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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em>Deprecations</em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  82             capabilities removed from the Jalview Desktop
  83           </li>
  84         </ul>
  85         <em>Release Processes</em>
  86         <ul>
  87         <li>Atlassian Bamboo continuous integration server for unattended Test Suite execution</li>
  88         <li><!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common operations</li>
  89         </ul>
  90       </div></td>
  91     <td><div align="left">
  92         <em></em>
  93         <ul>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
  96             or the overview updates with large alignments.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 100             region if columns were selected by dragging right-to-left
 101             and the mouse moved to the left of the first column.
 102           </li>
 103         </ul>
 104         <em>Editing</em>
 105         <ul>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 108             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 109             via 'Edit' sequence
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 113             sequence features correctly when start of sequence is
 114             removed (Known defect since 2.10)
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL- -->
 118           </li>
 119         </ul>
 120       </div></td>
 121     </tr>
 122     <tr>
 123     <td width="60" nowrap>
 124       <div align="center">
 125         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 126       </div>
 127     </td>
 128     <td><div align="left">
 129         <em></em>
 130         <ul>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 133               InstallAnywhere increased to 1G.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 137               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 138               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 139                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 140                 properties file.</em>
 141             </li>
 142             <li>
 143               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 144               API and sequence data now imported as JSON.
 145             </li>
 146             <li>
 147               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 148               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 149               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 150               property.
 151             </li>
 152           </ul>
 153           <em>Development</em>
 154           <ul>
 155             <li>
 156               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 157               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 158                 Clover</a>
 159             </li>
 160           </ul>
 161         </div></td>
 162     <td><div align="left">
 163         <em></em>
 164         <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 167               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 168               alignment.
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 172               annotation displayed.
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 176               for newly created group when 'Apply to all groups'
 177               selected
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 181               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 182               visible.
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 186               when sequences are selected in exported view.</em>
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 190               aren't rendered with correct colour.
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 194               types of knotted RNA secondary structure.
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 198               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 199               do not start at 1.
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 203               annotation when columns are inserted into an alignment,
 204               and when exporting as Stockholm flatfile.
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 208               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 209               treated as RNA secondary structure.
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 213               (not .jar) when saving a jalview project file.
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 217               transfers focus to previous window on OSX
 218             </li>
 219           </ul>
 220           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 224               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 225               box.
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 229               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 230               'look and feel' which has improved compatibility with the
 231               latest version of OSX.
 232             </li>
 233           </ul>
 234         </div>
 235     </td>
 236     </tr>
 237     <tr>
 238       <td width="60" nowrap>
 239         <div align="center">
 240           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 241             <em>7/06/2018</em></strong>
 242         </div>
 243       </td>
 244       <td><div align="left">
 245           <em></em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 249               annotation retrieved from Uniprot
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 253               onto the Jalview Desktop
 254             </li>
 255           </ul>
 256         </div></td>
 257       <td><div align="left">
 258           <em></em>
 259           <ul>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 262               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 266               right-hand column parsed correctly
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 270               not alignment area in exported graphic
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 274               window has input focus
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 278               annotation added to view (Windows)
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 282               network connectivity is poor
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 286               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 287                 the currently open URL and links from a page viewed in
 288                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 289                 you are using Edge, only links in the page can be
 290                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 291                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 292             </li>
 293           </ul>
 294         </div></td>
 295     </tr>
 296     <tr>
 297       <td width="60" nowrap>
 298         <div align="center">
 299           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 300         </div>
 301       </td>
 302       <td><div align="left">
 303           <em></em>
 304           <ul>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 307               for disabling automatic superposition of multiple
 308               structures and open structures in existing views
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 312               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 313               adjust them.
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 317               Ensembl services
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 321               and lots of hidden columns
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 325               of features (particularly when transparency is disabled)
 326             </li>
 327           </ul>
 328           </div>
 329       </td>
 330       <td><div align="left">
 331           <ul>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 334               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 338               overlapping alignment panel
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 342               sequence as gaps
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 346               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 347               UTR
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 351               factor annotation not added to sequence when local PDB
 352               file associated with it by drag'n'drop or structure
 353               chooser
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 357               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 361               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 365               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 369               columns in annotation row
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 373               honored in batch mode
 374             </li>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 377               for structures added to existing Jmol view
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 381               entries after importing project with multiple views
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 385               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 386               with negative residue numbers or missing residues fails
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 390               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 391               as generated by CONSURF)
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 395               tooltip doesn't include a text description of mutation
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 399               structure and/or overview windows are also shown
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 403               very slow for alignments with large numbers of sequences
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 407               with 'StringIndexOutOfBounds'
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 411               platforms running Java 10
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 415               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Applet</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 422               should copy the group consensus when popup is opened on it
 423             </li>
 424           </ul>
 425           <em>Batch Mode</em>
 426           <ul>
 427           <li>
 428             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 429           </li>
 430           </ul>
 431           <em>New Known Defects</em>
 432           <ul>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 435               editing a large alignment and overview is displayed
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 439               repeatedly after a series of edits even when the overview
 440               is no longer reflecting updates
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 444               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 445               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 446               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 447             </li>
 448           </ul>
 449         </div>
 450           </td>
 451     </tr>
 452     <tr>
 453       <td width="60" nowrap>
 454         <div align="center">
 455           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 456         </div>
 457       </td>
 458       <td><div align="left">
 459           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 460               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 461       <td><div align="left">
 462           <em>Desktop</em><ul>
 463           <ul>
 464             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 465             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 466             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 467             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 468             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 469             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 470             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 471           </ul>
 472           </div>
 473       </td>
 474     </tr>
 475     <tr>
 476       <td width="60" nowrap>
 477         <div align="center">
 478           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 479         </div>
 480       </td>
 481       <td><div align="left">
 482           <em></em>
 483           <ul>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 486               rendering of sequence features
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 490               429 rate limit request hander
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 494               their colours have changed
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 498               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 502               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 506               view from Ensembl locus cross-references
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 510               Alignment report
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 514               feature can be disabled
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 518               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 522               Uniprot
 523             </li>
 524           </ul>
 525           <em>Scripting</em>
 526           <ul>
 527             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 528             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 529               percent identity scores for current alignment.</li>
 530           </ul>
 531           <em>Testing and Deployment</em>
 532           <ul>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 535             </li>
 536           </ul>
 537         </div></td>
 538       <td><div align="left">
 539           <em>General</em>
 540           <ul>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 543               threshold text field doesn't trigger an update to the
 544               alignment view
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 548               strings in parallel
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 552               alignment window is closed
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 556               group visibility
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 560               takes a long time in Cursor mode
 561             </li>
 562           </ul>
 563           <em>Desktop</em>
 564           <ul>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 567               cannot be viewed in Chimera
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 571               CDS/Protein view
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 575               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 576               Search Dialogs
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 586               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 590               scrolling right in unwapped alignment view
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 594               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 595               database
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 599               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 603               features of same type and group to be selected for
 604               amending
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 608               alignments when hidden columns are present
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 612               displaying several structures
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 616               moving a window
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 620               within the Jalview desktop on OSX
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 624               when in wrapped alignment mode
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 628               hand end of alignment
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 632               each selected sequence do not have correct start/end
 633               positions
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 637               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 641               restoring project until a new view is created
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 645               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 646               configured (since 2.10.2b2)
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 650               position is adjusted
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 654               in a multi-chain structure when viewing alignment
 655               involving more than one chain (since 2.10)
 656             </li>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 659               if new selection moves alignment window
 660             </li>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 663               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 667               that produces correctly annotated transcripts and products
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 671               doesn't update associated structure view
 672             </li>
 673           </ul>
 674           <em>Applet</em><br />
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 678               closing alignment panel
 679             </li>
 680           </ul>
 681           <em>BioJSON</em><br />
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 685               non-positional features
 686             </li>
 687           </ul>
 688           <em>New Known Issues</em>
 689           <ul>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 692               sequence features correctly (for many previous versions of
 693               Jalview)
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 697               using cursor in wrapped panel other than top
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 701               graduated colour threshold
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 705               always preserve numbering and sequence features
 706             </li>
 707           </ul>
 708           <em>Known Java 9 Issues</em>
 709           <ul>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 712               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 713               9.01, OSX 10.10)
 714             </li>
 715           </ul>
 716         </div></td>
 717     </tr>
 718     <tr>
 719       <td width="60" nowrap>
 720         <div align="center">
 721           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 722             <em>2/10/2017</em></strong>
 723         </div>
 724       </td>
 725       <td><div align="left">
 726           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 730             </li>
 731             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 732             </li>
 733           </ul>
 734         </div></td>
 735       <td><div align="left">
 736         </div></td>
 737     </tr>
 738     <tr>
 739       <td width="60" nowrap>
 740         <div align="center">
 741           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 742             <em>7/9/2017</em></strong>
 743         </div>
 744       </td>
 745       <td><div align="left">
 746           <em></em>
 747           <ul>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 750               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 751               white)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 755               Preferences
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 759               in size and progress bar shown as higher resolution
 760               overview is recalculated
 761             </li>
 762
 763           </ul>
 764         </div></td>
 765       <td><div align="left">
 766           <em></em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 770               column region row by row
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 774               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 778               format setting is unticked
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 782               if group has show boxes format setting unticked
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 786               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 787               include sequences and columns not currently displayed
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 791               assemblies are imported via CIF file
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 795               displayed when threshold or conservation colouring is also
 796               enabled.
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 800               server version
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 804               dragging a selected region off the visible region of the
 805               alignment
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 809               colourscheme to all groups in a view
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 813               initially after font size change using the Font chooser or
 814               middle-mouse zoom
 815             </li>
 816           </ul>
 817         </div></td>
 818     </tr>
 819     <tr>
 820       <td width="60" nowrap>
 821         <div align="center">
 822           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 823         </div>
 824       </td>
 825       <td><div align="left">
 826           <em>Calculations</em>
 827           <ul>
 828
 829             <li>
 830               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 831               ungapped positions in each column of the alignment.
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 835               a calculation dialog box
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 839               and memory efficiency (~30x faster)
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 843               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 844               and other calculations
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 848               files within the Jalview codebase
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 852               Similarity may have different topology due to increased
 853               precision
 854             </li>
 855           </ul>
 856           <em>Rendering</em>
 857           <ul>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 860               model for alignments and groups
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 864               scripts
 865             </li>
 866           </ul>
 867           <em>Overview</em>
 868           <ul>
 869             <li>
 870               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 871               with alignment and overview windows
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 875               overview
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 879               omitted in Overview
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 883               adjustment of visible position
 884             </li>
 885           </ul>
 886
 887           <em>Data import/export</em>
 888           <ul>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 891               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 895               annotation input/output via stockholm flatfile
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 899               extension when importing structure files without embedded
 900               names or PDB accessions
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 904               format sequence substitution matrices
 905             </li>
 906           </ul>
 907           <em>User Interface</em>
 908           <ul>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 911               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 912               the application.
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 916               via Overview or sequence motif search operations
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 920               opened by double clicking gaps within sequence feature
 921               extent
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 925               aligned positions were available to create a 3D structure
 926               superposition.
 927             </li>
 928           </ul>
 929           <em>3D Structure</em>
 930           <ul>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 933               coloured in linked structure views
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 937               file-based command exchange
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 941               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 942               structures are already available for sequences
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 946               the Jalview project rather than downloaded again when the
 947               project is reopened.
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 951               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 952               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 953                 Feature</strong>)
 954             </li>
 955           </ul>
 956           <em>Web Services</em>
 957           <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 963               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 964               Analysis services
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 968               cross-references provided by identifiers.org and the
 969               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 970             </li>
 971           </ul>
 972
 973           <em>Scripting</em>
 974           <ul>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 977               identifying file formats (instead of String constants)
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 981               efficiency when counting all displayed features (not
 982               backwards compatible with 2.10.1)
 983             </li>
 984           </ul>
 985           <em>Example files</em>
 986           <ul>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 989               included in the example feature file
 990             </li>
 991           </ul>
 992           <em>Documentation</em>
 993           <ul>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 996               with the built-in Java help viewer
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1000               sequence description' option
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Test Suite</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1007               Uniprot REST Free Text Search Client
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1014               during tests
1015             </li>
1016           </ul>
1017         </div></td>
1018       <td><div align="left">
1019           <em>Calculations</em>
1020           <ul>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1023               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1024               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1025             </li>
1026             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1027               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1028               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1029               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1030               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1031               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1032               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1033               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1034               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1035               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1036               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1037               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1038               // for 2.10.1 mode <br />
1039               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1040               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1041                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1042                 calculations (not recommended)</em></li>
1043             <li>
1044               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1045               scaling of branch lengths for trees computed using
1046               Sequence Feature Similarity.
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1050               generating output report when working with highly
1051               redundant alignments
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1055               right of selected region when gaps present on right-hand
1056               boundary
1057             </li>
1058           </ul>
1059           <em>User Interface</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1063               doesn't reselect a specific sequence's associated
1064               annotation after it was used for colouring a view
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1068               opened on a region of alignment without groups
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1072               of an alignment with overlapping groups
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1076               name and description match
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1080               hidden regions results in incorrect hidden regions
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1084               changing colour does not apply Conservation slider value
1085               to all groups
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1089               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1093               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1097               gaps before start of features
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1101               restored to UI when feature colour is edited
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1105               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1109               as graduate feature colour settings are modified via the
1110               dialog box
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1114               when a group defined on the alignment is resized
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1118               wrapped view result in positional status updates
1119             </li>
1120
1121             <li>
1122               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1123               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1127               alignment included gapped columns
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1131               widgets don't permanently disappear
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1135               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1136               T-Coffee column reliability scores)
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1140               sequence feature on gaps only
1141             </li>
1142             <li>
1143               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1144               button from a Find inherit previously defined feature type
1145               rather than the Find query string
1146             </li>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1149               exporting tree calculated in Jalview
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1153               and then revealing them reorders sequences on the
1154               alignment
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1158               doesn't update to reflect available set of groups after
1159               interactively adding or modifying features
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1163               Linux
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1167               only excluded gaps in current sequence and ignored
1168               selection.
1169             </li>
1170           </ul>
1171           <em>Rendering</em>
1172           <ul>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1175               erratically when hidden rows or columns are present
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1179               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1180               sequence colouring
1181             </li>
1182             <li>
1183               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1184               colour and group colour menu for protein alignments
1185             </li>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1188               reflect currently selected view or group's shading
1189               thresholds
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1193               when rendered on overview and structures when opacity at
1194               100%
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1198               overview when features overlaid on alignment
1199             </li>
1200           </ul>
1201           <em>Data import/export</em>
1202           <ul>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1205               load
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1209               added after a sequence was imported are not written to
1210               Stockholm File
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1214               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1218               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1222               with lightGray or darkGray via features file (but can
1223               specify lightgray)
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1227               when alignment view imported from project
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1231               structure and sequences extracted from structure files
1232               imported via URL and viewed in Jmol
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1236               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1237               the project is loaded and the structure viewed
1238             </li>
1239           </ul>
1240           <em>Web Services</em>
1241           <ul>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1244               release of Ensembl v.88
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1248               appear enabled in Preferences->Connections
1249             </li>
1250             <li>
1251               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1252               removed from console output
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1256               Ensembl by Peptide ID
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1260               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1261               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1262               due to 'null' string rather than empty string used for
1263               residues with no corresponding PDB mapping).
1264             </li>
1265           </ul>
1266           <em>Application UI</em>
1267           <ul>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1270               menu
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1274               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1275               new documentation and tooltips added)
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1279               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1283               new features are added to alignment
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1287               changes to feature colours via the Amend features dialog
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1291               edit graduated feature colour via amend features dialog
1292               box
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1296               selection menu changes colours of alignment views
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1300               from alignment calculation workers after alignment has
1301               been closed
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1305               groups now 'Create Group'
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1309               Create/Undefine group doesn't always work
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1313               shown again after pressing 'Cancel'
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1317               adjusts start position in wrap mode
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1321               ambiguous amino acids
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1325               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1326               proteins
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1330               Defined' don't appear in Colours menu
1331             </li>
1332           </ul>
1333           <em>Applet</em>
1334           <ul>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1337               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1341               overview or linked structure view
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1345               work (since 2.8)
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1349               user-defined colourscheme doesn't restore original
1350               colourscheme
1351             </li>
1352           </ul>
1353           <em>Test Suite</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1357               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1361               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1362               problems with deep array comparison equality asserts in
1363               successive versions of TestNG
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1367               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1368             </li>
1369           </ul>
1370           <em>New Known Issues</em>
1371           <ul>
1372             <li>
1373               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1374               phase after a sequence motif find operation
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1378               containing just upper and lower case letters are
1379               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1383               reliably from eggnog Ortholog database
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1387               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1388               to mark columns containing highlighted regions.
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1392               doesn't always add secondary structure annotation.
1393             </li>
1394           </ul>
1395         </div>
1396     <tr>
1397       <td width="60" nowrap>
1398         <div align="center">
1399           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1400         </div>
1401       </td>
1402       <td><div align="left">
1403           <em>General</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1407               for all consensus calculations
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1411               3rd Oct 2016)
1412             </li>
1413             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1414               for 2016-2017</li>
1415           </ul>
1416           <em>Application</em>
1417           <ul>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1420               set of database cross-references, sorted alphabetically
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1424               from database cross references. Users with custom links
1425               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1426                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1430               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1431               Chimera session
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1435               the Chimera it is connected to is shut down
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1439               columns menu item to mark columns containing highlighted
1440               regions (e.g. from structure selections or results of a
1441               Find operation)
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1445               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1446               MSAviewer
1447             </li>
1448           </ul>
1449         </div></td>
1450       <td>
1451         <div align="left">
1452           <em>General</em>
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1456               are not coloured or thresholded according to percent
1457               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1461               hydrophobic
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1465               threshold, amino acid properties)
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1469               reported as mapped to residues in a structure file in the
1470               View Mapping report
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1474               could be added multiple times to a sequence
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1478               bond features shown as two highlighted residues rather
1479               than a range in linked structure views, and treated
1480               correctly when selecting and computing trees from features
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1484               cross-references are matched to database name regardless
1485               of case
1486             </li>
1487
1488           </ul>
1489           <em>Application</em>
1490           <ul>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1493               names without regular expressions also offer links from
1494               Sequence ID
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1498               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1499               update Jalview configuration
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1503               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1507               files with similarly named sequences if dropped onto the
1508               alignment
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1512               entries where more chains exist in the PDB accession than
1513               are reported in the SIFTS file
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1517               the structure view when displayed with Chimera
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1521               panel's View->Show Chains submenu
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1525               work for wrapped alignment views
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1529               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1533               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1534               first annotation row
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1538               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1542               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1543             </li>
1544             <!-- JAL-2319 -->
1545             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1546             coordindate data
1547             </li>
1548           </ul>
1549           <!--           <em>New Known Issues</em>
1550           <ul>
1551             <li></li>
1552           </ul> -->
1553         </div>
1554       </td>
1555     </tr>
1556     <td width="60" nowrap>
1557       <div align="center">
1558         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1559           <em>25/10/2016</em></strong>
1560       </div>
1561     </td>
1562     <td><em>Application</em>
1563       <ul>
1564         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1565           view if structures already loaded</li>
1566         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1567           structure views</li>
1568       </ul></td>
1569     <td>
1570       <div align="left">
1571         <em>General</em>
1572         <ul>
1573           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1574             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1575           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1576             example sequences/projects/trees</li>
1577         </ul>
1578         <em>Application</em>
1579         <ul>
1580           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1581             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1582           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1583             without timeout for structures with multiple models or
1584             multiple sequences in alignment</li>
1585           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1586             PDB ID HEADER line</li>
1587           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1588             is performed</li>
1589           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1590             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1591           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1592           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1593             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1594             option</li>
1595           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1596             is created on the alignment</li>
1597           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1598             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1599             pop-up menu</li>
1600         </ul>
1601         <em>Build and deployment</em>
1602         <ul>
1603           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1604             tags</li>
1605         </ul>
1606         <em>New Known Issues</em>
1607         <ul>
1608           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1609             on Windows</li>
1610         </ul>
1611       </div>
1612     </td>
1613     </tr>
1614     <tr>
1615       <td width="60" nowrap>
1616         <div align="center">
1617           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1618         </div>
1619       </td>
1620       <td><em>General</em>
1621         <ul>
1622           <li>
1623             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1624           </li>
1625           <li>
1626             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1627             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1628             better PDB parsing.
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1632             reference sequence
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1636             mousing over sequence associated annotation
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1640             for manual entry
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1644             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1645             for each column
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1649             showing or hiding columns containing a feature
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1653             group and sequence associated annotation labels
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1657             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1658             dialogs
1659           </li>
1660
1661         </ul> <em>Application</em>
1662         <ul>
1663           <li>
1664             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1665             gene/transcript view
1666           </li>
1667           <li>
1668             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1669             dialog
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1673             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1677             Pfam sources to xfam.org
1678           </li>
1679           <li>
1680             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1684             over sequences in Jalview
1685           </li>
1686           <li>
1687             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1688             regions in ENA and EMBL
1689           </li>
1690           <li>
1691             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1692             for record retrieval via ENA rest API
1693           </li>
1694           <li>
1695             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1696             complement operator
1697           </li>
1698           <li>
1699             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1700             groovy script execution
1701           </li>
1702           <li>
1703             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1704             alignment window's Calculate menu
1705           </li>
1706           <li>
1707             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1708             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1709           </li>
1710           <li>
1711             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1712             calculation workers from groovy scripts
1713           </li>
1714           <li>
1715             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1716             Jalview projects
1717           </li>
1718           <li>
1719             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1720             associations are now saved/restored from project
1721           </li>
1722           <li>
1723             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1724             before sequence fetcher is opened
1725           </li>
1726           <li>
1727             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1728             database chooser opens a sequence fetcher
1729           </li>
1730           <li>
1731             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1732             the UniProt REST API
1733           </li>
1734           <li>
1735             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1736             the news reader opening
1737           </li>
1738           <li>
1739             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1740             querying stored in preferences
1741           </li>
1742           <li>
1743             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1744             search results
1745           </li>
1746           <li>
1747             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1748           </li>
1749           <li>
1750             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1751             menu for nucleotide sequences
1752           </li>
1753           <li>
1754             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1755             and feature counts preserves alignment ordering (and
1756             debugged for complex feature sets).
1757           </li>
1758           <li>
1759             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1760             viewing structures with Jalview 2.10
1761           </li>
1762           <li>
1763             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1764             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1765             Ensembl Genomes REST API
1766           </li>
1767           <li>
1768             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1769             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1770             (Ensembl)
1771           </li>
1772           <li>
1773             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1774             sequences
1775           </li>
1776           <li>
1777             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1778             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1779             data from external database records.
1780           </li>
1781           <li>
1782             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1783             efficient recovery of sequence coding and alignment
1784             annotation relationships.
1785           </li>
1786         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1787         <ul>
1788           <li>
1789             -- JAL---
1790           </li>
1791         </ul> --></td>
1792       <td>
1793         <div align="left">
1794           <em>General</em>
1795           <ul>
1796             <li>
1797               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1798               menu on OSX
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1802               includes graduated colourschemes
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1806               working with big alignments and lots of hidden columns
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1810               at right of alignment window
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1814               contents
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1818               for DNA alignments
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1822               based tree calculation
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1826               unconserved enabled for group on alignment
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1830               set as reference
1831             </li>
1832             <li>
1833               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1834               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1835               annotation
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1839               hidden columns present
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1843               user created annotation added to alignment
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1847               '()' base pair annotation
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1851               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1852               Consensus
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1856               feature not working
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1860               beginning of sequence
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1864               entry 3a6s
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1868               from a tree when t-coffee scores are shown
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1872               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1876               some structures
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1880               to Clustal, PIR and PileUp output
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1884               not visible causes alignment window to repaint
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1888               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1889               scores associated with features and annotation rows
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1893               calculation should be case independent
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1897               columns
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1901               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1902               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1906               problems when reference sequence defined and 'show
1907               non-conserved' enabled
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1911               load even when Consensus calculation is disabled
1912             </li>
1913             <li>
1914               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1915               alignment does nothing
1916             </li>
1917           </ul>
1918           <em>Application</em>
1919           <ul>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1922               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1923               yet fixed for El Capitan)
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1927               output when running on non-gb/us i18n platforms
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1931               hidden sequences as flat-file alignment
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1935               launching Chimera
1936             </li>
1937             <li>
1938               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1939               (also hotfix for 2.9.0b2)
1940             </li>
1941             <li>
1942               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1943               reference sequence defined
1944             </li>
1945             <li>
1946               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1947               alignments and views when revealing hidden columns
1948             </li>
1949             <li>
1950               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1951               view in a cDNA/Protein splitframe
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1955               sequence from project when only one sequence is
1956               represented
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1960               in Structure Chooser
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1964               structure consensus didn't refresh annotation panel
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1968               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1972               dialogs format columns correctly, don't display array
1973               data, sort columns according to type
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1977               file chooser is cancelled during an image export
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1981               sequence name containing special characters
1982             </li>
1983             <li>
1984               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1985               case insensitive
1986             </li>
1987             <li>
1988               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1989               formatting don't wrap
1990             </li>
1991             <li>
1992               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1993               truncated so L looks like I in consensus annotation
1994             </li>
1995             <li>
1996               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1997               currently displayed features for the current selection or
1998               view
1999             </li>
2000             <li>
2001               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2002               after fetching cross-references, and restoring from
2003               project
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2007               followed in the structure viewer
2008             </li>
2009             <li>
2010               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2011               splitframe not restored from project
2012             </li>
2013             <li>
2014               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2015               trailing end of protein alignment in transcript/product
2016               splitview when pad-gaps not enabled by default
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2020               is case dependent
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2024               article has been read (reopened issue due to
2025               internationalisation problems)
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2029               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2030               cross-references
2031             </li>
2032
2033             <li>
2034               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2035               alignment as HTML
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2039               multiple structures are shown for one or more sequences.
2040             </li>
2041             <li>
2042               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2043               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2044               is enabled.
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2048               specific PDB id for sequence
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2052               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2053               columns' is disabled.
2054             </li>
2055             <li>
2056               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2057               selects lowest rather than highest resolution structures
2058               for each sequence
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2062               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2063             </li>
2064             <li>
2065               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2066               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2067             </li>
2068             <li>
2069               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2070               after clicking on it to create new annotation for a
2071               column.
2072             </li>
2073             <li>
2074               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2075               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2076             </li>
2077             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2078             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2079           </ul>
2080           <em>Applet</em>
2081           <ul>
2082             <li>
2083               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2084               hidden columns present before start of sequence
2085             </li>
2086             <li>
2087               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2088               (JSON jars)
2089             </li>
2090             <li>
2091               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2092               sequences are hidden in applet
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2096               deployment on examples pages.
2097             </li>
2098           </ul>
2099         </div>
2100       </td>
2101     </tr>
2102     <tr>
2103       <td width="60" nowrap>
2104         <div align="center">
2105           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2106             <em>16/10/2015</em></strong>
2107         </div>
2108       </td>
2109       <td><em>General</em>
2110         <ul>
2111           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2112             jars</li>
2113         </ul></td>
2114       <td>
2115         <div align="left">
2116           <em>Application</em>
2117           <ul>
2118             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2119               shown when tree is partitioned</li>
2120             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2121               multiple cDNA/Protein split views</li>
2122           </ul>
2123         </div>
2124       </td>
2125     </tr>
2126     <tr>
2127       <td width="60" nowrap>
2128         <div align="center">
2129           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2130             <em>8/10/2015</em></strong>
2131         </div>
2132       </td>
2133       <td><em>General</em>
2134         <ul>
2135           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2136             2.9</li>
2137         </ul> <em>Application</em>
2138         <ul>
2139           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2140           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2141           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2142         </ul> <em>Applet</em>
2143         <ul>
2144           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2145         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2146         <ul>
2147           <li>
2148             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2149             suite
2150           </li>
2151         </ul></td>
2152       <td>
2153         <div align="left">
2154           <em>General</em>
2155           <ul>
2156             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2157               incorrect when sequence start > 1</li>
2158             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2159               documentation</li>
2160             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2161             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2162               loading a features file containing HTML tags in feature
2163               description</li>
2164
2165           </ul>
2166           <em>Application</em>
2167           <ul>
2168             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2169               reimport</li>
2170             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2171               with 'trim retrieved sequences'</li>
2172             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2173               deleting selected columns</li>
2174             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2175               JNLP templates for webstart launch</li>
2176             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2177               unreleased structures for download or viewing</li>
2178             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2179               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2180             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2181               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2182             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2183               recovered from jalview project</li>
2184             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2185               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2186               alignment view</li>
2187             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2188               color schemes from BioJSON</li>
2189           </ul>
2190           <em>Applet</em>
2191           <ul>
2192             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2193               frame</li>
2194             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2195           </ul>
2196         </div>
2197       </td>
2198     </tr>
2199     <tr>
2200       <td><div align="center">
2201           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2202         </div></td>
2203       <td><em>General</em>
2204         <ul>
2205           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2206             alignments:
2207             <ul>
2208               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2209                 and DNA alignment views</li>
2210               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2211                 cDNA alignment views</li>
2212               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2213                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2214               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2215                 protein sequences</li>
2216             </ul>
2217           </li>
2218           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2219           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2220             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2221           <li>New alignment annotation file statements for
2222             reference sequences and marking hidden columns</li>
2223           <li>Reference sequence based alignment shading to
2224             highlight variation</li>
2225           <li>Select or hide columns according to alignment
2226             annotation</li>
2227           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2228           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2229             acid conservation row</li>
2230           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2231         </ul> <em>Application</em>
2232         <ul>
2233           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2234             <ul>
2235               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2236                 view with cDNA/Protein</li>
2237               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2238                 sequences are placed in the same alignment</li>
2239               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2240                 projects</li>
2241             </ul>
2242           </li>
2243
2244           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2245           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2246             Jalview windows</li>
2247
2248           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2249           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2250           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2251             be shown in VARNA</li>
2252
2253           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2254             as the active selected region</li>
2255
2256           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2257             similarity</li>
2258           <li>New Export options
2259             <ul>
2260               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2261                 region export in flat file generation</li>
2262
2263               <li>Export alignment views for display with the <a
2264                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2265
2266               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2267               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2268                 alignment figures to HTML</li>
2269           </li>
2270           <li>3D structure retrieval and display
2271             <ul>
2272               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2273                 Search API</li>
2274               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2275                 PDB structures for a sequence set</li>
2276             </ul>
2277           </li>
2278
2279           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2280             predictions</li>
2281           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2282             for one or a group of sequences</li>
2283           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2284             from the JPred4 web server</li>
2285           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2286             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2287             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2288           </li>
2289           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2290             VARNA 2D Structure'</li>
2291           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2292             Structure ..."</li>
2293
2294         </ul> <em>Applet</em>
2295         <ul>
2296           <li>New layout for applet example pages</li>
2297           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2298             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2299           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2300             Protein alignments</li>
2301         </ul> <em>Development and deployment</em>
2302         <ul>
2303           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2304           <li>Include installation type and git revision in build
2305             properties and console log output</li>
2306           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2307             storing BioJsMSA Templates</li>
2308           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2309         </ul></td>
2310       <td>
2311         <!-- <em>General</em>
2312         <ul>
2313         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2314         <ul>
2315           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2316           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2317           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2318             predictions are not highlighted in amber</li>
2319           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2320             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2321           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2322             associated structure views</li>
2323           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2324             width checkbox not enabled</li>
2325           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2326             creating user defined colours</li>
2327           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2328             mappings for just that viewer's sequences</li>
2329           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2330             multiple models in Chimera</li>
2331           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2332             over Jmol structure</li>
2333           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2334             output to text box</li>
2335           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2336             have incorrect sequence start/end</li>
2337           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2338             Jalview fails</li>
2339           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2340             work for nucleotide</li>
2341           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2342             to a grey/invisible alignment window</li>
2343           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2344             imports to different position</li>
2345           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2346             on some platforms</li>
2347           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2348             populated</li>
2349           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2350             console if Chimera has been opened</li>
2351           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2352           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2353             retrieved</li>
2354           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2355           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2356             either sequence shows on first structure</li>
2357           <li>'Show annotations' options should not make
2358             non-positional annotations visible</li>
2359           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2360             in right place after 'view flanking regions'</li>
2361           <li>File Save As type unset when current file format is
2362             unknown</li>
2363           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2364             projects</li>
2365           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2366             responsive</li>
2367           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2368             several views on same alignment</li>
2369           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2370           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2371             spaces</li>
2372         </ul> <em>Applet</em>
2373         <ul>
2374           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2375           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2376             descriptions containing angle brackets</li>
2377         </ul> <em>General</em>
2378         <ul>
2379           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2380             via jalview annotation file</li>
2381           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2382             with RNA secondary structure</li>
2383           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2384             translation doesn't work.</li>
2385           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2386           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2387             positions</li>
2388           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2389             choosing 1pt font</li>
2390           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2391             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2392             'h'</li>
2393           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2394             new feature</li>
2395           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2396             order dependent</li>
2397           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2398             sequences</li>
2399           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2400         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2401         <ul>
2402           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2403             www.jalview.org</li>
2404         </ul> <em>Application Known issues</em>
2405         <ul>
2406           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2407           <li>Misleading message appears after trying to delete
2408             solid column.</li>
2409           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2410             version launches</li>
2411           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2412             fails with a sequence mismatch</li>
2413           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2414             scrolling alignment to right</li>
2415           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2416             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2417           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2418             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2419           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2420             ultra-high resolution</li>
2421           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2422             quality and conservation</li>
2423           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2424             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2425         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2426         <ul>
2427           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2428           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2429             window is being resized</li>
2430
2431         </ul>
2432       </td>
2433     </tr>
2434     <tr>
2435       <td><div align="center">
2436           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2437         </div></td>
2438       <td><em>General</em>
2439         <ul>
2440           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2441             Certum.PL.</li>
2442           <li>Features and annotation preserved when performing
2443             pairwise alignment</li>
2444           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2445             imported/exported/displayed</li>
2446           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2447             protein secondary structure</li>
2448           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2449               post-hoc with 2.9 release</em>)
2450           </li>
2451
2452         </ul> <em>Application</em>
2453         <ul>
2454           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2455             with 3D structures</li>
2456           <li>Support for parsing RNAML</li>
2457           <li>Annotations menu for layout
2458             <ul>
2459               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2460               <li>place sequence annotation above/below alignment
2461                 annotation</li>
2462             </ul>
2463           <li>Output in Stockholm format</li>
2464           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2465             translation</li>
2466           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2467           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2468             shared between alignments</li>
2469           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2470             Jalview</li>
2471           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2472             all or current selection</li>
2473           <li>disorder and secondary structure predictions
2474             available as dataset annotation</li>
2475           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2476
2477
2478           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2479             alignments from Rfam</li>
2480           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2481
2482           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2483             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2484           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2485           <li>include installation type in build properties and
2486             console log output</li>
2487           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2488             annotation</li>
2489         </ul></td>
2490       <td>
2491         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2492         <ul>
2493           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2494             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2495           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2496             alignment</li>
2497           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2498           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2499           <li>Double click on sequence associated annotation
2500             selects only first column</li>
2501           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2502             leaves shown in tree</li>
2503           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2504             properly</li>
2505           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2506           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2507             screen and buttons not visible</li>
2508           <li>author list isn't updated if already written to
2509             Jalview properties</li>
2510           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2511             from database</li>
2512           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2513           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2514             browser search window</li>
2515           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2516             in feature settings dialog</li>
2517           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2518             desktop</li>
2519           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2520             pass validation</li>
2521           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2522             fit on screen</li>
2523           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2524             tooltip</li>
2525           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2526             defined user preset</li>
2527           <li>MSA web services warns user if they were launched
2528             with invalid input</li>
2529           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2530             Java 8</li>
2531           <li>
2532             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2533             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2534             created
2535           </li>
2536
2537         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2538         <ul>
2539         </ul> <em>General</em>
2540         <ul>
2541         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2542         <ul>
2543           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2544             memory allocation</li>
2545           <li>launchApp service doesn't automatically open
2546             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2547           <li>
2548             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2549             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2550             1.7_055 is available
2551           </li>
2552         </ul> <em>Application Known issues</em>
2553         <ul>
2554           <li>
2555             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2556             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2557             alignment to right
2558           </li>
2559           <li>
2560             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2561             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2562             with large number of ID
2563           </li>
2564           <li>
2565             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2566             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2567             start/end
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2571             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2572             structure tracks are rearranged
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2576             invalid rna structure positional highlighting does not
2577             highlight position of invalid base pairs
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2581             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2582             project from alignment window file menu
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2586             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2587             structures
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2591             colour by RNA Helices not enabled when user created
2592             annotation added to alignment
2593           </li>
2594           <li>
2595             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2596             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2597           </li>
2598         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2599         <ul>
2600           <li>
2601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2602             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2603           </li>
2604           <li>
2605             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2606             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2607           </li>
2608
2609           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2610             when selected</li>
2611         </ul>
2612       </td>
2613     </tr>
2614     <tr>
2615       <td><div align="center">
2616           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2617         </div></td>
2618       <td>
2619         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2620         <em>General</em>
2621         <ul>
2622           <li>Internationalisation of user interface (usually
2623             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2624           <li>Define/Undefine group on current selection with
2625             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2626           <li>Improved group creation/removal options in
2627             alignment/sequence Popup menu</li>
2628           <li>Sensible precision for symbol distribution
2629             percentages shown in logo tooltip.</li>
2630           <li>Annotation panel height set according to amount of
2631             annotation when alignment first opened</li>
2632         </ul> <em>Application</em>
2633         <ul>
2634           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2635             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2636           <li>Select columns containing particular features from
2637             Feature Settings dialog</li>
2638           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2639             sequences</li>
2640           <li>Update Jalview project format:
2641             <ul>
2642               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2643               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2644                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2645               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2646                 colouring</li>
2647             </ul>
2648           </li>
2649           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2650             (PAM250)</li>
2651           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2652             flanking regions for an alignment</li>
2653         </ul>
2654       </td>
2655       <td>
2656         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2657         <ul>
2658           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2659             running after job is cancelled</li>
2660           <li>cannot export features from alignments imported from
2661             Jalview/VAMSAS projects</li>
2662           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2663             float values</li>
2664           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2665             have 'display all symbols' flag set</li>
2666           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2667             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2668           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2669             Jalview</li>
2670           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2671             Lion/Webstart</li>
2672           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2673           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2674           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2675             alignment onto desktop</li>
2676           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2677             'extract scores' function</li>
2678           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2679             alignment window</li>
2680           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2681             performing IUPred disorder prediction</li>
2682           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2683             changing 'normalise logo' display setting</li>
2684           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2685             nothing matches query</li>
2686           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2687             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2688           </li>
2689           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2690             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2691           </li>
2692           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2693             Jalview's menu</li>
2694           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2695             'invalid literal/length code'</li>
2696           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2697             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2698           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2699             colourscheme</li>
2700
2701         </ul> <em>Applet</em>
2702         <ul>
2703           <li>Remove group option is shown even when selection is
2704             not a group</li>
2705           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2706             don't affect groups</li>
2707           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2708             colourscheme name</li>
2709           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2710             Annotation panel is not displayed</li>
2711           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2712             embedded windows</li>
2713         </ul> <em>Other</em>
2714         <ul>
2715           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2716             single sequence were not calculated</li>
2717           <li>annotation files that contain only groups imported as
2718             annotation and junk sequences</li>
2719           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2720             recognised as PFAM or BLC</li>
2721           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2722             doesn't affect background (2.8.0b1)
2723           <li></li>
2724           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2725           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2726             trailing gaps</li>
2727           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2728             registered correctly on import</li>
2729           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2730             certain alignments</li>
2731           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2732             existing annotation based 'use original colours'
2733             colourscheme loses original colours setting</li>
2734         </ul>
2735       </td>
2736     </tr>
2737     <tr>
2738       <td><div align="center">
2739           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2740             <em>30/1/2014</em></strong>
2741         </div></td>
2742       <td>
2743         <ul>
2744           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2745             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2746             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2747             open source project).
2748           </li>
2749           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2750           <li>Output in Stockholm format</li>
2751           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2752           <li>Export/import group and sequence associated line
2753             graph thresholds</li>
2754           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2755             ambiguity codes</li>
2756           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2757             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2758             works</li>
2759           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2760         </ul> <em>Other improvements</em>
2761         <ul>
2762           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2763           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2764             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2765           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2766             files</li>
2767           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2768           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2769             link but no description</li>
2770           <li>Select primary source when selecting authority in
2771             database fetcher GUI</li>
2772           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2773             Jalview</li>
2774           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2775         </ul>
2776       </td>
2777       <td>
2778         <ul>
2779           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2780             displayed</li>
2781           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2782             secondary structure annotation line</li>
2783           <li>Sequence database accessions not imported when
2784             fetching alignments from Rfam</li>
2785           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2786             identical IDs</li>
2787           <li>View all structures does not always superpose
2788             structures</li>
2789           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2790             reflect user or preset settings</li>
2791           <li>Null pointer exceptions for some services without
2792             presets or adjustable parameters</li>
2793           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2794             discover PDB xRefs</li>
2795           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2796             features with DAS</li>
2797           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2798             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2799           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2800             residue follows a gap</li>
2801           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2802             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2803           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2804             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2805           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2806             annotation already exists on alignment</li>
2807           <li>oninit javascript function should be called after
2808             initialisation completes</li>
2809           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2810             alignment window display</li>
2811           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2812           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2813             to annotation file</li>
2814           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2815             groups created</li>
2816           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2817             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2818           <li>Pressing return several times causes Number Format
2819             exceptions in keyboard mode</li>
2820           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2821             correct partitions for input data</li>
2822           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2823           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2824           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2825           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2826             mode</li>
2827           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2828             changes one row&#39;s threshold</li>
2829           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2830             doesn&#39;t open</li>
2831           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2832             quality histograms</li>
2833         </ul>
2834       </td>
2835     </tr>
2836     <tr>
2837       <td><div align="center">
2838           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2839         </div></td>
2840       <td><em>Application</em>
2841         <ul>
2842           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2843             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2844           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2845             preferences</li>
2846           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2847             in Jalview alignment window</li>
2848           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2849             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2850           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2851             RNA and ambiguity codes</li>
2852
2853           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2854           <li>Support fetching and database reference look up
2855             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2856             refs')</li>
2857           <li>Jalview project improvements
2858             <ul>
2859               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2860                 flag for annotation</li>
2861               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2862                 alignment</li>
2863               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2864                 Jalview project</li>
2865
2866             </ul>
2867           </li>
2868           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2869           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2870             running</li>
2871           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2872           <li>visual indication that web service results are still
2873             being retrieved from server</li>
2874           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2875             starts up for first time</li>
2876           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2877             services</li>
2878           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2879             client library</li>
2880           <li>Examples directory and Groovy library included in
2881             InstallAnywhere distribution</li>
2882         </ul> <em>Applet</em>
2883         <ul>
2884           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2885             visualization applet example</li>
2886         </ul> <em>General</em>
2887         <ul>
2888           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2889           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2890             defaults</li>
2891           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2892             calculation</li>
2893           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2894             matrices
2895           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2896             in HTML</li>
2897           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2898             structure contacts</li>
2899           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2900           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2901           <li>Parse sequence associated secondary structure
2902             information in Stockholm files</li>
2903           <li>HTML Export database accessions and annotation
2904             information presented in tooltip for sequences</li>
2905           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2906             style RNA alignment files</li>
2907           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2908             alignment</li>
2909           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2910             shade each sequence according to its associated alignment
2911             annotation</li>
2912           <li>New Jalview Logo</li>
2913         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2914         <ul>
2915           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2916           <li>New Website!</li>
2917         </ul></td>
2918       <td><em>Application</em>
2919         <ul>
2920           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2921             wsdbfetch REST service</li>
2922           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2923           <li>Filetype associations not installed for webstart
2924             launch</li>
2925           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2926             job execution in full once it is complete</li>
2927           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2928             uploaded via ali_file parameter</li>
2929           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2930           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2931           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2932             submitted for prediction</li>
2933           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2934             desktop window</li>
2935           <li>Putting fractional value into integer text box in
2936             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2937           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2938             windows 7</li>
2939           <li>View all structures fails with exception shown in
2940             structure view</li>
2941           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2942             escaped in a platform independent way</li>
2943           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2944             using proxy</li>
2945           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2946             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2947           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2948             failure when java web start temporary file caching is
2949             disabled</li>
2950           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2951             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2952           <li>Errors during processing of command line arguments
2953             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2954           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2955             DAS sources in sequence fetcher</li>
2956           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2957             dialog is shown</li>
2958           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2959           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2960           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2961           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2962             on OSX Mountain Lion</li>
2963           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2964             sequences with alignment annotation are pasted into the
2965             alignment</li>
2966           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2967             when loaded from Jalview project</li>
2968           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2969           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2970             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2971           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2972             associated with all views</li>
2973           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2974             annotation rows to new window</li>
2975         </ul> <em>Applet</em>
2976         <ul>
2977           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2978             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2979           <li>loading features via javascript API automatically
2980             enables feature display</li>
2981           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2982             work</li>
2983         </ul> <em>General</em>
2984         <ul>
2985           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2986           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2987             and then deselected</li>
2988           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2989           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2990             coloured with clustalx</li>
2991           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2992             exceptions and redraw errors</li>
2993           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2994             reconfigured view</li>
2995           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2996             colour</li>
2997           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2998             for lots of labels</li>
2999         </ul>
3000     </tr>
3001     <tr>
3002       <td>
3003         <div align="center">
3004           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3005         </div>
3006       </td>
3007       <td><em>Application</em>
3008         <ul>
3009           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3010           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3011           <li>View/alignment association menu to enable user to
3012             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3013             its colours/correspondences from</li>
3014           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3015           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3016             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3017           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3018           <li>Annotation row column label formatting attributes
3019             stored in project file</li>
3020           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3021             rows preserved in Jalview project file</li>
3022           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3023             saved using Desktop window menu</li>
3024           <li>Visual indication that command line arguments are
3025             still being processed</li>
3026           <li>Groovy script execution from URL</li>
3027           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3028             preferences</li>
3029           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3030             alignment with sequences that have high similarity and
3031             matching IDs</li>
3032           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3033           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3034             structures in same window</li>
3035           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3036           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3037             analysis function in its own submenu</li>
3038         </ul> <em>Applet</em>
3039         <ul>
3040           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3041             groups</li>
3042           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3043           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3044           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3045           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3046           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3047             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3048           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3049           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3050             parameters are treated as such</li>
3051           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3052             <ul>
3053               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3054               <li>Javascript callbacks for
3055                 <ul>
3056                   <li>Applet initialisation</li>
3057                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3058                 </ul>
3059               </li>
3060               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3061                 functions</li>
3062               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3063               <li>javascript structure viewer harness to pass
3064                 messages between Jmol and Jalview when running as
3065                 distinct applets</li>
3066               <li>sortBy method</li>
3067               <li>Set of applet and application examples shipped
3068                 with documentation</li>
3069               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3070                 javascript message exchange</li>
3071             </ul>
3072         </ul> <em>General</em>
3073         <ul>
3074           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3075             multiple alignments</li>
3076           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3077           <li>User configurable link to enable redirects to a
3078             www.Jalview.org mirror</li>
3079           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3080           <li>Configurable newline string when writing alignment
3081             and other flat files</li>
3082           <li>Allow alignment annotation description lines to
3083             contain html tags</li>
3084         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3085         <ul>
3086           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3087             examples</li>
3088           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3089             using a web service before displaying the result in the
3090             Jalview desktop</li>
3091           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3092           <li>Ant target to publish example html files with applet
3093             archive</li>
3094           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3095           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3096         </ul></td>
3097       <td><em>Application</em>
3098         <ul>
3099           <li>User defined colourscheme throws exception when
3100             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3101           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3102             dialog for valid filename/format</li>
3103           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3104           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3105             P37173</li>
3106           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3107             which sequence is to be associated with the file</li>
3108           <li>Find All raises null pointer exception when query
3109             only matches sequence IDs</li>
3110           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3111           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3112             2.4 cannot be loaded</li>
3113           <li>Filetype associations not installed for webstart
3114             launch</li>
3115           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3116             with sequences in different alignments do not get coloured
3117             by their associated sequence</li>
3118           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3119             not preserved when project is loaded</li>
3120           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3121             stored in Jalview project</li>
3122           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3123             Jalview project</li>
3124           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3125           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3126             by conservation</li>
3127           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3128             created on new view</li>
3129           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3130             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3131           <li>Alignment quality not updated after alignment
3132             annotation row is hidden then shown</li>
3133           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3134             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3135           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3136             properly</li>
3137           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3138             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3139           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3140           <li>Structures imported from file and saved in project
3141             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3142           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3143             job execution in full once it is complete</li>
3144         </ul> <em>Applet</em>
3145         <ul>
3146           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3147             annotation rows are displayed</li>
3148           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3149             codebase</li>
3150           <li>View follows highlighting does not work for positions
3151             in sequences</li>
3152           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3153           <li>Export features raises exception when no features
3154             exist</li>
3155           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3156             for javascript api is modified when separator string
3157             provided as parameter</li>
3158           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3159             alignment with no existing selection</li>
3160           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3161             to applet&#39;s codebase</li>
3162           <li>Status bar not updated after finished searching and
3163             search wraps around to first result</li>
3164           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3165             several Jalview applets causes race conditions and memory
3166             leaks</li>
3167           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3168             not sent from Jmol in applet</li>
3169           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3170             applet API fatally hang browser</li>
3171         </ul> <em>General</em>
3172         <ul>
3173           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3174             position with wrapped view and hidden regions</li>
3175           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3176             with/without hidden columns</li>
3177           <li>Sequence length given in alignment properties window
3178             is off by 1</li>
3179           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3180             import PDB like structure files</li>
3181           <li>Positional search results are only highlighted
3182             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3183           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3184           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3185             given sequence position</li>
3186           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3187             output</li>
3188           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3189             from nucleotide chains correctly</li>
3190           <li>Structure colours not updated when tree partition
3191             changed in alignment</li>
3192           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3193             parsed in interleaved stockholm</li>
3194           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3195             state</li>
3196           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3197             properly</li>
3198           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3199             properly associated with their pdb files</li>
3200         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3201         <ul>
3202           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3203             ApplyCopyright tool</li>
3204         </ul></td>
3205     </tr>
3206     <tr>
3207       <td>
3208         <div align="center">
3209           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3210         </div>
3211       </td>
3212       <td><em>Application</em>
3213         <ul>
3214           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3215             contact web services</li>
3216           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3217             service job window</li>
3218           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3219         </ul></td>
3220       <td>
3221         <ul>
3222           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3223             pir file emitted by Jalview</li>
3224           <li>Existing feature settings transferred to new
3225             alignment view created from cut'n'paste</li>
3226           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3227             parsing PDB files</li>
3228           <li>Consensus and conservation annotation rows
3229             occasionally become blank for all new windows</li>
3230           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3231             in wrapped view mode</li>
3232         </ul> <em>Application</em>
3233         <ul>
3234           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3235             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3236           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3237             parameter names</li>
3238           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3239             is down</li>
3240         </ul>
3241       </td>
3242     </tr>
3243     <tr>
3244       <td>
3245         <div align="center">
3246           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3247         </div>
3248       </td>
3249       <td><em>Application</em>
3250         <ul>
3251           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3252             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3253             (JABAWS)
3254           </li>
3255           <li>Web Services preference tab</li>
3256           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3257             preferences</li>
3258           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3259           <li>Superpose structures using associated sequence
3260             alignment</li>
3261           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3262             viewer</li>
3263         </ul> <em>Applet</em>
3264         <ul>
3265           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3266             link out mechanism</li>
3267         </ul> <em>Other</em>
3268         <ul>
3269           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3270             series 12</li>
3271           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3272             require Java 1.5</li>
3273           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3274             sequence annotation files</li>
3275           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3276             type colour specification</li>
3277           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3278             script to check if it being run in an interactive session or
3279             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3280         </ul></td>
3281       <td>
3282         <ul>
3283           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3284             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3285         </ul> <em>Application</em>
3286         <ul>
3287           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3288             selected Regions menu item</li>
3289           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3290             part of a valid accession ID</li>
3291           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3292             runs out of memory</li>
3293           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3294             analysis results</li>
3295           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3296             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3297           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3298         </ul> <em>Applet</em>
3299         <ul>
3300           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3301             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3302             defined.</li>
3303         </ul>
3304       </td>
3305     </tr>
3306     <tr>
3307       <td>
3308         <div align="center">
3309           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3310         </div>
3311       </td>
3312       <td></td>
3313       <td>
3314         <ul>
3315           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3316             sequence IDs</li>
3317           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3318             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3319           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3320             import correctly</li>
3321           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3322             number of columns are hidden</li>
3323           <li>annotation label popup menu not providing correct
3324             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3325             present</li>
3326           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3327             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3328           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3329             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3330
3331         </ul> <em>Applet</em>
3332         <ul>
3333           <li>annotation panel disappears when annotation is
3334             hidden/removed</li>
3335         </ul> <em>Application</em>
3336         <ul>
3337           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3338             alignment opened where annotation panel is visible but no
3339             annotations are present on alignment</li>
3340           <li>pasted region containing hidden columns is
3341             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3342           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3343             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3344           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3345             selected Rregions menu item.</li>
3346           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3347             'Un' or 'Non'conserved</li>
3348           <li>Sequence feature settings are being shared by
3349             multiple distinct alignments</li>
3350           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3351             changed</li>
3352           <li>double click on group annotation to select sequences
3353             does not propagate to associated trees</li>
3354           <li>Mac OSX specific issues:
3355             <ul>
3356               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3357                 window background</li>
3358               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3359                 name set correctly</li>
3360               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3361                 save feature colourscheme button</li>
3362             </ul>
3363           </li>
3364         </ul>
3365       </td>
3366     </tr>
3367     <tr>
3368
3369       <td>
3370         <div align="center">
3371           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3372         </div>
3373       </td>
3374       <td><em>New Capabilities</em>
3375         <ul>
3376           <li>URL links generated from description line for
3377             regular-expression based URL links (applet and application)
3378
3379           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3380             menu</li>
3381           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3382             structures</li>
3383           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3384             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3385           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3386             average score or total feature count for each sequence.</li>
3387           <li>Shading features by score or associated description</li>
3388           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3389             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3390           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3391             hide everything but the currently selected region.</li>
3392           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3393         </ul> <em>Application</em>
3394         <ul>
3395           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3396             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3397           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3398             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3399           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3400             database references and protein_name is parsed as
3401             description line (BioSapiens terms).</li>
3402           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3403             references in sequence ID tooltip from View menu in
3404             application.</li>
3405           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3406       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3407           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3408             conservation plots</li>
3409           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3410             and visualized as sequence logos</li>
3411           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3412             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3413           </li>
3414           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3415             when a new tree is opened.</li>
3416           <li>Jalview Java Console</li>
3417           <li>Better placement of desktop window when moving
3418             between different screens.</li>
3419           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3420             consensus annotation</li>
3421           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3422             Workflows</li>
3423           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3424             <ul>
3425               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3426                 used to preserve views, structures, and tree display
3427                 settings)</li>
3428               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3429                 command line</li>
3430               <li>Sharing of selected regions between views and
3431                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3432               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3433             </ul></li>
3434         </ul> <em>Applet</em>
3435         <ul>
3436           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3437           <li>New Parameters
3438             <ul>
3439               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3440                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3441                 opened.</li>
3442               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3443                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3444               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3445                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3446               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3447                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3448                 view</li>
3449               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3450                 increase the height or width of a cell in the alignment
3451                 grid relative to the current font size.</li>
3452             </ul>
3453           </li>
3454           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3455             tooltip</li>
3456         </ul> <em>Other</em>
3457         <ul>
3458           <li>Features format: graduated colour definitions and
3459             specification of feature scores</li>
3460           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3461             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3462             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3463           <li>XML formats extended to support graduated feature
3464             colourschemes, group associated annotation, and profile
3465             visualization settings.</li></td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3469             rather than description</li>
3470           <li>Non-positional features are now included in sequence
3471             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3472             visibility in tooltip).</li>
3473           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3474           <li>Added URL embedding instructions to features file
3475             documentation.</li>
3476           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3477             'X' in peptide product</li>
3478           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3479             sequence ID and sequence string and query strings do not
3480             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3481           <li>AMSA files only contain first column of
3482             multi-character column annotation labels</li>
3483           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3484             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3485             exported and re-imported)</li>
3486           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3487             name</li>
3488           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3489             as subsequence matches, and correctly reports total number
3490             of both.</li>
3491           <li>Application:
3492             <ul>
3493               <li>Better handling of exceptions during sequence
3494                 retrieval</li>
3495               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3496                 link text excludes the start_end suffix</li>
3497               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3498                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3499               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3500               <li>Sequence description lines properly shared via
3501                 VAMSAS</li>
3502               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3503                 data sources</li>
3504               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3505                 completes before alignment figures are generated.</li>
3506               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3507                 first time.</li>
3508               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3509                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3510               <li>User defined group colours properly recovered
3511                 from Jalview projects.</li>
3512             </ul>
3513           </li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516
3517     </tr>
3518     <tr>
3519       <td>
3520         <div align="center">
3521           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3522         </div>
3523       </td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>Experimental support for google analytics usage
3527             tracking.</li>
3528           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3529         </ul>
3530       </td>
3531       <td>
3532         <ul>
3533           <li>Race condition in applet preventing startup in
3534             jre1.6.0u12+.</li>
3535           <li>Exception when feature created from selection beyond
3536             length of sequence.</li>
3537           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3538           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3539             all sequences with a given id</li>
3540           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3541             ID string searches</li>
3542           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3543             alignment to fail with exception</li>
3544         </ul> <em>Application Issues</em>
3545         <ul>
3546           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3547           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3548             data sources</li>
3549         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3550         <ul>
3551           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3552             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3553           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3554             version (java class versioning error fixed)</li>
3555         </ul>
3556       </td>
3557     </tr>
3558     <tr>
3559       <td>
3560
3561         <div align="center">
3562           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td><em>User Interface</em>
3566         <ul>
3567           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3568             translation and protein products</li>
3569           <li>Linked highlighting of structure associated with
3570             residue mapping to codon position</li>
3571           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3572             and 'clear' button</li>
3573           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3574             Tools menu</li>
3575           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3576             numeric data in description line</li>
3577           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3578           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3579             of sequence</li>
3580         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3581         <ul>
3582           <li>JPred3 web service</li>
3583           <li>Prototype sequence search client (no public services
3584             available yet)</li>
3585           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3586             PFAM</li>
3587           <li>URL Links created for matching database cross
3588             references as well as sequence ID</li>
3589           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3590         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3591         <ul>
3592           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3593             databases</li>
3594           <li>Generalised database reference retrieval and
3595             validation to all fetchable databases</li>
3596           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3597             sequence command</li>
3598         </ul> <em>Import and Export</em>
3599         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3600         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3601           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3602         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3603           File</li>
3604         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3605           triplet as name of colourscheme</li>
3606         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3607         <ul>
3608           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3609           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3610             alignments (experimental)</li>
3611           <li>Create new or select existing session to join</li>
3612           <li>load and save of vamsas documents</li>
3613         </ul> <em>Application command line</em>
3614         <ul>
3615           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3616             from applet)</li>
3617           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3618             of DAS servers to query for alignment features</li>
3619           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3620             that are also automatically queried for features</li>
3621           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3622             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3623         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3624         <ul>
3625           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3626             application (when using &quot;View in full
3627             application&quot;)</li>
3628         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3629         <ul>
3630           <li>feature group display control parameter</li>
3631           <li>debug parameter</li>
3632           <li>showbutton parameter</li>
3633         </ul> <em>Applet API methods</em>
3634         <ul>
3635           <li>newView public method</li>
3636           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3637           <li>Feature display control methods</li>
3638           <li>get list of currently selected sequences</li>
3639         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3640         <ul>
3641           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3642           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3643             Jalview release.</li>
3644           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3645             property controls execution of obfuscator</li>
3646           <li>Build target for generating source distribution</li>
3647           <li>Debug flag for javacc</li>
3648           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3649             jalview.bin.Cache</li>
3650           <li>Continuous Build Integration for stable and
3651             development version of Application, Applet and source
3652             distribution</li>
3653         </ul></td>
3654       <td>
3655         <ul>
3656           <li>selected region output includes visible annotations
3657             (for certain formats)</li>
3658           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3659             for editing</li>
3660           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3661           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3662           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3663           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3664             comments</li>
3665           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3666             filenames containing a ':'</li>
3667           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3668             global sequence features</li>
3669           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3670             references from alignment sequences goes to zero</li>
3671           <li>Close of tree branch colour box without colour
3672             selection causes cascading exceptions</li>
3673           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3674           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3675             file parsing fails.</li>
3676           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3677           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3678             not a valid output format</li>
3679           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3680             vamsas</li>
3681           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3682           <li>error messages passed up and output when data read
3683             fails</li>
3684           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3685             sequence is edited</li>
3686           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3687             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3688           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3689             filetype</li>
3690           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3691             import fixed for PFAM records</li>
3692           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3693             window list</li>
3694           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3695             can be read and written correctly to annotation file</li>
3696           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3697             correctly</li>
3698           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3699             non-italic font for representatives in Applet</li>
3700           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3701             Macs.</li>
3702           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3703             Applet)</li>
3704           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3705             due to null pointer exceptions</li>
3706           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3707             first column of alignment</li>
3708           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3709             July 2008</li>
3710           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3711             file is case-insensitive</li>
3712           <li>Sequence features read from Features file appended to
3713             all sequences with matching IDs</li>
3714           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3715             containing a sub-sequence</li>
3716           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3717           <li>feature and annotation file applet parameters
3718             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3719           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3720           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3721             splash-screen version check to complete</li>
3722           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3723             when passing them to the launchApp service</li>
3724           <li>display name and local features preserved in results
3725             retrieved from web service</li>
3726           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3727             sequence fetcher initialisation</li>
3728           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3729             dasobert DAS client</li>
3730           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3731             association</li>
3732           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3733             sequences
3734           </li>
3735         </ul>
3736       </td>
3737     </tr>
3738     <tr>
3739       <td>
3740         <div align="center">
3741           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3742         </div>
3743       </td>
3744       <td>
3745         <ul>
3746           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3747           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3748           <li>Slide sequences</li>
3749           <li>Edit sequence in place</li>
3750           <li>EMBL CDS features</li>
3751           <li>DAS Feature mapping</li>
3752           <li>Feature ordering</li>
3753           <li>Alignment Properties</li>
3754           <li>Annotation Scores</li>
3755           <li>Sort by scores</li>
3756           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3762           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3763           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3764           <li>Feature group display state in XML</li>
3765           <li>Feature ordering in XML</li>
3766           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3767           <li>Stockholm alignment properties</li>
3768           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3769           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3770           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3771           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3772         </ul>
3773       </td>
3774
3775     </tr>
3776     <tr>
3777       <td>
3778         <div align="center">
3779           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3780         </div>
3781       </td>
3782       <td>
3783         <ul>
3784           <li>Non standard characters can be read and displayed
3785           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3786             applet via textbox
3787           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3788             name &amp; description
3789           <li>Preference setting to display sequence name in
3790             italics
3791           <li>Annotation file format extended to allow
3792             Sequence_groups to be defined
3793           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3794             specified in preferences
3795           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3796             sequences
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3802             installed
3803           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3804           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3805         </ul>
3806       </td>
3807     </tr>
3808     <tr>
3809       <td>
3810         <div align="center">
3811           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3812         </div>
3813       </td>
3814       <td>
3815         <ul>
3816           <li>Multiple views on alignment
3817           <li>Sequence feature editing
3818           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3819           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3820           <li>Background dependent text colour
3821           <li>Right align sequence ids
3822           <li>User-defined lower case residue colours
3823           <li>Format Menu
3824           <li>Select Menu
3825           <li>Menu item accelerator keys
3826           <li>Control-V pastes to current alignment
3827           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3828           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3829           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3830
3831           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3832         </ul>
3833       </td>
3834       <td>
3835         <ul>
3836           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3837           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3838             calculations
3839           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3840             edits
3841           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3842             of alignment)
3843           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3844
3845           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3846             display correctly
3847           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3848           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3849             analysis results
3850           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3851             &#8739;
3852           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3853           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3854           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3855
3856         </ul>
3857       </td>
3858     </tr>
3859     <tr>
3860       <td>
3861         <div align="center">
3862           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3863         </div>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3868         </ul>
3869       </td>
3870       <td>
3871         <ul>
3872           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3873             sequence id panel has been resized</li>
3874           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3875             rendered</li>
3876           <li>Annotation files with sequence references - all
3877             elements in file are relative to sequence position</li>
3878           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3879         </ul>
3880       </td>
3881     </tr>
3882     <tr>
3883       <td>
3884         <div align="center">
3885           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3886         </div>
3887       </td>
3888       <td>
3889         <ul>
3890           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3891           <li>DAS Feature fetching</li>
3892           <li>Hide sequences and columns</li>
3893           <li>Export Annotations and Features</li>
3894           <li>GFF file reading / writing</li>
3895           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3896             files</li>
3897           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3898           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3899           <li>Applet can launch the full application</li>
3900           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3901             required)</li>
3902           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3903           <li>Applet can load sequences from parameter
3904             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3905           </li>
3906         </ul>
3907       </td>
3908       <td>
3909         <ul>
3910           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3911           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3912           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3913         </ul>
3914       </td>
3915     </tr>
3916     <tr>
3917       <td>
3918         <div align="center">
3919           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3920         </div>
3921       </td>
3922       <td>
3923         <ul>
3924           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3925           <li>Choose to match case when searching</li>
3926           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3927             expand the visible width and height of the alignment</li>
3928         </ul>
3929       </td>
3930       <td>
3931         <ul>
3932           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3933         </ul>
3934       </td>
3935     </tr>
3936     <tr>
3937       <td>
3938         <div align="center">
3939           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3940         </div>
3941       </td>
3942       <td>&nbsp;</td>
3943       <td>
3944         <ul>
3945           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3946           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3947             value</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950     </tr>
3951     <tr>
3952       <td>
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3960           <li>Keyboard editing</li>
3961           <li>Create sequence features from searches</li>
3962           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3963             alignments</li>
3964           <li>Features file allows grouping of features</li>
3965           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3966           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3967           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3968         </ul>
3969       </td>
3970       <td>
3971         <ul>
3972           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3973           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3974             descriptions saved.</li>
3975         </ul>
3976       </td>
3977     </tr>
3978     <tr>
3979       <td>
3980         <div align="center">
3981           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3982         </div>
3983       </td>
3984       <td>
3985         <ul>
3986           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3987           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3988           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3989             name for file output</li>
3990           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3991           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3992             used for HTML form input</li>
3993         </ul>
3994       </td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>HTML output writes groups and features</li>
3998           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3999           <li>File IO bugs</li>
4000         </ul>
4001       </td>
4002     </tr>
4003     <tr>
4004       <td>
4005         <div align="center">
4006           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4007         </div>
4008       </td>
4009       <td>
4010         <ul>
4011           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4012           <li>More options for PCA viewer</li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015       <td>
4016         <ul>
4017           <li>GUI bugs resolved</li>
4018           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4019         </ul>
4020       </td>
4021     </tr>
4022     <tr>
4023       <td height="63">
4024         <div align="center">
4025           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4026         </div>
4027       </td>
4028       <td>
4029         <ul>
4030           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4031           <li>Jar files are executable</li>
4032           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4033         </ul>
4034       </td>
4035       <td>
4036         <ul>
4037           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4038           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4039           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4040         </ul>
4041       </td>
4042     </tr>
4043     <tr>
4044       <td>
4045         <div align="center">
4046           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4047         </div>
4048       </td>
4049       <td>
4050         <ul>
4051           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4052         </ul>
4053       </td>
4054       <td>
4055         <ul>
4056           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4057         </ul>
4058       </td>
4059     </tr>
4060     <tr>
4061       <td>
4062         <div align="center">
4063           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4064         </div>
4065       </td>
4066       <td>
4067         <ul>
4068           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4069             size</li>
4070         </ul>
4071       </td>
4072       <td>
4073         <ul>
4074           <li>Improved JPred client reliability</li>
4075           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4076         </ul>
4077       </td>
4078     </tr>
4079     <tr>
4080       <td>
4081         <div align="center">
4082           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4083         </div>
4084       </td>
4085       <td>
4086         <ul>
4087           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4088           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4089           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4090             to Colour Menu</li>
4091           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4092           <li>Unix users can set default web browser</li>
4093           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4094           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4095         </ul>
4096       </td>
4097       <td>
4098         <ul>
4099           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4100         </ul>
4101       </td>
4102     </tr>
4103     <tr>
4104       <td>
4105         <div align="center">
4106           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4107         </div>
4108       </td>
4109       <td>&nbsp;</td>
4110       <td>
4111         <ul>
4112           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4113             alignment order.</li>
4114         </ul>
4115       </td>
4116     </tr>
4117     <tr>
4118       <td>
4119         <div align="center">
4120           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4121         </div>
4122       </td>
4123       <td>
4124         <ul>
4125           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4126           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4127           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4128             annotations.</li>
4129           <li>Version and build date written to build properties
4130             file.</li>
4131           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4132             at launch of Jalview.</li>
4133         </ul>
4134       </td>
4135       <td>
4136         <ul>
4137           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4138           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4139           <li>Can remove groups one by one.</li>
4140           <li>Filechooser icons installed.</li>
4141           <li>Finder ignores return character when searching.
4142             Return key will initiate a search.<br>
4143           </li>
4144         </ul>
4145       </td>
4146     </tr>
4147     <tr>
4148       <td>
4149         <div align="center">
4150           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4151         </div>
4152       </td>
4153       <td>
4154         <ul>
4155           <li>New codebase</li>
4156         </ul>
4157       </td>
4158       <td>&nbsp;</td>
4159     </tr>
4160   </table>
4161   <p>&nbsp;</p>
4162 </body>
4163 </html>