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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  74             <em>29/01/2019</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77     <td><div align="left">
  78         <em>Deprecations</em>
  79         <ul>
  80           <li>
  81             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
  82             capabilities removed from the Jalview Desktop
  83           </li>
  84         </ul>
  85         <em>Release Processes</em>
  86         <ul>
  87         <li>Atlassian Bamboo continuous integration server for unattended Test Suite execution</li>
  88         <li><!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common operations</li>
  89         </ul>
  90       </div></td>
  91     <td><div align="left">
  92         <em></em>
  93         <ul>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
  96             or the overview updates with large alignments.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-2865 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 100             region if columns were selected by dragging right-to-left
 101             and the mouse moved to the left of the first column.
 102           </li>
 103         </ul>
 104         <em>Editing</em>
 105         <ul>
 106           <li>
 107             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 108             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 109             via 'Edit' sequence
 110           </li>
 111           <li>
 112             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 113             sequence features correctly when start of sequence is
 114             removed (Known defect since 2.10)
 115           </li>
 116           <li>
 117             <!-- JAL-2846, -->Avoided use of apostrophe in dialog box
 118           </li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL- -->
 121           </li>
 122         </ul>
 123         <em>New Known Defects</em>
 124         <ul>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 127             on export as jalview features file
 128           </li>
 129         </ul>
 130       </div></td>
 131     </tr>
 132     <tr>
 133     <td width="60" nowrap>
 134       <div align="center">
 135         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 136       </div>
 137     </td>
 138     <td><div align="left">
 139         <em></em>
 140         <ul>
 141             <li>
 142               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 143               InstallAnywhere increased to 1G.
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 147               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 148               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 149                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 150                 properties file.</em>
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 154               API and sequence data now imported as JSON.
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 158               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 159               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 160               property.
 161             </li>
 162           </ul>
 163           <em>Development</em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 167               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 168                 Clover</a>
 169             </li>
 170           </ul>
 171         </div></td>
 172     <td><div align="left">
 173         <em></em>
 174         <ul>
 175             <li>
 176               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 177               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 178               alignment.
 179             </li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 182               annotation displayed.
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 186               for newly created group when 'Apply to all groups'
 187               selected
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 191               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 192               visible.
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 196               when sequences are selected in exported view.</em>
 197             </li>
 198             <li>
 199               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 200               aren't rendered with correct colour.
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 204               types of knotted RNA secondary structure.
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 208               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 209               do not start at 1.
 210             </li>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 213               annotation when columns are inserted into an alignment,
 214               and when exporting as Stockholm flatfile.
 215             </li>
 216             <li>
 217               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 218               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 219               treated as RNA secondary structure.
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 223               (not .jar) when saving a jalview project file.
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 227               transfers focus to previous window on OSX
 228             </li>
 229           </ul>
 230           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 231           <ul>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 234               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 235               box.
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 239               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 240               'look and feel' which has improved compatibility with the
 241               latest version of OSX.
 242             </li>
 243           </ul>
 244         </div>
 245     </td>
 246     </tr>
 247     <tr>
 248       <td width="60" nowrap>
 249         <div align="center">
 250           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 251             <em>7/06/2018</em></strong>
 252         </div>
 253       </td>
 254       <td><div align="left">
 255           <em></em>
 256           <ul>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 259               annotation retrieved from Uniprot
 260             </li>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 263               onto the Jalview Desktop
 264             </li>
 265           </ul>
 266         </div></td>
 267       <td><div align="left">
 268           <em></em>
 269           <ul>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 272               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 276               right-hand column parsed correctly
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 280               not alignment area in exported graphic
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 284               window has input focus
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 288               annotation added to view (Windows)
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 292               network connectivity is poor
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 296               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 297                 the currently open URL and links from a page viewed in
 298                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 299                 you are using Edge, only links in the page can be
 300                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 301                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 302             </li>
 303           </ul>
 304         </div></td>
 305     </tr>
 306     <tr>
 307       <td width="60" nowrap>
 308         <div align="center">
 309           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 310         </div>
 311       </td>
 312       <td><div align="left">
 313           <em></em>
 314           <ul>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 317               for disabling automatic superposition of multiple
 318               structures and open structures in existing views
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 322               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 323               adjust them.
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 327               Ensembl services
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 331               and lots of hidden columns
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 335               of features (particularly when transparency is disabled)
 336             </li>
 337           </ul>
 338           </div>
 339       </td>
 340       <td><div align="left">
 341           <ul>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 344               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 345             </li>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 348               overlapping alignment panel
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 352               sequence as gaps
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 356               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 357               UTR
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 361               factor annotation not added to sequence when local PDB
 362               file associated with it by drag'n'drop or structure
 363               chooser
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 367               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 371               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 375               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 379               columns in annotation row
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 383               honored in batch mode
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 387               for structures added to existing Jmol view
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 391               entries after importing project with multiple views
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 395               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 396               with negative residue numbers or missing residues fails
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 400               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 401               as generated by CONSURF)
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 405               tooltip doesn't include a text description of mutation
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 409               structure and/or overview windows are also shown
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 413               very slow for alignments with large numbers of sequences
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 417               with 'StringIndexOutOfBounds'
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 421               platforms running Java 10
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 425               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 426             </li>
 427           </ul>
 428           <em>Applet</em>
 429           <ul>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 432               should copy the group consensus when popup is opened on it
 433             </li>
 434           </ul>
 435           <em>Batch Mode</em>
 436           <ul>
 437           <li>
 438             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 439           </li>
 440           </ul>
 441           <em>New Known Defects</em>
 442           <ul>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 445               editing a large alignment and overview is displayed
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 449               repeatedly after a series of edits even when the overview
 450               is no longer reflecting updates
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 454               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 455               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 456               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 457             </li>
 458           </ul>
 459         </div>
 460           </td>
 461     </tr>
 462     <tr>
 463       <td width="60" nowrap>
 464         <div align="center">
 465           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 466         </div>
 467       </td>
 468       <td><div align="left">
 469           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 470               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 471       <td><div align="left">
 472           <em>Desktop</em><ul>
 473           <ul>
 474             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 475             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 476             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 477             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 478             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 479             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 480             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 481           </ul>
 482           </div>
 483       </td>
 484     </tr>
 485     <tr>
 486       <td width="60" nowrap>
 487         <div align="center">
 488           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 489         </div>
 490       </td>
 491       <td><div align="left">
 492           <em></em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 496               rendering of sequence features
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 500               429 rate limit request hander
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 504               their colours have changed
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 508               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 512               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 516               view from Ensembl locus cross-references
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 520               Alignment report
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 524               feature can be disabled
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 528               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 532               Uniprot
 533             </li>
 534           </ul>
 535           <em>Scripting</em>
 536           <ul>
 537             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 538             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 539               percent identity scores for current alignment.</li>
 540           </ul>
 541           <em>Testing and Deployment</em>
 542           <ul>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 545             </li>
 546           </ul>
 547         </div></td>
 548       <td><div align="left">
 549           <em>General</em>
 550           <ul>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 553               threshold text field doesn't trigger an update to the
 554               alignment view
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 558               strings in parallel
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 562               alignment window is closed
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 566               group visibility
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 570               takes a long time in Cursor mode
 571             </li>
 572           </ul>
 573           <em>Desktop</em>
 574           <ul>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 577               cannot be viewed in Chimera
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 581               CDS/Protein view
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 585               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 586               Search Dialogs
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 596               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 600               scrolling right in unwapped alignment view
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 604               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 605               database
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 609               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 613               features of same type and group to be selected for
 614               amending
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 618               alignments when hidden columns are present
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 622               displaying several structures
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 626               moving a window
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 630               within the Jalview desktop on OSX
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 634               when in wrapped alignment mode
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 638               hand end of alignment
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 642               each selected sequence do not have correct start/end
 643               positions
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 647               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 651               restoring project until a new view is created
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 655               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 656               configured (since 2.10.2b2)
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 660               position is adjusted
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 664               in a multi-chain structure when viewing alignment
 665               involving more than one chain (since 2.10)
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 669               if new selection moves alignment window
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 673               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 677               that produces correctly annotated transcripts and products
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 681               doesn't update associated structure view
 682             </li>
 683           </ul>
 684           <em>Applet</em><br />
 685           <ul>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 688               closing alignment panel
 689             </li>
 690           </ul>
 691           <em>BioJSON</em><br />
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 695               non-positional features
 696             </li>
 697           </ul>
 698           <em>New Known Issues</em>
 699           <ul>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 702               sequence features correctly (for many previous versions of
 703               Jalview)
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 707               using cursor in wrapped panel other than top
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 711               graduated colour threshold
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 715               always preserve numbering and sequence features
 716             </li>
 717           </ul>
 718           <em>Known Java 9 Issues</em>
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 722               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 723               9.01, OSX 10.10)
 724             </li>
 725           </ul>
 726         </div></td>
 727     </tr>
 728     <tr>
 729       <td width="60" nowrap>
 730         <div align="center">
 731           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 732             <em>2/10/2017</em></strong>
 733         </div>
 734       </td>
 735       <td><div align="left">
 736           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 740             </li>
 741             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 742             </li>
 743           </ul>
 744         </div></td>
 745       <td><div align="left">
 746         </div></td>
 747     </tr>
 748     <tr>
 749       <td width="60" nowrap>
 750         <div align="center">
 751           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 752             <em>7/9/2017</em></strong>
 753         </div>
 754       </td>
 755       <td><div align="left">
 756           <em></em>
 757           <ul>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 760               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 761               white)
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 765               Preferences
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 769               in size and progress bar shown as higher resolution
 770               overview is recalculated
 771             </li>
 772
 773           </ul>
 774         </div></td>
 775       <td><div align="left">
 776           <em></em>
 777           <ul>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 780               column region row by row
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 784               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 788               format setting is unticked
 789             </li>
 790             <li>
 791               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 792               if group has show boxes format setting unticked
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 796               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 797               include sequences and columns not currently displayed
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 801               assemblies are imported via CIF file
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 805               displayed when threshold or conservation colouring is also
 806               enabled.
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 810               server version
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 814               dragging a selected region off the visible region of the
 815               alignment
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 819               colourscheme to all groups in a view
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 823               initially after font size change using the Font chooser or
 824               middle-mouse zoom
 825             </li>
 826           </ul>
 827         </div></td>
 828     </tr>
 829     <tr>
 830       <td width="60" nowrap>
 831         <div align="center">
 832           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 833         </div>
 834       </td>
 835       <td><div align="left">
 836           <em>Calculations</em>
 837           <ul>
 838
 839             <li>
 840               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 841               ungapped positions in each column of the alignment.
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 845               a calculation dialog box
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 849               and memory efficiency (~30x faster)
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 853               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 854               and other calculations
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 858               files within the Jalview codebase
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 862               Similarity may have different topology due to increased
 863               precision
 864             </li>
 865           </ul>
 866           <em>Rendering</em>
 867           <ul>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 870               model for alignments and groups
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 874               scripts
 875             </li>
 876           </ul>
 877           <em>Overview</em>
 878           <ul>
 879             <li>
 880               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 881               with alignment and overview windows
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 885               overview
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 889               omitted in Overview
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 893               adjustment of visible position
 894             </li>
 895           </ul>
 896
 897           <em>Data import/export</em>
 898           <ul>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 901               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 902             </li>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 905               annotation input/output via stockholm flatfile
 906             </li>
 907             <li>
 908               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 909               extension when importing structure files without embedded
 910               names or PDB accessions
 911             </li>
 912             <li>
 913               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 914               format sequence substitution matrices
 915             </li>
 916           </ul>
 917           <em>User Interface</em>
 918           <ul>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 921               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 922               the application.
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 926               via Overview or sequence motif search operations
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 930               opened by double clicking gaps within sequence feature
 931               extent
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 935               aligned positions were available to create a 3D structure
 936               superposition.
 937             </li>
 938           </ul>
 939           <em>3D Structure</em>
 940           <ul>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 943               coloured in linked structure views
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 947               file-based command exchange
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 951               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 952               structures are already available for sequences
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 956               the Jalview project rather than downloaded again when the
 957               project is reopened.
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 961               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 962               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 963                 Feature</strong>)
 964             </li>
 965           </ul>
 966           <em>Web Services</em>
 967           <ul>
 968             <li>
 969               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 973               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 974               Analysis services
 975             </li>
 976             <li>
 977               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 978               cross-references provided by identifiers.org and the
 979               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 980             </li>
 981           </ul>
 982
 983           <em>Scripting</em>
 984           <ul>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 987               identifying file formats (instead of String constants)
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 991               efficiency when counting all displayed features (not
 992               backwards compatible with 2.10.1)
 993             </li>
 994           </ul>
 995           <em>Example files</em>
 996           <ul>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 999               included in the example feature file
1000             </li>
1001           </ul>
1002           <em>Documentation</em>
1003           <ul>
1004             <li>
1005               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1006               with the built-in Java help viewer
1007             </li>
1008             <li>
1009               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1010               sequence description' option
1011             </li>
1012           </ul>
1013           <em>Test Suite</em>
1014           <ul>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1017               Uniprot REST Free Text Search Client
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1024               during tests
1025             </li>
1026           </ul>
1027         </div></td>
1028       <td><div align="left">
1029           <em>Calculations</em>
1030           <ul>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1033               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1034               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1035             </li>
1036             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1037               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1038               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1039               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1040               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1041               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1042               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1043               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1044               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1045               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1046               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1047               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1048               // for 2.10.1 mode <br />
1049               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1050               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1051                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1052                 calculations (not recommended)</em></li>
1053             <li>
1054               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1055               scaling of branch lengths for trees computed using
1056               Sequence Feature Similarity.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1060               generating output report when working with highly
1061               redundant alignments
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1065               right of selected region when gaps present on right-hand
1066               boundary
1067             </li>
1068           </ul>
1069           <em>User Interface</em>
1070           <ul>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1073               doesn't reselect a specific sequence's associated
1074               annotation after it was used for colouring a view
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1078               opened on a region of alignment without groups
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1082               of an alignment with overlapping groups
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1086               name and description match
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1090               hidden regions results in incorrect hidden regions
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1094               changing colour does not apply Conservation slider value
1095               to all groups
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1099               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1103               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1104             </li>
1105             <li>
1106               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1107               gaps before start of features
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1111               restored to UI when feature colour is edited
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1115               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1116             </li>
1117             <li>
1118               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1119               as graduate feature colour settings are modified via the
1120               dialog box
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1124               when a group defined on the alignment is resized
1125             </li>
1126             <li>
1127               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1128               wrapped view result in positional status updates
1129             </li>
1130
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1133               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1134             </li>
1135             <li>
1136               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1137               alignment included gapped columns
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1141               widgets don't permanently disappear
1142             </li>
1143             <li>
1144               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1145               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1146               T-Coffee column reliability scores)
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1150               sequence feature on gaps only
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1154               button from a Find inherit previously defined feature type
1155               rather than the Find query string
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1159               exporting tree calculated in Jalview
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1163               and then revealing them reorders sequences on the
1164               alignment
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1168               doesn't update to reflect available set of groups after
1169               interactively adding or modifying features
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1173               Linux
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1177               only excluded gaps in current sequence and ignored
1178               selection.
1179             </li>
1180           </ul>
1181           <em>Rendering</em>
1182           <ul>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1185               erratically when hidden rows or columns are present
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1189               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1190               sequence colouring
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1194               colour and group colour menu for protein alignments
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1198               reflect currently selected view or group's shading
1199               thresholds
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1203               when rendered on overview and structures when opacity at
1204               100%
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1208               overview when features overlaid on alignment
1209             </li>
1210           </ul>
1211           <em>Data import/export</em>
1212           <ul>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1215               load
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1219               added after a sequence was imported are not written to
1220               Stockholm File
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1224               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1228               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1232               with lightGray or darkGray via features file (but can
1233               specify lightgray)
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1237               when alignment view imported from project
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1241               structure and sequences extracted from structure files
1242               imported via URL and viewed in Jmol
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1246               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1247               the project is loaded and the structure viewed
1248             </li>
1249           </ul>
1250           <em>Web Services</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1254               release of Ensembl v.88
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1258               appear enabled in Preferences->Connections
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1262               removed from console output
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1266               Ensembl by Peptide ID
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1270               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1271               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1272               due to 'null' string rather than empty string used for
1273               residues with no corresponding PDB mapping).
1274             </li>
1275           </ul>
1276           <em>Application UI</em>
1277           <ul>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1280               menu
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1284               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1285               new documentation and tooltips added)
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1289               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1293               new features are added to alignment
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1297               changes to feature colours via the Amend features dialog
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1301               edit graduated feature colour via amend features dialog
1302               box
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1306               selection menu changes colours of alignment views
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1310               from alignment calculation workers after alignment has
1311               been closed
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1315               groups now 'Create Group'
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1319               Create/Undefine group doesn't always work
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1323               shown again after pressing 'Cancel'
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1327               adjusts start position in wrap mode
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1331               ambiguous amino acids
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1335               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1336               proteins
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1340               Defined' don't appear in Colours menu
1341             </li>
1342           </ul>
1343           <em>Applet</em>
1344           <ul>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1347               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1351               overview or linked structure view
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1355               work (since 2.8)
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1359               user-defined colourscheme doesn't restore original
1360               colourscheme
1361             </li>
1362           </ul>
1363           <em>Test Suite</em>
1364           <ul>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1367               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1371               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1372               problems with deep array comparison equality asserts in
1373               successive versions of TestNG
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1377               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1378             </li>
1379           </ul>
1380           <em>New Known Issues</em>
1381           <ul>
1382             <li>
1383               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1384               phase after a sequence motif find operation
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1388               containing just upper and lower case letters are
1389               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1393               reliably from eggnog Ortholog database
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1397               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1398               to mark columns containing highlighted regions.
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1402               doesn't always add secondary structure annotation.
1403             </li>
1404           </ul>
1405         </div>
1406     <tr>
1407       <td width="60" nowrap>
1408         <div align="center">
1409           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1410         </div>
1411       </td>
1412       <td><div align="left">
1413           <em>General</em>
1414           <ul>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1417               for all consensus calculations
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1421               3rd Oct 2016)
1422             </li>
1423             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1424               for 2016-2017</li>
1425           </ul>
1426           <em>Application</em>
1427           <ul>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1430               set of database cross-references, sorted alphabetically
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1434               from database cross references. Users with custom links
1435               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1436                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1440               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1441               Chimera session
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1445               the Chimera it is connected to is shut down
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1449               columns menu item to mark columns containing highlighted
1450               regions (e.g. from structure selections or results of a
1451               Find operation)
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1455               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1456               MSAviewer
1457             </li>
1458           </ul>
1459         </div></td>
1460       <td>
1461         <div align="left">
1462           <em>General</em>
1463           <ul>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1466               are not coloured or thresholded according to percent
1467               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1471               hydrophobic
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1475               threshold, amino acid properties)
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1479               reported as mapped to residues in a structure file in the
1480               View Mapping report
1481             </li>
1482             <li>
1483               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1484               could be added multiple times to a sequence
1485             </li>
1486             <li>
1487               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1488               bond features shown as two highlighted residues rather
1489               than a range in linked structure views, and treated
1490               correctly when selecting and computing trees from features
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1494               cross-references are matched to database name regardless
1495               of case
1496             </li>
1497
1498           </ul>
1499           <em>Application</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1503               names without regular expressions also offer links from
1504               Sequence ID
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1508               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1509               update Jalview configuration
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1513               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1517               files with similarly named sequences if dropped onto the
1518               alignment
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1522               entries where more chains exist in the PDB accession than
1523               are reported in the SIFTS file
1524             </li>
1525             <li>
1526               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1527               the structure view when displayed with Chimera
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1531               panel's View->Show Chains submenu
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1535               work for wrapped alignment views
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1539               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1543               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1544               first annotation row
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1548               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1552               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1553             </li>
1554             <!-- JAL-2319 -->
1555             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1556             coordindate data
1557             </li>
1558           </ul>
1559           <!--           <em>New Known Issues</em>
1560           <ul>
1561             <li></li>
1562           </ul> -->
1563         </div>
1564       </td>
1565     </tr>
1566     <td width="60" nowrap>
1567       <div align="center">
1568         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1569           <em>25/10/2016</em></strong>
1570       </div>
1571     </td>
1572     <td><em>Application</em>
1573       <ul>
1574         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1575           view if structures already loaded</li>
1576         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1577           structure views</li>
1578       </ul></td>
1579     <td>
1580       <div align="left">
1581         <em>General</em>
1582         <ul>
1583           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1584             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1585           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1586             example sequences/projects/trees</li>
1587         </ul>
1588         <em>Application</em>
1589         <ul>
1590           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1591             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1592           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1593             without timeout for structures with multiple models or
1594             multiple sequences in alignment</li>
1595           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1596             PDB ID HEADER line</li>
1597           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1598             is performed</li>
1599           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1600             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1601           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1602           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1603             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1604             option</li>
1605           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1606             is created on the alignment</li>
1607           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1608             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1609             pop-up menu</li>
1610         </ul>
1611         <em>Build and deployment</em>
1612         <ul>
1613           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1614             tags</li>
1615         </ul>
1616         <em>New Known Issues</em>
1617         <ul>
1618           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1619             on Windows</li>
1620         </ul>
1621       </div>
1622     </td>
1623     </tr>
1624     <tr>
1625       <td width="60" nowrap>
1626         <div align="center">
1627           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1628         </div>
1629       </td>
1630       <td><em>General</em>
1631         <ul>
1632           <li>
1633             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1634           </li>
1635           <li>
1636             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1637             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1638             better PDB parsing.
1639           </li>
1640           <li>
1641             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1642             reference sequence
1643           </li>
1644           <li>
1645             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1646             mousing over sequence associated annotation
1647           </li>
1648           <li>
1649             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1650             for manual entry
1651           </li>
1652           <li>
1653             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1654             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1655             for each column
1656           </li>
1657           <li>
1658             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1659             showing or hiding columns containing a feature
1660           </li>
1661           <li>
1662             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1663             group and sequence associated annotation labels
1664           </li>
1665           <li>
1666             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1667             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1668             dialogs
1669           </li>
1670
1671         </ul> <em>Application</em>
1672         <ul>
1673           <li>
1674             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1675             gene/transcript view
1676           </li>
1677           <li>
1678             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1679             dialog
1680           </li>
1681           <li>
1682             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1683             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1684           </li>
1685           <li>
1686             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1687             Pfam sources to xfam.org
1688           </li>
1689           <li>
1690             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1691           </li>
1692           <li>
1693             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1694             over sequences in Jalview
1695           </li>
1696           <li>
1697             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1698             regions in ENA and EMBL
1699           </li>
1700           <li>
1701             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1702             for record retrieval via ENA rest API
1703           </li>
1704           <li>
1705             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1706             complement operator
1707           </li>
1708           <li>
1709             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1710             groovy script execution
1711           </li>
1712           <li>
1713             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1714             alignment window's Calculate menu
1715           </li>
1716           <li>
1717             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1718             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1719           </li>
1720           <li>
1721             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1722             calculation workers from groovy scripts
1723           </li>
1724           <li>
1725             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1726             Jalview projects
1727           </li>
1728           <li>
1729             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1730             associations are now saved/restored from project
1731           </li>
1732           <li>
1733             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1734             before sequence fetcher is opened
1735           </li>
1736           <li>
1737             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1738             database chooser opens a sequence fetcher
1739           </li>
1740           <li>
1741             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1742             the UniProt REST API
1743           </li>
1744           <li>
1745             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1746             the news reader opening
1747           </li>
1748           <li>
1749             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1750             querying stored in preferences
1751           </li>
1752           <li>
1753             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1754             search results
1755           </li>
1756           <li>
1757             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1758           </li>
1759           <li>
1760             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1761             menu for nucleotide sequences
1762           </li>
1763           <li>
1764             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1765             and feature counts preserves alignment ordering (and
1766             debugged for complex feature sets).
1767           </li>
1768           <li>
1769             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1770             viewing structures with Jalview 2.10
1771           </li>
1772           <li>
1773             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1774             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1775             Ensembl Genomes REST API
1776           </li>
1777           <li>
1778             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1779             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1780             (Ensembl)
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1784             sequences
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1788             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1789             data from external database records.
1790           </li>
1791           <li>
1792             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1793             efficient recovery of sequence coding and alignment
1794             annotation relationships.
1795           </li>
1796         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1797         <ul>
1798           <li>
1799             -- JAL---
1800           </li>
1801         </ul> --></td>
1802       <td>
1803         <div align="left">
1804           <em>General</em>
1805           <ul>
1806             <li>
1807               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1808               menu on OSX
1809             </li>
1810             <li>
1811               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1812               includes graduated colourschemes
1813             </li>
1814             <li>
1815               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1816               working with big alignments and lots of hidden columns
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1820               at right of alignment window
1821             </li>
1822             <li>
1823               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1824               contents
1825             </li>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1828               for DNA alignments
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1832               based tree calculation
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1836               unconserved enabled for group on alignment
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1840               set as reference
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1844               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1845               annotation
1846             </li>
1847             <li>
1848               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1849               hidden columns present
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1853               user created annotation added to alignment
1854             </li>
1855             <li>
1856               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1857               '()' base pair annotation
1858             </li>
1859             <li>
1860               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1861               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1862               Consensus
1863             </li>
1864             <li>
1865               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1866               feature not working
1867             </li>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1870               beginning of sequence
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1874               entry 3a6s
1875             </li>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1878               from a tree when t-coffee scores are shown
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1882               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1883             </li>
1884             <li>
1885               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1886               some structures
1887             </li>
1888             <li>
1889               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1890               to Clustal, PIR and PileUp output
1891             </li>
1892             <li>
1893               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1894               not visible causes alignment window to repaint
1895             </li>
1896             <li>
1897               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1898               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1899               scores associated with features and annotation rows
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1903               calculation should be case independent
1904             </li>
1905             <li>
1906               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1907               columns
1908             </li>
1909             <li>
1910               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1911               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1912               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1913             </li>
1914             <li>
1915               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1916               problems when reference sequence defined and 'show
1917               non-conserved' enabled
1918             </li>
1919             <li>
1920               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1921               load even when Consensus calculation is disabled
1922             </li>
1923             <li>
1924               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1925               alignment does nothing
1926             </li>
1927           </ul>
1928           <em>Application</em>
1929           <ul>
1930             <li>
1931               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1932               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1933               yet fixed for El Capitan)
1934             </li>
1935             <li>
1936               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1937               output when running on non-gb/us i18n platforms
1938             </li>
1939             <li>
1940               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1941               hidden sequences as flat-file alignment
1942             </li>
1943             <li>
1944               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1945               launching Chimera
1946             </li>
1947             <li>
1948               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1949               (also hotfix for 2.9.0b2)
1950             </li>
1951             <li>
1952               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1953               reference sequence defined
1954             </li>
1955             <li>
1956               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1957               alignments and views when revealing hidden columns
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1961               view in a cDNA/Protein splitframe
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1965               sequence from project when only one sequence is
1966               represented
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1970               in Structure Chooser
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1974               structure consensus didn't refresh annotation panel
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1978               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1982               dialogs format columns correctly, don't display array
1983               data, sort columns according to type
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1987               file chooser is cancelled during an image export
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1991               sequence name containing special characters
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1995               case insensitive
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1999               formatting don't wrap
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2003               truncated so L looks like I in consensus annotation
2004             </li>
2005             <li>
2006               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2007               currently displayed features for the current selection or
2008               view
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2012               after fetching cross-references, and restoring from
2013               project
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2017               followed in the structure viewer
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2021               splitframe not restored from project
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2025               trailing end of protein alignment in transcript/product
2026               splitview when pad-gaps not enabled by default
2027             </li>
2028             <li>
2029               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2030               is case dependent
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2034               article has been read (reopened issue due to
2035               internationalisation problems)
2036             </li>
2037             <li>
2038               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2039               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2040               cross-references
2041             </li>
2042
2043             <li>
2044               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2045               alignment as HTML
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2049               multiple structures are shown for one or more sequences.
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2053               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2054               is enabled.
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2058               specific PDB id for sequence
2059             </li>
2060             <li>
2061               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2062               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2063               columns' is disabled.
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2067               selects lowest rather than highest resolution structures
2068               for each sequence
2069             </li>
2070             <li>
2071               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2072               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2073             </li>
2074             <li>
2075               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2076               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2077             </li>
2078             <li>
2079               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2080               after clicking on it to create new annotation for a
2081               column.
2082             </li>
2083             <li>
2084               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2085               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2086             </li>
2087             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2088             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2089           </ul>
2090           <em>Applet</em>
2091           <ul>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2094               hidden columns present before start of sequence
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2098               (JSON jars)
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2102               sequences are hidden in applet
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2106               deployment on examples pages.
2107             </li>
2108           </ul>
2109         </div>
2110       </td>
2111     </tr>
2112     <tr>
2113       <td width="60" nowrap>
2114         <div align="center">
2115           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2116             <em>16/10/2015</em></strong>
2117         </div>
2118       </td>
2119       <td><em>General</em>
2120         <ul>
2121           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2122             jars</li>
2123         </ul></td>
2124       <td>
2125         <div align="left">
2126           <em>Application</em>
2127           <ul>
2128             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2129               shown when tree is partitioned</li>
2130             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2131               multiple cDNA/Protein split views</li>
2132           </ul>
2133         </div>
2134       </td>
2135     </tr>
2136     <tr>
2137       <td width="60" nowrap>
2138         <div align="center">
2139           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2140             <em>8/10/2015</em></strong>
2141         </div>
2142       </td>
2143       <td><em>General</em>
2144         <ul>
2145           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2146             2.9</li>
2147         </ul> <em>Application</em>
2148         <ul>
2149           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2150           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2151           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2152         </ul> <em>Applet</em>
2153         <ul>
2154           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2155         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2156         <ul>
2157           <li>
2158             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2159             suite
2160           </li>
2161         </ul></td>
2162       <td>
2163         <div align="left">
2164           <em>General</em>
2165           <ul>
2166             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2167               incorrect when sequence start > 1</li>
2168             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2169               documentation</li>
2170             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2171             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2172               loading a features file containing HTML tags in feature
2173               description</li>
2174
2175           </ul>
2176           <em>Application</em>
2177           <ul>
2178             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2179               reimport</li>
2180             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2181               with 'trim retrieved sequences'</li>
2182             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2183               deleting selected columns</li>
2184             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2185               JNLP templates for webstart launch</li>
2186             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2187               unreleased structures for download or viewing</li>
2188             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2189               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2190             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2191               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2192             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2193               recovered from jalview project</li>
2194             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2195               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2196               alignment view</li>
2197             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2198               color schemes from BioJSON</li>
2199           </ul>
2200           <em>Applet</em>
2201           <ul>
2202             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2203               frame</li>
2204             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2205           </ul>
2206         </div>
2207       </td>
2208     </tr>
2209     <tr>
2210       <td><div align="center">
2211           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2212         </div></td>
2213       <td><em>General</em>
2214         <ul>
2215           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2216             alignments:
2217             <ul>
2218               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2219                 and DNA alignment views</li>
2220               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2221                 cDNA alignment views</li>
2222               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2223                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2224               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2225                 protein sequences</li>
2226             </ul>
2227           </li>
2228           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2229           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2230             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2231           <li>New alignment annotation file statements for
2232             reference sequences and marking hidden columns</li>
2233           <li>Reference sequence based alignment shading to
2234             highlight variation</li>
2235           <li>Select or hide columns according to alignment
2236             annotation</li>
2237           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2238           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2239             acid conservation row</li>
2240           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2241         </ul> <em>Application</em>
2242         <ul>
2243           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2244             <ul>
2245               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2246                 view with cDNA/Protein</li>
2247               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2248                 sequences are placed in the same alignment</li>
2249               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2250                 projects</li>
2251             </ul>
2252           </li>
2253
2254           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2255           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2256             Jalview windows</li>
2257
2258           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2259           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2260           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2261             be shown in VARNA</li>
2262
2263           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2264             as the active selected region</li>
2265
2266           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2267             similarity</li>
2268           <li>New Export options
2269             <ul>
2270               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2271                 region export in flat file generation</li>
2272
2273               <li>Export alignment views for display with the <a
2274                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2275
2276               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2277               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2278                 alignment figures to HTML</li>
2279           </li>
2280           <li>3D structure retrieval and display
2281             <ul>
2282               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2283                 Search API</li>
2284               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2285                 PDB structures for a sequence set</li>
2286             </ul>
2287           </li>
2288
2289           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2290             predictions</li>
2291           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2292             for one or a group of sequences</li>
2293           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2294             from the JPred4 web server</li>
2295           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2296             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2297             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2298           </li>
2299           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2300             VARNA 2D Structure'</li>
2301           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2302             Structure ..."</li>
2303
2304         </ul> <em>Applet</em>
2305         <ul>
2306           <li>New layout for applet example pages</li>
2307           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2308             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2309           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2310             Protein alignments</li>
2311         </ul> <em>Development and deployment</em>
2312         <ul>
2313           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2314           <li>Include installation type and git revision in build
2315             properties and console log output</li>
2316           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2317             storing BioJsMSA Templates</li>
2318           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2319         </ul></td>
2320       <td>
2321         <!-- <em>General</em>
2322         <ul>
2323         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2324         <ul>
2325           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2326           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2327           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2328             predictions are not highlighted in amber</li>
2329           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2330             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2331           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2332             associated structure views</li>
2333           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2334             width checkbox not enabled</li>
2335           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2336             creating user defined colours</li>
2337           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2338             mappings for just that viewer's sequences</li>
2339           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2340             multiple models in Chimera</li>
2341           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2342             over Jmol structure</li>
2343           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2344             output to text box</li>
2345           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2346             have incorrect sequence start/end</li>
2347           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2348             Jalview fails</li>
2349           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2350             work for nucleotide</li>
2351           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2352             to a grey/invisible alignment window</li>
2353           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2354             imports to different position</li>
2355           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2356             on some platforms</li>
2357           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2358             populated</li>
2359           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2360             console if Chimera has been opened</li>
2361           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2362           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2363             retrieved</li>
2364           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2365           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2366             either sequence shows on first structure</li>
2367           <li>'Show annotations' options should not make
2368             non-positional annotations visible</li>
2369           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2370             in right place after 'view flanking regions'</li>
2371           <li>File Save As type unset when current file format is
2372             unknown</li>
2373           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2374             projects</li>
2375           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2376             responsive</li>
2377           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2378             several views on same alignment</li>
2379           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2380           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2381             spaces</li>
2382         </ul> <em>Applet</em>
2383         <ul>
2384           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2385           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2386             descriptions containing angle brackets</li>
2387         </ul> <em>General</em>
2388         <ul>
2389           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2390             via jalview annotation file</li>
2391           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2392             with RNA secondary structure</li>
2393           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2394             translation doesn't work.</li>
2395           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2396           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2397             positions</li>
2398           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2399             choosing 1pt font</li>
2400           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2401             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2402             'h'</li>
2403           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2404             new feature</li>
2405           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2406             order dependent</li>
2407           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2408             sequences</li>
2409           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2410         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2411         <ul>
2412           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2413             www.jalview.org</li>
2414         </ul> <em>Application Known issues</em>
2415         <ul>
2416           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2417           <li>Misleading message appears after trying to delete
2418             solid column.</li>
2419           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2420             version launches</li>
2421           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2422             fails with a sequence mismatch</li>
2423           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2424             scrolling alignment to right</li>
2425           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2426             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2427           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2428             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2429           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2430             ultra-high resolution</li>
2431           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2432             quality and conservation</li>
2433           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2434             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2435         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2436         <ul>
2437           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2438           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2439             window is being resized</li>
2440
2441         </ul>
2442       </td>
2443     </tr>
2444     <tr>
2445       <td><div align="center">
2446           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2447         </div></td>
2448       <td><em>General</em>
2449         <ul>
2450           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2451             Certum.PL.</li>
2452           <li>Features and annotation preserved when performing
2453             pairwise alignment</li>
2454           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2455             imported/exported/displayed</li>
2456           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2457             protein secondary structure</li>
2458           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2459               post-hoc with 2.9 release</em>)
2460           </li>
2461
2462         </ul> <em>Application</em>
2463         <ul>
2464           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2465             with 3D structures</li>
2466           <li>Support for parsing RNAML</li>
2467           <li>Annotations menu for layout
2468             <ul>
2469               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2470               <li>place sequence annotation above/below alignment
2471                 annotation</li>
2472             </ul>
2473           <li>Output in Stockholm format</li>
2474           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2475             translation</li>
2476           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2477           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2478             shared between alignments</li>
2479           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2480             Jalview</li>
2481           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2482             all or current selection</li>
2483           <li>disorder and secondary structure predictions
2484             available as dataset annotation</li>
2485           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2486
2487
2488           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2489             alignments from Rfam</li>
2490           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2491
2492           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2493             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2494           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2495           <li>include installation type in build properties and
2496             console log output</li>
2497           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2498             annotation</li>
2499         </ul></td>
2500       <td>
2501         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2502         <ul>
2503           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2504             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2505           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2506             alignment</li>
2507           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2508           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2509           <li>Double click on sequence associated annotation
2510             selects only first column</li>
2511           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2512             leaves shown in tree</li>
2513           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2514             properly</li>
2515           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2516           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2517             screen and buttons not visible</li>
2518           <li>author list isn't updated if already written to
2519             Jalview properties</li>
2520           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2521             from database</li>
2522           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2523           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2524             browser search window</li>
2525           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2526             in feature settings dialog</li>
2527           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2528             desktop</li>
2529           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2530             pass validation</li>
2531           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2532             fit on screen</li>
2533           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2534             tooltip</li>
2535           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2536             defined user preset</li>
2537           <li>MSA web services warns user if they were launched
2538             with invalid input</li>
2539           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2540             Java 8</li>
2541           <li>
2542             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2543             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2544             created
2545           </li>
2546
2547         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2548         <ul>
2549         </ul> <em>General</em>
2550         <ul>
2551         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2552         <ul>
2553           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2554             memory allocation</li>
2555           <li>launchApp service doesn't automatically open
2556             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2557           <li>
2558             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2559             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2560             1.7_055 is available
2561           </li>
2562         </ul> <em>Application Known issues</em>
2563         <ul>
2564           <li>
2565             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2566             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2567             alignment to right
2568           </li>
2569           <li>
2570             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2571             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2572             with large number of ID
2573           </li>
2574           <li>
2575             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2576             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2577             start/end
2578           </li>
2579           <li>
2580             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2581             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2582             structure tracks are rearranged
2583           </li>
2584           <li>
2585             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2586             invalid rna structure positional highlighting does not
2587             highlight position of invalid base pairs
2588           </li>
2589           <li>
2590             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2591             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2592             project from alignment window file menu
2593           </li>
2594           <li>
2595             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2596             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2597             structures
2598           </li>
2599           <li>
2600             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2601             colour by RNA Helices not enabled when user created
2602             annotation added to alignment
2603           </li>
2604           <li>
2605             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2606             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2607           </li>
2608         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2609         <ul>
2610           <li>
2611             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2612             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2613           </li>
2614           <li>
2615             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2616             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2617           </li>
2618
2619           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2620             when selected</li>
2621         </ul>
2622       </td>
2623     </tr>
2624     <tr>
2625       <td><div align="center">
2626           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2627         </div></td>
2628       <td>
2629         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2630         <em>General</em>
2631         <ul>
2632           <li>Internationalisation of user interface (usually
2633             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2634           <li>Define/Undefine group on current selection with
2635             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2636           <li>Improved group creation/removal options in
2637             alignment/sequence Popup menu</li>
2638           <li>Sensible precision for symbol distribution
2639             percentages shown in logo tooltip.</li>
2640           <li>Annotation panel height set according to amount of
2641             annotation when alignment first opened</li>
2642         </ul> <em>Application</em>
2643         <ul>
2644           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2645             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2646           <li>Select columns containing particular features from
2647             Feature Settings dialog</li>
2648           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2649             sequences</li>
2650           <li>Update Jalview project format:
2651             <ul>
2652               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2653               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2654                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2655               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2656                 colouring</li>
2657             </ul>
2658           </li>
2659           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2660             (PAM250)</li>
2661           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2662             flanking regions for an alignment</li>
2663         </ul>
2664       </td>
2665       <td>
2666         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2669             running after job is cancelled</li>
2670           <li>cannot export features from alignments imported from
2671             Jalview/VAMSAS projects</li>
2672           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2673             float values</li>
2674           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2675             have 'display all symbols' flag set</li>
2676           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2677             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2678           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2679             Jalview</li>
2680           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2681             Lion/Webstart</li>
2682           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2683           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2684           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2685             alignment onto desktop</li>
2686           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2687             'extract scores' function</li>
2688           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2689             alignment window</li>
2690           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2691             performing IUPred disorder prediction</li>
2692           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2693             changing 'normalise logo' display setting</li>
2694           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2695             nothing matches query</li>
2696           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2697             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2698           </li>
2699           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2700             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2701           </li>
2702           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2703             Jalview's menu</li>
2704           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2705             'invalid literal/length code'</li>
2706           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2707             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2708           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2709             colourscheme</li>
2710
2711         </ul> <em>Applet</em>
2712         <ul>
2713           <li>Remove group option is shown even when selection is
2714             not a group</li>
2715           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2716             don't affect groups</li>
2717           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2718             colourscheme name</li>
2719           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2720             Annotation panel is not displayed</li>
2721           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2722             embedded windows</li>
2723         </ul> <em>Other</em>
2724         <ul>
2725           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2726             single sequence were not calculated</li>
2727           <li>annotation files that contain only groups imported as
2728             annotation and junk sequences</li>
2729           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2730             recognised as PFAM or BLC</li>
2731           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2732             doesn't affect background (2.8.0b1)
2733           <li></li>
2734           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2735           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2736             trailing gaps</li>
2737           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2738             registered correctly on import</li>
2739           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2740             certain alignments</li>
2741           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2742             existing annotation based 'use original colours'
2743             colourscheme loses original colours setting</li>
2744         </ul>
2745       </td>
2746     </tr>
2747     <tr>
2748       <td><div align="center">
2749           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2750             <em>30/1/2014</em></strong>
2751         </div></td>
2752       <td>
2753         <ul>
2754           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2755             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2756             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2757             open source project).
2758           </li>
2759           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2760           <li>Output in Stockholm format</li>
2761           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2762           <li>Export/import group and sequence associated line
2763             graph thresholds</li>
2764           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2765             ambiguity codes</li>
2766           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2767             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2768             works</li>
2769           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2770         </ul> <em>Other improvements</em>
2771         <ul>
2772           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2773           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2774             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2775           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2776             files</li>
2777           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2778           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2779             link but no description</li>
2780           <li>Select primary source when selecting authority in
2781             database fetcher GUI</li>
2782           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2783             Jalview</li>
2784           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2785         </ul>
2786       </td>
2787       <td>
2788         <ul>
2789           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2790             displayed</li>
2791           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2792             secondary structure annotation line</li>
2793           <li>Sequence database accessions not imported when
2794             fetching alignments from Rfam</li>
2795           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2796             identical IDs</li>
2797           <li>View all structures does not always superpose
2798             structures</li>
2799           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2800             reflect user or preset settings</li>
2801           <li>Null pointer exceptions for some services without
2802             presets or adjustable parameters</li>
2803           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2804             discover PDB xRefs</li>
2805           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2806             features with DAS</li>
2807           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2808             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2809           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2810             residue follows a gap</li>
2811           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2812             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2813           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2814             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2815           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2816             annotation already exists on alignment</li>
2817           <li>oninit javascript function should be called after
2818             initialisation completes</li>
2819           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2820             alignment window display</li>
2821           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2822           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2823             to annotation file</li>
2824           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2825             groups created</li>
2826           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2827             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2828           <li>Pressing return several times causes Number Format
2829             exceptions in keyboard mode</li>
2830           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2831             correct partitions for input data</li>
2832           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2833           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2834           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2835           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2836             mode</li>
2837           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2838             changes one row&#39;s threshold</li>
2839           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2840             doesn&#39;t open</li>
2841           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2842             quality histograms</li>
2843         </ul>
2844       </td>
2845     </tr>
2846     <tr>
2847       <td><div align="center">
2848           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2849         </div></td>
2850       <td><em>Application</em>
2851         <ul>
2852           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2853             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2854           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2855             preferences</li>
2856           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2857             in Jalview alignment window</li>
2858           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2859             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2860           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2861             RNA and ambiguity codes</li>
2862
2863           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2864           <li>Support fetching and database reference look up
2865             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2866             refs')</li>
2867           <li>Jalview project improvements
2868             <ul>
2869               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2870                 flag for annotation</li>
2871               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2872                 alignment</li>
2873               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2874                 Jalview project</li>
2875
2876             </ul>
2877           </li>
2878           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2879           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2880             running</li>
2881           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2882           <li>visual indication that web service results are still
2883             being retrieved from server</li>
2884           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2885             starts up for first time</li>
2886           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2887             services</li>
2888           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2889             client library</li>
2890           <li>Examples directory and Groovy library included in
2891             InstallAnywhere distribution</li>
2892         </ul> <em>Applet</em>
2893         <ul>
2894           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2895             visualization applet example</li>
2896         </ul> <em>General</em>
2897         <ul>
2898           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2899           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2900             defaults</li>
2901           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2902             calculation</li>
2903           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2904             matrices
2905           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2906             in HTML</li>
2907           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2908             structure contacts</li>
2909           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2910           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2911           <li>Parse sequence associated secondary structure
2912             information in Stockholm files</li>
2913           <li>HTML Export database accessions and annotation
2914             information presented in tooltip for sequences</li>
2915           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2916             style RNA alignment files</li>
2917           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2918             alignment</li>
2919           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2920             shade each sequence according to its associated alignment
2921             annotation</li>
2922           <li>New Jalview Logo</li>
2923         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2924         <ul>
2925           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2926           <li>New Website!</li>
2927         </ul></td>
2928       <td><em>Application</em>
2929         <ul>
2930           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2931             wsdbfetch REST service</li>
2932           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2933           <li>Filetype associations not installed for webstart
2934             launch</li>
2935           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2936             job execution in full once it is complete</li>
2937           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2938             uploaded via ali_file parameter</li>
2939           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2940           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2941           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2942             submitted for prediction</li>
2943           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2944             desktop window</li>
2945           <li>Putting fractional value into integer text box in
2946             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2947           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2948             windows 7</li>
2949           <li>View all structures fails with exception shown in
2950             structure view</li>
2951           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2952             escaped in a platform independent way</li>
2953           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2954             using proxy</li>
2955           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2956             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2957           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2958             failure when java web start temporary file caching is
2959             disabled</li>
2960           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2961             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2962           <li>Errors during processing of command line arguments
2963             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2964           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2965             DAS sources in sequence fetcher</li>
2966           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2967             dialog is shown</li>
2968           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2969           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2970           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2971           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2972             on OSX Mountain Lion</li>
2973           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2974             sequences with alignment annotation are pasted into the
2975             alignment</li>
2976           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2977             when loaded from Jalview project</li>
2978           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2979           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2980             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2981           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2982             associated with all views</li>
2983           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2984             annotation rows to new window</li>
2985         </ul> <em>Applet</em>
2986         <ul>
2987           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2988             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2989           <li>loading features via javascript API automatically
2990             enables feature display</li>
2991           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2992             work</li>
2993         </ul> <em>General</em>
2994         <ul>
2995           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2996           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2997             and then deselected</li>
2998           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2999           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3000             coloured with clustalx</li>
3001           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3002             exceptions and redraw errors</li>
3003           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3004             reconfigured view</li>
3005           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3006             colour</li>
3007           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3008             for lots of labels</li>
3009         </ul>
3010     </tr>
3011     <tr>
3012       <td>
3013         <div align="center">
3014           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3015         </div>
3016       </td>
3017       <td><em>Application</em>
3018         <ul>
3019           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3020           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3021           <li>View/alignment association menu to enable user to
3022             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3023             its colours/correspondences from</li>
3024           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3025           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3026             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3027           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3028           <li>Annotation row column label formatting attributes
3029             stored in project file</li>
3030           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3031             rows preserved in Jalview project file</li>
3032           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3033             saved using Desktop window menu</li>
3034           <li>Visual indication that command line arguments are
3035             still being processed</li>
3036           <li>Groovy script execution from URL</li>
3037           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3038             preferences</li>
3039           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3040             alignment with sequences that have high similarity and
3041             matching IDs</li>
3042           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3043           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3044             structures in same window</li>
3045           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3046           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3047             analysis function in its own submenu</li>
3048         </ul> <em>Applet</em>
3049         <ul>
3050           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3051             groups</li>
3052           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3053           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3054           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3055           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3056           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3057             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3058           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3059           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3060             parameters are treated as such</li>
3061           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3062             <ul>
3063               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3064               <li>Javascript callbacks for
3065                 <ul>
3066                   <li>Applet initialisation</li>
3067                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3068                 </ul>
3069               </li>
3070               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3071                 functions</li>
3072               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3073               <li>javascript structure viewer harness to pass
3074                 messages between Jmol and Jalview when running as
3075                 distinct applets</li>
3076               <li>sortBy method</li>
3077               <li>Set of applet and application examples shipped
3078                 with documentation</li>
3079               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3080                 javascript message exchange</li>
3081             </ul>
3082         </ul> <em>General</em>
3083         <ul>
3084           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3085             multiple alignments</li>
3086           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3087           <li>User configurable link to enable redirects to a
3088             www.Jalview.org mirror</li>
3089           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3090           <li>Configurable newline string when writing alignment
3091             and other flat files</li>
3092           <li>Allow alignment annotation description lines to
3093             contain html tags</li>
3094         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3095         <ul>
3096           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3097             examples</li>
3098           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3099             using a web service before displaying the result in the
3100             Jalview desktop</li>
3101           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3102           <li>Ant target to publish example html files with applet
3103             archive</li>
3104           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3105           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3106         </ul></td>
3107       <td><em>Application</em>
3108         <ul>
3109           <li>User defined colourscheme throws exception when
3110             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3111           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3112             dialog for valid filename/format</li>
3113           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3114           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3115             P37173</li>
3116           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3117             which sequence is to be associated with the file</li>
3118           <li>Find All raises null pointer exception when query
3119             only matches sequence IDs</li>
3120           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3121           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3122             2.4 cannot be loaded</li>
3123           <li>Filetype associations not installed for webstart
3124             launch</li>
3125           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3126             with sequences in different alignments do not get coloured
3127             by their associated sequence</li>
3128           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3129             not preserved when project is loaded</li>
3130           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3131             stored in Jalview project</li>
3132           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3133             Jalview project</li>
3134           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3135           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3136             by conservation</li>
3137           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3138             created on new view</li>
3139           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3140             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3141           <li>Alignment quality not updated after alignment
3142             annotation row is hidden then shown</li>
3143           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3144             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3145           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3146             properly</li>
3147           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3148             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3149           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3150           <li>Structures imported from file and saved in project
3151             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3152           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3153             job execution in full once it is complete</li>
3154         </ul> <em>Applet</em>
3155         <ul>
3156           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3157             annotation rows are displayed</li>
3158           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3159             codebase</li>
3160           <li>View follows highlighting does not work for positions
3161             in sequences</li>
3162           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3163           <li>Export features raises exception when no features
3164             exist</li>
3165           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3166             for javascript api is modified when separator string
3167             provided as parameter</li>
3168           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3169             alignment with no existing selection</li>
3170           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3171             to applet&#39;s codebase</li>
3172           <li>Status bar not updated after finished searching and
3173             search wraps around to first result</li>
3174           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3175             several Jalview applets causes race conditions and memory
3176             leaks</li>
3177           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3178             not sent from Jmol in applet</li>
3179           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3180             applet API fatally hang browser</li>
3181         </ul> <em>General</em>
3182         <ul>
3183           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3184             position with wrapped view and hidden regions</li>
3185           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3186             with/without hidden columns</li>
3187           <li>Sequence length given in alignment properties window
3188             is off by 1</li>
3189           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3190             import PDB like structure files</li>
3191           <li>Positional search results are only highlighted
3192             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3193           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3194           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3195             given sequence position</li>
3196           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3197             output</li>
3198           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3199             from nucleotide chains correctly</li>
3200           <li>Structure colours not updated when tree partition
3201             changed in alignment</li>
3202           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3203             parsed in interleaved stockholm</li>
3204           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3205             state</li>
3206           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3207             properly</li>
3208           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3209             properly associated with their pdb files</li>
3210         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3211         <ul>
3212           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3213             ApplyCopyright tool</li>
3214         </ul></td>
3215     </tr>
3216     <tr>
3217       <td>
3218         <div align="center">
3219           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3220         </div>
3221       </td>
3222       <td><em>Application</em>
3223         <ul>
3224           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3225             contact web services</li>
3226           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3227             service job window</li>
3228           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3229         </ul></td>
3230       <td>
3231         <ul>
3232           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3233             pir file emitted by Jalview</li>
3234           <li>Existing feature settings transferred to new
3235             alignment view created from cut'n'paste</li>
3236           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3237             parsing PDB files</li>
3238           <li>Consensus and conservation annotation rows
3239             occasionally become blank for all new windows</li>
3240           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3241             in wrapped view mode</li>
3242         </ul> <em>Application</em>
3243         <ul>
3244           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3245             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3246           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3247             parameter names</li>
3248           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3249             is down</li>
3250         </ul>
3251       </td>
3252     </tr>
3253     <tr>
3254       <td>
3255         <div align="center">
3256           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3257         </div>
3258       </td>
3259       <td><em>Application</em>
3260         <ul>
3261           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3262             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3263             (JABAWS)
3264           </li>
3265           <li>Web Services preference tab</li>
3266           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3267             preferences</li>
3268           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3269           <li>Superpose structures using associated sequence
3270             alignment</li>
3271           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3272             viewer</li>
3273         </ul> <em>Applet</em>
3274         <ul>
3275           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3276             link out mechanism</li>
3277         </ul> <em>Other</em>
3278         <ul>
3279           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3280             series 12</li>
3281           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3282             require Java 1.5</li>
3283           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3284             sequence annotation files</li>
3285           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3286             type colour specification</li>
3287           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3288             script to check if it being run in an interactive session or
3289             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3290         </ul></td>
3291       <td>
3292         <ul>
3293           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3294             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3295         </ul> <em>Application</em>
3296         <ul>
3297           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3298             selected Regions menu item</li>
3299           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3300             part of a valid accession ID</li>
3301           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3302             runs out of memory</li>
3303           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3304             analysis results</li>
3305           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3306             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3307           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3308         </ul> <em>Applet</em>
3309         <ul>
3310           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3311             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3312             defined.</li>
3313         </ul>
3314       </td>
3315     </tr>
3316     <tr>
3317       <td>
3318         <div align="center">
3319           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3320         </div>
3321       </td>
3322       <td></td>
3323       <td>
3324         <ul>
3325           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3326             sequence IDs</li>
3327           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3328             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3329           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3330             import correctly</li>
3331           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3332             number of columns are hidden</li>
3333           <li>annotation label popup menu not providing correct
3334             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3335             present</li>
3336           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3337             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3338           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3339             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3340
3341         </ul> <em>Applet</em>
3342         <ul>
3343           <li>annotation panel disappears when annotation is
3344             hidden/removed</li>
3345         </ul> <em>Application</em>
3346         <ul>
3347           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3348             alignment opened where annotation panel is visible but no
3349             annotations are present on alignment</li>
3350           <li>pasted region containing hidden columns is
3351             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3352           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3353             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3354           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3355             selected Rregions menu item.</li>
3356           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3357             'Un' or 'Non'conserved</li>
3358           <li>Sequence feature settings are being shared by
3359             multiple distinct alignments</li>
3360           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3361             changed</li>
3362           <li>double click on group annotation to select sequences
3363             does not propagate to associated trees</li>
3364           <li>Mac OSX specific issues:
3365             <ul>
3366               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3367                 window background</li>
3368               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3369                 name set correctly</li>
3370               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3371                 save feature colourscheme button</li>
3372             </ul>
3373           </li>
3374         </ul>
3375       </td>
3376     </tr>
3377     <tr>
3378
3379       <td>
3380         <div align="center">
3381           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3382         </div>
3383       </td>
3384       <td><em>New Capabilities</em>
3385         <ul>
3386           <li>URL links generated from description line for
3387             regular-expression based URL links (applet and application)
3388
3389           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3390             menu</li>
3391           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3392             structures</li>
3393           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3394             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3395           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3396             average score or total feature count for each sequence.</li>
3397           <li>Shading features by score or associated description</li>
3398           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3399             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3400           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3401             hide everything but the currently selected region.</li>
3402           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3403         </ul> <em>Application</em>
3404         <ul>
3405           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3406             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3407           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3408             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3409           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3410             database references and protein_name is parsed as
3411             description line (BioSapiens terms).</li>
3412           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3413             references in sequence ID tooltip from View menu in
3414             application.</li>
3415           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3416       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3417           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3418             conservation plots</li>
3419           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3420             and visualized as sequence logos</li>
3421           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3422             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3423           </li>
3424           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3425             when a new tree is opened.</li>
3426           <li>Jalview Java Console</li>
3427           <li>Better placement of desktop window when moving
3428             between different screens.</li>
3429           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3430             consensus annotation</li>
3431           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3432             Workflows</li>
3433           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3434             <ul>
3435               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3436                 used to preserve views, structures, and tree display
3437                 settings)</li>
3438               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3439                 command line</li>
3440               <li>Sharing of selected regions between views and
3441                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3442               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3443             </ul></li>
3444         </ul> <em>Applet</em>
3445         <ul>
3446           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3447           <li>New Parameters
3448             <ul>
3449               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3450                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3451                 opened.</li>
3452               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3453                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3454               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3455                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3456               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3457                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3458                 view</li>
3459               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3460                 increase the height or width of a cell in the alignment
3461                 grid relative to the current font size.</li>
3462             </ul>
3463           </li>
3464           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3465             tooltip</li>
3466         </ul> <em>Other</em>
3467         <ul>
3468           <li>Features format: graduated colour definitions and
3469             specification of feature scores</li>
3470           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3471             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3472             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3473           <li>XML formats extended to support graduated feature
3474             colourschemes, group associated annotation, and profile
3475             visualization settings.</li></td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3479             rather than description</li>
3480           <li>Non-positional features are now included in sequence
3481             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3482             visibility in tooltip).</li>
3483           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3484           <li>Added URL embedding instructions to features file
3485             documentation.</li>
3486           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3487             'X' in peptide product</li>
3488           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3489             sequence ID and sequence string and query strings do not
3490             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3491           <li>AMSA files only contain first column of
3492             multi-character column annotation labels</li>
3493           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3494             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3495             exported and re-imported)</li>
3496           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3497             name</li>
3498           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3499             as subsequence matches, and correctly reports total number
3500             of both.</li>
3501           <li>Application:
3502             <ul>
3503               <li>Better handling of exceptions during sequence
3504                 retrieval</li>
3505               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3506                 link text excludes the start_end suffix</li>
3507               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3508                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3509               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3510               <li>Sequence description lines properly shared via
3511                 VAMSAS</li>
3512               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3513                 data sources</li>
3514               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3515                 completes before alignment figures are generated.</li>
3516               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3517                 first time.</li>
3518               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3519                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3520               <li>User defined group colours properly recovered
3521                 from Jalview projects.</li>
3522             </ul>
3523           </li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526
3527     </tr>
3528     <tr>
3529       <td>
3530         <div align="center">
3531           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3532         </div>
3533       </td>
3534       <td>
3535         <ul>
3536           <li>Experimental support for google analytics usage
3537             tracking.</li>
3538           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3539         </ul>
3540       </td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Race condition in applet preventing startup in
3544             jre1.6.0u12+.</li>
3545           <li>Exception when feature created from selection beyond
3546             length of sequence.</li>
3547           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3548           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3549             all sequences with a given id</li>
3550           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3551             ID string searches</li>
3552           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3553             alignment to fail with exception</li>
3554         </ul> <em>Application Issues</em>
3555         <ul>
3556           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3557           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3558             data sources</li>
3559         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3560         <ul>
3561           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3562             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3563           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3564             version (java class versioning error fixed)</li>
3565         </ul>
3566       </td>
3567     </tr>
3568     <tr>
3569       <td>
3570
3571         <div align="center">
3572           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3573         </div>
3574       </td>
3575       <td><em>User Interface</em>
3576         <ul>
3577           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3578             translation and protein products</li>
3579           <li>Linked highlighting of structure associated with
3580             residue mapping to codon position</li>
3581           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3582             and 'clear' button</li>
3583           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3584             Tools menu</li>
3585           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3586             numeric data in description line</li>
3587           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3588           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3589             of sequence</li>
3590         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3591         <ul>
3592           <li>JPred3 web service</li>
3593           <li>Prototype sequence search client (no public services
3594             available yet)</li>
3595           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3596             PFAM</li>
3597           <li>URL Links created for matching database cross
3598             references as well as sequence ID</li>
3599           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3600         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3601         <ul>
3602           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3603             databases</li>
3604           <li>Generalised database reference retrieval and
3605             validation to all fetchable databases</li>
3606           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3607             sequence command</li>
3608         </ul> <em>Import and Export</em>
3609         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3610         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3611           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3612         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3613           File</li>
3614         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3615           triplet as name of colourscheme</li>
3616         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3617         <ul>
3618           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3619           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3620             alignments (experimental)</li>
3621           <li>Create new or select existing session to join</li>
3622           <li>load and save of vamsas documents</li>
3623         </ul> <em>Application command line</em>
3624         <ul>
3625           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3626             from applet)</li>
3627           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3628             of DAS servers to query for alignment features</li>
3629           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3630             that are also automatically queried for features</li>
3631           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3632             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3633         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3634         <ul>
3635           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3636             application (when using &quot;View in full
3637             application&quot;)</li>
3638         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3639         <ul>
3640           <li>feature group display control parameter</li>
3641           <li>debug parameter</li>
3642           <li>showbutton parameter</li>
3643         </ul> <em>Applet API methods</em>
3644         <ul>
3645           <li>newView public method</li>
3646           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3647           <li>Feature display control methods</li>
3648           <li>get list of currently selected sequences</li>
3649         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3650         <ul>
3651           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3652           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3653             Jalview release.</li>
3654           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3655             property controls execution of obfuscator</li>
3656           <li>Build target for generating source distribution</li>
3657           <li>Debug flag for javacc</li>
3658           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3659             jalview.bin.Cache</li>
3660           <li>Continuous Build Integration for stable and
3661             development version of Application, Applet and source
3662             distribution</li>
3663         </ul></td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>selected region output includes visible annotations
3667             (for certain formats)</li>
3668           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3669             for editing</li>
3670           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3671           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3672           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3673           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3674             comments</li>
3675           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3676             filenames containing a ':'</li>
3677           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3678             global sequence features</li>
3679           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3680             references from alignment sequences goes to zero</li>
3681           <li>Close of tree branch colour box without colour
3682             selection causes cascading exceptions</li>
3683           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3684           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3685             file parsing fails.</li>
3686           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3687           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3688             not a valid output format</li>
3689           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3690             vamsas</li>
3691           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3692           <li>error messages passed up and output when data read
3693             fails</li>
3694           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3695             sequence is edited</li>
3696           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3697             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3698           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3699             filetype</li>
3700           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3701             import fixed for PFAM records</li>
3702           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3703             window list</li>
3704           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3705             can be read and written correctly to annotation file</li>
3706           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3707             correctly</li>
3708           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3709             non-italic font for representatives in Applet</li>
3710           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3711             Macs.</li>
3712           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3713             Applet)</li>
3714           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3715             due to null pointer exceptions</li>
3716           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3717             first column of alignment</li>
3718           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3719             July 2008</li>
3720           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3721             file is case-insensitive</li>
3722           <li>Sequence features read from Features file appended to
3723             all sequences with matching IDs</li>
3724           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3725             containing a sub-sequence</li>
3726           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3727           <li>feature and annotation file applet parameters
3728             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3729           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3730           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3731             splash-screen version check to complete</li>
3732           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3733             when passing them to the launchApp service</li>
3734           <li>display name and local features preserved in results
3735             retrieved from web service</li>
3736           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3737             sequence fetcher initialisation</li>
3738           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3739             dasobert DAS client</li>
3740           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3741             association</li>
3742           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3743             sequences
3744           </li>
3745         </ul>
3746       </td>
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3757           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3758           <li>Slide sequences</li>
3759           <li>Edit sequence in place</li>
3760           <li>EMBL CDS features</li>
3761           <li>DAS Feature mapping</li>
3762           <li>Feature ordering</li>
3763           <li>Alignment Properties</li>
3764           <li>Annotation Scores</li>
3765           <li>Sort by scores</li>
3766           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3767         </ul>
3768       </td>
3769       <td>
3770         <ul>
3771           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3772           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3773           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3774           <li>Feature group display state in XML</li>
3775           <li>Feature ordering in XML</li>
3776           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3777           <li>Stockholm alignment properties</li>
3778           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3779           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3780           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3781           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3782         </ul>
3783       </td>
3784
3785     </tr>
3786     <tr>
3787       <td>
3788         <div align="center">
3789           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3790         </div>
3791       </td>
3792       <td>
3793         <ul>
3794           <li>Non standard characters can be read and displayed
3795           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3796             applet via textbox
3797           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3798             name &amp; description
3799           <li>Preference setting to display sequence name in
3800             italics
3801           <li>Annotation file format extended to allow
3802             Sequence_groups to be defined
3803           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3804             specified in preferences
3805           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3806             sequences
3807         </ul>
3808       </td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3812             installed
3813           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3814           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3815         </ul>
3816       </td>
3817     </tr>
3818     <tr>
3819       <td>
3820         <div align="center">
3821           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3822         </div>
3823       </td>
3824       <td>
3825         <ul>
3826           <li>Multiple views on alignment
3827           <li>Sequence feature editing
3828           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3829           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3830           <li>Background dependent text colour
3831           <li>Right align sequence ids
3832           <li>User-defined lower case residue colours
3833           <li>Format Menu
3834           <li>Select Menu
3835           <li>Menu item accelerator keys
3836           <li>Control-V pastes to current alignment
3837           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3838           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3839           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3840
3841           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3842         </ul>
3843       </td>
3844       <td>
3845         <ul>
3846           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3847           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3848             calculations
3849           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3850             edits
3851           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3852             of alignment)
3853           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3854
3855           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3856             display correctly
3857           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3858           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3859             analysis results
3860           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3861             &#8739;
3862           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3863           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3864           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3865
3866         </ul>
3867       </td>
3868     </tr>
3869     <tr>
3870       <td>
3871         <div align="center">
3872           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3873         </div>
3874       </td>
3875       <td>
3876         <ul>
3877           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3878         </ul>
3879       </td>
3880       <td>
3881         <ul>
3882           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3883             sequence id panel has been resized</li>
3884           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3885             rendered</li>
3886           <li>Annotation files with sequence references - all
3887             elements in file are relative to sequence position</li>
3888           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3889         </ul>
3890       </td>
3891     </tr>
3892     <tr>
3893       <td>
3894         <div align="center">
3895           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3896         </div>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3901           <li>DAS Feature fetching</li>
3902           <li>Hide sequences and columns</li>
3903           <li>Export Annotations and Features</li>
3904           <li>GFF file reading / writing</li>
3905           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3906             files</li>
3907           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3908           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3909           <li>Applet can launch the full application</li>
3910           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3911             required)</li>
3912           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3913           <li>Applet can load sequences from parameter
3914             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3915           </li>
3916         </ul>
3917       </td>
3918       <td>
3919         <ul>
3920           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3921           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3922           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3923         </ul>
3924       </td>
3925     </tr>
3926     <tr>
3927       <td>
3928         <div align="center">
3929           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3930         </div>
3931       </td>
3932       <td>
3933         <ul>
3934           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3935           <li>Choose to match case when searching</li>
3936           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3937             expand the visible width and height of the alignment</li>
3938         </ul>
3939       </td>
3940       <td>
3941         <ul>
3942           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3943         </ul>
3944       </td>
3945     </tr>
3946     <tr>
3947       <td>
3948         <div align="center">
3949           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3950         </div>
3951       </td>
3952       <td>&nbsp;</td>
3953       <td>
3954         <ul>
3955           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3956           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3957             value</li>
3958         </ul>
3959       </td>
3960     </tr>
3961     <tr>
3962       <td>
3963         <div align="center">
3964           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3965         </div>
3966       </td>
3967       <td>
3968         <ul>
3969           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3970           <li>Keyboard editing</li>
3971           <li>Create sequence features from searches</li>
3972           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3973             alignments</li>
3974           <li>Features file allows grouping of features</li>
3975           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3976           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3977           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3978         </ul>
3979       </td>
3980       <td>
3981         <ul>
3982           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3983           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3984             descriptions saved.</li>
3985         </ul>
3986       </td>
3987     </tr>
3988     <tr>
3989       <td>
3990         <div align="center">
3991           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3992         </div>
3993       </td>
3994       <td>
3995         <ul>
3996           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3997           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3998           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3999             name for file output</li>
4000           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4001           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4002             used for HTML form input</li>
4003         </ul>
4004       </td>
4005       <td>
4006         <ul>
4007           <li>HTML output writes groups and features</li>
4008           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4009           <li>File IO bugs</li>
4010         </ul>
4011       </td>
4012     </tr>
4013     <tr>
4014       <td>
4015         <div align="center">
4016           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4017         </div>
4018       </td>
4019       <td>
4020         <ul>
4021           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4022           <li>More options for PCA viewer</li>
4023         </ul>
4024       </td>
4025       <td>
4026         <ul>
4027           <li>GUI bugs resolved</li>
4028           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4029         </ul>
4030       </td>
4031     </tr>
4032     <tr>
4033       <td height="63">
4034         <div align="center">
4035           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4036         </div>
4037       </td>
4038       <td>
4039         <ul>
4040           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4041           <li>Jar files are executable</li>
4042           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4043         </ul>
4044       </td>
4045       <td>
4046         <ul>
4047           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4048           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4049           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4050         </ul>
4051       </td>
4052     </tr>
4053     <tr>
4054       <td>
4055         <div align="center">
4056           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4057         </div>
4058       </td>
4059       <td>
4060         <ul>
4061           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4062         </ul>
4063       </td>
4064       <td>
4065         <ul>
4066           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4067         </ul>
4068       </td>
4069     </tr>
4070     <tr>
4071       <td>
4072         <div align="center">
4073           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4074         </div>
4075       </td>
4076       <td>
4077         <ul>
4078           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4079             size</li>
4080         </ul>
4081       </td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>Improved JPred client reliability</li>
4085           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091         <div align="center">
4092           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4093         </div>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4098           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4099           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4100             to Colour Menu</li>
4101           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4102           <li>Unix users can set default web browser</li>
4103           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4104           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4105         </ul>
4106       </td>
4107       <td>
4108         <ul>
4109           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4110         </ul>
4111       </td>
4112     </tr>
4113     <tr>
4114       <td>
4115         <div align="center">
4116           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4117         </div>
4118       </td>
4119       <td>&nbsp;</td>
4120       <td>
4121         <ul>
4122           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4123             alignment order.</li>
4124         </ul>
4125       </td>
4126     </tr>
4127     <tr>
4128       <td>
4129         <div align="center">
4130           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4131         </div>
4132       </td>
4133       <td>
4134         <ul>
4135           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4136           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4137           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4138             annotations.</li>
4139           <li>Version and build date written to build properties
4140             file.</li>
4141           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4142             at launch of Jalview.</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145       <td>
4146         <ul>
4147           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4148           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4149           <li>Can remove groups one by one.</li>
4150           <li>Filechooser icons installed.</li>
4151           <li>Finder ignores return character when searching.
4152             Return key will initiate a search.<br>
4153           </li>
4154         </ul>
4155       </td>
4156     </tr>
4157     <tr>
4158       <td>
4159         <div align="center">
4160           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4161         </div>
4162       </td>
4163       <td>
4164         <ul>
4165           <li>New codebase</li>
4166         </ul>
4167       </td>
4168       <td>&nbsp;</td>
4169     </tr>
4170   </table>
4171   <p>&nbsp;</p>
4172 </body>
4173 </html>