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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  81               for disabling automatic superposition of multiple
  82               structures and open structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features (particularly when transparency is disabled)
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 120               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 121               UTR
 122             </li>
 123             <li>
 124               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 125               factor annotation not added to sequence when local PDB
 126               file associated with it by drag'n'drop or structure
 127               chooser
 128             </li>
 129             <li>
 130               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 131               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 135               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 136             </li>
 137             <li>
 138               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 139               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 140             </li>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 143               columns in annotation row
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 147               honored in batch mode
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 151               for structures added to existing Jmol view
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 155               entries after importing project with multiple views
 156             </li>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 159               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 160               with negative residue numbers or missing residues fails
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 164               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 165               as generated by CONSURF)
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 169               structure and/or overview windows are also shown
 170             </li>
 171             <li>
 172               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 173               very slow for alignments with large numbers of sequences
 174             </li>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 177               with 'StringIndexOutOfBounds'
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 181               platforms running Java 10
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 185               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 186             </li>
 187           </ul>
 188           <em>Applet</em>
 189           <ul>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 192               should copy the group consensus when popup is opened on it
 193             </li>
 194           </ul>
 195           <em>Batch Mode</em>
 196           <ul>
 197           <li>
 198             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 199           </li>
 200           </ul>
 201           <em>New Known Defects</em>
 202           <ul>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 205               editing a large alignment and overview is displayed
 206             </li>
 207             <li>
 208               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 209               repeatedly after a series of edits even when the overview
 210               is no longer reflecting updates
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 214               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 215               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 216               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 217             </li>
 218           </ul>
 219         </div>
 220           </td>
 221     </tr>
 222     <tr>
 223       <td width="60" nowrap>
 224         <div align="center">
 225           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 226         </div>
 227       </td>
 228       <td><div align="left">
 229           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 230               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 231       <td><div align="left">
 232           <em>Desktop</em><ul>
 233           <ul>
 234             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 235             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 236             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 237             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 238             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 239             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 240             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 241           </ul>
 242           </div>
 243       </td>
 244     </tr>
 245     <tr>
 246       <td width="60" nowrap>
 247         <div align="center">
 248           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 249         </div>
 250       </td>
 251       <td><div align="left">
 252           <em></em>
 253           <ul>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 256               rendering of sequence features
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 260               429 rate limit request hander
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 264               their colours have changed
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 268               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 272               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 276               view from Ensembl locus cross-references
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 280               Alignment report
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 284               feature can be disabled
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 288               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 292               Uniprot
 293             </li>
 294           </ul>
 295           <em>Scripting</em>
 296           <ul>
 297             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 298             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 299               percent identity scores for current alignment.</li>
 300           </ul>
 301           <em>Testing and Deployment</em>
 302           <ul>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 305             </li>
 306           </ul>
 307         </div></td>
 308       <td><div align="left">
 309           <em>General</em>
 310           <ul>
 311             <li>
 312               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 313               threshold text field doesn't trigger an update to the
 314               alignment view
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 318               strings in parallel
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 322               alignment window is closed
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 326               group visibility
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 330               takes a long time in Cursor mode
 331             </li>
 332           </ul>
 333           <em>Desktop</em>
 334           <ul>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 337               cannot be viewed in Chimera
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 341               CDS/Protein view
 342             </li>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 345               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 346               Search Dialogs
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 356               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 360               scrolling right in unwapped alignment view
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 364               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 365               database
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 369               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 373               features of same type and group to be selected for
 374               amending
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 378               alignments when hidden columns are present
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 382               displaying several structures
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 386               moving a window
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 390               within the Jalview desktop on OSX
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 394               when in wrapped alignment mode
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 398               hand end of alignment
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 402               each selected sequence do not have correct start/end
 403               positions
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 407               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 411               restoring project until a new view is created
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 415               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 416               configured (since 2.10.2b2)
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 420               position is adjusted
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 424               in a multi-chain structure when viewing alignment
 425               involving more than one chain (since 2.10)
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 429               if new selection moves alignment window
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 433               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 437               that produces correctly annotated transcripts and products
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 441               doesn't update associated structure view
 442             </li>
 443           </ul>
 444           <em>Applet</em><br />
 445           <ul>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 448               closing alignment panel
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>BioJSON</em><br />
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 455               non-positional features
 456             </li>
 457           </ul>
 458           <em>New Known Issues</em>
 459           <ul>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 462               sequence features correctly (for many previous versions of
 463               Jalview)
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 467               using cursor in wrapped panel other than top
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 471               graduated colour threshold
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 475               always preserve numbering and sequence features
 476             </li>
 477           </ul>
 478           <em>Known Java 9 Issues</em>
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 482               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 483               9.01, OSX 10.10)
 484             </li>
 485           </ul>
 486         </div></td>
 487     </tr>
 488     <tr>
 489       <td width="60" nowrap>
 490         <div align="center">
 491           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 492             <em>2/10/2017</em></strong>
 493         </div>
 494       </td>
 495       <td><div align="left">
 496           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 497           <ul>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 500             </li>
 501             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 502             </li>
 503           </ul>
 504         </div></td>
 505       <td><div align="left">
 506         </div></td>
 507     </tr>
 508     <tr>
 509       <td width="60" nowrap>
 510         <div align="center">
 511           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 512             <em>7/9/2017</em></strong>
 513         </div>
 514       </td>
 515       <td><div align="left">
 516           <em></em>
 517           <ul>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 520               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 521               white)
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 525               Preferences
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 529               in size and progress bar shown as higher resolution
 530               overview is recalculated
 531             </li>
 532
 533           </ul>
 534         </div></td>
 535       <td><div align="left">
 536           <em></em>
 537           <ul>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 540               column region row by row
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 544               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 548               format setting is unticked
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 552               if group has show boxes format setting unticked
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 556               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 557               include sequences and columns not currently displayed
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 561               assemblies are imported via CIF file
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 565               displayed when threshold or conservation colouring is also
 566               enabled.
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 570               server version
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 574               dragging a selected region off the visible region of the
 575               alignment
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 579               colourscheme to all groups in a view
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 583               initially after font size change using the Font chooser or
 584               middle-mouse zoom
 585             </li>
 586           </ul>
 587         </div></td>
 588     </tr>
 589     <tr>
 590       <td width="60" nowrap>
 591         <div align="center">
 592           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 593         </div>
 594       </td>
 595       <td><div align="left">
 596           <em>Calculations</em>
 597           <ul>
 598
 599             <li>
 600               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 601               ungapped positions in each column of the alignment.
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 605               a calculation dialog box
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 609               and memory efficiency (~30x faster)
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 613               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 614               and other calculations
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 618               files within the Jalview codebase
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 622               Similarity may have different topology due to increased
 623               precision
 624             </li>
 625           </ul>
 626           <em>Rendering</em>
 627           <ul>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 630               model for alignments and groups
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 634               scripts
 635             </li>
 636           </ul>
 637           <em>Overview</em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 641               with alignment and overview windows
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 645               overview
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 649               omitted in Overview
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 653               adjustment of visible position
 654             </li>
 655           </ul>
 656
 657           <em>Data import/export</em>
 658           <ul>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 661               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 665               annotation input/output via stockholm flatfile
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 669               extension when importing structure files without embedded
 670               names or PDB accessions
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 674               format sequence substitution matrices
 675             </li>
 676           </ul>
 677           <em>User Interface</em>
 678           <ul>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 681               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 682               the application.
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 686               via Overview or sequence motif search operations
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 690               opened by double clicking gaps within sequence feature
 691               extent
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 695               aligned positions were available to create a 3D structure
 696               superposition.
 697             </li>
 698           </ul>
 699           <em>3D Structure</em>
 700           <ul>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 703               coloured in linked structure views
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 707               file-based command exchange
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 711               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 712               structures are already available for sequences
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 716               the Jalview project rather than downloaded again when the
 717               project is reopened.
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 721               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 722               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 723                 Feature</strong>)
 724             </li>
 725           </ul>
 726           <em>Web Services</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 733               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 734               Analysis services
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 738               cross-references provided by identifiers.org and the
 739               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 740             </li>
 741           </ul>
 742
 743           <em>Scripting</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 747               identifying file formats (instead of String constants)
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 751               efficiency when counting all displayed features (not
 752               backwards compatible with 2.10.1)
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Example files</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 759               included in the example feature file
 760             </li>
 761           </ul>
 762           <em>Documentation</em>
 763           <ul>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 766               with the built-in Java help viewer
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 770               sequence description' option
 771             </li>
 772           </ul>
 773           <em>Test Suite</em>
 774           <ul>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 777               Uniprot REST Free Text Search Client
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 784               during tests
 785             </li>
 786           </ul>
 787         </div></td>
 788       <td><div align="left">
 789           <em>Calculations</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 793               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 794               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 795             </li>
 796             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 797               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 798               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 799               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 800               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 801               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 802               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 803               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 804               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 805               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 806               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 807               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 808               // for 2.10.1 mode <br />
 809               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 810               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 811                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 812                 calculations (not recommended)</em></li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 815               scaling of branch lengths for trees computed using
 816               Sequence Feature Similarity.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 820               generating output report when working with highly
 821               redundant alignments
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 825               right of selected region when gaps present on right-hand
 826               boundary
 827             </li>
 828           </ul>
 829           <em>User Interface</em>
 830           <ul>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 833               doesn't reselect a specific sequence's associated
 834               annotation after it was used for colouring a view
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 838               opened on a region of alignment without groups
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 842               of an alignment with overlapping groups
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 846               name and description match
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 850               hidden regions results in incorrect hidden regions
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 854               changing colour does not apply Conservation slider value
 855               to all groups
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 859               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 863               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 867               gaps before start of features
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 871               restored to UI when feature colour is edited
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 875               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 879               as graduate feature colour settings are modified via the
 880               dialog box
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 884               when a group defined on the alignment is resized
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 888               wrapped view result in positional status updates
 889             </li>
 890
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 893               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 897               alignment included gapped columns
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 901               widgets don't permanently disappear
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 905               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 906               T-Coffee column reliability scores)
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 910               sequence feature on gaps only
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 914               button from a Find inherit previously defined feature type
 915               rather than the Find query string
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 919               exporting tree calculated in Jalview
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 923               and then revealing them reorders sequences on the
 924               alignment
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 928               doesn't update to reflect available set of groups after
 929               interactively adding or modifying features
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 933               Linux
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 937               only excluded gaps in current sequence and ignored
 938               selection.
 939             </li>
 940           </ul>
 941           <em>Rendering</em>
 942           <ul>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 945               erratically when hidden rows or columns are present
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 949               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 950               sequence colouring
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 954               colour and group colour menu for protein alignments
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 958               reflect currently selected view or group's shading
 959               thresholds
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 963               when rendered on overview and structures when opacity at
 964               100%
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 968               overview when features overlaid on alignment
 969             </li>
 970           </ul>
 971           <em>Data import/export</em>
 972           <ul>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 975               load
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 979               added after a sequence was imported are not written to
 980               Stockholm File
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 984               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 988               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 992               with lightGray or darkGray via features file (but can
 993               specify lightgray)
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 997               when alignment view imported from project
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1001               structure and sequences extracted from structure files
1002               imported via URL and viewed in Jmol
1003             </li>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1006               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1007               the project is loaded and the structure viewed
1008             </li>
1009           </ul>
1010           <em>Web Services</em>
1011           <ul>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1014               release of Ensembl v.88
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1018               appear enabled in Preferences->Connections
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1022               removed from console output
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1026               Ensembl by Peptide ID
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1030               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1031               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1032               due to 'null' string rather than empty string used for
1033               residues with no corresponding PDB mapping).
1034             </li>
1035           </ul>
1036           <em>Application UI</em>
1037           <ul>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1040               menu
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1044               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1045               new documentation and tooltips added)
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1049               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1053               new features are added to alignment
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1057               changes to feature colours via the Amend features dialog
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1061               edit graduated feature colour via amend features dialog
1062               box
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1066               selection menu changes colours of alignment views
1067             </li>
1068             <li>
1069               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1070               from alignment calculation workers after alignment has
1071               been closed
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1075               groups now 'Create Group'
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1079               Create/Undefine group doesn't always work
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1083               shown again after pressing 'Cancel'
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1087               adjusts start position in wrap mode
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1091               ambiguous amino acids
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1095               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1096               proteins
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1100               Defined' don't appear in Colours menu
1101             </li>
1102           </ul>
1103           <em>Applet</em>
1104           <ul>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1107               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1111               overview or linked structure view
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1115               work (since 2.8)
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1119               user-defined colourscheme doesn't restore original
1120               colourscheme
1121             </li>
1122           </ul>
1123           <em>Test Suite</em>
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1127               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1131               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1132               problems with deep array comparison equality asserts in
1133               successive versions of TestNG
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1137               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1138             </li>
1139           </ul>
1140           <em>New Known Issues</em>
1141           <ul>
1142             <li>
1143               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1144               phase after a sequence motif find operation
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1148               containing just upper and lower case letters are
1149               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1153               reliably from eggnog Ortholog database
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1157               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1158               to mark columns containing highlighted regions.
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1162               doesn't always add secondary structure annotation.
1163             </li>
1164           </ul>
1165         </div>
1166     <tr>
1167       <td width="60" nowrap>
1168         <div align="center">
1169           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1170         </div>
1171       </td>
1172       <td><div align="left">
1173           <em>General</em>
1174           <ul>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1177               for all consensus calculations
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1181               3rd Oct 2016)
1182             </li>
1183             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1184               for 2016-2017</li>
1185           </ul>
1186           <em>Application</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1190               set of database cross-references, sorted alphabetically
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1194               from database cross references. Users with custom links
1195               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1196                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1200               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1201               Chimera session
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1205               the Chimera it is connected to is shut down
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1209               columns menu item to mark columns containing highlighted
1210               regions (e.g. from structure selections or results of a
1211               Find operation)
1212             </li>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1215               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1216               MSAviewer
1217             </li>
1218           </ul>
1219         </div></td>
1220       <td>
1221         <div align="left">
1222           <em>General</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1226               are not coloured or thresholded according to percent
1227               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1231               hydrophobic
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1235               threshold, amino acid properties)
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1239               reported as mapped to residues in a structure file in the
1240               View Mapping report
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1244               could be added multiple times to a sequence
1245             </li>
1246             <li>
1247               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1248               bond features shown as two highlighted residues rather
1249               than a range in linked structure views, and treated
1250               correctly when selecting and computing trees from features
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1254               cross-references are matched to database name regardless
1255               of case
1256             </li>
1257
1258           </ul>
1259           <em>Application</em>
1260           <ul>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1263               names without regular expressions also offer links from
1264               Sequence ID
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1268               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1269               update Jalview configuration
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1273               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1277               files with similarly named sequences if dropped onto the
1278               alignment
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1282               entries where more chains exist in the PDB accession than
1283               are reported in the SIFTS file
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1287               the structure view when displayed with Chimera
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1291               panel's View->Show Chains submenu
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1295               work for wrapped alignment views
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1299               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1303               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1304               first annotation row
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1308               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1312               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1313             </li>
1314             <!-- JAL-2319 -->
1315             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1316             coordindate data
1317             </li>
1318           </ul>
1319           <!--           <em>New Known Issues</em>
1320           <ul>
1321             <li></li>
1322           </ul> -->
1323         </div>
1324       </td>
1325     </tr>
1326     <td width="60" nowrap>
1327       <div align="center">
1328         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1329           <em>25/10/2016</em></strong>
1330       </div>
1331     </td>
1332     <td><em>Application</em>
1333       <ul>
1334         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1335           view if structures already loaded</li>
1336         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1337           structure views</li>
1338       </ul></td>
1339     <td>
1340       <div align="left">
1341         <em>General</em>
1342         <ul>
1343           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1344             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1345           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1346             example sequences/projects/trees</li>
1347         </ul>
1348         <em>Application</em>
1349         <ul>
1350           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1351             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1352           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1353             without timeout for structures with multiple models or
1354             multiple sequences in alignment</li>
1355           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1356             PDB ID HEADER line</li>
1357           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1358             is performed</li>
1359           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1360             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1361           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1362           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1363             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1364             option</li>
1365           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1366             is created on the alignment</li>
1367           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1368             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1369             pop-up menu</li>
1370         </ul>
1371         <em>Build and deployment</em>
1372         <ul>
1373           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1374             tags</li>
1375         </ul>
1376         <em>New Known Issues</em>
1377         <ul>
1378           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1379             on Windows</li>
1380         </ul>
1381       </div>
1382     </td>
1383     </tr>
1384     <tr>
1385       <td width="60" nowrap>
1386         <div align="center">
1387           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1388         </div>
1389       </td>
1390       <td><em>General</em>
1391         <ul>
1392           <li>
1393             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1397             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1398             better PDB parsing.
1399           </li>
1400           <li>
1401             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1402             reference sequence
1403           </li>
1404           <li>
1405             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1406             mousing over sequence associated annotation
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1410             for manual entry
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1414             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1415             for each column
1416           </li>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1419             showing or hiding columns containing a feature
1420           </li>
1421           <li>
1422             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1423             group and sequence associated annotation labels
1424           </li>
1425           <li>
1426             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1427             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1428             dialogs
1429           </li>
1430
1431         </ul> <em>Application</em>
1432         <ul>
1433           <li>
1434             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1435             gene/transcript view
1436           </li>
1437           <li>
1438             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1439             dialog
1440           </li>
1441           <li>
1442             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1443             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1447             Pfam sources to xfam.org
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1451           </li>
1452           <li>
1453             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1454             over sequences in Jalview
1455           </li>
1456           <li>
1457             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1458             regions in ENA and EMBL
1459           </li>
1460           <li>
1461             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1462             for record retrieval via ENA rest API
1463           </li>
1464           <li>
1465             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1466             complement operator
1467           </li>
1468           <li>
1469             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1470             groovy script execution
1471           </li>
1472           <li>
1473             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1474             alignment window's Calculate menu
1475           </li>
1476           <li>
1477             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1478             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1479           </li>
1480           <li>
1481             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1482             calculation workers from groovy scripts
1483           </li>
1484           <li>
1485             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1486             Jalview projects
1487           </li>
1488           <li>
1489             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1490             associations are now saved/restored from project
1491           </li>
1492           <li>
1493             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1494             before sequence fetcher is opened
1495           </li>
1496           <li>
1497             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1498             database chooser opens a sequence fetcher
1499           </li>
1500           <li>
1501             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1502             the UniProt REST API
1503           </li>
1504           <li>
1505             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1506             the news reader opening
1507           </li>
1508           <li>
1509             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1510             querying stored in preferences
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1514             search results
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1518           </li>
1519           <li>
1520             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1521             menu for nucleotide sequences
1522           </li>
1523           <li>
1524             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1525             and feature counts preserves alignment ordering (and
1526             debugged for complex feature sets).
1527           </li>
1528           <li>
1529             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1530             viewing structures with Jalview 2.10
1531           </li>
1532           <li>
1533             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1534             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1535             Ensembl Genomes REST API
1536           </li>
1537           <li>
1538             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1539             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1540             (Ensembl)
1541           </li>
1542           <li>
1543             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1544             sequences
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1548             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1549             data from external database records.
1550           </li>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1553             efficient recovery of sequence coding and alignment
1554             annotation relationships.
1555           </li>
1556         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1557         <ul>
1558           <li>
1559             -- JAL---
1560           </li>
1561         </ul> --></td>
1562       <td>
1563         <div align="left">
1564           <em>General</em>
1565           <ul>
1566             <li>
1567               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1568               menu on OSX
1569             </li>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1572               includes graduated colourschemes
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1576               working with big alignments and lots of hidden columns
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1580               at right of alignment window
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1584               contents
1585             </li>
1586             <li>
1587               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1588               for DNA alignments
1589             </li>
1590             <li>
1591               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1592               based tree calculation
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1596               unconserved enabled for group on alignment
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1600               set as reference
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1604               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1605               annotation
1606             </li>
1607             <li>
1608               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1609               hidden columns present
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1613               user created annotation added to alignment
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1617               '()' base pair annotation
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1621               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1622               Consensus
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1626               feature not working
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1630               beginning of sequence
1631             </li>
1632             <li>
1633               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1634               entry 3a6s
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1638               from a tree when t-coffee scores are shown
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1642               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1646               some structures
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1650               to Clustal, PIR and PileUp output
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1654               not visible causes alignment window to repaint
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1658               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1659               scores associated with features and annotation rows
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1663               calculation should be case independent
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1667               columns
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1671               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1672               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1676               problems when reference sequence defined and 'show
1677               non-conserved' enabled
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1681               load even when Consensus calculation is disabled
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1685               alignment does nothing
1686             </li>
1687           </ul>
1688           <em>Application</em>
1689           <ul>
1690             <li>
1691               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1692               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1693               yet fixed for El Capitan)
1694             </li>
1695             <li>
1696               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1697               output when running on non-gb/us i18n platforms
1698             </li>
1699             <li>
1700               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1701               hidden sequences as flat-file alignment
1702             </li>
1703             <li>
1704               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1705               launching Chimera
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1709               (also hotfix for 2.9.0b2)
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1713               reference sequence defined
1714             </li>
1715             <li>
1716               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1717               alignments and views when revealing hidden columns
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1721               view in a cDNA/Protein splitframe
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1725               sequence from project when only one sequence is
1726               represented
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1730               in Structure Chooser
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1734               structure consensus didn't refresh annotation panel
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1738               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1742               dialogs format columns correctly, don't display array
1743               data, sort columns according to type
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1747               file chooser is cancelled during an image export
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1751               sequence name containing special characters
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1755               case insensitive
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1759               formatting don't wrap
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1763               truncated so L looks like I in consensus annotation
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1767               currently displayed features for the current selection or
1768               view
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1772               after fetching cross-references, and restoring from
1773               project
1774             </li>
1775             <li>
1776               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1777               followed in the structure viewer
1778             </li>
1779             <li>
1780               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1781               splitframe not restored from project
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1785               trailing end of protein alignment in transcript/product
1786               splitview when pad-gaps not enabled by default
1787             </li>
1788             <li>
1789               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1790               is case dependent
1791             </li>
1792             <li>
1793               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1794               article has been read (reopened issue due to
1795               internationalisation problems)
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1799               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1800               cross-references
1801             </li>
1802
1803             <li>
1804               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1805               alignment as HTML
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1809               multiple structures are shown for one or more sequences.
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1813               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1814               is enabled.
1815             </li>
1816             <li>
1817               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1818               specific PDB id for sequence
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1822               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1823               columns' is disabled.
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1827               selects lowest rather than highest resolution structures
1828               for each sequence
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1832               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1836               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1840               after clicking on it to create new annotation for a
1841               column.
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1845               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1846             </li>
1847             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1848             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1849           </ul>
1850           <em>Applet</em>
1851           <ul>
1852             <li>
1853               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1854               hidden columns present before start of sequence
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1858               (JSON jars)
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1862               sequences are hidden in applet
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1866               deployment on examples pages.
1867             </li>
1868           </ul>
1869         </div>
1870       </td>
1871     </tr>
1872     <tr>
1873       <td width="60" nowrap>
1874         <div align="center">
1875           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1876             <em>16/10/2015</em></strong>
1877         </div>
1878       </td>
1879       <td><em>General</em>
1880         <ul>
1881           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1882             jars</li>
1883         </ul></td>
1884       <td>
1885         <div align="left">
1886           <em>Application</em>
1887           <ul>
1888             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1889               shown when tree is partitioned</li>
1890             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1891               multiple cDNA/Protein split views</li>
1892           </ul>
1893         </div>
1894       </td>
1895     </tr>
1896     <tr>
1897       <td width="60" nowrap>
1898         <div align="center">
1899           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1900             <em>8/10/2015</em></strong>
1901         </div>
1902       </td>
1903       <td><em>General</em>
1904         <ul>
1905           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1906             2.9</li>
1907         </ul> <em>Application</em>
1908         <ul>
1909           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1910           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1911           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1912         </ul> <em>Applet</em>
1913         <ul>
1914           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1915         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1916         <ul>
1917           <li>
1918             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1919             suite
1920           </li>
1921         </ul></td>
1922       <td>
1923         <div align="left">
1924           <em>General</em>
1925           <ul>
1926             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1927               incorrect when sequence start > 1</li>
1928             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1929               documentation</li>
1930             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1931             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1932               loading a features file containing HTML tags in feature
1933               description</li>
1934
1935           </ul>
1936           <em>Application</em>
1937           <ul>
1938             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1939               reimport</li>
1940             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1941               with 'trim retrieved sequences'</li>
1942             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1943               deleting selected columns</li>
1944             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1945               JNLP templates for webstart launch</li>
1946             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1947               unreleased structures for download or viewing</li>
1948             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1949               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1950             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1951               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1952             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1953               recovered from jalview project</li>
1954             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1955               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1956               alignment view</li>
1957             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1958               color schemes from BioJSON</li>
1959           </ul>
1960           <em>Applet</em>
1961           <ul>
1962             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1963               frame</li>
1964             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1965           </ul>
1966         </div>
1967       </td>
1968     </tr>
1969     <tr>
1970       <td><div align="center">
1971           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1972         </div></td>
1973       <td><em>General</em>
1974         <ul>
1975           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1976             alignments:
1977             <ul>
1978               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1979                 and DNA alignment views</li>
1980               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1981                 cDNA alignment views</li>
1982               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1983                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1984               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1985                 protein sequences</li>
1986             </ul>
1987           </li>
1988           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1989           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1990             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1991           <li>New alignment annotation file statements for
1992             reference sequences and marking hidden columns</li>
1993           <li>Reference sequence based alignment shading to
1994             highlight variation</li>
1995           <li>Select or hide columns according to alignment
1996             annotation</li>
1997           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1998           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1999             acid conservation row</li>
2000           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2001         </ul> <em>Application</em>
2002         <ul>
2003           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2004             <ul>
2005               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2006                 view with cDNA/Protein</li>
2007               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2008                 sequences are placed in the same alignment</li>
2009               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2010                 projects</li>
2011             </ul>
2012           </li>
2013
2014           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2015           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2016             Jalview windows</li>
2017
2018           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2019           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2020           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2021             be shown in VARNA</li>
2022
2023           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2024             as the active selected region</li>
2025
2026           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2027             similarity</li>
2028           <li>New Export options
2029             <ul>
2030               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2031                 region export in flat file generation</li>
2032
2033               <li>Export alignment views for display with the <a
2034                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2035
2036               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2037               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2038                 alignment figures to HTML</li>
2039           </li>
2040           <li>3D structure retrieval and display
2041             <ul>
2042               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2043                 Search API</li>
2044               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2045                 PDB structures for a sequence set</li>
2046             </ul>
2047           </li>
2048
2049           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2050             predictions</li>
2051           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2052             for one or a group of sequences</li>
2053           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2054             from the JPred4 web server</li>
2055           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2056             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2057             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2058           </li>
2059           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2060             VARNA 2D Structure'</li>
2061           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2062             Structure ..."</li>
2063
2064         </ul> <em>Applet</em>
2065         <ul>
2066           <li>New layout for applet example pages</li>
2067           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2068             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2069           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2070             Protein alignments</li>
2071         </ul> <em>Development and deployment</em>
2072         <ul>
2073           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2074           <li>Include installation type and git revision in build
2075             properties and console log output</li>
2076           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2077             storing BioJsMSA Templates</li>
2078           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2079         </ul></td>
2080       <td>
2081         <!-- <em>General</em>
2082         <ul>
2083         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2084         <ul>
2085           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2086           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2087           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2088             predictions are not highlighted in amber</li>
2089           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2090             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2091           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2092             associated structure views</li>
2093           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2094             width checkbox not enabled</li>
2095           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2096             creating user defined colours</li>
2097           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2098             mappings for just that viewer's sequences</li>
2099           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2100             multiple models in Chimera</li>
2101           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2102             over Jmol structure</li>
2103           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2104             output to text box</li>
2105           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2106             have incorrect sequence start/end</li>
2107           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2108             Jalview fails</li>
2109           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2110             work for nucleotide</li>
2111           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2112             to a grey/invisible alignment window</li>
2113           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2114             imports to different position</li>
2115           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2116             on some platforms</li>
2117           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2118             populated</li>
2119           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2120             console if Chimera has been opened</li>
2121           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2122           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2123             retrieved</li>
2124           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2125           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2126             either sequence shows on first structure</li>
2127           <li>'Show annotations' options should not make
2128             non-positional annotations visible</li>
2129           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2130             in right place after 'view flanking regions'</li>
2131           <li>File Save As type unset when current file format is
2132             unknown</li>
2133           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2134             projects</li>
2135           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2136             responsive</li>
2137           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2138             several views on same alignment</li>
2139           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2140           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2141             spaces</li>
2142         </ul> <em>Applet</em>
2143         <ul>
2144           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2145           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2146             descriptions containing angle brackets</li>
2147         </ul> <em>General</em>
2148         <ul>
2149           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2150             via jalview annotation file</li>
2151           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2152             with RNA secondary structure</li>
2153           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2154             translation doesn't work.</li>
2155           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2156           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2157             positions</li>
2158           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2159             choosing 1pt font</li>
2160           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2161             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2162             'h'</li>
2163           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2164             new feature</li>
2165           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2166             order dependent</li>
2167           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2168             sequences</li>
2169           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2170         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2171         <ul>
2172           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2173             www.jalview.org</li>
2174         </ul> <em>Application Known issues</em>
2175         <ul>
2176           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2177           <li>Misleading message appears after trying to delete
2178             solid column.</li>
2179           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2180             version launches</li>
2181           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2182             fails with a sequence mismatch</li>
2183           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2184             scrolling alignment to right</li>
2185           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2186             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2187           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2188             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2189           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2190             ultra-high resolution</li>
2191           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2192             quality and conservation</li>
2193           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2194             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2195         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2196         <ul>
2197           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2198           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2199             window is being resized</li>
2200
2201         </ul>
2202       </td>
2203     </tr>
2204     <tr>
2205       <td><div align="center">
2206           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2207         </div></td>
2208       <td><em>General</em>
2209         <ul>
2210           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2211             Certum.PL.</li>
2212           <li>Features and annotation preserved when performing
2213             pairwise alignment</li>
2214           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2215             imported/exported/displayed</li>
2216           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2217             protein secondary structure</li>
2218           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2219               post-hoc with 2.9 release</em>)
2220           </li>
2221
2222         </ul> <em>Application</em>
2223         <ul>
2224           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2225             with 3D structures</li>
2226           <li>Support for parsing RNAML</li>
2227           <li>Annotations menu for layout
2228             <ul>
2229               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2230               <li>place sequence annotation above/below alignment
2231                 annotation</li>
2232             </ul>
2233           <li>Output in Stockholm format</li>
2234           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2235             translation</li>
2236           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2237           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2238             shared between alignments</li>
2239           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2240             Jalview</li>
2241           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2242             all or current selection</li>
2243           <li>disorder and secondary structure predictions
2244             available as dataset annotation</li>
2245           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2246
2247
2248           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2249             alignments from Rfam</li>
2250           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2251
2252           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2253             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2254           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2255           <li>include installation type in build properties and
2256             console log output</li>
2257           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2258             annotation</li>
2259         </ul></td>
2260       <td>
2261         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2262         <ul>
2263           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2264             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2265           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2266             alignment</li>
2267           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2268           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2269           <li>Double click on sequence associated annotation
2270             selects only first column</li>
2271           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2272             leaves shown in tree</li>
2273           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2274             properly</li>
2275           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2276           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2277             screen and buttons not visible</li>
2278           <li>author list isn't updated if already written to
2279             Jalview properties</li>
2280           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2281             from database</li>
2282           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2283           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2284             browser search window</li>
2285           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2286             in feature settings dialog</li>
2287           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2288             desktop</li>
2289           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2290             pass validation</li>
2291           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2292             fit on screen</li>
2293           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2294             tooltip</li>
2295           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2296             defined user preset</li>
2297           <li>MSA web services warns user if they were launched
2298             with invalid input</li>
2299           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2300             Java 8</li>
2301           <li>
2302             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2303             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2304             created
2305           </li>
2306
2307         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2308         <ul>
2309         </ul> <em>General</em>
2310         <ul>
2311         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2312         <ul>
2313           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2314             memory allocation</li>
2315           <li>launchApp service doesn't automatically open
2316             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2317           <li>
2318             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2319             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2320             1.7_055 is available
2321           </li>
2322         </ul> <em>Application Known issues</em>
2323         <ul>
2324           <li>
2325             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2326             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2327             alignment to right
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2331             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2332             with large number of ID
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2336             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2337             start/end
2338           </li>
2339           <li>
2340             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2341             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2342             structure tracks are rearranged
2343           </li>
2344           <li>
2345             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2346             invalid rna structure positional highlighting does not
2347             highlight position of invalid base pairs
2348           </li>
2349           <li>
2350             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2351             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2352             project from alignment window file menu
2353           </li>
2354           <li>
2355             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2356             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2357             structures
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2361             colour by RNA Helices not enabled when user created
2362             annotation added to alignment
2363           </li>
2364           <li>
2365             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2366             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2367           </li>
2368         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2369         <ul>
2370           <li>
2371             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2372             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2373           </li>
2374           <li>
2375             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2376             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2377           </li>
2378
2379           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2380             when selected</li>
2381         </ul>
2382       </td>
2383     </tr>
2384     <tr>
2385       <td><div align="center">
2386           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2387         </div></td>
2388       <td>
2389         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2390         <em>General</em>
2391         <ul>
2392           <li>Internationalisation of user interface (usually
2393             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2394           <li>Define/Undefine group on current selection with
2395             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2396           <li>Improved group creation/removal options in
2397             alignment/sequence Popup menu</li>
2398           <li>Sensible precision for symbol distribution
2399             percentages shown in logo tooltip.</li>
2400           <li>Annotation panel height set according to amount of
2401             annotation when alignment first opened</li>
2402         </ul> <em>Application</em>
2403         <ul>
2404           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2405             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2406           <li>Select columns containing particular features from
2407             Feature Settings dialog</li>
2408           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2409             sequences</li>
2410           <li>Update Jalview project format:
2411             <ul>
2412               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2413               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2414                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2415               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2416                 colouring</li>
2417             </ul>
2418           </li>
2419           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2420             (PAM250)</li>
2421           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2422             flanking regions for an alignment</li>
2423         </ul>
2424       </td>
2425       <td>
2426         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2427         <ul>
2428           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2429             running after job is cancelled</li>
2430           <li>cannot export features from alignments imported from
2431             Jalview/VAMSAS projects</li>
2432           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2433             float values</li>
2434           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2435             have 'display all symbols' flag set</li>
2436           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2437             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2438           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2439             Jalview</li>
2440           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2441             Lion/Webstart</li>
2442           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2443           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2444           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2445             alignment onto desktop</li>
2446           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2447             'extract scores' function</li>
2448           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2449             alignment window</li>
2450           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2451             performing IUPred disorder prediction</li>
2452           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2453             changing 'normalise logo' display setting</li>
2454           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2455             nothing matches query</li>
2456           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2457             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2458           </li>
2459           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2460             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2461           </li>
2462           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2463             Jalview's menu</li>
2464           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2465             'invalid literal/length code'</li>
2466           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2467             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2468           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2469             colourscheme</li>
2470
2471         </ul> <em>Applet</em>
2472         <ul>
2473           <li>Remove group option is shown even when selection is
2474             not a group</li>
2475           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2476             don't affect groups</li>
2477           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2478             colourscheme name</li>
2479           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2480             Annotation panel is not displayed</li>
2481           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2482             embedded windows</li>
2483         </ul> <em>Other</em>
2484         <ul>
2485           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2486             single sequence were not calculated</li>
2487           <li>annotation files that contain only groups imported as
2488             annotation and junk sequences</li>
2489           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2490             recognised as PFAM or BLC</li>
2491           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2492             doesn't affect background (2.8.0b1)
2493           <li></li>
2494           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2495           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2496             trailing gaps</li>
2497           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2498             registered correctly on import</li>
2499           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2500             certain alignments</li>
2501           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2502             existing annotation based 'use original colours'
2503             colourscheme loses original colours setting</li>
2504         </ul>
2505       </td>
2506     </tr>
2507     <tr>
2508       <td><div align="center">
2509           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2510             <em>30/1/2014</em></strong>
2511         </div></td>
2512       <td>
2513         <ul>
2514           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2515             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2516             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2517             open source project).
2518           </li>
2519           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2520           <li>Output in Stockholm format</li>
2521           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2522           <li>Export/import group and sequence associated line
2523             graph thresholds</li>
2524           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2525             ambiguity codes</li>
2526           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2527             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2528             works</li>
2529           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2530         </ul> <em>Other improvements</em>
2531         <ul>
2532           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2533           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2534             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2535           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2536             files</li>
2537           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2538           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2539             link but no description</li>
2540           <li>Select primary source when selecting authority in
2541             database fetcher GUI</li>
2542           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2543             Jalview</li>
2544           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2545         </ul>
2546       </td>
2547       <td>
2548         <ul>
2549           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2550             displayed</li>
2551           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2552             secondary structure annotation line</li>
2553           <li>Sequence database accessions not imported when
2554             fetching alignments from Rfam</li>
2555           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2556             identical IDs</li>
2557           <li>View all structures does not always superpose
2558             structures</li>
2559           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2560             reflect user or preset settings</li>
2561           <li>Null pointer exceptions for some services without
2562             presets or adjustable parameters</li>
2563           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2564             discover PDB xRefs</li>
2565           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2566             features with DAS</li>
2567           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2568             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2569           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2570             residue follows a gap</li>
2571           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2572             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2573           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2574             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2575           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2576             annotation already exists on alignment</li>
2577           <li>oninit javascript function should be called after
2578             initialisation completes</li>
2579           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2580             alignment window display</li>
2581           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2582           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2583             to annotation file</li>
2584           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2585             groups created</li>
2586           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2587             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2588           <li>Pressing return several times causes Number Format
2589             exceptions in keyboard mode</li>
2590           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2591             correct partitions for input data</li>
2592           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2593           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2594           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2595           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2596             mode</li>
2597           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2598             changes one row&#39;s threshold</li>
2599           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2600             doesn&#39;t open</li>
2601           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2602             quality histograms</li>
2603         </ul>
2604       </td>
2605     </tr>
2606     <tr>
2607       <td><div align="center">
2608           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2609         </div></td>
2610       <td><em>Application</em>
2611         <ul>
2612           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2613             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2614           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2615             preferences</li>
2616           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2617             in Jalview alignment window</li>
2618           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2619             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2620           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2621             RNA and ambiguity codes</li>
2622
2623           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2624           <li>Support fetching and database reference look up
2625             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2626             refs')</li>
2627           <li>Jalview project improvements
2628             <ul>
2629               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2630                 flag for annotation</li>
2631               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2632                 alignment</li>
2633               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2634                 Jalview project</li>
2635
2636             </ul>
2637           </li>
2638           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2639           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2640             running</li>
2641           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2642           <li>visual indication that web service results are still
2643             being retrieved from server</li>
2644           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2645             starts up for first time</li>
2646           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2647             services</li>
2648           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2649             client library</li>
2650           <li>Examples directory and Groovy library included in
2651             InstallAnywhere distribution</li>
2652         </ul> <em>Applet</em>
2653         <ul>
2654           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2655             visualization applet example</li>
2656         </ul> <em>General</em>
2657         <ul>
2658           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2659           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2660             defaults</li>
2661           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2662             calculation</li>
2663           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2664             matrices
2665           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2666             in HTML</li>
2667           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2668             structure contacts</li>
2669           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2670           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2671           <li>Parse sequence associated secondary structure
2672             information in Stockholm files</li>
2673           <li>HTML Export database accessions and annotation
2674             information presented in tooltip for sequences</li>
2675           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2676             style RNA alignment files</li>
2677           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2678             alignment</li>
2679           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2680             shade each sequence according to its associated alignment
2681             annotation</li>
2682           <li>New Jalview Logo</li>
2683         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2684         <ul>
2685           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2686           <li>New Website!</li>
2687         </ul></td>
2688       <td><em>Application</em>
2689         <ul>
2690           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2691             wsdbfetch REST service</li>
2692           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2693           <li>Filetype associations not installed for webstart
2694             launch</li>
2695           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2696             job execution in full once it is complete</li>
2697           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2698             uploaded via ali_file parameter</li>
2699           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2700           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2701           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2702             submitted for prediction</li>
2703           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2704             desktop window</li>
2705           <li>Putting fractional value into integer text box in
2706             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2707           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2708             windows 7</li>
2709           <li>View all structures fails with exception shown in
2710             structure view</li>
2711           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2712             escaped in a platform independent way</li>
2713           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2714             using proxy</li>
2715           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2716             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2717           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2718             failure when java web start temporary file caching is
2719             disabled</li>
2720           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2721             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2722           <li>Errors during processing of command line arguments
2723             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2724           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2725             DAS sources in sequence fetcher</li>
2726           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2727             dialog is shown</li>
2728           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2729           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2730           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2731           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2732             on OSX Mountain Lion</li>
2733           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2734             sequences with alignment annotation are pasted into the
2735             alignment</li>
2736           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2737             when loaded from Jalview project</li>
2738           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2739           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2740             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2741           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2742             associated with all views</li>
2743           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2744             annotation rows to new window</li>
2745         </ul> <em>Applet</em>
2746         <ul>
2747           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2748             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2749           <li>loading features via javascript API automatically
2750             enables feature display</li>
2751           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2752             work</li>
2753         </ul> <em>General</em>
2754         <ul>
2755           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2756           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2757             and then deselected</li>
2758           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2759           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2760             coloured with clustalx</li>
2761           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2762             exceptions and redraw errors</li>
2763           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2764             reconfigured view</li>
2765           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2766             colour</li>
2767           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2768             for lots of labels</li>
2769         </ul>
2770     </tr>
2771     <tr>
2772       <td>
2773         <div align="center">
2774           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2775         </div>
2776       </td>
2777       <td><em>Application</em>
2778         <ul>
2779           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2780           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2781           <li>View/alignment association menu to enable user to
2782             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2783             its colours/correspondences from</li>
2784           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2785           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2786             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2787           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2788           <li>Annotation row column label formatting attributes
2789             stored in project file</li>
2790           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2791             rows preserved in Jalview project file</li>
2792           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2793             saved using Desktop window menu</li>
2794           <li>Visual indication that command line arguments are
2795             still being processed</li>
2796           <li>Groovy script execution from URL</li>
2797           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2798             preferences</li>
2799           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2800             alignment with sequences that have high similarity and
2801             matching IDs</li>
2802           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2803           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2804             structures in same window</li>
2805           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2806           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2807             analysis function in its own submenu</li>
2808         </ul> <em>Applet</em>
2809         <ul>
2810           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2811             groups</li>
2812           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2813           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2814           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2815           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2816           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2817             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2818           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2819           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2820             parameters are treated as such</li>
2821           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2822             <ul>
2823               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2824               <li>Javascript callbacks for
2825                 <ul>
2826                   <li>Applet initialisation</li>
2827                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2828                 </ul>
2829               </li>
2830               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2831                 functions</li>
2832               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2833               <li>javascript structure viewer harness to pass
2834                 messages between Jmol and Jalview when running as
2835                 distinct applets</li>
2836               <li>sortBy method</li>
2837               <li>Set of applet and application examples shipped
2838                 with documentation</li>
2839               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2840                 javascript message exchange</li>
2841             </ul>
2842         </ul> <em>General</em>
2843         <ul>
2844           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2845             multiple alignments</li>
2846           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2847           <li>User configurable link to enable redirects to a
2848             www.Jalview.org mirror</li>
2849           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2850           <li>Configurable newline string when writing alignment
2851             and other flat files</li>
2852           <li>Allow alignment annotation description lines to
2853             contain html tags</li>
2854         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2855         <ul>
2856           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2857             examples</li>
2858           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2859             using a web service before displaying the result in the
2860             Jalview desktop</li>
2861           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2862           <li>Ant target to publish example html files with applet
2863             archive</li>
2864           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2865           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2866         </ul></td>
2867       <td><em>Application</em>
2868         <ul>
2869           <li>User defined colourscheme throws exception when
2870             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2871           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2872             dialog for valid filename/format</li>
2873           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2874           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2875             P37173</li>
2876           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2877             which sequence is to be associated with the file</li>
2878           <li>Find All raises null pointer exception when query
2879             only matches sequence IDs</li>
2880           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2881           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2882             2.4 cannot be loaded</li>
2883           <li>Filetype associations not installed for webstart
2884             launch</li>
2885           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2886             with sequences in different alignments do not get coloured
2887             by their associated sequence</li>
2888           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2889             not preserved when project is loaded</li>
2890           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2891             stored in Jalview project</li>
2892           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2893             Jalview project</li>
2894           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2895           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2896             by conservation</li>
2897           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2898             created on new view</li>
2899           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2900             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2901           <li>Alignment quality not updated after alignment
2902             annotation row is hidden then shown</li>
2903           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2904             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2905           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2906             properly</li>
2907           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2908             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2909           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2910           <li>Structures imported from file and saved in project
2911             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2912           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2913             job execution in full once it is complete</li>
2914         </ul> <em>Applet</em>
2915         <ul>
2916           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2917             annotation rows are displayed</li>
2918           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2919             codebase</li>
2920           <li>View follows highlighting does not work for positions
2921             in sequences</li>
2922           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2923           <li>Export features raises exception when no features
2924             exist</li>
2925           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2926             for javascript api is modified when separator string
2927             provided as parameter</li>
2928           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2929             alignment with no existing selection</li>
2930           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2931             to applet&#39;s codebase</li>
2932           <li>Status bar not updated after finished searching and
2933             search wraps around to first result</li>
2934           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2935             several Jalview applets causes race conditions and memory
2936             leaks</li>
2937           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2938             not sent from Jmol in applet</li>
2939           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2940             applet API fatally hang browser</li>
2941         </ul> <em>General</em>
2942         <ul>
2943           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2944             position with wrapped view and hidden regions</li>
2945           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2946             with/without hidden columns</li>
2947           <li>Sequence length given in alignment properties window
2948             is off by 1</li>
2949           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2950             import PDB like structure files</li>
2951           <li>Positional search results are only highlighted
2952             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2953           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2954           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2955             given sequence position</li>
2956           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2957             output</li>
2958           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2959             from nucleotide chains correctly</li>
2960           <li>Structure colours not updated when tree partition
2961             changed in alignment</li>
2962           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2963             parsed in interleaved stockholm</li>
2964           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2965             state</li>
2966           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2967             properly</li>
2968           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2969             properly associated with their pdb files</li>
2970         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2971         <ul>
2972           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2973             ApplyCopyright tool</li>
2974         </ul></td>
2975     </tr>
2976     <tr>
2977       <td>
2978         <div align="center">
2979           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2980         </div>
2981       </td>
2982       <td><em>Application</em>
2983         <ul>
2984           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2985             contact web services</li>
2986           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2987             service job window</li>
2988           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2989         </ul></td>
2990       <td>
2991         <ul>
2992           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2993             pir file emitted by Jalview</li>
2994           <li>Existing feature settings transferred to new
2995             alignment view created from cut'n'paste</li>
2996           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2997             parsing PDB files</li>
2998           <li>Consensus and conservation annotation rows
2999             occasionally become blank for all new windows</li>
3000           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3001             in wrapped view mode</li>
3002         </ul> <em>Application</em>
3003         <ul>
3004           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3005             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3006           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3007             parameter names</li>
3008           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3009             is down</li>
3010         </ul>
3011       </td>
3012     </tr>
3013     <tr>
3014       <td>
3015         <div align="center">
3016           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3017         </div>
3018       </td>
3019       <td><em>Application</em>
3020         <ul>
3021           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3022             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3023             (JABAWS)
3024           </li>
3025           <li>Web Services preference tab</li>
3026           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3027             preferences</li>
3028           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3029           <li>Superpose structures using associated sequence
3030             alignment</li>
3031           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3032             viewer</li>
3033         </ul> <em>Applet</em>
3034         <ul>
3035           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3036             link out mechanism</li>
3037         </ul> <em>Other</em>
3038         <ul>
3039           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3040             series 12</li>
3041           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3042             require Java 1.5</li>
3043           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3044             sequence annotation files</li>
3045           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3046             type colour specification</li>
3047           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3048             script to check if it being run in an interactive session or
3049             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3050         </ul></td>
3051       <td>
3052         <ul>
3053           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3054             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3055         </ul> <em>Application</em>
3056         <ul>
3057           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3058             selected Regions menu item</li>
3059           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3060             part of a valid accession ID</li>
3061           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3062             runs out of memory</li>
3063           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3064             analysis results</li>
3065           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3066             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3067           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3068         </ul> <em>Applet</em>
3069         <ul>
3070           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3071             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3072             defined.</li>
3073         </ul>
3074       </td>
3075     </tr>
3076     <tr>
3077       <td>
3078         <div align="center">
3079           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3080         </div>
3081       </td>
3082       <td></td>
3083       <td>
3084         <ul>
3085           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3086             sequence IDs</li>
3087           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3088             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3089           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3090             import correctly</li>
3091           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3092             number of columns are hidden</li>
3093           <li>annotation label popup menu not providing correct
3094             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3095             present</li>
3096           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3097             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3098           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3099             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3100
3101         </ul> <em>Applet</em>
3102         <ul>
3103           <li>annotation panel disappears when annotation is
3104             hidden/removed</li>
3105         </ul> <em>Application</em>
3106         <ul>
3107           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3108             alignment opened where annotation panel is visible but no
3109             annotations are present on alignment</li>
3110           <li>pasted region containing hidden columns is
3111             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3112           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3113             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3114           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3115             selected Rregions menu item.</li>
3116           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3117             'Un' or 'Non'conserved</li>
3118           <li>Sequence feature settings are being shared by
3119             multiple distinct alignments</li>
3120           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3121             changed</li>
3122           <li>double click on group annotation to select sequences
3123             does not propagate to associated trees</li>
3124           <li>Mac OSX specific issues:
3125             <ul>
3126               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3127                 window background</li>
3128               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3129                 name set correctly</li>
3130               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3131                 save feature colourscheme button</li>
3132             </ul>
3133           </li>
3134         </ul>
3135       </td>
3136     </tr>
3137     <tr>
3138
3139       <td>
3140         <div align="center">
3141           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3142         </div>
3143       </td>
3144       <td><em>New Capabilities</em>
3145         <ul>
3146           <li>URL links generated from description line for
3147             regular-expression based URL links (applet and application)
3148
3149           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3150             menu</li>
3151           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3152             structures</li>
3153           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3154             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3155           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3156             average score or total feature count for each sequence.</li>
3157           <li>Shading features by score or associated description</li>
3158           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3159             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3160           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3161             hide everything but the currently selected region.</li>
3162           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3163         </ul> <em>Application</em>
3164         <ul>
3165           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3166             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3167           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3168             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3169           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3170             database references and protein_name is parsed as
3171             description line (BioSapiens terms).</li>
3172           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3173             references in sequence ID tooltip from View menu in
3174             application.</li>
3175           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3176       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3177           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3178             conservation plots</li>
3179           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3180             and visualized as sequence logos</li>
3181           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3182             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3183           </li>
3184           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3185             when a new tree is opened.</li>
3186           <li>Jalview Java Console</li>
3187           <li>Better placement of desktop window when moving
3188             between different screens.</li>
3189           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3190             consensus annotation</li>
3191           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3192             Workflows</li>
3193           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3194             <ul>
3195               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3196                 used to preserve views, structures, and tree display
3197                 settings)</li>
3198               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3199                 command line</li>
3200               <li>Sharing of selected regions between views and
3201                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3202               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3203             </ul></li>
3204         </ul> <em>Applet</em>
3205         <ul>
3206           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3207           <li>New Parameters
3208             <ul>
3209               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3210                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3211                 opened.</li>
3212               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3213                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3214               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3215                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3216               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3217                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3218                 view</li>
3219               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3220                 increase the height or width of a cell in the alignment
3221                 grid relative to the current font size.</li>
3222             </ul>
3223           </li>
3224           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3225             tooltip</li>
3226         </ul> <em>Other</em>
3227         <ul>
3228           <li>Features format: graduated colour definitions and
3229             specification of feature scores</li>
3230           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3231             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3232             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3233           <li>XML formats extended to support graduated feature
3234             colourschemes, group associated annotation, and profile
3235             visualization settings.</li></td>
3236       <td>
3237         <ul>
3238           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3239             rather than description</li>
3240           <li>Non-positional features are now included in sequence
3241             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3242             visibility in tooltip).</li>
3243           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3244           <li>Added URL embedding instructions to features file
3245             documentation.</li>
3246           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3247             'X' in peptide product</li>
3248           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3249             sequence ID and sequence string and query strings do not
3250             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3251           <li>AMSA files only contain first column of
3252             multi-character column annotation labels</li>
3253           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3254             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3255             exported and re-imported)</li>
3256           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3257             name</li>
3258           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3259             as subsequence matches, and correctly reports total number
3260             of both.</li>
3261           <li>Application:
3262             <ul>
3263               <li>Better handling of exceptions during sequence
3264                 retrieval</li>
3265               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3266                 link text excludes the start_end suffix</li>
3267               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3268                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3269               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3270               <li>Sequence description lines properly shared via
3271                 VAMSAS</li>
3272               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3273                 data sources</li>
3274               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3275                 completes before alignment figures are generated.</li>
3276               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3277                 first time.</li>
3278               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3279                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3280               <li>User defined group colours properly recovered
3281                 from Jalview projects.</li>
3282             </ul>
3283           </li>
3284         </ul>
3285       </td>
3286
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>Experimental support for google analytics usage
3297             tracking.</li>
3298           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301       <td>
3302         <ul>
3303           <li>Race condition in applet preventing startup in
3304             jre1.6.0u12+.</li>
3305           <li>Exception when feature created from selection beyond
3306             length of sequence.</li>
3307           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3308           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3309             all sequences with a given id</li>
3310           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3311             ID string searches</li>
3312           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3313             alignment to fail with exception</li>
3314         </ul> <em>Application Issues</em>
3315         <ul>
3316           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3317           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3318             data sources</li>
3319         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3320         <ul>
3321           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3322             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3323           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3324             version (java class versioning error fixed)</li>
3325         </ul>
3326       </td>
3327     </tr>
3328     <tr>
3329       <td>
3330
3331         <div align="center">
3332           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3333         </div>
3334       </td>
3335       <td><em>User Interface</em>
3336         <ul>
3337           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3338             translation and protein products</li>
3339           <li>Linked highlighting of structure associated with
3340             residue mapping to codon position</li>
3341           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3342             and 'clear' button</li>
3343           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3344             Tools menu</li>
3345           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3346             numeric data in description line</li>
3347           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3348           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3349             of sequence</li>
3350         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3351         <ul>
3352           <li>JPred3 web service</li>
3353           <li>Prototype sequence search client (no public services
3354             available yet)</li>
3355           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3356             PFAM</li>
3357           <li>URL Links created for matching database cross
3358             references as well as sequence ID</li>
3359           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3360         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3361         <ul>
3362           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3363             databases</li>
3364           <li>Generalised database reference retrieval and
3365             validation to all fetchable databases</li>
3366           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3367             sequence command</li>
3368         </ul> <em>Import and Export</em>
3369         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3370         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3371           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3372         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3373           File</li>
3374         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3375           triplet as name of colourscheme</li>
3376         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3377         <ul>
3378           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3379           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3380             alignments (experimental)</li>
3381           <li>Create new or select existing session to join</li>
3382           <li>load and save of vamsas documents</li>
3383         </ul> <em>Application command line</em>
3384         <ul>
3385           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3386             from applet)</li>
3387           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3388             of DAS servers to query for alignment features</li>
3389           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3390             that are also automatically queried for features</li>
3391           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3392             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3393         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3394         <ul>
3395           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3396             application (when using &quot;View in full
3397             application&quot;)</li>
3398         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3399         <ul>
3400           <li>feature group display control parameter</li>
3401           <li>debug parameter</li>
3402           <li>showbutton parameter</li>
3403         </ul> <em>Applet API methods</em>
3404         <ul>
3405           <li>newView public method</li>
3406           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3407           <li>Feature display control methods</li>
3408           <li>get list of currently selected sequences</li>
3409         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3410         <ul>
3411           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3412           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3413             Jalview release.</li>
3414           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3415             property controls execution of obfuscator</li>
3416           <li>Build target for generating source distribution</li>
3417           <li>Debug flag for javacc</li>
3418           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3419             jalview.bin.Cache</li>
3420           <li>Continuous Build Integration for stable and
3421             development version of Application, Applet and source
3422             distribution</li>
3423         </ul></td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>selected region output includes visible annotations
3427             (for certain formats)</li>
3428           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3429             for editing</li>
3430           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3431           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3432           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3433           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3434             comments</li>
3435           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3436             filenames containing a ':'</li>
3437           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3438             global sequence features</li>
3439           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3440             references from alignment sequences goes to zero</li>
3441           <li>Close of tree branch colour box without colour
3442             selection causes cascading exceptions</li>
3443           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3444           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3445             file parsing fails.</li>
3446           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3447           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3448             not a valid output format</li>
3449           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3450             vamsas</li>
3451           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3452           <li>error messages passed up and output when data read
3453             fails</li>
3454           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3455             sequence is edited</li>
3456           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3457             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3458           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3459             filetype</li>
3460           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3461             import fixed for PFAM records</li>
3462           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3463             window list</li>
3464           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3465             can be read and written correctly to annotation file</li>
3466           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3467             correctly</li>
3468           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3469             non-italic font for representatives in Applet</li>
3470           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3471             Macs.</li>
3472           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3473             Applet)</li>
3474           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3475             due to null pointer exceptions</li>
3476           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3477             first column of alignment</li>
3478           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3479             July 2008</li>
3480           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3481             file is case-insensitive</li>
3482           <li>Sequence features read from Features file appended to
3483             all sequences with matching IDs</li>
3484           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3485             containing a sub-sequence</li>
3486           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3487           <li>feature and annotation file applet parameters
3488             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3489           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3490           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3491             splash-screen version check to complete</li>
3492           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3493             when passing them to the launchApp service</li>
3494           <li>display name and local features preserved in results
3495             retrieved from web service</li>
3496           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3497             sequence fetcher initialisation</li>
3498           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3499             dasobert DAS client</li>
3500           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3501             association</li>
3502           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3503             sequences
3504           </li>
3505         </ul>
3506       </td>
3507     </tr>
3508     <tr>
3509       <td>
3510         <div align="center">
3511           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3512         </div>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3517           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3518           <li>Slide sequences</li>
3519           <li>Edit sequence in place</li>
3520           <li>EMBL CDS features</li>
3521           <li>DAS Feature mapping</li>
3522           <li>Feature ordering</li>
3523           <li>Alignment Properties</li>
3524           <li>Annotation Scores</li>
3525           <li>Sort by scores</li>
3526           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3527         </ul>
3528       </td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3532           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3533           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3534           <li>Feature group display state in XML</li>
3535           <li>Feature ordering in XML</li>
3536           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3537           <li>Stockholm alignment properties</li>
3538           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3539           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3540           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3541           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3542         </ul>
3543       </td>
3544
3545     </tr>
3546     <tr>
3547       <td>
3548         <div align="center">
3549           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3550         </div>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>Non standard characters can be read and displayed
3555           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3556             applet via textbox
3557           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3558             name &amp; description
3559           <li>Preference setting to display sequence name in
3560             italics
3561           <li>Annotation file format extended to allow
3562             Sequence_groups to be defined
3563           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3564             specified in preferences
3565           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3566             sequences
3567         </ul>
3568       </td>
3569       <td>
3570         <ul>
3571           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3572             installed
3573           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3574           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3575         </ul>
3576       </td>
3577     </tr>
3578     <tr>
3579       <td>
3580         <div align="center">
3581           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3582         </div>
3583       </td>
3584       <td>
3585         <ul>
3586           <li>Multiple views on alignment
3587           <li>Sequence feature editing
3588           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3589           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3590           <li>Background dependent text colour
3591           <li>Right align sequence ids
3592           <li>User-defined lower case residue colours
3593           <li>Format Menu
3594           <li>Select Menu
3595           <li>Menu item accelerator keys
3596           <li>Control-V pastes to current alignment
3597           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3598           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3599           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3600
3601           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3602         </ul>
3603       </td>
3604       <td>
3605         <ul>
3606           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3607           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3608             calculations
3609           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3610             edits
3611           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3612             of alignment)
3613           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3614
3615           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3616             display correctly
3617           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3618           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3619             analysis results
3620           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3621             &#8739;
3622           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3623           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3624           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3625
3626         </ul>
3627       </td>
3628     </tr>
3629     <tr>
3630       <td>
3631         <div align="center">
3632           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3633         </div>
3634       </td>
3635       <td>
3636         <ul>
3637           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3638         </ul>
3639       </td>
3640       <td>
3641         <ul>
3642           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3643             sequence id panel has been resized</li>
3644           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3645             rendered</li>
3646           <li>Annotation files with sequence references - all
3647             elements in file are relative to sequence position</li>
3648           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651     </tr>
3652     <tr>
3653       <td>
3654         <div align="center">
3655           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3656         </div>
3657       </td>
3658       <td>
3659         <ul>
3660           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3661           <li>DAS Feature fetching</li>
3662           <li>Hide sequences and columns</li>
3663           <li>Export Annotations and Features</li>
3664           <li>GFF file reading / writing</li>
3665           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3666             files</li>
3667           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3668           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3669           <li>Applet can launch the full application</li>
3670           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3671             required)</li>
3672           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3673           <li>Applet can load sequences from parameter
3674             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3675           </li>
3676         </ul>
3677       </td>
3678       <td>
3679         <ul>
3680           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3681           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3682           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3683         </ul>
3684       </td>
3685     </tr>
3686     <tr>
3687       <td>
3688         <div align="center">
3689           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3690         </div>
3691       </td>
3692       <td>
3693         <ul>
3694           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3695           <li>Choose to match case when searching</li>
3696           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3697             expand the visible width and height of the alignment</li>
3698         </ul>
3699       </td>
3700       <td>
3701         <ul>
3702           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3703         </ul>
3704       </td>
3705     </tr>
3706     <tr>
3707       <td>
3708         <div align="center">
3709           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3710         </div>
3711       </td>
3712       <td>&nbsp;</td>
3713       <td>
3714         <ul>
3715           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3716           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3717             value</li>
3718         </ul>
3719       </td>
3720     </tr>
3721     <tr>
3722       <td>
3723         <div align="center">
3724           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3725         </div>
3726       </td>
3727       <td>
3728         <ul>
3729           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3730           <li>Keyboard editing</li>
3731           <li>Create sequence features from searches</li>
3732           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3733             alignments</li>
3734           <li>Features file allows grouping of features</li>
3735           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3736           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3737           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740       <td>
3741         <ul>
3742           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3743           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3744             descriptions saved.</li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3757           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3758           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3759             name for file output</li>
3760           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3761           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3762             used for HTML form input</li>
3763         </ul>
3764       </td>
3765       <td>
3766         <ul>
3767           <li>HTML output writes groups and features</li>
3768           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3769           <li>File IO bugs</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772     </tr>
3773     <tr>
3774       <td>
3775         <div align="center">
3776           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3777         </div>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3782           <li>More options for PCA viewer</li>
3783         </ul>
3784       </td>
3785       <td>
3786         <ul>
3787           <li>GUI bugs resolved</li>
3788           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3789         </ul>
3790       </td>
3791     </tr>
3792     <tr>
3793       <td height="63">
3794         <div align="center">
3795           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3796         </div>
3797       </td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3801           <li>Jar files are executable</li>
3802           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3803         </ul>
3804       </td>
3805       <td>
3806         <ul>
3807           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3808           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3809           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3810         </ul>
3811       </td>
3812     </tr>
3813     <tr>
3814       <td>
3815         <div align="center">
3816           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3817         </div>
3818       </td>
3819       <td>
3820         <ul>
3821           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3827         </ul>
3828       </td>
3829     </tr>
3830     <tr>
3831       <td>
3832         <div align="center">
3833           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3834         </div>
3835       </td>
3836       <td>
3837         <ul>
3838           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3839             size</li>
3840         </ul>
3841       </td>
3842       <td>
3843         <ul>
3844           <li>Improved JPred client reliability</li>
3845           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3846         </ul>
3847       </td>
3848     </tr>
3849     <tr>
3850       <td>
3851         <div align="center">
3852           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3853         </div>
3854       </td>
3855       <td>
3856         <ul>
3857           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3858           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3859           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3860             to Colour Menu</li>
3861           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3862           <li>Unix users can set default web browser</li>
3863           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3864           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3865         </ul>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3870         </ul>
3871       </td>
3872     </tr>
3873     <tr>
3874       <td>
3875         <div align="center">
3876           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3877         </div>
3878       </td>
3879       <td>&nbsp;</td>
3880       <td>
3881         <ul>
3882           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3883             alignment order.</li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886     </tr>
3887     <tr>
3888       <td>
3889         <div align="center">
3890           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3891         </div>
3892       </td>
3893       <td>
3894         <ul>
3895           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3896           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3897           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3898             annotations.</li>
3899           <li>Version and build date written to build properties
3900             file.</li>
3901           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3902             at launch of Jalview.</li>
3903         </ul>
3904       </td>
3905       <td>
3906         <ul>
3907           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3908           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3909           <li>Can remove groups one by one.</li>
3910           <li>Filechooser icons installed.</li>
3911           <li>Finder ignores return character when searching.
3912             Return key will initiate a search.<br>
3913           </li>
3914         </ul>
3915       </td>
3916     </tr>
3917     <tr>
3918       <td>
3919         <div align="center">
3920           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3921         </div>
3922       </td>
3923       <td>
3924         <ul>
3925           <li>New codebase</li>
3926         </ul>
3927       </td>
3928       <td>&nbsp;</td>
3929     </tr>
3930   </table>
3931   <p>&nbsp;</p>
3932 </body>
3933 </html>