td>
1737         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1738         <ul>
1739           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1740             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1741           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1742             alignment</li>
1743           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1744           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1745           <li>Double click on sequence associated annotation
1746             selects only first column</li>
1747           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1748             leaves shown in tree</li>
1749           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1750             properly</li>
1751           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1752           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1753             screen and buttons not visible</li>
1754           <li>author list isn't updated if already written to
1755             Jalview properties</li>
1756           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1757             from database</li>
1758           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1759           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1760             browser search window</li>
1761           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1762             in feature settings dialog</li>
1763           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1764             desktop</li>
1765           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1766             pass validation</li>
1767           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1768             fit on screen</li>
1769           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1770             tooltip</li>
1771           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1772             defined user preset</li>
1773           <li>MSA web services warns user if they were launched
1774             with invalid input</li>
1775           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1776             Java 8</li>
1777           <li>
1778             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1779             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1780             created
1781           </li>
1782
1783         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1784         <ul>
1785         </ul> <em>General</em>
1786         <ul>
1787         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1788         <ul>
1789           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1790             memory allocation</li>
1791           <li>launchApp service doesn't automatically open
1792             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1793           <li>
1794             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1795             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1796             1.7_055 is available
1797           </li>
1798         </ul> <em>Application Known issues</em>
1799         <ul>
1800           <li>
1801             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1802             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1803             alignment to right
1804           </li>
1805           <li>
1806             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1807             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1808             with large number of ID
1809           </li>
1810           <li>
1811             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1812             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1813             start/end
1814           </li>
1815           <li>
1816             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1817             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1818             structure tracks are rearranged
1819           </li>
1820           <li>
1821             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1822             invalid rna structure positional highlighting does not
1823             highlight position of invalid base pairs
1824           </li>
1825           <li>
1826             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1827             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1828             project from alignment window file menu
1829           </li>
1830           <li>
1831             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1832             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1833             structures
1834           </li>
1835           <li>
1836             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1837             colour by RNA Helices not enabled when user created
1838             annotation added to alignment
1839           </li>
1840           <li>
1841             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1842             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1843           </li>
1844         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1845         <ul>
1846           <li>
1847             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1848             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1849           </li>
1850           <li>
1851             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1852             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1853           </li>
1854
1855           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1856             when selected</li>
1857         </ul>
1858       </td>
1859     </tr>
1860     <tr>
1861       <td><div align="center">
1862           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1863         </div></td>
1864       <td>
1865         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1866         <em>General</em>
1867         <ul>
1868           <li>Internationalisation of user interface (usually
1869             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1870           <li>Define/Undefine group on current selection with
1871             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1872           <li>Improved group creation/removal options in
1873             alignment/sequence Popup menu</li>
1874           <li>Sensible precision for symbol distribution
1875             percentages shown in logo tooltip.</li>
1876           <li>Annotation panel height set according to amount of
1877             annotation when alignment first opened</li>
1878         </ul> <em>Application</em>
1879         <ul>
1880           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1881             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1882           <li>Select columns containing particular features from
1883             Feature Settings dialog</li>
1884           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1885             sequences</li>
1886           <li>Update Jalview project format:
1887             <ul>
1888               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1889               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1890                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1891               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1892                 colouring</li>
1893             </ul>
1894           </li>
1895           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1896             (PAM250)</li>
1897           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1898             flanking regions for an alignment</li>
1899         </ul>
1900       </td>
1901       <td>
1902         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1903         <ul>
1904           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1905             running after job is cancelled</li>
1906           <li>cannot export features from alignments imported from
1907             Jalview/VAMSAS projects</li>
1908           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1909             float values</li>
1910           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1911             have 'display all symbols' flag set</li>
1912           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1913             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1914           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1915             Jalview</li>
1916           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1917             Lion/Webstart</li>
1918           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1919           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1920           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1921             alignment onto desktop</li>
1922           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1923             'extract scores' function</li>
1924           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1925             alignment window</li>
1926           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1927             performing IUPred disorder prediction</li>
1928           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1929             changing 'normalise logo' display setting</li>
1930           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1931             nothing matches query</li>
1932           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1933             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1934           </li>
1935           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1936             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1937           </li>
1938           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1939             Jalview's menu</li>
1940           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1941             'invalid literal/length code'</li>
1942           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1943             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1944           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1945             colourscheme</li>
1946
1947         </ul> <em>Applet</em>
1948         <ul>
1949           <li>Remove group option is shown even when selection is
1950             not a group</li>
1951           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1952             don't affect groups</li>
1953           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1954             colourscheme name</li>
1955           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1956             Annotation panel is not displayed</li>
1957           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1958             embedded windows</li>
1959         </ul> <em>Other</em>
1960         <ul>
1961           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1962             single sequence were not calculated</li>
1963           <li>annotation files that contain only groups imported as
1964             annotation and junk sequences</li>
1965           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1966             recognised as PFAM or BLC</li>
1967           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1968             doesn't affect background (2.8.0b1)
1969           <li></li>
1970           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1971           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1972             trailing gaps</li>
1973           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1974             registered correctly on import</li>
1975           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1976             certain alignments</li>
1977           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1978             existing annotation based 'use original colours'
1979             colourscheme loses original colours setting</li>
1980         </ul>
1981       </td>
1982     </tr>
1983     <tr>
1984       <td><div align="center">
1985           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1986             <em>30/1/2014</em></strong>
1987         </div></td>
1988       <td>
1989         <ul>
1990           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1991             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1992             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1993             open source project).
1994           </li>
1995           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
1996           <li>Output in Stockholm format</li>
1997           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1998           <li>Export/import group and sequence associated line
1999             graph thresholds</li>
2000           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2001             ambiguity codes</li>
2002           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2003             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2004             works</li>
2005           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2006         </ul> <em>Other improvements</em>
2007         <ul>
2008           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2009           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2010             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2011           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2012             files</li>
2013           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2014           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2015             link but no description</li>
2016           <li>Select primary source when selecting authority in
2017             database fetcher GUI</li>
2018           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2019             Jalview</li>
2020           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2021         </ul>
2022       </td>
2023       <td>
2024         <ul>
2025           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2026             displayed</li>
2027           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2028             secondary structure annotation line</li>
2029           <li>Sequence database accessions not imported when
2030             fetching alignments from Rfam</li>
2031           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2032             identical IDs</li>
2033           <li>View all structures does not always superpose
2034             structures</li>
2035           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2036             reflect user or preset settings</li>
2037           <li>Null pointer exceptions for some services without
2038             presets or adjustable parameters</li>
2039           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2040             discover PDB xRefs</li>
2041           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2042             features with DAS</li>
2043           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2044             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2045           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2046             residue follows a gap</li>
2047           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2048             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2049           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2050             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2051           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2052             annotation already exists on alignment</li>
2053           <li>oninit javascript function should be called after
2054             initialisation completes</li>
2055           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2056             alignment window display</li>
2057           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2058           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2059             to annotation file</li>
2060           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2061             groups created</li>
2062           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2063             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2064           <li>Pressing return several times causes Number Format
2065             exceptions in keyboard mode</li>
2066           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2067             correct partitions for input data</li>
2068           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2069           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2070           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2071           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2072             mode</li>
2073           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2074             changes one row&#39;s threshold</li>
2075           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2076             doesn&#39;t open</li>
2077           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2078             quality histograms</li>
2079         </ul>
2080       </td>
2081     </tr>
2082     <tr>
2083       <td><div align="center">
2084           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2085         </div></td>
2086       <td><em>Application</em>
2087         <ul>
2088           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2089             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2090           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2091             preferences</li>
2092           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2093             in Jalview alignment window</li>
2094           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2095             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2096           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2097             RNA and ambiguity codes</li>
2098
2099           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2100           <li>Support fetching and database reference look up
2101             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2102             refs')</li>
2103           <li>Jalview project improvements
2104             <ul>
2105               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2106                 flag for annotation</li>
2107               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2108                 alignment</li>
2109               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2110                 Jalview project</li>
2111
2112             </ul>
2113           </li>
2114           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2115           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2116             running</li>
2117           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2118           <li>visual indication that web service results are still
2119             being retrieved from server</li>
2120           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2121             starts up for first time</li>
2122           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2123             services</li>
2124           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2125             client library</li>
2126           <li>Examples directory and Groovy library included in
2127             InstallAnywhere distribution</li>
2128         </ul> <em>Applet</em>
2129         <ul>
2130           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2131             visualization applet example</li>
2132         </ul> <em>General</em>
2133         <ul>
2134           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2135           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2136             defaults</li>
2137           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2138             calculation</li>
2139           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2140             matrices
2141           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2142             in HTML</li>
2143           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2144             structure contacts</li>
2145           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2146           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2147           <li>Parse sequence associated secondary structure
2148             information in Stockholm files</li>
2149           <li>HTML Export database accessions and annotation
2150             information presented in tooltip for sequences</li>
2151           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2152             style RNA alignment files</li>
2153           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2154             alignment</li>
2155           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2156             shade each sequence according to its associated alignment
2157             annotation</li>
2158           <li>New Jalview Logo</li>
2159         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2160         <ul>
2161           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2162           <li>New Website!</li>
2163         </ul></td>
2164       <td><em>Application</em>
2165         <ul>
2166           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2167             wsdbfetch REST service</li>
2168           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2169           <li>Filetype associations not installed for webstart
2170             launch</li>
2171           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2172             job execution in full once it is complete</li>
2173           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2174             uploaded via ali_file parameter</li>
2175           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2176           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2177           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2178             submitted for prediction</li>
2179           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2180             desktop window</li>
2181           <li>Putting fractional value into integer text box in
2182             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2183           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2184             windows 7</li>
2185           <li>View all structures fails with exception shown in
2186             structure view</li>
2187           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2188             escaped in a platform independent way</li>
2189           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2190             using proxy</li>
2191           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2192             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2193           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2194             failure when java web start temporary file caching is
2195             disabled</li>
2196           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2197             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2198           <li>Errors during processing of command line arguments
2199             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2200           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2201             DAS sources in sequence fetcher</li>
2202           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2203             dialog is shown</li>
2204           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2205           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2206           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2207           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2208             on OSX Mountain Lion</li>
2209           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2210             sequences with alignment annotation are pasted into the
2211             alignment</li>
2212           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2213             when loaded from Jalview project</li>
2214           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2215           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2216             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2217           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2218             associated with all views</li>
2219           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2220             annotation rows to new window</li>
2221         </ul> <em>Applet</em>
2222         <ul>
2223           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2224             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2225           <li>loading features via javascript API automatically
2226             enables feature display</li>
2227           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2228             work</li>
2229         </ul> <em>General</em>
2230         <ul>
2231           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2232           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2233             and then deselected</li>
2234           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2235           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2236             coloured with clustalx</li>
2237           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2238             exceptions and redraw errors</li>
2239           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2240             reconfigured view</li>
2241           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2242             colour</li>
2243           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2244             for lots of labels</li>
2245         </ul>
2246     </tr>
2247     <tr>
2248       <td>
2249         <div align="center">
2250           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2251         </div>
2252       </td>
2253       <td><em>Application</em>
2254         <ul>
2255           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2256           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2257           <li>View/alignment association menu to enable user to
2258             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2259             its colours/correspondences from</li>
2260           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2261           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2262             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2263           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2264           <li>Annotation row column label formatting attributes
2265             stored in project file</li>
2266           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2267             rows preserved in Jalview project file</li>
2268           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2269             saved using Desktop window menu</li>
2270           <li>Visual indication that command line arguments are
2271             still being processed</li>
2272           <li>Groovy script execution from URL</li>
2273           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2274             preferences</li>
2275           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2276             alignment with sequences that have high similarity and
2277             matching IDs</li>
2278           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2279           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2280             structures in same window</li>
2281           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2282           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2283             analysis function in its own submenu</li>
2284         </ul> <em>Applet</em>
2285         <ul>
2286           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2287             groups</li>
2288           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2289           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2290           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2291           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2292           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2293             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2294           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2295           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2296             parameters are treated as such</li>
2297           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2298             <ul>
2299               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2300               <li>Javascript callbacks for
2301                 <ul>
2302                   <li>Applet initialisation</li>
2303                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2304                 </ul>
2305               </li>
2306               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2307                 functions</li>
2308               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2309               <li>javascript structure viewer harness to pass
2310                 messages between Jmol and Jalview when running as
2311                 distinct applets</li>
2312               <li>sortBy method</li>
2313               <li>Set of applet and application examples shipped
2314                 with documentation</li>
2315               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2316                 javascript message exchange</li>
2317             </ul>
2318         </ul> <em>General</em>
2319         <ul>
2320           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2321             multiple alignments</li>
2322           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2323           <li>User configurable link to enable redirects to a
2324             www.Jalview.org mirror</li>
2325           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2326           <li>Configurable newline string when writing alignment
2327             and other flat files</li>
2328           <li>Allow alignment annotation description lines to
2329             contain html tags</li>
2330         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2331         <ul>
2332           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2333             examples</li>
2334           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2335             using a web service before displaying the result in the
2336             Jalview desktop</li>
2337           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2338           <li>Ant target to publish example html files with applet
2339             archive</li>
2340           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2341           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2342         </ul></td>
2343       <td><em>Application</em>
2344         <ul>
2345           <li>User defined colourscheme throws exception when
2346             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2347           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2348             dialog for valid filename/format</li>
2349           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2350           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2351             P37173</li>
2352           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2353             which sequence is to be associated with the file</li>
2354           <li>Find All raises null pointer exception when query
2355             only matches sequence IDs</li>
2356           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2357           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2358             2.4 cannot be loaded</li>
2359           <li>Filetype associations not installed for webstart
2360             launch</li>
2361           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2362             with sequences in different alignments do not get coloured
2363             by their associated sequence</li>
2364           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2365             not preserved when project is loaded</li>
2366           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2367             stored in Jalview project</li>
2368           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2369             Jalview project</li>
2370           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2371           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2372             by conservation</li>
2373           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2374             created on new view</li>
2375           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2376             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2377           <li>Alignment quality not updated after alignment
2378             annotation row is hidden then shown</li>
2379           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2380             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2381           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2382             properly</li>
2383           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2384             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2385           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2386           <li>Structures imported from file and saved in project
2387             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2388           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2389             job execution in full once it is complete</li>
2390         </ul> <em>Applet</em>
2391         <ul>
2392           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2393             annotation rows are displayed</li>
2394           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2395             codebase</li>
2396           <li>View follows highlighting does not work for positions
2397             in sequences</li>
2398           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2399           <li>Export features raises exception when no features
2400             exist</li>
2401           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2402             for javascript api is modified when separator string
2403             provided as parameter</li>
2404           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2405             alignment with no existing selection</li>
2406           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2407             to applet&#39;s codebase</li>
2408           <li>Status bar not updated after finished searching and
2409             search wraps around to first result</li>
2410           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2411             several Jalview applets causes race conditions and memory
2412             leaks</li>
2413           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2414             not sent from Jmol in applet</li>
2415           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2416             applet API fatally hang browser</li>
2417         </ul> <em>General</em>
2418         <ul>
2419           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2420             position with wrapped view and hidden regions</li>
2421           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2422             with/without hidden columns</li>
2423           <li>Sequence length given in alignment properties window
2424             is off by 1</li>
2425           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2426             import PDB like structure files</li>
2427           <li>Positional search results are only highlighted
2428             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2429           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2430           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2431             given sequence position</li>
2432           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2433             output</li>
2434           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2435             from nucleotide chains correctly</li>
2436           <li>Structure colours not updated when tree partition
2437             changed in alignment</li>
2438           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2439             parsed in interleaved stockholm</li>
2440           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2441             state</li>
2442           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2443             properly</li>
2444           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2445             properly associated with their pdb files</li>
2446         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2447         <ul>
2448           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2449             ApplyCopyright tool</li>
2450         </ul></td>
2451     </tr>
2452     <tr>
2453       <td>
2454         <div align="center">
2455           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2456         </div>
2457       </td>
2458       <td><em>Application</em>
2459         <ul>
2460           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2461             contact web services</li>
2462           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2463             service job window</li>
2464           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2465         </ul></td>
2466       <td>
2467         <ul>
2468           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2469             pir file emitted by Jalview</li>
2470           <li>Existing feature settings transferred to new
2471             alignment view created from cut'n'paste</li>
2472           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2473             parsing PDB files</li>
2474           <li>Consensus and conservation annotation rows
2475             occasionally become blank for all new windows</li>
2476           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2477             in wrapped view mode</li>
2478         </ul> <em>Application</em>
2479         <ul>
2480           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2481             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2482           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2483             parameter names</li>
2484           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2485             is down</li>
2486         </ul>
2487       </td>
2488     </tr>
2489     <tr>
2490       <td>
2491         <div align="center">
2492           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2493         </div>
2494       </td>
2495       <td><em>Application</em>
2496         <ul>
2497           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2498             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2499             (JABAWS)
2500           </li>
2501           <li>Web Services preference tab</li>
2502           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2503             preferences</li>
2504           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2505           <li>Superpose structures using associated sequence
2506             alignment</li>
2507           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2508             viewer</li>
2509         </ul> <em>Applet</em>
2510         <ul>
2511           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2512             link out mechanism</li>
2513         </ul> <em>Other</em>
2514         <ul>
2515           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2516             series 12</li>
2517           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2518             require Java 1.5</li>
2519           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2520             sequence annotation files</li>
2521           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2522             type colour specification</li>
2523           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2524             script to check if it being run in an interactive session or
2525             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2526         </ul></td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2530             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2531         </ul> <em>Application</em>
2532         <ul>
2533           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2534             selected Regions menu item</li>
2535           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2536             part of a valid accession ID</li>
2537           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2538             runs out of memory</li>
2539           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2540             analysis results</li>
2541           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2542             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2543           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2544         </ul> <em>Applet</em>
2545         <ul>
2546           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2547             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2548             defined.</li>
2549         </ul>
2550       </td>
2551     </tr>
2552     <tr>
2553       <td>
2554         <div align="center">
2555           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2556         </div>
2557       </td>
2558       <td></td>
2559       <td>
2560         <ul>
2561           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2562             sequence IDs</li>
2563           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2564             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2565           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2566             import correctly</li>
2567           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2568             number of columns are hidden</li>
2569           <li>annotation label popup menu not providing correct
2570             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2571             present</li>
2572           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2573             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2574           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2575             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2576
2577         </ul> <em>Applet</em>
2578         <ul>
2579           <li>annotation panel disappears when annotation is
2580             hidden/removed</li>
2581         </ul> <em>Application</em>
2582         <ul>
2583           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2584             alignment opened where annotation panel is visible but no
2585             annotations are present on alignment</li>
2586           <li>pasted region containing hidden columns is
2587             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2588           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2589             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2590           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2591             selected Rregions menu item.</li>
2592           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2593             'Un' or 'Non'conserved</li>
2594           <li>Sequence feature settings are being shared by
2595             multiple distinct alignments</li>
2596           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2597             changed</li>
2598           <li>double click on group annotation to select sequences
2599             does not propagate to associated trees</li>
2600           <li>Mac OSX specific issues:
2601             <ul>
2602               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2603                 window background</li>
2604               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2605                 name set correctly</li>
2606               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2607                 save feature colourscheme button</li>
2608             </ul>
2609           </li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612     </tr>
2613     <tr>
2614
2615       <td>
2616         <div align="center">
2617           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2618         </div>
2619       </td>
2620       <td><em>New Capabilities</em>
2621         <ul>
2622           <li>URL links generated from description line for
2623             regular-expression based URL links (applet and application)
2624
2625           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2626             menu</li>
2627           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2628             structures</li>
2629           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2630             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2631           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2632             average score or total feature count for each sequence.</li>
2633           <li>Shading features by score or associated description</li>
2634           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2635             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2636           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2637             hide everything but the currently selected region.</li>
2638           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2639         </ul> <em>Application</em>
2640         <ul>
2641           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2642             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2643           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2644             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2645           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2646             database references and protein_name is parsed as
2647             description line (BioSapiens terms).</li>
2648           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2649             references in sequence ID tooltip from View menu in
2650             application.</li>
2651           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2652       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2653           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2654             conservation plots</li>
2655           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2656             and visualized as sequence logos</li>
2657           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2658             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2659           </li>
2660           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2661             when a new tree is opened.</li>
2662           <li>Jalview Java Console</li>
2663           <li>Better placement of desktop window when moving
2664             between different screens.</li>
2665           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2666             consensus annotation</li>
2667           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2668             Workflows</li>
2669           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2670             <ul>
2671               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2672                 used to preserve views, structures, and tree display
2673                 settings)</li>
2674               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2675                 command line</li>
2676               <li>Sharing of selected regions between views and
2677                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2678               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2679             </ul></li>
2680         </ul> <em>Applet</em>
2681         <ul>
2682           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2683           <li>New Parameters
2684             <ul>
2685               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2686                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2687                 opened.</li>
2688               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2689                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2690               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2691                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2692               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2693                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2694                 view</li>
2695               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2696                 increase the height or width of a cell in the alignment
2697                 grid relative to the current font size.</li>
2698             </ul>
2699           </li>
2700           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2701             tooltip</li>
2702         </ul> <em>Other</em>
2703         <ul>
2704           <li>Features format: graduated colour definitions and
2705             specification of feature scores</li>
2706           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2707             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2708             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2709           <li>XML formats extended to support graduated feature
2710             colourschemes, group associated annotation, and profile
2711             visualization settings.</li></td>
2712       <td>
2713         <ul>
2714           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2715             rather than description</li>
2716           <li>Non-positional features are now included in sequence
2717             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2718             visibility in tooltip).</li>
2719           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2720           <li>Added URL embedding instructions to features file
2721             documentation.</li>
2722           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2723             'X' in peptide product</li>
2724           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2725             sequence ID and sequence string and query strings do not
2726             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2727           <li>AMSA files only contain first column of
2728             multi-character column annotation labels</li>
2729           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2730             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2731             exported and re-imported)</li>
2732           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2733             name</li>
2734           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2735             as subsequence matches, and correctly reports total number
2736             of both.</li>
2737           <li>Application:
2738             <ul>
2739               <li>Better handling of exceptions during sequence
2740                 retrieval</li>
2741               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2742                 link text excludes the start_end suffix</li>
2743               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2744                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2745               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2746               <li>Sequence description lines properly shared via
2747                 VAMSAS</li>
2748               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2749                 data sources</li>
2750               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2751                 completes before alignment figures are generated.</li>
2752               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2753                 first time.</li>
2754               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2755                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2756               <li>User defined group colours properly recovered
2757                 from Jalview projects.</li>
2758             </ul>
2759           </li>
2760         </ul>
2761       </td>
2762
2763     </tr>
2764     <tr>
2765       <td>
2766         <div align="center">
2767           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2768         </div>
2769       </td>
2770       <td>
2771         <ul>
2772           <li>Experimental support for google analytics usage
2773             tracking.</li>
2774           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2775         </ul>
2776       </td>
2777       <td>
2778         <ul>
2779           <li>Race condition in applet preventing startup in
2780             jre1.6.0u12+.</li>
2781           <li>Exception when feature created from selection beyond
2782             length of sequence.</li>
2783           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2784           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2785             all sequences with a given id</li>
2786           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2787             ID string searches</li>
2788           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2789             alignment to fail with exception</li>
2790         </ul> <em>Application Issues</em>
2791         <ul>
2792           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2793           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2794             data sources</li>
2795         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2796         <ul>
2797           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2798             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2799           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2800             version (java class versioning error fixed)</li>
2801         </ul>
2802       </td>
2803     </tr>
2804     <tr>
2805       <td>
2806
2807         <div align="center">
2808           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2809         </div>
2810       </td>
2811       <td><em>User Interface</em>
2812         <ul>
2813           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2814             translation and protein products</li>
2815           <li>Linked highlighting of structure associated with
2816             residue mapping to codon position</li>
2817           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2818             and 'clear' button</li>
2819           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2820             Tools menu</li>
2821           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2822             numeric data in description line</li>
2823           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2824           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2825             of sequence</li>
2826         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2827         <ul>
2828           <li>JPred3 web service</li>
2829           <li>Prototype sequence search client (no public services
2830             available yet)</li>
2831           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2832             PFAM</li>
2833           <li>URL Links created for matching database cross
2834             references as well as sequence ID</li>
2835           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2836         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2837         <ul>
2838           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2839             databases</li>
2840           <li>Generalised database reference retrieval and
2841             validation to all fetchable databases</li>
2842           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2843             sequence command</li>
2844         </ul> <em>Import and Export</em>
2845         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2846         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2847           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2848         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2849           File</li>
2850         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2851           triplet as name of colourscheme</li>
2852         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2853         <ul>
2854           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2855           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2856             alignments (experimental)</li>
2857           <li>Create new or select existing session to join</li>
2858           <li>load and save of vamsas documents</li>
2859         </ul> <em>Application command line</em>
2860         <ul>
2861           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2862             from applet)</li>
2863           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2864             of DAS servers to query for alignment features</li>
2865           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2866             that are also automatically queried for features</li>
2867           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2868             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2869         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2870         <ul>
2871           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2872             application (when using &quot;View in full
2873             application&quot;)</li>
2874         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2875         <ul>
2876           <li>feature group display control parameter</li>
2877           <li>debug parameter</li>
2878           <li>showbutton parameter</li>
2879         </ul> <em>Applet API methods</em>
2880         <ul>
2881           <li>newView public method</li>
2882           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2883           <li>Feature display control methods</li>
2884           <li>get list of currently selected sequences</li>
2885         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2886         <ul>
2887           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2888           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2889             Jalview release.</li>
2890           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2891             property controls execution of obfuscator</li>
2892           <li>Build target for generating source distribution</li>
2893           <li>Debug flag for javacc</li>
2894           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2895             jalview.bin.Cache</li>
2896           <li>Continuous Build Integration for stable and
2897             development version of Application, Applet and source
2898             distribution</li>
2899         </ul></td>
2900       <td>
2901         <ul>
2902           <li>selected region output includes visible annotations
2903             (for certain formats)</li>
2904           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2905             for editing</li>
2906           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2907           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2908           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2909           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2910             comments</li>
2911           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2912             filenames containing a ':'</li>
2913           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2914             global sequence features</li>
2915           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2916             references from alignment sequences goes to zero</li>
2917           <li>Close of tree branch colour box without colour
2918             selection causes cascading exceptions</li>
2919           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2920           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2921             file parsing fails.</li>
2922           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2923           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2924             not a valid output format</li>
2925           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2926             vamsas</li>
2927           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2928           <li>error messages passed up and output when data read
2929             fails</li>
2930           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2931             sequence is edited</li>
2932           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2933             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2934           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2935             filetype</li>
2936           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2937             import fixed for PFAM records</li>
2938           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2939             window list</li>
2940           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2941             can be read and written correctly to annotation file</li>
2942           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2943             correctly</li>
2944           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2945             non-italic font for representatives in Applet</li>
2946           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2947             Macs.</li>
2948           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2949             Applet)</li>
2950           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2951             due to null pointer exceptions</li>
2952           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2953             first column of alignment</li>
2954           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2955             July 2008</li>
2956           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2957             file is case-insensitive</li>
2958           <li>Sequence features read from Features file appended to
2959             all sequences with matching IDs</li>
2960           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2961             containing a sub-sequence</li>
2962           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2963           <li>feature and annotation file applet parameters
2964             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2965           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2966           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2967             splash-screen version check to complete</li>
2968           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2969             when passing them to the launchApp service</li>
2970           <li>display name and local features preserved in results
2971             retrieved from web service</li>
2972           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2973             sequence fetcher initialisation</li>
2974           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2975             dasobert DAS client</li>
2976           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2977             association</li>
2978           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2979             sequences
2980           </li>
2981         </ul>
2982       </td>
2983     </tr>
2984     <tr>
2985       <td>
2986         <div align="center">
2987           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2988         </div>
2989       </td>
2990       <td>
2991         <ul>
2992           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2993           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2994           <li>Slide sequences</li>
2995           <li>Edit sequence in place</li>
2996           <li>EMBL CDS features</li>
2997           <li>DAS Feature mapping</li>
2998           <li>Feature ordering</li>
2999           <li>Alignment Properties</li>
3000           <li>Annotation Scores</li>
3001           <li>Sort by scores</li>
3002           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3003         </ul>
3004       </td>
3005       <td>
3006         <ul>
3007           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3008           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3009           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3010           <li>Feature group display state in XML</li>
3011           <li>Feature ordering in XML</li>
3012           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3013           <li>Stockholm alignment properties</li>
3014           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3015           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3016           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3017           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3018         </ul>
3019       </td>
3020
3021     </tr>
3022     <tr>
3023       <td>
3024         <div align="center">
3025           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3026         </div>
3027       </td>
3028       <td>
3029         <ul>
3030           <li>Non standard characters can be read and displayed
3031           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3032             applet via textbox
3033           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3034             name &amp; description
3035           <li>Preference setting to display sequence name in
3036             italics
3037           <li>Annotation file format extended to allow
3038             Sequence_groups to be defined
3039           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3040             specified in preferences
3041           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3042             sequences
3043         </ul>
3044       </td>
3045       <td>
3046         <ul>
3047           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3048             installed
3049           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3050           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3051         </ul>
3052       </td>
3053     </tr>
3054     <tr>
3055       <td>
3056         <div align="center">
3057           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3058         </div>
3059       </td>
3060       <td>
3061         <ul>
3062           <li>Multiple views on alignment
3063           <li>Sequence feature editing
3064           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3065           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3066           <li>Background dependent text colour
3067           <li>Right align sequence ids
3068           <li>User-defined lower case residue colours
3069           <li>Format Menu
3070           <li>Select Menu
3071           <li>Menu item accelerator keys
3072           <li>Control-V pastes to current alignment
3073           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3074           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3075           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3076
3077           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3078         </ul>
3079       </td>
3080       <td>
3081         <ul>
3082           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3083           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3084             calculations
3085           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3086             edits
3087           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3088             of alignment)
3089           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3090
3091           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3092             display correctly
3093           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3094           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3095             analysis results
3096           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3097             &#8739;
3098           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3099           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3100           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3101
3102         </ul>
3103       </td>
3104     </tr>
3105     <tr>
3106       <td>
3107         <div align="center">
3108           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3109         </div>
3110       </td>
3111       <td>
3112         <ul>
3113           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3114         </ul>
3115       </td>
3116       <td>
3117         <ul>
3118           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3119             sequence id panel has been resized</li>
3120           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3121             rendered</li>
3122           <li>Annotation files with sequence references - all
3123             elements in file are relative to sequence position</li>
3124           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3125         </ul>
3126       </td>
3127     </tr>
3128     <tr>
3129       <td>
3130         <div align="center">
3131           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3132         </div>
3133       </td>
3134       <td>
3135         <ul>
3136           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3137           <li>DAS Feature fetching</li>
3138           <li>Hide sequences and columns</li>
3139           <li>Export Annotations and Features</li>
3140           <li>GFF file reading / writing</li>
3141           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3142             files</li>
3143           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3144           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3145           <li>Applet can launch the full application</li>
3146           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3147             required)</li>
3148           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3149           <li>Applet can load sequences from parameter
3150             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3151           </li>
3152         </ul>
3153       </td>
3154       <td>
3155         <ul>
3156           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3157           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3158           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3159         </ul>
3160       </td>
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3171           <li>Choose to match case when searching</li>
3172           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3173             expand the visible width and height of the alignment</li>
3174         </ul>
3175       </td>
3176       <td>
3177         <ul>
3178           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3179         </ul>
3180       </td>
3181     </tr>
3182     <tr>
3183       <td>
3184         <div align="center">
3185           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3186         </div>
3187       </td>
3188       <td>&nbsp;</td>
3189       <td>
3190         <ul>
3191           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3192           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3193             value</li>
3194         </ul>
3195       </td>
3196     </tr>
3197     <tr>
3198       <td>
3199         <div align="center">
3200           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3201         </div>
3202       </td>
3203       <td>
3204         <ul>
3205           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3206           <li>Keyboard editing</li>
3207           <li>Create sequence features from searches</li>
3208           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3209             alignments</li>
3210           <li>Features file allows grouping of features</li>
3211           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3212           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3213           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3214         </ul>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3219           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3220             descriptions saved.</li>
3221         </ul>
3222       </td>
3223     </tr>
3224     <tr>
3225       <td>
3226         <div align="center">
3227           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3228         </div>
3229       </td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3233           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3234           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3235             name for file output</li>
3236           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3237           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3238             used for HTML form input</li>
3239         </ul>
3240       </td>
3241       <td>
3242         <ul>
3243           <li>HTML output writes groups and features</li>
3244           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3245           <li>File IO bugs</li>
3246         </ul>
3247       </td>
3248     </tr>
3249     <tr>
3250       <td>
3251         <div align="center">
3252           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3253         </div>
3254       </td>
3255       <td>
3256         <ul>
3257           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3258           <li>More options for PCA viewer</li>
3259         </ul>
3260       </td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>GUI bugs resolved</li>
3264           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td height="63">
3270         <div align="center">
3271           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3272         </div>
3273       </td>
3274       <td>
3275         <ul>
3276           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3277           <li>Jar files are executable</li>
3278           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3279         </ul>
3280       </td>
3281       <td>
3282         <ul>
3283           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3284           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3285           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3286         </ul>
3287       </td>
3288     </tr>
3289     <tr>
3290       <td>
3291         <div align="center">
3292           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3293         </div>
3294       </td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300       <td>
3301         <ul>
3302           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305     </tr>
3306     <tr>
3307       <td>
3308         <div align="center">
3309           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3310         </div>
3311       </td>
3312       <td>
3313         <ul>
3314           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3315             size</li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318       <td>
3319         <ul>
3320           <li>Improved JPred client reliability</li>
3321           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3322         </ul>
3323       </td>
3324     </tr>
3325     <tr>
3326       <td>
3327         <div align="center">
3328           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3329         </div>
3330       </td>
3331       <td>
3332         <ul>
3333           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3334           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3335           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3336             to Colour Menu</li>
3337           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3338           <li>Unix users can set default web browser</li>
3339           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3340           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3341         </ul>
3342       </td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3346         </ul>
3347       </td>
3348     </tr>
3349     <tr>
3350       <td>
3351         <div align="center">
3352           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3353         </div>
3354       </td>
3355       <td>&nbsp;</td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3359             alignment order.</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362     </tr>
3363     <tr>
3364       <td>
3365         <div align="center">
3366           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3367         </div>
3368       </td>
3369       <td>
3370         <ul>
3371           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3372           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3373           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3374             annotations.</li>
3375           <li>Version and build date written to build properties
3376             file.</li>
3377           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3378             at launch of Jalview.</li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3384           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3385           <li>Can remove groups one by one.</li>
3386           <li>Filechooser icons installed.</li>
3387           <li>Finder ignores return character when searching.
3388             Return key will initiate a search.<br>
3389           </li>
3390         </ul>
3391       </td>
3392     </tr>
3393     <tr>
3394       <td>
3395         <div align="center">
3396           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3397         </div>
3398       </td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>New codebase</li>
3402         </ul>
3403       </td>
3404       <td>&nbsp;</td>
3405     </tr>
3406   </table>
3407   <p>&nbsp;</p>
3408 </body>
3409 </html>