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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
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  29   padding-left: 10px;
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  31 }
  32
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  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
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  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>14/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104           <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105           <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 109           </div>
 110       </td>
 111       <td><div align="left">
 112           <em>General</em>
 113           <ul>
 114             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 115             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 116             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 117             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 118           </ul>
 119           <em>Desktop</em>
 120           <ul>
 121             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 122             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 123             </li>
 124             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 125             </li>
 126             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 127             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 128             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 129             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 130             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 131             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 132             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 133             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 134             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 135             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 136             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 137             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 138             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 139             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 140             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 141             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 142             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 143             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 144             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 145            </ul>
 146           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 147            <ul>
 148             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 149           </ul>
 150           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 151           <ul>
 152           <li>
 153             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 154           </li>
 155           </ul>
 156           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 157           <ul>
 158             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 159             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 160             OSX 10.10)
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <strong>New Known Issues</strong>
 164           <ul>
 165           <li><!-- JAL- --></li>
 166           </ul>
 167           </div>
 168       </td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 174             <em>2/10/2017</em></strong>
 175         </div>
 176       </td>
 177       <td><div align="left">
 178           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 182             </li>
 183             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 184             </li>
 185           </ul>
 186         </div></td>
 187       <td><div align="left">
 188         </div></td>
 189     </tr>
 190     <tr>
 191       <td width="60" nowrap>
 192         <div align="center">
 193           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 194             <em>7/9/2017</em></strong>
 195         </div>
 196       </td>
 197       <td><div align="left">
 198           <em></em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 202               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 203               white)
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 207               Preferences
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 211               in size and progress bar shown as higher resolution
 212               overview is recalculated
 213             </li>
 214
 215           </ul>
 216         </div></td>
 217       <td><div align="left">
 218           <em></em>
 219           <ul>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 222               column region row by row
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 226               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 230               format setting is unticked
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 234               if group has show boxes format setting unticked
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 238               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 239               include sequences and columns not currently displayed
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 243               assemblies are imported via CIF file
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 247               displayed when threshold or conservation colouring is also
 248               enabled.
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 252               server version
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 256               dragging a selected region off the visible region of the
 257               alignment
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 261               colourscheme to all groups in a view
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 265               initially after font size change using the Font chooser or
 266               middle-mouse zoom
 267             </li>
 268           </ul>
 269         </div></td>
 270     </tr>
 271     <tr>
 272       <td width="60" nowrap>
 273         <div align="center">
 274           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 275         </div>
 276       </td>
 277       <td><div align="left">
 278           <em>Calculations</em>
 279           <ul>
 280
 281             <li>
 282               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 283               ungapped positions in each column of the alignment.
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 287               a calculation dialog box
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 291               and memory efficiency (~30x faster)
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 295               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 296               and other calculations
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 300               files within the Jalview codebase
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 304               Similarity may have different topology due to increased
 305               precision
 306             </li>
 307           </ul>
 308           <em>Rendering</em>
 309           <ul>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 312               model for alignments and groups
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 316               scripts
 317             </li>
 318           </ul>
 319           <em>Overview</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 323               with alignment and overview windows
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 327               overview
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 331               omitted in Overview
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 335               adjustment of visible position
 336             </li>
 337           </ul>
 338
 339           <em>Data import/export</em>
 340           <ul>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 343               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 347               annotation input/output via stockholm flatfile
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 351               extension when importing structure files without embedded
 352               names or PDB accessions
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 356               format sequence substitution matrices
 357             </li>
 358           </ul>
 359           <em>User Interface</em>
 360           <ul>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 363               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 364               the application.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 368               via Overview or sequence motif search operations
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 372               opened by double clicking gaps within sequence feature
 373               extent
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 377               aligned positions were available to create a 3D structure
 378               superposition.
 379             </li>
 380           </ul>
 381           <em>3D Structure</em>
 382           <ul>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 385               coloured in linked structure views
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 389               file-based command exchange
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 393               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 394               structures are already available for sequences
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 398               the Jalview project rather than downloaded again when the
 399               project is reopened.
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 403               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 404               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 405                 Feature</strong>)
 406             </li>
 407           </ul>
 408           <em>Web Services</em>
 409           <ul>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 415               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 416               Analysis services
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 420               cross-references provided by identifiers.org and the
 421               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 422             </li>
 423           </ul>
 424
 425           <em>Scripting</em>
 426           <ul>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 429               identifying file formats (instead of String constants)
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 433               efficiency when counting all displayed features (not
 434               backwards compatible with 2.10.1)
 435             </li>
 436           </ul>
 437           <em>Example files</em>
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 441               included in the example feature file
 442             </li>
 443           </ul>
 444           <em>Documentation</em>
 445           <ul>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 448               with the built-in Java help viewer
 449             </li>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 452               sequence description' option
 453             </li>
 454           </ul>
 455           <em>Test Suite</em>
 456           <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 459               Uniprot REST Free Text Search Client
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 466               during tests
 467             </li>
 468           </ul>
 469         </div></td>
 470       <td><div align="left">
 471           <em>Calculations</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 475               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 476               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 477             </li>
 478             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 479               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 480               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 481               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 482               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 483               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 484               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 485               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 486               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 487               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 488               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 489               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 490               // for 2.10.1 mode <br />
 491               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 492               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 493                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 494                 calculations (not recommended)</em></li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 497               scaling of branch lengths for trees computed using
 498               Sequence Feature Similarity.
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 502               generating output report when working with highly
 503               redundant alignments
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 507               right of selected region when gaps present on right-hand
 508               boundary
 509             </li>
 510           </ul>
 511           <em>User Interface</em>
 512           <ul>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 515               doesn't reselect a specific sequence's associated
 516               annotation after it was used for colouring a view
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 520               opened on a region of alignment without groups
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 524               of an alignment with overlapping groups
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 528               name and description match
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 532               hidden regions results in incorrect hidden regions
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 536               changing colour does not apply Conservation slider value
 537               to all groups
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 541               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 545               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 549               gaps before start of features
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 553               restored to UI when feature colour is edited
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 557               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 561               as graduate feature colour settings are modified via the
 562               dialog box
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 566               when a group defined on the alignment is resized
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 570               wrapped view result in positional status updates
 571             </li>
 572
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 575               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 579               alignment included gapped columns
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 583               widgets don't permanently disappear
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 587               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 588               T-Coffee column reliability scores)
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 592               sequence feature on gaps only
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 596               button from a Find inherit previously defined feature type
 597               rather than the Find query string
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 601               exporting tree calculated in Jalview
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 605               and then revealing them reorders sequences on the
 606               alignment
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 610               doesn't update to reflect available set of groups after
 611               interactively adding or modifying features
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 615               Linux
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 619               only excluded gaps in current sequence and ignored
 620               selection.
 621             </li>
 622           </ul>
 623           <em>Rendering</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 627               erratically when hidden rows or columns are present
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 631               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 632               sequence colouring
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 636               colour and group colour menu for protein alignments
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 640               reflect currently selected view or group's shading
 641               thresholds
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 645               when rendered on overview and structures when opacity at
 646               100%
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 650               overview when features overlaid on alignment
 651             </li>
 652           </ul>
 653           <em>Data import/export</em>
 654           <ul>
 655             <li>
 656               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 657               load
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 661               added after a sequence was imported are not written to
 662               Stockholm File
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 666               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 670               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 674               with lightGray or darkGray via features file (but can
 675               specify lightgray)
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 679               when alignment view imported from project
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 683               structure and sequences extracted from structure files
 684               imported via URL and viewed in Jmol
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 688               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 689               the project is loaded and the structure viewed
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>Web Services</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 696               release of Ensembl v.88
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 700               appear enabled in Preferences->Connections
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 704               removed from console output
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 708               Ensembl by Peptide ID
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 712               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 713               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 714               due to 'null' string rather than empty string used for
 715               residues with no corresponding PDB mapping).
 716             </li>
 717           </ul>
 718           <em>Application UI</em>
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 722               menu
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 726               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 727               new documentation and tooltips added)
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 731               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 735               new features are added to alignment
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 739               changes to feature colours via the Amend features dialog
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 743               edit graduated feature colour via amend features dialog
 744               box
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 748               selection menu changes colours of alignment views
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 752               from alignment calculation workers after alignment has
 753               been closed
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 757               groups now 'Create Group'
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 761               Create/Undefine group doesn't always work
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 765               shown again after pressing 'Cancel'
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 769               adjusts start position in wrap mode
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 773               ambiguous amino acids
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 777               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 778               proteins
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 782               Defined' don't appear in Colours menu
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Applet</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 789               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 793               overview or linked structure view
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 797               work (since 2.8)
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 801               user-defined colourscheme doesn't restore original
 802               colourscheme
 803             </li>
 804           </ul>
 805           <em>Test Suite</em>
 806           <ul>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 809               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 813               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 814               problems with deep array comparison equality asserts in
 815               successive versions of TestNG
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 819               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>New Known Issues</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 826               phase after a sequence motif find operation
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 830               containing just upper and lower case letters are
 831               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 835               reliably from eggnog Ortholog database
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 839               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 840               to mark columns containing highlighted regions.
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 844               doesn't always add secondary structure annotation.
 845             </li>
 846           </ul>
 847         </div>
 848     <tr>
 849       <td width="60" nowrap>
 850         <div align="center">
 851           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 852         </div>
 853       </td>
 854       <td><div align="left">
 855           <em>General</em>
 856           <ul>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 859               for all consensus calculations
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 863               3rd Oct 2016)
 864             </li>
 865             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 866               for 2016-2017</li>
 867           </ul>
 868           <em>Application</em>
 869           <ul>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 872               set of database cross-references, sorted alphabetically
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 876               from database cross references. Users with custom links
 877               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 878                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 882               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 883               Chimera session
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 887               the Chimera it is connected to is shut down
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 891               columns menu item to mark columns containing highlighted
 892               regions (e.g. from structure selections or results of a
 893               Find operation)
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 897               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 898               MSAviewer
 899             </li>
 900           </ul>
 901         </div></td>
 902       <td>
 903         <div align="left">
 904           <em>General</em>
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 908               are not coloured or thresholded according to percent
 909               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 913               hydrophobic
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 917               threshold, amino acid properties)
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 921               reported as mapped to residues in a structure file in the
 922               View Mapping report
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 926               could be added multiple times to a sequence
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 930               bond features shown as two highlighted residues rather
 931               than a range in linked structure views, and treated
 932               correctly when selecting and computing trees from features
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 936               cross-references are matched to database name regardless
 937               of case
 938             </li>
 939
 940           </ul>
 941           <em>Application</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 945               names without regular expressions also offer links from
 946               Sequence ID
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 950               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 951               update Jalview configuration
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 955               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 959               files with similarly named sequences if dropped onto the
 960               alignment
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 964               entries where more chains exist in the PDB accession than
 965               are reported in the SIFTS file
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 969               the structure view when displayed with Chimera
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 973               panel's View->Show Chains submenu
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 977               work for wrapped alignment views
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 981               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 985               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 986               first annotation row
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 990               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 994               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 995             </li>
 996             <!-- JAL-2319 -->
 997             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 998             coordindate data
 999             </li>
1000           </ul>
1001           <!--           <em>New Known Issues</em>
1002           <ul>
1003             <li></li>
1004           </ul> -->
1005         </div>
1006       </td>
1007     </tr>
1008     <td width="60" nowrap>
1009       <div align="center">
1010         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1011           <em>25/10/2016</em></strong>
1012       </div>
1013     </td>
1014     <td><em>Application</em>
1015       <ul>
1016         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1017           view if structures already loaded</li>
1018         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1019           structure views</li>
1020       </ul></td>
1021     <td>
1022       <div align="left">
1023         <em>General</em>
1024         <ul>
1025           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1026             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1027           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1028             example sequences/projects/trees</li>
1029         </ul>
1030         <em>Application</em>
1031         <ul>
1032           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1033             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1034           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1035             without timeout for structures with multiple models or
1036             multiple sequences in alignment</li>
1037           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1038             PDB ID HEADER line</li>
1039           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1040             is performed</li>
1041           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1042             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1043           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1044           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1045             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1046             option</li>
1047           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1048             is created on the alignment</li>
1049           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1050             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1051             pop-up menu</li>
1052         </ul>
1053         <em>Build and deployment</em>
1054         <ul>
1055           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1056             tags</li>
1057         </ul>
1058         <em>New Known Issues</em>
1059         <ul>
1060           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1061             on Windows</li>
1062         </ul>
1063       </div>
1064     </td>
1065     </tr>
1066     <tr>
1067       <td width="60" nowrap>
1068         <div align="center">
1069           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1070         </div>
1071       </td>
1072       <td><em>General</em>
1073         <ul>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1079             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1080             better PDB parsing.
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1084             reference sequence
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1088             mousing over sequence associated annotation
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1092             for manual entry
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1096             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1097             for each column
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1101             showing or hiding columns containing a feature
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1105             group and sequence associated annotation labels
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1109             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1110             dialogs
1111           </li>
1112
1113         </ul> <em>Application</em>
1114         <ul>
1115           <li>
1116             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1117             gene/transcript view
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1121             dialog
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1125             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1129             Pfam sources to xfam.org
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1136             over sequences in Jalview
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1140             regions in ENA and EMBL
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1144             for record retrieval via ENA rest API
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1148             complement operator
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1152             groovy script execution
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1156             alignment window's Calculate menu
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1160             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1164             calculation workers from groovy scripts
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1168             Jalview projects
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1172             associations are now saved/restored from project
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1176             before sequence fetcher is opened
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1180             database chooser opens a sequence fetcher
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1184             the UniProt REST API
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1188             the news reader opening
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1192             querying stored in preferences
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1196             search results
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1200           </li>
1201           <li>
1202             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1203             menu for nucleotide sequences
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1207             and feature counts preserves alignment ordering (and
1208             debugged for complex feature sets).
1209           </li>
1210           <li>
1211             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1212             viewing structures with Jalview 2.10
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1216             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1217             Ensembl Genomes REST API
1218           </li>
1219           <li>
1220             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1221             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1222             (Ensembl)
1223           </li>
1224           <li>
1225             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1226             sequences
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1230             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1231             data from external database records.
1232           </li>
1233           <li>
1234             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1235             efficient recovery of sequence coding and alignment
1236             annotation relationships.
1237           </li>
1238         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1239         <ul>
1240           <li>
1241             -- JAL---
1242           </li>
1243         </ul> --></td>
1244       <td>
1245         <div align="left">
1246           <em>General</em>
1247           <ul>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1250               menu on OSX
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1254               includes graduated colourschemes
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1258               working with big alignments and lots of hidden columns
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1262               at right of alignment window
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1266               contents
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1270               for DNA alignments
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1274               based tree calculation
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1278               unconserved enabled for group on alignment
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1282               set as reference
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1286               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1287               annotation
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1291               hidden columns present
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1295               user created annotation added to alignment
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1299               '()' base pair annotation
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1303               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1304               Consensus
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1308               feature not working
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1312               beginning of sequence
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1316               entry 3a6s
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1320               from a tree when t-coffee scores are shown
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1324               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1328               some structures
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1332               to Clustal, PIR and PileUp output
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1336               not visible causes alignment window to repaint
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1340               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1341               scores associated with features and annotation rows
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1345               calculation should be case independent
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1349               columns
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1353               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1354               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1358               problems when reference sequence defined and 'show
1359               non-conserved' enabled
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1363               load even when Consensus calculation is disabled
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1367               alignment does nothing
1368             </li>
1369           </ul>
1370           <em>Application</em>
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1374               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1375               yet fixed for El Capitan)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1379               output when running on non-gb/us i18n platforms
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1383               hidden sequences as flat-file alignment
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1387               launching Chimera
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1391               (also hotfix for 2.9.0b2)
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1395               reference sequence defined
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1399               alignments and views when revealing hidden columns
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1403               view in a cDNA/Protein splitframe
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1407               sequence from project when only one sequence is
1408               represented
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1412               in Structure Chooser
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1416               structure consensus didn't refresh annotation panel
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1420               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1424               dialogs format columns correctly, don't display array
1425               data, sort columns according to type
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1429               file chooser is cancelled during an image export
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1433               sequence name containing special characters
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1437               case insensitive
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1441               formatting don't wrap
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1445               truncated so L looks like I in consensus annotation
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1449               currently displayed features for the current selection or
1450               view
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1454               after fetching cross-references, and restoring from
1455               project
1456             </li>
1457             <li>
1458               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1459               followed in the structure viewer
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1463               splitframe not restored from project
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1467               trailing end of protein alignment in transcript/product
1468               splitview when pad-gaps not enabled by default
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1472               is case dependent
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1476               article has been read (reopened issue due to
1477               internationalisation problems)
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1481               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1482               cross-references
1483             </li>
1484
1485             <li>
1486               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1487               alignment as HTML
1488             </li>
1489             <li>
1490               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1491               multiple structures are shown for one or more sequences.
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1495               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1496               is enabled.
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1500               specific PDB id for sequence
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1504               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1505               columns' is disabled.
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1509               selects lowest rather than highest resolution structures
1510               for each sequence
1511             </li>
1512             <li>
1513               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1514               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1518               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1522               after clicking on it to create new annotation for a
1523               column.
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1527               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1528             </li>
1529             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1530             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1531           </ul>
1532           <em>Applet</em>
1533           <ul>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1536               hidden columns present before start of sequence
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1540               (JSON jars)
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1544               sequences are hidden in applet
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1548               deployment on examples pages.
1549             </li>
1550           </ul>
1551         </div>
1552       </td>
1553     </tr>
1554     <tr>
1555       <td width="60" nowrap>
1556         <div align="center">
1557           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1558             <em>16/10/2015</em></strong>
1559         </div>
1560       </td>
1561       <td><em>General</em>
1562         <ul>
1563           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1564             jars</li>
1565         </ul></td>
1566       <td>
1567         <div align="left">
1568           <em>Application</em>
1569           <ul>
1570             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1571               shown when tree is partitioned</li>
1572             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1573               multiple cDNA/Protein split views</li>
1574           </ul>
1575         </div>
1576       </td>
1577     </tr>
1578     <tr>
1579       <td width="60" nowrap>
1580         <div align="center">
1581           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1582             <em>8/10/2015</em></strong>
1583         </div>
1584       </td>
1585       <td><em>General</em>
1586         <ul>
1587           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1588             2.9</li>
1589         </ul> <em>Application</em>
1590         <ul>
1591           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1592           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1593           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1594         </ul> <em>Applet</em>
1595         <ul>
1596           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1597         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1598         <ul>
1599           <li>
1600             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1601             suite
1602           </li>
1603         </ul></td>
1604       <td>
1605         <div align="left">
1606           <em>General</em>
1607           <ul>
1608             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1609               incorrect when sequence start > 1</li>
1610             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1611               documentation</li>
1612             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1613             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1614               loading a features file containing HTML tags in feature
1615               description</li>
1616
1617           </ul>
1618           <em>Application</em>
1619           <ul>
1620             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1621               reimport</li>
1622             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1623               with 'trim retrieved sequences'</li>
1624             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1625               deleting selected columns</li>
1626             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1627               JNLP templates for webstart launch</li>
1628             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1629               unreleased structures for download or viewing</li>
1630             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1631               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1632             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1633               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1634             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1635               recovered from jalview project</li>
1636             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1637               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1638               alignment view</li>
1639             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1640               color schemes from BioJSON</li>
1641           </ul>
1642           <em>Applet</em>
1643           <ul>
1644             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1645               frame</li>
1646             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1647           </ul>
1648         </div>
1649       </td>
1650     </tr>
1651     <tr>
1652       <td><div align="center">
1653           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1654         </div></td>
1655       <td><em>General</em>
1656         <ul>
1657           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1658             alignments:
1659             <ul>
1660               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1661                 and DNA alignment views</li>
1662               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1663                 cDNA alignment views</li>
1664               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1665                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1666               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1667                 protein sequences</li>
1668             </ul>
1669           </li>
1670           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1671           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1672             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1673           <li>New alignment annotation file statements for
1674             reference sequences and marking hidden columns</li>
1675           <li>Reference sequence based alignment shading to
1676             highlight variation</li>
1677           <li>Select or hide columns according to alignment
1678             annotation</li>
1679           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1680           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1681             acid conservation row</li>
1682           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1683         </ul> <em>Application</em>
1684         <ul>
1685           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1686             <ul>
1687               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1688                 view with cDNA/Protein</li>
1689               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1690                 sequences are placed in the same alignment</li>
1691               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1692                 projects</li>
1693             </ul>
1694           </li>
1695
1696           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1697           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1698             Jalview windows</li>
1699
1700           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1701           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1702           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1703             be shown in VARNA</li>
1704
1705           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1706             as the active selected region</li>
1707
1708           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1709             similarity</li>
1710           <li>New Export options
1711             <ul>
1712               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1713                 region export in flat file generation</li>
1714
1715               <li>Export alignment views for display with the <a
1716                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1717
1718               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1719               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1720                 alignment figures to HTML</li>
1721           </li>
1722           <li>3D structure retrieval and display
1723             <ul>
1724               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1725                 Search API</li>
1726               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1727                 PDB structures for a sequence set</li>
1728             </ul>
1729           </li>
1730
1731           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1732             predictions</li>
1733           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1734             for one or a group of sequences</li>
1735           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1736             from the JPred4 web server</li>
1737           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1738             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1739             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1740           </li>
1741           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1742             VARNA 2D Structure'</li>
1743           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1744             Structure ..."</li>
1745
1746         </ul> <em>Applet</em>
1747         <ul>
1748           <li>New layout for applet example pages</li>
1749           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1750             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1751           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1752             Protein alignments</li>
1753         </ul> <em>Development and deployment</em>
1754         <ul>
1755           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1756           <li>Include installation type and git revision in build
1757             properties and console log output</li>
1758           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1759             storing BioJsMSA Templates</li>
1760           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1761         </ul></td>
1762       <td>
1763         <!-- <em>General</em>
1764         <ul>
1765         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1766         <ul>
1767           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1768           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1769           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1770             predictions are not highlighted in amber</li>
1771           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1772             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1773           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1774             associated structure views</li>
1775           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1776             width checkbox not enabled</li>
1777           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1778             creating user defined colours</li>
1779           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1780             mappings for just that viewer's sequences</li>
1781           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1782             multiple models in Chimera</li>
1783           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1784             over Jmol structure</li>
1785           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1786             output to text box</li>
1787           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1788             have incorrect sequence start/end</li>
1789           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1790             Jalview fails</li>
1791           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1792             work for nucleotide</li>
1793           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1794             to a grey/invisible alignment window</li>
1795           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1796             imports to different position</li>
1797           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1798             on some platforms</li>
1799           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1800             populated</li>
1801           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1802             console if Chimera has been opened</li>
1803           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1804           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1805             retrieved</li>
1806           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1807           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1808             either sequence shows on first structure</li>
1809           <li>'Show annotations' options should not make
1810             non-positional annotations visible</li>
1811           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1812             in right place after 'view flanking regions'</li>
1813           <li>File Save As type unset when current file format is
1814             unknown</li>
1815           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1816             projects</li>
1817           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1818             responsive</li>
1819           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1820             several views on same alignment</li>
1821           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1822           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1823             spaces</li>
1824         </ul> <em>Applet</em>
1825         <ul>
1826           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1827           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1828             descriptions containing angle brackets</li>
1829         </ul> <em>General</em>
1830         <ul>
1831           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1832             via jalview annotation file</li>
1833           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1834             with RNA secondary structure</li>
1835           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1836             translation doesn't work.</li>
1837           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1838           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1839             positions</li>
1840           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1841             choosing 1pt font</li>
1842           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1843             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1844             'h'</li>
1845           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1846             new feature</li>
1847           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1848             order dependent</li>
1849           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1850             sequences</li>
1851           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1852         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1853         <ul>
1854           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1855             www.jalview.org</li>
1856         </ul> <em>Application Known issues</em>
1857         <ul>
1858           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1859           <li>Misleading message appears after trying to delete
1860             solid column.</li>
1861           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1862             version launches</li>
1863           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1864             fails with a sequence mismatch</li>
1865           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1866             scrolling alignment to right</li>
1867           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1868             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1869           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1870             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1871           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1872             ultra-high resolution</li>
1873           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1874             quality and conservation</li>
1875           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1876             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1877         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1878         <ul>
1879           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1880           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1881             window is being resized</li>
1882
1883         </ul>
1884       </td>
1885     </tr>
1886     <tr>
1887       <td><div align="center">
1888           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1889         </div></td>
1890       <td><em>General</em>
1891         <ul>
1892           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1893             Certum.PL.</li>
1894           <li>Features and annotation preserved when performing
1895             pairwise alignment</li>
1896           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1897             imported/exported/displayed</li>
1898           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1899             protein secondary structure</li>
1900           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1901               post-hoc with 2.9 release</em>)
1902           </li>
1903
1904         </ul> <em>Application</em>
1905         <ul>
1906           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1907             with 3D structures</li>
1908           <li>Support for parsing RNAML</li>
1909           <li>Annotations menu for layout
1910             <ul>
1911               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1912               <li>place sequence annotation above/below alignment
1913                 annotation</li>
1914             </ul>
1915           <li>Output in Stockholm format</li>
1916           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1917             translation</li>
1918           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1919           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1920             shared between alignments</li>
1921           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1922             Jalview</li>
1923           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1924             all or current selection</li>
1925           <li>disorder and secondary structure predictions
1926             available as dataset annotation</li>
1927           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1928
1929
1930           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1931             alignments from Rfam</li>
1932           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1933
1934           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1935             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1936           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1937           <li>include installation type in build properties and
1938             console log output</li>
1939           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1940             annotation</li>
1941         </ul></td>
1942       <td>
1943         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1944         <ul>
1945           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1946             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1947           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1948             alignment</li>
1949           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1950           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1951           <li>Double click on sequence associated annotation
1952             selects only first column</li>
1953           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1954             leaves shown in tree</li>
1955           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1956             properly</li>
1957           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1958           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1959             screen and buttons not visible</li>
1960           <li>author list isn't updated if already written to
1961             Jalview properties</li>
1962           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1963             from database</li>
1964           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1965           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1966             browser search window</li>
1967           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1968             in feature settings dialog</li>
1969           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1970             desktop</li>
1971           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1972             pass validation</li>
1973           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1974             fit on screen</li>
1975           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1976             tooltip</li>
1977           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1978             defined user preset</li>
1979           <li>MSA web services warns user if they were launched
1980             with invalid input</li>
1981           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1982             Java 8</li>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1985             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1986             created
1987           </li>
1988
1989         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1990         <ul>
1991         </ul> <em>General</em>
1992         <ul>
1993         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1994         <ul>
1995           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1996             memory allocation</li>
1997           <li>launchApp service doesn't automatically open
1998             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1999           <li>
2000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2001             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2002             1.7_055 is available
2003           </li>
2004         </ul> <em>Application Known issues</em>
2005         <ul>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2008             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2009             alignment to right
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2013             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2014             with large number of ID
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2018             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2019             start/end
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2023             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2024             structure tracks are rearranged
2025           </li>
2026           <li>
2027             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2028             invalid rna structure positional highlighting does not
2029             highlight position of invalid base pairs
2030           </li>
2031           <li>
2032             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2033             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2034             project from alignment window file menu
2035           </li>
2036           <li>
2037             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2038             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2039             structures
2040           </li>
2041           <li>
2042             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2043             colour by RNA Helices not enabled when user created
2044             annotation added to alignment
2045           </li>
2046           <li>
2047             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2048             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2049           </li>
2050         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2051         <ul>
2052           <li>
2053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2054             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2055           </li>
2056           <li>
2057             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2058             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2059           </li>
2060
2061           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2062             when selected</li>
2063         </ul>
2064       </td>
2065     </tr>
2066     <tr>
2067       <td><div align="center">
2068           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2069         </div></td>
2070       <td>
2071         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2072         <em>General</em>
2073         <ul>
2074           <li>Internationalisation of user interface (usually
2075             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2076           <li>Define/Undefine group on current selection with
2077             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2078           <li>Improved group creation/removal options in
2079             alignment/sequence Popup menu</li>
2080           <li>Sensible precision for symbol distribution
2081             percentages shown in logo tooltip.</li>
2082           <li>Annotation panel height set according to amount of
2083             annotation when alignment first opened</li>
2084         </ul> <em>Application</em>
2085         <ul>
2086           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2087             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2088           <li>Select columns containing particular features from
2089             Feature Settings dialog</li>
2090           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2091             sequences</li>
2092           <li>Update Jalview project format:
2093             <ul>
2094               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2095               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2096                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2097               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2098                 colouring</li>
2099             </ul>
2100           </li>
2101           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2102             (PAM250)</li>
2103           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2104             flanking regions for an alignment</li>
2105         </ul>
2106       </td>
2107       <td>
2108         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2109         <ul>
2110           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2111             running after job is cancelled</li>
2112           <li>cannot export features from alignments imported from
2113             Jalview/VAMSAS projects</li>
2114           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2115             float values</li>
2116           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2117             have 'display all symbols' flag set</li>
2118           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2119             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2120           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2121             Jalview</li>
2122           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2123             Lion/Webstart</li>
2124           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2125           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2126           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2127             alignment onto desktop</li>
2128           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2129             'extract scores' function</li>
2130           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2131             alignment window</li>
2132           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2133             performing IUPred disorder prediction</li>
2134           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2135             changing 'normalise logo' display setting</li>
2136           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2137             nothing matches query</li>
2138           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2139             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2140           </li>
2141           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2142             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2143           </li>
2144           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2145             Jalview's menu</li>
2146           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2147             'invalid literal/length code'</li>
2148           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2149             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2150           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2151             colourscheme</li>
2152
2153         </ul> <em>Applet</em>
2154         <ul>
2155           <li>Remove group option is shown even when selection is
2156             not a group</li>
2157           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2158             don't affect groups</li>
2159           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2160             colourscheme name</li>
2161           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2162             Annotation panel is not displayed</li>
2163           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2164             embedded windows</li>
2165         </ul> <em>Other</em>
2166         <ul>
2167           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2168             single sequence were not calculated</li>
2169           <li>annotation files that contain only groups imported as
2170             annotation and junk sequences</li>
2171           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2172             recognised as PFAM or BLC</li>
2173           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2174             doesn't affect background (2.8.0b1)
2175           <li></li>
2176           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2177           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2178             trailing gaps</li>
2179           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2180             registered correctly on import</li>
2181           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2182             certain alignments</li>
2183           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2184             existing annotation based 'use original colours'
2185             colourscheme loses original colours setting</li>
2186         </ul>
2187       </td>
2188     </tr>
2189     <tr>
2190       <td><div align="center">
2191           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2192             <em>30/1/2014</em></strong>
2193         </div></td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2197             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2198             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2199             open source project).
2200           </li>
2201           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2202           <li>Output in Stockholm format</li>
2203           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2204           <li>Export/import group and sequence associated line
2205             graph thresholds</li>
2206           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2207             ambiguity codes</li>
2208           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2209             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2210             works</li>
2211           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2212         </ul> <em>Other improvements</em>
2213         <ul>
2214           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2215           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2216             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2217           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2218             files</li>
2219           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2220           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2221             link but no description</li>
2222           <li>Select primary source when selecting authority in
2223             database fetcher GUI</li>
2224           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2225             Jalview</li>
2226           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2227         </ul>
2228       </td>
2229       <td>
2230         <ul>
2231           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2232             displayed</li>
2233           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2234             secondary structure annotation line</li>
2235           <li>Sequence database accessions not imported when
2236             fetching alignments from Rfam</li>
2237           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2238             identical IDs</li>
2239           <li>View all structures does not always superpose
2240             structures</li>
2241           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2242             reflect user or preset settings</li>
2243           <li>Null pointer exceptions for some services without
2244             presets or adjustable parameters</li>
2245           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2246             discover PDB xRefs</li>
2247           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2248             features with DAS</li>
2249           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2250             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2251           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2252             residue follows a gap</li>
2253           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2254             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2255           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2256             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2257           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2258             annotation already exists on alignment</li>
2259           <li>oninit javascript function should be called after
2260             initialisation completes</li>
2261           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2262             alignment window display</li>
2263           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2264           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2265             to annotation file</li>
2266           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2267             groups created</li>
2268           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2269             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2270           <li>Pressing return several times causes Number Format
2271             exceptions in keyboard mode</li>
2272           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2273             correct partitions for input data</li>
2274           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2275           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2276           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2277           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2278             mode</li>
2279           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2280             changes one row&#39;s threshold</li>
2281           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2282             doesn&#39;t open</li>
2283           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2284             quality histograms</li>
2285         </ul>
2286       </td>
2287     </tr>
2288     <tr>
2289       <td><div align="center">
2290           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2291         </div></td>
2292       <td><em>Application</em>
2293         <ul>
2294           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2295             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2296           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2297             preferences</li>
2298           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2299             in Jalview alignment window</li>
2300           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2301             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2302           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2303             RNA and ambiguity codes</li>
2304
2305           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2306           <li>Support fetching and database reference look up
2307             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2308             refs')</li>
2309           <li>Jalview project improvements
2310             <ul>
2311               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2312                 flag for annotation</li>
2313               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2314                 alignment</li>
2315               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2316                 Jalview project</li>
2317
2318             </ul>
2319           </li>
2320           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2321           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2322             running</li>
2323           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2324           <li>visual indication that web service results are still
2325             being retrieved from server</li>
2326           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2327             starts up for first time</li>
2328           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2329             services</li>
2330           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2331             client library</li>
2332           <li>Examples directory and Groovy library included in
2333             InstallAnywhere distribution</li>
2334         </ul> <em>Applet</em>
2335         <ul>
2336           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2337             visualization applet example</li>
2338         </ul> <em>General</em>
2339         <ul>
2340           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2341           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2342             defaults</li>
2343           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2344             calculation</li>
2345           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2346             matrices
2347           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2348             in HTML</li>
2349           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2350             structure contacts</li>
2351           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2352           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2353           <li>Parse sequence associated secondary structure
2354             information in Stockholm files</li>
2355           <li>HTML Export database accessions and annotation
2356             information presented in tooltip for sequences</li>
2357           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2358             style RNA alignment files</li>
2359           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2360             alignment</li>
2361           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2362             shade each sequence according to its associated alignment
2363             annotation</li>
2364           <li>New Jalview Logo</li>
2365         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2366         <ul>
2367           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2368           <li>New Website!</li>
2369         </ul></td>
2370       <td><em>Application</em>
2371         <ul>
2372           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2373             wsdbfetch REST service</li>
2374           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2375           <li>Filetype associations not installed for webstart
2376             launch</li>
2377           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2378             job execution in full once it is complete</li>
2379           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2380             uploaded via ali_file parameter</li>
2381           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2382           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2383           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2384             submitted for prediction</li>
2385           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2386             desktop window</li>
2387           <li>Putting fractional value into integer text box in
2388             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2389           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2390             windows 7</li>
2391           <li>View all structures fails with exception shown in
2392             structure view</li>
2393           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2394             escaped in a platform independent way</li>
2395           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2396             using proxy</li>
2397           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2398             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2399           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2400             failure when java web start temporary file caching is
2401             disabled</li>
2402           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2403             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2404           <li>Errors during processing of command line arguments
2405             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2406           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2407             DAS sources in sequence fetcher</li>
2408           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2409             dialog is shown</li>
2410           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2411           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2412           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2413           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2414             on OSX Mountain Lion</li>
2415           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2416             sequences with alignment annotation are pasted into the
2417             alignment</li>
2418           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2419             when loaded from Jalview project</li>
2420           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2421           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2422             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2423           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2424             associated with all views</li>
2425           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2426             annotation rows to new window</li>
2427         </ul> <em>Applet</em>
2428         <ul>
2429           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2430             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2431           <li>loading features via javascript API automatically
2432             enables feature display</li>
2433           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2434             work</li>
2435         </ul> <em>General</em>
2436         <ul>
2437           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2438           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2439             and then deselected</li>
2440           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2441           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2442             coloured with clustalx</li>
2443           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2444             exceptions and redraw errors</li>
2445           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2446             reconfigured view</li>
2447           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2448             colour</li>
2449           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2450             for lots of labels</li>
2451         </ul>
2452     </tr>
2453     <tr>
2454       <td>
2455         <div align="center">
2456           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2457         </div>
2458       </td>
2459       <td><em>Application</em>
2460         <ul>
2461           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2462           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2463           <li>View/alignment association menu to enable user to
2464             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2465             its colours/correspondences from</li>
2466           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2467           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2468             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2469           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2470           <li>Annotation row column label formatting attributes
2471             stored in project file</li>
2472           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2473             rows preserved in Jalview project file</li>
2474           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2475             saved using Desktop window menu</li>
2476           <li>Visual indication that command line arguments are
2477             still being processed</li>
2478           <li>Groovy script execution from URL</li>
2479           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2480             preferences</li>
2481           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2482             alignment with sequences that have high similarity and
2483             matching IDs</li>
2484           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2485           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2486             structures in same window</li>
2487           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2488           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2489             analysis function in its own submenu</li>
2490         </ul> <em>Applet</em>
2491         <ul>
2492           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2493             groups</li>
2494           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2495           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2496           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2497           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2498           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2499             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2500           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2501           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2502             parameters are treated as such</li>
2503           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2504             <ul>
2505               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2506               <li>Javascript callbacks for
2507                 <ul>
2508                   <li>Applet initialisation</li>
2509                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2510                 </ul>
2511               </li>
2512               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2513                 functions</li>
2514               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2515               <li>javascript structure viewer harness to pass
2516                 messages between Jmol and Jalview when running as
2517                 distinct applets</li>
2518               <li>sortBy method</li>
2519               <li>Set of applet and application examples shipped
2520                 with documentation</li>
2521               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2522                 javascript message exchange</li>
2523             </ul>
2524         </ul> <em>General</em>
2525         <ul>
2526           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2527             multiple alignments</li>
2528           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2529           <li>User configurable link to enable redirects to a
2530             www.Jalview.org mirror</li>
2531           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2532           <li>Configurable newline string when writing alignment
2533             and other flat files</li>
2534           <li>Allow alignment annotation description lines to
2535             contain html tags</li>
2536         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2537         <ul>
2538           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2539             examples</li>
2540           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2541             using a web service before displaying the result in the
2542             Jalview desktop</li>
2543           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2544           <li>Ant target to publish example html files with applet
2545             archive</li>
2546           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2547           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2548         </ul></td>
2549       <td><em>Application</em>
2550         <ul>
2551           <li>User defined colourscheme throws exception when
2552             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2553           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2554             dialog for valid filename/format</li>
2555           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2556           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2557             P37173</li>
2558           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2559             which sequence is to be associated with the file</li>
2560           <li>Find All raises null pointer exception when query
2561             only matches sequence IDs</li>
2562           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2563           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2564             2.4 cannot be loaded</li>
2565           <li>Filetype associations not installed for webstart
2566             launch</li>
2567           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2568             with sequences in different alignments do not get coloured
2569             by their associated sequence</li>
2570           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2571             not preserved when project is loaded</li>
2572           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2573             stored in Jalview project</li>
2574           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2575             Jalview project</li>
2576           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2577           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2578             by conservation</li>
2579           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2580             created on new view</li>
2581           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2582             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2583           <li>Alignment quality not updated after alignment
2584             annotation row is hidden then shown</li>
2585           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2586             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2587           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2588             properly</li>
2589           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2590             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2591           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2592           <li>Structures imported from file and saved in project
2593             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2594           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2595             job execution in full once it is complete</li>
2596         </ul> <em>Applet</em>
2597         <ul>
2598           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2599             annotation rows are displayed</li>
2600           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2601             codebase</li>
2602           <li>View follows highlighting does not work for positions
2603             in sequences</li>
2604           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2605           <li>Export features raises exception when no features
2606             exist</li>
2607           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2608             for javascript api is modified when separator string
2609             provided as parameter</li>
2610           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2611             alignment with no existing selection</li>
2612           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2613             to applet&#39;s codebase</li>
2614           <li>Status bar not updated after finished searching and
2615             search wraps around to first result</li>
2616           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2617             several Jalview applets causes race conditions and memory
2618             leaks</li>
2619           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2620             not sent from Jmol in applet</li>
2621           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2622             applet API fatally hang browser</li>
2623         </ul> <em>General</em>
2624         <ul>
2625           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2626             position with wrapped view and hidden regions</li>
2627           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2628             with/without hidden columns</li>
2629           <li>Sequence length given in alignment properties window
2630             is off by 1</li>
2631           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2632             import PDB like structure files</li>
2633           <li>Positional search results are only highlighted
2634             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2635           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2636           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2637             given sequence position</li>
2638           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2639             output</li>
2640           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2641             from nucleotide chains correctly</li>
2642           <li>Structure colours not updated when tree partition
2643             changed in alignment</li>
2644           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2645             parsed in interleaved stockholm</li>
2646           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2647             state</li>
2648           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2649             properly</li>
2650           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2651             properly associated with their pdb files</li>
2652         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2653         <ul>
2654           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2655             ApplyCopyright tool</li>
2656         </ul></td>
2657     </tr>
2658     <tr>
2659       <td>
2660         <div align="center">
2661           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td><em>Application</em>
2665         <ul>
2666           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2667             contact web services</li>
2668           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2669             service job window</li>
2670           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2671         </ul></td>
2672       <td>
2673         <ul>
2674           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2675             pir file emitted by Jalview</li>
2676           <li>Existing feature settings transferred to new
2677             alignment view created from cut'n'paste</li>
2678           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2679             parsing PDB files</li>
2680           <li>Consensus and conservation annotation rows
2681             occasionally become blank for all new windows</li>
2682           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2683             in wrapped view mode</li>
2684         </ul> <em>Application</em>
2685         <ul>
2686           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2687             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2688           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2689             parameter names</li>
2690           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2691             is down</li>
2692         </ul>
2693       </td>
2694     </tr>
2695     <tr>
2696       <td>
2697         <div align="center">
2698           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2699         </div>
2700       </td>
2701       <td><em>Application</em>
2702         <ul>
2703           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2704             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2705             (JABAWS)
2706           </li>
2707           <li>Web Services preference tab</li>
2708           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2709             preferences</li>
2710           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2711           <li>Superpose structures using associated sequence
2712             alignment</li>
2713           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2714             viewer</li>
2715         </ul> <em>Applet</em>
2716         <ul>
2717           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2718             link out mechanism</li>
2719         </ul> <em>Other</em>
2720         <ul>
2721           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2722             series 12</li>
2723           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2724             require Java 1.5</li>
2725           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2726             sequence annotation files</li>
2727           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2728             type colour specification</li>
2729           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2730             script to check if it being run in an interactive session or
2731             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2732         </ul></td>
2733       <td>
2734         <ul>
2735           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2736             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2737         </ul> <em>Application</em>
2738         <ul>
2739           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2740             selected Regions menu item</li>
2741           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2742             part of a valid accession ID</li>
2743           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2744             runs out of memory</li>
2745           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2746             analysis results</li>
2747           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2748             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2749           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2750         </ul> <em>Applet</em>
2751         <ul>
2752           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2753             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2754             defined.</li>
2755         </ul>
2756       </td>
2757     </tr>
2758     <tr>
2759       <td>
2760         <div align="center">
2761           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2762         </div>
2763       </td>
2764       <td></td>
2765       <td>
2766         <ul>
2767           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2768             sequence IDs</li>
2769           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2770             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2771           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2772             import correctly</li>
2773           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2774             number of columns are hidden</li>
2775           <li>annotation label popup menu not providing correct
2776             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2777             present</li>
2778           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2779             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2780           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2781             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2782
2783         </ul> <em>Applet</em>
2784         <ul>
2785           <li>annotation panel disappears when annotation is
2786             hidden/removed</li>
2787         </ul> <em>Application</em>
2788         <ul>
2789           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2790             alignment opened where annotation panel is visible but no
2791             annotations are present on alignment</li>
2792           <li>pasted region containing hidden columns is
2793             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2794           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2795             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2796           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2797             selected Rregions menu item.</li>
2798           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2799             'Un' or 'Non'conserved</li>
2800           <li>Sequence feature settings are being shared by
2801             multiple distinct alignments</li>
2802           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2803             changed</li>
2804           <li>double click on group annotation to select sequences
2805             does not propagate to associated trees</li>
2806           <li>Mac OSX specific issues:
2807             <ul>
2808               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2809                 window background</li>
2810               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2811                 name set correctly</li>
2812               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2813                 save feature colourscheme button</li>
2814             </ul>
2815           </li>
2816         </ul>
2817       </td>
2818     </tr>
2819     <tr>
2820
2821       <td>
2822         <div align="center">
2823           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2824         </div>
2825       </td>
2826       <td><em>New Capabilities</em>
2827         <ul>
2828           <li>URL links generated from description line for
2829             regular-expression based URL links (applet and application)
2830
2831           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2832             menu</li>
2833           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2834             structures</li>
2835           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2836             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2837           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2838             average score or total feature count for each sequence.</li>
2839           <li>Shading features by score or associated description</li>
2840           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2841             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2842           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2843             hide everything but the currently selected region.</li>
2844           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2845         </ul> <em>Application</em>
2846         <ul>
2847           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2848             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2849           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2850             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2851           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2852             database references and protein_name is parsed as
2853             description line (BioSapiens terms).</li>
2854           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2855             references in sequence ID tooltip from View menu in
2856             application.</li>
2857           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2858       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2859           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2860             conservation plots</li>
2861           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2862             and visualized as sequence logos</li>
2863           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2864             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2865           </li>
2866           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2867             when a new tree is opened.</li>
2868           <li>Jalview Java Console</li>
2869           <li>Better placement of desktop window when moving
2870             between different screens.</li>
2871           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2872             consensus annotation</li>
2873           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2874             Workflows</li>
2875           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2876             <ul>
2877               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2878                 used to preserve views, structures, and tree display
2879                 settings)</li>
2880               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2881                 command line</li>
2882               <li>Sharing of selected regions between views and
2883                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2884               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2885             </ul></li>
2886         </ul> <em>Applet</em>
2887         <ul>
2888           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2889           <li>New Parameters
2890             <ul>
2891               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2892                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2893                 opened.</li>
2894               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2895                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2896               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2897                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2898               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2899                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2900                 view</li>
2901               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2902                 increase the height or width of a cell in the alignment
2903                 grid relative to the current font size.</li>
2904             </ul>
2905           </li>
2906           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2907             tooltip</li>
2908         </ul> <em>Other</em>
2909         <ul>
2910           <li>Features format: graduated colour definitions and
2911             specification of feature scores</li>
2912           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2913             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2914             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2915           <li>XML formats extended to support graduated feature
2916             colourschemes, group associated annotation, and profile
2917             visualization settings.</li></td>
2918       <td>
2919         <ul>
2920           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2921             rather than description</li>
2922           <li>Non-positional features are now included in sequence
2923             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2924             visibility in tooltip).</li>
2925           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2926           <li>Added URL embedding instructions to features file
2927             documentation.</li>
2928           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2929             'X' in peptide product</li>
2930           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2931             sequence ID and sequence string and query strings do not
2932             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2933           <li>AMSA files only contain first column of
2934             multi-character column annotation labels</li>
2935           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2936             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2937             exported and re-imported)</li>
2938           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2939             name</li>
2940           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2941             as subsequence matches, and correctly reports total number
2942             of both.</li>
2943           <li>Application:
2944             <ul>
2945               <li>Better handling of exceptions during sequence
2946                 retrieval</li>
2947               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2948                 link text excludes the start_end suffix</li>
2949               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2950                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2951               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2952               <li>Sequence description lines properly shared via
2953                 VAMSAS</li>
2954               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2955                 data sources</li>
2956               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2957                 completes before alignment figures are generated.</li>
2958               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2959                 first time.</li>
2960               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2961                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2962               <li>User defined group colours properly recovered
2963                 from Jalview projects.</li>
2964             </ul>
2965           </li>
2966         </ul>
2967       </td>
2968
2969     </tr>
2970     <tr>
2971       <td>
2972         <div align="center">
2973           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2974         </div>
2975       </td>
2976       <td>
2977         <ul>
2978           <li>Experimental support for google analytics usage
2979             tracking.</li>
2980           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2981         </ul>
2982       </td>
2983       <td>
2984         <ul>
2985           <li>Race condition in applet preventing startup in
2986             jre1.6.0u12+.</li>
2987           <li>Exception when feature created from selection beyond
2988             length of sequence.</li>
2989           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2990           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2991             all sequences with a given id</li>
2992           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2993             ID string searches</li>
2994           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2995             alignment to fail with exception</li>
2996         </ul> <em>Application Issues</em>
2997         <ul>
2998           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2999           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3000             data sources</li>
3001         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3002         <ul>
3003           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3004             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3005           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3006             version (java class versioning error fixed)</li>
3007         </ul>
3008       </td>
3009     </tr>
3010     <tr>
3011       <td>
3012
3013         <div align="center">
3014           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3015         </div>
3016       </td>
3017       <td><em>User Interface</em>
3018         <ul>
3019           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3020             translation and protein products</li>
3021           <li>Linked highlighting of structure associated with
3022             residue mapping to codon position</li>
3023           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3024             and 'clear' button</li>
3025           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3026             Tools menu</li>
3027           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3028             numeric data in description line</li>
3029           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3030           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3031             of sequence</li>
3032         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3033         <ul>
3034           <li>JPred3 web service</li>
3035           <li>Prototype sequence search client (no public services
3036             available yet)</li>
3037           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3038             PFAM</li>
3039           <li>URL Links created for matching database cross
3040             references as well as sequence ID</li>
3041           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3042         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3043         <ul>
3044           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3045             databases</li>
3046           <li>Generalised database reference retrieval and
3047             validation to all fetchable databases</li>
3048           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3049             sequence command</li>
3050         </ul> <em>Import and Export</em>
3051         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3052         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3053           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3054         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3055           File</li>
3056         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3057           triplet as name of colourscheme</li>
3058         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3059         <ul>
3060           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3061           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3062             alignments (experimental)</li>
3063           <li>Create new or select existing session to join</li>
3064           <li>load and save of vamsas documents</li>
3065         </ul> <em>Application command line</em>
3066         <ul>
3067           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3068             from applet)</li>
3069           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3070             of DAS servers to query for alignment features</li>
3071           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3072             that are also automatically queried for features</li>
3073           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3074             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3075         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3076         <ul>
3077           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3078             application (when using &quot;View in full
3079             application&quot;)</li>
3080         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3081         <ul>
3082           <li>feature group display control parameter</li>
3083           <li>debug parameter</li>
3084           <li>showbutton parameter</li>
3085         </ul> <em>Applet API methods</em>
3086         <ul>
3087           <li>newView public method</li>
3088           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3089           <li>Feature display control methods</li>
3090           <li>get list of currently selected sequences</li>
3091         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3092         <ul>
3093           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3094           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3095             Jalview release.</li>
3096           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3097             property controls execution of obfuscator</li>
3098           <li>Build target for generating source distribution</li>
3099           <li>Debug flag for javacc</li>
3100           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3101             jalview.bin.Cache</li>
3102           <li>Continuous Build Integration for stable and
3103             development version of Application, Applet and source
3104             distribution</li>
3105         </ul></td>
3106       <td>
3107         <ul>
3108           <li>selected region output includes visible annotations
3109             (for certain formats)</li>
3110           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3111             for editing</li>
3112           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3113           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3114           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3115           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3116             comments</li>
3117           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3118             filenames containing a ':'</li>
3119           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3120             global sequence features</li>
3121           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3122             references from alignment sequences goes to zero</li>
3123           <li>Close of tree branch colour box without colour
3124             selection causes cascading exceptions</li>
3125           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3126           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3127             file parsing fails.</li>
3128           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3129           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3130             not a valid output format</li>
3131           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3132             vamsas</li>
3133           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3134           <li>error messages passed up and output when data read
3135             fails</li>
3136           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3137             sequence is edited</li>
3138           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3139             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3140           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3141             filetype</li>
3142           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3143             import fixed for PFAM records</li>
3144           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3145             window list</li>
3146           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3147             can be read and written correctly to annotation file</li>
3148           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3149             correctly</li>
3150           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3151             non-italic font for representatives in Applet</li>
3152           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3153             Macs.</li>
3154           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3155             Applet)</li>
3156           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3157             due to null pointer exceptions</li>
3158           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3159             first column of alignment</li>
3160           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3161             July 2008</li>
3162           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3163             file is case-insensitive</li>
3164           <li>Sequence features read from Features file appended to
3165             all sequences with matching IDs</li>
3166           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3167             containing a sub-sequence</li>
3168           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3169           <li>feature and annotation file applet parameters
3170             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3171           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3172           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3173             splash-screen version check to complete</li>
3174           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3175             when passing them to the launchApp service</li>
3176           <li>display name and local features preserved in results
3177             retrieved from web service</li>
3178           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3179             sequence fetcher initialisation</li>
3180           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3181             dasobert DAS client</li>
3182           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3183             association</li>
3184           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3185             sequences
3186           </li>
3187         </ul>
3188       </td>
3189     </tr>
3190     <tr>
3191       <td>
3192         <div align="center">
3193           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3194         </div>
3195       </td>
3196       <td>
3197         <ul>
3198           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3199           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3200           <li>Slide sequences</li>
3201           <li>Edit sequence in place</li>
3202           <li>EMBL CDS features</li>
3203           <li>DAS Feature mapping</li>
3204           <li>Feature ordering</li>
3205           <li>Alignment Properties</li>
3206           <li>Annotation Scores</li>
3207           <li>Sort by scores</li>
3208           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3209         </ul>
3210       </td>
3211       <td>
3212         <ul>
3213           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3214           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3215           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3216           <li>Feature group display state in XML</li>
3217           <li>Feature ordering in XML</li>
3218           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3219           <li>Stockholm alignment properties</li>
3220           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3221           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3222           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3223           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3224         </ul>
3225       </td>
3226
3227     </tr>
3228     <tr>
3229       <td>
3230         <div align="center">
3231           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3232         </div>
3233       </td>
3234       <td>
3235         <ul>
3236           <li>Non standard characters can be read and displayed
3237           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3238             applet via textbox
3239           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3240             name &amp; description
3241           <li>Preference setting to display sequence name in
3242             italics
3243           <li>Annotation file format extended to allow
3244             Sequence_groups to be defined
3245           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3246             specified in preferences
3247           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3248             sequences
3249         </ul>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3254             installed
3255           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3256           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3257         </ul>
3258       </td>
3259     </tr>
3260     <tr>
3261       <td>
3262         <div align="center">
3263           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3264         </div>
3265       </td>
3266       <td>
3267         <ul>
3268           <li>Multiple views on alignment
3269           <li>Sequence feature editing
3270           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3271           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3272           <li>Background dependent text colour
3273           <li>Right align sequence ids
3274           <li>User-defined lower case residue colours
3275           <li>Format Menu
3276           <li>Select Menu
3277           <li>Menu item accelerator keys
3278           <li>Control-V pastes to current alignment
3279           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3280           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3281           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3282
3283           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3284         </ul>
3285       </td>
3286       <td>
3287         <ul>
3288           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3289           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3290             calculations
3291           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3292             edits
3293           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3294             of alignment)
3295           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3296
3297           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3298             display correctly
3299           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3300           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3301             analysis results
3302           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3303             &#8739;
3304           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3305           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3306           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3307
3308         </ul>
3309       </td>
3310     </tr>
3311     <tr>
3312       <td>
3313         <div align="center">
3314           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3315         </div>
3316       </td>
3317       <td>
3318         <ul>
3319           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3325             sequence id panel has been resized</li>
3326           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3327             rendered</li>
3328           <li>Annotation files with sequence references - all
3329             elements in file are relative to sequence position</li>
3330           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3331         </ul>
3332       </td>
3333     </tr>
3334     <tr>
3335       <td>
3336         <div align="center">
3337           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3338         </div>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3343           <li>DAS Feature fetching</li>
3344           <li>Hide sequences and columns</li>
3345           <li>Export Annotations and Features</li>
3346           <li>GFF file reading / writing</li>
3347           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3348             files</li>
3349           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3350           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3351           <li>Applet can launch the full application</li>
3352           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3353             required)</li>
3354           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3355           <li>Applet can load sequences from parameter
3356             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3357           </li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3363           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3364           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367     </tr>
3368     <tr>
3369       <td>
3370         <div align="center">
3371           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3372         </div>
3373       </td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3377           <li>Choose to match case when searching</li>
3378           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3379             expand the visible width and height of the alignment</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td>
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td>&nbsp;</td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3398           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3399             value</li>
3400         </ul>
3401       </td>
3402     </tr>
3403     <tr>
3404       <td>
3405         <div align="center">
3406           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3407         </div>
3408       </td>
3409       <td>
3410         <ul>
3411           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3412           <li>Keyboard editing</li>
3413           <li>Create sequence features from searches</li>
3414           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3415             alignments</li>
3416           <li>Features file allows grouping of features</li>
3417           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3418           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3419           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3420         </ul>
3421       </td>
3422       <td>
3423         <ul>
3424           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3425           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3426             descriptions saved.</li>
3427         </ul>
3428       </td>
3429     </tr>
3430     <tr>
3431       <td>
3432         <div align="center">
3433           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3434         </div>
3435       </td>
3436       <td>
3437         <ul>
3438           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3439           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3440           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3441             name for file output</li>
3442           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3443           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3444             used for HTML form input</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>HTML output writes groups and features</li>
3450           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3451           <li>File IO bugs</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3464           <li>More options for PCA viewer</li>
3465         </ul>
3466       </td>
3467       <td>
3468         <ul>
3469           <li>GUI bugs resolved</li>
3470           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td height="63">
3476         <div align="center">
3477           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3478         </div>
3479       </td>
3480       <td>
3481         <ul>
3482           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3483           <li>Jar files are executable</li>
3484           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3485         </ul>
3486       </td>
3487       <td>
3488         <ul>
3489           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3490           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3491           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497         <div align="center">
3498           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3499         </div>
3500       </td>
3501       <td>
3502         <ul>
3503           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3504         </ul>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3509         </ul>
3510       </td>
3511     </tr>
3512     <tr>
3513       <td>
3514         <div align="center">
3515           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3516         </div>
3517       </td>
3518       <td>
3519         <ul>
3520           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3521             size</li>
3522         </ul>
3523       </td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Improved JPred client reliability</li>
3527           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3528         </ul>
3529       </td>
3530     </tr>
3531     <tr>
3532       <td>
3533         <div align="center">
3534           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3535         </div>
3536       </td>
3537       <td>
3538         <ul>
3539           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3540           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3541           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3542             to Colour Menu</li>
3543           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3544           <li>Unix users can set default web browser</li>
3545           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3546           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3547         </ul>
3548       </td>
3549       <td>
3550         <ul>
3551           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3552         </ul>
3553       </td>
3554     </tr>
3555     <tr>
3556       <td>
3557         <div align="center">
3558           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3559         </div>
3560       </td>
3561       <td>&nbsp;</td>
3562       <td>
3563         <ul>
3564           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3565             alignment order.</li>
3566         </ul>
3567       </td>
3568     </tr>
3569     <tr>
3570       <td>
3571         <div align="center">
3572           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3573         </div>
3574       </td>
3575       <td>
3576         <ul>
3577           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3578           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3579           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3580             annotations.</li>
3581           <li>Version and build date written to build properties
3582             file.</li>
3583           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3584             at launch of Jalview.</li>
3585         </ul>
3586       </td>
3587       <td>
3588         <ul>
3589           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3590           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3591           <li>Can remove groups one by one.</li>
3592           <li>Filechooser icons installed.</li>
3593           <li>Finder ignores return character when searching.
3594             Return key will initiate a search.<br>
3595           </li>
3596         </ul>
3597       </td>
3598     </tr>
3599     <tr>
3600       <td>
3601         <div align="center">
3602           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3603         </div>
3604       </td>
3605       <td>
3606         <ul>
3607           <li>New codebase</li>
3608         </ul>
3609       </td>
3610       <td>&nbsp;</td>
3611     </tr>
3612   </table>
3613   <p>&nbsp;</p>
3614 </body>
3615 </html>