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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>4/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  81               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  82               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  83                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  84                 properties file.</em>
  85             </li>
  86             <li>
  87               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  88               API and sequence data now imported as JSON
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  92               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  93               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  94               property.
  95             </li>
  96           </ul>
  97           <em>Development</em>
  98           <ul>
  99             <li>
 100               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 101               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 102                 Clover</a>
 103             </li>
 104           </ul>
 105         </div></td>
 106     <td><div align="left">
 107         <em></em>
 108         <ul>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 111               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 112               visible.
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 116               when sequences are selected in exported view.</em>
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 120               aren't rendered with correct colour.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 124               types of knotted RNA secondary structure
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 128               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 129               do not start at 1
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 133               annotation when columns are inserted into an alignment,
 134               and when exporting as Stockolm flatfile.
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 138               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 139               treated as RNA secondary structure
 140             </li>
 141           </ul>
 142           <em>Java 10 Issues</em>
 143           <ul>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 146               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 147               box.
 148             </li>
 149           </ul>
 150       </div>
 151     </td>
 152     </tr>
 153     <tr>
 154       <td width="60" nowrap>
 155         <div align="center">
 156           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 157             <em>7/06/2018</em></strong>
 158         </div>
 159       </td>
 160       <td><div align="left">
 161           <em></em>
 162           <ul>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 165               annotation retrieved from Uniprot
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 169               onto the Jalview Desktop
 170             </li>
 171           </ul>
 172         </div></td>
 173       <td><div align="left">
 174           <em></em>
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 178               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 182               right-hand column parsed correctly
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 186               not alignment area in exported graphic
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 190               window has input focus
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 194               annotation added to view (Windows)
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 198               network connectivity is poor
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 202               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 203                 the currently open URL and links from a page viewed in
 204                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 205                 you are using Edge, only links in the page can be
 206                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 207                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 208             </li>
 209           </ul>
 210         </div></td>
 211     </tr>
 212     <tr>
 213       <td width="60" nowrap>
 214         <div align="center">
 215           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 216         </div>
 217       </td>
 218       <td><div align="left">
 219           <em></em>
 220           <ul>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 223               for disabling automatic superposition of multiple
 224               structures and open structures in existing views
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 228               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 229               adjust them.
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 233               Ensembl services
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 237               and lots of hidden columns
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 241               of features (particularly when transparency is disabled)
 242             </li>
 243           </ul>
 244           </div>
 245       </td>
 246       <td><div align="left">
 247           <ul>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 250               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 254               overlapping alignment panel
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 258               sequence as gaps
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 262               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 263               UTR
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 267               factor annotation not added to sequence when local PDB
 268               file associated with it by drag'n'drop or structure
 269               chooser
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 273               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 277               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 281               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 285               columns in annotation row
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 289               honored in batch mode
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 293               for structures added to existing Jmol view
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 297               entries after importing project with multiple views
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 301               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 302               with negative residue numbers or missing residues fails
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 306               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 307               as generated by CONSURF)
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 311               tooltip doesn't include a text description of mutation
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 315               structure and/or overview windows are also shown
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 319               very slow for alignments with large numbers of sequences
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 323               with 'StringIndexOutOfBounds'
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 327               platforms running Java 10
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 331               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 332             </li>
 333           </ul>
 334           <em>Applet</em>
 335           <ul>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 338               should copy the group consensus when popup is opened on it
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>Batch Mode</em>
 342           <ul>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 345           </li>
 346           </ul>
 347           <em>New Known Defects</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 351               editing a large alignment and overview is displayed
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 355               repeatedly after a series of edits even when the overview
 356               is no longer reflecting updates
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 360               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 361               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 362               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 363             </li>
 364           </ul>
 365         </div>
 366           </td>
 367     </tr>
 368     <tr>
 369       <td width="60" nowrap>
 370         <div align="center">
 371           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 372         </div>
 373       </td>
 374       <td><div align="left">
 375           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 376               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 377       <td><div align="left">
 378           <em>Desktop</em><ul>
 379           <ul>
 380             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 381             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 382             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 383             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 384             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 385             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 386             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 387           </ul>
 388           </div>
 389       </td>
 390     </tr>
 391     <tr>
 392       <td width="60" nowrap>
 393         <div align="center">
 394           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 395         </div>
 396       </td>
 397       <td><div align="left">
 398           <em></em>
 399           <ul>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 402               rendering of sequence features
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 406               429 rate limit request hander
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 410               their colours have changed
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 414               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 418               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 422               view from Ensembl locus cross-references
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 426               Alignment report
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 430               feature can be disabled
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 434               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 438               Uniprot
 439             </li>
 440           </ul>
 441           <em>Scripting</em>
 442           <ul>
 443             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 444             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 445               percent identity scores for current alignment.</li>
 446           </ul>
 447           <em>Testing and Deployment</em>
 448           <ul>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 451             </li>
 452           </ul>
 453         </div></td>
 454       <td><div align="left">
 455           <em>General</em>
 456           <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 459               threshold text field doesn't trigger an update to the
 460               alignment view
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 464               strings in parallel
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 468               alignment window is closed
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 472               group visibility
 473             </li>
 474             <li>
 475               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 476               takes a long time in Cursor mode
 477             </li>
 478           </ul>
 479           <em>Desktop</em>
 480           <ul>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 483               cannot be viewed in Chimera
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 487               CDS/Protein view
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 491               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 492               Search Dialogs
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 502               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 506               scrolling right in unwapped alignment view
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 510               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 511               database
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 515               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 519               features of same type and group to be selected for
 520               amending
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 524               alignments when hidden columns are present
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 528               displaying several structures
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 532               moving a window
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 536               within the Jalview desktop on OSX
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 540               when in wrapped alignment mode
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 544               hand end of alignment
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 548               each selected sequence do not have correct start/end
 549               positions
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 553               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 557               restoring project until a new view is created
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 561               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 562               configured (since 2.10.2b2)
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 566               position is adjusted
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 570               in a multi-chain structure when viewing alignment
 571               involving more than one chain (since 2.10)
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 575               if new selection moves alignment window
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 579               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 583               that produces correctly annotated transcripts and products
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 587               doesn't update associated structure view
 588             </li>
 589           </ul>
 590           <em>Applet</em><br />
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 594               closing alignment panel
 595             </li>
 596           </ul>
 597           <em>BioJSON</em><br />
 598           <ul>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 601               non-positional features
 602             </li>
 603           </ul>
 604           <em>New Known Issues</em>
 605           <ul>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 608               sequence features correctly (for many previous versions of
 609               Jalview)
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 613               using cursor in wrapped panel other than top
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 617               graduated colour threshold
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 621               always preserve numbering and sequence features
 622             </li>
 623           </ul>
 624           <em>Known Java 9 Issues</em>
 625           <ul>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 628               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 629               9.01, OSX 10.10)
 630             </li>
 631           </ul>
 632         </div></td>
 633     </tr>
 634     <tr>
 635       <td width="60" nowrap>
 636         <div align="center">
 637           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 638             <em>2/10/2017</em></strong>
 639         </div>
 640       </td>
 641       <td><div align="left">
 642           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 643           <ul>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 646             </li>
 647             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 648             </li>
 649           </ul>
 650         </div></td>
 651       <td><div align="left">
 652         </div></td>
 653     </tr>
 654     <tr>
 655       <td width="60" nowrap>
 656         <div align="center">
 657           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 658             <em>7/9/2017</em></strong>
 659         </div>
 660       </td>
 661       <td><div align="left">
 662           <em></em>
 663           <ul>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 666               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 667               white)
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 671               Preferences
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 675               in size and progress bar shown as higher resolution
 676               overview is recalculated
 677             </li>
 678
 679           </ul>
 680         </div></td>
 681       <td><div align="left">
 682           <em></em>
 683           <ul>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 686               column region row by row
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 690               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 691             </li>
 692             <li>
 693               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 694               format setting is unticked
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 698               if group has show boxes format setting unticked
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 702               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 703               include sequences and columns not currently displayed
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 707               assemblies are imported via CIF file
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 711               displayed when threshold or conservation colouring is also
 712               enabled.
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 716               server version
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 720               dragging a selected region off the visible region of the
 721               alignment
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 725               colourscheme to all groups in a view
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 729               initially after font size change using the Font chooser or
 730               middle-mouse zoom
 731             </li>
 732           </ul>
 733         </div></td>
 734     </tr>
 735     <tr>
 736       <td width="60" nowrap>
 737         <div align="center">
 738           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 739         </div>
 740       </td>
 741       <td><div align="left">
 742           <em>Calculations</em>
 743           <ul>
 744
 745             <li>
 746               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 747               ungapped positions in each column of the alignment.
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 751               a calculation dialog box
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 755               and memory efficiency (~30x faster)
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 759               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 760               and other calculations
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 764               files within the Jalview codebase
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 768               Similarity may have different topology due to increased
 769               precision
 770             </li>
 771           </ul>
 772           <em>Rendering</em>
 773           <ul>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 776               model for alignments and groups
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 780               scripts
 781             </li>
 782           </ul>
 783           <em>Overview</em>
 784           <ul>
 785             <li>
 786               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 787               with alignment and overview windows
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 791               overview
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 795               omitted in Overview
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 799               adjustment of visible position
 800             </li>
 801           </ul>
 802
 803           <em>Data import/export</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 807               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 811               annotation input/output via stockholm flatfile
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 815               extension when importing structure files without embedded
 816               names or PDB accessions
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 820               format sequence substitution matrices
 821             </li>
 822           </ul>
 823           <em>User Interface</em>
 824           <ul>
 825             <li>
 826               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 827               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 828               the application.
 829             </li>
 830             <li>
 831               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 832               via Overview or sequence motif search operations
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 836               opened by double clicking gaps within sequence feature
 837               extent
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 841               aligned positions were available to create a 3D structure
 842               superposition.
 843             </li>
 844           </ul>
 845           <em>3D Structure</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 849               coloured in linked structure views
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 853               file-based command exchange
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 857               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 858               structures are already available for sequences
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 862               the Jalview project rather than downloaded again when the
 863               project is reopened.
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 867               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 868               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 869                 Feature</strong>)
 870             </li>
 871           </ul>
 872           <em>Web Services</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 879               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 880               Analysis services
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 884               cross-references provided by identifiers.org and the
 885               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 886             </li>
 887           </ul>
 888
 889           <em>Scripting</em>
 890           <ul>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 893               identifying file formats (instead of String constants)
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 897               efficiency when counting all displayed features (not
 898               backwards compatible with 2.10.1)
 899             </li>
 900           </ul>
 901           <em>Example files</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 905               included in the example feature file
 906             </li>
 907           </ul>
 908           <em>Documentation</em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 912               with the built-in Java help viewer
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 916               sequence description' option
 917             </li>
 918           </ul>
 919           <em>Test Suite</em>
 920           <ul>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 923               Uniprot REST Free Text Search Client
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 930               during tests
 931             </li>
 932           </ul>
 933         </div></td>
 934       <td><div align="left">
 935           <em>Calculations</em>
 936           <ul>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 939               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 940               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 941             </li>
 942             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 943               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 944               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 945               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 946               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 947               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 948               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 949               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 950               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 951               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 952               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 953               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 954               // for 2.10.1 mode <br />
 955               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 956               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 957                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 958                 calculations (not recommended)</em></li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 961               scaling of branch lengths for trees computed using
 962               Sequence Feature Similarity.
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 966               generating output report when working with highly
 967               redundant alignments
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 971               right of selected region when gaps present on right-hand
 972               boundary
 973             </li>
 974           </ul>
 975           <em>User Interface</em>
 976           <ul>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 979               doesn't reselect a specific sequence's associated
 980               annotation after it was used for colouring a view
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 984               opened on a region of alignment without groups
 985             </li>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 988               of an alignment with overlapping groups
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 992               name and description match
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 996               hidden regions results in incorrect hidden regions
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1000               changing colour does not apply Conservation slider value
1001               to all groups
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1005               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1009               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1013               gaps before start of features
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1017               restored to UI when feature colour is edited
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1021               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1025               as graduate feature colour settings are modified via the
1026               dialog box
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1030               when a group defined on the alignment is resized
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1034               wrapped view result in positional status updates
1035             </li>
1036
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1039               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1043               alignment included gapped columns
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1047               widgets don't permanently disappear
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1051               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1052               T-Coffee column reliability scores)
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1056               sequence feature on gaps only
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1060               button from a Find inherit previously defined feature type
1061               rather than the Find query string
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1065               exporting tree calculated in Jalview
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1069               and then revealing them reorders sequences on the
1070               alignment
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1074               doesn't update to reflect available set of groups after
1075               interactively adding or modifying features
1076             </li>
1077             <li>
1078               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1079               Linux
1080             </li>
1081             <li>
1082               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1083               only excluded gaps in current sequence and ignored
1084               selection.
1085             </li>
1086           </ul>
1087           <em>Rendering</em>
1088           <ul>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1091               erratically when hidden rows or columns are present
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1095               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1096               sequence colouring
1097             </li>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1100               colour and group colour menu for protein alignments
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1104               reflect currently selected view or group's shading
1105               thresholds
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1109               when rendered on overview and structures when opacity at
1110               100%
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1114               overview when features overlaid on alignment
1115             </li>
1116           </ul>
1117           <em>Data import/export</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1121               load
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1125               added after a sequence was imported are not written to
1126               Stockholm File
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1130               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1134               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1138               with lightGray or darkGray via features file (but can
1139               specify lightgray)
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1143               when alignment view imported from project
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1147               structure and sequences extracted from structure files
1148               imported via URL and viewed in Jmol
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1152               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1153               the project is loaded and the structure viewed
1154             </li>
1155           </ul>
1156           <em>Web Services</em>
1157           <ul>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1160               release of Ensembl v.88
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1164               appear enabled in Preferences->Connections
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1168               removed from console output
1169             </li>
1170             <li>
1171               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1172               Ensembl by Peptide ID
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1176               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1177               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1178               due to 'null' string rather than empty string used for
1179               residues with no corresponding PDB mapping).
1180             </li>
1181           </ul>
1182           <em>Application UI</em>
1183           <ul>
1184             <li>
1185               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1186               menu
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1190               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1191               new documentation and tooltips added)
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1195               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1199               new features are added to alignment
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1203               changes to feature colours via the Amend features dialog
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1207               edit graduated feature colour via amend features dialog
1208               box
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1212               selection menu changes colours of alignment views
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1216               from alignment calculation workers after alignment has
1217               been closed
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1221               groups now 'Create Group'
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1225               Create/Undefine group doesn't always work
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1229               shown again after pressing 'Cancel'
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1233               adjusts start position in wrap mode
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1237               ambiguous amino acids
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1241               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1242               proteins
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1246               Defined' don't appear in Colours menu
1247             </li>
1248           </ul>
1249           <em>Applet</em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1253               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1257               overview or linked structure view
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1261               work (since 2.8)
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1265               user-defined colourscheme doesn't restore original
1266               colourscheme
1267             </li>
1268           </ul>
1269           <em>Test Suite</em>
1270           <ul>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1273               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1277               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1278               problems with deep array comparison equality asserts in
1279               successive versions of TestNG
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1283               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1284             </li>
1285           </ul>
1286           <em>New Known Issues</em>
1287           <ul>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1290               phase after a sequence motif find operation
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1294               containing just upper and lower case letters are
1295               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1299               reliably from eggnog Ortholog database
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1303               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1304               to mark columns containing highlighted regions.
1305             </li>
1306             <li>
1307               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1308               doesn't always add secondary structure annotation.
1309             </li>
1310           </ul>
1311         </div>
1312     <tr>
1313       <td width="60" nowrap>
1314         <div align="center">
1315           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1316         </div>
1317       </td>
1318       <td><div align="left">
1319           <em>General</em>
1320           <ul>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1323               for all consensus calculations
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1327               3rd Oct 2016)
1328             </li>
1329             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1330               for 2016-2017</li>
1331           </ul>
1332           <em>Application</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1336               set of database cross-references, sorted alphabetically
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1340               from database cross references. Users with custom links
1341               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1342                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1346               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1347               Chimera session
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1351               the Chimera it is connected to is shut down
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1355               columns menu item to mark columns containing highlighted
1356               regions (e.g. from structure selections or results of a
1357               Find operation)
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1361               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1362               MSAviewer
1363             </li>
1364           </ul>
1365         </div></td>
1366       <td>
1367         <div align="left">
1368           <em>General</em>
1369           <ul>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1372               are not coloured or thresholded according to percent
1373               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1377               hydrophobic
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1381               threshold, amino acid properties)
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1385               reported as mapped to residues in a structure file in the
1386               View Mapping report
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1390               could be added multiple times to a sequence
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1394               bond features shown as two highlighted residues rather
1395               than a range in linked structure views, and treated
1396               correctly when selecting and computing trees from features
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1400               cross-references are matched to database name regardless
1401               of case
1402             </li>
1403
1404           </ul>
1405           <em>Application</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1409               names without regular expressions also offer links from
1410               Sequence ID
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1414               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1415               update Jalview configuration
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1419               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1423               files with similarly named sequences if dropped onto the
1424               alignment
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1428               entries where more chains exist in the PDB accession than
1429               are reported in the SIFTS file
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1433               the structure view when displayed with Chimera
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1437               panel's View->Show Chains submenu
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1441               work for wrapped alignment views
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1445               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1449               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1450               first annotation row
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1454               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1458               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1459             </li>
1460             <!-- JAL-2319 -->
1461             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1462             coordindate data
1463             </li>
1464           </ul>
1465           <!--           <em>New Known Issues</em>
1466           <ul>
1467             <li></li>
1468           </ul> -->
1469         </div>
1470       </td>
1471     </tr>
1472     <td width="60" nowrap>
1473       <div align="center">
1474         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1475           <em>25/10/2016</em></strong>
1476       </div>
1477     </td>
1478     <td><em>Application</em>
1479       <ul>
1480         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1481           view if structures already loaded</li>
1482         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1483           structure views</li>
1484       </ul></td>
1485     <td>
1486       <div align="left">
1487         <em>General</em>
1488         <ul>
1489           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1490             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1491           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1492             example sequences/projects/trees</li>
1493         </ul>
1494         <em>Application</em>
1495         <ul>
1496           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1497             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1498           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1499             without timeout for structures with multiple models or
1500             multiple sequences in alignment</li>
1501           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1502             PDB ID HEADER line</li>
1503           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1504             is performed</li>
1505           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1506             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1507           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1508           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1509             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1510             option</li>
1511           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1512             is created on the alignment</li>
1513           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1514             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1515             pop-up menu</li>
1516         </ul>
1517         <em>Build and deployment</em>
1518         <ul>
1519           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1520             tags</li>
1521         </ul>
1522         <em>New Known Issues</em>
1523         <ul>
1524           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1525             on Windows</li>
1526         </ul>
1527       </div>
1528     </td>
1529     </tr>
1530     <tr>
1531       <td width="60" nowrap>
1532         <div align="center">
1533           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1534         </div>
1535       </td>
1536       <td><em>General</em>
1537         <ul>
1538           <li>
1539             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1540           </li>
1541           <li>
1542             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1543             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1544             better PDB parsing.
1545           </li>
1546           <li>
1547             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1548             reference sequence
1549           </li>
1550           <li>
1551             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1552             mousing over sequence associated annotation
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1556             for manual entry
1557           </li>
1558           <li>
1559             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1560             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1561             for each column
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1565             showing or hiding columns containing a feature
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1569             group and sequence associated annotation labels
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1573             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1574             dialogs
1575           </li>
1576
1577         </ul> <em>Application</em>
1578         <ul>
1579           <li>
1580             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1581             gene/transcript view
1582           </li>
1583           <li>
1584             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1585             dialog
1586           </li>
1587           <li>
1588             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1589             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1590           </li>
1591           <li>
1592             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1593             Pfam sources to xfam.org
1594           </li>
1595           <li>
1596             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1597           </li>
1598           <li>
1599             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1600             over sequences in Jalview
1601           </li>
1602           <li>
1603             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1604             regions in ENA and EMBL
1605           </li>
1606           <li>
1607             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1608             for record retrieval via ENA rest API
1609           </li>
1610           <li>
1611             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1612             complement operator
1613           </li>
1614           <li>
1615             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1616             groovy script execution
1617           </li>
1618           <li>
1619             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1620             alignment window's Calculate menu
1621           </li>
1622           <li>
1623             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1624             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1625           </li>
1626           <li>
1627             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1628             calculation workers from groovy scripts
1629           </li>
1630           <li>
1631             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1632             Jalview projects
1633           </li>
1634           <li>
1635             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1636             associations are now saved/restored from project
1637           </li>
1638           <li>
1639             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1640             before sequence fetcher is opened
1641           </li>
1642           <li>
1643             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1644             database chooser opens a sequence fetcher
1645           </li>
1646           <li>
1647             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1648             the UniProt REST API
1649           </li>
1650           <li>
1651             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1652             the news reader opening
1653           </li>
1654           <li>
1655             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1656             querying stored in preferences
1657           </li>
1658           <li>
1659             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1660             search results
1661           </li>
1662           <li>
1663             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1664           </li>
1665           <li>
1666             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1667             menu for nucleotide sequences
1668           </li>
1669           <li>
1670             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1671             and feature counts preserves alignment ordering (and
1672             debugged for complex feature sets).
1673           </li>
1674           <li>
1675             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1676             viewing structures with Jalview 2.10
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1680             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1681             Ensembl Genomes REST API
1682           </li>
1683           <li>
1684             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1685             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1686             (Ensembl)
1687           </li>
1688           <li>
1689             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1690             sequences
1691           </li>
1692           <li>
1693             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1694             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1695             data from external database records.
1696           </li>
1697           <li>
1698             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1699             efficient recovery of sequence coding and alignment
1700             annotation relationships.
1701           </li>
1702         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1703         <ul>
1704           <li>
1705             -- JAL---
1706           </li>
1707         </ul> --></td>
1708       <td>
1709         <div align="left">
1710           <em>General</em>
1711           <ul>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1714               menu on OSX
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1718               includes graduated colourschemes
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1722               working with big alignments and lots of hidden columns
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1726               at right of alignment window
1727             </li>
1728             <li>
1729               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1730               contents
1731             </li>
1732             <li>
1733               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1734               for DNA alignments
1735             </li>
1736             <li>
1737               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1738               based tree calculation
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1742               unconserved enabled for group on alignment
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1746               set as reference
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1750               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1751               annotation
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1755               hidden columns present
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1759               user created annotation added to alignment
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1763               '()' base pair annotation
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1767               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1768               Consensus
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1772               feature not working
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1776               beginning of sequence
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1780               entry 3a6s
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1784               from a tree when t-coffee scores are shown
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1788               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1792               some structures
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1796               to Clustal, PIR and PileUp output
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1800               not visible causes alignment window to repaint
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1804               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1805               scores associated with features and annotation rows
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1809               calculation should be case independent
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1813               columns
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1817               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1818               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1822               problems when reference sequence defined and 'show
1823               non-conserved' enabled
1824             </li>
1825             <li>
1826               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1827               load even when Consensus calculation is disabled
1828             </li>
1829             <li>
1830               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1831               alignment does nothing
1832             </li>
1833           </ul>
1834           <em>Application</em>
1835           <ul>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1838               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1839               yet fixed for El Capitan)
1840             </li>
1841             <li>
1842               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1843               output when running on non-gb/us i18n platforms
1844             </li>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1847               hidden sequences as flat-file alignment
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1851               launching Chimera
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1855               (also hotfix for 2.9.0b2)
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1859               reference sequence defined
1860             </li>
1861             <li>
1862               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1863               alignments and views when revealing hidden columns
1864             </li>
1865             <li>
1866               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1867               view in a cDNA/Protein splitframe
1868             </li>
1869             <li>
1870               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1871               sequence from project when only one sequence is
1872               represented
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1876               in Structure Chooser
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1880               structure consensus didn't refresh annotation panel
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1884               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1888               dialogs format columns correctly, don't display array
1889               data, sort columns according to type
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1893               file chooser is cancelled during an image export
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1897               sequence name containing special characters
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1901               case insensitive
1902             </li>
1903             <li>
1904               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1905               formatting don't wrap
1906             </li>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1909               truncated so L looks like I in consensus annotation
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1913               currently displayed features for the current selection or
1914               view
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1918               after fetching cross-references, and restoring from
1919               project
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1923               followed in the structure viewer
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1927               splitframe not restored from project
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1931               trailing end of protein alignment in transcript/product
1932               splitview when pad-gaps not enabled by default
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1936               is case dependent
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1940               article has been read (reopened issue due to
1941               internationalisation problems)
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1945               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1946               cross-references
1947             </li>
1948
1949             <li>
1950               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1951               alignment as HTML
1952             </li>
1953             <li>
1954               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1955               multiple structures are shown for one or more sequences.
1956             </li>
1957             <li>
1958               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1959               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1960               is enabled.
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1964               specific PDB id for sequence
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1968               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1969               columns' is disabled.
1970             </li>
1971             <li>
1972               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1973               selects lowest rather than highest resolution structures
1974               for each sequence
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1978               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1982               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1986               after clicking on it to create new annotation for a
1987               column.
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1991               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1992             </li>
1993             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1994             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1995           </ul>
1996           <em>Applet</em>
1997           <ul>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2000               hidden columns present before start of sequence
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2004               (JSON jars)
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2008               sequences are hidden in applet
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2012               deployment on examples pages.
2013             </li>
2014           </ul>
2015         </div>
2016       </td>
2017     </tr>
2018     <tr>
2019       <td width="60" nowrap>
2020         <div align="center">
2021           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2022             <em>16/10/2015</em></strong>
2023         </div>
2024       </td>
2025       <td><em>General</em>
2026         <ul>
2027           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2028             jars</li>
2029         </ul></td>
2030       <td>
2031         <div align="left">
2032           <em>Application</em>
2033           <ul>
2034             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2035               shown when tree is partitioned</li>
2036             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2037               multiple cDNA/Protein split views</li>
2038           </ul>
2039         </div>
2040       </td>
2041     </tr>
2042     <tr>
2043       <td width="60" nowrap>
2044         <div align="center">
2045           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2046             <em>8/10/2015</em></strong>
2047         </div>
2048       </td>
2049       <td><em>General</em>
2050         <ul>
2051           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2052             2.9</li>
2053         </ul> <em>Application</em>
2054         <ul>
2055           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2056           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2057           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2058         </ul> <em>Applet</em>
2059         <ul>
2060           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2061         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2062         <ul>
2063           <li>
2064             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2065             suite
2066           </li>
2067         </ul></td>
2068       <td>
2069         <div align="left">
2070           <em>General</em>
2071           <ul>
2072             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2073               incorrect when sequence start > 1</li>
2074             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2075               documentation</li>
2076             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2077             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2078               loading a features file containing HTML tags in feature
2079               description</li>
2080
2081           </ul>
2082           <em>Application</em>
2083           <ul>
2084             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2085               reimport</li>
2086             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2087               with 'trim retrieved sequences'</li>
2088             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2089               deleting selected columns</li>
2090             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2091               JNLP templates for webstart launch</li>
2092             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2093               unreleased structures for download or viewing</li>
2094             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2095               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2096             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2097               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2098             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2099               recovered from jalview project</li>
2100             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2101               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2102               alignment view</li>
2103             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2104               color schemes from BioJSON</li>
2105           </ul>
2106           <em>Applet</em>
2107           <ul>
2108             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2109               frame</li>
2110             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2111           </ul>
2112         </div>
2113       </td>
2114     </tr>
2115     <tr>
2116       <td><div align="center">
2117           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2118         </div></td>
2119       <td><em>General</em>
2120         <ul>
2121           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2122             alignments:
2123             <ul>
2124               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2125                 and DNA alignment views</li>
2126               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2127                 cDNA alignment views</li>
2128               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2129                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2130               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2131                 protein sequences</li>
2132             </ul>
2133           </li>
2134           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2135           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2136             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2137           <li>New alignment annotation file statements for
2138             reference sequences and marking hidden columns</li>
2139           <li>Reference sequence based alignment shading to
2140             highlight variation</li>
2141           <li>Select or hide columns according to alignment
2142             annotation</li>
2143           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2144           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2145             acid conservation row</li>
2146           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2147         </ul> <em>Application</em>
2148         <ul>
2149           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2150             <ul>
2151               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2152                 view with cDNA/Protein</li>
2153               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2154                 sequences are placed in the same alignment</li>
2155               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2156                 projects</li>
2157             </ul>
2158           </li>
2159
2160           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2161           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2162             Jalview windows</li>
2163
2164           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2165           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2166           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2167             be shown in VARNA</li>
2168
2169           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2170             as the active selected region</li>
2171
2172           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2173             similarity</li>
2174           <li>New Export options
2175             <ul>
2176               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2177                 region export in flat file generation</li>
2178
2179               <li>Export alignment views for display with the <a
2180                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2181
2182               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2183               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2184                 alignment figures to HTML</li>
2185           </li>
2186           <li>3D structure retrieval and display
2187             <ul>
2188               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2189                 Search API</li>
2190               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2191                 PDB structures for a sequence set</li>
2192             </ul>
2193           </li>
2194
2195           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2196             predictions</li>
2197           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2198             for one or a group of sequences</li>
2199           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2200             from the JPred4 web server</li>
2201           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2202             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2203             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2204           </li>
2205           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2206             VARNA 2D Structure'</li>
2207           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2208             Structure ..."</li>
2209
2210         </ul> <em>Applet</em>
2211         <ul>
2212           <li>New layout for applet example pages</li>
2213           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2214             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2215           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2216             Protein alignments</li>
2217         </ul> <em>Development and deployment</em>
2218         <ul>
2219           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2220           <li>Include installation type and git revision in build
2221             properties and console log output</li>
2222           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2223             storing BioJsMSA Templates</li>
2224           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2225         </ul></td>
2226       <td>
2227         <!-- <em>General</em>
2228         <ul>
2229         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2230         <ul>
2231           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2232           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2233           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2234             predictions are not highlighted in amber</li>
2235           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2236             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2237           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2238             associated structure views</li>
2239           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2240             width checkbox not enabled</li>
2241           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2242             creating user defined colours</li>
2243           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2244             mappings for just that viewer's sequences</li>
2245           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2246             multiple models in Chimera</li>
2247           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2248             over Jmol structure</li>
2249           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2250             output to text box</li>
2251           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2252             have incorrect sequence start/end</li>
2253           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2254             Jalview fails</li>
2255           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2256             work for nucleotide</li>
2257           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2258             to a grey/invisible alignment window</li>
2259           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2260             imports to different position</li>
2261           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2262             on some platforms</li>
2263           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2264             populated</li>
2265           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2266             console if Chimera has been opened</li>
2267           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2268           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2269             retrieved</li>
2270           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2271           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2272             either sequence shows on first structure</li>
2273           <li>'Show annotations' options should not make
2274             non-positional annotations visible</li>
2275           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2276             in right place after 'view flanking regions'</li>
2277           <li>File Save As type unset when current file format is
2278             unknown</li>
2279           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2280             projects</li>
2281           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2282             responsive</li>
2283           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2284             several views on same alignment</li>
2285           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2286           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2287             spaces</li>
2288         </ul> <em>Applet</em>
2289         <ul>
2290           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2291           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2292             descriptions containing angle brackets</li>
2293         </ul> <em>General</em>
2294         <ul>
2295           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2296             via jalview annotation file</li>
2297           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2298             with RNA secondary structure</li>
2299           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2300             translation doesn't work.</li>
2301           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2302           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2303             positions</li>
2304           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2305             choosing 1pt font</li>
2306           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2307             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2308             'h'</li>
2309           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2310             new feature</li>
2311           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2312             order dependent</li>
2313           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2314             sequences</li>
2315           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2316         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2317         <ul>
2318           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2319             www.jalview.org</li>
2320         </ul> <em>Application Known issues</em>
2321         <ul>
2322           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2323           <li>Misleading message appears after trying to delete
2324             solid column.</li>
2325           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2326             version launches</li>
2327           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2328             fails with a sequence mismatch</li>
2329           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2330             scrolling alignment to right</li>
2331           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2332             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2333           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2334             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2335           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2336             ultra-high resolution</li>
2337           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2338             quality and conservation</li>
2339           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2340             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2341         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2342         <ul>
2343           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2344           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2345             window is being resized</li>
2346
2347         </ul>
2348       </td>
2349     </tr>
2350     <tr>
2351       <td><div align="center">
2352           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2353         </div></td>
2354       <td><em>General</em>
2355         <ul>
2356           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2357             Certum.PL.</li>
2358           <li>Features and annotation preserved when performing
2359             pairwise alignment</li>
2360           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2361             imported/exported/displayed</li>
2362           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2363             protein secondary structure</li>
2364           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2365               post-hoc with 2.9 release</em>)
2366           </li>
2367
2368         </ul> <em>Application</em>
2369         <ul>
2370           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2371             with 3D structures</li>
2372           <li>Support for parsing RNAML</li>
2373           <li>Annotations menu for layout
2374             <ul>
2375               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2376               <li>place sequence annotation above/below alignment
2377                 annotation</li>
2378             </ul>
2379           <li>Output in Stockholm format</li>
2380           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2381             translation</li>
2382           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2383           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2384             shared between alignments</li>
2385           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2386             Jalview</li>
2387           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2388             all or current selection</li>
2389           <li>disorder and secondary structure predictions
2390             available as dataset annotation</li>
2391           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2392
2393
2394           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2395             alignments from Rfam</li>
2396           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2397
2398           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2399             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2400           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2401           <li>include installation type in build properties and
2402             console log output</li>
2403           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2404             annotation</li>
2405         </ul></td>
2406       <td>
2407         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2408         <ul>
2409           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2410             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2411           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2412             alignment</li>
2413           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2414           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2415           <li>Double click on sequence associated annotation
2416             selects only first column</li>
2417           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2418             leaves shown in tree</li>
2419           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2420             properly</li>
2421           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2422           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2423             screen and buttons not visible</li>
2424           <li>author list isn't updated if already written to
2425             Jalview properties</li>
2426           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2427             from database</li>
2428           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2429           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2430             browser search window</li>
2431           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2432             in feature settings dialog</li>
2433           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2434             desktop</li>
2435           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2436             pass validation</li>
2437           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2438             fit on screen</li>
2439           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2440             tooltip</li>
2441           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2442             defined user preset</li>
2443           <li>MSA web services warns user if they were launched
2444             with invalid input</li>
2445           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2446             Java 8</li>
2447           <li>
2448             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2449             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2450             created
2451           </li>
2452
2453         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2454         <ul>
2455         </ul> <em>General</em>
2456         <ul>
2457         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2458         <ul>
2459           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2460             memory allocation</li>
2461           <li>launchApp service doesn't automatically open
2462             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2463           <li>
2464             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2465             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2466             1.7_055 is available
2467           </li>
2468         </ul> <em>Application Known issues</em>
2469         <ul>
2470           <li>
2471             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2472             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2473             alignment to right
2474           </li>
2475           <li>
2476             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2477             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2478             with large number of ID
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2482             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2483             start/end
2484           </li>
2485           <li>
2486             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2487             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2488             structure tracks are rearranged
2489           </li>
2490           <li>
2491             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2492             invalid rna structure positional highlighting does not
2493             highlight position of invalid base pairs
2494           </li>
2495           <li>
2496             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2497             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2498             project from alignment window file menu
2499           </li>
2500           <li>
2501             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2502             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2503             structures
2504           </li>
2505           <li>
2506             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2507             colour by RNA Helices not enabled when user created
2508             annotation added to alignment
2509           </li>
2510           <li>
2511             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2512             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2513           </li>
2514         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2515         <ul>
2516           <li>
2517             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2518             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2519           </li>
2520           <li>
2521             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2522             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2523           </li>
2524
2525           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2526             when selected</li>
2527         </ul>
2528       </td>
2529     </tr>
2530     <tr>
2531       <td><div align="center">
2532           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2533         </div></td>
2534       <td>
2535         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2536         <em>General</em>
2537         <ul>
2538           <li>Internationalisation of user interface (usually
2539             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2540           <li>Define/Undefine group on current selection with
2541             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2542           <li>Improved group creation/removal options in
2543             alignment/sequence Popup menu</li>
2544           <li>Sensible precision for symbol distribution
2545             percentages shown in logo tooltip.</li>
2546           <li>Annotation panel height set according to amount of
2547             annotation when alignment first opened</li>
2548         </ul> <em>Application</em>
2549         <ul>
2550           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2551             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2552           <li>Select columns containing particular features from
2553             Feature Settings dialog</li>
2554           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2555             sequences</li>
2556           <li>Update Jalview project format:
2557             <ul>
2558               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2559               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2560                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2561               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2562                 colouring</li>
2563             </ul>
2564           </li>
2565           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2566             (PAM250)</li>
2567           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2568             flanking regions for an alignment</li>
2569         </ul>
2570       </td>
2571       <td>
2572         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2573         <ul>
2574           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2575             running after job is cancelled</li>
2576           <li>cannot export features from alignments imported from
2577             Jalview/VAMSAS projects</li>
2578           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2579             float values</li>
2580           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2581             have 'display all symbols' flag set</li>
2582           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2583             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2584           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2585             Jalview</li>
2586           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2587             Lion/Webstart</li>
2588           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2589           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2590           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2591             alignment onto desktop</li>
2592           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2593             'extract scores' function</li>
2594           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2595             alignment window</li>
2596           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2597             performing IUPred disorder prediction</li>
2598           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2599             changing 'normalise logo' display setting</li>
2600           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2601             nothing matches query</li>
2602           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2603             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2604           </li>
2605           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2606             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2607           </li>
2608           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2609             Jalview's menu</li>
2610           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2611             'invalid literal/length code'</li>
2612           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2613             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2614           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2615             colourscheme</li>
2616
2617         </ul> <em>Applet</em>
2618         <ul>
2619           <li>Remove group option is shown even when selection is
2620             not a group</li>
2621           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2622             don't affect groups</li>
2623           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2624             colourscheme name</li>
2625           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2626             Annotation panel is not displayed</li>
2627           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2628             embedded windows</li>
2629         </ul> <em>Other</em>
2630         <ul>
2631           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2632             single sequence were not calculated</li>
2633           <li>annotation files that contain only groups imported as
2634             annotation and junk sequences</li>
2635           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2636             recognised as PFAM or BLC</li>
2637           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2638             doesn't affect background (2.8.0b1)
2639           <li></li>
2640           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2641           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2642             trailing gaps</li>
2643           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2644             registered correctly on import</li>
2645           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2646             certain alignments</li>
2647           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2648             existing annotation based 'use original colours'
2649             colourscheme loses original colours setting</li>
2650         </ul>
2651       </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td><div align="center">
2655           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2656             <em>30/1/2014</em></strong>
2657         </div></td>
2658       <td>
2659         <ul>
2660           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2661             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2662             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2663             open source project).
2664           </li>
2665           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2666           <li>Output in Stockholm format</li>
2667           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2668           <li>Export/import group and sequence associated line
2669             graph thresholds</li>
2670           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2671             ambiguity codes</li>
2672           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2673             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2674             works</li>
2675           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2676         </ul> <em>Other improvements</em>
2677         <ul>
2678           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2679           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2680             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2681           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2682             files</li>
2683           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2684           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2685             link but no description</li>
2686           <li>Select primary source when selecting authority in
2687             database fetcher GUI</li>
2688           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2689             Jalview</li>
2690           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2691         </ul>
2692       </td>
2693       <td>
2694         <ul>
2695           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2696             displayed</li>
2697           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2698             secondary structure annotation line</li>
2699           <li>Sequence database accessions not imported when
2700             fetching alignments from Rfam</li>
2701           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2702             identical IDs</li>
2703           <li>View all structures does not always superpose
2704             structures</li>
2705           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2706             reflect user or preset settings</li>
2707           <li>Null pointer exceptions for some services without
2708             presets or adjustable parameters</li>
2709           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2710             discover PDB xRefs</li>
2711           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2712             features with DAS</li>
2713           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2714             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2715           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2716             residue follows a gap</li>
2717           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2718             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2719           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2720             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2721           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2722             annotation already exists on alignment</li>
2723           <li>oninit javascript function should be called after
2724             initialisation completes</li>
2725           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2726             alignment window display</li>
2727           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2728           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2729             to annotation file</li>
2730           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2731             groups created</li>
2732           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2733             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2734           <li>Pressing return several times causes Number Format
2735             exceptions in keyboard mode</li>
2736           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2737             correct partitions for input data</li>
2738           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2739           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2740           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2741           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2742             mode</li>
2743           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2744             changes one row&#39;s threshold</li>
2745           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2746             doesn&#39;t open</li>
2747           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2748             quality histograms</li>
2749         </ul>
2750       </td>
2751     </tr>
2752     <tr>
2753       <td><div align="center">
2754           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2755         </div></td>
2756       <td><em>Application</em>
2757         <ul>
2758           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2759             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2760           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2761             preferences</li>
2762           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2763             in Jalview alignment window</li>
2764           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2765             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2766           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2767             RNA and ambiguity codes</li>
2768
2769           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2770           <li>Support fetching and database reference look up
2771             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2772             refs')</li>
2773           <li>Jalview project improvements
2774             <ul>
2775               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2776                 flag for annotation</li>
2777               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2778                 alignment</li>
2779               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2780                 Jalview project</li>
2781
2782             </ul>
2783           </li>
2784           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2785           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2786             running</li>
2787           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2788           <li>visual indication that web service results are still
2789             being retrieved from server</li>
2790           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2791             starts up for first time</li>
2792           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2793             services</li>
2794           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2795             client library</li>
2796           <li>Examples directory and Groovy library included in
2797             InstallAnywhere distribution</li>
2798         </ul> <em>Applet</em>
2799         <ul>
2800           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2801             visualization applet example</li>
2802         </ul> <em>General</em>
2803         <ul>
2804           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2805           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2806             defaults</li>
2807           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2808             calculation</li>
2809           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2810             matrices
2811           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2812             in HTML</li>
2813           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2814             structure contacts</li>
2815           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2816           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2817           <li>Parse sequence associated secondary structure
2818             information in Stockholm files</li>
2819           <li>HTML Export database accessions and annotation
2820             information presented in tooltip for sequences</li>
2821           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2822             style RNA alignment files</li>
2823           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2824             alignment</li>
2825           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2826             shade each sequence according to its associated alignment
2827             annotation</li>
2828           <li>New Jalview Logo</li>
2829         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2830         <ul>
2831           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2832           <li>New Website!</li>
2833         </ul></td>
2834       <td><em>Application</em>
2835         <ul>
2836           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2837             wsdbfetch REST service</li>
2838           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2839           <li>Filetype associations not installed for webstart
2840             launch</li>
2841           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2842             job execution in full once it is complete</li>
2843           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2844             uploaded via ali_file parameter</li>
2845           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2846           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2847           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2848             submitted for prediction</li>
2849           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2850             desktop window</li>
2851           <li>Putting fractional value into integer text box in
2852             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2853           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2854             windows 7</li>
2855           <li>View all structures fails with exception shown in
2856             structure view</li>
2857           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2858             escaped in a platform independent way</li>
2859           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2860             using proxy</li>
2861           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2862             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2863           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2864             failure when java web start temporary file caching is
2865             disabled</li>
2866           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2867             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2868           <li>Errors during processing of command line arguments
2869             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2870           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2871             DAS sources in sequence fetcher</li>
2872           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2873             dialog is shown</li>
2874           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2875           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2876           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2877           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2878             on OSX Mountain Lion</li>
2879           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2880             sequences with alignment annotation are pasted into the
2881             alignment</li>
2882           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2883             when loaded from Jalview project</li>
2884           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2885           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2886             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2887           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2888             associated with all views</li>
2889           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2890             annotation rows to new window</li>
2891         </ul> <em>Applet</em>
2892         <ul>
2893           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2894             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2895           <li>loading features via javascript API automatically
2896             enables feature display</li>
2897           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2898             work</li>
2899         </ul> <em>General</em>
2900         <ul>
2901           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2902           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2903             and then deselected</li>
2904           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2905           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2906             coloured with clustalx</li>
2907           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2908             exceptions and redraw errors</li>
2909           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2910             reconfigured view</li>
2911           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2912             colour</li>
2913           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2914             for lots of labels</li>
2915         </ul>
2916     </tr>
2917     <tr>
2918       <td>
2919         <div align="center">
2920           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2921         </div>
2922       </td>
2923       <td><em>Application</em>
2924         <ul>
2925           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2926           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2927           <li>View/alignment association menu to enable user to
2928             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2929             its colours/correspondences from</li>
2930           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2931           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2932             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2933           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2934           <li>Annotation row column label formatting attributes
2935             stored in project file</li>
2936           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2937             rows preserved in Jalview project file</li>
2938           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2939             saved using Desktop window menu</li>
2940           <li>Visual indication that command line arguments are
2941             still being processed</li>
2942           <li>Groovy script execution from URL</li>
2943           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2944             preferences</li>
2945           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2946             alignment with sequences that have high similarity and
2947             matching IDs</li>
2948           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2949           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2950             structures in same window</li>
2951           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2952           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2953             analysis function in its own submenu</li>
2954         </ul> <em>Applet</em>
2955         <ul>
2956           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2957             groups</li>
2958           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2959           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2960           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2961           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2962           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2963             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2964           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2965           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2966             parameters are treated as such</li>
2967           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2968             <ul>
2969               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2970               <li>Javascript callbacks for
2971                 <ul>
2972                   <li>Applet initialisation</li>
2973                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2974                 </ul>
2975               </li>
2976               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2977                 functions</li>
2978               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2979               <li>javascript structure viewer harness to pass
2980                 messages between Jmol and Jalview when running as
2981                 distinct applets</li>
2982               <li>sortBy method</li>
2983               <li>Set of applet and application examples shipped
2984                 with documentation</li>
2985               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2986                 javascript message exchange</li>
2987             </ul>
2988         </ul> <em>General</em>
2989         <ul>
2990           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2991             multiple alignments</li>
2992           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2993           <li>User configurable link to enable redirects to a
2994             www.Jalview.org mirror</li>
2995           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2996           <li>Configurable newline string when writing alignment
2997             and other flat files</li>
2998           <li>Allow alignment annotation description lines to
2999             contain html tags</li>
3000         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3001         <ul>
3002           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3003             examples</li>
3004           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3005             using a web service before displaying the result in the
3006             Jalview desktop</li>
3007           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3008           <li>Ant target to publish example html files with applet
3009             archive</li>
3010           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3011           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3012         </ul></td>
3013       <td><em>Application</em>
3014         <ul>
3015           <li>User defined colourscheme throws exception when
3016             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3017           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3018             dialog for valid filename/format</li>
3019           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3020           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3021             P37173</li>
3022           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3023             which sequence is to be associated with the file</li>
3024           <li>Find All raises null pointer exception when query
3025             only matches sequence IDs</li>
3026           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3027           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3028             2.4 cannot be loaded</li>
3029           <li>Filetype associations not installed for webstart
3030             launch</li>
3031           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3032             with sequences in different alignments do not get coloured
3033             by their associated sequence</li>
3034           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3035             not preserved when project is loaded</li>
3036           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3037             stored in Jalview project</li>
3038           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3039             Jalview project</li>
3040           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3041           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3042             by conservation</li>
3043           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3044             created on new view</li>
3045           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3046             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3047           <li>Alignment quality not updated after alignment
3048             annotation row is hidden then shown</li>
3049           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3050             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3051           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3052             properly</li>
3053           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3054             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3055           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3056           <li>Structures imported from file and saved in project
3057             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3058           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3059             job execution in full once it is complete</li>
3060         </ul> <em>Applet</em>
3061         <ul>
3062           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3063             annotation rows are displayed</li>
3064           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3065             codebase</li>
3066           <li>View follows highlighting does not work for positions
3067             in sequences</li>
3068           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3069           <li>Export features raises exception when no features
3070             exist</li>
3071           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3072             for javascript api is modified when separator string
3073             provided as parameter</li>
3074           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3075             alignment with no existing selection</li>
3076           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3077             to applet&#39;s codebase</li>
3078           <li>Status bar not updated after finished searching and
3079             search wraps around to first result</li>
3080           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3081             several Jalview applets causes race conditions and memory
3082             leaks</li>
3083           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3084             not sent from Jmol in applet</li>
3085           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3086             applet API fatally hang browser</li>
3087         </ul> <em>General</em>
3088         <ul>
3089           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3090             position with wrapped view and hidden regions</li>
3091           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3092             with/without hidden columns</li>
3093           <li>Sequence length given in alignment properties window
3094             is off by 1</li>
3095           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3096             import PDB like structure files</li>
3097           <li>Positional search results are only highlighted
3098             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3099           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3100           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3101             given sequence position</li>
3102           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3103             output</li>
3104           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3105             from nucleotide chains correctly</li>
3106           <li>Structure colours not updated when tree partition
3107             changed in alignment</li>
3108           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3109             parsed in interleaved stockholm</li>
3110           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3111             state</li>
3112           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3113             properly</li>
3114           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3115             properly associated with their pdb files</li>
3116         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3117         <ul>
3118           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3119             ApplyCopyright tool</li>
3120         </ul></td>
3121     </tr>
3122     <tr>
3123       <td>
3124         <div align="center">
3125           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3126         </div>
3127       </td>
3128       <td><em>Application</em>
3129         <ul>
3130           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3131             contact web services</li>
3132           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3133             service job window</li>
3134           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3135         </ul></td>
3136       <td>
3137         <ul>
3138           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3139             pir file emitted by Jalview</li>
3140           <li>Existing feature settings transferred to new
3141             alignment view created from cut'n'paste</li>
3142           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3143             parsing PDB files</li>
3144           <li>Consensus and conservation annotation rows
3145             occasionally become blank for all new windows</li>
3146           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3147             in wrapped view mode</li>
3148         </ul> <em>Application</em>
3149         <ul>
3150           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3151             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3152           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3153             parameter names</li>
3154           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3155             is down</li>
3156         </ul>
3157       </td>
3158     </tr>
3159     <tr>
3160       <td>
3161         <div align="center">
3162           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3163         </div>
3164       </td>
3165       <td><em>Application</em>
3166         <ul>
3167           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3168             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3169             (JABAWS)
3170           </li>
3171           <li>Web Services preference tab</li>
3172           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3173             preferences</li>
3174           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3175           <li>Superpose structures using associated sequence
3176             alignment</li>
3177           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3178             viewer</li>
3179         </ul> <em>Applet</em>
3180         <ul>
3181           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3182             link out mechanism</li>
3183         </ul> <em>Other</em>
3184         <ul>
3185           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3186             series 12</li>
3187           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3188             require Java 1.5</li>
3189           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3190             sequence annotation files</li>
3191           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3192             type colour specification</li>
3193           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3194             script to check if it being run in an interactive session or
3195             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3196         </ul></td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3200             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3201         </ul> <em>Application</em>
3202         <ul>
3203           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3204             selected Regions menu item</li>
3205           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3206             part of a valid accession ID</li>
3207           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3208             runs out of memory</li>
3209           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3210             analysis results</li>
3211           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3212             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3213           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3214         </ul> <em>Applet</em>
3215         <ul>
3216           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3217             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3218             defined.</li>
3219         </ul>
3220       </td>
3221     </tr>
3222     <tr>
3223       <td>
3224         <div align="center">
3225           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3226         </div>
3227       </td>
3228       <td></td>
3229       <td>
3230         <ul>
3231           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3232             sequence IDs</li>
3233           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3234             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3235           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3236             import correctly</li>
3237           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3238             number of columns are hidden</li>
3239           <li>annotation label popup menu not providing correct
3240             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3241             present</li>
3242           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3243             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3244           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3245             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3246
3247         </ul> <em>Applet</em>
3248         <ul>
3249           <li>annotation panel disappears when annotation is
3250             hidden/removed</li>
3251         </ul> <em>Application</em>
3252         <ul>
3253           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3254             alignment opened where annotation panel is visible but no
3255             annotations are present on alignment</li>
3256           <li>pasted region containing hidden columns is
3257             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3258           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3259             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3260           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3261             selected Rregions menu item.</li>
3262           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3263             'Un' or 'Non'conserved</li>
3264           <li>Sequence feature settings are being shared by
3265             multiple distinct alignments</li>
3266           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3267             changed</li>
3268           <li>double click on group annotation to select sequences
3269             does not propagate to associated trees</li>
3270           <li>Mac OSX specific issues:
3271             <ul>
3272               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3273                 window background</li>
3274               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3275                 name set correctly</li>
3276               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3277                 save feature colourscheme button</li>
3278             </ul>
3279           </li>
3280         </ul>
3281       </td>
3282     </tr>
3283     <tr>
3284
3285       <td>
3286         <div align="center">
3287           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3288         </div>
3289       </td>
3290       <td><em>New Capabilities</em>
3291         <ul>
3292           <li>URL links generated from description line for
3293             regular-expression based URL links (applet and application)
3294
3295           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3296             menu</li>
3297           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3298             structures</li>
3299           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3300             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3301           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3302             average score or total feature count for each sequence.</li>
3303           <li>Shading features by score or associated description</li>
3304           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3305             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3306           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3307             hide everything but the currently selected region.</li>
3308           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3309         </ul> <em>Application</em>
3310         <ul>
3311           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3312             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3313           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3314             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3315           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3316             database references and protein_name is parsed as
3317             description line (BioSapiens terms).</li>
3318           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3319             references in sequence ID tooltip from View menu in
3320             application.</li>
3321           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3322       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3323           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3324             conservation plots</li>
3325           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3326             and visualized as sequence logos</li>
3327           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3328             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3329           </li>
3330           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3331             when a new tree is opened.</li>
3332           <li>Jalview Java Console</li>
3333           <li>Better placement of desktop window when moving
3334             between different screens.</li>
3335           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3336             consensus annotation</li>
3337           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3338             Workflows</li>
3339           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3340             <ul>
3341               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3342                 used to preserve views, structures, and tree display
3343                 settings)</li>
3344               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3345                 command line</li>
3346               <li>Sharing of selected regions between views and
3347                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3348               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3349             </ul></li>
3350         </ul> <em>Applet</em>
3351         <ul>
3352           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3353           <li>New Parameters
3354             <ul>
3355               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3356                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3357                 opened.</li>
3358               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3359                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3360               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3361                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3362               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3363                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3364                 view</li>
3365               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3366                 increase the height or width of a cell in the alignment
3367                 grid relative to the current font size.</li>
3368             </ul>
3369           </li>
3370           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3371             tooltip</li>
3372         </ul> <em>Other</em>
3373         <ul>
3374           <li>Features format: graduated colour definitions and
3375             specification of feature scores</li>
3376           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3377             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3378             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3379           <li>XML formats extended to support graduated feature
3380             colourschemes, group associated annotation, and profile
3381             visualization settings.</li></td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3385             rather than description</li>
3386           <li>Non-positional features are now included in sequence
3387             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3388             visibility in tooltip).</li>
3389           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3390           <li>Added URL embedding instructions to features file
3391             documentation.</li>
3392           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3393             'X' in peptide product</li>
3394           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3395             sequence ID and sequence string and query strings do not
3396             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3397           <li>AMSA files only contain first column of
3398             multi-character column annotation labels</li>
3399           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3400             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3401             exported and re-imported)</li>
3402           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3403             name</li>
3404           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3405             as subsequence matches, and correctly reports total number
3406             of both.</li>
3407           <li>Application:
3408             <ul>
3409               <li>Better handling of exceptions during sequence
3410                 retrieval</li>
3411               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3412                 link text excludes the start_end suffix</li>
3413               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3414                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3415               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3416               <li>Sequence description lines properly shared via
3417                 VAMSAS</li>
3418               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3419                 data sources</li>
3420               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3421                 completes before alignment figures are generated.</li>
3422               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3423                 first time.</li>
3424               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3425                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3426               <li>User defined group colours properly recovered
3427                 from Jalview projects.</li>
3428             </ul>
3429           </li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td>
3436         <div align="center">
3437           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3438         </div>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Experimental support for google analytics usage
3443             tracking.</li>
3444           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>Race condition in applet preventing startup in
3450             jre1.6.0u12+.</li>
3451           <li>Exception when feature created from selection beyond
3452             length of sequence.</li>
3453           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3454           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3455             all sequences with a given id</li>
3456           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3457             ID string searches</li>
3458           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3459             alignment to fail with exception</li>
3460         </ul> <em>Application Issues</em>
3461         <ul>
3462           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3463           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3464             data sources</li>
3465         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3466         <ul>
3467           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3468             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3469           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3470             version (java class versioning error fixed)</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473     </tr>
3474     <tr>
3475       <td>
3476
3477         <div align="center">
3478           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3479         </div>
3480       </td>
3481       <td><em>User Interface</em>
3482         <ul>
3483           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3484             translation and protein products</li>
3485           <li>Linked highlighting of structure associated with
3486             residue mapping to codon position</li>
3487           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3488             and 'clear' button</li>
3489           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3490             Tools menu</li>
3491           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3492             numeric data in description line</li>
3493           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3494           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3495             of sequence</li>
3496         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3497         <ul>
3498           <li>JPred3 web service</li>
3499           <li>Prototype sequence search client (no public services
3500             available yet)</li>
3501           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3502             PFAM</li>
3503           <li>URL Links created for matching database cross
3504             references as well as sequence ID</li>
3505           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3506         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3507         <ul>
3508           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3509             databases</li>
3510           <li>Generalised database reference retrieval and
3511             validation to all fetchable databases</li>
3512           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3513             sequence command</li>
3514         </ul> <em>Import and Export</em>
3515         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3516         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3517           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3518         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3519           File</li>
3520         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3521           triplet as name of colourscheme</li>
3522         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3523         <ul>
3524           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3525           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3526             alignments (experimental)</li>
3527           <li>Create new or select existing session to join</li>
3528           <li>load and save of vamsas documents</li>
3529         </ul> <em>Application command line</em>
3530         <ul>
3531           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3532             from applet)</li>
3533           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3534             of DAS servers to query for alignment features</li>
3535           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3536             that are also automatically queried for features</li>
3537           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3538             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3539         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3540         <ul>
3541           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3542             application (when using &quot;View in full
3543             application&quot;)</li>
3544         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3545         <ul>
3546           <li>feature group display control parameter</li>
3547           <li>debug parameter</li>
3548           <li>showbutton parameter</li>
3549         </ul> <em>Applet API methods</em>
3550         <ul>
3551           <li>newView public method</li>
3552           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3553           <li>Feature display control methods</li>
3554           <li>get list of currently selected sequences</li>
3555         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3556         <ul>
3557           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3558           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3559             Jalview release.</li>
3560           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3561             property controls execution of obfuscator</li>
3562           <li>Build target for generating source distribution</li>
3563           <li>Debug flag for javacc</li>
3564           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3565             jalview.bin.Cache</li>
3566           <li>Continuous Build Integration for stable and
3567             development version of Application, Applet and source
3568             distribution</li>
3569         </ul></td>
3570       <td>
3571         <ul>
3572           <li>selected region output includes visible annotations
3573             (for certain formats)</li>
3574           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3575             for editing</li>
3576           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3577           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3578           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3579           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3580             comments</li>
3581           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3582             filenames containing a ':'</li>
3583           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3584             global sequence features</li>
3585           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3586             references from alignment sequences goes to zero</li>
3587           <li>Close of tree branch colour box without colour
3588             selection causes cascading exceptions</li>
3589           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3590           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3591             file parsing fails.</li>
3592           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3593           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3594             not a valid output format</li>
3595           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3596             vamsas</li>
3597           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3598           <li>error messages passed up and output when data read
3599             fails</li>
3600           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3601             sequence is edited</li>
3602           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3603             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3604           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3605             filetype</li>
3606           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3607             import fixed for PFAM records</li>
3608           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3609             window list</li>
3610           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3611             can be read and written correctly to annotation file</li>
3612           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3613             correctly</li>
3614           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3615             non-italic font for representatives in Applet</li>
3616           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3617             Macs.</li>
3618           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3619             Applet)</li>
3620           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3621             due to null pointer exceptions</li>
3622           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3623             first column of alignment</li>
3624           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3625             July 2008</li>
3626           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3627             file is case-insensitive</li>
3628           <li>Sequence features read from Features file appended to
3629             all sequences with matching IDs</li>
3630           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3631             containing a sub-sequence</li>
3632           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3633           <li>feature and annotation file applet parameters
3634             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3635           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3636           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3637             splash-screen version check to complete</li>
3638           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3639             when passing them to the launchApp service</li>
3640           <li>display name and local features preserved in results
3641             retrieved from web service</li>
3642           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3643             sequence fetcher initialisation</li>
3644           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3645             dasobert DAS client</li>
3646           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3647             association</li>
3648           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3649             sequences
3650           </li>
3651         </ul>
3652       </td>
3653     </tr>
3654     <tr>
3655       <td>
3656         <div align="center">
3657           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3658         </div>
3659       </td>
3660       <td>
3661         <ul>
3662           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3663           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3664           <li>Slide sequences</li>
3665           <li>Edit sequence in place</li>
3666           <li>EMBL CDS features</li>
3667           <li>DAS Feature mapping</li>
3668           <li>Feature ordering</li>
3669           <li>Alignment Properties</li>
3670           <li>Annotation Scores</li>
3671           <li>Sort by scores</li>
3672           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3673         </ul>
3674       </td>
3675       <td>
3676         <ul>
3677           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3678           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3679           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3680           <li>Feature group display state in XML</li>
3681           <li>Feature ordering in XML</li>
3682           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3683           <li>Stockholm alignment properties</li>
3684           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3685           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3686           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3687           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3688         </ul>
3689       </td>
3690
3691     </tr>
3692     <tr>
3693       <td>
3694         <div align="center">
3695           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3696         </div>
3697       </td>
3698       <td>
3699         <ul>
3700           <li>Non standard characters can be read and displayed
3701           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3702             applet via textbox
3703           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3704             name &amp; description
3705           <li>Preference setting to display sequence name in
3706             italics
3707           <li>Annotation file format extended to allow
3708             Sequence_groups to be defined
3709           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3710             specified in preferences
3711           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3712             sequences
3713         </ul>
3714       </td>
3715       <td>
3716         <ul>
3717           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3718             installed
3719           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3720           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3721         </ul>
3722       </td>
3723     </tr>
3724     <tr>
3725       <td>
3726         <div align="center">
3727           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3728         </div>
3729       </td>
3730       <td>
3731         <ul>
3732           <li>Multiple views on alignment
3733           <li>Sequence feature editing
3734           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3735           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3736           <li>Background dependent text colour
3737           <li>Right align sequence ids
3738           <li>User-defined lower case residue colours
3739           <li>Format Menu
3740           <li>Select Menu
3741           <li>Menu item accelerator keys
3742           <li>Control-V pastes to current alignment
3743           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3744           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3745           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3746
3747           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3748         </ul>
3749       </td>
3750       <td>
3751         <ul>
3752           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3753           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3754             calculations
3755           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3756             edits
3757           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3758             of alignment)
3759           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3760
3761           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3762             display correctly
3763           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3764           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3765             analysis results
3766           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3767             &#8739;
3768           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3769           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3770           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3771
3772         </ul>
3773       </td>
3774     </tr>
3775     <tr>
3776       <td>
3777         <div align="center">
3778           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3779         </div>
3780       </td>
3781       <td>
3782         <ul>
3783           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3784         </ul>
3785       </td>
3786       <td>
3787         <ul>
3788           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3789             sequence id panel has been resized</li>
3790           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3791             rendered</li>
3792           <li>Annotation files with sequence references - all
3793             elements in file are relative to sequence position</li>
3794           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3795         </ul>
3796       </td>
3797     </tr>
3798     <tr>
3799       <td>
3800         <div align="center">
3801           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3802         </div>
3803       </td>
3804       <td>
3805         <ul>
3806           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3807           <li>DAS Feature fetching</li>
3808           <li>Hide sequences and columns</li>
3809           <li>Export Annotations and Features</li>
3810           <li>GFF file reading / writing</li>
3811           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3812             files</li>
3813           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3814           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3815           <li>Applet can launch the full application</li>
3816           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3817             required)</li>
3818           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3819           <li>Applet can load sequences from parameter
3820             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3821           </li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3827           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3828           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3829         </ul>
3830       </td>
3831     </tr>
3832     <tr>
3833       <td>
3834         <div align="center">
3835           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3836         </div>
3837       </td>
3838       <td>
3839         <ul>
3840           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3841           <li>Choose to match case when searching</li>
3842           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3843             expand the visible width and height of the alignment</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846       <td>
3847         <ul>
3848           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3849         </ul>
3850       </td>
3851     </tr>
3852     <tr>
3853       <td>
3854         <div align="center">
3855           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3856         </div>
3857       </td>
3858       <td>&nbsp;</td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3862           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3863             value</li>
3864         </ul>
3865       </td>
3866     </tr>
3867     <tr>
3868       <td>
3869         <div align="center">
3870           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3871         </div>
3872       </td>
3873       <td>
3874         <ul>
3875           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3876           <li>Keyboard editing</li>
3877           <li>Create sequence features from searches</li>
3878           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3879             alignments</li>
3880           <li>Features file allows grouping of features</li>
3881           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3882           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3883           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3884         </ul>
3885       </td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3889           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3890             descriptions saved.</li>
3891         </ul>
3892       </td>
3893     </tr>
3894     <tr>
3895       <td>
3896         <div align="center">
3897           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3898         </div>
3899       </td>
3900       <td>
3901         <ul>
3902           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3903           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3904           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3905             name for file output</li>
3906           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3907           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3908             used for HTML form input</li>
3909         </ul>
3910       </td>
3911       <td>
3912         <ul>
3913           <li>HTML output writes groups and features</li>
3914           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3915           <li>File IO bugs</li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918     </tr>
3919     <tr>
3920       <td>
3921         <div align="center">
3922           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3923         </div>
3924       </td>
3925       <td>
3926         <ul>
3927           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3928           <li>More options for PCA viewer</li>
3929         </ul>
3930       </td>
3931       <td>
3932         <ul>
3933           <li>GUI bugs resolved</li>
3934           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3935         </ul>
3936       </td>
3937     </tr>
3938     <tr>
3939       <td height="63">
3940         <div align="center">
3941           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3942         </div>
3943       </td>
3944       <td>
3945         <ul>
3946           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3947           <li>Jar files are executable</li>
3948           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3949         </ul>
3950       </td>
3951       <td>
3952         <ul>
3953           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3954           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3955           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3956         </ul>
3957       </td>
3958     </tr>
3959     <tr>
3960       <td>
3961         <div align="center">
3962           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3963         </div>
3964       </td>
3965       <td>
3966         <ul>
3967           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3968         </ul>
3969       </td>
3970       <td>
3971         <ul>
3972           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3973         </ul>
3974       </td>
3975     </tr>
3976     <tr>
3977       <td>
3978         <div align="center">
3979           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3980         </div>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3985             size</li>
3986         </ul>
3987       </td>
3988       <td>
3989         <ul>
3990           <li>Improved JPred client reliability</li>
3991           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3992         </ul>
3993       </td>
3994     </tr>
3995     <tr>
3996       <td>
3997         <div align="center">
3998           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3999         </div>
4000       </td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4004           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4005           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4006             to Colour Menu</li>
4007           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4008           <li>Unix users can set default web browser</li>
4009           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4010           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4011         </ul>
4012       </td>
4013       <td>
4014         <ul>
4015           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4016         </ul>
4017       </td>
4018     </tr>
4019     <tr>
4020       <td>
4021         <div align="center">
4022           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4023         </div>
4024       </td>
4025       <td>&nbsp;</td>
4026       <td>
4027         <ul>
4028           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4029             alignment order.</li>
4030         </ul>
4031       </td>
4032     </tr>
4033     <tr>
4034       <td>
4035         <div align="center">
4036           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4037         </div>
4038       </td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4042           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4043           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4044             annotations.</li>
4045           <li>Version and build date written to build properties
4046             file.</li>
4047           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4048             at launch of Jalview.</li>
4049         </ul>
4050       </td>
4051       <td>
4052         <ul>
4053           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4054           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4055           <li>Can remove groups one by one.</li>
4056           <li>Filechooser icons installed.</li>
4057           <li>Finder ignores return character when searching.
4058             Return key will initiate a search.<br>
4059           </li>
4060         </ul>
4061       </td>
4062     </tr>
4063     <tr>
4064       <td>
4065         <div align="center">
4066           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4067         </div>
4068       </td>
4069       <td>
4070         <ul>
4071           <li>New codebase</li>
4072         </ul>
4073       </td>
4074       <td>&nbsp;</td>
4075     </tr>
4076   </table>
4077   <p>&nbsp;</p>
4078 </body>
4079 </html>