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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 115               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 116               alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 120               annotation displayed.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 124               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 125               visible.
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 129               when sequences are selected in exported view.</em>
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 133               aren't rendered with correct colour.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 137               types of knotted RNA secondary structure.
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 141               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 142               do not start at 1.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 146               annotation when columns are inserted into an alignment,
 147               and when exporting as Stockholm flatfile.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 151               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 152               treated as RNA secondary structure.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 156               (not .jar) when saving a jalview project file.
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 160               transfers focus to previous window on OSX
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <em>Java 10 Issues</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 167               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 168               box.
 169             </li>
 170           </ul>
 171       </div>
 172     </td>
 173     </tr>
 174     <tr>
 175       <td width="60" nowrap>
 176         <div align="center">
 177           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 178             <em>7/06/2018</em></strong>
 179         </div>
 180       </td>
 181       <td><div align="left">
 182           <em></em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 186               annotation retrieved from Uniprot
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 190               onto the Jalview Desktop
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div></td>
 194       <td><div align="left">
 195           <em></em>
 196           <ul>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 199               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 203               right-hand column parsed correctly
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 207               not alignment area in exported graphic
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 211               window has input focus
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 215               annotation added to view (Windows)
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 219               network connectivity is poor
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 223               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 224                 the currently open URL and links from a page viewed in
 225                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 226                 you are using Edge, only links in the page can be
 227                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 228                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 229             </li>
 230           </ul>
 231         </div></td>
 232     </tr>
 233     <tr>
 234       <td width="60" nowrap>
 235         <div align="center">
 236           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 237         </div>
 238       </td>
 239       <td><div align="left">
 240           <em></em>
 241           <ul>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 244               for disabling automatic superposition of multiple
 245               structures and open structures in existing views
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 249               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 250               adjust them.
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 254               Ensembl services
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 258               and lots of hidden columns
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 262               of features (particularly when transparency is disabled)
 263             </li>
 264           </ul>
 265           </div>
 266       </td>
 267       <td><div align="left">
 268           <ul>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 271               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 275               overlapping alignment panel
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 279               sequence as gaps
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 283               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 284               UTR
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 288               factor annotation not added to sequence when local PDB
 289               file associated with it by drag'n'drop or structure
 290               chooser
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 294               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 298               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 302               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 306               columns in annotation row
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 310               honored in batch mode
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 314               for structures added to existing Jmol view
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 318               entries after importing project with multiple views
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 322               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 323               with negative residue numbers or missing residues fails
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 327               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 328               as generated by CONSURF)
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 332               tooltip doesn't include a text description of mutation
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 336               structure and/or overview windows are also shown
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 340               very slow for alignments with large numbers of sequences
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 344               with 'StringIndexOutOfBounds'
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 348               platforms running Java 10
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 352               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 353             </li>
 354           </ul>
 355           <em>Applet</em>
 356           <ul>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 359               should copy the group consensus when popup is opened on it
 360             </li>
 361           </ul>
 362           <em>Batch Mode</em>
 363           <ul>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 366           </li>
 367           </ul>
 368           <em>New Known Defects</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 372               editing a large alignment and overview is displayed
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 376               repeatedly after a series of edits even when the overview
 377               is no longer reflecting updates
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 381               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 382               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 383               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 384             </li>
 385           </ul>
 386         </div>
 387           </td>
 388     </tr>
 389     <tr>
 390       <td width="60" nowrap>
 391         <div align="center">
 392           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 393         </div>
 394       </td>
 395       <td><div align="left">
 396           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 397               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 398       <td><div align="left">
 399           <em>Desktop</em><ul>
 400           <ul>
 401             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 402             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 403             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 404             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 405             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 406             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 407             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 408           </ul>
 409           </div>
 410       </td>
 411     </tr>
 412     <tr>
 413       <td width="60" nowrap>
 414         <div align="center">
 415           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 416         </div>
 417       </td>
 418       <td><div align="left">
 419           <em></em>
 420           <ul>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 423               rendering of sequence features
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 427               429 rate limit request hander
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 431               their colours have changed
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 435               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 439               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 443               view from Ensembl locus cross-references
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 447               Alignment report
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 451               feature can be disabled
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 455               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 459               Uniprot
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>Scripting</em>
 463           <ul>
 464             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 465             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 466               percent identity scores for current alignment.</li>
 467           </ul>
 468           <em>Testing and Deployment</em>
 469           <ul>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 472             </li>
 473           </ul>
 474         </div></td>
 475       <td><div align="left">
 476           <em>General</em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 480               threshold text field doesn't trigger an update to the
 481               alignment view
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 485               strings in parallel
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 489               alignment window is closed
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 493               group visibility
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 497               takes a long time in Cursor mode
 498             </li>
 499           </ul>
 500           <em>Desktop</em>
 501           <ul>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 504               cannot be viewed in Chimera
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 508               CDS/Protein view
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 512               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 513               Search Dialogs
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 523               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 527               scrolling right in unwapped alignment view
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 531               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 532               database
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 536               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 540               features of same type and group to be selected for
 541               amending
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 545               alignments when hidden columns are present
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 549               displaying several structures
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 553               moving a window
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 557               within the Jalview desktop on OSX
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 561               when in wrapped alignment mode
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 565               hand end of alignment
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 569               each selected sequence do not have correct start/end
 570               positions
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 574               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 578               restoring project until a new view is created
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 582               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 583               configured (since 2.10.2b2)
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 587               position is adjusted
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 591               in a multi-chain structure when viewing alignment
 592               involving more than one chain (since 2.10)
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 596               if new selection moves alignment window
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 600               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 604               that produces correctly annotated transcripts and products
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 608               doesn't update associated structure view
 609             </li>
 610           </ul>
 611           <em>Applet</em><br />
 612           <ul>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 615               closing alignment panel
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <em>BioJSON</em><br />
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 622               non-positional features
 623             </li>
 624           </ul>
 625           <em>New Known Issues</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 629               sequence features correctly (for many previous versions of
 630               Jalview)
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 634               using cursor in wrapped panel other than top
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 638               graduated colour threshold
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 642               always preserve numbering and sequence features
 643             </li>
 644           </ul>
 645           <em>Known Java 9 Issues</em>
 646           <ul>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 649               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 650               9.01, OSX 10.10)
 651             </li>
 652           </ul>
 653         </div></td>
 654     </tr>
 655     <tr>
 656       <td width="60" nowrap>
 657         <div align="center">
 658           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 659             <em>2/10/2017</em></strong>
 660         </div>
 661       </td>
 662       <td><div align="left">
 663           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 664           <ul>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 667             </li>
 668             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 669             </li>
 670           </ul>
 671         </div></td>
 672       <td><div align="left">
 673         </div></td>
 674     </tr>
 675     <tr>
 676       <td width="60" nowrap>
 677         <div align="center">
 678           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 679             <em>7/9/2017</em></strong>
 680         </div>
 681       </td>
 682       <td><div align="left">
 683           <em></em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 687               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 688               white)
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 692               Preferences
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 696               in size and progress bar shown as higher resolution
 697               overview is recalculated
 698             </li>
 699
 700           </ul>
 701         </div></td>
 702       <td><div align="left">
 703           <em></em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 707               column region row by row
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 711               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 715               format setting is unticked
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 719               if group has show boxes format setting unticked
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 723               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 724               include sequences and columns not currently displayed
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 728               assemblies are imported via CIF file
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 732               displayed when threshold or conservation colouring is also
 733               enabled.
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 737               server version
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 741               dragging a selected region off the visible region of the
 742               alignment
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 746               colourscheme to all groups in a view
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 750               initially after font size change using the Font chooser or
 751               middle-mouse zoom
 752             </li>
 753           </ul>
 754         </div></td>
 755     </tr>
 756     <tr>
 757       <td width="60" nowrap>
 758         <div align="center">
 759           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 760         </div>
 761       </td>
 762       <td><div align="left">
 763           <em>Calculations</em>
 764           <ul>
 765
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 768               ungapped positions in each column of the alignment.
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 772               a calculation dialog box
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 776               and memory efficiency (~30x faster)
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 780               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 781               and other calculations
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 785               files within the Jalview codebase
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 789               Similarity may have different topology due to increased
 790               precision
 791             </li>
 792           </ul>
 793           <em>Rendering</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 797               model for alignments and groups
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 801               scripts
 802             </li>
 803           </ul>
 804           <em>Overview</em>
 805           <ul>
 806             <li>
 807               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 808               with alignment and overview windows
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 812               overview
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 816               omitted in Overview
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 820               adjustment of visible position
 821             </li>
 822           </ul>
 823
 824           <em>Data import/export</em>
 825           <ul>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 828               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 832               annotation input/output via stockholm flatfile
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 836               extension when importing structure files without embedded
 837               names or PDB accessions
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 841               format sequence substitution matrices
 842             </li>
 843           </ul>
 844           <em>User Interface</em>
 845           <ul>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 848               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 849               the application.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 853               via Overview or sequence motif search operations
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 857               opened by double clicking gaps within sequence feature
 858               extent
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 862               aligned positions were available to create a 3D structure
 863               superposition.
 864             </li>
 865           </ul>
 866           <em>3D Structure</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 870               coloured in linked structure views
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 874               file-based command exchange
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 878               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 879               structures are already available for sequences
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 883               the Jalview project rather than downloaded again when the
 884               project is reopened.
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 888               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 889               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 890                 Feature</strong>)
 891             </li>
 892           </ul>
 893           <em>Web Services</em>
 894           <ul>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 897             </li>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 900               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 901               Analysis services
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 905               cross-references provided by identifiers.org and the
 906               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 907             </li>
 908           </ul>
 909
 910           <em>Scripting</em>
 911           <ul>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 914               identifying file formats (instead of String constants)
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 918               efficiency when counting all displayed features (not
 919               backwards compatible with 2.10.1)
 920             </li>
 921           </ul>
 922           <em>Example files</em>
 923           <ul>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 926               included in the example feature file
 927             </li>
 928           </ul>
 929           <em>Documentation</em>
 930           <ul>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 933               with the built-in Java help viewer
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 937               sequence description' option
 938             </li>
 939           </ul>
 940           <em>Test Suite</em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 944               Uniprot REST Free Text Search Client
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 951               during tests
 952             </li>
 953           </ul>
 954         </div></td>
 955       <td><div align="left">
 956           <em>Calculations</em>
 957           <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 960               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 961               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 962             </li>
 963             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 964               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 965               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 966               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 967               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 968               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 969               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 970               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 971               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 972               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 973               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 974               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 975               // for 2.10.1 mode <br />
 976               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 977               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 978                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 979                 calculations (not recommended)</em></li>
 980             <li>
 981               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 982               scaling of branch lengths for trees computed using
 983               Sequence Feature Similarity.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 987               generating output report when working with highly
 988               redundant alignments
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 992               right of selected region when gaps present on right-hand
 993               boundary
 994             </li>
 995           </ul>
 996           <em>User Interface</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1000               doesn't reselect a specific sequence's associated
1001               annotation after it was used for colouring a view
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1005               opened on a region of alignment without groups
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1009               of an alignment with overlapping groups
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1013               name and description match
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1017               hidden regions results in incorrect hidden regions
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1021               changing colour does not apply Conservation slider value
1022               to all groups
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1026               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1030               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1034               gaps before start of features
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1038               restored to UI when feature colour is edited
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1042               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1046               as graduate feature colour settings are modified via the
1047               dialog box
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1051               when a group defined on the alignment is resized
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1055               wrapped view result in positional status updates
1056             </li>
1057
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1060               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1064               alignment included gapped columns
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1068               widgets don't permanently disappear
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1072               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1073               T-Coffee column reliability scores)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1077               sequence feature on gaps only
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1081               button from a Find inherit previously defined feature type
1082               rather than the Find query string
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1086               exporting tree calculated in Jalview
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1090               and then revealing them reorders sequences on the
1091               alignment
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1095               doesn't update to reflect available set of groups after
1096               interactively adding or modifying features
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1100               Linux
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1104               only excluded gaps in current sequence and ignored
1105               selection.
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>Rendering</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1112               erratically when hidden rows or columns are present
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1116               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1117               sequence colouring
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1121               colour and group colour menu for protein alignments
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1125               reflect currently selected view or group's shading
1126               thresholds
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1130               when rendered on overview and structures when opacity at
1131               100%
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1135               overview when features overlaid on alignment
1136             </li>
1137           </ul>
1138           <em>Data import/export</em>
1139           <ul>
1140             <li>
1141               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1142               load
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1146               added after a sequence was imported are not written to
1147               Stockholm File
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1151               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1155               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1159               with lightGray or darkGray via features file (but can
1160               specify lightgray)
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1164               when alignment view imported from project
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1168               structure and sequences extracted from structure files
1169               imported via URL and viewed in Jmol
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1173               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1174               the project is loaded and the structure viewed
1175             </li>
1176           </ul>
1177           <em>Web Services</em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1181               release of Ensembl v.88
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1185               appear enabled in Preferences->Connections
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1189               removed from console output
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1193               Ensembl by Peptide ID
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1197               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1198               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1199               due to 'null' string rather than empty string used for
1200               residues with no corresponding PDB mapping).
1201             </li>
1202           </ul>
1203           <em>Application UI</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1207               menu
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1211               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1212               new documentation and tooltips added)
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1216               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1220               new features are added to alignment
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1224               changes to feature colours via the Amend features dialog
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1228               edit graduated feature colour via amend features dialog
1229               box
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1233               selection menu changes colours of alignment views
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1237               from alignment calculation workers after alignment has
1238               been closed
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1242               groups now 'Create Group'
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1246               Create/Undefine group doesn't always work
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1250               shown again after pressing 'Cancel'
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1254               adjusts start position in wrap mode
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1258               ambiguous amino acids
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1262               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1263               proteins
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1267               Defined' don't appear in Colours menu
1268             </li>
1269           </ul>
1270           <em>Applet</em>
1271           <ul>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1274               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1278               overview or linked structure view
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1282               work (since 2.8)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1286               user-defined colourscheme doesn't restore original
1287               colourscheme
1288             </li>
1289           </ul>
1290           <em>Test Suite</em>
1291           <ul>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1294               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1298               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1299               problems with deep array comparison equality asserts in
1300               successive versions of TestNG
1301             </li>
1302             <li>
1303               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1304               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1305             </li>
1306           </ul>
1307           <em>New Known Issues</em>
1308           <ul>
1309             <li>
1310               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1311               phase after a sequence motif find operation
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1315               containing just upper and lower case letters are
1316               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1320               reliably from eggnog Ortholog database
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1324               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1325               to mark columns containing highlighted regions.
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1329               doesn't always add secondary structure annotation.
1330             </li>
1331           </ul>
1332         </div>
1333     <tr>
1334       <td width="60" nowrap>
1335         <div align="center">
1336           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1337         </div>
1338       </td>
1339       <td><div align="left">
1340           <em>General</em>
1341           <ul>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1344               for all consensus calculations
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1348               3rd Oct 2016)
1349             </li>
1350             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1351               for 2016-2017</li>
1352           </ul>
1353           <em>Application</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1357               set of database cross-references, sorted alphabetically
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1361               from database cross references. Users with custom links
1362               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1363                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1367               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1368               Chimera session
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1372               the Chimera it is connected to is shut down
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1376               columns menu item to mark columns containing highlighted
1377               regions (e.g. from structure selections or results of a
1378               Find operation)
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1382               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1383               MSAviewer
1384             </li>
1385           </ul>
1386         </div></td>
1387       <td>
1388         <div align="left">
1389           <em>General</em>
1390           <ul>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1393               are not coloured or thresholded according to percent
1394               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1398               hydrophobic
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1402               threshold, amino acid properties)
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1406               reported as mapped to residues in a structure file in the
1407               View Mapping report
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1411               could be added multiple times to a sequence
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1415               bond features shown as two highlighted residues rather
1416               than a range in linked structure views, and treated
1417               correctly when selecting and computing trees from features
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1421               cross-references are matched to database name regardless
1422               of case
1423             </li>
1424
1425           </ul>
1426           <em>Application</em>
1427           <ul>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1430               names without regular expressions also offer links from
1431               Sequence ID
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1435               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1436               update Jalview configuration
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1440               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1444               files with similarly named sequences if dropped onto the
1445               alignment
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1449               entries where more chains exist in the PDB accession than
1450               are reported in the SIFTS file
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1454               the structure view when displayed with Chimera
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1458               panel's View->Show Chains submenu
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1462               work for wrapped alignment views
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1466               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1470               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1471               first annotation row
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1475               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1479               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1480             </li>
1481             <!-- JAL-2319 -->
1482             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1483             coordindate data
1484             </li>
1485           </ul>
1486           <!--           <em>New Known Issues</em>
1487           <ul>
1488             <li></li>
1489           </ul> -->
1490         </div>
1491       </td>
1492     </tr>
1493     <td width="60" nowrap>
1494       <div align="center">
1495         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1496           <em>25/10/2016</em></strong>
1497       </div>
1498     </td>
1499     <td><em>Application</em>
1500       <ul>
1501         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1502           view if structures already loaded</li>
1503         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1504           structure views</li>
1505       </ul></td>
1506     <td>
1507       <div align="left">
1508         <em>General</em>
1509         <ul>
1510           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1511             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1512           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1513             example sequences/projects/trees</li>
1514         </ul>
1515         <em>Application</em>
1516         <ul>
1517           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1518             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1519           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1520             without timeout for structures with multiple models or
1521             multiple sequences in alignment</li>
1522           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1523             PDB ID HEADER line</li>
1524           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1525             is performed</li>
1526           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1527             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1528           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1529           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1530             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1531             option</li>
1532           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1533             is created on the alignment</li>
1534           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1535             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1536             pop-up menu</li>
1537         </ul>
1538         <em>Build and deployment</em>
1539         <ul>
1540           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1541             tags</li>
1542         </ul>
1543         <em>New Known Issues</em>
1544         <ul>
1545           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1546             on Windows</li>
1547         </ul>
1548       </div>
1549     </td>
1550     </tr>
1551     <tr>
1552       <td width="60" nowrap>
1553         <div align="center">
1554           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1555         </div>
1556       </td>
1557       <td><em>General</em>
1558         <ul>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1561           </li>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1564             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1565             better PDB parsing.
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1569             reference sequence
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1573             mousing over sequence associated annotation
1574           </li>
1575           <li>
1576             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1577             for manual entry
1578           </li>
1579           <li>
1580             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1581             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1582             for each column
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1586             showing or hiding columns containing a feature
1587           </li>
1588           <li>
1589             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1590             group and sequence associated annotation labels
1591           </li>
1592           <li>
1593             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1594             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1595             dialogs
1596           </li>
1597
1598         </ul> <em>Application</em>
1599         <ul>
1600           <li>
1601             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1602             gene/transcript view
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1606             dialog
1607           </li>
1608           <li>
1609             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1610             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1611           </li>
1612           <li>
1613             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1614             Pfam sources to xfam.org
1615           </li>
1616           <li>
1617             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1621             over sequences in Jalview
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1625             regions in ENA and EMBL
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1629             for record retrieval via ENA rest API
1630           </li>
1631           <li>
1632             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1633             complement operator
1634           </li>
1635           <li>
1636             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1637             groovy script execution
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1641             alignment window's Calculate menu
1642           </li>
1643           <li>
1644             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1645             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1649             calculation workers from groovy scripts
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1653             Jalview projects
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1657             associations are now saved/restored from project
1658           </li>
1659           <li>
1660             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1661             before sequence fetcher is opened
1662           </li>
1663           <li>
1664             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1665             database chooser opens a sequence fetcher
1666           </li>
1667           <li>
1668             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1669             the UniProt REST API
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1673             the news reader opening
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1677             querying stored in preferences
1678           </li>
1679           <li>
1680             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1681             search results
1682           </li>
1683           <li>
1684             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1688             menu for nucleotide sequences
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1692             and feature counts preserves alignment ordering (and
1693             debugged for complex feature sets).
1694           </li>
1695           <li>
1696             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1697             viewing structures with Jalview 2.10
1698           </li>
1699           <li>
1700             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1701             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1702             Ensembl Genomes REST API
1703           </li>
1704           <li>
1705             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1706             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1707             (Ensembl)
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1711             sequences
1712           </li>
1713           <li>
1714             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1715             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1716             data from external database records.
1717           </li>
1718           <li>
1719             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1720             efficient recovery of sequence coding and alignment
1721             annotation relationships.
1722           </li>
1723         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1724         <ul>
1725           <li>
1726             -- JAL---
1727           </li>
1728         </ul> --></td>
1729       <td>
1730         <div align="left">
1731           <em>General</em>
1732           <ul>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1735               menu on OSX
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1739               includes graduated colourschemes
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1743               working with big alignments and lots of hidden columns
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1747               at right of alignment window
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1751               contents
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1755               for DNA alignments
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1759               based tree calculation
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1763               unconserved enabled for group on alignment
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1767               set as reference
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1771               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1772               annotation
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1776               hidden columns present
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1780               user created annotation added to alignment
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1784               '()' base pair annotation
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1788               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1789               Consensus
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1793               feature not working
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1797               beginning of sequence
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1801               entry 3a6s
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1805               from a tree when t-coffee scores are shown
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1809               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1813               some structures
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1817               to Clustal, PIR and PileUp output
1818             </li>
1819             <li>
1820               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1821               not visible causes alignment window to repaint
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1825               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1826               scores associated with features and annotation rows
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1830               calculation should be case independent
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1834               columns
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1838               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1839               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1843               problems when reference sequence defined and 'show
1844               non-conserved' enabled
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1848               load even when Consensus calculation is disabled
1849             </li>
1850             <li>
1851               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1852               alignment does nothing
1853             </li>
1854           </ul>
1855           <em>Application</em>
1856           <ul>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1859               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1860               yet fixed for El Capitan)
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1864               output when running on non-gb/us i18n platforms
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1868               hidden sequences as flat-file alignment
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1872               launching Chimera
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1876               (also hotfix for 2.9.0b2)
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1880               reference sequence defined
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1884               alignments and views when revealing hidden columns
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1888               view in a cDNA/Protein splitframe
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1892               sequence from project when only one sequence is
1893               represented
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1897               in Structure Chooser
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1901               structure consensus didn't refresh annotation panel
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1905               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1909               dialogs format columns correctly, don't display array
1910               data, sort columns according to type
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1914               file chooser is cancelled during an image export
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1918               sequence name containing special characters
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1922               case insensitive
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1926               formatting don't wrap
1927             </li>
1928             <li>
1929               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1930               truncated so L looks like I in consensus annotation
1931             </li>
1932             <li>
1933               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1934               currently displayed features for the current selection or
1935               view
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1939               after fetching cross-references, and restoring from
1940               project
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1944               followed in the structure viewer
1945             </li>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1948               splitframe not restored from project
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1952               trailing end of protein alignment in transcript/product
1953               splitview when pad-gaps not enabled by default
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1957               is case dependent
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1961               article has been read (reopened issue due to
1962               internationalisation problems)
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1966               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1967               cross-references
1968             </li>
1969
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1972               alignment as HTML
1973             </li>
1974             <li>
1975               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1976               multiple structures are shown for one or more sequences.
1977             </li>
1978             <li>
1979               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1980               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1981               is enabled.
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1985               specific PDB id for sequence
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1989               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1990               columns' is disabled.
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1994               selects lowest rather than highest resolution structures
1995               for each sequence
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1999               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2003               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2007               after clicking on it to create new annotation for a
2008               column.
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2012               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2013             </li>
2014             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2015             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2016           </ul>
2017           <em>Applet</em>
2018           <ul>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2021               hidden columns present before start of sequence
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2025               (JSON jars)
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2029               sequences are hidden in applet
2030             </li>
2031             <li>
2032               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2033               deployment on examples pages.
2034             </li>
2035           </ul>
2036         </div>
2037       </td>
2038     </tr>
2039     <tr>
2040       <td width="60" nowrap>
2041         <div align="center">
2042           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2043             <em>16/10/2015</em></strong>
2044         </div>
2045       </td>
2046       <td><em>General</em>
2047         <ul>
2048           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2049             jars</li>
2050         </ul></td>
2051       <td>
2052         <div align="left">
2053           <em>Application</em>
2054           <ul>
2055             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2056               shown when tree is partitioned</li>
2057             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2058               multiple cDNA/Protein split views</li>
2059           </ul>
2060         </div>
2061       </td>
2062     </tr>
2063     <tr>
2064       <td width="60" nowrap>
2065         <div align="center">
2066           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2067             <em>8/10/2015</em></strong>
2068         </div>
2069       </td>
2070       <td><em>General</em>
2071         <ul>
2072           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2073             2.9</li>
2074         </ul> <em>Application</em>
2075         <ul>
2076           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2077           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2078           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2079         </ul> <em>Applet</em>
2080         <ul>
2081           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2082         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2083         <ul>
2084           <li>
2085             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2086             suite
2087           </li>
2088         </ul></td>
2089       <td>
2090         <div align="left">
2091           <em>General</em>
2092           <ul>
2093             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2094               incorrect when sequence start > 1</li>
2095             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2096               documentation</li>
2097             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2098             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2099               loading a features file containing HTML tags in feature
2100               description</li>
2101
2102           </ul>
2103           <em>Application</em>
2104           <ul>
2105             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2106               reimport</li>
2107             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2108               with 'trim retrieved sequences'</li>
2109             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2110               deleting selected columns</li>
2111             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2112               JNLP templates for webstart launch</li>
2113             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2114               unreleased structures for download or viewing</li>
2115             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2116               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2117             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2118               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2119             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2120               recovered from jalview project</li>
2121             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2122               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2123               alignment view</li>
2124             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2125               color schemes from BioJSON</li>
2126           </ul>
2127           <em>Applet</em>
2128           <ul>
2129             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2130               frame</li>
2131             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2132           </ul>
2133         </div>
2134       </td>
2135     </tr>
2136     <tr>
2137       <td><div align="center">
2138           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2139         </div></td>
2140       <td><em>General</em>
2141         <ul>
2142           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2143             alignments:
2144             <ul>
2145               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2146                 and DNA alignment views</li>
2147               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2148                 cDNA alignment views</li>
2149               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2150                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2151               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2152                 protein sequences</li>
2153             </ul>
2154           </li>
2155           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2156           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2157             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2158           <li>New alignment annotation file statements for
2159             reference sequences and marking hidden columns</li>
2160           <li>Reference sequence based alignment shading to
2161             highlight variation</li>
2162           <li>Select or hide columns according to alignment
2163             annotation</li>
2164           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2165           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2166             acid conservation row</li>
2167           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2168         </ul> <em>Application</em>
2169         <ul>
2170           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2171             <ul>
2172               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2173                 view with cDNA/Protein</li>
2174               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2175                 sequences are placed in the same alignment</li>
2176               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2177                 projects</li>
2178             </ul>
2179           </li>
2180
2181           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2182           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2183             Jalview windows</li>
2184
2185           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2186           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2187           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2188             be shown in VARNA</li>
2189
2190           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2191             as the active selected region</li>
2192
2193           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2194             similarity</li>
2195           <li>New Export options
2196             <ul>
2197               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2198                 region export in flat file generation</li>
2199
2200               <li>Export alignment views for display with the <a
2201                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2202
2203               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2204               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2205                 alignment figures to HTML</li>
2206           </li>
2207           <li>3D structure retrieval and display
2208             <ul>
2209               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2210                 Search API</li>
2211               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2212                 PDB structures for a sequence set</li>
2213             </ul>
2214           </li>
2215
2216           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2217             predictions</li>
2218           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2219             for one or a group of sequences</li>
2220           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2221             from the JPred4 web server</li>
2222           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2223             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2224             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2225           </li>
2226           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2227             VARNA 2D Structure'</li>
2228           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2229             Structure ..."</li>
2230
2231         </ul> <em>Applet</em>
2232         <ul>
2233           <li>New layout for applet example pages</li>
2234           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2235             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2236           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2237             Protein alignments</li>
2238         </ul> <em>Development and deployment</em>
2239         <ul>
2240           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2241           <li>Include installation type and git revision in build
2242             properties and console log output</li>
2243           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2244             storing BioJsMSA Templates</li>
2245           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2246         </ul></td>
2247       <td>
2248         <!-- <em>General</em>
2249         <ul>
2250         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2251         <ul>
2252           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2253           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2254           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2255             predictions are not highlighted in amber</li>
2256           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2257             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2258           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2259             associated structure views</li>
2260           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2261             width checkbox not enabled</li>
2262           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2263             creating user defined colours</li>
2264           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2265             mappings for just that viewer's sequences</li>
2266           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2267             multiple models in Chimera</li>
2268           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2269             over Jmol structure</li>
2270           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2271             output to text box</li>
2272           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2273             have incorrect sequence start/end</li>
2274           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2275             Jalview fails</li>
2276           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2277             work for nucleotide</li>
2278           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2279             to a grey/invisible alignment window</li>
2280           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2281             imports to different position</li>
2282           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2283             on some platforms</li>
2284           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2285             populated</li>
2286           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2287             console if Chimera has been opened</li>
2288           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2289           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2290             retrieved</li>
2291           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2292           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2293             either sequence shows on first structure</li>
2294           <li>'Show annotations' options should not make
2295             non-positional annotations visible</li>
2296           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2297             in right place after 'view flanking regions'</li>
2298           <li>File Save As type unset when current file format is
2299             unknown</li>
2300           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2301             projects</li>
2302           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2303             responsive</li>
2304           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2305             several views on same alignment</li>
2306           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2307           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2308             spaces</li>
2309         </ul> <em>Applet</em>
2310         <ul>
2311           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2312           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2313             descriptions containing angle brackets</li>
2314         </ul> <em>General</em>
2315         <ul>
2316           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2317             via jalview annotation file</li>
2318           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2319             with RNA secondary structure</li>
2320           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2321             translation doesn't work.</li>
2322           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2323           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2324             positions</li>
2325           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2326             choosing 1pt font</li>
2327           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2328             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2329             'h'</li>
2330           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2331             new feature</li>
2332           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2333             order dependent</li>
2334           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2335             sequences</li>
2336           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2337         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2338         <ul>
2339           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2340             www.jalview.org</li>
2341         </ul> <em>Application Known issues</em>
2342         <ul>
2343           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2344           <li>Misleading message appears after trying to delete
2345             solid column.</li>
2346           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2347             version launches</li>
2348           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2349             fails with a sequence mismatch</li>
2350           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2351             scrolling alignment to right</li>
2352           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2353             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2354           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2355             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2356           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2357             ultra-high resolution</li>
2358           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2359             quality and conservation</li>
2360           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2361             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2362         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2363         <ul>
2364           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2365           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2366             window is being resized</li>
2367
2368         </ul>
2369       </td>
2370     </tr>
2371     <tr>
2372       <td><div align="center">
2373           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2374         </div></td>
2375       <td><em>General</em>
2376         <ul>
2377           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2378             Certum.PL.</li>
2379           <li>Features and annotation preserved when performing
2380             pairwise alignment</li>
2381           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2382             imported/exported/displayed</li>
2383           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2384             protein secondary structure</li>
2385           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2386               post-hoc with 2.9 release</em>)
2387           </li>
2388
2389         </ul> <em>Application</em>
2390         <ul>
2391           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2392             with 3D structures</li>
2393           <li>Support for parsing RNAML</li>
2394           <li>Annotations menu for layout
2395             <ul>
2396               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2397               <li>place sequence annotation above/below alignment
2398                 annotation</li>
2399             </ul>
2400           <li>Output in Stockholm format</li>
2401           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2402             translation</li>
2403           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2404           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2405             shared between alignments</li>
2406           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2407             Jalview</li>
2408           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2409             all or current selection</li>
2410           <li>disorder and secondary structure predictions
2411             available as dataset annotation</li>
2412           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2413
2414
2415           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2416             alignments from Rfam</li>
2417           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2418
2419           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2420             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2421           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2422           <li>include installation type in build properties and
2423             console log output</li>
2424           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2425             annotation</li>
2426         </ul></td>
2427       <td>
2428         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2429         <ul>
2430           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2431             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2432           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2433             alignment</li>
2434           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2435           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2436           <li>Double click on sequence associated annotation
2437             selects only first column</li>
2438           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2439             leaves shown in tree</li>
2440           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2441             properly</li>
2442           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2443           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2444             screen and buttons not visible</li>
2445           <li>author list isn't updated if already written to
2446             Jalview properties</li>
2447           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2448             from database</li>
2449           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2450           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2451             browser search window</li>
2452           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2453             in feature settings dialog</li>
2454           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2455             desktop</li>
2456           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2457             pass validation</li>
2458           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2459             fit on screen</li>
2460           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2461             tooltip</li>
2462           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2463             defined user preset</li>
2464           <li>MSA web services warns user if they were launched
2465             with invalid input</li>
2466           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2467             Java 8</li>
2468           <li>
2469             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2470             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2471             created
2472           </li>
2473
2474         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2475         <ul>
2476         </ul> <em>General</em>
2477         <ul>
2478         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2479         <ul>
2480           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2481             memory allocation</li>
2482           <li>launchApp service doesn't automatically open
2483             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2484           <li>
2485             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2486             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2487             1.7_055 is available
2488           </li>
2489         </ul> <em>Application Known issues</em>
2490         <ul>
2491           <li>
2492             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2493             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2494             alignment to right
2495           </li>
2496           <li>
2497             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2498             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2499             with large number of ID
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2503             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2504             start/end
2505           </li>
2506           <li>
2507             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2508             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2509             structure tracks are rearranged
2510           </li>
2511           <li>
2512             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2513             invalid rna structure positional highlighting does not
2514             highlight position of invalid base pairs
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2518             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2519             project from alignment window file menu
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2523             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2524             structures
2525           </li>
2526           <li>
2527             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2528             colour by RNA Helices not enabled when user created
2529             annotation added to alignment
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2533             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2534           </li>
2535         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2536         <ul>
2537           <li>
2538             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2539             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2540           </li>
2541           <li>
2542             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2543             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2544           </li>
2545
2546           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2547             when selected</li>
2548         </ul>
2549       </td>
2550     </tr>
2551     <tr>
2552       <td><div align="center">
2553           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2554         </div></td>
2555       <td>
2556         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2557         <em>General</em>
2558         <ul>
2559           <li>Internationalisation of user interface (usually
2560             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2561           <li>Define/Undefine group on current selection with
2562             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2563           <li>Improved group creation/removal options in
2564             alignment/sequence Popup menu</li>
2565           <li>Sensible precision for symbol distribution
2566             percentages shown in logo tooltip.</li>
2567           <li>Annotation panel height set according to amount of
2568             annotation when alignment first opened</li>
2569         </ul> <em>Application</em>
2570         <ul>
2571           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2572             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2573           <li>Select columns containing particular features from
2574             Feature Settings dialog</li>
2575           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2576             sequences</li>
2577           <li>Update Jalview project format:
2578             <ul>
2579               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2580               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2581                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2582               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2583                 colouring</li>
2584             </ul>
2585           </li>
2586           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2587             (PAM250)</li>
2588           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2589             flanking regions for an alignment</li>
2590         </ul>
2591       </td>
2592       <td>
2593         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2594         <ul>
2595           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2596             running after job is cancelled</li>
2597           <li>cannot export features from alignments imported from
2598             Jalview/VAMSAS projects</li>
2599           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2600             float values</li>
2601           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2602             have 'display all symbols' flag set</li>
2603           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2604             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2605           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2606             Jalview</li>
2607           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2608             Lion/Webstart</li>
2609           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2610           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2611           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2612             alignment onto desktop</li>
2613           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2614             'extract scores' function</li>
2615           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2616             alignment window</li>
2617           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2618             performing IUPred disorder prediction</li>
2619           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2620             changing 'normalise logo' display setting</li>
2621           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2622             nothing matches query</li>
2623           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2624             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2625           </li>
2626           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2627             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2628           </li>
2629           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2630             Jalview's menu</li>
2631           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2632             'invalid literal/length code'</li>
2633           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2634             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2635           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2636             colourscheme</li>
2637
2638         </ul> <em>Applet</em>
2639         <ul>
2640           <li>Remove group option is shown even when selection is
2641             not a group</li>
2642           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2643             don't affect groups</li>
2644           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2645             colourscheme name</li>
2646           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2647             Annotation panel is not displayed</li>
2648           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2649             embedded windows</li>
2650         </ul> <em>Other</em>
2651         <ul>
2652           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2653             single sequence were not calculated</li>
2654           <li>annotation files that contain only groups imported as
2655             annotation and junk sequences</li>
2656           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2657             recognised as PFAM or BLC</li>
2658           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2659             doesn't affect background (2.8.0b1)
2660           <li></li>
2661           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2662           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2663             trailing gaps</li>
2664           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2665             registered correctly on import</li>
2666           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2667             certain alignments</li>
2668           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2669             existing annotation based 'use original colours'
2670             colourscheme loses original colours setting</li>
2671         </ul>
2672       </td>
2673     </tr>
2674     <tr>
2675       <td><div align="center">
2676           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2677             <em>30/1/2014</em></strong>
2678         </div></td>
2679       <td>
2680         <ul>
2681           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2682             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2683             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2684             open source project).
2685           </li>
2686           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2687           <li>Output in Stockholm format</li>
2688           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2689           <li>Export/import group and sequence associated line
2690             graph thresholds</li>
2691           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2692             ambiguity codes</li>
2693           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2694             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2695             works</li>
2696           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2697         </ul> <em>Other improvements</em>
2698         <ul>
2699           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2700           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2701             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2702           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2703             files</li>
2704           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2705           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2706             link but no description</li>
2707           <li>Select primary source when selecting authority in
2708             database fetcher GUI</li>
2709           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2710             Jalview</li>
2711           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2712         </ul>
2713       </td>
2714       <td>
2715         <ul>
2716           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2717             displayed</li>
2718           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2719             secondary structure annotation line</li>
2720           <li>Sequence database accessions not imported when
2721             fetching alignments from Rfam</li>
2722           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2723             identical IDs</li>
2724           <li>View all structures does not always superpose
2725             structures</li>
2726           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2727             reflect user or preset settings</li>
2728           <li>Null pointer exceptions for some services without
2729             presets or adjustable parameters</li>
2730           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2731             discover PDB xRefs</li>
2732           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2733             features with DAS</li>
2734           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2735             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2736           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2737             residue follows a gap</li>
2738           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2739             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2740           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2741             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2742           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2743             annotation already exists on alignment</li>
2744           <li>oninit javascript function should be called after
2745             initialisation completes</li>
2746           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2747             alignment window display</li>
2748           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2749           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2750             to annotation file</li>
2751           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2752             groups created</li>
2753           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2754             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2755           <li>Pressing return several times causes Number Format
2756             exceptions in keyboard mode</li>
2757           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2758             correct partitions for input data</li>
2759           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2760           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2761           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2762           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2763             mode</li>
2764           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2765             changes one row&#39;s threshold</li>
2766           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2767             doesn&#39;t open</li>
2768           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2769             quality histograms</li>
2770         </ul>
2771       </td>
2772     </tr>
2773     <tr>
2774       <td><div align="center">
2775           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2776         </div></td>
2777       <td><em>Application</em>
2778         <ul>
2779           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2780             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2781           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2782             preferences</li>
2783           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2784             in Jalview alignment window</li>
2785           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2786             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2787           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2788             RNA and ambiguity codes</li>
2789
2790           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2791           <li>Support fetching and database reference look up
2792             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2793             refs')</li>
2794           <li>Jalview project improvements
2795             <ul>
2796               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2797                 flag for annotation</li>
2798               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2799                 alignment</li>
2800               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2801                 Jalview project</li>
2802
2803             </ul>
2804           </li>
2805           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2806           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2807             running</li>
2808           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2809           <li>visual indication that web service results are still
2810             being retrieved from server</li>
2811           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2812             starts up for first time</li>
2813           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2814             services</li>
2815           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2816             client library</li>
2817           <li>Examples directory and Groovy library included in
2818             InstallAnywhere distribution</li>
2819         </ul> <em>Applet</em>
2820         <ul>
2821           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2822             visualization applet example</li>
2823         </ul> <em>General</em>
2824         <ul>
2825           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2826           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2827             defaults</li>
2828           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2829             calculation</li>
2830           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2831             matrices
2832           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2833             in HTML</li>
2834           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2835             structure contacts</li>
2836           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2837           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2838           <li>Parse sequence associated secondary structure
2839             information in Stockholm files</li>
2840           <li>HTML Export database accessions and annotation
2841             information presented in tooltip for sequences</li>
2842           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2843             style RNA alignment files</li>
2844           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2845             alignment</li>
2846           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2847             shade each sequence according to its associated alignment
2848             annotation</li>
2849           <li>New Jalview Logo</li>
2850         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2851         <ul>
2852           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2853           <li>New Website!</li>
2854         </ul></td>
2855       <td><em>Application</em>
2856         <ul>
2857           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2858             wsdbfetch REST service</li>
2859           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2860           <li>Filetype associations not installed for webstart
2861             launch</li>
2862           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2863             job execution in full once it is complete</li>
2864           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2865             uploaded via ali_file parameter</li>
2866           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2867           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2868           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2869             submitted for prediction</li>
2870           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2871             desktop window</li>
2872           <li>Putting fractional value into integer text box in
2873             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2874           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2875             windows 7</li>
2876           <li>View all structures fails with exception shown in
2877             structure view</li>
2878           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2879             escaped in a platform independent way</li>
2880           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2881             using proxy</li>
2882           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2883             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2884           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2885             failure when java web start temporary file caching is
2886             disabled</li>
2887           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2888             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2889           <li>Errors during processing of command line arguments
2890             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2891           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2892             DAS sources in sequence fetcher</li>
2893           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2894             dialog is shown</li>
2895           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2896           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2897           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2898           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2899             on OSX Mountain Lion</li>
2900           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2901             sequences with alignment annotation are pasted into the
2902             alignment</li>
2903           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2904             when loaded from Jalview project</li>
2905           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2906           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2907             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2908           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2909             associated with all views</li>
2910           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2911             annotation rows to new window</li>
2912         </ul> <em>Applet</em>
2913         <ul>
2914           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2915             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2916           <li>loading features via javascript API automatically
2917             enables feature display</li>
2918           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2919             work</li>
2920         </ul> <em>General</em>
2921         <ul>
2922           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2923           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2924             and then deselected</li>
2925           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2926           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2927             coloured with clustalx</li>
2928           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2929             exceptions and redraw errors</li>
2930           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2931             reconfigured view</li>
2932           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2933             colour</li>
2934           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2935             for lots of labels</li>
2936         </ul>
2937     </tr>
2938     <tr>
2939       <td>
2940         <div align="center">
2941           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2942         </div>
2943       </td>
2944       <td><em>Application</em>
2945         <ul>
2946           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2947           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2948           <li>View/alignment association menu to enable user to
2949             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2950             its colours/correspondences from</li>
2951           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2952           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2953             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2954           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2955           <li>Annotation row column label formatting attributes
2956             stored in project file</li>
2957           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2958             rows preserved in Jalview project file</li>
2959           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2960             saved using Desktop window menu</li>
2961           <li>Visual indication that command line arguments are
2962             still being processed</li>
2963           <li>Groovy script execution from URL</li>
2964           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2965             preferences</li>
2966           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2967             alignment with sequences that have high similarity and
2968             matching IDs</li>
2969           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2970           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2971             structures in same window</li>
2972           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2973           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2974             analysis function in its own submenu</li>
2975         </ul> <em>Applet</em>
2976         <ul>
2977           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2978             groups</li>
2979           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2980           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2981           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2982           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2983           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2984             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2985           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2986           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2987             parameters are treated as such</li>
2988           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2989             <ul>
2990               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2991               <li>Javascript callbacks for
2992                 <ul>
2993                   <li>Applet initialisation</li>
2994                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2995                 </ul>
2996               </li>
2997               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2998                 functions</li>
2999               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3000               <li>javascript structure viewer harness to pass
3001                 messages between Jmol and Jalview when running as
3002                 distinct applets</li>
3003               <li>sortBy method</li>
3004               <li>Set of applet and application examples shipped
3005                 with documentation</li>
3006               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3007                 javascript message exchange</li>
3008             </ul>
3009         </ul> <em>General</em>
3010         <ul>
3011           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3012             multiple alignments</li>
3013           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3014           <li>User configurable link to enable redirects to a
3015             www.Jalview.org mirror</li>
3016           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3017           <li>Configurable newline string when writing alignment
3018             and other flat files</li>
3019           <li>Allow alignment annotation description lines to
3020             contain html tags</li>
3021         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3022         <ul>
3023           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3024             examples</li>
3025           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3026             using a web service before displaying the result in the
3027             Jalview desktop</li>
3028           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3029           <li>Ant target to publish example html files with applet
3030             archive</li>
3031           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3032           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3033         </ul></td>
3034       <td><em>Application</em>
3035         <ul>
3036           <li>User defined colourscheme throws exception when
3037             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3038           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3039             dialog for valid filename/format</li>
3040           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3041           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3042             P37173</li>
3043           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3044             which sequence is to be associated with the file</li>
3045           <li>Find All raises null pointer exception when query
3046             only matches sequence IDs</li>
3047           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3048           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3049             2.4 cannot be loaded</li>
3050           <li>Filetype associations not installed for webstart
3051             launch</li>
3052           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3053             with sequences in different alignments do not get coloured
3054             by their associated sequence</li>
3055           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3056             not preserved when project is loaded</li>
3057           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3058             stored in Jalview project</li>
3059           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3060             Jalview project</li>
3061           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3062           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3063             by conservation</li>
3064           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3065             created on new view</li>
3066           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3067             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3068           <li>Alignment quality not updated after alignment
3069             annotation row is hidden then shown</li>
3070           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3071             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3072           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3073             properly</li>
3074           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3075             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3076           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3077           <li>Structures imported from file and saved in project
3078             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3079           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3080             job execution in full once it is complete</li>
3081         </ul> <em>Applet</em>
3082         <ul>
3083           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3084             annotation rows are displayed</li>
3085           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3086             codebase</li>
3087           <li>View follows highlighting does not work for positions
3088             in sequences</li>
3089           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3090           <li>Export features raises exception when no features
3091             exist</li>
3092           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3093             for javascript api is modified when separator string
3094             provided as parameter</li>
3095           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3096             alignment with no existing selection</li>
3097           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3098             to applet&#39;s codebase</li>
3099           <li>Status bar not updated after finished searching and
3100             search wraps around to first result</li>
3101           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3102             several Jalview applets causes race conditions and memory
3103             leaks</li>
3104           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3105             not sent from Jmol in applet</li>
3106           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3107             applet API fatally hang browser</li>
3108         </ul> <em>General</em>
3109         <ul>
3110           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3111             position with wrapped view and hidden regions</li>
3112           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3113             with/without hidden columns</li>
3114           <li>Sequence length given in alignment properties window
3115             is off by 1</li>
3116           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3117             import PDB like structure files</li>
3118           <li>Positional search results are only highlighted
3119             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3120           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3121           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3122             given sequence position</li>
3123           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3124             output</li>
3125           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3126             from nucleotide chains correctly</li>
3127           <li>Structure colours not updated when tree partition
3128             changed in alignment</li>
3129           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3130             parsed in interleaved stockholm</li>
3131           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3132             state</li>
3133           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3134             properly</li>
3135           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3136             properly associated with their pdb files</li>
3137         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3138         <ul>
3139           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3140             ApplyCopyright tool</li>
3141         </ul></td>
3142     </tr>
3143     <tr>
3144       <td>
3145         <div align="center">
3146           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3147         </div>
3148       </td>
3149       <td><em>Application</em>
3150         <ul>
3151           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3152             contact web services</li>
3153           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3154             service job window</li>
3155           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3156         </ul></td>
3157       <td>
3158         <ul>
3159           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3160             pir file emitted by Jalview</li>
3161           <li>Existing feature settings transferred to new
3162             alignment view created from cut'n'paste</li>
3163           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3164             parsing PDB files</li>
3165           <li>Consensus and conservation annotation rows
3166             occasionally become blank for all new windows</li>
3167           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3168             in wrapped view mode</li>
3169         </ul> <em>Application</em>
3170         <ul>
3171           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3172             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3173           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3174             parameter names</li>
3175           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3176             is down</li>
3177         </ul>
3178       </td>
3179     </tr>
3180     <tr>
3181       <td>
3182         <div align="center">
3183           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3184         </div>
3185       </td>
3186       <td><em>Application</em>
3187         <ul>
3188           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3189             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3190             (JABAWS)
3191           </li>
3192           <li>Web Services preference tab</li>
3193           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3194             preferences</li>
3195           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3196           <li>Superpose structures using associated sequence
3197             alignment</li>
3198           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3199             viewer</li>
3200         </ul> <em>Applet</em>
3201         <ul>
3202           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3203             link out mechanism</li>
3204         </ul> <em>Other</em>
3205         <ul>
3206           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3207             series 12</li>
3208           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3209             require Java 1.5</li>
3210           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3211             sequence annotation files</li>
3212           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3213             type colour specification</li>
3214           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3215             script to check if it being run in an interactive session or
3216             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3217         </ul></td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3221             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3222         </ul> <em>Application</em>
3223         <ul>
3224           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3225             selected Regions menu item</li>
3226           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3227             part of a valid accession ID</li>
3228           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3229             runs out of memory</li>
3230           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3231             analysis results</li>
3232           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3233             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3234           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3235         </ul> <em>Applet</em>
3236         <ul>
3237           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3238             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3239             defined.</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td></td>
3250       <td>
3251         <ul>
3252           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3253             sequence IDs</li>
3254           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3255             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3256           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3257             import correctly</li>
3258           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3259             number of columns are hidden</li>
3260           <li>annotation label popup menu not providing correct
3261             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3262             present</li>
3263           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3264             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3265           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3266             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3267
3268         </ul> <em>Applet</em>
3269         <ul>
3270           <li>annotation panel disappears when annotation is
3271             hidden/removed</li>
3272         </ul> <em>Application</em>
3273         <ul>
3274           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3275             alignment opened where annotation panel is visible but no
3276             annotations are present on alignment</li>
3277           <li>pasted region containing hidden columns is
3278             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3279           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3280             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3281           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3282             selected Rregions menu item.</li>
3283           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3284             'Un' or 'Non'conserved</li>
3285           <li>Sequence feature settings are being shared by
3286             multiple distinct alignments</li>
3287           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3288             changed</li>
3289           <li>double click on group annotation to select sequences
3290             does not propagate to associated trees</li>
3291           <li>Mac OSX specific issues:
3292             <ul>
3293               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3294                 window background</li>
3295               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3296                 name set correctly</li>
3297               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3298                 save feature colourscheme button</li>
3299             </ul>
3300           </li>
3301         </ul>
3302       </td>
3303     </tr>
3304     <tr>
3305
3306       <td>
3307         <div align="center">
3308           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3309         </div>
3310       </td>
3311       <td><em>New Capabilities</em>
3312         <ul>
3313           <li>URL links generated from description line for
3314             regular-expression based URL links (applet and application)
3315
3316           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3317             menu</li>
3318           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3319             structures</li>
3320           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3321             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3322           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3323             average score or total feature count for each sequence.</li>
3324           <li>Shading features by score or associated description</li>
3325           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3326             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3327           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3328             hide everything but the currently selected region.</li>
3329           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3330         </ul> <em>Application</em>
3331         <ul>
3332           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3333             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3334           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3335             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3336           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3337             database references and protein_name is parsed as
3338             description line (BioSapiens terms).</li>
3339           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3340             references in sequence ID tooltip from View menu in
3341             application.</li>
3342           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3343       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3344           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3345             conservation plots</li>
3346           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3347             and visualized as sequence logos</li>
3348           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3349             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3350           </li>
3351           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3352             when a new tree is opened.</li>
3353           <li>Jalview Java Console</li>
3354           <li>Better placement of desktop window when moving
3355             between different screens.</li>
3356           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3357             consensus annotation</li>
3358           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3359             Workflows</li>
3360           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3361             <ul>
3362               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3363                 used to preserve views, structures, and tree display
3364                 settings)</li>
3365               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3366                 command line</li>
3367               <li>Sharing of selected regions between views and
3368                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3369               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3370             </ul></li>
3371         </ul> <em>Applet</em>
3372         <ul>
3373           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3374           <li>New Parameters
3375             <ul>
3376               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3377                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3378                 opened.</li>
3379               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3380                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3381               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3382                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3383               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3384                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3385                 view</li>
3386               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3387                 increase the height or width of a cell in the alignment
3388                 grid relative to the current font size.</li>
3389             </ul>
3390           </li>
3391           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3392             tooltip</li>
3393         </ul> <em>Other</em>
3394         <ul>
3395           <li>Features format: graduated colour definitions and
3396             specification of feature scores</li>
3397           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3398             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3399             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3400           <li>XML formats extended to support graduated feature
3401             colourschemes, group associated annotation, and profile
3402             visualization settings.</li></td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3406             rather than description</li>
3407           <li>Non-positional features are now included in sequence
3408             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3409             visibility in tooltip).</li>
3410           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3411           <li>Added URL embedding instructions to features file
3412             documentation.</li>
3413           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3414             'X' in peptide product</li>
3415           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3416             sequence ID and sequence string and query strings do not
3417             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3418           <li>AMSA files only contain first column of
3419             multi-character column annotation labels</li>
3420           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3421             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3422             exported and re-imported)</li>
3423           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3424             name</li>
3425           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3426             as subsequence matches, and correctly reports total number
3427             of both.</li>
3428           <li>Application:
3429             <ul>
3430               <li>Better handling of exceptions during sequence
3431                 retrieval</li>
3432               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3433                 link text excludes the start_end suffix</li>
3434               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3435                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3436               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3437               <li>Sequence description lines properly shared via
3438                 VAMSAS</li>
3439               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3440                 data sources</li>
3441               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3442                 completes before alignment figures are generated.</li>
3443               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3444                 first time.</li>
3445               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3446                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3447               <li>User defined group colours properly recovered
3448                 from Jalview projects.</li>
3449             </ul>
3450           </li>
3451         </ul>
3452       </td>
3453
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Experimental support for google analytics usage
3464             tracking.</li>
3465           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3466         </ul>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Race condition in applet preventing startup in
3471             jre1.6.0u12+.</li>
3472           <li>Exception when feature created from selection beyond
3473             length of sequence.</li>
3474           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3475           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3476             all sequences with a given id</li>
3477           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3478             ID string searches</li>
3479           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3480             alignment to fail with exception</li>
3481         </ul> <em>Application Issues</em>
3482         <ul>
3483           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3484           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3485             data sources</li>
3486         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3487         <ul>
3488           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3489             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3490           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3491             version (java class versioning error fixed)</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497
3498         <div align="center">
3499           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3500         </div>
3501       </td>
3502       <td><em>User Interface</em>
3503         <ul>
3504           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3505             translation and protein products</li>
3506           <li>Linked highlighting of structure associated with
3507             residue mapping to codon position</li>
3508           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3509             and 'clear' button</li>
3510           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3511             Tools menu</li>
3512           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3513             numeric data in description line</li>
3514           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3515           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3516             of sequence</li>
3517         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3518         <ul>
3519           <li>JPred3 web service</li>
3520           <li>Prototype sequence search client (no public services
3521             available yet)</li>
3522           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3523             PFAM</li>
3524           <li>URL Links created for matching database cross
3525             references as well as sequence ID</li>
3526           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3527         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3528         <ul>
3529           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3530             databases</li>
3531           <li>Generalised database reference retrieval and
3532             validation to all fetchable databases</li>
3533           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3534             sequence command</li>
3535         </ul> <em>Import and Export</em>
3536         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3537         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3538           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3539         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3540           File</li>
3541         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3542           triplet as name of colourscheme</li>
3543         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3544         <ul>
3545           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3546           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3547             alignments (experimental)</li>
3548           <li>Create new or select existing session to join</li>
3549           <li>load and save of vamsas documents</li>
3550         </ul> <em>Application command line</em>
3551         <ul>
3552           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3553             from applet)</li>
3554           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3555             of DAS servers to query for alignment features</li>
3556           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3557             that are also automatically queried for features</li>
3558           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3559             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3560         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3561         <ul>
3562           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3563             application (when using &quot;View in full
3564             application&quot;)</li>
3565         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3566         <ul>
3567           <li>feature group display control parameter</li>
3568           <li>debug parameter</li>
3569           <li>showbutton parameter</li>
3570         </ul> <em>Applet API methods</em>
3571         <ul>
3572           <li>newView public method</li>
3573           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3574           <li>Feature display control methods</li>
3575           <li>get list of currently selected sequences</li>
3576         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3577         <ul>
3578           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3579           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3580             Jalview release.</li>
3581           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3582             property controls execution of obfuscator</li>
3583           <li>Build target for generating source distribution</li>
3584           <li>Debug flag for javacc</li>
3585           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3586             jalview.bin.Cache</li>
3587           <li>Continuous Build Integration for stable and
3588             development version of Application, Applet and source
3589             distribution</li>
3590         </ul></td>
3591       <td>
3592         <ul>
3593           <li>selected region output includes visible annotations
3594             (for certain formats)</li>
3595           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3596             for editing</li>
3597           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3598           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3599           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3600           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3601             comments</li>
3602           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3603             filenames containing a ':'</li>
3604           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3605             global sequence features</li>
3606           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3607             references from alignment sequences goes to zero</li>
3608           <li>Close of tree branch colour box without colour
3609             selection causes cascading exceptions</li>
3610           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3611           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3612             file parsing fails.</li>
3613           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3614           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3615             not a valid output format</li>
3616           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3617             vamsas</li>
3618           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3619           <li>error messages passed up and output when data read
3620             fails</li>
3621           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3622             sequence is edited</li>
3623           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3624             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3625           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3626             filetype</li>
3627           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3628             import fixed for PFAM records</li>
3629           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3630             window list</li>
3631           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3632             can be read and written correctly to annotation file</li>
3633           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3634             correctly</li>
3635           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3636             non-italic font for representatives in Applet</li>
3637           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3638             Macs.</li>
3639           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3640             Applet)</li>
3641           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3642             due to null pointer exceptions</li>
3643           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3644             first column of alignment</li>
3645           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3646             July 2008</li>
3647           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3648             file is case-insensitive</li>
3649           <li>Sequence features read from Features file appended to
3650             all sequences with matching IDs</li>
3651           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3652             containing a sub-sequence</li>
3653           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3654           <li>feature and annotation file applet parameters
3655             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3656           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3657           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3658             splash-screen version check to complete</li>
3659           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3660             when passing them to the launchApp service</li>
3661           <li>display name and local features preserved in results
3662             retrieved from web service</li>
3663           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3664             sequence fetcher initialisation</li>
3665           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3666             dasobert DAS client</li>
3667           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3668             association</li>
3669           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3670             sequences
3671           </li>
3672         </ul>
3673       </td>
3674     </tr>
3675     <tr>
3676       <td>
3677         <div align="center">
3678           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3679         </div>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <ul>
3683           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3684           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3685           <li>Slide sequences</li>
3686           <li>Edit sequence in place</li>
3687           <li>EMBL CDS features</li>
3688           <li>DAS Feature mapping</li>
3689           <li>Feature ordering</li>
3690           <li>Alignment Properties</li>
3691           <li>Annotation Scores</li>
3692           <li>Sort by scores</li>
3693           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3694         </ul>
3695       </td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3699           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3700           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3701           <li>Feature group display state in XML</li>
3702           <li>Feature ordering in XML</li>
3703           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3704           <li>Stockholm alignment properties</li>
3705           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3706           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3707           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3708           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3709         </ul>
3710       </td>
3711
3712     </tr>
3713     <tr>
3714       <td>
3715         <div align="center">
3716           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3717         </div>
3718       </td>
3719       <td>
3720         <ul>
3721           <li>Non standard characters can be read and displayed
3722           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3723             applet via textbox
3724           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3725             name &amp; description
3726           <li>Preference setting to display sequence name in
3727             italics
3728           <li>Annotation file format extended to allow
3729             Sequence_groups to be defined
3730           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3731             specified in preferences
3732           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3733             sequences
3734         </ul>
3735       </td>
3736       <td>
3737         <ul>
3738           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3739             installed
3740           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3741           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3742         </ul>
3743       </td>
3744     </tr>
3745     <tr>
3746       <td>
3747         <div align="center">
3748           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3749         </div>
3750       </td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Multiple views on alignment
3754           <li>Sequence feature editing
3755           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3756           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3757           <li>Background dependent text colour
3758           <li>Right align sequence ids
3759           <li>User-defined lower case residue colours
3760           <li>Format Menu
3761           <li>Select Menu
3762           <li>Menu item accelerator keys
3763           <li>Control-V pastes to current alignment
3764           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3765           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3766           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3767
3768           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3774           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3775             calculations
3776           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3777             edits
3778           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3779             of alignment)
3780           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3781
3782           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3783             display correctly
3784           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3785           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3786             analysis results
3787           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3788             &#8739;
3789           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3790           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3791           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3792
3793         </ul>
3794       </td>
3795     </tr>
3796     <tr>
3797       <td>
3798         <div align="center">
3799           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3800         </div>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3805         </ul>
3806       </td>
3807       <td>
3808         <ul>
3809           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3810             sequence id panel has been resized</li>
3811           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3812             rendered</li>
3813           <li>Annotation files with sequence references - all
3814             elements in file are relative to sequence position</li>
3815           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3816         </ul>
3817       </td>
3818     </tr>
3819     <tr>
3820       <td>
3821         <div align="center">
3822           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3823         </div>
3824       </td>
3825       <td>
3826         <ul>
3827           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3828           <li>DAS Feature fetching</li>
3829           <li>Hide sequences and columns</li>
3830           <li>Export Annotations and Features</li>
3831           <li>GFF file reading / writing</li>
3832           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3833             files</li>
3834           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3835           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3836           <li>Applet can launch the full application</li>
3837           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3838             required)</li>
3839           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3840           <li>Applet can load sequences from parameter
3841             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3842           </li>
3843         </ul>
3844       </td>
3845       <td>
3846         <ul>
3847           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3848           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3849           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3850         </ul>
3851       </td>
3852     </tr>
3853     <tr>
3854       <td>
3855         <div align="center">
3856           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3857         </div>
3858       </td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3862           <li>Choose to match case when searching</li>
3863           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3864             expand the visible width and height of the alignment</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3870         </ul>
3871       </td>
3872     </tr>
3873     <tr>
3874       <td>
3875         <div align="center">
3876           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3877         </div>
3878       </td>
3879       <td>&nbsp;</td>
3880       <td>
3881         <ul>
3882           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3883           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3884             value</li>
3885         </ul>
3886       </td>
3887     </tr>
3888     <tr>
3889       <td>
3890         <div align="center">
3891           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3892         </div>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3897           <li>Keyboard editing</li>
3898           <li>Create sequence features from searches</li>
3899           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3900             alignments</li>
3901           <li>Features file allows grouping of features</li>
3902           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3903           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3904           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3905         </ul>
3906       </td>
3907       <td>
3908         <ul>
3909           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3910           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3911             descriptions saved.</li>
3912         </ul>
3913       </td>
3914     </tr>
3915     <tr>
3916       <td>
3917         <div align="center">
3918           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3919         </div>
3920       </td>
3921       <td>
3922         <ul>
3923           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3924           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3925           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3926             name for file output</li>
3927           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3928           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3929             used for HTML form input</li>
3930         </ul>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>HTML output writes groups and features</li>
3935           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3936           <li>File IO bugs</li>
3937         </ul>
3938       </td>
3939     </tr>
3940     <tr>
3941       <td>
3942         <div align="center">
3943           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3944         </div>
3945       </td>
3946       <td>
3947         <ul>
3948           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3949           <li>More options for PCA viewer</li>
3950         </ul>
3951       </td>
3952       <td>
3953         <ul>
3954           <li>GUI bugs resolved</li>
3955           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td height="63">
3961         <div align="center">
3962           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3968           <li>Jar files are executable</li>
3969           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3970         </ul>
3971       </td>
3972       <td>
3973         <ul>
3974           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3975           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3976           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3977         </ul>
3978       </td>
3979     </tr>
3980     <tr>
3981       <td>
3982         <div align="center">
3983           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3984         </div>
3985       </td>
3986       <td>
3987         <ul>
3988           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3989         </ul>
3990       </td>
3991       <td>
3992         <ul>
3993           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3994         </ul>
3995       </td>
3996     </tr>
3997     <tr>
3998       <td>
3999         <div align="center">
4000           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4001         </div>
4002       </td>
4003       <td>
4004         <ul>
4005           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4006             size</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>Improved JPred client reliability</li>
4012           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018         <div align="center">
4019           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4020         </div>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4025           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4026           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4027             to Colour Menu</li>
4028           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4029           <li>Unix users can set default web browser</li>
4030           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4031           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034       <td>
4035         <ul>
4036           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4037         </ul>
4038       </td>
4039     </tr>
4040     <tr>
4041       <td>
4042         <div align="center">
4043           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4044         </div>
4045       </td>
4046       <td>&nbsp;</td>
4047       <td>
4048         <ul>
4049           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4050             alignment order.</li>
4051         </ul>
4052       </td>
4053     </tr>
4054     <tr>
4055       <td>
4056         <div align="center">
4057           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4058         </div>
4059       </td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4063           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4064           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4065             annotations.</li>
4066           <li>Version and build date written to build properties
4067             file.</li>
4068           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4069             at launch of Jalview.</li>
4070         </ul>
4071       </td>
4072       <td>
4073         <ul>
4074           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4075           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4076           <li>Can remove groups one by one.</li>
4077           <li>Filechooser icons installed.</li>
4078           <li>Finder ignores return character when searching.
4079             Return key will initiate a search.<br>
4080           </li>
4081         </ul>
4082       </td>
4083     </tr>
4084     <tr>
4085       <td>
4086         <div align="center">
4087           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4088         </div>
4089       </td>
4090       <td>
4091         <ul>
4092           <li>New codebase</li>
4093         </ul>
4094       </td>
4095       <td>&nbsp;</td>
4096     </tr>
4097   </table>
4098   <p>&nbsp;</p>
4099 </body>
4100 </html>