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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>23/1/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
  78               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
  79       <td><div align="left">
  80           <em>Desktop</em><ul>
  81             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  82             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  83             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  84             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
  85             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
  86             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
  87           </ul>
  88           </div>
  89       </td>
  90     </tr>
  91     <tr>
  92       <td width="60" nowrap>
  93         <div align="center">
  94           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
  95         </div>
  96       </td>
  97       <td><div align="left">
  98           <em></em>
  99           <ul>
 100             <li>
 101               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 102               rendering of sequence features
 103             </li>
 104             <li>
 105               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 106               429 rate limit request hander
 107             </li>
 108             <li>
 109               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 110               their colours have changed
 111             </li>
 112             <li>
 113               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 114               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 115             </li>
 116             <li>
 117               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 118               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 122               view from Ensembl locus cross-references
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 126               Alignment report
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 130               feature can be disabled
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 134               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 138               Uniprot
 139             </li>
 140           </ul>
 141           <em>Scripting</em>
 142           <ul>
 143             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 144             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 145               percent identity scores for current alignment.</li>
 146           </ul>
 147           <em>Testing and Deployment</em>
 148           <ul>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 151             </li>
 152           </ul>
 153         </div></td>
 154       <td><div align="left">
 155           <em>General</em>
 156           <ul>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 159               threshold text field doesn't trigger an update to the
 160               alignment view
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 164               strings in parallel
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 168               alignment window is closed
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 172               group visibility
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 176               takes a long time in Cursor mode
 177             </li>
 178           </ul>
 179           <em>Desktop</em>
 180           <ul>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 183               cannot be viewed in Chimera
 184             </li>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 187               CDS/Protein view
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 191               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 192               Search Dialogs
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 202               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 206               scrolling right in unwapped alignment view
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 210               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 211               database
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 215               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 219               features of same type and group to be selected for
 220               amending
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 224               alignments when hidden columns are present
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 228               displaying several structures
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 232               moving a window
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 236               within the Jalview desktop on OSX
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 240               when in wrapped alignment mode
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 244               hand end of alignment
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 248               each selected sequence do not have correct start/end
 249               positions
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 253               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 257               restoring project until a new view is created
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 261               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 262               configured (since 2.10.2b2)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 266               position is adjusted
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 270               in a multi-chain structure when viewing alignment
 271               involving more than one chain (since 2.10)
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 275               if new selection moves alignment window
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 279               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 283               that produces correctly annotated transcripts and products
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 287               doesn't update associated structure view
 288             </li>
 289           </ul>
 290           <em>Applet</em><br />
 291           <ul>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 294               closing alignment panel
 295             </li>
 296           </ul>
 297           <em>BioJSON</em><br />
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 301               non-positional features
 302             </li>
 303           </ul>
 304           <em>New Known Issues</em>
 305           <ul>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 308               sequence features correctly (for many previous versions of
 309               Jalview)
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 313               using cursor in wrapped panel other than top
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 317               graduated colour threshold
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 321               always preserve numbering and sequence features
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Known Java 9 Issues</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 328               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 329               9.01, OSX 10.10)
 330             </li>
 331           </ul>
 332         </div></td>
 333     </tr>
 334     <tr>
 335       <td width="60" nowrap>
 336         <div align="center">
 337           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 338             <em>2/10/2017</em></strong>
 339         </div>
 340       </td>
 341       <td><div align="left">
 342           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 343           <ul>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 346             </li>
 347             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 348             </li>
 349           </ul>
 350         </div></td>
 351       <td><div align="left">
 352         </div></td>
 353     </tr>
 354     <tr>
 355       <td width="60" nowrap>
 356         <div align="center">
 357           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 358             <em>7/9/2017</em></strong>
 359         </div>
 360       </td>
 361       <td><div align="left">
 362           <em></em>
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 366               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 367               white)
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 371               Preferences
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 375               in size and progress bar shown as higher resolution
 376               overview is recalculated
 377             </li>
 378
 379           </ul>
 380         </div></td>
 381       <td><div align="left">
 382           <em></em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 386               column region row by row
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 390               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 394               format setting is unticked
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 398               if group has show boxes format setting unticked
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 402               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 403               include sequences and columns not currently displayed
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 407               assemblies are imported via CIF file
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 411               displayed when threshold or conservation colouring is also
 412               enabled.
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 416               server version
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 420               dragging a selected region off the visible region of the
 421               alignment
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 425               colourscheme to all groups in a view
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 429               initially after font size change using the Font chooser or
 430               middle-mouse zoom
 431             </li>
 432           </ul>
 433         </div></td>
 434     </tr>
 435     <tr>
 436       <td width="60" nowrap>
 437         <div align="center">
 438           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 439         </div>
 440       </td>
 441       <td><div align="left">
 442           <em>Calculations</em>
 443           <ul>
 444
 445             <li>
 446               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 447               ungapped positions in each column of the alignment.
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 451               a calculation dialog box
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 455               and memory efficiency (~30x faster)
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 459               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 460               and other calculations
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 464               files within the Jalview codebase
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 468               Similarity may have different topology due to increased
 469               precision
 470             </li>
 471           </ul>
 472           <em>Rendering</em>
 473           <ul>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 476               model for alignments and groups
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 480               scripts
 481             </li>
 482           </ul>
 483           <em>Overview</em>
 484           <ul>
 485             <li>
 486               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 487               with alignment and overview windows
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 491               overview
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 495               omitted in Overview
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 499               adjustment of visible position
 500             </li>
 501           </ul>
 502
 503           <em>Data import/export</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 507               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 511               annotation input/output via stockholm flatfile
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 515               extension when importing structure files without embedded
 516               names or PDB accessions
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 520               format sequence substitution matrices
 521             </li>
 522           </ul>
 523           <em>User Interface</em>
 524           <ul>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 527               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 528               the application.
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 532               via Overview or sequence motif search operations
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 536               opened by double clicking gaps within sequence feature
 537               extent
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 541               aligned positions were available to create a 3D structure
 542               superposition.
 543             </li>
 544           </ul>
 545           <em>3D Structure</em>
 546           <ul>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 549               coloured in linked structure views
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 553               file-based command exchange
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 557               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 558               structures are already available for sequences
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 562               the Jalview project rather than downloaded again when the
 563               project is reopened.
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 567               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 568               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 569                 Feature</strong>)
 570             </li>
 571           </ul>
 572           <em>Web Services</em>
 573           <ul>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 579               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 580               Analysis services
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 584               cross-references provided by identifiers.org and the
 585               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 586             </li>
 587           </ul>
 588
 589           <em>Scripting</em>
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 593               identifying file formats (instead of String constants)
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 597               efficiency when counting all displayed features (not
 598               backwards compatible with 2.10.1)
 599             </li>
 600           </ul>
 601           <em>Example files</em>
 602           <ul>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 605               included in the example feature file
 606             </li>
 607           </ul>
 608           <em>Documentation</em>
 609           <ul>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 612               with the built-in Java help viewer
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 616               sequence description' option
 617             </li>
 618           </ul>
 619           <em>Test Suite</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 623               Uniprot REST Free Text Search Client
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 630               during tests
 631             </li>
 632           </ul>
 633         </div></td>
 634       <td><div align="left">
 635           <em>Calculations</em>
 636           <ul>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 639               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 640               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 641             </li>
 642             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 643               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 644               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 645               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 646               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 647               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 648               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 649               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 650               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 651               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 652               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 653               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 654               // for 2.10.1 mode <br />
 655               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 656               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 657                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 658                 calculations (not recommended)</em></li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 661               scaling of branch lengths for trees computed using
 662               Sequence Feature Similarity.
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 666               generating output report when working with highly
 667               redundant alignments
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 671               right of selected region when gaps present on right-hand
 672               boundary
 673             </li>
 674           </ul>
 675           <em>User Interface</em>
 676           <ul>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 679               doesn't reselect a specific sequence's associated
 680               annotation after it was used for colouring a view
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 684               opened on a region of alignment without groups
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 688               of an alignment with overlapping groups
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 692               name and description match
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 696               hidden regions results in incorrect hidden regions
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 700               changing colour does not apply Conservation slider value
 701               to all groups
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 705               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 709               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 713               gaps before start of features
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 717               restored to UI when feature colour is edited
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 721               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 725               as graduate feature colour settings are modified via the
 726               dialog box
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 730               when a group defined on the alignment is resized
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 734               wrapped view result in positional status updates
 735             </li>
 736
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 739               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 743               alignment included gapped columns
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 747               widgets don't permanently disappear
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 751               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 752               T-Coffee column reliability scores)
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 756               sequence feature on gaps only
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 760               button from a Find inherit previously defined feature type
 761               rather than the Find query string
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 765               exporting tree calculated in Jalview
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 769               and then revealing them reorders sequences on the
 770               alignment
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 774               doesn't update to reflect available set of groups after
 775               interactively adding or modifying features
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 779               Linux
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 783               only excluded gaps in current sequence and ignored
 784               selection.
 785             </li>
 786           </ul>
 787           <em>Rendering</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 791               erratically when hidden rows or columns are present
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 795               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 796               sequence colouring
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 800               colour and group colour menu for protein alignments
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 804               reflect currently selected view or group's shading
 805               thresholds
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 809               when rendered on overview and structures when opacity at
 810               100%
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 814               overview when features overlaid on alignment
 815             </li>
 816           </ul>
 817           <em>Data import/export</em>
 818           <ul>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 821               load
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 825               added after a sequence was imported are not written to
 826               Stockholm File
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 830               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 834               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 838               with lightGray or darkGray via features file (but can
 839               specify lightgray)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 843               when alignment view imported from project
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 847               structure and sequences extracted from structure files
 848               imported via URL and viewed in Jmol
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 852               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 853               the project is loaded and the structure viewed
 854             </li>
 855           </ul>
 856           <em>Web Services</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 860               release of Ensembl v.88
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 864               appear enabled in Preferences->Connections
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 868               removed from console output
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 872               Ensembl by Peptide ID
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 876               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 877               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 878               due to 'null' string rather than empty string used for
 879               residues with no corresponding PDB mapping).
 880             </li>
 881           </ul>
 882           <em>Application UI</em>
 883           <ul>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 886               menu
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 890               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 891               new documentation and tooltips added)
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 895               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 899               new features are added to alignment
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 903               changes to feature colours via the Amend features dialog
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 907               edit graduated feature colour via amend features dialog
 908               box
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 912               selection menu changes colours of alignment views
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 916               from alignment calculation workers after alignment has
 917               been closed
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 921               groups now 'Create Group'
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 925               Create/Undefine group doesn't always work
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 929               shown again after pressing 'Cancel'
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 933               adjusts start position in wrap mode
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 937               ambiguous amino acids
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 941               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 942               proteins
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 946               Defined' don't appear in Colours menu
 947             </li>
 948           </ul>
 949           <em>Applet</em>
 950           <ul>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 953               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 957               overview or linked structure view
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 961               work (since 2.8)
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 965               user-defined colourscheme doesn't restore original
 966               colourscheme
 967             </li>
 968           </ul>
 969           <em>Test Suite</em>
 970           <ul>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 973               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 977               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 978               problems with deep array comparison equality asserts in
 979               successive versions of TestNG
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 983               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 984             </li>
 985           </ul>
 986           <em>New Known Issues</em>
 987           <ul>
 988             <li>
 989               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 990               phase after a sequence motif find operation
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 994               containing just upper and lower case letters are
 995               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 999               reliably from eggnog Ortholog database
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1003               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1004               to mark columns containing highlighted regions.
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1008               doesn't always add secondary structure annotation.
1009             </li>
1010           </ul>
1011         </div>
1012     <tr>
1013       <td width="60" nowrap>
1014         <div align="center">
1015           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1016         </div>
1017       </td>
1018       <td><div align="left">
1019           <em>General</em>
1020           <ul>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1023               for all consensus calculations
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1027               3rd Oct 2016)
1028             </li>
1029             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1030               for 2016-2017</li>
1031           </ul>
1032           <em>Application</em>
1033           <ul>
1034             <li>
1035               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1036               set of database cross-references, sorted alphabetically
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1040               from database cross references. Users with custom links
1041               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1042                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1046               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1047               Chimera session
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1051               the Chimera it is connected to is shut down
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1055               columns menu item to mark columns containing highlighted
1056               regions (e.g. from structure selections or results of a
1057               Find operation)
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1061               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1062               MSAviewer
1063             </li>
1064           </ul>
1065         </div></td>
1066       <td>
1067         <div align="left">
1068           <em>General</em>
1069           <ul>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1072               are not coloured or thresholded according to percent
1073               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1077               hydrophobic
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1081               threshold, amino acid properties)
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1085               reported as mapped to residues in a structure file in the
1086               View Mapping report
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1090               could be added multiple times to a sequence
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1094               bond features shown as two highlighted residues rather
1095               than a range in linked structure views, and treated
1096               correctly when selecting and computing trees from features
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1100               cross-references are matched to database name regardless
1101               of case
1102             </li>
1103
1104           </ul>
1105           <em>Application</em>
1106           <ul>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1109               names without regular expressions also offer links from
1110               Sequence ID
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1114               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1115               update Jalview configuration
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1119               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1120             </li>
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1123               files with similarly named sequences if dropped onto the
1124               alignment
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1128               entries where more chains exist in the PDB accession than
1129               are reported in the SIFTS file
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1133               the structure view when displayed with Chimera
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1137               panel's View->Show Chains submenu
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1141               work for wrapped alignment views
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1145               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1149               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1150               first annotation row
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1154               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1158               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1159             </li>
1160             <!-- JAL-2319 -->
1161             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1162             coordindate data
1163             </li>
1164           </ul>
1165           <!--           <em>New Known Issues</em>
1166           <ul>
1167             <li></li>
1168           </ul> -->
1169         </div>
1170       </td>
1171     </tr>
1172     <td width="60" nowrap>
1173       <div align="center">
1174         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1175           <em>25/10/2016</em></strong>
1176       </div>
1177     </td>
1178     <td><em>Application</em>
1179       <ul>
1180         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1181           view if structures already loaded</li>
1182         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1183           structure views</li>
1184       </ul></td>
1185     <td>
1186       <div align="left">
1187         <em>General</em>
1188         <ul>
1189           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1190             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1191           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1192             example sequences/projects/trees</li>
1193         </ul>
1194         <em>Application</em>
1195         <ul>
1196           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1197             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1198           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1199             without timeout for structures with multiple models or
1200             multiple sequences in alignment</li>
1201           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1202             PDB ID HEADER line</li>
1203           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1204             is performed</li>
1205           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1206             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1207           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1208           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1209             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1210             option</li>
1211           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1212             is created on the alignment</li>
1213           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1214             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1215             pop-up menu</li>
1216         </ul>
1217         <em>Build and deployment</em>
1218         <ul>
1219           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1220             tags</li>
1221         </ul>
1222         <em>New Known Issues</em>
1223         <ul>
1224           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1225             on Windows</li>
1226         </ul>
1227       </div>
1228     </td>
1229     </tr>
1230     <tr>
1231       <td width="60" nowrap>
1232         <div align="center">
1233           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1234         </div>
1235       </td>
1236       <td><em>General</em>
1237         <ul>
1238           <li>
1239             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1240           </li>
1241           <li>
1242             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1243             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1244             better PDB parsing.
1245           </li>
1246           <li>
1247             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1248             reference sequence
1249           </li>
1250           <li>
1251             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1252             mousing over sequence associated annotation
1253           </li>
1254           <li>
1255             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1256             for manual entry
1257           </li>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1260             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1261             for each column
1262           </li>
1263           <li>
1264             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1265             showing or hiding columns containing a feature
1266           </li>
1267           <li>
1268             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1269             group and sequence associated annotation labels
1270           </li>
1271           <li>
1272             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1273             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1274             dialogs
1275           </li>
1276
1277         </ul> <em>Application</em>
1278         <ul>
1279           <li>
1280             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1281             gene/transcript view
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1285             dialog
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1289             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1293             Pfam sources to xfam.org
1294           </li>
1295           <li>
1296             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1300             over sequences in Jalview
1301           </li>
1302           <li>
1303             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1304             regions in ENA and EMBL
1305           </li>
1306           <li>
1307             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1308             for record retrieval via ENA rest API
1309           </li>
1310           <li>
1311             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1312             complement operator
1313           </li>
1314           <li>
1315             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1316             groovy script execution
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1320             alignment window's Calculate menu
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1324             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1328             calculation workers from groovy scripts
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1332             Jalview projects
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1336             associations are now saved/restored from project
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1340             before sequence fetcher is opened
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1344             database chooser opens a sequence fetcher
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1348             the UniProt REST API
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1352             the news reader opening
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1356             querying stored in preferences
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1360             search results
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1367             menu for nucleotide sequences
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1371             and feature counts preserves alignment ordering (and
1372             debugged for complex feature sets).
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1376             viewing structures with Jalview 2.10
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1380             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1381             Ensembl Genomes REST API
1382           </li>
1383           <li>
1384             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1385             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1386             (Ensembl)
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1390             sequences
1391           </li>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1394             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1395             data from external database records.
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1399             efficient recovery of sequence coding and alignment
1400             annotation relationships.
1401           </li>
1402         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1403         <ul>
1404           <li>
1405             -- JAL---
1406           </li>
1407         </ul> --></td>
1408       <td>
1409         <div align="left">
1410           <em>General</em>
1411           <ul>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1414               menu on OSX
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1418               includes graduated colourschemes
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1422               working with big alignments and lots of hidden columns
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1426               at right of alignment window
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1430               contents
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1434               for DNA alignments
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1438               based tree calculation
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1442               unconserved enabled for group on alignment
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1446               set as reference
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1450               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1451               annotation
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1455               hidden columns present
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1459               user created annotation added to alignment
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1463               '()' base pair annotation
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1467               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1468               Consensus
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1472               feature not working
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1476               beginning of sequence
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1480               entry 3a6s
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1484               from a tree when t-coffee scores are shown
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1488               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1492               some structures
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1496               to Clustal, PIR and PileUp output
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1500               not visible causes alignment window to repaint
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1504               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1505               scores associated with features and annotation rows
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1509               calculation should be case independent
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1513               columns
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1517               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1518               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1522               problems when reference sequence defined and 'show
1523               non-conserved' enabled
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1527               load even when Consensus calculation is disabled
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1531               alignment does nothing
1532             </li>
1533           </ul>
1534           <em>Application</em>
1535           <ul>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1538               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1539               yet fixed for El Capitan)
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1543               output when running on non-gb/us i18n platforms
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1547               hidden sequences as flat-file alignment
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1551               launching Chimera
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1555               (also hotfix for 2.9.0b2)
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1559               reference sequence defined
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1563               alignments and views when revealing hidden columns
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1567               view in a cDNA/Protein splitframe
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1571               sequence from project when only one sequence is
1572               represented
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1576               in Structure Chooser
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1580               structure consensus didn't refresh annotation panel
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1584               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1588               dialogs format columns correctly, don't display array
1589               data, sort columns according to type
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1593               file chooser is cancelled during an image export
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1597               sequence name containing special characters
1598             </li>
1599             <li>
1600               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1601               case insensitive
1602             </li>
1603             <li>
1604               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1605               formatting don't wrap
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1609               truncated so L looks like I in consensus annotation
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1613               currently displayed features for the current selection or
1614               view
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1618               after fetching cross-references, and restoring from
1619               project
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1623               followed in the structure viewer
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1627               splitframe not restored from project
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1631               trailing end of protein alignment in transcript/product
1632               splitview when pad-gaps not enabled by default
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1636               is case dependent
1637             </li>
1638             <li>
1639               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1640               article has been read (reopened issue due to
1641               internationalisation problems)
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1645               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1646               cross-references
1647             </li>
1648
1649             <li>
1650               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1651               alignment as HTML
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1655               multiple structures are shown for one or more sequences.
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1659               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1660               is enabled.
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1664               specific PDB id for sequence
1665             </li>
1666             <li>
1667               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1668               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1669               columns' is disabled.
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1673               selects lowest rather than highest resolution structures
1674               for each sequence
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1678               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1679             </li>
1680             <li>
1681               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1682               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1683             </li>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1686               after clicking on it to create new annotation for a
1687               column.
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1691               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1692             </li>
1693             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1694             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1695           </ul>
1696           <em>Applet</em>
1697           <ul>
1698             <li>
1699               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1700               hidden columns present before start of sequence
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1704               (JSON jars)
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1708               sequences are hidden in applet
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1712               deployment on examples pages.
1713             </li>
1714           </ul>
1715         </div>
1716       </td>
1717     </tr>
1718     <tr>
1719       <td width="60" nowrap>
1720         <div align="center">
1721           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1722             <em>16/10/2015</em></strong>
1723         </div>
1724       </td>
1725       <td><em>General</em>
1726         <ul>
1727           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1728             jars</li>
1729         </ul></td>
1730       <td>
1731         <div align="left">
1732           <em>Application</em>
1733           <ul>
1734             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1735               shown when tree is partitioned</li>
1736             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1737               multiple cDNA/Protein split views</li>
1738           </ul>
1739         </div>
1740       </td>
1741     </tr>
1742     <tr>
1743       <td width="60" nowrap>
1744         <div align="center">
1745           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1746             <em>8/10/2015</em></strong>
1747         </div>
1748       </td>
1749       <td><em>General</em>
1750         <ul>
1751           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1752             2.9</li>
1753         </ul> <em>Application</em>
1754         <ul>
1755           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1756           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1757           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1758         </ul> <em>Applet</em>
1759         <ul>
1760           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1761         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1762         <ul>
1763           <li>
1764             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1765             suite
1766           </li>
1767         </ul></td>
1768       <td>
1769         <div align="left">
1770           <em>General</em>
1771           <ul>
1772             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1773               incorrect when sequence start > 1</li>
1774             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1775               documentation</li>
1776             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1777             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1778               loading a features file containing HTML tags in feature
1779               description</li>
1780
1781           </ul>
1782           <em>Application</em>
1783           <ul>
1784             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1785               reimport</li>
1786             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1787               with 'trim retrieved sequences'</li>
1788             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1789               deleting selected columns</li>
1790             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1791               JNLP templates for webstart launch</li>
1792             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1793               unreleased structures for download or viewing</li>
1794             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1795               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1796             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1797               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1798             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1799               recovered from jalview project</li>
1800             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1801               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1802               alignment view</li>
1803             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1804               color schemes from BioJSON</li>
1805           </ul>
1806           <em>Applet</em>
1807           <ul>
1808             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1809               frame</li>
1810             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1811           </ul>
1812         </div>
1813       </td>
1814     </tr>
1815     <tr>
1816       <td><div align="center">
1817           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1818         </div></td>
1819       <td><em>General</em>
1820         <ul>
1821           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1822             alignments:
1823             <ul>
1824               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1825                 and DNA alignment views</li>
1826               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1827                 cDNA alignment views</li>
1828               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1829                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1830               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1831                 protein sequences</li>
1832             </ul>
1833           </li>
1834           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1835           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1836             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1837           <li>New alignment annotation file statements for
1838             reference sequences and marking hidden columns</li>
1839           <li>Reference sequence based alignment shading to
1840             highlight variation</li>
1841           <li>Select or hide columns according to alignment
1842             annotation</li>
1843           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1844           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1845             acid conservation row</li>
1846           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1847         </ul> <em>Application</em>
1848         <ul>
1849           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1850             <ul>
1851               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1852                 view with cDNA/Protein</li>
1853               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1854                 sequences are placed in the same alignment</li>
1855               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1856                 projects</li>
1857             </ul>
1858           </li>
1859
1860           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1861           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1862             Jalview windows</li>
1863
1864           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1865           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1866           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1867             be shown in VARNA</li>
1868
1869           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1870             as the active selected region</li>
1871
1872           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1873             similarity</li>
1874           <li>New Export options
1875             <ul>
1876               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1877                 region export in flat file generation</li>
1878
1879               <li>Export alignment views for display with the <a
1880                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1881
1882               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1883               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1884                 alignment figures to HTML</li>
1885           </li>
1886           <li>3D structure retrieval and display
1887             <ul>
1888               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1889                 Search API</li>
1890               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1891                 PDB structures for a sequence set</li>
1892             </ul>
1893           </li>
1894
1895           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1896             predictions</li>
1897           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1898             for one or a group of sequences</li>
1899           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1900             from the JPred4 web server</li>
1901           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1902             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1903             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1904           </li>
1905           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1906             VARNA 2D Structure'</li>
1907           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1908             Structure ..."</li>
1909
1910         </ul> <em>Applet</em>
1911         <ul>
1912           <li>New layout for applet example pages</li>
1913           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1914             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1915           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1916             Protein alignments</li>
1917         </ul> <em>Development and deployment</em>
1918         <ul>
1919           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1920           <li>Include installation type and git revision in build
1921             properties and console log output</li>
1922           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1923             storing BioJsMSA Templates</li>
1924           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1925         </ul></td>
1926       <td>
1927         <!-- <em>General</em>
1928         <ul>
1929         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1930         <ul>
1931           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1932           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1933           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1934             predictions are not highlighted in amber</li>
1935           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1936             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1937           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1938             associated structure views</li>
1939           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1940             width checkbox not enabled</li>
1941           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1942             creating user defined colours</li>
1943           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1944             mappings for just that viewer's sequences</li>
1945           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1946             multiple models in Chimera</li>
1947           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1948             over Jmol structure</li>
1949           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1950             output to text box</li>
1951           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1952             have incorrect sequence start/end</li>
1953           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1954             Jalview fails</li>
1955           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1956             work for nucleotide</li>
1957           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1958             to a grey/invisible alignment window</li>
1959           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1960             imports to different position</li>
1961           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1962             on some platforms</li>
1963           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1964             populated</li>
1965           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1966             console if Chimera has been opened</li>
1967           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1968           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1969             retrieved</li>
1970           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1971           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1972             either sequence shows on first structure</li>
1973           <li>'Show annotations' options should not make
1974             non-positional annotations visible</li>
1975           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1976             in right place after 'view flanking regions'</li>
1977           <li>File Save As type unset when current file format is
1978             unknown</li>
1979           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1980             projects</li>
1981           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1982             responsive</li>
1983           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1984             several views on same alignment</li>
1985           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1986           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1987             spaces</li>
1988         </ul> <em>Applet</em>
1989         <ul>
1990           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1991           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1992             descriptions containing angle brackets</li>
1993         </ul> <em>General</em>
1994         <ul>
1995           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1996             via jalview annotation file</li>
1997           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1998             with RNA secondary structure</li>
1999           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2000             translation doesn't work.</li>
2001           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2002           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2003             positions</li>
2004           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2005             choosing 1pt font</li>
2006           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2007             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2008             'h'</li>
2009           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2010             new feature</li>
2011           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2012             order dependent</li>
2013           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2014             sequences</li>
2015           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2016         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2017         <ul>
2018           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2019             www.jalview.org</li>
2020         </ul> <em>Application Known issues</em>
2021         <ul>
2022           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2023           <li>Misleading message appears after trying to delete
2024             solid column.</li>
2025           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2026             version launches</li>
2027           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2028             fails with a sequence mismatch</li>
2029           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2030             scrolling alignment to right</li>
2031           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2032             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2033           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2034             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2035           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2036             ultra-high resolution</li>
2037           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2038             quality and conservation</li>
2039           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2040             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2041         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2042         <ul>
2043           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2044           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2045             window is being resized</li>
2046
2047         </ul>
2048       </td>
2049     </tr>
2050     <tr>
2051       <td><div align="center">
2052           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2053         </div></td>
2054       <td><em>General</em>
2055         <ul>
2056           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2057             Certum.PL.</li>
2058           <li>Features and annotation preserved when performing
2059             pairwise alignment</li>
2060           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2061             imported/exported/displayed</li>
2062           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2063             protein secondary structure</li>
2064           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2065               post-hoc with 2.9 release</em>)
2066           </li>
2067
2068         </ul> <em>Application</em>
2069         <ul>
2070           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2071             with 3D structures</li>
2072           <li>Support for parsing RNAML</li>
2073           <li>Annotations menu for layout
2074             <ul>
2075               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2076               <li>place sequence annotation above/below alignment
2077                 annotation</li>
2078             </ul>
2079           <li>Output in Stockholm format</li>
2080           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2081             translation</li>
2082           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2083           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2084             shared between alignments</li>
2085           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2086             Jalview</li>
2087           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2088             all or current selection</li>
2089           <li>disorder and secondary structure predictions
2090             available as dataset annotation</li>
2091           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2092
2093
2094           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2095             alignments from Rfam</li>
2096           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2097
2098           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2099             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2100           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2101           <li>include installation type in build properties and
2102             console log output</li>
2103           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2104             annotation</li>
2105         </ul></td>
2106       <td>
2107         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2108         <ul>
2109           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2110             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2111           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2112             alignment</li>
2113           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2114           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2115           <li>Double click on sequence associated annotation
2116             selects only first column</li>
2117           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2118             leaves shown in tree</li>
2119           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2120             properly</li>
2121           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2122           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2123             screen and buttons not visible</li>
2124           <li>author list isn't updated if already written to
2125             Jalview properties</li>
2126           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2127             from database</li>
2128           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2129           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2130             browser search window</li>
2131           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2132             in feature settings dialog</li>
2133           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2134             desktop</li>
2135           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2136             pass validation</li>
2137           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2138             fit on screen</li>
2139           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2140             tooltip</li>
2141           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2142             defined user preset</li>
2143           <li>MSA web services warns user if they were launched
2144             with invalid input</li>
2145           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2146             Java 8</li>
2147           <li>
2148             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2149             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2150             created
2151           </li>
2152
2153         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2154         <ul>
2155         </ul> <em>General</em>
2156         <ul>
2157         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2158         <ul>
2159           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2160             memory allocation</li>
2161           <li>launchApp service doesn't automatically open
2162             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2163           <li>
2164             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2165             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2166             1.7_055 is available
2167           </li>
2168         </ul> <em>Application Known issues</em>
2169         <ul>
2170           <li>
2171             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2172             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2173             alignment to right
2174           </li>
2175           <li>
2176             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2177             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2178             with large number of ID
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2182             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2183             start/end
2184           </li>
2185           <li>
2186             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2187             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2188             structure tracks are rearranged
2189           </li>
2190           <li>
2191             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2192             invalid rna structure positional highlighting does not
2193             highlight position of invalid base pairs
2194           </li>
2195           <li>
2196             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2197             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2198             project from alignment window file menu
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2202             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2203             structures
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2207             colour by RNA Helices not enabled when user created
2208             annotation added to alignment
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2212             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2213           </li>
2214         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2215         <ul>
2216           <li>
2217             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2218             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2219           </li>
2220           <li>
2221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2222             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2223           </li>
2224
2225           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2226             when selected</li>
2227         </ul>
2228       </td>
2229     </tr>
2230     <tr>
2231       <td><div align="center">
2232           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2233         </div></td>
2234       <td>
2235         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2236         <em>General</em>
2237         <ul>
2238           <li>Internationalisation of user interface (usually
2239             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2240           <li>Define/Undefine group on current selection with
2241             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2242           <li>Improved group creation/removal options in
2243             alignment/sequence Popup menu</li>
2244           <li>Sensible precision for symbol distribution
2245             percentages shown in logo tooltip.</li>
2246           <li>Annotation panel height set according to amount of
2247             annotation when alignment first opened</li>
2248         </ul> <em>Application</em>
2249         <ul>
2250           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2251             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2252           <li>Select columns containing particular features from
2253             Feature Settings dialog</li>
2254           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2255             sequences</li>
2256           <li>Update Jalview project format:
2257             <ul>
2258               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2259               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2260                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2261               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2262                 colouring</li>
2263             </ul>
2264           </li>
2265           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2266             (PAM250)</li>
2267           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2268             flanking regions for an alignment</li>
2269         </ul>
2270       </td>
2271       <td>
2272         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2273         <ul>
2274           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2275             running after job is cancelled</li>
2276           <li>cannot export features from alignments imported from
2277             Jalview/VAMSAS projects</li>
2278           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2279             float values</li>
2280           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2281             have 'display all symbols' flag set</li>
2282           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2283             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2284           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2285             Jalview</li>
2286           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2287             Lion/Webstart</li>
2288           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2289           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2290           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2291             alignment onto desktop</li>
2292           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2293             'extract scores' function</li>
2294           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2295             alignment window</li>
2296           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2297             performing IUPred disorder prediction</li>
2298           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2299             changing 'normalise logo' display setting</li>
2300           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2301             nothing matches query</li>
2302           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2303             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2304           </li>
2305           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2306             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2307           </li>
2308           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2309             Jalview's menu</li>
2310           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2311             'invalid literal/length code'</li>
2312           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2313             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2314           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2315             colourscheme</li>
2316
2317         </ul> <em>Applet</em>
2318         <ul>
2319           <li>Remove group option is shown even when selection is
2320             not a group</li>
2321           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2322             don't affect groups</li>
2323           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2324             colourscheme name</li>
2325           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2326             Annotation panel is not displayed</li>
2327           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2328             embedded windows</li>
2329         </ul> <em>Other</em>
2330         <ul>
2331           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2332             single sequence were not calculated</li>
2333           <li>annotation files that contain only groups imported as
2334             annotation and junk sequences</li>
2335           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2336             recognised as PFAM or BLC</li>
2337           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2338             doesn't affect background (2.8.0b1)
2339           <li></li>
2340           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2341           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2342             trailing gaps</li>
2343           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2344             registered correctly on import</li>
2345           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2346             certain alignments</li>
2347           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2348             existing annotation based 'use original colours'
2349             colourscheme loses original colours setting</li>
2350         </ul>
2351       </td>
2352     </tr>
2353     <tr>
2354       <td><div align="center">
2355           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2356             <em>30/1/2014</em></strong>
2357         </div></td>
2358       <td>
2359         <ul>
2360           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2361             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2362             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2363             open source project).
2364           </li>
2365           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2366           <li>Output in Stockholm format</li>
2367           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2368           <li>Export/import group and sequence associated line
2369             graph thresholds</li>
2370           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2371             ambiguity codes</li>
2372           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2373             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2374             works</li>
2375           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2376         </ul> <em>Other improvements</em>
2377         <ul>
2378           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2379           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2380             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2381           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2382             files</li>
2383           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2384           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2385             link but no description</li>
2386           <li>Select primary source when selecting authority in
2387             database fetcher GUI</li>
2388           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2389             Jalview</li>
2390           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2391         </ul>
2392       </td>
2393       <td>
2394         <ul>
2395           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2396             displayed</li>
2397           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2398             secondary structure annotation line</li>
2399           <li>Sequence database accessions not imported when
2400             fetching alignments from Rfam</li>
2401           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2402             identical IDs</li>
2403           <li>View all structures does not always superpose
2404             structures</li>
2405           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2406             reflect user or preset settings</li>
2407           <li>Null pointer exceptions for some services without
2408             presets or adjustable parameters</li>
2409           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2410             discover PDB xRefs</li>
2411           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2412             features with DAS</li>
2413           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2414             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2415           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2416             residue follows a gap</li>
2417           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2418             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2419           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2420             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2421           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2422             annotation already exists on alignment</li>
2423           <li>oninit javascript function should be called after
2424             initialisation completes</li>
2425           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2426             alignment window display</li>
2427           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2428           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2429             to annotation file</li>
2430           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2431             groups created</li>
2432           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2433             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2434           <li>Pressing return several times causes Number Format
2435             exceptions in keyboard mode</li>
2436           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2437             correct partitions for input data</li>
2438           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2439           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2440           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2441           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2442             mode</li>
2443           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2444             changes one row&#39;s threshold</li>
2445           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2446             doesn&#39;t open</li>
2447           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2448             quality histograms</li>
2449         </ul>
2450       </td>
2451     </tr>
2452     <tr>
2453       <td><div align="center">
2454           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2455         </div></td>
2456       <td><em>Application</em>
2457         <ul>
2458           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2459             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2460           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2461             preferences</li>
2462           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2463             in Jalview alignment window</li>
2464           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2465             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2466           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2467             RNA and ambiguity codes</li>
2468
2469           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2470           <li>Support fetching and database reference look up
2471             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2472             refs')</li>
2473           <li>Jalview project improvements
2474             <ul>
2475               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2476                 flag for annotation</li>
2477               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2478                 alignment</li>
2479               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2480                 Jalview project</li>
2481
2482             </ul>
2483           </li>
2484           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2485           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2486             running</li>
2487           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2488           <li>visual indication that web service results are still
2489             being retrieved from server</li>
2490           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2491             starts up for first time</li>
2492           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2493             services</li>
2494           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2495             client library</li>
2496           <li>Examples directory and Groovy library included in
2497             InstallAnywhere distribution</li>
2498         </ul> <em>Applet</em>
2499         <ul>
2500           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2501             visualization applet example</li>
2502         </ul> <em>General</em>
2503         <ul>
2504           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2505           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2506             defaults</li>
2507           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2508             calculation</li>
2509           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2510             matrices
2511           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2512             in HTML</li>
2513           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2514             structure contacts</li>
2515           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2516           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2517           <li>Parse sequence associated secondary structure
2518             information in Stockholm files</li>
2519           <li>HTML Export database accessions and annotation
2520             information presented in tooltip for sequences</li>
2521           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2522             style RNA alignment files</li>
2523           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2524             alignment</li>
2525           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2526             shade each sequence according to its associated alignment
2527             annotation</li>
2528           <li>New Jalview Logo</li>
2529         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2530         <ul>
2531           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2532           <li>New Website!</li>
2533         </ul></td>
2534       <td><em>Application</em>
2535         <ul>
2536           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2537             wsdbfetch REST service</li>
2538           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2539           <li>Filetype associations not installed for webstart
2540             launch</li>
2541           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2542             job execution in full once it is complete</li>
2543           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2544             uploaded via ali_file parameter</li>
2545           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2546           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2547           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2548             submitted for prediction</li>
2549           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2550             desktop window</li>
2551           <li>Putting fractional value into integer text box in
2552             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2553           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2554             windows 7</li>
2555           <li>View all structures fails with exception shown in
2556             structure view</li>
2557           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2558             escaped in a platform independent way</li>
2559           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2560             using proxy</li>
2561           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2562             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2563           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2564             failure when java web start temporary file caching is
2565             disabled</li>
2566           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2567             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2568           <li>Errors during processing of command line arguments
2569             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2570           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2571             DAS sources in sequence fetcher</li>
2572           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2573             dialog is shown</li>
2574           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2575           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2576           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2577           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2578             on OSX Mountain Lion</li>
2579           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2580             sequences with alignment annotation are pasted into the
2581             alignment</li>
2582           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2583             when loaded from Jalview project</li>
2584           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2585           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2586             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2587           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2588             associated with all views</li>
2589           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2590             annotation rows to new window</li>
2591         </ul> <em>Applet</em>
2592         <ul>
2593           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2594             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2595           <li>loading features via javascript API automatically
2596             enables feature display</li>
2597           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2598             work</li>
2599         </ul> <em>General</em>
2600         <ul>
2601           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2602           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2603             and then deselected</li>
2604           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2605           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2606             coloured with clustalx</li>
2607           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2608             exceptions and redraw errors</li>
2609           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2610             reconfigured view</li>
2611           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2612             colour</li>
2613           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2614             for lots of labels</li>
2615         </ul>
2616     </tr>
2617     <tr>
2618       <td>
2619         <div align="center">
2620           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2621         </div>
2622       </td>
2623       <td><em>Application</em>
2624         <ul>
2625           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2626           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2627           <li>View/alignment association menu to enable user to
2628             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2629             its colours/correspondences from</li>
2630           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2631           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2632             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2633           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2634           <li>Annotation row column label formatting attributes
2635             stored in project file</li>
2636           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2637             rows preserved in Jalview project file</li>
2638           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2639             saved using Desktop window menu</li>
2640           <li>Visual indication that command line arguments are
2641             still being processed</li>
2642           <li>Groovy script execution from URL</li>
2643           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2644             preferences</li>
2645           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2646             alignment with sequences that have high similarity and
2647             matching IDs</li>
2648           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2649           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2650             structures in same window</li>
2651           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2652           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2653             analysis function in its own submenu</li>
2654         </ul> <em>Applet</em>
2655         <ul>
2656           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2657             groups</li>
2658           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2659           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2660           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2661           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2662           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2663             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2664           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2665           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2666             parameters are treated as such</li>
2667           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2668             <ul>
2669               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2670               <li>Javascript callbacks for
2671                 <ul>
2672                   <li>Applet initialisation</li>
2673                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2674                 </ul>
2675               </li>
2676               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2677                 functions</li>
2678               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2679               <li>javascript structure viewer harness to pass
2680                 messages between Jmol and Jalview when running as
2681                 distinct applets</li>
2682               <li>sortBy method</li>
2683               <li>Set of applet and application examples shipped
2684                 with documentation</li>
2685               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2686                 javascript message exchange</li>
2687             </ul>
2688         </ul> <em>General</em>
2689         <ul>
2690           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2691             multiple alignments</li>
2692           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2693           <li>User configurable link to enable redirects to a
2694             www.Jalview.org mirror</li>
2695           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2696           <li>Configurable newline string when writing alignment
2697             and other flat files</li>
2698           <li>Allow alignment annotation description lines to
2699             contain html tags</li>
2700         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2701         <ul>
2702           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2703             examples</li>
2704           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2705             using a web service before displaying the result in the
2706             Jalview desktop</li>
2707           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2708           <li>Ant target to publish example html files with applet
2709             archive</li>
2710           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2711           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2712         </ul></td>
2713       <td><em>Application</em>
2714         <ul>
2715           <li>User defined colourscheme throws exception when
2716             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2717           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2718             dialog for valid filename/format</li>
2719           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2720           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2721             P37173</li>
2722           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2723             which sequence is to be associated with the file</li>
2724           <li>Find All raises null pointer exception when query
2725             only matches sequence IDs</li>
2726           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2727           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2728             2.4 cannot be loaded</li>
2729           <li>Filetype associations not installed for webstart
2730             launch</li>
2731           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2732             with sequences in different alignments do not get coloured
2733             by their associated sequence</li>
2734           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2735             not preserved when project is loaded</li>
2736           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2737             stored in Jalview project</li>
2738           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2739             Jalview project</li>
2740           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2741           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2742             by conservation</li>
2743           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2744             created on new view</li>
2745           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2746             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2747           <li>Alignment quality not updated after alignment
2748             annotation row is hidden then shown</li>
2749           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2750             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2751           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2752             properly</li>
2753           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2754             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2755           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2756           <li>Structures imported from file and saved in project
2757             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2758           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2759             job execution in full once it is complete</li>
2760         </ul> <em>Applet</em>
2761         <ul>
2762           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2763             annotation rows are displayed</li>
2764           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2765             codebase</li>
2766           <li>View follows highlighting does not work for positions
2767             in sequences</li>
2768           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2769           <li>Export features raises exception when no features
2770             exist</li>
2771           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2772             for javascript api is modified when separator string
2773             provided as parameter</li>
2774           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2775             alignment with no existing selection</li>
2776           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2777             to applet&#39;s codebase</li>
2778           <li>Status bar not updated after finished searching and
2779             search wraps around to first result</li>
2780           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2781             several Jalview applets causes race conditions and memory
2782             leaks</li>
2783           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2784             not sent from Jmol in applet</li>
2785           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2786             applet API fatally hang browser</li>
2787         </ul> <em>General</em>
2788         <ul>
2789           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2790             position with wrapped view and hidden regions</li>
2791           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2792             with/without hidden columns</li>
2793           <li>Sequence length given in alignment properties window
2794             is off by 1</li>
2795           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2796             import PDB like structure files</li>
2797           <li>Positional search results are only highlighted
2798             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2799           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2800           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2801             given sequence position</li>
2802           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2803             output</li>
2804           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2805             from nucleotide chains correctly</li>
2806           <li>Structure colours not updated when tree partition
2807             changed in alignment</li>
2808           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2809             parsed in interleaved stockholm</li>
2810           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2811             state</li>
2812           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2813             properly</li>
2814           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2815             properly associated with their pdb files</li>
2816         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2817         <ul>
2818           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2819             ApplyCopyright tool</li>
2820         </ul></td>
2821     </tr>
2822     <tr>
2823       <td>
2824         <div align="center">
2825           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2826         </div>
2827       </td>
2828       <td><em>Application</em>
2829         <ul>
2830           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2831             contact web services</li>
2832           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2833             service job window</li>
2834           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2835         </ul></td>
2836       <td>
2837         <ul>
2838           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2839             pir file emitted by Jalview</li>
2840           <li>Existing feature settings transferred to new
2841             alignment view created from cut'n'paste</li>
2842           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2843             parsing PDB files</li>
2844           <li>Consensus and conservation annotation rows
2845             occasionally become blank for all new windows</li>
2846           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2847             in wrapped view mode</li>
2848         </ul> <em>Application</em>
2849         <ul>
2850           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2851             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2852           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2853             parameter names</li>
2854           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2855             is down</li>
2856         </ul>
2857       </td>
2858     </tr>
2859     <tr>
2860       <td>
2861         <div align="center">
2862           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2863         </div>
2864       </td>
2865       <td><em>Application</em>
2866         <ul>
2867           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2868             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2869             (JABAWS)
2870           </li>
2871           <li>Web Services preference tab</li>
2872           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2873             preferences</li>
2874           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2875           <li>Superpose structures using associated sequence
2876             alignment</li>
2877           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2878             viewer</li>
2879         </ul> <em>Applet</em>
2880         <ul>
2881           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2882             link out mechanism</li>
2883         </ul> <em>Other</em>
2884         <ul>
2885           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2886             series 12</li>
2887           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2888             require Java 1.5</li>
2889           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2890             sequence annotation files</li>
2891           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2892             type colour specification</li>
2893           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2894             script to check if it being run in an interactive session or
2895             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2896         </ul></td>
2897       <td>
2898         <ul>
2899           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2900             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2901         </ul> <em>Application</em>
2902         <ul>
2903           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2904             selected Regions menu item</li>
2905           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2906             part of a valid accession ID</li>
2907           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2908             runs out of memory</li>
2909           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2910             analysis results</li>
2911           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2912             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2913           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2914         </ul> <em>Applet</em>
2915         <ul>
2916           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2917             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2918             defined.</li>
2919         </ul>
2920       </td>
2921     </tr>
2922     <tr>
2923       <td>
2924         <div align="center">
2925           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2926         </div>
2927       </td>
2928       <td></td>
2929       <td>
2930         <ul>
2931           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2932             sequence IDs</li>
2933           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2934             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2935           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2936             import correctly</li>
2937           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2938             number of columns are hidden</li>
2939           <li>annotation label popup menu not providing correct
2940             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2941             present</li>
2942           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2943             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2944           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2945             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2946
2947         </ul> <em>Applet</em>
2948         <ul>
2949           <li>annotation panel disappears when annotation is
2950             hidden/removed</li>
2951         </ul> <em>Application</em>
2952         <ul>
2953           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2954             alignment opened where annotation panel is visible but no
2955             annotations are present on alignment</li>
2956           <li>pasted region containing hidden columns is
2957             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2958           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2959             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2960           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2961             selected Rregions menu item.</li>
2962           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2963             'Un' or 'Non'conserved</li>
2964           <li>Sequence feature settings are being shared by
2965             multiple distinct alignments</li>
2966           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2967             changed</li>
2968           <li>double click on group annotation to select sequences
2969             does not propagate to associated trees</li>
2970           <li>Mac OSX specific issues:
2971             <ul>
2972               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2973                 window background</li>
2974               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2975                 name set correctly</li>
2976               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2977                 save feature colourscheme button</li>
2978             </ul>
2979           </li>
2980         </ul>
2981       </td>
2982     </tr>
2983     <tr>
2984
2985       <td>
2986         <div align="center">
2987           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2988         </div>
2989       </td>
2990       <td><em>New Capabilities</em>
2991         <ul>
2992           <li>URL links generated from description line for
2993             regular-expression based URL links (applet and application)
2994
2995           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2996             menu</li>
2997           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2998             structures</li>
2999           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3000             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3001           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3002             average score or total feature count for each sequence.</li>
3003           <li>Shading features by score or associated description</li>
3004           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3005             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3006           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3007             hide everything but the currently selected region.</li>
3008           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3009         </ul> <em>Application</em>
3010         <ul>
3011           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3012             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3013           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3014             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3015           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3016             database references and protein_name is parsed as
3017             description line (BioSapiens terms).</li>
3018           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3019             references in sequence ID tooltip from View menu in
3020             application.</li>
3021           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3022       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3023           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3024             conservation plots</li>
3025           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3026             and visualized as sequence logos</li>
3027           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3028             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3029           </li>
3030           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3031             when a new tree is opened.</li>
3032           <li>Jalview Java Console</li>
3033           <li>Better placement of desktop window when moving
3034             between different screens.</li>
3035           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3036             consensus annotation</li>
3037           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3038             Workflows</li>
3039           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3040             <ul>
3041               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3042                 used to preserve views, structures, and tree display
3043                 settings)</li>
3044               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3045                 command line</li>
3046               <li>Sharing of selected regions between views and
3047                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3048               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3049             </ul></li>
3050         </ul> <em>Applet</em>
3051         <ul>
3052           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3053           <li>New Parameters
3054             <ul>
3055               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3056                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3057                 opened.</li>
3058               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3059                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3060               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3061                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3062               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3063                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3064                 view</li>
3065               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3066                 increase the height or width of a cell in the alignment
3067                 grid relative to the current font size.</li>
3068             </ul>
3069           </li>
3070           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3071             tooltip</li>
3072         </ul> <em>Other</em>
3073         <ul>
3074           <li>Features format: graduated colour definitions and
3075             specification of feature scores</li>
3076           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3077             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3078             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3079           <li>XML formats extended to support graduated feature
3080             colourschemes, group associated annotation, and profile
3081             visualization settings.</li></td>
3082       <td>
3083         <ul>
3084           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3085             rather than description</li>
3086           <li>Non-positional features are now included in sequence
3087             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3088             visibility in tooltip).</li>
3089           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3090           <li>Added URL embedding instructions to features file
3091             documentation.</li>
3092           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3093             'X' in peptide product</li>
3094           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3095             sequence ID and sequence string and query strings do not
3096             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3097           <li>AMSA files only contain first column of
3098             multi-character column annotation labels</li>
3099           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3100             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3101             exported and re-imported)</li>
3102           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3103             name</li>
3104           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3105             as subsequence matches, and correctly reports total number
3106             of both.</li>
3107           <li>Application:
3108             <ul>
3109               <li>Better handling of exceptions during sequence
3110                 retrieval</li>
3111               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3112                 link text excludes the start_end suffix</li>
3113               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3114                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3115               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3116               <li>Sequence description lines properly shared via
3117                 VAMSAS</li>
3118               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3119                 data sources</li>
3120               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3121                 completes before alignment figures are generated.</li>
3122               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3123                 first time.</li>
3124               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3125                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3126               <li>User defined group colours properly recovered
3127                 from Jalview projects.</li>
3128             </ul>
3129           </li>
3130         </ul>
3131       </td>
3132
3133     </tr>
3134     <tr>
3135       <td>
3136         <div align="center">
3137           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3138         </div>
3139       </td>
3140       <td>
3141         <ul>
3142           <li>Experimental support for google analytics usage
3143             tracking.</li>
3144           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3145         </ul>
3146       </td>
3147       <td>
3148         <ul>
3149           <li>Race condition in applet preventing startup in
3150             jre1.6.0u12+.</li>
3151           <li>Exception when feature created from selection beyond
3152             length of sequence.</li>
3153           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3154           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3155             all sequences with a given id</li>
3156           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3157             ID string searches</li>
3158           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3159             alignment to fail with exception</li>
3160         </ul> <em>Application Issues</em>
3161         <ul>
3162           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3163           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3164             data sources</li>
3165         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3166         <ul>
3167           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3168             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3169           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3170             version (java class versioning error fixed)</li>
3171         </ul>
3172       </td>
3173     </tr>
3174     <tr>
3175       <td>
3176
3177         <div align="center">
3178           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3179         </div>
3180       </td>
3181       <td><em>User Interface</em>
3182         <ul>
3183           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3184             translation and protein products</li>
3185           <li>Linked highlighting of structure associated with
3186             residue mapping to codon position</li>
3187           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3188             and 'clear' button</li>
3189           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3190             Tools menu</li>
3191           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3192             numeric data in description line</li>
3193           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3194           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3195             of sequence</li>
3196         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3197         <ul>
3198           <li>JPred3 web service</li>
3199           <li>Prototype sequence search client (no public services
3200             available yet)</li>
3201           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3202             PFAM</li>
3203           <li>URL Links created for matching database cross
3204             references as well as sequence ID</li>
3205           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3206         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3207         <ul>
3208           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3209             databases</li>
3210           <li>Generalised database reference retrieval and
3211             validation to all fetchable databases</li>
3212           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3213             sequence command</li>
3214         </ul> <em>Import and Export</em>
3215         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3216         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3217           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3218         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3219           File</li>
3220         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3221           triplet as name of colourscheme</li>
3222         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3223         <ul>
3224           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3225           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3226             alignments (experimental)</li>
3227           <li>Create new or select existing session to join</li>
3228           <li>load and save of vamsas documents</li>
3229         </ul> <em>Application command line</em>
3230         <ul>
3231           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3232             from applet)</li>
3233           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3234             of DAS servers to query for alignment features</li>
3235           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3236             that are also automatically queried for features</li>
3237           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3238             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3239         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3240         <ul>
3241           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3242             application (when using &quot;View in full
3243             application&quot;)</li>
3244         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3245         <ul>
3246           <li>feature group display control parameter</li>
3247           <li>debug parameter</li>
3248           <li>showbutton parameter</li>
3249         </ul> <em>Applet API methods</em>
3250         <ul>
3251           <li>newView public method</li>
3252           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3253           <li>Feature display control methods</li>
3254           <li>get list of currently selected sequences</li>
3255         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3256         <ul>
3257           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3258           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3259             Jalview release.</li>
3260           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3261             property controls execution of obfuscator</li>
3262           <li>Build target for generating source distribution</li>
3263           <li>Debug flag for javacc</li>
3264           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3265             jalview.bin.Cache</li>
3266           <li>Continuous Build Integration for stable and
3267             development version of Application, Applet and source
3268             distribution</li>
3269         </ul></td>
3270       <td>
3271         <ul>
3272           <li>selected region output includes visible annotations
3273             (for certain formats)</li>
3274           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3275             for editing</li>
3276           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3277           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3278           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3279           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3280             comments</li>
3281           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3282             filenames containing a ':'</li>
3283           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3284             global sequence features</li>
3285           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3286             references from alignment sequences goes to zero</li>
3287           <li>Close of tree branch colour box without colour
3288             selection causes cascading exceptions</li>
3289           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3290           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3291             file parsing fails.</li>
3292           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3293           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3294             not a valid output format</li>
3295           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3296             vamsas</li>
3297           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3298           <li>error messages passed up and output when data read
3299             fails</li>
3300           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3301             sequence is edited</li>
3302           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3303             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3304           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3305             filetype</li>
3306           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3307             import fixed for PFAM records</li>
3308           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3309             window list</li>
3310           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3311             can be read and written correctly to annotation file</li>
3312           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3313             correctly</li>
3314           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3315             non-italic font for representatives in Applet</li>
3316           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3317             Macs.</li>
3318           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3319             Applet)</li>
3320           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3321             due to null pointer exceptions</li>
3322           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3323             first column of alignment</li>
3324           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3325             July 2008</li>
3326           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3327             file is case-insensitive</li>
3328           <li>Sequence features read from Features file appended to
3329             all sequences with matching IDs</li>
3330           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3331             containing a sub-sequence</li>
3332           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3333           <li>feature and annotation file applet parameters
3334             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3335           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3336           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3337             splash-screen version check to complete</li>
3338           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3339             when passing them to the launchApp service</li>
3340           <li>display name and local features preserved in results
3341             retrieved from web service</li>
3342           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3343             sequence fetcher initialisation</li>
3344           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3345             dasobert DAS client</li>
3346           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3347             association</li>
3348           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3349             sequences
3350           </li>
3351         </ul>
3352       </td>
3353     </tr>
3354     <tr>
3355       <td>
3356         <div align="center">
3357           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3358         </div>
3359       </td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3363           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3364           <li>Slide sequences</li>
3365           <li>Edit sequence in place</li>
3366           <li>EMBL CDS features</li>
3367           <li>DAS Feature mapping</li>
3368           <li>Feature ordering</li>
3369           <li>Alignment Properties</li>
3370           <li>Annotation Scores</li>
3371           <li>Sort by scores</li>
3372           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3373         </ul>
3374       </td>
3375       <td>
3376         <ul>
3377           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3378           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3379           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3380           <li>Feature group display state in XML</li>
3381           <li>Feature ordering in XML</li>
3382           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3383           <li>Stockholm alignment properties</li>
3384           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3385           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3386           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3387           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3388         </ul>
3389       </td>
3390
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td>
3394         <div align="center">
3395           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3396         </div>
3397       </td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>Non standard characters can be read and displayed
3401           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3402             applet via textbox
3403           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3404             name &amp; description
3405           <li>Preference setting to display sequence name in
3406             italics
3407           <li>Annotation file format extended to allow
3408             Sequence_groups to be defined
3409           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3410             specified in preferences
3411           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3412             sequences
3413         </ul>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3418             installed
3419           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3420           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3421         </ul>
3422       </td>
3423     </tr>
3424     <tr>
3425       <td>
3426         <div align="center">
3427           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3428         </div>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>Multiple views on alignment
3433           <li>Sequence feature editing
3434           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3435           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3436           <li>Background dependent text colour
3437           <li>Right align sequence ids
3438           <li>User-defined lower case residue colours
3439           <li>Format Menu
3440           <li>Select Menu
3441           <li>Menu item accelerator keys
3442           <li>Control-V pastes to current alignment
3443           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3444           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3445           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3446
3447           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3448         </ul>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3453           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3454             calculations
3455           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3456             edits
3457           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3458             of alignment)
3459           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3460
3461           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3462             display correctly
3463           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3464           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3465             analysis results
3466           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3467             &#8739;
3468           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3469           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3470           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3471
3472         </ul>
3473       </td>
3474     </tr>
3475     <tr>
3476       <td>
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486       <td>
3487         <ul>
3488           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3489             sequence id panel has been resized</li>
3490           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3491             rendered</li>
3492           <li>Annotation files with sequence references - all
3493             elements in file are relative to sequence position</li>
3494           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497     </tr>
3498     <tr>
3499       <td>
3500         <div align="center">
3501           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3502         </div>
3503       </td>
3504       <td>
3505         <ul>
3506           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3507           <li>DAS Feature fetching</li>
3508           <li>Hide sequences and columns</li>
3509           <li>Export Annotations and Features</li>
3510           <li>GFF file reading / writing</li>
3511           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3512             files</li>
3513           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3514           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3515           <li>Applet can launch the full application</li>
3516           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3517             required)</li>
3518           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3519           <li>Applet can load sequences from parameter
3520             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3521           </li>
3522         </ul>
3523       </td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3527           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3528           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531     </tr>
3532     <tr>
3533       <td>
3534         <div align="center">
3535           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3536         </div>
3537       </td>
3538       <td>
3539         <ul>
3540           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3541           <li>Choose to match case when searching</li>
3542           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3543             expand the visible width and height of the alignment</li>
3544         </ul>
3545       </td>
3546       <td>
3547         <ul>
3548           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td>
3554         <div align="center">
3555           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3556         </div>
3557       </td>
3558       <td>&nbsp;</td>
3559       <td>
3560         <ul>
3561           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3562           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3563             value</li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566     </tr>
3567     <tr>
3568       <td>
3569         <div align="center">
3570           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3571         </div>
3572       </td>
3573       <td>
3574         <ul>
3575           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3576           <li>Keyboard editing</li>
3577           <li>Create sequence features from searches</li>
3578           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3579             alignments</li>
3580           <li>Features file allows grouping of features</li>
3581           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3582           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3583           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3584         </ul>
3585       </td>
3586       <td>
3587         <ul>
3588           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3589           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3590             descriptions saved.</li>
3591         </ul>
3592       </td>
3593     </tr>
3594     <tr>
3595       <td>
3596         <div align="center">
3597           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3598         </div>
3599       </td>
3600       <td>
3601         <ul>
3602           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3603           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3604           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3605             name for file output</li>
3606           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3607           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3608             used for HTML form input</li>
3609         </ul>
3610       </td>
3611       <td>
3612         <ul>
3613           <li>HTML output writes groups and features</li>
3614           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3615           <li>File IO bugs</li>
3616         </ul>
3617       </td>
3618     </tr>
3619     <tr>
3620       <td>
3621         <div align="center">
3622           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3623         </div>
3624       </td>
3625       <td>
3626         <ul>
3627           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3628           <li>More options for PCA viewer</li>
3629         </ul>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>GUI bugs resolved</li>
3634           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3635         </ul>
3636       </td>
3637     </tr>
3638     <tr>
3639       <td height="63">
3640         <div align="center">
3641           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3642         </div>
3643       </td>
3644       <td>
3645         <ul>
3646           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3647           <li>Jar files are executable</li>
3648           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3654           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3655           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3656         </ul>
3657       </td>
3658     </tr>
3659     <tr>
3660       <td>
3661         <div align="center">
3662           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3663         </div>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3668         </ul>
3669       </td>
3670       <td>
3671         <ul>
3672           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3673         </ul>
3674       </td>
3675     </tr>
3676     <tr>
3677       <td>
3678         <div align="center">
3679           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3680         </div>
3681       </td>
3682       <td>
3683         <ul>
3684           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3685             size</li>
3686         </ul>
3687       </td>
3688       <td>
3689         <ul>
3690           <li>Improved JPred client reliability</li>
3691           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694     </tr>
3695     <tr>
3696       <td>
3697         <div align="center">
3698           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3699         </div>
3700       </td>
3701       <td>
3702         <ul>
3703           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3704           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3705           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3706             to Colour Menu</li>
3707           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3708           <li>Unix users can set default web browser</li>
3709           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3710           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3716         </ul>
3717       </td>
3718     </tr>
3719     <tr>
3720       <td>
3721         <div align="center">
3722           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3723         </div>
3724       </td>
3725       <td>&nbsp;</td>
3726       <td>
3727         <ul>
3728           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3729             alignment order.</li>
3730         </ul>
3731       </td>
3732     </tr>
3733     <tr>
3734       <td>
3735         <div align="center">
3736           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3737         </div>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3742           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3743           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3744             annotations.</li>
3745           <li>Version and build date written to build properties
3746             file.</li>
3747           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3748             at launch of Jalview.</li>
3749         </ul>
3750       </td>
3751       <td>
3752         <ul>
3753           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3754           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3755           <li>Can remove groups one by one.</li>
3756           <li>Filechooser icons installed.</li>
3757           <li>Finder ignores return character when searching.
3758             Return key will initiate a search.<br>
3759           </li>
3760         </ul>
3761       </td>
3762     </tr>
3763     <tr>
3764       <td>
3765         <div align="center">
3766           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3767         </div>
3768       </td>
3769       <td>
3770         <ul>
3771           <li>New codebase</li>
3772         </ul>
3773       </td>
3774       <td>&nbsp;</td>
3775     </tr>
3776   </table>
3777   <p>&nbsp;</p>
3778 </body>
3779 </html>