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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79         </ul>
  80       </div></td>
  81     <td><div align="left">
  82         <em></em>
  83         <ul>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  86             sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  87             SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  88               configured via the Format menu or in batch mode with a
  89               jalview properties file.</em>
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
  93             when sequences are selected in exported view.</em>
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
  97             aren't rendered with correct colour.
  98           </li>
  99         </ul>
 100       </div>
 101     </td>
 102     </tr>
 103     <tr>
 104       <td width="60" nowrap>
 105         <div align="center">
 106           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 107             <em>7/06/2018</em></strong>
 108         </div>
 109       </td>
 110       <td><div align="left">
 111           <em></em>
 112           <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 115               annotation retrieved from Uniprot
 116             </li>
 117             <li>
 118               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 119               onto the Jalview Desktop
 120             </li>
 121           </ul>
 122         </div></td>
 123       <td><div align="left">
 124           <em></em>
 125           <ul>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 128               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 132               right-hand column parsed correctly
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 136               not alignment area in exported graphic
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 140               window has input focus
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 144               annotation added to view (Windows)
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 148               network connectivity is poor
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 152               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 153                 the currently open URL and links from a page viewed in
 154                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 155                 you are using Edge, only links in the page can be
 156                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 157                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 158             </li>
 159           </ul>
 160         </div></td>
 161     </tr>
 162     <tr>
 163       <td width="60" nowrap>
 164         <div align="center">
 165           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 166         </div>
 167       </td>
 168       <td><div align="left">
 169           <em></em>
 170           <ul>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 173               for disabling automatic superposition of multiple
 174               structures and open structures in existing views
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 178               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 179               adjust them.
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 183               Ensembl services
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 187               and lots of hidden columns
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 191               of features (particularly when transparency is disabled)
 192             </li>
 193           </ul>
 194           </div>
 195       </td>
 196       <td><div align="left">
 197           <ul>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 200               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 204               overlapping alignment panel
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 208               sequence as gaps
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 212               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 213               UTR
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 217               factor annotation not added to sequence when local PDB
 218               file associated with it by drag'n'drop or structure
 219               chooser
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 223               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 227               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 231               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 235               columns in annotation row
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 239               honored in batch mode
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 243               for structures added to existing Jmol view
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 247               entries after importing project with multiple views
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 251               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 252               with negative residue numbers or missing residues fails
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 256               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 257               as generated by CONSURF)
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 261               tooltip doesn't include a text description of mutation
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 265               structure and/or overview windows are also shown
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 269               very slow for alignments with large numbers of sequences
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 273               with 'StringIndexOutOfBounds'
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 277               platforms running Java 10
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 281               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 282             </li>
 283           </ul>
 284           <em>Applet</em>
 285           <ul>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 288               should copy the group consensus when popup is opened on it
 289             </li>
 290           </ul>
 291           <em>Batch Mode</em>
 292           <ul>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 295           </li>
 296           </ul>
 297           <em>New Known Defects</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 301               editing a large alignment and overview is displayed
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 305               repeatedly after a series of edits even when the overview
 306               is no longer reflecting updates
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 310               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 311               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 312               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 313             </li>
 314           </ul>
 315         </div>
 316           </td>
 317     </tr>
 318     <tr>
 319       <td width="60" nowrap>
 320         <div align="center">
 321           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 322         </div>
 323       </td>
 324       <td><div align="left">
 325           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 326               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 327       <td><div align="left">
 328           <em>Desktop</em><ul>
 329           <ul>
 330             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 331             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 332             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 333             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 334             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 335             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 336             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 337           </ul>
 338           </div>
 339       </td>
 340     </tr>
 341     <tr>
 342       <td width="60" nowrap>
 343         <div align="center">
 344           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 345         </div>
 346       </td>
 347       <td><div align="left">
 348           <em></em>
 349           <ul>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 352               rendering of sequence features
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 356               429 rate limit request hander
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 360               their colours have changed
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 364               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 368               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 372               view from Ensembl locus cross-references
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 376               Alignment report
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 380               feature can be disabled
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 384               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 388               Uniprot
 389             </li>
 390           </ul>
 391           <em>Scripting</em>
 392           <ul>
 393             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 394             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 395               percent identity scores for current alignment.</li>
 396           </ul>
 397           <em>Testing and Deployment</em>
 398           <ul>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 401             </li>
 402           </ul>
 403         </div></td>
 404       <td><div align="left">
 405           <em>General</em>
 406           <ul>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 409               threshold text field doesn't trigger an update to the
 410               alignment view
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 414               strings in parallel
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 418               alignment window is closed
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 422               group visibility
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 426               takes a long time in Cursor mode
 427             </li>
 428           </ul>
 429           <em>Desktop</em>
 430           <ul>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 433               cannot be viewed in Chimera
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 437               CDS/Protein view
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 441               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 442               Search Dialogs
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 452               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 456               scrolling right in unwapped alignment view
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 460               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 461               database
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 465               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 469               features of same type and group to be selected for
 470               amending
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 474               alignments when hidden columns are present
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 478               displaying several structures
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 482               moving a window
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 486               within the Jalview desktop on OSX
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 490               when in wrapped alignment mode
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 494               hand end of alignment
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 498               each selected sequence do not have correct start/end
 499               positions
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 503               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 507               restoring project until a new view is created
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 511               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 512               configured (since 2.10.2b2)
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 516               position is adjusted
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 520               in a multi-chain structure when viewing alignment
 521               involving more than one chain (since 2.10)
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 525               if new selection moves alignment window
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 529               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 533               that produces correctly annotated transcripts and products
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 537               doesn't update associated structure view
 538             </li>
 539           </ul>
 540           <em>Applet</em><br />
 541           <ul>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 544               closing alignment panel
 545             </li>
 546           </ul>
 547           <em>BioJSON</em><br />
 548           <ul>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 551               non-positional features
 552             </li>
 553           </ul>
 554           <em>New Known Issues</em>
 555           <ul>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 558               sequence features correctly (for many previous versions of
 559               Jalview)
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 563               using cursor in wrapped panel other than top
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 567               graduated colour threshold
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 571               always preserve numbering and sequence features
 572             </li>
 573           </ul>
 574           <em>Known Java 9 Issues</em>
 575           <ul>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 578               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 579               9.01, OSX 10.10)
 580             </li>
 581           </ul>
 582         </div></td>
 583     </tr>
 584     <tr>
 585       <td width="60" nowrap>
 586         <div align="center">
 587           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 588             <em>2/10/2017</em></strong>
 589         </div>
 590       </td>
 591       <td><div align="left">
 592           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 593           <ul>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 596             </li>
 597             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 598             </li>
 599           </ul>
 600         </div></td>
 601       <td><div align="left">
 602         </div></td>
 603     </tr>
 604     <tr>
 605       <td width="60" nowrap>
 606         <div align="center">
 607           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 608             <em>7/9/2017</em></strong>
 609         </div>
 610       </td>
 611       <td><div align="left">
 612           <em></em>
 613           <ul>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 616               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 617               white)
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 621               Preferences
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 625               in size and progress bar shown as higher resolution
 626               overview is recalculated
 627             </li>
 628
 629           </ul>
 630         </div></td>
 631       <td><div align="left">
 632           <em></em>
 633           <ul>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 636               column region row by row
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 640               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 644               format setting is unticked
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 648               if group has show boxes format setting unticked
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 652               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 653               include sequences and columns not currently displayed
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 657               assemblies are imported via CIF file
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 661               displayed when threshold or conservation colouring is also
 662               enabled.
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 666               server version
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 670               dragging a selected region off the visible region of the
 671               alignment
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 675               colourscheme to all groups in a view
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 679               initially after font size change using the Font chooser or
 680               middle-mouse zoom
 681             </li>
 682           </ul>
 683         </div></td>
 684     </tr>
 685     <tr>
 686       <td width="60" nowrap>
 687         <div align="center">
 688           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 689         </div>
 690       </td>
 691       <td><div align="left">
 692           <em>Calculations</em>
 693           <ul>
 694
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 697               ungapped positions in each column of the alignment.
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 701               a calculation dialog box
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 705               and memory efficiency (~30x faster)
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 709               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 710               and other calculations
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 714               files within the Jalview codebase
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 718               Similarity may have different topology due to increased
 719               precision
 720             </li>
 721           </ul>
 722           <em>Rendering</em>
 723           <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 726               model for alignments and groups
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 730               scripts
 731             </li>
 732           </ul>
 733           <em>Overview</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 737               with alignment and overview windows
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 741               overview
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 745               omitted in Overview
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 749               adjustment of visible position
 750             </li>
 751           </ul>
 752
 753           <em>Data import/export</em>
 754           <ul>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 757               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 761               annotation input/output via stockholm flatfile
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 765               extension when importing structure files without embedded
 766               names or PDB accessions
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 770               format sequence substitution matrices
 771             </li>
 772           </ul>
 773           <em>User Interface</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 777               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 778               the application.
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 782               via Overview or sequence motif search operations
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 786               opened by double clicking gaps within sequence feature
 787               extent
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 791               aligned positions were available to create a 3D structure
 792               superposition.
 793             </li>
 794           </ul>
 795           <em>3D Structure</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 799               coloured in linked structure views
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 803               file-based command exchange
 804             </li>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 807               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 808               structures are already available for sequences
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 812               the Jalview project rather than downloaded again when the
 813               project is reopened.
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 817               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 818               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 819                 Feature</strong>)
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>Web Services</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 829               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 830               Analysis services
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 834               cross-references provided by identifiers.org and the
 835               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 836             </li>
 837           </ul>
 838
 839           <em>Scripting</em>
 840           <ul>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 843               identifying file formats (instead of String constants)
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 847               efficiency when counting all displayed features (not
 848               backwards compatible with 2.10.1)
 849             </li>
 850           </ul>
 851           <em>Example files</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 855               included in the example feature file
 856             </li>
 857           </ul>
 858           <em>Documentation</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 862               with the built-in Java help viewer
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 866               sequence description' option
 867             </li>
 868           </ul>
 869           <em>Test Suite</em>
 870           <ul>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 873               Uniprot REST Free Text Search Client
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 880               during tests
 881             </li>
 882           </ul>
 883         </div></td>
 884       <td><div align="left">
 885           <em>Calculations</em>
 886           <ul>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 889               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 890               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 891             </li>
 892             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 893               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 894               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 895               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 896               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 897               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 898               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 899               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 900               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 901               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 902               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 903               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 904               // for 2.10.1 mode <br />
 905               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 906               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 907                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 908                 calculations (not recommended)</em></li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 911               scaling of branch lengths for trees computed using
 912               Sequence Feature Similarity.
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 916               generating output report when working with highly
 917               redundant alignments
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 921               right of selected region when gaps present on right-hand
 922               boundary
 923             </li>
 924           </ul>
 925           <em>User Interface</em>
 926           <ul>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 929               doesn't reselect a specific sequence's associated
 930               annotation after it was used for colouring a view
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 934               opened on a region of alignment without groups
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 938               of an alignment with overlapping groups
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 942               name and description match
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 946               hidden regions results in incorrect hidden regions
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 950               changing colour does not apply Conservation slider value
 951               to all groups
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 955               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 959               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 963               gaps before start of features
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 967               restored to UI when feature colour is edited
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 971               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 975               as graduate feature colour settings are modified via the
 976               dialog box
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 980               when a group defined on the alignment is resized
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 984               wrapped view result in positional status updates
 985             </li>
 986
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 989               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 993               alignment included gapped columns
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 997               widgets don't permanently disappear
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1001               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1002               T-Coffee column reliability scores)
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1006               sequence feature on gaps only
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1010               button from a Find inherit previously defined feature type
1011               rather than the Find query string
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1015               exporting tree calculated in Jalview
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1019               and then revealing them reorders sequences on the
1020               alignment
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1024               doesn't update to reflect available set of groups after
1025               interactively adding or modifying features
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1029               Linux
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1033               only excluded gaps in current sequence and ignored
1034               selection.
1035             </li>
1036           </ul>
1037           <em>Rendering</em>
1038           <ul>
1039             <li>
1040               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1041               erratically when hidden rows or columns are present
1042             </li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1045               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1046               sequence colouring
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1050               colour and group colour menu for protein alignments
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1054               reflect currently selected view or group's shading
1055               thresholds
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1059               when rendered on overview and structures when opacity at
1060               100%
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1064               overview when features overlaid on alignment
1065             </li>
1066           </ul>
1067           <em>Data import/export</em>
1068           <ul>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1071               load
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1075               added after a sequence was imported are not written to
1076               Stockholm File
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1080               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1084               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1088               with lightGray or darkGray via features file (but can
1089               specify lightgray)
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1093               when alignment view imported from project
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1097               structure and sequences extracted from structure files
1098               imported via URL and viewed in Jmol
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1102               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1103               the project is loaded and the structure viewed
1104             </li>
1105           </ul>
1106           <em>Web Services</em>
1107           <ul>
1108             <li>
1109               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1110               release of Ensembl v.88
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1114               appear enabled in Preferences->Connections
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1118               removed from console output
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1122               Ensembl by Peptide ID
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1126               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1127               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1128               due to 'null' string rather than empty string used for
1129               residues with no corresponding PDB mapping).
1130             </li>
1131           </ul>
1132           <em>Application UI</em>
1133           <ul>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1136               menu
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1140               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1141               new documentation and tooltips added)
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1145               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1149               new features are added to alignment
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1153               changes to feature colours via the Amend features dialog
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1157               edit graduated feature colour via amend features dialog
1158               box
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1162               selection menu changes colours of alignment views
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1166               from alignment calculation workers after alignment has
1167               been closed
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1171               groups now 'Create Group'
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1175               Create/Undefine group doesn't always work
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1179               shown again after pressing 'Cancel'
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1183               adjusts start position in wrap mode
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1187               ambiguous amino acids
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1191               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1192               proteins
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1196               Defined' don't appear in Colours menu
1197             </li>
1198           </ul>
1199           <em>Applet</em>
1200           <ul>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1203               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1207               overview or linked structure view
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1211               work (since 2.8)
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1215               user-defined colourscheme doesn't restore original
1216               colourscheme
1217             </li>
1218           </ul>
1219           <em>Test Suite</em>
1220           <ul>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1223               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1227               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1228               problems with deep array comparison equality asserts in
1229               successive versions of TestNG
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1233               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1234             </li>
1235           </ul>
1236           <em>New Known Issues</em>
1237           <ul>
1238             <li>
1239               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1240               phase after a sequence motif find operation
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1244               containing just upper and lower case letters are
1245               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1249               reliably from eggnog Ortholog database
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1253               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1254               to mark columns containing highlighted regions.
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1258               doesn't always add secondary structure annotation.
1259             </li>
1260           </ul>
1261         </div>
1262     <tr>
1263       <td width="60" nowrap>
1264         <div align="center">
1265           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1266         </div>
1267       </td>
1268       <td><div align="left">
1269           <em>General</em>
1270           <ul>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1273               for all consensus calculations
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1277               3rd Oct 2016)
1278             </li>
1279             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1280               for 2016-2017</li>
1281           </ul>
1282           <em>Application</em>
1283           <ul>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1286               set of database cross-references, sorted alphabetically
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1290               from database cross references. Users with custom links
1291               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1292                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1296               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1297               Chimera session
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1301               the Chimera it is connected to is shut down
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1305               columns menu item to mark columns containing highlighted
1306               regions (e.g. from structure selections or results of a
1307               Find operation)
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1311               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1312               MSAviewer
1313             </li>
1314           </ul>
1315         </div></td>
1316       <td>
1317         <div align="left">
1318           <em>General</em>
1319           <ul>
1320             <li>
1321               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1322               are not coloured or thresholded according to percent
1323               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1327               hydrophobic
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1331               threshold, amino acid properties)
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1335               reported as mapped to residues in a structure file in the
1336               View Mapping report
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1340               could be added multiple times to a sequence
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1344               bond features shown as two highlighted residues rather
1345               than a range in linked structure views, and treated
1346               correctly when selecting and computing trees from features
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1350               cross-references are matched to database name regardless
1351               of case
1352             </li>
1353
1354           </ul>
1355           <em>Application</em>
1356           <ul>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1359               names without regular expressions also offer links from
1360               Sequence ID
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1364               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1365               update Jalview configuration
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1369               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1373               files with similarly named sequences if dropped onto the
1374               alignment
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1378               entries where more chains exist in the PDB accession than
1379               are reported in the SIFTS file
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1383               the structure view when displayed with Chimera
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1387               panel's View->Show Chains submenu
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1391               work for wrapped alignment views
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1395               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1399               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1400               first annotation row
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1404               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1408               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1409             </li>
1410             <!-- JAL-2319 -->
1411             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1412             coordindate data
1413             </li>
1414           </ul>
1415           <!--           <em>New Known Issues</em>
1416           <ul>
1417             <li></li>
1418           </ul> -->
1419         </div>
1420       </td>
1421     </tr>
1422     <td width="60" nowrap>
1423       <div align="center">
1424         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1425           <em>25/10/2016</em></strong>
1426       </div>
1427     </td>
1428     <td><em>Application</em>
1429       <ul>
1430         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1431           view if structures already loaded</li>
1432         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1433           structure views</li>
1434       </ul></td>
1435     <td>
1436       <div align="left">
1437         <em>General</em>
1438         <ul>
1439           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1440             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1441           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1442             example sequences/projects/trees</li>
1443         </ul>
1444         <em>Application</em>
1445         <ul>
1446           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1447             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1448           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1449             without timeout for structures with multiple models or
1450             multiple sequences in alignment</li>
1451           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1452             PDB ID HEADER line</li>
1453           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1454             is performed</li>
1455           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1456             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1457           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1458           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1459             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1460             option</li>
1461           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1462             is created on the alignment</li>
1463           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1464             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1465             pop-up menu</li>
1466         </ul>
1467         <em>Build and deployment</em>
1468         <ul>
1469           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1470             tags</li>
1471         </ul>
1472         <em>New Known Issues</em>
1473         <ul>
1474           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1475             on Windows</li>
1476         </ul>
1477       </div>
1478     </td>
1479     </tr>
1480     <tr>
1481       <td width="60" nowrap>
1482         <div align="center">
1483           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1484         </div>
1485       </td>
1486       <td><em>General</em>
1487         <ul>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1490           </li>
1491           <li>
1492             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1493             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1494             better PDB parsing.
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1498             reference sequence
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1502             mousing over sequence associated annotation
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1506             for manual entry
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1510             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1511             for each column
1512           </li>
1513           <li>
1514             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1515             showing or hiding columns containing a feature
1516           </li>
1517           <li>
1518             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1519             group and sequence associated annotation labels
1520           </li>
1521           <li>
1522             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1523             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1524             dialogs
1525           </li>
1526
1527         </ul> <em>Application</em>
1528         <ul>
1529           <li>
1530             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1531             gene/transcript view
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1535             dialog
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1539             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1543             Pfam sources to xfam.org
1544           </li>
1545           <li>
1546             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1547           </li>
1548           <li>
1549             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1550             over sequences in Jalview
1551           </li>
1552           <li>
1553             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1554             regions in ENA and EMBL
1555           </li>
1556           <li>
1557             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1558             for record retrieval via ENA rest API
1559           </li>
1560           <li>
1561             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1562             complement operator
1563           </li>
1564           <li>
1565             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1566             groovy script execution
1567           </li>
1568           <li>
1569             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1570             alignment window's Calculate menu
1571           </li>
1572           <li>
1573             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1574             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1575           </li>
1576           <li>
1577             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1578             calculation workers from groovy scripts
1579           </li>
1580           <li>
1581             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1582             Jalview projects
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1586             associations are now saved/restored from project
1587           </li>
1588           <li>
1589             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1590             before sequence fetcher is opened
1591           </li>
1592           <li>
1593             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1594             database chooser opens a sequence fetcher
1595           </li>
1596           <li>
1597             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1598             the UniProt REST API
1599           </li>
1600           <li>
1601             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1602             the news reader opening
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1606             querying stored in preferences
1607           </li>
1608           <li>
1609             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1610             search results
1611           </li>
1612           <li>
1613             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1617             menu for nucleotide sequences
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1621             and feature counts preserves alignment ordering (and
1622             debugged for complex feature sets).
1623           </li>
1624           <li>
1625             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1626             viewing structures with Jalview 2.10
1627           </li>
1628           <li>
1629             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1630             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1631             Ensembl Genomes REST API
1632           </li>
1633           <li>
1634             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1635             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1636             (Ensembl)
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1640             sequences
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1644             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1645             data from external database records.
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1649             efficient recovery of sequence coding and alignment
1650             annotation relationships.
1651           </li>
1652         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1653         <ul>
1654           <li>
1655             -- JAL---
1656           </li>
1657         </ul> --></td>
1658       <td>
1659         <div align="left">
1660           <em>General</em>
1661           <ul>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1664               menu on OSX
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1668               includes graduated colourschemes
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1672               working with big alignments and lots of hidden columns
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1676               at right of alignment window
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1680               contents
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1684               for DNA alignments
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1688               based tree calculation
1689             </li>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1692               unconserved enabled for group on alignment
1693             </li>
1694             <li>
1695               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1696               set as reference
1697             </li>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1700               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1701               annotation
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1705               hidden columns present
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1709               user created annotation added to alignment
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1713               '()' base pair annotation
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1717               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1718               Consensus
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1722               feature not working
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1726               beginning of sequence
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1730               entry 3a6s
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1734               from a tree when t-coffee scores are shown
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1738               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1742               some structures
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1746               to Clustal, PIR and PileUp output
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1750               not visible causes alignment window to repaint
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1754               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1755               scores associated with features and annotation rows
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1759               calculation should be case independent
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1763               columns
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1767               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1768               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1772               problems when reference sequence defined and 'show
1773               non-conserved' enabled
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1777               load even when Consensus calculation is disabled
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1781               alignment does nothing
1782             </li>
1783           </ul>
1784           <em>Application</em>
1785           <ul>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1788               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1789               yet fixed for El Capitan)
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1793               output when running on non-gb/us i18n platforms
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1797               hidden sequences as flat-file alignment
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1801               launching Chimera
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1805               (also hotfix for 2.9.0b2)
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1809               reference sequence defined
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1813               alignments and views when revealing hidden columns
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1817               view in a cDNA/Protein splitframe
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1821               sequence from project when only one sequence is
1822               represented
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1826               in Structure Chooser
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1830               structure consensus didn't refresh annotation panel
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1834               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1838               dialogs format columns correctly, don't display array
1839               data, sort columns according to type
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1843               file chooser is cancelled during an image export
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1847               sequence name containing special characters
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1851               case insensitive
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1855               formatting don't wrap
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1859               truncated so L looks like I in consensus annotation
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1863               currently displayed features for the current selection or
1864               view
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1868               after fetching cross-references, and restoring from
1869               project
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1873               followed in the structure viewer
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1877               splitframe not restored from project
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1881               trailing end of protein alignment in transcript/product
1882               splitview when pad-gaps not enabled by default
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1886               is case dependent
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1890               article has been read (reopened issue due to
1891               internationalisation problems)
1892             </li>
1893             <li>
1894               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1895               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1896               cross-references
1897             </li>
1898
1899             <li>
1900               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1901               alignment as HTML
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1905               multiple structures are shown for one or more sequences.
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1909               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1910               is enabled.
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1914               specific PDB id for sequence
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1918               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1919               columns' is disabled.
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1923               selects lowest rather than highest resolution structures
1924               for each sequence
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1928               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1932               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1936               after clicking on it to create new annotation for a
1937               column.
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1941               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1942             </li>
1943             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1944             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1945           </ul>
1946           <em>Applet</em>
1947           <ul>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1950               hidden columns present before start of sequence
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1954               (JSON jars)
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1958               sequences are hidden in applet
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1962               deployment on examples pages.
1963             </li>
1964           </ul>
1965         </div>
1966       </td>
1967     </tr>
1968     <tr>
1969       <td width="60" nowrap>
1970         <div align="center">
1971           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1972             <em>16/10/2015</em></strong>
1973         </div>
1974       </td>
1975       <td><em>General</em>
1976         <ul>
1977           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1978             jars</li>
1979         </ul></td>
1980       <td>
1981         <div align="left">
1982           <em>Application</em>
1983           <ul>
1984             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1985               shown when tree is partitioned</li>
1986             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1987               multiple cDNA/Protein split views</li>
1988           </ul>
1989         </div>
1990       </td>
1991     </tr>
1992     <tr>
1993       <td width="60" nowrap>
1994         <div align="center">
1995           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1996             <em>8/10/2015</em></strong>
1997         </div>
1998       </td>
1999       <td><em>General</em>
2000         <ul>
2001           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2002             2.9</li>
2003         </ul> <em>Application</em>
2004         <ul>
2005           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2006           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2007           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2008         </ul> <em>Applet</em>
2009         <ul>
2010           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2011         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2012         <ul>
2013           <li>
2014             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2015             suite
2016           </li>
2017         </ul></td>
2018       <td>
2019         <div align="left">
2020           <em>General</em>
2021           <ul>
2022             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2023               incorrect when sequence start > 1</li>
2024             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2025               documentation</li>
2026             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2027             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2028               loading a features file containing HTML tags in feature
2029               description</li>
2030
2031           </ul>
2032           <em>Application</em>
2033           <ul>
2034             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2035               reimport</li>
2036             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2037               with 'trim retrieved sequences'</li>
2038             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2039               deleting selected columns</li>
2040             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2041               JNLP templates for webstart launch</li>
2042             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2043               unreleased structures for download or viewing</li>
2044             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2045               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2046             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2047               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2048             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2049               recovered from jalview project</li>
2050             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2051               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2052               alignment view</li>
2053             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2054               color schemes from BioJSON</li>
2055           </ul>
2056           <em>Applet</em>
2057           <ul>
2058             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2059               frame</li>
2060             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2061           </ul>
2062         </div>
2063       </td>
2064     </tr>
2065     <tr>
2066       <td><div align="center">
2067           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2068         </div></td>
2069       <td><em>General</em>
2070         <ul>
2071           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2072             alignments:
2073             <ul>
2074               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2075                 and DNA alignment views</li>
2076               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2077                 cDNA alignment views</li>
2078               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2079                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2080               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2081                 protein sequences</li>
2082             </ul>
2083           </li>
2084           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2085           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2086             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2087           <li>New alignment annotation file statements for
2088             reference sequences and marking hidden columns</li>
2089           <li>Reference sequence based alignment shading to
2090             highlight variation</li>
2091           <li>Select or hide columns according to alignment
2092             annotation</li>
2093           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2094           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2095             acid conservation row</li>
2096           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2097         </ul> <em>Application</em>
2098         <ul>
2099           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2100             <ul>
2101               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2102                 view with cDNA/Protein</li>
2103               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2104                 sequences are placed in the same alignment</li>
2105               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2106                 projects</li>
2107             </ul>
2108           </li>
2109
2110           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2111           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2112             Jalview windows</li>
2113
2114           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2115           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2116           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2117             be shown in VARNA</li>
2118
2119           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2120             as the active selected region</li>
2121
2122           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2123             similarity</li>
2124           <li>New Export options
2125             <ul>
2126               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2127                 region export in flat file generation</li>
2128
2129               <li>Export alignment views for display with the <a
2130                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2131
2132               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2133               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2134                 alignment figures to HTML</li>
2135           </li>
2136           <li>3D structure retrieval and display
2137             <ul>
2138               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2139                 Search API</li>
2140               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2141                 PDB structures for a sequence set</li>
2142             </ul>
2143           </li>
2144
2145           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2146             predictions</li>
2147           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2148             for one or a group of sequences</li>
2149           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2150             from the JPred4 web server</li>
2151           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2152             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2153             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2154           </li>
2155           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2156             VARNA 2D Structure'</li>
2157           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2158             Structure ..."</li>
2159
2160         </ul> <em>Applet</em>
2161         <ul>
2162           <li>New layout for applet example pages</li>
2163           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2164             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2165           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2166             Protein alignments</li>
2167         </ul> <em>Development and deployment</em>
2168         <ul>
2169           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2170           <li>Include installation type and git revision in build
2171             properties and console log output</li>
2172           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2173             storing BioJsMSA Templates</li>
2174           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2175         </ul></td>
2176       <td>
2177         <!-- <em>General</em>
2178         <ul>
2179         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2180         <ul>
2181           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2182           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2183           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2184             predictions are not highlighted in amber</li>
2185           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2186             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2187           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2188             associated structure views</li>
2189           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2190             width checkbox not enabled</li>
2191           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2192             creating user defined colours</li>
2193           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2194             mappings for just that viewer's sequences</li>
2195           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2196             multiple models in Chimera</li>
2197           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2198             over Jmol structure</li>
2199           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2200             output to text box</li>
2201           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2202             have incorrect sequence start/end</li>
2203           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2204             Jalview fails</li>
2205           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2206             work for nucleotide</li>
2207           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2208             to a grey/invisible alignment window</li>
2209           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2210             imports to different position</li>
2211           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2212             on some platforms</li>
2213           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2214             populated</li>
2215           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2216             console if Chimera has been opened</li>
2217           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2218           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2219             retrieved</li>
2220           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2221           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2222             either sequence shows on first structure</li>
2223           <li>'Show annotations' options should not make
2224             non-positional annotations visible</li>
2225           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2226             in right place after 'view flanking regions'</li>
2227           <li>File Save As type unset when current file format is
2228             unknown</li>
2229           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2230             projects</li>
2231           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2232             responsive</li>
2233           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2234             several views on same alignment</li>
2235           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2236           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2237             spaces</li>
2238         </ul> <em>Applet</em>
2239         <ul>
2240           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2241           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2242             descriptions containing angle brackets</li>
2243         </ul> <em>General</em>
2244         <ul>
2245           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2246             via jalview annotation file</li>
2247           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2248             with RNA secondary structure</li>
2249           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2250             translation doesn't work.</li>
2251           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2252           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2253             positions</li>
2254           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2255             choosing 1pt font</li>
2256           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2257             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2258             'h'</li>
2259           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2260             new feature</li>
2261           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2262             order dependent</li>
2263           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2264             sequences</li>
2265           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2266         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2267         <ul>
2268           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2269             www.jalview.org</li>
2270         </ul> <em>Application Known issues</em>
2271         <ul>
2272           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2273           <li>Misleading message appears after trying to delete
2274             solid column.</li>
2275           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2276             version launches</li>
2277           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2278             fails with a sequence mismatch</li>
2279           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2280             scrolling alignment to right</li>
2281           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2282             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2283           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2284             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2285           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2286             ultra-high resolution</li>
2287           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2288             quality and conservation</li>
2289           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2290             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2291         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2292         <ul>
2293           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2294           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2295             window is being resized</li>
2296
2297         </ul>
2298       </td>
2299     </tr>
2300     <tr>
2301       <td><div align="center">
2302           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2303         </div></td>
2304       <td><em>General</em>
2305         <ul>
2306           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2307             Certum.PL.</li>
2308           <li>Features and annotation preserved when performing
2309             pairwise alignment</li>
2310           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2311             imported/exported/displayed</li>
2312           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2313             protein secondary structure</li>
2314           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2315               post-hoc with 2.9 release</em>)
2316           </li>
2317
2318         </ul> <em>Application</em>
2319         <ul>
2320           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2321             with 3D structures</li>
2322           <li>Support for parsing RNAML</li>
2323           <li>Annotations menu for layout
2324             <ul>
2325               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2326               <li>place sequence annotation above/below alignment
2327                 annotation</li>
2328             </ul>
2329           <li>Output in Stockholm format</li>
2330           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2331             translation</li>
2332           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2333           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2334             shared between alignments</li>
2335           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2336             Jalview</li>
2337           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2338             all or current selection</li>
2339           <li>disorder and secondary structure predictions
2340             available as dataset annotation</li>
2341           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2342
2343
2344           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2345             alignments from Rfam</li>
2346           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2347
2348           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2349             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2350           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2351           <li>include installation type in build properties and
2352             console log output</li>
2353           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2354             annotation</li>
2355         </ul></td>
2356       <td>
2357         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2358         <ul>
2359           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2360             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2361           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2362             alignment</li>
2363           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2364           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2365           <li>Double click on sequence associated annotation
2366             selects only first column</li>
2367           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2368             leaves shown in tree</li>
2369           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2370             properly</li>
2371           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2372           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2373             screen and buttons not visible</li>
2374           <li>author list isn't updated if already written to
2375             Jalview properties</li>
2376           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2377             from database</li>
2378           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2379           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2380             browser search window</li>
2381           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2382             in feature settings dialog</li>
2383           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2384             desktop</li>
2385           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2386             pass validation</li>
2387           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2388             fit on screen</li>
2389           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2390             tooltip</li>
2391           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2392             defined user preset</li>
2393           <li>MSA web services warns user if they were launched
2394             with invalid input</li>
2395           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2396             Java 8</li>
2397           <li>
2398             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2399             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2400             created
2401           </li>
2402
2403         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2404         <ul>
2405         </ul> <em>General</em>
2406         <ul>
2407         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2408         <ul>
2409           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2410             memory allocation</li>
2411           <li>launchApp service doesn't automatically open
2412             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2413           <li>
2414             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2415             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2416             1.7_055 is available
2417           </li>
2418         </ul> <em>Application Known issues</em>
2419         <ul>
2420           <li>
2421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2422             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2423             alignment to right
2424           </li>
2425           <li>
2426             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2427             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2428             with large number of ID
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2432             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2433             start/end
2434           </li>
2435           <li>
2436             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2437             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2438             structure tracks are rearranged
2439           </li>
2440           <li>
2441             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2442             invalid rna structure positional highlighting does not
2443             highlight position of invalid base pairs
2444           </li>
2445           <li>
2446             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2447             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2448             project from alignment window file menu
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2452             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2453             structures
2454           </li>
2455           <li>
2456             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2457             colour by RNA Helices not enabled when user created
2458             annotation added to alignment
2459           </li>
2460           <li>
2461             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2462             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2463           </li>
2464         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2465         <ul>
2466           <li>
2467             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2468             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2469           </li>
2470           <li>
2471             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2472             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2473           </li>
2474
2475           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2476             when selected</li>
2477         </ul>
2478       </td>
2479     </tr>
2480     <tr>
2481       <td><div align="center">
2482           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2483         </div></td>
2484       <td>
2485         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2486         <em>General</em>
2487         <ul>
2488           <li>Internationalisation of user interface (usually
2489             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2490           <li>Define/Undefine group on current selection with
2491             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2492           <li>Improved group creation/removal options in
2493             alignment/sequence Popup menu</li>
2494           <li>Sensible precision for symbol distribution
2495             percentages shown in logo tooltip.</li>
2496           <li>Annotation panel height set according to amount of
2497             annotation when alignment first opened</li>
2498         </ul> <em>Application</em>
2499         <ul>
2500           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2501             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2502           <li>Select columns containing particular features from
2503             Feature Settings dialog</li>
2504           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2505             sequences</li>
2506           <li>Update Jalview project format:
2507             <ul>
2508               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2509               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2510                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2511               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2512                 colouring</li>
2513             </ul>
2514           </li>
2515           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2516             (PAM250)</li>
2517           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2518             flanking regions for an alignment</li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521       <td>
2522         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2523         <ul>
2524           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2525             running after job is cancelled</li>
2526           <li>cannot export features from alignments imported from
2527             Jalview/VAMSAS projects</li>
2528           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2529             float values</li>
2530           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2531             have 'display all symbols' flag set</li>
2532           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2533             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2534           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2535             Jalview</li>
2536           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2537             Lion/Webstart</li>
2538           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2539           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2540           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2541             alignment onto desktop</li>
2542           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2543             'extract scores' function</li>
2544           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2545             alignment window</li>
2546           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2547             performing IUPred disorder prediction</li>
2548           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2549             changing 'normalise logo' display setting</li>
2550           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2551             nothing matches query</li>
2552           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2553             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2554           </li>
2555           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2556             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2557           </li>
2558           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2559             Jalview's menu</li>
2560           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2561             'invalid literal/length code'</li>
2562           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2563             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2564           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2565             colourscheme</li>
2566
2567         </ul> <em>Applet</em>
2568         <ul>
2569           <li>Remove group option is shown even when selection is
2570             not a group</li>
2571           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2572             don't affect groups</li>
2573           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2574             colourscheme name</li>
2575           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2576             Annotation panel is not displayed</li>
2577           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2578             embedded windows</li>
2579         </ul> <em>Other</em>
2580         <ul>
2581           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2582             single sequence were not calculated</li>
2583           <li>annotation files that contain only groups imported as
2584             annotation and junk sequences</li>
2585           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2586             recognised as PFAM or BLC</li>
2587           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2588             doesn't affect background (2.8.0b1)
2589           <li></li>
2590           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2591           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2592             trailing gaps</li>
2593           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2594             registered correctly on import</li>
2595           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2596             certain alignments</li>
2597           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2598             existing annotation based 'use original colours'
2599             colourscheme loses original colours setting</li>
2600         </ul>
2601       </td>
2602     </tr>
2603     <tr>
2604       <td><div align="center">
2605           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2606             <em>30/1/2014</em></strong>
2607         </div></td>
2608       <td>
2609         <ul>
2610           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2611             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2612             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2613             open source project).
2614           </li>
2615           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2616           <li>Output in Stockholm format</li>
2617           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2618           <li>Export/import group and sequence associated line
2619             graph thresholds</li>
2620           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2621             ambiguity codes</li>
2622           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2623             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2624             works</li>
2625           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2626         </ul> <em>Other improvements</em>
2627         <ul>
2628           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2629           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2630             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2631           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2632             files</li>
2633           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2634           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2635             link but no description</li>
2636           <li>Select primary source when selecting authority in
2637             database fetcher GUI</li>
2638           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2639             Jalview</li>
2640           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2641         </ul>
2642       </td>
2643       <td>
2644         <ul>
2645           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2646             displayed</li>
2647           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2648             secondary structure annotation line</li>
2649           <li>Sequence database accessions not imported when
2650             fetching alignments from Rfam</li>
2651           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2652             identical IDs</li>
2653           <li>View all structures does not always superpose
2654             structures</li>
2655           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2656             reflect user or preset settings</li>
2657           <li>Null pointer exceptions for some services without
2658             presets or adjustable parameters</li>
2659           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2660             discover PDB xRefs</li>
2661           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2662             features with DAS</li>
2663           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2664             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2665           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2666             residue follows a gap</li>
2667           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2668             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2669           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2670             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2671           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2672             annotation already exists on alignment</li>
2673           <li>oninit javascript function should be called after
2674             initialisation completes</li>
2675           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2676             alignment window display</li>
2677           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2678           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2679             to annotation file</li>
2680           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2681             groups created</li>
2682           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2683             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2684           <li>Pressing return several times causes Number Format
2685             exceptions in keyboard mode</li>
2686           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2687             correct partitions for input data</li>
2688           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2689           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2690           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2691           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2692             mode</li>
2693           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2694             changes one row&#39;s threshold</li>
2695           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2696             doesn&#39;t open</li>
2697           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2698             quality histograms</li>
2699         </ul>
2700       </td>
2701     </tr>
2702     <tr>
2703       <td><div align="center">
2704           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2705         </div></td>
2706       <td><em>Application</em>
2707         <ul>
2708           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2709             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2710           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2711             preferences</li>
2712           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2713             in Jalview alignment window</li>
2714           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2715             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2716           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2717             RNA and ambiguity codes</li>
2718
2719           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2720           <li>Support fetching and database reference look up
2721             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2722             refs')</li>
2723           <li>Jalview project improvements
2724             <ul>
2725               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2726                 flag for annotation</li>
2727               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2728                 alignment</li>
2729               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2730                 Jalview project</li>
2731
2732             </ul>
2733           </li>
2734           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2735           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2736             running</li>
2737           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2738           <li>visual indication that web service results are still
2739             being retrieved from server</li>
2740           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2741             starts up for first time</li>
2742           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2743             services</li>
2744           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2745             client library</li>
2746           <li>Examples directory and Groovy library included in
2747             InstallAnywhere distribution</li>
2748         </ul> <em>Applet</em>
2749         <ul>
2750           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2751             visualization applet example</li>
2752         </ul> <em>General</em>
2753         <ul>
2754           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2755           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2756             defaults</li>
2757           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2758             calculation</li>
2759           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2760             matrices
2761           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2762             in HTML</li>
2763           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2764             structure contacts</li>
2765           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2766           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2767           <li>Parse sequence associated secondary structure
2768             information in Stockholm files</li>
2769           <li>HTML Export database accessions and annotation
2770             information presented in tooltip for sequences</li>
2771           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2772             style RNA alignment files</li>
2773           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2774             alignment</li>
2775           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2776             shade each sequence according to its associated alignment
2777             annotation</li>
2778           <li>New Jalview Logo</li>
2779         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2780         <ul>
2781           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2782           <li>New Website!</li>
2783         </ul></td>
2784       <td><em>Application</em>
2785         <ul>
2786           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2787             wsdbfetch REST service</li>
2788           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2789           <li>Filetype associations not installed for webstart
2790             launch</li>
2791           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2792             job execution in full once it is complete</li>
2793           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2794             uploaded via ali_file parameter</li>
2795           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2796           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2797           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2798             submitted for prediction</li>
2799           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2800             desktop window</li>
2801           <li>Putting fractional value into integer text box in
2802             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2803           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2804             windows 7</li>
2805           <li>View all structures fails with exception shown in
2806             structure view</li>
2807           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2808             escaped in a platform independent way</li>
2809           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2810             using proxy</li>
2811           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2812             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2813           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2814             failure when java web start temporary file caching is
2815             disabled</li>
2816           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2817             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2818           <li>Errors during processing of command line arguments
2819             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2820           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2821             DAS sources in sequence fetcher</li>
2822           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2823             dialog is shown</li>
2824           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2825           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2826           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2827           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2828             on OSX Mountain Lion</li>
2829           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2830             sequences with alignment annotation are pasted into the
2831             alignment</li>
2832           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2833             when loaded from Jalview project</li>
2834           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2835           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2836             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2837           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2838             associated with all views</li>
2839           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2840             annotation rows to new window</li>
2841         </ul> <em>Applet</em>
2842         <ul>
2843           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2844             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2845           <li>loading features via javascript API automatically
2846             enables feature display</li>
2847           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2848             work</li>
2849         </ul> <em>General</em>
2850         <ul>
2851           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2852           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2853             and then deselected</li>
2854           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2855           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2856             coloured with clustalx</li>
2857           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2858             exceptions and redraw errors</li>
2859           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2860             reconfigured view</li>
2861           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2862             colour</li>
2863           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2864             for lots of labels</li>
2865         </ul>
2866     </tr>
2867     <tr>
2868       <td>
2869         <div align="center">
2870           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2871         </div>
2872       </td>
2873       <td><em>Application</em>
2874         <ul>
2875           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2876           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2877           <li>View/alignment association menu to enable user to
2878             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2879             its colours/correspondences from</li>
2880           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2881           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2882             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2883           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2884           <li>Annotation row column label formatting attributes
2885             stored in project file</li>
2886           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2887             rows preserved in Jalview project file</li>
2888           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2889             saved using Desktop window menu</li>
2890           <li>Visual indication that command line arguments are
2891             still being processed</li>
2892           <li>Groovy script execution from URL</li>
2893           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2894             preferences</li>
2895           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2896             alignment with sequences that have high similarity and
2897             matching IDs</li>
2898           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2899           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2900             structures in same window</li>
2901           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2902           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2903             analysis function in its own submenu</li>
2904         </ul> <em>Applet</em>
2905         <ul>
2906           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2907             groups</li>
2908           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2909           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2910           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2911           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2912           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2913             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2914           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2915           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2916             parameters are treated as such</li>
2917           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2918             <ul>
2919               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2920               <li>Javascript callbacks for
2921                 <ul>
2922                   <li>Applet initialisation</li>
2923                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2924                 </ul>
2925               </li>
2926               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2927                 functions</li>
2928               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2929               <li>javascript structure viewer harness to pass
2930                 messages between Jmol and Jalview when running as
2931                 distinct applets</li>
2932               <li>sortBy method</li>
2933               <li>Set of applet and application examples shipped
2934                 with documentation</li>
2935               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2936                 javascript message exchange</li>
2937             </ul>
2938         </ul> <em>General</em>
2939         <ul>
2940           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2941             multiple alignments</li>
2942           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2943           <li>User configurable link to enable redirects to a
2944             www.Jalview.org mirror</li>
2945           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2946           <li>Configurable newline string when writing alignment
2947             and other flat files</li>
2948           <li>Allow alignment annotation description lines to
2949             contain html tags</li>
2950         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2951         <ul>
2952           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2953             examples</li>
2954           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2955             using a web service before displaying the result in the
2956             Jalview desktop</li>
2957           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2958           <li>Ant target to publish example html files with applet
2959             archive</li>
2960           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2961           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2962         </ul></td>
2963       <td><em>Application</em>
2964         <ul>
2965           <li>User defined colourscheme throws exception when
2966             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2967           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2968             dialog for valid filename/format</li>
2969           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2970           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2971             P37173</li>
2972           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2973             which sequence is to be associated with the file</li>
2974           <li>Find All raises null pointer exception when query
2975             only matches sequence IDs</li>
2976           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2977           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2978             2.4 cannot be loaded</li>
2979           <li>Filetype associations not installed for webstart
2980             launch</li>
2981           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2982             with sequences in different alignments do not get coloured
2983             by their associated sequence</li>
2984           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2985             not preserved when project is loaded</li>
2986           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2987             stored in Jalview project</li>
2988           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2989             Jalview project</li>
2990           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2991           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2992             by conservation</li>
2993           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2994             created on new view</li>
2995           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2996             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2997           <li>Alignment quality not updated after alignment
2998             annotation row is hidden then shown</li>
2999           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3000             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3001           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3002             properly</li>
3003           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3004             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3005           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3006           <li>Structures imported from file and saved in project
3007             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3008           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3009             job execution in full once it is complete</li>
3010         </ul> <em>Applet</em>
3011         <ul>
3012           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3013             annotation rows are displayed</li>
3014           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3015             codebase</li>
3016           <li>View follows highlighting does not work for positions
3017             in sequences</li>
3018           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3019           <li>Export features raises exception when no features
3020             exist</li>
3021           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3022             for javascript api is modified when separator string
3023             provided as parameter</li>
3024           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3025             alignment with no existing selection</li>
3026           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3027             to applet&#39;s codebase</li>
3028           <li>Status bar not updated after finished searching and
3029             search wraps around to first result</li>
3030           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3031             several Jalview applets causes race conditions and memory
3032             leaks</li>
3033           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3034             not sent from Jmol in applet</li>
3035           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3036             applet API fatally hang browser</li>
3037         </ul> <em>General</em>
3038         <ul>
3039           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3040             position with wrapped view and hidden regions</li>
3041           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3042             with/without hidden columns</li>
3043           <li>Sequence length given in alignment properties window
3044             is off by 1</li>
3045           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3046             import PDB like structure files</li>
3047           <li>Positional search results are only highlighted
3048             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3049           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3050           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3051             given sequence position</li>
3052           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3053             output</li>
3054           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3055             from nucleotide chains correctly</li>
3056           <li>Structure colours not updated when tree partition
3057             changed in alignment</li>
3058           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3059             parsed in interleaved stockholm</li>
3060           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3061             state</li>
3062           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3063             properly</li>
3064           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3065             properly associated with their pdb files</li>
3066         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3067         <ul>
3068           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3069             ApplyCopyright tool</li>
3070         </ul></td>
3071     </tr>
3072     <tr>
3073       <td>
3074         <div align="center">
3075           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3076         </div>
3077       </td>
3078       <td><em>Application</em>
3079         <ul>
3080           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3081             contact web services</li>
3082           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3083             service job window</li>
3084           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3085         </ul></td>
3086       <td>
3087         <ul>
3088           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3089             pir file emitted by Jalview</li>
3090           <li>Existing feature settings transferred to new
3091             alignment view created from cut'n'paste</li>
3092           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3093             parsing PDB files</li>
3094           <li>Consensus and conservation annotation rows
3095             occasionally become blank for all new windows</li>
3096           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3097             in wrapped view mode</li>
3098         </ul> <em>Application</em>
3099         <ul>
3100           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3101             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3102           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3103             parameter names</li>
3104           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3105             is down</li>
3106         </ul>
3107       </td>
3108     </tr>
3109     <tr>
3110       <td>
3111         <div align="center">
3112           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3113         </div>
3114       </td>
3115       <td><em>Application</em>
3116         <ul>
3117           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3118             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3119             (JABAWS)
3120           </li>
3121           <li>Web Services preference tab</li>
3122           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3123             preferences</li>
3124           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3125           <li>Superpose structures using associated sequence
3126             alignment</li>
3127           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3128             viewer</li>
3129         </ul> <em>Applet</em>
3130         <ul>
3131           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3132             link out mechanism</li>
3133         </ul> <em>Other</em>
3134         <ul>
3135           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3136             series 12</li>
3137           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3138             require Java 1.5</li>
3139           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3140             sequence annotation files</li>
3141           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3142             type colour specification</li>
3143           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3144             script to check if it being run in an interactive session or
3145             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3146         </ul></td>
3147       <td>
3148         <ul>
3149           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3150             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3151         </ul> <em>Application</em>
3152         <ul>
3153           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3154             selected Regions menu item</li>
3155           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3156             part of a valid accession ID</li>
3157           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3158             runs out of memory</li>
3159           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3160             analysis results</li>
3161           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3162             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3163           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3164         </ul> <em>Applet</em>
3165         <ul>
3166           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3167             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3168             defined.</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174         <div align="center">
3175           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td></td>
3179       <td>
3180         <ul>
3181           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3182             sequence IDs</li>
3183           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3184             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3185           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3186             import correctly</li>
3187           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3188             number of columns are hidden</li>
3189           <li>annotation label popup menu not providing correct
3190             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3191             present</li>
3192           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3193             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3194           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3195             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3196
3197         </ul> <em>Applet</em>
3198         <ul>
3199           <li>annotation panel disappears when annotation is
3200             hidden/removed</li>
3201         </ul> <em>Application</em>
3202         <ul>
3203           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3204             alignment opened where annotation panel is visible but no
3205             annotations are present on alignment</li>
3206           <li>pasted region containing hidden columns is
3207             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3208           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3209             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3210           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3211             selected Rregions menu item.</li>
3212           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3213             'Un' or 'Non'conserved</li>
3214           <li>Sequence feature settings are being shared by
3215             multiple distinct alignments</li>
3216           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3217             changed</li>
3218           <li>double click on group annotation to select sequences
3219             does not propagate to associated trees</li>
3220           <li>Mac OSX specific issues:
3221             <ul>
3222               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3223                 window background</li>
3224               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3225                 name set correctly</li>
3226               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3227                 save feature colourscheme button</li>
3228             </ul>
3229           </li>
3230         </ul>
3231       </td>
3232     </tr>
3233     <tr>
3234
3235       <td>
3236         <div align="center">
3237           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3238         </div>
3239       </td>
3240       <td><em>New Capabilities</em>
3241         <ul>
3242           <li>URL links generated from description line for
3243             regular-expression based URL links (applet and application)
3244
3245           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3246             menu</li>
3247           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3248             structures</li>
3249           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3250             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3251           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3252             average score or total feature count for each sequence.</li>
3253           <li>Shading features by score or associated description</li>
3254           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3255             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3256           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3257             hide everything but the currently selected region.</li>
3258           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3259         </ul> <em>Application</em>
3260         <ul>
3261           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3262             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3263           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3264             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3265           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3266             database references and protein_name is parsed as
3267             description line (BioSapiens terms).</li>
3268           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3269             references in sequence ID tooltip from View menu in
3270             application.</li>
3271           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3272       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3273           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3274             conservation plots</li>
3275           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3276             and visualized as sequence logos</li>
3277           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3278             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3279           </li>
3280           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3281             when a new tree is opened.</li>
3282           <li>Jalview Java Console</li>
3283           <li>Better placement of desktop window when moving
3284             between different screens.</li>
3285           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3286             consensus annotation</li>
3287           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3288             Workflows</li>
3289           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3290             <ul>
3291               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3292                 used to preserve views, structures, and tree display
3293                 settings)</li>
3294               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3295                 command line</li>
3296               <li>Sharing of selected regions between views and
3297                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3298               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3299             </ul></li>
3300         </ul> <em>Applet</em>
3301         <ul>
3302           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3303           <li>New Parameters
3304             <ul>
3305               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3306                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3307                 opened.</li>
3308               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3309                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3310               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3311                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3312               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3313                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3314                 view</li>
3315               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3316                 increase the height or width of a cell in the alignment
3317                 grid relative to the current font size.</li>
3318             </ul>
3319           </li>
3320           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3321             tooltip</li>
3322         </ul> <em>Other</em>
3323         <ul>
3324           <li>Features format: graduated colour definitions and
3325             specification of feature scores</li>
3326           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3327             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3328             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3329           <li>XML formats extended to support graduated feature
3330             colourschemes, group associated annotation, and profile
3331             visualization settings.</li></td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3335             rather than description</li>
3336           <li>Non-positional features are now included in sequence
3337             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3338             visibility in tooltip).</li>
3339           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3340           <li>Added URL embedding instructions to features file
3341             documentation.</li>
3342           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3343             'X' in peptide product</li>
3344           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3345             sequence ID and sequence string and query strings do not
3346             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3347           <li>AMSA files only contain first column of
3348             multi-character column annotation labels</li>
3349           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3350             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3351             exported and re-imported)</li>
3352           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3353             name</li>
3354           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3355             as subsequence matches, and correctly reports total number
3356             of both.</li>
3357           <li>Application:
3358             <ul>
3359               <li>Better handling of exceptions during sequence
3360                 retrieval</li>
3361               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3362                 link text excludes the start_end suffix</li>
3363               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3364                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3365               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3366               <li>Sequence description lines properly shared via
3367                 VAMSAS</li>
3368               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3369                 data sources</li>
3370               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3371                 completes before alignment figures are generated.</li>
3372               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3373                 first time.</li>
3374               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3375                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3376               <li>User defined group colours properly recovered
3377                 from Jalview projects.</li>
3378             </ul>
3379           </li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382
3383     </tr>
3384     <tr>
3385       <td>
3386         <div align="center">
3387           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3388         </div>
3389       </td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>Experimental support for google analytics usage
3393             tracking.</li>
3394           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3395         </ul>
3396       </td>
3397       <td>
3398         <ul>
3399           <li>Race condition in applet preventing startup in
3400             jre1.6.0u12+.</li>
3401           <li>Exception when feature created from selection beyond
3402             length of sequence.</li>
3403           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3404           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3405             all sequences with a given id</li>
3406           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3407             ID string searches</li>
3408           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3409             alignment to fail with exception</li>
3410         </ul> <em>Application Issues</em>
3411         <ul>
3412           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3413           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3414             data sources</li>
3415         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3416         <ul>
3417           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3418             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3419           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3420             version (java class versioning error fixed)</li>
3421         </ul>
3422       </td>
3423     </tr>
3424     <tr>
3425       <td>
3426
3427         <div align="center">
3428           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3429         </div>
3430       </td>
3431       <td><em>User Interface</em>
3432         <ul>
3433           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3434             translation and protein products</li>
3435           <li>Linked highlighting of structure associated with
3436             residue mapping to codon position</li>
3437           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3438             and 'clear' button</li>
3439           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3440             Tools menu</li>
3441           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3442             numeric data in description line</li>
3443           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3444           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3445             of sequence</li>
3446         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3447         <ul>
3448           <li>JPred3 web service</li>
3449           <li>Prototype sequence search client (no public services
3450             available yet)</li>
3451           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3452             PFAM</li>
3453           <li>URL Links created for matching database cross
3454             references as well as sequence ID</li>
3455           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3456         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3457         <ul>
3458           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3459             databases</li>
3460           <li>Generalised database reference retrieval and
3461             validation to all fetchable databases</li>
3462           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3463             sequence command</li>
3464         </ul> <em>Import and Export</em>
3465         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3466         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3467           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3468         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3469           File</li>
3470         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3471           triplet as name of colourscheme</li>
3472         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3473         <ul>
3474           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3475           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3476             alignments (experimental)</li>
3477           <li>Create new or select existing session to join</li>
3478           <li>load and save of vamsas documents</li>
3479         </ul> <em>Application command line</em>
3480         <ul>
3481           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3482             from applet)</li>
3483           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3484             of DAS servers to query for alignment features</li>
3485           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3486             that are also automatically queried for features</li>
3487           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3488             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3489         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3490         <ul>
3491           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3492             application (when using &quot;View in full
3493             application&quot;)</li>
3494         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3495         <ul>
3496           <li>feature group display control parameter</li>
3497           <li>debug parameter</li>
3498           <li>showbutton parameter</li>
3499         </ul> <em>Applet API methods</em>
3500         <ul>
3501           <li>newView public method</li>
3502           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3503           <li>Feature display control methods</li>
3504           <li>get list of currently selected sequences</li>
3505         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3506         <ul>
3507           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3508           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3509             Jalview release.</li>
3510           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3511             property controls execution of obfuscator</li>
3512           <li>Build target for generating source distribution</li>
3513           <li>Debug flag for javacc</li>
3514           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3515             jalview.bin.Cache</li>
3516           <li>Continuous Build Integration for stable and
3517             development version of Application, Applet and source
3518             distribution</li>
3519         </ul></td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>selected region output includes visible annotations
3523             (for certain formats)</li>
3524           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3525             for editing</li>
3526           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3527           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3528           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3529           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3530             comments</li>
3531           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3532             filenames containing a ':'</li>
3533           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3534             global sequence features</li>
3535           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3536             references from alignment sequences goes to zero</li>
3537           <li>Close of tree branch colour box without colour
3538             selection causes cascading exceptions</li>
3539           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3540           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3541             file parsing fails.</li>
3542           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3543           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3544             not a valid output format</li>
3545           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3546             vamsas</li>
3547           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3548           <li>error messages passed up and output when data read
3549             fails</li>
3550           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3551             sequence is edited</li>
3552           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3553             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3554           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3555             filetype</li>
3556           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3557             import fixed for PFAM records</li>
3558           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3559             window list</li>
3560           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3561             can be read and written correctly to annotation file</li>
3562           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3563             correctly</li>
3564           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3565             non-italic font for representatives in Applet</li>
3566           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3567             Macs.</li>
3568           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3569             Applet)</li>
3570           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3571             due to null pointer exceptions</li>
3572           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3573             first column of alignment</li>
3574           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3575             July 2008</li>
3576           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3577             file is case-insensitive</li>
3578           <li>Sequence features read from Features file appended to
3579             all sequences with matching IDs</li>
3580           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3581             containing a sub-sequence</li>
3582           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3583           <li>feature and annotation file applet parameters
3584             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3585           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3586           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3587             splash-screen version check to complete</li>
3588           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3589             when passing them to the launchApp service</li>
3590           <li>display name and local features preserved in results
3591             retrieved from web service</li>
3592           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3593             sequence fetcher initialisation</li>
3594           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3595             dasobert DAS client</li>
3596           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3597             association</li>
3598           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3599             sequences
3600           </li>
3601         </ul>
3602       </td>
3603     </tr>
3604     <tr>
3605       <td>
3606         <div align="center">
3607           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3608         </div>
3609       </td>
3610       <td>
3611         <ul>
3612           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3613           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3614           <li>Slide sequences</li>
3615           <li>Edit sequence in place</li>
3616           <li>EMBL CDS features</li>
3617           <li>DAS Feature mapping</li>
3618           <li>Feature ordering</li>
3619           <li>Alignment Properties</li>
3620           <li>Annotation Scores</li>
3621           <li>Sort by scores</li>
3622           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3623         </ul>
3624       </td>
3625       <td>
3626         <ul>
3627           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3628           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3629           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3630           <li>Feature group display state in XML</li>
3631           <li>Feature ordering in XML</li>
3632           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3633           <li>Stockholm alignment properties</li>
3634           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3635           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3636           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3637           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3638         </ul>
3639       </td>
3640
3641     </tr>
3642     <tr>
3643       <td>
3644         <div align="center">
3645           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3646         </div>
3647       </td>
3648       <td>
3649         <ul>
3650           <li>Non standard characters can be read and displayed
3651           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3652             applet via textbox
3653           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3654             name &amp; description
3655           <li>Preference setting to display sequence name in
3656             italics
3657           <li>Annotation file format extended to allow
3658             Sequence_groups to be defined
3659           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3660             specified in preferences
3661           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3662             sequences
3663         </ul>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3668             installed
3669           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3670           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3671         </ul>
3672       </td>
3673     </tr>
3674     <tr>
3675       <td>
3676         <div align="center">
3677           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3678         </div>
3679       </td>
3680       <td>
3681         <ul>
3682           <li>Multiple views on alignment
3683           <li>Sequence feature editing
3684           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3685           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3686           <li>Background dependent text colour
3687           <li>Right align sequence ids
3688           <li>User-defined lower case residue colours
3689           <li>Format Menu
3690           <li>Select Menu
3691           <li>Menu item accelerator keys
3692           <li>Control-V pastes to current alignment
3693           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3694           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3695           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3696
3697           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3698         </ul>
3699       </td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3703           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3704             calculations
3705           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3706             edits
3707           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3708             of alignment)
3709           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3710
3711           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3712             display correctly
3713           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3714           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3715             analysis results
3716           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3717             &#8739;
3718           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3719           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3720           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3721
3722         </ul>
3723       </td>
3724     </tr>
3725     <tr>
3726       <td>
3727         <div align="center">
3728           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3729         </div>
3730       </td>
3731       <td>
3732         <ul>
3733           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3734         </ul>
3735       </td>
3736       <td>
3737         <ul>
3738           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3739             sequence id panel has been resized</li>
3740           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3741             rendered</li>
3742           <li>Annotation files with sequence references - all
3743             elements in file are relative to sequence position</li>
3744           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3757           <li>DAS Feature fetching</li>
3758           <li>Hide sequences and columns</li>
3759           <li>Export Annotations and Features</li>
3760           <li>GFF file reading / writing</li>
3761           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3762             files</li>
3763           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3764           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3765           <li>Applet can launch the full application</li>
3766           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3767             required)</li>
3768           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3769           <li>Applet can load sequences from parameter
3770             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3771           </li>
3772         </ul>
3773       </td>
3774       <td>
3775         <ul>
3776           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3777           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3778           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3779         </ul>
3780       </td>
3781     </tr>
3782     <tr>
3783       <td>
3784         <div align="center">
3785           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3786         </div>
3787       </td>
3788       <td>
3789         <ul>
3790           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3791           <li>Choose to match case when searching</li>
3792           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3793             expand the visible width and height of the alignment</li>
3794         </ul>
3795       </td>
3796       <td>
3797         <ul>
3798           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3799         </ul>
3800       </td>
3801     </tr>
3802     <tr>
3803       <td>
3804         <div align="center">
3805           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3806         </div>
3807       </td>
3808       <td>&nbsp;</td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3812           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3813             value</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816     </tr>
3817     <tr>
3818       <td>
3819         <div align="center">
3820           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3821         </div>
3822       </td>
3823       <td>
3824         <ul>
3825           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3826           <li>Keyboard editing</li>
3827           <li>Create sequence features from searches</li>
3828           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3829             alignments</li>
3830           <li>Features file allows grouping of features</li>
3831           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3832           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3833           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3834         </ul>
3835       </td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3839           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3840             descriptions saved.</li>
3841         </ul>
3842       </td>
3843     </tr>
3844     <tr>
3845       <td>
3846         <div align="center">
3847           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3848         </div>
3849       </td>
3850       <td>
3851         <ul>
3852           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3853           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3854           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3855             name for file output</li>
3856           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3857           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3858             used for HTML form input</li>
3859         </ul>
3860       </td>
3861       <td>
3862         <ul>
3863           <li>HTML output writes groups and features</li>
3864           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3865           <li>File IO bugs</li>
3866         </ul>
3867       </td>
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3878           <li>More options for PCA viewer</li>
3879         </ul>
3880       </td>
3881       <td>
3882         <ul>
3883           <li>GUI bugs resolved</li>
3884           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887     </tr>
3888     <tr>
3889       <td height="63">
3890         <div align="center">
3891           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3892         </div>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3897           <li>Jar files are executable</li>
3898           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901       <td>
3902         <ul>
3903           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3904           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3905           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908     </tr>
3909     <tr>
3910       <td>
3911         <div align="center">
3912           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3913         </div>
3914       </td>
3915       <td>
3916         <ul>
3917           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920       <td>
3921         <ul>
3922           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3923         </ul>
3924       </td>
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3935             size</li>
3936         </ul>
3937       </td>
3938       <td>
3939         <ul>
3940           <li>Improved JPred client reliability</li>
3941           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944     </tr>
3945     <tr>
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td>
3952         <ul>
3953           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3954           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3955           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3956             to Colour Menu</li>
3957           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3958           <li>Unix users can set default web browser</li>
3959           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3960           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3961         </ul>
3962       </td>
3963       <td>
3964         <ul>
3965           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3966         </ul>
3967       </td>
3968     </tr>
3969     <tr>
3970       <td>
3971         <div align="center">
3972           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3973         </div>
3974       </td>
3975       <td>&nbsp;</td>
3976       <td>
3977         <ul>
3978           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3979             alignment order.</li>
3980         </ul>
3981       </td>
3982     </tr>
3983     <tr>
3984       <td>
3985         <div align="center">
3986           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3987         </div>
3988       </td>
3989       <td>
3990         <ul>
3991           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3992           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3993           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3994             annotations.</li>
3995           <li>Version and build date written to build properties
3996             file.</li>
3997           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3998             at launch of Jalview.</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4004           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4005           <li>Can remove groups one by one.</li>
4006           <li>Filechooser icons installed.</li>
4007           <li>Finder ignores return character when searching.
4008             Return key will initiate a search.<br>
4009           </li>
4010         </ul>
4011       </td>
4012     </tr>
4013     <tr>
4014       <td>
4015         <div align="center">
4016           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4017         </div>
4018       </td>
4019       <td>
4020         <ul>
4021           <li>New codebase</li>
4022         </ul>
4023       </td>
4024       <td>&nbsp;</td>
4025     </tr>
4026   </table>
4027   <p>&nbsp;</p>
4028 </body>
4029 </html>