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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79         </ul>
  80       </div></td>
  81     <td><div align="left">
  82         <em></em>
  83         <ul>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  86             sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  87             SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  88               configured via the Format menu or in batch mode with a
  89               jalview properties file.</em>
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
  93             when sequences are selected in exported view.</em>
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
  97             aren't rendered with correct colour.
  98           </li>
  99           <li>
 100             <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain types of knotted RNA secondary structure
 101           </li>
 102         </ul>
 103       </div>
 104     </td>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td width="60" nowrap>
 108         <div align="center">
 109           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 110             <em>7/06/2018</em></strong>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em></em>
 115           <ul>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 118               annotation retrieved from Uniprot
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 122               onto the Jalview Desktop
 123             </li>
 124           </ul>
 125         </div></td>
 126       <td><div align="left">
 127           <em></em>
 128           <ul>
 129             <li>
 130               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 131               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 135               right-hand column parsed correctly
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 139               not alignment area in exported graphic
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 143               window has input focus
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 147               annotation added to view (Windows)
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 151               network connectivity is poor
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 155               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 156                 the currently open URL and links from a page viewed in
 157                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 158                 you are using Edge, only links in the page can be
 159                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 160                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 161             </li>
 162           </ul>
 163         </div></td>
 164     </tr>
 165     <tr>
 166       <td width="60" nowrap>
 167         <div align="center">
 168           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 169         </div>
 170       </td>
 171       <td><div align="left">
 172           <em></em>
 173           <ul>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 176               for disabling automatic superposition of multiple
 177               structures and open structures in existing views
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 181               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 182               adjust them.
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 186               Ensembl services
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 190               and lots of hidden columns
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 194               of features (particularly when transparency is disabled)
 195             </li>
 196           </ul>
 197           </div>
 198       </td>
 199       <td><div align="left">
 200           <ul>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 203               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 207               overlapping alignment panel
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 211               sequence as gaps
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 215               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 216               UTR
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 220               factor annotation not added to sequence when local PDB
 221               file associated with it by drag'n'drop or structure
 222               chooser
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 226               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 230               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 234               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 238               columns in annotation row
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 242               honored in batch mode
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 246               for structures added to existing Jmol view
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 250               entries after importing project with multiple views
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 254               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 255               with negative residue numbers or missing residues fails
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 259               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 260               as generated by CONSURF)
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 264               tooltip doesn't include a text description of mutation
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 268               structure and/or overview windows are also shown
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 272               very slow for alignments with large numbers of sequences
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 276               with 'StringIndexOutOfBounds'
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 280               platforms running Java 10
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 284               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 285             </li>
 286           </ul>
 287           <em>Applet</em>
 288           <ul>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 291               should copy the group consensus when popup is opened on it
 292             </li>
 293           </ul>
 294           <em>Batch Mode</em>
 295           <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 298           </li>
 299           </ul>
 300           <em>New Known Defects</em>
 301           <ul>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 304               editing a large alignment and overview is displayed
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 308               repeatedly after a series of edits even when the overview
 309               is no longer reflecting updates
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 313               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 314               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 315               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 316             </li>
 317           </ul>
 318         </div>
 319           </td>
 320     </tr>
 321     <tr>
 322       <td width="60" nowrap>
 323         <div align="center">
 324           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 325         </div>
 326       </td>
 327       <td><div align="left">
 328           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 329               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 330       <td><div align="left">
 331           <em>Desktop</em><ul>
 332           <ul>
 333             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 334             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 335             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 336             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 337             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 338             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 339             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 340           </ul>
 341           </div>
 342       </td>
 343     </tr>
 344     <tr>
 345       <td width="60" nowrap>
 346         <div align="center">
 347           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 348         </div>
 349       </td>
 350       <td><div align="left">
 351           <em></em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 355               rendering of sequence features
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 359               429 rate limit request hander
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 363               their colours have changed
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 367               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 371               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 375               view from Ensembl locus cross-references
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 379               Alignment report
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 383               feature can be disabled
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 387               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 391               Uniprot
 392             </li>
 393           </ul>
 394           <em>Scripting</em>
 395           <ul>
 396             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 397             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 398               percent identity scores for current alignment.</li>
 399           </ul>
 400           <em>Testing and Deployment</em>
 401           <ul>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 404             </li>
 405           </ul>
 406         </div></td>
 407       <td><div align="left">
 408           <em>General</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 412               threshold text field doesn't trigger an update to the
 413               alignment view
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 417               strings in parallel
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 421               alignment window is closed
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 425               group visibility
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 429               takes a long time in Cursor mode
 430             </li>
 431           </ul>
 432           <em>Desktop</em>
 433           <ul>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 436               cannot be viewed in Chimera
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 440               CDS/Protein view
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 444               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 445               Search Dialogs
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 455               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 459               scrolling right in unwapped alignment view
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 463               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 464               database
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 468               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 472               features of same type and group to be selected for
 473               amending
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 477               alignments when hidden columns are present
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 481               displaying several structures
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 485               moving a window
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 489               within the Jalview desktop on OSX
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 493               when in wrapped alignment mode
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 497               hand end of alignment
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 501               each selected sequence do not have correct start/end
 502               positions
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 506               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 510               restoring project until a new view is created
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 514               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 515               configured (since 2.10.2b2)
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 519               position is adjusted
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 523               in a multi-chain structure when viewing alignment
 524               involving more than one chain (since 2.10)
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 528               if new selection moves alignment window
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 532               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 536               that produces correctly annotated transcripts and products
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 540               doesn't update associated structure view
 541             </li>
 542           </ul>
 543           <em>Applet</em><br />
 544           <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 547               closing alignment panel
 548             </li>
 549           </ul>
 550           <em>BioJSON</em><br />
 551           <ul>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 554               non-positional features
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>New Known Issues</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 561               sequence features correctly (for many previous versions of
 562               Jalview)
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 566               using cursor in wrapped panel other than top
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 570               graduated colour threshold
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 574               always preserve numbering and sequence features
 575             </li>
 576           </ul>
 577           <em>Known Java 9 Issues</em>
 578           <ul>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 581               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 582               9.01, OSX 10.10)
 583             </li>
 584           </ul>
 585         </div></td>
 586     </tr>
 587     <tr>
 588       <td width="60" nowrap>
 589         <div align="center">
 590           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 591             <em>2/10/2017</em></strong>
 592         </div>
 593       </td>
 594       <td><div align="left">
 595           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 596           <ul>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 599             </li>
 600             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 601             </li>
 602           </ul>
 603         </div></td>
 604       <td><div align="left">
 605         </div></td>
 606     </tr>
 607     <tr>
 608       <td width="60" nowrap>
 609         <div align="center">
 610           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 611             <em>7/9/2017</em></strong>
 612         </div>
 613       </td>
 614       <td><div align="left">
 615           <em></em>
 616           <ul>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 619               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 620               white)
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 624               Preferences
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 628               in size and progress bar shown as higher resolution
 629               overview is recalculated
 630             </li>
 631
 632           </ul>
 633         </div></td>
 634       <td><div align="left">
 635           <em></em>
 636           <ul>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 639               column region row by row
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 643               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 647               format setting is unticked
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 651               if group has show boxes format setting unticked
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 655               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 656               include sequences and columns not currently displayed
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 660               assemblies are imported via CIF file
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 664               displayed when threshold or conservation colouring is also
 665               enabled.
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 669               server version
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 673               dragging a selected region off the visible region of the
 674               alignment
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 678               colourscheme to all groups in a view
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 682               initially after font size change using the Font chooser or
 683               middle-mouse zoom
 684             </li>
 685           </ul>
 686         </div></td>
 687     </tr>
 688     <tr>
 689       <td width="60" nowrap>
 690         <div align="center">
 691           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 692         </div>
 693       </td>
 694       <td><div align="left">
 695           <em>Calculations</em>
 696           <ul>
 697
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 700               ungapped positions in each column of the alignment.
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 704               a calculation dialog box
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 708               and memory efficiency (~30x faster)
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 712               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 713               and other calculations
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 717               files within the Jalview codebase
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 721               Similarity may have different topology due to increased
 722               precision
 723             </li>
 724           </ul>
 725           <em>Rendering</em>
 726           <ul>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 729               model for alignments and groups
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 733               scripts
 734             </li>
 735           </ul>
 736           <em>Overview</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 740               with alignment and overview windows
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 744               overview
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 748               omitted in Overview
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 752               adjustment of visible position
 753             </li>
 754           </ul>
 755
 756           <em>Data import/export</em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 760               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 764               annotation input/output via stockholm flatfile
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 768               extension when importing structure files without embedded
 769               names or PDB accessions
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 773               format sequence substitution matrices
 774             </li>
 775           </ul>
 776           <em>User Interface</em>
 777           <ul>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 780               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 781               the application.
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 785               via Overview or sequence motif search operations
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 789               opened by double clicking gaps within sequence feature
 790               extent
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 794               aligned positions were available to create a 3D structure
 795               superposition.
 796             </li>
 797           </ul>
 798           <em>3D Structure</em>
 799           <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 802               coloured in linked structure views
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 806               file-based command exchange
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 810               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 811               structures are already available for sequences
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 815               the Jalview project rather than downloaded again when the
 816               project is reopened.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 820               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 821               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 822                 Feature</strong>)
 823             </li>
 824           </ul>
 825           <em>Web Services</em>
 826           <ul>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 832               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 833               Analysis services
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 837               cross-references provided by identifiers.org and the
 838               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 839             </li>
 840           </ul>
 841
 842           <em>Scripting</em>
 843           <ul>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 846               identifying file formats (instead of String constants)
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 850               efficiency when counting all displayed features (not
 851               backwards compatible with 2.10.1)
 852             </li>
 853           </ul>
 854           <em>Example files</em>
 855           <ul>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 858               included in the example feature file
 859             </li>
 860           </ul>
 861           <em>Documentation</em>
 862           <ul>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 865               with the built-in Java help viewer
 866             </li>
 867             <li>
 868               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 869               sequence description' option
 870             </li>
 871           </ul>
 872           <em>Test Suite</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 876               Uniprot REST Free Text Search Client
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 883               during tests
 884             </li>
 885           </ul>
 886         </div></td>
 887       <td><div align="left">
 888           <em>Calculations</em>
 889           <ul>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 892               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 893               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 894             </li>
 895             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 896               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 897               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 898               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 899               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 900               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 901               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 902               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 903               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 904               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 905               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 906               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 907               // for 2.10.1 mode <br />
 908               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 909               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 910                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 911                 calculations (not recommended)</em></li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 914               scaling of branch lengths for trees computed using
 915               Sequence Feature Similarity.
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 919               generating output report when working with highly
 920               redundant alignments
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 924               right of selected region when gaps present on right-hand
 925               boundary
 926             </li>
 927           </ul>
 928           <em>User Interface</em>
 929           <ul>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 932               doesn't reselect a specific sequence's associated
 933               annotation after it was used for colouring a view
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 937               opened on a region of alignment without groups
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 941               of an alignment with overlapping groups
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 945               name and description match
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 949               hidden regions results in incorrect hidden regions
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 953               changing colour does not apply Conservation slider value
 954               to all groups
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 958               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 962               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 966               gaps before start of features
 967             </li>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 970               restored to UI when feature colour is edited
 971             </li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 974               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 978               as graduate feature colour settings are modified via the
 979               dialog box
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 983               when a group defined on the alignment is resized
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 987               wrapped view result in positional status updates
 988             </li>
 989
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 992               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 996               alignment included gapped columns
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1000               widgets don't permanently disappear
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1004               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1005               T-Coffee column reliability scores)
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1009               sequence feature on gaps only
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1013               button from a Find inherit previously defined feature type
1014               rather than the Find query string
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1018               exporting tree calculated in Jalview
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1022               and then revealing them reorders sequences on the
1023               alignment
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1027               doesn't update to reflect available set of groups after
1028               interactively adding or modifying features
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1032               Linux
1033             </li>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1036               only excluded gaps in current sequence and ignored
1037               selection.
1038             </li>
1039           </ul>
1040           <em>Rendering</em>
1041           <ul>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1044               erratically when hidden rows or columns are present
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1048               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1049               sequence colouring
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1053               colour and group colour menu for protein alignments
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1057               reflect currently selected view or group's shading
1058               thresholds
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1062               when rendered on overview and structures when opacity at
1063               100%
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1067               overview when features overlaid on alignment
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>Data import/export</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1074               load
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1078               added after a sequence was imported are not written to
1079               Stockholm File
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1083               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1087               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1091               with lightGray or darkGray via features file (but can
1092               specify lightgray)
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1096               when alignment view imported from project
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1100               structure and sequences extracted from structure files
1101               imported via URL and viewed in Jmol
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1105               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1106               the project is loaded and the structure viewed
1107             </li>
1108           </ul>
1109           <em>Web Services</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1113               release of Ensembl v.88
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1117               appear enabled in Preferences->Connections
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1121               removed from console output
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1125               Ensembl by Peptide ID
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1129               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1130               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1131               due to 'null' string rather than empty string used for
1132               residues with no corresponding PDB mapping).
1133             </li>
1134           </ul>
1135           <em>Application UI</em>
1136           <ul>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1139               menu
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1143               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1144               new documentation and tooltips added)
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1148               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1152               new features are added to alignment
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1156               changes to feature colours via the Amend features dialog
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1160               edit graduated feature colour via amend features dialog
1161               box
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1165               selection menu changes colours of alignment views
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1169               from alignment calculation workers after alignment has
1170               been closed
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1174               groups now 'Create Group'
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1178               Create/Undefine group doesn't always work
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1182               shown again after pressing 'Cancel'
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1186               adjusts start position in wrap mode
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1190               ambiguous amino acids
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1194               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1195               proteins
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1199               Defined' don't appear in Colours menu
1200             </li>
1201           </ul>
1202           <em>Applet</em>
1203           <ul>
1204             <li>
1205               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1206               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1207             </li>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1210               overview or linked structure view
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1214               work (since 2.8)
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1218               user-defined colourscheme doesn't restore original
1219               colourscheme
1220             </li>
1221           </ul>
1222           <em>Test Suite</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1226               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1230               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1231               problems with deep array comparison equality asserts in
1232               successive versions of TestNG
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1236               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1237             </li>
1238           </ul>
1239           <em>New Known Issues</em>
1240           <ul>
1241             <li>
1242               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1243               phase after a sequence motif find operation
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1247               containing just upper and lower case letters are
1248               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1252               reliably from eggnog Ortholog database
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1256               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1257               to mark columns containing highlighted regions.
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1261               doesn't always add secondary structure annotation.
1262             </li>
1263           </ul>
1264         </div>
1265     <tr>
1266       <td width="60" nowrap>
1267         <div align="center">
1268           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1269         </div>
1270       </td>
1271       <td><div align="left">
1272           <em>General</em>
1273           <ul>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1276               for all consensus calculations
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1280               3rd Oct 2016)
1281             </li>
1282             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1283               for 2016-2017</li>
1284           </ul>
1285           <em>Application</em>
1286           <ul>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1289               set of database cross-references, sorted alphabetically
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1293               from database cross references. Users with custom links
1294               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1295                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1299               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1300               Chimera session
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1304               the Chimera it is connected to is shut down
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1308               columns menu item to mark columns containing highlighted
1309               regions (e.g. from structure selections or results of a
1310               Find operation)
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1314               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1315               MSAviewer
1316             </li>
1317           </ul>
1318         </div></td>
1319       <td>
1320         <div align="left">
1321           <em>General</em>
1322           <ul>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1325               are not coloured or thresholded according to percent
1326               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1330               hydrophobic
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1334               threshold, amino acid properties)
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1338               reported as mapped to residues in a structure file in the
1339               View Mapping report
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1343               could be added multiple times to a sequence
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1347               bond features shown as two highlighted residues rather
1348               than a range in linked structure views, and treated
1349               correctly when selecting and computing trees from features
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1353               cross-references are matched to database name regardless
1354               of case
1355             </li>
1356
1357           </ul>
1358           <em>Application</em>
1359           <ul>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1362               names without regular expressions also offer links from
1363               Sequence ID
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1367               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1368               update Jalview configuration
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1372               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1376               files with similarly named sequences if dropped onto the
1377               alignment
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1381               entries where more chains exist in the PDB accession than
1382               are reported in the SIFTS file
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1386               the structure view when displayed with Chimera
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1390               panel's View->Show Chains submenu
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1394               work for wrapped alignment views
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1398               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1402               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1403               first annotation row
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1407               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1411               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1412             </li>
1413             <!-- JAL-2319 -->
1414             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1415             coordindate data
1416             </li>
1417           </ul>
1418           <!--           <em>New Known Issues</em>
1419           <ul>
1420             <li></li>
1421           </ul> -->
1422         </div>
1423       </td>
1424     </tr>
1425     <td width="60" nowrap>
1426       <div align="center">
1427         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1428           <em>25/10/2016</em></strong>
1429       </div>
1430     </td>
1431     <td><em>Application</em>
1432       <ul>
1433         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1434           view if structures already loaded</li>
1435         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1436           structure views</li>
1437       </ul></td>
1438     <td>
1439       <div align="left">
1440         <em>General</em>
1441         <ul>
1442           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1443             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1444           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1445             example sequences/projects/trees</li>
1446         </ul>
1447         <em>Application</em>
1448         <ul>
1449           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1450             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1451           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1452             without timeout for structures with multiple models or
1453             multiple sequences in alignment</li>
1454           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1455             PDB ID HEADER line</li>
1456           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1457             is performed</li>
1458           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1459             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1460           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1461           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1462             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1463             option</li>
1464           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1465             is created on the alignment</li>
1466           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1467             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1468             pop-up menu</li>
1469         </ul>
1470         <em>Build and deployment</em>
1471         <ul>
1472           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1473             tags</li>
1474         </ul>
1475         <em>New Known Issues</em>
1476         <ul>
1477           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1478             on Windows</li>
1479         </ul>
1480       </div>
1481     </td>
1482     </tr>
1483     <tr>
1484       <td width="60" nowrap>
1485         <div align="center">
1486           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1487         </div>
1488       </td>
1489       <td><em>General</em>
1490         <ul>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1493           </li>
1494           <li>
1495             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1496             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1497             better PDB parsing.
1498           </li>
1499           <li>
1500             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1501             reference sequence
1502           </li>
1503           <li>
1504             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1505             mousing over sequence associated annotation
1506           </li>
1507           <li>
1508             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1509             for manual entry
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1513             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1514             for each column
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1518             showing or hiding columns containing a feature
1519           </li>
1520           <li>
1521             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1522             group and sequence associated annotation labels
1523           </li>
1524           <li>
1525             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1526             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1527             dialogs
1528           </li>
1529
1530         </ul> <em>Application</em>
1531         <ul>
1532           <li>
1533             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1534             gene/transcript view
1535           </li>
1536           <li>
1537             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1538             dialog
1539           </li>
1540           <li>
1541             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1542             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1543           </li>
1544           <li>
1545             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1546             Pfam sources to xfam.org
1547           </li>
1548           <li>
1549             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1553             over sequences in Jalview
1554           </li>
1555           <li>
1556             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1557             regions in ENA and EMBL
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1561             for record retrieval via ENA rest API
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1565             complement operator
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1569             groovy script execution
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1573             alignment window's Calculate menu
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1577             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1578           </li>
1579           <li>
1580             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1581             calculation workers from groovy scripts
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1585             Jalview projects
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1589             associations are now saved/restored from project
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1593             before sequence fetcher is opened
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1597             database chooser opens a sequence fetcher
1598           </li>
1599           <li>
1600             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1601             the UniProt REST API
1602           </li>
1603           <li>
1604             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1605             the news reader opening
1606           </li>
1607           <li>
1608             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1609             querying stored in preferences
1610           </li>
1611           <li>
1612             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1613             search results
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1620             menu for nucleotide sequences
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1624             and feature counts preserves alignment ordering (and
1625             debugged for complex feature sets).
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1629             viewing structures with Jalview 2.10
1630           </li>
1631           <li>
1632             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1633             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1634             Ensembl Genomes REST API
1635           </li>
1636           <li>
1637             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1638             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1639             (Ensembl)
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1643             sequences
1644           </li>
1645           <li>
1646             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1647             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1648             data from external database records.
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1652             efficient recovery of sequence coding and alignment
1653             annotation relationships.
1654           </li>
1655         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1656         <ul>
1657           <li>
1658             -- JAL---
1659           </li>
1660         </ul> --></td>
1661       <td>
1662         <div align="left">
1663           <em>General</em>
1664           <ul>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1667               menu on OSX
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1671               includes graduated colourschemes
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1675               working with big alignments and lots of hidden columns
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1679               at right of alignment window
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1683               contents
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1687               for DNA alignments
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1691               based tree calculation
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1695               unconserved enabled for group on alignment
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1699               set as reference
1700             </li>
1701             <li>
1702               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1703               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1704               annotation
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1708               hidden columns present
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1712               user created annotation added to alignment
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1716               '()' base pair annotation
1717             </li>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1720               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1721               Consensus
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1725               feature not working
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1729               beginning of sequence
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1733               entry 3a6s
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1737               from a tree when t-coffee scores are shown
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1741               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1745               some structures
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1749               to Clustal, PIR and PileUp output
1750             </li>
1751             <li>
1752               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1753               not visible causes alignment window to repaint
1754             </li>
1755             <li>
1756               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1757               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1758               scores associated with features and annotation rows
1759             </li>
1760             <li>
1761               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1762               calculation should be case independent
1763             </li>
1764             <li>
1765               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1766               columns
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1770               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1771               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1775               problems when reference sequence defined and 'show
1776               non-conserved' enabled
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1780               load even when Consensus calculation is disabled
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1784               alignment does nothing
1785             </li>
1786           </ul>
1787           <em>Application</em>
1788           <ul>
1789             <li>
1790               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1791               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1792               yet fixed for El Capitan)
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1796               output when running on non-gb/us i18n platforms
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1800               hidden sequences as flat-file alignment
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1804               launching Chimera
1805             </li>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1808               (also hotfix for 2.9.0b2)
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1812               reference sequence defined
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1816               alignments and views when revealing hidden columns
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1820               view in a cDNA/Protein splitframe
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1824               sequence from project when only one sequence is
1825               represented
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1829               in Structure Chooser
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1833               structure consensus didn't refresh annotation panel
1834             </li>
1835             <li>
1836               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1837               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1841               dialogs format columns correctly, don't display array
1842               data, sort columns according to type
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1846               file chooser is cancelled during an image export
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1850               sequence name containing special characters
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1854               case insensitive
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1858               formatting don't wrap
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1862               truncated so L looks like I in consensus annotation
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1866               currently displayed features for the current selection or
1867               view
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1871               after fetching cross-references, and restoring from
1872               project
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1876               followed in the structure viewer
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1880               splitframe not restored from project
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1884               trailing end of protein alignment in transcript/product
1885               splitview when pad-gaps not enabled by default
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1889               is case dependent
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1893               article has been read (reopened issue due to
1894               internationalisation problems)
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1898               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1899               cross-references
1900             </li>
1901
1902             <li>
1903               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1904               alignment as HTML
1905             </li>
1906             <li>
1907               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1908               multiple structures are shown for one or more sequences.
1909             </li>
1910             <li>
1911               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1912               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1913               is enabled.
1914             </li>
1915             <li>
1916               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1917               specific PDB id for sequence
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1921               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1922               columns' is disabled.
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1926               selects lowest rather than highest resolution structures
1927               for each sequence
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1931               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1935               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1939               after clicking on it to create new annotation for a
1940               column.
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1944               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1945             </li>
1946             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1947             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1948           </ul>
1949           <em>Applet</em>
1950           <ul>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1953               hidden columns present before start of sequence
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1957               (JSON jars)
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1961               sequences are hidden in applet
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1965               deployment on examples pages.
1966             </li>
1967           </ul>
1968         </div>
1969       </td>
1970     </tr>
1971     <tr>
1972       <td width="60" nowrap>
1973         <div align="center">
1974           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1975             <em>16/10/2015</em></strong>
1976         </div>
1977       </td>
1978       <td><em>General</em>
1979         <ul>
1980           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1981             jars</li>
1982         </ul></td>
1983       <td>
1984         <div align="left">
1985           <em>Application</em>
1986           <ul>
1987             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1988               shown when tree is partitioned</li>
1989             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1990               multiple cDNA/Protein split views</li>
1991           </ul>
1992         </div>
1993       </td>
1994     </tr>
1995     <tr>
1996       <td width="60" nowrap>
1997         <div align="center">
1998           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1999             <em>8/10/2015</em></strong>
2000         </div>
2001       </td>
2002       <td><em>General</em>
2003         <ul>
2004           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2005             2.9</li>
2006         </ul> <em>Application</em>
2007         <ul>
2008           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2009           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2010           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2011         </ul> <em>Applet</em>
2012         <ul>
2013           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2014         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2015         <ul>
2016           <li>
2017             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2018             suite
2019           </li>
2020         </ul></td>
2021       <td>
2022         <div align="left">
2023           <em>General</em>
2024           <ul>
2025             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2026               incorrect when sequence start > 1</li>
2027             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2028               documentation</li>
2029             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2030             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2031               loading a features file containing HTML tags in feature
2032               description</li>
2033
2034           </ul>
2035           <em>Application</em>
2036           <ul>
2037             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2038               reimport</li>
2039             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2040               with 'trim retrieved sequences'</li>
2041             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2042               deleting selected columns</li>
2043             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2044               JNLP templates for webstart launch</li>
2045             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2046               unreleased structures for download or viewing</li>
2047             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2048               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2049             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2050               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2051             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2052               recovered from jalview project</li>
2053             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2054               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2055               alignment view</li>
2056             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2057               color schemes from BioJSON</li>
2058           </ul>
2059           <em>Applet</em>
2060           <ul>
2061             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2062               frame</li>
2063             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2064           </ul>
2065         </div>
2066       </td>
2067     </tr>
2068     <tr>
2069       <td><div align="center">
2070           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2071         </div></td>
2072       <td><em>General</em>
2073         <ul>
2074           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2075             alignments:
2076             <ul>
2077               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2078                 and DNA alignment views</li>
2079               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2080                 cDNA alignment views</li>
2081               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2082                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2083               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2084                 protein sequences</li>
2085             </ul>
2086           </li>
2087           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2088           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2089             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2090           <li>New alignment annotation file statements for
2091             reference sequences and marking hidden columns</li>
2092           <li>Reference sequence based alignment shading to
2093             highlight variation</li>
2094           <li>Select or hide columns according to alignment
2095             annotation</li>
2096           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2097           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2098             acid conservation row</li>
2099           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2100         </ul> <em>Application</em>
2101         <ul>
2102           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2103             <ul>
2104               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2105                 view with cDNA/Protein</li>
2106               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2107                 sequences are placed in the same alignment</li>
2108               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2109                 projects</li>
2110             </ul>
2111           </li>
2112
2113           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2114           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2115             Jalview windows</li>
2116
2117           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2118           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2119           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2120             be shown in VARNA</li>
2121
2122           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2123             as the active selected region</li>
2124
2125           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2126             similarity</li>
2127           <li>New Export options
2128             <ul>
2129               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2130                 region export in flat file generation</li>
2131
2132               <li>Export alignment views for display with the <a
2133                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2134
2135               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2136               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2137                 alignment figures to HTML</li>
2138           </li>
2139           <li>3D structure retrieval and display
2140             <ul>
2141               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2142                 Search API</li>
2143               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2144                 PDB structures for a sequence set</li>
2145             </ul>
2146           </li>
2147
2148           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2149             predictions</li>
2150           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2151             for one or a group of sequences</li>
2152           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2153             from the JPred4 web server</li>
2154           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2155             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2156             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2157           </li>
2158           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2159             VARNA 2D Structure'</li>
2160           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2161             Structure ..."</li>
2162
2163         </ul> <em>Applet</em>
2164         <ul>
2165           <li>New layout for applet example pages</li>
2166           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2167             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2168           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2169             Protein alignments</li>
2170         </ul> <em>Development and deployment</em>
2171         <ul>
2172           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2173           <li>Include installation type and git revision in build
2174             properties and console log output</li>
2175           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2176             storing BioJsMSA Templates</li>
2177           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2178         </ul></td>
2179       <td>
2180         <!-- <em>General</em>
2181         <ul>
2182         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2183         <ul>
2184           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2185           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2186           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2187             predictions are not highlighted in amber</li>
2188           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2189             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2190           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2191             associated structure views</li>
2192           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2193             width checkbox not enabled</li>
2194           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2195             creating user defined colours</li>
2196           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2197             mappings for just that viewer's sequences</li>
2198           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2199             multiple models in Chimera</li>
2200           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2201             over Jmol structure</li>
2202           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2203             output to text box</li>
2204           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2205             have incorrect sequence start/end</li>
2206           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2207             Jalview fails</li>
2208           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2209             work for nucleotide</li>
2210           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2211             to a grey/invisible alignment window</li>
2212           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2213             imports to different position</li>
2214           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2215             on some platforms</li>
2216           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2217             populated</li>
2218           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2219             console if Chimera has been opened</li>
2220           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2221           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2222             retrieved</li>
2223           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2224           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2225             either sequence shows on first structure</li>
2226           <li>'Show annotations' options should not make
2227             non-positional annotations visible</li>
2228           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2229             in right place after 'view flanking regions'</li>
2230           <li>File Save As type unset when current file format is
2231             unknown</li>
2232           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2233             projects</li>
2234           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2235             responsive</li>
2236           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2237             several views on same alignment</li>
2238           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2239           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2240             spaces</li>
2241         </ul> <em>Applet</em>
2242         <ul>
2243           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2244           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2245             descriptions containing angle brackets</li>
2246         </ul> <em>General</em>
2247         <ul>
2248           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2249             via jalview annotation file</li>
2250           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2251             with RNA secondary structure</li>
2252           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2253             translation doesn't work.</li>
2254           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2255           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2256             positions</li>
2257           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2258             choosing 1pt font</li>
2259           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2260             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2261             'h'</li>
2262           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2263             new feature</li>
2264           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2265             order dependent</li>
2266           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2267             sequences</li>
2268           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2269         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2270         <ul>
2271           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2272             www.jalview.org</li>
2273         </ul> <em>Application Known issues</em>
2274         <ul>
2275           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2276           <li>Misleading message appears after trying to delete
2277             solid column.</li>
2278           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2279             version launches</li>
2280           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2281             fails with a sequence mismatch</li>
2282           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2283             scrolling alignment to right</li>
2284           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2285             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2286           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2287             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2288           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2289             ultra-high resolution</li>
2290           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2291             quality and conservation</li>
2292           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2293             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2294         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2295         <ul>
2296           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2297           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2298             window is being resized</li>
2299
2300         </ul>
2301       </td>
2302     </tr>
2303     <tr>
2304       <td><div align="center">
2305           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2306         </div></td>
2307       <td><em>General</em>
2308         <ul>
2309           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2310             Certum.PL.</li>
2311           <li>Features and annotation preserved when performing
2312             pairwise alignment</li>
2313           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2314             imported/exported/displayed</li>
2315           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2316             protein secondary structure</li>
2317           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2318               post-hoc with 2.9 release</em>)
2319           </li>
2320
2321         </ul> <em>Application</em>
2322         <ul>
2323           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2324             with 3D structures</li>
2325           <li>Support for parsing RNAML</li>
2326           <li>Annotations menu for layout
2327             <ul>
2328               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2329               <li>place sequence annotation above/below alignment
2330                 annotation</li>
2331             </ul>
2332           <li>Output in Stockholm format</li>
2333           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2334             translation</li>
2335           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2336           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2337             shared between alignments</li>
2338           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2339             Jalview</li>
2340           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2341             all or current selection</li>
2342           <li>disorder and secondary structure predictions
2343             available as dataset annotation</li>
2344           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2345
2346
2347           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2348             alignments from Rfam</li>
2349           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2350
2351           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2352             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2353           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2354           <li>include installation type in build properties and
2355             console log output</li>
2356           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2357             annotation</li>
2358         </ul></td>
2359       <td>
2360         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2361         <ul>
2362           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2363             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2364           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2365             alignment</li>
2366           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2367           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2368           <li>Double click on sequence associated annotation
2369             selects only first column</li>
2370           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2371             leaves shown in tree</li>
2372           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2373             properly</li>
2374           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2375           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2376             screen and buttons not visible</li>
2377           <li>author list isn't updated if already written to
2378             Jalview properties</li>
2379           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2380             from database</li>
2381           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2382           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2383             browser search window</li>
2384           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2385             in feature settings dialog</li>
2386           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2387             desktop</li>
2388           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2389             pass validation</li>
2390           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2391             fit on screen</li>
2392           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2393             tooltip</li>
2394           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2395             defined user preset</li>
2396           <li>MSA web services warns user if they were launched
2397             with invalid input</li>
2398           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2399             Java 8</li>
2400           <li>
2401             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2402             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2403             created
2404           </li>
2405
2406         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2407         <ul>
2408         </ul> <em>General</em>
2409         <ul>
2410         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2411         <ul>
2412           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2413             memory allocation</li>
2414           <li>launchApp service doesn't automatically open
2415             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2416           <li>
2417             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2418             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2419             1.7_055 is available
2420           </li>
2421         </ul> <em>Application Known issues</em>
2422         <ul>
2423           <li>
2424             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2425             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2426             alignment to right
2427           </li>
2428           <li>
2429             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2430             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2431             with large number of ID
2432           </li>
2433           <li>
2434             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2435             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2436             start/end
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2440             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2441             structure tracks are rearranged
2442           </li>
2443           <li>
2444             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2445             invalid rna structure positional highlighting does not
2446             highlight position of invalid base pairs
2447           </li>
2448           <li>
2449             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2450             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2451             project from alignment window file menu
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2455             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2456             structures
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2460             colour by RNA Helices not enabled when user created
2461             annotation added to alignment
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2465             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2466           </li>
2467         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2468         <ul>
2469           <li>
2470             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2471             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2475             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2476           </li>
2477
2478           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2479             when selected</li>
2480         </ul>
2481       </td>
2482     </tr>
2483     <tr>
2484       <td><div align="center">
2485           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2486         </div></td>
2487       <td>
2488         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2489         <em>General</em>
2490         <ul>
2491           <li>Internationalisation of user interface (usually
2492             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2493           <li>Define/Undefine group on current selection with
2494             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2495           <li>Improved group creation/removal options in
2496             alignment/sequence Popup menu</li>
2497           <li>Sensible precision for symbol distribution
2498             percentages shown in logo tooltip.</li>
2499           <li>Annotation panel height set according to amount of
2500             annotation when alignment first opened</li>
2501         </ul> <em>Application</em>
2502         <ul>
2503           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2504             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2505           <li>Select columns containing particular features from
2506             Feature Settings dialog</li>
2507           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2508             sequences</li>
2509           <li>Update Jalview project format:
2510             <ul>
2511               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2512               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2513                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2514               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2515                 colouring</li>
2516             </ul>
2517           </li>
2518           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2519             (PAM250)</li>
2520           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2521             flanking regions for an alignment</li>
2522         </ul>
2523       </td>
2524       <td>
2525         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2526         <ul>
2527           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2528             running after job is cancelled</li>
2529           <li>cannot export features from alignments imported from
2530             Jalview/VAMSAS projects</li>
2531           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2532             float values</li>
2533           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2534             have 'display all symbols' flag set</li>
2535           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2536             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2537           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2538             Jalview</li>
2539           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2540             Lion/Webstart</li>
2541           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2542           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2543           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2544             alignment onto desktop</li>
2545           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2546             'extract scores' function</li>
2547           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2548             alignment window</li>
2549           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2550             performing IUPred disorder prediction</li>
2551           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2552             changing 'normalise logo' display setting</li>
2553           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2554             nothing matches query</li>
2555           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2556             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2557           </li>
2558           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2559             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2560           </li>
2561           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2562             Jalview's menu</li>
2563           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2564             'invalid literal/length code'</li>
2565           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2566             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2567           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2568             colourscheme</li>
2569
2570         </ul> <em>Applet</em>
2571         <ul>
2572           <li>Remove group option is shown even when selection is
2573             not a group</li>
2574           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2575             don't affect groups</li>
2576           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2577             colourscheme name</li>
2578           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2579             Annotation panel is not displayed</li>
2580           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2581             embedded windows</li>
2582         </ul> <em>Other</em>
2583         <ul>
2584           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2585             single sequence were not calculated</li>
2586           <li>annotation files that contain only groups imported as
2587             annotation and junk sequences</li>
2588           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2589             recognised as PFAM or BLC</li>
2590           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2591             doesn't affect background (2.8.0b1)
2592           <li></li>
2593           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2594           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2595             trailing gaps</li>
2596           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2597             registered correctly on import</li>
2598           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2599             certain alignments</li>
2600           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2601             existing annotation based 'use original colours'
2602             colourscheme loses original colours setting</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td><div align="center">
2608           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2609             <em>30/1/2014</em></strong>
2610         </div></td>
2611       <td>
2612         <ul>
2613           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2614             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2615             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2616             open source project).
2617           </li>
2618           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2619           <li>Output in Stockholm format</li>
2620           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2621           <li>Export/import group and sequence associated line
2622             graph thresholds</li>
2623           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2624             ambiguity codes</li>
2625           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2626             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2627             works</li>
2628           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2629         </ul> <em>Other improvements</em>
2630         <ul>
2631           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2632           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2633             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2634           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2635             files</li>
2636           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2637           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2638             link but no description</li>
2639           <li>Select primary source when selecting authority in
2640             database fetcher GUI</li>
2641           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2642             Jalview</li>
2643           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2644         </ul>
2645       </td>
2646       <td>
2647         <ul>
2648           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2649             displayed</li>
2650           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2651             secondary structure annotation line</li>
2652           <li>Sequence database accessions not imported when
2653             fetching alignments from Rfam</li>
2654           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2655             identical IDs</li>
2656           <li>View all structures does not always superpose
2657             structures</li>
2658           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2659             reflect user or preset settings</li>
2660           <li>Null pointer exceptions for some services without
2661             presets or adjustable parameters</li>
2662           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2663             discover PDB xRefs</li>
2664           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2665             features with DAS</li>
2666           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2667             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2668           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2669             residue follows a gap</li>
2670           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2671             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2672           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2673             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2674           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2675             annotation already exists on alignment</li>
2676           <li>oninit javascript function should be called after
2677             initialisation completes</li>
2678           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2679             alignment window display</li>
2680           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2681           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2682             to annotation file</li>
2683           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2684             groups created</li>
2685           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2686             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2687           <li>Pressing return several times causes Number Format
2688             exceptions in keyboard mode</li>
2689           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2690             correct partitions for input data</li>
2691           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2692           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2693           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2694           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2695             mode</li>
2696           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2697             changes one row&#39;s threshold</li>
2698           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2699             doesn&#39;t open</li>
2700           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2701             quality histograms</li>
2702         </ul>
2703       </td>
2704     </tr>
2705     <tr>
2706       <td><div align="center">
2707           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2708         </div></td>
2709       <td><em>Application</em>
2710         <ul>
2711           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2712             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2713           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2714             preferences</li>
2715           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2716             in Jalview alignment window</li>
2717           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2718             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2719           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2720             RNA and ambiguity codes</li>
2721
2722           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2723           <li>Support fetching and database reference look up
2724             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2725             refs')</li>
2726           <li>Jalview project improvements
2727             <ul>
2728               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2729                 flag for annotation</li>
2730               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2731                 alignment</li>
2732               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2733                 Jalview project</li>
2734
2735             </ul>
2736           </li>
2737           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2738           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2739             running</li>
2740           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2741           <li>visual indication that web service results are still
2742             being retrieved from server</li>
2743           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2744             starts up for first time</li>
2745           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2746             services</li>
2747           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2748             client library</li>
2749           <li>Examples directory and Groovy library included in
2750             InstallAnywhere distribution</li>
2751         </ul> <em>Applet</em>
2752         <ul>
2753           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2754             visualization applet example</li>
2755         </ul> <em>General</em>
2756         <ul>
2757           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2758           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2759             defaults</li>
2760           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2761             calculation</li>
2762           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2763             matrices
2764           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2765             in HTML</li>
2766           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2767             structure contacts</li>
2768           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2769           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2770           <li>Parse sequence associated secondary structure
2771             information in Stockholm files</li>
2772           <li>HTML Export database accessions and annotation
2773             information presented in tooltip for sequences</li>
2774           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2775             style RNA alignment files</li>
2776           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2777             alignment</li>
2778           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2779             shade each sequence according to its associated alignment
2780             annotation</li>
2781           <li>New Jalview Logo</li>
2782         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2783         <ul>
2784           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2785           <li>New Website!</li>
2786         </ul></td>
2787       <td><em>Application</em>
2788         <ul>
2789           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2790             wsdbfetch REST service</li>
2791           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2792           <li>Filetype associations not installed for webstart
2793             launch</li>
2794           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2795             job execution in full once it is complete</li>
2796           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2797             uploaded via ali_file parameter</li>
2798           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2799           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2800           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2801             submitted for prediction</li>
2802           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2803             desktop window</li>
2804           <li>Putting fractional value into integer text box in
2805             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2806           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2807             windows 7</li>
2808           <li>View all structures fails with exception shown in
2809             structure view</li>
2810           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2811             escaped in a platform independent way</li>
2812           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2813             using proxy</li>
2814           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2815             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2816           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2817             failure when java web start temporary file caching is
2818             disabled</li>
2819           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2820             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2821           <li>Errors during processing of command line arguments
2822             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2823           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2824             DAS sources in sequence fetcher</li>
2825           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2826             dialog is shown</li>
2827           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2828           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2829           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2830           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2831             on OSX Mountain Lion</li>
2832           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2833             sequences with alignment annotation are pasted into the
2834             alignment</li>
2835           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2836             when loaded from Jalview project</li>
2837           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2838           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2839             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2840           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2841             associated with all views</li>
2842           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2843             annotation rows to new window</li>
2844         </ul> <em>Applet</em>
2845         <ul>
2846           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2847             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2848           <li>loading features via javascript API automatically
2849             enables feature display</li>
2850           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2851             work</li>
2852         </ul> <em>General</em>
2853         <ul>
2854           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2855           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2856             and then deselected</li>
2857           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2858           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2859             coloured with clustalx</li>
2860           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2861             exceptions and redraw errors</li>
2862           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2863             reconfigured view</li>
2864           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2865             colour</li>
2866           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2867             for lots of labels</li>
2868         </ul>
2869     </tr>
2870     <tr>
2871       <td>
2872         <div align="center">
2873           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2874         </div>
2875       </td>
2876       <td><em>Application</em>
2877         <ul>
2878           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2879           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2880           <li>View/alignment association menu to enable user to
2881             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2882             its colours/correspondences from</li>
2883           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2884           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2885             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2886           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2887           <li>Annotation row column label formatting attributes
2888             stored in project file</li>
2889           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2890             rows preserved in Jalview project file</li>
2891           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2892             saved using Desktop window menu</li>
2893           <li>Visual indication that command line arguments are
2894             still being processed</li>
2895           <li>Groovy script execution from URL</li>
2896           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2897             preferences</li>
2898           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2899             alignment with sequences that have high similarity and
2900             matching IDs</li>
2901           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2902           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2903             structures in same window</li>
2904           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2905           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2906             analysis function in its own submenu</li>
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2910             groups</li>
2911           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2912           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2913           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2914           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2915           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2916             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2917           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2918           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2919             parameters are treated as such</li>
2920           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2921             <ul>
2922               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2923               <li>Javascript callbacks for
2924                 <ul>
2925                   <li>Applet initialisation</li>
2926                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2927                 </ul>
2928               </li>
2929               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2930                 functions</li>
2931               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2932               <li>javascript structure viewer harness to pass
2933                 messages between Jmol and Jalview when running as
2934                 distinct applets</li>
2935               <li>sortBy method</li>
2936               <li>Set of applet and application examples shipped
2937                 with documentation</li>
2938               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2939                 javascript message exchange</li>
2940             </ul>
2941         </ul> <em>General</em>
2942         <ul>
2943           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2944             multiple alignments</li>
2945           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2946           <li>User configurable link to enable redirects to a
2947             www.Jalview.org mirror</li>
2948           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2949           <li>Configurable newline string when writing alignment
2950             and other flat files</li>
2951           <li>Allow alignment annotation description lines to
2952             contain html tags</li>
2953         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2954         <ul>
2955           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2956             examples</li>
2957           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2958             using a web service before displaying the result in the
2959             Jalview desktop</li>
2960           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2961           <li>Ant target to publish example html files with applet
2962             archive</li>
2963           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2964           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2965         </ul></td>
2966       <td><em>Application</em>
2967         <ul>
2968           <li>User defined colourscheme throws exception when
2969             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2970           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2971             dialog for valid filename/format</li>
2972           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2973           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2974             P37173</li>
2975           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2976             which sequence is to be associated with the file</li>
2977           <li>Find All raises null pointer exception when query
2978             only matches sequence IDs</li>
2979           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2980           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2981             2.4 cannot be loaded</li>
2982           <li>Filetype associations not installed for webstart
2983             launch</li>
2984           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2985             with sequences in different alignments do not get coloured
2986             by their associated sequence</li>
2987           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2988             not preserved when project is loaded</li>
2989           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2990             stored in Jalview project</li>
2991           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2992             Jalview project</li>
2993           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2994           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2995             by conservation</li>
2996           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2997             created on new view</li>
2998           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2999             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3000           <li>Alignment quality not updated after alignment
3001             annotation row is hidden then shown</li>
3002           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3003             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3004           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3005             properly</li>
3006           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3007             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3008           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3009           <li>Structures imported from file and saved in project
3010             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3011           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3012             job execution in full once it is complete</li>
3013         </ul> <em>Applet</em>
3014         <ul>
3015           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3016             annotation rows are displayed</li>
3017           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3018             codebase</li>
3019           <li>View follows highlighting does not work for positions
3020             in sequences</li>
3021           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3022           <li>Export features raises exception when no features
3023             exist</li>
3024           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3025             for javascript api is modified when separator string
3026             provided as parameter</li>
3027           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3028             alignment with no existing selection</li>
3029           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3030             to applet&#39;s codebase</li>
3031           <li>Status bar not updated after finished searching and
3032             search wraps around to first result</li>
3033           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3034             several Jalview applets causes race conditions and memory
3035             leaks</li>
3036           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3037             not sent from Jmol in applet</li>
3038           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3039             applet API fatally hang browser</li>
3040         </ul> <em>General</em>
3041         <ul>
3042           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3043             position with wrapped view and hidden regions</li>
3044           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3045             with/without hidden columns</li>
3046           <li>Sequence length given in alignment properties window
3047             is off by 1</li>
3048           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3049             import PDB like structure files</li>
3050           <li>Positional search results are only highlighted
3051             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3052           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3053           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3054             given sequence position</li>
3055           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3056             output</li>
3057           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3058             from nucleotide chains correctly</li>
3059           <li>Structure colours not updated when tree partition
3060             changed in alignment</li>
3061           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3062             parsed in interleaved stockholm</li>
3063           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3064             state</li>
3065           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3066             properly</li>
3067           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3068             properly associated with their pdb files</li>
3069         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3070         <ul>
3071           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3072             ApplyCopyright tool</li>
3073         </ul></td>
3074     </tr>
3075     <tr>
3076       <td>
3077         <div align="center">
3078           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3079         </div>
3080       </td>
3081       <td><em>Application</em>
3082         <ul>
3083           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3084             contact web services</li>
3085           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3086             service job window</li>
3087           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3088         </ul></td>
3089       <td>
3090         <ul>
3091           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3092             pir file emitted by Jalview</li>
3093           <li>Existing feature settings transferred to new
3094             alignment view created from cut'n'paste</li>
3095           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3096             parsing PDB files</li>
3097           <li>Consensus and conservation annotation rows
3098             occasionally become blank for all new windows</li>
3099           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3100             in wrapped view mode</li>
3101         </ul> <em>Application</em>
3102         <ul>
3103           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3104             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3105           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3106             parameter names</li>
3107           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3108             is down</li>
3109         </ul>
3110       </td>
3111     </tr>
3112     <tr>
3113       <td>
3114         <div align="center">
3115           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3116         </div>
3117       </td>
3118       <td><em>Application</em>
3119         <ul>
3120           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3121             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3122             (JABAWS)
3123           </li>
3124           <li>Web Services preference tab</li>
3125           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3126             preferences</li>
3127           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3128           <li>Superpose structures using associated sequence
3129             alignment</li>
3130           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3131             viewer</li>
3132         </ul> <em>Applet</em>
3133         <ul>
3134           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3135             link out mechanism</li>
3136         </ul> <em>Other</em>
3137         <ul>
3138           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3139             series 12</li>
3140           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3141             require Java 1.5</li>
3142           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3143             sequence annotation files</li>
3144           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3145             type colour specification</li>
3146           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3147             script to check if it being run in an interactive session or
3148             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3149         </ul></td>
3150       <td>
3151         <ul>
3152           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3153             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3154         </ul> <em>Application</em>
3155         <ul>
3156           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3157             selected Regions menu item</li>
3158           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3159             part of a valid accession ID</li>
3160           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3161             runs out of memory</li>
3162           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3163             analysis results</li>
3164           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3165             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3166           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3167         </ul> <em>Applet</em>
3168         <ul>
3169           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3170             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3171             defined.</li>
3172         </ul>
3173       </td>
3174     </tr>
3175     <tr>
3176       <td>
3177         <div align="center">
3178           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3179         </div>
3180       </td>
3181       <td></td>
3182       <td>
3183         <ul>
3184           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3185             sequence IDs</li>
3186           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3187             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3188           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3189             import correctly</li>
3190           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3191             number of columns are hidden</li>
3192           <li>annotation label popup menu not providing correct
3193             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3194             present</li>
3195           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3196             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3197           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3198             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3199
3200         </ul> <em>Applet</em>
3201         <ul>
3202           <li>annotation panel disappears when annotation is
3203             hidden/removed</li>
3204         </ul> <em>Application</em>
3205         <ul>
3206           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3207             alignment opened where annotation panel is visible but no
3208             annotations are present on alignment</li>
3209           <li>pasted region containing hidden columns is
3210             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3211           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3212             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3213           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3214             selected Rregions menu item.</li>
3215           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3216             'Un' or 'Non'conserved</li>
3217           <li>Sequence feature settings are being shared by
3218             multiple distinct alignments</li>
3219           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3220             changed</li>
3221           <li>double click on group annotation to select sequences
3222             does not propagate to associated trees</li>
3223           <li>Mac OSX specific issues:
3224             <ul>
3225               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3226                 window background</li>
3227               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3228                 name set correctly</li>
3229               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3230                 save feature colourscheme button</li>
3231             </ul>
3232           </li>
3233         </ul>
3234       </td>
3235     </tr>
3236     <tr>
3237
3238       <td>
3239         <div align="center">
3240           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3241         </div>
3242       </td>
3243       <td><em>New Capabilities</em>
3244         <ul>
3245           <li>URL links generated from description line for
3246             regular-expression based URL links (applet and application)
3247
3248           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3249             menu</li>
3250           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3251             structures</li>
3252           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3253             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3254           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3255             average score or total feature count for each sequence.</li>
3256           <li>Shading features by score or associated description</li>
3257           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3258             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3259           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3260             hide everything but the currently selected region.</li>
3261           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3262         </ul> <em>Application</em>
3263         <ul>
3264           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3265             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3266           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3267             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3268           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3269             database references and protein_name is parsed as
3270             description line (BioSapiens terms).</li>
3271           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3272             references in sequence ID tooltip from View menu in
3273             application.</li>
3274           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3275       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3276           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3277             conservation plots</li>
3278           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3279             and visualized as sequence logos</li>
3280           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3281             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3282           </li>
3283           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3284             when a new tree is opened.</li>
3285           <li>Jalview Java Console</li>
3286           <li>Better placement of desktop window when moving
3287             between different screens.</li>
3288           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3289             consensus annotation</li>
3290           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3291             Workflows</li>
3292           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3293             <ul>
3294               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3295                 used to preserve views, structures, and tree display
3296                 settings)</li>
3297               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3298                 command line</li>
3299               <li>Sharing of selected regions between views and
3300                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3301               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3302             </ul></li>
3303         </ul> <em>Applet</em>
3304         <ul>
3305           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3306           <li>New Parameters
3307             <ul>
3308               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3309                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3310                 opened.</li>
3311               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3312                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3313               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3314                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3315               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3316                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3317                 view</li>
3318               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3319                 increase the height or width of a cell in the alignment
3320                 grid relative to the current font size.</li>
3321             </ul>
3322           </li>
3323           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3324             tooltip</li>
3325         </ul> <em>Other</em>
3326         <ul>
3327           <li>Features format: graduated colour definitions and
3328             specification of feature scores</li>
3329           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3330             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3331             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3332           <li>XML formats extended to support graduated feature
3333             colourschemes, group associated annotation, and profile
3334             visualization settings.</li></td>
3335       <td>
3336         <ul>
3337           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3338             rather than description</li>
3339           <li>Non-positional features are now included in sequence
3340             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3341             visibility in tooltip).</li>
3342           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3343           <li>Added URL embedding instructions to features file
3344             documentation.</li>
3345           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3346             'X' in peptide product</li>
3347           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3348             sequence ID and sequence string and query strings do not
3349             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3350           <li>AMSA files only contain first column of
3351             multi-character column annotation labels</li>
3352           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3353             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3354             exported and re-imported)</li>
3355           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3356             name</li>
3357           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3358             as subsequence matches, and correctly reports total number
3359             of both.</li>
3360           <li>Application:
3361             <ul>
3362               <li>Better handling of exceptions during sequence
3363                 retrieval</li>
3364               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3365                 link text excludes the start_end suffix</li>
3366               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3367                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3368               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3369               <li>Sequence description lines properly shared via
3370                 VAMSAS</li>
3371               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3372                 data sources</li>
3373               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3374                 completes before alignment figures are generated.</li>
3375               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3376                 first time.</li>
3377               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3378                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3379               <li>User defined group colours properly recovered
3380                 from Jalview projects.</li>
3381             </ul>
3382           </li>
3383         </ul>
3384       </td>
3385
3386     </tr>
3387     <tr>
3388       <td>
3389         <div align="center">
3390           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3391         </div>
3392       </td>
3393       <td>
3394         <ul>
3395           <li>Experimental support for google analytics usage
3396             tracking.</li>
3397           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Race condition in applet preventing startup in
3403             jre1.6.0u12+.</li>
3404           <li>Exception when feature created from selection beyond
3405             length of sequence.</li>
3406           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3407           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3408             all sequences with a given id</li>
3409           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3410             ID string searches</li>
3411           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3412             alignment to fail with exception</li>
3413         </ul> <em>Application Issues</em>
3414         <ul>
3415           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3416           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3417             data sources</li>
3418         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3419         <ul>
3420           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3421             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3422           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3423             version (java class versioning error fixed)</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426     </tr>
3427     <tr>
3428       <td>
3429
3430         <div align="center">
3431           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3432         </div>
3433       </td>
3434       <td><em>User Interface</em>
3435         <ul>
3436           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3437             translation and protein products</li>
3438           <li>Linked highlighting of structure associated with
3439             residue mapping to codon position</li>
3440           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3441             and 'clear' button</li>
3442           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3443             Tools menu</li>
3444           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3445             numeric data in description line</li>
3446           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3447           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3448             of sequence</li>
3449         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3450         <ul>
3451           <li>JPred3 web service</li>
3452           <li>Prototype sequence search client (no public services
3453             available yet)</li>
3454           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3455             PFAM</li>
3456           <li>URL Links created for matching database cross
3457             references as well as sequence ID</li>
3458           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3459         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3460         <ul>
3461           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3462             databases</li>
3463           <li>Generalised database reference retrieval and
3464             validation to all fetchable databases</li>
3465           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3466             sequence command</li>
3467         </ul> <em>Import and Export</em>
3468         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3469         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3470           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3471         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3472           File</li>
3473         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3474           triplet as name of colourscheme</li>
3475         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3476         <ul>
3477           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3478           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3479             alignments (experimental)</li>
3480           <li>Create new or select existing session to join</li>
3481           <li>load and save of vamsas documents</li>
3482         </ul> <em>Application command line</em>
3483         <ul>
3484           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3485             from applet)</li>
3486           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3487             of DAS servers to query for alignment features</li>
3488           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3489             that are also automatically queried for features</li>
3490           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3491             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3492         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3493         <ul>
3494           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3495             application (when using &quot;View in full
3496             application&quot;)</li>
3497         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3498         <ul>
3499           <li>feature group display control parameter</li>
3500           <li>debug parameter</li>
3501           <li>showbutton parameter</li>
3502         </ul> <em>Applet API methods</em>
3503         <ul>
3504           <li>newView public method</li>
3505           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3506           <li>Feature display control methods</li>
3507           <li>get list of currently selected sequences</li>
3508         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3509         <ul>
3510           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3511           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3512             Jalview release.</li>
3513           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3514             property controls execution of obfuscator</li>
3515           <li>Build target for generating source distribution</li>
3516           <li>Debug flag for javacc</li>
3517           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3518             jalview.bin.Cache</li>
3519           <li>Continuous Build Integration for stable and
3520             development version of Application, Applet and source
3521             distribution</li>
3522         </ul></td>
3523       <td>
3524         <ul>
3525           <li>selected region output includes visible annotations
3526             (for certain formats)</li>
3527           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3528             for editing</li>
3529           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3530           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3531           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3532           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3533             comments</li>
3534           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3535             filenames containing a ':'</li>
3536           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3537             global sequence features</li>
3538           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3539             references from alignment sequences goes to zero</li>
3540           <li>Close of tree branch colour box without colour
3541             selection causes cascading exceptions</li>
3542           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3543           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3544             file parsing fails.</li>
3545           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3546           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3547             not a valid output format</li>
3548           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3549             vamsas</li>
3550           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3551           <li>error messages passed up and output when data read
3552             fails</li>
3553           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3554             sequence is edited</li>
3555           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3556             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3557           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3558             filetype</li>
3559           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3560             import fixed for PFAM records</li>
3561           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3562             window list</li>
3563           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3564             can be read and written correctly to annotation file</li>
3565           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3566             correctly</li>
3567           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3568             non-italic font for representatives in Applet</li>
3569           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3570             Macs.</li>
3571           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3572             Applet)</li>
3573           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3574             due to null pointer exceptions</li>
3575           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3576             first column of alignment</li>
3577           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3578             July 2008</li>
3579           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3580             file is case-insensitive</li>
3581           <li>Sequence features read from Features file appended to
3582             all sequences with matching IDs</li>
3583           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3584             containing a sub-sequence</li>
3585           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3586           <li>feature and annotation file applet parameters
3587             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3588           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3589           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3590             splash-screen version check to complete</li>
3591           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3592             when passing them to the launchApp service</li>
3593           <li>display name and local features preserved in results
3594             retrieved from web service</li>
3595           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3596             sequence fetcher initialisation</li>
3597           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3598             dasobert DAS client</li>
3599           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3600             association</li>
3601           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3602             sequences
3603           </li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608       <td>
3609         <div align="center">
3610           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3611         </div>
3612       </td>
3613       <td>
3614         <ul>
3615           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3616           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3617           <li>Slide sequences</li>
3618           <li>Edit sequence in place</li>
3619           <li>EMBL CDS features</li>
3620           <li>DAS Feature mapping</li>
3621           <li>Feature ordering</li>
3622           <li>Alignment Properties</li>
3623           <li>Annotation Scores</li>
3624           <li>Sort by scores</li>
3625           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3626         </ul>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3631           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3632           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3633           <li>Feature group display state in XML</li>
3634           <li>Feature ordering in XML</li>
3635           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3636           <li>Stockholm alignment properties</li>
3637           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3638           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3639           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3640           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3641         </ul>
3642       </td>
3643
3644     </tr>
3645     <tr>
3646       <td>
3647         <div align="center">
3648           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3649         </div>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>Non standard characters can be read and displayed
3654           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3655             applet via textbox
3656           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3657             name &amp; description
3658           <li>Preference setting to display sequence name in
3659             italics
3660           <li>Annotation file format extended to allow
3661             Sequence_groups to be defined
3662           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3663             specified in preferences
3664           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3665             sequences
3666         </ul>
3667       </td>
3668       <td>
3669         <ul>
3670           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3671             installed
3672           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3673           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3674         </ul>
3675       </td>
3676     </tr>
3677     <tr>
3678       <td>
3679         <div align="center">
3680           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3681         </div>
3682       </td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Multiple views on alignment
3686           <li>Sequence feature editing
3687           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3688           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3689           <li>Background dependent text colour
3690           <li>Right align sequence ids
3691           <li>User-defined lower case residue colours
3692           <li>Format Menu
3693           <li>Select Menu
3694           <li>Menu item accelerator keys
3695           <li>Control-V pastes to current alignment
3696           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3697           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3698           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3699
3700           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3701         </ul>
3702       </td>
3703       <td>
3704         <ul>
3705           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3706           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3707             calculations
3708           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3709             edits
3710           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3711             of alignment)
3712           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3713
3714           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3715             display correctly
3716           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3717           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3718             analysis results
3719           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3720             &#8739;
3721           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3722           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3723           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3724
3725         </ul>
3726       </td>
3727     </tr>
3728     <tr>
3729       <td>
3730         <div align="center">
3731           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3732         </div>
3733       </td>
3734       <td>
3735         <ul>
3736           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3737         </ul>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3742             sequence id panel has been resized</li>
3743           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3744             rendered</li>
3745           <li>Annotation files with sequence references - all
3746             elements in file are relative to sequence position</li>
3747           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3748         </ul>
3749       </td>
3750     </tr>
3751     <tr>
3752       <td>
3753         <div align="center">
3754           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3755         </div>
3756       </td>
3757       <td>
3758         <ul>
3759           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3760           <li>DAS Feature fetching</li>
3761           <li>Hide sequences and columns</li>
3762           <li>Export Annotations and Features</li>
3763           <li>GFF file reading / writing</li>
3764           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3765             files</li>
3766           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3767           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3768           <li>Applet can launch the full application</li>
3769           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3770             required)</li>
3771           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3772           <li>Applet can load sequences from parameter
3773             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3774           </li>
3775         </ul>
3776       </td>
3777       <td>
3778         <ul>
3779           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3780           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3781           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3782         </ul>
3783       </td>
3784     </tr>
3785     <tr>
3786       <td>
3787         <div align="center">
3788           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3789         </div>
3790       </td>
3791       <td>
3792         <ul>
3793           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3794           <li>Choose to match case when searching</li>
3795           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3796             expand the visible width and height of the alignment</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3802         </ul>
3803       </td>
3804     </tr>
3805     <tr>
3806       <td>
3807         <div align="center">
3808           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3809         </div>
3810       </td>
3811       <td>&nbsp;</td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3815           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3816             value</li>
3817         </ul>
3818       </td>
3819     </tr>
3820     <tr>
3821       <td>
3822         <div align="center">
3823           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3824         </div>
3825       </td>
3826       <td>
3827         <ul>
3828           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3829           <li>Keyboard editing</li>
3830           <li>Create sequence features from searches</li>
3831           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3832             alignments</li>
3833           <li>Features file allows grouping of features</li>
3834           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3835           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3836           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3837         </ul>
3838       </td>
3839       <td>
3840         <ul>
3841           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3842           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3843             descriptions saved.</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td>
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3856           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3857           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3858             name for file output</li>
3859           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3860           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3861             used for HTML form input</li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>HTML output writes groups and features</li>
3867           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3868           <li>File IO bugs</li>
3869         </ul>
3870       </td>
3871     </tr>
3872     <tr>
3873       <td>
3874         <div align="center">
3875           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3876         </div>
3877       </td>
3878       <td>
3879         <ul>
3880           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3881           <li>More options for PCA viewer</li>
3882         </ul>
3883       </td>
3884       <td>
3885         <ul>
3886           <li>GUI bugs resolved</li>
3887           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890     </tr>
3891     <tr>
3892       <td height="63">
3893         <div align="center">
3894           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3895         </div>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3900           <li>Jar files are executable</li>
3901           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3902         </ul>
3903       </td>
3904       <td>
3905         <ul>
3906           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3907           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3908           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3909         </ul>
3910       </td>
3911     </tr>
3912     <tr>
3913       <td>
3914         <div align="center">
3915           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3916         </div>
3917       </td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3921         </ul>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3926         </ul>
3927       </td>
3928     </tr>
3929     <tr>
3930       <td>
3931         <div align="center">
3932           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3933         </div>
3934       </td>
3935       <td>
3936         <ul>
3937           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3938             size</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941       <td>
3942         <ul>
3943           <li>Improved JPred client reliability</li>
3944           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3945         </ul>
3946       </td>
3947     </tr>
3948     <tr>
3949       <td>
3950         <div align="center">
3951           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3952         </div>
3953       </td>
3954       <td>
3955         <ul>
3956           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3957           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3958           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3959             to Colour Menu</li>
3960           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3961           <li>Unix users can set default web browser</li>
3962           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3963           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3964         </ul>
3965       </td>
3966       <td>
3967         <ul>
3968           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971     </tr>
3972     <tr>
3973       <td>
3974         <div align="center">
3975           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3976         </div>
3977       </td>
3978       <td>&nbsp;</td>
3979       <td>
3980         <ul>
3981           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3982             alignment order.</li>
3983         </ul>
3984       </td>
3985     </tr>
3986     <tr>
3987       <td>
3988         <div align="center">
3989           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3990         </div>
3991       </td>
3992       <td>
3993         <ul>
3994           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3995           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3996           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3997             annotations.</li>
3998           <li>Version and build date written to build properties
3999             file.</li>
4000           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4001             at launch of Jalview.</li>
4002         </ul>
4003       </td>
4004       <td>
4005         <ul>
4006           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4007           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4008           <li>Can remove groups one by one.</li>
4009           <li>Filechooser icons installed.</li>
4010           <li>Finder ignores return character when searching.
4011             Return key will initiate a search.<br>
4012           </li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018         <div align="center">
4019           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4020         </div>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>New codebase</li>
4025         </ul>
4026       </td>
4027       <td>&nbsp;</td>
4028     </tr>
4029   </table>
4030   <p>&nbsp;</p>
4031 </body>
4032 </html>