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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71     <td width="60" nowrap>
  72       <div align="center">
  73         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>6/09/2018</em></strong>
  74       </div>
  75     </td>
  76     <td><div align="left">
  77         <em></em>
  78         <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
  81               InstallAnywhere increased to 1G.
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
  85               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
  86               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
  87                 Format menu, or for command-line use via a jalview
  88                 properties file.</em>
  89             </li>
  90             <li>
  91               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
  92               API and sequence data now imported as JSON.
  93             </li>
  94             <li>
  95               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
  96               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
  97               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
  98               property.
  99             </li>
 100           </ul>
 101           <em>Development</em>
 102           <ul>
 103             <li>
 104               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 105               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 106                 Clover</a>
 107             </li>
 108           </ul>
 109         </div></td>
 110     <td><div align="left">
 111         <em></em>
 112         <ul>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 115               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 116               alignment.
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 120               annotation displayed.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 124               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 125               visible.
 126             </li>
 127             <li>
 128               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 129               when sequences are selected in exported view.</em>
 130             </li>
 131             <li>
 132               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 133               aren't rendered with correct colour.
 134             </li>
 135             <li>
 136               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 137               types of knotted RNA secondary structure.
 138             </li>
 139             <li>
 140               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 141               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 142               do not start at 1.
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 146               annotation when columns are inserted into an alignment,
 147               and when exporting as Stockholm flatfile.
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 151               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 152               treated as RNA secondary structure.
 153             </li>
 154           </ul>
 155           <em>Java 10 Issues</em>
 156           <ul>
 157             <li>
 158               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 159               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 160               box.
 161             </li>
 162           </ul>
 163       </div>
 164     </td>
 165     </tr>
 166     <tr>
 167       <td width="60" nowrap>
 168         <div align="center">
 169           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 170             <em>7/06/2018</em></strong>
 171         </div>
 172       </td>
 173       <td><div align="left">
 174           <em></em>
 175           <ul>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 178               annotation retrieved from Uniprot
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 182               onto the Jalview Desktop
 183             </li>
 184           </ul>
 185         </div></td>
 186       <td><div align="left">
 187           <em></em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 191               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 195               right-hand column parsed correctly
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 199               not alignment area in exported graphic
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 203               window has input focus
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 207               annotation added to view (Windows)
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 211               network connectivity is poor
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 215               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 216                 the currently open URL and links from a page viewed in
 217                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 218                 you are using Edge, only links in the page can be
 219                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 220                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 221             </li>
 222           </ul>
 223         </div></td>
 224     </tr>
 225     <tr>
 226       <td width="60" nowrap>
 227         <div align="center">
 228           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 229         </div>
 230       </td>
 231       <td><div align="left">
 232           <em></em>
 233           <ul>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 236               for disabling automatic superposition of multiple
 237               structures and open structures in existing views
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 241               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 242               adjust them.
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 246               Ensembl services
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 250               and lots of hidden columns
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 254               of features (particularly when transparency is disabled)
 255             </li>
 256           </ul>
 257           </div>
 258       </td>
 259       <td><div align="left">
 260           <ul>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 263               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 267               overlapping alignment panel
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 271               sequence as gaps
 272             </li>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 275               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 276               UTR
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 280               factor annotation not added to sequence when local PDB
 281               file associated with it by drag'n'drop or structure
 282               chooser
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 286               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 290               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 294               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 298               columns in annotation row
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 302               honored in batch mode
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 306               for structures added to existing Jmol view
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 310               entries after importing project with multiple views
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 314               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 315               with negative residue numbers or missing residues fails
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 319               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 320               as generated by CONSURF)
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 324               tooltip doesn't include a text description of mutation
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 328               structure and/or overview windows are also shown
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 332               very slow for alignments with large numbers of sequences
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 336               with 'StringIndexOutOfBounds'
 337             </li>
 338             <li>
 339               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 340               platforms running Java 10
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 344               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 345             </li>
 346           </ul>
 347           <em>Applet</em>
 348           <ul>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 351               should copy the group consensus when popup is opened on it
 352             </li>
 353           </ul>
 354           <em>Batch Mode</em>
 355           <ul>
 356           <li>
 357             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 358           </li>
 359           </ul>
 360           <em>New Known Defects</em>
 361           <ul>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 364               editing a large alignment and overview is displayed
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 368               repeatedly after a series of edits even when the overview
 369               is no longer reflecting updates
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 373               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 374               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 375               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 376             </li>
 377           </ul>
 378         </div>
 379           </td>
 380     </tr>
 381     <tr>
 382       <td width="60" nowrap>
 383         <div align="center">
 384           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 385         </div>
 386       </td>
 387       <td><div align="left">
 388           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 389               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 390       <td><div align="left">
 391           <em>Desktop</em><ul>
 392           <ul>
 393             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 394             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 395             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 396             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 397             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 398             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 399             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 400           </ul>
 401           </div>
 402       </td>
 403     </tr>
 404     <tr>
 405       <td width="60" nowrap>
 406         <div align="center">
 407           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 408         </div>
 409       </td>
 410       <td><div align="left">
 411           <em></em>
 412           <ul>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 415               rendering of sequence features
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 419               429 rate limit request hander
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 423               their colours have changed
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 427               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 431               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 432             </li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 435               view from Ensembl locus cross-references
 436             </li>
 437             <li>
 438               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 439               Alignment report
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 443               feature can be disabled
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 447               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 451               Uniprot
 452             </li>
 453           </ul>
 454           <em>Scripting</em>
 455           <ul>
 456             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 457             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 458               percent identity scores for current alignment.</li>
 459           </ul>
 460           <em>Testing and Deployment</em>
 461           <ul>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 464             </li>
 465           </ul>
 466         </div></td>
 467       <td><div align="left">
 468           <em>General</em>
 469           <ul>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 472               threshold text field doesn't trigger an update to the
 473               alignment view
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 477               strings in parallel
 478             </li>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 481               alignment window is closed
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 485               group visibility
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 489               takes a long time in Cursor mode
 490             </li>
 491           </ul>
 492           <em>Desktop</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 496               cannot be viewed in Chimera
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 500               CDS/Protein view
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 504               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 505               Search Dialogs
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 515               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 519               scrolling right in unwapped alignment view
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 523               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 524               database
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 528               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 532               features of same type and group to be selected for
 533               amending
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 537               alignments when hidden columns are present
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 541               displaying several structures
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 545               moving a window
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 549               within the Jalview desktop on OSX
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 553               when in wrapped alignment mode
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 557               hand end of alignment
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 561               each selected sequence do not have correct start/end
 562               positions
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 566               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 570               restoring project until a new view is created
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 574               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 575               configured (since 2.10.2b2)
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 579               position is adjusted
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 583               in a multi-chain structure when viewing alignment
 584               involving more than one chain (since 2.10)
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 588               if new selection moves alignment window
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 592               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 596               that produces correctly annotated transcripts and products
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 600               doesn't update associated structure view
 601             </li>
 602           </ul>
 603           <em>Applet</em><br />
 604           <ul>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 607               closing alignment panel
 608             </li>
 609           </ul>
 610           <em>BioJSON</em><br />
 611           <ul>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 614               non-positional features
 615             </li>
 616           </ul>
 617           <em>New Known Issues</em>
 618           <ul>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 621               sequence features correctly (for many previous versions of
 622               Jalview)
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 626               using cursor in wrapped panel other than top
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 630               graduated colour threshold
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 634               always preserve numbering and sequence features
 635             </li>
 636           </ul>
 637           <em>Known Java 9 Issues</em>
 638           <ul>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 641               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 642               9.01, OSX 10.10)
 643             </li>
 644           </ul>
 645         </div></td>
 646     </tr>
 647     <tr>
 648       <td width="60" nowrap>
 649         <div align="center">
 650           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 651             <em>2/10/2017</em></strong>
 652         </div>
 653       </td>
 654       <td><div align="left">
 655           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 659             </li>
 660             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 661             </li>
 662           </ul>
 663         </div></td>
 664       <td><div align="left">
 665         </div></td>
 666     </tr>
 667     <tr>
 668       <td width="60" nowrap>
 669         <div align="center">
 670           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 671             <em>7/9/2017</em></strong>
 672         </div>
 673       </td>
 674       <td><div align="left">
 675           <em></em>
 676           <ul>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 679               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 680               white)
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 684               Preferences
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 688               in size and progress bar shown as higher resolution
 689               overview is recalculated
 690             </li>
 691
 692           </ul>
 693         </div></td>
 694       <td><div align="left">
 695           <em></em>
 696           <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 699               column region row by row
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 703               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 707               format setting is unticked
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 711               if group has show boxes format setting unticked
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 715               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 716               include sequences and columns not currently displayed
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 720               assemblies are imported via CIF file
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 724               displayed when threshold or conservation colouring is also
 725               enabled.
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 729               server version
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 733               dragging a selected region off the visible region of the
 734               alignment
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 738               colourscheme to all groups in a view
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 742               initially after font size change using the Font chooser or
 743               middle-mouse zoom
 744             </li>
 745           </ul>
 746         </div></td>
 747     </tr>
 748     <tr>
 749       <td width="60" nowrap>
 750         <div align="center">
 751           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 752         </div>
 753       </td>
 754       <td><div align="left">
 755           <em>Calculations</em>
 756           <ul>
 757
 758             <li>
 759               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 760               ungapped positions in each column of the alignment.
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 764               a calculation dialog box
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 768               and memory efficiency (~30x faster)
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 772               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 773               and other calculations
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 777               files within the Jalview codebase
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 781               Similarity may have different topology due to increased
 782               precision
 783             </li>
 784           </ul>
 785           <em>Rendering</em>
 786           <ul>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 789               model for alignments and groups
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 793               scripts
 794             </li>
 795           </ul>
 796           <em>Overview</em>
 797           <ul>
 798             <li>
 799               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 800               with alignment and overview windows
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 804               overview
 805             </li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 808               omitted in Overview
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 812               adjustment of visible position
 813             </li>
 814           </ul>
 815
 816           <em>Data import/export</em>
 817           <ul>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 820               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 824               annotation input/output via stockholm flatfile
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 828               extension when importing structure files without embedded
 829               names or PDB accessions
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 833               format sequence substitution matrices
 834             </li>
 835           </ul>
 836           <em>User Interface</em>
 837           <ul>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 840               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 841               the application.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 845               via Overview or sequence motif search operations
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 849               opened by double clicking gaps within sequence feature
 850               extent
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 854               aligned positions were available to create a 3D structure
 855               superposition.
 856             </li>
 857           </ul>
 858           <em>3D Structure</em>
 859           <ul>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 862               coloured in linked structure views
 863             </li>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 866               file-based command exchange
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 870               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 871               structures are already available for sequences
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 875               the Jalview project rather than downloaded again when the
 876               project is reopened.
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 880               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 881               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 882                 Feature</strong>)
 883             </li>
 884           </ul>
 885           <em>Web Services</em>
 886           <ul>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 892               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 893               Analysis services
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 897               cross-references provided by identifiers.org and the
 898               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 899             </li>
 900           </ul>
 901
 902           <em>Scripting</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 906               identifying file formats (instead of String constants)
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 910               efficiency when counting all displayed features (not
 911               backwards compatible with 2.10.1)
 912             </li>
 913           </ul>
 914           <em>Example files</em>
 915           <ul>
 916             <li>
 917               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 918               included in the example feature file
 919             </li>
 920           </ul>
 921           <em>Documentation</em>
 922           <ul>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 925               with the built-in Java help viewer
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 929               sequence description' option
 930             </li>
 931           </ul>
 932           <em>Test Suite</em>
 933           <ul>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 936               Uniprot REST Free Text Search Client
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 943               during tests
 944             </li>
 945           </ul>
 946         </div></td>
 947       <td><div align="left">
 948           <em>Calculations</em>
 949           <ul>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 952               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 953               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 954             </li>
 955             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 956               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 957               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 958               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 959               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 960               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 961               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 962               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 963               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 964               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 965               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 966               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 967               // for 2.10.1 mode <br />
 968               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 969               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 970                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 971                 calculations (not recommended)</em></li>
 972             <li>
 973               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 974               scaling of branch lengths for trees computed using
 975               Sequence Feature Similarity.
 976             </li>
 977             <li>
 978               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 979               generating output report when working with highly
 980               redundant alignments
 981             </li>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 984               right of selected region when gaps present on right-hand
 985               boundary
 986             </li>
 987           </ul>
 988           <em>User Interface</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 992               doesn't reselect a specific sequence's associated
 993               annotation after it was used for colouring a view
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 997               opened on a region of alignment without groups
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1001               of an alignment with overlapping groups
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1005               name and description match
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1009               hidden regions results in incorrect hidden regions
1010             </li>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1013               changing colour does not apply Conservation slider value
1014               to all groups
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1018               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1019             </li>
1020             <li>
1021               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1022               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1023             </li>
1024             <li>
1025               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1026               gaps before start of features
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1030               restored to UI when feature colour is edited
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1034               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1035             </li>
1036             <li>
1037               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1038               as graduate feature colour settings are modified via the
1039               dialog box
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1043               when a group defined on the alignment is resized
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1047               wrapped view result in positional status updates
1048             </li>
1049
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1052               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1056               alignment included gapped columns
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1060               widgets don't permanently disappear
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1064               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1065               T-Coffee column reliability scores)
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1069               sequence feature on gaps only
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1073               button from a Find inherit previously defined feature type
1074               rather than the Find query string
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1078               exporting tree calculated in Jalview
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1082               and then revealing them reorders sequences on the
1083               alignment
1084             </li>
1085             <li>
1086               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1087               doesn't update to reflect available set of groups after
1088               interactively adding or modifying features
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1092               Linux
1093             </li>
1094             <li>
1095               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1096               only excluded gaps in current sequence and ignored
1097               selection.
1098             </li>
1099           </ul>
1100           <em>Rendering</em>
1101           <ul>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1104               erratically when hidden rows or columns are present
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1108               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1109               sequence colouring
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1113               colour and group colour menu for protein alignments
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1117               reflect currently selected view or group's shading
1118               thresholds
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1122               when rendered on overview and structures when opacity at
1123               100%
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1127               overview when features overlaid on alignment
1128             </li>
1129           </ul>
1130           <em>Data import/export</em>
1131           <ul>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1134               load
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1138               added after a sequence was imported are not written to
1139               Stockholm File
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1143               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1144             </li>
1145             <li>
1146               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1147               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1151               with lightGray or darkGray via features file (but can
1152               specify lightgray)
1153             </li>
1154             <li>
1155               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1156               when alignment view imported from project
1157             </li>
1158             <li>
1159               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1160               structure and sequences extracted from structure files
1161               imported via URL and viewed in Jmol
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1165               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1166               the project is loaded and the structure viewed
1167             </li>
1168           </ul>
1169           <em>Web Services</em>
1170           <ul>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1173               release of Ensembl v.88
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1177               appear enabled in Preferences->Connections
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1181               removed from console output
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1185               Ensembl by Peptide ID
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1189               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1190               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1191               due to 'null' string rather than empty string used for
1192               residues with no corresponding PDB mapping).
1193             </li>
1194           </ul>
1195           <em>Application UI</em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1199               menu
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1203               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1204               new documentation and tooltips added)
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1208               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1212               new features are added to alignment
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1216               changes to feature colours via the Amend features dialog
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1220               edit graduated feature colour via amend features dialog
1221               box
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1225               selection menu changes colours of alignment views
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1229               from alignment calculation workers after alignment has
1230               been closed
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1234               groups now 'Create Group'
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1238               Create/Undefine group doesn't always work
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1242               shown again after pressing 'Cancel'
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1246               adjusts start position in wrap mode
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1250               ambiguous amino acids
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1254               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1255               proteins
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1259               Defined' don't appear in Colours menu
1260             </li>
1261           </ul>
1262           <em>Applet</em>
1263           <ul>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1266               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1270               overview or linked structure view
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1274               work (since 2.8)
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1278               user-defined colourscheme doesn't restore original
1279               colourscheme
1280             </li>
1281           </ul>
1282           <em>Test Suite</em>
1283           <ul>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1286               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1290               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1291               problems with deep array comparison equality asserts in
1292               successive versions of TestNG
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1296               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1297             </li>
1298           </ul>
1299           <em>New Known Issues</em>
1300           <ul>
1301             <li>
1302               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1303               phase after a sequence motif find operation
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1307               containing just upper and lower case letters are
1308               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1312               reliably from eggnog Ortholog database
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1316               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1317               to mark columns containing highlighted regions.
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1321               doesn't always add secondary structure annotation.
1322             </li>
1323           </ul>
1324         </div>
1325     <tr>
1326       <td width="60" nowrap>
1327         <div align="center">
1328           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1329         </div>
1330       </td>
1331       <td><div align="left">
1332           <em>General</em>
1333           <ul>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1336               for all consensus calculations
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1340               3rd Oct 2016)
1341             </li>
1342             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1343               for 2016-2017</li>
1344           </ul>
1345           <em>Application</em>
1346           <ul>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1349               set of database cross-references, sorted alphabetically
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1353               from database cross references. Users with custom links
1354               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1355                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1359               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1360               Chimera session
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1364               the Chimera it is connected to is shut down
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1368               columns menu item to mark columns containing highlighted
1369               regions (e.g. from structure selections or results of a
1370               Find operation)
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1374               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1375               MSAviewer
1376             </li>
1377           </ul>
1378         </div></td>
1379       <td>
1380         <div align="left">
1381           <em>General</em>
1382           <ul>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1385               are not coloured or thresholded according to percent
1386               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1390               hydrophobic
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1394               threshold, amino acid properties)
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1398               reported as mapped to residues in a structure file in the
1399               View Mapping report
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1403               could be added multiple times to a sequence
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1407               bond features shown as two highlighted residues rather
1408               than a range in linked structure views, and treated
1409               correctly when selecting and computing trees from features
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1413               cross-references are matched to database name regardless
1414               of case
1415             </li>
1416
1417           </ul>
1418           <em>Application</em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1422               names without regular expressions also offer links from
1423               Sequence ID
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1427               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1428               update Jalview configuration
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1432               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1436               files with similarly named sequences if dropped onto the
1437               alignment
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1441               entries where more chains exist in the PDB accession than
1442               are reported in the SIFTS file
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1446               the structure view when displayed with Chimera
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1450               panel's View->Show Chains submenu
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1454               work for wrapped alignment views
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1458               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1462               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1463               first annotation row
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1467               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1471               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1472             </li>
1473             <!-- JAL-2319 -->
1474             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1475             coordindate data
1476             </li>
1477           </ul>
1478           <!--           <em>New Known Issues</em>
1479           <ul>
1480             <li></li>
1481           </ul> -->
1482         </div>
1483       </td>
1484     </tr>
1485     <td width="60" nowrap>
1486       <div align="center">
1487         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1488           <em>25/10/2016</em></strong>
1489       </div>
1490     </td>
1491     <td><em>Application</em>
1492       <ul>
1493         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1494           view if structures already loaded</li>
1495         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1496           structure views</li>
1497       </ul></td>
1498     <td>
1499       <div align="left">
1500         <em>General</em>
1501         <ul>
1502           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1503             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1504           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1505             example sequences/projects/trees</li>
1506         </ul>
1507         <em>Application</em>
1508         <ul>
1509           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1510             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1511           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1512             without timeout for structures with multiple models or
1513             multiple sequences in alignment</li>
1514           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1515             PDB ID HEADER line</li>
1516           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1517             is performed</li>
1518           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1519             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1520           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1521           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1522             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1523             option</li>
1524           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1525             is created on the alignment</li>
1526           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1527             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1528             pop-up menu</li>
1529         </ul>
1530         <em>Build and deployment</em>
1531         <ul>
1532           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1533             tags</li>
1534         </ul>
1535         <em>New Known Issues</em>
1536         <ul>
1537           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1538             on Windows</li>
1539         </ul>
1540       </div>
1541     </td>
1542     </tr>
1543     <tr>
1544       <td width="60" nowrap>
1545         <div align="center">
1546           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1547         </div>
1548       </td>
1549       <td><em>General</em>
1550         <ul>
1551           <li>
1552             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1553           </li>
1554           <li>
1555             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1556             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1557             better PDB parsing.
1558           </li>
1559           <li>
1560             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1561             reference sequence
1562           </li>
1563           <li>
1564             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1565             mousing over sequence associated annotation
1566           </li>
1567           <li>
1568             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1569             for manual entry
1570           </li>
1571           <li>
1572             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1573             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1574             for each column
1575           </li>
1576           <li>
1577             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1578             showing or hiding columns containing a feature
1579           </li>
1580           <li>
1581             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1582             group and sequence associated annotation labels
1583           </li>
1584           <li>
1585             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1586             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1587             dialogs
1588           </li>
1589
1590         </ul> <em>Application</em>
1591         <ul>
1592           <li>
1593             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1594             gene/transcript view
1595           </li>
1596           <li>
1597             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1598             dialog
1599           </li>
1600           <li>
1601             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1602             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1603           </li>
1604           <li>
1605             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1606             Pfam sources to xfam.org
1607           </li>
1608           <li>
1609             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1610           </li>
1611           <li>
1612             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1613             over sequences in Jalview
1614           </li>
1615           <li>
1616             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1617             regions in ENA and EMBL
1618           </li>
1619           <li>
1620             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1621             for record retrieval via ENA rest API
1622           </li>
1623           <li>
1624             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1625             complement operator
1626           </li>
1627           <li>
1628             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1629             groovy script execution
1630           </li>
1631           <li>
1632             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1633             alignment window's Calculate menu
1634           </li>
1635           <li>
1636             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1637             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1638           </li>
1639           <li>
1640             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1641             calculation workers from groovy scripts
1642           </li>
1643           <li>
1644             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1645             Jalview projects
1646           </li>
1647           <li>
1648             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1649             associations are now saved/restored from project
1650           </li>
1651           <li>
1652             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1653             before sequence fetcher is opened
1654           </li>
1655           <li>
1656             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1657             database chooser opens a sequence fetcher
1658           </li>
1659           <li>
1660             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1661             the UniProt REST API
1662           </li>
1663           <li>
1664             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1665             the news reader opening
1666           </li>
1667           <li>
1668             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1669             querying stored in preferences
1670           </li>
1671           <li>
1672             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1673             search results
1674           </li>
1675           <li>
1676             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1677           </li>
1678           <li>
1679             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1680             menu for nucleotide sequences
1681           </li>
1682           <li>
1683             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1684             and feature counts preserves alignment ordering (and
1685             debugged for complex feature sets).
1686           </li>
1687           <li>
1688             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1689             viewing structures with Jalview 2.10
1690           </li>
1691           <li>
1692             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1693             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1694             Ensembl Genomes REST API
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1698             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1699             (Ensembl)
1700           </li>
1701           <li>
1702             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1703             sequences
1704           </li>
1705           <li>
1706             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1707             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1708             data from external database records.
1709           </li>
1710           <li>
1711             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1712             efficient recovery of sequence coding and alignment
1713             annotation relationships.
1714           </li>
1715         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1716         <ul>
1717           <li>
1718             -- JAL---
1719           </li>
1720         </ul> --></td>
1721       <td>
1722         <div align="left">
1723           <em>General</em>
1724           <ul>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1727               menu on OSX
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1731               includes graduated colourschemes
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1735               working with big alignments and lots of hidden columns
1736             </li>
1737             <li>
1738               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1739               at right of alignment window
1740             </li>
1741             <li>
1742               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1743               contents
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1747               for DNA alignments
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1751               based tree calculation
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1755               unconserved enabled for group on alignment
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1759               set as reference
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1763               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1764               annotation
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1768               hidden columns present
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1772               user created annotation added to alignment
1773             </li>
1774             <li>
1775               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1776               '()' base pair annotation
1777             </li>
1778             <li>
1779               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1780               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1781               Consensus
1782             </li>
1783             <li>
1784               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1785               feature not working
1786             </li>
1787             <li>
1788               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1789               beginning of sequence
1790             </li>
1791             <li>
1792               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1793               entry 3a6s
1794             </li>
1795             <li>
1796               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1797               from a tree when t-coffee scores are shown
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1801               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1802             </li>
1803             <li>
1804               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1805               some structures
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1809               to Clustal, PIR and PileUp output
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1813               not visible causes alignment window to repaint
1814             </li>
1815             <li>
1816               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1817               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1818               scores associated with features and annotation rows
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1822               calculation should be case independent
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1826               columns
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1830               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1831               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1835               problems when reference sequence defined and 'show
1836               non-conserved' enabled
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1840               load even when Consensus calculation is disabled
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1844               alignment does nothing
1845             </li>
1846           </ul>
1847           <em>Application</em>
1848           <ul>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1851               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1852               yet fixed for El Capitan)
1853             </li>
1854             <li>
1855               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1856               output when running on non-gb/us i18n platforms
1857             </li>
1858             <li>
1859               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1860               hidden sequences as flat-file alignment
1861             </li>
1862             <li>
1863               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1864               launching Chimera
1865             </li>
1866             <li>
1867               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1868               (also hotfix for 2.9.0b2)
1869             </li>
1870             <li>
1871               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1872               reference sequence defined
1873             </li>
1874             <li>
1875               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1876               alignments and views when revealing hidden columns
1877             </li>
1878             <li>
1879               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1880               view in a cDNA/Protein splitframe
1881             </li>
1882             <li>
1883               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1884               sequence from project when only one sequence is
1885               represented
1886             </li>
1887             <li>
1888               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1889               in Structure Chooser
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1893               structure consensus didn't refresh annotation panel
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1897               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1901               dialogs format columns correctly, don't display array
1902               data, sort columns according to type
1903             </li>
1904             <li>
1905               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1906               file chooser is cancelled during an image export
1907             </li>
1908             <li>
1909               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1910               sequence name containing special characters
1911             </li>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1914               case insensitive
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1918               formatting don't wrap
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1922               truncated so L looks like I in consensus annotation
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1926               currently displayed features for the current selection or
1927               view
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1931               after fetching cross-references, and restoring from
1932               project
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1936               followed in the structure viewer
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1940               splitframe not restored from project
1941             </li>
1942             <li>
1943               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1944               trailing end of protein alignment in transcript/product
1945               splitview when pad-gaps not enabled by default
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1949               is case dependent
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1953               article has been read (reopened issue due to
1954               internationalisation problems)
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1958               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1959               cross-references
1960             </li>
1961
1962             <li>
1963               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1964               alignment as HTML
1965             </li>
1966             <li>
1967               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1968               multiple structures are shown for one or more sequences.
1969             </li>
1970             <li>
1971               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1972               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1973               is enabled.
1974             </li>
1975             <li>
1976               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1977               specific PDB id for sequence
1978             </li>
1979             <li>
1980               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1981               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1982               columns' is disabled.
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1986               selects lowest rather than highest resolution structures
1987               for each sequence
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1991               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1995               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1999               after clicking on it to create new annotation for a
2000               column.
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2004               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2005             </li>
2006             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2007             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2008           </ul>
2009           <em>Applet</em>
2010           <ul>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2013               hidden columns present before start of sequence
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2017               (JSON jars)
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2021               sequences are hidden in applet
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2025               deployment on examples pages.
2026             </li>
2027           </ul>
2028         </div>
2029       </td>
2030     </tr>
2031     <tr>
2032       <td width="60" nowrap>
2033         <div align="center">
2034           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2035             <em>16/10/2015</em></strong>
2036         </div>
2037       </td>
2038       <td><em>General</em>
2039         <ul>
2040           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2041             jars</li>
2042         </ul></td>
2043       <td>
2044         <div align="left">
2045           <em>Application</em>
2046           <ul>
2047             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2048               shown when tree is partitioned</li>
2049             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2050               multiple cDNA/Protein split views</li>
2051           </ul>
2052         </div>
2053       </td>
2054     </tr>
2055     <tr>
2056       <td width="60" nowrap>
2057         <div align="center">
2058           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2059             <em>8/10/2015</em></strong>
2060         </div>
2061       </td>
2062       <td><em>General</em>
2063         <ul>
2064           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2065             2.9</li>
2066         </ul> <em>Application</em>
2067         <ul>
2068           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2069           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2070           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2071         </ul> <em>Applet</em>
2072         <ul>
2073           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2074         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2075         <ul>
2076           <li>
2077             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2078             suite
2079           </li>
2080         </ul></td>
2081       <td>
2082         <div align="left">
2083           <em>General</em>
2084           <ul>
2085             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2086               incorrect when sequence start > 1</li>
2087             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2088               documentation</li>
2089             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2090             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2091               loading a features file containing HTML tags in feature
2092               description</li>
2093
2094           </ul>
2095           <em>Application</em>
2096           <ul>
2097             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2098               reimport</li>
2099             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2100               with 'trim retrieved sequences'</li>
2101             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2102               deleting selected columns</li>
2103             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2104               JNLP templates for webstart launch</li>
2105             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2106               unreleased structures for download or viewing</li>
2107             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2108               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2109             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2110               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2111             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2112               recovered from jalview project</li>
2113             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2114               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2115               alignment view</li>
2116             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2117               color schemes from BioJSON</li>
2118           </ul>
2119           <em>Applet</em>
2120           <ul>
2121             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2122               frame</li>
2123             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2124           </ul>
2125         </div>
2126       </td>
2127     </tr>
2128     <tr>
2129       <td><div align="center">
2130           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2131         </div></td>
2132       <td><em>General</em>
2133         <ul>
2134           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2135             alignments:
2136             <ul>
2137               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2138                 and DNA alignment views</li>
2139               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2140                 cDNA alignment views</li>
2141               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2142                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2143               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2144                 protein sequences</li>
2145             </ul>
2146           </li>
2147           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2148           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2149             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2150           <li>New alignment annotation file statements for
2151             reference sequences and marking hidden columns</li>
2152           <li>Reference sequence based alignment shading to
2153             highlight variation</li>
2154           <li>Select or hide columns according to alignment
2155             annotation</li>
2156           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2157           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2158             acid conservation row</li>
2159           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2160         </ul> <em>Application</em>
2161         <ul>
2162           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2163             <ul>
2164               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2165                 view with cDNA/Protein</li>
2166               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2167                 sequences are placed in the same alignment</li>
2168               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2169                 projects</li>
2170             </ul>
2171           </li>
2172
2173           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2174           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2175             Jalview windows</li>
2176
2177           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2178           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2179           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2180             be shown in VARNA</li>
2181
2182           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2183             as the active selected region</li>
2184
2185           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2186             similarity</li>
2187           <li>New Export options
2188             <ul>
2189               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2190                 region export in flat file generation</li>
2191
2192               <li>Export alignment views for display with the <a
2193                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2194
2195               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2196               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2197                 alignment figures to HTML</li>
2198           </li>
2199           <li>3D structure retrieval and display
2200             <ul>
2201               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2202                 Search API</li>
2203               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2204                 PDB structures for a sequence set</li>
2205             </ul>
2206           </li>
2207
2208           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2209             predictions</li>
2210           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2211             for one or a group of sequences</li>
2212           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2213             from the JPred4 web server</li>
2214           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2215             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2216             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2217           </li>
2218           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2219             VARNA 2D Structure'</li>
2220           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2221             Structure ..."</li>
2222
2223         </ul> <em>Applet</em>
2224         <ul>
2225           <li>New layout for applet example pages</li>
2226           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2227             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2228           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2229             Protein alignments</li>
2230         </ul> <em>Development and deployment</em>
2231         <ul>
2232           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2233           <li>Include installation type and git revision in build
2234             properties and console log output</li>
2235           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2236             storing BioJsMSA Templates</li>
2237           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2238         </ul></td>
2239       <td>
2240         <!-- <em>General</em>
2241         <ul>
2242         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2243         <ul>
2244           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2245           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2246           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2247             predictions are not highlighted in amber</li>
2248           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2249             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2250           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2251             associated structure views</li>
2252           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2253             width checkbox not enabled</li>
2254           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2255             creating user defined colours</li>
2256           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2257             mappings for just that viewer's sequences</li>
2258           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2259             multiple models in Chimera</li>
2260           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2261             over Jmol structure</li>
2262           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2263             output to text box</li>
2264           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2265             have incorrect sequence start/end</li>
2266           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2267             Jalview fails</li>
2268           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2269             work for nucleotide</li>
2270           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2271             to a grey/invisible alignment window</li>
2272           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2273             imports to different position</li>
2274           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2275             on some platforms</li>
2276           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2277             populated</li>
2278           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2279             console if Chimera has been opened</li>
2280           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2281           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2282             retrieved</li>
2283           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2284           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2285             either sequence shows on first structure</li>
2286           <li>'Show annotations' options should not make
2287             non-positional annotations visible</li>
2288           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2289             in right place after 'view flanking regions'</li>
2290           <li>File Save As type unset when current file format is
2291             unknown</li>
2292           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2293             projects</li>
2294           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2295             responsive</li>
2296           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2297             several views on same alignment</li>
2298           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2299           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2300             spaces</li>
2301         </ul> <em>Applet</em>
2302         <ul>
2303           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2304           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2305             descriptions containing angle brackets</li>
2306         </ul> <em>General</em>
2307         <ul>
2308           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2309             via jalview annotation file</li>
2310           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2311             with RNA secondary structure</li>
2312           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2313             translation doesn't work.</li>
2314           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2315           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2316             positions</li>
2317           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2318             choosing 1pt font</li>
2319           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2320             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2321             'h'</li>
2322           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2323             new feature</li>
2324           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2325             order dependent</li>
2326           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2327             sequences</li>
2328           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2329         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2330         <ul>
2331           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2332             www.jalview.org</li>
2333         </ul> <em>Application Known issues</em>
2334         <ul>
2335           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2336           <li>Misleading message appears after trying to delete
2337             solid column.</li>
2338           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2339             version launches</li>
2340           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2341             fails with a sequence mismatch</li>
2342           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2343             scrolling alignment to right</li>
2344           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2345             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2346           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2347             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2348           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2349             ultra-high resolution</li>
2350           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2351             quality and conservation</li>
2352           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2353             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2354         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2355         <ul>
2356           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2357           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2358             window is being resized</li>
2359
2360         </ul>
2361       </td>
2362     </tr>
2363     <tr>
2364       <td><div align="center">
2365           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2366         </div></td>
2367       <td><em>General</em>
2368         <ul>
2369           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2370             Certum.PL.</li>
2371           <li>Features and annotation preserved when performing
2372             pairwise alignment</li>
2373           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2374             imported/exported/displayed</li>
2375           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2376             protein secondary structure</li>
2377           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2378               post-hoc with 2.9 release</em>)
2379           </li>
2380
2381         </ul> <em>Application</em>
2382         <ul>
2383           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2384             with 3D structures</li>
2385           <li>Support for parsing RNAML</li>
2386           <li>Annotations menu for layout
2387             <ul>
2388               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2389               <li>place sequence annotation above/below alignment
2390                 annotation</li>
2391             </ul>
2392           <li>Output in Stockholm format</li>
2393           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2394             translation</li>
2395           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2396           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2397             shared between alignments</li>
2398           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2399             Jalview</li>
2400           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2401             all or current selection</li>
2402           <li>disorder and secondary structure predictions
2403             available as dataset annotation</li>
2404           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2405
2406
2407           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2408             alignments from Rfam</li>
2409           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2410
2411           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2412             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2413           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2414           <li>include installation type in build properties and
2415             console log output</li>
2416           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2417             annotation</li>
2418         </ul></td>
2419       <td>
2420         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2421         <ul>
2422           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2423             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2424           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2425             alignment</li>
2426           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2427           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2428           <li>Double click on sequence associated annotation
2429             selects only first column</li>
2430           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2431             leaves shown in tree</li>
2432           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2433             properly</li>
2434           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2435           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2436             screen and buttons not visible</li>
2437           <li>author list isn't updated if already written to
2438             Jalview properties</li>
2439           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2440             from database</li>
2441           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2442           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2443             browser search window</li>
2444           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2445             in feature settings dialog</li>
2446           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2447             desktop</li>
2448           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2449             pass validation</li>
2450           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2451             fit on screen</li>
2452           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2453             tooltip</li>
2454           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2455             defined user preset</li>
2456           <li>MSA web services warns user if they were launched
2457             with invalid input</li>
2458           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2459             Java 8</li>
2460           <li>
2461             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2462             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2463             created
2464           </li>
2465
2466         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2467         <ul>
2468         </ul> <em>General</em>
2469         <ul>
2470         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2471         <ul>
2472           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2473             memory allocation</li>
2474           <li>launchApp service doesn't automatically open
2475             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2476           <li>
2477             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2478             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2479             1.7_055 is available
2480           </li>
2481         </ul> <em>Application Known issues</em>
2482         <ul>
2483           <li>
2484             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2485             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2486             alignment to right
2487           </li>
2488           <li>
2489             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2490             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2491             with large number of ID
2492           </li>
2493           <li>
2494             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2495             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2496             start/end
2497           </li>
2498           <li>
2499             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2500             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2501             structure tracks are rearranged
2502           </li>
2503           <li>
2504             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2505             invalid rna structure positional highlighting does not
2506             highlight position of invalid base pairs
2507           </li>
2508           <li>
2509             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2510             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2511             project from alignment window file menu
2512           </li>
2513           <li>
2514             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2515             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2516             structures
2517           </li>
2518           <li>
2519             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2520             colour by RNA Helices not enabled when user created
2521             annotation added to alignment
2522           </li>
2523           <li>
2524             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2525             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2526           </li>
2527         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2528         <ul>
2529           <li>
2530             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2531             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2532           </li>
2533           <li>
2534             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2535             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2536           </li>
2537
2538           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2539             when selected</li>
2540         </ul>
2541       </td>
2542     </tr>
2543     <tr>
2544       <td><div align="center">
2545           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2546         </div></td>
2547       <td>
2548         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2549         <em>General</em>
2550         <ul>
2551           <li>Internationalisation of user interface (usually
2552             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2553           <li>Define/Undefine group on current selection with
2554             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2555           <li>Improved group creation/removal options in
2556             alignment/sequence Popup menu</li>
2557           <li>Sensible precision for symbol distribution
2558             percentages shown in logo tooltip.</li>
2559           <li>Annotation panel height set according to amount of
2560             annotation when alignment first opened</li>
2561         </ul> <em>Application</em>
2562         <ul>
2563           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2564             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2565           <li>Select columns containing particular features from
2566             Feature Settings dialog</li>
2567           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2568             sequences</li>
2569           <li>Update Jalview project format:
2570             <ul>
2571               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2572               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2573                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2574               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2575                 colouring</li>
2576             </ul>
2577           </li>
2578           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2579             (PAM250)</li>
2580           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2581             flanking regions for an alignment</li>
2582         </ul>
2583       </td>
2584       <td>
2585         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2586         <ul>
2587           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2588             running after job is cancelled</li>
2589           <li>cannot export features from alignments imported from
2590             Jalview/VAMSAS projects</li>
2591           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2592             float values</li>
2593           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2594             have 'display all symbols' flag set</li>
2595           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2596             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2597           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2598             Jalview</li>
2599           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2600             Lion/Webstart</li>
2601           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2602           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2603           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2604             alignment onto desktop</li>
2605           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2606             'extract scores' function</li>
2607           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2608             alignment window</li>
2609           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2610             performing IUPred disorder prediction</li>
2611           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2612             changing 'normalise logo' display setting</li>
2613           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2614             nothing matches query</li>
2615           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2616             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2617           </li>
2618           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2619             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2620           </li>
2621           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2622             Jalview's menu</li>
2623           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2624             'invalid literal/length code'</li>
2625           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2626             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2627           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2628             colourscheme</li>
2629
2630         </ul> <em>Applet</em>
2631         <ul>
2632           <li>Remove group option is shown even when selection is
2633             not a group</li>
2634           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2635             don't affect groups</li>
2636           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2637             colourscheme name</li>
2638           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2639             Annotation panel is not displayed</li>
2640           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2641             embedded windows</li>
2642         </ul> <em>Other</em>
2643         <ul>
2644           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2645             single sequence were not calculated</li>
2646           <li>annotation files that contain only groups imported as
2647             annotation and junk sequences</li>
2648           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2649             recognised as PFAM or BLC</li>
2650           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2651             doesn't affect background (2.8.0b1)
2652           <li></li>
2653           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2654           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2655             trailing gaps</li>
2656           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2657             registered correctly on import</li>
2658           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2659             certain alignments</li>
2660           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2661             existing annotation based 'use original colours'
2662             colourscheme loses original colours setting</li>
2663         </ul>
2664       </td>
2665     </tr>
2666     <tr>
2667       <td><div align="center">
2668           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2669             <em>30/1/2014</em></strong>
2670         </div></td>
2671       <td>
2672         <ul>
2673           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2674             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2675             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2676             open source project).
2677           </li>
2678           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2679           <li>Output in Stockholm format</li>
2680           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2681           <li>Export/import group and sequence associated line
2682             graph thresholds</li>
2683           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2684             ambiguity codes</li>
2685           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2686             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2687             works</li>
2688           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2689         </ul> <em>Other improvements</em>
2690         <ul>
2691           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2692           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2693             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2694           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2695             files</li>
2696           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2697           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2698             link but no description</li>
2699           <li>Select primary source when selecting authority in
2700             database fetcher GUI</li>
2701           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2702             Jalview</li>
2703           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2704         </ul>
2705       </td>
2706       <td>
2707         <ul>
2708           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2709             displayed</li>
2710           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2711             secondary structure annotation line</li>
2712           <li>Sequence database accessions not imported when
2713             fetching alignments from Rfam</li>
2714           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2715             identical IDs</li>
2716           <li>View all structures does not always superpose
2717             structures</li>
2718           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2719             reflect user or preset settings</li>
2720           <li>Null pointer exceptions for some services without
2721             presets or adjustable parameters</li>
2722           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2723             discover PDB xRefs</li>
2724           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2725             features with DAS</li>
2726           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2727             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2728           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2729             residue follows a gap</li>
2730           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2731             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2732           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2733             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2734           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2735             annotation already exists on alignment</li>
2736           <li>oninit javascript function should be called after
2737             initialisation completes</li>
2738           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2739             alignment window display</li>
2740           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2741           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2742             to annotation file</li>
2743           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2744             groups created</li>
2745           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2746             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2747           <li>Pressing return several times causes Number Format
2748             exceptions in keyboard mode</li>
2749           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2750             correct partitions for input data</li>
2751           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2752           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2753           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2754           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2755             mode</li>
2756           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2757             changes one row&#39;s threshold</li>
2758           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2759             doesn&#39;t open</li>
2760           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2761             quality histograms</li>
2762         </ul>
2763       </td>
2764     </tr>
2765     <tr>
2766       <td><div align="center">
2767           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2768         </div></td>
2769       <td><em>Application</em>
2770         <ul>
2771           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2772             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2773           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2774             preferences</li>
2775           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2776             in Jalview alignment window</li>
2777           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2778             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2779           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2780             RNA and ambiguity codes</li>
2781
2782           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2783           <li>Support fetching and database reference look up
2784             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2785             refs')</li>
2786           <li>Jalview project improvements
2787             <ul>
2788               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2789                 flag for annotation</li>
2790               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2791                 alignment</li>
2792               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2793                 Jalview project</li>
2794
2795             </ul>
2796           </li>
2797           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2798           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2799             running</li>
2800           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2801           <li>visual indication that web service results are still
2802             being retrieved from server</li>
2803           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2804             starts up for first time</li>
2805           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2806             services</li>
2807           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2808             client library</li>
2809           <li>Examples directory and Groovy library included in
2810             InstallAnywhere distribution</li>
2811         </ul> <em>Applet</em>
2812         <ul>
2813           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2814             visualization applet example</li>
2815         </ul> <em>General</em>
2816         <ul>
2817           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2818           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2819             defaults</li>
2820           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2821             calculation</li>
2822           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2823             matrices
2824           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2825             in HTML</li>
2826           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2827             structure contacts</li>
2828           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2829           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2830           <li>Parse sequence associated secondary structure
2831             information in Stockholm files</li>
2832           <li>HTML Export database accessions and annotation
2833             information presented in tooltip for sequences</li>
2834           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2835             style RNA alignment files</li>
2836           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2837             alignment</li>
2838           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2839             shade each sequence according to its associated alignment
2840             annotation</li>
2841           <li>New Jalview Logo</li>
2842         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2843         <ul>
2844           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2845           <li>New Website!</li>
2846         </ul></td>
2847       <td><em>Application</em>
2848         <ul>
2849           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2850             wsdbfetch REST service</li>
2851           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2852           <li>Filetype associations not installed for webstart
2853             launch</li>
2854           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2855             job execution in full once it is complete</li>
2856           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2857             uploaded via ali_file parameter</li>
2858           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2859           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2860           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2861             submitted for prediction</li>
2862           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2863             desktop window</li>
2864           <li>Putting fractional value into integer text box in
2865             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2866           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2867             windows 7</li>
2868           <li>View all structures fails with exception shown in
2869             structure view</li>
2870           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2871             escaped in a platform independent way</li>
2872           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2873             using proxy</li>
2874           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2875             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2876           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2877             failure when java web start temporary file caching is
2878             disabled</li>
2879           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2880             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2881           <li>Errors during processing of command line arguments
2882             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2883           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2884             DAS sources in sequence fetcher</li>
2885           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2886             dialog is shown</li>
2887           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2888           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2889           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2890           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2891             on OSX Mountain Lion</li>
2892           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2893             sequences with alignment annotation are pasted into the
2894             alignment</li>
2895           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2896             when loaded from Jalview project</li>
2897           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2898           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2899             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2900           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2901             associated with all views</li>
2902           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2903             annotation rows to new window</li>
2904         </ul> <em>Applet</em>
2905         <ul>
2906           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2907             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2908           <li>loading features via javascript API automatically
2909             enables feature display</li>
2910           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2911             work</li>
2912         </ul> <em>General</em>
2913         <ul>
2914           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2915           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2916             and then deselected</li>
2917           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2918           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2919             coloured with clustalx</li>
2920           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2921             exceptions and redraw errors</li>
2922           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2923             reconfigured view</li>
2924           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2925             colour</li>
2926           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2927             for lots of labels</li>
2928         </ul>
2929     </tr>
2930     <tr>
2931       <td>
2932         <div align="center">
2933           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2934         </div>
2935       </td>
2936       <td><em>Application</em>
2937         <ul>
2938           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2939           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2940           <li>View/alignment association menu to enable user to
2941             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2942             its colours/correspondences from</li>
2943           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2944           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2945             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2946           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2947           <li>Annotation row column label formatting attributes
2948             stored in project file</li>
2949           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2950             rows preserved in Jalview project file</li>
2951           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2952             saved using Desktop window menu</li>
2953           <li>Visual indication that command line arguments are
2954             still being processed</li>
2955           <li>Groovy script execution from URL</li>
2956           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2957             preferences</li>
2958           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2959             alignment with sequences that have high similarity and
2960             matching IDs</li>
2961           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2962           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2963             structures in same window</li>
2964           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2965           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2966             analysis function in its own submenu</li>
2967         </ul> <em>Applet</em>
2968         <ul>
2969           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2970             groups</li>
2971           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2972           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2973           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2974           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2975           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2976             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2977           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2978           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2979             parameters are treated as such</li>
2980           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2981             <ul>
2982               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2983               <li>Javascript callbacks for
2984                 <ul>
2985                   <li>Applet initialisation</li>
2986                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2987                 </ul>
2988               </li>
2989               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2990                 functions</li>
2991               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2992               <li>javascript structure viewer harness to pass
2993                 messages between Jmol and Jalview when running as
2994                 distinct applets</li>
2995               <li>sortBy method</li>
2996               <li>Set of applet and application examples shipped
2997                 with documentation</li>
2998               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2999                 javascript message exchange</li>
3000             </ul>
3001         </ul> <em>General</em>
3002         <ul>
3003           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3004             multiple alignments</li>
3005           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3006           <li>User configurable link to enable redirects to a
3007             www.Jalview.org mirror</li>
3008           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3009           <li>Configurable newline string when writing alignment
3010             and other flat files</li>
3011           <li>Allow alignment annotation description lines to
3012             contain html tags</li>
3013         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3014         <ul>
3015           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3016             examples</li>
3017           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3018             using a web service before displaying the result in the
3019             Jalview desktop</li>
3020           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3021           <li>Ant target to publish example html files with applet
3022             archive</li>
3023           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3024           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3025         </ul></td>
3026       <td><em>Application</em>
3027         <ul>
3028           <li>User defined colourscheme throws exception when
3029             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3030           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3031             dialog for valid filename/format</li>
3032           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3033           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3034             P37173</li>
3035           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3036             which sequence is to be associated with the file</li>
3037           <li>Find All raises null pointer exception when query
3038             only matches sequence IDs</li>
3039           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3040           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3041             2.4 cannot be loaded</li>
3042           <li>Filetype associations not installed for webstart
3043             launch</li>
3044           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3045             with sequences in different alignments do not get coloured
3046             by their associated sequence</li>
3047           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3048             not preserved when project is loaded</li>
3049           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3050             stored in Jalview project</li>
3051           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3052             Jalview project</li>
3053           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3054           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3055             by conservation</li>
3056           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3057             created on new view</li>
3058           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3059             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3060           <li>Alignment quality not updated after alignment
3061             annotation row is hidden then shown</li>
3062           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3063             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3064           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3065             properly</li>
3066           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3067             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3068           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3069           <li>Structures imported from file and saved in project
3070             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3071           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3072             job execution in full once it is complete</li>
3073         </ul> <em>Applet</em>
3074         <ul>
3075           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3076             annotation rows are displayed</li>
3077           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3078             codebase</li>
3079           <li>View follows highlighting does not work for positions
3080             in sequences</li>
3081           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3082           <li>Export features raises exception when no features
3083             exist</li>
3084           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3085             for javascript api is modified when separator string
3086             provided as parameter</li>
3087           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3088             alignment with no existing selection</li>
3089           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3090             to applet&#39;s codebase</li>
3091           <li>Status bar not updated after finished searching and
3092             search wraps around to first result</li>
3093           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3094             several Jalview applets causes race conditions and memory
3095             leaks</li>
3096           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3097             not sent from Jmol in applet</li>
3098           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3099             applet API fatally hang browser</li>
3100         </ul> <em>General</em>
3101         <ul>
3102           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3103             position with wrapped view and hidden regions</li>
3104           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3105             with/without hidden columns</li>
3106           <li>Sequence length given in alignment properties window
3107             is off by 1</li>
3108           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3109             import PDB like structure files</li>
3110           <li>Positional search results are only highlighted
3111             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3112           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3113           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3114             given sequence position</li>
3115           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3116             output</li>
3117           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3118             from nucleotide chains correctly</li>
3119           <li>Structure colours not updated when tree partition
3120             changed in alignment</li>
3121           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3122             parsed in interleaved stockholm</li>
3123           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3124             state</li>
3125           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3126             properly</li>
3127           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3128             properly associated with their pdb files</li>
3129         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3130         <ul>
3131           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3132             ApplyCopyright tool</li>
3133         </ul></td>
3134     </tr>
3135     <tr>
3136       <td>
3137         <div align="center">
3138           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3139         </div>
3140       </td>
3141       <td><em>Application</em>
3142         <ul>
3143           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3144             contact web services</li>
3145           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3146             service job window</li>
3147           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3148         </ul></td>
3149       <td>
3150         <ul>
3151           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3152             pir file emitted by Jalview</li>
3153           <li>Existing feature settings transferred to new
3154             alignment view created from cut'n'paste</li>
3155           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3156             parsing PDB files</li>
3157           <li>Consensus and conservation annotation rows
3158             occasionally become blank for all new windows</li>
3159           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3160             in wrapped view mode</li>
3161         </ul> <em>Application</em>
3162         <ul>
3163           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3164             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3165           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3166             parameter names</li>
3167           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3168             is down</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171     </tr>
3172     <tr>
3173       <td>
3174         <div align="center">
3175           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3176         </div>
3177       </td>
3178       <td><em>Application</em>
3179         <ul>
3180           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3181             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3182             (JABAWS)
3183           </li>
3184           <li>Web Services preference tab</li>
3185           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3186             preferences</li>
3187           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3188           <li>Superpose structures using associated sequence
3189             alignment</li>
3190           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3191             viewer</li>
3192         </ul> <em>Applet</em>
3193         <ul>
3194           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3195             link out mechanism</li>
3196         </ul> <em>Other</em>
3197         <ul>
3198           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3199             series 12</li>
3200           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3201             require Java 1.5</li>
3202           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3203             sequence annotation files</li>
3204           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3205             type colour specification</li>
3206           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3207             script to check if it being run in an interactive session or
3208             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3209         </ul></td>
3210       <td>
3211         <ul>
3212           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3213             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3214         </ul> <em>Application</em>
3215         <ul>
3216           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3217             selected Regions menu item</li>
3218           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3219             part of a valid accession ID</li>
3220           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3221             runs out of memory</li>
3222           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3223             analysis results</li>
3224           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3225             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3226           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3227         </ul> <em>Applet</em>
3228         <ul>
3229           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3230             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3231             defined.</li>
3232         </ul>
3233       </td>
3234     </tr>
3235     <tr>
3236       <td>
3237         <div align="center">
3238           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3239         </div>
3240       </td>
3241       <td></td>
3242       <td>
3243         <ul>
3244           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3245             sequence IDs</li>
3246           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3247             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3248           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3249             import correctly</li>
3250           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3251             number of columns are hidden</li>
3252           <li>annotation label popup menu not providing correct
3253             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3254             present</li>
3255           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3256             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3257           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3258             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3259
3260         </ul> <em>Applet</em>
3261         <ul>
3262           <li>annotation panel disappears when annotation is
3263             hidden/removed</li>
3264         </ul> <em>Application</em>
3265         <ul>
3266           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3267             alignment opened where annotation panel is visible but no
3268             annotations are present on alignment</li>
3269           <li>pasted region containing hidden columns is
3270             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3271           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3272             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3273           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3274             selected Rregions menu item.</li>
3275           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3276             'Un' or 'Non'conserved</li>
3277           <li>Sequence feature settings are being shared by
3278             multiple distinct alignments</li>
3279           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3280             changed</li>
3281           <li>double click on group annotation to select sequences
3282             does not propagate to associated trees</li>
3283           <li>Mac OSX specific issues:
3284             <ul>
3285               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3286                 window background</li>
3287               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3288                 name set correctly</li>
3289               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3290                 save feature colourscheme button</li>
3291             </ul>
3292           </li>
3293         </ul>
3294       </td>
3295     </tr>
3296     <tr>
3297
3298       <td>
3299         <div align="center">
3300           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3301         </div>
3302       </td>
3303       <td><em>New Capabilities</em>
3304         <ul>
3305           <li>URL links generated from description line for
3306             regular-expression based URL links (applet and application)
3307
3308           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3309             menu</li>
3310           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3311             structures</li>
3312           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3313             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3314           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3315             average score or total feature count for each sequence.</li>
3316           <li>Shading features by score or associated description</li>
3317           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3318             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3319           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3320             hide everything but the currently selected region.</li>
3321           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3322         </ul> <em>Application</em>
3323         <ul>
3324           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3325             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3326           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3327             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3328           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3329             database references and protein_name is parsed as
3330             description line (BioSapiens terms).</li>
3331           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3332             references in sequence ID tooltip from View menu in
3333             application.</li>
3334           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3335       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3336           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3337             conservation plots</li>
3338           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3339             and visualized as sequence logos</li>
3340           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3341             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3342           </li>
3343           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3344             when a new tree is opened.</li>
3345           <li>Jalview Java Console</li>
3346           <li>Better placement of desktop window when moving
3347             between different screens.</li>
3348           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3349             consensus annotation</li>
3350           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3351             Workflows</li>
3352           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3353             <ul>
3354               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3355                 used to preserve views, structures, and tree display
3356                 settings)</li>
3357               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3358                 command line</li>
3359               <li>Sharing of selected regions between views and
3360                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3361               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3362             </ul></li>
3363         </ul> <em>Applet</em>
3364         <ul>
3365           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3366           <li>New Parameters
3367             <ul>
3368               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3369                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3370                 opened.</li>
3371               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3372                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3373               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3374                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3375               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3376                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3377                 view</li>
3378               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3379                 increase the height or width of a cell in the alignment
3380                 grid relative to the current font size.</li>
3381             </ul>
3382           </li>
3383           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3384             tooltip</li>
3385         </ul> <em>Other</em>
3386         <ul>
3387           <li>Features format: graduated colour definitions and
3388             specification of feature scores</li>
3389           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3390             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3391             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3392           <li>XML formats extended to support graduated feature
3393             colourschemes, group associated annotation, and profile
3394             visualization settings.</li></td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3398             rather than description</li>
3399           <li>Non-positional features are now included in sequence
3400             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3401             visibility in tooltip).</li>
3402           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3403           <li>Added URL embedding instructions to features file
3404             documentation.</li>
3405           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3406             'X' in peptide product</li>
3407           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3408             sequence ID and sequence string and query strings do not
3409             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3410           <li>AMSA files only contain first column of
3411             multi-character column annotation labels</li>
3412           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3413             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3414             exported and re-imported)</li>
3415           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3416             name</li>
3417           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3418             as subsequence matches, and correctly reports total number
3419             of both.</li>
3420           <li>Application:
3421             <ul>
3422               <li>Better handling of exceptions during sequence
3423                 retrieval</li>
3424               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3425                 link text excludes the start_end suffix</li>
3426               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3427                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3428               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3429               <li>Sequence description lines properly shared via
3430                 VAMSAS</li>
3431               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3432                 data sources</li>
3433               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3434                 completes before alignment figures are generated.</li>
3435               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3436                 first time.</li>
3437               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3438                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3439               <li>User defined group colours properly recovered
3440                 from Jalview projects.</li>
3441             </ul>
3442           </li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445
3446     </tr>
3447     <tr>
3448       <td>
3449         <div align="center">
3450           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3451         </div>
3452       </td>
3453       <td>
3454         <ul>
3455           <li>Experimental support for google analytics usage
3456             tracking.</li>
3457           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3458         </ul>
3459       </td>
3460       <td>
3461         <ul>
3462           <li>Race condition in applet preventing startup in
3463             jre1.6.0u12+.</li>
3464           <li>Exception when feature created from selection beyond
3465             length of sequence.</li>
3466           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3467           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3468             all sequences with a given id</li>
3469           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3470             ID string searches</li>
3471           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3472             alignment to fail with exception</li>
3473         </ul> <em>Application Issues</em>
3474         <ul>
3475           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3476           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3477             data sources</li>
3478         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3479         <ul>
3480           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3481             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3482           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3483             version (java class versioning error fixed)</li>
3484         </ul>
3485       </td>
3486     </tr>
3487     <tr>
3488       <td>
3489
3490         <div align="center">
3491           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3492         </div>
3493       </td>
3494       <td><em>User Interface</em>
3495         <ul>
3496           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3497             translation and protein products</li>
3498           <li>Linked highlighting of structure associated with
3499             residue mapping to codon position</li>
3500           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3501             and 'clear' button</li>
3502           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3503             Tools menu</li>
3504           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3505             numeric data in description line</li>
3506           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3507           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3508             of sequence</li>
3509         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3510         <ul>
3511           <li>JPred3 web service</li>
3512           <li>Prototype sequence search client (no public services
3513             available yet)</li>
3514           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3515             PFAM</li>
3516           <li>URL Links created for matching database cross
3517             references as well as sequence ID</li>
3518           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3519         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3520         <ul>
3521           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3522             databases</li>
3523           <li>Generalised database reference retrieval and
3524             validation to all fetchable databases</li>
3525           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3526             sequence command</li>
3527         </ul> <em>Import and Export</em>
3528         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3529         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3530           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3531         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3532           File</li>
3533         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3534           triplet as name of colourscheme</li>
3535         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3536         <ul>
3537           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3538           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3539             alignments (experimental)</li>
3540           <li>Create new or select existing session to join</li>
3541           <li>load and save of vamsas documents</li>
3542         </ul> <em>Application command line</em>
3543         <ul>
3544           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3545             from applet)</li>
3546           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3547             of DAS servers to query for alignment features</li>
3548           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3549             that are also automatically queried for features</li>
3550           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3551             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3552         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3553         <ul>
3554           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3555             application (when using &quot;View in full
3556             application&quot;)</li>
3557         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3558         <ul>
3559           <li>feature group display control parameter</li>
3560           <li>debug parameter</li>
3561           <li>showbutton parameter</li>
3562         </ul> <em>Applet API methods</em>
3563         <ul>
3564           <li>newView public method</li>
3565           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3566           <li>Feature display control methods</li>
3567           <li>get list of currently selected sequences</li>
3568         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3569         <ul>
3570           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3571           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3572             Jalview release.</li>
3573           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3574             property controls execution of obfuscator</li>
3575           <li>Build target for generating source distribution</li>
3576           <li>Debug flag for javacc</li>
3577           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3578             jalview.bin.Cache</li>
3579           <li>Continuous Build Integration for stable and
3580             development version of Application, Applet and source
3581             distribution</li>
3582         </ul></td>
3583       <td>
3584         <ul>
3585           <li>selected region output includes visible annotations
3586             (for certain formats)</li>
3587           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3588             for editing</li>
3589           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3590           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3591           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3592           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3593             comments</li>
3594           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3595             filenames containing a ':'</li>
3596           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3597             global sequence features</li>
3598           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3599             references from alignment sequences goes to zero</li>
3600           <li>Close of tree branch colour box without colour
3601             selection causes cascading exceptions</li>
3602           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3603           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3604             file parsing fails.</li>
3605           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3606           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3607             not a valid output format</li>
3608           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3609             vamsas</li>
3610           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3611           <li>error messages passed up and output when data read
3612             fails</li>
3613           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3614             sequence is edited</li>
3615           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3616             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3617           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3618             filetype</li>
3619           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3620             import fixed for PFAM records</li>
3621           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3622             window list</li>
3623           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3624             can be read and written correctly to annotation file</li>
3625           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3626             correctly</li>
3627           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3628             non-italic font for representatives in Applet</li>
3629           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3630             Macs.</li>
3631           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3632             Applet)</li>
3633           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3634             due to null pointer exceptions</li>
3635           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3636             first column of alignment</li>
3637           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3638             July 2008</li>
3639           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3640             file is case-insensitive</li>
3641           <li>Sequence features read from Features file appended to
3642             all sequences with matching IDs</li>
3643           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3644             containing a sub-sequence</li>
3645           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3646           <li>feature and annotation file applet parameters
3647             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3648           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3649           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3650             splash-screen version check to complete</li>
3651           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3652             when passing them to the launchApp service</li>
3653           <li>display name and local features preserved in results
3654             retrieved from web service</li>
3655           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3656             sequence fetcher initialisation</li>
3657           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3658             dasobert DAS client</li>
3659           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3660             association</li>
3661           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3662             sequences
3663           </li>
3664         </ul>
3665       </td>
3666     </tr>
3667     <tr>
3668       <td>
3669         <div align="center">
3670           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3671         </div>
3672       </td>
3673       <td>
3674         <ul>
3675           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3676           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3677           <li>Slide sequences</li>
3678           <li>Edit sequence in place</li>
3679           <li>EMBL CDS features</li>
3680           <li>DAS Feature mapping</li>
3681           <li>Feature ordering</li>
3682           <li>Alignment Properties</li>
3683           <li>Annotation Scores</li>
3684           <li>Sort by scores</li>
3685           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3686         </ul>
3687       </td>
3688       <td>
3689         <ul>
3690           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3691           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3692           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3693           <li>Feature group display state in XML</li>
3694           <li>Feature ordering in XML</li>
3695           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3696           <li>Stockholm alignment properties</li>
3697           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3698           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3699           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3700           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3701         </ul>
3702       </td>
3703
3704     </tr>
3705     <tr>
3706       <td>
3707         <div align="center">
3708           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3709         </div>
3710       </td>
3711       <td>
3712         <ul>
3713           <li>Non standard characters can be read and displayed
3714           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3715             applet via textbox
3716           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3717             name &amp; description
3718           <li>Preference setting to display sequence name in
3719             italics
3720           <li>Annotation file format extended to allow
3721             Sequence_groups to be defined
3722           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3723             specified in preferences
3724           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3725             sequences
3726         </ul>
3727       </td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3731             installed
3732           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3733           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3734         </ul>
3735       </td>
3736     </tr>
3737     <tr>
3738       <td>
3739         <div align="center">
3740           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3741         </div>
3742       </td>
3743       <td>
3744         <ul>
3745           <li>Multiple views on alignment
3746           <li>Sequence feature editing
3747           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3748           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3749           <li>Background dependent text colour
3750           <li>Right align sequence ids
3751           <li>User-defined lower case residue colours
3752           <li>Format Menu
3753           <li>Select Menu
3754           <li>Menu item accelerator keys
3755           <li>Control-V pastes to current alignment
3756           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3757           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3758           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3759
3760           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3761         </ul>
3762       </td>
3763       <td>
3764         <ul>
3765           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3766           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3767             calculations
3768           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3769             edits
3770           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3771             of alignment)
3772           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3773
3774           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3775             display correctly
3776           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3777           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3778             analysis results
3779           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3780             &#8739;
3781           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3782           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3783           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3784
3785         </ul>
3786       </td>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td>
3790         <div align="center">
3791           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3792         </div>
3793       </td>
3794       <td>
3795         <ul>
3796           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3797         </ul>
3798       </td>
3799       <td>
3800         <ul>
3801           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3802             sequence id panel has been resized</li>
3803           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3804             rendered</li>
3805           <li>Annotation files with sequence references - all
3806             elements in file are relative to sequence position</li>
3807           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3808         </ul>
3809       </td>
3810     </tr>
3811     <tr>
3812       <td>
3813         <div align="center">
3814           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3815         </div>
3816       </td>
3817       <td>
3818         <ul>
3819           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3820           <li>DAS Feature fetching</li>
3821           <li>Hide sequences and columns</li>
3822           <li>Export Annotations and Features</li>
3823           <li>GFF file reading / writing</li>
3824           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3825             files</li>
3826           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3827           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3828           <li>Applet can launch the full application</li>
3829           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3830             required)</li>
3831           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3832           <li>Applet can load sequences from parameter
3833             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3834           </li>
3835         </ul>
3836       </td>
3837       <td>
3838         <ul>
3839           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3840           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3841           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3842         </ul>
3843       </td>
3844     </tr>
3845     <tr>
3846       <td>
3847         <div align="center">
3848           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3849         </div>
3850       </td>
3851       <td>
3852         <ul>
3853           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3854           <li>Choose to match case when searching</li>
3855           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3856             expand the visible width and height of the alignment</li>
3857         </ul>
3858       </td>
3859       <td>
3860         <ul>
3861           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3862         </ul>
3863       </td>
3864     </tr>
3865     <tr>
3866       <td>
3867         <div align="center">
3868           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3869         </div>
3870       </td>
3871       <td>&nbsp;</td>
3872       <td>
3873         <ul>
3874           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3875           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3876             value</li>
3877         </ul>
3878       </td>
3879     </tr>
3880     <tr>
3881       <td>
3882         <div align="center">
3883           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3884         </div>
3885       </td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3889           <li>Keyboard editing</li>
3890           <li>Create sequence features from searches</li>
3891           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3892             alignments</li>
3893           <li>Features file allows grouping of features</li>
3894           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3895           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3896           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3897         </ul>
3898       </td>
3899       <td>
3900         <ul>
3901           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3902           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3903             descriptions saved.</li>
3904         </ul>
3905       </td>
3906     </tr>
3907     <tr>
3908       <td>
3909         <div align="center">
3910           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3911         </div>
3912       </td>
3913       <td>
3914         <ul>
3915           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3916           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3917           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3918             name for file output</li>
3919           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3920           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3921             used for HTML form input</li>
3922         </ul>
3923       </td>
3924       <td>
3925         <ul>
3926           <li>HTML output writes groups and features</li>
3927           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3928           <li>File IO bugs</li>
3929         </ul>
3930       </td>
3931     </tr>
3932     <tr>
3933       <td>
3934         <div align="center">
3935           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3936         </div>
3937       </td>
3938       <td>
3939         <ul>
3940           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3941           <li>More options for PCA viewer</li>
3942         </ul>
3943       </td>
3944       <td>
3945         <ul>
3946           <li>GUI bugs resolved</li>
3947           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3948         </ul>
3949       </td>
3950     </tr>
3951     <tr>
3952       <td height="63">
3953         <div align="center">
3954           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3955         </div>
3956       </td>
3957       <td>
3958         <ul>
3959           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3960           <li>Jar files are executable</li>
3961           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3962         </ul>
3963       </td>
3964       <td>
3965         <ul>
3966           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3967           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3968           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3969         </ul>
3970       </td>
3971     </tr>
3972     <tr>
3973       <td>
3974         <div align="center">
3975           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3976         </div>
3977       </td>
3978       <td>
3979         <ul>
3980           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3981         </ul>
3982       </td>
3983       <td>
3984         <ul>
3985           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3986         </ul>
3987       </td>
3988     </tr>
3989     <tr>
3990       <td>
3991         <div align="center">
3992           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3993         </div>
3994       </td>
3995       <td>
3996         <ul>
3997           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3998             size</li>
3999         </ul>
4000       </td>
4001       <td>
4002         <ul>
4003           <li>Improved JPred client reliability</li>
4004           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4005         </ul>
4006       </td>
4007     </tr>
4008     <tr>
4009       <td>
4010         <div align="center">
4011           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4012         </div>
4013       </td>
4014       <td>
4015         <ul>
4016           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4017           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4018           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4019             to Colour Menu</li>
4020           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4021           <li>Unix users can set default web browser</li>
4022           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4023           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4024         </ul>
4025       </td>
4026       <td>
4027         <ul>
4028           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4029         </ul>
4030       </td>
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td>
4034         <div align="center">
4035           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td>&nbsp;</td>
4039       <td>
4040         <ul>
4041           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4042             alignment order.</li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045     </tr>
4046     <tr>
4047       <td>
4048         <div align="center">
4049           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4050         </div>
4051       </td>
4052       <td>
4053         <ul>
4054           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4055           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4056           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4057             annotations.</li>
4058           <li>Version and build date written to build properties
4059             file.</li>
4060           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4061             at launch of Jalview.</li>
4062         </ul>
4063       </td>
4064       <td>
4065         <ul>
4066           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4067           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4068           <li>Can remove groups one by one.</li>
4069           <li>Filechooser icons installed.</li>
4070           <li>Finder ignores return character when searching.
4071             Return key will initiate a search.<br>
4072           </li>
4073         </ul>
4074       </td>
4075     </tr>
4076     <tr>
4077       <td>
4078         <div align="center">
4079           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4080         </div>
4081       </td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>New codebase</li>
4085         </ul>
4086       </td>
4087       <td>&nbsp;</td>
4088     </tr>
4089   </table>
4090   <p>&nbsp;</p>
4091 </body>
4092 </html>