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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 108               overlapping alignment panel
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 112               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 116               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 120               columns in annotation row
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 124               honored in interactive and batch mode
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 128               for structures added to existing Jmol view
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 132               entries after importing project with multiple views
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 136               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 137               with negative residue numbers or missing residues fails
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 141               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 142               as generated by CONSURF)
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 146               very slow for alignments with large numbers of sequences
 147             </li>
 148             <li><!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus with 'StringIndexOutOfBounds'</li>
 149             <li><em>New Defects</em>
 150             <ul>
 151                 <li>
 152                   <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 153                   structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 154                   Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 155                   2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 156                 </li>
 157               </ul>
 158           </ul>
 159           <em>Applet</em>
 160           <ul>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 163               should copy the group consensus when popup is opened on it
 164             </li>
 165
 166           </ul>
 167           <em>New Known Defects</em>
 168           <ul>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 171               editing a large alignment and overview is displayed
 172             </li>
 173             <li>
 174               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 175               repeatedly after a series of edits even when the overview
 176               is no longer reflecting updates
 177             </li>
 178           </ul>
 179         </div>
 180           </td>
 181     </tr>
 182     <tr>
 183       <td width="60" nowrap>
 184         <div align="center">
 185           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 186         </div>
 187       </td>
 188       <td><div align="left">
 189           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 190               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 191       <td><div align="left">
 192           <em>Desktop</em><ul>
 193           <ul>
 194             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 195             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 196             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 197             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 198             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 199             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 200             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 201           </ul>
 202           </div>
 203       </td>
 204     </tr>
 205     <tr>
 206       <td width="60" nowrap>
 207         <div align="center">
 208           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 209         </div>
 210       </td>
 211       <td><div align="left">
 212           <em></em>
 213           <ul>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 216               rendering of sequence features
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 220               429 rate limit request hander
 221             </li>
 222             <li>
 223               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 224               their colours have changed
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 228               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 232               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 236               view from Ensembl locus cross-references
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 240               Alignment report
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 244               feature can be disabled
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 248               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 252               Uniprot
 253             </li>
 254           </ul>
 255           <em>Scripting</em>
 256           <ul>
 257             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 258             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 259               percent identity scores for current alignment.</li>
 260           </ul>
 261           <em>Testing and Deployment</em>
 262           <ul>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 265             </li>
 266           </ul>
 267         </div></td>
 268       <td><div align="left">
 269           <em>General</em>
 270           <ul>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 273               threshold text field doesn't trigger an update to the
 274               alignment view
 275             </li>
 276             <li>
 277               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 278               strings in parallel
 279             </li>
 280             <li>
 281               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 282               alignment window is closed
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 286               group visibility
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 290               takes a long time in Cursor mode
 291             </li>
 292           </ul>
 293           <em>Desktop</em>
 294           <ul>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 297               cannot be viewed in Chimera
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 301               CDS/Protein view
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 305               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 306               Search Dialogs
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 316               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 320               scrolling right in unwapped alignment view
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 324               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 325               database
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 329               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 333               features of same type and group to be selected for
 334               amending
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 338               alignments when hidden columns are present
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 342               displaying several structures
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 346               moving a window
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 350               within the Jalview desktop on OSX
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 354               when in wrapped alignment mode
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 358               hand end of alignment
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 362               each selected sequence do not have correct start/end
 363               positions
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 367               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 371               restoring project until a new view is created
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 375               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 376               configured (since 2.10.2b2)
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 380               position is adjusted
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 384               in a multi-chain structure when viewing alignment
 385               involving more than one chain (since 2.10)
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 389               if new selection moves alignment window
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 393               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 397               that produces correctly annotated transcripts and products
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 401               doesn't update associated structure view
 402             </li>
 403           </ul>
 404           <em>Applet</em><br />
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 408               closing alignment panel
 409             </li>
 410           </ul>
 411           <em>BioJSON</em><br />
 412           <ul>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 415               non-positional features
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>New Known Issues</em>
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 422               sequence features correctly (for many previous versions of
 423               Jalview)
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 427               using cursor in wrapped panel other than top
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 431               graduated colour threshold
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 435               always preserve numbering and sequence features
 436             </li>
 437           </ul>
 438           <em>Known Java 9 Issues</em>
 439           <ul>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 442               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 443               9.01, OSX 10.10)
 444             </li>
 445           </ul>
 446         </div></td>
 447     </tr>
 448     <tr>
 449       <td width="60" nowrap>
 450         <div align="center">
 451           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 452             <em>2/10/2017</em></strong>
 453         </div>
 454       </td>
 455       <td><div align="left">
 456           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 457           <ul>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 460             </li>
 461             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 462             </li>
 463           </ul>
 464         </div></td>
 465       <td><div align="left">
 466         </div></td>
 467     </tr>
 468     <tr>
 469       <td width="60" nowrap>
 470         <div align="center">
 471           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 472             <em>7/9/2017</em></strong>
 473         </div>
 474       </td>
 475       <td><div align="left">
 476           <em></em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 480               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 481               white)
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 485               Preferences
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 489               in size and progress bar shown as higher resolution
 490               overview is recalculated
 491             </li>
 492
 493           </ul>
 494         </div></td>
 495       <td><div align="left">
 496           <em></em>
 497           <ul>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 500               column region row by row
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 504               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 508               format setting is unticked
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 512               if group has show boxes format setting unticked
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 516               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 517               include sequences and columns not currently displayed
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 521               assemblies are imported via CIF file
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 525               displayed when threshold or conservation colouring is also
 526               enabled.
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 530               server version
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 534               dragging a selected region off the visible region of the
 535               alignment
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 539               colourscheme to all groups in a view
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 543               initially after font size change using the Font chooser or
 544               middle-mouse zoom
 545             </li>
 546           </ul>
 547         </div></td>
 548     </tr>
 549     <tr>
 550       <td width="60" nowrap>
 551         <div align="center">
 552           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 553         </div>
 554       </td>
 555       <td><div align="left">
 556           <em>Calculations</em>
 557           <ul>
 558
 559             <li>
 560               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 561               ungapped positions in each column of the alignment.
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 565               a calculation dialog box
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 569               and memory efficiency (~30x faster)
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 573               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 574               and other calculations
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 578               files within the Jalview codebase
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 582               Similarity may have different topology due to increased
 583               precision
 584             </li>
 585           </ul>
 586           <em>Rendering</em>
 587           <ul>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 590               model for alignments and groups
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 594               scripts
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>Overview</em>
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 601               with alignment and overview windows
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 605               overview
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 609               omitted in Overview
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 613               adjustment of visible position
 614             </li>
 615           </ul>
 616
 617           <em>Data import/export</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 621               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 625               annotation input/output via stockholm flatfile
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 629               extension when importing structure files without embedded
 630               names or PDB accessions
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 634               format sequence substitution matrices
 635             </li>
 636           </ul>
 637           <em>User Interface</em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 641               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 642               the application.
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 646               via Overview or sequence motif search operations
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 650               opened by double clicking gaps within sequence feature
 651               extent
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 655               aligned positions were available to create a 3D structure
 656               superposition.
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>3D Structure</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 663               coloured in linked structure views
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 667               file-based command exchange
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 671               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 672               structures are already available for sequences
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 676               the Jalview project rather than downloaded again when the
 677               project is reopened.
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 681               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 682               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 683                 Feature</strong>)
 684             </li>
 685           </ul>
 686           <em>Web Services</em>
 687           <ul>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 693               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 694               Analysis services
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 698               cross-references provided by identifiers.org and the
 699               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 700             </li>
 701           </ul>
 702
 703           <em>Scripting</em>
 704           <ul>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 707               identifying file formats (instead of String constants)
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 711               efficiency when counting all displayed features (not
 712               backwards compatible with 2.10.1)
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>Example files</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 719               included in the example feature file
 720             </li>
 721           </ul>
 722           <em>Documentation</em>
 723           <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 726               with the built-in Java help viewer
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 730               sequence description' option
 731             </li>
 732           </ul>
 733           <em>Test Suite</em>
 734           <ul>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 737               Uniprot REST Free Text Search Client
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 744               during tests
 745             </li>
 746           </ul>
 747         </div></td>
 748       <td><div align="left">
 749           <em>Calculations</em>
 750           <ul>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 753               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 754               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 755             </li>
 756             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 757               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 758               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 759               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 760               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 761               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 762               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 763               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 764               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 765               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 766               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 767               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 768               // for 2.10.1 mode <br />
 769               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 770               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 771                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 772                 calculations (not recommended)</em></li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 775               scaling of branch lengths for trees computed using
 776               Sequence Feature Similarity.
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 780               generating output report when working with highly
 781               redundant alignments
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 785               right of selected region when gaps present on right-hand
 786               boundary
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>User Interface</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 793               doesn't reselect a specific sequence's associated
 794               annotation after it was used for colouring a view
 795             </li>
 796             <li>
 797               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 798               opened on a region of alignment without groups
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 802               of an alignment with overlapping groups
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 806               name and description match
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 810               hidden regions results in incorrect hidden regions
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 814               changing colour does not apply Conservation slider value
 815               to all groups
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 819               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 823               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 824             </li>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 827               gaps before start of features
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 831               restored to UI when feature colour is edited
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 835               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 839               as graduate feature colour settings are modified via the
 840               dialog box
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 844               when a group defined on the alignment is resized
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 848               wrapped view result in positional status updates
 849             </li>
 850
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 853               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 857               alignment included gapped columns
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 861               widgets don't permanently disappear
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 865               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 866               T-Coffee column reliability scores)
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 870               sequence feature on gaps only
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 874               button from a Find inherit previously defined feature type
 875               rather than the Find query string
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 879               exporting tree calculated in Jalview
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 883               and then revealing them reorders sequences on the
 884               alignment
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 888               doesn't update to reflect available set of groups after
 889               interactively adding or modifying features
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 893               Linux
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 897               only excluded gaps in current sequence and ignored
 898               selection.
 899             </li>
 900           </ul>
 901           <em>Rendering</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 905               erratically when hidden rows or columns are present
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 909               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 910               sequence colouring
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 914               colour and group colour menu for protein alignments
 915             </li>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 918               reflect currently selected view or group's shading
 919               thresholds
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 923               when rendered on overview and structures when opacity at
 924               100%
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 928               overview when features overlaid on alignment
 929             </li>
 930           </ul>
 931           <em>Data import/export</em>
 932           <ul>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 935               load
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 939               added after a sequence was imported are not written to
 940               Stockholm File
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 944               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 948               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 952               with lightGray or darkGray via features file (but can
 953               specify lightgray)
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 957               when alignment view imported from project
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 961               structure and sequences extracted from structure files
 962               imported via URL and viewed in Jmol
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 966               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 967               the project is loaded and the structure viewed
 968             </li>
 969           </ul>
 970           <em>Web Services</em>
 971           <ul>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 974               release of Ensembl v.88
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 978               appear enabled in Preferences->Connections
 979             </li>
 980             <li>
 981               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 982               removed from console output
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 986               Ensembl by Peptide ID
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 990               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 991               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 992               due to 'null' string rather than empty string used for
 993               residues with no corresponding PDB mapping).
 994             </li>
 995           </ul>
 996           <em>Application UI</em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1000               menu
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1004               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1005               new documentation and tooltips added)
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1009               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1013               new features are added to alignment
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1017               changes to feature colours via the Amend features dialog
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1021               edit graduated feature colour via amend features dialog
1022               box
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1026               selection menu changes colours of alignment views
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1030               from alignment calculation workers after alignment has
1031               been closed
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1035               groups now 'Create Group'
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1039               Create/Undefine group doesn't always work
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1043               shown again after pressing 'Cancel'
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1047               adjusts start position in wrap mode
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1051               ambiguous amino acids
1052             </li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1055               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1056               proteins
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1060               Defined' don't appear in Colours menu
1061             </li>
1062           </ul>
1063           <em>Applet</em>
1064           <ul>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1067               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1071               overview or linked structure view
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1075               work (since 2.8)
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1079               user-defined colourscheme doesn't restore original
1080               colourscheme
1081             </li>
1082           </ul>
1083           <em>Test Suite</em>
1084           <ul>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1087               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1091               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1092               problems with deep array comparison equality asserts in
1093               successive versions of TestNG
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1097               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>New Known Issues</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1104               phase after a sequence motif find operation
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1108               containing just upper and lower case letters are
1109               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1113               reliably from eggnog Ortholog database
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1117               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1118               to mark columns containing highlighted regions.
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1122               doesn't always add secondary structure annotation.
1123             </li>
1124           </ul>
1125         </div>
1126     <tr>
1127       <td width="60" nowrap>
1128         <div align="center">
1129           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1130         </div>
1131       </td>
1132       <td><div align="left">
1133           <em>General</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1137               for all consensus calculations
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1141               3rd Oct 2016)
1142             </li>
1143             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1144               for 2016-2017</li>
1145           </ul>
1146           <em>Application</em>
1147           <ul>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1150               set of database cross-references, sorted alphabetically
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1154               from database cross references. Users with custom links
1155               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1156                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1160               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1161               Chimera session
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1165               the Chimera it is connected to is shut down
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1169               columns menu item to mark columns containing highlighted
1170               regions (e.g. from structure selections or results of a
1171               Find operation)
1172             </li>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1175               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1176               MSAviewer
1177             </li>
1178           </ul>
1179         </div></td>
1180       <td>
1181         <div align="left">
1182           <em>General</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1186               are not coloured or thresholded according to percent
1187               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1188             </li>
1189             <li>
1190               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1191               hydrophobic
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1195               threshold, amino acid properties)
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1199               reported as mapped to residues in a structure file in the
1200               View Mapping report
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1204               could be added multiple times to a sequence
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1208               bond features shown as two highlighted residues rather
1209               than a range in linked structure views, and treated
1210               correctly when selecting and computing trees from features
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1214               cross-references are matched to database name regardless
1215               of case
1216             </li>
1217
1218           </ul>
1219           <em>Application</em>
1220           <ul>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1223               names without regular expressions also offer links from
1224               Sequence ID
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1228               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1229               update Jalview configuration
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1233               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1237               files with similarly named sequences if dropped onto the
1238               alignment
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1242               entries where more chains exist in the PDB accession than
1243               are reported in the SIFTS file
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1247               the structure view when displayed with Chimera
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1251               panel's View->Show Chains submenu
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1255               work for wrapped alignment views
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1259               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1263               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1264               first annotation row
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1268               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1272               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1273             </li>
1274             <!-- JAL-2319 -->
1275             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1276             coordindate data
1277             </li>
1278           </ul>
1279           <!--           <em>New Known Issues</em>
1280           <ul>
1281             <li></li>
1282           </ul> -->
1283         </div>
1284       </td>
1285     </tr>
1286     <td width="60" nowrap>
1287       <div align="center">
1288         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1289           <em>25/10/2016</em></strong>
1290       </div>
1291     </td>
1292     <td><em>Application</em>
1293       <ul>
1294         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1295           view if structures already loaded</li>
1296         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1297           structure views</li>
1298       </ul></td>
1299     <td>
1300       <div align="left">
1301         <em>General</em>
1302         <ul>
1303           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1304             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1305           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1306             example sequences/projects/trees</li>
1307         </ul>
1308         <em>Application</em>
1309         <ul>
1310           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1311             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1312           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1313             without timeout for structures with multiple models or
1314             multiple sequences in alignment</li>
1315           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1316             PDB ID HEADER line</li>
1317           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1318             is performed</li>
1319           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1320             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1321           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1322           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1323             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1324             option</li>
1325           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1326             is created on the alignment</li>
1327           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1328             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1329             pop-up menu</li>
1330         </ul>
1331         <em>Build and deployment</em>
1332         <ul>
1333           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1334             tags</li>
1335         </ul>
1336         <em>New Known Issues</em>
1337         <ul>
1338           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1339             on Windows</li>
1340         </ul>
1341       </div>
1342     </td>
1343     </tr>
1344     <tr>
1345       <td width="60" nowrap>
1346         <div align="center">
1347           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1348         </div>
1349       </td>
1350       <td><em>General</em>
1351         <ul>
1352           <li>
1353             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1357             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1358             better PDB parsing.
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1362             reference sequence
1363           </li>
1364           <li>
1365             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1366             mousing over sequence associated annotation
1367           </li>
1368           <li>
1369             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1370             for manual entry
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1374             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1375             for each column
1376           </li>
1377           <li>
1378             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1379             showing or hiding columns containing a feature
1380           </li>
1381           <li>
1382             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1383             group and sequence associated annotation labels
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1387             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1388             dialogs
1389           </li>
1390
1391         </ul> <em>Application</em>
1392         <ul>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1395             gene/transcript view
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1399             dialog
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1403             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1407             Pfam sources to xfam.org
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1414             over sequences in Jalview
1415           </li>
1416           <li>
1417             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1418             regions in ENA and EMBL
1419           </li>
1420           <li>
1421             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1422             for record retrieval via ENA rest API
1423           </li>
1424           <li>
1425             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1426             complement operator
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1430             groovy script execution
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1434             alignment window's Calculate menu
1435           </li>
1436           <li>
1437             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1438             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1439           </li>
1440           <li>
1441             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1442             calculation workers from groovy scripts
1443           </li>
1444           <li>
1445             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1446             Jalview projects
1447           </li>
1448           <li>
1449             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1450             associations are now saved/restored from project
1451           </li>
1452           <li>
1453             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1454             before sequence fetcher is opened
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1458             database chooser opens a sequence fetcher
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1462             the UniProt REST API
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1466             the news reader opening
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1470             querying stored in preferences
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1474             search results
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1478           </li>
1479           <li>
1480             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1481             menu for nucleotide sequences
1482           </li>
1483           <li>
1484             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1485             and feature counts preserves alignment ordering (and
1486             debugged for complex feature sets).
1487           </li>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1490             viewing structures with Jalview 2.10
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1494             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1495             Ensembl Genomes REST API
1496           </li>
1497           <li>
1498             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1499             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1500             (Ensembl)
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1504             sequences
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1508             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1509             data from external database records.
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1513             efficient recovery of sequence coding and alignment
1514             annotation relationships.
1515           </li>
1516         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1517         <ul>
1518           <li>
1519             -- JAL---
1520           </li>
1521         </ul> --></td>
1522       <td>
1523         <div align="left">
1524           <em>General</em>
1525           <ul>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1528               menu on OSX
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1532               includes graduated colourschemes
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1536               working with big alignments and lots of hidden columns
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1540               at right of alignment window
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1544               contents
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1548               for DNA alignments
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1552               based tree calculation
1553             </li>
1554             <li>
1555               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1556               unconserved enabled for group on alignment
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1560               set as reference
1561             </li>
1562             <li>
1563               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1564               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1565               annotation
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1569               hidden columns present
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1573               user created annotation added to alignment
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1577               '()' base pair annotation
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1581               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1582               Consensus
1583             </li>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1586               feature not working
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1590               beginning of sequence
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1594               entry 3a6s
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1598               from a tree when t-coffee scores are shown
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1602               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1606               some structures
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1610               to Clustal, PIR and PileUp output
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1614               not visible causes alignment window to repaint
1615             </li>
1616             <li>
1617               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1618               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1619               scores associated with features and annotation rows
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1623               calculation should be case independent
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1627               columns
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1631               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1632               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1636               problems when reference sequence defined and 'show
1637               non-conserved' enabled
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1641               load even when Consensus calculation is disabled
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1645               alignment does nothing
1646             </li>
1647           </ul>
1648           <em>Application</em>
1649           <ul>
1650             <li>
1651               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1652               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1653               yet fixed for El Capitan)
1654             </li>
1655             <li>
1656               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1657               output when running on non-gb/us i18n platforms
1658             </li>
1659             <li>
1660               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1661               hidden sequences as flat-file alignment
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1665               launching Chimera
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1669               (also hotfix for 2.9.0b2)
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1673               reference sequence defined
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1677               alignments and views when revealing hidden columns
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1681               view in a cDNA/Protein splitframe
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1685               sequence from project when only one sequence is
1686               represented
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1690               in Structure Chooser
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1694               structure consensus didn't refresh annotation panel
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1698               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1702               dialogs format columns correctly, don't display array
1703               data, sort columns according to type
1704             </li>
1705             <li>
1706               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1707               file chooser is cancelled during an image export
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1711               sequence name containing special characters
1712             </li>
1713             <li>
1714               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1715               case insensitive
1716             </li>
1717             <li>
1718               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1719               formatting don't wrap
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1723               truncated so L looks like I in consensus annotation
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1727               currently displayed features for the current selection or
1728               view
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1732               after fetching cross-references, and restoring from
1733               project
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1737               followed in the structure viewer
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1741               splitframe not restored from project
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1745               trailing end of protein alignment in transcript/product
1746               splitview when pad-gaps not enabled by default
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1750               is case dependent
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1754               article has been read (reopened issue due to
1755               internationalisation problems)
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1759               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1760               cross-references
1761             </li>
1762
1763             <li>
1764               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1765               alignment as HTML
1766             </li>
1767             <li>
1768               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1769               multiple structures are shown for one or more sequences.
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1773               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1774               is enabled.
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1778               specific PDB id for sequence
1779             </li>
1780             <li>
1781               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1782               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1783               columns' is disabled.
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1787               selects lowest rather than highest resolution structures
1788               for each sequence
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1792               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1796               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1800               after clicking on it to create new annotation for a
1801               column.
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1805               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1806             </li>
1807             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1808             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1809           </ul>
1810           <em>Applet</em>
1811           <ul>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1814               hidden columns present before start of sequence
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1818               (JSON jars)
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1822               sequences are hidden in applet
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1826               deployment on examples pages.
1827             </li>
1828           </ul>
1829         </div>
1830       </td>
1831     </tr>
1832     <tr>
1833       <td width="60" nowrap>
1834         <div align="center">
1835           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1836             <em>16/10/2015</em></strong>
1837         </div>
1838       </td>
1839       <td><em>General</em>
1840         <ul>
1841           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1842             jars</li>
1843         </ul></td>
1844       <td>
1845         <div align="left">
1846           <em>Application</em>
1847           <ul>
1848             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1849               shown when tree is partitioned</li>
1850             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1851               multiple cDNA/Protein split views</li>
1852           </ul>
1853         </div>
1854       </td>
1855     </tr>
1856     <tr>
1857       <td width="60" nowrap>
1858         <div align="center">
1859           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1860             <em>8/10/2015</em></strong>
1861         </div>
1862       </td>
1863       <td><em>General</em>
1864         <ul>
1865           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1866             2.9</li>
1867         </ul> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1870           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1871           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1872         </ul> <em>Applet</em>
1873         <ul>
1874           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1875         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1876         <ul>
1877           <li>
1878             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1879             suite
1880           </li>
1881         </ul></td>
1882       <td>
1883         <div align="left">
1884           <em>General</em>
1885           <ul>
1886             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1887               incorrect when sequence start > 1</li>
1888             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1889               documentation</li>
1890             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1891             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1892               loading a features file containing HTML tags in feature
1893               description</li>
1894
1895           </ul>
1896           <em>Application</em>
1897           <ul>
1898             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1899               reimport</li>
1900             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1901               with 'trim retrieved sequences'</li>
1902             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1903               deleting selected columns</li>
1904             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1905               JNLP templates for webstart launch</li>
1906             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1907               unreleased structures for download or viewing</li>
1908             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1909               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1910             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1911               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1912             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1913               recovered from jalview project</li>
1914             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1915               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1916               alignment view</li>
1917             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1918               color schemes from BioJSON</li>
1919           </ul>
1920           <em>Applet</em>
1921           <ul>
1922             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1923               frame</li>
1924             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1925           </ul>
1926         </div>
1927       </td>
1928     </tr>
1929     <tr>
1930       <td><div align="center">
1931           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1932         </div></td>
1933       <td><em>General</em>
1934         <ul>
1935           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1936             alignments:
1937             <ul>
1938               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1939                 and DNA alignment views</li>
1940               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1941                 cDNA alignment views</li>
1942               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1943                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1944               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1945                 protein sequences</li>
1946             </ul>
1947           </li>
1948           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1949           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1950             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1951           <li>New alignment annotation file statements for
1952             reference sequences and marking hidden columns</li>
1953           <li>Reference sequence based alignment shading to
1954             highlight variation</li>
1955           <li>Select or hide columns according to alignment
1956             annotation</li>
1957           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1958           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1959             acid conservation row</li>
1960           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1961         </ul> <em>Application</em>
1962         <ul>
1963           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1964             <ul>
1965               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1966                 view with cDNA/Protein</li>
1967               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1968                 sequences are placed in the same alignment</li>
1969               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1970                 projects</li>
1971             </ul>
1972           </li>
1973
1974           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1975           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1976             Jalview windows</li>
1977
1978           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1979           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1980           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1981             be shown in VARNA</li>
1982
1983           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1984             as the active selected region</li>
1985
1986           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1987             similarity</li>
1988           <li>New Export options
1989             <ul>
1990               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1991                 region export in flat file generation</li>
1992
1993               <li>Export alignment views for display with the <a
1994                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1995
1996               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1997               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1998                 alignment figures to HTML</li>
1999           </li>
2000           <li>3D structure retrieval and display
2001             <ul>
2002               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2003                 Search API</li>
2004               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2005                 PDB structures for a sequence set</li>
2006             </ul>
2007           </li>
2008
2009           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2010             predictions</li>
2011           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2012             for one or a group of sequences</li>
2013           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2014             from the JPred4 web server</li>
2015           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2016             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2017             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2018           </li>
2019           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2020             VARNA 2D Structure'</li>
2021           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2022             Structure ..."</li>
2023
2024         </ul> <em>Applet</em>
2025         <ul>
2026           <li>New layout for applet example pages</li>
2027           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2028             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2029           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2030             Protein alignments</li>
2031         </ul> <em>Development and deployment</em>
2032         <ul>
2033           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2034           <li>Include installation type and git revision in build
2035             properties and console log output</li>
2036           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2037             storing BioJsMSA Templates</li>
2038           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2039         </ul></td>
2040       <td>
2041         <!-- <em>General</em>
2042         <ul>
2043         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2044         <ul>
2045           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2046           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2047           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2048             predictions are not highlighted in amber</li>
2049           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2050             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2051           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2052             associated structure views</li>
2053           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2054             width checkbox not enabled</li>
2055           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2056             creating user defined colours</li>
2057           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2058             mappings for just that viewer's sequences</li>
2059           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2060             multiple models in Chimera</li>
2061           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2062             over Jmol structure</li>
2063           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2064             output to text box</li>
2065           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2066             have incorrect sequence start/end</li>
2067           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2068             Jalview fails</li>
2069           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2070             work for nucleotide</li>
2071           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2072             to a grey/invisible alignment window</li>
2073           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2074             imports to different position</li>
2075           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2076             on some platforms</li>
2077           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2078             populated</li>
2079           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2080             console if Chimera has been opened</li>
2081           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2082           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2083             retrieved</li>
2084           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2085           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2086             either sequence shows on first structure</li>
2087           <li>'Show annotations' options should not make
2088             non-positional annotations visible</li>
2089           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2090             in right place after 'view flanking regions'</li>
2091           <li>File Save As type unset when current file format is
2092             unknown</li>
2093           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2094             projects</li>
2095           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2096             responsive</li>
2097           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2098             several views on same alignment</li>
2099           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2100           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2101             spaces</li>
2102         </ul> <em>Applet</em>
2103         <ul>
2104           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2105           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2106             descriptions containing angle brackets</li>
2107         </ul> <em>General</em>
2108         <ul>
2109           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2110             via jalview annotation file</li>
2111           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2112             with RNA secondary structure</li>
2113           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2114             translation doesn't work.</li>
2115           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2116           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2117             positions</li>
2118           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2119             choosing 1pt font</li>
2120           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2121             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2122             'h'</li>
2123           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2124             new feature</li>
2125           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2126             order dependent</li>
2127           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2128             sequences</li>
2129           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2130         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2131         <ul>
2132           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2133             www.jalview.org</li>
2134         </ul> <em>Application Known issues</em>
2135         <ul>
2136           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2137           <li>Misleading message appears after trying to delete
2138             solid column.</li>
2139           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2140             version launches</li>
2141           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2142             fails with a sequence mismatch</li>
2143           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2144             scrolling alignment to right</li>
2145           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2146             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2147           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2148             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2149           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2150             ultra-high resolution</li>
2151           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2152             quality and conservation</li>
2153           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2154             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2155         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2156         <ul>
2157           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2158           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2159             window is being resized</li>
2160
2161         </ul>
2162       </td>
2163     </tr>
2164     <tr>
2165       <td><div align="center">
2166           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2167         </div></td>
2168       <td><em>General</em>
2169         <ul>
2170           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2171             Certum.PL.</li>
2172           <li>Features and annotation preserved when performing
2173             pairwise alignment</li>
2174           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2175             imported/exported/displayed</li>
2176           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2177             protein secondary structure</li>
2178           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2179               post-hoc with 2.9 release</em>)
2180           </li>
2181
2182         </ul> <em>Application</em>
2183         <ul>
2184           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2185             with 3D structures</li>
2186           <li>Support for parsing RNAML</li>
2187           <li>Annotations menu for layout
2188             <ul>
2189               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2190               <li>place sequence annotation above/below alignment
2191                 annotation</li>
2192             </ul>
2193           <li>Output in Stockholm format</li>
2194           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2195             translation</li>
2196           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2197           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2198             shared between alignments</li>
2199           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2200             Jalview</li>
2201           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2202             all or current selection</li>
2203           <li>disorder and secondary structure predictions
2204             available as dataset annotation</li>
2205           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2206
2207
2208           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2209             alignments from Rfam</li>
2210           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2211
2212           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2213             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2214           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2215           <li>include installation type in build properties and
2216             console log output</li>
2217           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2218             annotation</li>
2219         </ul></td>
2220       <td>
2221         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2222         <ul>
2223           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2224             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2225           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2226             alignment</li>
2227           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2228           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2229           <li>Double click on sequence associated annotation
2230             selects only first column</li>
2231           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2232             leaves shown in tree</li>
2233           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2234             properly</li>
2235           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2236           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2237             screen and buttons not visible</li>
2238           <li>author list isn't updated if already written to
2239             Jalview properties</li>
2240           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2241             from database</li>
2242           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2243           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2244             browser search window</li>
2245           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2246             in feature settings dialog</li>
2247           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2248             desktop</li>
2249           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2250             pass validation</li>
2251           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2252             fit on screen</li>
2253           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2254             tooltip</li>
2255           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2256             defined user preset</li>
2257           <li>MSA web services warns user if they were launched
2258             with invalid input</li>
2259           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2260             Java 8</li>
2261           <li>
2262             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2263             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2264             created
2265           </li>
2266
2267         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2268         <ul>
2269         </ul> <em>General</em>
2270         <ul>
2271         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2272         <ul>
2273           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2274             memory allocation</li>
2275           <li>launchApp service doesn't automatically open
2276             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2277           <li>
2278             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2279             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2280             1.7_055 is available
2281           </li>
2282         </ul> <em>Application Known issues</em>
2283         <ul>
2284           <li>
2285             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2286             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2287             alignment to right
2288           </li>
2289           <li>
2290             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2291             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2292             with large number of ID
2293           </li>
2294           <li>
2295             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2296             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2297             start/end
2298           </li>
2299           <li>
2300             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2301             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2302             structure tracks are rearranged
2303           </li>
2304           <li>
2305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2306             invalid rna structure positional highlighting does not
2307             highlight position of invalid base pairs
2308           </li>
2309           <li>
2310             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2311             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2312             project from alignment window file menu
2313           </li>
2314           <li>
2315             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2316             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2317             structures
2318           </li>
2319           <li>
2320             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2321             colour by RNA Helices not enabled when user created
2322             annotation added to alignment
2323           </li>
2324           <li>
2325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2326             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2327           </li>
2328         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2329         <ul>
2330           <li>
2331             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2332             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2336             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2337           </li>
2338
2339           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2340             when selected</li>
2341         </ul>
2342       </td>
2343     </tr>
2344     <tr>
2345       <td><div align="center">
2346           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2347         </div></td>
2348       <td>
2349         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2350         <em>General</em>
2351         <ul>
2352           <li>Internationalisation of user interface (usually
2353             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2354           <li>Define/Undefine group on current selection with
2355             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2356           <li>Improved group creation/removal options in
2357             alignment/sequence Popup menu</li>
2358           <li>Sensible precision for symbol distribution
2359             percentages shown in logo tooltip.</li>
2360           <li>Annotation panel height set according to amount of
2361             annotation when alignment first opened</li>
2362         </ul> <em>Application</em>
2363         <ul>
2364           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2365             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2366           <li>Select columns containing particular features from
2367             Feature Settings dialog</li>
2368           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2369             sequences</li>
2370           <li>Update Jalview project format:
2371             <ul>
2372               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2373               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2374                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2375               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2376                 colouring</li>
2377             </ul>
2378           </li>
2379           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2380             (PAM250)</li>
2381           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2382             flanking regions for an alignment</li>
2383         </ul>
2384       </td>
2385       <td>
2386         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2387         <ul>
2388           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2389             running after job is cancelled</li>
2390           <li>cannot export features from alignments imported from
2391             Jalview/VAMSAS projects</li>
2392           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2393             float values</li>
2394           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2395             have 'display all symbols' flag set</li>
2396           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2397             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2398           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2399             Jalview</li>
2400           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2401             Lion/Webstart</li>
2402           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2403           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2404           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2405             alignment onto desktop</li>
2406           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2407             'extract scores' function</li>
2408           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2409             alignment window</li>
2410           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2411             performing IUPred disorder prediction</li>
2412           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2413             changing 'normalise logo' display setting</li>
2414           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2415             nothing matches query</li>
2416           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2417             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2418           </li>
2419           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2420             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2421           </li>
2422           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2423             Jalview's menu</li>
2424           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2425             'invalid literal/length code'</li>
2426           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2427             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2428           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2429             colourscheme</li>
2430
2431         </ul> <em>Applet</em>
2432         <ul>
2433           <li>Remove group option is shown even when selection is
2434             not a group</li>
2435           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2436             don't affect groups</li>
2437           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2438             colourscheme name</li>
2439           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2440             Annotation panel is not displayed</li>
2441           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2442             embedded windows</li>
2443         </ul> <em>Other</em>
2444         <ul>
2445           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2446             single sequence were not calculated</li>
2447           <li>annotation files that contain only groups imported as
2448             annotation and junk sequences</li>
2449           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2450             recognised as PFAM or BLC</li>
2451           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2452             doesn't affect background (2.8.0b1)
2453           <li></li>
2454           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2455           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2456             trailing gaps</li>
2457           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2458             registered correctly on import</li>
2459           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2460             certain alignments</li>
2461           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2462             existing annotation based 'use original colours'
2463             colourscheme loses original colours setting</li>
2464         </ul>
2465       </td>
2466     </tr>
2467     <tr>
2468       <td><div align="center">
2469           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2470             <em>30/1/2014</em></strong>
2471         </div></td>
2472       <td>
2473         <ul>
2474           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2475             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2476             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2477             open source project).
2478           </li>
2479           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2480           <li>Output in Stockholm format</li>
2481           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2482           <li>Export/import group and sequence associated line
2483             graph thresholds</li>
2484           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2485             ambiguity codes</li>
2486           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2487             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2488             works</li>
2489           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2490         </ul> <em>Other improvements</em>
2491         <ul>
2492           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2493           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2494             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2495           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2496             files</li>
2497           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2498           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2499             link but no description</li>
2500           <li>Select primary source when selecting authority in
2501             database fetcher GUI</li>
2502           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2503             Jalview</li>
2504           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507       <td>
2508         <ul>
2509           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2510             displayed</li>
2511           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2512             secondary structure annotation line</li>
2513           <li>Sequence database accessions not imported when
2514             fetching alignments from Rfam</li>
2515           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2516             identical IDs</li>
2517           <li>View all structures does not always superpose
2518             structures</li>
2519           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2520             reflect user or preset settings</li>
2521           <li>Null pointer exceptions for some services without
2522             presets or adjustable parameters</li>
2523           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2524             discover PDB xRefs</li>
2525           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2526             features with DAS</li>
2527           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2528             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2529           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2530             residue follows a gap</li>
2531           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2532             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2533           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2534             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2535           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2536             annotation already exists on alignment</li>
2537           <li>oninit javascript function should be called after
2538             initialisation completes</li>
2539           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2540             alignment window display</li>
2541           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2542           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2543             to annotation file</li>
2544           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2545             groups created</li>
2546           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2547             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2548           <li>Pressing return several times causes Number Format
2549             exceptions in keyboard mode</li>
2550           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2551             correct partitions for input data</li>
2552           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2553           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2554           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2555           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2556             mode</li>
2557           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2558             changes one row&#39;s threshold</li>
2559           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2560             doesn&#39;t open</li>
2561           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2562             quality histograms</li>
2563         </ul>
2564       </td>
2565     </tr>
2566     <tr>
2567       <td><div align="center">
2568           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2569         </div></td>
2570       <td><em>Application</em>
2571         <ul>
2572           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2573             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2574           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2575             preferences</li>
2576           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2577             in Jalview alignment window</li>
2578           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2579             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2580           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2581             RNA and ambiguity codes</li>
2582
2583           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2584           <li>Support fetching and database reference look up
2585             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2586             refs')</li>
2587           <li>Jalview project improvements
2588             <ul>
2589               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2590                 flag for annotation</li>
2591               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2592                 alignment</li>
2593               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2594                 Jalview project</li>
2595
2596             </ul>
2597           </li>
2598           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2599           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2600             running</li>
2601           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2602           <li>visual indication that web service results are still
2603             being retrieved from server</li>
2604           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2605             starts up for first time</li>
2606           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2607             services</li>
2608           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2609             client library</li>
2610           <li>Examples directory and Groovy library included in
2611             InstallAnywhere distribution</li>
2612         </ul> <em>Applet</em>
2613         <ul>
2614           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2615             visualization applet example</li>
2616         </ul> <em>General</em>
2617         <ul>
2618           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2619           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2620             defaults</li>
2621           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2622             calculation</li>
2623           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2624             matrices
2625           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2626             in HTML</li>
2627           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2628             structure contacts</li>
2629           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2630           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2631           <li>Parse sequence associated secondary structure
2632             information in Stockholm files</li>
2633           <li>HTML Export database accessions and annotation
2634             information presented in tooltip for sequences</li>
2635           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2636             style RNA alignment files</li>
2637           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2638             alignment</li>
2639           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2640             shade each sequence according to its associated alignment
2641             annotation</li>
2642           <li>New Jalview Logo</li>
2643         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2644         <ul>
2645           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2646           <li>New Website!</li>
2647         </ul></td>
2648       <td><em>Application</em>
2649         <ul>
2650           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2651             wsdbfetch REST service</li>
2652           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2653           <li>Filetype associations not installed for webstart
2654             launch</li>
2655           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2656             job execution in full once it is complete</li>
2657           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2658             uploaded via ali_file parameter</li>
2659           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2660           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2661           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2662             submitted for prediction</li>
2663           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2664             desktop window</li>
2665           <li>Putting fractional value into integer text box in
2666             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2667           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2668             windows 7</li>
2669           <li>View all structures fails with exception shown in
2670             structure view</li>
2671           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2672             escaped in a platform independent way</li>
2673           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2674             using proxy</li>
2675           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2676             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2677           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2678             failure when java web start temporary file caching is
2679             disabled</li>
2680           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2681             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2682           <li>Errors during processing of command line arguments
2683             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2684           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2685             DAS sources in sequence fetcher</li>
2686           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2687             dialog is shown</li>
2688           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2689           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2690           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2691           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2692             on OSX Mountain Lion</li>
2693           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2694             sequences with alignment annotation are pasted into the
2695             alignment</li>
2696           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2697             when loaded from Jalview project</li>
2698           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2699           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2700             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2701           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2702             associated with all views</li>
2703           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2704             annotation rows to new window</li>
2705         </ul> <em>Applet</em>
2706         <ul>
2707           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2708             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2709           <li>loading features via javascript API automatically
2710             enables feature display</li>
2711           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2712             work</li>
2713         </ul> <em>General</em>
2714         <ul>
2715           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2716           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2717             and then deselected</li>
2718           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2719           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2720             coloured with clustalx</li>
2721           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2722             exceptions and redraw errors</li>
2723           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2724             reconfigured view</li>
2725           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2726             colour</li>
2727           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2728             for lots of labels</li>
2729         </ul>
2730     </tr>
2731     <tr>
2732       <td>
2733         <div align="center">
2734           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2735         </div>
2736       </td>
2737       <td><em>Application</em>
2738         <ul>
2739           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2740           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2741           <li>View/alignment association menu to enable user to
2742             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2743             its colours/correspondences from</li>
2744           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2745           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2746             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2747           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2748           <li>Annotation row column label formatting attributes
2749             stored in project file</li>
2750           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2751             rows preserved in Jalview project file</li>
2752           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2753             saved using Desktop window menu</li>
2754           <li>Visual indication that command line arguments are
2755             still being processed</li>
2756           <li>Groovy script execution from URL</li>
2757           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2758             preferences</li>
2759           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2760             alignment with sequences that have high similarity and
2761             matching IDs</li>
2762           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2763           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2764             structures in same window</li>
2765           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2766           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2767             analysis function in its own submenu</li>
2768         </ul> <em>Applet</em>
2769         <ul>
2770           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2771             groups</li>
2772           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2773           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2774           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2775           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2776           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2777             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2778           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2779           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2780             parameters are treated as such</li>
2781           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2782             <ul>
2783               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2784               <li>Javascript callbacks for
2785                 <ul>
2786                   <li>Applet initialisation</li>
2787                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2788                 </ul>
2789               </li>
2790               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2791                 functions</li>
2792               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2793               <li>javascript structure viewer harness to pass
2794                 messages between Jmol and Jalview when running as
2795                 distinct applets</li>
2796               <li>sortBy method</li>
2797               <li>Set of applet and application examples shipped
2798                 with documentation</li>
2799               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2800                 javascript message exchange</li>
2801             </ul>
2802         </ul> <em>General</em>
2803         <ul>
2804           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2805             multiple alignments</li>
2806           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2807           <li>User configurable link to enable redirects to a
2808             www.Jalview.org mirror</li>
2809           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2810           <li>Configurable newline string when writing alignment
2811             and other flat files</li>
2812           <li>Allow alignment annotation description lines to
2813             contain html tags</li>
2814         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2815         <ul>
2816           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2817             examples</li>
2818           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2819             using a web service before displaying the result in the
2820             Jalview desktop</li>
2821           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2822           <li>Ant target to publish example html files with applet
2823             archive</li>
2824           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2825           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2826         </ul></td>
2827       <td><em>Application</em>
2828         <ul>
2829           <li>User defined colourscheme throws exception when
2830             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2831           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2832             dialog for valid filename/format</li>
2833           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2834           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2835             P37173</li>
2836           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2837             which sequence is to be associated with the file</li>
2838           <li>Find All raises null pointer exception when query
2839             only matches sequence IDs</li>
2840           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2841           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2842             2.4 cannot be loaded</li>
2843           <li>Filetype associations not installed for webstart
2844             launch</li>
2845           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2846             with sequences in different alignments do not get coloured
2847             by their associated sequence</li>
2848           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2849             not preserved when project is loaded</li>
2850           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2851             stored in Jalview project</li>
2852           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2853             Jalview project</li>
2854           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2855           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2856             by conservation</li>
2857           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2858             created on new view</li>
2859           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2860             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2861           <li>Alignment quality not updated after alignment
2862             annotation row is hidden then shown</li>
2863           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2864             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2865           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2866             properly</li>
2867           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2868             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2869           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2870           <li>Structures imported from file and saved in project
2871             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2872           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2873             job execution in full once it is complete</li>
2874         </ul> <em>Applet</em>
2875         <ul>
2876           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2877             annotation rows are displayed</li>
2878           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2879             codebase</li>
2880           <li>View follows highlighting does not work for positions
2881             in sequences</li>
2882           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2883           <li>Export features raises exception when no features
2884             exist</li>
2885           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2886             for javascript api is modified when separator string
2887             provided as parameter</li>
2888           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2889             alignment with no existing selection</li>
2890           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2891             to applet&#39;s codebase</li>
2892           <li>Status bar not updated after finished searching and
2893             search wraps around to first result</li>
2894           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2895             several Jalview applets causes race conditions and memory
2896             leaks</li>
2897           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2898             not sent from Jmol in applet</li>
2899           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2900             applet API fatally hang browser</li>
2901         </ul> <em>General</em>
2902         <ul>
2903           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2904             position with wrapped view and hidden regions</li>
2905           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2906             with/without hidden columns</li>
2907           <li>Sequence length given in alignment properties window
2908             is off by 1</li>
2909           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2910             import PDB like structure files</li>
2911           <li>Positional search results are only highlighted
2912             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2913           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2914           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2915             given sequence position</li>
2916           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2917             output</li>
2918           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2919             from nucleotide chains correctly</li>
2920           <li>Structure colours not updated when tree partition
2921             changed in alignment</li>
2922           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2923             parsed in interleaved stockholm</li>
2924           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2925             state</li>
2926           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2927             properly</li>
2928           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2929             properly associated with their pdb files</li>
2930         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2931         <ul>
2932           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2933             ApplyCopyright tool</li>
2934         </ul></td>
2935     </tr>
2936     <tr>
2937       <td>
2938         <div align="center">
2939           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2940         </div>
2941       </td>
2942       <td><em>Application</em>
2943         <ul>
2944           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2945             contact web services</li>
2946           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2947             service job window</li>
2948           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2949         </ul></td>
2950       <td>
2951         <ul>
2952           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2953             pir file emitted by Jalview</li>
2954           <li>Existing feature settings transferred to new
2955             alignment view created from cut'n'paste</li>
2956           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2957             parsing PDB files</li>
2958           <li>Consensus and conservation annotation rows
2959             occasionally become blank for all new windows</li>
2960           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2961             in wrapped view mode</li>
2962         </ul> <em>Application</em>
2963         <ul>
2964           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2965             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2966           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2967             parameter names</li>
2968           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2969             is down</li>
2970         </ul>
2971       </td>
2972     </tr>
2973     <tr>
2974       <td>
2975         <div align="center">
2976           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2977         </div>
2978       </td>
2979       <td><em>Application</em>
2980         <ul>
2981           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2982             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2983             (JABAWS)
2984           </li>
2985           <li>Web Services preference tab</li>
2986           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2987             preferences</li>
2988           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2989           <li>Superpose structures using associated sequence
2990             alignment</li>
2991           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2992             viewer</li>
2993         </ul> <em>Applet</em>
2994         <ul>
2995           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2996             link out mechanism</li>
2997         </ul> <em>Other</em>
2998         <ul>
2999           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3000             series 12</li>
3001           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3002             require Java 1.5</li>
3003           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3004             sequence annotation files</li>
3005           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3006             type colour specification</li>
3007           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3008             script to check if it being run in an interactive session or
3009             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3010         </ul></td>
3011       <td>
3012         <ul>
3013           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3014             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3015         </ul> <em>Application</em>
3016         <ul>
3017           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3018             selected Regions menu item</li>
3019           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3020             part of a valid accession ID</li>
3021           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3022             runs out of memory</li>
3023           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3024             analysis results</li>
3025           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3026             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3027           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3028         </ul> <em>Applet</em>
3029         <ul>
3030           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3031             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3032             defined.</li>
3033         </ul>
3034       </td>
3035     </tr>
3036     <tr>
3037       <td>
3038         <div align="center">
3039           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3040         </div>
3041       </td>
3042       <td></td>
3043       <td>
3044         <ul>
3045           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3046             sequence IDs</li>
3047           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3048             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3049           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3050             import correctly</li>
3051           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3052             number of columns are hidden</li>
3053           <li>annotation label popup menu not providing correct
3054             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3055             present</li>
3056           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3057             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3058           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3059             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3060
3061         </ul> <em>Applet</em>
3062         <ul>
3063           <li>annotation panel disappears when annotation is
3064             hidden/removed</li>
3065         </ul> <em>Application</em>
3066         <ul>
3067           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3068             alignment opened where annotation panel is visible but no
3069             annotations are present on alignment</li>
3070           <li>pasted region containing hidden columns is
3071             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3072           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3073             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3074           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3075             selected Rregions menu item.</li>
3076           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3077             'Un' or 'Non'conserved</li>
3078           <li>Sequence feature settings are being shared by
3079             multiple distinct alignments</li>
3080           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3081             changed</li>
3082           <li>double click on group annotation to select sequences
3083             does not propagate to associated trees</li>
3084           <li>Mac OSX specific issues:
3085             <ul>
3086               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3087                 window background</li>
3088               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3089                 name set correctly</li>
3090               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3091                 save feature colourscheme button</li>
3092             </ul>
3093           </li>
3094         </ul>
3095       </td>
3096     </tr>
3097     <tr>
3098
3099       <td>
3100         <div align="center">
3101           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3102         </div>
3103       </td>
3104       <td><em>New Capabilities</em>
3105         <ul>
3106           <li>URL links generated from description line for
3107             regular-expression based URL links (applet and application)
3108
3109           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3110             menu</li>
3111           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3112             structures</li>
3113           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3114             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3115           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3116             average score or total feature count for each sequence.</li>
3117           <li>Shading features by score or associated description</li>
3118           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3119             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3120           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3121             hide everything but the currently selected region.</li>
3122           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3123         </ul> <em>Application</em>
3124         <ul>
3125           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3126             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3127           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3128             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3129           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3130             database references and protein_name is parsed as
3131             description line (BioSapiens terms).</li>
3132           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3133             references in sequence ID tooltip from View menu in
3134             application.</li>
3135           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3136       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3137           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3138             conservation plots</li>
3139           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3140             and visualized as sequence logos</li>
3141           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3142             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3143           </li>
3144           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3145             when a new tree is opened.</li>
3146           <li>Jalview Java Console</li>
3147           <li>Better placement of desktop window when moving
3148             between different screens.</li>
3149           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3150             consensus annotation</li>
3151           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3152             Workflows</li>
3153           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3154             <ul>
3155               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3156                 used to preserve views, structures, and tree display
3157                 settings)</li>
3158               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3159                 command line</li>
3160               <li>Sharing of selected regions between views and
3161                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3162               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3163             </ul></li>
3164         </ul> <em>Applet</em>
3165         <ul>
3166           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3167           <li>New Parameters
3168             <ul>
3169               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3170                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3171                 opened.</li>
3172               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3173                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3174               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3175                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3176               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3177                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3178                 view</li>
3179               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3180                 increase the height or width of a cell in the alignment
3181                 grid relative to the current font size.</li>
3182             </ul>
3183           </li>
3184           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3185             tooltip</li>
3186         </ul> <em>Other</em>
3187         <ul>
3188           <li>Features format: graduated colour definitions and
3189             specification of feature scores</li>
3190           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3191             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3192             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3193           <li>XML formats extended to support graduated feature
3194             colourschemes, group associated annotation, and profile
3195             visualization settings.</li></td>
3196       <td>
3197         <ul>
3198           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3199             rather than description</li>
3200           <li>Non-positional features are now included in sequence
3201             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3202             visibility in tooltip).</li>
3203           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3204           <li>Added URL embedding instructions to features file
3205             documentation.</li>
3206           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3207             'X' in peptide product</li>
3208           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3209             sequence ID and sequence string and query strings do not
3210             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3211           <li>AMSA files only contain first column of
3212             multi-character column annotation labels</li>
3213           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3214             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3215             exported and re-imported)</li>
3216           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3217             name</li>
3218           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3219             as subsequence matches, and correctly reports total number
3220             of both.</li>
3221           <li>Application:
3222             <ul>
3223               <li>Better handling of exceptions during sequence
3224                 retrieval</li>
3225               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3226                 link text excludes the start_end suffix</li>
3227               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3228                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3229               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3230               <li>Sequence description lines properly shared via
3231                 VAMSAS</li>
3232               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3233                 data sources</li>
3234               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3235                 completes before alignment figures are generated.</li>
3236               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3237                 first time.</li>
3238               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3239                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3240               <li>User defined group colours properly recovered
3241                 from Jalview projects.</li>
3242             </ul>
3243           </li>
3244         </ul>
3245       </td>
3246
3247     </tr>
3248     <tr>
3249       <td>
3250         <div align="center">
3251           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3252         </div>
3253       </td>
3254       <td>
3255         <ul>
3256           <li>Experimental support for google analytics usage
3257             tracking.</li>
3258           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3259         </ul>
3260       </td>
3261       <td>
3262         <ul>
3263           <li>Race condition in applet preventing startup in
3264             jre1.6.0u12+.</li>
3265           <li>Exception when feature created from selection beyond
3266             length of sequence.</li>
3267           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3268           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3269             all sequences with a given id</li>
3270           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3271             ID string searches</li>
3272           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3273             alignment to fail with exception</li>
3274         </ul> <em>Application Issues</em>
3275         <ul>
3276           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3277           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3278             data sources</li>
3279         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3280         <ul>
3281           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3282             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3283           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3284             version (java class versioning error fixed)</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290
3291         <div align="center">
3292           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3293         </div>
3294       </td>
3295       <td><em>User Interface</em>
3296         <ul>
3297           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3298             translation and protein products</li>
3299           <li>Linked highlighting of structure associated with
3300             residue mapping to codon position</li>
3301           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3302             and 'clear' button</li>
3303           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3304             Tools menu</li>
3305           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3306             numeric data in description line</li>
3307           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3308           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3309             of sequence</li>
3310         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3311         <ul>
3312           <li>JPred3 web service</li>
3313           <li>Prototype sequence search client (no public services
3314             available yet)</li>
3315           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3316             PFAM</li>
3317           <li>URL Links created for matching database cross
3318             references as well as sequence ID</li>
3319           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3320         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3321         <ul>
3322           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3323             databases</li>
3324           <li>Generalised database reference retrieval and
3325             validation to all fetchable databases</li>
3326           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3327             sequence command</li>
3328         </ul> <em>Import and Export</em>
3329         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3330         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3331           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3332         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3333           File</li>
3334         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3335           triplet as name of colourscheme</li>
3336         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3337         <ul>
3338           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3339           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3340             alignments (experimental)</li>
3341           <li>Create new or select existing session to join</li>
3342           <li>load and save of vamsas documents</li>
3343         </ul> <em>Application command line</em>
3344         <ul>
3345           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3346             from applet)</li>
3347           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3348             of DAS servers to query for alignment features</li>
3349           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3350             that are also automatically queried for features</li>
3351           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3352             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3353         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3354         <ul>
3355           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3356             application (when using &quot;View in full
3357             application&quot;)</li>
3358         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3359         <ul>
3360           <li>feature group display control parameter</li>
3361           <li>debug parameter</li>
3362           <li>showbutton parameter</li>
3363         </ul> <em>Applet API methods</em>
3364         <ul>
3365           <li>newView public method</li>
3366           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3367           <li>Feature display control methods</li>
3368           <li>get list of currently selected sequences</li>
3369         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3370         <ul>
3371           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3372           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3373             Jalview release.</li>
3374           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3375             property controls execution of obfuscator</li>
3376           <li>Build target for generating source distribution</li>
3377           <li>Debug flag for javacc</li>
3378           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3379             jalview.bin.Cache</li>
3380           <li>Continuous Build Integration for stable and
3381             development version of Application, Applet and source
3382             distribution</li>
3383         </ul></td>
3384       <td>
3385         <ul>
3386           <li>selected region output includes visible annotations
3387             (for certain formats)</li>
3388           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3389             for editing</li>
3390           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3391           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3392           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3393           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3394             comments</li>
3395           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3396             filenames containing a ':'</li>
3397           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3398             global sequence features</li>
3399           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3400             references from alignment sequences goes to zero</li>
3401           <li>Close of tree branch colour box without colour
3402             selection causes cascading exceptions</li>
3403           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3404           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3405             file parsing fails.</li>
3406           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3407           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3408             not a valid output format</li>
3409           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3410             vamsas</li>
3411           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3412           <li>error messages passed up and output when data read
3413             fails</li>
3414           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3415             sequence is edited</li>
3416           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3417             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3418           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3419             filetype</li>
3420           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3421             import fixed for PFAM records</li>
3422           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3423             window list</li>
3424           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3425             can be read and written correctly to annotation file</li>
3426           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3427             correctly</li>
3428           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3429             non-italic font for representatives in Applet</li>
3430           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3431             Macs.</li>
3432           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3433             Applet)</li>
3434           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3435             due to null pointer exceptions</li>
3436           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3437             first column of alignment</li>
3438           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3439             July 2008</li>
3440           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3441             file is case-insensitive</li>
3442           <li>Sequence features read from Features file appended to
3443             all sequences with matching IDs</li>
3444           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3445             containing a sub-sequence</li>
3446           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3447           <li>feature and annotation file applet parameters
3448             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3449           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3450           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3451             splash-screen version check to complete</li>
3452           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3453             when passing them to the launchApp service</li>
3454           <li>display name and local features preserved in results
3455             retrieved from web service</li>
3456           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3457             sequence fetcher initialisation</li>
3458           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3459             dasobert DAS client</li>
3460           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3461             association</li>
3462           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3463             sequences
3464           </li>
3465         </ul>
3466       </td>
3467     </tr>
3468     <tr>
3469       <td>
3470         <div align="center">
3471           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3472         </div>
3473       </td>
3474       <td>
3475         <ul>
3476           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3477           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3478           <li>Slide sequences</li>
3479           <li>Edit sequence in place</li>
3480           <li>EMBL CDS features</li>
3481           <li>DAS Feature mapping</li>
3482           <li>Feature ordering</li>
3483           <li>Alignment Properties</li>
3484           <li>Annotation Scores</li>
3485           <li>Sort by scores</li>
3486           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489       <td>
3490         <ul>
3491           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3492           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3493           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3494           <li>Feature group display state in XML</li>
3495           <li>Feature ordering in XML</li>
3496           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3497           <li>Stockholm alignment properties</li>
3498           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3499           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3500           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3501           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3502         </ul>
3503       </td>
3504
3505     </tr>
3506     <tr>
3507       <td>
3508         <div align="center">
3509           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3510         </div>
3511       </td>
3512       <td>
3513         <ul>
3514           <li>Non standard characters can be read and displayed
3515           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3516             applet via textbox
3517           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3518             name &amp; description
3519           <li>Preference setting to display sequence name in
3520             italics
3521           <li>Annotation file format extended to allow
3522             Sequence_groups to be defined
3523           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3524             specified in preferences
3525           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3526             sequences
3527         </ul>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3532             installed
3533           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3534           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td>
3540         <div align="center">
3541           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Multiple views on alignment
3547           <li>Sequence feature editing
3548           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3549           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3550           <li>Background dependent text colour
3551           <li>Right align sequence ids
3552           <li>User-defined lower case residue colours
3553           <li>Format Menu
3554           <li>Select Menu
3555           <li>Menu item accelerator keys
3556           <li>Control-V pastes to current alignment
3557           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3558           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3559           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3560
3561           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3562         </ul>
3563       </td>
3564       <td>
3565         <ul>
3566           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3567           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3568             calculations
3569           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3570             edits
3571           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3572             of alignment)
3573           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3574
3575           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3576             display correctly
3577           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3578           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3579             analysis results
3580           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3581             &#8739;
3582           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3583           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3584           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3585
3586         </ul>
3587       </td>
3588     </tr>
3589     <tr>
3590       <td>
3591         <div align="center">
3592           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3593         </div>
3594       </td>
3595       <td>
3596         <ul>
3597           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3598         </ul>
3599       </td>
3600       <td>
3601         <ul>
3602           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3603             sequence id panel has been resized</li>
3604           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3605             rendered</li>
3606           <li>Annotation files with sequence references - all
3607             elements in file are relative to sequence position</li>
3608           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3609         </ul>
3610       </td>
3611     </tr>
3612     <tr>
3613       <td>
3614         <div align="center">
3615           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3616         </div>
3617       </td>
3618       <td>
3619         <ul>
3620           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3621           <li>DAS Feature fetching</li>
3622           <li>Hide sequences and columns</li>
3623           <li>Export Annotations and Features</li>
3624           <li>GFF file reading / writing</li>
3625           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3626             files</li>
3627           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3628           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3629           <li>Applet can launch the full application</li>
3630           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3631             required)</li>
3632           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3633           <li>Applet can load sequences from parameter
3634             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3635           </li>
3636         </ul>
3637       </td>
3638       <td>
3639         <ul>
3640           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3641           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3642           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3643         </ul>
3644       </td>
3645     </tr>
3646     <tr>
3647       <td>
3648         <div align="center">
3649           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3650         </div>
3651       </td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3655           <li>Choose to match case when searching</li>
3656           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3657             expand the visible width and height of the alignment</li>
3658         </ul>
3659       </td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3663         </ul>
3664       </td>
3665     </tr>
3666     <tr>
3667       <td>
3668         <div align="center">
3669           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3670         </div>
3671       </td>
3672       <td>&nbsp;</td>
3673       <td>
3674         <ul>
3675           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3676           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3677             value</li>
3678         </ul>
3679       </td>
3680     </tr>
3681     <tr>
3682       <td>
3683         <div align="center">
3684           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3685         </div>
3686       </td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3690           <li>Keyboard editing</li>
3691           <li>Create sequence features from searches</li>
3692           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3693             alignments</li>
3694           <li>Features file allows grouping of features</li>
3695           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3696           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3697           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3698         </ul>
3699       </td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3703           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3704             descriptions saved.</li>
3705         </ul>
3706       </td>
3707     </tr>
3708     <tr>
3709       <td>
3710         <div align="center">
3711           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3712         </div>
3713       </td>
3714       <td>
3715         <ul>
3716           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3717           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3718           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3719             name for file output</li>
3720           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3721           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3722             used for HTML form input</li>
3723         </ul>
3724       </td>
3725       <td>
3726         <ul>
3727           <li>HTML output writes groups and features</li>
3728           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3729           <li>File IO bugs</li>
3730         </ul>
3731       </td>
3732     </tr>
3733     <tr>
3734       <td>
3735         <div align="center">
3736           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3737         </div>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3742           <li>More options for PCA viewer</li>
3743         </ul>
3744       </td>
3745       <td>
3746         <ul>
3747           <li>GUI bugs resolved</li>
3748           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3749         </ul>
3750       </td>
3751     </tr>
3752     <tr>
3753       <td height="63">
3754         <div align="center">
3755           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3756         </div>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3761           <li>Jar files are executable</li>
3762           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3763         </ul>
3764       </td>
3765       <td>
3766         <ul>
3767           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3768           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3769           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772     </tr>
3773     <tr>
3774       <td>
3775         <div align="center">
3776           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3777         </div>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3782         </ul>
3783       </td>
3784       <td>
3785         <ul>
3786           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3787         </ul>
3788       </td>
3789     </tr>
3790     <tr>
3791       <td>
3792         <div align="center">
3793           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3794         </div>
3795       </td>
3796       <td>
3797         <ul>
3798           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3799             size</li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802       <td>
3803         <ul>
3804           <li>Improved JPred client reliability</li>
3805           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3806         </ul>
3807       </td>
3808     </tr>
3809     <tr>
3810       <td>
3811         <div align="center">
3812           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3813         </div>
3814       </td>
3815       <td>
3816         <ul>
3817           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3818           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3819           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3820             to Colour Menu</li>
3821           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3822           <li>Unix users can set default web browser</li>
3823           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3824           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3825         </ul>
3826       </td>
3827       <td>
3828         <ul>
3829           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3830         </ul>
3831       </td>
3832     </tr>
3833     <tr>
3834       <td>
3835         <div align="center">
3836           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3837         </div>
3838       </td>
3839       <td>&nbsp;</td>
3840       <td>
3841         <ul>
3842           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3843             alignment order.</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td>
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>
3854         <ul>
3855           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3856           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3857           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3858             annotations.</li>
3859           <li>Version and build date written to build properties
3860             file.</li>
3861           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3862             at launch of Jalview.</li>
3863         </ul>
3864       </td>
3865       <td>
3866         <ul>
3867           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3868           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3869           <li>Can remove groups one by one.</li>
3870           <li>Filechooser icons installed.</li>
3871           <li>Finder ignores return character when searching.
3872             Return key will initiate a search.<br>
3873           </li>
3874         </ul>
3875       </td>
3876     </tr>
3877     <tr>
3878       <td>
3879         <div align="center">
3880           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3881         </div>
3882       </td>
3883       <td>
3884         <ul>
3885           <li>New codebase</li>
3886         </ul>
3887       </td>
3888       <td>&nbsp;</td>
3889     </tr>
3890   </table>
3891   <p>&nbsp;</p>
3892 </body>
3893 </html>