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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 115               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 116               alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 120               annotation displayed.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 124               for newly created group when 'Apply to all groups'
 125               selected
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 129               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 130               visible.
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 134               when sequences are selected in exported view.</em>
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 138               aren't rendered with correct colour.
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 142               types of knotted RNA secondary structure.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 146               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 147               do not start at 1.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 151               annotation when columns are inserted into an alignment,
 152               and when exporting as Stockholm flatfile.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 156               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 157               treated as RNA secondary structure.
 158             </li>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 161               (not .jar) when saving a jalview project file.
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 165               transfers focus to previous window on OSX
 166             </li>
 167           </ul>
 168           <em>Java 10 Issues</em>
 169           <ul>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 172               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 173               box.
 174             </li>
 175           </ul>
 176       </div>
 177     </td>
 178     </tr>
 179     <tr>
 180       <td width="60" nowrap>
 181         <div align="center">
 182           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 183             <em>7/06/2018</em></strong>
 184         </div>
 185       </td>
 186       <td><div align="left">
 187           <em></em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 191               annotation retrieved from Uniprot
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 195               onto the Jalview Desktop
 196             </li>
 197           </ul>
 198         </div></td>
 199       <td><div align="left">
 200           <em></em>
 201           <ul>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 204               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 208               right-hand column parsed correctly
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 212               not alignment area in exported graphic
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 216               window has input focus
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 220               annotation added to view (Windows)
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 224               network connectivity is poor
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 228               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 229                 the currently open URL and links from a page viewed in
 230                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 231                 you are using Edge, only links in the page can be
 232                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 233                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 234             </li>
 235           </ul>
 236         </div></td>
 237     </tr>
 238     <tr>
 239       <td width="60" nowrap>
 240         <div align="center">
 241           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 242         </div>
 243       </td>
 244       <td><div align="left">
 245           <em></em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 249               for disabling automatic superposition of multiple
 250               structures and open structures in existing views
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 254               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 255               adjust them.
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 259               Ensembl services
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 263               and lots of hidden columns
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 267               of features (particularly when transparency is disabled)
 268             </li>
 269           </ul>
 270           </div>
 271       </td>
 272       <td><div align="left">
 273           <ul>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 276               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 280               overlapping alignment panel
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 284               sequence as gaps
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 288               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 289               UTR
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 293               factor annotation not added to sequence when local PDB
 294               file associated with it by drag'n'drop or structure
 295               chooser
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 299               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 303               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 307               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 311               columns in annotation row
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 315               honored in batch mode
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 319               for structures added to existing Jmol view
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 323               entries after importing project with multiple views
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 327               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 328               with negative residue numbers or missing residues fails
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 332               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 333               as generated by CONSURF)
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 337               tooltip doesn't include a text description of mutation
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 341               structure and/or overview windows are also shown
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 345               very slow for alignments with large numbers of sequences
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 349               with 'StringIndexOutOfBounds'
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 353               platforms running Java 10
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 357               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 358             </li>
 359           </ul>
 360           <em>Applet</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 364               should copy the group consensus when popup is opened on it
 365             </li>
 366           </ul>
 367           <em>Batch Mode</em>
 368           <ul>
 369           <li>
 370             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 371           </li>
 372           </ul>
 373           <em>New Known Defects</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 377               editing a large alignment and overview is displayed
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 381               repeatedly after a series of edits even when the overview
 382               is no longer reflecting updates
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 386               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 387               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 388               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 389             </li>
 390           </ul>
 391         </div>
 392           </td>
 393     </tr>
 394     <tr>
 395       <td width="60" nowrap>
 396         <div align="center">
 397           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 398         </div>
 399       </td>
 400       <td><div align="left">
 401           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 402               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 403       <td><div align="left">
 404           <em>Desktop</em><ul>
 405           <ul>
 406             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 407             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 408             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 409             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 410             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 411             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 412             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 413           </ul>
 414           </div>
 415       </td>
 416     </tr>
 417     <tr>
 418       <td width="60" nowrap>
 419         <div align="center">
 420           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 421         </div>
 422       </td>
 423       <td><div align="left">
 424           <em></em>
 425           <ul>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 428               rendering of sequence features
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 432               429 rate limit request hander
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 436               their colours have changed
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 440               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 444               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 445             </li>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 448               view from Ensembl locus cross-references
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 452               Alignment report
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 456               feature can be disabled
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 460               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 464               Uniprot
 465             </li>
 466           </ul>
 467           <em>Scripting</em>
 468           <ul>
 469             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 470             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 471               percent identity scores for current alignment.</li>
 472           </ul>
 473           <em>Testing and Deployment</em>
 474           <ul>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 477             </li>
 478           </ul>
 479         </div></td>
 480       <td><div align="left">
 481           <em>General</em>
 482           <ul>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 485               threshold text field doesn't trigger an update to the
 486               alignment view
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 490               strings in parallel
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 494               alignment window is closed
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 498               group visibility
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 502               takes a long time in Cursor mode
 503             </li>
 504           </ul>
 505           <em>Desktop</em>
 506           <ul>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 509               cannot be viewed in Chimera
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 513               CDS/Protein view
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 517               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 518               Search Dialogs
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 528               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 532               scrolling right in unwapped alignment view
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 536               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 537               database
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 541               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 545               features of same type and group to be selected for
 546               amending
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 550               alignments when hidden columns are present
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 554               displaying several structures
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 558               moving a window
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 562               within the Jalview desktop on OSX
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 566               when in wrapped alignment mode
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 570               hand end of alignment
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 574               each selected sequence do not have correct start/end
 575               positions
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 579               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 583               restoring project until a new view is created
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 587               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 588               configured (since 2.10.2b2)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 592               position is adjusted
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 596               in a multi-chain structure when viewing alignment
 597               involving more than one chain (since 2.10)
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 601               if new selection moves alignment window
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 605               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 609               that produces correctly annotated transcripts and products
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 613               doesn't update associated structure view
 614             </li>
 615           </ul>
 616           <em>Applet</em><br />
 617           <ul>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 620               closing alignment panel
 621             </li>
 622           </ul>
 623           <em>BioJSON</em><br />
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 627               non-positional features
 628             </li>
 629           </ul>
 630           <em>New Known Issues</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 634               sequence features correctly (for many previous versions of
 635               Jalview)
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 639               using cursor in wrapped panel other than top
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 643               graduated colour threshold
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 647               always preserve numbering and sequence features
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Known Java 9 Issues</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 654               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 655               9.01, OSX 10.10)
 656             </li>
 657           </ul>
 658         </div></td>
 659     </tr>
 660     <tr>
 661       <td width="60" nowrap>
 662         <div align="center">
 663           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 664             <em>2/10/2017</em></strong>
 665         </div>
 666       </td>
 667       <td><div align="left">
 668           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 669           <ul>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 672             </li>
 673             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 674             </li>
 675           </ul>
 676         </div></td>
 677       <td><div align="left">
 678         </div></td>
 679     </tr>
 680     <tr>
 681       <td width="60" nowrap>
 682         <div align="center">
 683           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 684             <em>7/9/2017</em></strong>
 685         </div>
 686       </td>
 687       <td><div align="left">
 688           <em></em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 692               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 693               white)
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 697               Preferences
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 701               in size and progress bar shown as higher resolution
 702               overview is recalculated
 703             </li>
 704
 705           </ul>
 706         </div></td>
 707       <td><div align="left">
 708           <em></em>
 709           <ul>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 712               column region row by row
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 716               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 720               format setting is unticked
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 724               if group has show boxes format setting unticked
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 728               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 729               include sequences and columns not currently displayed
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 733               assemblies are imported via CIF file
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 737               displayed when threshold or conservation colouring is also
 738               enabled.
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 742               server version
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 746               dragging a selected region off the visible region of the
 747               alignment
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 751               colourscheme to all groups in a view
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 755               initially after font size change using the Font chooser or
 756               middle-mouse zoom
 757             </li>
 758           </ul>
 759         </div></td>
 760     </tr>
 761     <tr>
 762       <td width="60" nowrap>
 763         <div align="center">
 764           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 765         </div>
 766       </td>
 767       <td><div align="left">
 768           <em>Calculations</em>
 769           <ul>
 770
 771             <li>
 772               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 773               ungapped positions in each column of the alignment.
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 777               a calculation dialog box
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 781               and memory efficiency (~30x faster)
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 785               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 786               and other calculations
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 790               files within the Jalview codebase
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 794               Similarity may have different topology due to increased
 795               precision
 796             </li>
 797           </ul>
 798           <em>Rendering</em>
 799           <ul>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 802               model for alignments and groups
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 806               scripts
 807             </li>
 808           </ul>
 809           <em>Overview</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 813               with alignment and overview windows
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 817               overview
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 821               omitted in Overview
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 825               adjustment of visible position
 826             </li>
 827           </ul>
 828
 829           <em>Data import/export</em>
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 833               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 837               annotation input/output via stockholm flatfile
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 841               extension when importing structure files without embedded
 842               names or PDB accessions
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 846               format sequence substitution matrices
 847             </li>
 848           </ul>
 849           <em>User Interface</em>
 850           <ul>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 853               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 854               the application.
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 858               via Overview or sequence motif search operations
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 862               opened by double clicking gaps within sequence feature
 863               extent
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 867               aligned positions were available to create a 3D structure
 868               superposition.
 869             </li>
 870           </ul>
 871           <em>3D Structure</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 875               coloured in linked structure views
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 879               file-based command exchange
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 883               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 884               structures are already available for sequences
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 888               the Jalview project rather than downloaded again when the
 889               project is reopened.
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 893               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 894               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 895                 Feature</strong>)
 896             </li>
 897           </ul>
 898           <em>Web Services</em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 905               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 906               Analysis services
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 910               cross-references provided by identifiers.org and the
 911               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 912             </li>
 913           </ul>
 914
 915           <em>Scripting</em>
 916           <ul>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 919               identifying file formats (instead of String constants)
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 923               efficiency when counting all displayed features (not
 924               backwards compatible with 2.10.1)
 925             </li>
 926           </ul>
 927           <em>Example files</em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 931               included in the example feature file
 932             </li>
 933           </ul>
 934           <em>Documentation</em>
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 938               with the built-in Java help viewer
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 942               sequence description' option
 943             </li>
 944           </ul>
 945           <em>Test Suite</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 949               Uniprot REST Free Text Search Client
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 956               during tests
 957             </li>
 958           </ul>
 959         </div></td>
 960       <td><div align="left">
 961           <em>Calculations</em>
 962           <ul>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 965               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 966               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 967             </li>
 968             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 969               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 970               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 971               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 972               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 973               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 974               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 975               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 976               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 977               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 978               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 979               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 980               // for 2.10.1 mode <br />
 981               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 982               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 983                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 984                 calculations (not recommended)</em></li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 987               scaling of branch lengths for trees computed using
 988               Sequence Feature Similarity.
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 992               generating output report when working with highly
 993               redundant alignments
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 997               right of selected region when gaps present on right-hand
 998               boundary
 999             </li>
1000           </ul>
1001           <em>User Interface</em>
1002           <ul>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1005               doesn't reselect a specific sequence's associated
1006               annotation after it was used for colouring a view
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1010               opened on a region of alignment without groups
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1014               of an alignment with overlapping groups
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1018               name and description match
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1022               hidden regions results in incorrect hidden regions
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1026               changing colour does not apply Conservation slider value
1027               to all groups
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1031               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1035               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1039               gaps before start of features
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1043               restored to UI when feature colour is edited
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1047               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1051               as graduate feature colour settings are modified via the
1052               dialog box
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1056               when a group defined on the alignment is resized
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1060               wrapped view result in positional status updates
1061             </li>
1062
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1065               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1069               alignment included gapped columns
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1073               widgets don't permanently disappear
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1077               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1078               T-Coffee column reliability scores)
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1082               sequence feature on gaps only
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1086               button from a Find inherit previously defined feature type
1087               rather than the Find query string
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1091               exporting tree calculated in Jalview
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1095               and then revealing them reorders sequences on the
1096               alignment
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1100               doesn't update to reflect available set of groups after
1101               interactively adding or modifying features
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1105               Linux
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1109               only excluded gaps in current sequence and ignored
1110               selection.
1111             </li>
1112           </ul>
1113           <em>Rendering</em>
1114           <ul>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1117               erratically when hidden rows or columns are present
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1121               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1122               sequence colouring
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1126               colour and group colour menu for protein alignments
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1130               reflect currently selected view or group's shading
1131               thresholds
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1135               when rendered on overview and structures when opacity at
1136               100%
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1140               overview when features overlaid on alignment
1141             </li>
1142           </ul>
1143           <em>Data import/export</em>
1144           <ul>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1147               load
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1151               added after a sequence was imported are not written to
1152               Stockholm File
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1156               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1160               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1164               with lightGray or darkGray via features file (but can
1165               specify lightgray)
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1169               when alignment view imported from project
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1173               structure and sequences extracted from structure files
1174               imported via URL and viewed in Jmol
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1178               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1179               the project is loaded and the structure viewed
1180             </li>
1181           </ul>
1182           <em>Web Services</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1186               release of Ensembl v.88
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1190               appear enabled in Preferences->Connections
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1194               removed from console output
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1198               Ensembl by Peptide ID
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1202               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1203               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1204               due to 'null' string rather than empty string used for
1205               residues with no corresponding PDB mapping).
1206             </li>
1207           </ul>
1208           <em>Application UI</em>
1209           <ul>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1212               menu
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1216               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1217               new documentation and tooltips added)
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1221               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1225               new features are added to alignment
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1229               changes to feature colours via the Amend features dialog
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1233               edit graduated feature colour via amend features dialog
1234               box
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1238               selection menu changes colours of alignment views
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1242               from alignment calculation workers after alignment has
1243               been closed
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1247               groups now 'Create Group'
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1251               Create/Undefine group doesn't always work
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1255               shown again after pressing 'Cancel'
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1259               adjusts start position in wrap mode
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1263               ambiguous amino acids
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1267               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1268               proteins
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1272               Defined' don't appear in Colours menu
1273             </li>
1274           </ul>
1275           <em>Applet</em>
1276           <ul>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1279               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1283               overview or linked structure view
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1287               work (since 2.8)
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1291               user-defined colourscheme doesn't restore original
1292               colourscheme
1293             </li>
1294           </ul>
1295           <em>Test Suite</em>
1296           <ul>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1299               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1303               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1304               problems with deep array comparison equality asserts in
1305               successive versions of TestNG
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1309               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1310             </li>
1311           </ul>
1312           <em>New Known Issues</em>
1313           <ul>
1314             <li>
1315               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1316               phase after a sequence motif find operation
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1320               containing just upper and lower case letters are
1321               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1325               reliably from eggnog Ortholog database
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1329               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1330               to mark columns containing highlighted regions.
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1334               doesn't always add secondary structure annotation.
1335             </li>
1336           </ul>
1337         </div>
1338     <tr>
1339       <td width="60" nowrap>
1340         <div align="center">
1341           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1342         </div>
1343       </td>
1344       <td><div align="left">
1345           <em>General</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1349               for all consensus calculations
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1353               3rd Oct 2016)
1354             </li>
1355             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1356               for 2016-2017</li>
1357           </ul>
1358           <em>Application</em>
1359           <ul>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1362               set of database cross-references, sorted alphabetically
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1366               from database cross references. Users with custom links
1367               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1368                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1372               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1373               Chimera session
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1377               the Chimera it is connected to is shut down
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1381               columns menu item to mark columns containing highlighted
1382               regions (e.g. from structure selections or results of a
1383               Find operation)
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1387               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1388               MSAviewer
1389             </li>
1390           </ul>
1391         </div></td>
1392       <td>
1393         <div align="left">
1394           <em>General</em>
1395           <ul>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1398               are not coloured or thresholded according to percent
1399               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1403               hydrophobic
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1407               threshold, amino acid properties)
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1411               reported as mapped to residues in a structure file in the
1412               View Mapping report
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1416               could be added multiple times to a sequence
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1420               bond features shown as two highlighted residues rather
1421               than a range in linked structure views, and treated
1422               correctly when selecting and computing trees from features
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1426               cross-references are matched to database name regardless
1427               of case
1428             </li>
1429
1430           </ul>
1431           <em>Application</em>
1432           <ul>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1435               names without regular expressions also offer links from
1436               Sequence ID
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1440               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1441               update Jalview configuration
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1445               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1449               files with similarly named sequences if dropped onto the
1450               alignment
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1454               entries where more chains exist in the PDB accession than
1455               are reported in the SIFTS file
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1459               the structure view when displayed with Chimera
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1463               panel's View->Show Chains submenu
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1467               work for wrapped alignment views
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1471               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1475               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1476               first annotation row
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1480               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1484               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1485             </li>
1486             <!-- JAL-2319 -->
1487             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1488             coordindate data
1489             </li>
1490           </ul>
1491           <!--           <em>New Known Issues</em>
1492           <ul>
1493             <li></li>
1494           </ul> -->
1495         </div>
1496       </td>
1497     </tr>
1498     <td width="60" nowrap>
1499       <div align="center">
1500         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1501           <em>25/10/2016</em></strong>
1502       </div>
1503     </td>
1504     <td><em>Application</em>
1505       <ul>
1506         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1507           view if structures already loaded</li>
1508         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1509           structure views</li>
1510       </ul></td>
1511     <td>
1512       <div align="left">
1513         <em>General</em>
1514         <ul>
1515           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1516             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1517           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1518             example sequences/projects/trees</li>
1519         </ul>
1520         <em>Application</em>
1521         <ul>
1522           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1523             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1524           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1525             without timeout for structures with multiple models or
1526             multiple sequences in alignment</li>
1527           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1528             PDB ID HEADER line</li>
1529           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1530             is performed</li>
1531           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1532             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1533           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1534           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1535             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1536             option</li>
1537           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1538             is created on the alignment</li>
1539           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1540             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1541             pop-up menu</li>
1542         </ul>
1543         <em>Build and deployment</em>
1544         <ul>
1545           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1546             tags</li>
1547         </ul>
1548         <em>New Known Issues</em>
1549         <ul>
1550           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1551             on Windows</li>
1552         </ul>
1553       </div>
1554     </td>
1555     </tr>
1556     <tr>
1557       <td width="60" nowrap>
1558         <div align="center">
1559           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1560         </div>
1561       </td>
1562       <td><em>General</em>
1563         <ul>
1564           <li>
1565             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1569             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1570             better PDB parsing.
1571           </li>
1572           <li>
1573             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1574             reference sequence
1575           </li>
1576           <li>
1577             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1578             mousing over sequence associated annotation
1579           </li>
1580           <li>
1581             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1582             for manual entry
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1586             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1587             for each column
1588           </li>
1589           <li>
1590             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1591             showing or hiding columns containing a feature
1592           </li>
1593           <li>
1594             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1595             group and sequence associated annotation labels
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1599             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1600             dialogs
1601           </li>
1602
1603         </ul> <em>Application</em>
1604         <ul>
1605           <li>
1606             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1607             gene/transcript view
1608           </li>
1609           <li>
1610             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1611             dialog
1612           </li>
1613           <li>
1614             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1615             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1616           </li>
1617           <li>
1618             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1619             Pfam sources to xfam.org
1620           </li>
1621           <li>
1622             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1623           </li>
1624           <li>
1625             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1626             over sequences in Jalview
1627           </li>
1628           <li>
1629             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1630             regions in ENA and EMBL
1631           </li>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1634             for record retrieval via ENA rest API
1635           </li>
1636           <li>
1637             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1638             complement operator
1639           </li>
1640           <li>
1641             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1642             groovy script execution
1643           </li>
1644           <li>
1645             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1646             alignment window's Calculate menu
1647           </li>
1648           <li>
1649             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1650             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1651           </li>
1652           <li>
1653             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1654             calculation workers from groovy scripts
1655           </li>
1656           <li>
1657             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1658             Jalview projects
1659           </li>
1660           <li>
1661             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1662             associations are now saved/restored from project
1663           </li>
1664           <li>
1665             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1666             before sequence fetcher is opened
1667           </li>
1668           <li>
1669             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1670             database chooser opens a sequence fetcher
1671           </li>
1672           <li>
1673             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1674             the UniProt REST API
1675           </li>
1676           <li>
1677             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1678             the news reader opening
1679           </li>
1680           <li>
1681             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1682             querying stored in preferences
1683           </li>
1684           <li>
1685             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1686             search results
1687           </li>
1688           <li>
1689             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1693             menu for nucleotide sequences
1694           </li>
1695           <li>
1696             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1697             and feature counts preserves alignment ordering (and
1698             debugged for complex feature sets).
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1702             viewing structures with Jalview 2.10
1703           </li>
1704           <li>
1705             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1706             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1707             Ensembl Genomes REST API
1708           </li>
1709           <li>
1710             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1711             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1712             (Ensembl)
1713           </li>
1714           <li>
1715             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1716             sequences
1717           </li>
1718           <li>
1719             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1720             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1721             data from external database records.
1722           </li>
1723           <li>
1724             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1725             efficient recovery of sequence coding and alignment
1726             annotation relationships.
1727           </li>
1728         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1729         <ul>
1730           <li>
1731             -- JAL---
1732           </li>
1733         </ul> --></td>
1734       <td>
1735         <div align="left">
1736           <em>General</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1740               menu on OSX
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1744               includes graduated colourschemes
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1748               working with big alignments and lots of hidden columns
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1752               at right of alignment window
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1756               contents
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1760               for DNA alignments
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1764               based tree calculation
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1768               unconserved enabled for group on alignment
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1772               set as reference
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1776               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1777               annotation
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1781               hidden columns present
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1785               user created annotation added to alignment
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1789               '()' base pair annotation
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1793               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1794               Consensus
1795             </li>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1798               feature not working
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1802               beginning of sequence
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1806               entry 3a6s
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1810               from a tree when t-coffee scores are shown
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1814               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1818               some structures
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1822               to Clustal, PIR and PileUp output
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1826               not visible causes alignment window to repaint
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1830               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1831               scores associated with features and annotation rows
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1835               calculation should be case independent
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1839               columns
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1843               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1844               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1848               problems when reference sequence defined and 'show
1849               non-conserved' enabled
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1853               load even when Consensus calculation is disabled
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1857               alignment does nothing
1858             </li>
1859           </ul>
1860           <em>Application</em>
1861           <ul>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1864               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1865               yet fixed for El Capitan)
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1869               output when running on non-gb/us i18n platforms
1870             </li>
1871             <li>
1872               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1873               hidden sequences as flat-file alignment
1874             </li>
1875             <li>
1876               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1877               launching Chimera
1878             </li>
1879             <li>
1880               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1881               (also hotfix for 2.9.0b2)
1882             </li>
1883             <li>
1884               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1885               reference sequence defined
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1889               alignments and views when revealing hidden columns
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1893               view in a cDNA/Protein splitframe
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1897               sequence from project when only one sequence is
1898               represented
1899             </li>
1900             <li>
1901               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1902               in Structure Chooser
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1906               structure consensus didn't refresh annotation panel
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1910               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1914               dialogs format columns correctly, don't display array
1915               data, sort columns according to type
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1919               file chooser is cancelled during an image export
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1923               sequence name containing special characters
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1927               case insensitive
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1931               formatting don't wrap
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1935               truncated so L looks like I in consensus annotation
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1939               currently displayed features for the current selection or
1940               view
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1944               after fetching cross-references, and restoring from
1945               project
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1949               followed in the structure viewer
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1953               splitframe not restored from project
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1957               trailing end of protein alignment in transcript/product
1958               splitview when pad-gaps not enabled by default
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1962               is case dependent
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1966               article has been read (reopened issue due to
1967               internationalisation problems)
1968             </li>
1969             <li>
1970               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1971               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1972               cross-references
1973             </li>
1974
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1977               alignment as HTML
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1981               multiple structures are shown for one or more sequences.
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1985               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1986               is enabled.
1987             </li>
1988             <li>
1989               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1990               specific PDB id for sequence
1991             </li>
1992             <li>
1993               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1994               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1995               columns' is disabled.
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1999               selects lowest rather than highest resolution structures
2000               for each sequence
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2004               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2008               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2012               after clicking on it to create new annotation for a
2013               column.
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2017               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2018             </li>
2019             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2020             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2021           </ul>
2022           <em>Applet</em>
2023           <ul>
2024             <li>
2025               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2026               hidden columns present before start of sequence
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2030               (JSON jars)
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2034               sequences are hidden in applet
2035             </li>
2036             <li>
2037               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2038               deployment on examples pages.
2039             </li>
2040           </ul>
2041         </div>
2042       </td>
2043     </tr>
2044     <tr>
2045       <td width="60" nowrap>
2046         <div align="center">
2047           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2048             <em>16/10/2015</em></strong>
2049         </div>
2050       </td>
2051       <td><em>General</em>
2052         <ul>
2053           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2054             jars</li>
2055         </ul></td>
2056       <td>
2057         <div align="left">
2058           <em>Application</em>
2059           <ul>
2060             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2061               shown when tree is partitioned</li>
2062             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2063               multiple cDNA/Protein split views</li>
2064           </ul>
2065         </div>
2066       </td>
2067     </tr>
2068     <tr>
2069       <td width="60" nowrap>
2070         <div align="center">
2071           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2072             <em>8/10/2015</em></strong>
2073         </div>
2074       </td>
2075       <td><em>General</em>
2076         <ul>
2077           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2078             2.9</li>
2079         </ul> <em>Application</em>
2080         <ul>
2081           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2082           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2083           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2084         </ul> <em>Applet</em>
2085         <ul>
2086           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2087         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2088         <ul>
2089           <li>
2090             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2091             suite
2092           </li>
2093         </ul></td>
2094       <td>
2095         <div align="left">
2096           <em>General</em>
2097           <ul>
2098             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2099               incorrect when sequence start > 1</li>
2100             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2101               documentation</li>
2102             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2103             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2104               loading a features file containing HTML tags in feature
2105               description</li>
2106
2107           </ul>
2108           <em>Application</em>
2109           <ul>
2110             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2111               reimport</li>
2112             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2113               with 'trim retrieved sequences'</li>
2114             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2115               deleting selected columns</li>
2116             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2117               JNLP templates for webstart launch</li>
2118             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2119               unreleased structures for download or viewing</li>
2120             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2121               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2122             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2123               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2124             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2125               recovered from jalview project</li>
2126             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2127               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2128               alignment view</li>
2129             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2130               color schemes from BioJSON</li>
2131           </ul>
2132           <em>Applet</em>
2133           <ul>
2134             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2135               frame</li>
2136             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2137           </ul>
2138         </div>
2139       </td>
2140     </tr>
2141     <tr>
2142       <td><div align="center">
2143           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2144         </div></td>
2145       <td><em>General</em>
2146         <ul>
2147           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2148             alignments:
2149             <ul>
2150               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2151                 and DNA alignment views</li>
2152               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2153                 cDNA alignment views</li>
2154               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2155                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2156               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2157                 protein sequences</li>
2158             </ul>
2159           </li>
2160           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2161           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2162             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2163           <li>New alignment annotation file statements for
2164             reference sequences and marking hidden columns</li>
2165           <li>Reference sequence based alignment shading to
2166             highlight variation</li>
2167           <li>Select or hide columns according to alignment
2168             annotation</li>
2169           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2170           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2171             acid conservation row</li>
2172           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2173         </ul> <em>Application</em>
2174         <ul>
2175           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2176             <ul>
2177               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2178                 view with cDNA/Protein</li>
2179               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2180                 sequences are placed in the same alignment</li>
2181               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2182                 projects</li>
2183             </ul>
2184           </li>
2185
2186           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2187           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2188             Jalview windows</li>
2189
2190           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2191           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2192           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2193             be shown in VARNA</li>
2194
2195           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2196             as the active selected region</li>
2197
2198           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2199             similarity</li>
2200           <li>New Export options
2201             <ul>
2202               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2203                 region export in flat file generation</li>
2204
2205               <li>Export alignment views for display with the <a
2206                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2207
2208               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2209               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2210                 alignment figures to HTML</li>
2211           </li>
2212           <li>3D structure retrieval and display
2213             <ul>
2214               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2215                 Search API</li>
2216               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2217                 PDB structures for a sequence set</li>
2218             </ul>
2219           </li>
2220
2221           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2222             predictions</li>
2223           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2224             for one or a group of sequences</li>
2225           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2226             from the JPred4 web server</li>
2227           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2228             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2229             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2230           </li>
2231           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2232             VARNA 2D Structure'</li>
2233           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2234             Structure ..."</li>
2235
2236         </ul> <em>Applet</em>
2237         <ul>
2238           <li>New layout for applet example pages</li>
2239           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2240             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2241           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2242             Protein alignments</li>
2243         </ul> <em>Development and deployment</em>
2244         <ul>
2245           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2246           <li>Include installation type and git revision in build
2247             properties and console log output</li>
2248           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2249             storing BioJsMSA Templates</li>
2250           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2251         </ul></td>
2252       <td>
2253         <!-- <em>General</em>
2254         <ul>
2255         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2256         <ul>
2257           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2258           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2259           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2260             predictions are not highlighted in amber</li>
2261           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2262             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2263           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2264             associated structure views</li>
2265           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2266             width checkbox not enabled</li>
2267           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2268             creating user defined colours</li>
2269           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2270             mappings for just that viewer's sequences</li>
2271           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2272             multiple models in Chimera</li>
2273           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2274             over Jmol structure</li>
2275           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2276             output to text box</li>
2277           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2278             have incorrect sequence start/end</li>
2279           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2280             Jalview fails</li>
2281           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2282             work for nucleotide</li>
2283           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2284             to a grey/invisible alignment window</li>
2285           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2286             imports to different position</li>
2287           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2288             on some platforms</li>
2289           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2290             populated</li>
2291           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2292             console if Chimera has been opened</li>
2293           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2294           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2295             retrieved</li>
2296           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2297           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2298             either sequence shows on first structure</li>
2299           <li>'Show annotations' options should not make
2300             non-positional annotations visible</li>
2301           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2302             in right place after 'view flanking regions'</li>
2303           <li>File Save As type unset when current file format is
2304             unknown</li>
2305           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2306             projects</li>
2307           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2308             responsive</li>
2309           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2310             several views on same alignment</li>
2311           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2312           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2313             spaces</li>
2314         </ul> <em>Applet</em>
2315         <ul>
2316           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2317           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2318             descriptions containing angle brackets</li>
2319         </ul> <em>General</em>
2320         <ul>
2321           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2322             via jalview annotation file</li>
2323           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2324             with RNA secondary structure</li>
2325           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2326             translation doesn't work.</li>
2327           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2328           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2329             positions</li>
2330           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2331             choosing 1pt font</li>
2332           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2333             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2334             'h'</li>
2335           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2336             new feature</li>
2337           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2338             order dependent</li>
2339           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2340             sequences</li>
2341           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2342         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2343         <ul>
2344           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2345             www.jalview.org</li>
2346         </ul> <em>Application Known issues</em>
2347         <ul>
2348           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2349           <li>Misleading message appears after trying to delete
2350             solid column.</li>
2351           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2352             version launches</li>
2353           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2354             fails with a sequence mismatch</li>
2355           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2356             scrolling alignment to right</li>
2357           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2358             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2359           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2360             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2361           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2362             ultra-high resolution</li>
2363           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2364             quality and conservation</li>
2365           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2366             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2367         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2368         <ul>
2369           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2370           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2371             window is being resized</li>
2372
2373         </ul>
2374       </td>
2375     </tr>
2376     <tr>
2377       <td><div align="center">
2378           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2379         </div></td>
2380       <td><em>General</em>
2381         <ul>
2382           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2383             Certum.PL.</li>
2384           <li>Features and annotation preserved when performing
2385             pairwise alignment</li>
2386           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2387             imported/exported/displayed</li>
2388           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2389             protein secondary structure</li>
2390           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2391               post-hoc with 2.9 release</em>)
2392           </li>
2393
2394         </ul> <em>Application</em>
2395         <ul>
2396           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2397             with 3D structures</li>
2398           <li>Support for parsing RNAML</li>
2399           <li>Annotations menu for layout
2400             <ul>
2401               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2402               <li>place sequence annotation above/below alignment
2403                 annotation</li>
2404             </ul>
2405           <li>Output in Stockholm format</li>
2406           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2407             translation</li>
2408           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2409           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2410             shared between alignments</li>
2411           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2412             Jalview</li>
2413           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2414             all or current selection</li>
2415           <li>disorder and secondary structure predictions
2416             available as dataset annotation</li>
2417           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2418
2419
2420           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2421             alignments from Rfam</li>
2422           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2423
2424           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2425             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2426           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2427           <li>include installation type in build properties and
2428             console log output</li>
2429           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2430             annotation</li>
2431         </ul></td>
2432       <td>
2433         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2434         <ul>
2435           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2436             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2437           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2438             alignment</li>
2439           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2440           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2441           <li>Double click on sequence associated annotation
2442             selects only first column</li>
2443           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2444             leaves shown in tree</li>
2445           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2446             properly</li>
2447           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2448           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2449             screen and buttons not visible</li>
2450           <li>author list isn't updated if already written to
2451             Jalview properties</li>
2452           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2453             from database</li>
2454           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2455           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2456             browser search window</li>
2457           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2458             in feature settings dialog</li>
2459           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2460             desktop</li>
2461           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2462             pass validation</li>
2463           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2464             fit on screen</li>
2465           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2466             tooltip</li>
2467           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2468             defined user preset</li>
2469           <li>MSA web services warns user if they were launched
2470             with invalid input</li>
2471           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2472             Java 8</li>
2473           <li>
2474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2475             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2476             created
2477           </li>
2478
2479         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2480         <ul>
2481         </ul> <em>General</em>
2482         <ul>
2483         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2484         <ul>
2485           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2486             memory allocation</li>
2487           <li>launchApp service doesn't automatically open
2488             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2489           <li>
2490             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2491             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2492             1.7_055 is available
2493           </li>
2494         </ul> <em>Application Known issues</em>
2495         <ul>
2496           <li>
2497             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2498             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2499             alignment to right
2500           </li>
2501           <li>
2502             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2503             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2504             with large number of ID
2505           </li>
2506           <li>
2507             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2508             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2509             start/end
2510           </li>
2511           <li>
2512             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2513             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2514             structure tracks are rearranged
2515           </li>
2516           <li>
2517             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2518             invalid rna structure positional highlighting does not
2519             highlight position of invalid base pairs
2520           </li>
2521           <li>
2522             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2523             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2524             project from alignment window file menu
2525           </li>
2526           <li>
2527             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2528             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2529             structures
2530           </li>
2531           <li>
2532             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2533             colour by RNA Helices not enabled when user created
2534             annotation added to alignment
2535           </li>
2536           <li>
2537             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2538             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2539           </li>
2540         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2541         <ul>
2542           <li>
2543             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2544             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2545           </li>
2546           <li>
2547             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2548             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2549           </li>
2550
2551           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2552             when selected</li>
2553         </ul>
2554       </td>
2555     </tr>
2556     <tr>
2557       <td><div align="center">
2558           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2559         </div></td>
2560       <td>
2561         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2562         <em>General</em>
2563         <ul>
2564           <li>Internationalisation of user interface (usually
2565             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2566           <li>Define/Undefine group on current selection with
2567             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2568           <li>Improved group creation/removal options in
2569             alignment/sequence Popup menu</li>
2570           <li>Sensible precision for symbol distribution
2571             percentages shown in logo tooltip.</li>
2572           <li>Annotation panel height set according to amount of
2573             annotation when alignment first opened</li>
2574         </ul> <em>Application</em>
2575         <ul>
2576           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2577             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2578           <li>Select columns containing particular features from
2579             Feature Settings dialog</li>
2580           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2581             sequences</li>
2582           <li>Update Jalview project format:
2583             <ul>
2584               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2585               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2586                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2587               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2588                 colouring</li>
2589             </ul>
2590           </li>
2591           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2592             (PAM250)</li>
2593           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2594             flanking regions for an alignment</li>
2595         </ul>
2596       </td>
2597       <td>
2598         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2599         <ul>
2600           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2601             running after job is cancelled</li>
2602           <li>cannot export features from alignments imported from
2603             Jalview/VAMSAS projects</li>
2604           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2605             float values</li>
2606           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2607             have 'display all symbols' flag set</li>
2608           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2609             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2610           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2611             Jalview</li>
2612           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2613             Lion/Webstart</li>
2614           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2615           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2616           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2617             alignment onto desktop</li>
2618           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2619             'extract scores' function</li>
2620           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2621             alignment window</li>
2622           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2623             performing IUPred disorder prediction</li>
2624           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2625             changing 'normalise logo' display setting</li>
2626           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2627             nothing matches query</li>
2628           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2629             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2630           </li>
2631           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2632             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2633           </li>
2634           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2635             Jalview's menu</li>
2636           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2637             'invalid literal/length code'</li>
2638           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2639             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2640           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2641             colourscheme</li>
2642
2643         </ul> <em>Applet</em>
2644         <ul>
2645           <li>Remove group option is shown even when selection is
2646             not a group</li>
2647           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2648             don't affect groups</li>
2649           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2650             colourscheme name</li>
2651           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2652             Annotation panel is not displayed</li>
2653           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2654             embedded windows</li>
2655         </ul> <em>Other</em>
2656         <ul>
2657           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2658             single sequence were not calculated</li>
2659           <li>annotation files that contain only groups imported as
2660             annotation and junk sequences</li>
2661           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2662             recognised as PFAM or BLC</li>
2663           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2664             doesn't affect background (2.8.0b1)
2665           <li></li>
2666           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2667           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2668             trailing gaps</li>
2669           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2670             registered correctly on import</li>
2671           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2672             certain alignments</li>
2673           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2674             existing annotation based 'use original colours'
2675             colourscheme loses original colours setting</li>
2676         </ul>
2677       </td>
2678     </tr>
2679     <tr>
2680       <td><div align="center">
2681           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2682             <em>30/1/2014</em></strong>
2683         </div></td>
2684       <td>
2685         <ul>
2686           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2687             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2688             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2689             open source project).
2690           </li>
2691           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2692           <li>Output in Stockholm format</li>
2693           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2694           <li>Export/import group and sequence associated line
2695             graph thresholds</li>
2696           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2697             ambiguity codes</li>
2698           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2699             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2700             works</li>
2701           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2702         </ul> <em>Other improvements</em>
2703         <ul>
2704           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2705           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2706             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2707           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2708             files</li>
2709           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2710           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2711             link but no description</li>
2712           <li>Select primary source when selecting authority in
2713             database fetcher GUI</li>
2714           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2715             Jalview</li>
2716           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2722             displayed</li>
2723           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2724             secondary structure annotation line</li>
2725           <li>Sequence database accessions not imported when
2726             fetching alignments from Rfam</li>
2727           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2728             identical IDs</li>
2729           <li>View all structures does not always superpose
2730             structures</li>
2731           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2732             reflect user or preset settings</li>
2733           <li>Null pointer exceptions for some services without
2734             presets or adjustable parameters</li>
2735           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2736             discover PDB xRefs</li>
2737           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2738             features with DAS</li>
2739           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2740             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2741           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2742             residue follows a gap</li>
2743           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2744             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2745           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2746             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2747           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2748             annotation already exists on alignment</li>
2749           <li>oninit javascript function should be called after
2750             initialisation completes</li>
2751           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2752             alignment window display</li>
2753           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2754           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2755             to annotation file</li>
2756           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2757             groups created</li>
2758           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2759             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2760           <li>Pressing return several times causes Number Format
2761             exceptions in keyboard mode</li>
2762           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2763             correct partitions for input data</li>
2764           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2765           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2766           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2767           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2768             mode</li>
2769           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2770             changes one row&#39;s threshold</li>
2771           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2772             doesn&#39;t open</li>
2773           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2774             quality histograms</li>
2775         </ul>
2776       </td>
2777     </tr>
2778     <tr>
2779       <td><div align="center">
2780           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2781         </div></td>
2782       <td><em>Application</em>
2783         <ul>
2784           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2785             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2786           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2787             preferences</li>
2788           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2789             in Jalview alignment window</li>
2790           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2791             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2792           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2793             RNA and ambiguity codes</li>
2794
2795           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2796           <li>Support fetching and database reference look up
2797             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2798             refs')</li>
2799           <li>Jalview project improvements
2800             <ul>
2801               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2802                 flag for annotation</li>
2803               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2804                 alignment</li>
2805               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2806                 Jalview project</li>
2807
2808             </ul>
2809           </li>
2810           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2811           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2812             running</li>
2813           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2814           <li>visual indication that web service results are still
2815             being retrieved from server</li>
2816           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2817             starts up for first time</li>
2818           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2819             services</li>
2820           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2821             client library</li>
2822           <li>Examples directory and Groovy library included in
2823             InstallAnywhere distribution</li>
2824         </ul> <em>Applet</em>
2825         <ul>
2826           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2827             visualization applet example</li>
2828         </ul> <em>General</em>
2829         <ul>
2830           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2831           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2832             defaults</li>
2833           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2834             calculation</li>
2835           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2836             matrices
2837           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2838             in HTML</li>
2839           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2840             structure contacts</li>
2841           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2842           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2843           <li>Parse sequence associated secondary structure
2844             information in Stockholm files</li>
2845           <li>HTML Export database accessions and annotation
2846             information presented in tooltip for sequences</li>
2847           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2848             style RNA alignment files</li>
2849           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2850             alignment</li>
2851           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2852             shade each sequence according to its associated alignment
2853             annotation</li>
2854           <li>New Jalview Logo</li>
2855         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2856         <ul>
2857           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2858           <li>New Website!</li>
2859         </ul></td>
2860       <td><em>Application</em>
2861         <ul>
2862           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2863             wsdbfetch REST service</li>
2864           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2865           <li>Filetype associations not installed for webstart
2866             launch</li>
2867           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2868             job execution in full once it is complete</li>
2869           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2870             uploaded via ali_file parameter</li>
2871           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2872           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2873           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2874             submitted for prediction</li>
2875           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2876             desktop window</li>
2877           <li>Putting fractional value into integer text box in
2878             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2879           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2880             windows 7</li>
2881           <li>View all structures fails with exception shown in
2882             structure view</li>
2883           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2884             escaped in a platform independent way</li>
2885           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2886             using proxy</li>
2887           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2888             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2889           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2890             failure when java web start temporary file caching is
2891             disabled</li>
2892           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2893             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2894           <li>Errors during processing of command line arguments
2895             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2896           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2897             DAS sources in sequence fetcher</li>
2898           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2899             dialog is shown</li>
2900           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2901           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2902           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2903           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2904             on OSX Mountain Lion</li>
2905           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2906             sequences with alignment annotation are pasted into the
2907             alignment</li>
2908           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2909             when loaded from Jalview project</li>
2910           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2911           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2912             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2913           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2914             associated with all views</li>
2915           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2916             annotation rows to new window</li>
2917         </ul> <em>Applet</em>
2918         <ul>
2919           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2920             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2921           <li>loading features via javascript API automatically
2922             enables feature display</li>
2923           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2924             work</li>
2925         </ul> <em>General</em>
2926         <ul>
2927           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2928           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2929             and then deselected</li>
2930           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2931           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2932             coloured with clustalx</li>
2933           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2934             exceptions and redraw errors</li>
2935           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2936             reconfigured view</li>
2937           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2938             colour</li>
2939           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2940             for lots of labels</li>
2941         </ul>
2942     </tr>
2943     <tr>
2944       <td>
2945         <div align="center">
2946           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2947         </div>
2948       </td>
2949       <td><em>Application</em>
2950         <ul>
2951           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2952           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2953           <li>View/alignment association menu to enable user to
2954             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2955             its colours/correspondences from</li>
2956           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2957           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2958             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2959           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2960           <li>Annotation row column label formatting attributes
2961             stored in project file</li>
2962           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2963             rows preserved in Jalview project file</li>
2964           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2965             saved using Desktop window menu</li>
2966           <li>Visual indication that command line arguments are
2967             still being processed</li>
2968           <li>Groovy script execution from URL</li>
2969           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2970             preferences</li>
2971           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2972             alignment with sequences that have high similarity and
2973             matching IDs</li>
2974           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2975           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2976             structures in same window</li>
2977           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2978           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2979             analysis function in its own submenu</li>
2980         </ul> <em>Applet</em>
2981         <ul>
2982           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2983             groups</li>
2984           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2985           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2986           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2987           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2988           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2989             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2990           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2991           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2992             parameters are treated as such</li>
2993           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2994             <ul>
2995               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2996               <li>Javascript callbacks for
2997                 <ul>
2998                   <li>Applet initialisation</li>
2999                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3000                 </ul>
3001               </li>
3002               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3003                 functions</li>
3004               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3005               <li>javascript structure viewer harness to pass
3006                 messages between Jmol and Jalview when running as
3007                 distinct applets</li>
3008               <li>sortBy method</li>
3009               <li>Set of applet and application examples shipped
3010                 with documentation</li>
3011               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3012                 javascript message exchange</li>
3013             </ul>
3014         </ul> <em>General</em>
3015         <ul>
3016           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3017             multiple alignments</li>
3018           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3019           <li>User configurable link to enable redirects to a
3020             www.Jalview.org mirror</li>
3021           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3022           <li>Configurable newline string when writing alignment
3023             and other flat files</li>
3024           <li>Allow alignment annotation description lines to
3025             contain html tags</li>
3026         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3027         <ul>
3028           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3029             examples</li>
3030           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3031             using a web service before displaying the result in the
3032             Jalview desktop</li>
3033           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3034           <li>Ant target to publish example html files with applet
3035             archive</li>
3036           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3037           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3038         </ul></td>
3039       <td><em>Application</em>
3040         <ul>
3041           <li>User defined colourscheme throws exception when
3042             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3043           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3044             dialog for valid filename/format</li>
3045           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3046           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3047             P37173</li>
3048           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3049             which sequence is to be associated with the file</li>
3050           <li>Find All raises null pointer exception when query
3051             only matches sequence IDs</li>
3052           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3053           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3054             2.4 cannot be loaded</li>
3055           <li>Filetype associations not installed for webstart
3056             launch</li>
3057           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3058             with sequences in different alignments do not get coloured
3059             by their associated sequence</li>
3060           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3061             not preserved when project is loaded</li>
3062           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3063             stored in Jalview project</li>
3064           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3065             Jalview project</li>
3066           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3067           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3068             by conservation</li>
3069           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3070             created on new view</li>
3071           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3072             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3073           <li>Alignment quality not updated after alignment
3074             annotation row is hidden then shown</li>
3075           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3076             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3077           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3078             properly</li>
3079           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3080             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3081           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3082           <li>Structures imported from file and saved in project
3083             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3084           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3085             job execution in full once it is complete</li>
3086         </ul> <em>Applet</em>
3087         <ul>
3088           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3089             annotation rows are displayed</li>
3090           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3091             codebase</li>
3092           <li>View follows highlighting does not work for positions
3093             in sequences</li>
3094           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3095           <li>Export features raises exception when no features
3096             exist</li>
3097           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3098             for javascript api is modified when separator string
3099             provided as parameter</li>
3100           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3101             alignment with no existing selection</li>
3102           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3103             to applet&#39;s codebase</li>
3104           <li>Status bar not updated after finished searching and
3105             search wraps around to first result</li>
3106           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3107             several Jalview applets causes race conditions and memory
3108             leaks</li>
3109           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3110             not sent from Jmol in applet</li>
3111           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3112             applet API fatally hang browser</li>
3113         </ul> <em>General</em>
3114         <ul>
3115           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3116             position with wrapped view and hidden regions</li>
3117           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3118             with/without hidden columns</li>
3119           <li>Sequence length given in alignment properties window
3120             is off by 1</li>
3121           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3122             import PDB like structure files</li>
3123           <li>Positional search results are only highlighted
3124             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3125           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3126           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3127             given sequence position</li>
3128           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3129             output</li>
3130           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3131             from nucleotide chains correctly</li>
3132           <li>Structure colours not updated when tree partition
3133             changed in alignment</li>
3134           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3135             parsed in interleaved stockholm</li>
3136           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3137             state</li>
3138           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3139             properly</li>
3140           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3141             properly associated with their pdb files</li>
3142         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3143         <ul>
3144           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3145             ApplyCopyright tool</li>
3146         </ul></td>
3147     </tr>
3148     <tr>
3149       <td>
3150         <div align="center">
3151           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td><em>Application</em>
3155         <ul>
3156           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3157             contact web services</li>
3158           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3159             service job window</li>
3160           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3161         </ul></td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3165             pir file emitted by Jalview</li>
3166           <li>Existing feature settings transferred to new
3167             alignment view created from cut'n'paste</li>
3168           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3169             parsing PDB files</li>
3170           <li>Consensus and conservation annotation rows
3171             occasionally become blank for all new windows</li>
3172           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3173             in wrapped view mode</li>
3174         </ul> <em>Application</em>
3175         <ul>
3176           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3177             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3178           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3179             parameter names</li>
3180           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3181             is down</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184     </tr>
3185     <tr>
3186       <td>
3187         <div align="center">
3188           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3189         </div>
3190       </td>
3191       <td><em>Application</em>
3192         <ul>
3193           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3194             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3195             (JABAWS)
3196           </li>
3197           <li>Web Services preference tab</li>
3198           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3199             preferences</li>
3200           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3201           <li>Superpose structures using associated sequence
3202             alignment</li>
3203           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3204             viewer</li>
3205         </ul> <em>Applet</em>
3206         <ul>
3207           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3208             link out mechanism</li>
3209         </ul> <em>Other</em>
3210         <ul>
3211           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3212             series 12</li>
3213           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3214             require Java 1.5</li>
3215           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3216             sequence annotation files</li>
3217           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3218             type colour specification</li>
3219           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3220             script to check if it being run in an interactive session or
3221             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3222         </ul></td>
3223       <td>
3224         <ul>
3225           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3226             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3227         </ul> <em>Application</em>
3228         <ul>
3229           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3230             selected Regions menu item</li>
3231           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3232             part of a valid accession ID</li>
3233           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3234             runs out of memory</li>
3235           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3236             analysis results</li>
3237           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3238             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3239           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3240         </ul> <em>Applet</em>
3241         <ul>
3242           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3243             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3244             defined.</li>
3245         </ul>
3246       </td>
3247     </tr>
3248     <tr>
3249       <td>
3250         <div align="center">
3251           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3252         </div>
3253       </td>
3254       <td></td>
3255       <td>
3256         <ul>
3257           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3258             sequence IDs</li>
3259           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3260             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3261           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3262             import correctly</li>
3263           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3264             number of columns are hidden</li>
3265           <li>annotation label popup menu not providing correct
3266             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3267             present</li>
3268           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3269             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3270           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3271             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3272
3273         </ul> <em>Applet</em>
3274         <ul>
3275           <li>annotation panel disappears when annotation is
3276             hidden/removed</li>
3277         </ul> <em>Application</em>
3278         <ul>
3279           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3280             alignment opened where annotation panel is visible but no
3281             annotations are present on alignment</li>
3282           <li>pasted region containing hidden columns is
3283             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3284           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3285             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3286           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3287             selected Rregions menu item.</li>
3288           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3289             'Un' or 'Non'conserved</li>
3290           <li>Sequence feature settings are being shared by
3291             multiple distinct alignments</li>
3292           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3293             changed</li>
3294           <li>double click on group annotation to select sequences
3295             does not propagate to associated trees</li>
3296           <li>Mac OSX specific issues:
3297             <ul>
3298               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3299                 window background</li>
3300               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3301                 name set correctly</li>
3302               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3303                 save feature colourscheme button</li>
3304             </ul>
3305           </li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308     </tr>
3309     <tr>
3310
3311       <td>
3312         <div align="center">
3313           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3314         </div>
3315       </td>
3316       <td><em>New Capabilities</em>
3317         <ul>
3318           <li>URL links generated from description line for
3319             regular-expression based URL links (applet and application)
3320
3321           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3322             menu</li>
3323           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3324             structures</li>
3325           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3326             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3327           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3328             average score or total feature count for each sequence.</li>
3329           <li>Shading features by score or associated description</li>
3330           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3331             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3332           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3333             hide everything but the currently selected region.</li>
3334           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3335         </ul> <em>Application</em>
3336         <ul>
3337           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3338             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3339           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3340             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3341           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3342             database references and protein_name is parsed as
3343             description line (BioSapiens terms).</li>
3344           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3345             references in sequence ID tooltip from View menu in
3346             application.</li>
3347           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3348       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3349           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3350             conservation plots</li>
3351           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3352             and visualized as sequence logos</li>
3353           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3354             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3355           </li>
3356           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3357             when a new tree is opened.</li>
3358           <li>Jalview Java Console</li>
3359           <li>Better placement of desktop window when moving
3360             between different screens.</li>
3361           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3362             consensus annotation</li>
3363           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3364             Workflows</li>
3365           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3366             <ul>
3367               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3368                 used to preserve views, structures, and tree display
3369                 settings)</li>
3370               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3371                 command line</li>
3372               <li>Sharing of selected regions between views and
3373                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3374               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3375             </ul></li>
3376         </ul> <em>Applet</em>
3377         <ul>
3378           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3379           <li>New Parameters
3380             <ul>
3381               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3382                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3383                 opened.</li>
3384               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3385                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3386               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3387                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3388               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3389                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3390                 view</li>
3391               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3392                 increase the height or width of a cell in the alignment
3393                 grid relative to the current font size.</li>
3394             </ul>
3395           </li>
3396           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3397             tooltip</li>
3398         </ul> <em>Other</em>
3399         <ul>
3400           <li>Features format: graduated colour definitions and
3401             specification of feature scores</li>
3402           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3403             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3404             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3405           <li>XML formats extended to support graduated feature
3406             colourschemes, group associated annotation, and profile
3407             visualization settings.</li></td>
3408       <td>
3409         <ul>
3410           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3411             rather than description</li>
3412           <li>Non-positional features are now included in sequence
3413             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3414             visibility in tooltip).</li>
3415           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3416           <li>Added URL embedding instructions to features file
3417             documentation.</li>
3418           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3419             'X' in peptide product</li>
3420           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3421             sequence ID and sequence string and query strings do not
3422             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3423           <li>AMSA files only contain first column of
3424             multi-character column annotation labels</li>
3425           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3426             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3427             exported and re-imported)</li>
3428           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3429             name</li>
3430           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3431             as subsequence matches, and correctly reports total number
3432             of both.</li>
3433           <li>Application:
3434             <ul>
3435               <li>Better handling of exceptions during sequence
3436                 retrieval</li>
3437               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3438                 link text excludes the start_end suffix</li>
3439               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3440                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3441               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3442               <li>Sequence description lines properly shared via
3443                 VAMSAS</li>
3444               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3445                 data sources</li>
3446               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3447                 completes before alignment figures are generated.</li>
3448               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3449                 first time.</li>
3450               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3451                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3452               <li>User defined group colours properly recovered
3453                 from Jalview projects.</li>
3454             </ul>
3455           </li>
3456         </ul>
3457       </td>
3458
3459     </tr>
3460     <tr>
3461       <td>
3462         <div align="center">
3463           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3464         </div>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Experimental support for google analytics usage
3469             tracking.</li>
3470           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Race condition in applet preventing startup in
3476             jre1.6.0u12+.</li>
3477           <li>Exception when feature created from selection beyond
3478             length of sequence.</li>
3479           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3480           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3481             all sequences with a given id</li>
3482           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3483             ID string searches</li>
3484           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3485             alignment to fail with exception</li>
3486         </ul> <em>Application Issues</em>
3487         <ul>
3488           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3489           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3490             data sources</li>
3491         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3492         <ul>
3493           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3494             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3495           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3496             version (java class versioning error fixed)</li>
3497         </ul>
3498       </td>
3499     </tr>
3500     <tr>
3501       <td>
3502
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td><em>User Interface</em>
3508         <ul>
3509           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3510             translation and protein products</li>
3511           <li>Linked highlighting of structure associated with
3512             residue mapping to codon position</li>
3513           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3514             and 'clear' button</li>
3515           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3516             Tools menu</li>
3517           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3518             numeric data in description line</li>
3519           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3520           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3521             of sequence</li>
3522         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3523         <ul>
3524           <li>JPred3 web service</li>
3525           <li>Prototype sequence search client (no public services
3526             available yet)</li>
3527           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3528             PFAM</li>
3529           <li>URL Links created for matching database cross
3530             references as well as sequence ID</li>
3531           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3532         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3533         <ul>
3534           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3535             databases</li>
3536           <li>Generalised database reference retrieval and
3537             validation to all fetchable databases</li>
3538           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3539             sequence command</li>
3540         </ul> <em>Import and Export</em>
3541         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3542         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3543           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3544         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3545           File</li>
3546         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3547           triplet as name of colourscheme</li>
3548         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3549         <ul>
3550           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3551           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3552             alignments (experimental)</li>
3553           <li>Create new or select existing session to join</li>
3554           <li>load and save of vamsas documents</li>
3555         </ul> <em>Application command line</em>
3556         <ul>
3557           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3558             from applet)</li>
3559           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3560             of DAS servers to query for alignment features</li>
3561           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3562             that are also automatically queried for features</li>
3563           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3564             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3565         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3566         <ul>
3567           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3568             application (when using &quot;View in full
3569             application&quot;)</li>
3570         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3571         <ul>
3572           <li>feature group display control parameter</li>
3573           <li>debug parameter</li>
3574           <li>showbutton parameter</li>
3575         </ul> <em>Applet API methods</em>
3576         <ul>
3577           <li>newView public method</li>
3578           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3579           <li>Feature display control methods</li>
3580           <li>get list of currently selected sequences</li>
3581         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3582         <ul>
3583           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3584           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3585             Jalview release.</li>
3586           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3587             property controls execution of obfuscator</li>
3588           <li>Build target for generating source distribution</li>
3589           <li>Debug flag for javacc</li>
3590           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3591             jalview.bin.Cache</li>
3592           <li>Continuous Build Integration for stable and
3593             development version of Application, Applet and source
3594             distribution</li>
3595         </ul></td>
3596       <td>
3597         <ul>
3598           <li>selected region output includes visible annotations
3599             (for certain formats)</li>
3600           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3601             for editing</li>
3602           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3603           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3604           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3605           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3606             comments</li>
3607           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3608             filenames containing a ':'</li>
3609           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3610             global sequence features</li>
3611           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3612             references from alignment sequences goes to zero</li>
3613           <li>Close of tree branch colour box without colour
3614             selection causes cascading exceptions</li>
3615           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3616           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3617             file parsing fails.</li>
3618           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3619           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3620             not a valid output format</li>
3621           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3622             vamsas</li>
3623           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3624           <li>error messages passed up and output when data read
3625             fails</li>
3626           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3627             sequence is edited</li>
3628           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3629             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3630           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3631             filetype</li>
3632           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3633             import fixed for PFAM records</li>
3634           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3635             window list</li>
3636           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3637             can be read and written correctly to annotation file</li>
3638           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3639             correctly</li>
3640           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3641             non-italic font for representatives in Applet</li>
3642           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3643             Macs.</li>
3644           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3645             Applet)</li>
3646           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3647             due to null pointer exceptions</li>
3648           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3649             first column of alignment</li>
3650           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3651             July 2008</li>
3652           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3653             file is case-insensitive</li>
3654           <li>Sequence features read from Features file appended to
3655             all sequences with matching IDs</li>
3656           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3657             containing a sub-sequence</li>
3658           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3659           <li>feature and annotation file applet parameters
3660             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3661           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3662           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3663             splash-screen version check to complete</li>
3664           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3665             when passing them to the launchApp service</li>
3666           <li>display name and local features preserved in results
3667             retrieved from web service</li>
3668           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3669             sequence fetcher initialisation</li>
3670           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3671             dasobert DAS client</li>
3672           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3673             association</li>
3674           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3675             sequences
3676           </li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679     </tr>
3680     <tr>
3681       <td>
3682         <div align="center">
3683           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3684         </div>
3685       </td>
3686       <td>
3687         <ul>
3688           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3689           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3690           <li>Slide sequences</li>
3691           <li>Edit sequence in place</li>
3692           <li>EMBL CDS features</li>
3693           <li>DAS Feature mapping</li>
3694           <li>Feature ordering</li>
3695           <li>Alignment Properties</li>
3696           <li>Annotation Scores</li>
3697           <li>Sort by scores</li>
3698           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3699         </ul>
3700       </td>
3701       <td>
3702         <ul>
3703           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3704           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3705           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3706           <li>Feature group display state in XML</li>
3707           <li>Feature ordering in XML</li>
3708           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3709           <li>Stockholm alignment properties</li>
3710           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3711           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3712           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3713           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3714         </ul>
3715       </td>
3716
3717     </tr>
3718     <tr>
3719       <td>
3720         <div align="center">
3721           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3722         </div>
3723       </td>
3724       <td>
3725         <ul>
3726           <li>Non standard characters can be read and displayed
3727           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3728             applet via textbox
3729           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3730             name &amp; description
3731           <li>Preference setting to display sequence name in
3732             italics
3733           <li>Annotation file format extended to allow
3734             Sequence_groups to be defined
3735           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3736             specified in preferences
3737           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3738             sequences
3739         </ul>
3740       </td>
3741       <td>
3742         <ul>
3743           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3744             installed
3745           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3746           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3747         </ul>
3748       </td>
3749     </tr>
3750     <tr>
3751       <td>
3752         <div align="center">
3753           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3754         </div>
3755       </td>
3756       <td>
3757         <ul>
3758           <li>Multiple views on alignment
3759           <li>Sequence feature editing
3760           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3761           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3762           <li>Background dependent text colour
3763           <li>Right align sequence ids
3764           <li>User-defined lower case residue colours
3765           <li>Format Menu
3766           <li>Select Menu
3767           <li>Menu item accelerator keys
3768           <li>Control-V pastes to current alignment
3769           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3770           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3771           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3772
3773           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3774         </ul>
3775       </td>
3776       <td>
3777         <ul>
3778           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3779           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3780             calculations
3781           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3782             edits
3783           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3784             of alignment)
3785           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3786
3787           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3788             display correctly
3789           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3790           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3791             analysis results
3792           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3793             &#8739;
3794           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3795           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3796           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3797
3798         </ul>
3799       </td>
3800     </tr>
3801     <tr>
3802       <td>
3803         <div align="center">
3804           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3805         </div>
3806       </td>
3807       <td>
3808         <ul>
3809           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3810         </ul>
3811       </td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3815             sequence id panel has been resized</li>
3816           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3817             rendered</li>
3818           <li>Annotation files with sequence references - all
3819             elements in file are relative to sequence position</li>
3820           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3821         </ul>
3822       </td>
3823     </tr>
3824     <tr>
3825       <td>
3826         <div align="center">
3827           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3828         </div>
3829       </td>
3830       <td>
3831         <ul>
3832           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3833           <li>DAS Feature fetching</li>
3834           <li>Hide sequences and columns</li>
3835           <li>Export Annotations and Features</li>
3836           <li>GFF file reading / writing</li>
3837           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3838             files</li>
3839           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3840           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3841           <li>Applet can launch the full application</li>
3842           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3843             required)</li>
3844           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3845           <li>Applet can load sequences from parameter
3846             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3847           </li>
3848         </ul>
3849       </td>
3850       <td>
3851         <ul>
3852           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3853           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3854           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3855         </ul>
3856       </td>
3857     </tr>
3858     <tr>
3859       <td>
3860         <div align="center">
3861           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3862         </div>
3863       </td>
3864       <td>
3865         <ul>
3866           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3867           <li>Choose to match case when searching</li>
3868           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3869             expand the visible width and height of the alignment</li>
3870         </ul>
3871       </td>
3872       <td>
3873         <ul>
3874           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3875         </ul>
3876       </td>
3877     </tr>
3878     <tr>
3879       <td>
3880         <div align="center">
3881           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3882         </div>
3883       </td>
3884       <td>&nbsp;</td>
3885       <td>
3886         <ul>
3887           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3888           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3889             value</li>
3890         </ul>
3891       </td>
3892     </tr>
3893     <tr>
3894       <td>
3895         <div align="center">
3896           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3897         </div>
3898       </td>
3899       <td>
3900         <ul>
3901           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3902           <li>Keyboard editing</li>
3903           <li>Create sequence features from searches</li>
3904           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3905             alignments</li>
3906           <li>Features file allows grouping of features</li>
3907           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3908           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3909           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3910         </ul>
3911       </td>
3912       <td>
3913         <ul>
3914           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3915           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3916             descriptions saved.</li>
3917         </ul>
3918       </td>
3919     </tr>
3920     <tr>
3921       <td>
3922         <div align="center">
3923           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3924         </div>
3925       </td>
3926       <td>
3927         <ul>
3928           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3929           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3930           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3931             name for file output</li>
3932           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3933           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3934             used for HTML form input</li>
3935         </ul>
3936       </td>
3937       <td>
3938         <ul>
3939           <li>HTML output writes groups and features</li>
3940           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3941           <li>File IO bugs</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944     </tr>
3945     <tr>
3946       <td>
3947         <div align="center">
3948           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3949         </div>
3950       </td>
3951       <td>
3952         <ul>
3953           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3954           <li>More options for PCA viewer</li>
3955         </ul>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>GUI bugs resolved</li>
3960           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3961         </ul>
3962       </td>
3963     </tr>
3964     <tr>
3965       <td height="63">
3966         <div align="center">
3967           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3968         </div>
3969       </td>
3970       <td>
3971         <ul>
3972           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3973           <li>Jar files are executable</li>
3974           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3975         </ul>
3976       </td>
3977       <td>
3978         <ul>
3979           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3980           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3981           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3982         </ul>
3983       </td>
3984     </tr>
3985     <tr>
3986       <td>
3987         <div align="center">
3988           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3989         </div>
3990       </td>
3991       <td>
3992         <ul>
3993           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3994         </ul>
3995       </td>
3996       <td>
3997         <ul>
3998           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001     </tr>
4002     <tr>
4003       <td>
4004         <div align="center">
4005           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4006         </div>
4007       </td>
4008       <td>
4009         <ul>
4010           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4011             size</li>
4012         </ul>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Improved JPred client reliability</li>
4017           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4018         </ul>
4019       </td>
4020     </tr>
4021     <tr>
4022       <td>
4023         <div align="center">
4024           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4025         </div>
4026       </td>
4027       <td>
4028         <ul>
4029           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4030           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4031           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4032             to Colour Menu</li>
4033           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4034           <li>Unix users can set default web browser</li>
4035           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4036           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4037         </ul>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4042         </ul>
4043       </td>
4044     </tr>
4045     <tr>
4046       <td>
4047         <div align="center">
4048           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4049         </div>
4050       </td>
4051       <td>&nbsp;</td>
4052       <td>
4053         <ul>
4054           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4055             alignment order.</li>
4056         </ul>
4057       </td>
4058     </tr>
4059     <tr>
4060       <td>
4061         <div align="center">
4062           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4063         </div>
4064       </td>
4065       <td>
4066         <ul>
4067           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4068           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4069           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4070             annotations.</li>
4071           <li>Version and build date written to build properties
4072             file.</li>
4073           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4074             at launch of Jalview.</li>
4075         </ul>
4076       </td>
4077       <td>
4078         <ul>
4079           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4080           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4081           <li>Can remove groups one by one.</li>
4082           <li>Filechooser icons installed.</li>
4083           <li>Finder ignores return character when searching.
4084             Return key will initiate a search.<br>
4085           </li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091         <div align="center">
4092           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4093         </div>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>New codebase</li>
4098         </ul>
4099       </td>
4100       <td>&nbsp;</td>
4101     </tr>
4102   </table>
4103   <p>&nbsp;</p>
4104 </body>
4105 </html>