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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>17/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000 takes a long time in Cursor mode</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of each selected sequence do not have correct start/end positions</li>
 143             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148             <li><!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode if new selection moves alignment window</li>
 149             <li><!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using arrow key in cursor mode to pass hidden column marker</li>
 150            </ul>
 151           ><em>Applet</em><br/>
 152            <ul>
 153             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 154           </ul>
 155           <em>BioJSON</em><br/>
 156           <ul>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 159           </li>
 160           </ul>
 161           <strong>New Known Issues</strong>
 162           <ul>
 163           <li><!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate sequence features correctly (for many previous versions of Jalview)</li>
 164           <li><!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when using cursor in wrapped panel other than top</li>
 165           <li><!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores graduated colour threshold</li>
 166           <li><!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't always preserve numbering and sequence features</li>
 167           </ul>
 168           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 169           <ul>
 170             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 171             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 172             OSX 10.10)
 173             </li>
 174           </ul>
 175           </div>
 176       </td>
 177     </tr>
 178     <tr>
 179       <td width="60" nowrap>
 180         <div align="center">
 181           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 182             <em>2/10/2017</em></strong>
 183         </div>
 184       </td>
 185       <td><div align="left">
 186           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 187           <ul>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 190             </li>
 191             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 192             </li>
 193           </ul>
 194         </div></td>
 195       <td><div align="left">
 196         </div></td>
 197     </tr>
 198     <tr>
 199       <td width="60" nowrap>
 200         <div align="center">
 201           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 202             <em>7/9/2017</em></strong>
 203         </div>
 204       </td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em></em>
 207           <ul>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 210               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 211               white)
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 215               Preferences
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 219               in size and progress bar shown as higher resolution
 220               overview is recalculated
 221             </li>
 222
 223           </ul>
 224         </div></td>
 225       <td><div align="left">
 226           <em></em>
 227           <ul>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 230               column region row by row
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 234               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 238               format setting is unticked
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 242               if group has show boxes format setting unticked
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 246               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 247               include sequences and columns not currently displayed
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 251               assemblies are imported via CIF file
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 255               displayed when threshold or conservation colouring is also
 256               enabled.
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 260               server version
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 264               dragging a selected region off the visible region of the
 265               alignment
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 269               colourscheme to all groups in a view
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 273               initially after font size change using the Font chooser or
 274               middle-mouse zoom
 275             </li>
 276           </ul>
 277         </div></td>
 278     </tr>
 279     <tr>
 280       <td width="60" nowrap>
 281         <div align="center">
 282           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 283         </div>
 284       </td>
 285       <td><div align="left">
 286           <em>Calculations</em>
 287           <ul>
 288
 289             <li>
 290               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 291               ungapped positions in each column of the alignment.
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 295               a calculation dialog box
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 299               and memory efficiency (~30x faster)
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 303               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 304               and other calculations
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 308               files within the Jalview codebase
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 312               Similarity may have different topology due to increased
 313               precision
 314             </li>
 315           </ul>
 316           <em>Rendering</em>
 317           <ul>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 320               model for alignments and groups
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 324               scripts
 325             </li>
 326           </ul>
 327           <em>Overview</em>
 328           <ul>
 329             <li>
 330               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 331               with alignment and overview windows
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 335               overview
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 339               omitted in Overview
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 343               adjustment of visible position
 344             </li>
 345           </ul>
 346
 347           <em>Data import/export</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 351               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 355               annotation input/output via stockholm flatfile
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 359               extension when importing structure files without embedded
 360               names or PDB accessions
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 364               format sequence substitution matrices
 365             </li>
 366           </ul>
 367           <em>User Interface</em>
 368           <ul>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 371               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 372               the application.
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 376               via Overview or sequence motif search operations
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 380               opened by double clicking gaps within sequence feature
 381               extent
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 385               aligned positions were available to create a 3D structure
 386               superposition.
 387             </li>
 388           </ul>
 389           <em>3D Structure</em>
 390           <ul>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 393               coloured in linked structure views
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 397               file-based command exchange
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 401               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 402               structures are already available for sequences
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 406               the Jalview project rather than downloaded again when the
 407               project is reopened.
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 411               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 412               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 413                 Feature</strong>)
 414             </li>
 415           </ul>
 416           <em>Web Services</em>
 417           <ul>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 423               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 424               Analysis services
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 428               cross-references provided by identifiers.org and the
 429               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 430             </li>
 431           </ul>
 432
 433           <em>Scripting</em>
 434           <ul>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 437               identifying file formats (instead of String constants)
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 441               efficiency when counting all displayed features (not
 442               backwards compatible with 2.10.1)
 443             </li>
 444           </ul>
 445           <em>Example files</em>
 446           <ul>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 449               included in the example feature file
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>Documentation</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 456               with the built-in Java help viewer
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 460               sequence description' option
 461             </li>
 462           </ul>
 463           <em>Test Suite</em>
 464           <ul>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 467               Uniprot REST Free Text Search Client
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 474               during tests
 475             </li>
 476           </ul>
 477         </div></td>
 478       <td><div align="left">
 479           <em>Calculations</em>
 480           <ul>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 483               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 484               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 485             </li>
 486             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 487               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 488               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 489               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 490               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 491               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 492               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 493               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 494               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 495               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 496               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 497               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 498               // for 2.10.1 mode <br />
 499               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 500               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 501                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 502                 calculations (not recommended)</em></li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 505               scaling of branch lengths for trees computed using
 506               Sequence Feature Similarity.
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 510               generating output report when working with highly
 511               redundant alignments
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 515               right of selected region when gaps present on right-hand
 516               boundary
 517             </li>
 518           </ul>
 519           <em>User Interface</em>
 520           <ul>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 523               doesn't reselect a specific sequence's associated
 524               annotation after it was used for colouring a view
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 528               opened on a region of alignment without groups
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 532               of an alignment with overlapping groups
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 536               name and description match
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 540               hidden regions results in incorrect hidden regions
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 544               changing colour does not apply Conservation slider value
 545               to all groups
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 549               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 553               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 557               gaps before start of features
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 561               restored to UI when feature colour is edited
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 565               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 569               as graduate feature colour settings are modified via the
 570               dialog box
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 574               when a group defined on the alignment is resized
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 578               wrapped view result in positional status updates
 579             </li>
 580
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 583               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 587               alignment included gapped columns
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 591               widgets don't permanently disappear
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 595               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 596               T-Coffee column reliability scores)
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 600               sequence feature on gaps only
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 604               button from a Find inherit previously defined feature type
 605               rather than the Find query string
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 609               exporting tree calculated in Jalview
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 613               and then revealing them reorders sequences on the
 614               alignment
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 618               doesn't update to reflect available set of groups after
 619               interactively adding or modifying features
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 623               Linux
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 627               only excluded gaps in current sequence and ignored
 628               selection.
 629             </li>
 630           </ul>
 631           <em>Rendering</em>
 632           <ul>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 635               erratically when hidden rows or columns are present
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 639               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 640               sequence colouring
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 644               colour and group colour menu for protein alignments
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 648               reflect currently selected view or group's shading
 649               thresholds
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 653               when rendered on overview and structures when opacity at
 654               100%
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 658               overview when features overlaid on alignment
 659             </li>
 660           </ul>
 661           <em>Data import/export</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 665               load
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 669               added after a sequence was imported are not written to
 670               Stockholm File
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 674               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 678               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 682               with lightGray or darkGray via features file (but can
 683               specify lightgray)
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 687               when alignment view imported from project
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 691               structure and sequences extracted from structure files
 692               imported via URL and viewed in Jmol
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 696               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 697               the project is loaded and the structure viewed
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>Web Services</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 704               release of Ensembl v.88
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 708               appear enabled in Preferences->Connections
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 712               removed from console output
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 716               Ensembl by Peptide ID
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 720               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 721               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 722               due to 'null' string rather than empty string used for
 723               residues with no corresponding PDB mapping).
 724             </li>
 725           </ul>
 726           <em>Application UI</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 730               menu
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 734               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 735               new documentation and tooltips added)
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 739               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 743               new features are added to alignment
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 747               changes to feature colours via the Amend features dialog
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 751               edit graduated feature colour via amend features dialog
 752               box
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 756               selection menu changes colours of alignment views
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 760               from alignment calculation workers after alignment has
 761               been closed
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 765               groups now 'Create Group'
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 769               Create/Undefine group doesn't always work
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 773               shown again after pressing 'Cancel'
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 777               adjusts start position in wrap mode
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 781               ambiguous amino acids
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 785               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 786               proteins
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 790               Defined' don't appear in Colours menu
 791             </li>
 792           </ul>
 793           <em>Applet</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 797               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 801               overview or linked structure view
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 805               work (since 2.8)
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 809               user-defined colourscheme doesn't restore original
 810               colourscheme
 811             </li>
 812           </ul>
 813           <em>Test Suite</em>
 814           <ul>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 817               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 821               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 822               problems with deep array comparison equality asserts in
 823               successive versions of TestNG
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 827               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 828             </li>
 829           </ul>
 830           <em>New Known Issues</em>
 831           <ul>
 832             <li>
 833               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 834               phase after a sequence motif find operation
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 838               containing just upper and lower case letters are
 839               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 843               reliably from eggnog Ortholog database
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 847               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 848               to mark columns containing highlighted regions.
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 852               doesn't always add secondary structure annotation.
 853             </li>
 854           </ul>
 855         </div>
 856     <tr>
 857       <td width="60" nowrap>
 858         <div align="center">
 859           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 860         </div>
 861       </td>
 862       <td><div align="left">
 863           <em>General</em>
 864           <ul>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 867               for all consensus calculations
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 871               3rd Oct 2016)
 872             </li>
 873             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 874               for 2016-2017</li>
 875           </ul>
 876           <em>Application</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 880               set of database cross-references, sorted alphabetically
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 884               from database cross references. Users with custom links
 885               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 886                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 890               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 891               Chimera session
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 895               the Chimera it is connected to is shut down
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 899               columns menu item to mark columns containing highlighted
 900               regions (e.g. from structure selections or results of a
 901               Find operation)
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 905               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 906               MSAviewer
 907             </li>
 908           </ul>
 909         </div></td>
 910       <td>
 911         <div align="left">
 912           <em>General</em>
 913           <ul>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 916               are not coloured or thresholded according to percent
 917               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 921               hydrophobic
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 925               threshold, amino acid properties)
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 929               reported as mapped to residues in a structure file in the
 930               View Mapping report
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 934               could be added multiple times to a sequence
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 938               bond features shown as two highlighted residues rather
 939               than a range in linked structure views, and treated
 940               correctly when selecting and computing trees from features
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 944               cross-references are matched to database name regardless
 945               of case
 946             </li>
 947
 948           </ul>
 949           <em>Application</em>
 950           <ul>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 953               names without regular expressions also offer links from
 954               Sequence ID
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 958               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 959               update Jalview configuration
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 963               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 967               files with similarly named sequences if dropped onto the
 968               alignment
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 972               entries where more chains exist in the PDB accession than
 973               are reported in the SIFTS file
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 977               the structure view when displayed with Chimera
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 981               panel's View->Show Chains submenu
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 985               work for wrapped alignment views
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 989               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 990             </li>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 993               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 994               first annotation row
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 998               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 999             </li>
1000             <li>
1001               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1002               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1003             </li>
1004             <!-- JAL-2319 -->
1005             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1006             coordindate data
1007             </li>
1008           </ul>
1009           <!--           <em>New Known Issues</em>
1010           <ul>
1011             <li></li>
1012           </ul> -->
1013         </div>
1014       </td>
1015     </tr>
1016     <td width="60" nowrap>
1017       <div align="center">
1018         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1019           <em>25/10/2016</em></strong>
1020       </div>
1021     </td>
1022     <td><em>Application</em>
1023       <ul>
1024         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1025           view if structures already loaded</li>
1026         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1027           structure views</li>
1028       </ul></td>
1029     <td>
1030       <div align="left">
1031         <em>General</em>
1032         <ul>
1033           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1034             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1035           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1036             example sequences/projects/trees</li>
1037         </ul>
1038         <em>Application</em>
1039         <ul>
1040           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1041             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1042           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1043             without timeout for structures with multiple models or
1044             multiple sequences in alignment</li>
1045           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1046             PDB ID HEADER line</li>
1047           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1048             is performed</li>
1049           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1050             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1051           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1052           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1053             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1054             option</li>
1055           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1056             is created on the alignment</li>
1057           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1058             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1059             pop-up menu</li>
1060         </ul>
1061         <em>Build and deployment</em>
1062         <ul>
1063           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1064             tags</li>
1065         </ul>
1066         <em>New Known Issues</em>
1067         <ul>
1068           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1069             on Windows</li>
1070         </ul>
1071       </div>
1072     </td>
1073     </tr>
1074     <tr>
1075       <td width="60" nowrap>
1076         <div align="center">
1077           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1078         </div>
1079       </td>
1080       <td><em>General</em>
1081         <ul>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1087             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1088             better PDB parsing.
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1092             reference sequence
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1096             mousing over sequence associated annotation
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1100             for manual entry
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1104             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1105             for each column
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1109             showing or hiding columns containing a feature
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1113             group and sequence associated annotation labels
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1117             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1118             dialogs
1119           </li>
1120
1121         </ul> <em>Application</em>
1122         <ul>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1125             gene/transcript view
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1129             dialog
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1133             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1137             Pfam sources to xfam.org
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1144             over sequences in Jalview
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1148             regions in ENA and EMBL
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1152             for record retrieval via ENA rest API
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1156             complement operator
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1160             groovy script execution
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1164             alignment window's Calculate menu
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1168             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1172             calculation workers from groovy scripts
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1176             Jalview projects
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1180             associations are now saved/restored from project
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1184             before sequence fetcher is opened
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1188             database chooser opens a sequence fetcher
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1192             the UniProt REST API
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1196             the news reader opening
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1200             querying stored in preferences
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1204             search results
1205           </li>
1206           <li>
1207             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1211             menu for nucleotide sequences
1212           </li>
1213           <li>
1214             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1215             and feature counts preserves alignment ordering (and
1216             debugged for complex feature sets).
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1220             viewing structures with Jalview 2.10
1221           </li>
1222           <li>
1223             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1224             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1225             Ensembl Genomes REST API
1226           </li>
1227           <li>
1228             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1229             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1230             (Ensembl)
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1234             sequences
1235           </li>
1236           <li>
1237             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1238             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1239             data from external database records.
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1243             efficient recovery of sequence coding and alignment
1244             annotation relationships.
1245           </li>
1246         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1247         <ul>
1248           <li>
1249             -- JAL---
1250           </li>
1251         </ul> --></td>
1252       <td>
1253         <div align="left">
1254           <em>General</em>
1255           <ul>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1258               menu on OSX
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1262               includes graduated colourschemes
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1266               working with big alignments and lots of hidden columns
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1270               at right of alignment window
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1274               contents
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1278               for DNA alignments
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1282               based tree calculation
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1286               unconserved enabled for group on alignment
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1290               set as reference
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1294               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1295               annotation
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1299               hidden columns present
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1303               user created annotation added to alignment
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1307               '()' base pair annotation
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1311               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1312               Consensus
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1316               feature not working
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1320               beginning of sequence
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1324               entry 3a6s
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1328               from a tree when t-coffee scores are shown
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1332               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1336               some structures
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1340               to Clustal, PIR and PileUp output
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1344               not visible causes alignment window to repaint
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1348               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1349               scores associated with features and annotation rows
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1353               calculation should be case independent
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1357               columns
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1361               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1362               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1366               problems when reference sequence defined and 'show
1367               non-conserved' enabled
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1371               load even when Consensus calculation is disabled
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1375               alignment does nothing
1376             </li>
1377           </ul>
1378           <em>Application</em>
1379           <ul>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1382               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1383               yet fixed for El Capitan)
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1387               output when running on non-gb/us i18n platforms
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1391               hidden sequences as flat-file alignment
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1395               launching Chimera
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1399               (also hotfix for 2.9.0b2)
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1403               reference sequence defined
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1407               alignments and views when revealing hidden columns
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1411               view in a cDNA/Protein splitframe
1412             </li>
1413             <li>
1414               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1415               sequence from project when only one sequence is
1416               represented
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1420               in Structure Chooser
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1424               structure consensus didn't refresh annotation panel
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1428               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1432               dialogs format columns correctly, don't display array
1433               data, sort columns according to type
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1437               file chooser is cancelled during an image export
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1441               sequence name containing special characters
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1445               case insensitive
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1449               formatting don't wrap
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1453               truncated so L looks like I in consensus annotation
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1457               currently displayed features for the current selection or
1458               view
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1462               after fetching cross-references, and restoring from
1463               project
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1467               followed in the structure viewer
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1471               splitframe not restored from project
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1475               trailing end of protein alignment in transcript/product
1476               splitview when pad-gaps not enabled by default
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1480               is case dependent
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1484               article has been read (reopened issue due to
1485               internationalisation problems)
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1489               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1490               cross-references
1491             </li>
1492
1493             <li>
1494               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1495               alignment as HTML
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1499               multiple structures are shown for one or more sequences.
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1503               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1504               is enabled.
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1508               specific PDB id for sequence
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1512               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1513               columns' is disabled.
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1517               selects lowest rather than highest resolution structures
1518               for each sequence
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1522               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1526               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1530               after clicking on it to create new annotation for a
1531               column.
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1535               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1536             </li>
1537             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1538             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1539           </ul>
1540           <em>Applet</em>
1541           <ul>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1544               hidden columns present before start of sequence
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1548               (JSON jars)
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1552               sequences are hidden in applet
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1556               deployment on examples pages.
1557             </li>
1558           </ul>
1559         </div>
1560       </td>
1561     </tr>
1562     <tr>
1563       <td width="60" nowrap>
1564         <div align="center">
1565           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1566             <em>16/10/2015</em></strong>
1567         </div>
1568       </td>
1569       <td><em>General</em>
1570         <ul>
1571           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1572             jars</li>
1573         </ul></td>
1574       <td>
1575         <div align="left">
1576           <em>Application</em>
1577           <ul>
1578             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1579               shown when tree is partitioned</li>
1580             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1581               multiple cDNA/Protein split views</li>
1582           </ul>
1583         </div>
1584       </td>
1585     </tr>
1586     <tr>
1587       <td width="60" nowrap>
1588         <div align="center">
1589           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1590             <em>8/10/2015</em></strong>
1591         </div>
1592       </td>
1593       <td><em>General</em>
1594         <ul>
1595           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1596             2.9</li>
1597         </ul> <em>Application</em>
1598         <ul>
1599           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1600           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1601           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1602         </ul> <em>Applet</em>
1603         <ul>
1604           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1605         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1606         <ul>
1607           <li>
1608             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1609             suite
1610           </li>
1611         </ul></td>
1612       <td>
1613         <div align="left">
1614           <em>General</em>
1615           <ul>
1616             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1617               incorrect when sequence start > 1</li>
1618             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1619               documentation</li>
1620             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1621             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1622               loading a features file containing HTML tags in feature
1623               description</li>
1624
1625           </ul>
1626           <em>Application</em>
1627           <ul>
1628             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1629               reimport</li>
1630             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1631               with 'trim retrieved sequences'</li>
1632             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1633               deleting selected columns</li>
1634             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1635               JNLP templates for webstart launch</li>
1636             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1637               unreleased structures for download or viewing</li>
1638             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1639               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1640             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1641               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1642             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1643               recovered from jalview project</li>
1644             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1645               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1646               alignment view</li>
1647             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1648               color schemes from BioJSON</li>
1649           </ul>
1650           <em>Applet</em>
1651           <ul>
1652             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1653               frame</li>
1654             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1655           </ul>
1656         </div>
1657       </td>
1658     </tr>
1659     <tr>
1660       <td><div align="center">
1661           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1662         </div></td>
1663       <td><em>General</em>
1664         <ul>
1665           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1666             alignments:
1667             <ul>
1668               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1669                 and DNA alignment views</li>
1670               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1671                 cDNA alignment views</li>
1672               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1673                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1674               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1675                 protein sequences</li>
1676             </ul>
1677           </li>
1678           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1679           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1680             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1681           <li>New alignment annotation file statements for
1682             reference sequences and marking hidden columns</li>
1683           <li>Reference sequence based alignment shading to
1684             highlight variation</li>
1685           <li>Select or hide columns according to alignment
1686             annotation</li>
1687           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1688           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1689             acid conservation row</li>
1690           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1691         </ul> <em>Application</em>
1692         <ul>
1693           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1694             <ul>
1695               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1696                 view with cDNA/Protein</li>
1697               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1698                 sequences are placed in the same alignment</li>
1699               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1700                 projects</li>
1701             </ul>
1702           </li>
1703
1704           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1705           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1706             Jalview windows</li>
1707
1708           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1709           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1710           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1711             be shown in VARNA</li>
1712
1713           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1714             as the active selected region</li>
1715
1716           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1717             similarity</li>
1718           <li>New Export options
1719             <ul>
1720               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1721                 region export in flat file generation</li>
1722
1723               <li>Export alignment views for display with the <a
1724                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1725
1726               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1727               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1728                 alignment figures to HTML</li>
1729           </li>
1730           <li>3D structure retrieval and display
1731             <ul>
1732               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1733                 Search API</li>
1734               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1735                 PDB structures for a sequence set</li>
1736             </ul>
1737           </li>
1738
1739           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1740             predictions</li>
1741           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1742             for one or a group of sequences</li>
1743           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1744             from the JPred4 web server</li>
1745           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1746             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1747             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1748           </li>
1749           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1750             VARNA 2D Structure'</li>
1751           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1752             Structure ..."</li>
1753
1754         </ul> <em>Applet</em>
1755         <ul>
1756           <li>New layout for applet example pages</li>
1757           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1758             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1759           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1760             Protein alignments</li>
1761         </ul> <em>Development and deployment</em>
1762         <ul>
1763           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1764           <li>Include installation type and git revision in build
1765             properties and console log output</li>
1766           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1767             storing BioJsMSA Templates</li>
1768           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1769         </ul></td>
1770       <td>
1771         <!-- <em>General</em>
1772         <ul>
1773         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1774         <ul>
1775           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1776           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1777           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1778             predictions are not highlighted in amber</li>
1779           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1780             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1781           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1782             associated structure views</li>
1783           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1784             width checkbox not enabled</li>
1785           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1786             creating user defined colours</li>
1787           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1788             mappings for just that viewer's sequences</li>
1789           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1790             multiple models in Chimera</li>
1791           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1792             over Jmol structure</li>
1793           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1794             output to text box</li>
1795           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1796             have incorrect sequence start/end</li>
1797           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1798             Jalview fails</li>
1799           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1800             work for nucleotide</li>
1801           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1802             to a grey/invisible alignment window</li>
1803           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1804             imports to different position</li>
1805           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1806             on some platforms</li>
1807           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1808             populated</li>
1809           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1810             console if Chimera has been opened</li>
1811           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1812           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1813             retrieved</li>
1814           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1815           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1816             either sequence shows on first structure</li>
1817           <li>'Show annotations' options should not make
1818             non-positional annotations visible</li>
1819           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1820             in right place after 'view flanking regions'</li>
1821           <li>File Save As type unset when current file format is
1822             unknown</li>
1823           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1824             projects</li>
1825           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1826             responsive</li>
1827           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1828             several views on same alignment</li>
1829           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1830           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1831             spaces</li>
1832         </ul> <em>Applet</em>
1833         <ul>
1834           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1835           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1836             descriptions containing angle brackets</li>
1837         </ul> <em>General</em>
1838         <ul>
1839           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1840             via jalview annotation file</li>
1841           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1842             with RNA secondary structure</li>
1843           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1844             translation doesn't work.</li>
1845           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1846           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1847             positions</li>
1848           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1849             choosing 1pt font</li>
1850           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1851             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1852             'h'</li>
1853           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1854             new feature</li>
1855           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1856             order dependent</li>
1857           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1858             sequences</li>
1859           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1860         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1861         <ul>
1862           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1863             www.jalview.org</li>
1864         </ul> <em>Application Known issues</em>
1865         <ul>
1866           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1867           <li>Misleading message appears after trying to delete
1868             solid column.</li>
1869           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1870             version launches</li>
1871           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1872             fails with a sequence mismatch</li>
1873           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1874             scrolling alignment to right</li>
1875           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1876             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1877           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1878             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1879           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1880             ultra-high resolution</li>
1881           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1882             quality and conservation</li>
1883           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1884             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1885         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1886         <ul>
1887           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1888           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1889             window is being resized</li>
1890
1891         </ul>
1892       </td>
1893     </tr>
1894     <tr>
1895       <td><div align="center">
1896           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1897         </div></td>
1898       <td><em>General</em>
1899         <ul>
1900           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1901             Certum.PL.</li>
1902           <li>Features and annotation preserved when performing
1903             pairwise alignment</li>
1904           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1905             imported/exported/displayed</li>
1906           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1907             protein secondary structure</li>
1908           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1909               post-hoc with 2.9 release</em>)
1910           </li>
1911
1912         </ul> <em>Application</em>
1913         <ul>
1914           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1915             with 3D structures</li>
1916           <li>Support for parsing RNAML</li>
1917           <li>Annotations menu for layout
1918             <ul>
1919               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1920               <li>place sequence annotation above/below alignment
1921                 annotation</li>
1922             </ul>
1923           <li>Output in Stockholm format</li>
1924           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1925             translation</li>
1926           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1927           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1928             shared between alignments</li>
1929           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1930             Jalview</li>
1931           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1932             all or current selection</li>
1933           <li>disorder and secondary structure predictions
1934             available as dataset annotation</li>
1935           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1936
1937
1938           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1939             alignments from Rfam</li>
1940           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1941
1942           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1943             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1944           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1945           <li>include installation type in build properties and
1946             console log output</li>
1947           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1948             annotation</li>
1949         </ul></td>
1950       <td>
1951         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1952         <ul>
1953           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1954             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1955           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1956             alignment</li>
1957           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1958           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1959           <li>Double click on sequence associated annotation
1960             selects only first column</li>
1961           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1962             leaves shown in tree</li>
1963           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1964             properly</li>
1965           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1966           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1967             screen and buttons not visible</li>
1968           <li>author list isn't updated if already written to
1969             Jalview properties</li>
1970           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1971             from database</li>
1972           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1973           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1974             browser search window</li>
1975           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1976             in feature settings dialog</li>
1977           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1978             desktop</li>
1979           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1980             pass validation</li>
1981           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1982             fit on screen</li>
1983           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1984             tooltip</li>
1985           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1986             defined user preset</li>
1987           <li>MSA web services warns user if they were launched
1988             with invalid input</li>
1989           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1990             Java 8</li>
1991           <li>
1992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1993             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1994             created
1995           </li>
1996
1997         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1998         <ul>
1999         </ul> <em>General</em>
2000         <ul>
2001         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2002         <ul>
2003           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2004             memory allocation</li>
2005           <li>launchApp service doesn't automatically open
2006             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2007           <li>
2008             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2009             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2010             1.7_055 is available
2011           </li>
2012         </ul> <em>Application Known issues</em>
2013         <ul>
2014           <li>
2015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2016             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2017             alignment to right
2018           </li>
2019           <li>
2020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2021             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2022             with large number of ID
2023           </li>
2024           <li>
2025             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2026             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2027             start/end
2028           </li>
2029           <li>
2030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2031             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2032             structure tracks are rearranged
2033           </li>
2034           <li>
2035             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2036             invalid rna structure positional highlighting does not
2037             highlight position of invalid base pairs
2038           </li>
2039           <li>
2040             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2041             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2042             project from alignment window file menu
2043           </li>
2044           <li>
2045             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2046             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2047             structures
2048           </li>
2049           <li>
2050             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2051             colour by RNA Helices not enabled when user created
2052             annotation added to alignment
2053           </li>
2054           <li>
2055             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2056             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2057           </li>
2058         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2059         <ul>
2060           <li>
2061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2062             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2063           </li>
2064           <li>
2065             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2066             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2067           </li>
2068
2069           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2070             when selected</li>
2071         </ul>
2072       </td>
2073     </tr>
2074     <tr>
2075       <td><div align="center">
2076           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2077         </div></td>
2078       <td>
2079         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2080         <em>General</em>
2081         <ul>
2082           <li>Internationalisation of user interface (usually
2083             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2084           <li>Define/Undefine group on current selection with
2085             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2086           <li>Improved group creation/removal options in
2087             alignment/sequence Popup menu</li>
2088           <li>Sensible precision for symbol distribution
2089             percentages shown in logo tooltip.</li>
2090           <li>Annotation panel height set according to amount of
2091             annotation when alignment first opened</li>
2092         </ul> <em>Application</em>
2093         <ul>
2094           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2095             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2096           <li>Select columns containing particular features from
2097             Feature Settings dialog</li>
2098           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2099             sequences</li>
2100           <li>Update Jalview project format:
2101             <ul>
2102               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2103               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2104                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2105               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2106                 colouring</li>
2107             </ul>
2108           </li>
2109           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2110             (PAM250)</li>
2111           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2112             flanking regions for an alignment</li>
2113         </ul>
2114       </td>
2115       <td>
2116         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2117         <ul>
2118           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2119             running after job is cancelled</li>
2120           <li>cannot export features from alignments imported from
2121             Jalview/VAMSAS projects</li>
2122           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2123             float values</li>
2124           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2125             have 'display all symbols' flag set</li>
2126           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2127             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2128           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2129             Jalview</li>
2130           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2131             Lion/Webstart</li>
2132           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2133           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2134           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2135             alignment onto desktop</li>
2136           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2137             'extract scores' function</li>
2138           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2139             alignment window</li>
2140           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2141             performing IUPred disorder prediction</li>
2142           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2143             changing 'normalise logo' display setting</li>
2144           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2145             nothing matches query</li>
2146           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2147             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2148           </li>
2149           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2150             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2151           </li>
2152           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2153             Jalview's menu</li>
2154           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2155             'invalid literal/length code'</li>
2156           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2157             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2158           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2159             colourscheme</li>
2160
2161         </ul> <em>Applet</em>
2162         <ul>
2163           <li>Remove group option is shown even when selection is
2164             not a group</li>
2165           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2166             don't affect groups</li>
2167           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2168             colourscheme name</li>
2169           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2170             Annotation panel is not displayed</li>
2171           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2172             embedded windows</li>
2173         </ul> <em>Other</em>
2174         <ul>
2175           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2176             single sequence were not calculated</li>
2177           <li>annotation files that contain only groups imported as
2178             annotation and junk sequences</li>
2179           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2180             recognised as PFAM or BLC</li>
2181           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2182             doesn't affect background (2.8.0b1)
2183           <li></li>
2184           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2185           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2186             trailing gaps</li>
2187           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2188             registered correctly on import</li>
2189           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2190             certain alignments</li>
2191           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2192             existing annotation based 'use original colours'
2193             colourscheme loses original colours setting</li>
2194         </ul>
2195       </td>
2196     </tr>
2197     <tr>
2198       <td><div align="center">
2199           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2200             <em>30/1/2014</em></strong>
2201         </div></td>
2202       <td>
2203         <ul>
2204           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2205             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2206             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2207             open source project).
2208           </li>
2209           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2210           <li>Output in Stockholm format</li>
2211           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2212           <li>Export/import group and sequence associated line
2213             graph thresholds</li>
2214           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2215             ambiguity codes</li>
2216           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2217             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2218             works</li>
2219           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2220         </ul> <em>Other improvements</em>
2221         <ul>
2222           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2223           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2224             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2225           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2226             files</li>
2227           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2228           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2229             link but no description</li>
2230           <li>Select primary source when selecting authority in
2231             database fetcher GUI</li>
2232           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2233             Jalview</li>
2234           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2235         </ul>
2236       </td>
2237       <td>
2238         <ul>
2239           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2240             displayed</li>
2241           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2242             secondary structure annotation line</li>
2243           <li>Sequence database accessions not imported when
2244             fetching alignments from Rfam</li>
2245           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2246             identical IDs</li>
2247           <li>View all structures does not always superpose
2248             structures</li>
2249           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2250             reflect user or preset settings</li>
2251           <li>Null pointer exceptions for some services without
2252             presets or adjustable parameters</li>
2253           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2254             discover PDB xRefs</li>
2255           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2256             features with DAS</li>
2257           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2258             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2259           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2260             residue follows a gap</li>
2261           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2262             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2263           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2264             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2265           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2266             annotation already exists on alignment</li>
2267           <li>oninit javascript function should be called after
2268             initialisation completes</li>
2269           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2270             alignment window display</li>
2271           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2272           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2273             to annotation file</li>
2274           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2275             groups created</li>
2276           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2277             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2278           <li>Pressing return several times causes Number Format
2279             exceptions in keyboard mode</li>
2280           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2281             correct partitions for input data</li>
2282           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2283           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2284           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2285           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2286             mode</li>
2287           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2288             changes one row&#39;s threshold</li>
2289           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2290             doesn&#39;t open</li>
2291           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2292             quality histograms</li>
2293         </ul>
2294       </td>
2295     </tr>
2296     <tr>
2297       <td><div align="center">
2298           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2299         </div></td>
2300       <td><em>Application</em>
2301         <ul>
2302           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2303             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2304           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2305             preferences</li>
2306           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2307             in Jalview alignment window</li>
2308           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2309             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2310           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2311             RNA and ambiguity codes</li>
2312
2313           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2314           <li>Support fetching and database reference look up
2315             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2316             refs')</li>
2317           <li>Jalview project improvements
2318             <ul>
2319               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2320                 flag for annotation</li>
2321               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2322                 alignment</li>
2323               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2324                 Jalview project</li>
2325
2326             </ul>
2327           </li>
2328           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2329           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2330             running</li>
2331           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2332           <li>visual indication that web service results are still
2333             being retrieved from server</li>
2334           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2335             starts up for first time</li>
2336           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2337             services</li>
2338           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2339             client library</li>
2340           <li>Examples directory and Groovy library included in
2341             InstallAnywhere distribution</li>
2342         </ul> <em>Applet</em>
2343         <ul>
2344           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2345             visualization applet example</li>
2346         </ul> <em>General</em>
2347         <ul>
2348           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2349           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2350             defaults</li>
2351           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2352             calculation</li>
2353           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2354             matrices
2355           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2356             in HTML</li>
2357           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2358             structure contacts</li>
2359           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2360           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2361           <li>Parse sequence associated secondary structure
2362             information in Stockholm files</li>
2363           <li>HTML Export database accessions and annotation
2364             information presented in tooltip for sequences</li>
2365           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2366             style RNA alignment files</li>
2367           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2368             alignment</li>
2369           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2370             shade each sequence according to its associated alignment
2371             annotation</li>
2372           <li>New Jalview Logo</li>
2373         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2374         <ul>
2375           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2376           <li>New Website!</li>
2377         </ul></td>
2378       <td><em>Application</em>
2379         <ul>
2380           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2381             wsdbfetch REST service</li>
2382           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2383           <li>Filetype associations not installed for webstart
2384             launch</li>
2385           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2386             job execution in full once it is complete</li>
2387           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2388             uploaded via ali_file parameter</li>
2389           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2390           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2391           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2392             submitted for prediction</li>
2393           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2394             desktop window</li>
2395           <li>Putting fractional value into integer text box in
2396             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2397           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2398             windows 7</li>
2399           <li>View all structures fails with exception shown in
2400             structure view</li>
2401           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2402             escaped in a platform independent way</li>
2403           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2404             using proxy</li>
2405           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2406             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2407           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2408             failure when java web start temporary file caching is
2409             disabled</li>
2410           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2411             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2412           <li>Errors during processing of command line arguments
2413             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2414           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2415             DAS sources in sequence fetcher</li>
2416           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2417             dialog is shown</li>
2418           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2419           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2420           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2421           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2422             on OSX Mountain Lion</li>
2423           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2424             sequences with alignment annotation are pasted into the
2425             alignment</li>
2426           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2427             when loaded from Jalview project</li>
2428           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2429           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2430             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2431           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2432             associated with all views</li>
2433           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2434             annotation rows to new window</li>
2435         </ul> <em>Applet</em>
2436         <ul>
2437           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2438             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2439           <li>loading features via javascript API automatically
2440             enables feature display</li>
2441           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2442             work</li>
2443         </ul> <em>General</em>
2444         <ul>
2445           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2446           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2447             and then deselected</li>
2448           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2449           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2450             coloured with clustalx</li>
2451           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2452             exceptions and redraw errors</li>
2453           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2454             reconfigured view</li>
2455           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2456             colour</li>
2457           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2458             for lots of labels</li>
2459         </ul>
2460     </tr>
2461     <tr>
2462       <td>
2463         <div align="center">
2464           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2465         </div>
2466       </td>
2467       <td><em>Application</em>
2468         <ul>
2469           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2470           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2471           <li>View/alignment association menu to enable user to
2472             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2473             its colours/correspondences from</li>
2474           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2475           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2476             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2477           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2478           <li>Annotation row column label formatting attributes
2479             stored in project file</li>
2480           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2481             rows preserved in Jalview project file</li>
2482           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2483             saved using Desktop window menu</li>
2484           <li>Visual indication that command line arguments are
2485             still being processed</li>
2486           <li>Groovy script execution from URL</li>
2487           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2488             preferences</li>
2489           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2490             alignment with sequences that have high similarity and
2491             matching IDs</li>
2492           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2493           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2494             structures in same window</li>
2495           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2496           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2497             analysis function in its own submenu</li>
2498         </ul> <em>Applet</em>
2499         <ul>
2500           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2501             groups</li>
2502           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2503           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2504           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2505           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2506           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2507             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2508           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2509           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2510             parameters are treated as such</li>
2511           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2512             <ul>
2513               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2514               <li>Javascript callbacks for
2515                 <ul>
2516                   <li>Applet initialisation</li>
2517                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2518                 </ul>
2519               </li>
2520               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2521                 functions</li>
2522               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2523               <li>javascript structure viewer harness to pass
2524                 messages between Jmol and Jalview when running as
2525                 distinct applets</li>
2526               <li>sortBy method</li>
2527               <li>Set of applet and application examples shipped
2528                 with documentation</li>
2529               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2530                 javascript message exchange</li>
2531             </ul>
2532         </ul> <em>General</em>
2533         <ul>
2534           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2535             multiple alignments</li>
2536           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2537           <li>User configurable link to enable redirects to a
2538             www.Jalview.org mirror</li>
2539           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2540           <li>Configurable newline string when writing alignment
2541             and other flat files</li>
2542           <li>Allow alignment annotation description lines to
2543             contain html tags</li>
2544         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2545         <ul>
2546           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2547             examples</li>
2548           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2549             using a web service before displaying the result in the
2550             Jalview desktop</li>
2551           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2552           <li>Ant target to publish example html files with applet
2553             archive</li>
2554           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2555           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2556         </ul></td>
2557       <td><em>Application</em>
2558         <ul>
2559           <li>User defined colourscheme throws exception when
2560             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2561           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2562             dialog for valid filename/format</li>
2563           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2564           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2565             P37173</li>
2566           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2567             which sequence is to be associated with the file</li>
2568           <li>Find All raises null pointer exception when query
2569             only matches sequence IDs</li>
2570           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2571           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2572             2.4 cannot be loaded</li>
2573           <li>Filetype associations not installed for webstart
2574             launch</li>
2575           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2576             with sequences in different alignments do not get coloured
2577             by their associated sequence</li>
2578           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2579             not preserved when project is loaded</li>
2580           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2581             stored in Jalview project</li>
2582           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2583             Jalview project</li>
2584           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2585           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2586             by conservation</li>
2587           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2588             created on new view</li>
2589           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2590             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2591           <li>Alignment quality not updated after alignment
2592             annotation row is hidden then shown</li>
2593           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2594             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2595           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2596             properly</li>
2597           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2598             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2599           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2600           <li>Structures imported from file and saved in project
2601             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2602           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2603             job execution in full once it is complete</li>
2604         </ul> <em>Applet</em>
2605         <ul>
2606           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2607             annotation rows are displayed</li>
2608           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2609             codebase</li>
2610           <li>View follows highlighting does not work for positions
2611             in sequences</li>
2612           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2613           <li>Export features raises exception when no features
2614             exist</li>
2615           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2616             for javascript api is modified when separator string
2617             provided as parameter</li>
2618           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2619             alignment with no existing selection</li>
2620           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2621             to applet&#39;s codebase</li>
2622           <li>Status bar not updated after finished searching and
2623             search wraps around to first result</li>
2624           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2625             several Jalview applets causes race conditions and memory
2626             leaks</li>
2627           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2628             not sent from Jmol in applet</li>
2629           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2630             applet API fatally hang browser</li>
2631         </ul> <em>General</em>
2632         <ul>
2633           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2634             position with wrapped view and hidden regions</li>
2635           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2636             with/without hidden columns</li>
2637           <li>Sequence length given in alignment properties window
2638             is off by 1</li>
2639           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2640             import PDB like structure files</li>
2641           <li>Positional search results are only highlighted
2642             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2643           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2644           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2645             given sequence position</li>
2646           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2647             output</li>
2648           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2649             from nucleotide chains correctly</li>
2650           <li>Structure colours not updated when tree partition
2651             changed in alignment</li>
2652           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2653             parsed in interleaved stockholm</li>
2654           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2655             state</li>
2656           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2657             properly</li>
2658           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2659             properly associated with their pdb files</li>
2660         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2661         <ul>
2662           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2663             ApplyCopyright tool</li>
2664         </ul></td>
2665     </tr>
2666     <tr>
2667       <td>
2668         <div align="center">
2669           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2670         </div>
2671       </td>
2672       <td><em>Application</em>
2673         <ul>
2674           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2675             contact web services</li>
2676           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2677             service job window</li>
2678           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2679         </ul></td>
2680       <td>
2681         <ul>
2682           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2683             pir file emitted by Jalview</li>
2684           <li>Existing feature settings transferred to new
2685             alignment view created from cut'n'paste</li>
2686           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2687             parsing PDB files</li>
2688           <li>Consensus and conservation annotation rows
2689             occasionally become blank for all new windows</li>
2690           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2691             in wrapped view mode</li>
2692         </ul> <em>Application</em>
2693         <ul>
2694           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2695             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2696           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2697             parameter names</li>
2698           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2699             is down</li>
2700         </ul>
2701       </td>
2702     </tr>
2703     <tr>
2704       <td>
2705         <div align="center">
2706           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2707         </div>
2708       </td>
2709       <td><em>Application</em>
2710         <ul>
2711           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2712             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2713             (JABAWS)
2714           </li>
2715           <li>Web Services preference tab</li>
2716           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2717             preferences</li>
2718           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2719           <li>Superpose structures using associated sequence
2720             alignment</li>
2721           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2722             viewer</li>
2723         </ul> <em>Applet</em>
2724         <ul>
2725           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2726             link out mechanism</li>
2727         </ul> <em>Other</em>
2728         <ul>
2729           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2730             series 12</li>
2731           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2732             require Java 1.5</li>
2733           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2734             sequence annotation files</li>
2735           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2736             type colour specification</li>
2737           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2738             script to check if it being run in an interactive session or
2739             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2740         </ul></td>
2741       <td>
2742         <ul>
2743           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2744             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2745         </ul> <em>Application</em>
2746         <ul>
2747           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2748             selected Regions menu item</li>
2749           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2750             part of a valid accession ID</li>
2751           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2752             runs out of memory</li>
2753           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2754             analysis results</li>
2755           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2756             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2757           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2758         </ul> <em>Applet</em>
2759         <ul>
2760           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2761             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2762             defined.</li>
2763         </ul>
2764       </td>
2765     </tr>
2766     <tr>
2767       <td>
2768         <div align="center">
2769           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2770         </div>
2771       </td>
2772       <td></td>
2773       <td>
2774         <ul>
2775           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2776             sequence IDs</li>
2777           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2778             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2779           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2780             import correctly</li>
2781           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2782             number of columns are hidden</li>
2783           <li>annotation label popup menu not providing correct
2784             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2785             present</li>
2786           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2787             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2788           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2789             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2790
2791         </ul> <em>Applet</em>
2792         <ul>
2793           <li>annotation panel disappears when annotation is
2794             hidden/removed</li>
2795         </ul> <em>Application</em>
2796         <ul>
2797           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2798             alignment opened where annotation panel is visible but no
2799             annotations are present on alignment</li>
2800           <li>pasted region containing hidden columns is
2801             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2802           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2803             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2804           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2805             selected Rregions menu item.</li>
2806           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2807             'Un' or 'Non'conserved</li>
2808           <li>Sequence feature settings are being shared by
2809             multiple distinct alignments</li>
2810           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2811             changed</li>
2812           <li>double click on group annotation to select sequences
2813             does not propagate to associated trees</li>
2814           <li>Mac OSX specific issues:
2815             <ul>
2816               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2817                 window background</li>
2818               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2819                 name set correctly</li>
2820               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2821                 save feature colourscheme button</li>
2822             </ul>
2823           </li>
2824         </ul>
2825       </td>
2826     </tr>
2827     <tr>
2828
2829       <td>
2830         <div align="center">
2831           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2832         </div>
2833       </td>
2834       <td><em>New Capabilities</em>
2835         <ul>
2836           <li>URL links generated from description line for
2837             regular-expression based URL links (applet and application)
2838
2839           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2840             menu</li>
2841           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2842             structures</li>
2843           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2844             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2845           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2846             average score or total feature count for each sequence.</li>
2847           <li>Shading features by score or associated description</li>
2848           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2849             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2850           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2851             hide everything but the currently selected region.</li>
2852           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2853         </ul> <em>Application</em>
2854         <ul>
2855           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2856             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2857           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2858             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2859           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2860             database references and protein_name is parsed as
2861             description line (BioSapiens terms).</li>
2862           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2863             references in sequence ID tooltip from View menu in
2864             application.</li>
2865           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2866       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2867           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2868             conservation plots</li>
2869           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2870             and visualized as sequence logos</li>
2871           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2872             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2873           </li>
2874           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2875             when a new tree is opened.</li>
2876           <li>Jalview Java Console</li>
2877           <li>Better placement of desktop window when moving
2878             between different screens.</li>
2879           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2880             consensus annotation</li>
2881           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2882             Workflows</li>
2883           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2884             <ul>
2885               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2886                 used to preserve views, structures, and tree display
2887                 settings)</li>
2888               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2889                 command line</li>
2890               <li>Sharing of selected regions between views and
2891                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2892               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2893             </ul></li>
2894         </ul> <em>Applet</em>
2895         <ul>
2896           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2897           <li>New Parameters
2898             <ul>
2899               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2900                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2901                 opened.</li>
2902               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2903                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2904               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2905                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2906               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2907                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2908                 view</li>
2909               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2910                 increase the height or width of a cell in the alignment
2911                 grid relative to the current font size.</li>
2912             </ul>
2913           </li>
2914           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2915             tooltip</li>
2916         </ul> <em>Other</em>
2917         <ul>
2918           <li>Features format: graduated colour definitions and
2919             specification of feature scores</li>
2920           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2921             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2922             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2923           <li>XML formats extended to support graduated feature
2924             colourschemes, group associated annotation, and profile
2925             visualization settings.</li></td>
2926       <td>
2927         <ul>
2928           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2929             rather than description</li>
2930           <li>Non-positional features are now included in sequence
2931             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2932             visibility in tooltip).</li>
2933           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2934           <li>Added URL embedding instructions to features file
2935             documentation.</li>
2936           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2937             'X' in peptide product</li>
2938           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2939             sequence ID and sequence string and query strings do not
2940             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2941           <li>AMSA files only contain first column of
2942             multi-character column annotation labels</li>
2943           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2944             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2945             exported and re-imported)</li>
2946           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2947             name</li>
2948           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2949             as subsequence matches, and correctly reports total number
2950             of both.</li>
2951           <li>Application:
2952             <ul>
2953               <li>Better handling of exceptions during sequence
2954                 retrieval</li>
2955               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2956                 link text excludes the start_end suffix</li>
2957               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2958                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2959               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2960               <li>Sequence description lines properly shared via
2961                 VAMSAS</li>
2962               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2963                 data sources</li>
2964               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2965                 completes before alignment figures are generated.</li>
2966               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2967                 first time.</li>
2968               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2969                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2970               <li>User defined group colours properly recovered
2971                 from Jalview projects.</li>
2972             </ul>
2973           </li>
2974         </ul>
2975       </td>
2976
2977     </tr>
2978     <tr>
2979       <td>
2980         <div align="center">
2981           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2982         </div>
2983       </td>
2984       <td>
2985         <ul>
2986           <li>Experimental support for google analytics usage
2987             tracking.</li>
2988           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2989         </ul>
2990       </td>
2991       <td>
2992         <ul>
2993           <li>Race condition in applet preventing startup in
2994             jre1.6.0u12+.</li>
2995           <li>Exception when feature created from selection beyond
2996             length of sequence.</li>
2997           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2998           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2999             all sequences with a given id</li>
3000           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3001             ID string searches</li>
3002           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3003             alignment to fail with exception</li>
3004         </ul> <em>Application Issues</em>
3005         <ul>
3006           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3007           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3008             data sources</li>
3009         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3010         <ul>
3011           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3012             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3013           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3014             version (java class versioning error fixed)</li>
3015         </ul>
3016       </td>
3017     </tr>
3018     <tr>
3019       <td>
3020
3021         <div align="center">
3022           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3023         </div>
3024       </td>
3025       <td><em>User Interface</em>
3026         <ul>
3027           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3028             translation and protein products</li>
3029           <li>Linked highlighting of structure associated with
3030             residue mapping to codon position</li>
3031           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3032             and 'clear' button</li>
3033           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3034             Tools menu</li>
3035           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3036             numeric data in description line</li>
3037           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3038           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3039             of sequence</li>
3040         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3041         <ul>
3042           <li>JPred3 web service</li>
3043           <li>Prototype sequence search client (no public services
3044             available yet)</li>
3045           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3046             PFAM</li>
3047           <li>URL Links created for matching database cross
3048             references as well as sequence ID</li>
3049           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3050         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3051         <ul>
3052           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3053             databases</li>
3054           <li>Generalised database reference retrieval and
3055             validation to all fetchable databases</li>
3056           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3057             sequence command</li>
3058         </ul> <em>Import and Export</em>
3059         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3060         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3061           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3062         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3063           File</li>
3064         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3065           triplet as name of colourscheme</li>
3066         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3067         <ul>
3068           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3069           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3070             alignments (experimental)</li>
3071           <li>Create new or select existing session to join</li>
3072           <li>load and save of vamsas documents</li>
3073         </ul> <em>Application command line</em>
3074         <ul>
3075           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3076             from applet)</li>
3077           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3078             of DAS servers to query for alignment features</li>
3079           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3080             that are also automatically queried for features</li>
3081           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3082             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3083         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3084         <ul>
3085           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3086             application (when using &quot;View in full
3087             application&quot;)</li>
3088         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3089         <ul>
3090           <li>feature group display control parameter</li>
3091           <li>debug parameter</li>
3092           <li>showbutton parameter</li>
3093         </ul> <em>Applet API methods</em>
3094         <ul>
3095           <li>newView public method</li>
3096           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3097           <li>Feature display control methods</li>
3098           <li>get list of currently selected sequences</li>
3099         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3100         <ul>
3101           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3102           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3103             Jalview release.</li>
3104           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3105             property controls execution of obfuscator</li>
3106           <li>Build target for generating source distribution</li>
3107           <li>Debug flag for javacc</li>
3108           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3109             jalview.bin.Cache</li>
3110           <li>Continuous Build Integration for stable and
3111             development version of Application, Applet and source
3112             distribution</li>
3113         </ul></td>
3114       <td>
3115         <ul>
3116           <li>selected region output includes visible annotations
3117             (for certain formats)</li>
3118           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3119             for editing</li>
3120           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3121           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3122           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3123           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3124             comments</li>
3125           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3126             filenames containing a ':'</li>
3127           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3128             global sequence features</li>
3129           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3130             references from alignment sequences goes to zero</li>
3131           <li>Close of tree branch colour box without colour
3132             selection causes cascading exceptions</li>
3133           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3134           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3135             file parsing fails.</li>
3136           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3137           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3138             not a valid output format</li>
3139           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3140             vamsas</li>
3141           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3142           <li>error messages passed up and output when data read
3143             fails</li>
3144           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3145             sequence is edited</li>
3146           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3147             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3148           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3149             filetype</li>
3150           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3151             import fixed for PFAM records</li>
3152           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3153             window list</li>
3154           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3155             can be read and written correctly to annotation file</li>
3156           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3157             correctly</li>
3158           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3159             non-italic font for representatives in Applet</li>
3160           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3161             Macs.</li>
3162           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3163             Applet)</li>
3164           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3165             due to null pointer exceptions</li>
3166           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3167             first column of alignment</li>
3168           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3169             July 2008</li>
3170           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3171             file is case-insensitive</li>
3172           <li>Sequence features read from Features file appended to
3173             all sequences with matching IDs</li>
3174           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3175             containing a sub-sequence</li>
3176           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3177           <li>feature and annotation file applet parameters
3178             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3179           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3180           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3181             splash-screen version check to complete</li>
3182           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3183             when passing them to the launchApp service</li>
3184           <li>display name and local features preserved in results
3185             retrieved from web service</li>
3186           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3187             sequence fetcher initialisation</li>
3188           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3189             dasobert DAS client</li>
3190           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3191             association</li>
3192           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3193             sequences
3194           </li>
3195         </ul>
3196       </td>
3197     </tr>
3198     <tr>
3199       <td>
3200         <div align="center">
3201           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3202         </div>
3203       </td>
3204       <td>
3205         <ul>
3206           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3207           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3208           <li>Slide sequences</li>
3209           <li>Edit sequence in place</li>
3210           <li>EMBL CDS features</li>
3211           <li>DAS Feature mapping</li>
3212           <li>Feature ordering</li>
3213           <li>Alignment Properties</li>
3214           <li>Annotation Scores</li>
3215           <li>Sort by scores</li>
3216           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3217         </ul>
3218       </td>
3219       <td>
3220         <ul>
3221           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3222           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3223           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3224           <li>Feature group display state in XML</li>
3225           <li>Feature ordering in XML</li>
3226           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3227           <li>Stockholm alignment properties</li>
3228           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3229           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3230           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3231           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234
3235     </tr>
3236     <tr>
3237       <td>
3238         <div align="center">
3239           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3240         </div>
3241       </td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>Non standard characters can be read and displayed
3245           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3246             applet via textbox
3247           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3248             name &amp; description
3249           <li>Preference setting to display sequence name in
3250             italics
3251           <li>Annotation file format extended to allow
3252             Sequence_groups to be defined
3253           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3254             specified in preferences
3255           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3256             sequences
3257         </ul>
3258       </td>
3259       <td>
3260         <ul>
3261           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3262             installed
3263           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3264           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td>
3270         <div align="center">
3271           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3272         </div>
3273       </td>
3274       <td>
3275         <ul>
3276           <li>Multiple views on alignment
3277           <li>Sequence feature editing
3278           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3279           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3280           <li>Background dependent text colour
3281           <li>Right align sequence ids
3282           <li>User-defined lower case residue colours
3283           <li>Format Menu
3284           <li>Select Menu
3285           <li>Menu item accelerator keys
3286           <li>Control-V pastes to current alignment
3287           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3288           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3289           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3290
3291           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3297           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3298             calculations
3299           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3300             edits
3301           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3302             of alignment)
3303           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3304
3305           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3306             display correctly
3307           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3308           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3309             analysis results
3310           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3311             &#8739;
3312           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3313           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3314           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3315
3316         </ul>
3317       </td>
3318     </tr>
3319     <tr>
3320       <td>
3321         <div align="center">
3322           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3323         </div>
3324       </td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3328         </ul>
3329       </td>
3330       <td>
3331         <ul>
3332           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3333             sequence id panel has been resized</li>
3334           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3335             rendered</li>
3336           <li>Annotation files with sequence references - all
3337             elements in file are relative to sequence position</li>
3338           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3339         </ul>
3340       </td>
3341     </tr>
3342     <tr>
3343       <td>
3344         <div align="center">
3345           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3346         </div>
3347       </td>
3348       <td>
3349         <ul>
3350           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3351           <li>DAS Feature fetching</li>
3352           <li>Hide sequences and columns</li>
3353           <li>Export Annotations and Features</li>
3354           <li>GFF file reading / writing</li>
3355           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3356             files</li>
3357           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3358           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3359           <li>Applet can launch the full application</li>
3360           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3361             required)</li>
3362           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3363           <li>Applet can load sequences from parameter
3364             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3365           </li>
3366         </ul>
3367       </td>
3368       <td>
3369         <ul>
3370           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3371           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3372           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375     </tr>
3376     <tr>
3377       <td>
3378         <div align="center">
3379           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3380         </div>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3385           <li>Choose to match case when searching</li>
3386           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3387             expand the visible width and height of the alignment</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390       <td>
3391         <ul>
3392           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395     </tr>
3396     <tr>
3397       <td>
3398         <div align="center">
3399           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3400         </div>
3401       </td>
3402       <td>&nbsp;</td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3406           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3407             value</li>
3408         </ul>
3409       </td>
3410     </tr>
3411     <tr>
3412       <td>
3413         <div align="center">
3414           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3415         </div>
3416       </td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3420           <li>Keyboard editing</li>
3421           <li>Create sequence features from searches</li>
3422           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3423             alignments</li>
3424           <li>Features file allows grouping of features</li>
3425           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3426           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3427           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3433           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3434             descriptions saved.</li>
3435         </ul>
3436       </td>
3437     </tr>
3438     <tr>
3439       <td>
3440         <div align="center">
3441           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3442         </div>
3443       </td>
3444       <td>
3445         <ul>
3446           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3447           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3448           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3449             name for file output</li>
3450           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3451           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3452             used for HTML form input</li>
3453         </ul>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>HTML output writes groups and features</li>
3458           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3459           <li>File IO bugs</li>
3460         </ul>
3461       </td>
3462     </tr>
3463     <tr>
3464       <td>
3465         <div align="center">
3466           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3467         </div>
3468       </td>
3469       <td>
3470         <ul>
3471           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3472           <li>More options for PCA viewer</li>
3473         </ul>
3474       </td>
3475       <td>
3476         <ul>
3477           <li>GUI bugs resolved</li>
3478           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481     </tr>
3482     <tr>
3483       <td height="63">
3484         <div align="center">
3485           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3486         </div>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3491           <li>Jar files are executable</li>
3492           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3493         </ul>
3494       </td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3498           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3499           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519     </tr>
3520     <tr>
3521       <td>
3522         <div align="center">
3523           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3524         </div>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3529             size</li>
3530         </ul>
3531       </td>
3532       <td>
3533         <ul>
3534           <li>Improved JPred client reliability</li>
3535           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3536         </ul>
3537       </td>
3538     </tr>
3539     <tr>
3540       <td>
3541         <div align="center">
3542           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3543         </div>
3544       </td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3548           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3549           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3550             to Colour Menu</li>
3551           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3552           <li>Unix users can set default web browser</li>
3553           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3554           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557       <td>
3558         <ul>
3559           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3560         </ul>
3561       </td>
3562     </tr>
3563     <tr>
3564       <td>
3565         <div align="center">
3566           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3567         </div>
3568       </td>
3569       <td>&nbsp;</td>
3570       <td>
3571         <ul>
3572           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3573             alignment order.</li>
3574         </ul>
3575       </td>
3576     </tr>
3577     <tr>
3578       <td>
3579         <div align="center">
3580           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3581         </div>
3582       </td>
3583       <td>
3584         <ul>
3585           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3586           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3587           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3588             annotations.</li>
3589           <li>Version and build date written to build properties
3590             file.</li>
3591           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3592             at launch of Jalview.</li>
3593         </ul>
3594       </td>
3595       <td>
3596         <ul>
3597           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3598           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3599           <li>Can remove groups one by one.</li>
3600           <li>Filechooser icons installed.</li>
3601           <li>Finder ignores return character when searching.
3602             Return key will initiate a search.<br>
3603           </li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608       <td>
3609         <div align="center">
3610           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3611         </div>
3612       </td>
3613       <td>
3614         <ul>
3615           <li>New codebase</li>
3616         </ul>
3617       </td>
3618       <td>&nbsp;</td>
3619     </tr>
3620   </table>
3621   <p>&nbsp;</p>
3622 </body>
3623 </html>