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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  81               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  82               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  83               property.
  84             </li>
  85           </ul>
  86       </div></td>
  87     <td><div align="left">
  88         <em></em>
  89         <ul>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  92               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  93               SVG, PNG or HTML. <em>Display of these can be
  94                 configured via the Format menu or in batch mode with a
  95                 jalview properties file.</em>
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
  99               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 100               visible.
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 104               when sequences are selected in exported view.</em>
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 108               aren't rendered with correct colour.
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 112               types of knotted RNA secondary structure
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 116               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 117               do not start at 1
 118             </li>
 119             <li>
 120               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 121               annotation when columns are inserted into an alignment
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-3061 -->'.' written into RNA secondary structure
 125               annotation when writing out Stockholm format
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 129               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 130               treated as RNA secondary structure
 131             </li>
 132           </ul>
 133       </div>
 134     </td>
 135     </tr>
 136     <tr>
 137       <td width="60" nowrap>
 138         <div align="center">
 139           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 140             <em>7/06/2018</em></strong>
 141         </div>
 142       </td>
 143       <td><div align="left">
 144           <em></em>
 145           <ul>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 148               annotation retrieved from Uniprot
 149             </li>
 150             <li>
 151               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 152               onto the Jalview Desktop
 153             </li>
 154           </ul>
 155         </div></td>
 156       <td><div align="left">
 157           <em></em>
 158           <ul>
 159             <li>
 160               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 161               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 165               right-hand column parsed correctly
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 169               not alignment area in exported graphic
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 173               window has input focus
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 177               annotation added to view (Windows)
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 181               network connectivity is poor
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 185               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 186                 the currently open URL and links from a page viewed in
 187                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 188                 you are using Edge, only links in the page can be
 189                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 190                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div></td>
 194     </tr>
 195     <tr>
 196       <td width="60" nowrap>
 197         <div align="center">
 198           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 199         </div>
 200       </td>
 201       <td><div align="left">
 202           <em></em>
 203           <ul>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 206               for disabling automatic superposition of multiple
 207               structures and open structures in existing views
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 211               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 212               adjust them.
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 216               Ensembl services
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 220               and lots of hidden columns
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 224               of features (particularly when transparency is disabled)
 225             </li>
 226           </ul>
 227           </div>
 228       </td>
 229       <td><div align="left">
 230           <ul>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 233               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 237               overlapping alignment panel
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 241               sequence as gaps
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 245               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 246               UTR
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 250               factor annotation not added to sequence when local PDB
 251               file associated with it by drag'n'drop or structure
 252               chooser
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 256               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 260               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 264               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 268               columns in annotation row
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 272               honored in batch mode
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 276               for structures added to existing Jmol view
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 280               entries after importing project with multiple views
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 284               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 285               with negative residue numbers or missing residues fails
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 289               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 290               as generated by CONSURF)
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 294               tooltip doesn't include a text description of mutation
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 298               structure and/or overview windows are also shown
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 302               very slow for alignments with large numbers of sequences
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 306               with 'StringIndexOutOfBounds'
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 310               platforms running Java 10
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 314               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>Applet</em>
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 321               should copy the group consensus when popup is opened on it
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>Batch Mode</em>
 325           <ul>
 326           <li>
 327             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 328           </li>
 329           </ul>
 330           <em>New Known Defects</em>
 331           <ul>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 334               editing a large alignment and overview is displayed
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 338               repeatedly after a series of edits even when the overview
 339               is no longer reflecting updates
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 343               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 344               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 345               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 346             </li>
 347           </ul>
 348         </div>
 349           </td>
 350     </tr>
 351     <tr>
 352       <td width="60" nowrap>
 353         <div align="center">
 354           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 355         </div>
 356       </td>
 357       <td><div align="left">
 358           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 359               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 360       <td><div align="left">
 361           <em>Desktop</em><ul>
 362           <ul>
 363             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 364             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 365             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 366             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 367             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 368             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 369             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 370           </ul>
 371           </div>
 372       </td>
 373     </tr>
 374     <tr>
 375       <td width="60" nowrap>
 376         <div align="center">
 377           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 378         </div>
 379       </td>
 380       <td><div align="left">
 381           <em></em>
 382           <ul>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 385               rendering of sequence features
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 389               429 rate limit request hander
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 393               their colours have changed
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 397               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 401               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 405               view from Ensembl locus cross-references
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 409               Alignment report
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 413               feature can be disabled
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 417               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 421               Uniprot
 422             </li>
 423           </ul>
 424           <em>Scripting</em>
 425           <ul>
 426             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 427             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 428               percent identity scores for current alignment.</li>
 429           </ul>
 430           <em>Testing and Deployment</em>
 431           <ul>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 434             </li>
 435           </ul>
 436         </div></td>
 437       <td><div align="left">
 438           <em>General</em>
 439           <ul>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 442               threshold text field doesn't trigger an update to the
 443               alignment view
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 447               strings in parallel
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 451               alignment window is closed
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 455               group visibility
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 459               takes a long time in Cursor mode
 460             </li>
 461           </ul>
 462           <em>Desktop</em>
 463           <ul>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 466               cannot be viewed in Chimera
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 470               CDS/Protein view
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 474               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 475               Search Dialogs
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 485               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 489               scrolling right in unwapped alignment view
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 493               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 494               database
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 498               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 502               features of same type and group to be selected for
 503               amending
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 507               alignments when hidden columns are present
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 511               displaying several structures
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 515               moving a window
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 519               within the Jalview desktop on OSX
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 523               when in wrapped alignment mode
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 527               hand end of alignment
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 531               each selected sequence do not have correct start/end
 532               positions
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 536               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 540               restoring project until a new view is created
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 544               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 545               configured (since 2.10.2b2)
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 549               position is adjusted
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 553               in a multi-chain structure when viewing alignment
 554               involving more than one chain (since 2.10)
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 558               if new selection moves alignment window
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 562               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 566               that produces correctly annotated transcripts and products
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 570               doesn't update associated structure view
 571             </li>
 572           </ul>
 573           <em>Applet</em><br />
 574           <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 577               closing alignment panel
 578             </li>
 579           </ul>
 580           <em>BioJSON</em><br />
 581           <ul>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 584               non-positional features
 585             </li>
 586           </ul>
 587           <em>New Known Issues</em>
 588           <ul>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 591               sequence features correctly (for many previous versions of
 592               Jalview)
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 596               using cursor in wrapped panel other than top
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 600               graduated colour threshold
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 604               always preserve numbering and sequence features
 605             </li>
 606           </ul>
 607           <em>Known Java 9 Issues</em>
 608           <ul>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 611               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 612               9.01, OSX 10.10)
 613             </li>
 614           </ul>
 615         </div></td>
 616     </tr>
 617     <tr>
 618       <td width="60" nowrap>
 619         <div align="center">
 620           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 621             <em>2/10/2017</em></strong>
 622         </div>
 623       </td>
 624       <td><div align="left">
 625           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 626           <ul>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 629             </li>
 630             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 631             </li>
 632           </ul>
 633         </div></td>
 634       <td><div align="left">
 635         </div></td>
 636     </tr>
 637     <tr>
 638       <td width="60" nowrap>
 639         <div align="center">
 640           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 641             <em>7/9/2017</em></strong>
 642         </div>
 643       </td>
 644       <td><div align="left">
 645           <em></em>
 646           <ul>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 649               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 650               white)
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 654               Preferences
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 658               in size and progress bar shown as higher resolution
 659               overview is recalculated
 660             </li>
 661
 662           </ul>
 663         </div></td>
 664       <td><div align="left">
 665           <em></em>
 666           <ul>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 669               column region row by row
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 673               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 677               format setting is unticked
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 681               if group has show boxes format setting unticked
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 685               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 686               include sequences and columns not currently displayed
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 690               assemblies are imported via CIF file
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 694               displayed when threshold or conservation colouring is also
 695               enabled.
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 699               server version
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 703               dragging a selected region off the visible region of the
 704               alignment
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 708               colourscheme to all groups in a view
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 712               initially after font size change using the Font chooser or
 713               middle-mouse zoom
 714             </li>
 715           </ul>
 716         </div></td>
 717     </tr>
 718     <tr>
 719       <td width="60" nowrap>
 720         <div align="center">
 721           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 722         </div>
 723       </td>
 724       <td><div align="left">
 725           <em>Calculations</em>
 726           <ul>
 727
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 730               ungapped positions in each column of the alignment.
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 734               a calculation dialog box
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 738               and memory efficiency (~30x faster)
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 742               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 743               and other calculations
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 747               files within the Jalview codebase
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 751               Similarity may have different topology due to increased
 752               precision
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Rendering</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 759               model for alignments and groups
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 763               scripts
 764             </li>
 765           </ul>
 766           <em>Overview</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 770               with alignment and overview windows
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 774               overview
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 778               omitted in Overview
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 782               adjustment of visible position
 783             </li>
 784           </ul>
 785
 786           <em>Data import/export</em>
 787           <ul>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 790               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 794               annotation input/output via stockholm flatfile
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 798               extension when importing structure files without embedded
 799               names or PDB accessions
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 803               format sequence substitution matrices
 804             </li>
 805           </ul>
 806           <em>User Interface</em>
 807           <ul>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 810               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 811               the application.
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 815               via Overview or sequence motif search operations
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 819               opened by double clicking gaps within sequence feature
 820               extent
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 824               aligned positions were available to create a 3D structure
 825               superposition.
 826             </li>
 827           </ul>
 828           <em>3D Structure</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 832               coloured in linked structure views
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 836               file-based command exchange
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 840               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 841               structures are already available for sequences
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 845               the Jalview project rather than downloaded again when the
 846               project is reopened.
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 850               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 851               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 852                 Feature</strong>)
 853             </li>
 854           </ul>
 855           <em>Web Services</em>
 856           <ul>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 862               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 863               Analysis services
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 867               cross-references provided by identifiers.org and the
 868               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 869             </li>
 870           </ul>
 871
 872           <em>Scripting</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 876               identifying file formats (instead of String constants)
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 880               efficiency when counting all displayed features (not
 881               backwards compatible with 2.10.1)
 882             </li>
 883           </ul>
 884           <em>Example files</em>
 885           <ul>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 888               included in the example feature file
 889             </li>
 890           </ul>
 891           <em>Documentation</em>
 892           <ul>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 895               with the built-in Java help viewer
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 899               sequence description' option
 900             </li>
 901           </ul>
 902           <em>Test Suite</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 906               Uniprot REST Free Text Search Client
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 913               during tests
 914             </li>
 915           </ul>
 916         </div></td>
 917       <td><div align="left">
 918           <em>Calculations</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 922               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 923               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 924             </li>
 925             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 926               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 927               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 928               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 929               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 930               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 931               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 932               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 933               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 934               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 935               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 936               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 937               // for 2.10.1 mode <br />
 938               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 939               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 940                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 941                 calculations (not recommended)</em></li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 944               scaling of branch lengths for trees computed using
 945               Sequence Feature Similarity.
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 949               generating output report when working with highly
 950               redundant alignments
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 954               right of selected region when gaps present on right-hand
 955               boundary
 956             </li>
 957           </ul>
 958           <em>User Interface</em>
 959           <ul>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 962               doesn't reselect a specific sequence's associated
 963               annotation after it was used for colouring a view
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 967               opened on a region of alignment without groups
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 971               of an alignment with overlapping groups
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 975               name and description match
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 979               hidden regions results in incorrect hidden regions
 980             </li>
 981             <li>
 982               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 983               changing colour does not apply Conservation slider value
 984               to all groups
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 988               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 992               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 996               gaps before start of features
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1000               restored to UI when feature colour is edited
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1004               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1008               as graduate feature colour settings are modified via the
1009               dialog box
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1013               when a group defined on the alignment is resized
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1017               wrapped view result in positional status updates
1018             </li>
1019
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1022               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1026               alignment included gapped columns
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1030               widgets don't permanently disappear
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1034               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1035               T-Coffee column reliability scores)
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1039               sequence feature on gaps only
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1043               button from a Find inherit previously defined feature type
1044               rather than the Find query string
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1048               exporting tree calculated in Jalview
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1052               and then revealing them reorders sequences on the
1053               alignment
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1057               doesn't update to reflect available set of groups after
1058               interactively adding or modifying features
1059             </li>
1060             <li>
1061               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1062               Linux
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1066               only excluded gaps in current sequence and ignored
1067               selection.
1068             </li>
1069           </ul>
1070           <em>Rendering</em>
1071           <ul>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1074               erratically when hidden rows or columns are present
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1078               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1079               sequence colouring
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1083               colour and group colour menu for protein alignments
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1087               reflect currently selected view or group's shading
1088               thresholds
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1092               when rendered on overview and structures when opacity at
1093               100%
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1097               overview when features overlaid on alignment
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>Data import/export</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1104               load
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1108               added after a sequence was imported are not written to
1109               Stockholm File
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1113               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1117               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1121               with lightGray or darkGray via features file (but can
1122               specify lightgray)
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1126               when alignment view imported from project
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1130               structure and sequences extracted from structure files
1131               imported via URL and viewed in Jmol
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1135               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1136               the project is loaded and the structure viewed
1137             </li>
1138           </ul>
1139           <em>Web Services</em>
1140           <ul>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1143               release of Ensembl v.88
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1147               appear enabled in Preferences->Connections
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1151               removed from console output
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1155               Ensembl by Peptide ID
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1159               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1160               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1161               due to 'null' string rather than empty string used for
1162               residues with no corresponding PDB mapping).
1163             </li>
1164           </ul>
1165           <em>Application UI</em>
1166           <ul>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1169               menu
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1173               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1174               new documentation and tooltips added)
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1178               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1182               new features are added to alignment
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1186               changes to feature colours via the Amend features dialog
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1190               edit graduated feature colour via amend features dialog
1191               box
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1195               selection menu changes colours of alignment views
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1199               from alignment calculation workers after alignment has
1200               been closed
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1204               groups now 'Create Group'
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1208               Create/Undefine group doesn't always work
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1212               shown again after pressing 'Cancel'
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1216               adjusts start position in wrap mode
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1220               ambiguous amino acids
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1224               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1225               proteins
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1229               Defined' don't appear in Colours menu
1230             </li>
1231           </ul>
1232           <em>Applet</em>
1233           <ul>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1236               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1240               overview or linked structure view
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1244               work (since 2.8)
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1248               user-defined colourscheme doesn't restore original
1249               colourscheme
1250             </li>
1251           </ul>
1252           <em>Test Suite</em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1256               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1260               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1261               problems with deep array comparison equality asserts in
1262               successive versions of TestNG
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1266               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1267             </li>
1268           </ul>
1269           <em>New Known Issues</em>
1270           <ul>
1271             <li>
1272               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1273               phase after a sequence motif find operation
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1277               containing just upper and lower case letters are
1278               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1282               reliably from eggnog Ortholog database
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1286               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1287               to mark columns containing highlighted regions.
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1291               doesn't always add secondary structure annotation.
1292             </li>
1293           </ul>
1294         </div>
1295     <tr>
1296       <td width="60" nowrap>
1297         <div align="center">
1298           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1299         </div>
1300       </td>
1301       <td><div align="left">
1302           <em>General</em>
1303           <ul>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1306               for all consensus calculations
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1310               3rd Oct 2016)
1311             </li>
1312             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1313               for 2016-2017</li>
1314           </ul>
1315           <em>Application</em>
1316           <ul>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1319               set of database cross-references, sorted alphabetically
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1323               from database cross references. Users with custom links
1324               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1325                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1329               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1330               Chimera session
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1334               the Chimera it is connected to is shut down
1335             </li>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1338               columns menu item to mark columns containing highlighted
1339               regions (e.g. from structure selections or results of a
1340               Find operation)
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1344               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1345               MSAviewer
1346             </li>
1347           </ul>
1348         </div></td>
1349       <td>
1350         <div align="left">
1351           <em>General</em>
1352           <ul>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1355               are not coloured or thresholded according to percent
1356               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1360               hydrophobic
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1364               threshold, amino acid properties)
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1368               reported as mapped to residues in a structure file in the
1369               View Mapping report
1370             </li>
1371             <li>
1372               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1373               could be added multiple times to a sequence
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1377               bond features shown as two highlighted residues rather
1378               than a range in linked structure views, and treated
1379               correctly when selecting and computing trees from features
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1383               cross-references are matched to database name regardless
1384               of case
1385             </li>
1386
1387           </ul>
1388           <em>Application</em>
1389           <ul>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1392               names without regular expressions also offer links from
1393               Sequence ID
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1397               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1398               update Jalview configuration
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1402               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1406               files with similarly named sequences if dropped onto the
1407               alignment
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1411               entries where more chains exist in the PDB accession than
1412               are reported in the SIFTS file
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1416               the structure view when displayed with Chimera
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1420               panel's View->Show Chains submenu
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1424               work for wrapped alignment views
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1428               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1432               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1433               first annotation row
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1437               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1441               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1442             </li>
1443             <!-- JAL-2319 -->
1444             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1445             coordindate data
1446             </li>
1447           </ul>
1448           <!--           <em>New Known Issues</em>
1449           <ul>
1450             <li></li>
1451           </ul> -->
1452         </div>
1453       </td>
1454     </tr>
1455     <td width="60" nowrap>
1456       <div align="center">
1457         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1458           <em>25/10/2016</em></strong>
1459       </div>
1460     </td>
1461     <td><em>Application</em>
1462       <ul>
1463         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1464           view if structures already loaded</li>
1465         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1466           structure views</li>
1467       </ul></td>
1468     <td>
1469       <div align="left">
1470         <em>General</em>
1471         <ul>
1472           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1473             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1474           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1475             example sequences/projects/trees</li>
1476         </ul>
1477         <em>Application</em>
1478         <ul>
1479           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1480             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1481           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1482             without timeout for structures with multiple models or
1483             multiple sequences in alignment</li>
1484           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1485             PDB ID HEADER line</li>
1486           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1487             is performed</li>
1488           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1489             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1490           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1491           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1492             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1493             option</li>
1494           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1495             is created on the alignment</li>
1496           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1497             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1498             pop-up menu</li>
1499         </ul>
1500         <em>Build and deployment</em>
1501         <ul>
1502           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1503             tags</li>
1504         </ul>
1505         <em>New Known Issues</em>
1506         <ul>
1507           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1508             on Windows</li>
1509         </ul>
1510       </div>
1511     </td>
1512     </tr>
1513     <tr>
1514       <td width="60" nowrap>
1515         <div align="center">
1516           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1517         </div>
1518       </td>
1519       <td><em>General</em>
1520         <ul>
1521           <li>
1522             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1523           </li>
1524           <li>
1525             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1526             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1527             better PDB parsing.
1528           </li>
1529           <li>
1530             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1531             reference sequence
1532           </li>
1533           <li>
1534             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1535             mousing over sequence associated annotation
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1539             for manual entry
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1543             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1544             for each column
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1548             showing or hiding columns containing a feature
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1552             group and sequence associated annotation labels
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1556             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1557             dialogs
1558           </li>
1559
1560         </ul> <em>Application</em>
1561         <ul>
1562           <li>
1563             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1564             gene/transcript view
1565           </li>
1566           <li>
1567             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1568             dialog
1569           </li>
1570           <li>
1571             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1572             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1573           </li>
1574           <li>
1575             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1576             Pfam sources to xfam.org
1577           </li>
1578           <li>
1579             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1580           </li>
1581           <li>
1582             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1583             over sequences in Jalview
1584           </li>
1585           <li>
1586             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1587             regions in ENA and EMBL
1588           </li>
1589           <li>
1590             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1591             for record retrieval via ENA rest API
1592           </li>
1593           <li>
1594             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1595             complement operator
1596           </li>
1597           <li>
1598             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1599             groovy script execution
1600           </li>
1601           <li>
1602             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1603             alignment window's Calculate menu
1604           </li>
1605           <li>
1606             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1607             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1608           </li>
1609           <li>
1610             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1611             calculation workers from groovy scripts
1612           </li>
1613           <li>
1614             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1615             Jalview projects
1616           </li>
1617           <li>
1618             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1619             associations are now saved/restored from project
1620           </li>
1621           <li>
1622             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1623             before sequence fetcher is opened
1624           </li>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1627             database chooser opens a sequence fetcher
1628           </li>
1629           <li>
1630             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1631             the UniProt REST API
1632           </li>
1633           <li>
1634             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1635             the news reader opening
1636           </li>
1637           <li>
1638             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1639             querying stored in preferences
1640           </li>
1641           <li>
1642             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1643             search results
1644           </li>
1645           <li>
1646             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1647           </li>
1648           <li>
1649             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1650             menu for nucleotide sequences
1651           </li>
1652           <li>
1653             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1654             and feature counts preserves alignment ordering (and
1655             debugged for complex feature sets).
1656           </li>
1657           <li>
1658             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1659             viewing structures with Jalview 2.10
1660           </li>
1661           <li>
1662             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1663             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1664             Ensembl Genomes REST API
1665           </li>
1666           <li>
1667             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1668             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1669             (Ensembl)
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1673             sequences
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1677             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1678             data from external database records.
1679           </li>
1680           <li>
1681             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1682             efficient recovery of sequence coding and alignment
1683             annotation relationships.
1684           </li>
1685         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1686         <ul>
1687           <li>
1688             -- JAL---
1689           </li>
1690         </ul> --></td>
1691       <td>
1692         <div align="left">
1693           <em>General</em>
1694           <ul>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1697               menu on OSX
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1701               includes graduated colourschemes
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1705               working with big alignments and lots of hidden columns
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1709               at right of alignment window
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1713               contents
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1717               for DNA alignments
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1721               based tree calculation
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1725               unconserved enabled for group on alignment
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1729               set as reference
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1733               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1734               annotation
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1738               hidden columns present
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1742               user created annotation added to alignment
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1746               '()' base pair annotation
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1750               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1751               Consensus
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1755               feature not working
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1759               beginning of sequence
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1763               entry 3a6s
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1767               from a tree when t-coffee scores are shown
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1771               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1775               some structures
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1779               to Clustal, PIR and PileUp output
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1783               not visible causes alignment window to repaint
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1787               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1788               scores associated with features and annotation rows
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1792               calculation should be case independent
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1796               columns
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1800               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1801               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1805               problems when reference sequence defined and 'show
1806               non-conserved' enabled
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1810               load even when Consensus calculation is disabled
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1814               alignment does nothing
1815             </li>
1816           </ul>
1817           <em>Application</em>
1818           <ul>
1819             <li>
1820               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1821               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1822               yet fixed for El Capitan)
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1826               output when running on non-gb/us i18n platforms
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1830               hidden sequences as flat-file alignment
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1834               launching Chimera
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1838               (also hotfix for 2.9.0b2)
1839             </li>
1840             <li>
1841               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1842               reference sequence defined
1843             </li>
1844             <li>
1845               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1846               alignments and views when revealing hidden columns
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1850               view in a cDNA/Protein splitframe
1851             </li>
1852             <li>
1853               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1854               sequence from project when only one sequence is
1855               represented
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1859               in Structure Chooser
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1863               structure consensus didn't refresh annotation panel
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1867               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1871               dialogs format columns correctly, don't display array
1872               data, sort columns according to type
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1876               file chooser is cancelled during an image export
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1880               sequence name containing special characters
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1884               case insensitive
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1888               formatting don't wrap
1889             </li>
1890             <li>
1891               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1892               truncated so L looks like I in consensus annotation
1893             </li>
1894             <li>
1895               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1896               currently displayed features for the current selection or
1897               view
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1901               after fetching cross-references, and restoring from
1902               project
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1906               followed in the structure viewer
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1910               splitframe not restored from project
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1914               trailing end of protein alignment in transcript/product
1915               splitview when pad-gaps not enabled by default
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1919               is case dependent
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1923               article has been read (reopened issue due to
1924               internationalisation problems)
1925             </li>
1926             <li>
1927               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1928               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1929               cross-references
1930             </li>
1931
1932             <li>
1933               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1934               alignment as HTML
1935             </li>
1936             <li>
1937               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1938               multiple structures are shown for one or more sequences.
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1942               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1943               is enabled.
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1947               specific PDB id for sequence
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1951               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1952               columns' is disabled.
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1956               selects lowest rather than highest resolution structures
1957               for each sequence
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1961               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1965               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1966             </li>
1967             <li>
1968               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1969               after clicking on it to create new annotation for a
1970               column.
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1974               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1975             </li>
1976             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1977             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1978           </ul>
1979           <em>Applet</em>
1980           <ul>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1983               hidden columns present before start of sequence
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1987               (JSON jars)
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1991               sequences are hidden in applet
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1995               deployment on examples pages.
1996             </li>
1997           </ul>
1998         </div>
1999       </td>
2000     </tr>
2001     <tr>
2002       <td width="60" nowrap>
2003         <div align="center">
2004           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2005             <em>16/10/2015</em></strong>
2006         </div>
2007       </td>
2008       <td><em>General</em>
2009         <ul>
2010           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2011             jars</li>
2012         </ul></td>
2013       <td>
2014         <div align="left">
2015           <em>Application</em>
2016           <ul>
2017             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2018               shown when tree is partitioned</li>
2019             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2020               multiple cDNA/Protein split views</li>
2021           </ul>
2022         </div>
2023       </td>
2024     </tr>
2025     <tr>
2026       <td width="60" nowrap>
2027         <div align="center">
2028           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2029             <em>8/10/2015</em></strong>
2030         </div>
2031       </td>
2032       <td><em>General</em>
2033         <ul>
2034           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2035             2.9</li>
2036         </ul> <em>Application</em>
2037         <ul>
2038           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2039           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2040           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2041         </ul> <em>Applet</em>
2042         <ul>
2043           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2044         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2045         <ul>
2046           <li>
2047             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2048             suite
2049           </li>
2050         </ul></td>
2051       <td>
2052         <div align="left">
2053           <em>General</em>
2054           <ul>
2055             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2056               incorrect when sequence start > 1</li>
2057             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2058               documentation</li>
2059             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2060             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2061               loading a features file containing HTML tags in feature
2062               description</li>
2063
2064           </ul>
2065           <em>Application</em>
2066           <ul>
2067             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2068               reimport</li>
2069             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2070               with 'trim retrieved sequences'</li>
2071             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2072               deleting selected columns</li>
2073             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2074               JNLP templates for webstart launch</li>
2075             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2076               unreleased structures for download or viewing</li>
2077             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2078               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2079             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2080               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2081             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2082               recovered from jalview project</li>
2083             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2084               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2085               alignment view</li>
2086             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2087               color schemes from BioJSON</li>
2088           </ul>
2089           <em>Applet</em>
2090           <ul>
2091             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2092               frame</li>
2093             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2094           </ul>
2095         </div>
2096       </td>
2097     </tr>
2098     <tr>
2099       <td><div align="center">
2100           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2101         </div></td>
2102       <td><em>General</em>
2103         <ul>
2104           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2105             alignments:
2106             <ul>
2107               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2108                 and DNA alignment views</li>
2109               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2110                 cDNA alignment views</li>
2111               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2112                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2113               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2114                 protein sequences</li>
2115             </ul>
2116           </li>
2117           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2118           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2119             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2120           <li>New alignment annotation file statements for
2121             reference sequences and marking hidden columns</li>
2122           <li>Reference sequence based alignment shading to
2123             highlight variation</li>
2124           <li>Select or hide columns according to alignment
2125             annotation</li>
2126           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2127           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2128             acid conservation row</li>
2129           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2130         </ul> <em>Application</em>
2131         <ul>
2132           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2133             <ul>
2134               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2135                 view with cDNA/Protein</li>
2136               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2137                 sequences are placed in the same alignment</li>
2138               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2139                 projects</li>
2140             </ul>
2141           </li>
2142
2143           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2144           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2145             Jalview windows</li>
2146
2147           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2148           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2149           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2150             be shown in VARNA</li>
2151
2152           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2153             as the active selected region</li>
2154
2155           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2156             similarity</li>
2157           <li>New Export options
2158             <ul>
2159               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2160                 region export in flat file generation</li>
2161
2162               <li>Export alignment views for display with the <a
2163                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2164
2165               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2166               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2167                 alignment figures to HTML</li>
2168           </li>
2169           <li>3D structure retrieval and display
2170             <ul>
2171               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2172                 Search API</li>
2173               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2174                 PDB structures for a sequence set</li>
2175             </ul>
2176           </li>
2177
2178           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2179             predictions</li>
2180           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2181             for one or a group of sequences</li>
2182           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2183             from the JPred4 web server</li>
2184           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2185             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2186             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2187           </li>
2188           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2189             VARNA 2D Structure'</li>
2190           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2191             Structure ..."</li>
2192
2193         </ul> <em>Applet</em>
2194         <ul>
2195           <li>New layout for applet example pages</li>
2196           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2197             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2198           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2199             Protein alignments</li>
2200         </ul> <em>Development and deployment</em>
2201         <ul>
2202           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2203           <li>Include installation type and git revision in build
2204             properties and console log output</li>
2205           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2206             storing BioJsMSA Templates</li>
2207           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2208         </ul></td>
2209       <td>
2210         <!-- <em>General</em>
2211         <ul>
2212         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2213         <ul>
2214           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2215           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2216           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2217             predictions are not highlighted in amber</li>
2218           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2219             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2220           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2221             associated structure views</li>
2222           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2223             width checkbox not enabled</li>
2224           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2225             creating user defined colours</li>
2226           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2227             mappings for just that viewer's sequences</li>
2228           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2229             multiple models in Chimera</li>
2230           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2231             over Jmol structure</li>
2232           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2233             output to text box</li>
2234           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2235             have incorrect sequence start/end</li>
2236           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2237             Jalview fails</li>
2238           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2239             work for nucleotide</li>
2240           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2241             to a grey/invisible alignment window</li>
2242           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2243             imports to different position</li>
2244           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2245             on some platforms</li>
2246           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2247             populated</li>
2248           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2249             console if Chimera has been opened</li>
2250           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2251           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2252             retrieved</li>
2253           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2254           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2255             either sequence shows on first structure</li>
2256           <li>'Show annotations' options should not make
2257             non-positional annotations visible</li>
2258           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2259             in right place after 'view flanking regions'</li>
2260           <li>File Save As type unset when current file format is
2261             unknown</li>
2262           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2263             projects</li>
2264           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2265             responsive</li>
2266           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2267             several views on same alignment</li>
2268           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2269           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2270             spaces</li>
2271         </ul> <em>Applet</em>
2272         <ul>
2273           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2274           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2275             descriptions containing angle brackets</li>
2276         </ul> <em>General</em>
2277         <ul>
2278           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2279             via jalview annotation file</li>
2280           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2281             with RNA secondary structure</li>
2282           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2283             translation doesn't work.</li>
2284           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2285           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2286             positions</li>
2287           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2288             choosing 1pt font</li>
2289           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2290             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2291             'h'</li>
2292           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2293             new feature</li>
2294           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2295             order dependent</li>
2296           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2297             sequences</li>
2298           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2299         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2300         <ul>
2301           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2302             www.jalview.org</li>
2303         </ul> <em>Application Known issues</em>
2304         <ul>
2305           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2306           <li>Misleading message appears after trying to delete
2307             solid column.</li>
2308           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2309             version launches</li>
2310           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2311             fails with a sequence mismatch</li>
2312           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2313             scrolling alignment to right</li>
2314           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2315             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2316           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2317             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2318           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2319             ultra-high resolution</li>
2320           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2321             quality and conservation</li>
2322           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2323             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2324         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2325         <ul>
2326           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2327           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2328             window is being resized</li>
2329
2330         </ul>
2331       </td>
2332     </tr>
2333     <tr>
2334       <td><div align="center">
2335           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2336         </div></td>
2337       <td><em>General</em>
2338         <ul>
2339           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2340             Certum.PL.</li>
2341           <li>Features and annotation preserved when performing
2342             pairwise alignment</li>
2343           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2344             imported/exported/displayed</li>
2345           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2346             protein secondary structure</li>
2347           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2348               post-hoc with 2.9 release</em>)
2349           </li>
2350
2351         </ul> <em>Application</em>
2352         <ul>
2353           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2354             with 3D structures</li>
2355           <li>Support for parsing RNAML</li>
2356           <li>Annotations menu for layout
2357             <ul>
2358               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2359               <li>place sequence annotation above/below alignment
2360                 annotation</li>
2361             </ul>
2362           <li>Output in Stockholm format</li>
2363           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2364             translation</li>
2365           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2366           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2367             shared between alignments</li>
2368           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2369             Jalview</li>
2370           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2371             all or current selection</li>
2372           <li>disorder and secondary structure predictions
2373             available as dataset annotation</li>
2374           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2375
2376
2377           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2378             alignments from Rfam</li>
2379           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2380
2381           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2382             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2383           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2384           <li>include installation type in build properties and
2385             console log output</li>
2386           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2387             annotation</li>
2388         </ul></td>
2389       <td>
2390         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2391         <ul>
2392           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2393             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2394           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2395             alignment</li>
2396           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2397           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2398           <li>Double click on sequence associated annotation
2399             selects only first column</li>
2400           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2401             leaves shown in tree</li>
2402           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2403             properly</li>
2404           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2405           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2406             screen and buttons not visible</li>
2407           <li>author list isn't updated if already written to
2408             Jalview properties</li>
2409           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2410             from database</li>
2411           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2412           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2413             browser search window</li>
2414           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2415             in feature settings dialog</li>
2416           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2417             desktop</li>
2418           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2419             pass validation</li>
2420           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2421             fit on screen</li>
2422           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2423             tooltip</li>
2424           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2425             defined user preset</li>
2426           <li>MSA web services warns user if they were launched
2427             with invalid input</li>
2428           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2429             Java 8</li>
2430           <li>
2431             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2432             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2433             created
2434           </li>
2435
2436         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2437         <ul>
2438         </ul> <em>General</em>
2439         <ul>
2440         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2441         <ul>
2442           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2443             memory allocation</li>
2444           <li>launchApp service doesn't automatically open
2445             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2446           <li>
2447             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2448             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2449             1.7_055 is available
2450           </li>
2451         </ul> <em>Application Known issues</em>
2452         <ul>
2453           <li>
2454             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2455             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2456             alignment to right
2457           </li>
2458           <li>
2459             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2460             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2461             with large number of ID
2462           </li>
2463           <li>
2464             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2465             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2466             start/end
2467           </li>
2468           <li>
2469             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2470             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2471             structure tracks are rearranged
2472           </li>
2473           <li>
2474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2475             invalid rna structure positional highlighting does not
2476             highlight position of invalid base pairs
2477           </li>
2478           <li>
2479             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2480             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2481             project from alignment window file menu
2482           </li>
2483           <li>
2484             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2485             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2486             structures
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2490             colour by RNA Helices not enabled when user created
2491             annotation added to alignment
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2495             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2496           </li>
2497         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2498         <ul>
2499           <li>
2500             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2501             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2505             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2506           </li>
2507
2508           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2509             when selected</li>
2510         </ul>
2511       </td>
2512     </tr>
2513     <tr>
2514       <td><div align="center">
2515           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2516         </div></td>
2517       <td>
2518         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2519         <em>General</em>
2520         <ul>
2521           <li>Internationalisation of user interface (usually
2522             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2523           <li>Define/Undefine group on current selection with
2524             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2525           <li>Improved group creation/removal options in
2526             alignment/sequence Popup menu</li>
2527           <li>Sensible precision for symbol distribution
2528             percentages shown in logo tooltip.</li>
2529           <li>Annotation panel height set according to amount of
2530             annotation when alignment first opened</li>
2531         </ul> <em>Application</em>
2532         <ul>
2533           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2534             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2535           <li>Select columns containing particular features from
2536             Feature Settings dialog</li>
2537           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2538             sequences</li>
2539           <li>Update Jalview project format:
2540             <ul>
2541               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2542               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2543                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2544               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2545                 colouring</li>
2546             </ul>
2547           </li>
2548           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2549             (PAM250)</li>
2550           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2551             flanking regions for an alignment</li>
2552         </ul>
2553       </td>
2554       <td>
2555         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2556         <ul>
2557           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2558             running after job is cancelled</li>
2559           <li>cannot export features from alignments imported from
2560             Jalview/VAMSAS projects</li>
2561           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2562             float values</li>
2563           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2564             have 'display all symbols' flag set</li>
2565           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2566             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2567           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2568             Jalview</li>
2569           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2570             Lion/Webstart</li>
2571           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2572           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2573           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2574             alignment onto desktop</li>
2575           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2576             'extract scores' function</li>
2577           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2578             alignment window</li>
2579           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2580             performing IUPred disorder prediction</li>
2581           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2582             changing 'normalise logo' display setting</li>
2583           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2584             nothing matches query</li>
2585           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2586             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2587           </li>
2588           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2589             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2590           </li>
2591           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2592             Jalview's menu</li>
2593           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2594             'invalid literal/length code'</li>
2595           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2596             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2597           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2598             colourscheme</li>
2599
2600         </ul> <em>Applet</em>
2601         <ul>
2602           <li>Remove group option is shown even when selection is
2603             not a group</li>
2604           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2605             don't affect groups</li>
2606           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2607             colourscheme name</li>
2608           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2609             Annotation panel is not displayed</li>
2610           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2611             embedded windows</li>
2612         </ul> <em>Other</em>
2613         <ul>
2614           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2615             single sequence were not calculated</li>
2616           <li>annotation files that contain only groups imported as
2617             annotation and junk sequences</li>
2618           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2619             recognised as PFAM or BLC</li>
2620           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2621             doesn't affect background (2.8.0b1)
2622           <li></li>
2623           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2624           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2625             trailing gaps</li>
2626           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2627             registered correctly on import</li>
2628           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2629             certain alignments</li>
2630           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2631             existing annotation based 'use original colours'
2632             colourscheme loses original colours setting</li>
2633         </ul>
2634       </td>
2635     </tr>
2636     <tr>
2637       <td><div align="center">
2638           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2639             <em>30/1/2014</em></strong>
2640         </div></td>
2641       <td>
2642         <ul>
2643           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2644             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2645             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2646             open source project).
2647           </li>
2648           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2649           <li>Output in Stockholm format</li>
2650           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2651           <li>Export/import group and sequence associated line
2652             graph thresholds</li>
2653           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2654             ambiguity codes</li>
2655           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2656             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2657             works</li>
2658           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2659         </ul> <em>Other improvements</em>
2660         <ul>
2661           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2662           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2663             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2664           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2665             files</li>
2666           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2667           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2668             link but no description</li>
2669           <li>Select primary source when selecting authority in
2670             database fetcher GUI</li>
2671           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2672             Jalview</li>
2673           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2674         </ul>
2675       </td>
2676       <td>
2677         <ul>
2678           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2679             displayed</li>
2680           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2681             secondary structure annotation line</li>
2682           <li>Sequence database accessions not imported when
2683             fetching alignments from Rfam</li>
2684           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2685             identical IDs</li>
2686           <li>View all structures does not always superpose
2687             structures</li>
2688           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2689             reflect user or preset settings</li>
2690           <li>Null pointer exceptions for some services without
2691             presets or adjustable parameters</li>
2692           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2693             discover PDB xRefs</li>
2694           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2695             features with DAS</li>
2696           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2697             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2698           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2699             residue follows a gap</li>
2700           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2701             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2702           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2703             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2704           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2705             annotation already exists on alignment</li>
2706           <li>oninit javascript function should be called after
2707             initialisation completes</li>
2708           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2709             alignment window display</li>
2710           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2711           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2712             to annotation file</li>
2713           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2714             groups created</li>
2715           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2716             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2717           <li>Pressing return several times causes Number Format
2718             exceptions in keyboard mode</li>
2719           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2720             correct partitions for input data</li>
2721           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2722           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2723           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2724           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2725             mode</li>
2726           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2727             changes one row&#39;s threshold</li>
2728           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2729             doesn&#39;t open</li>
2730           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2731             quality histograms</li>
2732         </ul>
2733       </td>
2734     </tr>
2735     <tr>
2736       <td><div align="center">
2737           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2738         </div></td>
2739       <td><em>Application</em>
2740         <ul>
2741           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2742             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2743           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2744             preferences</li>
2745           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2746             in Jalview alignment window</li>
2747           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2748             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2749           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2750             RNA and ambiguity codes</li>
2751
2752           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2753           <li>Support fetching and database reference look up
2754             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2755             refs')</li>
2756           <li>Jalview project improvements
2757             <ul>
2758               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2759                 flag for annotation</li>
2760               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2761                 alignment</li>
2762               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2763                 Jalview project</li>
2764
2765             </ul>
2766           </li>
2767           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2768           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2769             running</li>
2770           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2771           <li>visual indication that web service results are still
2772             being retrieved from server</li>
2773           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2774             starts up for first time</li>
2775           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2776             services</li>
2777           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2778             client library</li>
2779           <li>Examples directory and Groovy library included in
2780             InstallAnywhere distribution</li>
2781         </ul> <em>Applet</em>
2782         <ul>
2783           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2784             visualization applet example</li>
2785         </ul> <em>General</em>
2786         <ul>
2787           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2788           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2789             defaults</li>
2790           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2791             calculation</li>
2792           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2793             matrices
2794           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2795             in HTML</li>
2796           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2797             structure contacts</li>
2798           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2799           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2800           <li>Parse sequence associated secondary structure
2801             information in Stockholm files</li>
2802           <li>HTML Export database accessions and annotation
2803             information presented in tooltip for sequences</li>
2804           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2805             style RNA alignment files</li>
2806           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2807             alignment</li>
2808           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2809             shade each sequence according to its associated alignment
2810             annotation</li>
2811           <li>New Jalview Logo</li>
2812         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2813         <ul>
2814           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2815           <li>New Website!</li>
2816         </ul></td>
2817       <td><em>Application</em>
2818         <ul>
2819           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2820             wsdbfetch REST service</li>
2821           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2822           <li>Filetype associations not installed for webstart
2823             launch</li>
2824           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2825             job execution in full once it is complete</li>
2826           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2827             uploaded via ali_file parameter</li>
2828           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2829           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2830           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2831             submitted for prediction</li>
2832           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2833             desktop window</li>
2834           <li>Putting fractional value into integer text box in
2835             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2836           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2837             windows 7</li>
2838           <li>View all structures fails with exception shown in
2839             structure view</li>
2840           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2841             escaped in a platform independent way</li>
2842           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2843             using proxy</li>
2844           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2845             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2846           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2847             failure when java web start temporary file caching is
2848             disabled</li>
2849           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2850             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2851           <li>Errors during processing of command line arguments
2852             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2853           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2854             DAS sources in sequence fetcher</li>
2855           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2856             dialog is shown</li>
2857           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2858           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2859           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2860           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2861             on OSX Mountain Lion</li>
2862           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2863             sequences with alignment annotation are pasted into the
2864             alignment</li>
2865           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2866             when loaded from Jalview project</li>
2867           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2868           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2869             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2870           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2871             associated with all views</li>
2872           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2873             annotation rows to new window</li>
2874         </ul> <em>Applet</em>
2875         <ul>
2876           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2877             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2878           <li>loading features via javascript API automatically
2879             enables feature display</li>
2880           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2881             work</li>
2882         </ul> <em>General</em>
2883         <ul>
2884           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2885           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2886             and then deselected</li>
2887           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2888           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2889             coloured with clustalx</li>
2890           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2891             exceptions and redraw errors</li>
2892           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2893             reconfigured view</li>
2894           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2895             colour</li>
2896           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2897             for lots of labels</li>
2898         </ul>
2899     </tr>
2900     <tr>
2901       <td>
2902         <div align="center">
2903           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2904         </div>
2905       </td>
2906       <td><em>Application</em>
2907         <ul>
2908           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2909           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2910           <li>View/alignment association menu to enable user to
2911             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2912             its colours/correspondences from</li>
2913           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2914           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2915             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2916           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2917           <li>Annotation row column label formatting attributes
2918             stored in project file</li>
2919           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2920             rows preserved in Jalview project file</li>
2921           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2922             saved using Desktop window menu</li>
2923           <li>Visual indication that command line arguments are
2924             still being processed</li>
2925           <li>Groovy script execution from URL</li>
2926           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2927             preferences</li>
2928           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2929             alignment with sequences that have high similarity and
2930             matching IDs</li>
2931           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2932           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2933             structures in same window</li>
2934           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2935           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2936             analysis function in its own submenu</li>
2937         </ul> <em>Applet</em>
2938         <ul>
2939           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2940             groups</li>
2941           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2942           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2943           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2944           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2945           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2946             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2947           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2948           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2949             parameters are treated as such</li>
2950           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2951             <ul>
2952               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2953               <li>Javascript callbacks for
2954                 <ul>
2955                   <li>Applet initialisation</li>
2956                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2957                 </ul>
2958               </li>
2959               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2960                 functions</li>
2961               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2962               <li>javascript structure viewer harness to pass
2963                 messages between Jmol and Jalview when running as
2964                 distinct applets</li>
2965               <li>sortBy method</li>
2966               <li>Set of applet and application examples shipped
2967                 with documentation</li>
2968               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2969                 javascript message exchange</li>
2970             </ul>
2971         </ul> <em>General</em>
2972         <ul>
2973           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2974             multiple alignments</li>
2975           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2976           <li>User configurable link to enable redirects to a
2977             www.Jalview.org mirror</li>
2978           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2979           <li>Configurable newline string when writing alignment
2980             and other flat files</li>
2981           <li>Allow alignment annotation description lines to
2982             contain html tags</li>
2983         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2984         <ul>
2985           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2986             examples</li>
2987           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2988             using a web service before displaying the result in the
2989             Jalview desktop</li>
2990           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2991           <li>Ant target to publish example html files with applet
2992             archive</li>
2993           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2994           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2995         </ul></td>
2996       <td><em>Application</em>
2997         <ul>
2998           <li>User defined colourscheme throws exception when
2999             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3000           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3001             dialog for valid filename/format</li>
3002           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3003           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3004             P37173</li>
3005           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3006             which sequence is to be associated with the file</li>
3007           <li>Find All raises null pointer exception when query
3008             only matches sequence IDs</li>
3009           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3010           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3011             2.4 cannot be loaded</li>
3012           <li>Filetype associations not installed for webstart
3013             launch</li>
3014           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3015             with sequences in different alignments do not get coloured
3016             by their associated sequence</li>
3017           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3018             not preserved when project is loaded</li>
3019           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3020             stored in Jalview project</li>
3021           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3022             Jalview project</li>
3023           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3024           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3025             by conservation</li>
3026           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3027             created on new view</li>
3028           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3029             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3030           <li>Alignment quality not updated after alignment
3031             annotation row is hidden then shown</li>
3032           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3033             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3034           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3035             properly</li>
3036           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3037             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3038           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3039           <li>Structures imported from file and saved in project
3040             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3041           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3042             job execution in full once it is complete</li>
3043         </ul> <em>Applet</em>
3044         <ul>
3045           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3046             annotation rows are displayed</li>
3047           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3048             codebase</li>
3049           <li>View follows highlighting does not work for positions
3050             in sequences</li>
3051           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3052           <li>Export features raises exception when no features
3053             exist</li>
3054           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3055             for javascript api is modified when separator string
3056             provided as parameter</li>
3057           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3058             alignment with no existing selection</li>
3059           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3060             to applet&#39;s codebase</li>
3061           <li>Status bar not updated after finished searching and
3062             search wraps around to first result</li>
3063           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3064             several Jalview applets causes race conditions and memory
3065             leaks</li>
3066           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3067             not sent from Jmol in applet</li>
3068           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3069             applet API fatally hang browser</li>
3070         </ul> <em>General</em>
3071         <ul>
3072           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3073             position with wrapped view and hidden regions</li>
3074           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3075             with/without hidden columns</li>
3076           <li>Sequence length given in alignment properties window
3077             is off by 1</li>
3078           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3079             import PDB like structure files</li>
3080           <li>Positional search results are only highlighted
3081             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3082           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3083           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3084             given sequence position</li>
3085           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3086             output</li>
3087           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3088             from nucleotide chains correctly</li>
3089           <li>Structure colours not updated when tree partition
3090             changed in alignment</li>
3091           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3092             parsed in interleaved stockholm</li>
3093           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3094             state</li>
3095           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3096             properly</li>
3097           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3098             properly associated with their pdb files</li>
3099         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3100         <ul>
3101           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3102             ApplyCopyright tool</li>
3103         </ul></td>
3104     </tr>
3105     <tr>
3106       <td>
3107         <div align="center">
3108           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3109         </div>
3110       </td>
3111       <td><em>Application</em>
3112         <ul>
3113           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3114             contact web services</li>
3115           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3116             service job window</li>
3117           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3118         </ul></td>
3119       <td>
3120         <ul>
3121           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3122             pir file emitted by Jalview</li>
3123           <li>Existing feature settings transferred to new
3124             alignment view created from cut'n'paste</li>
3125           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3126             parsing PDB files</li>
3127           <li>Consensus and conservation annotation rows
3128             occasionally become blank for all new windows</li>
3129           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3130             in wrapped view mode</li>
3131         </ul> <em>Application</em>
3132         <ul>
3133           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3134             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3135           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3136             parameter names</li>
3137           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3138             is down</li>
3139         </ul>
3140       </td>
3141     </tr>
3142     <tr>
3143       <td>
3144         <div align="center">
3145           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3146         </div>
3147       </td>
3148       <td><em>Application</em>
3149         <ul>
3150           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3151             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3152             (JABAWS)
3153           </li>
3154           <li>Web Services preference tab</li>
3155           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3156             preferences</li>
3157           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3158           <li>Superpose structures using associated sequence
3159             alignment</li>
3160           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3161             viewer</li>
3162         </ul> <em>Applet</em>
3163         <ul>
3164           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3165             link out mechanism</li>
3166         </ul> <em>Other</em>
3167         <ul>
3168           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3169             series 12</li>
3170           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3171             require Java 1.5</li>
3172           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3173             sequence annotation files</li>
3174           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3175             type colour specification</li>
3176           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3177             script to check if it being run in an interactive session or
3178             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3179         </ul></td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3183             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3184         </ul> <em>Application</em>
3185         <ul>
3186           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3187             selected Regions menu item</li>
3188           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3189             part of a valid accession ID</li>
3190           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3191             runs out of memory</li>
3192           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3193             analysis results</li>
3194           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3195             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3196           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3197         </ul> <em>Applet</em>
3198         <ul>
3199           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3200             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3201             defined.</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td>
3207         <div align="center">
3208           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3209         </div>
3210       </td>
3211       <td></td>
3212       <td>
3213         <ul>
3214           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3215             sequence IDs</li>
3216           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3217             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3218           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3219             import correctly</li>
3220           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3221             number of columns are hidden</li>
3222           <li>annotation label popup menu not providing correct
3223             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3224             present</li>
3225           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3226             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3227           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3228             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3229
3230         </ul> <em>Applet</em>
3231         <ul>
3232           <li>annotation panel disappears when annotation is
3233             hidden/removed</li>
3234         </ul> <em>Application</em>
3235         <ul>
3236           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3237             alignment opened where annotation panel is visible but no
3238             annotations are present on alignment</li>
3239           <li>pasted region containing hidden columns is
3240             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3241           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3242             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3243           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3244             selected Rregions menu item.</li>
3245           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3246             'Un' or 'Non'conserved</li>
3247           <li>Sequence feature settings are being shared by
3248             multiple distinct alignments</li>
3249           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3250             changed</li>
3251           <li>double click on group annotation to select sequences
3252             does not propagate to associated trees</li>
3253           <li>Mac OSX specific issues:
3254             <ul>
3255               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3256                 window background</li>
3257               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3258                 name set correctly</li>
3259               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3260                 save feature colourscheme button</li>
3261             </ul>
3262           </li>
3263         </ul>
3264       </td>
3265     </tr>
3266     <tr>
3267
3268       <td>
3269         <div align="center">
3270           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3271         </div>
3272       </td>
3273       <td><em>New Capabilities</em>
3274         <ul>
3275           <li>URL links generated from description line for
3276             regular-expression based URL links (applet and application)
3277
3278           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3279             menu</li>
3280           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3281             structures</li>
3282           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3283             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3284           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3285             average score or total feature count for each sequence.</li>
3286           <li>Shading features by score or associated description</li>
3287           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3288             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3289           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3290             hide everything but the currently selected region.</li>
3291           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3292         </ul> <em>Application</em>
3293         <ul>
3294           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3295             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3296           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3297             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3298           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3299             database references and protein_name is parsed as
3300             description line (BioSapiens terms).</li>
3301           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3302             references in sequence ID tooltip from View menu in
3303             application.</li>
3304           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3305       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3306           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3307             conservation plots</li>
3308           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3309             and visualized as sequence logos</li>
3310           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3311             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3312           </li>
3313           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3314             when a new tree is opened.</li>
3315           <li>Jalview Java Console</li>
3316           <li>Better placement of desktop window when moving
3317             between different screens.</li>
3318           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3319             consensus annotation</li>
3320           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3321             Workflows</li>
3322           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3323             <ul>
3324               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3325                 used to preserve views, structures, and tree display
3326                 settings)</li>
3327               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3328                 command line</li>
3329               <li>Sharing of selected regions between views and
3330                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3331               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3332             </ul></li>
3333         </ul> <em>Applet</em>
3334         <ul>
3335           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3336           <li>New Parameters
3337             <ul>
3338               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3339                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3340                 opened.</li>
3341               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3342                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3343               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3344                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3345               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3346                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3347                 view</li>
3348               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3349                 increase the height or width of a cell in the alignment
3350                 grid relative to the current font size.</li>
3351             </ul>
3352           </li>
3353           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3354             tooltip</li>
3355         </ul> <em>Other</em>
3356         <ul>
3357           <li>Features format: graduated colour definitions and
3358             specification of feature scores</li>
3359           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3360             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3361             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3362           <li>XML formats extended to support graduated feature
3363             colourschemes, group associated annotation, and profile
3364             visualization settings.</li></td>
3365       <td>
3366         <ul>
3367           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3368             rather than description</li>
3369           <li>Non-positional features are now included in sequence
3370             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3371             visibility in tooltip).</li>
3372           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3373           <li>Added URL embedding instructions to features file
3374             documentation.</li>
3375           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3376             'X' in peptide product</li>
3377           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3378             sequence ID and sequence string and query strings do not
3379             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3380           <li>AMSA files only contain first column of
3381             multi-character column annotation labels</li>
3382           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3383             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3384             exported and re-imported)</li>
3385           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3386             name</li>
3387           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3388             as subsequence matches, and correctly reports total number
3389             of both.</li>
3390           <li>Application:
3391             <ul>
3392               <li>Better handling of exceptions during sequence
3393                 retrieval</li>
3394               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3395                 link text excludes the start_end suffix</li>
3396               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3397                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3398               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3399               <li>Sequence description lines properly shared via
3400                 VAMSAS</li>
3401               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3402                 data sources</li>
3403               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3404                 completes before alignment figures are generated.</li>
3405               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3406                 first time.</li>
3407               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3408                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3409               <li>User defined group colours properly recovered
3410                 from Jalview projects.</li>
3411             </ul>
3412           </li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415
3416     </tr>
3417     <tr>
3418       <td>
3419         <div align="center">
3420           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3421         </div>
3422       </td>
3423       <td>
3424         <ul>
3425           <li>Experimental support for google analytics usage
3426             tracking.</li>
3427           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430       <td>
3431         <ul>
3432           <li>Race condition in applet preventing startup in
3433             jre1.6.0u12+.</li>
3434           <li>Exception when feature created from selection beyond
3435             length of sequence.</li>
3436           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3437           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3438             all sequences with a given id</li>
3439           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3440             ID string searches</li>
3441           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3442             alignment to fail with exception</li>
3443         </ul> <em>Application Issues</em>
3444         <ul>
3445           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3446           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3447             data sources</li>
3448         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3449         <ul>
3450           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3451             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3452           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3453             version (java class versioning error fixed)</li>
3454         </ul>
3455       </td>
3456     </tr>
3457     <tr>
3458       <td>
3459
3460         <div align="center">
3461           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td><em>User Interface</em>
3465         <ul>
3466           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3467             translation and protein products</li>
3468           <li>Linked highlighting of structure associated with
3469             residue mapping to codon position</li>
3470           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3471             and 'clear' button</li>
3472           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3473             Tools menu</li>
3474           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3475             numeric data in description line</li>
3476           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3477           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3478             of sequence</li>
3479         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3480         <ul>
3481           <li>JPred3 web service</li>
3482           <li>Prototype sequence search client (no public services
3483             available yet)</li>
3484           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3485             PFAM</li>
3486           <li>URL Links created for matching database cross
3487             references as well as sequence ID</li>
3488           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3489         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3490         <ul>
3491           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3492             databases</li>
3493           <li>Generalised database reference retrieval and
3494             validation to all fetchable databases</li>
3495           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3496             sequence command</li>
3497         </ul> <em>Import and Export</em>
3498         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3499         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3500           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3501         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3502           File</li>
3503         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3504           triplet as name of colourscheme</li>
3505         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3506         <ul>
3507           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3508           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3509             alignments (experimental)</li>
3510           <li>Create new or select existing session to join</li>
3511           <li>load and save of vamsas documents</li>
3512         </ul> <em>Application command line</em>
3513         <ul>
3514           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3515             from applet)</li>
3516           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3517             of DAS servers to query for alignment features</li>
3518           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3519             that are also automatically queried for features</li>
3520           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3521             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3522         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3523         <ul>
3524           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3525             application (when using &quot;View in full
3526             application&quot;)</li>
3527         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3528         <ul>
3529           <li>feature group display control parameter</li>
3530           <li>debug parameter</li>
3531           <li>showbutton parameter</li>
3532         </ul> <em>Applet API methods</em>
3533         <ul>
3534           <li>newView public method</li>
3535           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3536           <li>Feature display control methods</li>
3537           <li>get list of currently selected sequences</li>
3538         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3539         <ul>
3540           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3541           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3542             Jalview release.</li>
3543           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3544             property controls execution of obfuscator</li>
3545           <li>Build target for generating source distribution</li>
3546           <li>Debug flag for javacc</li>
3547           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3548             jalview.bin.Cache</li>
3549           <li>Continuous Build Integration for stable and
3550             development version of Application, Applet and source
3551             distribution</li>
3552         </ul></td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>selected region output includes visible annotations
3556             (for certain formats)</li>
3557           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3558             for editing</li>
3559           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3560           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3561           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3562           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3563             comments</li>
3564           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3565             filenames containing a ':'</li>
3566           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3567             global sequence features</li>
3568           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3569             references from alignment sequences goes to zero</li>
3570           <li>Close of tree branch colour box without colour
3571             selection causes cascading exceptions</li>
3572           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3573           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3574             file parsing fails.</li>
3575           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3576           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3577             not a valid output format</li>
3578           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3579             vamsas</li>
3580           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3581           <li>error messages passed up and output when data read
3582             fails</li>
3583           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3584             sequence is edited</li>
3585           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3586             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3587           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3588             filetype</li>
3589           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3590             import fixed for PFAM records</li>
3591           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3592             window list</li>
3593           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3594             can be read and written correctly to annotation file</li>
3595           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3596             correctly</li>
3597           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3598             non-italic font for representatives in Applet</li>
3599           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3600             Macs.</li>
3601           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3602             Applet)</li>
3603           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3604             due to null pointer exceptions</li>
3605           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3606             first column of alignment</li>
3607           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3608             July 2008</li>
3609           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3610             file is case-insensitive</li>
3611           <li>Sequence features read from Features file appended to
3612             all sequences with matching IDs</li>
3613           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3614             containing a sub-sequence</li>
3615           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3616           <li>feature and annotation file applet parameters
3617             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3618           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3619           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3620             splash-screen version check to complete</li>
3621           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3622             when passing them to the launchApp service</li>
3623           <li>display name and local features preserved in results
3624             retrieved from web service</li>
3625           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3626             sequence fetcher initialisation</li>
3627           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3628             dasobert DAS client</li>
3629           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3630             association</li>
3631           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3632             sequences
3633           </li>
3634         </ul>
3635       </td>
3636     </tr>
3637     <tr>
3638       <td>
3639         <div align="center">
3640           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3641         </div>
3642       </td>
3643       <td>
3644         <ul>
3645           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3646           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3647           <li>Slide sequences</li>
3648           <li>Edit sequence in place</li>
3649           <li>EMBL CDS features</li>
3650           <li>DAS Feature mapping</li>
3651           <li>Feature ordering</li>
3652           <li>Alignment Properties</li>
3653           <li>Annotation Scores</li>
3654           <li>Sort by scores</li>
3655           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3656         </ul>
3657       </td>
3658       <td>
3659         <ul>
3660           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3661           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3662           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3663           <li>Feature group display state in XML</li>
3664           <li>Feature ordering in XML</li>
3665           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3666           <li>Stockholm alignment properties</li>
3667           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3668           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3669           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3670           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3671         </ul>
3672       </td>
3673
3674     </tr>
3675     <tr>
3676       <td>
3677         <div align="center">
3678           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3679         </div>
3680       </td>
3681       <td>
3682         <ul>
3683           <li>Non standard characters can be read and displayed
3684           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3685             applet via textbox
3686           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3687             name &amp; description
3688           <li>Preference setting to display sequence name in
3689             italics
3690           <li>Annotation file format extended to allow
3691             Sequence_groups to be defined
3692           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3693             specified in preferences
3694           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3695             sequences
3696         </ul>
3697       </td>
3698       <td>
3699         <ul>
3700           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3701             installed
3702           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3703           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3704         </ul>
3705       </td>
3706     </tr>
3707     <tr>
3708       <td>
3709         <div align="center">
3710           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3711         </div>
3712       </td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>Multiple views on alignment
3716           <li>Sequence feature editing
3717           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3718           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3719           <li>Background dependent text colour
3720           <li>Right align sequence ids
3721           <li>User-defined lower case residue colours
3722           <li>Format Menu
3723           <li>Select Menu
3724           <li>Menu item accelerator keys
3725           <li>Control-V pastes to current alignment
3726           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3727           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3728           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3729
3730           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3731         </ul>
3732       </td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3736           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3737             calculations
3738           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3739             edits
3740           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3741             of alignment)
3742           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3743
3744           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3745             display correctly
3746           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3747           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3748             analysis results
3749           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3750             &#8739;
3751           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3752           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3753           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3754
3755         </ul>
3756       </td>
3757     </tr>
3758     <tr>
3759       <td>
3760         <div align="center">
3761           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3762         </div>
3763       </td>
3764       <td>
3765         <ul>
3766           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769       <td>
3770         <ul>
3771           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3772             sequence id panel has been resized</li>
3773           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3774             rendered</li>
3775           <li>Annotation files with sequence references - all
3776             elements in file are relative to sequence position</li>
3777           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3778         </ul>
3779       </td>
3780     </tr>
3781     <tr>
3782       <td>
3783         <div align="center">
3784           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3785         </div>
3786       </td>
3787       <td>
3788         <ul>
3789           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3790           <li>DAS Feature fetching</li>
3791           <li>Hide sequences and columns</li>
3792           <li>Export Annotations and Features</li>
3793           <li>GFF file reading / writing</li>
3794           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3795             files</li>
3796           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3797           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3798           <li>Applet can launch the full application</li>
3799           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3800             required)</li>
3801           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3802           <li>Applet can load sequences from parameter
3803             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3804           </li>
3805         </ul>
3806       </td>
3807       <td>
3808         <ul>
3809           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3810           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3811           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3812         </ul>
3813       </td>
3814     </tr>
3815     <tr>
3816       <td>
3817         <div align="center">
3818           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3819         </div>
3820       </td>
3821       <td>
3822         <ul>
3823           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3824           <li>Choose to match case when searching</li>
3825           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3826             expand the visible width and height of the alignment</li>
3827         </ul>
3828       </td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3832         </ul>
3833       </td>
3834     </tr>
3835     <tr>
3836       <td>
3837         <div align="center">
3838           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3839         </div>
3840       </td>
3841       <td>&nbsp;</td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3845           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3846             value</li>
3847         </ul>
3848       </td>
3849     </tr>
3850     <tr>
3851       <td>
3852         <div align="center">
3853           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3854         </div>
3855       </td>
3856       <td>
3857         <ul>
3858           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3859           <li>Keyboard editing</li>
3860           <li>Create sequence features from searches</li>
3861           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3862             alignments</li>
3863           <li>Features file allows grouping of features</li>
3864           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3865           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3866           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3867         </ul>
3868       </td>
3869       <td>
3870         <ul>
3871           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3872           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3873             descriptions saved.</li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876     </tr>
3877     <tr>
3878       <td>
3879         <div align="center">
3880           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3881         </div>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3886           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3887           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3888             name for file output</li>
3889           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3890           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3891             used for HTML form input</li>
3892         </ul>
3893       </td>
3894       <td>
3895         <ul>
3896           <li>HTML output writes groups and features</li>
3897           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3898           <li>File IO bugs</li>
3899         </ul>
3900       </td>
3901     </tr>
3902     <tr>
3903       <td>
3904         <div align="center">
3905           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3906         </div>
3907       </td>
3908       <td>
3909         <ul>
3910           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3911           <li>More options for PCA viewer</li>
3912         </ul>
3913       </td>
3914       <td>
3915         <ul>
3916           <li>GUI bugs resolved</li>
3917           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3918         </ul>
3919       </td>
3920     </tr>
3921     <tr>
3922       <td height="63">
3923         <div align="center">
3924           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3925         </div>
3926       </td>
3927       <td>
3928         <ul>
3929           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3930           <li>Jar files are executable</li>
3931           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3932         </ul>
3933       </td>
3934       <td>
3935         <ul>
3936           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3937           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3938           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3939         </ul>
3940       </td>
3941     </tr>
3942     <tr>
3943       <td>
3944         <div align="center">
3945           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3946         </div>
3947       </td>
3948       <td>
3949         <ul>
3950           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3951         </ul>
3952       </td>
3953       <td>
3954         <ul>
3955           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961         <div align="center">
3962           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3968             size</li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971       <td>
3972         <ul>
3973           <li>Improved JPred client reliability</li>
3974           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3975         </ul>
3976       </td>
3977     </tr>
3978     <tr>
3979       <td>
3980         <div align="center">
3981           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3982         </div>
3983       </td>
3984       <td>
3985         <ul>
3986           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3987           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3988           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3989             to Colour Menu</li>
3990           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3991           <li>Unix users can set default web browser</li>
3992           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3993           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3994         </ul>
3995       </td>
3996       <td>
3997         <ul>
3998           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001     </tr>
4002     <tr>
4003       <td>
4004         <div align="center">
4005           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4006         </div>
4007       </td>
4008       <td>&nbsp;</td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4012             alignment order.</li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018         <div align="center">
4019           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4020         </div>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4025           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4026           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4027             annotations.</li>
4028           <li>Version and build date written to build properties
4029             file.</li>
4030           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4031             at launch of Jalview.</li>
4032         </ul>
4033       </td>
4034       <td>
4035         <ul>
4036           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4037           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4038           <li>Can remove groups one by one.</li>
4039           <li>Filechooser icons installed.</li>
4040           <li>Finder ignores return character when searching.
4041             Return key will initiate a search.<br>
4042           </li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045     </tr>
4046     <tr>
4047       <td>
4048         <div align="center">
4049           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4050         </div>
4051       </td>
4052       <td>
4053         <ul>
4054           <li>New codebase</li>
4055         </ul>
4056       </td>
4057       <td>&nbsp;</td>
4058     </tr>
4059   </table>
4060   <p>&nbsp;</p>
4061 </body>
4062 </html>