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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.10.0b1</a><br />
  51             <em>18/10/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><em>Application</em>
  55         <ul>
  56           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures' view if structures already loaded</li>
  57         </ul></td>
  58       <td>
  59         <div align="left">
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
  63           </ul>
  64         </div>
  65       </td>
  66     </tr>
  67     <tr>
  68       <td width="60" nowrap>
  69         <div align="center">
  70           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
  71         </div>
  72       </td>
  73       <td><em>General</em>
  74         <ul>
  75           <li>
  76           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
  77           </li>
  78           <li>
  79             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
  80             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
  81             better PDB parsing.
  82           </li>
  83           <li>
  84             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
  85             reference sequence
  86           </li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
  89             mousing over sequence associated annotation
  90           </li>
  91           <li>
  92             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
  93             for manual entry
  94           </li>
  95           <li>
  96             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
  97             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
  98             for each column
  99           </li>
 100           <li>
 101             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 102             showing or hiding columns containing a feature
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 106             group and sequence associated annotation labels
 107           </li>
 108           <li>
 109             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 110             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 111             dialogs
 112           </li>
 113
 114         </ul> <em>Application</em>
 115         <ul>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 118             gene/transcript view
 119           </li>
 120           <li>
 121             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 122             dialog
 123           </li>
 124           <li>
 125             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 126             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 127           </li>
 128           <li>
 129             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 130             Pfam sources to xfam.org
 131           </li>
 132           <li>
 133             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 134           </li>
 135           <li>
 136             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 137             over sequences in Jalview
 138           </li>
 139           <li>
 140             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 141             regions in ENA and EMBL
 142           </li>
 143           <li>
 144             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 145             for record retrieval via ENA rest API
 146           </li>
 147           <li>
 148             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 149             complement operator
 150           </li>
 151           <li>
 152             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 153             groovy script execution
 154           </li>
 155           <li>
 156             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 157             alignment window's Calculate menu
 158           </li>
 159           <li>
 160             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 161             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 162           </li>
 163           <li>
 164             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 165             calculation workers from groovy scripts
 166           </li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 169             Jalview projects
 170           </li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 173             associations are now saved/restored from project
 174           </li>
 175           <li>
 176             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 177             before sequence fetcher is opened
 178           </li>
 179           <li>
 180             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 181             database chooser opens a sequence fetcher
 182           </li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 185             the UniProt REST API
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 189             the news reader opening
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 193             querying stored in preferences
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 197             search results
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 201           </li>
 202           <li>
 203             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 204             menu for nucleotide sequences
 205           </li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 208             and feature counts preserves alignment ordering (and
 209             debugged for complex feature sets).
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 213             viewing structures with Jalview 2.10
 214           </li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 217             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 218             Ensembl Genomes REST API
 219           </li>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 222             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 223             (Ensembl)
 224           </li>
 225           <li>
 226             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 227             sequences
 228           </li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 231             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 232             data from external database records.
 233           </li>
 234           <li>
 235             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 236             efficient recovery of sequence coding and alignment
 237             annotation relationships.
 238           </li>
 239         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 240         <ul>
 241           <li>
 242             -- JAL---
 243           </li>
 244         </ul> --></td>
 245       <td>
 246         <div align="left">
 247           <em>General</em>
 248           <ul>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 251               menu on OSX
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 255               includes graduated colourschemes
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 259               working with big alignments and lots of hidden columns
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 263               at right of alignment window
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 267               contents
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 271               for DNA alignments
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 275               based tree calculation
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 279               unconserved enabled for group on alignment
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 283               set as reference
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 287               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 288               annotation
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 292               hidden columns present
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 296               user created annotation added to alignment
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 300               '()' base pair annotation
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 304               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 305               Consensus
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 309               feature not working
 310             </li>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 313               beginning of sequence
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 317               entry 3a6s
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 321               from a tree when t-coffee scores are shown
 322             </li>
 323             <li>
 324               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 325               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 326             </li>
 327             <li>
 328               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 329               some structures
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 333               to Clustal, PIR and PileUp output
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 337               not visible causes alignment window to repaint
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 341               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 342               scores associated with features and annotation rows
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 346               calculation should be case independent
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 350               columns
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 354               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 355               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 359               problems when reference sequence defined and 'show
 360               non-conserved' enabled
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 364               load even when Consensus calculation is disabled
 365             </li>
 366           </ul>
 367           <em>Application</em>
 368           <ul>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 371               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 372               yet fixed for El Capitan)
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 376               output when running on non-gb/us i18n platforms
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 380               hidden sequences as flat-file alignment
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 384               launching Chimera
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 388               (also hotfix for 2.9.0b2)
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 392               reference sequence defined
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 396               alignments and views when revealing hidden columns
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 400               view in a cDNA/Protein splitframe
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 404               sequence from project when only one sequence is
 405               represented
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 409               in Structure Chooser
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 413               structure consensus didn't refresh annotation panel
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 417               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 421               dialogs format columns correctly, don't display array
 422               data, sort columns according to type
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 426               file chooser is cancelled during an image export
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 430               sequence name containing special characters
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 434               case insensitive
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 438               formatting don't wrap
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 442               truncated so L looks like I in consensus annotation
 443             </li>
 444             <li>
 445               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 446               currently displayed features for the current selection or
 447               view
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 451               after fetching cross-references, and restoring from project
 452             </li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 455               followed in the structure viewer
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 459               splitframe not restored from project
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 463               trailing end of protein alignment in transcript/product
 464               splitview when pad-gaps not enabled by default
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 468               is case dependent
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 472               article has been read (reopened issue due to
 473               internationalisation problems)
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 477               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 478               cross-references
 479             </li>
 480
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 483               alignment as HTML
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 487               multiple structures are shown for one or more sequences.
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 491               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 492               is enabled.
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 496               specific PDB id for sequence
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 500               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 501               columns' is disabled.
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 505               selects lowest rather than highest resolution structures
 506               for each sequence
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 510               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 511             </li>
 512             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 513             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 514           </ul>
 515           <em>Applet</em>
 516           <ul>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 519               hidden columns present before start of sequence
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 523               (JSON jars)
 524             </li>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 527               sequences are hidden in applet
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 531               deployment on examples pages.
 532             </li>
 533           </ul>
 534         </div>
 535       </td>
 536     </tr>
 537     <tr>
 538       <td width="60" nowrap>
 539         <div align="center">
 540           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 541             <em>16/10/2015</em></strong>
 542         </div>
 543       </td>
 544       <td><em>General</em>
 545         <ul>
 546           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 547             jars</li>
 548         </ul></td>
 549       <td>
 550         <div align="left">
 551           <em>Application</em>
 552           <ul>
 553             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 554               shown when tree is partitioned</li>
 555             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 556               multiple cDNA/Protein split views</li>
 557           </ul>
 558         </div>
 559       </td>
 560     </tr>
 561     <tr>
 562       <td width="60" nowrap>
 563         <div align="center">
 564           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 565             <em>8/10/2015</em></strong>
 566         </div>
 567       </td>
 568       <td><em>General</em>
 569         <ul>
 570           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 571             2.9</li>
 572         </ul> <em>Application</em>
 573         <ul>
 574           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 575           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 576           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 577         </ul> <em>Applet</em>
 578         <ul>
 579           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 580         </ul></td>
 581       <td>
 582         <div align="left">
 583           <em>General</em>
 584           <ul>
 585             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 586               incorrect when sequence start > 1</li>
 587             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 588               documentation</li>
 589             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 590             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 591               loading a features file containing HTML tags in feature
 592               description</li>
 593
 594           </ul>
 595           <em>Application</em>
 596           <ul>
 597             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 598               reimport</li>
 599             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 600               with 'trim retrieved sequences'</li>
 601             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 602               deleting selected columns</li>
 603             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 604               JNLP templates for webstart launch</li>
 605             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 606               unreleased structures for download or viewing</li>
 607             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 608               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 609             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 610               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 611             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 612               recovered from jalview project</li>
 613             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 614               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 615               alignment view</li>
 616             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 617               color schemes from BioJSON</li>
 618           </ul>
 619           <em>Applet</em>
 620           <ul>
 621             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 622               frame</li>
 623             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 624           </ul>
 625         </div>
 626       </td>
 627     </tr>
 628     <tr>
 629       <td><div align="center">
 630           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 631         </div></td>
 632       <td><em>General</em>
 633         <ul>
 634           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 635             alignments:
 636             <ul>
 637               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 638                 and DNA alignment views</li>
 639               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 640                 cDNA alignment views</li>
 641               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 642                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 643               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 644                 protein sequences</li>
 645             </ul>
 646           </li>
 647           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 648           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 649             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 650           <li>New alignment annotation file statements for
 651             reference sequences and marking hidden columns</li>
 652           <li>Reference sequence based alignment shading to
 653             highlight variation</li>
 654           <li>Select or hide columns according to alignment
 655             annotation</li>
 656           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 657           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 658             acid conservation row</li>
 659           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 660         </ul> <em>Application</em>
 661         <ul>
 662           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 663             <ul>
 664               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 665                 view with cDNA/Protein</li>
 666               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 667                 sequences are placed in the same alignment</li>
 668               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 669                 projects</li>
 670             </ul>
 671           </li>
 672
 673           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 674           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 675             Jalview windows</li>
 676
 677           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 678           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 679           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 680             be shown in VARNA</li>
 681
 682           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 683             as the active selected region</li>
 684
 685           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 686             similarity</li>
 687           <li>New Export options
 688             <ul>
 689               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 690                 region export in flat file generation</li>
 691
 692               <li>Export alignment views for display with the <a
 693                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 694
 695               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 696               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 697                 alignment figures to HTML</li>
 698           </li>
 699           <li>3D structure retrieval and display
 700             <ul>
 701               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 702                 Search API</li>
 703               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 704                 PDB structures for a sequence set</li>
 705             </ul>
 706           </li>
 707
 708           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 709             predictions</li>
 710           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 711             for one or a group of sequences</li>
 712           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 713             from the JPred4 web server</li>
 714           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 715             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 716             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 717           </li>
 718           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 719             VARNA 2D Structure'</li>
 720           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 721             Structure ..."</li>
 722
 723         </ul> <em>Applet</em>
 724         <ul>
 725           <li>New layout for applet example pages</li>
 726           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 727             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 728           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 729             Protein alignments</li>
 730         </ul> <em>Development and deployment</em>
 731         <ul>
 732           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 733           <li>Include installation type and git revision in build
 734             properties and console log output</li>
 735           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 736             storing BioJsMSA Templates</li>
 737           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 738         </ul></td>
 739       <td>
 740         <!-- <em>General</em>
 741         <ul>
 742         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 743         <ul>
 744           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 745           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 746           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 747             predictions are not highlighted in amber</li>
 748           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 749             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 750           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 751             associated structure views</li>
 752           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 753             width checkbox not enabled</li>
 754           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 755             creating user defined colours</li>
 756           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 757             mappings for just that viewer's sequences</li>
 758           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 759             multiple models in Chimera</li>
 760           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 761             over Jmol structure</li>
 762           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 763             output to text box</li>
 764           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 765             have incorrect sequence start/end</li>
 766           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 767             Jalview fails</li>
 768           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 769             work for nucleotide</li>
 770           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 771             to a grey/invisible alignment window</li>
 772           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 773             imports to different position</li>
 774           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 775             on some platforms</li>
 776           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 777             populated</li>
 778           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 779             console if Chimera has been opened</li>
 780           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 781           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 782             retrieved</li>
 783           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 784           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 785             either sequence shows on first structure</li>
 786           <li>'Show annotations' options should not make
 787             non-positional annotations visible</li>
 788           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 789             in right place after 'view flanking regions'</li>
 790           <li>File Save As type unset when current file format is
 791             unknown</li>
 792           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 793             projects</li>
 794           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 795             responsive</li>
 796           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 797             several views on same alignment</li>
 798           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 799           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 800             spaces</li>
 801         </ul> <em>Applet</em>
 802         <ul>
 803           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 804           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 805             descriptions containing angle brackets</li>
 806         </ul> <em>General</em>
 807         <ul>
 808           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 809             via jalview annotation file</li>
 810           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 811             with RNA secondary structure</li>
 812           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 813             translation doesn't work.</li>
 814           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 815           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 816             positions</li>
 817           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 818             choosing 1pt font</li>
 819           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 820             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 821             'h'</li>
 822           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 823             new feature</li>
 824           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 825             order dependent</li>
 826           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 827             sequences</li>
 828           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 829         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 830         <ul>
 831           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 832             www.jalview.org</li>
 833         </ul> <em>Application Known issues</em>
 834         <ul>
 835           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 836           <li>Misleading message appears after trying to delete
 837             solid column.</li>
 838           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 839             version launches</li>
 840           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 841             fails with a sequence mismatch</li>
 842           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 843             scrolling alignment to right</li>
 844           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 845             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 846           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 847             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 848           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 849             ultra-high resolution</li>
 850           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 851             quality and conservation</li>
 852           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 853             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 854         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 855         <ul>
 856           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 857           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 858             window is being resized</li>
 859
 860         </ul>
 861       </td>
 862     </tr>
 863     <tr>
 864       <td><div align="center">
 865           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 866         </div></td>
 867       <td><em>General</em>
 868         <ul>
 869           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 870             Certum.PL.</li>
 871           <li>Features and annotation preserved when performing
 872             pairwise alignment</li>
 873           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 874             imported/exported/displayed</li>
 875           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 876             protein secondary structure</li>
 877           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 878               post-hoc with 2.9 release</em>)
 879           </li>
 880
 881         </ul> <em>Application</em>
 882         <ul>
 883           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 884             with 3D structures</li>
 885           <li>Support for parsing RNAML</li>
 886           <li>Annotations menu for layout
 887             <ul>
 888               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 889               <li>place sequence annotation above/below alignment
 890                 annotation</li>
 891             </ul>
 892           <li>Output in Stockholm format</li>
 893           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 894             translation</li>
 895           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 896           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 897             shared between alignments</li>
 898           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 899             Jalview</li>
 900           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 901             all or current selection</li>
 902           <li>disorder and secondary structure predictions
 903             available as dataset annotation</li>
 904           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 905
 906
 907           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 908             alignments from Rfam</li>
 909           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 910
 911           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 912             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 913           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 914           <li>include installation type in build properties and
 915             console log output</li>
 916           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 917             annotation</li>
 918         </ul></td>
 919       <td>
 920         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 921         <ul>
 922           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 923             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 924           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 925             alignment</li>
 926           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 927           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 928           <li>Double click on sequence associated annotation
 929             selects only first column</li>
 930           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 931             leaves shown in tree</li>
 932           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 933             properly</li>
 934           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 935           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 936             screen and buttons not visible</li>
 937           <li>author list isn't updated if already written to
 938             Jalview properties</li>
 939           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 940             from database</li>
 941           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 942           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 943             browser search window</li>
 944           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 945             in feature settings dialog</li>
 946           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 947             desktop</li>
 948           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 949             pass validation</li>
 950           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 951             fit on screen</li>
 952           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 953             tooltip</li>
 954           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 955             defined user preset</li>
 956           <li>MSA web services warns user if they were launched
 957             with invalid input</li>
 958           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 959             Java 8</li>
 960           <li>
 961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 962             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 963             created
 964           </li>
 965
 966         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 967                                 <ul>
 968                                 </ul> <em>General</em>
 969                                 <ul>
 970                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 971         <ul>
 972           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 973             memory allocation</li>
 974           <li>launchApp service doesn't automatically open
 975             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 976           <li>
 977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 978             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 979             1.7_055 is available
 980           </li>
 981         </ul> <em>Application Known issues</em>
 982         <ul>
 983           <li>
 984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 985             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 986             alignment to right
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 990             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 991             with large number of ID
 992           </li>
 993           <li>
 994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 995             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 996             start/end
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1000             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1001             structure tracks are rearranged
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1005             invalid rna structure positional highlighting does not
1006             highlight position of invalid base pairs
1007           </li>
1008           <li>
1009             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1010             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1011             project from alignment window file menu
1012           </li>
1013           <li>
1014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1015             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1016             structures
1017           </li>
1018           <li>
1019             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1020             colour by RNA Helices not enabled when user created
1021             annotation added to alignment
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1025             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1026           </li>
1027         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1028         <ul>
1029           <li>
1030             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1031             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1032           </li>
1033           <li>
1034             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1035             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1036           </li>
1037
1038           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1039             when selected</li>
1040         </ul>
1041       </td>
1042     </tr>
1043     <tr>
1044       <td><div align="center">
1045           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1046         </div></td>
1047       <td>
1048         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1049         <em>General</em>
1050         <ul>
1051           <li>Internationalisation of user interface (usually
1052             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1053           <li>Define/Undefine group on current selection with
1054             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1055           <li>Improved group creation/removal options in
1056             alignment/sequence Popup menu</li>
1057           <li>Sensible precision for symbol distribution
1058             percentages shown in logo tooltip.</li>
1059           <li>Annotation panel height set according to amount of
1060             annotation when alignment first opened</li>
1061         </ul> <em>Application</em>
1062         <ul>
1063           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1064             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1065           <li>Select columns containing particular features from
1066             Feature Settings dialog</li>
1067           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1068             sequences</li>
1069           <li>Update Jalview project format:
1070             <ul>
1071               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1072               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1073                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1074               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1075                 colouring</li>
1076             </ul>
1077           </li>
1078           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1079             (PAM250)</li>
1080           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1081             flanking regions for an alignment</li>
1082         </ul>
1083       </td>
1084       <td>
1085         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1086         <ul>
1087           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1088             running after job is cancelled</li>
1089           <li>cannot export features from alignments imported from
1090             Jalview/VAMSAS projects</li>
1091           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1092             float values</li>
1093           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1094             have 'display all symbols' flag set</li>
1095           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1096             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1097           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1098             Jalview</li>
1099           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1100             Lion/Webstart</li>
1101           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1102           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1103           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1104             alignment onto desktop</li>
1105           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1106             'extract scores' function</li>
1107           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1108             alignment window</li>
1109           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1110             performing IUPred disorder prediction</li>
1111           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1112             changing 'normalise logo' display setting</li>
1113           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1114             nothing matches query</li>
1115           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1116             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1117           </li>
1118           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1119             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1120           </li>
1121           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1122             Jalview's menu</li>
1123           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1124             'invalid literal/length code'</li>
1125           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1126             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1127           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1128             colourscheme</li>
1129
1130         </ul> <em>Applet</em>
1131         <ul>
1132           <li>Remove group option is shown even when selection is
1133             not a group</li>
1134           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1135             don't affect groups</li>
1136           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1137             colourscheme name</li>
1138           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1139             Annotation panel is not displayed</li>
1140           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1141             embedded windows</li>
1142         </ul> <em>Other</em>
1143         <ul>
1144           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1145             single sequence were not calculated</li>
1146           <li>annotation files that contain only groups imported as
1147             annotation and junk sequences</li>
1148           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1149             recognised as PFAM or BLC</li>
1150           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1151             doesn't affect background (2.8.0b1)
1152           <li></li>
1153           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1154           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1155             trailing gaps</li>
1156           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1157             registered correctly on import</li>
1158           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1159             certain alignments</li>
1160           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1161             existing annotation based 'use original colours'
1162             colourscheme loses original colours setting</li>
1163         </ul>
1164       </td>
1165     </tr>
1166     <tr>
1167       <td><div align="center">
1168           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1169             <em>30/1/2014</em></strong>
1170         </div></td>
1171       <td>
1172         <ul>
1173           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1174             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1175             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1176             open source project).
1177           </li>
1178           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1179           </li>
1180           <li>Output in Stockholm format</li>
1181           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1182           <li>Export/import group and sequence associated line
1183             graph thresholds</li>
1184           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1185             ambiguity codes</li>
1186           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1187             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1188             works</li>
1189           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1190         </ul> <em>Other improvements</em>
1191         <ul>
1192           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1193           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1194             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1195           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1196             files</li>
1197           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1198           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1199             link but no description</li>
1200           <li>Select primary source when selecting authority in
1201             database fetcher GUI</li>
1202           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1203             Jalview</li>
1204           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1205         </ul>
1206       </td>
1207       <td>
1208         <ul>
1209           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1210             displayed</li>
1211           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1212             secondary structure annotation line</li>
1213           <li>Sequence database accessions not imported when
1214             fetching alignments from Rfam</li>
1215           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1216             identical IDs</li>
1217           <li>View all structures does not always superpose
1218             structures</li>
1219           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1220             reflect user or preset settings</li>
1221           <li>Null pointer exceptions for some services without
1222             presets or adjustable parameters</li>
1223           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1224             discover PDB xRefs</li>
1225           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1226             features with DAS</li>
1227           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1228             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1229           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1230             residue follows a gap</li>
1231           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1232             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1233           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1234             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1235           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1236             annotation already exists on alignment</li>
1237           <li>oninit javascript function should be called after
1238             initialisation completes</li>
1239           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1240             alignment window display</li>
1241           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1242           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1243             to annotation file</li>
1244           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1245             groups created</li>
1246           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1247             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1248           <li>Pressing return several times causes Number Format
1249             exceptions in keyboard mode</li>
1250           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1251             correct partitions for input data</li>
1252           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1253           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1254           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1255           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1256             mode</li>
1257           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1258             changes one row&#39;s threshold</li>
1259           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1260             doesn&#39;t open</li>
1261           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1262             quality histograms</li>
1263         </ul>
1264       </td>
1265     </tr>
1266     <tr>
1267       <td><div align="center">
1268           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1269         </div></td>
1270       <td><em>Application</em>
1271         <ul>
1272           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1273             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1274           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1275             preferences</li>
1276           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1277             in Jalview alignment window</li>
1278           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1279             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1280           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1281             RNA and ambiguity codes</li>
1282
1283           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1284           <li>Support fetching and database reference look up
1285             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1286             refs')</li>
1287           <li>Jalview project improvements
1288             <ul>
1289               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1290                 flag for annotation</li>
1291               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1292                 alignment</li>
1293               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1294                 Jalview project</li>
1295
1296             </ul>
1297           </li>
1298           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1299           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1300             running</li>
1301           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1302           <li>visual indication that web service results are still
1303             being retrieved from server</li>
1304           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1305             starts up for first time</li>
1306           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1307             services</li>
1308           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1309             client library</li>
1310           <li>Examples directory and Groovy library included in
1311             InstallAnywhere distribution</li>
1312         </ul> <em>Applet</em>
1313         <ul>
1314           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1315             visualization applet example</li>
1316         </ul> <em>General</em>
1317         <ul>
1318           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1319           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1320             defaults</li>
1321           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1322             calculation</li>
1323           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1324             matrices
1325           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1326             in HTML</li>
1327           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1328             structure contacts</li>
1329           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1330           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1331           <li>Parse sequence associated secondary structure
1332             information in Stockholm files</li>
1333           <li>HTML Export database accessions and annotation
1334             information presented in tooltip for sequences</li>
1335           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1336             style RNA alignment files</li>
1337           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1338             alignment</li>
1339           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1340             shade each sequence according to its associated alignment
1341             annotation</li>
1342           <li>New Jalview Logo</li>
1343         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1344         <ul>
1345           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1346           <li>New Website!</li>
1347         </ul></td>
1348       <td><em>Application</em>
1349         <ul>
1350           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1351             wsdbfetch REST service</li>
1352           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1353           <li>Filetype associations not installed for webstart
1354             launch</li>
1355           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1356             job execution in full once it is complete</li>
1357           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1358             uploaded via ali_file parameter</li>
1359           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1360           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1361           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1362             submitted for prediction</li>
1363           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1364             desktop window</li>
1365           <li>Putting fractional value into integer text box in
1366             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1367           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1368             windows 7</li>
1369           <li>View all structures fails with exception shown in
1370             structure view</li>
1371           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1372             escaped in a platform independent way</li>
1373           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1374             using proxy</li>
1375           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1376             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1377           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1378             failure when java web start temporary file caching is
1379             disabled</li>
1380           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1381             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1382           <li>Errors during processing of command line arguments
1383             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1384           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1385             DAS sources in sequence fetcher</li>
1386           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1387             dialog is shown</li>
1388           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1389           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1390           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1391           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1392             on OSX Mountain Lion</li>
1393           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1394             sequences with alignment annotation are pasted into the
1395             alignment</li>
1396           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1397             when loaded from Jalview project</li>
1398           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1399           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1400             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1401           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1402             associated with all views</li>
1403           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1404             annotation rows to new window</li>
1405         </ul> <em>Applet</em>
1406         <ul>
1407           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1408             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1409           <li>loading features via javascript API automatically
1410             enables feature display</li>
1411           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1412             work</li>
1413         </ul> <em>General</em>
1414         <ul>
1415           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1416           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1417             and then deselected</li>
1418           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1419           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1420             coloured with clustalx</li>
1421           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1422             exceptions and redraw errors</li>
1423           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1424             reconfigured view</li>
1425           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1426             colour</li>
1427           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1428             for lots of labels</li>
1429         </ul>
1430     </tr>
1431     <tr>
1432       <td>
1433         <div align="center">
1434           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1435         </div>
1436       </td>
1437       <td><em>Application</em>
1438         <ul>
1439           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1440           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1441           <li>View/alignment association menu to enable user to
1442             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1443             its colours/correspondences from</li>
1444           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1445           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1446             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1447           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1448           <li>Annotation row column label formatting attributes
1449             stored in project file</li>
1450           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1451             rows preserved in Jalview project file</li>
1452           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1453             saved using Desktop window menu</li>
1454           <li>Visual indication that command line arguments are
1455             still being processed</li>
1456           <li>Groovy script execution from URL</li>
1457           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1458             preferences</li>
1459           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1460             alignment with sequences that have high similarity and
1461             matching IDs</li>
1462           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1463           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1464             structures in same window</li>
1465           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1466           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1467             analysis function in its own submenu</li>
1468         </ul> <em>Applet</em>
1469         <ul>
1470           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1471             groups</li>
1472           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1473           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1474           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1475           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1476           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1477             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1478           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1479           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1480             parameters are treated as such</li>
1481           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1482             <ul>
1483               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1484               <li>Javascript callbacks for
1485                 <ul>
1486                   <li>Applet initialisation</li>
1487                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1488                 </ul>
1489               </li>
1490               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1491                 functions</li>
1492               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1493               <li>javascript structure viewer harness to pass
1494                 messages between Jmol and Jalview when running as
1495                 distinct applets</li>
1496               <li>sortBy method</li>
1497               <li>Set of applet and application examples shipped
1498                 with documentation</li>
1499               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1500                 javascript message exchange</li>
1501             </ul>
1502         </ul> <em>General</em>
1503         <ul>
1504           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1505             multiple alignments</li>
1506           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1507           <li>User configurable link to enable redirects to a
1508             www.Jalview.org mirror</li>
1509           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1510           <li>Configurable newline string when writing alignment
1511             and other flat files</li>
1512           <li>Allow alignment annotation description lines to
1513             contain html tags</li>
1514         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1515         <ul>
1516           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1517             examples</li>
1518           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1519             using a web service before displaying the result in the
1520             Jalview desktop</li>
1521           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1522           <li>Ant target to publish example html files with applet
1523             archive</li>
1524           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1525           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1526         </ul></td>
1527       <td><em>Application</em>
1528         <ul>
1529           <li>User defined colourscheme throws exception when
1530             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1531           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1532             dialog for valid filename/format</li>
1533           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1534           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1535             P37173</li>
1536           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1537             which sequence is to be associated with the file</li>
1538           <li>Find All raises null pointer exception when query
1539             only matches sequence IDs</li>
1540           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1541           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1542             2.4 cannot be loaded</li>
1543           <li>Filetype associations not installed for webstart
1544             launch</li>
1545           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1546             with sequences in different alignments do not get coloured
1547             by their associated sequence</li>
1548           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1549             not preserved when project is loaded</li>
1550           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1551             stored in Jalview project</li>
1552           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1553             Jalview project</li>
1554           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1555           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1556             by conservation</li>
1557           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1558             created on new view</li>
1559           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1560             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1561           <li>Alignment quality not updated after alignment
1562             annotation row is hidden then shown</li>
1563           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1564             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1565           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1566             properly</li>
1567           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1568             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1569           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1570           <li>Structures imported from file and saved in project
1571             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1572           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1573             job execution in full once it is complete</li>
1574         </ul> <em>Applet</em>
1575         <ul>
1576           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1577             annotation rows are displayed</li>
1578           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1579             codebase</li>
1580           <li>View follows highlighting does not work for positions
1581             in sequences</li>
1582           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1583           <li>Export features raises exception when no features
1584             exist</li>
1585           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1586             for javascript api is modified when separator string
1587             provided as parameter</li>
1588           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1589             alignment with no existing selection</li>
1590           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1591             to applet&#39;s codebase</li>
1592           <li>Status bar not updated after finished searching and
1593             search wraps around to first result</li>
1594           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1595             several Jalview applets causes race conditions and memory
1596             leaks</li>
1597           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1598             not sent from Jmol in applet</li>
1599           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1600             applet API fatally hang browser</li>
1601         </ul> <em>General</em>
1602         <ul>
1603           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1604             position with wrapped view and hidden regions</li>
1605           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1606             with/without hidden columns</li>
1607           <li>Sequence length given in alignment properties window
1608             is off by 1</li>
1609           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1610             import PDB like structure files</li>
1611           <li>Positional search results are only highlighted
1612             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1613           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1614           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1615             given sequence position</li>
1616           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1617             output</li>
1618           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1619             from nucleotide chains correctly</li>
1620           <li>Structure colours not updated when tree partition
1621             changed in alignment</li>
1622           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1623             parsed in interleaved stockholm</li>
1624           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1625             state</li>
1626           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1627             properly</li>
1628           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1629             properly associated with their pdb files</li>
1630         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1631         <ul>
1632           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1633             ApplyCopyright tool</li>
1634         </ul></td>
1635     </tr>
1636     <tr>
1637       <td>
1638         <div align="center">
1639           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1640         </div>
1641       </td>
1642       <td><em>Application</em>
1643         <ul>
1644           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1645             contact web services</li>
1646           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1647             service job window</li>
1648           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1649         </ul></td>
1650       <td>
1651         <ul>
1652           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1653             pir file emitted by Jalview</li>
1654           <li>Existing feature settings transferred to new
1655             alignment view created from cut'n'paste</li>
1656           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1657             parsing PDB files</li>
1658           <li>Consensus and conservation annotation rows
1659             occasionally become blank for all new windows</li>
1660           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1661             in wrapped view mode</li>
1662         </ul> <em>Application</em>
1663         <ul>
1664           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1665             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1666           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1667             parameter names</li>
1668           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1669             is down</li>
1670         </ul>
1671       </td>
1672     </tr>
1673     <tr>
1674       <td>
1675         <div align="center">
1676           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1677         </div>
1678       </td>
1679       <td><em>Application</em>
1680         <ul>
1681           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1682             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1683             (JABAWS)
1684           </li>
1685           <li>Web Services preference tab</li>
1686           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1687             preferences</li>
1688           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1689           <li>Superpose structures using associated sequence
1690             alignment</li>
1691           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1692             viewer</li>
1693         </ul> <em>Applet</em>
1694         <ul>
1695           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1696             link out mechanism</li>
1697         </ul> <em>Other</em>
1698         <ul>
1699           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1700             series 12</li>
1701           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1702             require Java 1.5</li>
1703           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1704             sequence annotation files</li>
1705           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1706             type colour specification</li>
1707           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1708             script to check if it being run in an interactive session or
1709             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1710         </ul></td>
1711       <td>
1712         <ul>
1713           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1714             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1715         </ul> <em>Application</em>
1716         <ul>
1717           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1718             selected Regions menu item</li>
1719           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1720             part of a valid accession ID</li>
1721           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1722             runs out of memory</li>
1723           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1724             analysis results</li>
1725           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1726             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1727           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1728         </ul> <em>Applet</em>
1729         <ul>
1730           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1731             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1732             defined.</li>
1733         </ul>
1734       </td>
1735     </tr>
1736     <tr>
1737       <td>
1738         <div align="center">
1739           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1740         </div>
1741       </td>
1742       <td></td>
1743       <td>
1744         <ul>
1745           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1746             sequence IDs</li>
1747           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1748             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1749           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1750             import correctly</li>
1751           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1752             number of columns are hidden</li>
1753           <li>annotation label popup menu not providing correct
1754             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1755             present</li>
1756           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1757             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1758           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1759             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1760
1761         </ul> <em>Applet</em>
1762         <ul>
1763           <li>annotation panel disappears when annotation is
1764             hidden/removed</li>
1765         </ul> <em>Application</em>
1766         <ul>
1767           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1768             alignment opened where annotation panel is visible but no
1769             annotations are present on alignment</li>
1770           <li>pasted region containing hidden columns is
1771             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1772           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1773             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1774           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1775             selected Rregions menu item.</li>
1776           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1777             'Un' or 'Non'conserved</li>
1778           <li>Sequence feature settings are being shared by
1779             multiple distinct alignments</li>
1780           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1781             changed</li>
1782           <li>double click on group annotation to select sequences
1783             does not propagate to associated trees</li>
1784           <li>Mac OSX specific issues:
1785             <ul>
1786               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1787                 window background</li>
1788               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1789                 name set correctly</li>
1790               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1791                 save feature colourscheme button</li>
1792             </ul>
1793           </li>
1794         </ul>
1795       </td>
1796     </tr>
1797     <tr>
1798
1799       <td>
1800         <div align="center">
1801           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1802         </div>
1803       </td>
1804       <td><em>New Capabilities</em>
1805         <ul>
1806           <li>URL links generated from description line for
1807             regular-expression based URL links (applet and application)
1808
1809
1810
1811
1812
1813
1814           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1815             menu</li>
1816           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1817             structures</li>
1818           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1819             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1820           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1821             average score or total feature count for each sequence.</li>
1822           <li>Shading features by score or associated description</li>
1823           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1824             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1825           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1826             hide everything but the currently selected region.</li>
1827           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1828         </ul> <em>Application</em>
1829         <ul>
1830           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1831             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1832           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1833             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1834           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1835             database references and protein_name is parsed as
1836             description line (BioSapiens terms).</li>
1837           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1838             references in sequence ID tooltip from View menu in
1839             application.</li>
1840           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1841                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1842           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1843             conservation plots</li>
1844           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1845             and visualized as sequence logos</li>
1846           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1847             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1848           </li>
1849           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1850             when a new tree is opened.</li>
1851           <li>Jalview Java Console</li>
1852           <li>Better placement of desktop window when moving
1853             between different screens.</li>
1854           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1855             consensus annotation</li>
1856           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1857             Workflows</li>
1858           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1859             <ul>
1860               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1861                 used to preserve views, structures, and tree display
1862                 settings)</li>
1863               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1864                 command line</li>
1865               <li>Sharing of selected regions between views and
1866                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1867               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1868             </ul></li>
1869         </ul> <em>Applet</em>
1870         <ul>
1871           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1872           <li>New Parameters
1873             <ul>
1874               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1875                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1876                 opened.</li>
1877               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1878                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1879               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1880                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1881               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1882                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1883                 view</li>
1884               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1885                 increase the height or width of a cell in the alignment
1886                 grid relative to the current font size.</li>
1887             </ul>
1888           </li>
1889           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1890             tooltip</li>
1891         </ul> <em>Other</em>
1892         <ul>
1893           <li>Features format: graduated colour definitions and
1894             specification of feature scores</li>
1895           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1896             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1897             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1898           <li>XML formats extended to support graduated feature
1899             colourschemes, group associated annotation, and profile
1900             visualization settings.</li></td>
1901       <td>
1902         <ul>
1903           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1904             rather than description</li>
1905           <li>Non-positional features are now included in sequence
1906             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1907             visibility in tooltip).</li>
1908           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1909           <li>Added URL embedding instructions to features file
1910             documentation.</li>
1911           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1912             'X' in peptide product</li>
1913           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1914             sequence ID and sequence string and query strings do not
1915             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1916           <li>AMSA files only contain first column of
1917             multi-character column annotation labels</li>
1918           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1919             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1920             exported and re-imported)</li>
1921           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1922             name</li>
1923           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1924             as subsequence matches, and correctly reports total number
1925             of both.</li>
1926           <li>Application:
1927             <ul>
1928               <li>Better handling of exceptions during sequence
1929                 retrieval</li>
1930               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1931                 link text excludes the start_end suffix</li>
1932               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1933                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1934               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1935               <li>Sequence description lines properly shared via
1936                 VAMSAS</li>
1937               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1938                 data sources</li>
1939               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1940                 completes before alignment figures are generated.</li>
1941               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1942                 first time.</li>
1943               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1944                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1945               <li>User defined group colours properly recovered
1946                 from Jalview projects.</li>
1947             </ul>
1948           </li>
1949         </ul>
1950       </td>
1951
1952     </tr>
1953     <tr>
1954       <td>
1955         <div align="center">
1956           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1957         </div>
1958       </td>
1959       <td>
1960         <ul>
1961           <li>Experimental support for google analytics usage
1962             tracking.</li>
1963           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1964         </ul>
1965       </td>
1966       <td>
1967         <ul>
1968           <li>Race condition in applet preventing startup in
1969             jre1.6.0u12+.</li>
1970           <li>Exception when feature created from selection beyond
1971             length of sequence.</li>
1972           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1973           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1974             all sequences with a given id</li>
1975           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1976             ID string searches</li>
1977           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1978             alignment to fail with exception</li>
1979         </ul> <em>Application Issues</em>
1980         <ul>
1981           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1982           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1983             data sources</li>
1984         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1985         <ul>
1986           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1987             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1988           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1989             version (java class versioning error fixed)</li>
1990         </ul>
1991       </td>
1992     </tr>
1993     <tr>
1994       <td>
1995
1996         <div align="center">
1997           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1998         </div>
1999       </td>
2000       <td><em>User Interface</em>
2001         <ul>
2002           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2003             translation and protein products</li>
2004           <li>Linked highlighting of structure associated with
2005             residue mapping to codon position</li>
2006           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2007             and 'clear' button</li>
2008           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2009             Tools menu</li>
2010           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2011             numeric data in description line</li>
2012           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2013           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2014             of sequence</li>
2015         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2016         <ul>
2017           <li>JPred3 web service</li>
2018           <li>Prototype sequence search client (no public services
2019             available yet)</li>
2020           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2021             PFAM</li>
2022           <li>URL Links created for matching database cross
2023             references as well as sequence ID</li>
2024           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2025         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2026         <ul>
2027           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2028             databases</li>
2029           <li>Generalised database reference retrieval and
2030             validation to all fetchable databases</li>
2031           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2032             sequence command</li>
2033         </ul> <em>Import and Export</em>
2034         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2035         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2036           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2037         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2038           File</li>
2039         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2040           triplet as name of colourscheme</li>
2041         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2042         <ul>
2043           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2044           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2045             alignments (experimental)</li>
2046           <li>Create new or select existing session to join</li>
2047           <li>load and save of vamsas documents</li>
2048         </ul> <em>Application command line</em>
2049         <ul>
2050           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2051             from applet)</li>
2052           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2053             of DAS servers to query for alignment features</li>
2054           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2055             that are also automatically queried for features</li>
2056           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2057             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2058         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2059         <ul>
2060           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2061             application (when using &quot;View in full
2062             application&quot;)</li>
2063         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2064         <ul>
2065           <li>feature group display control parameter</li>
2066           <li>debug parameter</li>
2067           <li>showbutton parameter</li>
2068         </ul> <em>Applet API methods</em>
2069         <ul>
2070           <li>newView public method</li>
2071           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2072           <li>Feature display control methods</li>
2073           <li>get list of currently selected sequences</li>
2074         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2075         <ul>
2076           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2077           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2078             Jalview release.</li>
2079           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2080             property controls execution of obfuscator</li>
2081           <li>Build target for generating source distribution</li>
2082           <li>Debug flag for javacc</li>
2083           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2084             jalview.bin.Cache</li>
2085           <li>Continuous Build Integration for stable and
2086             development version of Application, Applet and source
2087             distribution</li>
2088         </ul></td>
2089       <td>
2090         <ul>
2091           <li>selected region output includes visible annotations
2092             (for certain formats)</li>
2093           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2094             for editing</li>
2095           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2096           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2097           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2098           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2099             comments</li>
2100           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2101             filenames containing a ':'</li>
2102           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2103             global sequence features</li>
2104           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2105             references from alignment sequences goes to zero</li>
2106           <li>Close of tree branch colour box without colour
2107             selection causes cascading exceptions</li>
2108           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2109           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2110             file parsing fails.</li>
2111           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2112           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2113             not a valid output format</li>
2114           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2115             vamsas</li>
2116           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2117           <li>error messages passed up and output when data read
2118             fails</li>
2119           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2120             sequence is edited</li>
2121           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2122             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2123           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2124             filetype</li>
2125           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2126             import fixed for PFAM records</li>
2127           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2128             window list</li>
2129           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2130             can be read and written correctly to annotation file</li>
2131           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2132             correctly</li>
2133           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2134             non-italic font for representatives in Applet</li>
2135           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2136             Macs.</li>
2137           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2138             Applet)</li>
2139           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2140             due to null pointer exceptions</li>
2141           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2142             first column of alignment</li>
2143           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2144             July 2008</li>
2145           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2146             file is case-insensitive</li>
2147           <li>Sequence features read from Features file appended to
2148             all sequences with matching IDs</li>
2149           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2150             containing a sub-sequence</li>
2151           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2152           <li>feature and annotation file applet parameters
2153             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2154           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2155           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2156             splash-screen version check to complete</li>
2157           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2158             when passing them to the launchApp service</li>
2159           <li>display name and local features preserved in results
2160             retrieved from web service</li>
2161           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2162             sequence fetcher initialisation</li>
2163           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2164             dasobert DAS client</li>
2165           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2166             association</li>
2167           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2168             sequences
2169           </li>
2170         </ul>
2171       </td>
2172     </tr>
2173     <tr>
2174       <td>
2175         <div align="center">
2176           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2177         </div>
2178       </td>
2179       <td>
2180         <ul>
2181           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2182           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2183           <li>Slide sequences</li>
2184           <li>Edit sequence in place</li>
2185           <li>EMBL CDS features</li>
2186           <li>DAS Feature mapping</li>
2187           <li>Feature ordering</li>
2188           <li>Alignment Properties</li>
2189           <li>Annotation Scores</li>
2190           <li>Sort by scores</li>
2191           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2192         </ul>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2197           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2198           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2199           <li>Feature group display state in XML</li>
2200           <li>Feature ordering in XML</li>
2201           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2202           <li>Stockholm alignment properties</li>
2203           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2204           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2205           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2206           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2207         </ul>
2208       </td>
2209
2210     </tr>
2211     <tr>
2212       <td>
2213         <div align="center">
2214           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2215         </div>
2216       </td>
2217       <td>
2218         <ul>
2219           <li>Non standard characters can be read and displayed
2220           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2221             applet via textbox
2222           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2223             name &amp; description
2224           <li>Preference setting to display sequence name in
2225             italics
2226           <li>Annotation file format extended to allow
2227             Sequence_groups to be defined
2228           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2229             specified in preferences
2230           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2231             sequences
2232         </ul>
2233       </td>
2234       <td>
2235         <ul>
2236           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2237             installed
2238           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2239           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2240         </ul>
2241       </td>
2242     </tr>
2243     <tr>
2244       <td>
2245         <div align="center">
2246           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2247         </div>
2248       </td>
2249       <td>
2250         <ul>
2251           <li>Multiple views on alignment
2252           <li>Sequence feature editing
2253           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2254           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2255           <li>Background dependent text colour
2256           <li>Right align sequence ids
2257           <li>User-defined lower case residue colours
2258           <li>Format Menu
2259           <li>Select Menu
2260           <li>Menu item accelerator keys
2261           <li>Control-V pastes to current alignment
2262           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2263           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2264           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2265
2266
2267
2268
2269
2270
2271           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2272         </ul>
2273       </td>
2274       <td>
2275         <ul>
2276           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2277           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2278             calculations
2279           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2280             edits
2281           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2282             of alignment)
2283           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2284
2285
2286
2287
2288
2289
2290           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2291             display correctly
2292           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2293           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2294             analysis results
2295           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2296             &#8739;
2297           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2298           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2299           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2300
2301
2302
2303
2304
2305
2306         </ul>
2307       </td>
2308     </tr>
2309     <tr>
2310       <td>
2311         <div align="center">
2312           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2313         </div>
2314       </td>
2315       <td>
2316         <ul>
2317           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2318         </ul>
2319       </td>
2320       <td>
2321         <ul>
2322           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2323             sequence id panel has been resized</li>
2324           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2325             rendered</li>
2326           <li>Annotation files with sequence references - all
2327             elements in file are relative to sequence position</li>
2328           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331     </tr>
2332     <tr>
2333       <td>
2334         <div align="center">
2335           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2336         </div>
2337       </td>
2338       <td>
2339         <ul>
2340           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2341           <li>DAS Feature fetching</li>
2342           <li>Hide sequences and columns</li>
2343           <li>Export Annotations and Features</li>
2344           <li>GFF file reading / writing</li>
2345           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2346             files</li>
2347           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2348           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2349           <li>Applet can launch the full application</li>
2350           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2351             required)</li>
2352           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2353           <li>Applet can load sequences from parameter
2354             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2355           </li>
2356         </ul>
2357       </td>
2358       <td>
2359         <ul>
2360           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2361           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2362           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2363         </ul>
2364       </td>
2365     </tr>
2366     <tr>
2367       <td>
2368         <div align="center">
2369           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2370         </div>
2371       </td>
2372       <td>
2373         <ul>
2374           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2375           <li>Choose to match case when searching</li>
2376           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2377             expand the visible width and height of the alignment</li>
2378         </ul>
2379       </td>
2380       <td>
2381         <ul>
2382           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2383         </ul>
2384       </td>
2385     </tr>
2386     <tr>
2387       <td>
2388         <div align="center">
2389           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2390         </div>
2391       </td>
2392       <td>&nbsp;</td>
2393       <td>
2394         <ul>
2395           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2396           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2397             value</li>
2398         </ul>
2399       </td>
2400     </tr>
2401     <tr>
2402       <td>
2403         <div align="center">
2404           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2405         </div>
2406       </td>
2407       <td>
2408         <ul>
2409           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2410           <li>Keyboard editing</li>
2411           <li>Create sequence features from searches</li>
2412           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2413             alignments</li>
2414           <li>Features file allows grouping of features</li>
2415           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2416           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2417           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2418         </ul>
2419       </td>
2420       <td>
2421         <ul>
2422           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2423           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2424             descriptions saved.</li>
2425         </ul>
2426       </td>
2427     </tr>
2428     <tr>
2429       <td>
2430         <div align="center">
2431           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2432         </div>
2433       </td>
2434       <td>
2435         <ul>
2436           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2437           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2438           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2439             name for file output</li>
2440           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2441           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2442             used for HTML form input</li>
2443         </ul>
2444       </td>
2445       <td>
2446         <ul>
2447           <li>HTML output writes groups and features</li>
2448           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2449           <li>File IO bugs</li>
2450         </ul>
2451       </td>
2452     </tr>
2453     <tr>
2454       <td>
2455         <div align="center">
2456           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2457         </div>
2458       </td>
2459       <td>
2460         <ul>
2461           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2462           <li>More options for PCA viewer</li>
2463         </ul>
2464       </td>
2465       <td>
2466         <ul>
2467           <li>GUI bugs resolved</li>
2468           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2469         </ul>
2470       </td>
2471     </tr>
2472     <tr>
2473       <td height="63">
2474         <div align="center">
2475           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2476         </div>
2477       </td>
2478       <td>
2479         <ul>
2480           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2481           <li>Jar files are executable</li>
2482           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2483         </ul>
2484       </td>
2485       <td>
2486         <ul>
2487           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2488           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2489           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2490         </ul>
2491       </td>
2492     </tr>
2493     <tr>
2494       <td>
2495         <div align="center">
2496           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2497         </div>
2498       </td>
2499       <td>
2500         <ul>
2501           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2502         </ul>
2503       </td>
2504       <td>
2505         <ul>
2506           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2507         </ul>
2508       </td>
2509     </tr>
2510     <tr>
2511       <td>
2512         <div align="center">
2513           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2514         </div>
2515       </td>
2516       <td>
2517         <ul>
2518           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2519             size</li>
2520         </ul>
2521       </td>
2522       <td>
2523         <ul>
2524           <li>Improved JPred client reliability</li>
2525           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2526         </ul>
2527       </td>
2528     </tr>
2529     <tr>
2530       <td>
2531         <div align="center">
2532           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2533         </div>
2534       </td>
2535       <td>
2536         <ul>
2537           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2538           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2539           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2540             to Colour Menu</li>
2541           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2542           <li>Unix users can set default web browser</li>
2543           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2544           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2545         </ul>
2546       </td>
2547       <td>
2548         <ul>
2549           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2550         </ul>
2551       </td>
2552     </tr>
2553     <tr>
2554       <td>
2555         <div align="center">
2556           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2557         </div>
2558       </td>
2559       <td>&nbsp;</td>
2560       <td>
2561         <ul>
2562           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2563             alignment order.</li>
2564         </ul>
2565       </td>
2566     </tr>
2567     <tr>
2568       <td>
2569         <div align="center">
2570           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2571         </div>
2572       </td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2576           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2577           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2578             annotations.</li>
2579           <li>Version and build date written to build properties
2580             file.</li>
2581           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2582             at launch of Jalview.</li>
2583         </ul>
2584       </td>
2585       <td>
2586         <ul>
2587           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2588           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2589           <li>Can remove groups one by one.</li>
2590           <li>Filechooser icons installed.</li>
2591           <li>Finder ignores return character when searching.
2592             Return key will initiate a search.<br>
2593           </li>
2594         </ul>
2595       </td>
2596     </tr>
2597     <tr>
2598       <td>
2599         <div align="center">
2600           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2601         </div>
2602       </td>
2603       <td>
2604         <ul>
2605           <li>New codebase</li>
2606         </ul>
2607       </td>
2608       <td>&nbsp;</td>
2609     </tr>
2610   </table>
2611   <p>&nbsp;</p>
2612 </body>
2613 </html>